CN1493698A - 一段***加德纳氏杆菌dna序列(3)特异性的确定及其应用 - Google Patents
一段***加德纳氏杆菌dna序列(3)特异性的确定及其应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明涉及一段***加德纳氏杆菌DNA序列(3)特异性的确定及其应用,属于生物医学技术领域。本发明通过基因数据库资料的搜寻和分析,确定了一段***加德纳氏杆菌DNA序列(3)的特异性及PCR扩增引物,该序列长度为198bp。通过对妇女生殖道***加德纳氏杆菌感染标本的PCR扩增、克隆,获得该序列,测序证明与预计序列一致。再经生物信息学方法分析,基因芯片杂交分析,结果证实了该序列对于***加德纳氏杆菌的特异性。本发明作为基因芯片诊断的探针及PCR扩增检测序列,用于***加德纳氏杆菌的诊断。用本发明建立的临床检测技术所使用的方法具有快速、准确、操作简便、成本低等优点。
Description
技术领域:
本发明涉及一段***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)DNA序列(3)特异性的确定及其应用,属于生物医学技术领域。
背景技术:
***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)是一种妇***道经常感染的病原物,准确的诊断是进行即时而可靠的治疗的依据,目前只能根据临床指征进行诊断。PCR和基因芯片诊断是一种快速而准确的检测方法。而这一类的诊断方法依赖于获得特异的核酸序列。
发明内容:
本发明在于通过生物信息学和分子生物学技术,确定了一段***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)特异核苷酸序列及其PCR引物。该序列和相应的PCR引物可用于建立基因芯片和PCR方法进行***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)的诊断。
本发明的技术方案为:本发明利用现有的方法确定了长度为198bp的一段***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)特异DNA序列(3)及其PCR引物,用引物进行PCR扩增,其序列如下:
tttcgccaac ttcaggatct gctgcagaaa tagttgcagt agctgcaatc tgatccttcg 60
tttcaacatc cttagcagat gcgagaagtt ccttaacaat tgcttctgaa gccttttcaa 120
ttccgcgacg aagagcaatc gggttgctac cagcaacaac attctttaag ccttcgtgca 180
ccagagattg agccaaca 198
引物序列为:
1.5’-tgttggctcaatctctggtg-3’
2.5’-tttcgccaacttcaggatct-3’
上述的***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)特异DNA序列(3)用于诊断***加德纳氏杆菌的基因芯片的探针序列,并通过上述的引物序列进行PCR扩增,标记后进行杂交检测或直接用于PCR诊断。
用本发明建立的临床检测技术所使用的方法具有快速、准确、操作简便、成本低等优点。
附图说明:
图1为临床标本的PCR扩增图谱。
图2、图2续是测序图。其中图2是测定的序列、图2续是原始测序图谱。
图3是用Blast软件对PCR扩增产物的测序结果与预计序列的比较分析。
图4、图4续是基因数据库中Blast搜索结果。
图5为基因芯片杂交结果。
具体实施方式:
首先以***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)为关键词,在基因数据库中搜索***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)的核苷酸序列。共获得数条关系较密切的核苷酸序列,将这些核苷酸序列用NCBI网上的Blast在线使用软件比对基因数据库中的核苷酸序列(nr),排出非特异性的核苷酸序列,获得了1Kb特异性的核苷酸序列。以这段序列设计了20余对PCR引物,以临床标本提取DNA,进行PCR扩增,筛选到一对适合进行PCR扩增的序列及引物,PCR扩增获得的产物与预计大小一致(见图1,图中序号1为标准分子量DNA,分子量大小从上至下分别为:622,527,404,309,242/238,217,201,190,180,160+160,147+147,123;2.4.5为临床阴性标本,没有扩增产物;3为临床阳性标本,扩增产物很纯,大小200左右,与预计大小一致。图谱结果显示用本发明中的引物能特异的扩增临床样品),然后用T-vector进行克隆,并测序(测序报告见图2、图2续,图中从59位开始,到256位,共198bp为克隆序列,其余序列为克隆载体序列),序列为198bp,通过Blast软件比对预计序列,显示与预计的序列一致(见图3,图中除第59位由c改变成t外,第137位由a改变成外,其余均与预计序列一致),表明该序列可以被特异性的扩增,可用于***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)PCR检测。序列用NCBI网站的Blast搜索基因数据库的DNA(包含cDNA)序列,该序列只与***加德纳氏杆菌(Gardnerellavaginalis)的序列一致,而与其它的物种序列没有同源性【见图4、图4续,图中搜寻结果表明,只有***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)的质粒DNA序列与本序列同源,并且是完全配对,有一段约70bp的序列同源,也是***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)的序列。而其它的序列只有40字符左右的短序列,由于这些序列没有引物与此配对,故在检测中不会被检测到】。用这一序列标记后作为探针与含有9种泌尿生殖道感染病原物的45个基因位点的基因芯片杂交,只有本发明序列与此有杂交信号,而其它所有序列与此无杂交信号(见图5,图中是4个重复,每个重复含9种泌尿生殖道感染性疾病病原物共45个不同的位点和4个对照位点。杂交结果表明只有本序列有特异信号,而其它均无杂交信号),表明该序列为***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)的特异序列。
本发明可用于PCR方法或基因芯片方法进行***加德纳氏杆菌(Gardnerellavaginalis)的临床检测。用本发明提供的序列进行PCR扩增,根据PCR方法获得产物是否出现和大小判断是否为***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)感染。也可用本序列为探针,作为基因芯片中的一个检测位点,然后用本发明中的PCR引物序列扩增临床标本,并标记后进行杂交检测。<110>昆明寰基生物芯片开发有限公司<120>一段***加德纳氏杆菌DNA序列(3)特异性的确定<140><141><160>1<210>1<211>198<212>DNA<213>***加德纳氏杆菌(Gardnerella vaginalis)<220><221>gene<222>(1)…(198)<400>1
tttcgccaac ttcaggatct gctgcagaaa tagttgcagt agctgcaatc tgatccttcg 60
tttcaacatc cttagcagat gcgagaagtt ccttaacaat tgcttctgaa gccttttcaa 120
ttccgcgacg aagagcaatc gggttgctac cagcaacaac attctttaag ccttcgtgca 180
ccagagattg agccaaca 198
Claims (2)
1.一段***加德纳氏杆菌DNA序列(3)特异性的确定,其特征在于该序列的长度为198bp,其序列及PCR引物如下:
tttcgccaac ttcaggatct gctgcagaaa tagttgcagt agctgcaatc tgatccttcg 60
tttcaacatc cttagcagat gcgagaagtt ccttaacaat tgcttctgaa gccttttcaa 120
ttccgcgacg aagagcaatc gggttgctac cagcaacaac attctttaag ccttcgtgca 180
ccagagattg agccaaca 198
引物序列为:
1.5’-tgttggctcaatctctggtg-3’
2.5’-tttcgccaacttcaggatct-3’
2.一段***加德纳氏杆菌DNA序列(3)特异性的应用,其特征在于该序列用于诊断***加德纳氏杆菌的基因芯片的探针序列,并通过上述的引物序列进行PCR扩增,标记后进行杂交检测或直接用于PCR诊断。
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CNA021334048A CN1493698A (zh) | 2002-07-02 | 2002-07-02 | 一段***加德纳氏杆菌dna序列(3)特异性的确定及其应用 |
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CN (1) | CN1493698A (zh) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN103333961A (zh) * | 2013-06-19 | 2013-10-02 | 兰州百源基因技术有限公司 | 检测***加德纳杆菌的引物、探针及方法和试剂盒 |
CN104975094A (zh) * | 2015-07-13 | 2015-10-14 | 王爱玲 | 一种用于诊断***炎的***加德纳菌的试剂盒 |
CN105087812B (zh) * | 2015-07-13 | 2016-10-12 | 北京博奥医学检验所有限公司 | 一种细菌性***炎检测试剂盒 |
-
2002
- 2002-07-02 CN CNA021334048A patent/CN1493698A/zh active Pending
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