DE202017006951U1 - Multiplex-Assays zur Beurteilung des Prostatakrebsstatus - Google Patents

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Abstract

Ein Festphasen-Assay-System, umfassend:- einen Chip, der ein im wesentlichen starres Substrat und zwei oder mehr flüssigkeitsisolierte Eindämmungsbereiche aufweist, wobei jeder Flüssigkeitseindämmungsbereich einen oder mehrere Analysebereiche aufweist,wobei jede Analyseregion einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einem Substratteil darin immobilisiert sind,wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in der ersten flüssigen Einschlusszone jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen vorhanden ist, die aus der Gruppe ausgewählt sind, die besteht aus: dem gesamten prostataspezifischen Antigen (tPSA), dem freien prostataspezifischen Antigen (fPSA) und dem freien menschlichen Kallikrein 2 (fhK2); undwobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in der zweiten flüssigen Einschlusszone jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: intaktem prostataspezifischem Antigen (iPSA), makrophageninhibierendem Cytokin-1 (MIC-1) und beta-Mikroseminoprotein (MSMB); und- ein Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.

Description

  • BEREICH DER ERFINDUNG
  • Diese Offenlegung bezieht sich auf Geräte und Methoden zur Vorhersage des Risikos von Prostatakrebs. Insbesondere bezieht sich diese Offenlegung auf Festphasentestsysteme und Methoden zur Vorhersage des Prostatakrebsrisikos.
  • ERFINDUNGSHINTERGRUND
  • Erhöhte Blutwerte des gesamten prostataspezifischen Antigens (PSA) sind mit prostatabedingten Erkrankungen, einschließlich Prostatakrebs, verbunden. Es gibt Hinweise darauf, dass die Messung von mehreren verschiedenen Prostatakrebs-Proteinen (Markern) zu verbesserten Vorhersagen in Bezug auf das Vorhandensein von Prostatakrebs in einem Patienten führen kann. Es besteht jedoch nach wie vor Bedarf an verbesserten Testgeräten und Methoden zur Beurteilung von Prostata krebs.
  • ZUSAMMENFASSUNG DER ERFINDUNG
  • Aspekte der Offenlegung betreffen verbesserte Assaysysteme zur Messung bestimmter Proteine (Marker) (z.B. Kallikrein-Proteine) und zur Bestimmung ihrer Anwesenheit und/oder ihres Gehalts in einer Probe. Multiplex-Assays zum Nachweis und/oder zur genauen Messung der Menge verschiedener Proteine sind eine Herausforderung und werden noch schwieriger, wenn die zu messenden Proteine sehr ähnlich sind (z.B. hohe Sequenzähnlichkeit). Hoch verwandte Proteine können sich ein oder mehrere Epitope teilen (d.h. gemeinsame Epitope haben) und von denselben Antikörpern erkannt werden. Unter bestimmten Umständen kann es jedoch vorteilhaft sein, den Gehalt jedes einzelnen Proteins trotz des Vorhandenseins eines oder mehrerer hoch verwandter Proteine in einer Probe zu bestimmen. Dementsprechend bietet diese Anwendung Artikel und Methoden zur Überwindung der Schwierigkeiten bei der Bewertung mehrerer verschiedener Antigene und deren Verwendung zur Messung der Mengen an Proteinen mit gemeinsamen Epitopen.
  • Nach einigen Aspekten der Offenbarung ist hierin ein Festphasen-Assay-System vorgesehen, das umfasst: einen Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und zwei oder mehr fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlussbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeitseinschlussbereich einen oder mehrere Analysebereiche umfasst, wobei jeder Analysebereich einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einen Substratabschnitt darin immobilisiert sind, wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in dem ersten Flüssigkeitseinschlussbereich jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen vorhanden ist, die aus der Gruppe ausgewählt sind, die besteht aus: totales prostataspezifisches Antigen (tPSA), freies prostataspezifisches Antigen (fPSA) und freies humanes Kallikrein 2 (fhK2); und wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in der zweiten Flüssigkeitseinschlussregion jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: intaktes prostataspezifisches Antigen (iPSA), makrophagenhemmendes Zytokin-1 (MIC-1) und Beta-Mikroseminoprotein (MSMB); und einen Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt. Nach einigen Aspekten der Offenbarung ist hierin ein Festphasen-Assay-System vorgesehen, das umfasst: einen Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und zwei oder mehr fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlussbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeitseinschlussbereich einen oder mehrere Analysebereiche umfasst, wobei jeder Analysebereich einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einen Substratabschnitt darin immobilisiert sind, wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in dem ersten Flüssigkeitseinschlussbereich jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen vorhanden ist, die aus der Gruppe ausgewählt sind, die besteht aus: Gesamtprostataspezifisches Antigen (tPSA), freies prostataspezifisches Antigen (fPSA) und gesamtes menschliches Kallikrein 2 (thK2); und wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in der zweiten Flüssigkeitseinschlussregion jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: intaktes prostataspezifisches Antigen (iPSA), makrophagenhemmendes Zytokin-1 (MIC-1) und Beta-Mikroseminoprotein (MSMB); und einen Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  • Nach einigen Aspekten der Offenbarung ist hierin ein Festphasen-Assay-System vorgesehen, das umfasst: einen Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und zwei oder mehr fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlussbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeitseinschlussbereich einen oder mehrere Analysebereiche umfasst, wobei jeder Analysebereich einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einen Substratabschnitt darin immobilisiert sind, wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in dem ersten Flüssigkeitseinschlussbereich jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen vorhanden ist, die aus der Gruppe ausgewählt sind, die besteht aus: Gesamtprostataspezifisches Antigen (tPSA), freies prostataspezifisches Antigen (fPSA) und gesamtes menschliches Kallikrein 2 (thK2); und wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in der zweiten Flüssigkeitseinschlussregion jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: Makrophagen hemmendes Cytokin-1 (MIC-1) und Beta-Mikroseminoprotein (MSMB); und einen Detektor, der so konfiguriert ist, dass er ein Signal misst, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt. In einigen Ausführungsformen binden der eine oder die mehreren Bindungspartner in der zweiten Flüssigkeitseinschlussregion jeweils spezifisch an ein Epitop, das auf einem oder mehreren Proteinen aus der Gruppe bestehend aus: intaktem prostataspezifischem Antigen (iPSA), makrophagenhemmendem Zytokin-1 (MIC-1) und Beta-Mikroseminoprotein (MSMB) vorhanden ist. In einer anderen Verkörperung binden der eine oder die mehreren Bindungspartner in einer zweiten flüssigen Einschließungsregion jeweils spezifisch an ein Epitop, das auf einem oder mehreren Proteinen, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: Makrophagen-inhibierendem Cytokin-1 (MIC-1) und Beta-Mikroseminoprotein (MSMB), vorhanden ist.
  • Nach einigen Aspekten der Offenlegung ist hierin ein Festphasen-Assay-System vorgesehen, das Folgendes umfasst: einen Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und einen oder mehrere fluidisch isolierte Flüssigkeitsbegrenzungsbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeitsbegrenzungsbereich einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einen Substratabschnitt darin immobilisiert sind, wobei ein erster Bindungspartner in einem ersten Flüssigkeitsbegrenzungsbereich an ein Epitop bindet, das auf einem freien prostataspezifischen Antigen (fPSA) vorliegt; und wobei der erste Flüssigkeitsbegrenzungsbereich oder ein zweiter Flüssigkeitsbegrenzungsbereich ferner einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die jeweils an ein Epitop binden, das auf einem aus der Gruppe ausgewählten Protein vorliegt: fhK2, thK2, MIC-1, MSMB und tPSA; und einen Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das den Grad der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  • In einigen Ausführungsformen umfasst das Festphasen-Assay-System außerdem einen Bindungspartner in der zweiten flüssigen Einschlusszone, der an ein Epitop bindet, das auf einem intakten prostataspezifischen Antigen (iPSA) vorhanden ist.
  • Nach einigen Aspekten der Offenlegung ist hierin ein Festphasen-Assay-System vorgesehen, das Folgendes umfasst: einen Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und einen oder mehrere fluidisch isolierte Flüssigkeitsbehälterbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeitsbehälterbereich einen oder mehrere Analysebereiche umfasst, wobei jeder Analysebereich einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einen Substratabschnitt darin immobilisiert sind, wobei ein erster Bindungspartner in dem ersten Flüssigkeitsbehälterbereich an ein Epitop bindet, das auf freiem menschlichen Kallikrein 2 (fhK2) vorhanden ist; und einen Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  • Nach einigen Aspekten der Offenlegung ist hierin ein Festphasen-Assay-System vorgesehen, das Folgendes umfasst: einen Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und zwei oder mehr fluidisch isolierte Flüssigkeits-Einschlussbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeits-Einschlussbereich eine oder mehrere Analysebereiche aufweist, wobei jeder Analysebereich einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einen Substratabschnitt darin immobilisiert sind, wobei ein erster Bindungspartner in dem ersten Flüssigkeits-Einschlussbereich an ein Epitop bindet, das auf einem freien prostataspezifischen Antigen (fPSA) vorhanden ist; und wobei ein zweiter Bindungspartner in der zweiten flüssigen Einschlusszone an ein Epitop bindet, das auf einem intakten prostataspezifischen Antigen (iPSA) vorhanden ist; und einen Detektor, der so konfiguriert ist, dass er ein Signal misst, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  • In einigen Ausführungsformen umfasst die erste Flüssigkeitseinschlusszone oder die zweite Flüssigkeitseinschlusszone ferner einen oder mehrere Bindungspartner, die jeweils an ein Epitop binden, das auf einem Protein, ausgewählt aus der Gruppe: fhK2, thK2, MIC-1, MSMB und tPSA, vorhanden ist.
  • Nach einigen Aspekten der Offenlegung ist hierin ein Festphasen-Assay-System vorgesehen, das Folgendes umfasst: einen Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und einen oder mehrere fluidisch isolierte Flüssigkeitsbegrenzungsbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeitsbegrenzungsbereich einen oder mehrere an einen Substratabschnitt darin immobilisierte Bindungspartner umfasst, wobei ein erster Bindungspartner in einem ersten Flüssigkeitsbegrenzungsbereich an ein Epitop bindet, das auf dem gesamten menschlichen Kallikrein 2 (thK2) vorhanden ist; und wobei der erste Flüssigkeitsbegrenzungsbereich oder ein zweiter Flüssigkeitsbegrenzungsbereich ferner einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die jeweils an ein Epitop binden, das auf einem aus der Gruppe ausgewählten Protein vorhanden ist: MIC-1, MSMB, tPSA und fPSA; und einen Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  • In einigen Ausführungsformen umfasst der erste Flüssigkeitseinschluss oder der zweite Flüssigkeitseinschluss außerdem zwei oder mehr Bindungspartner, die jeweils an ein Epitop binden, das auf einem aus der Gruppe ausgewählten Protein vorhanden ist: MIC-1, MSMB, tPSA und fPSA. In bestimmten Ausführungsformen umfasst die erste oder zweite Flüssigkeitseinschlusszone außerdem einen oder mehrere Bindungspartner, die an ein Epitop binden, das auf einem intakten prostataspezifischen Antigen (iPSA) vorhanden ist.
  • Nach einigen Aspekten der Offenlegung ist hierin ein Festphasen-Assay-System vorgesehen, das Folgendes umfasst: einen Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und zwei oder mehr fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlussbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeitseinschlussbereich einen oder mehrere Analysebereiche umfasst, wobei jeder Analysebereich einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einen Substratabschnitt darin immobilisiert sind, wobei ein erster Bindungspartner in dem ersten Flüssigkeitseinschlussbereich an ein Epitop bindet, das am freien menschlichen Kallikrein 2 (fhK2) vorhanden ist; und wobei ein zweiter Bindungspartner in der zweiten flüssigen Einschlusszone an ein Epitop bindet, das auf einem intakten prostataspezifischen Antigen (iPSA) vorhanden ist; und einen Detektor, der so konfiguriert ist, dass er ein Signal misst, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  • Nach einigen Aspekten der Offenlegung ist hierin ein Festphasen-Assay-System vorgesehen, das Folgendes umfasst: einen Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und zwei oder mehr fluidisch isolierte Flüssigkeitsbehälterbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeitsbehälterbereich einen oder mehrere Analysebereiche umfasst, wobei jeder Analysebereich einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einen Substratabschnitt darin immobilisiert sind, wobei ein erster Bindungspartner in dem ersten Flüssigkeitsbehälterbereich an ein Epitop bindet, das auf dem gesamten menschlichen Kallikrein 2 (thK2) vorhanden ist; und wobei ein zweiter Bindungspartner in der zweiten flüssigen Einschlusszone an ein Epitop bindet, das auf einem intakten prostataspezifischen Antigen (iPSA) vorhanden ist; und einen Detektor, der so konfiguriert ist, dass er ein Signal misst, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  • In einigen Ausführungsformen umfasst der erste Flüssigkeitseinschluss oder der zweite Flüssigkeitseinschluss außerdem einen oder mehrere Bindungspartner, die jeweils an ein Epitop binden, das auf einem aus der Gruppe ausgewählten Protein vorhanden ist: MIC-1, MSMB, tPSA und fPSA. In einigen Ausführungsformen umfasst der erste Flüssigkeitseinschluss oder der zweite Flüssigkeitseinschluss außerdem zwei oder mehr Bindungspartner, die jeweils an ein Epitop binden, das auf einem aus der Gruppe ausgewählten Protein vorhanden ist: MIC-1, MSMB, tPSA und fPSA.
  • In einigen Ausführungsformen umfasst das Festphasen-Assay-System außerdem einen oder mehrere zusätzliche Flüssigkeitseinschlussbereiche. In bestimmten Ausführungsformen umfasst das Festphasen-Assay-System außerdem einen dritten Flüssigkeitseinschlussbereich. In einigen Ausführungsformen umfasst die dritte Flüssigkeitseinschließungsregion außerdem einen oder mehrere Bindungspartner, die jeweils an ein aus der Gruppe ausgewähltes Protein binden: MIC-1, MSMB, tPSA und fPSA. In einigen Ausführungsformen umfasst die dritte Flüssigkeitseinschließungsregion außerdem zwei oder mehr Bindungspartner, die jeweils an ein aus der Gruppe ausgewähltes Protein binden: MIC-1, MSMB, tPSA und fPSA. In bestimmten Ausführungsformen umfasst die dritte Flüssigkeitseinschlusszone außerdem einen Bindungspartner, der an MIC-1 bindet, und einen Bindungspartner, der MSMB bindet. In einigen Ausführungsformen umfasst die dritte Flüssigkeitseinschließungsregion außerdem einen Bindungspartner, der an iPSA bindet.
  • Nach einigen Aspekten der Offenbarung ist hierin ein Festphasen-Assay-System vorgesehen, das umfasst: einen Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und einen oder mehrere fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlussbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeitseinschlussbereich einen oder mehrere Analysebereiche umfasst, wobei jeder Analysebereich einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einen Substratabschnitt darin immobilisiert sind, wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in einem ersten Flüssigkeitseinschlussbereich jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen vorhanden ist, die aus der Gruppe ausgewählt sind, die besteht aus: totales prostataspezifisches Antigen (tPSA), freies prostataspezifisches Antigen (fPSA) und freies menschliches Kallikrein 2 (fhK2); und einen Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  • In einer Ausführungsform binden der eine oder die mehreren Bindungspartner in einer zweiten flüssigen Einschließungsregion jeweils spezifisch an ein Epitop, das auf einem oder mehreren Proteinen, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: intaktem prostataspezifischem Antigen (iPSA), makrophagenhemmendem Zytokin-1 (MIC-1) und Beta-Mikroseminoprotein (MSMB), vorhanden ist. In einer anderen Verkörperung binden der eine oder die mehreren Bindungspartner in einer zweiten flüssigen Einschließungsregion jeweils spezifisch an ein Epitop, das auf einem oder mehreren Proteinen, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: Makrophagen-inhibierendem Cytokin-1 (MIC-1) und Beta-Mikroseminoprotein (MSMB), vorhanden ist.
  • Nach einigen Aspekten der Offenbarung ist hierin ein Festphasen-Assay-System vorgesehen, das umfasst: einen Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und zwei oder mehr fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlussbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeitseinschlussbereich einen oder mehrere Analysebereiche umfasst, wobei jeder Analysebereich einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einen Substratabschnitt darin immobilisiert sind, wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in dem ersten Flüssigkeitseinschlussbereich jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen vorhanden ist, die aus der Gruppe ausgewählt sind, die besteht aus: totales prostataspezifisches Antigen (tPSA), freies prostataspezifisches Antigen (fPSA) und freies humanes Kallikrein 2 (fhK2); und wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in der zweiten Flüssigkeitseinschlussregion jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: Makrophagen hemmendes Cytokin-1 (MIC-1) und Beta-Mikroseminoprotein (MSMB); und einen Detektor, der so konfiguriert ist, dass er ein Signal misst, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.Nach einigen Aspekten der Offenbarung ist hierin ein Festphasen-Assay-System vorgesehen, das umfasst: einen Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und einen oder mehrere fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlussbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeitseinschlussbereich einen oder mehrere Analysebereiche umfasst, wobei jeder Analysebereich einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einen Substratabschnitt darin immobilisiert sind, wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in einem ersten Flüssigkeitseinschlussbereich jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen vorhanden ist, die aus der Gruppe ausgewählt sind, die besteht aus: totales prostataspezifisches Antigen (tPSA), freies prostataspezifisches Antigen (fPSA) und gesamtes menschliches Kallikrein 2 (thK2); und einen Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das den Grad der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  • Nach einigen Aspekten der Offenlegung ist hierin ein Festphasen-Assay-System vorgesehen, das Folgendes umfasst: einen Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und zwei oder mehr fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlussbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeitseinschlussbereich einen oder mehrere an einen Substratabschnitt darin immobilisierte Bindungspartner umfasst, wobei ein erster Bindungspartner in dem ersten Flüssigkeitseinschlussbereich an ein auf einem ersten Kallikreinprotein vorhandenes Epitop bindet, wobei ein zweiter Bindungspartner in dem zweiten Flüssigkeitseinschlussbereich an ein auf einem zweiten Kallikreinprotein vorhandenes Epitop bindet, wobei das erste Kallikreinprotein und das zweite Kallikreinprotein mindestens ein gemeinsames Epitop aufweisen; und einen Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  • In einigen Ausführungsformen werden das erste Kallikrein-Protein und das zweite Kallikrein-Protein jeweils aus der Gruppe ausgewählt: freies humanes Kallikrein 2 (fhK2), gesamtes humanes Kallikrein 2 (thK2), gesamtes prostataspezifisches Antigen (tPSA) und freies prostataspezifisches Antigen (fPSA). In einigen Ausführungsformen werden das erste Kallikrein-Protein und das zweite Kallikrein-Protein jeweils aus der Gruppe ausgewählt: freies humanes Kallikrein 2 (fhK2), gesamtes humanes Kallikrein 2 (thK2), gesamtes prostataspezifisches Antigen (tPSA), intaktes prostataspezifisches Antigen (iPSA) und freies prostataspezifisches Antigen (fPSA). In bestimmten Ausführungsformen ist das erste Kallikrein-Protein fPSA und das zweite Kallikrein-Protein iPSA. In einigen Verkörperungen ist das erste Kallikrein-Protein fPSA und das zweite Kallikrein-Protein fhK2 oder thK2. In einigen Ausführungsformen wird das erste Kallikrein-Protein aus fhK2 oder thK2 ausgewählt und das zweite Kallikrein-Protein ist iPSA. In einigen Verkörperungen ist das erste Kallikrein-Protein tPSA und das zweite Kallikrein-Protein fhK2 oder thK2.
  • Nach einigen Aspekten der Offenlegung, die hierin vorgesehen ist, ist eine in vitro-Methode, bestehend aus: (a) Einführen einer Probe von einem Subjekt in ein Assaysystem, wobei das Assaysystem den Chip eines vorhergehenden Anspruchs umfasst; (b) Bindenlassen eines oder mehrerer Epitope aus der Probe an den einen oder die mehreren Bindungspartner in dem einen oder den mehreren Analysebereichen; (c) Bestimmen einer Eigenschaft eines oder mehrerer Proteine unter Verwendung eines oder mehrerer Detektoren, die dem einen oder den mehreren Analysebereichen zugeordnet sind; (d) Eingeben der Eigenschaften des einen oder der mehreren Proteine in einen Prozessor, der so programmiert ist, dass er ein logistisches Regressionsmodell auswertet, um die Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einem Subjekt zu bestimmen, wobei die Auswertung des logistischen Regressionsmodells die Skalierung jeder einer Vielzahl von Variablen um einen anderen Koeffizientenwert umfasst, um skalierte Variablen zu erzeugen, und Summenwerte für die skalierten Variablen, die verwendet werden, um die Wahrscheinlichkeit des mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einem Subjekt zu erzeugen, wobei die Vielzahl von Variablen eine oder mehrere klinische Variablen und zwei oder mehrere Variablen umfasst, die in den vom Detektor empfangenen Informationen enthalten sind; und (e) Bestimmen der Wahrscheinlichkeit des Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs in der Person.
  • Bei einigen Ausführungsformen umfasst die Methode zusätzlich die Entnahme der Probe vom Probanden. In einigen Verkörperungen ist die Eigenschaft des einen oder der mehreren Proteine ein Signal, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt. Bei einigen Ausführungsformen werden die klinischen Variablen aus der Gruppe bestehend aus: Alter, Familiengeschichte und früherer Prostatabiopsie ausgewählt.
  • In bestimmten Ausführungsformen umfasst die Vielzahl der Variablen ferner eine oder mehrere der folgenden Variablen: Prostatavolumen, abnormale oder verdächtige Ergebnisse einer digitalen rektalen Untersuchung und das Vorhandensein oder Fehlen eines oder mehrerer einzelner Nukleotidpolymorphismen (SNPs).
  • Bei einigen Ausführungsformen ist die Probe Serum, Plasma oder Vollblut. In manchen Verkörperungen ist das Subjekt ein Mensch.
  • Bei einigen Ausführungsformen werden ein oder mehrere SNPs ausgewählt: rs138213197, rs7818556, rs6983267, rs10993994, rs12793759, rs16901979, rs9911515, rs1016343, rs7106762, rs6579002, rs16860513, rs5945619, rs16902094, rs10896437, rs651164, rs7679673, rs13265330, rs2047408, rs10107982, rs620861, rs9297746, rs1992833, rs7213769, rs2710647, rs888507, rs17021918, rs12500426, rs2028900, rs7102758, rs16901922, rs6062509, rs2659051, rs17832285, rs12543663, rs4699312, rs11091768, rs3120137, rs6794467, rs10086908, rs7141529, rs2315654, rs12151618, rs747745, rs1009, rs2132276, rs2735839, rs11568818, rs684232, rs9364554, rs9830294, rs2660753, rs10807843, rs1933488, rs17467139, rs12947919, rs721048, rs385894, rs2331780, rs1894292, rs2107131, rs6545962, rs11649743, rs758643, rs2297434, rs902774, rs2647262, rs17224342, rs5918762, rs11672691, rs17138478, rs3019779, rs1873555, rs9457937, rs2838053, rs12946864, rs12475433, rs3765065, rs2018334, rs3771570, rs4871779, rs10875943, rs11601037, rs6489721, rs11168936, rs9297756, rs11900952, rs6569371, rs7752029, rs5934705, rs3745233, rs1482679, rs749264, rs6625760, rs5978944, rs2366711, rs5935063, rs10199796, rs2473057, rs4925094, rs3096702, rs12490248, rs4245739, rs10094059, rs306801, rs2823118, rs2025645, rs9359428, rs10178804, rs6090461, rs2270785, rs16901841, rs2465796, rs17256058, rs16849146, rs2269640, rs8044335, rs6530238, rs712242, rs9267911, rs11134144, rs12880777, rs7090755, rs132774, rs17779822, rs398146, rs4844228, rs4237185, rs7125415, rs1439024, rs6770955, rs11253002, rs4822763, rs2162185, rs12640320, rs5945637, rs3818714, rs6762443, rs10508678, rs2272668, rs2227270, rs6437715, rs3759129, rs1891158, rs7358335, rs12988652, rs3796547 rs7234917, rs6509345, rs966304, rs1515542, rs11631109, rs871688, rs4382847, rs9972541, rs13113975, rs4119478, rs1380862, rs7529518, rs785437, rs1140809, rs4830488, rs10458360, rs2738571, rs11634741, rs1950198, rs539357, rs16887736, rs7658048, rs11222496, rs2207790, rs12506850, rs4512641, rs2813532, rs6934898, rs582598, rs10191478, rs10486562, rs17395631, rs7525167, rs12637074, rs10887926, rs7485441, rs1944047, rs7178085?, rs17318620, rs10489871, rs2691274, rs6962297, rs1827611, rs4806120, rs7164364, rs2293710, rs13017302, rs4570588, rs2386841, rs40485, rs524908, rs10795841, rs4273907, rs12612891, rs10496470, rs6755901, rs1943821, rs13319878, rs6957416, rs12552397, rs6489794, rs4346531, rs7777631, rs1046011, rs16988279, rs986472, rs10508422, rs9456490, rs1295683, rs2449600, rs7075945, rs9358913, rs1477886, rs753032, rs409558, rs4246742, rs10060513, rs17070292, rs10826398, rs17744022, rs7801918, rs885479, rs1863610, rs3805284, rs10832514, rs2509867, rs2070874, rs2339654, rs12903579, rs11610799, rs2272316, rs6961773, rs2078277, rs17324573, rs6760417, rs2911756, rs12233245, rs896615, rs4760442, rs2087724, rs439378, rs4833103, rs6539333, rs4423250, rs12594014, rs17123359, rs12505546 oder rs585197.
  • Die Einzelheiten einer oder mehrerer Ausführungsformen der Offenlegung sind in der nachfolgenden Beschreibung aufgeführt. Weitere Merkmale oder Vorteile der vorliegenden Offenlegung ergeben sich aus der detaillierten Beschreibung mehrerer Ausführungsformen und auch aus den beigefügten Ansprüchen.
  • Figurenliste
  • Die folgenden Zeichnungen sind Teil der vorliegenden Spezifikation und dienen dazu, bestimmte Aspekte der vorliegenden Offenlegung zu verdeutlichen, die durch Bezugnahme auf eine oder mehrere dieser Zeichnungen in Kombination mit der detaillierten Beschreibung der hier dargestellten spezifischen Ausführungsformen besser verstanden werden können. In den Zahlen:
    • 1 ist ein Schema eines beispielhaften Chips mit zwei fluidisch isolierten Flüssigkeitseinschlussbereichen. In diesem beispielhaften Chip sind Bindungspartner für tPSA, fPSA und hK2 in der ersten Zone und Bindungspartner für iPSA, MIC-1 und MSMB in der zweiten Zone mit gruppierten Replikatspots enthalten.
    • 2 ist eine schematische Darstellung eines beispielhaften Chips mit zwei fluidisch isolierten Flüssigkeitseinschlussbereichen. In diesem beispielhaften Chip sind Bindungspartner für tPSA, fPSA und hK2 in der ersten Zone und Bindungspartner für iPSA, MIC-1 und MSMB in der zweiten Zone mit eingestreuten Replikatspunkten enthalten.
    • 3 ist eine schematische Darstellung eines beispielhaften Festkörper-Assays mit mehreren fluidisch isolierten Flüssigkeitseinschlussbereichen.
    • 4 ist ein Diagramm mit beispielhaften Assay-Konfigurationen, die zwischen zwei und sechs getrennte Flüssigkeitseinschlussbereiche erfordern.
    • 5 ist ein Diagramm mit beispielhaften Assay-Konfigurationen, die zwischen zwei und fünf getrennte Flüssigkeitseinschlussbereiche erfordern. Bindungspartner für iPSA sind in keiner der Zonen vorhanden.
  • DETAILLIERTE BESCHREIBUNG DER ERFINDUNG
  • Aspekte der Offenlegung beziehen sich auf verbesserte Festphasen-Assaysysteme zur Bestimmung von Kallikrein-Markern. Kallikrein-Proteine (auch „Kallikreine“ genannt) sind eine Untergruppe von Enzymen, die Peptidbindungen in Proteinen, den Serinproteasen, spalten können. Plasma-Kallikrein (KLKB1) sowie eine Gruppe von fünfzehn eng verwandten Serinproteasen, die so genannten Gewebe-Kallikrein-verwandten Peptidasen (KLKs), sind beim Menschen vorhanden. KLK2, KLK3, KLK4, KLK5 und KLK14 werden in der Prostata exprimiert. Verschiedene Formen von KLK3 (auch bekannt als Prostata-spezifisches Antigen; PSA; HK3, humanes Kallikrein-Gen 3; und Gamma-Seminoprotein) und KLK2 (auch bekannt als hK2; humanes Kallikrein 2; humanes Drüsenkallikrein; und hGK-1) werden als Tumormarkerproteine (Marker) in verschiedenen Formen für Prostatakrebs verwendet. Die verschiedenen (d.h. verarbeiteten) Formen dieser Proteine, die zur Bestimmung des Prostatakrebsrisikos gemessen werden, können umfassen: das gesamte prostataspezifische Antigen (tPSA), das freie prostataspezifische Antigen (fPSA), das intakte prostataspezifische Antigen (iPSA), das gesamte menschliche Kallikrein 2 (thK2) und das freie menschliche Kallikrein 2 (fhK2). PSA und hK2 haben eine hohe Homologie mit sechs Regionen, in denen 15 aufeinanderfolgende Aminosäuren identisch sind und ihre Strukturen ähnlich sind. Bestimmte Epitope auf den Kallikrein-Proteinen, die für das Prostatakrebsrisiko gemessen werden, sind gängige Epitope und daher sehr problematisch für die Erstellung von Multiplex-Assays für diese Marker. Diese Anwendung bietet Artikel und Methoden zur Überwindung der Schwierigkeiten bei der Bewertung mehrerer verschiedener Antigene und deren Verwendung zur Messung der Mengen an Proteinen mit gemeinsamen oder ähnlichen Epitopen. Andere Aspekte der Offenlegung beziehen sich auf Methoden zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs auf der Grundlage der Bewertung der Mengen Proteine mit gemeinsamen oder ähnlichen Epitopen. Die hier veröffentlichten Methoden und Tests können von einem Gesundheitsversorger verwendet werden, um festzustellen, ob eine überwachte Person an Prostatakrebs erkrankt ist, basierend auf den Ergebnissen dieser Tests. Die hier veröffentlichten Methoden und Tests können auch von einem Gesundheitsversorger verwendet werden, um festzustellen, ob eine Person, die überwacht wird, aufgrund der Ergebnisse solcher Tests einem Risiko für die Entwicklung von Prostatakrebs ausgesetzt sein könnte.
  • In einigen Verkörperungen liefert die sofortige Enthüllung einen oder mehrere Immunoassays, die Niveaus der Prostata-spezifischen Antigene messen, wie einen oder mehrere der folgenden Kallikrein-Marker: Gesamtes Prostata-spezifisches Antigen (tPSA), freies Prostata-spezifisches Antigen (fPSA), intaktes Prostata-spezifisches Antigen (iPSA), gesamtes menschliches Kallikrein 2 (thK2) und freies menschliches Kallikrein 2 (fhK2). In einigen Verkörperungen liefert die sofortige Enthüllung einen oder mehrere Immunoassays, die Niveaus der Prostata-spezifischen Antigene messen, wie einen oder mehrere der folgenden Kallikrein-Marker: Gesamtes Prostata-spezifisches Antigen (tPSA), freies Prostata-spezifisches Antigen (fPSA), Gesamtes menschliches Kallikrein 2 (thK2) und freies menschliches Kallikrein 2 (fhK2). In einigen Ausführungsformen messen die Immunoassays kein intaktes prostataspezifisches Antigen (iPSA).
  • In weiteren Ausführungsformen messen die einen oder mehreren Immunoassays auch den Gehalt an makrophagenhemmendem Cytokin-1 (MIC-1) und Beta-Mikroseminoprotein (MSMB). Bei bestimmten Ausführungsformen wird eine Blutprobe eines Probanden verwendet, um zusätzlich einen oder mehrere Immunoassays durchzuführen, die den Gehalt an humaner Prostatasäurephosphatase (PAP), frühem Prostatakrebsantigen (EPCA), Glutathion-S-Transferase n (GSTP1) und/oder A-Methylacyl-Coenzym-A-Racemase (AMACR) messen.
  • Bei einigen Ausführungsformen wird eine Blutprobe eines Probanden verwendet, um einen oder mehrere Immunoassays durchzuführen, die den Gehalt an prostataspezifischen Antigenen messen, wie z.B. eines oder mehrere der folgenden Kallikrein-Proteine (Marker): Gesamtprostataspezifisches Antigen (tPSA), freies prostataspezifisches Antigen (fPSA), intaktes prostataspezifisches Antigen (iPSA), menschliches Kallikrein 2 (thK2), freies menschliches Kallikrein 2 (fhK2). Bei einigen Ausführungsformen wird eine Blutprobe eines Probanden verwendet, um einen oder mehrere Immunoassays durchzuführen, die den Gehalt an prostataspezifischen Antigenen messen, wie z.B. eines oder mehrere der folgenden Kallikrein-Proteine (Marker): Gesamtprostata-spezifisches Antigen (tPSA), freies prostataspezifisches Antigen (fPSA), freies menschliches Kallikrein 2 (thK2) freies menschliches Kallikrein 2 (fhK2). In einigen Ausführungsformen messen die Immunoassays kein intaktes prostataspezifisches Antigen (iPSA). In weiteren Ausführungsformen werden mit Hilfe einer Blutprobe eines Probanden zusätzlich ein oder mehrere Immunoassays durchgeführt, die den Gehalt an makrophagenhemmendem Cytokin-1 (MIC-1) und Beta-Mikroseminoprotein (MSMB) messen. Bei bestimmten Ausführungsformen wird eine Blutprobe eines Probanden verwendet, um zusätzlich einen oder mehrere Immunoassays durchzuführen, die den Gehalt an humaner Prostatasäurephosphatase (PAP), frühem Prostatakrebsantigen (EPCA), Glutathion-S-Transferase n (GSTP1) und/oder A-Methylacyl-Coenzym-A-Racemase (AMACR) messen. In einigen Ausführungsformen wird ein prädiktives Modell (z.B. ein logistisches Regressionsmodell oder ein kubisches Spline-Modell) bereitgestellt, das Plasmaspiegel von tPSA, fPSA, iPSA und/oder hK2 (gesamt und/oder frei hK2) enthält, um die Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einem Patienten zu bestimmen. In einigen Ausführungsformen wird ein prädiktives Modell (z.B. ein logistisches Regressionsmodell oder ein kubisches Spline-Modell) bereitgestellt, das Plasmaspiegel von tPSA, fPSA und/oder hK2 (gesamt und/oder frei hK2) enthält, um die Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einem Patienten zu bestimmen. In einigen Ausführungsformen enthält das prädiktive Modell kein intaktes prostataspezifisches Antigen (iPSA). In weiteren Ausführungen ist ein prädiktives Modell (z.B. ein logistisches Regressionsmodell oder ein kubisches Spline-Mondel) vorgesehen, das zusätzlich Plasmaspiegel von MIC-1 und/oder MSMB enthält, um die Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einem Patienten zu bestimmen. In bestimmten Ausführungsformen ist ein prädiktives Modell (z.B. ein logistisches Regressionsmodell oder ein kubisches Spline-Modell) vorgesehen, das zusätzlich Plasmaspiegel von humaner Prostatasäurephosphatase (PAP), frühem Prostatakrebsantigen (EPCA), Glutathion-S-Transferase n (GSTP1) und/oder A-Methylacylcoenzym-A-Racemase (AMACR) enthält. Das prädiktive Modell kann zusätzlich Informationen enthalten, die zumindest teilweise während einer klinischen Untersuchung (z.B. einer digitalen rektalen Untersuchung oder DRE) des Probanden gewonnen wurden. Das prädiktive Modell kann außerdem Informationen aus einer Kategorie von Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) im Zusammenhang mit Prostatakrebs enthalten, indem es das Vorhandensein oder Fehlen eines jeden von mehreren SNPs misst. Das Vorhersagemodell kann auch das Alter des Probanden berücksichtigen.
  • Dementsprechend werden verbesserte Festkörper-Assays zur Messung des Gehalts bestimmter Arten von Proteinen (Markern) und Methoden, die diese verwenden, zur Verfügung gestellt, die nützlich sein können, um festzustellen, ob ein Patient sich einer invasiven Prostatagewebebiopsie unterziehen sollte.
  • Aspekte der Offenlegung liefern Methoden zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit, dass eine von einem Probanden erhaltene Prostatagewebebiopsie nachweisbaren Prostatakrebs, z.B. aggressiven Prostatakrebs, enthalten würde. Solche Methoden können beinhalten, dass eine Blutprobe (z.B. Serum, Blutplasma oder Vollblut) einer Person einem Immunoassay unterzogen wird, der mindestens einen Wert des gesamten prostataspezifischen Antigens (tPSA) in der Blutprobe misst. Liegt der tPSA-Wert über einem Schwellenwert, kann die Wahrscheinlichkeit, dass eine Prostatagewebebiopsie nachweisbaren Prostatakrebs enthalten würde, durch Gewichtung des gemessenen tPSA-Wertes und eines Parameters bestimmt werden, der angibt, ob die Person zuvor eine Biopsie von Prostatagewebe durchgeführt hat. Liegt der tPSA-Wert dagegen auf oder unter dem Schwellenwert, kann die Wahrscheinlichkeit, dass eine Prostatagewebebiopsie nachweisbaren Prostatakrebs enthalten würde, durch Gewichtung der gemessenen Werte von tPSA, fPSA, iPSA, hK2 (gesamt und/oder frei hK2), MSMB und/oder MIC-1 und/oder eines Parameters bestimmt werden, der anzeigt, ob die Person zuvor eine Biopsie von Prostatagewebe durchgeführt hat. In bestimmten Fällen, wenn der tPSA-Wert auf oder unter dem Schwellenwert liegt, kann die Wahrscheinlichkeit, dass eine Prostatagewebebiopsie nachweisbaren Prostatakrebs enthalten würde, durch Gewichtung der gemessenen Werte von tPSA, fPSA, hK2 (gesamt und/oder frei hK2), MSMB und/oder MIC-1 und/oder eines Parameters bestimmt werden, der anzeigt, ob die Person eine vorherige Biopsie von Prostatagewebe hatte. In einigen Ausführungsformen beinhaltet die Bestimmung der Wahrscheinlichkeit, dass eine Prostatagewebebiopsie nachweisbaren Prostatakrebs enthalten würde, nicht die Gewichtung der gemessenen Werte des intakten prostataspezifischen Antigens (iPSA). Bei bestimmten Ausführungsformen kann die Wahrscheinlichkeit, dass eine Prostatagewebebiopsie nachweisbaren Prostatakrebs enthalten würde, durch zusätzliche Gewichtung der gemessenen Werte von humaner Prostatasäurephosphatase (PAP), frühem Prostatakrebsantigen (EPCA), Glutathion-S-Transferase n (GSTP1) und/oder A-Methylacyl-Coenzym-A-Racemase (AMACR) bestimmt werden.
  • Dementsprechend können in einigen Ausführungsformen die hier zur Verfügung gestellten Methoden darin bestehen, die Blutprobe einem Immunoassay zu unterziehen, der den Gehalt an freiem prostataspezifischem Antigen (fPSA), intaktem prostataspezifischem Antigen (iPSA), humanem Kallikrein 2 (frei oder gesamt hK2), MSMB und/oder MIC-1 in der Blutplasmaprobe misst. In einigen Ausführungsformen können die hier beschriebenen Methoden die Durchführung eines Immunoassays beinhalten, bei dem der Gehalt an freiem prostataspezifischem Antigen (fPSA), humanem Kallikrein 2 (frei oder gesamt hK2), MSMB und/oder MIC-1 in der Blutplasmaprobe gemessen wird. In bestimmten Ausführungsformen können die hierin vorgesehenen Methoden zusätzlich die Durchführung eines Immunoassays beinhalten, bei dem der Gehalt an humaner Prostatasäurephosphatase (PAP), Prostatakrebsantigen (EPCA), Glutathion-S-Transferase n (GSTP1) und/oder A-Methylacyl-Coenzym-A-Racemase (AMACR) gemessen wird. In einigen Ausführungsformen beinhalten die hierin enthaltenen Methoden nicht die Messung von iPSA.
  • In einigen Ausführungsformen misst der Immunoassay nicht das Niveau des intakten prostataspezifischen Antigens (iPSA). Bei einigen Verkörperungen wird die Wahrscheinlichkeit zusätzlich durch die Gewichtung eines Parameters bestimmt, der das Alter des Probanden angibt. Bei einigen Ausführungsformen wird die Wahrscheinlichkeit zusätzlich durch Gewichtung mindestens eines klinischen Faktors bestimmt, wie z.B. eines oder mehrerer Parameter, die das Ergebnis einer digitalen rektalen Untersuchung des Patienten anzeigen. Bei einigen Ausführungsformen wird der mindestens eine klinische Faktor ausgewählt: Anzahl der bisher durchgeführten Prostatagewebebiopsien; Ergebnisse der bisherigen Prostatagewebebiopsien; Auftreten einer negativen Biopsie seit einer Erstdiagnose von nicht aggressivem Prostatakrebs; Auftreten einer negativen Biopsie in einem Jahr vor Erhalt der Blutprobe; Gesamtzahl der Biopsien seit einer Erstdiagnose von nicht aggressivem Prostatakrebs; Prostatavolumen bei vorheriger Biopsie; Anzahl der positiven Kerne bei vorheriger Biopsie; Prozentsatz der positiven Kerne bei vorheriger Biopsie; Querschnittsfläche von Krebs in Biopsie-Kernabschnitten; maximale Querschnittsfläche von Krebs in allen Biopsie-Kernabschnitten; PSA-Dichte; Rasse des Patienten; Familiengeschichte von Prostatakrebs; maximaler Prozentsatz der positiven Kerne bei vorheriger Biopsie; und maximale Anzahl der positiven Kerne bei vorheriger Biopsie.
  • Bei einigen Ausführungsformen ist der Schwellenwert von tPSA für die Modellauswahl ein Wert, der angibt, ob die Verwendung von tPSA allein oder zusammen mit bestimmten fachspezifischen Informationen (z.B. vorheriger Biopsiestatus) ausreicht, um eine Wahrscheinlichkeit zu ermitteln, dass eine Prostatagewebebiopsie nachweisbaren Prostatakrebs enthalten würde. In einigen Ausführungen beträgt der Schwellenwert 5 ng/mL, 10 ng/mL, 15 ng/mL, 20 ng/mL, 25 ng/mL, 30 ng/mL, 35 ng/mL oder 40 ng/mL. Da die tPSA-Werte in Kombination mit bestimmten Informationen zur Subjektspezifikation, insbesondere dem Status der vorherigen Biopsie, ausreichen können, um aussagekräftige Vorhersagen zu treffen, kann es bei einigen Ausführungsformen kosteneffektiv sein, keine Immunoassays durchzuführen, um andere Antigene zu erkennen, bevor die tPSA-Werte zuerst bestimmt werden. In einigen Ausführungsformen können die tPSA-Werte jedoch parallel oder zusammen mit anderen Protein-(Marker-)Werten bestimmt werden, z.B. fPSA, iPSA, hK2 (frei oder gesamt), MSMB und/oder MIC-1. In einigen Ausführungsformen können tPSA-Werte parallel oder zusammen mit anderen Protein(marker)-Werten bestimmt werden, z.B. fPSA, hK2 (frei oder gesamt), MSMB und/oder MIC-1. In einigen Ausführungsformen werden die tPSA-Werte nicht parallel oder zusammen mit dem iPSA-Wert bestimmt> In bestimmten Ausführungsformen können zusätzliche Proteine (Marker) menschliche Prostatasäurephosphatase (PAP), frühes Prostatakrebsantigen (EPCA), Glutathion-S-Transferase n (GSTP1) und/oder A-Methylacylcoenzym-A-Racemase (AMACR) enthalten.
  • In einigen Verkörperungen werden mehrere Kallikrein-Protein-(Marker-)Konzentrationen (z.B. zwei oder mehr von tPSA, fPSA, iPSA und hK2 (gesamt oder frei)) parallel im selben Assay bestimmt. In einigen Verkörperungen werden mehrere Kallikrein-Protein (Marker)-Werte (z.B. zwei oder mehr von tPSA, fPSA und hK2 (gesamt oder frei)) parallel im selben Assay bestimmt. In einigen Ausführungsformen enthält der Test kein iPSA. In anderen Ausführungsformen werden solche Antigenspiegel in separaten Assays bestimmt. Bei einigen Verkörperungen werden die Antigenspiegel aus der gleichen ursprünglichen Blutentnahme (z.B. einer venösen Blutentnahme) eines Probanden bestimmt. In einigen Verkörperungen werden die Antigenspiegel aus verschiedenen Blutentnahmen bestimmt. Bei einigen Ausführungsformen werden die Antigenspiegel mit Hilfe von Plasmapräparaten aus gleichen oder verschiedenen Blutproben bestimmt. Bei einigen Ausführungsformen werden ein oder mehrere Antigenspiegel mit Hilfe einer Plasmapräparation und ein oder mehrere andere Antigene mit einer anderen Art von Blutpräparation, z.B. Serum, bestimmt. Blutplasma ist ein hellgelber flüssiger Bestandteil des Blutes. Bei einigen Ausführungsformen kann Blutplasma hergestellt werden, indem man ein Röhrchen mit einem Antikoagulans (z.B. Heparin, EDTA, etc.) in einer Zentrifuge dreht, bis sich Blutzellen und Trümmer auf den Boden des Röhrchens bewegen, wonach das Blutplasma gegossen oder abgezogen werden kann.
  • Hier werden Methoden angeboten, um festzustellen, ob ein Patient für eine Prostatagewebebiopsie in Frage kommt. Bei solchen Methoden kann ein Arzt oder Gesundheitsdienstleister eine Blutprobe von einem Patienten entnehmen und die Wahrscheinlichkeit bestimmen, dass die Prostatagewebebiopsie nachweisbaren Prostatakrebs (z. B. aggressiver Prostatakrebs) enthalten würde, der zumindest teilweise auf gemessenen Antigenwerten basiert, die anhand der Blutprobe bestimmt wurden. Die Blutprobe kann lokal verarbeitet werden (z.B. innerhalb derselben Gesundheitseinrichtung oder desselben Unternehmens, in dem die Person untersucht wird) oder sie kann zur Verarbeitung und Analyse an ein externes oder drittes Labor oder eine Einrichtung geschickt werden. Liegt ein mit der Blutprobe gemessener tPSA-Wert über einem Schwellenwert, kann die Wahrscheinlichkeit anhand der Gewichtung des tPSA-Wertes bestimmt werden. Wenn der tPSA-Wert auf oder unter dem Schwellenwert liegt, kann die Wahrscheinlichkeit auf den Gewichtungswerten von tPSA, fPSA, iPSA und hK2 (gesamt oder frei) basieren, die mit der Blutprobe gemessen wurden. Bei einigen Ausführungsformen kann die Wahrscheinlichkeit, wenn der tPSA-Wert auf oder unter dem Schwellenwert liegt, auf den Gewichtungswerten von tPSA, fPSA und hK2 (gesamt oder frei) basieren, die unter Verwendung der Blutprobe gemessen werden. Bei einigen Ausführungsformen basiert die Wahrscheinlichkeit nicht auf der Gewichtung des iPSA-Niveaus. In weiteren Ausführungsformen kann die Wahrscheinlichkeit zusätzlich auf der Gewichtung von humaner Prostatasäurephosphatase (PAP), frühem Prostatakrebsantigen (EPCA), Glutathion-S-Transferase n (GSTP1) und/oder A-Methylacyl-Coenzym-A-Racemase (AMACR) basieren. In beiden Fällen basiert die Wahrscheinlichkeit typischerweise auch auf der Gewichtung mindestens eines klinischen Faktors, wie z.B. eines Parameters, der angibt, ob eine vorherige Biopsie des Prostatagewebes stattgefunden hat. Der Arzt oder Gesundheitsdienstleister kann aufgrund der Wahrscheinlichkeit, dass die Prostatagewebebiopsie nachweisbaren Prostatakrebs enthält, bestimmen, ob die Person ein Kandidat für die Prostatagewebebiopsie ist.
  • In einigen Verkörperungen, wenn ein Thema festgestellt wird, um ein Anwärter für eine Prostatagewebebiopsie zu sein, dann kann der Arzt oder der Gesundheitsfürsorge-Versorger eine Prostatagewebebiopsie vom Thema erhalten oder bestellt werden und feststellen, ob das Thema Prostatakrebs hat, der auf einer Analyse der Prostatagewebebiopsie basiert. Die Biopsie des Prostatagewebes kann mit jeder geeigneten Methode, z.B. einer zytologischen oder histologischen Analyse, durchgeführt werden. Die Gewebeprobe kann anhand ihres klinischen Stadiums charakterisiert werden. Die Probe kann anhand einer Gleason-Sorte charakterisiert werden. Gleason 3+3 (6.0) entspricht einem Tumor von niedrigem Grad und einer günstigen Prognose. Gleason 3+4 (7.0) und 3+5 (8.0) entsprechen typischerweise Tumoren, die primär schwach transformiertes Gewebe mit einer hochgradigen Transformation aufweisen. Gleason 4+3 (7.0) und 5+3 (8.0) entsprechen typischerweise Tumoren, die primär hochgradig transformiertes Gewebe mit einer geringen Transformation aufweisen. Gleason 4+4 (8.0), 4+5 (9.0), (9.0) und 5+5 (10.0) entsprechen hochgradigen Tumoren. Dementsprechend umfasst der Prostatakrebs in einigen Ausführungsformen hochgradigen Krebs (z.B. Gleason ≥ 7.0).
  • Bei einigen Ausführungsformen basiert die Wahrscheinlichkeit, dass eine Person Prostatakrebs hat, auf einer linearen Kombination der Daten, die auf dem oder den gemessenen Protein-(Marker-)Werten basiert. Bei einigen Ausführungsformen wird die Wahrscheinlichkeit, dass ein Patient Prostatakrebs hat, durch die Gewichtung eines kubischen Spline-Terms auf der Grundlage der gemessenen Protein-(Marker-)Konzentration(en) weiter bestimmt.
  • Weitere Aspekte der Offenlegung beziehen sich auf eine Methode zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs, wobei das Ereignis ein Upgrade von einem nicht aggressiven Prostatakrebs zu einem aggressiven Prostatakrebs ist. Bei einigen Ausführungsformen beinhalten die Methoden den Empfang von Informationen über eine Eingabeschnittstelle, die den Gehalt eines oder mehrerer Kallikrein-Proteine (Marker) anzeigen: tPSA, fPSA, iPSA und hK2 (freies hK2 oder gesamtes hK2) in einer Blutplasmaprobe eines Patienten, bei dem zuvor ein nicht aggressiver Prostatakrebs diagnostiziert wurde; Empfangen von Informationen über mindestens einen klinischen Faktor des Patienten über eine Eingabeschnittstelle, die unter Verwendung mindestens eines Prozessors ein logistisches Regressionsmodell auswertet, das zumindest teilweise auf den empfangenen Informationen basiert, um eine Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in dem Patienten zu bestimmen, wobei die Auswertung des logistischen Regressionsmodells umfasst: Bestimmen der Wahrscheinlichkeit des Ereignisses, das mit Prostatakrebs assoziiert ist, zumindest teilweise auf der Grundlage der Informationen, die einen oder mehrere Werte von tPSA, fPSA, iPSA, hK2 (frei oder insgesamt hK2), MSMB und/oder MIC-1 anzeigen, und der Informationen über den mindestens einen klinischen Faktor; und Ausgeben eines Hinweises auf die Wahrscheinlichkeit des Ereignisses, das mit Prostatakrebs assoziiert ist. Bei einigen Ausführungsformen beinhalten die Methoden den Empfang von Informationen über eine Eingabeschnittstelle, die den Gehalt eines oder mehrerer Kallikrein-Proteine (Marker) anzeigen: tPSA, fPSA und hK2 (freies hK2 oder gesamtes hK2) in einer Blutplasmaprobe eines Probanden, bei dem zuvor ein nicht aggressiver Prostatakrebs diagnostiziert wurde; Empfangen von Informationen über mindestens einen klinischen Faktor des Probanden über eine Eingabeschnittstelle, die unter Verwendung mindestens eines Prozessors ein logistisches Regressionsmodell bewerten, das zumindest teilweise auf den empfangenen Informationen basiert, um eine Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in dem Probanden zu bestimmen, wobei die Auswertung des logistischen Regressionsmodells umfasst: Bestimmen der Wahrscheinlichkeit des Ereignisses, das mit Prostatakrebs assoziiert ist, zumindest teilweise auf der Grundlage der Informationen, die einen oder mehrere Werte von tPSA, fPSA, hK2 (frei oder insgesamt hK2), MSMB und/oder MIC-1 anzeigen, und der Informationen über den mindestens einen klinischen Faktor; und Ausgeben eines Hinweises auf die Wahrscheinlichkeit des Ereignisses, das mit Prostatakrebs assoziiert ist. In einigen Ausführungsformen nutzen die Methoden keine Informationen oder Daten über oder das Niveau von iPSA.
  • Weitere Aspekte der Offenlegung beziehen sich auf einen Computer zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs, wobei das Ereignis ein Upgrade von einem nicht aggressiven Prostatakrebs zu einem aggressiven Prostatakrebs ist. In einigen Ausführungsformen umfasst der Computer eine Eingabeschnittstelle, die so konfiguriert ist, dass sie Informationen empfängt, die den Gehalt eines oder mehrerer Kallikrein-Proteine (Marker) anzeigen, die aus diesen ausgewählt sind: tPSA, fPSA, iPSA und hK2 (frei oder insgesamt hK2) in einer Blutprobe von einem Patienten und Informationen über mindestens einen klinischen Faktor des Patienten; mindestens einen Prozessor, der programmiert ist, um ein logistisches Regressionsmodell auszuwerten, das zumindest teilweise auf den empfangenen Informationen basiert, um eine Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs in dem Patienten assoziierten Ereignisses zu bestimmen; und eine Ausgabeschnittstelle, die konfiguriert ist, um eine Anzeige der Wahrscheinlichkeit des mit Prostatakrebs assoziierten Ereignisses auszugeben, wobei das mit Prostatakrebs verbundene Ereignis ein Upgrade von einem nicht aggressiven Prostatakrebs zu einem aggressiven Prostatakrebs ist. In einigen Ausführungsformen umfasst der Computer eine Eingabeschnittstelle, die so konfiguriert ist, dass sie Informationen empfängt, die den Gehalt eines oder mehrerer Kallikrein-Proteine (Marker) anzeigen, die aus diesen ausgewählt sind: tPSA, fPSA und hK2 (frei oder insgesamt hK2) in einer Blutprobe von einem Subjekt und Informationen über mindestens einen klinischen Faktor des Subjekts; mindestens einen Prozessor, der programmiert ist, um ein logistisches Regressionsmodell auszuwerten, das zumindest teilweise auf den empfangenen Informationen basiert, um eine Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses zu bestimmen, das mit Prostatakrebs in dem Subjekt assoziiert ist; und eine Ausgabeschnittstelle, die konfiguriert ist, um eine Anzeige der Wahrscheinlichkeit des Ereignisses auszugeben, das mit Prostatakrebs assoziiert ist, wobei das mit Prostatakrebs assoziierte Ereignis ein Upgrade von einem nicht-aggressiven Prostatakrebs zu einem aggressiven Prostatakrebs ist.
  • In manchen Ausführungsformen nutzt der Computer keine Informationen oder Daten über das Niveau von iPSA. In einigen Ausführungsformen umfasst die Bewertung des logistischen Regressionsmodells: die Bestimmung der Wahrscheinlichkeit des Ereignisses, das mit Prostatakrebs assoziiert ist, zumindest teilweise auf der Grundlage der Informationen, die einen oder mehrere Werte von tPSA, fPSA, iPSA, hK2 (frei oder insgesamt hK2), MSMB und/oder MIC-1 und der Informationen über den mindestens einen klinischen Faktor anzeigen. In einigen Ausführungsformen umfasst die Bewertung des logistischen Regressionsmodells: die Bestimmung der Wahrscheinlichkeit des Ereignisses, das mit Prostatakrebs assoziiert ist, zumindest teilweise auf der Grundlage der Informationen, die einen oder mehrere Werte von tPSA, fPSA, hK2 (frei oder insgesamt hK2), MSMB und/oder MIC-1 und die Informationen über den mindestens einen klinischen Faktor anzeigen. In einigen Ausführungsformen umfasst die Bewertung des logistischen Regressionsmodells nicht die Verwendung von Informationen, die das Niveau von iPSA anzeigen.
  • Weitere Aspekte der Offenlegung beziehen sich auf ein System zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs, wobei das Ereignis im Zusammenhang mit Prostatakrebs ein Upgrade von einem nicht aggressiven Prostatakrebs zu einem aggressiven Prostatakrebs ist. In einigen Ausführungen umfasst das System: a) einen Detektor, der so konfiguriert ist, dass er den Gehalt eines oder mehrerer Kallikrein-Proteine (Marker), ausgewählt aus: tPSA, fPSA, iPSA und hK2 (freie oder gesamte hK2) in einer Blutplasmaprobe eines Patienten, misst; und b) einen Computer in Kommunikation (z.B. elektronische Kommunikation oder drahtlose Kommunikation) mit dem Detektor. In einigen Ausführungen enthält der Computer eine Eingangsschnittstelle, die so konfiguriert ist, dass sie Informationen vom Detektor empfängt, die die gemessenen Pegel von einem oder mehreren von tPSA, fPSA, iPSA, hK2 (frei oder gesamt hK2), MSMB und/oder MIC-1 anzeigen, und Informationen über mindestens einen klinischen Faktor des Patienten empfängt; mindestens einen Prozessor, der programmiert ist, um ein logistisches Regressionsmodell auszuwerten, das zumindest teilweise auf den empfangenen Informationen basiert, um eine Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses zu bestimmen, das mit Prostatakrebs in der Person verbunden ist; und eine Ausgabeschnittstelle, die konfiguriert ist, um eine Anzeige der Wahrscheinlichkeit des Ereignisses auszugeben, das mit Prostatakrebs verbunden ist. In einigen Ausführungsformen beziehen sich Aspekte der Offenbarung auf ein System zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs, wobei das Ereignis im Zusammenhang mit Prostatakrebs ein Upgrade von einem nicht aggressiven Prostatakrebs zu einem aggressiven Prostatakrebs ist. In einigen Ausführungsformen umfasst das System: a) einen Detektor, der so konfiguriert ist, dass er Pegel eines oder mehrerer Kallikrein-Proteine (Marker) misst, ausgewählt aus: tPSA, fPSA und hK2 (freie oder gesamte hK2) in einer Blutplasmaprobe eines Patienten; und b) einen Computer in Kommunikation (z.B. elektronische Kommunikation oder drahtlose Kommunikation) mit dem Detektor.
  • In einigen Ausführungen enthält der Computer eine Eingangsschnittstelle, die so konfiguriert ist, dass sie Informationen vom Detektor empfängt, die die gemessenen Pegel von einem oder mehreren von tPSA, fPSA, hK2 (frei oder gesamt hK2), MSMB und/oder MIC-1 anzeigen, und Informationen über mindestens einen klinischen Faktor des Patienten empfängt; mindestens einen Prozessor, der programmiert ist, um ein logistisches Regressionsmodell auszuwerten, das zumindest teilweise auf den empfangenen Informationen basiert, um eine Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses zu bestimmen, das mit Prostatakrebs in der Person verbunden ist; und eine Ausgabeschnittstelle, die konfiguriert ist, um eine Anzeige der Wahrscheinlichkeit des Ereignisses auszugeben, das mit Prostatakrebs verbunden ist. In einigen Ausführungsformen nutzt das System keine Informationen oder Daten über die Ebene von iPSA.
  • In einigen Ausführungsformen beinhaltet die Bewertung des logistischen Regressionsmodells: die Bestimmung der Wahrscheinlichkeit des Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs, zumindest teilweise auf der Grundlage der Informationen, die einen oder mehrere der Werte von tPSA, fPSA, iPSA, hK2 (frei oder insgesamt hK2), MSMB und/oder MIC-1 und der Informationen über den mindestens einen klinischen Faktor anzeigen. In einigen Ausführungsformen beinhaltet die Bewertung des logistischen Regressionsmodells: die Bestimmung der Wahrscheinlichkeit des Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs, zumindest teilweise, auf der Grundlage der Informationen, die einen oder mehrere Werte von tPSA, fPSA, hK2 (frei oder insgesamt hK2), MSMB und/oder MIC-1 und die Informationen über den mindestens einen klinischen Faktor anzeigen. In einigen Ausführungsformen umfasst die Bewertung des logistischen Regressionsmodells nicht die Verwendung von Informationen, die das Niveau von iPSA anzeigen.
  • Noch weitere Aspekte der Offenbarung beziehen sich auf ein computerlesbares Speichermedium, das mit einer Vielzahl von Anweisungen codiert ist, die, wenn sie von einem Computer ausgeführt werden, ein Verfahren zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses durchführen, wobei das Ereignis ein Upgrade von einem nicht aggressiven Prostatakrebs zu einem aggressiven Prostatakrebs ist. In einigen Ausführungsformen beinhaltet die Methode die Auswertung eines logistischen Regressionsmodells, das zumindest teilweise auf Informationen basiert, die den Gehalt an einem oder mehreren Kallikrein-Proteinen (Markern) anzeigen, ausgewählt aus: tPSA, fPSA, iPSA und hK2 (frei oder insgesamt hK2) in einer Blutplasmaprobe eines Patienten und Informationen über mindestens einen klinischen Faktor des Patienten, um die Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in dem Patienten zu bestimmen, und die Ausgabe eines Hinweises auf die Wahrscheinlichkeit des mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses. In einigen Ausführungsformen beinhaltet die Bewertung des logistischen Regressionsmodells: die Bestimmung der Wahrscheinlichkeit des Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs, zumindest teilweise auf der Grundlage der Informationen, die einen oder mehrere der Werte von tPSA, fPSA, iPSA, hK2 (frei oder insgesamt hK2), MSMB und/oder MIC-1 und der Informationen über den mindestens einen klinischen Faktor anzeigen. In einigen Ausführungsformen beinhaltet die Methode die Auswertung eines logistischen Regressionsmodells, das zumindest teilweise auf Informationen basiert, die den Gehalt an einem oder mehreren Kallikrein-Proteinen (Markern) anzeigen, ausgewählt aus: tPSA, fPSA und hK2 (frei oder insgesamt hK2) in einer Blutplasmaprobe eines Patienten und Informationen über mindestens einen klinischen Faktor des Patienten, um die Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in dem Patienten zu bestimmen, und die Ausgabe eines Hinweises auf die Wahrscheinlichkeit des mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses. In einigen Ausführungsformen beinhaltet die Bewertung des logistischen Regressionsmodells: die Bestimmung der Wahrscheinlichkeit des Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs, zumindest teilweise, auf der Grundlage der Informationen, die einen oder mehrere Werte von tPSA, fPSA, hK2 (frei oder insgesamt hK2), MSMB und/oder MIC-1 und die Informationen über den mindestens einen klinischen Faktor anzeigen.
  • Immunoassays
  • Der Gehalt an spezifischen Antigenen (z.B. Kallikrein-Proteine (Marker) wie tPSA, iPSA, fPSA und/oder hK2 (total hK2 oder freie hK2) sowie zusätzliche Proteine (Marker) wie MSMB1, MIC-1, PAP, EPCA, GSTP1 und/oder AMACR) können mit jeder geeigneten Methode bestimmt werden. Bei bestimmten Ausführungsformen werden die iPSA-Werte nicht bewertet. In einigen Ausführungsformen werden Antikörper oder Antigen-bindende Fragmente bereitgestellt, die für den Einsatz in Immunoassays geeignet sind. Immunoassays, die solche Antikörper oder Antigenbindende Fragmente verwenden, können wettbewerbsfähige und nicht wettbewerbsfähige Immunoassays entweder in einem direkten oder indirekten Format sein. Nicht limitierende Beispiele für solche Immunoassays sind Enzyme Linked Immunoassays (ELISA), Radioimmunoassays (RIA), Sandwich-Assays (immunometrische Assays), Durchflusszytometrie-basierte Assays, Western-Blot-Assays, Immunpräzipitations-Assays, Immunhistochemie-Assays, Immuno-Mikroskopie-Assays, lateral flow immunochromatographische Assays und Proteomics-Arrays.
  • Sonden mit Antigenen oder Antikörpern oder Antigen-bindenden Fragmenten, die an die spezifischen Antigene von Interesse binden, können z.B. durch Bindung an feste Träger (z.B. Chip, Träger, Membran, Säulen, Proteomics-Array, etc.) immobilisiert werden. In einem Satz von Ausführungsformen hat ein Material, das zur Bildung des festen Trägers verwendet wird, eine optische Transmission von mehr als 90% zwischen 400 und 800 nm Wellenlänge des Lichts (z.B. Licht im sichtbaren Bereich). Die optische Transmission kann durch ein Material mit einer Dicke von z.B. ca. 2 mm (oder in anderen Ausführungen ca. 1 mm oder ca. 0,1 mm) gemessen werden. In einigen Fällen ist die optische Transmission größer oder gleich 80%, größer oder gleich 85%, größer oder gleich 88%, größer oder gleich 92%, größer oder gleich 94%, oder größer oder gleich 96% zwischen 400 und 800 nm Wellenlänge des Lichts. In einigen Ausführungen hat das Material, das zur Herstellung des festen Trägers verwendet wird, eine optische Transmission von weniger als oder gleich 99,9%, weniger als oder gleich 96%, weniger als oder gleich 94%, weniger als oder gleich 92%, weniger als oder gleich 90%, weniger als oder gleich 85%, weniger als oder gleich 80%, weniger als oder gleich 50%, weniger als oder gleich 30%, oder weniger als oder gleich 10% zwischen 400 und 800 nm Wellenlänge des Lichts. Auch Kombinationen der oben genannten Bereiche sind möglich. Nicht limitierende Beispiele für feste Trägermaterialien sind Glas, Kunststoffe, Elastomere, Membranen oder andere geeignete Materialien zur Durchführung von Immunoassays. Der feste Träger kann aus einem Material oder aus zwei oder mehr Materialien geformt werden.
  • Zum Beispiel können die Sonden Antikörper (oder Antikörperfragmente) sein, die eine Spezifität gegenüber Proteinen wie PSA, hK2 (total oder free hK2), MSMB oder MIC1 (auch bekannt als GDF-15) aufweisen. Es können Antikörper gegen andere Proteine verwendet werden, von denen bekannt ist, dass sie mit Krankheitszuständen in Verbindung stehen. Medizinische Bedingungen von Interesse sind unter anderem: gutartige Prostatahyperplasie, Prostatakrebs, aggressiver Prostatakrebs, hochgradiger Prostatakrebs, metastasierender Prostatakrebs und tödlicher Prostatakrebs. PSA und hK2 können in humanen klinischen Proben in verschiedenen Isoformen gefunden werden. Üblicherweise bezieht sich PSA auf das gesamte PSA, die Summe von PSA in all seinen nachweisbaren Formen durch Immunoassay: frei oder komplexiert zu α-antichymotrypsin oder alpha-2-Makroglobulin, intakt (single chain) oder eingekerbt, mit oder ohne Pre-Pro-Aminosequenz (oder eine partielle Pre-Pro-Aminosäuresequenz). Ebenso kann hK2 als frei oder komplexiert gefunden werden. Antikörper können so ausgewählt werden, dass sie an Epitope binden, die für die verschiedenen Formen von PSA oder hK2 spezifisch sind. In einem Sandwich-Assay-Format wird die Selektivität für eine bestimmte Form von PSA oder hK2 durch Kombination der Spezifität zweier Antikörper erreicht. Zum Beispiel kann intaktes PSA nachgewiesen werden, indem man die Probe einem freien PSA-Fangantikörper aussetzt und nach einer Wäsche mit einem für intaktes PSA spezifischen Antikörper reagiert. Die Antikörper können aus einer Liste bekannter Klone ausgewählt werden oder neue Antikörper mit bekannter Affinität zum interessierenden Protein sein.
  • Spezifische feste Trägermaterialien können, sind aber nicht beschränkt auf: jede Art von Glas (z.B. Quarzglas, Borosilikatglas, Pyrex® oder Duran®). In einer Ausführung ist der massive Träger ein Glaschip. Der feste Träger kann auch ein glasfreies Substrat umfassen, das mit einem Glasfilmdioxid beschichtet ist, das durch ein Verfahren wie Sputtern, Oxidation von Silizium oder durch Reaktion von Silanreagenzien hergestellt wird. Die Glasoberfläche kann weiter mit funktionalisierten Silanreagenzien modifiziert werden, z.B. mit Amin-terminierten Silanen (Aminopropyltriethoxysilan) und Epoxid-terminierten Silanen (Glycidoxypropyltrimethoxysilan).
  • Weitere spezifische feste Trägermaterialien können, sind aber nicht beschränkt auf: thermoplastische Polymere und können eines oder mehrere der folgenden umfassen: Polystyrol, Polycarbonat, Polymethylmetacrylat, cyclische Olefincopolymere, Polyethylen, Polypropylen, Polyvinylchlorid, Polyvinylidendifluorid, beliebige Fluorpolymere (z.B, Polytetrafluorethylen, auch bekannt als Teflon®), Polymilchsäure, Poly(methylmethacrylat) (auch bekannt als PMMA oder Acryl; z.B. Lucite®, Perspex® und Plexiglas®) und Acrylnitril-Butadien-Styrol.
  • Weitere spezifische feste Trägermaterialien können sein: ein oder mehrere elastomere Materialien einschließlich Polysiloxane (Silikone wie Polydimethylsiloxan) und Kautschuke (Polyisopren, Polybutadien, Chloropren, Styrol-Butadien, Nitrilkautschuk, Polyetherblockamide, Ethylen-Vinylacetat, Epichlorhydrinkautschuk, Isobuten-Isopren, Nitril, Neopren, Ethylen-Propylen und Hypalon).
  • Weitere spezifische feste Trägermaterialien können unter anderem sein: ein oder mehrere Membransubstrate wie Dextran, Amylosen, Nylon, Polyvinylidenfluorid (PVDF), Glasfaser und natürliche oder modifizierte Cellulosen (z.B. Cellulose, Nitrocellulose, CNBr-aktivierte Cellulose und mit Polyacrylamiden, Agarosen und/oder Magnetit modifizierte Cellulose). Die Art des Trägers kann entweder fixiert oder in einer Lösung (z.B. Perlen) aufgehängt werden.
  • Abschnitte des Festkörperträgers können mit einer oder mehreren Erfassungssonden modifiziert werden. Die feste Unterlage kann in beliebiger Weise mit einer oder mehreren Erfassungssonden verbunden werden. Als nicht limitierendes Beispiel kann die Fangsonde physikalisch oder anderweitig (z.B. direkt) an die Oberfläche des Substrats gebunden oder durch geeignete Kopplungschemie kovalent verbunden sein, einschließlich, aber nicht beschränkt auf: Verknüpfung durch ein Epoxid auf der Oberfläche, Erzeugung einer Amidoverbindung (d.h., durch NHS-EDC-Chemie) unter Verwendung einer an der Oberfläche vorhandenen Amin- oder Carbonsäuregruppe, Verknüpfung zwischen einer Thiol- und einer Thiol-reaktiven Gruppe (d.h. einer Maleimidgruppe), Bildung einer Schiff-Base zwischen Aldehyd und Aminen, Reaktion auf ein an der Oberfläche vorhandenes Anhydrid und/oder durch einen photo-aktivierbaren Linker.
  • Der feste Träger kann auch eine oder mehrere zusätzliche chemische Gruppen enthalten, die geeignet sind, eine kovalente Kopplung mit einer oder mehreren Sonden zu erreichen. Diese zusätzlichen chemischen Gruppen können alle in der Kunst bekannten Gruppen oder Moleküle sein. Als nicht-limitierendes Beispiel kann die zusätzliche Gruppe oder das Molekül Streptavidin (oder Derivate wie Neutravidin, Avidin und Captavidin) an die Oberfläche gebunden werden, wie oben angegeben, und dann mit einer biotinylierten Sonde reagiert werden.
  • Die Sonde kann ein Protein mit natürlich vorkommenden Aminosäuren oder künstlichen Aminosäuren, eine oder mehrere Nukleinsäuren aus natürlich vorkommenden basischen oder künstlichen Basen (einschließlich beispielsweise DNA oder RNA), Zucker, Kohlenhydrate, ein oder mehrere kleine Moleküle (einschließlich, aber nicht beschränkt auf ein oder mehrere von: einem Vitamin, Hormon, Cofaktor, Häm-Gruppe, Chelat, Fettsäure oder einem anderen bekannten kleinen Molekül und/oder einem Phagen) sein.
  • Die Sonden können auf die Oberfläche des Substrats durch Abscheidung eines Tropfens an einer vordefinierten Stelle in beliebiger Weise und unter Verwendung einer beliebigen Vorrichtung aufgebracht werden, einschließlich, jedoch nicht beschränkt auf: die Verwendung einer Pipette, eines Flüssigkeitsspenders, eines Plotters, eines Nanospotters, eines Nano-Plotters, eines Arrayers, eines Sprühmechanismus oder einer anderen geeigneten Vorrichtung zur Handhabung von Flüssigkeiten.
  • Bei einigen Ausführungen werden Material und Abmessungen (z.B. Dicke) eines Chips und/oder einer Abdeckung so gewählt, dass sie im Wesentlichen wasserdampfundurchlässig sind. Ein Chip kann beispielsweise eine Abdeckung enthalten, die aus einem Material besteht, von dem bekannt ist, dass es eine hohe Dampfsperre bietet, wie Metallfolie, bestimmte Polymere, bestimmte Keramiken und Kombinationen davon. Beispiele für Materialien mit geringer Wasserdampfdurchlässigkeit sind unten aufgeführt. In anderen Fällen wird das Material zumindest teilweise nach der Form und/oder Konfiguration des Chips ausgewählt. So können z.B. bestimmte Materialien zur Herstellung von planaren Bauelementen verwendet werden, während andere Materialien eher für die Herstellung von gebogenen oder unregelmäßig geformten Bauelementen geeignet sind.
  • Ein Material, das verwendet wird, um einen Abschnitt oder eine Komponente eines Geräts ganz oder teilweise zu bilden, kann beispielsweise eine Wasserdampfdurchlässigkeit von weniger als etwa 5,0 g· mm/m2· d, weniger als etwa 4,0 g· mm/m2· d, weniger als etwa 3 aufweisen.0 g· mm/m2· d, weniger als etwa 2,0 g· mm/m2· d, weniger als etwa 1,0 g· mm/m2· d, weniger als etwa 0,5 g· mm/m2· d, weniger als etwa 0,3 g· mm/m2· d, weniger als etwa 0,1 g· mm/m2· d, oder weniger als etwa 0,05 g· mm/m2· d. In einigen Fällen kann die Wasserdampfdurchlässigkeit beispielsweise zwischen etwa 0,01 g· mm/m2· d und etwa 2,0 g· mm/m2· d, zwischen etwa 0,01 g ·mm/m2· d und etwa 1,0 g· mm/m2· d, zwischen etwa 0,01 g· mm/m2· d und etwa 0 liegen.4 g· mm/m2· d, zwischen etwa 0,01 g· mm/m2· d und etwa 0,04 g· mm/m2· d oder zwischen etwa 0,01 g· mm/m2· d und etwa 0,1 g· mm/m2· d. Die Wasserdampfdurchlässigkeit kann z.B. bei 40 °C bei 90% relativer Feuchte (RH) gemessen werden. Kombinationen von Materialien mit einer der oben genannten Wasserdampfdurchlässigkeiten können in den Instant Assays oder Methoden verwendet werden.
  • Bei einigen Ausführungen variieren das Material und die Abmessungen eines Chips und/oder einer Abdeckung. Beispielsweise kann der Chip so konfiguriert werden, dass er eine oder mehrere Regionen (z.B. Flüssigkeitseinschlussbereiche) bereitstellt. In bestimmten Ausführungen kann der Chip so konfiguriert werden, dass er zwei oder mehr Bereiche (z.B. Flüssigkeitseinschlussbereiche) bereitstellt. In bestimmten Ausführungsformen sind zwei oder mehr der Regionen fließend von anderen Regionen getrennt. In einer Verkörperung sind alle Regionen fließend von anderen Regionen getrennt. Der Chip kann aus einer beliebigen Anzahl von Flüssigkeitseinschlussbereichen bestehen. Als nicht-limitierendes Beispiel kann der Chip aus einem, zwei, drei, vier, fünf, sechs, sieben, acht, neun oder zehn Flüssigkeitseinschlussbereichen bestehen, die jeweils fluidisch voneinander getrennt sein können. Bei anderen Ausführungen kann der Chip aus einem, zwei, drei, vier, fünf, sechs, sieben, acht, neun oder zehn Flüssigkeitseinschlussbereichen bestehen, die fluidisch miteinander verbunden sind.
  • In einigen Fällen kann ein Chip aus einer Kombination von zwei oder mehr Materialien bestehen, wie den oben genannten. So können z.B. Teile des Chips aus Polystyrol oder anderen Polymeren (z.B. durch Spritzgießen) hergestellt werden. In einer Ausführung kann ein biokompatibles Band verwendet werden, um einen oder mehrere Flüssigkeitseinschlussbereiche des Chips zu trennen und/oder abzudichten. Das biokompatible Band oder flexible Material kann ein Material enthalten, von dem bekannt ist, dass es die Dampfsperreigenschaften verbessert (z. B. Metallfolie, Polymere oder andere Materialien, von denen bekannt ist, dass sie hohe Dampfsperren aufweisen), und kann optional den Zugang zu den Einlässen und Auslässen durch Durchstechen oder Ablösen des Bandes ermöglichen. Eine Vielzahl von Methoden kann verwendet werden, um mehrere Schichten des Chips zu verbinden, einschließlich, aber nicht beschränkt auf, die Verwendung von Klebstoffen, Klebebändern, Kleben, Kleben, Laminieren von Materialien, oder durch mechanische Methoden (z. B. Klemmen, Schnappmechanismen, etc.).
  • Ein hier beschriebener Chip kann ein beliebiges geeignetes Volumen für die Durchführung einer Analyse wie z.B. einer chemischen und/oder biologischen Reaktion oder eines anderen Prozesses haben. Das gesamte Volumen eines Chips umfasst z.B. beliebige Reagenzienlagerbereiche, Analysebereiche, Flüssigkeitseinschlussbereiche, Abfallbereiche sowie einen oder mehrere Identifikatoren (siehe unten). In einigen Ausführungsformen werden kleine Mengen an Reagenzien und Proben verwendet, und das gesamte Volumen eines Flüssigkeitseinschlusses ist beispielsweise kleiner oder gleich 10 mL, kleiner oder gleich 5 mL, kleiner oder gleich 1 mL, kleiner oder gleich 500 µL, kleiner oder gleich 250 µL, kleiner oder gleich 100 µL, kleiner oder gleich 50 µL, kleiner oder gleich 25 µL, kleiner oder gleich 10 µL, kleiner oder gleich 5 µL oder kleiner oder gleich 1 µL. In einigen Ausführungen werden kleine Mengen von Reagenzien und Proben verwendet und das gesamte Volumen eines Flüssigkeitseinschlussbereichs beträgt beispielsweise mindestens 10 mL, mindestens 5 mL, mindestens 1 mL, mindestens 500 µL, mindestens 250 µL, mindestens 100 µL, mindestens 50 µL, mindestens 25 µL, mindestens 10 µL, mindestens 5 µL oder mindestens 1 µL. Kombinationen der oben genannten Werte sind ebenfalls möglich.
  • Die Länge und/oder Breite des Chips kann beispielsweise kleiner oder gleich 300 mm, kleiner oder gleich 200 mm, kleiner oder gleich 150 mm, kleiner oder gleich 100 mm, kleiner oder gleich 95 mm, kleiner oder gleich 90 mm, kleiner oder gleich 85 mm, kleiner oder gleich 80 mm, kleiner oder gleich 75 mm sein, kleiner oder gleich 70 mm, kleiner oder gleich 65 mm, kleiner oder gleich 60 mm, kleiner oder gleich 55 mm, kleiner oder gleich 50 mm, kleiner oder gleich 45 mm, kleiner oder gleich 40 mm, kleiner oder gleich 35 mm, kleiner oder gleich 30 mm, kleiner oder gleich 25 mm, kleiner oder gleich 20 mm. Bei einigen Ausführungen kann die Länge und/oder Breite des Chips beispielsweise mindestens 300 mm, mindestens 200 mm, mindestens 150 mm, mindestens 100 mm, mindestens 95 mm, mindestens 90 mm, mindestens 85 mm, mindestens 80 mm, mindestens 75 mm, mindestens 70 mm, mindestens 65 mm, mindestens 60 mm, mindestens 55 mm, mindestens 50 mm, mindestens 45 mm, mindestens 40 mm, mindestens 35 mm, mindestens 30 mm, mindestens 25 mm oder mindestens 20 mm betragen. Kombinationen der oben genannten Werte sind ebenfalls möglich. Bei einigen Ausführungen kann die Dicke des Chips beispielsweise kleiner oder gleich 5 mm, kleiner oder gleich 3 mm, kleiner oder gleich 2 mm, kleiner oder gleich 1 mm, kleiner oder gleich 0 sein.9 mm, kleiner oder gleich 0,8 mm, kleiner oder gleich 0,7 mm, kleiner oder gleich 0,5 mm, kleiner oder gleich 0,4 mm, kleiner oder gleich 0,3 mm, kleiner oder gleich 0,2 mm oder kleiner oder gleich 0,1 mm. Bei einigen Ausführungen kann die Dicke des Chips beispielsweise mindestens 5 mm, mindestens 3 mm, mindestens 2 mm, mindestens 1 mm, mindestens 0,9 mm, mindestens 0,8 mm, mindestens 0,7 mm, mindestens 0,5 mm, mindestens 0,4 mm, mindestens 0,3 mm, mindestens 0,2 mm oder mindestens 0,1 mm betragen. Kombinationen der oben genannten Werte sind ebenfalls möglich. Ein oder mehrere Chips können gleichzeitig von jedem geeigneten Gerät analysiert werden. Ein Adapter kann mit einem oder mehreren Chips verwendet werden, um diese in den Analysator einzusetzen und sicher zu halten. Es ist zu verstehen, dass die hier beschriebenen Chips und ihre jeweiligen Komponenten beispielhaft sind und dass andere Konfigurationen und/oder Typen von Chips und Komponenten mit den hier beschriebenen Systemen und Methoden verwendet werden können.
  • Die Bindung eines Substrats (z.B. zum Nachweis der Bindung eines interessierenden Proteins einschließlich, aber nicht beschränkt auf antigengebundene Antikörperkomplexe) kann durch Abfrage eines an den Tracer-Antikörper gebundenen aktiven Moleküls quantifiziert werden. In einem Multiplex-Format, bei dem mehr als ein Assay auf einer kontinuierlichen Fläche durchgeführt wird, müssen die mit jedem Assay verbundenen Signale von den anderen Assays unterscheidbar sein. Jede geeignete Strategie, die in der Kunst bekannt ist, kann verwendet werden, einschließlich, aber nicht beschränkt auf: (1) unter Verwendung eines Etiketts mit im Wesentlichen nicht überlappenden spektralen und/oder elektrochemischen Eigenschaften: (2) unter Verwendung einer Signalverstärkungschemie, die in unmittelbarer Nähe des Tracers selbst angebracht oder abgelagert bleibt.
  • In einigen Verkörperungen können markierte Antikörper oder antigenbindende Fragmente als Tracer zum Nachweis antigengebundener Antikörperkomplexe verwendet werden. Beispiele für die Arten von Markierungen, die zur Erzeugung von Tracern verwendet werden können, sind Enzyme, Radioisotope, kolloidale Metalle, fluoreszierende Verbindungen, magnetische, chemilumineszierende Verbindungen, elektrochemilumineszierende Gruppen, Metallnanopartikel und biolumineszierende Verbindungen. Durch Kopplung eines radioaktiven Isotops wie 153Eu, 3H, 32P,35S, 59Fe oder 125I werden radioaktiv markierte Antikörper auf bekannte Weise hergestellt, die dann mittels Gamma-Zähler, Szintillationszähler oder Autoradiographie nachgewiesen werden können. Wie hier beschrieben, können Antikörper und antigenbindende Fragmente alternativ mit Enzymen wie Hefealkoholdehydrogenase, Meerrettichperoxidase, alkalische Phosphatase und dergleichen markiert, dann spektrophotometrisch oder visuell entwickelt und nachgewiesen werden. Die Markierung kann verwendet werden, um ein Chromogen zu einem nachweisbaren Chromophor zu reagieren (insbesondere wenn das Chromogen ein präzipitierender Farbstoff ist).
  • Geeignete Fluoreszenzmarkierungen können, sind aber nicht darauf beschränkt: Fluorescein, Fluorescein Isothiocyanat, Fluorescamin, Rhodamin, Alexa Fluor® Farbstoffe (wie Alexa Fluor® 350, Alexa Fluor® 405, Alexa Fluor® 430, Alexa Fluor® 488, Alexa Fluor® 514, Alexa Fluor® 532, Alexa Fluor® 546, Alexa Fluor® 555), Alexa Fluor® 568, Alexa Fluor® 594, Alexa Fluor® 610, Alexa Fluor® 633, Alexa Fluor® 635, Alexa Fluor® 647, Alexa Fluor® 660, Alexa Fluor® 680, Alexa Fluor® 700, Alexa Fluor® 750 oder Alexa Fluor® 790), Cyaninfarbstoffe einschließlich, aber nicht beschränkt auf: Cy2, Cy3, Cy3.5, Cy5, Cy5.5, Cy7 und Cy7.5 und dergleichen. Die Markierungen können auch zeitaufgelöste fluoreszierende (TRF) Atome sein (z.B. Eu oder Sr mit geeigneten Liganden zur Erhöhung der TRF-Ausbeute). Mehr als ein Fluorophor, das in der Lage ist, einen Fluoreszenz-Resonanz-Energietransfer (FRET) zu erzeugen, kann ebenfalls verwendet werden. Geeignete chemilumineszierende Etiketten können unter anderem sein: Acridiniumester, Luminol, Imidazol, Oxalatester, Luciferin und andere ähnliche Etiketten.
  • Geeignete Elektrochemilumineszenzgruppen für den Einsatz können als nicht einschränkendes Beispiel dienen: Ruthenium und ähnliche Gruppen. Ein Metall-Nanopartikel kann auch als Etikett verwendet werden. Das Metall-Nanopartikel kann verwendet werden, um eine Metallverstärkungsreaktion zu katalysieren (z.B. Goldkolloid zur Silberveredelung). Jede der hier beschriebenen oder im Feld bekannten Kennzeichnungen kann mit dem Tracer auf kovalente oder nicht-kovalente Weise verknüpft werden. Das Etikett kann auf oder in einem Objekt wie einer Perle (z.B. einer glatten Perle, einer Hohlperle oder einer Perle mit ferromagnetischem Kern) angebracht werden, und die Perle wird dann auf den Tracer-Antikörper aufgebracht. Das Etikett kann auch ein Nanopartikel sein, einschließlich, aber nicht beschränkt auf, ein hochkonvertierendes phosphoreszierendes System, Nanodot, Quantenpunkt, Nanodraht und/oder Nanodraht. Die an den Antikörper gebundene Markierung kann auch eine Nukleinsäure sein, die dann vor der Quantifizierung mit einem oder mehreren optischen, elektrischen oder elektrochemischen Mitteln amplifiziert werden kann (z.B. mittels PCR).
  • Ein Antigen ist ein Molekül oder ein Teil eines Moleküls, gegen das Antikörper gebildet werden können. Antigene sind in der Regel Peptide, Polysaccharide oder Lipide und können aus dem Inneren des Körpers (ein „Selbst-Antigen“) oder aus der äußeren Umgebung (ein „Nicht-Selbst-Antigen“) stammen.
  • Ein Epitop (auch als antigene Determinante bekannt) ist der Teil des Antigens, der von einem Antikörper erkannt (oder gebunden) wird. Zum Beispiel ist das Epitop das spezifische Stück des Antigens, an das ein Antikörper bindet. Der Teil eines Antikörpers, der an das Epitop bindet, wird als Paratop bezeichnet. Ein Epitop kann ein Konformationsepitop (bestehend aus diskontinuierlichen Aminosäuren oder Teilen des Antigens) oder ein lineares Epitop (bestehend aus kontinuierlichen Aminosäuren) sein. Bestimmte Proteine teilen sich Segmente mit hoher Sequenzhomologie und/oder struktureller Ähnlichkeit. Diese ähnlichen Proteine können gemeinsame Epitope haben (d.h. die Epitope auf verschiedenen Antikörpern können durch denselben Antikörper gebunden sein). Außerdem kann ein Protein, das unterschiedlich verarbeitet wurde (d.h. ein Protein, das einen weiteren enzymatischen Prozess durchlaufen hat), einige, aber nicht alle Epitope mit seiner Vorverarbeitungsform teilen. Beispiele für verschiedene Epitope, die während der Verarbeitung hinzugefügt oder entfernt werden können, sind ein N-terminales Signalpeptid (wie z.B. bei Präpropeptiden) oder die Veränderungen, die man sieht, wenn ein inaktives Protein (z.B. ein Propeptid) durch posttranslationale Modifikation in eine aktive Form gebracht wird. Als spezifisches Beispiel kann menschliches Blut eine Vielzahl von Formen von PSA enthalten, wie verschiedene Formen von freiem PSA (nicked, intakt und proPSA) und komplexiertem PSA (PSA komplexiert mit Protein-C-Inhibitor (PCI, codiert von SERPINA2), einem Protease-Inhibitor). Da die verschiedenen Formen von PSA gemeinsame (oder überlappende) Epitope haben, kann die Analyse der Ebenen dieser Formen Schwierigkeiten bereiten.
  • Kallikreine sind eine Untergruppe von Enzymen, die Peptidbindungen in Proteinen, den Serinproteasen, spalten können. Menschen haben Plasma-Kallikrein (KLKB1; befindet sich am Chromosom 4q34-35) sowie eine Gruppe von fünfzehn eng verwandten Serinproteasen, die als Gewebe-Kallikrein-verwandte Peptidasen (KLKs) bekannt sind. Die KLKs befinden sich am Chromosom 19q13 und bilden den größten zusammenhängenden Cluster von Proteasen im menschlichen Genom. KLK2, KLK3, KLK4, KLK5 und KLK14 werden in der Prostata exprimiert. KLK3 (auch bekannt als Prostata-spezifisches Antigen; PSA; HK3, humanes Kallikrein-Gen 3; und Gamma-Seminoprotein) und KLK2 (auch bekannt als hK2; humanes Kallikrein 2; humanes Drüsenkallikrein; und hGK-1) werden als Tumorproteine (Marker) für Prostatakrebs verwendet. PSA und hK2 haben eine hohe Homologie mit sechs Regionen, in denen 15 aufeinanderfolgende Aminosäuren identisch sind und ihre Strukturen ähnlich sind. Sehen Sie: Hentty et al. Ann Med 1994; 26:165-71 und Henttu und Vihko Biochem. Biophys. Res. Kommun. 1989; 160, 903-910, von denen jede durch Verweis in ihrer Gesamtheit hierin enthalten ist. Daher sind bestimmte Epitope auf PSA und hK2 gängige Epitope.
  • Ein Immunoassay kann das Kontaktieren einer Probe, z.B. einer Plasmaprobe, die ein Antigen enthält, mit einem Antikörper oder einem Antigen-bindenden Fragment (z.B. F(ab), F(ab)2) unter Bedingungen umfassen, die die Bildung von Bindungskomplexen zwischen Antikörper oder Antigen-bindendem Fragment und Antigen ermöglichen. Bei einigen Ausführungsformen wird eine Plasmaprobe mit einem Antikörper oder Antigen-bindenden Fragment unter Bedingungen in Kontakt gebracht, die für die Bindung des Antikörpers oder Antigen-bindenden Fragments an ein Zielantigen geeignet sind, wenn das Antigen in der Probe vorhanden ist. Dies kann in einer geeigneten Reaktionskammer, wie z.B. Tube, Plattenschacht, Membranbad, Zellkulturschale, Objektträger und anderer Kammer erfolgen. Bei einigen Ausführungsformen wird ein Antikörper oder Antigenbindendes Fragment auf einem festen Träger immobilisiert. Ein Antikörper oder Antigen-bindende Fragmente, die an ein Antigen in einer Probe binden, können als Fänger-Antikörper bezeichnet werden. In einigen Ausführungsformen besteht der Fängerantikörper aus einem Tag (z.B. einer Biotinmarkierung), der seine Immobilisierung auf einem festen Träger durch eine Interaktion mit dem Tag erleichtert (z.B. eine Biotin-Streptavidin-Wechselwirkung, bei der das Streptavidin auf einem festen Träger immobilisiert wird). Bei einigen Ausführungen ist der feste Träger die Oberfläche einer Reaktionskammer. Bei einigen Ausführungen besteht der feste Träger aus einer Polymermembran (z.B. Nitrozellulosestreifen, Polyvinyliden-Difluorid (PVDF)-Membran usw.). Bei anderen Ausführungen ist der feste Träger eine biologische Struktur (z.B. bakterielle Zelloberfläche). Andere beispielhafte solide Unterstützungen sind hier offenbart und werden für eine der gewöhnlichen Fähigkeiten in der Kunst sichtbar sein.
  • Bei einigen Ausführungsformen wird der Antikörper oder das antigenbindende Fragment vor dem Kontakt mit dem Antigen auf dem festen Träger immobilisiert. Bei anderen Ausführungsformen erfolgt die Immobilisierung des Antikörpers und des antigenbindenden Fragments nach Bildung von Bindungskomplexen. In weiteren Ausführungsformen wird das Antigen vor der Bildung von Bindungskomplexen auf einem festen Träger immobilisiert. Bei einigen Ausführungsformen kann ein Tracer in die Reaktionskammer gegeben werden, um immobilisierte Bindungskomplexe nachzuweisen. In einigen Ausführungsformen besteht der Tracer aus einem nachweisbar markierten Sekundärantikörper, der gegen das Antigen gerichtet ist. Bei einigen Ausführungsformen besteht der Tracer aus einem nachweisbar markierten Sekundärantikörper, der gegen den Fängerantikörper gerichtet ist. In einigen Ausführungsformen ist der primäre Antikörper oder das Antigen-bindende Fragment selbst nachweisbar markiert.
  • In einer Ausführungsform umfassen die hier dargestellten Immunoassay-Methoden das Immobilisieren von Antikörpern oder Antigen-bindenden Fragmenten auf einem festen Träger (z.B. einem Chip); das Aufbringen einer Probe (z.B. einer Plasmaprobe) auf den festen Träger unter Bedingungen, die eine Bindung des Antigens an die Antikörper oder das Antigen-bindende Fragment, falls in der Probe vorhanden, erlauben; das Entfernen der überschüssigen Probe von dem festen Träger; das Aufbringen eines Tracers (z.B, nachweisbar markierte Antikörper oder Antigen-bindende Fragmente) unter Bedingungen, die eine Bindung des Tracers an die antigengebundenen immobilisierten Antikörper oder Antigen-bindenden Fragmente erlauben; Waschen des festen Trägers und Testen auf den Anwesenheitstracer.
  • Bei einigen Ausführungsformen wird der Antikörper oder das antigenbindende Fragment nach Kontakt mit dem Antigen in einer Reaktionskammer auf dem festen Träger immobilisiert. Bei einigen Ausführungsformen wird der Antikörper oder das antigenbindende Fragment vor dem Kontakt mit dem Antigen in einer Reaktionskammer auf dem festen Träger immobilisiert. In beiden Fällen kann ein Tracer in die Reaktionskammer gegeben werden, um immobilisierte Bindungskomplexe nachzuweisen. In einigen Ausführungsformen besteht ein Tracer aus einem nachweisbar markierten sekundären Antikörper, der gegen das Antigen gerichtet ist. In einigen Ausführungsformen umfasst der Tracer einen nachweisbar markierten sekundären Antikörper, der gegen den primären Antikörper oder das Antigen-bindende Fragment gerichtet ist. Die nachweisbare Markierung kann beispielsweise ein Radioisotop, ein Fluorophor, ein lumineszierendes Molekül, ein Enzym, eine Biotin-Einheit, ein Epitop-Tag oder ein Farbstoffmolekül sein. Geeignete erkennbare Etiketten sind hier beschrieben oder können aus dem Feld ermittelt werden.
  • In einigen Ausführungsformen wurde festgestellt, dass die Durchführung bestimmter Immunoassays in einem Puffer mit niedrigem pH-Wert zu einem empfindlicheren Antigennachweis führt. Dementsprechend wird in einigen Ausführungsformen ein Tracer-Antikörper mit einem Fänger-Antikörper in einem Puffer mit einem pH-Wert im Bereich von 6,5 bis weniger als 7,75 in Kontakt gebracht, so dass der Tracer an den Fänger-Antikörper-Antigen-Komplex bindet.
  • In einigen Ausführungen liegt der Puffer-pH-Wert bei 6,5, 6,6, 6,7, 6,8, 6,9, 7,0, 7,1, 7,2, 7,3, 7,4, 7,5 oder 7,6. Bei anderen Ausführungen liegt der pH-Wert unter 6,5. Zum Beispiel kann der pH-Wert etwa 5,5, 5,6, 5,7, 5,8, 5,9, 6,0, 6,1, 6,2, 6,3 oder 6,4 betragen. In bestimmten Ausführungen kann der pH-Wert unter etwa 5,5 liegen. Bei bestimmten Ausführungsformen kann der pH-Wert des verwendeten Puffers in den verschiedenen Flüssigkeitseinschlussbereichen und zu unterschiedlichen Zeitpunkten während des Assays variieren.
  • Es ist zu beachten, dass in jedem der hier veröffentlichten Assays Fänger-Antikörper mit Tracer-Antikörpern getauscht werden können.
  • In einigen Ausführungsformen beinhaltet ein Immunoassay, der den Gehalt an fPSA misst, das Kontaktieren von fPSA, das in der Plasmablutprobe vorhanden ist, mit einem für fPSA spezifischen Fangantikörper unter Bedingungen, bei denen der erste Fangantikörper an fPSA bindet, wodurch ein Fangantikörper-fPSA-Komplex erzeugt wird; und den Nachweis des Fangantikörper-fPSA-Komplexes unter Verwendung eines Tracers. In bestimmten Ausführungsformen kann der Fängerantikörper ein H117-Antikörper oder ein Fragment davon sein (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment). In anderen Ausführungen kann der Fängerantikörper ein 5A10-, 2C1-, 7G1- oder 6H10-Antikörper oder ein Fragment davon sein (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment). In einigen Ausführungsformen umfasst der Tracer einen 5A10- oder 2C1-Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment). In anderen Ausführungsformen kann der Tracer oder Capture-Antikörper ein H117, 2C1, 7G1, 6H10, 5A10, 10-P21A, GWB-258FAA, ab188389, 5G52C10, 1F5H4, 4E9C2, 1D3E6, 1B4A5, M217, M167, M357 oder P9054-63 Antikörper oder Fragment davon sein (z. B, ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment).
  • Bei einigen Ausführungsformen beinhaltet ein Immunoassay, der den Gehalt an iPSA misst, das Kontaktieren von iPSA in der Plasmablutprobe mit einem für freies PSA spezifischen Fangantikörper, der iPSA und nicked PSA enthält, unter Bedingungen, bei denen der zweite Fangantikörper mindestens an iPSA bindet, wodurch ein Fangantikörper-iPSA-Komplex erzeugt und der Fangantikörper-iPSA-Komplex mit einem zweiten Tracer nachgewiesen wird. In einigen Ausführungsformen besteht der Tracer aus einem 4D4-Antikörper. Bei einigen Ausführungsformen ist der Fängerantikörper ein 5A10-Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment). In anderen Ausführungen kann der Fängerantikörper 7G1, 2H11, 6H10 oder 5E4 Antikörper oder ein Fragment davon sein (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment). Bei bestimmten Ausführungsformen kann der Tracer oder Fänger-Antikörper ein 4D4, 5A10, 7G1, 2H11, 6H10, 5E4, Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment) oder der Antikörper aus einem Human Prostate Specific Antigen (PSA) ELISA Kit von Innovative Research sein. In einer Ausführungsform ist der Fängerantikörper ein 5A10-Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment) und der Tracerantikörper ein 4D4-Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment). In einer anderen Ausführungsform ist der Fängerantikörper ein 4D4-Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment) und der Tracerantikörper ein 5A10-Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment). Bei bestimmten Ausführungsformen wird iPSA nicht im Immunoassay gemessen.
  • In einigen Ausführungsformen beinhaltet ein Immunoassay, der den Gehalt an tPSA misst, das Kontaktieren von tPSA, das in der Plasmablutprobe vorhanden ist, mit einem für tPSA spezifischen Fangantikörper unter Bedingungen, bei denen der dritte Fangantikörper an tPSA bindet, wodurch ein Fangantikörper-tPSA-Komplex erzeugt wird; und den Nachweis des Fangantikörper-tPSA-Komplexes unter Verwendung eines dritten Tracers. In einigen Ausführungsformen umfasst der Tracer einen H50-Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment). In einigen Ausführungsformen umfasst der Tracer einen 2E9, 5E4, H117, 6H10 oder 2C1 Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment). In einigen Ausführungsformen ist der Fängerantikörper ein H117-Antikörper. In anderen Ausführungen ist der Fängerantikörper ein 2C1, 7G1, 2H11, 5E4 oder 6H10 Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment). In anderen Ausführungen kann der Fänger- oder Tracer-Antikörper ein H50, 2E9, 5E4, H117, 6H10, 2C1, 7G1, 2H11, 5A11E9, 251698, 5A11, ab403, ab2218, ab188388, 181823, SPM352, Catalog#10771-H08H, GWB-36F98B oder 214 Antikörper oder Fragment davon sein (z. B, ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment).
  • In einigen Ausführungsformen beinhaltet ein Immunoassay, der den Gehalt an hK2 misst, das Kontaktieren von PSA in der Plasmablutprobe mit blockierenden Antikörpern, die für PSA spezifisch sind; das Kontaktieren von hK2 in der Plasmablutprobe mit einem vierten Fangantikörper, der für hK2 spezifisch ist, unter Bedingungen, bei denen der vierte Fangantikörper an hK2 bindet, wodurch ein Fangantikörper-hK2-Komplex erzeugt wird; und das Nachweisen des Fangantikörper-hK2-Komplexes mit einem vierten Tracer. In einigen Ausführungsformen beinhaltet ein Immunoassay, der den Gehalt an hK2 misst, das Kontaktieren von PSA in der Plasmablutprobe ohne Verwendung von blockierenden Antikörpern; das Kontaktieren von hK2 in der Plasmablutprobe mit einem für hK2 spezifischen vierten Fangantikörper unter Bedingungen, bei denen der vierte Fangantikörper an hK2 bindet, wodurch ein Fangantikörper-hK2-Komplex erzeugt wird; und das Nachweisen des Fangantikörper-hK2-Komplexes mit einem vierten Tracer. In einigen Ausführungsformen umfasst der Tracer einen 7G1-Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment). In anderen Ausführungen kann der Tracer-Antikörper 2C1, 5A10, 11B6, 7D7 oder 2H11 sein. Bei einigen Ausführungsformen ist der Fängerantikörper ein 6H10-Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment). In bestimmten Ausführungen ist der Fängerantikörper ein 6H10 F(ab)2. In anderen Ausführungen kann der Fängerantikörper 2E9, 5E4, H117, 7D7, 11B6 oder 6H10 sein. In einigen Ausführungsformen wird ein blockierender Antikörper verwendet. In bestimmten Ausführungsformen besteht der blockierende Antikörper aus einem 5H7-Antikörper, einem 5H6-Antikörper und/oder einem 2E9-Antikörper oder einem Fragment davon. In anderen Ausführungen werden keine blockierenden Antikörper verwendet. In anderen Ausführungen kann der Fänger- oder Tracer-Antikörper ein 7G1, 2C1, 5A10, 11B6, 7D7, 2H11, 2E9, 5E4, H117, 6H10, orb69302, 2867, 3D3, H.738 sein..7, 10R-4360, sc-130358 (1A7), HK2-Antikörper von MyBiosource, Inc. oder OTI4C5-Antikörper oder Fragment davon (z.B. ein F(ab) oder F(ab)2-Fragment). In einer Ausführungsform ist der Fängerantikörper ein 6H10-Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment) und der Tracerantikörper ein 7G1-Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment). In einer anderen Ausführungsform ist der Fängerantikörper ein 7G1-Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment) und der Tracerantikörper ein 6H10-Antikörper oder ein Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment).
  • Bei einigen Ausführungsformen beinhaltet ein Immunoassay, der den Gehalt an MSMB misst, den Kontakt von MSMB in der Plasmablutprobe mit einem für MSMB spezifischen Fangantikörper unter Bedingungen, bei denen der dritte Fangantikörper an MSMB bindet, wodurch ein Fangantikörper-MSMB-Komplex entsteht; und den Nachweis des Fangantikörper-MSMB-Komplexes unter Verwendung eines dritten Tracers. In einigen Ausführungsformen kann der Fänger- oder Tracer-Antikörper ein 6C7, ab128897, ab19070, ab180479 (2E7), OTI6C7, GTX84083, LS-C336888, YPSP-3, M08 oder monoklonaler Anti-MSMB sein, der in der Maus von Sigma-Aldrich, Inc. oder einem Fragment davon (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment) hergestellt wird.
  • In einigen Ausführungsformen beinhaltet ein Immunoassay, der den Gehalt an MIC-1 misst, das Kontaktieren von MIC-1, das in der Plasmablutprobe vorhanden ist, mit einem für MIC-1 spezifischen Fangantikörper unter Bedingungen, bei denen der dritte Fangantikörper an MIC-1 bindet, wodurch ein Fangantikörper-MIC-1-Komplex erzeugt wird; und den Nachweis des Fangantikörper-MIC-1-Komplexes unter Verwendung eines dritten Tracers. In einigen Ausführungsformen kann der Fänger- oder Tracer-Antikörper ein sc-390305, 4E4, OTI4E4, MIC1-1C3, D2A3 oder LS-C173852-Antikörper oder ein Fragment davon sein (z.B. ein F(ab)-Fragment oder ein F(ab)2-Fragment).
  • In Tabelle 1 sind Antikörper und antigenbindende Fragmente aufgeführt, die in den hier veröffentlichten Methoden verwendet werden können, sowie die entsprechenden Antigene oder Epitope. Weitere Antikörper zur Messung von intaktem PSA können z.B. in Pauliina Nurmikko et al., Clinical Chemistry Oct 2000, 46 (10) 1610-1618, oder in einer der in Tabelle 1 genannten Referenzen und Quellen gefunden werden, deren gesamter Inhalt für alle Zwecke hierin enthalten ist.
  • Hinweis: Definieren Sie den hK2-Antikörper basierend auf dem Biacore-Assay: basierend auf dem Grad der Spezifität für tPSA vs. hK2 und entwickeln Sie einen Anspruch auf ein Verfahren zur Herstellung von Antikörpern mit diesem Grad an Spezifität. Tabelle 1: Antikörper und entsprechende Epitope oder Antigene
    Antikörper Name Epitop/Antigen Referenz oder Quelle
    2E9 Aminosäuren 79-93 und/oder 80-91 des PSA-Proteins Lilja et al. 1991. Prostate-Specific Antigen in Serum Occurs
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    5H6 Aminosäuren 225-237 des PSA-Proteins Nurmikko et al. 2000. Supra
    7G1 Erkennt PSA, PSA-ACT, hK2 und hK2-ACT mit gleichen Affinitäten Nurmikko et al. 2000. Supra
    Fab 5A10 Aminosäuren 75-89, 80-94 und/oder 82-39 des PSA-Proteins Eriksson et al. 2000. Dual-label time-resolved immunofluorometric assay of free and total Prostatespecific
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    2C1 Freies PSA und PSA-ACT (Aminosäuren 50-64 und 55-69 des PSA Proteins), hK2 Pettersson K, Piironen T, Seppälä M, Liukkonen L, Christensson A, Matikainen MT, Suonpää M, et al.
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    4H5 Freies PSA und PSA-ACT, hK2 Pettersson et al., 1996; Piironen et al., 1998
    5F11 Freies PSA und PSA-ACT, hK2 Piironen et al., 1998
    F5 Freies PSA und PSA-ACT, hK2 Piironen et al., 1998
    2H11 Freies PSA und PSA-ACT Pettersson et al., 1995;
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    Anti-Prostataspezifischer Antigen-Antikörper[8301] PSA-Protein (Messung von gesamtem PSA) Abcam, PLC.
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    PSA Gesamt-Antikörper (GWB-36F98B) PSA-Protein (Messung von gesamt PSA) GenWay Biotech, Inc.
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    (Kat.-Nr. MP017)
    PSA, frei, monoklonaler Antikörper, 1F5H4 PSA-Protein (Messung von freiem PSA) Full Moon Biosystems
    Menschlicher freier PSA-Antikörper, mAB, Maus PSA-Protein (Messung von freiem PSA) GenScript
    (4E9C2, 1D3E6 und 1B4A5)
    Menschenfreies PSA (M217, M167, M357) PSA-Protein (Messung von freiem PSA) CalBioreagents
    P9054-63 Maus Anti-Prostata spezifisches PSA-Protein (Messung von freiem PSA) United States Biological
    Antigen, frei (Free PSA)
    Menschliches Prostataspezifisches Antigen PSA-Protein (Messung von intaktem PSA) Innovative Research
    (PSA) ELISA Kit
    F(ab)2 6H10 20-fach höhere Affinität für hK2 im Vergleich zur Affinität für PSA; nicht nachweisbares Binden für PSA, wenn die Blocker 2E9, 5H6 und 5F7 während des Fang-Schrittes hinzugefügt werden Becker et al. 2000. Sensitive and Specific Immunodetection of Human Glandular Kallikrein 2 in Serum. Clin Chem. 46(2), 198-206; Väisänen et al., Development of sensitive immunoassays for free and total human glandular kallikrein 2. Clin Chem. 2004 Sep;50(9): 1607-17.
    7D7 selektiv für freies hK2, mit Erkennung gegenüber hK2-PCI (Protein-C-Inhibitor), hK2-PAI-1 (Plasminogen-Aktivator- Inhibitor-1) und hK2-AT (Antitrypsin) bei 7%, 4%, 5%, und 24% des freien hK2; Affinitätskonstante für hK2 7,4 × 10^8 L/mol Väisänen et al., 2004; US20160369009
    11B6 selektiv für freies hK2, mit Erkennung gegenüber Väisänen et al., 2004; US9345782
    hK2-PCI, hK2-PAI-1 und hK2-AT bei 2%, 31%, 26% und 35% von freiem hK2; Affinitätskonstante für hK2 bei 7,9 × 10^8 L/mol
    11B6 (Rekombinant) TAB-0622CL siehe 11B6 oben Creative Biolabs
    11B6 scFv TAB-0622CL-S(P) siehe 11B6 oben Creative Biolabs
    11B6 Fab TAB-0622CL-F(E) siehe 11B6 oben Creative Biolabs
    EPR6676 (ab124899) hK2 Abcam
    ungefähre KD 8,78 × 10^-
    11
    6B7 (ab40749) hK2 Abcam
    kein nachweisbares Binden an PSA WO2003029427A2
    Fisher TL, et al. Prostate; 2002;51: 153-65.
    3C5; Katalog # H00003817-M03 hK2 Abnova
    5D6; Katalog # LS-C336461 hK2 LSBio
    LS-C308674 hK2 LSBio
    Clone 426723 hK2 R&D Systems
    3E6 hK2 W02003029427A2;
    kein nachweisbares Binden an PSA University Of Rochester Fisher TL, et al. Prostate;
    2002;51: 153-65.
    1F8 hK2 W02003029427A2;
    kein nachweisbares Binden an PSA University Of Rochester Fisher TL, et al. Prostate;
    2002;51: 153-65.
    3C7 hK2 W02003029427A2 ;
    University Of Rochester Fisher TL, et al. Generation of
    monoclonal antibodies specific for
    human kallikrein 2 (hK2) using
    hK2-expressing tumors. Prostate;
    2002;51: 153-65.
    11C4 hK2 W02003029427A2;
    University Of Rochester Fisher TL, et al. Prostate;
    2002;51: 153-65.
    9B4 hK2 W02003029427A2;
    University Of Rochester Fisher TL, et al. Prostate;
    2002;51: 153-65.
    2D3 hK2 und PSA; W02003029427A2;
    höhere Affinität für hK2 bindet aber ebenfalls PSA University Of Rochester Fisher TL, et al. Prostate;
    2002;51: 153-65.
    OTI5D6 (bisher 5D6) hK2 Acris
    TA802077
    Kallikrein 2 Antikörper hK2 Invitrogen
    (PA5-27208)
    Kallikrein 2 Antikörper hK2 Invitrogen
    (PA5-18674)
    Kallikrein 2 Antikörper hK2 Invitrogen
    (PA5-13342)
    8311 starke Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Reactivity of anti-PSA monoclonal antibodies with
    recombinant human kallikrein-2.
    Tumor Biol; 1999;20:35-7.
    11E5C6 schwache Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    12C11C3 starke Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    1C5 schwache Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    7P401 starke Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    92-283 schwache Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    94R48 schwache Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    9C5 schwache Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    E72 schwache Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    E74 starke Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    E87 starke Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    E89 schwache Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    M704 starke Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    PCS#4 starke Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    PSA399 schwache Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    PSA66 schwache Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7. Piironen et al., 1998.
    Nilsson et al., Antigenic determinants of prostatespecific
    antigen (PSA) and development of
    48
    assays specific for different forms of PSA. Br J Cancer Nature; 1997;
    75:789-97
    H117 starke Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) U.S. Patent No. 5672480 Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.; Piironen
    et al., 1998
    H50 starke Reaktivität gegenüber hK2 (bindet ebenfalls freies und komplexes PSA) Leinonen J, et al. Tumor Biol;
    1999;20:35-7.
    H50 bindet beides hK2 und freies und komplexes PSA Piironen et al., 1998
    H179 bindet beides hK2 und freies und komplexes PSA Piironen et al., 1998
    MIC1 Antikörper (D-7): MIC1-Protein Santa Cruz Biotechnology, Inc.
    sc-390305
    Mic1 Antikörper (4E4) MIC1-Protein Novus Biologicals
    Anti-C18orf8 TRUEMAB MIC1-Protein OriGene Technologies, Inc.
    Antikörper-Klon OTI4E4
    Ovaler Zellmarker-Antikörper (MIC1-1C3) MIC1-Protein Thermo Fisher Scientific, Inc.
    Mic-1 (D2A3) Kaninchen mAb #8479 MIC1-Protein Cell Signaling Technology, Inc.
    Anti-C18orf8 / MIC1; MIC1-Protein LifeSpan BioSciences, Inc.
    Antikörper (Klon 4E4) LS-C173852
    Prostata-Sekretionsprotein/PSP-Antikörper (6C7) MSMB-Protein Novus Biologicals
    Anti-Prostata-Sekretion sprotein/PSP-Antikörper[EPR7345] MSMB-Protein Abcam, PLC.
    (ab128897)
    Anti-Prostata-Sekretion sprotein/PSP-Anti körper[YPSP-1] MSMB-Protein Abcam, PLC.
    (ab19070)
    Anti-Prostata-Sekretionsprotein/PSP-Antikörper[2E7] MSMB-Protein Abcam, PLC.
    (ab180479)
    Anti-MSMB TRUEMAB MSMB-Protein OriGene Technologies, Inc.
    Antikörper Klon OTI6C7
    GTX84083 MSMB-Antikörper (6C7) MSMB-Protein GeneTex Inc.
    Anti-MSMB / MSP Antikörper (Klon 4C1) LS-C336888 MSMB-Protein LifeSpan BioSciences, Inc.
    MSMB monoklonaler Antikörper, Klon YPSP-3 MSMB-Protein Abnova Corporation
    Monoklonaler Anti-MSMB-Antikörper aus der Maus MSMB-Protein Sigma-Aldrich, Inc.
    MSMB monoklonaler Antikörper (M08), Klon 3B11 MSMB-Protein Abnova Corporation
  • Reagenzien können in oder auf einem Chip für verschiedene Zeiträume gelagert werden. Beispielsweise kann ein Reagenz länger als 1 Stunde, länger als 6 Stunden, länger als 12 Stunden, länger als 1 Tag, länger als 1 Woche, länger als 1 Monat, länger als 3 Monate, länger als 6 Monate, länger als 1 Jahr oder länger als 2 Jahre gelagert werden. Optional kann der Chip in geeigneter Weise behandelt werden, um die Lagerung zu verlängern. Beispielsweise können Chips mit darin enthaltenen Reagenzien vakuumversiegelt, in einer dunklen Umgebung und/oder bei niedrigen Temperaturen (z.B. unter 4 Grad C oder 0 Grad C) gelagert werden. Die Länge der Lagerung hängt von einem oder mehreren Faktoren ab, wie z.B. den verwendeten Reagenzien, der Form der gelagerten Reagenzien (z.B. nass oder trocken), den Abmessungen und Materialien, die zur Bildung des Substrats und der Deckschicht(en) verwendet werden, der Art und Weise, wie das Substrat und die Deckschicht(en) verklebt werden und wie der Chip als Ganzes behandelt oder gelagert wird. Die Lagerung eines Reagenzes (z.B. eines flüssigen oder trockenen Reagenzes) auf einem festen Trägermaterial kann das Abdecken und/oder Versiegeln des Chips vor der Verwendung oder während der Verpackung beinhalten.
  • Die Quantifizierung des Vorhandenseins oder der Konzentration eines der hier beschriebenen Proteine (Marker) kann auf verschiedene Weise durchgeführt werden, einschließlich, aber nicht beschränkt auf, Immunpräzipitations-Assays, Immunfluoreszenz-Assays, Radio-Immuno-Assays und Massenspektrometrie mittels Matrix-unterstützter Laserdesorption/Ionisation (MALDI). Eine weitere Methode zur Bestimmung des Vorhandenseins eines der hier beschriebenen Proteine (Marker) umfasst die Verwendung von enzymverknüpften Immunosorbent-Assays (ELISA), die Antikörper und eine Kalibrierkurve verwenden, um das Vorhandensein und/oder die Konzentration eines oder mehrerer ausgewählter Marker zu bestimmen. Siehe z.B. „Assoziation zwischen Speichel-PSA und Serum-PSA bei Erkrankungen mit Prostata-Adenokarzinom“ von Shiiki N et al., veröffentlicht in Biomarkers. 2011 September; 16( 6):498-503, die hiermit durch Verweis hierin aufgenommen wird. Eine weitere Methode zur Bestimmung der Anwesenheit oder Konzentration eines oder mehrerer der hier beschriebenen Proteine (Marker) ist der Einsatz eines Microarray-Assays. Ein typischer Microarray-Assay umfasst einen Flachglas-Objektträger, auf dem eine Vielzahl von verschiedenen Fangreagenzien (typischerweise ein oder mehrere Antikörper), die jeweils ausgewählt wurden, um einen Biomarkertyp (Protein) spezifisch einzufangen, in nicht überlappenden Bereichen auf einer Seite des Objektträgers angebracht sind. Eine Probe (z.B. eine Blutprobe, z.B. eine Blutplasmaprobe) darf einen Bereich (z.B. einen oder mehrere Flüssigkeitseinschlussbereiche) berühren, in dem sich die Einfangreagenzien befinden. Anschließend wird der Bereich, in dem sich die Fangreagenzien befinden, einer oder mehreren Wäschen unterzogen. Als nächstes werden ein oder mehrere Nachweisreagenzien in den Bereich gegeben, in dem sich die Fängerreagenzien befinden (die nun möglicherweise auch gebundene Proteine (Marker) aus der Probe enthalten). Die für diesen Test ausgewählten Nachweisreagenzien sollten in der Lage sein, (i) an das auf dem Objektträger dargestellte Protein (Marker) zu binden und (ii) ein nachweisbares Signal (z.B. ein Fluoreszenzsignal) zu erzeugen.
  • SNP-Analyse
  • Zusätzliche genetische Profilinformationen können auch in den hier veröffentlichten Assays und Methoden verwendet werden. Ein Beispiel für genetische Profilinformationen, die gesammelt und verwendet werden können, ist die SNP-Analyse. Die Quantifizierung von SNP-Daten durch die Analyse einer biologischen Probe erfolgt typischerweise mittels MALDI-Massenspektrometrie auf Basis von allelspezifischen Primer-Extensions, auch wenn andere Methoden ebenfalls anwendbar sind. Dies gilt für jede Art von genetischem Status, d.h. jede Kombination von SNPs im Zusammenhang mit Prostatakrebs oder Prostatakrebsrisikofaktoren. Die Quantifizierung der SNP-Daten kann auf dem gleichen Chip wie alle anderen hier beschriebenen Assays durchgeführt werden. Die Quantifizierung von SNP-Daten kann auf einem oder mehreren zusätzlichen Chips durchgeführt werden (d.h. die Quantifizierung von SNP-Daten kann auf einem Chip erfolgen, der keinen der anderen hier beschriebenen Assays enthält). In einigen Ausführungsformen werden keine zusätzlichen genetischen Profilinformationen in oder mit den hier beschriebenen Assays und Methoden verwendet. In bestimmten Ausführungsformen wird keine SNP-Analyse in oder mit den hier beschriebenen Assays und Methoden verwendet.
  • Bestimmte SNPs im Zusammenhang mit soliden Tumoren sind SNPs, von denen bekannt ist, dass sie mit Prostatakrebs in Zusammenhang stehen, was unter anderem Folgendes beinhalten kann: rsl2621278 (Chromosom 2, locus 2q31.1), rs9364554 (Chromosom 6, Ort 6q25.3), rs10486567 (Chromosom 7, Ort 7pl 5.2), rs646565657 (Chromosom 7, Ort 7q21.3), rs2928679 (Chromosom 8, Ort 8p21), rs6983561 (Chromosom 8, Ort 8q24).21), rs16901979 (Chromosom 8, Locus 8q24.21), rs16902094 (Chromosom 8, Locus 8q24.21), rs12418451 (Chromosom 11, Locus 11 q 13).2), rs4430796 (Chromosom 17, Locus 17q 12), rs11649743 (Chromosom 17, Locus 17ql2), rs2735839 (Chromosom 19, Locus 19ql3.33), rs9623117 (Chromosom 22, Locus 22ql3.1) und rs138213197 (Chromosom 17, Locus 17q21). SNPs im Zusammenhang mit Prostatakrebs können auch, sind aber nicht beschränkt auf: rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449 und rs2405942. Andere SNPs im Zusammenhang mit Prostatakrebs können rs138213197 enthalten, wie im Bericht „Germline-Mutationen in HOXB13 und Prostatakrebsrisiko“ von Ewing CM et al., N Engl J Med beschrieben. 2012 Jan 12;366(2):141-9, 1100delC (22ql2.1) und I157T (22ql2.1) wie in „Eine neuartige CHEK2-Mutation ist mit einem erhöhten Prostatakrebsrisiko verbunden“ von Cybulski et al, Cancer Res. 2004 Apr 15;64(8):2677-9, und 657del5 (8q21) wie in „NBSI is a prostate cancer susceptibility gene" von Cybulski et al., Cancer Res. 2004 Feb 15;64(4): 1215-9 beschrieben. Jeder der vorstehenden Verweise wird hierin durch Verweis in seiner Gesamtheit aufgenommen). Zusätzliche SNPs, die für Prostatakrebs relevant sind, können, sind aber nicht beschränkt auf SNPs, die mit der Konzentration oder dem Expressionsniveau relevanter Biomarker wie Prostata-spezifisches Antigen (PSA) in freier oder komplexierter Form, Gesamt-PSA (tPSA), intaktes PSA (iPSA), humanes Kallikrein 2 (hK2) zusammenhängen, frühes Prostatakrebs-Antigen (EPCA), Makrophagen-inhibierendes Cytokin 1 (auch bekannt als MIC-1 oder GDF-15), MSMB (auch bekannt als Prostatasekretärprotein, PSP94 und Beta-Mikroseminoprotein), humane Prostatasäurephosphatase (PAP), Glutathion-S-Transferase n (GSTP1), A-Methylacylcoenzym-A-Racemase (AMACR).
  • Zusätzliche SNPs, die für Prostatakrebs relevant sind, können, sind aber nicht darauf beschränkt: rs3213764, rs1354774, rs2736098, rs401681, rsl0788160 und rs11067228 (bezogen auf den Expressionsgrad von PSA); rs3213764 und rsl354774 (bezogen auf den Expressionsgrad von freiem PSA); rs1363120, rs888663, rs1227732 und rs1054564 (bezogen auf den Expressionsgrad des Entzündungszytokin-Biomarkers MIC-1); und rs3817334, rsl0767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rsl0938397 und rsl558902 (bezogen auf den BMI einer Person). Zusätzliche SNPs, die für Prostatakrebs relevant sind, können, sind aber nicht beschränkt auf die SNPs, die in „Contribution of 32 GWAS-identified common variants to severe adipositas in European adults referred for bariatric surgery“ von Magi et al., PLoS One (2013) Aug 7;8(8):e70735 (die durch Verweis hierin enthalten ist), beschrieben werden.
  • Jeder Satz oder Teilsatz der hier aufgeführten SNPs ist für die Verwendung in den Assays oder Methoden der sofortigen Offenlegung geeignet. Andere zusätzliche SNPs, die in der Kunst bekannt sind oder hierin offengelegt werden, können auch in den Methoden oder Assays der sofortigen Offenlegung verwendet werden. Die offenbarten SNPs (alle oder eine Teilmenge der hier aufgeführten SNPs) können an einen oder mehrere feste Träger oder Chips gebunden sein, wie sie hier offenbart oder in der Kunst bekannt sind. Als Beispiel können etwa 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100 oder mehr als 100 SNPs in den hier veröffentlichten Tests und/oder Methoden verwendet werden. Als weiteres Beispiel können etwa 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% oder 100% der hier aufgeführten SNPs in den hier veröffentlichten Tests und/oder Methoden verwendet werden.
  • In einem Aspekt, wenn ein oder mehrere SNPs in einer hierin definierten Methode im Zusammenhang mit Prostatakrebs verwendet werden, werden die Daten zu einem oder mehreren SNPs mit einem oder mehreren der Biomarker aus der Gruppe bestehend aus kombiniert: PSA, freies PSA, intaktes PSA, hK2 (gesamt hK2 oder freies hK2), MIC-1 und MSMB, wie 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 oder 8 Mitglieder dieser Gruppe. In einem anderen Aspekt, wenn ein oder mehrere SNPs in einer hierin definierten Methode im Zusammenhang mit Prostatakrebs verwendet werden, werden die Daten bezüglich des einen oder der mehreren SNPs mit einem oder mehreren der Biomarker aus der Gruppe bestehend aus kombiniert: PSA, freies PSA, hK2 (gesamt hK2 oder freies hK2), MIC-1 und MSMB, wie 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 oder 8 Mitglieder dieser Gruppe.
  • Gruppe 1
  • SNPs, die optional enthalten sind, werden aus der Gruppe bestehend aus: rs138213197, rs7818556, rs6983267, rs10993994, rs12793759, rs16901979, rs9911515, rs1016343, rs7106762, rs6579002, rs16860513, rs5945619, rs16902094, rs10896437, rs651164, rs7679673, rs13265330, rs2047408, rs10107982, rs620861, rs9297746, rs1992833, rs7213769, rs2710647, rs888507, rs17021918, rs12500426, rs2028900, rs7102758, rs16901922, rs6062509, rs2659051, rs17832285, rs12543663, rs4699312, rs11091768, rs3120137, rs6794467, rs10086908, rs7141529, rs2315654, rs12151618, rs747745, rs1009, rs2132276, rs2735839, rs11568818, rs684232, rs9364554, rs9830294, rs2660753, rs10807843, rs1933488, rs17467139, rs12947919, rs721048, rs385894, rs2331780, rs1894292, rs2107131, rs6545962, rs11649743, rs758643, rs2297434, rs902774, rs2647262, rs17224342, rs5918762, rs11672691, rs17138478, rs3019779, rs1873555, rs9457937, rs2838053, rs12946864, rs12475433, rs3765065, rs2018334, rs3771570, rs4871779, rs10875943, rs11601037, rs6489721, rs11168936, rs9297756, rs11900952, rs6569371, rs7752029, rs5934705, rs3745233, rs1482679, rs749264, rs6625760, rs5978944, rs2366711, rs5935063, rs10199796, rs2473057, rs4925094 und rs3096702 oder eine Teilmenge davon
  • Gruppe 2
  • Weitere SNPs, die optional enthalten sind, werden aus der Gruppe bestehend aus: rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 und rs138213197 oder eine Untermenge davon.
  • Gruppe 3
  • Weitere SNPs, die optional enthalten sind, werden aus der Gruppe bestehend aus: rs12490248, rs4245739, rs10094059, rs306801, rs2823118, rs2025645, rs9359428, rs10178804, rs6090461, rs2270785, rs16901841, rs2465796, rs17256058, rs16849146, rs2269640, rs8044335, rs6530238, rs712242, rs9267911, rs11134144, rs12880777, rs7090755, rs132774, rs17779822, rs398146, rs4844228, rs4237185, rs7125415, rs1439024, rs6770955, rs11253002, rs4822763, rs2162185, rs12640320, rs5945637, rs3818714, rs6762443, rs10508678, rs2272668, rs4382847, rs9972541, rs13113975, rs4119478, rs1380862, rs7529518, rs785437, rs1140809, rs4830488, rs10458360, rs2738571, rs11634741, rs1950198, rs539357, rs16887736, rs7658048, rs11222496, rs2207790, rs12506850?, rs4512641, rs2813532, rs6934898, rs582598, rs10191478, rs10486562, rs17395631, rs7525167, rs12637074, rs10887926, rs7485441, rs1944047, rs7178085, rs17318620, rs10489871, rs2691274, rs6962297, rs1827611, rs4806120, rs7164364, rs2293710, rs13017302, rs4570588, rs2386841, rs40485, rs524908, rs10795841, rs4273907, rs12612891, rs10496470, rs6755901, rs1943821. rs13319878, rs6957416, rs12552397, rs6489794, rs4346531, rs7777631, rs1046011, rs16988279, rs986472, rs10508422, rs9456490, rs1295683, rs2449600, rs7075945, rs9358913, rs1477886, rs753032, rs409558, rs4246742, rs10060513, rs17070292, rs10826398, rs17744022, rs7801918, rs885479, rs1863610, rs3805284, rs10832514, rs2509867, rs2070874, rs2339654, rs12903579, rs11610799, rs2272316, rs6961773, rs2078277, rs17324573, rs6760417, rs2911756, rs12233245, rs896615, rs4760442, rs2087724, rs439378, rs4833103, rs6539333, rs4423250, rs12594014, rs17123359, rs12505546 und rs585197 oder eine Untermenge davon.
  • Gruppe 4
  • Weitere SNPs, die optional enthalten sind, werden aus der Gruppe bestehend aus: rs582598, rs439378, rs2207790, rs1046011, rs10458360, rs7525167, rs10489871, rs7529518, rs4245739, rs4512641, rs10178804, rs11900952, rs1873555, rs10191478, rs6755901, rs6545962, rs721048, rs2710647, rs12612891, rs2028900, rs1009, rs12233245, rs6760417, rs10496470, rs10199796, rs12475433, rs16860513, rs12151618, rs3765065, rs13017302, rs12988652, rs871688, rs749264, rs3771570, rs4346531, rs6770955, rs12637074, rs2660753, rs13319878, rs6437715, rs2162185, rs1515542, rs2270785, rs9830294, rs1439024, rs6762443, rs888507, rs6794467, rs12490248?1477886, rs4833103, rs12505546, rs13113975, rs4246742, rs2736098, rs401681, rs11134144, rs10060513, rs40485, rs2087724, rs1482679, rs16901841, rs1295683, rs2070874, rs7752029, rs2018334, rs9358913, rs1140809, rs409558, rs3096702, rs9267911, rs2025645, rs9359428, rs6569371, rs2813532, rs1933488, rs712242, rs6934898, rs9456490, rs651164, rs3120137, rs9364554, rs9457937937, rs10486562, rs10807843, rs7801918, rs6962297, rs2465796, rs6957416, rs7777631, rs2272316, rs6961773, rs2132276, rs13265330, rs16887736, rs2911756, rs2272668, rs2339654, rs1380862, rs9297746, rs12543663, rs10086908, rs16901922, rs1016343, rs17832285, rs16901979, rs4871779, rs10107982, rs16902094, rs620861, rs17467139, rs6983267, rs9297756, rs10094059, rs7818556, rs1992833, rs986472, rs12552397, rs4273907, rs4237185, rs753032, rs11253002, rs2386841, rs10795841, rs10508422, rs7075945, rs10508678, rs539357, rs10826398, rs3818714, rs7090755, rs10993994, rs4382847, rs1891158, rs10887926, rs10788160, rs6579002, rs10832514, rs7358335, rs1944047, rs3019779, rs10896437, rs12793759, rs7106762, rs7102758, rs2449600, rs585197, rs2509867, rs11568818, rs7125415, rs11601037, rs11222496, rs4570588, rs6489721, rs3213764, rs17395631, rs4423250, rs11168936, rs10875943, rs3759129, rs902774, rs1827611, rs4760442, rs11610799, rs6539333, rs11067228, rs7485441, rs6489794, rs4119478, rs17070292, rs2293710, rs17256058, rs1950198, rs2331780, rs7141529, rs12880777, rs17123359, rs785437, rs524908, rs12903579, rs7178085, rs7164364, rs896615, rs11634741, rs9972541, rs12594014, rs11631109, rs1558902, rs8044335, rs2738571, rs885479, rs385894, rs684232, rs4925094, rs17138478, rs11649743, rs2107131, rs7213769, rs12946864, rs306801, rs138213197, rs1863610, rs17224342, rs9911515, rs12947919, rs966304, rs17744022, rs7234917, rs1943821, rs2227270, rs1363120, rs888663, rs1227732, rs1054564, rs4806120, rs11672691, rs758643, rs3745233, rs6509345, rs2659051, rs2735839, rs1354774, rs2691274, rs6090461, rs2297434, rs6062509, rs2315654, rs2823118, rs2838053, rs398146, rs16988279, rs2269640, rs4822763, rs132774, rs747745, rs5978944, rs6530238, rs5934705, rs5935063, rs4830488, rs17318620, rs5945619, rs5945637, rs11091768, rs2473057, rs5918762, rs4844228, rs6625760 und rs17324573 oder eine Teilmenge davon.
  • Gruppe 5
  • Weitere SNPs, die optional enthalten sind, werden aus der Gruppe bestehend aus: rs138213197, rs7818556, rs6983267, rs10993994, rs12793759, rs16901979, rs9911515, rs1016343, rs7106762, rs6579002, rs16860513, rs5945619, rs16902094, rs10896437, rs651164, rs7679673, rs13265330, rs2047408, rs10107982, rs620861, rs9297746, rs1992833, rs7213769, rs2710647, rs888507, rs17021918, rs12500426, rs2028900, rs7102758, rs16901922, rs6062509, rs2659051, rs17832285, rs12543663, rs4699312, rs11091768, rs3120137, rs6794467, rs10086908, rs7141529, rs2315654, rs12151618, rs747745, rs1009, rs2132276, rs2735839, rs11568818, rs684232, rs9364554, rs9830294, rs2660753, rs10807843, rs1933488, rs17467139, rs12947919, rs721048, rs385894, rs2331780, rs1894292, rs2107131, rs6545962, rs11649743, rs758643, rs2297434, rs902774, rs2647262, rs17224342, rs5918762, rs11672691, rs17138478, rs3019779, rs1873555, rs9457937, rs2838053, rs12946864, rs12475433, rs3765065, rs2018334, rs3771570, rs4871779, rs10875943, rs11601037, rs6489721, rs11168936, rs9297756, rs11900952, rs6569371, rs7752029, rs5934705, rs3745233, rs1482679, rs749264, rs6625760, rs5978944, rs2366711, rs5935063, rs10199796, rs2473057, rs4925094 und rs3096702 oder eine Untermenge davon.
  • Gruppe 6
  • Weitere SNPs, die optional enthalten sind, werden aus der Gruppe bestehend aus: rs12490248, rs4245739, rs10094059, rs306801, rs2823118, rs2025645, rs9359428, rs10178804, rs6090461, rs2270785, rs16901841, rs2465796, rs17256058, rs16849146, rs2269640, rs8044335, rs6530238, rs712242, rs9267911, rs11134144, rs12880777, rs7090755, rs132774, rs17779822, rs398146, rs4844228, rs4237185, rs7125415, rs1439024, rs6770955, rs11253002, rs4822763, rs2162185, rs12640320, rs5945637, rs3818714, rs6762443, rs10508678, rs2272668, s4382847, rs9972541, rs13113975, rs4119478, rs1380862, rs7529518, rs785437, rs1140809, rs4830488, rs10458360, rs2738571, rs11634741, rs1950198, rs539357, rs16887736, rs7658048, rs11222496, rs2207790, rs12506850?, rs4512641, rs2813532, rs6934898, rs582598, rs10191478, rs10486562, rs17395631, rs7525167, rs12637074, rs10887926, rs7485441, rs1944047, rs7178085, rs17318620, rs10489871, rs2691274, rs6962297, rs1827611, rs4806120, rs7164364, rs2293710, rs13017302, rs4570588, rs2386841, rs40485, rs524908, rs10795841, rs4273907, rs12612891, rs10496470, rs6755901, rs1943821. rs13319878, rs6957416, rs12552397, rs6489794, rs4346531, rs7777631, rs1046011, rs16988279, rs986472, rs10508422, rs9456490, rs1295683, rs2449600, rs7075945, rs9358913, rs1477886, rs753032, rs409558, rs4246742, rs10060513, rs17070292, rs10826398, rs17744022, rs7801918, rs885479, rs1863610, rs3805284, rs10832514, rs2509867, rs2070874, rs2339654, rs12903579, rs11610799, rs2272316, rs6961773, rs2078277, rs17324573, rs6760417, rs2911756, rs12233245, rs896615, rs4760442, rs2087724, rs439378, rs4833103, rs6539333, rs4423250, rs12594014, rs17123359, rs12505546 und rs585197 oder eine Untermenge davon.
  • Gruppe 7
  • Weitere SNPs, die optional enthalten sind, werden aus der Gruppe bestehend aus: rs10060513, rs10086908, rs1009, rs10094059, rs10107982, rs1016343, rs10178804, rs10191478, rs10199796, rs1041449, rs10458360, rs1046011, rs10486562, rs10486567, rs10489871, rs10496470, rs10508422, rs10508678, rs1054564, rs10788160, rs10795841, rs10807843, rs10826398, rs10832514, rs10875943, rs10887926, rs10896437, rs10993994, rs11067228, rs11091768, rs11134144, rs11135910, rs11168936, rs11222496, rs11253002, rs12490248, rs12500426, rs12505546, rs12506850, rs12543663, rs12552397, rs12594014, rs12612891, rs12621278, rs12637074, rs12640320, rs1270884, rs12793759, rs12880777, rs12903579, rs12946864, rs12947919, rs1295683, rs12988652, rs13017302, rs13113975, rs13265330, rs132774, rs13319878, rs1354774, rs1363120, rs1380862, rs138213197, rs1439024, rs1477886, rs1482679, rs1515?, rs15?, rs1558902, rs16849146, rs16860513, rs16887736, rs16896742, rs16901841, rs16901922, rs16901979, rs16902094, rs16988279, rs17021918, rs17070292, rs17123359, rs17138478, rs17224342, rs17256058, rs17318620, rs17324573, rs17395631, rs17467139, rs17744022, rs17779822, rs17832285, rs1827611, rs1863610, rs1873555, rs1891158, rs1894292, rs1933488, rs1943821, rs1944047, rs1950198, rs1992833, rs2018334, rs2025645, rs2028900, rs2047408, rs2070874, rs2078277, rs2087724, rs2107131, rs21322?, rs2162185, rs2207790, rs2227270, rs2269640, rs2270785, rs2272316, rs2272668, rs2273669, rs2293710, rs2297434, rs2315654, rs2331780, rs2339654, rs2366711, rs2386841, rs2405942, rs2449600, rs2465796?, rs2473057, rs2509867, rs2647262, rs2659051, rs2660753, rs2691274, rs2710647, rs2735839, rs2736098, rs2738571, rs2813532, rs2823118, rs2838053?2, rs2911756, rs2928679, rs3019779, rs306801, rs3096702, rs3120137, rs3213764, rs3745233, rs3759129, rs3765065, rs3771570, rs3796547, rs3805284, rs3818714, rs3850699, rs385894, rs3863641, rs398146, rs401681, rs40485, rs409558, rs4119478, rs4237185, rs4245739, rs4246742, rs4273907, rs4346531, rs4382847, rs439378, rs4423250, rs4430796, rs4512641, rs4570588, rs4643253, rs4699312, rs4760442, rs4806120, rs4822763, rs4830488, rs4833103, rs4844228, rs4871779, rs4925094, rs524908, rs539357, rs582598, rs585197, rs5918762, rs5934705, rs5935063, rs5945619, rs5945637, rs5978944, rs6062509, rs6090461, rs620861, rs6437715, rs646565?, rs6465657, rs6489721, rs6489794, rs6509345, rs651164, rs6530238, rs6539333, rs6545962, rs6569371, rs6579002, rs6625760, rs6755901, rs6760417, rs6762443, rs6770955, rs6794467, rs684232, rs6869841, rs6934898, rs6957416, rs6961773, rs6962297, rs6983267, rs6983561, rs7075945, rs7090755, rs7102758, rs7106762, rs712242, rs7125415, rs7141529, rs7164364, rs7178085, rs721048, rs7213769, rs7234917, rs7241993, rs7358335, rs747745, rs7485441, rs749264, rs7525167, rs7529518, rs753032, rs758643, rs7611694, rs7658048, rs7679673, rs7752029, rs7777631, rs7801918, rs7818556, rs785437, rs8008270, rs8044335, rs871688, rs885479, rs888507, rs888663, rs896615, rs902774, rs9267911, rs9297746, rs9297756, rs9358913, rs9359428, rs9364554, rs9456490, rs9457937, rs9623117, rs966304, rs9830294, rs986472, rs9911515 und rs9972541 oder eine Teilmenge davon.
  • Gruppe 8
  • Weitere SNPs, die optional enthalten sind, werden aus der Gruppe bestehend aus: rs4245739, rs13385191, rs1465618, rs6545977, rs721048, rs10187424, rs12621278, rs2292884, rs7584330, rs9311171, rs17181170, rs2660753, rs9284813, rs7629490, rs10934853, rs6763931, rs345013, rs10936632, rs17021918, rs12500426, rs7679673, rs2242652, rs12653946, rs2121875, rs4466137, rs37181, rs1983891, rs10498792, rs339331, rs651164, rs9364554, rs12155172, rs10486567, rs6465657, rs1512268, rs12543663, rs10086908, rs1016343, rs13252298, rs1456315, rs13254738, rs6983561, rs188140481, rs16902094, rs445114, rs6983267, rs7000448, rs1447295, rs4242382, rs4242384, rs7837688, rs817826, rs1571801, rs10993994, rs3123078, rs11199874, rs4962416, rs7127900, rs10896449, rs7931342, rs12418451, rs11228565, rs7130881, rs731236, rs10875943, rs902774, rs12827748, rs9600079, rs1529276, rs4775302, rs684232, rs7501939, rs4430796, rs11649743, rs138213197, rs11650494, rs7210100, rs1859962, rs103294, rs8102476, rs887391, rs2735839, rs9623117, rs742134, rs5759167, rs5945572, rs5945619, rs1327301 und rs5919432 oder eine Untermenge davon.
  • Gruppe 9
  • Weitere SNPs, die optional enthalten sind, werden aus der Gruppe bestehend aus: rs12621278, rs76862931, rs76264695, rs2293648, rs12053442, rs75166599, rs16860426, rs74461567, rs77167534, rs16860438, rs1574259, rs1574256, rs115112210, rs7584330, rs13390494, rs58643200, rs7606177, rs66509917, rs13432426, rs6757376, rs17021918, rs1139697, rs998071, rs10590, rs17021972, rs3762876, rs1043848, rs2136486, rs7679673, rs10007915, rs12653946, rs10866528, rs1983891, rs4714485, rs2104506, rs9369290, rs4714487, rs1886816, rs6458228, rs3747744, rs339331, rs339356, rs339353, rs1512658, rs2274911, rs6901971, rs33939301, rs9364554, rs388170, rs3105751, rs7740824, rs10486567, rs7808935, rs67152137, rs6983267, rs12682374, rs7127900, rs11043135, rs11603101, rs7121039, rs7395734, rs7481129, rs10896449, rs7121816, rs7929962, rs11228565, rs7117034, rs8102476, rs8100395, rs724724?, rs7250689, rs34582151, rs11083450, rs12611084 und rs3786877 oder eine Untermenge davon.
  • Probenanalysatoren
  • Es ist zu beachten, dass jede der hier aufgeführten Immunoassay-Methoden mit einem Gerät (z.B. einem Chip) und/oder einem Probenanalysator durchgeführt oder implementiert werden kann. Zum Beispiel kann ein Chip verwendet werden, um eine oder mehrere Eigenschaften von Kallikrein-Proteinen (Marker) zu bestimmen (z.B. Gehalt an tPSA, fPSA, iPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2) und kann zusätzlich verwendet werden, um eine oder mehrere Eigenschaften von zusätzlichen Proteinen (Marker) zu bestimmen (z.B. Gehalt an MSMB und/oder MIC-1). Bei einigen Ausführungsformen wird der Chip nicht verwendet, um eine oder mehrere Eigenschaften von iPSA zu bestimmen. In einigen Ausführungen kann ein System einen Probenanalysator enthalten, der z.B. so konfiguriert werden kann, dass er eine Probe auf einem oder mehreren Chips analysiert (z.B. zur Analyse von Antigen-Antikörper-Komplexen, Tracern usw.). In einigen Ausführungen umfasst ein Analysator ein optisches System mit einer oder mehreren Lichtquellen und/oder einem oder mehreren Detektoren, die für die Messung von Antigen-Antikörper-Komplexen und/oder Tracern auf einem oder mehreren Chips konfiguriert sind. Darüber hinaus werden in einigen Ausführungsformen Systeme bereitgestellt, die einen Prozessor oder Computer enthalten können, der programmiert ist, um ein prädiktives Modell (z.B. ein logistisches Regressionsmodell) in elektronischer Kommunikation mit dem Probenanalysator oder einem anderen Gerät zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses auf der Grundlage von Proteingehalten (z.B. Gehalt an tPSA, fPSA, iPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2) zu bewerten. In einigen Ausführungsformen basiert die Bestimmung der Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs nicht auf iPSA-Werten.
  • In einem bestimmten Beispiel umfasst ein System einen Probenanalysator, der ein Gehäuse und eine Öffnung in dem Gehäuse umfasst, die so konfiguriert ist, dass sie mindestens einen festen Trägerassay (z.B. einen oder mehrere Chips) aufnimmt, wobei das Gehäuse eine Komponente umfasst, die so konfiguriert ist, dass sie mit einer passenden Komponente auf dem mindestens einen festen Trägerassay (z.B. einem oder mehreren Chips) verbunden ist, oder einen Adapter dafür, um das Vorhandensein des mindestens einen festen Trägerassay in dem Gehäuse zu erfassen. Das System umfasst ferner ein optisches System, das innerhalb des Gehäuses positioniert ist, wobei das optische System mindestens eine Lichtquelle und mindestens einen von der Lichtquelle beabstandeten Detektor umfasst, wobei die Lichtquelle so konfiguriert ist, dass sie Licht durch den mindestens einen festen Trägerassay leitet, wenn sie in den Probenanalysator eingeführt wird, und wobei der Detektor gegenüber der Lichtquelle positioniert ist, um die Lichtmenge zu erfassen, die durch den mindestens einen festen Trägerassay geht.
  • Die hier beschriebenen Methoden und Systeme können verschiedene Arten von Analysen beinhalten und können zur Bestimmung einer Vielzahl von verschiedenen Proben verwendet werden. In einigen Fällen handelt es sich bei einer Analyse um eine chemische und/oder biologische Reaktion. Bei einigen Ausführungsformen ist eine chemische und/oder biologische Reaktion mit einer Bindung verbunden. Verschiedene Arten der Bindung können in oder auf den hier beschriebenen Chips stattfinden. Die Bindung kann die Wechselwirkung zwischen einem entsprechenden Paar von Molekülen (z.B. Bindungspartnern) beinhalten, die eine gegenseitige Affinität oder Bindungskapazität aufweisen, typischerweise spezifische oder unspezifische Bindung oder Wechselwirkung, einschließlich biochemischer, physiologischer und/oder pharmazeutischer Wechselwirkungen. Biologische Bindung definiert eine Art der Interaktion zwischen Molekülpaaren (z.B. Bindungspartnern) einschließlich Proteinen, Nukleinsäuren, Glykoproteinen, Kohlenhydraten, Hormonen und dergleichen. Spezifische Beispiele sind Antikörper/Antigen, Antikörperfragment/Antigen, Antikörper/Hapten, Antikörperfragment/Hapten, Enzym/Substrat, Enzym/Hemmer, Enzym/Kofaktor, Bindungsprotein/Substrat, Trägerprotein/Substrat, Lektin/Kohlenhydrat, Rezeptor/Hormon, Rezeptor/Effektor, komplementäre Stränge der Nukleinsäure, Protein/Nukleinsäure-Repressor/Induktor, Ligand/Zelloberflächenrezeptor, Virus/Ligand, etc. Die Bindung kann auch zwischen Proteinen oder anderen Komponenten und Zellen erfolgen. Darüber hinaus können die hier beschriebenen Geräte auch für andere Analysen (mit oder ohne Bindung und/oder Reaktionen) wie z.B. Nachweis von Komponenten, Konzentration usw. verwendet werden.
  • In einigen Fällen kann eine heterogene Reaktion (oder ein Assay) in oder auf einem Chip stattfinden; z.B. kann ein Bindungspartner mit einer Oberfläche eines festen Trägers (z.B. der Oberfläche eines Chips) assoziiert sein, und der komplementäre Bindungspartner kann in einer flüssigen Phase vorliegen. Andere Festphasen-Assays, die eine Affinitätsreaktion zwischen Proteinen oder anderen Biomolekülen (z.B. DNA, RNA, Kohlenhydrate) oder nicht natürlich vorkommenden Molekülen beinhalten, können ebenfalls durchgeführt werden. Nicht limitierende Beispiele für typische Reaktionen, die in oder auf einem Chip durchgeführt werden können, sind chemische Reaktionen, enzymatische Reaktionen, immunbasierte Reaktionen (z.B. Antigen-Antikörper) und zellbasierte Reaktionen.
  • Typische Probenflüssigkeiten sind physiologische Flüssigkeiten wie menschliches oder tierisches Vollblut, Blutserum, Blutplasma, Sperma, Tränen, Urin, Schweiß, Speichel, Zerebrospinalflüssigkeit, Vaginalsekret, in vitro Flüssigkeiten, die in der Forschung verwendet werden, oder Umweltflüssigkeiten wie wässrige Flüssigkeiten, die im Verdacht stehen, durch den Analyten kontaminiert zu sein.
  • Bei einigen Ausführungsformen werden ein oder mehrere Reagenzien, die zur Bestimmung der Anwesenheit oder Konzentration eines Analyten in einer Probe verwendet werden können (z. B. ein Bindungspartner des zu bestimmenden Analyten), vor der ersten Verwendung im oder auf dem Chip gespeichert, um einen bestimmten Test oder Assay durchzuführen. In Fällen, in denen ein Antigen analysiert wird, kann ein entsprechender Antikörper oder Aptamer der Bindungspartner sein, der mit einer Oberfläche eines festen Trägers (z.B. der Oberfläche eines Chips) assoziiert ist. Ist ein Antikörper der Analyt, so kann ein geeignetes Antigen oder Aptamer der mit der Oberfläche assoziierte Bindungspartner sein. Wenn ein Krankheitszustand festgestellt wird, kann es vorzuziehen sein, das Antigen auf die Oberfläche zu legen und auf einen Antikörper zu testen, der in der Person produziert wurde. Es ist zu beachten, dass Antikörperfragmente in Kombination mit oder anstelle von Antikörpern verwendet werden können.
  • In einigen Ausführungsformen kann ein Chip angepasst und angeordnet werden, um eine Analyse durchzuführen, bei der ein undurchsichtiges Material auf einem oder mehreren Bereichen des Chips verwendet wird. Ein opakes Material kann eine Substanz enthalten, die die Lichtdurchlässigkeit bei einer oder mehreren Wellenlängen stört. Ein opakes Material bricht nicht nur das Licht, sondern reduziert die Transmission durch das Material, indem es z.B. Licht absorbiert oder reflektiert. Unterschiedliche lichtundurchlässige Materialien oder unterschiedliche Mengen eines lichtundurchlässigen Materials können eine Durchlässigkeit von weniger als z.B. 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 20, 10 oder 1 Prozent des Lichts, das das lichtundurchlässige Material beleuchtet, ermöglichen. Beispiele für opake Materialien sind molekulare Schichten aus Metall (z.B. elementares Metall), keramische Schichten, polymere Schichten und Schichten einer opaken Substanz (z.B. ein Farbstoff). Das opake Material kann in einigen Fällen ein Metall sein, das stromlos abgeschieden werden kann. Diese Metalle können beispielsweise Silber, Kupfer, Nickel, Kobalt, Palladium und Platin sein.
  • Das opake Material kann eine Reihe von diskontinuierlichen, unabhängigen Partikeln enthalten, die zusammen eine opake Schicht bilden, aber in einer Ausführung ist es ein kontinuierliches Material, das eine allgemein planare Form annimmt. Das opake Material kann eine Abmessung (z.B. eine Breite der Länge) von z.B. größer oder gleich 1 Mikron, größer oder gleich 5 Mikron, größer oder gleich 10 Mikron, größer oder gleich 25 Mikron oder größer oder gleich 50 Mikron haben. In einigen Fällen erstreckt sich das opake Material über die Breite eines oder mehrerer Bereiche (z.B. eines Analysebereichs oder eines Flüssigkeitseinschlusses), die das opake Material enthalten. Die opake Schicht kann beispielsweise eine Dicke von weniger als oder gleich 10 Mikron, weniger als oder gleich 5 Mikron, weniger als oder gleich 1 Mikron, weniger als oder gleich 100 Nanometer oder weniger als oder gleich 10 Nanometer haben. Selbst bei diesen geringen Dicken kann eine nachweisbare Änderung des Transmissionsgrades erreicht werden. Die opake Schicht kann im Vergleich zu Techniken, die keine opake Schicht bilden, zu einer Erhöhung der Assay-Empfindlichkeit führen.
  • Eine Vielzahl von Bestimmungstechniken (z.B. Messen, Quantifizieren, Detektieren und Qualifizieren) kann verwendet werden, um z.B. eine Probenkomponente oder eine andere Komponente oder einen Zustand zu analysieren, der mit einem hier beschriebenen Chip verbunden ist. Bestimmungstechniken können optisch basierte Techniken wie Lichtdurchlässigkeit, Lichtabsorption, Lichtstreuung, Lichtreflexion und visuelle Techniken umfassen. Bestimmungstechniken können auch Lumineszenztechniken wie Photolumineszenz (z.B. Fluoreszenz), Chemolumineszenz, Biolumineszenz und/oder Elektrochemilumineszenz umfassen. In anderen Ausführungen können Bestimmungstechniken Leitfähigkeit oder Widerstand messen. Als solches kann ein Analysator so konfiguriert werden, dass er solche und andere geeignete Detektionssysteme enthält.
  • Verschiedene optische Nachweisverfahren bieten eine Reihe von Möglichkeiten zur Bestimmung von Reaktionsergebnissen (z.B. Assay). Bei einigen Ausführungen bedeutet die Messung der Transmission oder Absorption, dass Licht mit der gleichen Wellenlänge detektiert werden kann, bei der es von einer Lichtquelle emittiert wird. Obwohl die Lichtquelle eine Schmalbandquelle sein kann, die bei einer einzigen Wellenlänge emittiert, kann sie auch eine Breitbandquelle sein, die über einen Bereich von Wellenlängen emittiert. In einigen Ausführungen kann ein System mit einem Minimum an optischen Geräten (z.B. einem vereinfachten optischen Detektor) betrieben werden. Beispielsweise kann das Bestimmungsgerät frei von einem Photomultiplier, frei von einem Wellenlängenwähler wie Gitter, Prisma oder Filter, frei von einem Gerät zum Richten oder Spalten von Licht wie einem Kolumnator oder frei von Vergrößerungsoptiken (z.B. Linsen) sein. Die Eliminierung oder Reduzierung dieser Eigenschaften kann zu einem kostengünstigeren Gerät führen.
  • Ein optisches System kann im Gehäuse eines Analysators positioniert werden. Das optische System kann z.B. mindestens eine erste Lichtquelle und einen Detektor enthalten, die an der gleichen Stelle, in der Nähe oder im Abstand von der ersten Lichtquelle angeordnet sind. Die erste Lichtquelle kann so konfiguriert werden, dass sie Licht durch einen oder mehrere Flüssigkeitseinschlussbereiche des Chips leitet, wenn der Chip in den Analysator eingeführt wird. Der erste Detektor kann gegenüber der ersten Lichtquelle positioniert werden, um die Lichtmenge zu erfassen, die durch den ersten Analysebereich des Chips fällt, wenn dieser eingesetzt wird. In einer anderen Ausführung können sich die Lichtquelle und der Detektor auf der gleichen Seite des Chips befinden. Beispielsweise können die Lichtquelle und der Detektor über dem Chip positioniert werden. Als weiteres Beispiel kann die Lichtquelle und der Detektor unter dem Chip positioniert werden. Es ist zu beachten, dass bei anderen Ausführungen die Anzahl der Lichtquellen und Detektoren variieren kann, da die Erfindung nicht so begrenzt ist. Jeder Chip kann eine Vielzahl von Flüssigkeitseinschlussbereichen (z.B. zwei oder mehr Flüssigkeitseinschlussbereiche) enthalten und der eine oder die mehreren Chips oder ein Chipadapter können innerhalb des Analysators so positioniert werden, dass jeder Flüssigkeitseinschlussbereich mit mindestens einer Lichtquelle und einem entsprechenden Detektor ausgerichtet ist. Bei einigen Ausführungen enthält die Lichtquelle eine optische Apertur, die das Licht von der Lichtquelle auf einen bestimmten Bereich innerhalb eines Flüssigkeitseinschlussbereichs des Chips lenken kann.
  • In einer Ausführung ist die Lichtquelle ein oder mehrere Laser, z.B. ein Gaslaser oder ein Festkörperlaser. Der Laser kann beispielsweise ein Helium-Neon (HeNe)-Laser, ein Kohlendioxid (CO2)-Laser, ein Kohlenmonoxid (CO)-Laser, ein Stickstofflaser oder ein quer angeregter atmosphärischer (TEA)-Laser sein. Die Ausgangsleistung des Lasers kann beispielsweise zwischen 0,1 mW und 100 mW liegen. Die Ausgangsleistung des Lasers kann beispielsweise 0,1-0,5 mW, 0,5-25 mW, 25-50 mW, 50-75 mW oder 75-100 mW betragen. Die Ausgangsleistung des Lasers kann beispielsweise 0,1 mW, 0,2 mW, 0,3 mW, 0,4 mW, 0,5 mW, 1 mW, 2 mW, 3 mW, 4 mW, 5 mW, 6 mW, 7 mW, 8 mW, 9 mW, 10 mW, 20 mW, 30 mW, 40 mW, 50 mW, 60 mW, 70 mW, 80 mW, 90 mW oder 100 mW betragen.
  • In einer Ausführung sind die Lichtquellen Leuchtdioden (LEDs) oder Laserdioden. Zum Beispiel kann eine rote InGaAlP-Halbleiterdiode verwendet werden, die bei 654 nm emittiert. Es können auch andere Lichtquellen verwendet werden. Die Lichtquelle kann in einem Nest oder Gehäuse positioniert werden. Das Nest oder Gehäuse kann eine schmale Öffnung oder eine dünne Röhre enthalten, die bei der Kollimation von Licht helfen kann. Die Lichtquellen können oberhalb der Stelle positioniert werden, wo der eine oder die mehreren Chips in den Analysator eingesetzt werden, so dass die Lichtquelle auf die Oberseite des einen oder der mehreren Chips scheint. Die Lichtquellen können unter der Stelle positioniert werden, wo der eine oder die mehreren Chips in den Analysator eingesetzt werden, so dass die Lichtquelle auf die Unterseite des einen oder der mehreren Chips scheint. Andere geeignete Konfigurationen der Lichtquelle in Bezug auf einen oder mehrere Chips sind ebenfalls möglich.
  • Es ist zu beachten, dass die Wellenlänge der Lichtquellen variieren kann, da die Erfindung nicht so begrenzt ist. In einer Ausführung beträgt die Wellenlänge der Lichtquelle etwa 670 nm, in einer anderen etwa 650 nm. In einer anderen Ausführung beträgt die Wellenlänge der Lichtquelle etwa 488 nm, 532 nm, 594 nm oder 633 nm. Es ist zu beachten, dass in einer Ausführung die Wellenlänge jeder Lichtquelle unterschiedlich sein kann, so dass jeder Analysebereich des einen oder der mehreren Chips eine andere Lichtwellenlänge erhält. In anderen Ausführungen kann die Wellenlänge jeder Lichtquelle jedoch gleich sein, so dass jeder Analysebereich des einen oder mehrerer Chips die gleiche Lichtwellenlänge erhält. Auch Kombinationen gleicher und unterschiedlicher Wellenlängen von Lichtquellen sind möglich. Ein oder mehrere Filter können mit dem Laser verwendet werden. Als nicht limitierendes Beispiel kann der Filter ein CY5 (692/40), ROX (635/35), CY3 (575/50) oder FITC (535/25) Filter sein.
  • Der Arbeitsabstand des Analysators kann beliebig sein. Als nicht limitierendes Beispiel kann der Arbeitsabstand 0,5-10 mm betragen. Zum Beispiel kann die Schärfentiefe etwa 0,5 mm, 1 mm, 1,5 mm, 2 mm, 2,5 mm, 3 mm, 3,5 mm, 4 mm, 4,5 mm, 5 mm, 5,5 mm, 6 mm, 6,5 mm, 7 mm, 7,5 mm, 8 mm, 8,5 mm, 9 mm, 9,5 mm oder 10 mm betragen.
  • Die Schärfentiefe des Analysators kann ein beliebiger Wert sein. Als nicht limitierendes Beispiel kann die Schärfentiefe (80-100% Intensität) etwa 10-1000 µm betragen. Beispielsweise kann die Schärfentiefe (80-100% Intensität) etwa 10 µm, 20 µm, 30 µm, 40 µm, 50 µm, 60 µm, 70 µm, 80 µm, 90 µm, 100 µm, 200 µm, 300 µm, 400 µm, 500 µm, 600 µm, 700 µm, 800 µm, 900 µm oder 1000 µm betragen.
  • Wie bereits erwähnt, kann ein Detektor in der Nähe oder im Abstand von einer Lichtquelle angeordnet sein, um die Lichtmenge zu erfassen, die von einem Analysebereich emittiert wird. In einer Ausführung sind ein oder mehrere der Detektoren Photodetektoren (z.B. Photomultiplierröhren oder Photodioden). In bestimmten Ausführungen kann der Photodetektor jedes geeignete Gerät sein, das in der Lage ist, die Emission von Licht aus einem oder mehreren Analysebereichen zu erfassen. In bestimmten Ausführungen kann der Photodetektor jedes geeignete Gerät sein, das in der Lage ist, die Transmission von Licht aus einem oder mehreren Analysebereichen zu erfassen. Eine Art von Photodetektor ist eine integrierte optische Schaltung (IC) mit einer Photodiode mit einer Spitzenempfindlichkeit bei 700 nm, einem Verstärker und einem Spannungsregler. Der Detektor kann in einem Nest oder Gehäuse positioniert werden, das eine schmale Öffnung oder ein dünnes Rohr enthalten kann, um sicherzustellen, dass nur Licht aus dem Analysebereich 709 am Detektor 884 gemessen wird. Wenn die Lichtquelle pulsmoduliert ist, kann der Photodetektor einen Filter enthalten, um die Wirkung von Licht, das nicht auf der gewählten Frequenz ist, zu entfernen. Wenn mehrere und benachbarte Signale gleichzeitig erkannt werden, kann die verwendete Lichtquelle für jeden Analysebereich (z.B. Detektionsbereich) mit einer Frequenz moduliert werden, die sich ausreichend von der Frequenz der benachbarten Lichtquelle unterscheidet. In dieser Konfiguration kann jeder Detektor (z.B. per Software) so konfiguriert werden, dass er seine zugeordnete Lichtquelle auswählt und somit Störlicht aus benachbarten optischen Paaren vermeidet. Es kann einen oder mehrere Detektoren (d.h. eine oder mehrere Photomultiplierröhren) wie zwei, drei, vier oder fünf Detektoren geben.
  • Die Lichtmenge, die durch einen Analysebereich des Chips transmittiert oder von diesem emittiert wird, kann verwendet werden, um nicht nur Informationen über die Probe, sondern auch Informationen über spezifische Prozesse, die mit einem oder mehreren Chips zusammenhängen, zu bestimmen. In bestimmten Ausführungsformen können Qualitätskontrollen oder Abweichungen im Chip festgestellt werden. So kann z.B. anhand von Rückmeldungen aus einem Kontrollanalysebereich festgestellt werden, ob bei der Herstellung oder Lagerung des Chips Anomalien aufgetreten sind.
  • In einer Ausführung enthält der Analysator ein im Gehäuse angeordnetes Temperaturregelsystem, das zur Regelung der Temperatur im Analysator konfiguriert werden kann. Für bestimmte Probenanalysen kann es erforderlich sein, die Probe in einem bestimmten Temperaturbereich zu halten. Beispielsweise ist es in einer Ausführung wünschenswert, die Temperatur im Gerät auf ca. 37°C zu halten. Dementsprechend enthält das Temperaturregelsystem in einer Ausführung eine Heizung, die so konfiguriert ist, dass sie einen oder mehrere Chips erwärmt. In einer Ausführung ist die Heizung eine Widerstandsheizung, die an der Unterseite des Gerätes angebracht werden kann, an der sich der eine oder die mehreren Chips befinden. In einer Ausführung enthält das Temperaturregelsystem auch einen Thermistor zur Messung der Temperatur eines oder mehrerer Chips und es kann eine Steuerschaltung zur Steuerung der Temperatur vorgesehen werden.
  • In einer Ausführung kann der passive Luftstrom im Gerät bei Bedarf die Luft im Gerät kühlen. Optional kann ein Lüfter im Gerät eingebaut werden, um die Temperatur im Gerät zu senken. Bei einigen Ausführungen kann das Temperaturregelsystem thermoelektrische Peltier-Heizgeräte und/oder -Kühler im Gerät enthalten.
  • Die Informationen von oder in Verbindung mit einem Identifikator können in einigen Ausführungsformen, zum Beispiel im Computerspeicher oder auf einem computerlesbaren Datenträger, für zukünftige Referenz- und Aufzeichnungszwecke gespeichert werden. Beispielsweise können bestimmte Kontrollsysteme Informationen von oder in Verbindung mit Identifikatoren verwenden, um festzustellen, welche Komponenten (z. B. Chips) oder Arten von Chips in einer bestimmten Analyse verwendet wurden, das Datum, die Uhrzeit und die Dauer der Verwendung, die Einsatzbedingungen etc. Diese Informationen können z.B. verwendet werden, um festzustellen, ob eine oder mehrere Komponenten des Analysators gereinigt oder ausgetauscht werden sollen. Optional kann ein Kontrollsystem oder ein anderes geeignetes System einen Bericht aus den gesammelten Informationen erstellen, einschließlich der Informationen, die von den Identifikatoren kodiert werden oder mit ihnen in Verbindung stehen, die zum Nachweis der Einhaltung der gesetzlichen Normen oder zur Überprüfung der Qualitätskontrolle verwendet werden können.
  • Informationen, die auf einem Identifikator kodiert sind oder diesem zugeordnet sind, können auch verwendet werden, um beispielsweise festzustellen, ob die dem Identifikator zugeordnete Komponente (z. B. ein Chip) echt oder gefälscht ist. Bei einigen Ausführungsformen führt die Feststellung des Vorhandenseins einer gefälschten Komponente zu einer Systemsperre. In einem Beispiel kann der Identifikator einen eindeutigen Identitätscode enthalten. In diesem Beispiel würde die Prozesssteuerungssoftware oder der Analysator den Systemstart nicht zulassen (z.B. kann das System deaktiviert werden), wenn ein fremder oder falscher Identitätscode (oder kein Identitätscode) erkannt wurde.
  • In bestimmten Ausführungen können die von einem Identifikator erhaltenen oder damit verbundenen Informationen dazu verwendet werden, die Identität eines Kunden zu überprüfen, an den der Chip und/oder Analysator verkauft wird oder für den ein biologischer, chemischer oder pharmazeutischer Prozess durchgeführt werden soll. In einigen Fällen werden die Informationen, die von einem Identifikator erhalten werden oder mit ihm verbunden sind, als Teil eines Prozesses der Datenerfassung zur Fehlersuche in einem System verwendet. Der Identifier kann auch Informationen wie Chargenhistorien, Montageprozess- und Instrumentierungsdiagramme (P und IDs), Fehlerbehebungshistorien u.a. enthalten oder damit verknüpft sein. Die Fehlerbehebung eines Systems kann in einigen Fällen über Fernzugriff oder mit Hilfe von Diagnosesoftware erfolgen.
  • In einer Ausführung enthält der Analysator eine Benutzeroberfläche, die innerhalb des Gehäuses positioniert und so konfiguriert werden kann, dass ein Benutzer Informationen in den Probenanalysator eingeben kann. In einer Ausführung ist die Benutzeroberfläche ein Touchscreen.
  • Der Touchscreen kann einen Benutzer durch die Bedienung des Analysators führen und ihm Text und/oder grafische Anweisungen zur Bedienung des Analysators geben. Die Benutzeroberfläche des Touchscreens kann den Benutzer z.B. anleiten, einen oder mehrere Chips oder Chipadapter in den Analysator einzuführen. Er kann den Benutzer dann anleiten, den Namen des Probanden oder eine andere Quelle/Nummer zur Identifizierung des Probanden in den Analysator einzugeben (z. B. Alter, Ergebnisse einer DRE-Prüfung usw.). Es ist zu beachten, dass die Betreffinformationen wie Name, Geburtsdatum und/oder Betreff-ID-Nummer in die Benutzeroberfläche des Touchscreens eingegeben werden können, um den Betreff zu identifizieren. Der Touchscreen kann die verbleibende Zeit für die Analyse der Probe anzeigen. Die Touchscreen-Benutzeroberfläche kann dann die Ergebnisse der Probenanalyse zusammen mit dem Namen des Probanden oder anderen identifizierenden Informationen darstellen.
  • In einer anderen Ausführung kann die Benutzeroberfläche anders konfiguriert werden, z.B. mit einem LCD-Display und einer einzigen Taste zum Durchblättern des Menüs. In einer anderen Ausführung kann die Benutzeroberfläche einfach eine Starttaste enthalten, um den Analysator zu aktivieren. In anderen Ausführungen kann die Benutzeroberfläche von separaten, unabhängigen Geräten (z.B. Smartphone oder mobiler Computer) zur Anbindung an den Analysator verwendet werden.
  • Der oben beschriebene Analysator kann auf verschiedene Weise verwendet werden, um eine in den Analysator eingelegte Probe zu verarbeiten und zu analysieren. Sobald eine mechanische Komponente, die so konfiguriert ist, dass sie mit dem einen oder den mehreren Chips oder dem Chipadapter verbunden ist, anzeigt, dass der eine oder die mehreren Chips oder der Chipadapter ordnungsgemäß in den Analysator geladen sind, liest und identifiziert der Identifikationsleser die mit dem einen oder den mehreren Chips verbundenen Informationen. Der Analysator kann so konfiguriert werden, dass er die Informationen mit den in einem Kontrollsystem gespeicherten Daten vergleicht, um sicherzustellen, dass er über Kalibrierinformationen für diese bestimmte Probe verfügt. Für den Fall, dass das Gerät nicht über die richtigen Kalibrierinformationen verfügt, kann das Gerät eine Aufforderung an den Benutzer ausgeben, die benötigten Informationen hochzuladen. Der Analysator kann auch so konfiguriert werden, dass er die mit einem oder mehreren Chips verbundenen Verfallsdaten überprüft und die Analyse abbricht, wenn das Verfallsdatum abgelaufen ist.
  • In einer Ausführung kann das optische System erste Messungen durchführen, um Referenzwerte zu erhalten. Solche Referenzmessungen können sowohl bei aktivierten als auch bei deaktivierten Lichtquellen durchgeführt werden.
  • In einem bestimmten Satz von Ausführungsformen wird der Analysator verwendet, um den Gehalt an iPSA, fPSA, tPSA, total hK2 und/oder freiem hK2 in einer Blutprobe zu messen. In einem bestimmten Satz von Ausführungsformen wird der Analysator verwendet, um den Gehalt an fPSA, tPSA, total hK2 und/oder freiem hK2 in einer Blutprobe zu messen. Bei bestimmten Ausführungen wird der Analysator nicht zur Messung des iPSA-Niveaus verwendet. Bei einigen Ausführungen können drei, vier, fünf, sechs oder mehr Analysen zur Analyse der Probe verwendet werden.
  • Das System kann eine dem Gehäuse zugeordnete Benutzeroberfläche zur Eingabe mindestens eines klinischen Faktors (z.B. des Alters einer Person) enthalten. Das System kann einen Prozessor in elektronischer Kommunikation mit dem Analysator enthalten, wobei der Prozessor so programmiert ist, dass er ein logistisches Regressionsmodell wie hier beschrieben in Kombination mit Informationen auswertet, die den Gehalt an einem oder mehreren Kallikrein-Proteinen (Markern) anzeigen, ausgewählt aus: tPSA, fPSA, iPSA, total hK2 und/oder freiem hK2 in einer Blutplasmaprobe eines Patienten, bei dem zuvor ein nicht-aggressiver Prostatakrebs diagnostiziert wurde. In einigen Ausführungsformen kann das System einen Prozessor in elektronischer Kommunikation mit dem Analysator enthalten, wobei der Prozessor so programmiert ist, dass er ein logistisches Regressionsmodell wie hier beschrieben in Kombination mit Informationen auswertet, die den Gehalt an einem oder mehreren Kallikrein-Proteinen (Markern) anzeigen, ausgewählt aus: tPSA, fPSA, total hK2 und/oder freiem hK2 in einer Blutplasmaprobe eines Patienten, bei dem zuvor ein nicht-aggressiver Prostatakrebs diagnostiziert wurde. In bestimmten Ausführungsformen sind die Informationen, die den Gehalt eines oder mehrerer Kallikrein-Proteine (Marker) anzeigen, keine Informationen über iPSA.
  • Nicht einschränkende Beispiele für geeignete Geräte sind in der US-Patentanmeldungsnummer US 2013/0273643 mit dem Titel „Methods and Apparatuses for Predicting Risk of Prostate Cancer and Prostate Drüsen Volume“, die am 17. Oktober 2013 veröffentlicht wurde, und dem US-Patent Nr. 8,765,062 mit dem Titel „Systems and Devices for Analysis of Samples“, das am 1. Juli 2014 herausgegeben wurde und dessen Inhalt durch Verweis in seiner Gesamtheit für alle Zwecke übernommen wird, aufgeführt. Es ist jedoch zu beachten, dass auch andere Gerätetypen verwendet werden können (z.B. alle Beispiele von Dia-Lesegeräten, Plattenlesern, Analysatoren für Microwell-ELISA-Assays usw.), da die Offenlegung in dieser Hinsicht nicht eingeschränkt ist.
  • Ein Analysator kann mit jeder der hier beschriebenen Ausführungsformen verwendet werden. Der Analysator kann ein Gehäuse enthalten, das so konfiguriert ist, dass es die im Folgenden näher erläuterten Komponenten des Analysators abdeckt oder hält. Eine Öffnung im Gehäuse kann zur Aufnahme eines oder mehrerer Chips oder eines Chipadapters konfiguriert werden. Wie weiter unten beschrieben, kann der Analysator auch eine Benutzeroberfläche enthalten, die innerhalb des Gehäuses angeordnet ist und so konfiguriert ist, dass ein Benutzer Informationen in den Probenanalysator eingeben kann. In dieser speziellen Ausführung enthält die Benutzeroberfläche einen Touchscreen, aber wie unten beschrieben, kann die Benutzeroberfläche anders konfiguriert werden.
  • In einigen Ausführungen kann der Analysator einen Identifikationsleser enthalten, der so konfiguriert ist, dass er Informationen zu einem oder mehreren Chips liest und/oder einen Chipadapter und/oder ein mechanisches Subsystem, das eine Komponente enthält, die so konfiguriert ist, dass sie mit dem einen oder den mehreren Chips verbunden ist, oder einen Chipadapter, um den einen oder die mehreren Chips oder einen Chipadapter innerhalb des Gehäuses zu erkennen. Wie oben erwähnt, ist eine Öffnung im Gehäuse für die Aufnahme eines oder mehrerer Chips oder eines Chipadapters konfiguriert. Die Öffnung kann als länglicher Schlitz ausgeführt werden. Die Öffnung kann so konfiguriert werden, dass sie einen im Wesentlichen karten- oder schieberförmigen Chip aufnimmt. Die Öffnung kann so konfiguriert werden, dass sie einen im Wesentlichen kartenförmigen Chip- oder Diahalter aufnimmt. Es ist zu beachten, dass bei anderen Ausführungen die Öffnung anders geformt und gestaltet sein kann, da die Erfindung nicht so begrenzt ist.
  • Wie oben erwähnt, kann der Analysator so konfiguriert werden, dass er verschiedene Arten von Chips oder Chip-Adaptern (z.B. Microarray-Geräte) aufnehmen kann. Der Chip kann im Wesentlichen kartenförmig (d.h. ähnlich einem Kartenschlüssel) oder diaförmig (z.B. ähnlich einem Glasobjektträger für die Mikroskopie) mit einer im Wesentlichen starren plattenförmigen Struktur sein.
  • Wie hierin verwendet, bedeutet „vor der ersten Verwendung des Chips“ eine Zeit oder Zeiten, bevor der Chip nach dem kommerziellen Verkauf von einem beabsichtigten Benutzer zum ersten Mal verwendet wird. Die erste Verwendung kann alle Schritte umfassen, die eine Manipulation des Geräts durch einen Benutzer erfordern. Zum Beispiel kann die erste Verwendung einen oder mehrere Schritte umfassen, wie das Öffnen der Verpackung, die einen oder mehrere der hier beschriebenen Chips enthält, die Vorbereitung des Chips (z.B. das Laden von Reagenzien in oder auf den Chip) vor der Analyse einer Probe, das Laden einer Probe auf den Chip, die Vorbereitung einer Probe in einem Bereich des Chips, die Durchführung einer Reaktion mit einer Probe, der Nachweis einer Probe etc. Die erstmalige Verwendung umfasst in diesem Zusammenhang nicht die Herstellung oder andere Vorbereitungs- oder Qualitätskontrollen durch den Hersteller des Chips. Diejenigen, die in der Kunst üblich sind, sind sich der Bedeutung der ersten Verwendung in diesem Zusammenhang bewusst und werden leicht feststellen können, ob ein Chip der Erfindung die erste Verwendung erfahren hat oder nicht. In einem Satz von Ausführungsformen sind die Chips der Erfindung nach dem ersten Gebrauch (z.B. nach Abschluss eines Tests) verfügbar, und es ist besonders offensichtlich, wenn solche Geräte zum ersten Mal verwendet werden, da es in der Regel unpraktisch ist, die Geräte nach dem ersten Gebrauch überhaupt zu verwenden (z.B. für die Durchführung eines zweiten Tests).
  • Das hier beschriebene Assaysystem kann z.B. einen Chip oder Chipadapter umfassen, der mit einer oder mehreren Komponenten wie einer oder mehreren Lichtquellen, Detektionssystemen (z.B. zur Detektion eines oder mehrerer Flüssigkeiten und/oder Prozesse) und/oder Temperaturregelsystemen oder Ventilatoren (z.B. zur Erwärmung und/oder Kühlung eines oder mehrerer Bereiche des einen oder der mehreren Chips) in Verbindung steht. Die Komponenten können extern oder intern sein und optional einen oder mehrere Prozessoren zur Steuerung der Komponente oder des Komponentensystems enthalten. In bestimmten Ausführungen sind eine oder mehrere dieser Komponenten und/oder Prozessoren mit einem Probenanalysator verbunden, der so konfiguriert ist, dass er eine in oder auf einem oder mehreren Chips enthaltene Probe verarbeitet und/oder analysiert. Der Prozessor kann optional so programmiert werden, dass er ein lineares Regressionsmodell wie hier beschrieben auswertet.
  • Im Allgemeinen zeigt eine Komponente, die mit einer oder mehreren anderen Komponenten „operativ verbunden“ ist, an, dass diese Komponenten direkt miteinander verbunden sind, in direktem physischen Kontakt miteinander stehen, ohne miteinander verbunden oder verbunden zu sein, oder nicht direkt miteinander verbunden oder miteinander in Kontakt stehen, sondern mechanisch, elektrisch (auch über elektromagnetische Signale, die durch den Raum übertragen werden) oder fluidisch miteinander verbunden sind (z.B. über Kanäle wie Rohre), um die so verbundenen Komponenten zu veranlassen oder zu ermöglichen, ihre beabsichtigte Funktionalität zu erfüllen.
  • Die Komponenten des Analysators sowie weitere optionale Komponenten, wie die hier beschriebenen, können einer Steuerung zugeordnet werden. In einigen Ausführungsformen kann das Kontrollsystem zur Steuerung von Flüssigkeiten und/oder zur Qualitätskontrolle durch die Verwendung von Rückmeldungen von einem oder mehreren Ereignissen im System verwendet werden. Beispielsweise kann die Steuerung so konfiguriert werden, dass sie Eingangssignale von einer oder mehreren Komponenten empfängt, verschiedene Parameter berechnet und/oder steuert, ein oder mehrere Signale oder ein Signalmuster mit in die Steuerung vorprogrammierten Signalen vergleicht und/oder Signale an eine oder mehrere Komponenten sendet, um den Betrieb der Anlage zu steuern. Optional kann die Steuerung auch mit anderen Komponenten wie einer Bedienoberfläche, einem Identifikationssystem, einer externen Kommunikationseinheit (z.B. USB) und/oder anderen Komponenten verbunden werden, wie im Folgenden näher beschrieben.
  • Ein oder mehrere Chips oder ein Chipadapter (z.B. ein oder mehrere Microarrays) können eine beliebige Konfiguration von Kanälen und/oder Komponenten zur Durchführung einer gewünschten Analyse haben. Ein oder mehrere Chips oder ein Chip-Adapter enthalten in einem Satz von Ausführungsformen gespeicherte Reagenzien, die zur Durchführung einer chemischen und/oder biologischen Reaktion (z.B. Immunoassay) verwendet werden können, wie hier näher beschrieben.
  • Prädiktive Modelle
  • Aspekte der Offenlegung bieten computerimplementierte Methoden zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs, wie z.B. ein Upgrade von nicht aggressivem zu aggressivem Prostatakrebs. Solche Methoden können darin bestehen, über eine Eingabeschnittstelle Informationen zu erhalten, die den Gehalt an tPSA in einer Blutplasmaprobe eines Patienten anzeigen, und über eine Eingabeschnittstelle Informationen darüber zu erhalten, ob der Patient zuvor eine Biopsie von Prostatagewebe durchgeführt hat. In einigen Ausführungsformen beinhalten die Methoden außerdem die Bewertung eines geeigneten Vorhersagemodells (z.B. eines logistischen Regressionsmodells), das zumindest teilweise auf den erhaltenen Informationen basiert, um die Wahrscheinlichkeit des Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs zu bestimmen. Das prädiktive Modell kann die Wahrscheinlichkeit des Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs zumindest teilweise auf der Grundlage der gemessenen tPSA-Werte und Informationen darüber, ob die Person eine vorherige Biopsie des Prostatagewebes hatte, generieren. Das prädiktive Modell kann die Wahrscheinlichkeit des Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs zumindest teilweise auf der Grundlage gemessener Werte von tPSA, fPSA, iPSA, freiem hK2, Gesamt hK2, MSMB und/oder MIC-1 und Informationen darüber, ob die Person eine vorherige Biopsie von Prostatagewebe hatte, generieren. Das prädiktive Modell kann die Wahrscheinlichkeit des Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs zumindest teilweise auf der Grundlage gemessener Werte von tPSA, fPSA, freiem hK2, Gesamt hK2, MSMB und/oder MIC-1 und Informationen darüber, ob die Person eine vorherige Biopsie von Prostatagewebe hatte, generieren. In einigen Ausführungsformen basiert das Vorhersagemodell (auch teilweise) nicht auf gemessenen iPSA-Werten.
  • Ein oder mehrere Werte, die dem Alter, dem digitalen Untersuchungsstatus und/oder dem vorherigen Biopsiestatus entsprechen, können von mindestens einem Prozessor zur Verarbeitung mit einer oder mehreren der hier beschriebenen Techniken empfangen werden. Zunächst werden ein oder mehrere Werte, die Protein(marker)daten für tPSA, fPSA, iPSA, free hK2, total hK2, MSMB und/oder MIC-1 darstellen, von dem mindestens einen Prozessor empfangen. Alternativ werden ein oder mehrere Werte, die Protein-(Marker-)Daten für tPSA, fPSA, freie hK2, total hK2, MSMB und/oder MIC-1 darstellen, von dem mindestens einen Prozessor empfangen. In einigen Ausführungsformen stellen die Werte keine Daten für iPSA dar. Die Werte können auf jede geeignete Weise empfangen werden, einschließlich, aber nicht beschränkt auf, über eine lokale Eingabeschnittstelle wie eine Tastatur, einen Touchscreen, ein Mikrofon oder ein anderes Eingabegerät, von einer mit dem Netzwerk verbundenen Schnittstelle, die die Werte von einem Gerät empfängt, das sich entfernt von dem/den Prozessor(en) befindet, oder direkt von einem oder mehreren Detektoren, die den Blutprotein-(Marker-)Wert(e) messen (z. B. in einer Implementierung, in der der/die Prozessor(en) mit einem Messgerät integriert sind, das einen oder mehrere Detektoren enthält).
  • Nach Erhalt der Werte für tPSA geht der Prozess so vor, dass, wenn die tPSA-Werte über einem Schwellenwert liegen (z.B. 25 ng/ml), ein erstes prädiktives Modell ausgewählt werden kann und, wenn die tPSA-Werte auf oder unter dem Schwellenwert liegen, ein zweites prädiktives Modell ausgewählt werden kann. Wenn die tPSA-Werte über dem Schwellenwert liegen, kann ein prädiktives Modell ausgewählt werden, das auf dem DRE-Status, dem vorherigen Biopsiestatus und den tPSA-Werten basiert. Wenn die tPSA-Werte auf oder unter dem Schwellenwert liegen, wird alternativ ein Vorhersagemodell basierend auf dem DRE-Status, dem vorherigen Biopsiestatus und tPSA, fPSA, iPSA free hK2, total hK2, MSMB und/oder MIC-1-Werten ausgewählt. In einigen Ausführungsformen, wenn die tPSA-Werte auf oder unter dem Schwellenwert liegen, wird ein prädiktives Modell basierend auf dem DRE-Status, dem vorherigen Biopsiestatus und den tPSA-, fPSA-, freien hK2-, gesamten hK2-, MSMB- und/oder MIC-1-Werten ausgewählt. In bestimmten Ausführungsformen basiert das Vorhersagemodell nicht auf iPSA-Werten. Anhand eines Vorhersagemodells wird dann die Wahrscheinlichkeit bestimmt, dass ein Prostatakrebs vorliegt. Die Vorhersage kann für einen Krebs beliebigen Grades oder für einen Krebs hohen Grades oder für ein Upgrade von nicht aggressivem zu aggressivem Prostatakrebs sein, je nach verwendetem Modell.
  • Nach der Bestimmung der Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs (z.B. ein Upgrade von nicht aggressivem Prostatakrebs auf aggressiven Prostatakrebs) kann die Ausgabe an einen Benutzer (z.B. einen Arzt, einen Probanden) erfolgen, um ein weiteres diagnostisches Verfahren und/oder Behandlungsentscheidungen zu leiten. Die Wahrscheinlichkeit kann in beliebiger Weise ausgegeben werden. Bei einigen Ausführungsformen kann die Wahrscheinlichkeit beispielsweise durch die Anzeige eines numerischen Wertes, der die Wahrscheinlichkeit auf einem Bildschirm eines Geräts darstellt, ausgegeben werden. In anderen Ausführungen kann die Wahrscheinlichkeit über eine oder mehrere Leuchten oder andere optische Anzeigen auf einem Gerät ausgegeben werden. In anderen Ausführungsformen kann die Wahrscheinlichkeit durch Audioausgabe, taktile Ausgabe oder eine Kombination aus einer oder mehreren Audio-, taktilen und visuellen Ausgaben angegeben werden. Bei einigen Ausführungsformen umfasst die Ausgabe der Wahrscheinlichkeit das Senden von Informationen an ein mit dem Netzwerk verbundenes Gerät, um einen Benutzer über die ermittelte Wahrscheinlichkeit zu informieren. Beispielsweise kann die Wahrscheinlichkeit von einem oder mehreren Prozessoren an einem entfernten Standort bestimmt werden, und eine Anzeige der Wahrscheinlichkeit kann an ein elektronisches Gerät eines Benutzers (z. B. einen Arzt) über ein oder mehrere Netzwerke gesendet werden, um die Wahrscheinlichkeit an dem entfernten Standort zu bestimmen. Das elektronische Gerät, das einem Benutzer in Übereinstimmung mit den hier beschriebenen Techniken eine Ausgabe liefert, kann jedes geeignete Gerät sein, einschließlich, aber nicht beschränkt auf, einen Laptop, Desktop oder Tablet-Computer, ein Smartphone, einen Pager, einen persönlichen digitalen Assistenten und ein elektronisches Display.
  • Bei einigen Ausführungsformen wird die Wahrscheinlichkeit des Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs gemäß der unten wiedergegebenen Gleichung (I) bestimmt:
    Gleichung (1) (siehe Anlage)
    wobei der Logit (L) unter Verwendung eines von mehreren logistischen Regressionsmodellen bestimmt wird.
    Die Daten können mit jeder Art von algorithmischer Analyse einer beliebigen Menge oder Teilmenge von Ergebnissen kombiniert werden. Diese algorithmische Analyse kann eine lineare Kombination der Daten sein, wobei die lineare Kombination die diagnostische Leistung verbessert (z.B. gemessen mit ROC-AUC). Andere mögliche Methoden zur Analyse der Daten und/oder Kombination der Daten zu einem Modell, das in der Lage ist, eine diagnostische Schätzung zu erstellen, können (sind aber nicht darauf beschränkt) nichtlineare Polynome, Support-Vektor-Maschinen, neuronale Netzwerk-Klassifikatoren, Diskriminanzanalyse, Zufallswald, Gradientenverstärkung, partielle kleinste Quadrate, Ridge-Regression, Lasso, elastische Netze und/oder k-nahe Nachbarn umfassen. Spezifische Methoden zur Vorhersage oder Klassifizierung eines bestimmten Ergebnisses finden sich beispielsweise auch in "The Elements of Statistical Learning": Data Mining, Inference, and Prediction, Second Edition" von T Hastie et al., Springer Series in Statistics, ISBN 978-0387848570, die durch Verweis hierin in ihrer Gesamtheit enthalten ist.
  • Als nicht-limitierendes Beispiel könnte ein lineares Modell entworfen werden, das nur Informationen über das Alter, die Familiengeschichte und das Verhältnis von freiem PSA zu Gesamt-PSA (freier/gesamter PSA) für ein Subjekt verwendet. Das erste lineare Modell wird definiert als: LM1 = 1,07679-0,00118523*[ALTER] + 0,0952954 *[FAMILIENGESCHICHTE]-0,0234183 *[frei/gesamt PSA].
  • Ein zweites lineares Modell könnte zusätzlich zu den Werten von tPSA, fPSA, hK2 (frei hK2 oder gesamt hK2) und dem Verhältnis von freiem PSA zu Gesamt-PSA (frei/gesamt PSA) für ein Subjekt entworfen werden. Das zweite lineare Modell wäre definiert als: LM2 = 0,806743-0,000112063*[AGE] + 0,0541963*[FAMILIENGESCHICHTE] + 0,000537*[tPSA] + 0,0605211*[fPSA] - 0,0218285*[frei/gesamt PSA] + 0,624642*[hK2].
  • Ein drittes lineares Modell könnte unter Verwendung der vorhergehenden Biopsieinformationen entworfen werden („PrevBiop“, wo das Subjekt vorher eine Prostatabiopsie gehabt hat, angezeigt durch eine 1, oder hat nicht vorher eine Biopsie gehabt, angezeigt durch eine 0), und „GenScore“ ist die genetische Score Variable, der wie im allgemeinen Report „Polygenic Risk Score Improves Prostate Cancer Risk Prediction: Results from the Stockholm-I Cohort Study“ von Markus Aly et al., European Urology; 60 (2011) 21-28, beschrieben berechnet wird, der die Ergebnisse der SNP-Tests berücksichtigt. Die Parameter „[hK2]“, „[fPSA]“, „[iPSA]“, „[MIC-1]“, „[MSMB]“ und „[tPSA]“ beziehen sich auf die jeweiligen Messwerte dieser Biomarker, „frei/gesamt PSA“ ist das Verhältnis von freiem PSA zum gesamten PSA und „Alter“ ist das Alter des Probanden. Weiterhin kann sich „[hK2]“ auf den Messwert des freien hK2 oder des gesamten hK2 beziehen. Das dritte lineare Modell wäre definiert als: LM3 = 0,0275109 + 0,427272770*PrevBiop + 0,0006496*[tPSA] + 0,0868130*GenScore - 0,0334401*[hK2] + 0.0082864*[iPSA] + 0,0110069*[MIC-1] + 0,0069329*[MSMB] + 0,0084636*Alter - 0,0018337*[fPSA] - 1,6079442*(frei/gesamt PSA). In bestimmten Fällen enthält das lineare Modell keine iPSA-Komponente.
  • Ein viertes lineares Modell könnte unter Verwendung von Ergebnissen aus einem oder mehreren Parametern von Markern, die Kallikrein-Proteine sind, erstellt werden. Die Parameter „[hK2]“, „[fPSA]“, „[iPSA]“, „[MIC-1]“, „[MSMB]“ und „[tPSA]“ beziehen sich auf die jeweiligen Messwerte dieser Biomarker, „free/total PSA“ ist das Verhältnis von freiem PSA zum gesamten PSA und „Alter“ ist das Alter des Probanden. Weiterhin kann sich „[hK2]“ auf den Messwert des freien hK2 oder des gesamten hK2 beziehen. In bestimmten Fällen enthält das lineare Modell keine iPSA-Komponente. Wenn Werte für eines oder mehrere der Kallikrein-Proteine (Marker) fehlen oder vermutet werden, dass sie fehlerhaft oder kompromittiert sind, würde der Kallikrein-Score (hier dargestellt als K, der den Kallikrein-Score mit allen diskutierten Proteinen (Marker) und K1-K3, der den Kallikrein-Score mit einer Teilmenge der Marker darstellt) nach den folgenden Formeln variieren:  K = ( 0,07316 * [ tPSA ] − 0,13778 * [ fPSA ] + 0,01293 * [ hK2 ] + 0,08323 [ iPSA ] − 0,01844 * [ frei/gesamt PSA ] ) / 0,07316 − 0,13778 + 0,01293 + 0,08323 − 0,01844 )
    Figure DE202017006951U1_0001
      K1 = ( 0,07316 * [ tPSA ] − 0,13778 * [ fPSA ] + 0,08323 [ iPSA ] − 0,01844 * [ frei/gesamt PSA ] ) / 0,07316 − 0,13778 + 0,08323 − 0,01844 )
    Figure DE202017006951U1_0002
      K2 = ( 0,07316 * [ PSA ] − 0,13778 * [ fPSA ] − 0,01844 * [ frei/gesamt PSA ] / ( 0,07316 − 0,13778 − 0,01844 )
    Figure DE202017006951U1_0003
     K3 = ( 0,07316 * [ tPSA ] − 0,13778 * [ fPSA ] ) / ( 0,07316 − 0,13778 )
    Figure DE202017006951U1_0004
    Das prädiktive Modell für die Beurteilung des Risikos von Prostatakrebs wäre dann: LM4 = (Kallikreinwert)*C1 + GenScore*C2 + [MIC-1]*C3 + [MSMB]*C4 + Alter*C5 + C6 wobei C1 - C6 jeweils Konstanten zur Anpassung des Beitrags jeder Komponente sind.
  • Der Algorithmus, der Daten aus den verschiedenen Kategorien in einen einzigen Wert integriert, der anzeigt, ob der Patient wahrscheinlich an soliden Tumoren leidet, kann beispielsweise eine nichtlineare Funktion sein, bei der die Abhängigkeit verschiedener Kategorien zur weiteren Steigerung der diagnostischen Leistung der Methode verwendet wird. Der Algorithmus zur Vorhersage des Prostatakrebsrisikos kann auch durch die Verwendung transformierter Variablen (z.B. durch die Verwendung von log10(PSA)-Werten) verbessert werden. Die Transformation kann für Variablen mit abnormaler Verteilung von Vorteil sein. Mögliche Variablentransformationen sind unter anderem Logarithmus-, Invers-, Quadrat- und Quadratwurzeltransformationen. In bestimmten Ausführungsformen enthält der Algorithmus keine iPSA-Komponente.
  • Nicht einschränkende Beispiele für verschiedene Arten von logistischen Regressionsmodellen, die in Übereinstimmung mit den hier beschriebenen Techniken verwendet werden können:
  • Einfaches Modell (nur tPSA)
  • Gleichung (2) (siehe Anlage)
    oder
    Gleichung (3) (Anlage)
  • Vier Testmodelle mit Frei/Gesamt-Verhältnis
  • In diesem Modell wird das Verhältnis von freiem PSA zu Gesamt-PSA durch den freien PSA-Term ersetzt.
    Gleichung (4) (siehe Anlage)
  • Vier Testmodelle mit log(tPSA) und Frei/Gesamt-Verhältnis
  • In diesem Modell wird das Protokoll von tPSA durch den tPSA-Term ersetzt, um den erhöhten Beitrag dieses prädiktiven Faktors zu berücksichtigen.
    Gleichung (5) (siehe Anlage)
  • Polynom-Modell
  • In diesem Modell sind zusätzliche nichtlineare Begriffe für tPSA und fPSA enthalten. In der untenstehenden Beispielgleichung wird das Quadrat von tPSA verwendet, um die direkte Beziehung zwischen diesem Begriff und dem Risiko von Prostatakrebs zu betonen, und die Quadratwurzel des freien/gesamten PSA-Begriffs wird verwendet, um die inverse Assoziation dieses Begriffs mit dem Risiko wiederzugeben. Es ist jedoch zu beachten, dass Polynombegriffe höherer Ordnung (z.B. kubisch) auch in einigen Verkörperungen enthalten sein können.
    Gleichung (6) (siehe Anlage)
  • Linear Splines für alle vier Assays
  • In diesem Modell werden lineare Splines mit einem einzigen Knoten am Mittelwert hinzugefügt. Die Splines können mit den folgenden Gleichungen bestimmt werden:
    Gleichung (7) (siehe Anlage)
    wobei das Modell repräsentiert wird als:
    Gleichung (8) (siehe Anlage)
  • Linearführungen für tPSA und fPSA
  • In diesem Modell sind lineare Splines nur für tPSA und fPSA enthalten, um die Anzahl der Variablen zu reduzieren und das Modell zu vereinfachen.
    Gleichung (9) (siehe Anlage)
    In den obigen Gleichungen ist „priorbx“ ein binärer Wert, der angibt, ob eine Person eine vorherige Biopsie zur Erkennung von Prostatakrebs hatte. Ein Wert von 1 bedeutet, dass eine vorherige Biopsie stattgefunden hat und ein Wert von 0 bedeutet, dass die vorherige Biopsie nicht stattgefunden hat.
  • Cubic Splines für alle vier Assays
  • In diesem Modell sind kubische Splines für jeden Begriff enthalten. Im folgenden Beispiel wird ein kubischer Spline mit vier Knoten beschrieben. Es ist jedoch zu beachten, dass ein kubischer Spline mit einer beliebigen Anzahl von Knoten, einschließlich, aber nicht beschränkt auf, fünf Knoten, sechs Knoten, sieben Knoten und acht Knoten, alternativ verwendet werden kann. Die Splines können mit den folgenden Gleichungen bestimmt werden:
    Gleichung (10) (siehe Anlage)
    Gleichung (11) (siehe Anlage)
    wobei Knoten1 und Knoten4 äußere Knoten für den kubischen Spline und Knoten2 und Knoten3 innere Knoten für den kubischen Spline sind. Die externen Knoten können als Mindest- und Höchstwerte für tPSA, fPSA, iPSA oder hK2 (frei oder gesamt hK2) in einer Population festgelegt werden. Ein interner Knoten (z.B. Knoten2) kann als 33,3-Perzentilwert von tPSA, fPSA, iPSA oder hK2 (freie oder gesamte hK2) in einer Population eingestellt werden. Ein anderer interner Knoten (z.B. Knoten3) kann als 66,6 Perzentilwert von tPSA, fPSA, iPSA oder hK2 (freie oder gesamte hK2) in einer Population eingestellt werden.
  • In einigen Ausführungsformen sind die inneren Knoten im Bereich von etwa 2 bis etwa 8 und zwischen etwa 3 bis etwa 6 für tPSA, zwischen etwa 0,25 bis etwa 2 und zwischen etwa 0,5 bis etwa 1,5 für fPSA, zwischen etwa 0,2 bis etwa 0,5 und zwischen etwa 0,4 bis etwa 0,8 für iPSA und zwischen etwa 0,02 bis etwa 0,04 und zwischen etwa 0,04 bis etwa 0,08 für hK2 (frei oder gesamt hK2) angegeben. Beispielsweise werden in einer Implementierung Werte von 3,92 und 5,61 für die internen Knoten für tPSA, Werte von 0,82 und 1,21 für die internen Knoten für fPSA, Werte von 0,3 und 0,51 für die internen Knoten von iPSA und Werte von 0,036 und 0,056 für die internen Knoten von hK2 (frei oder gesamt hK2) verwendet.
  • In bestimmten Ausführungsformen können ein oder mehrere interne Knoten für tPSA unabhängig voneinander im Bereich von etwa 3 bis etwa 5, zwischen etwa 3 bis etwa 6, zwischen etwa 2,5 bis etwa 6, zwischen etwa 2,5 bis etwa 6,5, zwischen etwa 5 bis etwa 8, zwischen etwa 5,5 bis etwa 8, zwischen etwa 5 bis etwa 9, zwischen etwa 5 bis etwa 10, zwischen etwa 1 bis etwa 5, zwischen etwa 1 bis etwa 4 und zwischen etwa 1 bis etwa 3 liegen.
  • In bestimmten Ausführungsformen können ein oder mehrere interne Knoten für fPSA unabhängig voneinander im Bereich von etwa 0,1 bis etwa 1,0, zwischen etwa 0,1 bis etwa 1,2, zwischen etwa 0,3 bis etwa 0,8, zwischen etwa 0,4 bis etwa 0 liegen.9, zwischen etwa 0,5 bis etwa 1,2, zwischen etwa 0,7 bis etwa 1,4, zwischen etwa 0,7 bis etwa 0,9, zwischen etwa 1,1 bis etwa 1,6, zwischen etwa 1,1 bis etwa 1,2 und zwischen etwa 1,1 bis etwa 2, auch andere Bereiche sind möglich.
  • In bestimmten Ausführungsformen können ein oder mehrere interne Knoten für iPSA unabhängig voneinander im Bereich von etwa 0,05 bis etwa 0,5, zwischen etwa 0,1 bis etwa 0,5, zwischen etwa 0,2 bis etwa 0,5, zwischen etwa 0,5 liegen. 1 bis etwa 0,8, zwischen etwa 0,2 bis etwa 0,8, zwischen etwa 0,4 bis etwa 0,8, zwischen etwa 0,4 bis etwa 1,0, zwischen etwa 0,3 bis etwa 0,6, zwischen etwa 0,5 bis etwa 1,0 und zwischen etwa 0,6 bis etwa 0,8. Auch andere Bereiche sind möglich. In bestimmten Fällen enthält das Modell weder eine iPSA-Komponente noch einen internen Knoten. In bestimmten Ausführungen können ein oder mehrere interne Knoten für hK2 (frei oder gesamt hK2) unabhängig voneinander im Bereich von etwa 0,01 bis etwa 0,03, zwischen etwa 0,01 bis etwa 0,04, zwischen etwa 0,01 bis etwa 0,05, zwischen etwa 0,05 liegen.02 bis etwa 0,05, zwischen etwa 0,02 bis etwa 0,06, zwischen etwa 0,03 bis etwa 0,05, zwischen etwa 0,4 bis etwa 0,07, zwischen etwa 0,04 bis etwa 1,0, zwischen etwa 0,5 bis etwa 1,0 und zwischen etwa 0,6 bis etwa 1,0. Auch andere Bereiche sind möglich.
  • Wie oben beschrieben, können kubische Splines mit einer beliebigen Anzahl von Innenknoten (z.B. drei, vier, fünf, sechs Innenknoten) verwendet werden, und das Beispiel eines kubischen Splines mit zwei Innenknoten dient lediglich der Veranschaulichung und nicht der Begrenzung. Bei Ausführungsformen, die mehr als zwei innere Knoten enthalten, können die Knoten innerhalb eines oder mehrerer der oben genannten Bereiche oder in einem anderen geeigneten Bereich platziert werden. Zum Beispiel können in einigen Ausführungsformen die Knoten so spezifiziert werden, dass die Länge der Segmente des Splines zwischen jedem der Paare benachbarter Knoten im Wesentlichen gleich ist.
  • Das Modell kann repräsentiert werden als:
    Gleichung (12) (siehe Anlage)
  • tPSA-Schwellenmodell
  • Bei einigen Ausführungsformen kann das gewählte Modell davon abhängen, ob ein Schwellenwert von tPSA in der Probe erkannt wird oder nicht. In einigen Ausführungsformen, wenn der Gehalt an tPSA über einem Schwellenwert in einer Probe liegt, ist das Vorhersagemodell wie folgt:
    Gleichung (13) (siehe Anlage)
  • In einigen Ausführungen sind die Wertebereiche der Gewichtungskoeffizienten in diesem Modell wie in Tabelle 1 dargestellt. In der zweiten und dritten Spalte sind Koeffizienten angegeben, die geeignet sind, die Wahrscheinlichkeit zu bestimmen, dass eine Prostatagewebebiopsie einen Krebs beliebigen Grades hat; in der vierten und fünften Spalte sind Koeffizienten angegeben, die geeignet sind, die Wahrscheinlichkeit zu bestimmen, dass eine Prostatagewebebiopsie einen Krebs hohen Grades hat. Tabelle 1: Gewichtungskoeffizienten, die zu verwenden sind, wenn der tPSA-Wert größer als der Schwellenwert ist.
    Gewichtungskoeffizient Bereiche Krebs jeden Grades Hochgradiger Krebs (Gleason-Score >= 7,0)
    Niedrig Hoch Niedrig Hoch
    β0 -1,22E+00 -9,07E-01 7,83E-01 9,31E-01
    β1 1,04E-01 1,22E-01 1,24E-02 1,59E-02
    β2 -6,62E-02 -4,99E-02 -2,19E-01 -1,72E-01
    β3 1,34E-01 1,71E-01 5,23E-01 6,44E-01
    β4 -1,30E+00 -8,91E-01 -1,94E+00 -1,68E+00
  • Bei einigen Ausführungsformen ist das Vorhersagemodell wie folgt, wenn der tPSA-Gehalt in einer Probe kleiner oder gleich einem Schwellenwert ist:
    Gleichung (14) (siehe Anlage)
  • In einigen Ausführungen sind die Wertebereiche der Gewichtungskoeffizienten in diesem Modell wie in Tabelle 2 dargestellt. In der zweiten und dritten Spalte sind Koeffizienten angegeben, die geeignet sind, die Wahrscheinlichkeit zu bestimmen, dass eine Prostatagewebebiopsie einen Krebs beliebigen Grades hat; in der vierten und fünften Spalte sind Koeffizienten angegeben, die geeignet sind, die Wahrscheinlichkeit zu bestimmen, dass eine Prostatagewebebiopsie einen Krebs hohen Grades hat. Tabelle 2: Gewichtungskoeffizienten, die zu verwenden sind, wenn der tPSA-Wert kleiner oder gleich einem Schwellenwert ist.
    Gewichtungskoeffizient Bereiche Krebs jeden Grades Hochgradiger Krebs (Gleason-Score > 7,0)
    Niedrig Hoch Niedrig Hoch
    β0 -2,86E+00 -1,97E+00 -7,35E+00 -6,00E+00
    β1 2,88E-01 4,03E-01 4,79E-02 6,38E-02
    β2 3,76E-01 4,72E-01 7,44E-01 9,19E-01
    β3 -2,18E-04 -1,78E-04 -6,43E-03 -4,32E-03
    β4 -1,22E-03 -9,46E-04 1,20E-02 1,66E-02
    β5 -3,63E+00 -3,18E+00 -6,27E+00 -4,43E+00
    β6 5,07E-01 7,07E-01 7,63E-01 1,04E+00
    β7 -2,02E+00 -1,55E+00 -2,76E+00 -2,17E+00
    β8 4,16E-02 5,45E-02 1,96E+00 2,40E+00
    β9 7,87E+00 1,11E+01 6,62E+00 7,59E+00
    β10 -6,62E-02 -4,65E-02 -2,44E-01 -1,74E-01
    β11 1,28E-01 1,85E-01 4,57E-01 5,89E-01
    β12 -1,45E+00 -1,01E+00 -1,97E+00 -1,53E+00
  • Die Spline-Begriffe von sp1(tPSA), sp2(tPSA), sp1(fPSA) und sp2(fPSA) im obigen Modell können gemäß der oben unter Modell #7 dargestellten kubischen Spline-Formel bestimmt werden (Gleichungen (10 und 11)). Bei einigen Ausführungen liegen die Werte der inneren Knoten 2 und 3 sowie der äußeren Knoten 1 und 4 innerhalb der in Tabelle 3 angegebenen Bereiche für tPSA und fPSA. Tabelle 3: Knotenwertbereiche
    Knotenwertbereiche Gesamt PSA Freies PSA
    Niedrig Hoch Niedrig Hoch
    Knoten 1 0 2 0 0,5
    Knoten 2 3,72E+00 4,16E+00 7,38E-01 9,43E-01
    Knoten 3 4,71E+00 6,56E+00 1,10E+00 1,43E+00
    Knoten 4 2,33E+02 3,13E+02 2,04E+01 2,78E+01
  • In einigen Ausführungsformen kann ein erstes logistisches Regressionsmodell verwendet werden, wenn ein Wert für eines oder mehrere der Proteine (Marker) über einem bestimmten Schwellenwert liegt, und ein zweites logistisches Regressionsmodell kann verwendet werden, wenn der Wert unter dem Schwellenwert liegt. Ein logistisches Regressionsmodell kann auf der Grundlage einer Schwelle in Übereinstimmung mit einigen Ausführungsformen der Erfindung ausgewählt werden. Als nicht-limitierendes Beispiel kann ein Wert für das Blutprotein (Marker) gesamt PSA (tPSA) verwendet werden, um ein logistisches Regressionsmodell auszuwählen. protein (Marker) Es sollte jedoch berücksichtigt werden, dass jeder Blutproteinwert (Marker), jede Kombination von Blutproteinwerten (Marker) oder jede andere geeignete Information alternativ verwendet werden kann. Dementsprechend kann in einigen Ausführungen mindestens ein Prozessor so programmiert werden, dass er aus einer Vielzahl von Modellen, die zumindest teilweise auf einem oder mehreren Eingabewerten basieren, implementiert und ausgewählt wird.
  • Nach Erhalt des einen oder mehrerer Blutprotein(marker)-Werte kann ein logistisches Regressionsmodell ausgewählt werden, das zumindest teilweise auf dem/den erhaltenen Blutprotein(marker)-Wert(en) basiert. Ist der tPSA-Wert kleiner als ein bestimmter Schwellenwert (z.B. weniger als 15 ng/ml), können für diese Implementierung eines oder mehrere der anderen logistischen Regressionsmodelle ausgewählt werden.
  • Nachdem ein Modell ausgewählt wurde, kann bestimmt werden, ob das ausgewählte Modell ein vollständiges Modell (z.B. alle hier beschriebenen Kallikrein-Proteine (Marker) enthält) oder ein Teilmodell ist, das weniger als alle Proteine (Marker) in einem Kallikrein-Panel enthält. Wird festgestellt, dass es sich bei dem ausgewählten Modell nicht um ein vollständiges Modell handelt, kann die Wahrscheinlichkeit von Krebs ausschließlich auf der Grundlage des erhaltenen tPSA-Wertes bestimmt werden, wie oben beschrieben. Wenn festgestellt wird, dass das ausgewählte Modell ein vollständiges Modell ist, kann die Wahrscheinlichkeit von Krebs anhand des ausgewählten Modells unter Verwendung mehrerer Blutmarker bestimmt werden. Unabhängig vom gewählten Modell wird nach der Bestimmung der Krebswahrscheinlichkeit die Krebswahrscheinlichkeit ausgegeben.
  • In einigen Ausführungsformen der Erfindung ist das Ereignis, für das die Wahrscheinlichkeit erhalten wird, ein Beweis für Prostatakrebs bei einer Prostatabiopsie von einem asymptomatischen Patienten oder einem Patienten mit Symptomen der unteren Harnwege.
  • In einigen Ausführungsformen der Erfindung ist das Ereignis, für das diese Wahrscheinlichkeit erhalten wird, ein Beweis für hochgradigen Prostatakrebs, d.h. Gleason-Score 7 oder höher, bei einer Prostatabiopsie von einem asymptomatischen Patienten oder einem Patienten mit Symptomen der unteren Harnwege. Typischerweise ist die Progression von Prostatakrebs oder der Prostatakrebsstatus definiert als (i) Gleason-Score 7 oder höher, (ii) Gleason-Score 4 + 3 oder höher, oder (iii) Gleason-Score 8 oder höher.
  • In vielen bevorzugten Ausführungsformen umfassen die Daten der Vielzahl von Probanden eine oder mehrere Biopsiedaten, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Grund für die Biopsie, Jahr der Biopsie, Anzahl der Biopsiekerne, Anzahl der positiven Kerne, Prozentsatz der positiven Kerne in jedem Kern und jede mögliche Kombination davon.
  • Wie bereits erwähnt, werden die Blutproteine (Marker) in vielen bevorzugten Ausführungsformen in ein logistisches Regressionsmodell mit bis zu zwei nichtlinearen Begriffen für mindestens einen Blutmarker einbezogen. In bestimmten Ausführungsformen werden die Blutproteine (Marker) in ein logistisches Regressionsmodell einbezogen, das bis zu drei nichtlineare Begriffe für mindestens einen Blutmarker verwendet. In bestimmten Ausführungsformen werden die Blutproteine (Marker) in ein logistisches Regressionsmodell mit bis zu vier nichtlinearen Begriffen für mindestens einen Blutmarker einbezogen. In bestimmten Ausführungsformen werden die Blutproteine (Marker) in ein logistisches Regressionsmodell mit bis zu fünf nichtlinearen Begriffen für mindestens ein Blutprotein (Marker) aufgenommen.
  • In einigen Ausführungsformen kann das logistische Regressionsmodell rekalibriert werden, wenn die erwartete Ereignisrate in einer Zielpopulation, die für das Subjekt repräsentativ ist, für das die Ereigniswahrscheinlichkeit ermittelt werden soll, von der Ereignisrate der Vielzahl von Subjekten abweicht, für die Daten verwendet wurden, um das logistische Regressionsmodell zu erhalten, indem gemäß Gleichung (II) definiert wird:
    • Gleichung (II) (siehe Anlage), wobei p die Ereignisrate in den Daten der Vielzahl von Subjekten ist und P die erwartete Ereignisrate in der Zielpopulation ist, die gemäß Gleichung (III) definiert ist:
    • Gleichung (III) (siehe Anlage), wobei n die ursprüngliche Wahrscheinlichkeit aus dem Modell ist, und Definieren gemäß Gleichung (IV):
    • Gleichung (IV) (siehe Anlage), und Erhalt einer rekalibrierten Wahrscheinlichkeit gemäß Gleichung (V):
    • Gleichung (V) (siehe Anlage), wobei πrekalibriert die Wahrscheinlichkeit des Ereignisses ist.
  • Einige Verkörperungen sind auf Methoden und Geräte zur Vorhersage des Prostatavolumens unter Verwendung eines linearen Regressionsmodells gerichtet, wobei das Verfahren einen Akt der a) Bereitstellung eines linearen Regressionsmodells umfasst, das durch Verwendung einer linearen Regression von Daten einer Vielzahl von Subjekten erhalten wird, wobei die Daten für jedes Subjekt der Vielzahl von Subjekten umfassen: (i) Daten über das Volumen der Prostata und (ii) Daten über das Volumen der Prostata, umfassend das Alter; und Bestimmungen von Blutproteinen (Markern), einschließlich eines oder mehrerer von tPSA, fPSA, iPSA und gegebenenfalls hK2 (frei oder insgesamt hK2), aus Blutproben der Probanden. In bestimmten Ausführungsformen umfassen die Bestimmungen von Blutproteinen eines oder mehrere von tPSA, fPSA und optional hK2 (frei oder gesamt hK2) aus Blutproben der Probanden. In bestimmten Ausführungsformen beinhaltet die Bestimmung von Blutproteinen kein iPSA. Dieses lineare Regressionsmodell kann mit Hilfe der Gleichung (VI) erzeugt werden:
  • Gleichung (VI) (siehe Anlage),
    worin V das Prostatavolumen ist, βi der Koeffizient für die Variable xi für j Variablen ist, die Alter, tPSA, fPSA und gegebenenfalls iPSA und/oder hK2 (frei oder gesamt hK2) umfassen, um das lineare Regressionsmodell zu erhalten. Das Verfahren umfasst ferner einen Akt von b) Bereitstellen des Alters eines Subjekts in Jahren, c) Bestimmen der Blutproteine (Marker) tPSA, fPSA und gegebenenfalls iPSA und/oder hK2 (frei oder gesamt hK2) aus einer Blutprobe des Subjekts, und d) Verwenden des linearen Regressionsmodells unter Verwendung des bereitgestellten Alters von Schritt b) und der bestimmten Blutproteine (Marker) von Schritt c), um das vorhergesagte Prostatavolumen des Subjekts zu erhalten. In einigen Ausführungsformen basiert das statistische Modell auf tPSA allein, wenn tPSA ≥ 15 ng/ml, vorzugsweise ≥ 20 ng/ml und am meisten bevorzugt ≥ 25 ng/ml ist.
  • Es sollte geschätzt werden, dass jedes geeignete logistische Regressionsmodell, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die oben beschriebenen Modelle zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit von Prostatakrebs bei einer Biopsie, mit Ausführungsformen der Erfindung zur Bestimmung des Prostatavolumens verwendet werden kann.
  • In einigen Ausführungsformen umfassen die Daten von Schritt a) (ii) zur Bereitstellung des logistischen Regressionsmodells oder des linearen Regressionsmodells und die Bestimmung von Blutproteinen (Markern) dieses Subjekts menschliches Kallikrein 2 (freies oder gesamtes hK2).
  • In vielen bevorzugten Ausführungen der Methode der Erfindung, bei der das Prostatavolumen vorhergesagt wird, wird das Prostatavolumen durch transrektalen Ultraschall bestimmt.
  • In vielen bevorzugten Ausführungsformen der Methode der vorliegenden Erfindung enthalten die Daten für jedes Subjekt der genannten Vielzahl von Subjekten zur Bereitstellung des logistischen Regressionsmodells oder des linearen Regressionsmodells weiterhin Ergebnisse der digitalen rektalen Untersuchung (DRE) und dementsprechend wird DRE für das Subjekt durchgeführt und das erhaltene Ergebnis verwendet, wenn das logistische Regressionsmodell bzw. das lineare Regressionsmodell verwendet wird, um diese Wahrscheinlichkeit zu erhalten. Vorzugsweise werden die Ergebnisse von DRE als Binärwerte ausgedrückt, d.h. normal = 0 und Nodularität vorhanden = 1 mit oder ohne zweiten Wert für das Schätzvolumen, d.h. klein = 0, mittel = 1 und groß = 2.
  • In einigen bevorzugten Ausführungsformen der Methode der vorliegenden Erfindung umfassen die Daten der Vielzahl von Versuchspersonen zum Erhalt des Modells nur Daten von Versuchspersonen mit erhöhten, als altersspezifischer Median oder höher definierten Werten von tPSA und dementsprechend werden die Wahrscheinlichkeiten des Ereignisses oder des vorhergesagten Prostatavolumens nur für Versuchspersonen mit diesen erhöhten Werten von tPSA ermittelt.
  • In bevorzugten Ausführungsformen der Methode der vorliegenden Erfindung werden Bestimmungen von Blutproteinen (Markern) für jedes Subjekt der Vielzahl von Subjekten zur Gewinnung des Modells und dementsprechend jene Blutproteine (Marker), die zur Gewinnung der Wahrscheinlichkeit oder des vorhergesagten Prostatavolumens bestimmt wurden, aus Blutproben von Serum oder Plasma, vorzugsweise antikoaguliert, entweder frisch oder gefroren, bestimmt. Vorzugsweise sind alle Proben von der gleichen Art, d.h. entweder Serum oder Plasma und entweder frisch oder gefroren.
  • In einigen bevorzugten Ausführungsformen der Methode der vorliegenden Erfindung wird das logistische Regressionsmodell oder das lineare Regressionsmodell unter Verwendung von Daten einer Vielzahl von Probanden im Alter von 40 bis 75 Jahren bereitgestellt; und entsprechend wird die Wahrscheinlichkeit des Ereignisses oder des vorhergesagten Prostatavolumens eines Probanden im Alter von 40 bis 75 Jahren ermittelt.
  • In einigen bevorzugten Ausführungsformen wird die Methode der vorliegenden Erfindung das logistische Regressionsmodell oder das lineare Regressionsmodell unter Verwendung von Daten einer Vielzahl von Probanden mit einem tPSA im Blut bereitgestellt ≥ top age tertile, ≥ top age quartile, ≥ top age quintile oder ≥ top age decile, und entsprechend wird die Wahrscheinlichkeit des Ereignisses oder das vorhergesagte Prostatavolumen eines Probanden mit tPSA im Blut erhalten ≥ top age tertile, ≥ top age quartile, ≥ top age quintile oder ≥ top age decile. Beispielsweise können für ein Subjekt im Alter von sechzig Jahren die entsprechenden PSA-Gesamtwerte sein: 1,5 ng/ml, für das ≥ top age tertile, 1,9 ng/ml, für das ≥ top age quartile, 2,1 ng/ml, für das ≥ top age quintile und 3 ng/ml, für das ≥ top age decile.
  • Computer-Implementierung
  • Eine illustrative Implementierung eines Computersystems, auf dem einige oder alle der hier beschriebenen Techniken und/oder Benutzerinteraktionen durchgeführt werden, kann einen oder mehrere Prozessoren und ein oder mehrere computerlesbare, nicht flüchtige Speichermedien (z.B. Speicher und ein oder mehrere nichtflüchtige Speichermedien) umfassen. Der (die) Prozessor(en) kann (können) das Schreiben und Lesen von Daten in den Speicher und/oder das nichtflüchtige Speichermedium in geeigneter Weise steuern, da die hier beschriebenen Aspekte der vorliegenden Erfindung in dieser Hinsicht nicht eingeschränkt sind.
  • Um eine der hier beschriebenen Funktionen auszuführen, kann der/die Prozessor(en) eine oder mehrere Anweisungen ausführen, wie z. B. Programmmodule, die auf einem oder mehreren computerlesbaren Speichermedien (z. B. dem Speicher) gespeichert sind, die als nicht transitorische, computerlesbare Speichermedien dienen können, die Anweisungen zur Ausführung durch den Prozessor speichern. Programmodule sind in der Regel Routinen, Programme, Objekte, Komponenten, Datenstrukturen usw., die bestimmte Aufgaben erfüllen oder bestimmte abstrakte Datentypen implementieren. Verkörperungen können auch in verteilten Computerumgebungen implementiert werden, in denen Aufgaben von entfernten Verarbeitungsgeräten ausgeführt werden, die über ein Kommunikationsnetzwerk verbunden sind. In einer verteilten Computerumgebung können sich Programmmodule sowohl auf lokalen als auch auf entfernten Computerspeichermedien einschließlich Speichergeräten befinden.
  • Der hier zur Verwendung vorgesehene Computer kann in einer Netzwerkumgebung mit logischen Verbindungen zu einem oder mehreren entfernten Computern betrieben werden. Ein oder mehrere entfernte Computer können einen Personalcomputer, einen Server, einen Router, einen Netzwerk-PC, ein Peer-Gerät oder einen anderen gemeinsamen Netzwerkknoten umfassen und können viele oder alle der oben beschriebenen Elemente in Bezug auf den Computer enthalten. Logische Verbindungen zwischen dem Computer und einem oder mehreren entfernten Computern können unter anderem ein lokales Netzwerk (LAN) und ein Weitverkehrsnetzwerk (WAN) umfassen, können aber auch andere in der Kunst bekannte oder in Betracht gezogene Netzwerke umfassen. Solche Netzwerke können auf jeder geeigneten Technologie basieren und nach jedem geeigneten Protokoll arbeiten und können drahtlose Netzwerke, drahtgebundene Netzwerke oder Glasfasernetze umfassen. Solche Netzwerkumgebungen sind in Büros, unternehmensweiten Computernetzwerken, Intranets und im Internet üblich.
  • Bei Verwendung in einer LAN-Netzwerkumgebung kann der Computer über eine Netzwerkschnittstelle oder einen Adapter mit dem LAN verbunden werden. Wenn der Computer in einer WAN-Netzwerkumgebung verwendet wird, enthält er normalerweise ein Modem oder andere Mittel zur Herstellung der Kommunikation über das WAN, wie z. B. das Internet. In einer Netzwerkumgebung können Programmmodule oder Teile davon auf dem entfernten Speichergerät gespeichert werden.
  • Verschiedene hier beschriebene Eingaben zur Beurteilung des Prostatakrebsrisikos und/oder zur Bestimmung des Prostatavolumens können von einem Computer über ein Netzwerk (z. B. ein LAN, ein WAN oder ein anderes Netzwerk) von einem oder mehreren entfernten Computern oder Geräten empfangen werden, die die mit den Eingaben verbundenen Daten speichern. Ein oder mehrere der entfernten Computer/Geräte können vor dem Senden von Analyseergebnissen als Eingabedaten an einen Computer eine Analyse der ferngespeicherten Daten durchführen. Alternativ können die ferngespeicherten Daten auch so an einen Computer gesendet werden, wie sie ferngespeichert wurden (d.h. die ferngespeicherten Daten ohne jegliche Fernanalyse). Zusätzlich können Eingaben direkt von einem Benutzer eines Computers über eine beliebige Anzahl von Eingabeschnittstellen (z.B. eine Eingabeschnittstelle) empfangen werden, die als Komponenten eines Computers eingebunden werden können.
  • Verschiedene hier beschriebene Ausgänge, einschließlich der Ausgabe einer Wahrscheinlichkeit des Prostatakrebsrisikos und/oder des Prostatavolumens, können visuell auf einem Ausgabegerät (z. B. einem Display) bereitgestellt werden, das direkt mit einem Computer verbunden ist, oder die Ausgänge können über ein oder mehrere drahtgebundene oder drahtlose Netzwerke an ein ferngesteuertes Ausgabegerät geliefert werden, da die Verkörperung der Erfindung in dieser Hinsicht nicht eingeschränkt ist. Die hier beschriebenen Ausgaben können zusätzlich oder alternativ zu einer visuellen Darstellung bereitgestellt werden. Beispielsweise kann ein Computer oder ein entfernter Computer, dem ein Ausgang zur Verfügung gestellt wird, eine oder mehrere Ausgangsschnittstellen enthalten, einschließlich, aber nicht beschränkt auf Lautsprecher und Schwingungsausgangsschnittstellen, um eine Anzeige des Ausgangssignals zu liefern.
  • Es sollte geschätzt werden, dass ein Computer zwar ein einzelnes Gerät sein kann, in einigen Ausführungsformen jedoch eine Vielzahl von Geräten umfassen kann, die kommunikativ gekoppelt sind, um einige oder alle der hier beschriebenen Funktionen auszuführen.
  • Wie oben beschrieben, kann der hier zur Verwendung vorgesehene Computer in einer vernetzten Umgebung eingesetzt werden, in der Informationen über einen oder mehrere Blutmarker, die zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit von Prostatakrebs und/oder Prostatavolumen verwendet werden, von einer externen Quelle an den Computer zur Analyse unter Verwendung einer oder mehrerer der hier beschriebenen Techniken gesendet werden. Beispielsweise kann eine Netzwerkumgebung verwendet werden. In der betrachteten Netzwerkumgebung kann der Computer über ein Netzwerk mit einem oder mehreren Detektoren verbunden werden. Wie oben beschrieben, kann das Netzwerk jede geeignete Art von drahtgebundenem oder drahtlosem Netzwerk sein und kann ein oder mehrere lokale Netzwerke (LANs) oder Wide Area Networks (WANs), wie das Internet, umfassen.
  • Der Detektor kann so konfiguriert werden, dass er Werte für eines oder mehrere der Blutproteine (Marker) bestimmt, die zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit von Prostatakrebs und/oder Prostatavolumen in Übereinstimmung mit einer oder mehreren der hier beschriebenen Techniken verwendet werden. Obwohl der Detektor allein verwendet werden kann (d.h. als Einzeldetektor), sollte man bedenken, dass der Detektor auch mit anderen Detektoren (d.h. als Gruppe von Detektoren) verwendet werden kann, wobei jeder Detektor so konfiguriert ist, dass er einen oder mehrere der Blutproteinwerte (Marker) bestimmt, die in Übereinstimmung mit einer oder mehreren der hier beschriebenen Techniken verwendet werden.
  • In einigen Ausführungsformen können Informationen, die den vom Detektor ermittelten Werten für die Blutproteine (Marker) entsprechen, gespeichert werden, bevor die Werte an einen Computer gesendet werden. In solchen Ausführungsformen können die den Werten entsprechenden Informationen lokal in einem lokalen Speichergerät gespeichert werden, das mit einem Detektor kommunikativ gekoppelt ist und/oder in einem vernetzten zentralen Speichergerät gespeichert wird. Wenn also Werte, die den Blutproteinen (Markern) entsprechen, gemäß einer oder mehreren der hier beschriebenen Techniken vom Computer empfangen werden, ist zu beachten, dass zumindest einige der Werte direkt vom Detektor oder von einem oder mehreren Speichergeräten (z. B. einem oder mehreren lokalen Speichergeräten oder zentralen Speichergeräten) empfangen werden können, auf denen die Werte gespeichert wurden, da die Verkörperungen nicht darauf beschränkt sind, wo die Werte empfangen oder gespeichert werden.
  • Die hier beschriebenen Berechnungsmethoden, Schritte, Simulationen, Algorithmen, Systeme und Systemelemente können mit Hilfe eines Computersystems implementiert werden, wie z.B. die verschiedenen nachfolgend beschriebenen Ausführungsformen von Computersystemen. Die hier beschriebenen Methoden, Schritte, Systeme und Systemelemente sind in ihrer Implementierung nicht auf ein bestimmtes, hier beschriebenes Computersystem beschränkt, da viele andere Maschinen verwendet werden können.
  • Das computerimplementierte Steuerungssystem kann Teil oder gekoppelt mit einem Probenanalysator sein und in einigen Ausführungsformen so konfiguriert und/oder programmiert werden, dass es die Betriebsparameter des Probenanalysators steuert und einstellt sowie Werte analysiert und berechnet, wie oben beschrieben. In einigen Ausführungen kann das computerimplementierte Steuerungssystem Referenzsignale senden und empfangen, um Betriebsparameter des Probenanalysators und optional anderer Systemgeräte einzustellen und/oder zu steuern. In anderen Ausführungen kann das computerimplementierte System in Bezug auf den Probenanalysator getrennt und/oder entfernt angeordnet sein und so konfiguriert werden, dass es Daten von einem oder mehreren entfernten Probenanalysegeräten über indirekte und/oder tragbare Mittel, wie z. B. über tragbare elektronische Datenspeichergeräte, wie Magnetplatten, oder über die Kommunikation über ein Computernetzwerk, wie das Internet oder ein lokales Intranet, empfängt.
  • Das computerimplementierte Steuerungssystem kann mehrere bekannte Komponenten und Schaltungen umfassen, darunter eine Verarbeitungseinheit (d.h. ein Prozessor), ein Speichersystem, Ein- und Ausgabegeräte und Schnittstellen (z.B. ein Verbindungsmechanismus) sowie andere Komponenten wie Transportschaltungen (z.B. ein oder mehrere Busse), ein Video- und Audiodaten-Ein-/Ausgabesubsystem (I/O), spezielle Hardware sowie andere Komponenten und Schaltungen, wie im Folgenden näher beschrieben. Außerdem kann das Computersystem ein Multiprozessor-Computersystem sein oder mehrere Computer umfassen, die über ein Computernetzwerk verbunden sind.
  • Das Computersystem kann z.B. einen handelsüblichen Prozessor wie einen der Prozessoren der Serien x86, Celeron und Pentium (einschließlich des Pentium IV-Prozessors) von Intel, ähnliche Geräte von AMD und Cyrix, die Mikroprozessoren der Serie 680X0 von Motorola, den PowerPC-Mikroprozessor von IBM und ARM-Prozessoren enthalten. Viele andere Prozessoren sind verfügbar, und das Computersystem ist nicht auf einen bestimmten Prozessor beschränkt.
  • Ein Prozessor führt typischerweise ein Programm namens Betriebssystem aus, von dem WindowsNT, Windows 2000, Windows95 oder 98, Windows 7, Windows 8, UNIX, Linux, DOS, VMS, MacOS und OSX und iOS Beispiele sind, das die Ausführung anderer Computerprogramme steuert und Planung, Debugging, Ein-/Ausgabesteuerung, Abrechnung, Kompilierung, Speicherzuweisung, Datenmanagement und Speicherverwaltung, Kommunikationssteuerung und verwandte Dienste bietet. Prozessor und Betriebssystem definieren gemeinsam eine Rechnerplattform, für die Anwendungsprogramme in Hochsprachen geschrieben werden. Das Computersystem ist nicht auf eine bestimmte Computerplattform beschränkt.
  • Das Computersystem kann ein Speichersystem umfassen, das typischerweise ein computerlesbares und beschreibbares nichtflüchtiges Aufzeichnungsmedium umfasst, von dem eine Magnetplatte, eine optische Platte, ein Flash-Speicher und ein Band Beispiele sind. Ein solches Aufnahmemedium kann z.B. eine Diskette, eine Lese-/Schreib-CD oder ein Speicherstick sein oder dauerhaft, z.B. eine Festplatte.
  • Ein solches Aufzeichnungsmedium speichert Signale, typischerweise in binärer Form (d.h. eine Form, die als Folge von Eins und Nullen interpretiert wird). Eine Platte (z.B. magnetisch oder optisch) hat eine Anzahl von Spuren, auf denen solche Signale gespeichert werden können, typischerweise in binärer Form, d.h. eine Form, die als Folge von Einsen und Nullen interpretiert wird. Solche Signale können ein Softwareprogramm, z.B. ein Anwendungsprogramm, definieren, das vom Mikroprozessor ausgeführt werden soll, oder Informationen, die vom Anwendungsprogramm verarbeitet werden sollen.
  • Das Speichersystem des Computersystems kann auch ein integriertes Speicherelement enthalten, das typischerweise ein flüchtiger Direktzugriffsspeicher wie ein dynamischer Direktzugriffsspeicher (DRAM) oder ein statischer Speicher (SRAM) ist. Typischerweise bewirkt der Prozessor im Betrieb, dass Programme und Daten vom nichtflüchtigen Aufzeichnungsträger in das Speicherelement der integrierten Schaltung eingelesen werden, was typischerweise einen schnelleren Zugriff auf die Programmbefehle und Daten durch den Prozessor ermöglicht als das nichtflüchtige Aufzeichnungsträger.
  • Der Prozessor manipuliert in der Regel die Daten innerhalb des integrierten Speicherelements gemäß den Programmanweisungen und kopiert die manipulierten Daten nach Abschluss der Verarbeitung auf das nichtflüchtige Speichermedium. Für die Verwaltung der Datenbewegung zwischen dem nichtflüchtigen Aufzeichnungsmedium und dem integrierten Speicherelement sind verschiedene Mechanismen bekannt, und das Computersystem, das die oben beschriebenen Methoden, Schritte, Systeme und Systemelemente implementiert, ist nicht darauf beschränkt. Das Computersystem ist nicht auf ein bestimmtes Speichersystem beschränkt.
  • Zumindest ein Teil eines solchen Speichersystems kann zur Speicherung einer oder mehrerer Datenstrukturen (z.B. Look-up-Tabellen) oder der oben beschriebenen Gleichungen verwendet werden. Zum Beispiel kann mindestens ein Teil des nichtflüchtigen Aufzeichnungsmediums mindestens einen Teil einer Datenbank speichern, die eine oder mehrere solcher Datenstrukturen enthält. Eine solche Datenbank kann eine von einer Vielzahl von Datenbanktypen sein, z.B. ein Dateisystem mit einer oder mehreren Flat-File-Datenstrukturen, in denen Daten in Dateneinheiten organisiert sind, die durch Trennzeichen getrennt sind, eine relationale Datenbank, in der Daten in Dateneinheiten organisiert sind, die in Tabellen gespeichert sind, eine objektorientierte Datenbank, in der Daten in Dateneinheiten organisiert sind, die als Objekte gespeichert sind, eine andere Art von Datenbank oder eine beliebige Kombination davon.
  • Das Computersystem kann ein Video- und Audiodaten-E/A-Subsystem enthalten. Ein Audioteil des Subsystems kann einen Analog-Digital (A/D)-Wandler enthalten, der analoge Audioinformationen empfängt und in digitale Informationen umwandelt. Die digitalen Informationen können mit Hilfe bekannter Kompressionssysteme für die Speicherung auf der Festplatte komprimiert werden, um sie zu einem anderen Zeitpunkt zu verwenden. Ein typischer Videoteil des I/O-Subsystems kann einen Videobild-Kompressor/Dekompressor enthalten, von dem viele in der Kunst bekannt sind. Solche Kompressoren/Dekompressoren wandeln analoge Videoinformationen in komprimierte digitale Informationen um und umgekehrt. Die komprimierten digitalen Informationen können zur späteren Verwendung auf der Festplatte gespeichert werden. Das Computersystem kann ein oder mehrere Ausgabegeräte enthalten. Beispiele für Ausgabegeräte sind eine Kathodenstrahlröhre (CRT), Flüssigkristallanzeigen (LCD) und andere Videoausgabegeräte, Drucker, Kommunikationsgeräte wie ein Modem oder eine Netzwerkschnittstelle, Speichergeräte wie Festplatte oder Band und Audioausgabegeräte wie ein Lautsprecher.
  • Das Computersystem kann auch ein oder mehrere Eingabegeräte enthalten. Beispiele für Eingabegeräte sind Tastatur, Tastatur, Trackball, Maus, Stift und Tablett, Kommunikationsgeräte wie oben beschrieben und Dateneingabegeräte wie Audio- und Videoerfassungsgeräte und Sensoren. Das Computersystem ist nicht auf die hier beschriebenen Ein- oder Ausgabegeräte beschränkt.
  • Es ist zu beachten, dass ein oder mehrere Computersysteme verwendet werden können, um verschiedene hier beschriebene Ausführungsformen zu implementieren. Aspekte der Offenlegung können in Software, Hardware oder Firmware oder einer beliebigen Kombination davon implementiert werden. Das Computersystem kann speziell programmierte Sonderhardware enthalten, z.B. eine anwendungsspezifische integrierte Schaltung (ASIC). Diese spezielle Hardware kann so konfiguriert werden, dass sie eine oder mehrere der oben beschriebenen Methoden, Schritte, Simulationen, Algorithmen, Systeme und Systemelemente als Teil des oben beschriebenen Computersystems oder als eigenständige Komponente implementiert.
  • Das Computersystem und seine Komponenten können mit einer oder mehreren geeigneten Programmiersprachen programmiert werden. Solche Sprachen können prozedurale Programmiersprachen, z.B. C, Pascal, Fortran und BASIC, objektorientierte Sprachen, z.B. C++, Java und Eiffel und andere Sprachen, z.B. eine Skriptsprache oder sogar Assemblersprache sein.
  • Die Methoden, Schritte, Simulationen, Algorithmen, Systeme und Systemelemente können mit einer Vielzahl von geeigneten Programmiersprachen implementiert werden, einschließlich prozeduraler Programmiersprachen, objektorientierter Programmiersprachen, anderer Sprachen und Kombinationen davon, die von einem solchen Computersystem ausgeführt werden können. Solche Methoden, Schritte, Simulationen, Algorithmen, Systeme und Systemelemente können als separate Module eines Computerprogramms oder einzeln als separate Computerprogramme implementiert werden. Solche Module und Programme können auf separaten Rechnern ausgeführt werden.
  • Solche Verfahren, Schritte, Simulationen, Algorithmen, Systeme und Systemelemente können einzeln oder in Kombination als Computerprogrammprodukt implementiert werden, das als computerlesbare Signale auf einem computerlesbaren Medium, z. B. einem nichtflüchtigen Aufzeichnungsmedium, einem integrierten Schaltkreisspeicherelement oder einer Kombination davon, fühlbar verkörpert wird. Für jedes dieser Verfahren, Schritte, Simulationen, Algorithmen, Systeme oder Systemelemente kann ein solches Computerprogrammprodukt computerlesbare Signale umfassen, die auf dem computerlesbaren Medium fühlbar verkörpert sind und Anweisungen definieren, beispielsweise als Teil eines oder mehrerer Programme, die infolge der Ausführung durch einen Computer den Computer anweisen, die Methode, den Schritt, die Simulation, den Algorithmus, das System oder das Systemelement auszuführen.
  • Es ist zu beachten, dass verschiedene Ausführungsformen mit einem oder mehreren der oben beschriebenen Merkmale gebildet werden können. Die oben genannten Aspekte und Merkmale können in jeder geeigneten Kombination verwendet werden, da die vorliegende Erfindung in dieser Hinsicht nicht eingeschränkt ist. Zu beachten ist auch, dass die Zeichnungen verschiedene Komponenten und Merkmale illustrieren, die in verschiedene Ausführungsformen eingearbeitet werden können. Zur Vereinfachung können einige der Zeichnungen mehr als ein optionales Merkmal oder eine Komponente darstellen. Die Erfindung ist jedoch nicht auf die in den Zeichnungen angegebenen Ausführungsformen beschränkt. Es ist anzuerkennen, dass die Offenlegung Verkörperungen umfasst, die nur einen Teil der in einer einzelnen Zeichnungsfigur abgebildeten Komponenten umfassen können, und/oder auch Verkörperungen, die in mehreren verschiedenen Zeichnungsfiguren abgebildete Komponenten umfassen können.
  • Sonstige Systeme und Komponenten
  • Wie hierin beschrieben, kann ein System einen Prozessor oder Computer enthalten, der programmiert ist, um ein logistisches Regressionsmodell in elektronischer Kommunikation mit einem Analysator zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses (z.B. Risiko von Prostatakrebs und/oder Prostatavolumen) auszuwerten. Der Analysator kann angepasst und angeordnet werden, um eine oder mehrere Eigenschaften von Blutproteinen (Markern) für die Eingabe in das logistische Regressionsmodell zu bestimmen. In einigen Ausführungen ist der Analysator ein Fluoreszenzlaserscanner. In bestimmten Ausführungen kann der Analysator angepasst und angeordnet werden, um eine Probe auf einem oder mehreren festen Trägern (z.B. auf einem oder mehreren Chips) zu analysieren. Beispielsweise kann ein Adapter verwendet werden, so dass zwei oder mehr feste Halterungen gleichzeitig in den Analysator eingesetzt werden können. Als nicht limitierendes Beispiel kann der Adapter ein 2-Schlitten-Adapter, ein 3-Schlitten-Adapter, ein 4-Schlitten-Adapter, ein 5-Schlitten-Adapter oder ein 6-Schlitten-Adapter sein. Als nicht limitierendes Beispiel kann der Adapter ein 2-Chip-Adapter, ein 3-Chip-Adapter, ein 4-Chip-Adapter, ein 5-Chip-Adapter oder ein 6-Chip-Adapter sein. Es ist jedoch zu beachten, dass auch andere Analysatoren verwendet werden können (z.B. Analysatoren für Microwell-ELISA-Assays) und dass die hier beschriebenen Systeme in dieser Hinsicht nicht eingeschränkt sind.
  • Ein Beispiel für ein solches System umfasst in einem Satz von Ausführungsformen einen Analysator, der ein Gehäuse, eine Öffnung in dem Gehäuse, die zur Aufnahme eines oder mehrerer Chips oder eines Chipadapters konfiguriert ist, umfasst, wobei das Gehäuse eine Komponente umfasst, die zur Verbindung mit einer passenden Komponente auf dem einen oder den mehreren Chips oder einem Chipadapter konfiguriert ist, um den einen oder die mehreren Chips oder einen Chipadapter innerhalb des Gehäuses zu erfassen. Der Analysator kann ferner ein optisches System umfassen, das innerhalb des Gehäuses angeordnet ist, wobei das optische System mindestens eine Lichtquelle und mindestens einen Detektor umfasst, der benachbart zu oder von der Lichtquelle beabstandet ist, wobei die Lichtquelle so konfiguriert ist, dass sie den einen oder die mehreren Chips beleuchtet, wenn sie in den Probenanalysator eingeführt werden, und wobei der Detektor so positioniert ist, dass er die Lichtmenge erfasst, die von dem einen oder den mehreren Chips emittiert oder durch diesen hindurchtritt. Das System kann auch eine dem Gehäuse zugeordnete Benutzeroberfläche zur Eingabe von mindestens dem Alter einer Person und/oder anderen Informationen zur Eingabe in das lineare Regressionsmodell enthalten.
  • In bestimmten Ausführungsformen ist ein Prozessor in elektronischer Kommunikation mit dem Analysator. In einigen Fällen befindet sich der Prozessor im Gehäuse des Analysators. Bei anderen Ausführungen ist der Prozessor jedoch nicht im Gehäuse des Analysators enthalten, sondern kann wie hier beschrieben elektronisch angesprochen werden. Der Prozessor kann so programmiert werden, dass er ein logistisches Regressionsmodell auswertet, das zumindest teilweise auf Informationen des mindestens einen Detektors basiert, um die Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs bei einer Person zu bestimmen, wobei die Auswertung des logistischen Regressionsmodells das Skalieren jeder einer Vielzahl von Variablen um einen unterschiedlichen Koeffizientenwert umfasst, um skalierte Variablen und Summenwerte für die skalierten Variablen zu erzeugen, die verwendet werden, um die Wahrscheinlichkeit des mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einer Person zu erzeugen, wobei die Vielzahl von Variablen Alter und mindestens zwei Variablen umfasst, die in den vom Detektor empfangenen Informationen enthalten sind und aus der Gruppe ausgewählt sind, die aus fPSA, iPSA, tPSA, total hK2 und/oder free hK2 besteht. In einigen Ausführungsformen enthalten die mindestens zwei Variablen, die in den vom Detektor empfangenen Informationen enthalten sind, keine Daten über, Pegel oder Informationen über iPSA.
  • Eine Methode zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs bei einer Person kann beispielsweise die Bereitstellung eines Analysators umfassen. Der Analysator kann ein Gehäuse, eine Öffnung im Gehäuse, die zur Aufnahme eines oder mehrerer Chips oder eines Chipadapters konfiguriert ist, umfassen, wobei das Gehäuse eine Komponente, die zur Verbindung mit einem Gegenstück auf dem einen oder den mehreren Chips konfiguriert ist, oder einen Chipadapter zur Erkennung des einen oder der mehreren Chips oder eines Chipadapters innerhalb des Gehäuses umfasst. Der Analysator kann ferner ein optisches System umfassen, das innerhalb des Gehäuses angeordnet ist, wobei das optische System mindestens eine Lichtquelle und mindestens einen Detektor umfasst, der benachbart zu oder von der Lichtquelle beabstandet ist, wobei die Lichtquelle so konfiguriert ist, dass sie den einen oder die mehreren Chips oder einen Chipadapter beleuchtet, wenn der eine oder die mehreren Chips oder ein Chipadapter in den Probenanalysator eingeführt wird, und wobei der Detektor so positioniert ist, dass er die Lichtmenge erfasst, die von dem einen oder den mehreren Chips emittiert oder durch diesen hindurchtritt. Der Analysator kann auch eine dem Gehäuse zugeordnete Benutzeroberfläche zur Eingabe mindestens des Alters einer Person enthalten. Das Verfahren kann die Bestimmung von Informationen für eine Vielzahl von Blutproteinen (Markern) unter Verwendung des Analysators umfassen, wobei die Informationen für die Vielzahl von Blutproteinen (Markern) einen fPSA-Wert, iPSA-Wert, tPSA-Wert, einen freien hK2-Wert und/oder einen gesamten hK2-Wert umfassen. Das Verfahren kann die Bestimmung von Informationen für eine Vielzahl von Blutproteinen (Markern) unter Verwendung des Analysators beinhalten, wobei die Informationen für die Vielzahl von Blutproteinen (Markern) einen fPSA-Wert, einen tPSA-Wert, einen freien hK2-Wert und/oder einen gesamten hK2-Wert umfassen. In bestimmten Ausführungsformen enthält die Information für die Vielzahl der Blutproteine (Marker) keinen iPSA-Wert. Die Methode kann auch die Auswertung eines logistischen Regressionsmodells mit mindestens einem Prozessor beinhalten, das zumindest teilweise auf den Informationen basiert, um die Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs bei einer Person zu bestimmen, wobei die Auswertung des logistischen Regressionsmodells das Skalieren jeder einer Vielzahl von Variablen um einen unterschiedlichen Koeffizientenwert umfasst, um skalierte Variablen und Summenwerte für die skalierten Variablen zu erzeugen, die verwendet werden, um die Wahrscheinlichkeit des mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einer Person zu erzeugen, wobei die Vielzahl von Variablen Alter und mindestens zwei Variablen umfasst, die in den vom Detektor empfangenen Informationen enthalten sind und aus der Gruppe ausgewählt sind, die aus fPSA, iPSA, tPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 besteht. In bestimmten Ausführungsformen enthalten die mindestens zwei Variablen kein iPSA.
  • In einem Satz von Ausführungsformen enthält das System eine Vorrichtung (z.B. einen Chip), die einen ersten Flüssigkeitseinschlussbereich mit einem ersten Bindungspartner und einem zweiten Bindungspartner umfasst. Ein weiteres Beispiel für ein System umfasst in einem Satz von Ausführungsformen eine Vorrichtung (z.B. einen Chip), die einen ersten Flüssigkeitseinschlussbereich mit einem ersten Bindungspartner und einen zweiten Flüssigkeitseinschlussbereich mit einem zweiten Bindungspartner umfasst. Der erste Bindungspartner ist angepasst, um mit mindestens einem von fPSA, iPSA, tPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 zu binden, und der zweite Bindungspartner ist angepasst, um mit mindestens einem anderen von fPSA, iPSA, tPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 zu binden. In einigen Ausführungsformen enthält das Gerät einen dritten Flüssigkeitseinschlussbereich mit einem dritten Bindungspartner, der an den dritten von fPSA, iPSA, tPSA, free hK2 und/oder total hK2 bindet. In einigen Ausführungsformen enthält das Gerät eine vierte Flüssigkeitseinschlusszone mit einem vierten Bindungspartner, der an die dritte von fPSA, iPSA, tPSA, free hK2 und/oder total hK2 gebunden werden kann. Bei einigen Ausführungsformen ist keiner oder keiner der Bindungspartner für die Bindung an iPSA geeignet. Das System umfasst einen Detektor, der mit dem ersten und zweiten Flüssigkeitseinschlussgebiet verbunden ist, und einen Prozessor, der programmiert ist, um ein logistisches Regressionsmodell auszuwerten, das zumindest teilweise auf Informationen basiert, die vom Detektor empfangen wurden, um die Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einer Person zu bestimmen. Die Auswertung des logistischen Regressionsmodells umfasst die Skalierung jeder einer Vielzahl von Variablen um einen anderen Koeffizientenwert, um skalierte Variablen und Summenwerte für die skalierten Variablen zu erzeugen, die verwendet werden, um die Wahrscheinlichkeit des mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einer Person zu erzeugen, wobei die Vielzahl von Variablen das Alter und mindestens zwei Variablen umfasst, die in den vom Detektor empfangenen Informationen enthalten sind und aus der Gruppe ausgewählt sind, die aus fPSA, iPSA, tPSA, free hK2 und/oder total hK2 besteht. In einigen Ausführungsformen enthält die Vielzahl der Variablen keine iPSA. In bestimmten Ausführungsformen gibt es zusätzliche Detektoren, die mit den zusätzlichen Flüssigkeitseinschlussbereichen verbunden sind.
  • Eine Methode zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit des Ereignisses, das mit Prostatakrebs in einem solchen System verbunden ist, kann beispielsweise das Einführen einer Probe in oder auf ein Gerät umfassen (z.B., einen Chip), der einen ersten Flüssigkeitseinschlussbereich umfasst, der einen ersten Bindungspartner umfasst, und einen zweiten Flüssigkeitseinschlussbereich, der einen zweiten Bindungspartner umfasst, wobei der erste Bindungspartner angepasst ist, mit mindestens einem von fPSA, iPSA, tPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 zu binden, und wobei der zweite Bindungspartner angepasst ist, mit mindestens einem anderen von fPSA, iPSA, tPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 zu binden. In einigen Ausführungsformen enthält das Gerät einen dritten Flüssigkeitseinschlussbereich mit einem dritten Bindungspartner, der an den dritten von fPSA, iPSA, tPSA, free hK2 und/oder total hK2 bindet. In einigen Ausführungsformen enthält das Gerät eine vierte Flüssigkeitseinschlusszone mit einem vierten Bindungspartner, der an die dritte von fPSA, iPSA, tPSA, free hK2 und/oder total hK2 gebunden werden kann. Die Methode kann beinhalten, dass jeder der fPSA, iPSA, tPSA, freien hK2 und/oder gesamten hK2 aus der Probe mit mindestens dem ersten und/oder zweiten Bindungspartner an den ersten und zweiten Flüssigkeitseinschlussbereichen bindet und eine Eigenschaft von fPSA, iPSA, tPSA, freien hK2 und/oder gesamten hK2 unter Verwendung eines oder mehrerer Detektoren, die den ersten und zweiten Flüssigkeitseinschlussbereichen zugeordnet sind, bestimmt wird. Bei einigen Ausführungsformen ist keiner oder keiner der Bindungspartner für die Bindung an iPSA geeignet.
  • Eine weitere Methode zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit des mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einem solchen System kann z.B. das Einführen einer Probe in oder auf ein Gerät (z.B., einen Chip), der einen ersten flüssigen Einschlussbereich umfasst, der einen ersten Bindungspartner und einen zweiten Bindungspartner umfasst, wobei der erste Bindungspartner angepasst ist, um mit mindestens einem von fPSA, tPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 zu binden, und wobei der zweite Bindungspartner angepasst ist, um mit mindestens einem anderen von fPSA, tPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 zu binden. In einigen Ausführungsformen enthält das Gerät einen dritten Flüssigkeitseinschlussbereich mit einem dritten Bindungspartner, der an den dritten von fPSA, tPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 gebunden werden kann. In einigen Ausführungsformen enthält das Gerät einen vierten Flüssigkeitseinschlussbereich mit einem vierten Bindungspartner, der an den dritten von fPSA, tPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 gebunden werden kann. Die Methode kann beinhalten, dass jeder der fPSA, tPSA, freien hK2 und/oder gesamten hK2 aus der Probe mit mindestens den ersten und/oder zweiten Bindungspartnern an den ersten und/oder zweiten Flüssigkeitseinschlussbereichen bindet und eine Eigenschaft von fPSA, tPSA, freien hK2 und/oder gesamten hK2 unter Verwendung eines oder mehrerer Detektoren, die den ersten und/oder zweiten Flüssigkeitseinschlussbereichen zugeordnet sind, bestimmt wird.
  • Die Methode beinhaltet die Eingabe der Eigenschaften von fPSA, iPSA, tPSA, free hK2 und/oder total hK2 in einen Prozessor, der so programmiert ist, dass er ein logistisches Regressionsmodell auswertet, das zumindest teilweise auf Informationen des mindestens einen Detektors basiert, um die Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einer Person zu bestimmen, wobei die Auswertung des logistischen Regressionsmodells das Skalieren jeder einer Vielzahl von Variablen um einen unterschiedlichen Koeffizientenwert umfasst, um skalierte Variablen und Summenwerte für die skalierten Variablen zu erzeugen, die verwendet werden, um die Wahrscheinlichkeit des mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einer Person zu erzeugen, wobei die Vielzahl von Variablen Alter und mindestens zwei Variablen umfasst, die in den vom Detektor empfangenen Informationen enthalten sind und aus der Gruppe ausgewählt sind, die aus fPSA, iPSA, tPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 besteht. Dementsprechend kann die Wahrscheinlichkeit des Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs bestimmt werden. Die Methode kann auch die Eingabe der Eigenschaften von fPSA, tPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 in einen Prozessor beinhalten, der so programmiert ist, dass er ein logistisches Regressionsmodell auswertet, das zumindest teilweise auf Informationen des mindestens einen Detektors basiert, um die Wahrscheinlichkeit eines mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einer Person zu bestimmen, wobei die Auswertung des logistischen Regressionsmodells die Skalierung jeder einer Vielzahl von Variablen um einen unterschiedlichen Koeffizientenwert zur Erzeugung skalierter Variablen und Summenwerte für die skalierten Variablen, die zur Erzeugung der Wahrscheinlichkeit des mit Prostatakrebs verbundenen Ereignisses in einer Person verwendet werden, umfasst, wobei die Vielzahl von Variablen das Alter und mindestens zwei Variablen umfasst, die in den vom Detektor empfangenen Informationen enthalten sind und aus der Gruppe ausgewählt sind, die aus fPSA, tPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 besteht. In einigen Ausführungsformen beinhaltet die Methode nicht die Verwendung von Informationen oder Daten über iPSA. Dementsprechend kann die Wahrscheinlichkeit des Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs bestimmt werden.
  • In bestimmten Ausführungsformen ist ein Gerät zur Bestimmung von Blutproteinen (z.B. fPSA, iPSA, tPSA, free hK2 und/oder total hK2) vorgesehen. In einigen Ausführungsformen wird das Gerät zur Bestimmung von Informationen über iPSA verwendet oder auch nicht. In einigen Fällen ermöglicht das Gerät die gleichzeitige Bestimmung der Blutmarker, z.B. auf einem einzigen Chip. Das Gerät kann einen oder mehrere Flüssigkeitseinschlussbereiche enthalten, und jeder der Flüssigkeitseinschlussbereiche kann einen oder mehrere Analysebereiche aufweisen. Beispielsweise kann das Gerät einen einzelnen Flüssigkeitseinschlussbereich mit einem oder mehreren Analysebereichen enthalten. Das Gerät kann zwei oder mehr Flüssigkeitseinschlussbereiche umfassen, und jeder der Flüssigkeitseinschlussbereiche kann einen oder mehrere Analysebereiche aufweisen. Jede der Analyseregionen kann einen anti-iPSA-spezifischen Fängerantikörper, einen anti-fPSA-spezifischen Fängerantikörper, einen anti-tPSA-spezifischen Fängerantikörper, einen freien hK2-spezifischen Fängerantikörper und/oder einen gesamten hK2-spezifischen Fängerantikörper enthalten. In einigen Ausführungsformen enthält keine der Analyseregionen einen anti-iPSA-spezifischen Fängerantikörper. Zwei oder mehr der Flüssigkeitseinschlussbereiche sind nicht in flüssiger Verbindung und gelten als „fluidisch isoliert“.
  • Bestimmte Reagenzien können an den ersten, zweiten, dritten und/oder vierten Flüssigkeitseinschlussbereich angebracht werden, z.B. vor der Verwendung des Gerätes. Die Reagenzien können beispielsweise einen anti-iPSA-spezifischen Fängerantikörper, einen anti-fPSA-spezifischen Fängerantikörper, einen anti-tPSA-spezifischen Fängerantikörper und/oder einen hK2-spezifischen (freien oder gesamten) Fängerantikörper enthalten. Bei bestimmten Ausführungen ist nur ein Flüssigkeitseinschlussbereich im Gerät vorhanden. In einigen Ausführungsformen enthalten die Reagenzien keinen anti-iPSA-spezifischen Fängerantikörper.
  • Zwei verschiedene Detektorantikörper, z.B. ein Anti-tPSA-Detektorantikörper mit einem fluoreszierenden Tag für eine Wellenlänge und ein Anti-fPSA-Detektorantikörper mit einem fluoreszierenden Tag für eine andere Wellenlänge, können zum Nachweis verwendet werden. Eine andere Analyseregion kann beispielsweise einen Anti-fPSA-Fangantikörper und optional einen Anti-iPSA-Fangantikörper enthalten. In einigen Ausführungsformen enthält die Analyseregion keinen Anti-iPSA-Fangantikörper. Zwei verschiedene Detektorantikörper, z.B. ein Anti-fPSA-Detektorantikörper mit einem fluoreszierenden Tag für eine Wellenlänge und ein Anti-iPSA-Detektorantikörper mit einem fluoreszierenden Tag für eine andere Wellenlänge, können zum Nachweis verwendet werden. In bestimmten Ausführungsformen können spezifische Fangantikörper zum Nachweis der Art verwendet werden. In einigen Ausführungen wird ein Anti-iPSA-Detektor-Antikörper nicht zum Nachweis verwendet.
  • In bestimmten Ausführungen wird ein Identifizierungssystem mit einem oder mehreren Identifikatoren verwendet und mit einer oder mehreren Komponenten oder Materialien verbunden, die mit einem festen Träger (z.B. einem Chip) und/oder Analysator verbunden sind. Die „Identifikatoren“, wie unten näher beschrieben, können selbst mit Informationen „verschlüsselt“ werden (z.B, Informationen tragen oder enthalten, wie z.B. durch die Verwendung eines Informationsträgers, der Informationen trägt, speichert, erzeugt oder transportiert, wie z.B. ein Radio Frequency Identification (RFID) Tag oder Barcode) über das Bauteil einschließlich des Identifikators, oder selbst nicht mit Informationen über das Bauteil verschlüsselt sein dürfen, sondern nur mit Informationen, die beispielsweise in einer Datenbank auf einem Computer oder auf einem computerlesbaren Medium enthalten sein können (z.B. Informationen über einen Benutzer und/oder eine zu analysierende Probe). In letzterem Fall kann die Erkennung eines solchen Identifikators den Abruf und die Verwendung der zugehörigen Informationen aus der Datenbank auslösen.
  • Bezeichner „codiert mit“ Informationen über eine Komponente müssen nicht unbedingt mit einem vollständigen Satz von Informationen über die Komponente codiert werden. Beispielsweise kann ein Identifikator in bestimmten Ausführungsformen mit Informationen kodiert werden, die lediglich ausreichen, um eine eindeutige Identifizierung des einen oder der mehreren Chips oder eines Chipadapters zu ermöglichen (z. B. in Bezug auf eine Seriennummer, Teilenummer usw.), während zusätzliche Informationen zu dem einen oder den mehreren Chips oder einem Chipadapter (z. B. Typ, Verwendung (z. B. Art des Assays), Eigentum, Standort, Position, Konnektivität, Inhalt usw.) entfernt gespeichert und nur dem Identifikator zugeordnet werden können.
  • „Informationen über“ oder „Informationen, die mit“ einem festen Träger (z.B. einem Chip), einem Material oder einer Komponente usw. verbunden sind, sind Informationen über die Identität, Positionierung oder Position des festen Trägers (z.B. eines Chips), Materials oder einer Komponente oder die Identität, Positionierung oder Position des Inhalts eines festen Trägers (z.B. eines Chips), Materials oder einer Komponente und können zusätzlich Informationen über die Art, den Zustand oder die Zusammensetzung des festen Trägers (z.B. eines Chips), Materials, der Komponente oder des Inhalts enthalten. „Informationen über“ oder „Informationen, die mit“ einem festen Träger (z.B. einem Chip), Material oder Bauteil oder dessen Inhalt verbunden sind, können Informationen enthalten, die den festen Träger (z.B. einen Chip), Material oder Bauteil oder dessen Inhalt identifizieren und den festen Träger (z.B. einen Chip), Material, Bauteil oder dessen Inhalt von anderen unterscheiden. Beispielsweise können sich „Informationen über“ oder „Informationen, die mit“ einem festen Träger (z.B. einem Chip), Material oder Bauteil oder dessen Inhalt verbunden sind, auf Informationen beziehen, die den Typ oder das, was der Chip, das Material oder das Bauteil oder dessen Inhalt ist, wo er sich befindet oder befinden sollte, wie er positioniert ist oder sein sollte, die Funktion oder den Zweck des festen Trägers (z.B. ein Chip), das Material oder das Bauteil oder dessen Inhalt, die Art des festen Trägers (z.B, ein Chip), Material oder Komponente oder deren Inhalt mit anderen Komponenten des Systems, der Chargennummer, dem Ursprung, der Kalibrierinformation, dem Verfallsdatum, dem Bestimmungsort, dem Hersteller oder dem Eigentümer des festen Trägers (z.B. eines Chips), dem Material oder der Komponente oder deren Inhalt, der Art der in oder auf dem Chip durchzuführenden Analyse/Assay, Informationen darüber, ob der Chip verwendet/analysiert wurde usw. verbunden werden soll.
  • Nicht einschränkende Beispiele für Identifikatoren, die im Rahmen der Erfindung verwendet werden können, sind u.a. RFID-Tags, Barcodes, Seriennummern, Farb-Tags, fluoreszierende oder optische Tags (z.B. mit Quantenpunkten), chemische Verbindungen, Funketiketten, magnetische Tags.
  • In einer Ausführung kann der Identifikator eines Chips mit vorbestimmten oder programmierten Informationen in einer Datenbank über die Verwendung des Systems oder Chips für einen bestimmten Zweck, Benutzer oder Produkt oder mit bestimmten Reaktionsbedingungen, Probentypen, Reagenzien, Benutzern und dergleichen verknüpft werden. Wird eine falsche Übereinstimmung festgestellt oder ein Identifikator deaktiviert, kann der Prozess angehalten oder das System erst nach Benachrichtigung des Benutzers oder nach Bestätigung durch einen Benutzer betriebsbereit gemacht werden.
  • Es ist zu beachten, dass verschiedene Ausführungsformen mit einem oder mehreren der oben beschriebenen Merkmale gebildet werden können. Die oben genannten Aspekte und Merkmale können in jeder geeigneten Kombination verwendet werden, da die vorliegende Offenlegung in dieser Hinsicht nicht eingeschränkt ist. Zu beachten ist auch, dass die Zeichnungen verschiedene Komponenten und Merkmale illustrieren, die in verschiedene Ausführungsformen eingearbeitet werden können. Zur Vereinfachung können einige der Zeichnungen mehr als ein optionales Merkmal oder eine Komponente darstellen. Es ist jedoch anzuerkennen, dass die Offenlegung Verkörperungen umfasst, die nur einen Teil der in einer einzelnen Zeichnungsfigur abgebildeten Komponenten umfassen können, und/oder auch Verkörperungen, die in mehreren verschiedenen Zeichnungsfiguren abgebildete Komponenten umfassen können.
  • Die hier beschriebenen Verkörperungen und Methoden können mit einer oder mehreren Verkörperungen und/oder Methoden kombiniert werden, die in der am 27. März 2015 eingereichten U.S. Application No. 14/671,355 mit dem Titel „Compositions and Methods Related to Diagnosis of Prostate Cancer“ beschrieben sind, die hiermit durch Verweis in ihrer Gesamtheit für alle Zwecke aufgenommen wird.
  • BEISPIELE
  • Beispiel 1- Assay und prädiktives Modell
  • Der hier beschriebene Test basiert auf einem Panel von vier Kallikrein-Proteinen (Markern), die das gesamte prostataspezifische Antigen (tPSA), das freie PSA (fPSA), das intakte PSA (iPSA) und das menschliche Kallikrein 2 (hK2) enthalten, das mit spezifischen Informationen verknüpft ist. Die vier Kallikrein-Proteine (Marker) wurden einzeln und in verschiedenen Kombinationen für die Erkennung von Prostatakrebs untersucht. Ein logistischer Regressionsalgorithmus, der die Blutplasmaspiegel dieser vier Proteine (Marker) sowie fachspezifische Informationen wie Alter, Ergebnis einer digitalen Rektaluntersuchung (DRE) und Vorhandensein einer vorherigen negativen Prostatabiopsie(en) enthält, zeigt einen höheren positiven Vorhersagewert für Prostatakrebs als der PSA-Test allein.
  • Die Gehalte (z.B. in ng/ml) von tPSA, fPSA, iPSA und hK2 in menschlichen Plasmaproben werden mit dem automatischen Immunoassay-System AutoDELFIA bestimmt. Die gemittelte Menge jedes Proteins (Marker) wird aus den Dublettentests für jedes Protein (Marker) berechnet und in einem prädiktiven Modell verwendet, um einen Risikowert für eine bestimmte menschliche Plasmaprobe zu bestimmen. tPSA und fPSA können auch mit einem Elecsys Immunoassay-Analysator (Roche Diagnostics) bestimmt werden.
  • Jeder Lauf verwendet mindestens einen Satz von zwei Platten - eine Platte für freies/gesamtes PSA und eine Platte für iPSA. hK2 kann mit einer der beiden Platten analysiert werden. Ein kompletter Lauf bei voller Leistung besteht aus zwei Sätzen dieser beiden Platten. Die gesamte Prozedur dauert ca. 3 bis 5 Stunden von der Einleitung bis zum Erhalt der Testergebnisse, je nach Anzahl der laufenden Platten.
  • Beispiel 2- Immunoassay-Chip
  • Der hier beschriebene Immunoassay basiert auf einem Panel von vier Kallikrein-Proteinen (Markern), die das gesamte prostataspezifische Antigen (tPSA), das freie PSA (fPSA), das intakte PSA (iPSA) und das menschliche Kallikrein 2 enthalten.
  • Ein Immunoassay wie hier beschrieben kann sich auf einem Chip oder Objektträger befinden, der aus einem transparenten Material wie Glas besteht. Der Immunoassay hat zwei oder mehr Flüssigkeitseinschlussbereiche, die nicht in flüssiger Verbindung stehen (d.h. fluidisch isoliert sind). Jede Flüssigkeits-Einschlussregion hat eine oder mehrere Analyseregionen mit Bindungsproteinen, die ein oder mehrere Kallikrein-Proteine erkennen, die in den und als Kreise dargestellt sind. Bindungsproteine für Kallikrein-Proteine mit gängigen Epitopen werden in verschiedene Flüssigkeitseinschlussbereiche unterteilt. Bindungsproteine für Kallikrein-Proteine mit einzigartigen Epitopen können sich in den gleichen Flüssigkeitseinschlussbereichen befinden. Die verschiedenen Bindungsproteine können als Replikate in einer Gruppe (wie in gezeigt) oder in einer interspirierten Weise (wie in gezeigt) gesichtet werden. Als weiteres Beispiel zeigt einen Chip mit 96 (6x12) Flüssigkeitseinschlussbereichen, wobei jeder Flüssigkeitseinschlussbereich als eine fluidisch unabhängige Zone mit einer Gruppe von Punkten definiert ist. Eine Gruppe von Spots kann z.B. ein Raster von 60 Analyseregionen oder Spots sein. Jedes Raster von Spots könnte z.B. Bindungspartner für verschiedene Proteine haben. Die Proteine (Marker), die an die Bindungspartner binden, die in jeder Flüssigkeitseinschlussregion vorhanden sind, sollten so ausgewählt werden, dass sie keine gemeinsamen Epitope haben. In einigen Ausführungsformen sollten die Bindungspartner, die in jeder Flüssigkeitseinschlussregion vorhanden sind, so ausgewählt werden, dass jeder Bindungspartner an ein Epitop bindet, das einzigartig für ein Protein ist, das in der Flüssigkeitseinschlussregion nachgewiesen wird (d. h., dass das Epitop kein gemeinsames Epitop mit einem anderen Protein ist, das in der Flüssigkeitseinschlussregion nachgewiesen wird). Alternativ sollte bei einigen Ausführungsformen ein Satz von Bindungspartnern verwendet werden, um ein einzigartiges Epitop für jedes Protein zu detektieren, das in der Flüssigkeitseinschließungsregion detektiert wird (z. B. sollten der Fängerantikörper und der Detektionsantikörper, die zur Identifizierung des Vorhandenseins eines Proteins verwendet werden, das Vorhandensein eines einzigartigen Epitops auf diesem Protein detektieren, so dass das einzigartige Epitop kein gemeinsames Epitop mit einem anderen Protein ist, das in dieser Flüssigkeitseinschließungsregion detektiert wird). Als spezifisches Beispiel könnte eine flüssige Einschließungsregion Bindungsproteine für tPSA, fPSA und freies oder gesamtes hK2 haben; und eine zweite flüssige Einschließungsregion könnte Bindungsproteine für iPSA, MIC-1 und MSMB haben. Beispielhafte Testkombinationen für den Einsatz sind in dargestellt.
  • Beispiel 3 - Beispielhafter Immunoassay A
  • Glassubstrate (25x75 mm2) werden gründlich aktiviert und mit konzentriertem HCI gereinigt, nacheinander mit deionisiertem Wasser, Isopropanol und Reinstwasser (>18 MOhm cm) gespült und mit komprimiertem Stickstoff getrocknet. Die aktivierten Glassubstrate werden in 2% (v/v) Glycidoxypropyltrimethoxysilan in o-Xylol (5 Stunden bei 55°C) unter gelegentlicher Vermischung silanisiert. Die Objektträger werden mit o-Xylol gespült und bei 135°C getrocknet. Eine 2 mm dicke Teflonmaske mit drei Öffnungen von 7×7 mm2 wird auf die Oberfläche des Arrays aufgebracht, um den Kontakt zwischen den Reagenzien, die in verschiedenen Öffnungen verwendet werden, zu verhindern. Die Fangsonden (in einer Konzentration von 2 mg/ml im Phosphatpuffer pH 8,4) werden mit einem handelsüblichen Stift und Ringinstrument auf die Glasoberfläche gesprenkelt, so dass sich Flecken mit einem Durchmesser von ca. 0,2 mm bilden. Für jede Fangsonde werden drei Punkte vorbereitet, um dreifache Messungen zu erzeugen (zur Qualitätskontrolle siehe unten). Die Fangsonden für tPSA, fPSA, MIC1 und MSMB werden in einer ersten Öffnung, die Fangsonde für iPSA in der zweiten Öffnung und die Fangsonde für insgesamt hK2 in einer dritten Öffnung gesichtet. Eine Reihe von Kontrollen (gereinigtes menschliches IgE bei steigenden Konzentrationen von 1 bis 300 ug/mL) wird in jeder Öffnung entdeckt. Die Flecken werden unter Umgebungsbedingungen getrocknet und nach 1 Stunde mit einer Sperrlösung (5% Milchpulver im TRIS-Puffer pH 7 mit 0,2% Tween-20 und 0,05% Natriumazid) gespült. Anschließend wird die Blockierlösung mit einer Stabilisatorlösung (PBS pH7,4 mit 1% Saccharose und 0,05% Natriumazid) abgespült und anschließend drei Stunden lang bei Raumtemperatur getrocknet.
  • Vor der Verwendung des Microarrays zur Analyse einer Probe wird die Oberfläche der Öffnung zunächst mit einer Spüllösung (150 mM Natriumchlorid, 10 mM Tris-Basis und 0,5% Tween 20, pH 8,0) gespült, dann mit deionisiertem Wasser gespült und schließlich unter Umgebungsbedingungen getrocknet. Eine unverdünnte Serumprobe wird in der ersten Öffnung (20 µL) pipettiert. Das Serum wird 1:1 (v:v) mit einem iPSA-Assaypuffer (TRIS-Puffer pH 6,7 mit BSA, denaturiertem Maus-IgG und kommerziellen HAMA-Blockern) verdünnt und in der zweiten Öffnung pipettiert. Das Serum wird separat 1:1 (v:v) mit hK2-Assaypuffer (TRIS-Puffer pH 7,5 mit BSA, tPSA-Antikörpern, denaturiertem Maus-IgG, kommerziellen HAMA-Blockern) verdünnt und in die dritte Öffnung pipettiert. Die Proben werden drei Stunden lang in einer Klimakammer inkubiert (relative Luftfeuchtigkeit >90% und Temperatur 25°C). Die Oberfläche des Microarrays wird dann zuerst mit einer Spüllösung gespült, dann mit deionisiertem Wasser gespült und anschließend bei Umgebungsbedingungen getrocknet. Die Lösungen der Tracer-Antikörper werden dann in die drei Öffnungen pipettiert. Die Tracer für tPSA, fPSA, MIC1 und MSMB werden in der ersten Öffnung pipettiert, der Tracer für iPSA wird in der zweiten Öffnung pipettiert und der Tracer für total hK2 gemischt mit tPSA-Blockern in der dritten Öffnung. Jede Tracerlösung enthält auch einen Anti-Human-IgE-Tracer. Alle Tracer-Reagenzien sind Konjugate des Fluoreszenzfarbstoffs Cy3. Die Tracerlösungen werden für eine Stunde in einer Klimakammer (relative Luftfeuchtigkeit >90% und Temperatur 25 Grad C) inkubiert, dann mit Spüllösung gespült, getrocknet und im Dunkeln gelagert.
  • Das Microarray wird mit einem handelsüblichen Laserscanner analysiert, um jeden Spot und ausgewählte Kontrollbereiche zwischen den Spots abzubilden (zur Beurteilung der unspezifischen Bindung, NSB). NSB muss unter einem vordefinierten Schwellenwert liegen, damit die Messungen als genau angesehen werden können. Eine quantitative Fluoreszenzmessung wird für jeden Punkt durch Subtraktion des NSB von der rohen (nicht gezogenen) Intensität jedes Punktes durchgeführt. Die Konsistenz der Intensität über die dreifachen Messungen wird über das Microarray hinweg beurteilt. Ein Maximum von einer Replikat wird entfernt, wenn ein Lebenslauf über Triplikate hinweg größer als 10% ist, und wenn die Entfernung von Ausreißern den Lebenslauf auf weniger als 10% bringen würde. Die Reihe von IgE-Kontrollen wird verwendet, um einen Zusammenhang zwischen der Fluoreszenzintensität und der Proteinkonzentration herzustellen, und die Konzentrationen von tPSA, fPSA, MIC1, MSMB, iPSA und hK2 werden berechnet.
  • Beispiel 4 - Beispielhafter Immunoassay B
  • Glassubstrate (25x75 mm2) werden gründlich aktiviert und mit konzentriertem HCI gereinigt, nacheinander mit deionisiertem Wasser, Isopropanol und Reinstwasser (>18 MOhm cm) gespült und mit komprimiertem Stickstoff getrocknet. Die aktivierten Glassubstrate werden in 2% (v/v) Glycidoxypropyltrimethoxysilan in o-Xylol (5 Stunden bei 55°C) unter gelegentlicher Vermischung silanisiert. Die Objektträger werden mit o-Xylol gespült und bei 135°C getrocknet. Eine 2 mm dicke Teflonmaske mit drei Öffnungen von 7×7 mm2 wird auf die Oberfläche des Arrays aufgebracht, um den Kontakt zwischen den Reagenzien, die in verschiedenen Öffnungen verwendet werden, zu verhindern. Die Fangsonden (in einer Konzentration von 2 mg/ml im Phosphatpuffer pH 8,4) werden mit einem handelsüblichen Stift und Ringinstrument auf die Glasoberfläche gesprenkelt, so dass sich Flecken mit einem Durchmesser von ca. 0,2 mm bilden. Für jede Fangsonde werden drei Punkte vorbereitet, um dreifache Messungen zu erzeugen (zur Qualitätskontrolle siehe unten). Die Capture-Sonden für tPSA, hK2 und fPSA werden in einer ersten Öffnung und die Capture-Sonden für iPSA, MIC1 und MSMB in der zweiten Öffnung gesichtet. Eine Reihe von Kontrollen (gereinigtes menschliches IgE bei steigenden Konzentrationen von 1 bis 300 ug/mL) wird in jeder Öffnung entdeckt. Die Flecken werden unter Umgebungsbedingungen getrocknet und nach 1 Stunde mit einer Sperrlösung (5% Milchpulver im TRIS-Puffer pH 7 mit 0,2% Tween-20 und 0,05% Natriumazid) gespült. Anschließend wird die Blockierlösung mit einer Stabilisatorlösung (PBS pH7,4 mit 1% Saccharose und 0,05% Natriumazid) abgespült und anschließend drei Stunden lang bei Raumtemperatur getrocknet.
  • Vor dem Einsatz des Microarrays zur Analyse einer Probe wird die Oberfläche der Öffnungen zunächst mit einer Spüllösung (150mM Natriumchlorid, 10mM Tris-Basis und 0,5% Tween 20, pH 8,0) gespült, dann mit deionisiertem Wasser gespült und anschließend unter Umgebungsbedingungen getrocknet. Eine unverdünnte Serumprobe wird in die erste Öffnung und die zweite Öffnung (20 µL) pipettiert. Das Serum wird 1:1 (v:v) mit geeigneten Pufferlösungen verdünnt. Die Proben werden drei Stunden lang in einer Klimakammer inkubiert (relative Luftfeuchtigkeit >90% und Temperatur 25°C). Die Oberfläche des Microarrays wird dann zuerst mit einer Spüllösung gespült, dann mit deionisiertem Wasser gespült und anschließend bei Umgebungsbedingungen getrocknet. Die Lösungen der Tracer-Antikörper werden dann in die Öffnungen pipettiert. Die Tracer für tPSA, hK2 und fPSA werden in der ersten Öffnung erkannt; die Tracer für iPSA, MIC1 und MSMB werden in der zweiten Öffnung pipettiert. Jede Tracerlösung enthält auch einen Anti-Human-IgE-Tracer. Alle Tracer-Reagenzien sind markiert und können z.B. mit einem Fluoreszenzfarbstoff (z.B. Cy3) konjugiert werden. Die Tracerlösungen werden für eine Stunde in einer Klimakammer (relative Luftfeuchtigkeit >90% und Temperatur 25 Grad C) inkubiert, dann mit Spüllösung gespült, getrocknet und im Dunkeln gelagert.
  • Das Microarray wird mit einem handelsüblichen Laserscanner analysiert, um jeden Spot und ausgewählte Kontrollbereiche zwischen den Spots abzubilden (zur Beurteilung der unspezifischen Bindung, NSB). NSB muss unter einem vordefinierten Schwellenwert liegen, damit die Messungen als genau angesehen werden können. Eine quantitative Fluoreszenzmessung wird für jeden Punkt durch Subtraktion des NSB von der rohen (nicht gezogenen) Intensität jedes Punktes durchgeführt. Die Konsistenz der Intensität über die dreifachen Messungen wird über das Microarray hinweg beurteilt. Ein Maximum von einer Replikat wird entfernt, wenn ein Lebenslauf über Triplikate hinweg größer als 10% ist, und wenn die Entfernung von Ausreißern den Lebenslauf auf weniger als 10% bringen würde. Die Reihe von IgE-Kontrollen wird verwendet, um einen Zusammenhang zwischen der Fluoreszenzintensität und der Proteinkonzentration herzustellen, und die Konzentrationen von tPSA, fPSA, MIC1, MSMB, iPSA und hK2 werden berechnet.
  • Beispiel 5 - Immunoassay und Modell
  • Der hier beschriebene Test basiert auf einem Panel von vier Kallikrein-Proteinen (Markern), die das gesamte prostataspezifische Antigen (tPSA), das freie PSA (fPSA), das intakte PSA (iPSA) und das menschliche Kallikrein 2 (gesamt hK2 oder frei hK2) enthalten. Die vier Kallikrein-Proteine (Marker) wurden einzeln und in verschiedenen Kombinationen für die Erkennung von Prostatakrebs untersucht.
  • Es werden Werte (z.B. in ng/ml) von tPSA, fPSA, iPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 in menschlichen Plasmaproben bestimmt. Der Gehalt an zusätzlichen Proteinen (Markern) wie MSMB und/oder MIC-1 kann ebenfalls mit jeder hier beschriebenen Methode bestimmt werden. Die gemittelte Menge jedes Proteins (Marker) wird aus den Dublettentests für jedes Protein (Marker) berechnet und anschließend mit Hilfe eines prädiktiven Modells analysiert, um einen Risikowert für eine bestimmte menschliche Plasmaprobe zu bestimmen. Der Gehalt eines jeden Proteins (Markers) kann auch mit einem Analysator wie dem Elecsys Immunoassay-Analysator (Roche Diagnostics) bestimmt werden.
  • Jeder Lauf verwendet mindestens eine Platte mit zwei Flüssigkeitseinschlussbereichen, wobei jeder der Flüssigkeitseinschlussbereiche einen oder mehrere Analysebereiche aufweist. Die Flüssigkeitseinschlussbereiche dürfen nicht in strömungstechnischer Verbindung stehen (d.h. Flüssigkeit kann nicht zwischen den Bereichen hindurchtreten).
  • Zusätzlich können genetische Profilinformationen z.B. über die Ebenen eines oder mehrerer SNPs erfasst werden. Die SNPs können alle hier veröffentlichten oder bekannten SNPs sein, die mit Prostatakrebs in Zusammenhang stehen (einschließlich der SNPs, die allgemein bekannt sind, dass sie mit einer proliferativen Erkrankung oder einem Risikofaktor für eine proliferative Erkrankung in Zusammenhang stehen). Für diese zusätzliche genetische Analyse kann eine beliebige Anzahl von SNPs gewählt werden, und diese Auswahl von SNPs kann mit der untersuchten Population zusammenhängen. Bei bestimmten Ausführungsformen werden keine SNPs verwendet und/oder es wird keine zusätzliche genetische Analyse durchgeführt. Ein logistischer Regressionsalgorithmus, der die Blutplasmaspiegel rezitierter Proteine (Marker) sowie fachspezifische Informationen wie Alter, Ergebnisse einer digitalen Rektaluntersuchung (DRE), Vorhandensein einer vorherigen negativen Prostatabiopsie (-ies) und genetische Profilinformationen (wie die oben beschriebene) enthält, kann einen höheren positiven Vorhersagewert für Prostatakrebs aufweisen als der PSA-Test allein.
  • Beispiel 6- Assay und prädiktives Modell
  • Der hier beschriebene Test basiert auf einem Panel von drei Kallikrein-Proteinen (Markern), die das gesamte prostataspezifische Antigen (tPSA), das freie PSA (fPSA) und das humane Kallikrein 2 (hK2) enthalten, das mit fachspezifischen Informationen verknüpft ist. Die drei Kallikrein-Proteine (Marker) wurden einzeln und in verschiedenen Kombinationen für die Erkennung von Prostatakrebs untersucht. Ein logistischer Regressionsalgorithmus, der die Blutplasmaspiegel dieser drei Proteine (Marker) sowie fachspezifische Informationen wie Alter, Ergebnis einer digitalen Rektaluntersuchung (DRE) und Vorhandensein einer vorherigen negativen Prostatabiopsie(en) enthält, zeigt einen höheren positiven Vorhersagewert für Prostatakrebs als der PSA-Test allein.
  • Die Gehalte (z.B. in ng/ml) von tPSA, fPSA und hK2 in menschlichen Plasmaproben werden mit dem automatischen Immunoassay-System AutoDELFIA bestimmt. Die gemittelte Menge jedes Proteins (Marker) wird aus den Dublettentests für jedes Protein (Marker) berechnet und in einem prädiktiven Modell verwendet, um einen Risikowert für eine bestimmte menschliche Plasmaprobe zu bestimmen. tPSA und fPSA können auch mit einem Elecsys Immunoassay-Analysator (Roche Diagnostics) bestimmt werden.
  • Jeder Lauf verwendet mindestens eine Platte. Die gesamte Prozedur dauert ca. 3 bis 5 Stunden von der Einleitung bis zum Erhalt der Testergebnisse, je nach Anzahl der laufenden Platten.
  • Beispiel 7- Immunoassay-Chip
  • Der hier beschriebene Immunoassay basiert auf einem Panel von drei Kallikrein-Proteinen (Markern), die das gesamte prostataspezifische Antigen (tPSA), das freie PSA (fPSA) und das menschliche Kallikrein 2 enthalten.
  • Ein Immunoassay wie hier beschrieben kann sich auf einem Chip oder Objektträger befinden, der aus einem transparenten Material wie Glas besteht. Der Immunoassay hat eine oder mehrere Flüssigkeitseinschlussbereiche. Wenn der Immunoassay zwei oder mehr Flüssigkeitseinschlussbereiche hat, sind diese Flüssigkeitseinschlussbereiche nicht in flüssiger Verbindung (d.h. sind fluidisch isoliert). Jede Flüssigkeits-Einschlussregion hat eine oder mehrere Analyseregionen mit Bindungsproteinen, die ein oder mehrere Kallikrein-Proteine erkennen, die in den und als Kreise dargestellt sind. Bindungsproteine für Kallikrein-Proteine mit gemeinsamen Epitopen können in verschiedene Flüssigkeitseinschlussbereiche unterteilt werden. Bindungsproteine für Kallikrein-Proteine mit einzigartigen Epitopen können sich in den gleichen Flüssigkeitseinschlussbereichen befinden. Die verschiedenen Bindungsproteine können als Replikate in einer Gruppe (wie in gezeigt) oder in einer interspirierten Weise (wie in gezeigt) gesichtet werden. Als weiteres Beispiel zeigt einen Chip mit 96 (6x12) Flüssigkeitseinschlussbereichen, wobei jeder Flüssigkeitseinschlussbereich als eine fluidisch unabhängige Zone mit einer Gruppe von Punkten definiert ist. Eine Gruppe von Spots kann z.B. ein Raster von 60 Analyseregionen oder Spots sein. Jedes Raster von Spots könnte z.B. Bindungspartner für verschiedene Proteine haben. Die Proteine (Marker), die an die Bindungspartner in der Flüssigkeitseinschlussregion binden, sollten so ausgewählt werden, dass sie keine gemeinsamen Epitope haben. Die Proteine (Marker), die an die Bindungspartner binden, die in jeder Flüssigkeitseinschlussregion vorhanden sind, sollten so ausgewählt werden, dass sie einzigartige Epitope aufweisen. Als spezifisches Beispiel könnte eine Flüssigkeitseinschließungsregion Bindungsproteine für tPSA, fPSA und freies oder gesamtes hK2 haben; und eine zweite Flüssigkeitseinschließungsregion könnte Bindungsproteine für MIC-1 und MSMB haben. In bestimmten Ausführungsformen des Assays fehlen Bindungspartner für iPSA in allen Flüssigkeitseinschlussbereichen (d.h. keine Flüssigkeitseinschlussbereiche haben Bindungspartner für iPSA). Beispielhafte Testkombinationen für den Einsatz sind in und dargestellt.
  • Beispiel 8 - Beispielhafter Immunoassay A
  • Glassubstrate (25x75 mm2) werden gründlich aktiviert und mit konzentriertem HCI gereinigt, nacheinander mit deionisiertem Wasser, Isopropanol und Reinstwasser (>18 MOhm cm) gespült und mit komprimiertem Stickstoff getrocknet. Die aktivierten Glassubstrate werden in 2% (v/v) Glycidoxypropyltrimethoxysilan in o-Xylol (5 Stunden bei 55°C) unter gelegentlicher Vermischung silanisiert. Die Objektträger werden mit o-Xylol gespült und bei 135°C getrocknet. Eine 2 mm dicke Teflonmaske mit drei Öffnungen von 7×7 mm2 wird auf die Oberfläche des Arrays aufgebracht, um den Kontakt zwischen den Reagenzien, die in verschiedenen Öffnungen verwendet werden, zu verhindern. Die Fangsonden (in einer Konzentration von 2 mg/ml im Phosphatpuffer pH 8,4) werden mit einem handelsüblichen Stift und Ringinstrument auf die Glasoberfläche gesprenkelt, so dass sich Flecken mit einem Durchmesser von ca. 0,2 mm bilden. Für jede Fangsonde werden drei Punkte vorbereitet, um dreifache Messungen zu erzeugen (zur Qualitätskontrolle siehe unten). Die Fangsonden für tPSA, fPSA, MIC1 und MSMB werden in einer ersten Öffnung und die Fangsonde für hK2 insgesamt in einer zweiten Öffnung gesichtet. Eine Reihe von Kontrollen (gereinigtes menschliches IgE bei steigenden Konzentrationen von 1 bis 300 ug/mL) wird in jeder Öffnung entdeckt. Die Flecken werden unter Umgebungsbedingungen getrocknet und nach 1 Stunde mit einer Sperrlösung (5% Milchpulver im TRIS-Puffer pH 7 mit 0,2% Tween-20 und 0,05% Natriumazid) gespült. Anschließend wird die Blockierlösung mit einer Stabilisatorlösung (PBS pH7,4 mit 1% Saccharose und 0,05% Natriumazid) abgespült und anschließend drei Stunden lang bei Raumtemperatur getrocknet.
  • Vor der Verwendung des Microarrays zur Analyse einer Probe wird die Oberfläche der Öffnung zunächst mit einer Spüllösung (150 mM Natriumchlorid, 10 mM Tris-Basis und 0,5% Tween 20, pH 8,0) gespült, dann mit deionisiertem Wasser gespült und schließlich unter Umgebungsbedingungen getrocknet. Eine unverdünnte Serumprobe wird in der ersten Öffnung (20 µL) pipettiert. Das Serum wird separat 1:1 (v:v) mit hK2-Assaypuffer (TRIS-Puffer pH 7,5 mit BSA, tPSA-Antikörpern, denaturiertem Maus-IgG, kommerziellen HAMA-Blockern) verdünnt und in die zweite Öffnung pipettiert. Die Proben werden drei Stunden lang in einer Klimakammer inkubiert (relative Luftfeuchtigkeit >90% und Temperatur 25°C). Die Oberfläche des Microarrays wird dann zuerst mit einer Spüllösung gespült, dann mit deionisiertem Wasser gespült und anschließend bei Umgebungsbedingungen getrocknet. Die Lösungen der Tracer-Antikörper werden dann in die Öffnungen pipettiert. Die Tracer für tPSA, fPSA, MIC1 und MSMB werden in der ersten Öffnung pipettiert und der Tracer für insgesamt hK2 gemischt mit tPSA-Blockern in der dritten Öffnung. Jede Tracerlösung enthält auch einen Anti-Human-IgE-Tracer. Alle Tracer-Reagenzien sind Konjugate des Fluoreszenzfarbstoffs Cy3. Die Tracerlösungen werden für eine Stunde in einer Klimakammer (relative Luftfeuchtigkeit >90% und Temperatur 25 Grad C) inkubiert, dann mit Spüllösung gespült, getrocknet und im Dunkeln gelagert.
  • Das Microarray wird mit einem handelsüblichen Laserscanner analysiert, um jeden Spot und ausgewählte Kontrollbereiche zwischen den Spots abzubilden (zur Beurteilung der unspezifischen Bindung, NSB). NSB muss unter einem vordefinierten Schwellenwert liegen, damit die Messungen als genau angesehen werden können. Eine quantitative Fluoreszenzmessung wird für jeden Punkt durch Subtraktion des NSB von der rohen (nicht gezogenen) Intensität jedes Punktes durchgeführt. Die Konsistenz der Intensität über die dreifachen Messungen wird über das Microarray hinweg beurteilt. Ein Maximum von einer Replikat wird entfernt, wenn ein Lebenslauf über Triplikate hinweg größer als 10% ist, und wenn die Entfernung von Ausreißern den Lebenslauf auf weniger als 10% bringen würde. Die Reihe von IgE-Kontrollen wird verwendet, um einen Zusammenhang zwischen der Fluoreszenzintensität und der Proteinkonzentration herzustellen, und die Konzentrationen von tPSA, fPSA, MIC1, MSMB und hK2 werden berechnet.
  • Beispiel 9 - Beispielhafter Immunoassay B
  • Glassubstrate (25x75 mm2) werden gründlich aktiviert und mit konzentriertem HCl gereinigt, nacheinander mit deionisiertem Wasser, Isopropanol und Reinstwasser (>18 MOhm cm) gespült und mit komprimiertem Stickstoff getrocknet. Die aktivierten Glassubstrate werden in 2% (v/v) Glycidoxypropyltrimethoxysilan in o-Xylol (5 Stunden bei 55°C) unter gelegentlicher Vermischung silanisiert. Die Objektträger werden mit o-Xylol gespült und bei 135°C getrocknet. Eine 2 mm dicke Teflonmaske mit drei Öffnungen von 7×7 mm2 wird auf die Oberfläche des Arrays aufgebracht, um den Kontakt zwischen den Reagenzien, die in verschiedenen Öffnungen verwendet werden, zu verhindern. Die Fangsonden (in einer Konzentration von 2 mg/ml im Phosphatpuffer pH 8,4) werden mit einem handelsüblichen Stift und Ringinstrument auf die Glasoberfläche gesprenkelt, so dass sich Flecken mit einem Durchmesser von ca. 0,2 mm bilden. Für jede Fangsonde werden drei Punkte vorbereitet, um dreifache Messungen zu erzeugen (zur Qualitätskontrolle siehe unten). Die Fangsonden für tPSA, hK2 und fPSA werden in einer ersten Öffnung und die Fangsonden MIC1 und MSMB in der zweiten Öffnung gesichtet. Eine Reihe von Kontrollen (gereinigtes menschliches IgE bei steigenden Konzentrationen von 1 bis 300 ug/mL) wird in jeder Öffnung entdeckt. Die Flecken werden unter Umgebungsbedingungen getrocknet und nach 1 Stunde mit einer Sperrlösung (5% Milchpulver im TRIS-Puffer pH 7 mit 0,2% Tween-20 und 0,05% Natriumazid) gespült. Anschließend wird die Blockierlösung mit einer Stabilisatorlösung (PBS pH7,4 mit 1% Saccharose und 0,05% Natriumazid) abgespült und anschließend drei Stunden lang bei Raumtemperatur getrocknet.
  • Vor dem Einsatz des Microarrays zur Analyse einer Probe wird die Oberfläche der Öffnungen zunächst mit einer Spüllösung (150mM Natriumchlorid, 10mM Tris-Basis und 0,5% Tween 20, pH 8,0) gespült, dann mit deionisiertem Wasser gespült und anschließend unter Umgebungsbedingungen getrocknet. Eine unverdünnte Serumprobe wird in die erste Öffnung und die zweite Öffnung (20 µL) pipettiert. Das Serum wird 1:1 (v:v) mit geeigneten Pufferlösungen verdünnt. Die Proben werden drei Stunden lang in einer Klimakammer inkubiert (relative Luftfeuchtigkeit >90% und Temperatur 25°C). Die Oberfläche des Microarrays wird dann zuerst mit einer Spüllösung gespült, dann mit deionisiertem Wasser gespült und anschließend bei Umgebungsbedingungen getrocknet. Die Lösungen der Tracer-Antikörper werden dann in die Öffnungen pipettiert. Die Tracer für tPSA, hK2 und fPSA werden in der ersten Öffnung gesichtet; die Tracer für MIC1 und MSMB werden in der zweiten Öffnung pipettiert. Jede Tracerlösung enthält auch einen Anti-Human-IgE-Tracer. Alle Tracer-Reagenzien sind markiert und können z.B. mit einem Fluoreszenzfarbstoff (z.B. Cy3) konjugiert werden. Die Tracerlösungen werden für eine Stunde in einer Klimakammer (relative Luftfeuchtigkeit >90% und Temperatur 25 Grad C) inkubiert, dann mit Spüllösung gespült, getrocknet und im Dunkeln gelagert.
  • Das Microarray wird mit einem handelsüblichen Laserscanner analysiert, um jeden Spot und ausgewählte Kontrollbereiche zwischen den Spots abzubilden (zur Beurteilung der unspezifischen Bindung, NSB). NSB muss unter einem vordefinierten Schwellenwert liegen, damit die Messungen als genau angesehen werden können. Eine quantitative Fluoreszenzmessung wird für jeden Punkt durch Subtraktion des NSB von der rohen (nicht gezogenen) Intensität jedes Punktes durchgeführt. Die Konsistenz der Intensität über die dreifachen Messungen wird über das Microarray hinweg beurteilt. Ein Maximum von einer Replikat wird entfernt, wenn ein Lebenslauf über Triplikate hinweg größer als 10% ist, und wenn die Entfernung von Ausreißern den Lebenslauf auf weniger als 10% bringen würde. Die Reihe von IgE-Kontrollen wird verwendet, um einen Zusammenhang zwischen der Fluoreszenzintensität und der Proteinkonzentration herzustellen, und die Konzentrationen von tPSA, fPSA, MIC1, MSMB und hK2 werden berechnet.
  • Beispiel 10 - Immunoassay und Modell
  • Der hier beschriebene Test basiert auf einem Panel von drei Kallikrein-Proteinen (Markern), die das gesamte prostataspezifische Antigen (tPSA), das freie PSA (fPSA) und das menschliche Kallikrein 2 (gesamt hK2 oder frei hK2) enthalten. Die drei Kallikrein-Proteine (Marker) wurden einzeln und in verschiedenen Kombinationen für die Erkennung von Prostatakrebs untersucht.
  • Es werden Werte (z.B. in ng/ml) von tPSA, fPSA, freiem hK2 und/oder Gesamt-hK2 in menschlichen Plasmaproben bestimmt. Der Gehalt an zusätzlichen Proteinen (Markern) wie MSMB und/oder MIC-1 kann ebenfalls mit jeder hier beschriebenen Methode bestimmt werden. Die gemittelte Menge jedes Proteins (Marker) wird aus den Dublettentests für jedes Protein (Marker) berechnet und anschließend mit Hilfe eines prädiktiven Modells analysiert, um einen Risikowert für eine bestimmte menschliche Plasmaprobe zu bestimmen. Der Gehalt eines jeden Proteins (Markers) kann auch mit einem Analysator wie dem Elecsys Immunoassay-Analysator (Roche Diagnostics) bestimmt werden.
  • Jeder Lauf verwendet mindestens eine Platte mit zwei Flüssigkeitseinschlussbereichen, wobei jeder der Flüssigkeitseinschlussbereiche einen oder mehrere Analysebereiche aufweist. Die Flüssigkeitseinschlussbereiche dürfen nicht in strömungstechnischer Verbindung stehen (d.h. Flüssigkeit kann nicht zwischen den Bereichen hindurchtreten).
  • Zusätzlich können genetische Profilinformationen z.B. über die Ebenen eines oder mehrerer SNPs erfasst werden. Die SNPs können alle hier veröffentlichten oder bekannten SNPs sein, die mit Prostatakrebs in Zusammenhang stehen (einschließlich der SNPs, die allgemein bekannt sind, dass sie mit einer proliferativen Erkrankung oder einem Risikofaktor für eine proliferative Erkrankung in Zusammenhang stehen). Für diese zusätzliche genetische Analyse kann eine beliebige Anzahl von SNPs gewählt werden, und diese Auswahl von SNPs kann mit der untersuchten Population zusammenhängen. Bei bestimmten Ausführungsformen werden keine SNPs verwendet und/oder es wird keine zusätzliche genetische Analyse durchgeführt.
  • Ein logistischer Regressionsalgorithmus, der die Blutplasmaspiegel rezitierter Proteine (Marker) sowie fachspezifische Informationen wie Alter, Ergebnisse einer digitalen Rektaluntersuchung (DRE), Vorhandensein einer vorherigen negativen Prostatabiopsie (-ies) und genetische Profilinformationen (wie die oben beschriebene) enthält, kann einen höheren positiven Vorhersagewert für Prostatakrebs aufweisen als der PSA-Test allein.
  • Bezugszeichenliste
    • A
    Flüssigkeitseindämmungsbereich; Ein Bereich fluidisch isoliert von allen anderen Bereichen
    B
    Analysebereich
    C
    Analysebereiche; können auch Flüssigkeitseindämmungsbereiche sein
  • Anlage
  • W a h r s c h e i n l i c h k e i t = e L 1 + e L
    Figure DE202017006951U1_0005
     L = β 0 + β 1 ( A l t e r ) + β 2 ( t P S A ) + β 3 ( p r i o r b x )
    Figure DE202017006951U1_0006
     L = β 0 + β 1 t p s a + β 2 d r e n e g + β 3 d r e p o s + β 4 p r i o r b x
    Figure DE202017006951U1_0007
     L = β 0 + β 1 ( A l t e r ) + β 2 ( t P S A ) + β 3 ( f P S A t P S A ) + β 4 ( i P S A ) + β 5 ( h K 2 ) + + β 6 ( p r i o r b x )
    Figure DE202017006951U1_0008
     L = β 0 + β 1 ( A l t e r ) + β 2 ( log [ t P S A ] ) + β 3 ( f P S A t P S A ) + β 4 ( i P S A ) + β 5 ( h K 2 ) + + β 6 ( p r i o r b x )
    Figure DE202017006951U1_0009
     L = β 0 + β 1 ( A l t e r ) + β 2 ( t P S A ) + β 3 ( f P S A ) + β 4 ( i P S A ) + β 5 ( h K 2 ) + β 6 ( t P S A 2 ) + β 7 ( f P S A t P S A ) + β 8 ( p r i o r b x )
    Figure DE202017006951U1_0010
     s p 1 ( x ) = x   w e n n   x < k n o t s p 1 ( x ) = k n o t   w e n n   x ≥ k n o t s p 2 ( x ) = 0   w e n n   x < k n o t s p 2 ( x ) = x − k n o t   w e n n   x ≥ k n o t
    Figure DE202017006951U1_0011
     L = β 0 + β 1 ( A l t e r ) + β 2 ( t P S A ) + β 3 ( f P S A ) + β 4 ( i P S A ) + β 5 ( h K 2 ) + β 6 ( s p 1 [ t P S A ] ) + β 7 ( s p 2 [ t P S A ] ) + β 8 ( s p 1 [ f P S A ] ) + β 9 ( s p 2 [ f P S A ] ) + β 10 ( s p 1 [ i P S A ] ) + β 11 ( s p 2 [ i P S A ] ) + β 12 ( s p 1 [ h K 2 ] ) + β 13 ( s p 2 [ h K 2 ] ) + β 14 ( priorbx )
    Figure DE202017006951U1_0012
     L = β 0 + β 1 ( A l t e r ) + β 2 ( t P S A ) + β 3 ( f P S A ) + β 4 ( i P S A ) + β 5 ( h K 2 ) + β 6 ( s p 1 [ t P S A ] ) + β 7 ( s p 2 [ t P S A ] ) + β 8 ( s p 1 [ f P S A ] ) + β 9 ( s p 2 [ f P S A ] ) + β 10 ( p r i o r b x )
    Figure DE202017006951U1_0013
     s p [ x ] 1 = max ( [ x ] − k n o t 1,0 ) 3 − max ( [ x ] − k n o t 3,0 ) 3 k n o t 4 − k n o t 1 k n o t 4 − k n o t 3 + max ( [ x ] − k n o t 4,0 ) 3 k n o t 3 − k n o t 1 k n o t 4 − k n o t 3
    Figure DE202017006951U1_0014
     s p [ x ] 2 = max ( [ x ] − k n o t 2,0 ) 3 − max ( [ x ] − k n o t 3,0 ) 3 k n o t 4 − k n o t 2 k n o t 4 − k n o t 3 + max ( [ x ] − k n o t 2,0 ) 3 k n o t 3 − k n o t 2 k n o t 4 − k n o t 3
    Figure DE202017006951U1_0015
     L = β 0 + β 1 ( A l t e r ) + β 2 ( t P S A ) + β 3 ( f P S A ) + β 4 ( i P S A ) + β 5 ( h K 2 ) + β 6 ( s p 1 [ t P S A ] ) + β 7 ( s p 2 [ t P S A ] ) + β 8 ( s p 1 [ f P S A ] ) + β 9 ( s p 2 [ f P S A ] ) + β 10 ( s p 1 [ i P S A ] ) + β 11 ( s p 2 [ i P S A ] ) + β 12 ( s p 1 [ h K 2 ] ) + β 13 ( s p 2 [ h K 2 ] ) + β 14 ( priorbx )
    Figure DE202017006951U1_0016
     L = β 0 + β 1 ( t P S A ) + β 2 ( D R E ) n e g + β 3 ( D R E ) p o s + β 4 ( p r i o r b x )
    Figure DE202017006951U1_0017
     L = β 0 + β 1 ( A l t e r ) + β 2 ( t P S A ) + β 3 s p 1 ( t P S A ) + β 4 s p 2 ( t P S A ) + β 5 ( f P S A ) + β 6 s p 1 ( f P S A ) + β 7 s p 2 ( f P S A ) + β 8 ( i P S A ) + β 9 ( h K 2 ) + β 10 ( D R E n e g ) + β 11 ( D R E p o s ) + β 12 ( p r i o r b x )
    Figure DE202017006951U1_0018
     k = ( P / ( 1 − P ) p / ( 1 − p ) )
    Figure DE202017006951U1_0019
     O d d s = π 1 − π
    Figure DE202017006951U1_0020
     O d d s r e k a l i b r i e r t = O d d s × k
    Figure DE202017006951U1_0021
     π r e k a l i b r i e r t = ( O d d s r e k a l i b r i e r t 1 + O d d s r e k a l i b r i e r t )
    Figure DE202017006951U1_0022
     V = ∑ j = 1 j β i x i + c
    Figure DE202017006951U1_0023
  • ZITATE ENTHALTEN IN DER BESCHREIBUNG
  • Diese Liste der vom Anmelder aufgeführten Dokumente wurde automatisiert erzeugt und ist ausschließlich zur besseren Information des Lesers aufgenommen. Die Liste ist nicht Bestandteil der deutschen Patent- bzw. Gebrauchsmusteranmeldung. Das DPMA übernimmt keinerlei Haftung für etwaige Fehler oder Auslassungen.
  • Zitierte Patentliteratur
    • US 9345782 [0087]
    • WO 2003029427 A2 [0087]
    • US 2013/0273643 [0134]
    • US 8765062 [0134]
  • Zitierte Nicht-Patentliteratur
    • Hentty et al. Ann Med 1994; 26:165-71 [0072]
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    • Pauliina Nurmikko et al., Clinical Chemistry Oct 2000, 46 (10) 1610-1618 [0086]
    • Cybulski et al, Cancer Res. 2004 Apr 15;64(8):2677-9, und 657del5 (8q21) wie in „NBSI is a prostate cancer susceptibility gene“ von Cybulski et al., Cancer Res. 2004 Feb 15;64(4): 1215-9 [0091]
    • "The Elements of Statistical Learning": Data Mining, Inference, and Prediction, Second Edition" von T Hastie et al., Springer Series in Statistics, ISBN 978-0387848570 [0147]

Claims (31)

  1. Ein Festphasen-Assay-System, umfassend: - einen Chip, der ein im wesentlichen starres Substrat und zwei oder mehr flüssigkeitsisolierte Eindämmungsbereiche aufweist, wobei jeder Flüssigkeitseindämmungsbereich einen oder mehrere Analysebereiche aufweist, wobei jede Analyseregion einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einem Substratteil darin immobilisiert sind, wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in der ersten flüssigen Einschlusszone jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen vorhanden ist, die aus der Gruppe ausgewählt sind, die besteht aus: dem gesamten prostataspezifischen Antigen (tPSA), dem freien prostataspezifischen Antigen (fPSA) und dem freien menschlichen Kallikrein 2 (fhK2); und wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in der zweiten flüssigen Einschlusszone jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: intaktem prostataspezifischem Antigen (iPSA), makrophageninhibierendem Cytokin-1 (MIC-1) und beta-Mikroseminoprotein (MSMB); und - ein Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  2. Ein Festphasen-Assay-System, umfassend: - einen Chip, der ein im wesentlichen starres Substrat und zwei oder mehr flüssigkeitsisolierte Eindämmungsbereiche aufweist, wobei jeder Flüssigkeitseindämmungsbereich einen oder mehrere Analysebereiche aufweist, wobei jede Analyseregion einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einem Substratteil darin immobilisiert sind, wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in der ersten flüssigen Einschlusszone jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen vorhanden ist, die aus der Gruppe ausgewählt sind, die besteht aus: dem gesamten prostataspezifischen Antigen (tPSA), dem freien prostataspezifischen Antigen (fPSA) und dem gesamten menschlichen Kallikrein 2 (thK2); und wobei der eine oder die mehreren Bindungspartner in der zweiten flüssigen Einschlusszone jeweils spezifisch an ein Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: intaktem prostataspezifischem Antigen (iPSA), makrophageninhibierendem Cytokin-1 (MIC-1) und beta-Mikroseminoprotein (MSMB); und - ein Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das das Ausmaßder Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  3. Ein Festphasen-Assay-System, umfassend: - einen Chip, der ein im wesentlichen starres Substrat und einen oder mehrere fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlußbereiche umfaßt, wobei jeder Flüssigkeitseinschlußbereich einen oder mehrere Analysebereiche aufweist, wobei jede Analyseregion einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einem Substratteil darin immobilisiert sind, wobei ein erster Bindungspartner in einer ersten flüssigen Einschließungsregion an ein Epitop bindet, das auf freiem prostataspezifischem Antigen (fPSA) vorhanden ist; und wobei die erste flüssige Einschlusszone oder eine zweite flüssige Einschlusszone ferner einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die jeweils an ein Epitop binden, das an ein Protein, ausgewählt aus der Gruppe: fhK2, thK2, MIC-1, MSMB und tPSA, gebunden ist; und - ein Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  4. Das Festphasen-Assay-System nach Anspruch 3, wobei ein weiterer Bindungspartner in der zweiten flüssigen Einschlusszone an ein Epitop bindet, das auf intaktem prostataspezifischem Antigen (iPSA) vorhanden ist.
  5. Ein Festphasen-Assay-System, umfassend: - einen Chip, der ein im wesentlichen starres Substrat und einen oder mehrere fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlußbereiche umfaßt, wobei jeder Flüssigkeitseinschlußbereich einen oder mehrere Analysebereiche umfaßt, wobei jede Analyseregion einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einem Substratteil darin immobilisiert sind, wobei ein erster Bindungspartner in der ersten flüssigen Einschlusszone an ein Epitop bindet, das auf freiem menschlichen Kallikrein 2 (fhK2) vorhanden ist; und - ein Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  6. Ein Festphasen-Assay-System, umfassend: - einen Chip, der ein im wesentlichen starres Substrat und einen oder mehrere fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlußbereiche umfaßt, wobei jeder Flüssigkeitseinschlußbereich einen oder mehrere Analysebereiche umfaßt, wobei jede Analyseregion einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einem Substratteil darin immobilisiert sind, wobei ein erster Bindungspartner in einer ersten flüssigen Einschlusszone an ein Epitop bindet, das auf dem gesamten menschlichen Kallikrein 2 (thK2) vorhanden ist; und wobei der erste Flüssigkeitsbehälter oder ein zweiter Flüssigkeitsbehälterbereich ferner einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die jeweils an ein Epitop binden, das auf einem Protein, ausgewählt aus der Gruppe, vorhanden ist: MIC-1, MSMB, tPSA und fPSA; und - ein Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  7. Das Festphasen-Assaysystem nach Anspruch 5 oder Anspruch 6, wobei der erste Flüssigkeitsbehälter oder der zweite Flüssigkeitsbehälterbereich ferner zwei oder mehr Bindungspartner umfasst, die jeweils an ein Epitop binden, das an ein Protein, ausgewählt aus der Gruppe, gebunden ist: MIC-1, MSMB, tPSA und fPSA.
  8. Das Festphasen-Assaysystem eines der Ansprüche 5 bis 7, wobei die erste oder zweite Flüssigkeitseinschließungsregion ferner einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an ein Epitop binden, das auf einem intakten prostataspezifischen Antigen (iPSA) vorhanden ist.
  9. Das Festphasen-Assaysystem eines der Ansprüche 3 bis 8, wobei das Festphasen-Assaysystem ferner einen oder mehrere zusätzliche Flüssigkeitseinschlussbereiche umfasst.
  10. Das Festphasen-Assaysystem nach Anspruch 9, wobei das Festphasen-Assaysystem weiterhin einen dritten Flüssigkeitseinschlussbereich umfasst.
  11. Das Festphasen-Assay-System nach Anspruch 10, wobei die dritte flüssige Einschlusszone weiterhin einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die jeweils an ein Protein, ausgewählt aus der Gruppe, binden: MIC-1, MSMB, tPSA und fPSA.
  12. Das Festphasen-Assay-System nach Anspruch 10 oder 11, wobei die dritte flüssige Einschlusszone ferner zwei oder mehr Bindungspartner umfasst, die jeweils an ein aus der Gruppe ausgewähltes Protein binden: MIC-1, MSMB, tPSA und fPSA.
  13. Das Festphasen-Assaysystem eines der Ansprüche 10 bis 12, wobei die dritte Flüssigkeitseinschließungsregion ferner einen Bindungspartner, der an MIC-1 bindet, und einen Bindungspartner, der MSMB bindet, umfasst.
  14. Das Festphasen-Assaysystem eines der Ansprüche 10 bis 13, wobei die dritte Flüssigkeitseinschlusszone weiterhin einen Bindungspartner umfasst, der an iPSA bindet.
  15. Ein Festphasen-Assay-System, umfassend: - einen Chip, der ein im wesentlichen starres Substrat und einen oder mehrere fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlußbereiche umfaßt, wobei jeder Flüssigkeitseinschlußbereich mehrere Bindungspartner umfaßt, die an verschiedenen Substratabschnitten innerhalb eines oder mehrerer Analysebereiche immobilisiert sind, wobei jeder der mehrfachen Bindungspartner in einer ersten flüssigen Einschließungsregion spezifisch an ein einzigartiges Epitop auf einem Protein bindet, das aus der Gruppe ausgewählt ist, die besteht aus: dem gesamten prostataspezifischen Antigen (tPSA), dem freien prostataspezifischen Antigen (fPSA) und dem freien menschlichen Kallikrein 2 (fhK2); und - ein Detektor, der so konfiguriert ist, dass er ein Signal misst, das das Ausmaß der Bindung der verschiedenen Bindungspartner an die einzigartigen Epitope anzeigt.
  16. Festphasen-Assaysystem nach Anspruch 14, wobei die Mehrfachbindungspartner in einer zweiten flüssigen Einschließungsregion jeweils spezifisch an ein einzigartiges Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: intaktem prostataspezifischem Antigen (iPSA), makrophagenhemmendem Cytokin-1 (MIC-1) und Beta-Mikroseminoprotein (MSMB), vorhanden ist.
  17. Ein Festphasen-Assay-System, umfassend: - einen Chip, der ein im wesentlichen starres Substrat und einen oder mehrere fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlußbereiche umfaßt, wobei jeder Flüssigkeitseinschlußbereich mehrere Bindungspartner umfaßt, die an verschiedenen Substratabschnitten innerhalb eines oder mehrerer Analysebereiche immobilisiert sind, wobei jeder der mehrfachen Bindungspartner in einer ersten flüssigen Einschließungsregion spezifisch an ein einzigartiges Epitop bindet, das auf einem Protein vorhanden ist, das aus der Gruppe ausgewählt ist, die besteht aus: dem gesamten prostataspezifischen Antigen (tPSA), dem freien prostataspezifischen Antigen (fPSA) und dem gesamten menschlichen Kallikrein 2 (thK2); und - ein Detektor, der so konfiguriert ist, dass er ein Signal misst, das das Ausmaß der Bindung der verschiedenen Bindungspartner an die einzigartigen Epitope anzeigt.
  18. Das Festphasen-Assay-System nach Anspruch 16, wobei die mehrfachen Bindungspartner in der zweiten flüssigen Einschließungsregion jeweils spezifisch an ein einzigartiges Epitop binden, das auf einem oder mehreren Proteinen, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: intaktem prostataspezifischem Antigen (iPSA), makrophagenhemmendem Cytokin-1 (MIC-1) und beta-Mikroseminoprotein (MSMB), vorhanden ist.
  19. Ein Festphasen-Assay-System, umfassend: - einen Chip, der ein im wesentlichen starres Substrat und zwei oder mehr flüssigkeitsisolierte Eindämmungsbereiche aufweist, wobei jeder Flüssigkeitseindämmungsbereich einen oder mehrere Analysebereiche aufweist, wobei jede Analyseregion einen oder mehrere Bindungspartner umfasst, die an einen Substratabschnitt darin immobilisiert sind, wobei ein erster Bindungspartner in der ersten flüssigen Einschlusszone an ein Epitop bindet, das auf einem ersten Kallikreinprotein vorhanden ist, wobei ein zweiter Bindungspartner in der zweiten flüssigen Einschlusszone an ein Epitop bindet, das auf einem zweiten Kallikreinprotein vorhanden ist, wobei das erste Kallikreinprotein und das zweite Kallikreinprotein mindestens ein gemeinsames Epitop aufweisen; und - ein Detektor, der konfiguriert ist, um ein Signal zu messen, das das Ausmaß der Bindung des einen oder der mehreren Bindungspartner an das eine oder die mehreren Epitope anzeigt.
  20. System nach Anspruch 18, wobei das erste Kallikreinprotein und das zweite Kallikreinprotein jeweils ausgewählt sind aus der Gruppe: freies menschliches Kallikrein 2 (fhK2), gesamtes menschliches Kallikrein 2 (thK2), gesamtes prostataspezifisches Antigen (tPSA) und freies prostataspezifisches Antigen (fPSA).
  21. System nach Anspruch 18 oder 19, wobei das erste Kallikreinprotein und das zweite Kallikreinprotein jeweils ausgewählt sind aus der Gruppe: freies menschliches Kallikrein 2 (fhK2), gesamtes menschliches Kallikrein 2 (thK2), gesamtes prostataspezifisches Antigen (tPSA), intaktes prostataspezifisches Antigen (iPSA) und freies prostataspezifisches Antigen (fPSA).
  22. Das System eines der Ansprüche 18 bis 20, wobei das erste Kallikreinprotein fPSA und das zweite Kallikreinprotein iPSA ist.
  23. Das System eines der Ansprüche 18 bis 20, wobei das erste Kallikreinprotein fPSA und das zweite Kallikreinprotein fhK2 oder thK2 ist.
  24. Das System eines der Ansprüche 18 bis 20, wobei das erste Kallikreinprotein ausgewählt ist aus fhK2 oder thK2 und das zweite Kallikreinprotein iPSA ist.
  25. System eines der Ansprüche 18 bis 23, wobei das erste Kallikreinprotein tPSA und das zweite Kallikreinprotein fhK2 oder thK2 ist.
  26. Das System eines der Ansprüche 1 bis 24, ferner bestehend aus - einen zweiten Chip, der ein im Wesentlichen starres Substrat und einen oder mehrere fluidisch isolierte Flüssigkeitseinschlussbereiche umfasst, wobei jeder Flüssigkeitseinschlussbereich einen oder mehrere Analysebereiche umfasst, wobei jeder Analysebereich Folgendes umfasst eine oder mehrere Erfassungssonden immobilisiert an einem Substratteil darin, worin jeder der einen oder mehreren Fangsonden in einem oder mehreren flüssigkeitsisolierten Bereichen, die spezifisch an eine Zielnukleinsäure binden; und - einen Detektor, der so konfiguriert ist, dass er ein Signal misst, das das Ausmaß der Bindung der mehreren Fangsonden an die Zielnukleinsäure anzeigt.
  27. System nach Anspruch 25, wobei die eine oder mehrere Fangsonden Desoxyribonukleinsäure (DNA) oder Ribonukleinsäure (RNA) umfassen.
  28. System nach Anspruch 25 oder Anspruch 26, wobei die Zielnukleinsäure einen einzelnen Nukleotidpolymorphismus (SNP) aufweist.
  29. System nach Anspruch 27, wobei das SNP ausgewählt ist aus: rs138213197, rs7818556, rs6983267, rs10993994, rs12793759, rs16901979, rs9911515, rs1016343, rs7106762, rs6579002, rs16860513, rs5945619, rs16902094, rs10896437, rs651164, rs7679673, rs13265330, rs2047408, rs10107982, rs620861, rs9297746, rs1992833, rs7213769, rs2710647, rs888507, rs17021918, rs12500426, rs2028900, rs7102758, rs16901922, rs6062509, rs2659051, rs17832285, rs12543663, rs4699312, rs11091768, rs3120137, rs6794467, rs10086908, rs7141529, rs2315654, rs12151618, rs747745, rs1009, rs2132276, rs2735839, rs11568818, rs684232, rs9364554, rs9830294, rs2660753, rs10807843, rs1933488, rs17467139, rs12947919, rs721048, rs385894, rs2331780, rs1894292, rs2107131, rs6545962, rs11649743, rs758643, rs2297434, rs902774, rs2647262, rs17224342, rs5918762, rs11672691, rs17138478, rs3019779, rs1873555, rs9457937, rs2838053, rs12946864, rs12475433, rs3765065, rs2018334, rs3771570, rs4871779, rs10875943, rs11601037, rs6489721, rs11168936, rs9297756, rs11900952, rs6569371, rs7752029, rs5934705, rs3745233, rs1482679, rs749264, rs6625760, rs5978944, rs2366711, rs5935063, rs10199796, rs2473057, rs4925094, rs3096702, rs12490248, rs4245739, rs10094059, rs306801, rs2823118, rs2025645, rs9359428, rs10178804, rs6090461, rs2270785, rs16901841, rs2465796, rs17256058, rs16849146, rs2269640, rs8044335, rs6530238, rs712242, rs9267911, rs11134144, rs12880777, rs7090755, rs132774, rs17779822, rs398146, rs4844228, rs4237185, rs7125415, rs1439024, rs6770955, rs11253002, rs4822763, rs2162185, rs12640320, rs5945637, rs3818714, rs6762443, rs10508678, rs2272668, rs2227270, rs6437715, rs3759129, rs1891158, rs7358335, rs12988652, rs3796547 rs7234917, rs6509345, rs966304, rs1515542, rs11631109, rs871688, rs4382847, rs9972541, rs13113975, rs4119478, rs1380862, rs7529518, rs785437, rs1140809, rs4830488, rs10458360, rs2738571, rs11634741, rs1950198, rs539357, rs16887736, rs7658048, rs11222496, rs2207790, rs12506850, rs4512641, rs2813532, rs6934898, rs582598, rs10191478, rs10486562, rs17395631, rs7525167, rs12637074, rs10887926, rs7485441, rs1944047, rs7178085, rs17318620, rs10489871, rs2691274, rs6962297, rs1827611, rs4806120, rs7164364, rs2293710, rs13017302, rs4570588, rs2386841, rs40485, rs524908, rs10795841, rs4273907, rs12612891, rs10496470, rs6755901, rs1943821, rs13319878, rs6957416, rs12552397, rs6489794, rs4346531, rs7777631, rs1046011, rs16988279, rs986472, rs10508422, rs9456490, rs1295683, rs2449600, rs7075945, rs9358913, rs1477886, rs753032, rs409558, rs4246742, rs10060513, rs17070292, rs10826398, rs17744022, rs7801918, rs885479, rs1863610, rs3805284, rs10832514, rs2509867, rs2070874, rs2339654, rs12903579, rs11610799, rs2272316, rs6961773, rs2078277, rs17324573, rs6760417, rs2911756, rs12233245, rs896615, rs4760442, rs2087724, rs439378, rs4833103, rs6539333, rs4423250, rs12594014, rs17123359, rs12505546 oder rs585197.
  30. Das System eines der Verfahrensforderungen, das ferner einen Bearbeiter aufweist zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses im Zusammenhang mit Prostatakrebs auf der Grundlage des gemessenen Signals und mindestens eines klinischen Faktors.
  31. System nach Anspruch 29, wobei der mindestens eine klinische Faktor ausgewählt ist aus: - Anzahl der Prostatagewebebiopsien zu diesem Thema durchgeführt; - Ergebnisse früherer Prostatagewebebiopsien, die an der Prostata durchgeführt wurden. Datum; - Auftreten einer negativen Biopsie seit der Erstdiagnose einer nicht aggressiven Prostata Krebs; - Auftreten einer negativen Biopsie in einem Jahr vor der Entnahme der Blutprobe; - gesamt Anzahl der Biopsien seit der Erstdiagnose von nicht aggressivem Prostata krebs; - Prostatavolumen ein vorherige Biopsie; - Anzahl der positiven Kerne bei vorheriger Biopsie; - Prozent positive Kerne bei vorheriger Biopsie; - Querschnittsfläche von Krebs in Biopsie-Kernabschnitten; - maximale Querschnittsfläche des Krebses in Biopsie-Kernabschnitte; - PSA-Dichte; - Rasse des Subjekts; - Familiengeschichte von Prostatakrebs; - Höchstbetrag Prozent der positiven Kerne aus einer früheren Biopsie; und - maximale Anzahl positiver Adern aus beliebigen vorherige Biopsie.
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