DE102015203181A1 - Method for temporal and spatial interpolation of fMRI time series in relation to a single subject - Google Patents
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Abstract
Die Erfindung betrifft insbesondere ein Verfahren zur zeitlichen und räumlichen Interpolation von fMRI-Zeitreihen in Bezug auf ein Einzelsubjekt, wobei ein Bild zumindest zwei räumliche und zumindest eine zeitliche Dimension aufweist, wobei zumindest eine erste Zeitreihe in Bezug auf ein Einzelsubjekt aufgenommen wird. Das Verfahren weist den Schritt des Aufnehmens einer Vielzahl N von funktionellen Bildern (100), wobei zumindest zwei Bilder aus der Vielzahl N von funktionellen Bildern keine identische räumliche und/oder zeitliche Auflösung aufweisen, und den Schritt des Interpolierens der Vielzahl N von funktionellen Bildern in einen gemeinsamen „räumlichen“ und/oder „zeitlichen“ Raum (200), wobei die Auflösung des gemeinsamen „räumlichen“ oder „zeitlichen“ Raumes mindestens so hoch ist wie das höchste „zeitliche“ oder „räumliche“ Auflösungsniveau der Vielzahl N von funktionellen Bildern, auf.More particularly, the invention relates to a method for temporal and spatial interpolation of fMRI time series with respect to a single subject, wherein an image has at least two spatial and at least one temporal dimension, wherein at least a first time series is acquired with respect to a single subject. The method comprises the step of taking a plurality N of functional images (100), wherein at least two images of the plurality N of functional images do not have identical spatial and / or temporal resolution, and the step of interpolating the plurality N of functional images into a common "spatial" and / or "temporal" space (200), where the resolution of the common "spatial" or "temporal" space is at least as high as the highest "temporal" or "spatial" resolution level of the plurality N of functional images , on.
Description
Hintergrund der Erfindung Background of the invention
Funktionelle Magnetresonanztomographie (engl. functional magnetic resonance imaging, abgekürzt fMRI) findet eine zunehmendes Interesse in der Forschung. Dabei werden die magnetischen Eigenschaften von Stoffen genutzt. Insbesondere Hämoglobin zeigt einen magnetischen Dipolcharakter. Hierbei ist von besonderem Nutzen, dass sich die magnetischen Eigenschaften ändern, je nachdem, ob Sauerstoff an das Hämoglobin gebunden ist oder nicht. Während oxygeniertes Hämoglobin diamagnetisch ist, zeigt desoxygeniertes Hämoglobin einen paramagnetischen Charakter. Desoxygeniertes Hämoglobin kann als Hinweis auf eine Aktivität verstanden werden. Functional magnetic resonance imaging (functional magnetic resonance imaging, abbreviated fMRI) is finding increasing interest in research. The magnetic properties of substances are used. In particular, hemoglobin shows a magnetic dipole character. Of particular value here is that the magnetic properties change depending on whether oxygen is bound to the hemoglobin or not. While oxygenated hemoglobin is diamagnetic, deoxygenated hemoglobin exhibits paramagnetic character. Deoxygenated hemoglobin can be understood as an indication of activity.
Beispielsweise findet die fMRI Anwendung in der Wissenschaft zur Untersuchung von Gehirnaktivität. For example, the fMRI is used in science to study brain activity.
Allerdings ist hier festzustellen, dass die bisherigen räumlichen Auflösungen als auch die bisherige Vertrauenswürdigkeit der fMRI nicht oder nur in sehr beschränktem Maße für medizinische Anwendungen vorhanden sind. However, it should be noted here that the previous spatial resolutions as well as the previous trustworthiness of the fMRI are not available or only to a very limited extent for medical applications.
Vor diesem Hintergrund ist es eine Aufgabe der Erfindung, eine Verbesserung der Auflösung und Vertrauenswürdigkeit bereitzustellen. Against this background, it is an object of the invention to provide an improvement in resolution and trustworthiness.
Kurzdarstellung der Erfindung Brief description of the invention
Die Aufgabe wird gelöst durch ein Verfahren zur zeitlichen und räumlichen Interpolation von fMRI-Zeitreihen in Bezug auf ein Einzelsubjekt, wobei ein Bild zumindest zwei räumliche und zumindest eine zeitliche Dimension aufweist, wobei zumindest eine erste Zeitreihe in Bezug auf ein Einzelsubjekt aufgenommen wird. Dabei werden eine Vielzahl N von funktionellen Bildern aufgenommen, wobei zumindest zwei Bilder aus der Vielzahl N von funktionellen Bildern keine identische räumliche und/oder zeitliche Auflösung aufweisen, und anschließend die Vielzahl N von funktionellen Bildern in einen gemeinsamen „räumlichen“ und „zeitlichen“ Raum interpoliert, wobei die Auflösung des gemeinsamen „räumlichen“ und „zeitlichen“ Raumes mindestens so hoch ist wie das höchste „zeitliche“ und „räumliche“ Auflösungsniveau der Vielzahl N von funktionellen Bildern. Die Aufgabe wird weiterhin durch eine entsprechende Vorrichtung und durch eine entsprechende Software gelöst. The object is achieved by a method for temporal and spatial interpolation of fMRI time series with respect to a single subject, wherein an image has at least two spatial and at least one temporal dimension, wherein at least a first time series is recorded with respect to a single subject. In this case, a plurality N of functional images are recorded, wherein at least two images from the plurality N of functional images do not have identical spatial and / or temporal resolution, and then the plurality N of functional images into a common "spatial" and "temporal" space interpolated, where the resolution of the common "spatial" and "temporal" space is at least as high as the highest "temporal" and "spatial" resolution level of the plurality N of functional images. The problem is further solved by a corresponding device and by an appropriate software.
Kurzdarstellung der Figuren Brief description of the figures
Die Erfindung wird nachfolgend genauer unter Bezug auf die Figuren dargestellt werden. In diesen zeigt: The invention will be illustrated in more detail below with reference to the figures. In these shows:
Ausführliche Darstellung Detailed presentation
Mittels der Erfindung werden ohne Beschränkung der Allgemeinheit auch medizinische Anwendungen im Bereich der Neuroradiologie, Neurologie, klassische als auch roboterunterstützte Neurochirurgie als auch der Psychiatrie ermöglicht. By means of the invention, medical applications in the field of neuroradiology, neurology, classical as well as robot-assisted neurosurgery as well as psychiatry are made possible without restricting the general public.
Soweit nachfolgend die Erfindung an Hand eines Verfahrens dargestellt werden wird, ist immer auch die Vorrichtung zur Durchführung des Verfahrens als auch eine Software zur Verarbeitung und gegebenenfalls Steuerung mit umfasst, ohne weiter erwähnt zu werden. As far as subsequently the invention will be illustrated by means of a method, the device for carrying out the method as well as a software for processing and optionally control is always included, without being further mentioned.
Weiterhin, soweit nachfolgend Zahlenwerte präsentiert werden, stellen diese keine Beschränkung der Erfindung hierauf sondern lediglich Beispiele experimenteller Ergebnisse dar. Furthermore, as far as numerical values are presented below, these are not a limitation of the invention thereto but merely examples of experimental results.
Soweit nachfolgend Bezug zu Voxel genommen wird, sind damit Datenpunkte in einem mehrdimensionalen Gitter gemeint, die einem Pixel in der Darstellung eines Bildes entsprechen. As far as subsequently reference is made to voxels, it refers to data points in a multi-dimensional grid that correspond to a pixel in the representation of an image.
Soweit nachfolgend auf Bilder Bezug genommen wird, ist damit nicht nur ein räumlich zweidimensionaler Datensatz sondern auch ein räumlich drei-dimensionaler Datensatz gemeint. Zusätzlich kann der Datensatz auch eine zeitliche Dimension aufweisen, d.h. eine Änderung des räumlichen Datensatzes über die Zeit. As far as reference is made below to images, this does not only mean a spatially two-dimensional data set but also a spatially three-dimensional data set. In addition, the data record can also have a temporal dimension, ie a change of the spatial data record over time.
Soweit nachfolgend Bezug zu den Figuren genommen wird, ist dabei nicht notwendigerweise eine zwingende Anordnung gegeben, es sei denn diese ist explizit aus dem dargestellten Zusammenhang entnehmbar. Weiterhin, obwohl nachfolgend einige Verfahrensteilschritte nicht explizit in den Figuren dargestellt sind, können diese, soweit sinnvoll, in jeglicher Anordnung relativ zu anderen Verfahrensschritten als auch in Kombination mit anderen Verfahrensschritten vorgesehen sein. Insofar as reference is subsequently made to the figures, a compelling arrangement is not necessarily given, unless it can be explicitly taken from the context shown. Furthermore, although some method sub-steps are not explicitly shown in the figures below, they may, as far as appropriate, be provided in any arrangement relative to other method steps as well as in combination with other method steps.
Mittels Ausführungsformen der Erfindung ist es möglich, Bilder von funktionsfähigen Gehirnen eines Einzelsubjektes, d.h. eines einzelnen Menschen oder Tieres, mit einer hohen Test-Nachtest-Sicherheit (Wiederhohlpräzision) als auch alternativ oder zusätzlich mit einer hohen räumlichen und/oder zeitlichen Auflösung zu erzeugen. Die Test-Nachtest-Sicherheit kann beispielsweise als Intraklassen-Korrelationskoeffizient (engl. intraclass correlation coefficient, abgekürzt ICC) ausgedrückt werden, wobei mittels der Erfindung ICC von 0,75 und mehr in Bezug auf ein Einzelsubjekt ermöglicht werden. By means of embodiments of the invention, it is possible to obtain images of functional brains of a single subject, i. of a single human or animal, with a high test-post test security (repeatability precision) as well as alternatively or additionally with a high spatial and / or temporal resolution. For example, the test-posttest security may be expressed as an intraclass correlation coefficient (abbreviated to ICC), allowing the invention to achieve ICCs of 0.75 and more with respect to a single subject.
Dabei stützt sich das erfindungsgemäße Verfahren nicht auf die bekannte kanonische hämodynamische Antwortfunktion (engl. canonical hemodynamic response function, abgekürzt HRF) der Blutoxygenierungs-abhängigen-(engl. blood oxygenation level dependent, abgekürzt BOLD-)Antwort. In this case, the method according to the invention does not rely on the known canonical hemodynamic response function (abbreviated to HRF) of the blood oxygenation level dependent (abbreviated to BOLD) response.
Bisherige Studien zur Test-Nachtest-Sicherheit der BOLD-Antwort wurden in aller Regel auf dem Niveau von Gruppen ausgeführt, nicht jedoch auf dem Niveau eines Individuums. Eine sichere medizinische Anwendung ist jedoch nur möglich, wenn das Individuum in den Fokus der Betrachtung gerückt wird. Anwendungen, die für Gruppen entwickelt wurden, haben daher einen sehr geringen klinischen Wert für das Individuum. Previous BOLD response testing-posttest safety studies have typically been performed at the level of groups, but not at the level of an individual. However, safe medical use is only possible if the individual is brought into the focus of consideration. Applications developed for groups therefore have a very low clinical value for the individual.
Zudem wird in der gängigen Praxis eine beobachtete BOLD-Antwort mit der HRF korreliert, welche ursprünglich aus dem visuellen Cortex einer kleinen untersuchten Gruppe “gemittelt” wurde. Dabei wird in der gängigen Praxis angenommen, dass eine hohe Korrelation zwischen HRF und der beobachteten BOLD-Antwort einer Gehirnaktivierung bzw. eine negative Korrelation einer Gehirndeaktivierung entspricht, wohingegen eine Nicht-Korrelation anzeigt, dass keine systematische Gehirnaktivität bzw. Rauschen vorliegt. Gehirnaktivität auf individuellem Niveau wird dann nicht als Korrelation ausgedrückt sondern lediglich als statistischer t- Wert, d.h. als die Abweichung von einem erwarteten Wert von seinem nominalen Wert in Relation zu seiner Standardabweichung. Allerdings wird seitens der Erfinder die Festlegung auf die Art der HRF sowohl in Bezug auf eine Gruppe als auch auf eine bestimmte neuroanatomische Lokalisation (visueller Cortex) als nachteilig verstanden. In addition, in current practice, an observed BOLD response is correlated with HRF, which was originally "averaged" from the visual cortex of a small group under study. It is accepted in common practice that a high correlation between HRF and the observed BOLD response corresponds to a brain activation or a negative correlation of a brain deactivation, whereas a non-correlation indicates that there is no systematic brain activity or noise. Brain activity at individual level is then expressed not as a correlation but only as a statistical t-value, i. as the deviation from an expected value from its nominal value in relation to its standard deviation. However, the inventors find the definition of the type of HRF both with regard to a group and to a specific neuroanatomical localization (visual cortex) disadvantageous.
Das erfindungsgemäße Verfahren ist dagegen Einzelsubjektbezogen und stützt sich somit auf die spezifischen Eigenheiten des untersuchten Individuums, sodass dessen tatsächliche physiologischen Eigenschaften zum Tragen und dadurch bisher häufig beobachtete fMRI-Artefakte nicht mehr zum Tragen kommen. By contrast, the method according to the invention is based on individual subjects and thus relies on the specific characteristics of the examined individual, so that its actual physiological properties are no longer relevant for wearing and thus far frequently observed fMRI artifacts.
Weiterhin kann durch das erfindungsgemäße Verfahren auch eine Verringerung von Rauschen in den Bildern erreicht werden, insbesondere durch Interpolation von zwei oder mehr Sequenzen mit unterschiedlicher räumlicher und/oder zeitlicher Auflösung in einen gemeinsamen Bildraum, wobei der Bildraum zumindest die höchste Auflösung der zu Grunde liegenden Einzelsequenzen aufweist. Furthermore, a reduction of noise in the images can be achieved by the inventive method, in particular by interpolation of two or more sequences with different spatial and / or temporal resolution in a common image space, wherein the image space at least the highest resolution of the underlying individual sequences having.
Bisherige Systeme sind auf die zeitliche Filterung der Bilddaten angewiesen. Dabei sind unterschiedliche Filterungen im Einsatz. Sowohl Tiefpassfilter als auch Hochpassfilter werden verwendet. So werden z.B. mit Tiefpassfiltern störende Effekte, wie sie durch höherfrequente Ereignisse wie Atmung oder Herzschlag entstehen können, entfernt, zudem können auch Effekte des Aliasing vermindert werden. Werden hingegen Hochpassfilter verwendet, tritt der Effekt auf, dass eine Unterabtastung (engl. under-sampling) unterdrückt wird. Allerdings wird dadurch auch der für den sogenannten Ruhezustand (engl. resting state) interessante Frequenzbereich ausgeblendet. Insgesamt ist Filterung problematisch, da in aller Regel nicht nur uninteressante Information sondern auch relevante Information entfernt oder geändert wird. Previous systems rely on the temporal filtering of the image data. Different filters are used. Both low-pass and high-pass filters are used. Thus, e.g. With low-pass filters disturbing effects, such as those caused by higher-frequency events such as respiration or heartbeat, removed, also effects of aliasing can be reduced. On the other hand, if high-pass filters are used, the effect of suppressing undersampling occurs. However, this also hides the frequency range of interest for the so-called resting state. Overall, filtering is problematic because usually not only uninteresting information but also relevant information is removed or changed.
Weiterhin zeigen bisherige Systeme in aller Regel auch eine Form der räumlichen Filterung bzw. Glättung. In gleicher Weise zeigen bisherige Systeme auch in aller Regel eine Form der zeitlichen Filterung bzw. Glättung. Furthermore, previous systems usually also show a form of spatial filtering or smoothing. In the same way, previous systems usually also show a form of temporal filtering or smoothing.
Hierbei werden im zeitlichen Verlauf räumlich eng benachbarte Voxel gemäß eines vorbestimmten Gewichtungsschemas gemittelt, wobei in der Regel räumlich näher gelegene Voxel ein höheres Gewicht aufweisen als räumlich entferntere Voxel. Beispielsweise wird eine Gauss’sche Gewichtung vorgenommen. Erreicht werden kann hiermit zu Lasten der räumlichen/zeitlichen Auflösung eine verbessertes Signal-Rausch-Verhältnis und damit eine verbesserte Test-Nachtest-Sicherheit. In this case spatially closely adjacent voxels are averaged according to a predetermined weighting scheme over time, wherein spatially closer voxels usually have a higher weight than spatially distant voxels. For example, a Gaussian weighting is made. This can be achieved at the expense of spatial / temporal resolution an improved signal-to-noise ratio and thus improved test post-test security.
Zudem können räumliche Interpolationstechniken, wie z.B. nearest neighbor, trilineare und sinc Interpolation verwendet werden. Dabei ist immer zu bedenken, dass einige der Techniken die kubische Erscheinung der Daten ändern (z.B. trilinear Interpolation, sinc- Interpolation). Allerdings ist mit der Interpolation auch eine Zunahme von Artfakten zu registrieren. In addition, spatial interpolation techniques, such as e.g. nearest neighbor, trilinear and sinc interpolation are used. It should always be kept in mind that some of the techniques change the cubic appearance of the data (e.g., trilinear interpolation, sinc interpolation). However, with the interpolation also an increase of artifacts has to be registered.
Es bleibt anzumerken, dass Glättungstechniken für medizinische Anwendungen in aller Regel nachteilig sind. Zum einen führt z.B. eine räumliche Glättung unter Umständen zu einer Ortsverschiebung von Aktivitätsmaxima. Weiterhin kann z.B. eine räumliche Glättung die tatsächliche räumliche Auflösung eines Bildes verschlechtern. Zudem führt eine räumliche Glättung zu einer Informationsübertragung von Orten nicht relevanter Information, z.B. Dura mater, Knochen, Blutgefäße oder Liquor cerebrospinalis auf Orte relevanter Information, z.B. Cortex cerebri oder Cortex cerebelli. It should be noted that smoothing techniques for medical applications are generally disadvantageous. On the one hand, for example, a spatial smoothing may lead to a shift of activity maxima. Furthermore, e.g. Spatial smoothing degrades the actual spatial resolution of an image. In addition, spatial smoothing results in information transfer from locations of irrelevant information, e.g. Dura mater, bones, blood vessels or cerebrospinal fluid to locations of relevant information, e.g. Cortex cerebri or cortex cerebelli.
Die Erfindung kann unter anderem auch eine einzelsubjektbezogene HRF in Bezug auf einzelne Voxel verwenden, um so die real vorhandene Eigenschaften des Individuums zur Verbesserung des Signal-Rausch-Verhältnisses und/oder der Test-Nachtest-Sicherheit nutzen zu können. Among other things, the invention can also use a single subject HRF with respect to individual voxels so as to be able to use the real characteristics of the individual to improve the signal-to-noise ratio and / or the test post-test security.
Die Erfindung schlägt nun in einer allgemeinen Form vor, in Bezug auf einen bestimmten Reiz auf der Ebene eines Einzelsubjektes (d.h. eines Individuums) mit einer Mehrzahl von unterschiedlichen Protokollen, die jeweils unterschiedliche zeitliche und/oder räumliche Auflösungen aufweisen, Bilddaten aufzunehmen (
Anschließend werden die so aus unterschiedlichen Protokollen gewonnen Bilddaten in einen gemeinsamen Datenraum transformiert (
Anschließend können die so erhaltenen Daten nach Bedarf weiter verarbeitet werden. Beispielsweise ist es möglich, die so erhaltenen Daten mittels (schneller) Fourier- Transformation (engl. Fast Fourier Transform, abgekürzt FFT) in Bezug auf die so erhaltene gemeinsame zeitliche Auflösung zu verarbeiten (
Alternativ ist es möglich die so erhaltenen Daten in einer an das bekannte BOLD-Verfahren angelehnten Weise zu verarbeiten (
Üblicherweise bestehen blockartig organisierte Untersuchungen aus N Aktivierungsphasen, die typischerweise durch N Basislinienphasen (Ruhephasen) getrennt werden, sodass mit beiden zusammen ein Zyklus von N Wiederholungen einer Aktivierungs- und einer nachfolgenden Basislinienphase (Ruhephase) oder umgekehrt auftreten. Innerhalb jeder dieser Phasen werden dann die Daten aufgenommen (
Innerhalb dieser N Wiederholungen des Zyklus können (selektiv) die jeweiligen Daten, die einen Signalanstieg während Aktivierung zeigen, als auch jene Daten, die einen Signalabfall während der Ruhephasen zeigen, gemittelt werden (
Anschießend kann eine einzelsubjektbezogene BOLD-Antwort (z.B. als Kurve) aus einem ersten Testlauf gewonnen werden, ebenso kann eine einzelsubjektbezogene BOLD-Antwort (z.B. als Kurve) aus einem zweiten Testlauf (Nachtest) gewonnen werden. Subsequently, a single subject BOLD response (e.g., as a curve) may be obtained from a first test run, as well as a single subject BOLD response (e.g., as a curve) may be obtained from a second test run (post test).
Ein Testlauf kann als Daten entsprechend einer Phase verstanden werden. Mit beiden Antworten kann nun die Test-Nachtest-Sicherheit z.B. mittels ICC oder jeder anderen geeigneten Technik ermittelt werden. A test run can be understood as data corresponding to a phase. With both answers, the test posttest security can now be checked e.g. be determined by ICC or any other suitable technique.
Wird eine FFT Nachverarbeitung verwendet (
Hieraus kann z.B. je ein Leistungsspektrum ermittelt werden. Mit den Leistungsspektren kann nun wiederum die Test-Nachtest-Sicherheit z.B. mittels ICC oder jeder anderen geeigneten Technik ermittelt (
Zur Bestimmung von Gehirnaktivierungen und Gehirndeaktivierungen können je nach verwendeter Nachverarbeitung unterschiedliche Ansätze verfolgt werden. To determine brain activations and brain deactivations, different approaches can be followed, depending on the post-processing used.
Im Fall der BOLD Nachverarbeitung (
Wird hingegen eine FFT Nachverarbeitung (
Um die häufig bei hoch aufgelösten Bildern (kleine Voxel-Größe) festzustellende schlechte Test-Nachtest-Sicherheit zu umgehen, könnte man eine (erheblich) höhere Anzahl von Untersuchungen mit einer größeren Voxel-Größe durchführen. Jedoch ist dies (erheblich) zeitaufwändiger und nicht immer praktikabel. In order to avoid the poor test-post test security that is often found in high-resolution images (small voxel size), one could perform a (considerably) higher number of examinations with a larger voxel size. However, this is (considerably) time consuming and not always practical.
Daher schlägt die Erfindung vor, Bilder mit niedriger Auflösung mit zu berücksichtigen, d.h. ein sogenanntes mixed scanning Protokoll (
Um dennoch eine erfindungsgemäß gewünschte hohe Auflösung der Bilder zu erhalten, können unterschiedliche Prinzipien angewendet werden. Zum einen ist es möglich, Bilder einer niedrigeren Auflösung mit Bildern einer höheren Auflösung zu mischen. Zum anderen können durch Interpolationstechniken Bilder einer niedrigeren Auflösung in eine höhere Auflösung übertragen werden. Beispielsweise kann das Erfassungsgitter einer niedrigen Auflösung (virtuell) um eine halbe Auflösungsdistanz verschoben werden und anschließend werden Werte des ursprünglichen Erfassungsgitters und Werte des verschobenen Erfassungsgitters in ein Erfassungsgitter mit doppelter Auflösung übertragen (
Alternativ kann hier jedoch vorgesehen sein, dass die tatsächliche (räumliche) Lage des Einzelsubjektes erkannt wird und erst nachfolgend eine Zuordnung in ein gemeinsames Koordinatensystem (
D.h. bei dem von der Erfindung vorgeschlagenen Weg ist es nunmehr möglich, mit relativ wenig Rechenaufwand WS Ergebnisse zu erhalten, die auch im klinischen Alltag Verwendung finden können. Insbesondere fallen die rechenintensiven und fehlerträchtigen Glättungs- und Filterungsschritte weg. That in the way proposed by the invention, it is now possible to obtain results with relatively little computation time WS, which can also be used in everyday clinical practice. In particular, the computation-intensive and error-prone smoothing and filtering steps are eliminated.
Die Erfinder haben die Erfindung auch bereits in ersten Untersuchungen getestet und finden die Erwartungen bestätigt. The inventors have already tested the invention in first investigations and find the expectations confirmed.
Dabei wurde der Stroop-Effekt zugrunde gelegt. Die Stroop-Aufgabe bestand aus einer Richtungs- und einer Farbbedingung. Es wurde jeweils ein gelber oder eine blauer Pfeil gezeigt, der nach links oder nach rechts zeigte. Während der Richtungsbedingung mussten die Teilnehmer entsprechend der Richtung des Pfeiles den rechten bzw. linken Zeigefinger drücken („Normalbedingung“). Während der Farbbedingung mussten die Teilnehmer für einen gelben Pfeil den linken Zeigefinger und für einen blauen Pfeil den rechten Zeigefinger drücken und zwar unabhängig von der Richtung des Pfeiles („Stroop-Bedingung“). Kongruente Stimuli waren dabei gelbe Pfeile, die nach links zeigten, und blaue Pfeile, die nach rechts zeigten. Inkongruente Stimuli waren hingegen gelbe Pfeile, die nach rechts zeigten, bzw. blaue Pfeile, die nach links zeigten. Sowohl in Bezug auf die Anzahl kongruenter und inkongruenter Stimuli als auch auf die Richtung waren die Stimuli ausgewogen. Jeder Teilnehmer (Einzelsubjekt) wurde in zwei Scanning-Sessions untersucht, die nachfolgend als Test und Nachtest bezeichnet werden, wobei das Mess-Protokoll für beide Sessions identisch war. Zwischen den jeweiligen Sessions eines Teilnehmers vergingen 81,0 +/– 46,6 (Standardabweichung) min, wobei die Teilnehmer in dieser Zeit außerhalb des Scanners sich entspannen konnten. Jeder der Sessions bestand aus sechs fMRI Scans. Am Ende jeder Testsession wurde zudem ein Anatomischer Scan vorgenommen. Die Aufgabe für jeden Scan war gleich und die Scans variierten lediglich in Bezug auf das fMRI Mess-Protokoll (siehe auch nachfolgend). Jeder fMRI Scan bestand aus vier Blöcken, wobei die Farbbedingungen und Richtungsbedingungen abwechselten, und wobei mit der Richtungsbedingung begonnen wurde. Jeder Block bestand aus 36 Einzeltests und jeder Block dauerte 32.4 Sekunden. Jeder Einzeltest bestand aus einer Stimulus-Anzeige für 0,5 Sekunden bei einen Zwischen-Stimulus-Intervall von 0,4 Sekunden, in dem nur ein Fixierkreuz gezeigt wurde. Die Einzeltests mit den gelben/blauen Pfeilen, die nach links/rechts zeigten, waren innerhalb der Blöcke randomisiert. Vor jedem Block wurden in einem Instruktionsintervall Anweisungen für 3.5 Sekunden gezeigt, die den Teilnehmer über die nachfolgende Bedingung informierten 8, gefolgt von einem Leerintervall von 2,5 Sekunden. Nach jedem Block wurde ein Basislinienintervall von 12 Sekunden eingefügt. This was based on the Stroop effect. The Stroop task consisted of a directional and a color condition. In each case a yellow or a blue arrow was shown pointing to the left or to the right. During the directional condition, the participants had to press the right or left index finger according to the direction of the arrow ("normal condition"). During the color condition, participants had to press their left index finger for a yellow arrow and their right index finger for a blue arrow, regardless of the direction of the arrow ("Stroop condition"). Congruent stimuli were yellow arrows pointing to the left and blue arrows pointing to the right. However, incongruent stimuli were yellow arrows pointing to the right, and blue arrows pointing to the left. Both in terms of the number of congruent and incongruent stimuli as well as the direction, the stimuli were balanced. Each participant (single subject) was examined in two scanning sessions, referred to below as test and post-test, with the measurement protocol identical for both sessions. Between each participant's session, 81.0 +/- 46.6 (standard deviation) minutes passed, allowing participants to relax outside the scanner during this time. Each of the sessions consisted of six fMRI scans. At the end of each test session, an anatomical scan was also performed. The task for every scan was the same and the scans varied only in relation to the fMRI measurement protocol (see also below). Each fMRI scan consisted of four blocks, alternating color conditions and directional conditions, starting with the directional condition. Each block consisted of 36 individual tests and each block lasted 32.4 seconds. Each individual test consisted of a stimulus indication for 0.5 seconds at an intermediate stimulus interval of 0.4 seconds, in which only one fixation cross was shown. The individual tests with the yellow / blue arrows pointing left / right were randomized within the blocks. Before each block, instructions were presented for 3.5 seconds in an instruction interval, informing the participant of the following condition 8, followed by a blanking interval of 2.5 seconds. After each block, a baseline interval of 12 seconds was inserted.
Während dieses Basislinienintervalls wurde nur ein Fixierkreuz gezeigt. Am Ende eines Scans wurde zudem ein weiteres Basislinienintervall von 20 Sekunden eingefügt. Somit ergab sich die Gesamtdauer eines Scans mit Instruktionsintervall und Basislinienintervallen von 221,6 Sekunden. During this baseline interval, only one fixation cross was shown. At the end of a scan, another baseline interval of 20 seconds was added. Thus, the total duration of a scan with instruction interval and baseline intervals was 221.6 seconds.
Funktionale Bilder als auch Strukturbilder (anatomischer Scan) wurden im Versuchsaufbau mit einem 3-Tesla Scanner (Tim Trio, Siemens Medical Systems, Erlangen) SC aufgenommen (
Eine Aufnahmebeschleunigung wurde in allen Protokollen unter Verwendung von Parallel- Imaging mit einem Beschleunigungsfaktor von 2 und 24 Referenzlinien sowie einem generalized autocalibrating partially parallel acquisitions (GRAPPA) reconstruction algorithm (
Hierzu kann beispielsweise Cortex Based Alignment (
Mit den so ermittelten Bildern wurde entsprechend der Erfindung verfahren, d.h. die Daten wurden in einen gemeinsamen Datenraum transformiert, wobei Glättungs-, Interpolations-, Gewichtungs- und Lageerkennungs-Schritte weiterhin vorhanden sein konnten (
Beispielsweise wurde eine Knoten-bezogene schnelle Fourier Transformation (FFT) über den zeitlichen Verlauf für die Testsession als auch die Nachttestsession unter Verwendung von Matlab 2012B (MathWorks, Natick, Massachusetts, USA)
Die Fourier-Koeffizienten, welche so erhalten wurden, wurden verwendet, um die Test- Nachtest-Sicherheit mittels ICC (
Für jeden Knoten wurde eine Datenmatrix erstellt mit Fourier-Koeffizienten als “Ziel” und k = 2 Sessions als “Beobachter” („judges“). Dabei ist das EMS, das within-target mean square (EMS), als der Mittelwert der Summen der Quadrate, welche für den Sessionfaktor geteilt durch die entsprechenden Freiheitsgrade erhalten werden, definiert. Das BMS, das betweentargets mean square (BMS), ist als der Mittelwert der Summen der Quadrate, welche für den Zielfaktor dividiert durch die Freiheitsgrade erhalten werden, definiert. Schließlich werden eine Gesamtzahl von 40962 ICCs pro Teilnehmer erhalten, welchen der Anzahl von Knoten pro Teilnehmer entspricht. Für jeden Teilnehmer wurden somit sechs ICC Karten erstellt, d.h. eine für jedes scanning Protokoll. For each node, a data matrix was created with Fourier coefficients as the "target" and k = 2 sessions as the "judges". Here, the EMS, within-target mean square (EMS), is defined as the mean of the squares of the squares obtained for the session factor divided by the corresponding degrees of freedom. The BMS, the betweentargets mean square (BMS), is defined as the mean of the sums of squares obtained for the target factor divided by the degrees of freedom. Finally, a total of 40962 ICCs per subscriber is obtained, which corresponds to the number of nodes per subscriber. For each participant, six ICC maps were thus created, i. one for each scanning protocol.
Für weitere statistische Auswertungen können die ICC Schätzungen z.B. mittels Fisher- Transformation verarbeitet werden. For further statistical evaluations, the ICC estimates may e.g. be processed by means of Fisher transformation.
Somit kann ein erfindungsgemäßes Verfahren zur zeitlichen und räumlichen Interpolation von fMRI-Zeitreihen in Bezug auf ein Einzelsubjekt wie folgt beschrieben werden. Dabei ist zunächst nochmals anzumerken, dass die Art der Bilderfassung zunächst nicht entscheidend ist. Im Folgenden wird angenommen, dass ein Bild zumindest zwei räumliche und zumindest eine zeitliche Dimension aufweist. Nachfolgend kann aber auch ein Bild z.B. drei räumliche und zumindest eine zeitliche Dimension aufweisen. Als solches sind solche Bilder jeweils mit umfasst. Thus, an inventive method for temporal and spatial interpolation of fMRI time series with respect to a single subject can be described as follows. It should first be noted again that the type of image capture is initially not critical. In the following, it is assumed that an image has at least two spatial and at least one temporal dimension. Subsequently, however, an image may also be included e.g. have three spatial and at least one temporal dimension. As such, such images are each included.
In allgemeinster Form werden dabei in einer ersten Zeitreihe nunmehr Bilder in Bezug auf ein Einzelsubjekt aufgenommen. Dabei werden eine Vielzahl N von funktionellen Bildern in einem Schritt
In einer Weiterbildung der Erfindung kann nun zur Ermittlung von reliablen Hirnaktivierungen die Vielzahl N identischer Experimente zur Gewinnung der fMRI-Zeitreihen in Bezug auf ein Einzelsubjekt durchgeführt werden, wobei zunächst für jedes der Vielzahl N Experimente ein Frequenz- und ein Phasen-Spektrum auf Bildpunkt-Niveau in Bezug auf jedes der Vielzahl N Experimente erzeugt wird, und sodann die Reproduzierbarkeit der Frequenz- und Phasen- Spektren der Vielzahl N Experimente pro Bildpunkt mittels eines Korrelationsverfahrens, insbesondere einer Intraklassen-Korrelation, erfasst wird. In a development of the invention, the number N of identical experiments for obtaining the fMRI time series with respect to an individual subject can now be carried out to determine reliable brain activations, wherein first of all a frequency spectrum and a phase spectrum are applied to each of the plurality N of experiments. Level with respect to each of the plurality of N experiments, and then the reproducibility of the frequency and phase spectra of the plurality of N experiments per pixel is detected by means of a correlation method, in particular an intraclass correlation.
Gemäß einer Weiterbildung der Erfindung kann nun zur Erfassung und Unterscheidung der Hirnaktivierung von der Hirndeaktivierung in Bezug auf das Einzelsubjekt in einem weiteren Schritt zunächst Bildpunkten als Bildpunktkandidaten ausgewählt werden, die über eine vorbestimmte Reliabilität verfügen, sodann können die Bildpunktkandidaten als Unterscheidungspunkte ausgewählt werden, deren Hauptfrequenz im Wesentlichen mit der Frequenz des dargebotenen Reizes in Bezug auf das Einzelsubjekt übereinstimmt, und sodann kann man unterscheiden, ob der Unterscheidungspunkt eine Hirnaktivierung, eine Hirndeaktivierung oder Rauschen darstellt. According to a development of the invention, for the detection and differentiation of the brain activation from the brain deactivation with respect to the individual subject, in a further step pixels can now be selected as pixel candidates having a predetermined reliability, then the pixel candidates can be selected as distinguishing points whose main frequency in the Essentially, it can be distinguished with the frequency of the stimulus presented in relation to the single subject, and then it can be distinguished whether the distinguishing point is brain activation, brain deactivation or noise.
In einer Weiterbildung der Erfindung kann nun zur Unterscheidung, ob der Unterscheidungspunkt eine Hirnaktivierung, eine Hirndeaktivierung oder Rauschen darstellt, die Phasenlage verwendet werden. In a development of the invention, the phase position can now be used to distinguish whether the distinguishing point is a brain activation, a brain deactivation or noise.
Insbesondere kann zur Unterscheidung, ob der Unterscheidungspunkt eine Hirnaktivierung, eine Hirndeaktivierung oder Rauschen darstellt, eine Clusteranalyse über die reliablen Zeitreihen zur Kategorisierung verwendet werden. In particular, to distinguish whether the distinguishing point is brain activation, brain deactivation or noise, cluster analysis over the relative time series may be used for categorization.
Gemäß einer Ausgestaltung von Weiterbildungen der Erfindung können die Start- und Endzeitpunkte der dargebotenen Reize durch Addition der reliablen Zeitreihen in Bezug auf Hirnaktivierung bzw. Hirndeaktivierung ermittelt werden. According to one embodiment of developments of the invention, the start and end times of the presented stimuli can be determined by adding the relative time series with respect to brain activation or brain deactivation.
Andererseits kann ein Verfahren zur Einzelsubjekt-bezogenen funktionalen MRI Bildgebung wie folgt auch charakterisiert werden. Dabei werden Messwerte in im Wesentlichen einer Vielzahl von zueinander parallelen Ebenen in „einem“ Schritt
Offensichtlich können die Aufnahmeteilschritte des Schrittes
Alternativ oder zusätzlich kann dieses Verfahren auch auf die zeitliche Dimension angepasst werden. Alternatively or additionally, this method can also be adapted to the time dimension.
Nunmehr werden erste Messwerten in „einem“ Schritt
Offensichtlich können die Teilschritte
In Ausgestaltungen der Erfindung kann zudem vorgesehen sein, dass bei der Berechnung von Werten für eine höhere Auflösung erste Messwerten und/oder den zweite Messwerte in Schritt
Zudem kann in Ausgestaltungen der Erfindung zur Erkennung einer (Gehirn-)Aktivierung eine Einzelsubjektbezogene Bestimmung einer BOLD Kurve unter Verwendung der ersten berechneten Werte in Schritten
Ohne Beschränkung der Allgemeinheit können die gemessenen als auch die berechneten Werte für nachfolgende Untersuchungen in einen geeigneten Raum in Schritt
Insbesondere können die so in einem anderen Raum in Schritt
Von besonderem Vorteil ist, dass bei den zuvor beschriebenen Verfahren auch Kontrastmittel zum Einsatz gebracht werden können. Diese Kontrastmittel können sowohl invasiv als auch nicht-invasiv dem jeweiligen Einzelsubjekt in einem Schritt
Wie bereits zuvor dargestellt, können Bewegungen des Einzelsubjektes während der Aufnahme
Ohne Weiteres ist durch die Erfindung auch eine Vorrichtung WS zur Verwendung eines der vorhergehenden Verfahren umfasst. Diese kann zum einen aus einer von den bildgebenden Einrichtungen entfernten Verarbeitungsvorrichtung, z.B. in Form eines entsprechend programmtechnisch eingerichteten Computers WS, bestehen, oder aber in eine bildgebende Einrichtung SC integriert sein. The invention also readily encompasses a device WS for using one of the preceding methods. This may, on the one hand, consist of a processing device remote from the imaging devices, e.g. in the form of a corresponding program-technically configured computer WS, exist, or be integrated into an imaging device SC.
Ohne Beschränkung der Allgemeinheit der Erfindung wird es ermöglicht, nunmehr eine Einzelsubjekt-bezogene funktionale MRI Bildgebung bereitzustellen, ohne dass es auf a priori Wissen ankommt. Zudem erlaubt die Erfindung eine insgesamt hohe räumliche Auflösung bei zugleich hoher Test-Nachtest-Sicherheit. Without limiting the generality of the invention, it is now possible to provide single-subject-related functional MRI imaging without relying on a priori knowledge. In addition, the invention allows a total of high spatial resolution with high test Nachtest security.
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