CN117916599A - 生物标记物组合物及其使用方法 - Google Patents

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Abstract

本公开提供了用于鉴定且治疗处于转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病的风险中，或患有转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病的个体的方法和试剂盒。一般而言，一种或多种生物标记物，例如TnI、PKM1、PKM2、NT‑proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC‑2、NfL或其组合的检测或测量，帮助转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病的鉴定。本公开还提供了用于选择患者用于例如用转甲状腺素蛋白稳定剂治疗转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病的方法。

Description

生物标记物组合物及其使用方法
相关申请的交叉引用
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该申请含有其大小为12KB，于2022年9月7日创建，名称为“AttrSEQLST.xml”以计算机可读形式的序列表。计算机可读形式通过引用并入本文。
技术领域
本公开总体上涉及分子生物学和心脏健康领域。
背景技术
转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)是一种罕见状况，其由于蛋白质转甲状腺素蛋白(TTR)的错误折叠而出现，导致心脏组织中的淀粉样原纤维沉积并最终导致心力衰竭。因此，TTR-CM的早期治疗对于受累个体中改善的预后影响是重要的。然而，治疗可能是有问题地延迟的，因为关于野生型转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTRwt)的筛查涉及执行多种昂贵且侵入性的操作，其对于TTR-CM(包括起因于野生型ATTR淀粉样变性的TTR-CM)并非特别特异性的。此外，缺乏用于检测和/或鉴定起因于野生型ATTR淀粉样变性(ATTRwt)的转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)的非侵入性体外筛查测试。
通过当前方法难以鉴定起因于ATTRwt的TTR-CM，可能促成这种疾病在很大程度上未被诊断。相应地，本领域需要用于以可接受的特异性水平检测TTR-CM，且特别是起因于野生型ATTR淀粉样变性的TTR-CM的组合物、试剂盒和方法。此外，持续需要用于测试、鉴定或分期具有错误折叠的蛋白质TTR的个体或个体组的组合物、测定、装置和方法。
发明内容
本公开提供了用于检测和/或鉴定TTR-CM，且特别是起因于野生型ATTR淀粉样变性的TTR-CM的组合物、试剂盒和方法。进一步地，本公开提供了与正常个体或经历其它心脏状况的个体相比，对TTR-CM患者(包括起因于野生型ATTR淀粉样变性的TTR-CM)进行分类的方法。另外，本公开首次认识到某些生物标记物(例如ATTR生物标记物，例如肌钙蛋白I(TnI)、丙酮酸激酶肌肉同种型1(PKM1)、丙酮酸激酶肌肉同种型2(PKM2)、N末端激素B型利钠肽前体(NT-proBNP)、视黄醇结合蛋白4(RBP4)、核心蛋白聚糖(DCN)、组织金属蛋白酶抑制剂2(TIMP2)、SPARC相关模块化钙结合蛋白2(SMOC-2)、神经丝轻链(NfL)及其组合)可以帮助检测和/或诊断TTR-CM，和/或帮助TTR-CM患者的分类。本公开进一步认识到组合物、试剂盒和方法中的这些生物标记物(例如ATTR生物标记物，例如TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)可以可用于分类、检测和/或诊断TTR-CM(包括起因于野生型ATTR淀粉样变性的TTR-CM)，而无需执行侵入性或昂贵的测试。这代表了在患者护理方面的显著进步，因为起因于ATTRwt的TTR-CM可以通过这样的方法进行检测且鉴定，所述方法对于患者更舒适、对患者造成更少伤害和/或减少患者在检测和/或诊断方法之后需要恢复的时间量。
另外，本公开提供了某些生物标记物(例如ATTR生物标记物，例如TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)可用于以改善的灵敏度检测TTR-CM。用本文所述的ATTR生物标记物实现的灵敏度增加减少了当检测和/或鉴定TTR-CM时获得的假阴性数目。假阴性的减少依次又帮助确保更多的TTR-CM患者接受更早的治疗，其对于减轻与TTR-CM相关的体征、症状和状况以及促进TTR-CM患者的长期存活是关键的。
除其它之外，本公开提供了方法，其包括检测样品中的两种或更多种转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)生物标记物中的每一种的水平。在一些实施方案中，样品从受试者中获得。
本公开还提供了方法，其包括：(a)检测从受试者中获得的样品中的两种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的水平，以获得ATTR生物标记物概况，并且(b)使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分。
在本文提供的方法的一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括(i)肌钙蛋白I(TnI)、(ii)丙酮酸激酶肌肉同种型1(PKM1)、(iii)丙酮酸激酶肌肉同种型2(PKM2)、(iv)N末端激素B型利钠肽前体(NT-proBNP)、(v)视黄醇结合蛋白4(RBP4)、(vi)组织金属蛋白酶抑制剂2(TIMP2)、(vii)神经丝轻链(NfL)或(viii)其组合。
在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI和PKM1。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI和PKM2。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1和PKM2。
在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM2、NT-proBNP和RBP4。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM2和NT-proBNP。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM2和RBP4。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1和NT-proBNP。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1和RBP4。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP和RBP4。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2和NT-proBNP。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2和RBP4。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括NT-proBNP、RBP4和TnI。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括RBP4、SMOC-2和TnI。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括DCN、NT-proBNP和TnI。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括DCN、RBP4和TnI。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括NT-proBNP、SMOC-2和TnI。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括NT-proBNP、TIMP2和TnI。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括NT-proBNP和TnI。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括DCN和TnI。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括DCN、TIMP2和TnI。在一些实施方案中，两种或更多种ATTRBio标记物包括RBP4和TnI。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括RBP4、TIMP2和TnI。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括DCN、SMOC-2和TnI。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括TIMP2和TnI。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括SMOC-2、TIMP2和TnI。
在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物不包括PKM1。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物不包括PKM2。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物不包括PKM1或PKM2。
在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物不包括SMOC-2。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物不包括DCN。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物不包括SMOC-2或DCN。
在一些实施方案中，使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分的步骤包括将算法应用于ATTR生物标记物概况，以计算ATTR生物标记物评分。在一些实施方案中，算法是或衍生自决策树方法、神经增强方法、自举森林方法、提升树方法、K最近邻方法、广义回归前向选择方法、广义回归修剪前向选择方法、逐步拟合方法、广义回归套索方法、广义回归弹性网络方法、广义回归岭方法、名义逻辑方法、支持向量机方法、判别方法、朴素贝叶斯方法或其组合。在一些实施方案中，算法是或衍生自决策树方法、神经增强方法、自举森林方法、提升树方法、广义回归套索方法、广义回归弹性网络方法、广义回归岭方法、名义逻辑方法、支持向量机方法、判别方法或其组合。在一些实施方案中，算法是或衍生自决策树方法、神经增强方法、自举森林方法、提升树方法、支持向量机方法或其组合。
在一些实施方案中，本文描述的方法包括使用ATTR生物标记物评分来确定得出所述样品的受试者是否处于转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)的风险中、或患有转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)的步骤。在一些实施方案中，本文描述的方法包括使用ATTR生物标记物评分来诊断受试者患有TTR-CM的步骤。在一些实施方案中，本文描述的方法包括使用ATTR生物标记物评分来确定是否选择得出所述样品的受试者用于一种或多种心肌病测试的步骤。在一些实施方案中，本文描述的方法包括使用ATTR生物标记物评分来确定是否选择得出所述样品的受试者来接受TTR稳定剂的一个或多个剂量的步骤。
在一些实施方案中，受试者是人受试者。
在一些实施方案中，样品包括血液、血清、血浆或心脏组织。
本公开还提供了非暂时性计算机可读介质。在一些实施方案中，非暂时性计算机可读介质含有可执行指令，所述可执行指令在执行时促使处理器执行包括本文描述的方法的操作。
另外，本公开提供了组合物。在一些实施方案中，组合物包括一种或多种ATTR生物标记物。在一些实施方案中，一种或多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、TIMP2、NfL或其组合。
在一些实施方案中，组合物包括一种或多种抗ATTR生物标记物试剂。在一些实施方案中，一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂、抗PKM1试剂、抗PKM2试剂、抗NT-proBNP试剂、抗RBP4试剂、抗TIMP2试剂、抗NfL试剂或其组合。
本发明进一步提供了试剂盒。在一些实施方案中，试剂盒包括一种或多种ATTR生物标记物。在一些实施方案中，一种或多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、TIMP2、NfL或其组合。
在一些实施方案中，试剂盒包括一种或多种抗ATTR生物标记物试剂。在一些实施方案中，一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂、抗PKM1试剂、抗PKM2试剂、抗NT-proBNP试剂、抗RBP4试剂、抗TIMP2试剂、抗NfL试剂或其组合。
在一些实施方案中，试剂盒包括使用说明书。
在一些实施方案中，试剂盒包括一种或多种抗ATTR生物标记物试剂，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物包括一种或多种抗体试剂。在一些实施方案中，一种或多种抗体试剂用可检测部分进行标记。
在一些实施方案中，试剂盒包括一个或多个对照样品。在一些实施方案中，对照样品包括一种或多种ATTR生物标记物标准品。
本公开提供了本文所述的试剂盒的用途。在一些实施方案中，试剂盒可以用于体外诊断测定中，以诊断受试者中的TTR-CM。
附图说明
图1显示了本文描述的示例性方法中使用的患者队列。
图2显示了起因于本文描述的示例性方法的数据总结。
图3A包括显示了用TIMP2确定的个体灵敏度和特异性性能的图，并且图3B包括显示了用TnI确定的个体灵敏度和特异性性能的图。
图4A包括显示了用PKM确定的个体灵敏度和特异性性能的图，并且图4B包括显示了用RBP4确定的个体灵敏度和特异性性能的图。
图5A包括显示了用RBP确定的个体灵敏度和特异性性能的图，并且图5B包括显示了用DCN确定的个体灵敏度和特异性性能的图。
图6A包括显示了用NT-proBNP确定的个体灵敏度和特异性性能的图，并且图6B包括显示了用SMOC-2确定的个体灵敏度和特异性性能的图。
图7包括显示了关于每个NYHA类别的代表性生物标记物效应的条形图。
图8包括提供了用本文描述的示例性生物标记物的筛查结果的表，包括所使用的回归拟合的评价。
图9包括总结了当选择的生物标记物子集用于各种预测模型时获得的数据的表。
图10呈现了关于测量PKM、TIMP2、LIMS-1、C3和A1 1的测定的检测截止值的优化。图10A描绘了用于优化检测截止值的ROC图数据。图10B描绘了关于所列出的生物标记物的灵敏度、特异性、准确度和检测截止值的示例性值。
图11描绘了计算机***1100的示例性方框图。
图12描绘了方法1200的示例性流程图。
图13描绘了方法1300的示例性流程图。
图14包括显示了所选择的标记物的S/N比的表。
定义
抗体试剂：如本文所用，术语“抗体试剂”指特异性结合特定抗原的试剂。在一些实施方案中，该术语涵盖了任何多肽或多肽复合物，其包括足以赋予特异性结合的免疫球蛋白结构元件。此类多肽可以是天然产生的(例如，由与抗原反应的生物生成)，或者是通过重组改造、化学合成或者其它人工***或方法产生的。示例性抗体试剂包括但不限于人抗体、灵长类化抗体、嵌合抗体、双特异性抗体、人源化抗体、缀合抗体(例如，与其它蛋白质、放射性标记、细胞毒素缀合或融合的抗体)、小模块免疫药物(“SMIPsTM”)、单链抗体、骆驼类抗体(cameloid antibodies)和抗体片段。如本文所用，术语“抗体试剂”还包括完整的单克隆抗体、多克隆抗体、单结构域抗体(例如，鲨鱼单结构域抗体(例如，IgNAR或其片段))、由至少两种完整抗体形成的多特异性抗体(例如，双特异性抗体)以及抗体片段，只要它们显示出所需的生物活性。抗体试剂可以具有其为小鼠、兔、灵长类动物或人抗体特有的抗体恒定区序列。在一些实施方案中，该术语涵盖了钉合肽(stapled peptides)。在一些实施方案中，该术语涵盖了一种或多种抗体样结合拟肽。在一些实施方案中，该术语涵盖了一种或多种抗体样结合支架蛋白。在一些实施方案中，该术语涵盖了单体或adnectin。在许多实施方案中，抗体试剂是或包括多肽，其氨基酸序列包括由本领域技术人员公认为互补决定区(CDR)的一种或多种结构元件；在一些实施方案中，抗体试剂是或包括多肽，其氨基酸序列包括与参考抗体中发现的CDR基本上相同的至少一个CDR(例如，至少一个重链CDR和/或至少一个轻链CDR)。在一些实施方案中，抗体试剂是或包括多肽，其氨基酸序列包括由本领域技术人员公认为免疫球蛋白可变结构域的结构元件。在一些实施方案中，抗体试剂是具有与免疫球蛋白结合结构域同源或大部分同源的结合结构域的多肽蛋白。在一些实施方案中，抗体试剂可以含有共价修饰(例如，聚糖、有效负载(例如，可检测部分、治疗部分、催化部分等)或其它侧基(例如，聚乙二醇等)的附着)。
生物标记物：与其在本领域中的使用一致，术语“生物标记物”或“生物学标记物”在本文中用于指其存在、水平或形式与特定的感兴趣的生物事件或状态相关联的实体，使得它被视为该事件或状态的“标记物”。仅举几个例子，在一些实施方案中，生物标记物可以是或包括关于特定疾病状态的标记物，或者关于特定疾病、病症或状况可能发展、发生或复发的可能性的标记物。在一些实施方案中，生物标记物可以是或包括关于特定疾病或治疗结果或其可能性的标记物。因此，在一些实施方案中，生物标记物预测有关的感兴趣的生物事件或状态，在一些实施方案中，生物标记物预示有关的感兴趣的生物事件或状态，在一些实施方案中，生物标记物诊断有关的感兴趣的生物事件或状态。在一些实施方案中，生物标记物是有关的感兴趣的生物事件或状态的可能生物标记物。生物标记物可以是任何化学类别的实体。例如，在一些实施方案中，生物标记物可以是或包括核酸、多肽、小分子或其组合。在一些实施方案中，生物标记物是细胞表面标记物。在一些实施方案中，生物标记物是细胞内的。在一些实施方案中，生物标记物在特定组织(例如，心脏组织)中发现。在一些实施方案中，生物标记物在细胞外发现(例如，在细胞外例如在体液例如血液、尿、泪、唾液、脑脊液等中分泌或者以其它方式生成或存在)。
如本文所述，在一些实施方案中，生物标记物是ATTR生物标记物。如本文所用，“ATTR生物标记物”指关于ATTR型淀粉样变性或TTR-CM的生物标记物。在一些实施方案中，一种或多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合。为了避免疑问，ATTR生物标记物包括与具体列举的生物标记物相关的基因产物。例如，取决于上下文，“TnI”指编码TnI或其特征性片段的核苷酸、以及TnI蛋白或其特征性片段。
特征性片段：术语“特征性片段”指足以鉴定该片段由其衍生自的生物标记物的生物标记物(例如，ATTR生物标记物)的片段。例如，在一些实施方案中，生物标记物的“特征性片段”是含有氨基酸序列或氨基酸序列集合的特征性片段，所述氨基酸序列一起允许该片段由其衍生的生物标记物与其它可能的生物标记物、蛋白质或多肽区分开。在一些实施方案中，特征性片段包括至少10个、至少20个、至少30个、至少40个或至少50个氨基酸。
基因产物或表达产物：如本文所用，术语“基因产物”一般指由基因转录的RNA(加工前和/或加工后)或通过由基因转录的RNA编码的多肽(修饰前和/或修饰后)。
杂交：术语“杂交”指单链核酸分子(例如DNA或RNA)对互补核酸分子退火的物理特性。杂交通常可以在各种背景下进行评价，包括其中隔离地或在更复杂***的背景下(例如，在与载体实体共价或以其它方式结合的同时和/或在生物***或细胞中)研究相互作用的核酸分子。在一些实施方案中，可以通过杂交技术来检测杂交，所述杂交技术例如选自原位杂交(ISH)、微阵列、RNA印迹和DNA印迹的技术。在一些实施方案中，杂交指单链核酸分子和互补核酸分子之间的100％退火。在一些实施方案中，退火小于100％(例如，至少95％、至少90％、至少85％、至少80％、至少75％、至少70％的单链核酸分子对互补核酸分子退火)。杂交技术和用于评估杂交的方法是本领域众所周知的。参见例如，Sambrook等人，1989，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，第二版，Cold Spring Harbor Press，Plainview，N.Y。本领域技术人员理解如何估计且调整杂交条件的严格性，使得至少具有所需互补性水平的序列将稳定地杂交，而具有较低互补性的序列则不会。关于杂交条件和参数的实例，参见例如，Sambrook等人，1989，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，第二版，Cold Spring Harbor Press，Plainview，N.Y.；Ausubel，F.M等人1994，CurrentProtocols in Molecular Biology.John Wiley&Sons，Secaucus，N.J。
检测试剂：如本文所用，术语“检测试剂”指可检测的任何元件、分子、官能团、化合物、片段或部分。在一些实施方案中，检测试剂单独提供或利用。在一些实施方案中，检测试剂与另一种试剂结合(例如，连接)而提供和/或利用。检测试剂的实例包括但不限于：各种配体、放射性核素(例如，3H、14C、18F、19F、32P、35S、135I、125I、123I、64Cu、187Re、111In、90Y、99mTc、177Lu、89Zr等)、荧光染料、化学发光剂(例如如吖啶酯、稳定的二氧杂环丁烷等等)、生物发光剂、光谱可分辨无机荧光半导体纳米晶体(即，量子点)、金属纳米颗粒(例如，金、银、铜、铂等)纳米簇、顺磁性金属离子、酶、比色标记(例如如染料、胶体金等等)、生物素、地高辛配基、半抗原以及对于其抗血清或单克隆抗体是可获得的蛋白质。
诊断测试：如本文所用，“诊断测试”是执行或已执行以获得信息的一个步骤或一系列步骤，所述信息可用于确定患者是否患有疾病、病症或状况和/或将疾病、病症或状况分类成表型范畴或者对于疾病、病症或状况的预后或对疾病、病症或状况的治疗(一般而言的治疗或任何特定治疗)的可能应答具有意义的任何范畴。类似地，“诊断”指提供任何类型的诊断信息，包括但不限于受试者是否有可能患有或发展疾病、病症或状况，如受试者中体现的疾病、病症或状况的状态、分期或特性，与肿瘤的性质或分类相关的信息，与预后相关的信息和/或在选择适当的治疗或另外的诊断测试中有用的信息。治疗的选择可以包括选择特定的治疗试剂或其它治疗模式例如手术、放射等，关于是停止还是递送治疗的选择，与给药方案有关的选择(例如，特定治疗试剂或治疗试剂组合的一个或多个剂量的频率或水平)等。另外的诊断测试的选择可以包括用于给定疾病、病症或状况的更特异性测试。
样品：如本文所用，术语“样品”指得自或衍生自人受试者的生物样品，如本文所述的。在一些实施方案中，生物样品包括生物组织或流体。在一些实施方案中，生物样品可以包括血液；血细胞；组织或细针活组织检查样品；含有细胞的体液；自由浮动的核酸；脑脊液；淋巴；组织活组织检查标本；手术标本；其它体液、分泌物和/或***物；和/或来自其的细胞。在一些实施方案中，生物样品包括从个体例如人或动物受试者中获得的细胞。在一些实施方案中，所获得的细胞是或包括来自得出所述样品的个体的细胞。在一些实施方案中，样品是通过任何适当的手段直接从感兴趣的来源获得的“初级样品”。例如，在一些实施方案中，初级生物样品通过选自活组织检查(例如，细针抽吸或组织活组织检查)、手术、体液(例如，血液)收集的方法获得。在一些实施方案中，样品是从受试者中获得的心脏组织。在一些实施方案中，如从上下文将明确的，术语“样品”指通过加工初级样品(例如，通过去除初级样品的一种或多种组分和/或通过向其中添加一种或多种试剂)获得的制剂。例如，使用半透膜过滤。作为样品加工的另一个实例，样品可以是用选自EDTA、肝素和柠檬酸盐的抗凝剂处理的血浆样品。作为样品加工的另一个实例，样品可以进行加工，以分离一种或多种蛋白质(例如，通过用一种或多种抗体捕获蛋白质)。“加工的样品”可以包括例如从样品中提取或者通过使初级样品经受技术而获得的核酸或多肽，所述技术例如mRNA的扩增或逆转录、某些组分的分离和/或纯化。
受试者：如本文所用，术语“受试者”指生物，例如哺乳动物(例如人)。在一些实施方案中，人受试者是成人、青少年或儿科受试者。在一些实施方案中，受试者为至少50岁、至少55岁、至少60岁、至少65岁、至少70岁、至少75岁或至少80岁。在一些实施方案中，受试者患有疾病、病症或状况，例如可以如本文提供的进行治疗的疾病、病症或状况。在一些实施方案中，受试者易受疾病、病症或状况影响；在一些实施方案中，易受影响的受试者易患疾病、病症或状况和/或显示发展疾病、病症或状况的增加风险(与在参考受试者或群体中观察到的平均风险相比)。在一些实施方案中，受试者展示疾病、病症或状况的一种或多种症状。在一些实施方案中，受试者并未展示疾病、病症或状况的特定症状(例如，疾病的临床表现)或特性。在一些实施方案中，受试者并未展示疾病、病症或状况的任何症状或特性。在一些实施方案中，受试者是患者。在一些实施方案中，受试者是诊断和/或治疗施用于其和/或已施用于其的个体。
阈值：如本文所用，术语“阈值”指用作获得关于测量结果的信息和/或对测量结果进行分类的参考的一个值(或多个值)，所述测量结果例如在测定中获得的测量结果。阈值可以基于一个或多个对照样品进行确定。阈值可以在采取感兴趣的测量之前、同时或之后进行确定。在一些实施方案中，阈值可以是一系列值。在一些实施方案中，阈值可以是在相关域中报告的值(或一系列值)(例如，在标准表中找到的值)。
某些实施方案的详细描述
转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病
转甲状腺素蛋白(TTR)是血清和脑脊液中的转运蛋白，其携带甲状腺激素甲状腺素(T4)和视黄醇结合蛋白。肝脏将TTR分泌到血液内，并且脉络丛将TTR分泌到脑脊液内。TTR作为同源四聚体复合物产生。然而，TTR可以经历构象转化，以聚集成异常淀粉样蛋白形式，导致病理状况。
ATTR型淀粉样变性的状况的特征在于衍生自转甲状腺素蛋白(TTR)蛋白质的淀粉样原纤维在各种器官和组织中的沉积。例如，TTR蛋白的错误折叠可以引起心脏组织中的淀粉样原纤维沉积并导致心肌病(此处被称为“转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病”或“TTR-CM”)。TTR-CM的临床症状包括心室壁厚度增加和心力衰竭。
存在三种类型的ATTR型淀粉样变性：(1)家族性淀粉样多发性神经病(FAP)，(2)家族性淀粉样心肌病(FAC)，以及(3)老年性***性淀粉样变性，其也称为野生型ATTR淀粉样变性(ATTRwt)。家族性淀粉样多发性神经病(FAP)影响神经***，加上心脏以及有时的肾脏和眼。FAP的症状可能包括周围神经病变、自主神经病变和心力衰竭。家族性淀粉样心肌病(FAC)影响心脏，并且也表现为腕管综合征。FAP和FAC是由TTR基因中的突变引起的遗传性状况，其导致异常(“变体”)TTR的产生。已观察到TTR基因中超过100种不同的突变，其中大多数引起变体TTR的产生，所述变体TTR可以错误折叠成淀粉样原纤维，并且引起组织中的淀粉样蛋白沉积物聚集。大多数受累个体是杂合子；因此，突变型和野生型TTR两者均可以包括在聚集物中。如本文所用，起因于TTR的突变型或变体形式的遗传性心肌病被称为家族性淀粉样心肌病(缩写为ATTRm)。野生型ATTR淀粉样变性(ATTRwt)是一种进展缓慢的非遗传性(散发性)疾病。具有ATTRwt的个体不具有TTR基因中的突变，并且淀粉样原纤维由野生型TTR组成。ATTRwt的症状包括心力衰竭，并且在一些个体中还包括腕管综合征。ATTRwt在65岁或以上的老年受试者中更经常发生。
虽然准确的患病率尚不清楚，但已对于ATTRm给出在美国以0.4个病例/百万人/年的粗略估计以及对于ATTRwt至少两倍的发病率。然而，80岁以上的患者的尸检研究已显示了对于ATTRwt约25％的患病率，提示了该疾病在很大程度上未被诊断，并且特别是在老年人群中的实际患病率高得多。用昂贵且侵入性的测试和程序测试众多个体的挑战很可能是TTR-CM明显诊断不足的促成因素。
转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病的当前诊断
TTR-CM当前使用一系列不同的测试进行诊断，所述测试以超声心动图开始(Gertz，M.A.等人JACC 66：2452-2466，2015)。这种技术用于确定一般心脏功能并寻找结构异常(Ashley，E.A.和Niebauer，J.，Cardiology Explained，London：Remedica，第4章，2004)，并且用作心脏淀粉样变性的筛查，如通过心室的增厚和肥大所证明的。尽管该测试无法区分肥厚性心肌病和高血压性心肌病，但在一项研究中，它已显示了在区别心脏淀粉样变性与心脏肥大方面相对良好的特异性(例如82％)(Ashley 2004)。然而，由于存在多于一种形式的心脏淀粉样变性(例如，轻链淀粉样变性(AL))，因此该测试并非对于TTR-CM特异性的。
用超声心动图测试呈阳性的患者接下来通过心脏磁共振成像(CMR)进行测试(Gertz，M.A.等人JACC 66：2452-2466，2015；Krishnamurthy，R.等人Current CardiologyReviews，9：185-190，2013；Doltra，A.等人Curr Cardiol Rev.9(3)：185-90，2013)。这种技术使用造影剂钆，其能够集中在心脏细胞损伤(例如心肌梗塞)的区域或其中细胞外间隙已由于瘢痕形成或淀粉样蛋白沉积物而增加的区域中(Krishnamurthy，R.等人CurrentCardiology Reviews，9：185-190，2013)。该技术能够比超声心动图更好地区分高血压性心肌病和肥厚性心肌病，并且在一项研究中，已显示了用于检测ATTR型淀粉样变性超过AL的更大特异性(Ashley 2004)。然而，这种测试本身也不是用于TTR-CM诊断的决定性测试。
用于检测心脏淀粉样变性的另一种成像方法是闪烁扫描术，使用放射性同位素缀合物，例如99mTc-焦磷酸盐(Bokhari等人Circ Cardiovasc Imaging.6(2)：195-201，2013)。这使用获得3D图像的单光子发射计算机断层扫描(SPECT)来执行，并且虽然放射性示踪剂并非对于心脏组织特异性的，但它可用于检测例如患病心脏组织中出现的血流不良区域。这种技术已在一项研究中显示了以高特异性和灵敏度(分别为100％和97％)区别ATTR型淀粉样变性与AL型淀粉样变性。
当前，用于诊断TTR-CM的最决定性测试(其通常仅在已使用上文提到的测试获得阳性评分后进行)是心脏活组织检查，随后为免疫化学染色。针对心脏组织中的κ或轻链淀粉样蛋白沉积物的多克隆抗体用于检测AL，而针对转甲状腺素蛋白沉积物的多克隆抗体用于检测TTR-CM(Crotty，T.B.等人Cardiovacular Pathology 4：39-42，1995)。
最后，先前已公开了关于转甲状腺素蛋白(TTR)的抗体，并且已描述了此类抗体在淀粉样蛋白病例如ATTRwt的诊断中的应用(WO 2014/124334 A2和WO 2016/120811)。使用此类抗TTR抗体用于诊断心肌病例如起因于ATTRwt的心肌病的缺点在于，TTR在一些患者中处于错误折叠或聚集状态可能是无法识别的，导致假阴性测试结果和诊断不足。例如，WO2014/124334 A2和WO 2016/120811两者均依赖在TTR的特异性氨基酸残基内的表位的暴露；然而，取决于TTR的非天然形式，此类表位可能无法在所有ATTR型淀粉样变性患者中容易地接近。野生型TTR、突变型TTR或混合TTR四聚体可以在ATTR型淀粉样变性疾病中解离、错误折叠、聚集和/或形成原纤维。此类不同形式可能无法通过抗TTR抗体容易地检测到。另外，据报道编码TTR的基因具有与ATTR型淀粉样变性相关的许多不同突变。因此，抗TTR抗体可能无法识别许多患者中的疾病。
ATTR生物标记物
本文描述的实施方案提供了超过本文讨论的先前技术的许多优点。例如，本公开的技术是非侵入性的，要求最低限度的患者不适，执行快速并且是相对成本有效的。相应地，本文描述的技术提供了超过这些先前技术的优点，包括但不限于提供：用于起因于ATTRwt的TTR-CM的非侵入性体外诊断(IVD)测试，适用于IVD测试的一种或多种特异性体外生物标记物，单一标记物IVD测试的替代方案，包括多于一种标记物，以有效纳入或排除用于疾病诊断的更昂贵和侵入性程序的候选物。
本公开特别涉及用于ATTR型淀粉样变性和TTR-CM的生物标记物。此类生物标记物在本文中被称为“ATTR生物标记物”。ATTR生物标记物可以包括例如TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL、其特征性片段和/或其变体。
如本文提供的，ATTR生物标记物包括与特异性叙述的生物标记物相关的基因产物。例如，ATTR生物标记物可以包括例如蛋白质或核苷酸(例如RNA，例如mRNA)。ATTR生物标记物还涵盖了全长蛋白质以及ATTR生物标记物的片段(例如特征性片段)。例如，在一些实施方案中，ATTR生物标记物可以包括如表1中列出的蛋白质。在一些实施方案中，ATTR生物标记物包括具有与表1中提供的氨基酸序列的至少10个氨基酸、至少20个氨基酸、至少30个氨基酸、至少40个氨基酸、至少50个氨基酸、至少60个氨基酸、至少70个氨基酸、至少80个氨基酸、至少90个氨基酸、或至少100个氨基酸的邻接跨度相同的氨基酸序列的片段。在一些实施方案中，ATTR生物标记物包括与表1中提供的氨基酸序列具有至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的片段。生物标记物的变体或替代形式包括例如由编码所公开的生物标记物的转录物的任何剪接变体编码的多肽。
本文考虑的生物标记物还包括本文描述的任何蛋白质的截短形式或多肽片段。蛋白质的截短形式或多肽片段可以包括N末端缺失或截短的形式和C末端缺失或截短的形式。蛋白质的截短形式或片段可以包括通过任何机制产生的片段，所述机制例如但不限于通过替代翻译、外切和/或内切蛋白酶解和/或降解，例如通过物理、化学和/或酶促蛋白酶解。非限制性地，生物标记物可以包括蛋白质、多肽或肽的截短或片段，可以包括ATTR生物标记物蛋白质的氨基酸序列的至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少8％或至少99％。
在一些情况下，与相应的成熟、全长ATTR生物标记物蛋白相比，片段在N末端和/或C末端截短了1-20个氨基酸，例如如1-15个氨基酸、1-10个氨基酸、或1-5个氨基酸。
本公开的任何ATTR生物标记物蛋白质例如肽、多肽或蛋白质及其片段还可以涵盖所述标记物、肽、多肽或蛋白质和片段的修饰形式，例如携带表达后修饰，包括但不限于修饰例如磷酸化、糖基化、脂化、甲基化、硒代胱氨酸修饰、半胱氨酸化、磺化、谷胱甘肽化、乙酰化和/或甲硫氨酸氧化为甲硫氨酸亚砜或甲硫氨酸砜。
在一些实施方案中，ATTR生物标记物具有不同的同种型。尽管本文可能仅公开了一种或多种同种型，但ATTR生物标记物的所有同种型都考虑用于所公开的技术中。
在一些实施方案中，ATTR生物标记物可以是核苷酸。在一些实施方案中，核苷酸可以是RNA或DNA。在一些情况下，相应的RNA或DNA在诊断方面可能显示出比全长蛋白质更好的区分能力。
下文简要描述了用于与本文提供的技术一起使用的示例性ATTR生物标记物。
肌钙蛋白I(TnI)
肌钙蛋白是在骨骼肌和心肌纤维中发现的一组蛋白质。肌钙蛋白的功能之一是调控肌肉收缩。已知三种类型的肌钙蛋白：肌钙蛋白C、肌钙蛋白I和肌钙蛋白T。三种类型的肌钙蛋白一起形成复合物。在复合物内，肌钙蛋白C与钙离子结合。这种结合通过产生肌钙蛋白I中的构象变化来启动收缩。肌钙蛋白I与细肌丝中的肌动蛋白结合，以将肌动蛋白-原肌球蛋白复合物固定在适当的位置。肌钙蛋白T将肌钙蛋白复合物锚定至原肌球蛋白，一种肌纤维结构。
先前的分析显示了在骨骼肌和心肌之间的肌钙蛋白C中存在很少的差异或不存在差异，而肌钙蛋白I和肌钙蛋白T的形式应理解为在骨骼肌和心肌之间是不同的。通常，肌钙蛋白在血液中以极少至无法检测到的数量存在。然而，当存在对心肌细胞的损伤时，肌钙蛋白释放到血液内。血液中更大的肌钙蛋白I浓度一般与对心脏组织的更大损伤相关联。
在本公开的一些实施方案中，TnI是ATTR生物标记物。在一些实施方案中，TnI、TnI的特征性片段和/或TnI的变体的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗TnI试剂(例如，抗TnI抗体试剂、探针等)检测样品中的TnI。在一些实施方案中，编码TnI的核苷酸、编码TnI的特征性片段的核苷酸和/或编码TnI的变体的核苷酸的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗TnI核苷酸序列试剂(例如，抗TnI核苷酸序列抗体试剂、探针、互补核酸等)检测样品中编码TnI的核苷酸。
丙酮酸激酶肌肉同种型1和同种型2(PKM1和PKM2)
丙酮酸激酶是这样的酶，其通过催化磷酸基团从磷酸烯醇丙酮酸(PEP)转移到二磷酸腺苷(ADP)，产生丙酮酸盐和ATP，来催化糖酵解中的最后一步。在脊椎动物中，存在丙酮酸激酶的四种组织特异性同工酶：L(肝脏)、R(红细胞)、肌肉同种型1(肌肉、心脏和大脑)和肌肉同种型2(早期胎儿组织和大多数成人组织)。丙酮酸激酶蛋白可以形成二聚体和四聚体。
PKM基因编码肌肉同种型1和肌肉同种型2同工酶(PKM1和PKM2)。PKM基因的外显子9和10分别含有关于肌肉同种型1和肌肉同种型2同工酶的序列。存在PKM的至少14种剪接变体，包括1种非编码变体。在PKM的剪接变体中有PKM1和PKM2，其通过差异剪接产生，并且通过在其羧基末端处的22个氨基酸而不同。因为PKM1和PKM2的氨基酸序列共享同一性区域，所以PKM1和PKM2的某些片段将是PKM1和PKM2两者的特征性片段，并且某些片段(例如来自在羧基末端处的22个氨基酸的片段)将是PKM1或PKM2的特征性片段。另外，因为PKM1和PKM2的氨基酸序列共享同一性区域，所以某些抗PKM1试剂也检测到PKM2且反之亦然。
在本公开的一些实施方案中，PKM(例如，PKM1和/或PKM2)是ATTR生物标记物。在一些实施方案中，PKM、PKM的特征性片段和/或PKM的变体的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗PKM试剂(例如，抗PKM抗体试剂、探针等)检测样品中的PKM。在一些实施方案中，编码PKM的核苷酸、编码PKM的特征性片段的核苷酸和/或编码PKM的变体的核苷酸的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗PKM核苷酸序列试剂(例如，抗PKM核苷酸序列抗体试剂、探针、互补核酸等)检测样品中编码PKM的核苷酸。
在本公开的一些实施方案中，PKM1是ATTR生物标记物。在一些实施方案中，PKM1、PKM1的特征性片段和/或PKM1的变体的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗PKM1试剂(例如，抗PKM1抗体试剂、探针等)检测样品中的PKM1。在一些实施方案中，编码PKM1的核苷酸、编码PKM1的特征性片段的核苷酸和/或编码PKM1的变体的核苷酸的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗PKM1核苷酸序列试剂(例如，抗PKM1核苷酸序列抗体试剂、探针、互补核酸等)检测样品中编码PKM1的核苷酸。
在本公开的一些实施方案中，PKM2是ATTR生物标记物。在一些实施方案中，PKM2、PKM2的特征性片段和/或PKM2的变体的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗PKM2试剂(例如，抗PKM2抗体试剂、探针等)检测样品中的PKM2。在一些实施方案中，编码PKM2的核苷酸、编码PKM2的特征性片段的核苷酸和/或编码PKM2的变体的核苷酸的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗PKM2核苷酸序列试剂(例如，抗PKM2核苷酸序列抗体试剂、探针、互补核酸等)检测样品中编码PKM2的核苷酸。
N末端激素B型利钠肽前体(NT-proBNP)
B型利钠肽(BNP)是由心脏产生的一种激素。BNP是由心脏分泌的一种小型环状肽，以调控血压和体液平衡。N末端(NT)激素BNP前体(NT-proBNP或NT-proBNP)是一种非活性激素原，其由产生BNP的同一分子释放。特别地，BNP以前体形式(proBNP)贮存于心室中的膜颗粒中并主要由其分泌。一旦响应心室容积扩张或压力超负荷从心脏中释放，76个氨基酸的N末端(NT)片段(NT-proBNP)由酶corin和弗林蛋白酶快速切割，以释放活性32氨基酸肽(BNP)。
在本公开的一些实施方案中，NT-proBNP是ATTR生物标记物。在一些实施方案中，NT-proBNP、NT-proBNP的特征性片段和/或NT-proBNP的变体的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗NT-proBNP试剂(例如，抗NT-proBNP抗体试剂、探针等)检测样品中的NT-proBNP。在一些实施方案中，编码NT-proBNP的核苷酸、编码NT-BNP的特征性片段的核苷酸和/或编码NT-proBNP的变体的核苷酸的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗NT-proBNP核苷酸序列试剂(例如，抗NT-proBNP核苷酸序列抗体试剂、探针、互补核酸等)检测样品中编码NT-proBNP的核苷酸。
视黄醇结合蛋白4(RBP4)
视黄醇结合蛋白4(RBP4)是关于视黄醇(维生素A醇)的转运蛋白。RBP4具有大约21kDa的分子量，且由人中的RBP4基因编码。它主要(尽管非排他地)在肝脏中合成。RBP4将视黄醇从肝脏储备递送到周围组织。在血浆中，RBP-视黄醇复合物与转甲状腺素蛋白相互作用，这防止其通过经由肾小球的过滤的损失。维生素A的缺陷阻断结合蛋白的翻译后分泌，且导致表皮细胞的缺陷递送和供应。循环RBP4先前已提议作为区别ATTRm与非淀粉样心力衰竭的方式(Arvanitis，M.等人，JAMACardiol.，2017)。然而，这项先前的研究仅检查了由RBP4中的特定突变(在TTR基因的密码子122处的缬氨酸取代异亮氨酸(V122I))引起的ATTRm，并未检查RBP4是否可以更广泛地用作TTR-CM的生物标记物，无论是单独评价还是与其它可能的生物标记物一起评价。
本公开提供了RBP4可以用作ATTR生物标记物的认识。相应地，在本公开的一些实施方案中，RBP4是ATTR生物标记物。在一些实施方案中，RBP4、RBP4的特征性片段和/或RBP4的变体的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗RBP4试剂(例如，抗RBP4抗体试剂、探针等)检测样品中的RBP4。在一些实施方案中，编码RBP4的核苷酸、编码RBP4的特征性片段的核苷酸和/或编码RBP4的变体的核苷酸的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗RBP4核苷酸序列试剂(例如，抗RBP4核苷酸序列抗体试剂、探针、互补核酸等)检测样品中编码RBP4的核苷酸。
组织金属蛋白酶抑制剂2(TIMP2)
组织金属蛋白酶抑制剂2(TIMP2)是编码TIMP2蛋白的基因。TIMP2基因由跨越83kb的基因组DNA的5个外显子编码。TIMP2基因的5引物末端含有几种调控元件，包括Sp1-、AP2-、AP1-和PEA3结合位点。
TIMP2基因是TIMP基因家族的成员。由TIMP基因家族的基因编码的蛋白质抑制基质金属蛋白酶(MMP)，涉及细胞外基质降解的一组肽酶。TIMP2还具有直接压制内皮细胞增殖的能力。TIMP2已显示压制肿瘤转移。
在本公开的一些实施方案中，TIMP2是ATTR生物标记物。在一些实施方案中，TIMP2、TIMP2的特征性片段和/或TIMP2的变体的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗TIMP2试剂(例如，抗TIMP2抗体试剂、探针等)检测样品中的TIMP2。在一些实施方案中，编码TIMP2的核苷酸、编码TIMP2的特征性片段的核苷酸和/或编码TIMP2的变体的核苷酸的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗TIMP2核苷酸序列试剂(例如，抗TIMP2核苷酸序列抗体试剂、探针、互补核酸等)检测样品中编码TIMP2的核苷酸。
神经丝轻链(NfL)
神经丝是神经元的细胞骨架组分，其在轴突中特别丰富。神经丝的功能包括提供结构支撑以及维持轴突的大小、形状和管径。神经丝包括三个亚基：神经丝轻链(NfL)、神经丝中链和神经丝重链。脑脊液(CSF)和血液中的NfL水平与各种神经***病症(包括炎症、神经退行性、创伤性和脑血管疾病)中的轴突损伤程度成正比增加。虽然NfL已用作神经退行性病症的生物标记物，但其与其它疾病和状况包括心脏状况的联系尚未得到充分探究。
如本文所述的，在一些实施方案中，神经丝轻链(NfL)可以用于检测和诊断TTR-CM。在一些实施方案中，NfL是ATTR生物标记物。在一些实施方案中，NfL、NfL的特征性片段和/或NfL的变体的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗NfL试剂(例如，抗NfL抗体试剂、探针等)检测样品中的NfL。在一些实施方案中，编码NfL的核苷酸、编码NfL的特征性片段的核苷酸和/或编码NfL的变体的核苷酸的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗NfL核苷酸序列试剂(例如，抗NfL核苷酸序列抗体试剂、探针、互补核酸等)检测样品中编码NfL的核苷酸。
核心蛋白聚糖(DCN)
核心蛋白聚糖(DCN)是平均起来分子量为90-140千道尔顿(kDa)的一种蛋白聚糖。它属于富含亮氨酸的小蛋白聚糖(SLRP)家族，并且包括含有亮氨酸重复的蛋白质核心，伴随硫酸软骨素(CS)或硫酸皮肤素(DS)的糖胺聚糖(GAG)链。DCN是***的组分，与I型胶原纤维结合。DCN还通过与相应的信号传导分子直接或间接相互作用充当各种细胞因子和生长因子的配体，所述信号传导分子涉及细胞生长、分化、增殖、粘附和转移，并且DCN尤其在癌细胞增殖、扩散、促炎过程和抗原纤维生成方面发挥重要作用。
在本公开的一些实施方案中，DCN是ATTR生物标记物。在一些实施方案中，DCN、DCN的特征性片段和/或DCN的变体的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗DCN试剂(例如，抗DCN抗体试剂、探针等)检测样品中的DCN。在一些实施方案中，编码DCN的核苷酸、编码DCN的特征性片段的核苷酸和/或编码DCN的变体的核苷酸的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗DCN核苷酸序列试剂(例如，抗DCN核苷酸序列抗体试剂、探针、互补核酸等)检测样品中编码DCN的核苷酸。
SPARC相关模块化钙结合蛋白2(SMOC-2)
SPARC相关模块化钙结合蛋白2(SMOC-2)，以前称为SMAP2(平滑肌相关蛋白2)，是一种55kDa的糖蛋白，其是SPARC基质细胞蛋白家族的成员。SMOC-2通过经由整合素连接激酶(ILK)发信号以上调细胞周期蛋白-D1，来促进细胞周期进程。当在内皮细胞外基质中表达时，它加强生长因子诱导的血管生成。SMOC-2表达在新内膜形成过程中上调，促进血管平滑肌的增殖和迁移。在皮肤中，它促进角质形成细胞的附着和迁移。SMOC-2还可以抑制肺和动脉中的蛋白酶。SMOC-2已提议作为多种癌症的生物标记物。
在一些实施方案中，SPARC相关模块化钙结合蛋白2(SMOC2)是ATTR生物标记物。在一些实施方案中，SMOC2、SMOC2的特征性片段和/或SMOC2的变体的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗SMOC2试剂(例如，抗SMOC2抗体试剂、探针等)检测样品中的SMOC2。在一些实施方案中，编码SMOC2的核苷酸、编码SMOC2的特征性片段的核苷酸和/或编码SMOC2的变体的核苷酸的检测用于评价受试者发展TTR-CM的风险、诊断患有TTR-CM的受试者或推荐受试者用于另外的心肌病测试的方法中。在一些实施方案中，用抗SMOC2核苷酸序列试剂(例如，抗SMOC2核苷酸序列抗体试剂、探针、互补核酸等)检测样品中编码SMOC2的核苷酸。
本文公开的关于某些ATTR生物标记物的示例性氨基酸序列包括在下表1中。
表1：示例性ATTR生物标记物氨基酸序列
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在一些实施方案中，可以分析或评价另外的标记物。在一些此类实施方案中，另外的标记物包括错误折叠或聚集的转甲状腺素蛋白(TTR)。
在一些实施方案中，考虑了另外的因素，包括但不限于人口统计因素(例如，年龄、重量、生物性别、种族划分、BMI、病史、风险因素、家族史和地理位置中的一种或多种)和/或得出所述样品的受试者的基于成像的生物标记物(例如，左心室间隔壁厚度和/或射血分数)。
示例性ATTR生物标记物组合
如本文提供的，每种ATTR生物标记物可以是全长蛋白质或其片段。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的片段是特征性片段。在一些实施方案中，ATTR生物标记物是全长ATTR生物标记物蛋白质。在一些实施方案中，ATTR生物标记物是ATTR生物标记物的特征性片段。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的子集是全长ATTR生物标记物蛋白质，并且ATTR生物标记物的子集是ATTR生物标记物的特征性片段。
在一些实施方案中，ATTR生物标记物具有野生型氨基酸序列。在一些实施方案中，ATTR生物标记物具有变体氨基酸序列，例如包括一个或多个突变的氨基酸序列。在一些实施方案中，ATTR生物标记物各自具有野生型氨基酸序列。在一些实施方案中，ATTR生物标记物各自具有变体氨基酸序列。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的子集各自具有野生型氨基酸序列，并且ATTR生物标记物的子集各自具有变体氨基酸序列。
在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括下表2-5中列出的ATTR生物标记物的组合。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括下表2中列出的ATTR生物标记物的组合。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括下表3中列出的ATTR生物标记物的组合。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括下表4中列出的ATTR生物标记物的组合。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括下表5中列出的ATTR生物标记物的组合。
在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合中的一种或多种。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合中的两种或更多种。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合中的三种或更多种。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合中的四种或更多种。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合中的五种或更多种。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合中的六种或更多种。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合中的七种或更多种。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合中的八种或更多种。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2或NfL。
在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括TnI和PKM1。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括TnI和PKM2。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括TnI、PKM1和PKM2。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合进一步包括NT-proBNP、RBP4或两者。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合进一步包括TIMP2、NfL或两者。
在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合包括NT-proBNP。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合进一步包括TnI、PKM1、PKM2、RBP4或其组合。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合进一步包括TIMP2、NfL或两者。
在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM2、NT-proBNP和RBP4。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM2和NT-proBNP。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM2和RBP4。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM1和NT-proBNP。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM1和RBP4。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP和RBP4。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM1、PKM2和NT-proBNP。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM1、PKM2和RBP4。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括NT-proBNP、RBP4和TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括RBP4、SMOC-2和TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括DCN、NT-proBNP和TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括DCN、RBP4和TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括NT-proBNP、SMOC-2和TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括NT-proBNP、TIMP2和TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括NT-proBNP和TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括DCN和TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括DCN、TIMP2和TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括RBP4和TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括RBP4、TIMP2和TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括DCN、SMOC-2和TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TIMP2和TnI。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括SMOC-2、TIMP2和TnI。
与本公开一致的ATTR生物标记物的示例性组合包括在下表2中。本文还公开了ATTR生物标记物的组合，包括下表2列出的组合。
表2：ATTR生物标记物的示例性组合
示例性ATTR生物标记物组合
TnI、PKM2、NT-proBNP、RBP4
TnI、PKM2、NT-proBNP
TnI、PKM2、RBP4
TnI、PKM1、NT-proBNP、RBP4
TnI、PKM1、NT-proBNP
TnI、PKM1、RBP4
TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4
TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP
TnI、PKM1、PKM2、RBP4
NT-proBNP、RBP4、TnI
RBP4、SMOC-2、TnI
DCN、NT-proBNP、TnI
DCN、RBP4、TnI
NT-proBNP、SMOC-2、TnI
NT-proBNP、TIMP2、TnI
NT-proBNP、TnI
DCN、TnI
DCN、TIMP2、TnI
RBP4、TnI
RBP4、TIMP2、TnI
DCN、SMOC-2、TnI
TIMP2、TnI
SMOC-2、TIMP2、TnI
与本公开一致的包括两种ATTR生物标记物的示例性组合包括在下表3中。本文还公开了ATTR生物标记物的组合，包括下表3列出的组合。
表3：包括两种ATTR生物标记物的示例性组合
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与本公开一致的包括三种ATTR生物标记物的示例性组合包括在下表4中。本文还公开了ATTR生物标记物的组合，包括下表4列出的组合。
表4：包括三种ATTR生物标记物的示例性组合
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与本公开一致的包括四种ATTR生物标记物的示例性组合包括在下表5中。本文还公开了ATTR生物标记物的组合，包括下表5列出的组合。
表5：包括四种ATTR生物标记物的示例性组合
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在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)不包括PKM1。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)不包括PKM2。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)不包括PKM1或PKM2。
在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)不包括SMOC-2。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)不包括DCN。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)不包括SMOC-2或DCN。
方法
本公开的方法进一步允许更早鉴定处于TTR-CM的风险中的更多患者，同时使假阴性的数目降到最低。在一些实施方案中，本文公开的方法提供了早期筛查ATTRwt的存在的优点。在一些实施方案中，本文公开的方法可以在基因测试排除ATTRm后帮助检测或诊断ATTRwt。在一些实施方案中，本文公开的方法降低或消除了用超声心动图，随后为CMR和闪烁扫描术的昂贵且复杂的过程用于启动TTR-CM筛查的需要。在一些实施方案中，如果本文公开的方法导致在受试者中检测可能的TTR-CM，则受试者可以经历后续确证测试，例如超声心动图、心脏磁共振成像(CMR)、闪烁扫描术和/或心脏活组织检查。
在一些实施方案中，本文公开的方法是确定受试者发展转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)的风险的方法。在一些实施方案中，本文公开的方法是用TTR-CM诊断受试者的方法，并且样品从受试者中获得。在一些实施方案中，本文公开的方法是治疗处于TTR-CM的风险中或患有TTR-CM的受试者中的TTR-CM的方法。在一些实施方案中，本文公开的方法是确定患者并未具有TTR-CM或并未处于发展TTR-CM的风险中的方法。
在一些实施方案中，TTR-CM起因于野生型转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTRwt)。在一些实施方案中，受试者通过基因测试对于家族性淀粉样心肌病(ATTRm)测试呈阴性。
在一些实施方案中，本文公开的方法是选择接受TTR稳定剂的一个或多个剂量的受试者的方法，并且样品从受试者中获得。在一些实施方案中，本文公开的方法包括向受试者施用TTR稳定剂的一个或多个剂量。
在一些实施方案中，本文公开的方法是选择受试者用于一种或多种心肌病测试的方法，并且样品从受试者中获得。在一些实施方案中，一种或多种心肌病测试包括超声心动图、先进成像方法或两者。在一些实施方案中，先进成像方法包括心脏磁共振成像(CMR)、闪烁扫描术或两者。在一些实施方案中，闪烁扫描术包括使用放射性同位素缀合物，例如99mTc-焦磷酸盐。在一些实施方案中，闪烁扫描术使用单光子发射计算机断层扫描(SPECT)来执行。
本公开提供了用于TTR-CM(包括起因于野生型ATTR淀粉样变性的TTR-CM)的诊断测试，其特征在于根据上文方法检测生物标记物。
在一些实施方案中，如通过本公开教导的检测、诊断或鉴定TTR-CM风险的方法是与标准技术相比的改善方法，因为本公开的方法包括下述益处中的一种或多种：改善用于鉴定TTR-CM的灵敏度、改善用于鉴定TTR-CM的特异性、改善用于鉴定TTR-CM的准确度、缩短诊断TTR-CM的时间和/或降低在患者中筛查TTR-CM的成本。
在一些实施方案中，本文公开的生物标记物可以用于转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病状况的体外诊断(IVD)或筛查测试。在一些实施方案中，如通过本公开教导的诊断测试检测从受试者中获得的样品中是否存在一种或多种生物标记物。在一些实施方案中，如通过本公开教导的诊断测试可以帮助检测或诊断受试者中的TTR-CM (包括起因于野生型ATTR淀粉样变性的TTR-CM)。
在一些实施方案中，如通过本公开教导的诊断测试适合免疫测定平台。在一些实施方案中，此类免疫测定平台包括半自动化或自动化免疫测定平台。在一些实施方案中，如通过本公开教导的诊断测试适合一种或多种生物标记物的半自动化测试。
在一些实施方案中，如通过本公开教导的诊断测试是与标准技术相比用于TTR-CM的改善诊断，因为本公开的诊断测试包括下述益处中的一种或多种：改善用于鉴定TTR-CM的灵敏度、改善用于鉴定TTR-CM的特异性、改善用于鉴定TTR-CM的准确度、缩短诊断TTR-CM的时间和/或降低在患者中筛查TTR-CM的成本。
在一些实施方案中，如本文公开的诊断测试可以是基于血浆的筛查测定。在一些实施方案中，诊断测试适合例如Siemens***或Siemens Advia />***。
如下文更详细地阐述的，在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中存在的两种或更多种转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)生物标记物中的每一种的水平。
在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的两种或更多种转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)生物标记物中的每一种的水平，以获得ATTR生物标记物概况，并且使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的两种或更多种转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)生物标记物中的每一种的水平，以获得ATTR生物标记物概况，并且使用ATTR生物标记物概况和人口统计因素来计算ATTR生物标记物评分。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的两种或更多种转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)生物标记物中的每一种的水平，以获得ATTR生物标记物概况，并且使用ATTR生物标记物概况和基于成像的生物标记物来计算ATTR生物标记物评分。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的两种或更多种转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)生物标记物中的每一种的水平，以获得ATTR生物标记物概况，并且使用ATTR生物标记物概况、人口统计因素和基于成像的生物标记物来计算ATTR生物标记物评分。
在一些实施方案中，本文提供的方法包括接受样品中的两种或更多种转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)生物标记物中的每一种的水平。在一些实施方案中，接受包括电子接受。
在一些实施方案中，本文提供的方法包括使用样品中的两种或更多种转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)生物标记物中的每一种的水平，以获得ATTR生物标记物概况，并且使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分。在一些实施方案中，本文提供的方法包括使用样品中的两种或更多种转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)生物标记物中的每一种的水平，以获得ATTR生物标记物概况，并且使用ATTR生物标记物概况和人口统计因素来计算ATTR生物标记物评分。在一些实施方案中，本文提供的方法包括使用样品中的两种或更多种转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)生物标记物中的每一种的水平，以获得ATTR生物标记物概况，并且使用ATTR生物标记物概况和基于成像的生物标记物来计算ATTR生物标记物评分。在一些实施方案中，本文提供的方法包括使用样品中的两种或更多种转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)生物标记物中的每一种的水平，以获得ATTR生物标记物概况，并且使用ATTR生物标记物概况、人口统计因素和基于成像的生物标记物来计算ATTR生物标记物评分。
在一些实施方案中，人口统计因素包括年龄、重量、生物性别、种族划分、BMI、病史、风险因素、家族史和地理位置中的一种或多种。在一些实施方案中，基于成像的生物标记物包括左心室间隔壁厚度和/或射血分数。
在一些实施方案中，本文描述的方法包括使用ATTR生物标记物评分来选择用于进一步心肌病测试的受试者。在一些实施方案中，本文描述的方法包括使用ATTR生物标记物评分来选择接受TTR稳定剂的一个或多个剂量的受试者。在一些实施方案中，本文描述的方法包括使用ATTR生物标记物评分将受试者鉴定为患有TTR-CM或处于患有TTR-CM的风险中。
在一些实施方案中，本文描述的方法包括将ATTR生物标记物评分与参考ATTR生物标记物评分进行比较。在一些实施方案中，本文描述的方法包括向受试者施用TTR稳定剂的一个或多个剂量。在一些实施方案中，本文描述的方法包括对受试者执行一种或多种心肌病测试。
下文提供了本文公开的示例性方法的另外描述。
检测ATTR生物标记物并获得ATTR生物标记物概况
除其它之外，本文提供的方法包括评价样品中的一种或多种ATTR生物标记物的水平。可以检测样品中ATTR生物标记物的水平。本文描述了用于检测一种或多种ATTR生物标记物的水平的示例性方法。然而，ATTR生物标记物的水平还可以例如以电子形式由例如实验室提供，所述实验室已检测样品中的一种或多种ATTR生物标记物的水平。
在一些实施方案中，本公开提供了根据其检测、分析和/或评价样品中的一种或多种ATTR生物标记物的技术。在一些实施方案中，一种或多种ATTR生物标记物存在于得自受试者的样品中；在一些实施方案中，基于此类检测、分析和/或评价做出诊断或治疗决定。在一些实施方案中，检测、分析或评价的生物标记物是一种或多种ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)。
在一些实施方案中，本公开提供了检测样品中的一种或多种ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或组合)的水平的方法。如本文所述的，ATTR生物标记物的水平涵盖了ATTR生物标记物的存在、ATTR生物标记物的不存在、ATTR生物标记物的量、ATTR生物标记物的绝对量、ATTR生物标记物的相对量、或ATTR生物标记物的浓度。
在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的表2-5中列出的组合的每种ATTR生物标记物的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的表2中列出的组合的每种ATTR生物标记物的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的表3中列出的组合的每种ATTR生物标记物的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的表4中列出的组合的每种ATTR生物标记物的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的表5中列出的组合的每种ATTR生物标记物的水平。
在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的一种或多种ATTR生物标记物中的每一种的水平，其中所述一种或多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的水平，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKMv、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的三种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的水平，其中所述三种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的四种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的水平，其中所述四种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的五种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的水平，其中所述五种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的六种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的水平，其中所述六种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的七种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的水平，其中所述七种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2和NfL。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的八种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的水平，其中所述八种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2和NfL。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2和NfL中的每一种的水平。
在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TnI的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TnI和PKM1的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TnI和PKM2的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TnI、PKM1和PKM2的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法进一步包括检测样品中的NT-proBNP、RBP4或两者的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法进一步包括检测样品中的TIMP2、NfL或两者的水平。
在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的NT-proBNP的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法进一步包括检测样品中的TnI、PKM1、PKM2、RBP4或其组合的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法进一步包括检测样品中的TIMP2、NfL或两者的水平。
在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TnI、PKM2、NT-proBNP和RBP4中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TnI、PKM2和NT-proBNP中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TnI、PKM2和RBP4中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TnI、PKM1和NT-proBNP中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TnI、PKM1和RBP4中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP和RBP4中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TnI、PKM1、PKM2和NT-proBNP中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TnI、PKM1、PKM2和RBP4中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的NT-proBNP、RBP4和TnI中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的RBP4、SMOC-2和TnI中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的DCN、NT-proBNP和TnI中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的DCN、RBP4和TnI中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的NT-proBNP、SMOC-2和TnI中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的NT-proBNP、TIMP2和TnI中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的NT-proBNP和TnI中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的DCN和TnI中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的DCN、TIMP2和TnI中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的RBP4和TnI中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的RBP4、TIMP2和TnI中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的DCN、SMOC-2和TnI中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的TIMP2和TnI中的每一种的水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括检测样品中的SMOC-2、TIMP2和TnI中的每一种的水平。
检测生物标记物(例如，ATTR生物标记物)的方法包括用于检测作为蛋白质的生物标记物的方法。基于蛋白质的检测生物标记物的方法包括例如质谱法(MS)、免疫测定(例如免疫沉淀)、蛋白质印迹、ELISA、免疫组织化学、免疫细胞化学、流式细胞术和/或免疫-PCR。
在一些实施方案中，质谱法包括MS、MS/MS、MALDI-TOF、电喷雾电离质谱法(ESIMS)、ESI-MS/MS、ESI-MS/(MS)n、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(MALDI-TOF-MS)、表面增强激光解吸/电离飞行时间质谱法(SELDI-TOF-MS)、串联液相层析-质谱法(LC-MS/MS)质量法、硅上的解吸/电离(DIOS)、二次离子质谱法(SIMS)、四极杆飞行时间(Q-TOF)、大气压化学电离质谱法(APCI-MS)、APCI-MS/MS、APCI-(MS)、大气压光电离质谱法(APPI-MS)、APPI-MS/MS和APPI-(MS)n、四极杆质谱法、傅里叶变换质谱法(FTMS)和离子阱质谱法。通常，MS方法定量生物标记物的片段而不是全长蛋白质。然而，MS方法可以足以确定生物标记物的蛋白质水平至足以用于如所公开的方法和/或评价的准确度。
在一些实施方案中，免疫测定可以是化学发光免疫测定。在一些实施方案中，免疫测定可以是高通量和/或自动化免疫测定平台。例如，高通量和/或自动化免疫测定平台可以用于分析至少240个测试/小时或至少440个测试/小时。
在一些实施方案中，检测样品中作为蛋白质的生物标记物的方法包括使样品与针对感兴趣的生物标记物的一种或多种抗体试剂接触。在一些实施方案中，此类方法还包括使样品与一种或多种检测试剂的第一集合接触。在一些实施方案中，抗体试剂用一种或多种检测试剂的第一集合进行标记。在一些实施方案中，一种或多种检测试剂的第一集合包括一种或多种吖啶酯分子。
吖啶酯(AE)分子可以用于标记蛋白质和核酸。吖啶鎓标记的蛋白质可以用于免疫测定中的检测。将AE暴露于碱性H2O2(过氧化氢)产生化学发光。取决于特异性AE变体，光在430至480nm范围内的最大波长下发射。例如，可以通过高效光电倍增管来检测这种光。光发射是快速的且在1至5秒内完成。以AE形式的多样性促成更佳的测定性能，包括改善的灵敏度和稳固性。AE分子可以用于标记小分子、大分析物和抗体。
检测生物标记物的另外方法包括用于检测作为核酸的生物标记物的方法。基于核酸的检测生物标记物的方法包括执行核酸扩增方法，例如聚合酶链反应(PCR)、逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、转录介导的扩增(TMA)、连接酶链反应(LCR)、链置换扩增(SDA)和基于核酸序列的扩增(NASBA)。在一些实施方案中，基于核酸的检测生物标记物的方法包括检测一种或多种核酸探针与编码感兴趣的生物标记物的一种或多种核苷酸之间的杂交。在一些实施方案中，核酸探针各自与编码感兴趣的生物标记物的一种或多种核苷酸之一的至少一部分互补。在一些实施方案中，编码感兴趣的生物标记物的核苷酸包括DNA(例如，cDNA)。在一些实施方案中，编码感兴趣的生物标记物的核苷酸包括RNA(例如，mRNA)。
在一些实施方案中，本文提供的方法检测一种或多种ATTR生物标记物的水平(例如，两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、或者五种或更多种ATTR生物标记物的水平)，以获得ATTR生物标记物概况。在一些实施方案中，ATTR生物标记物概况包括待评价的ATTR生物标记物中的每一种的水平。在一些实施方案中，ATTR生物标记物概况包括例如如本文所述的检测到的ATTR生物标记物中的每一种的水平。
样品
在一些实施方案中，如本文公开的样品是生物样品。在一些实施方案中，生物样品是例如从受试者的动脉或静脉中抽取的血液样品。血液样品可以是全血样品、血浆样品或血清样品。在一些实施方案中，生物样品包括心脏组织。
在一些实施方案中，样品从受试者中获得。在一些实施方案中，得出所述样品的受试者对于TTR-CM进行评价。在一些实施方案中，得出所述样品的受试者患有转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)或处于发展转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)的风险中。
在一些实施方案中，本文公开的方法包括从受试者中获得生物样品。在一些实施方案中，从受试者中获得生物样品包括抽取血液。在一些实施方案中，从受试者中获得生物样品包括执行活组织检查。
在本文公开的方法的一些实施方案中，样品通过例如医护人员提供。
受试者
在一些实施方案中，如本文公开的受试者是哺乳动物。在一些实施方案中，哺乳动物是人。
在一些实施方案中，如本文公开的受试者是生物学雄性的。在一些实施方案中，如本文公开的受试者是生物学雌性的。
在一些实施方案中，如本文公开的受试者是超重的。在一些实施方案中，受试者具有25或更大的体重指数(BMI)。在一些实施方案中，受试者具有30或更大的体重指数(BMI)。
在一些实施方案中，受试者至少50岁。在一些实施方案中，受试者至少55岁。在一些实施方案中，受试者至少60岁。在一些实施方案中，受试者至少65岁。
利用阈值的方法
在本文公开的一些方法中，一种或多种ATTR生物标记物的水平可以与阈值进行比较。在一些实施方案中，本文公开的方法包括一种或多种ATTR生物标记物的水平与分别阈值的比较。在一些实施方案中，本文公开的方法包括一种或多种ATTR生物标记物的水平与参考阈值的比较。
参考阈值可以是来自已知或独立验证为具有良好心脏健康的受试者的阈值，或者来自已知或独立验证为具有较差心脏健康的受试者的阈值，例如在患有TTR-CM的受试者的情况下。可替代地或组合地，将受试者的ATTR生物标记物概况与由具有常见已知状态(例如，健康、未诊断有TTR-CM或诊断有TTR-CM)的多个受试者确定的参考阈值进行比较。在一些实施方案中，参考阈值是来自多个受试者的ATTR生物标记物的已知水平的平均值，或者替代地是由参考受试者中观察到的ATTR生物标记物的水平范围限定的范围。
在更复杂的评价方法中，将受试者的ATTR生物标记物水平与参考ATTR生物标记物水平进行比较，所述参考ATTR生物标记物水平由具有常见状态(例如，健康、未诊断有TTR-CM或诊断有TTR-CM)的大量受试者，例如至少10个、至少50个、至少100个、至少500个、至少1000个或更多个受试者进行构建。通常，参考受试者在状态方面在(1)健康/未诊断有TTR-CM和(2)诊断有TTR-CM之间均匀分布。在一些情况下，评价包括受试者的ATTR生物标记物水平与已知状态的多个概况的迭代或同时比较。
多个已知的参考ATTR生物标记物概况(例如，参考样品中的一种或多种ATTR生物标记物的检测水平)也可以用于训练计算评价算法，例如机器学习模型，使得在受试者的ATTR生物标记物概况和参考ATTR生物标记物概况之间的单次比较提供了结果，其整合或汇总了来自具有常见已知健康状态(例如，健康、未诊断有TTR-CM或诊断有TTR-CM)的大量受试者，例如至少10个、至少50个、至少100个、至少500个、至少1000个或更多个个体的信息。此类参考ATTR生物标记物概况的生成可以促进受试者的TTR-CM风险的更快速评价，或者使用少得多的计算能力的评价。
参考ATTR生物标记物概况可以通过本领域技术人员已知的多种计算方法中的任一种，由多个参考ATTR生物标记物概况生成。例如，使用任意数目的统计编程语言例如R，脚本语言例如Python和相关的机器学习包，数据挖掘软件例如Weka或Java、Mathematica、Matlab或SAS容易地构建机器学习模型。
受试者的ATTR生物标记物概况可以与如上文生成的或由本领域技术人员以其它方式生成的参考ATTR生物标记物概况进行比较，并且生成输出评价。许多输出评价与本文的公开一致。输出评价包括经常通过灵敏度、特异性或灵敏度和特异性参数来缩小的单一评价，指示了健康状态评价(例如，受试者患有TTR-CM，受试者并未处于TTR-CM的风险中，受试者处于TTR-CM的风险中，受试者患有TTR-CM的概率)。可替代地或组合地，提供了另外的参数，例如受试者的人口统计因素(例如，年龄、重量、生物性别、种族划分、BMI、病史、风险因素、家族史和地理位置中的一种或多种)和/或受试者的基于成像的生物标记物(例如，左心室间隔壁厚度和/或射血分数)。
更具体而言，在一些实施方案中，本文公开的方法进一步包括如果检测到的一种或多种ATTR生物标记物(例如，TnI、PKMv、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)中的至少一种的水平高于阈值，则诊断受试者患有转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)。在一些实施方案中，本文公开的方法进一步包括如果检测到的一种或多种ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)中的至少一种的水平是阈值的至少1.3、至少1.4、至少1.5、至少1.6、至少1.7、至少1.8或至少1.9倍，则诊断受试者患有转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)。在一些实施方案中，本文公开的方法进一步包括如果检测到的一种或多种ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)中的每一种的水平高于阈值，则诊断受试者患有转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)。在一些实施方案中，本文公开的方法进一步包括如果检测到的一种或多种ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)中的每一种的水平是阈值的至少1.3、至少1.4、至少1.5、至少1.6、至少1.7、至少1.8或至少1.9倍，则诊断受试者患有转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)。
在一些实施方案中，本文公开的方法进一步包括如果至少一种或者一种或多种ATTR生物标记物的水平高于阈值，则推荐受试者用于一种或多种心肌病测试。在一些此类方法中，如果检测到的一种或多种ATTR生物标记物中的至少一种的水平是阈值的至少1.3、至少1.4、至少1.5、至少1.6、至少1.7、至少1.8或至少1.9倍，则推荐受试者用于一种或多种心肌病测试。在一些实施方案中，本文公开的方法进一步包括如果一种或多种ATTR生物标记物中的每一种的水平高于阈值，则推荐受试者用于一种或多种心肌病测试。在一些此类方法中，如果检测到的一种或多种ATTR生物标记物中的每一种的水平是阈值的至少1.3、至少1.4、至少1.5、至少1.6、至少1.7、至少1.8或至少1.9倍，则推荐受试者用于一种或多种心肌病测试。
如上文讨论的，在一些实施方案中，检测样品中的一种或多种ATTR生物标记物(例如，ATTR生物标记物蛋白质)的方法包括使样品与针对ATTR生物标记物的一种或多种抗体试剂接触。在一些实施方案中，此类方法还包括使样品与一种或多种检测试剂的第一集合接触。在一些实施方案中，抗体试剂用一种或多种检测试剂的第一集合进行标记。在一些实施方案中，一种或多种检测试剂的第一集合包括一种或多种吖啶酯分子。
吖啶酯(AE)分子可以用于标记蛋白质和核酸。吖啶鎓标记的蛋白质可以用于免疫测定中的检测。将AE暴露于碱性H2O2(过氧化氢)产生化学发光。取决于特异性AE变体，光在430至480nm范围内的最大波长下发射。例如，可以通过高效光电倍增管来检测这种光。
在一些实施方案中，检测ATTR生物标记物和针对ATTR生物标记物的一种或多种抗体试剂之间的结合包括确定关于一种或多种检测试剂的第一集合的吸光度值或发射值。例如，吸光度值指示结合水平(例如，更高的吸光度指示更多的结合)。在一些实施方案中，关于一种或多种检测试剂的第一集合的吸光度值或发射值高于阈值。在一些实施方案中，关于一种或多种检测试剂的第一集合的吸光度值或发射值是阈值的至少1.3、至少1.4、至少1.5、至少1.6、至少1.7、至少1.8或至少1.9倍。在一些实施方案中，阈值是对于标记两个或更多个对照样品的一种或多种检测试剂的第二集合确定的吸光度值或发射值的平均值。在一些此类实施方案中，一种或多种检测试剂的第二集合与一种或多种检测试剂的第一集合相似或相同。
在一个方面，本公开提供了检测受试者中的一种或多种ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)的方法，所述方法包括根据上述检测生物标记物的方法，检测从受试者中获得的样品中是否存在一种或多种ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)。在一些实施方案中，检测一种或多种ATTR生物标记物的方法包括检测ATTR生物标记物和一种或多种抗ATTR生物标记物抗体试剂之间的结合。在一些实施方案中，检测从受试者中获得的样品中是否存在一种或多种ATTR生物标记物包括检测从受试者中获得的样品中存在的一种或多种ATTR生物标记物的水平。在一些实施方案中，检测到的ATTR生物标记物的水平高于关于分别的ATTR生物标记物的阈值。在一些实施方案中，检测到的ATTR生物标记物的水平是阈值的至少1.3、至少1.4、至少1.5、至少1.6、至少1.7、至少1.8或至少1.9倍。
在一些实施方案中，本公开提供了检测从受试者中获得的样品中的一种或多种ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)的方法。关于转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病的生物标记物可以包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合。在一些实施方案中，上述方法中使用的对照样品包括从一个或多个受试者中获得的样品，所述受试者并不患有ATTR型淀粉样变性和/或TTR-CM。
在一些实施方案中，本文公开的方法进一步包括如果检测到的至少一种或者一种或多种ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)的水平高于阈值，则诊断受试者患有转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)。在一些实施方案中，该方法包括如果检测到的至少一种或者一种或多种ATTR生物标记物的水平是阈值的至少1.3、至少1.4、至少1.5、至少1.6、至少1.7、至少1.8或至少1.9倍，则诊断受试者患有TTR-CM。
在一些实施方案中，本文公开的方法进一步包括如果关于一种或多种检测试剂的第一集合的吸光度值或发射值高于阈值，则诊断受试者患有转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)。在一些实施方案中，该方法包括如果关于一种或多种检测试剂的第一集合的吸光度值或发射值是阈值的至少1.3、至少1.4、至少1.5、至少1.6、至少1.7、至少1.8或至少1.9倍，则诊断受试者患有TTR-CM。在一些实施方案中，阈值是对于标记两个或更多个对照样品的一种或多种检测试剂的第二集合确定的吸光度值或发射值的平均值。在一些此类实施方案中，一种或多种检测试剂的第二集合与一种或多种检测试剂的第一集合相似或相同。
在一些实施方案中，本文公开的方法进一步包括如果至少一种或者一种或多种ATTR生物标记物的水平高于阈值，则推荐受试者用于一种或多种心肌病测试。在一些此类方法中，如果检测到的至少一种或者一种或多种ATTR生物标记物的水平是阈值的至少1.3、至少1.4、至少1.5、至少1.6、至少1.7、至少1.8或至少1.9倍，则推荐受试者用于一种或多种心肌病测试。
在一些实施方案中，本文公开的方法进一步包括如果关于一种或多种检测试剂的第一集合的吸光度值或发射值高于阈值，则推荐受试者用于一种或多种心肌病测试。在一些此类方法中，如果关于一种或多种检测试剂的第一集合的吸光度值或发射值是阈值的至少1.3、至少1.4、至少1.5、至少1.6、至少1.7、至少1.8或至少1.9倍，则推荐受试者用于一种或多种心肌病测试。
可以根据本公开的方法使用的心肌病测试包括超声心动图或先进成像方法。在一些实施方案中，先进成像方法包括心脏磁共振成像(CMR)或闪烁扫描术(例如使用放射性同位素缀合物如99mTc-焦磷酸盐和/或使用单光子发射计算机断层扫描(SPECT)。在一些实施方案中，本文公开的方法进一步包括如果检测到的至少一种或者一种或多种ATTR生物标记物的水平高于阈值，并且受试者在一种或多种心肌病测试中对于心肌病测试呈阳性，则推荐受试者用于心脏活组织检查。在一些此类实施方案中，通过免疫化学染色来测试活组织检查组织的心肌病。例如，免疫化学染色包括使用针对心脏组织中的κ或λ轻链淀粉样蛋白沉积物的一种或多种抗体试剂和/或针对转甲状腺素蛋白沉积物的一种或多种抗体试剂。如果免疫化学染色指示了心脏组织中存在转甲状腺素蛋白沉积物，则受试者可以诊断有转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)。
在上文实施方案中的任一个中，阈值可以是对于两个或更多个对照样品检测到的值的平均值。在一些此类实施方案中，对于两个或更多个对照样品检测到的值代表关于一种或更多种ATTR生物标记物的对照水平。在一些实施方案中，对照样品包括重组ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)。在一些实施方案中，两个或更多个对照样品各自是从并未患有TTR-CM的受试者中获得的样品。在一些实施方案中，阈值是标准表中报告的值。
利用ATTR生物标记物概况的方法
通过实践本文描述的任何方法提供的基于算法的测定和相关信息可以促进用于受试者的最佳治疗和决策制定。例如，本文描述的方法可以使医生或看护者能够鉴定这样的患者，其具有患有TTR-CM的低可能性，并且因此不需要治疗，不需要另外的心脏测试，或不需要用于TTR-CM的增加监测，或者具有患有TTR-CM的高可能性，需要治疗，需要另外的心脏测试，或需要用于TTR-CM的增加监测。
在一些情况下，可以通过应用特异性算法来确定ATTR生物标记物评分。在一些实施方案中，ATTR生物标记物评分是定量的。在本文公开的方法中用于计算ATTR生物标记物评分的算法可以对ATTR生物标记物或ATTR生物标记物组的表达水平值进行分组。另外，ATTR生物标记物的特定组的形成可以促进ATTR生物标记物或ATTR生物标记物子集(例如分类器)的各种表达水平对定量评分的贡献的数学加权。
示例性ATTR生物标记物和相应的氨基酸序列在表1中列出。ATTR生物标记物的示例性组合在表2-5中列出。
本文描述的方法以及本文提供的试剂盒和***可以利用基于算法的诊断测定，用于预测得出所述样品的受试者是否处于TTR-CM的风险中或患有TTR-CM，选择得出所述样品的受试者用于一种或多种心肌病测试，和/或选择得出所述样品的受试者接受TTR稳定剂的一个或多个剂量。
一种或多种ATTR生物标记物的水平，以及任选地一种或多种人口统计因素(例如，年龄、重量、生物性别、种族划分、BMI、病史、风险因素、家族史和地理位置中的一种或多种)和/或基于成像的生物标记物(例如，左心室间隔壁厚度和/或射血分数)可以单独使用或排列成功能子集，以计算ATTR生物标记物评分，其用于预测得出所述样品的受试者是否处于TTR-CM的风险中或患有TTR-CM，选择得出所述样品的受试者用于一种或多种心肌病测试，和/或选择得出所述样品的受试者接受TTR稳定剂的一个或多个剂量。
本文公开的方法包括使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分。在一些实施方案中，使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分包括将算法应用于ATTR生物标记物概况，以计算ATTR生物标记物评分。在一些实施方案中，算法是或衍生自决策树方法、神经增强方法、自举森林方法、提升树方法、K最近邻方法、广义回归前向选择方法、广义回归修剪前向选择方法、逐步拟合方法、广义回归套索方法、广义回归弹性网络方法、广义回归岭方法、名义逻辑方法、支持向量机方法、判别方法、朴素贝叶斯方法或其组合。在一些实施方案中，算法是或衍生自决策树方法、神经增强方法、自举森林方法、提升树方法、广义回归套索方法、广义回归弹性网络方法、广义回归岭方法、名义逻辑方法、支持向量机方法、判别方法或其组合。在一些实施方案中，算法是或衍生自决策树方法、神经增强方法、自举森林方法、提升树方法、支持向量机方法或其组合。
另外的算法可以用于本文提供的方法中，并且上文提供的算法仅仅是可以用于生成ATTR生物标记物评分的算法类型的示例。示例性算法已例如通过Duda，2001，PatternClassification，John Wiley&Sons，Inc.，New York.，第396-408页和第411-412页；以及Hastie等人，2001，The Elements of Statistical Learning，Springer-Verlag，NewYork，第9章进行描述，所述参考文献各自在此通过引用并入。此外，如上文指示的，算法的组合可以用于本文提供的方法中。例如，提升树方法可以是决策树方法和提升方法的组合。进一步的组合是可能的并且考虑用于本文提供的方法中。下文描述了可以用于本文提供的方法中的示例性算法。
决策树
可以用于由ATTR生物标记物概况计算ATTR生物标记物评分的一种方法是决策树。可以使用训练群体和特异性数据分析算法来构建决策树。决策树一般通过Duda，2001，Pattern Classification，John Wiley&Sons，Inc.，New York.第395-396页进行描述，所述参考文献在此通过引用并入。基于树的方法将特征空间划分成一组矩形，然后在每一个矩形中拟合一个模型(如常数)。
训练群体数据可以包括跨越训练集群体的ATTR生物标记物概况(例如，包括样品中的一种或多种ATTR生物标记物的水平)。可以用于构建决策树的一种特异性算法是分类和回归树(CART)。其它特异性决策树算法包括但不限于ID3、C4.5、MART和随机森林。CART、ID3和C4.5在Duda，2001，Pattern Classification，John Wiley&Sons，Inc.，New York.第396-408页和第411-412页进行描述，所述参考文献在此通过引用并入。CART、MART和C4.5在Hastie等人，2001，The Elements of Statistical Learning，Springer-Verlag，NewYork，第9章中进行描述，所述参考文献在此通过引用以其整体并入。随机森林在Breiman，1999，“Random Forests-Random Features，”Technical Report 567，StatisticsDepartment，U.C.Berkeley，September 1999中进行描述，所述参考文献在此通过引用以其整体并入。
决策树的目的是由现实世界的示例数据归纳分类器(树)。该树可以用于对尚未用于导出决策树的未见过的实例进行分类。因此，可以由训练数据导出决策树。示例性训练数据含有关于多个受试者(例如，训练群体)的数据。可以对于每个分别的受试者提供和/或使用ATTR生物标记物概况。在一些实施方案中，训练数据包括训练群体的ATTR生物标记物概况。
下述算法描述了示例性决策树推导：
树(实例、类别、特征)
创建根节点
如果所有实例都具有相同的类别值，则对根给予该标签
否则，如果特征是空的，则根据最常见的值标记根
否则，开始
计算关于每个特征的信息增益
选择具有最高信息增益的特征A并将这作为根特征
对于这种特征的每个可能值v
在根下方添加对应于A＝v的一个新分支
让实例(v)成为具有A＝v的那些实例
如果实例(v)是空的，则将新分支作为用实例中最常见的值标记的叶节点
否则让新分支成为通过以下创建的树
树(实例(v)、类别、特征-{A})
结束
在单变量决策树中，每次拆分都基于关于相应生物标记物的特征值(例如，水平)。进一步地，可以在本文描述的方法中实现多变量决策树。多变量决策树在Duda，2001，Pattern Classification，John Wiley&Sons，Inc.，New York，第408-409页中进行描述，所述参考文献在此通过引用并入。在此类多变量决策树中，一些或所有决策包括关于ATTR概况的多个ATTR生物标记物的特征值(例如水平)的线性组合。此类线性组合可以使用已知技术例如关于分类的梯度下降或通过使用误差平方和准则进行训练。
作为说明性实例，使用下述表达式：
0.05(X1)+0.2(X2)＜500
在此实例中，X1和X2指关于两种不同ATTR生物标记物的两个不同特征(例如，水平)。为了应用该方法，特征X1和X2的值(例如，作为ATTR生物标记物概况的部分)从得自未分类受试者的测量获得。然后将这些值***方程内。如果计算出小于500的值，则采取决策树中的第一分支。否则，采取决策树中的第二分支。
装袋、提升和叠加树可以与决策方法组合，以改善弱决策规则。这些技术对于决策树进行设计并且通常应用于决策树，所述决策树例如上述决策树。另外，此类技术还可以用于使用其它类型的数据分析算法例如线性判别分析开发的决策规则。
在装袋中，对训练集进行采样，生成随机独立的自举复制，对这些自举复制各自构建决策规则，并且通过最终决策规则中的简单多数表决来聚合其。参见例如，Breiman，1996，Machine Learning 24，123-140；以及Efron&Tibshirani，An Introduction toBoostrap，Chapman&Hall，New York，1993，其在此通过引用以其整体并入。
在提升中，决策规则在训练集的加权版本上进行构建，其取决于先前的分类结果。最初，处于考虑之下的所有特征都具有相等的权重，并且第一个决策规则在此数据集上进行构建。然后，根据决策规则的性能改变权重。错误分类的特征获得更大的权重，并且下一个决策规则在重新加权的训练集上得到增强。以这种方式，获得了一系列训练集和决策规则，其然后通过简单多数表决或加权的多数表决在最终的决策规则中组合。参见例如，Freund&Schapire，“Experiments with a new boosting algorithm,”Proceedings 13thInternational Conference on Machine Learning，1996，148-156，其在此通过引用以其整体并入。
本文公开的方法、***、试剂盒和组合物中使用的测量数据任选地进行标准化。标准化指校正例如所测定的基因量或蛋白质水平中的差异以及所使用的模板质量中的变异性的过程，以去除基因或蛋白质表达的处理和检测中涉及的***变异测量的不需要的来源。***变异的其它来源可归于实验室处理条件。
在一些情况下，标准化方法用于实验室处理条件的标准化。可以与本公开的方法一起使用的实验室处理的标准化的非限制性实例包括但不限于：考虑在数据生成过程期间使用的仪器、试剂和设备之间的***差异，和/或在数据收集中的日期和时间或时效终止。
测定可以通过掺入某些标准化标准基因或蛋白质的表达来提供标准化，所述标准化基因或蛋白质在有关条件下的表达水平方面并无显著差异，也就是说，已知它们在该特定的样品类型中具有稳定且一致的表达水平。可以与本公开一起使用的合适的标准化基因和蛋白质包括管家基因。(参见例如，E.Eisenberg等人，Trends in Genetics 19(7)：362-365(2003)。在一些应用中，已知标准化生物标记物(基因和蛋白质)，也被称为参考基因，与没有TTR-CM的对照受试者相比，在患有TTR-CM的受试者中并不显示出显著不同的表达水平。在一些应用中，添加稳定同位素标记的标准可能是有用的，所述标准可以使用且表示用于数据标准化中的具有已知性质的实体。
在其它应用中，可以用每个分析分批测量标准的固定样品，以负责仪器和日常测量的变异性。
用于次级选择区别性生物标记物和任选地受试者特征以及用于构建分类模型的机器学习算法用于本文的一些方法和***中，以确定临床结果评分。上文描述了此类算法的实例。这些算法可以帮助选择重要的生物标记物特征，并且将基础测量转化成与例如临床结果、疾病风险、疾病可能性、疾病存在或不存在、治疗应答和/或疾病状态分类相关的评分或概率。
ATTR生物标记物评分可以通过将受试者特异性ATTR生物标记物概况与参考ATTR生物标记物概况进行比较来确定。参考ATTR生物标记物概况可以代表已知的诊断。例如，ATTR生物标记物概况可以代表TTR-CM的阳性诊断。作为另一个实例，参考ATTR生物标记物概况可以代表TTR-CM的阴性诊断。在一些情况下，评分的增加指示了以下一种或多种的可能性增加：不良临床结果、良好临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全应答、部分应答、稳定疾病、无应答和用于疾病管理的推荐治疗。在一些情况下，定量评分的减少指示了以下一种或多种的可能性增加：不良临床结果、良好临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全应答、部分应答、稳定疾病、无应答和用于疾病管理的推荐治疗。
来自受试者与参考ATTR生物标记物概况相似的ATTR生物标记物概况经常指示了以下一种或多种的可能性增加：不良临床结果、良好临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全应答、部分应答、稳定疾病、无应答和用于疾病管理的推荐治疗。在一些应用中，在受试者和参考之间不同的ATTR生物标记物概况指示了以下一种或多种：不良临床结果、良好临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全应答、部分应答、稳定疾病、无应答和用于疾病管理的推荐治疗的可能性增加。
结果可以提供给受试者、医疗保健专业人员或其它专业人员。结果任选地附有健康建议，例如如使用一种或多种心肌病测试确认或独立地评价TTR-CM风险的建议。
建议任选地包括与治疗方案有关的信息，例如指示治疗方案的信息。在一些情况下，可以通过比较受试者在第一时间点(任选地在治疗之前)和稍后的第二时间点(任选地在治疗实例之后)的ATTR生物标记物概况来评价方案的功效。ATTR生物标记物概况可以相互比较，各自与参考比较，或以其它方式进行评价，以便确定治疗方案是否证实功效，使得它应该继续、增加、用替代方案替换或停止，由于它成功解决了TTR-CM或者相关体征和症状。一些评价依赖于受试者在多重时间点(例如在治疗之前的至少一个时间点和在治疗之后的至少一个时间点)的ATTR生物标记物概况的比较。ATTR生物标记物概况可以将一种与另一种进行比较或与至少一种参考生物标记物实验对象组水平进行比较，或者两者相互比较以及与至少一种参考生物标记物实验对象组水平进行比较。
用于转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病的治疗
用于ATTR型淀粉样变性的治疗方法包括降低TTR的产生，抑制或降低TTR的聚集，抑制或降低TTR原纤维或淀粉样蛋白的形成，降低或清除TTR沉积物，并且稳定TTR的无毒构象(例如四聚体形式)。在一些实施方案中，本文公开的方法进一步包括检测从受试者中获得的样品中的一种或多种ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)中的每一种的水平，并且向诊断的受试者施用有效量的转甲状腺素蛋白(TTR)稳定剂。在一些实施方案中，TTR稳定剂是氯苯唑酸。
在一些实施方案中，本公开包括用于选择用TTR稳定剂治疗的患者的方法，其包括检测从受试者中获得的样品中的一种或多种ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)中的每一种的水平的步骤。
在一些实施方案中，本公开包括治疗处于TTR-CM的风险中或患有TTR-CM的受试者中的TTR-CM的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的TTR稳定剂，其中所述受试者表达高于阈值的ATTR生物标记物或ATTR生物标记物基因产物的水平。在一些实施方案中，治疗处于TTR-CM的风险中或患有TTR-CM的受试者中的TTR-CM的方法包括向受试者施用治疗有效量的TTR稳定剂，其中所述受试者表达高于阈值的多于一种ATTR生物标记物或ATTR生物标记物基因产物的水平。在一些实施方案中，该方法进一步包括确定受试者表达高于阈值的ATTR生物标记物或ATTR生物标记物基因产物的水平。在一些实施方案中，在施用之前，已确定受试者表达高于阈值的ATTR生物标记物或ATTR生物标记物基因产物的水平。
在一些实施方案中，本文公开的生物标记物可以用于对于ATTR型淀粉样变性和TTR-CM的有效疗法筛查患者。在一些实施方案中，用于TTR-CM的疗法是TTR四聚体的稳定剂。TTR稳定剂的实例包括氯苯唑酸和二氟尼柳。
另一种治疗方法是降低总TTR产生。例如，基于反义寡核苷酸(ASO)的疗法和RNA干扰(RNAi)是降低总TTR的治疗方法。ISIS-TTRRx是一种基于ASO的疗法，其引起TTR转录物的野生型和突变形式两者的破坏。其它可能的治疗剂包括ALN-TTR02(Patisiran)、ALN-TTRsc(Revurisan)、多西环素、牛磺熊去氧胆酸(TUDCA)、多西环素和TUDCA的组合、表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)、姜黄素或白藜芦醇。靶向TTR的抗体也可以用作疗法；例如通过抗体介导的TTR聚集和原纤维形成的抑制；抗体介导的TTR无毒构象(例如四聚体形式)的稳定；或抗体介导的聚集TTR、寡聚TTR或单体TTR的清除。另外，针对TTR抗体可以与治疗剂偶联或缀合，例如以靶向TTR。
试剂盒
通过本公开还提供了试剂盒，其包括一种或多种抗ATTR生物标记物试剂和使用说明书(例如，治疗、预防或诊断用途)。在一些实施方案中，试剂盒用于体外诊断测定，以诊断TTR-CM(包括起因于野生型ATTR淀粉样变性的TTR-CM)。在一些实施方案中，本公开的试剂盒进一步包括TTR稳定剂(例如，氯苯唑酸)。
在一些实施方案中，一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗体试剂。在一些实施方案中，一种或多种抗体试剂用可检测部分进行标记。在一些实施方案中，试剂盒进一步包括检测试剂(例如，一种或多种吖啶酯分子)。在一些实施方案中，一种或多种抗体试剂用一种或多种吖啶酯分子进行标记。在一些实施方案中，试剂盒进一步包括特异性结合一种或多种抗ATTR生物标记物抗体试剂的一种或多种二抗试剂。
在一些实施方案中，一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括核酸探针。在一些实施方案中，每种核酸探针的至少一部分与编码ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)的核苷酸的一个或多个部分杂交。编码ATTR生物标记物的核苷酸可以是DNA(例如cDNA)或RNA(例如mRNA)。在一些实施方案中，核酸探针用一种或多种检测试剂进行标记(例如，其中所述检测试剂指示了编码ATTR生物标记物的核苷酸的存在)。
在一些实施方案中，试剂盒进一步包括一个或多个对照样品。在一些实施方案中，对照样品包括一种或多种ATTR生物标记物标准品。在一些实施方案中，ATTR生物标记物标准品包括重组ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)。在一些实施方案中，ATTR生物标记物标准品包括合成的ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)核酸。
除上文之外，试剂盒还可以包括其它成分，例如溶剂或缓冲剂、稳定剂或防腐剂、和/或用于治疗本文所述的状况或病症的药剂。可替代地，其它成分可以包括在试剂盒中，但在与抗ATTR生物标记物试剂不同的组合物或容器中。在此类实施方案中，试剂盒可以包括用于混合抗ATTR生物标记物试剂和其它成分，或者关于将抗ATTR生物标记物连同其它成分一起使用的说明书。
在某些实施方案中，用于按照本公开使用的试剂盒可以包括参考或对照样品、用于处理样品的说明书、对样品执行测试、用于解释结果的说明书、缓冲液和/或对于执行测试所必需的其它试剂。
本公开还提供了以下认识：某些单一ATTR生物标记物可以帮助检测和/或诊断ATTR型淀粉样变性或TTR-CM。本公开进一步提供了以下见解：ATTR生物标记物的特定组合对于检测和/或诊断ATTR型淀粉样变性或TTR-CM尤其有用。因此，本文描述的方法、组合物和试剂盒可以用于测定，以评价TTR-CM的风险，评价受试者是否应该经历进一步的心脏测试，和/或基于样品例如从受试者中获得的生物样品中的ATTR生物标记物的检测或测量来诊断TTR-CM。
本文提供的方法和试剂盒能够检测样品中的TTR-CM，其灵敏度和特异性致使测试结果足够可靠以是医学上可行的。本文所述的用于检测和/或诊断受试者中的TTR-CM的方法和试剂盒以大于75％、大于80％、大于85％、大于90％、大于95％、大于96％、大于97％、大于98％、大于99％或约100％的灵敏度检测TTR-CM。在一些实施方案中，本文提供的方法和试剂盒可以以约70％-100％之间、约80％-100％之间、或约90-100％之间的灵敏度检测TTR-CM。在一些实施方案中，本文提供的方法和试剂盒可以以大于70％、大于75％、大于80％、大于85％、大于90％、大于95％、大于96％、大于97％、大于98％、大于99％或约100％的特异性检测TTR-CM。在一些实施方案中，本文提供的方法和试剂盒可以以约50％-100％之间、约60％-100％之间、约70％-100％之间、约80％-100％之间、或约90-100％之间的特异性检测TTR-CM。在一些实施方案中，本文提供的方法和试剂盒可以以50％或更大、60％或更大、70％或更大、75％或更大、80％或更大、85％或更大、90％或更大的灵敏度和特异性检测TTR-CM。在一些实施方案中，本文提供的方法和试剂盒可以以约50％-100％之间、约60％-100％之间、约70％-100％之间、约80％-100％之间、或约90-100％之间的灵敏度和特异性检测TTR-CM。
组合物
本文还提供了组合物。在一些实施方案中，组合物包括一种或多种ATTR生物标记物和一种或多种抗ATTR生物标记物试剂。在一些实施方案中，一种或多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合，并且一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂、抗PKM1试剂、抗PKM2试剂、抗NT-proBNP试剂、抗RBP4试剂、抗TIMP2试剂、抗NfL试剂或其组合。
在一些实施方案中，组合物包括ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种等)和抗ATTR生物标记物试剂的相应组合。
在一些实施方案中，组合物包括两种或更多种ATTR生物标记物和两种或更多种抗ATTR生物标记物试剂。在一些实施方案中，两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合，并且两种或更多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂、抗PKM1试剂、抗PKM2试剂、抗NT-proBNP试剂、抗RBP4试剂、抗TIMP2试剂、抗NfL试剂或其组合。
在一些实施方案中，组合物包括三种或更多种ATTR生物标记物和三种或更多种抗ATTR生物标记物试剂。在一些实施方案中，三种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合。在一些实施方案中，三种或更多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂、抗PKM1试剂、抗PKM2试剂、抗NT-proBNP试剂、抗RBP4试剂、抗TIMP2试剂、抗NfL试剂或其组合。
在一些实施方案中，组合物包括四种或更多种ATTR生物标记物和四种或更多种抗ATTR生物标记物试剂。在一些实施方案中，四种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合。在一些实施方案中，四种或更多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂、抗PKM1试剂、抗PKM2试剂、抗NT-proBNP试剂、抗RBP4试剂、抗TIMP2试剂、抗NfL试剂或其组合。
在一些实施方案中，组合物包括五种或更多种ATTR生物标记物和五种或更多种抗ATTR生物标记物试剂。在一些实施方案中，五种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合。在一些实施方案中，五种或更多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂、抗PKM1试剂、抗PKM2试剂、抗NT-proBNP试剂、抗RBP4试剂、抗TIMP2试剂、抗NfL试剂或其组合。
在一些实施方案中，组合物包括ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)和抗ATTR生物标记物试剂的相应组合。在一些实施方案中，组合物包括来自表2-5的ATTR生物标记物的组合和抗ATTR生物标记物试剂的相应组合。在一些实施方案中，组合物包括来自表2的ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)和抗ATTR生物标记物试剂的相应组合。在一些实施方案中，来自表3的ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)和抗ATTR生物标记物试剂的相应组合。在一些实施方案中，来自表4的ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)和抗ATTR生物标记物试剂的相应组合。在一些实施方案中，来自表5的ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)和抗ATTR生物标记物试剂的相应组合。
在一些实施方案中，组合物包括TnI和抗TnI试剂。在一些实施方案中，组合物包括TnI、PKM1、抗TnI试剂和抗PKM1试剂。在一些实施方案中，组合物包括TnI、PKM2、抗TnI试剂和抗PKM2试剂。在一些实施方案中，组合物包括TnI、PKM1、PKM2、抗TnI试剂、抗PKM1试剂和抗PKM2试剂。在一些实施方案中，组合物包括NT-proBNP、RBP4或两者，以及抗NT-proBNP试剂、抗RBP4试剂或两者。在一些实施方案中，组合物包括TIMP2、NfL或两者，以及抗TIMP2试剂、抗NfL试剂或两者。
在一些实施方案中，组合物包括NT-proBNP和抗NT-proBNP试剂。在一些实施方案中，组合物包括TnI、PKM1、PKM2、RBP4或其组合，以及抗TnI试剂、抗PKM1试剂、抗PKM2试剂、抗RBP4试剂或其组合。在一些实施方案中，组合物包括TIMP2、NfL或两者，以及抗TIMP2试剂、抗NfL试剂或两者。
在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM2、NT-proBNP、RBP4、抗TnI试剂、抗PKM2试剂、抗NT-proBNP试剂和抗RBP4试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM2、NT-proBNP、抗TnI试剂、抗NT-proBNP试剂和抗RBP4试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM2、RBP4、抗TnI试剂、抗PKM2试剂和抗RBP4试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM1、NT-proBNP、抗TnI试剂、抗PKM1试剂和抗NT-proBNP试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM1、RBP4、抗TnI试剂、抗PKM1试剂和抗RBP4试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、抗TnI试剂、抗PKM1试剂、抗PKM2试剂、抗NT-proBNP试剂和抗RBP4试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、抗TnI试剂、抗PKM1试剂、抗PKM2试剂和抗NT-proBNP试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TnI、PKM1、PKM2、RBP4、抗TnI试剂、抗PKM1试剂、抗PKM2试剂和抗RBP4试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括NT-proBNP、RBP4、TnI、抗TnI试剂、抗NT-proBNP试剂和抗RBP4试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括RBP4、SMOC-2、TnI、抗TnI试剂、抗RBP4试剂和抗SMOC-2试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括DCN、NT-proBNP、TnI、抗TnI试剂、抗NT-proBNP试剂和抗DCN试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括DCN、RBP4、TnI、抗TnI试剂、抗RBP4试剂和抗DCN试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括NT-proBNP、SMOC-2、TnI、抗TnI试剂、抗NT-proBNP试剂剂和抗SMOC-2试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括NT-proBNP、TIMP2、TnI、抗TnI试剂、抗NT-proBNP试剂和抗TIMP2试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括NT-proBNP、TnI、抗TnI试剂和抗NT-proBNP试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括DCN、TnI、抗TnI试剂和抗DCN试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括DCN、TIMP2、TnI、抗TnI试剂、抗TIMP2试剂和抗DCN试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括RBP4、TnI、抗TnI试剂和抗RBP4试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括RBP4、TIMP2、TnI、抗TnI试剂、抗RBP4试剂和抗TIMP2试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括DCN、SMOC-2、TnI、抗TnI试剂、抗SMOC-2试剂和抗DCN试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括TIMP2、TnI、抗TnI试剂和抗TIMP2试剂。在一些实施方案中，ATTR生物标记物的组合(例如，一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种等)包括SMOC-2、TIMP2、TnI、抗TnI试剂、抗SMOC-2试剂和抗TIMP2试剂。
在一些实施方案中，本文提供的组合物中的一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗体试剂。在一些实施方案中，一种或多种抗体试剂用可检测部分进行标记。在一些实施方案中，试剂盒进一步包括检测试剂(例如，一种或多种吖啶酯分子)。在一些实施方案中，一种或多种抗体试剂用一种或多种吖啶酯分子进行标记。在一些实施方案中，试剂盒进一步包括特异性结合一种或多种抗ATTR生物标记物抗体试剂的一种或多种二抗试剂。
在一些实施方案中，本文提供的组合物中的一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括核酸探针。在一些实施方案中，每种核酸探针的至少一部分与编码ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)的核苷酸的一个或多个部分杂交。编码ATTR生物标记物的核苷酸可以是DNA(例如cDNA)或RNA(例如mRNA)。在一些实施方案中，核酸探针用一种或多种检测试剂进行标记(例如，其中所述检测试剂指示了编码ATTR生物标记物的核苷酸的存在)。
在一些实施方案中，组合物包括一个或多个对照样品。在一些实施方案中，对照样品包括一种或多种ATTR生物标记物标准品。在一些实施方案中，ATTR生物标记物标准品包括重组ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)。在一些实施方案中，ATTR生物标记物标准品包括合成的ATTR生物标记物(例如，TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP、RBP4、DCN、TIMP2、SMOC-2、NfL或其组合)核酸。
除上文之外，还可以包括其它成分，例如溶剂或缓冲剂、稳定剂或防腐剂、和/或用于治疗本文所述的状况或病症的药剂。
计算机***
本文描述的方法可以在具有处理器的计算机***中实现，所述处理器执行计算机程序中的特定指令。在一些实施方案中，计算机***可以被布置为基于接受ATTR生物标记物概况和/或两种或更多种ATTR生物标记物的水平来输出ATTR生物标记物评分。特别地，计算机程序可以包括用于***选择适当的后续步骤的指令，包括关于受试者的另外用药(例如，TTR稳定剂)、治疗和/或另外的测试(例如，心肌病测试)。
在一些实施方案中，计算机程序可以这样进行配置，使得计算机***可以鉴定用于进一步测试(例如，心肌病测试)的受试者，将受试者鉴定为处于TTR-CM的风险中或患有TTR-CM，和/或基于接受的数据(例如，ATTR生物标记物概况)鉴定接受用药(例如，TTR稳定剂)的受试者，并且使用该数据来计算ATTR生物标记物评分。***可能能够基于具有人口统计因素和/或基于成像的生物标记物的ATTR生物标记物概况对鉴定的后续步骤进行排序。***可能能够基于例如受试者或受试者的家庭成员的临床应答来调整排序，所述受试者患有或疑似患有TTR-CM。
图11是根据一个实施方案，可以在上述操作中使用的计算机***1100的方框图。***1100包括处理器1110、存储器1120、存储设备1130和输入/输出设备1140。部件1110、1120、1130和1140各自使用***总线1150进行互连。***可以包括用于确定样品中的一种或多种ATTR生物标记物水平的分析装置1160。
处理器1110能够处理用于在***1100内执行的指令。在一个实施方案中，处理器1110是单线程处理器。在另一个实施方案中，处理器1110是多线程处理器。处理器1110能够处理存储在存储器1120中或存储设备1130上的指令，包括用于通过输入/输出设备1140接受或发送信息。
存储器1120存储在***1100内的信息。在一个实施方案中，存储器1120是计算机可读介质。在一个实施方案中，存储器1120是易失性存储单元。在另一个实施方案中，存储器1120是非易失性存储单元。
存储设备1130能够对于***1100提供大容量存储。在一个实施方案中，存储设备1130是计算机可读介质。
输入/输出设备1140对于***1100提供输入/输出操作。在一个实施方案中，输入/输出设备1140包括键盘和/或点击设备。在一个实施方案中，输入/输出设备1140包括用于展示图形用户界面的显示单元。
***1100可以用于构建数据库。图12显示了用于构建数据库的方法1200的流程图，所述数据库用于鉴定用于进一步测试(例如心肌病测试)的受试者，将受试者鉴定为处于TTR-CM的风险中或患有TTR-CM，和/或鉴定接受用药(例如TTR稳定剂)的受试者。优选地，方法1200在***1100中执行。例如，计算机程序产品可以包括促使处理器1110执行方法1200或方法1300的步骤的指令。
方法1200包括下述步骤。在步骤1210中，接受受试者的ATTR生物标记物概况(例如，样品中的一种或多种ATTR生物标记物的水平)。***600中的计算机程序可以包括用于在输入/输出设备640上呈现合适的图形用户界面的指令，并且图形用户界面可以提示用户使用输入/输出设备640例如键盘来输入水平670。在步骤1220中，由ATTR生物标记物概况计算ATTR生物标记物评分。如本文所述的，在步骤1220中，由(i)ATTR生物标记物概况和(ii)人口统计因素和/或基于图像的生物标记物，来计算ATTR生物标记物评分。在步骤1230中，存储ATTR生物标记物评分。***600可以将ATTR生物标记物评分存储在存储设备630中。另外地或可替代地，***600可以提供包括ATTR生物标记物评分的读出。读出还可以包括对于受试者提议的后续步骤和/或与ATTR生物标记物评分相关的置信水平。
方法1300包括下述步骤。在步骤1310中，检测例如来自受试者的样品中的一种或多种ATTR生物标记物的水平。在步骤1320中，使用一种或多种ATTR生物标记物的水平来获得ATTR生物标记物概况。在步骤1330中，由ATTR生物标记物概况计算ATTR生物标记物评分。如本文所述的，在步骤1330中，由(i)ATTR生物标记物概况和(ii)人口统计因素和/或基于图像的生物标记物，来计算ATTR生物标记物评分。在步骤1340中，存储ATTR生物标记物评分。***600可以将ATTR生物标记物评分存储在存储设备630中。另外地或可替代地，***600可以提供包括ATTR生物标记物评分的读出。读出还可以包括对于受试者提议的后续步骤和/或与ATTR生物标记物评分相关的置信水平。
另外，提供了含有可执行指令的非暂时性计算机可读介质，当执行所述可执行指令时，促使处理器执行包括如本文提供的方法的操作。例如，非暂时性计算机可读介质含有可执行指令，其在执行时促使处理器执行包括上述1200或1300的方法的操作。
示例性编号实施方案
实施方案1.一种方法，其包括检测样品中的两种或更多种转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)生物标记物中的每一种的水平，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括：(i)肌钙蛋白I(TnI)、(ii)丙酮酸激酶肌肉同种型1(PKM1)、(iii)丙酮酸激酶肌肉同种型2(PKM2)、(iv)N末端激素B型利钠肽前体(NT-proBNP)、(v)视黄醇结合蛋白4(RBP4)、(vi)组织金属蛋白酶抑制剂2(TIMP2)、(vii)神经丝轻链(NfL)或(viii)其组合。
实施方案2.实施方案1的方法，检测样品中的三种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的水平，其中所述三种或更多种ATTR生物标记物包括：(i)TnI、(ii)PKM1、(iii)PKM2、(iv)NT-proBNP、(v)RBP4、(vi)TIMP2、(vii)NfL或(viii)其组合。
实施方案3.实施方案1或2的方法，检测样品中的四种或更多种ATTR生物标记物的水平，其中所述四种或更多种ATTR生物标记物包括：(i)TnI、(ii)PKM1、(iii)PKM2、(iv)NT-proBNP、(v)RBP4、(vi)TIMP2、(vii)NfL或(viii)其组合。
实施方案4.一种方法，其包括检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物的水平，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI。
实施方案5.实施方案4的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI和PKM1。
实施方案6.实施方案4的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI和PKM2。
实施方案7.实施方案4的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1和PKM2。
实施方案8.实施方案4-7中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物进一步包括NT-proBNP、RBP4或两者。
实施方案9.实施方案4-8中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物进一步包括TIMP2、NfL或两者。
实施方案10.一种方法，其包括检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物的水平，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括NT-proBNP。
实施方案11.实施方案4-7中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物进一步包括TnI、PKM1、PKM2、RBP4或其组合。
实施方案12.实施方案4-8中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物进一步包括TIMP2、NfL或两者。
实施方案13.一种方法，其包括：
(a)检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物的水平，以获得ATTR生物标记物概况；和
(b)使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分。
实施方案14.实施方案13的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括：(i)TnI、(ii)PKM1、(iii)PKM2、(iv)NT-proBNP、(v)RBP4、(vi)TIMP2、(vii)NfL或(viii)其组合。
实施方案15.实施方案13或14的方法，检测样品中的三种或更多种ATTR生物标记物的水平，其中所述三种或更多种ATTR生物标记物包括：(i)TnI、(ii)PKM1、(iii)PKM2、(iv)NT-proBNP、(v)RBP4、(vi)TIMP2、(vii)NfL或(viii)其组合。
实施方案16.实施方案13-15中任何一个的方法，检测样品中的四种或更多种ATTR生物标记物的水平，其中所述四种或更多种ATTR生物标记物包括：(i)TnI、(ii)PKM1、(iii)PKM2、(iv)NT-proBNP、(v)RBP4、(vi)TIMP2、(vii)NfL或(viii)其组合。
实施方案17.实施方案13-16中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI。
实施方案18.实施方案13-17中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI和PKM1。
实施方案19.实施方案13-18中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI和PKM2。
实施方案20.实施方案13-19中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1和PKM2。
实施方案21.实施方案17-20中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物进一步包括NT-proBNP、RBP4或两者。
实施方案22.实施方案17-21中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物进一步包括TIMP2、NfL或两者。
实施方案23.实施方案13-16中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括NT-proBNP。
实施方案24.实施方案23的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物进一步包括TnI、PKM1、PKM2、RBP4或其组合。
实施方案25.实施方案23或24的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物进一步包括TIMP2、NfL或两者。
实施方案26.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、NT-proBNP和RBP4，或由TnI、PKM1、NT-proBNP和RBP4组成。
实施方案27.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1和RBP4，或由TnI、PKM1和RBP4组成。
实施方案28.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1和NT-proBNP，或由TnI、PKM1和NT-proBNP组成。
实施方案29.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM2、NT-proBNP和RBP4，或由TnI、PKM2、NT-proBNP和RBP4组成。
实施方案30.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM2和RBP4，或由TnI、PKM2和RBP4组成。
实施方案31.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM2和NT-proBNP，或由TnI、PKM2和NT-proBNP组成。
实施方案32.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP和RBP4，或由TnI、PKM1、PKM2、NT-proBNP和RBP4组成。
实施方案33.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1、PKM2和RBP4，或由TnI、PKM1、PKM2和RBP4组成。
实施方案34.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、NT-proBNP和RBP4，或由TnI、NT-proBNP和RBP4组成。
实施方案35.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、NT-proBNP和TIMP2，或由TnI、NT-proBNP和TIMP2组成。
实施方案36.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI和NT-proBNP，或由TnI和NT-proBNP组成。
实施方案37.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI和RBP4，或由TnI和RBP4组成。
实施方案38.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI、RBP4和TIMP2，或由TnI、RBP4和TIMP2组成。
实施方案39.实施方案1的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括TnI和TIMP2，或由TnI和TIMP2组成。
实施方案40.实施方案1-3、4、6、8、9、10-12、13-17、19和21-25中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物不包括PKM1。
实施方案41.实施方案1-3、4、5、8、9、10-12、13-18和21-25中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物不包括PKM2。
实施方案42.实施方案1-3、4、8、9、10-12、13-17和21-25中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物不包括PKM1或PKM2。
实施方案43.实施方案1-42中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物不包括SMOC-2。
实施方案44.实施方案1-42中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物不包括DCN。
实施方案45.实施方案1-42中任何一个的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物不包括SMOC-2或DCN。
实施方案46.实施方案1-45中任何一个的方法，其中所述方法是确定受试者发展转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)的风险的方法，并且所述样品从受试者中获得。
实施方案47.实施方案1-45中任何一个的方法，其中所述方法是诊断受试者患有TTR-CM的方法，并且所述样品从受试者中获得。
实施方案48.实施方案1-45中任何一个的方法，其中所述方法是治疗处于TTR-CM的风险中或患有TTR-CM的受试者中的TTR-CM的方法。
实施方案49.实施方案46-48中任何一个的方法，其中TTR-CM起因于野生型转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTRwt)。
实施方案50.实施方案46-49中任何一个的方法，其中所述受试者通过基因测试对于家族性淀粉样心肌病(ATTRm)测试呈阴性。
实施方案51.实施方案1-45中任何一个的方法，其中所述方法是选择接受TTR稳定剂的一个或多个剂量的受试者的方法，并且所述样品从受试者中获得。
实施方案52.实施方案51的方法，其中所述方法进一步包括向受试者施用TTR稳定剂的一个或多个剂量。
实施方案53.实施方案1-45中任何一个的方法，其中所述方法是选择受试者用于一种或多种心肌病测试的方法，并且所述样品从受试者中获得。
实施方案54.实施方案53的方法，其中所述一种或多种心肌病测试包括超声心动图、先进成像方法或两者。
实施方案55.实施方案54的方法，其中所述先进成像方法包括心脏磁共振成像(CMR)、闪烁扫描术或两者。
实施方案56.实施方案55的方法，其中闪烁扫描术包括使用放射性同位素缀合物，例如977Tc-焦磷酸盐。
实施方案57.实施方案55或56的方法，其中闪烁扫描术使用单光子发射计算机断层扫描(SPECT)来执行。
实施方案58.实施方案1-45中任何一个的方法，其中所述方法是确定患者并不患有TTR-CM或并不处于发展TTR-CM的风险中的方法。
实施方案59.实施方案1-57中任何一个的方法，其中所述样品是或包括生物样品。
实施方案60.实施方案59的方法，其中所述生物样品包括血液、血清、血浆或心脏组织。
实施方案61.实施方案1-60中任何一个的方法，其中所述样品从受试者中获得。
实施方案62.实施方案61的方法，其中所述受试者是人。
实施方案63.实施方案61或62的方法，其中所述受试者患有转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)或处于发展转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)的风险中。
实施方案64.实施方案46-63中任何一个的方法，其中所述受试者至少65岁。
实施方案65.实施方案1-64中任何一个的方法，其中检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物的水平的步骤包括检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的存在、不存在、水平或基因型。
实施方案66.实施方案1-65中任何一个的方法，其中检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物的水平的步骤包括执行质谱法。
实施方案67.实施方案1-66中任何一个的方法，其中检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物的水平的步骤包括测量化学发光。
实施方案68.实施方案1-67中任何一个的方法，其中检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物的水平的步骤包括检测样品中的编码两种或更多种ATTR生物标记物的两种或更多种核苷酸。
实施方案69.实施方案68的方法，其中检测编码两种或更多种ATTR生物标记物的两种或更多种核苷酸包括执行核酸扩增方法。
实施方案70.实施方案69的方法，其中所述核酸扩增方法选自聚合酶链反应(PCR)、逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、转录介导的扩增(TMA)、连接酶链反应(LCR)、链置换扩增(SDA)和基于核酸序列的扩增(NASBA)。
实施方案71.实施方案68-70中任何一个的方法，其中检测编码两种或更多种ATTR生物标记物的两种或更多种核苷酸包括检测两种或更多种核酸探针与编码两种或更多种ATTR生物标记物的两种或更多种核苷酸之间的杂交。
实施方案72.实施方案71的方法，其中所述两种或更多种核酸探针各自与编码两种或更多种ATTR生物标记物的两种或更多种核苷酸之一的至少一部分互补。
实施方案73.实施方案68-72中任何一个的方法，其中编码两种或更多种ATTR生物标记物的核苷酸是DNA。
实施方案74.实施方案73的方法，其中所述DNA是cDNA。
实施方案75.实施方案68-72中任何一个的方法，其中编码两种或更多种ATTR生物标记物的核苷酸是RNA。
实施方案76.实施方案1-75中任何一个的方法，其中检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物的水平的步骤包括执行免疫测定。
实施方案77.实施方案76的方法，其中所述免疫测定是化学发光免疫测定。
实施方案78.实施方案76或77的方法，其中所述免疫测定选自免疫沉淀；蛋白质印迹；ELISA；免疫组织化学；免疫细胞化学；流式细胞术；以及免疫PCR。
实施方案79.实施方案76-78中任何一个的方法，其中所述免疫测定是ELISA。
实施方案80.实施方案76-79中任何一个的方法，其中所述免疫测定是高通量和/或自动化免疫测定平台。
实施方案81.实施方案1-80中任何一个的方法，其中检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物的水平包括使样品与两种或更多种抗ATTR生物标记物抗体试剂接触。
实施方案82.实施方案1-81中任何一个的方法，其中检测从受试者中获得的样品中的两种或更多种ATTR生物标记物的水平包括使样品与两种或更多种检测试剂接触。
实施方案83.实施方案82的方法，其中所述两种或更多种抗ATTR生物标记物抗体试剂用两种或更多种检测试剂进行标记。
实施方案84.实施方案82或83的方法，其中所述两种或更多种检测试剂是两种或更多种吖啶酯分子。
实施方案85.实施方案1-84中任何一个的方法，其中检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物的水平包括检测两种或更多种ATTR生物标记物与两种或更多种抗ATTR生物标记物抗体试剂之间的结合。
实施方案86.实施方案85的方法，其中检测两种或更多种ATTR生物标记物与两种或更多种抗ATTR生物标记物抗体试剂之间的结合包括执行免疫细胞化学(ICC)。
实施方案87.实施方案85或86的方法，其中检测两种或更多种ATTR生物标记物与两种或更多种抗ATTR生物标记物抗体试剂之间的结合包括确定至少一种ATTR生物标记物吸光度值或发射值。
实施方案88.实施方案1-87的方法，其中检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物的水平包括检测两种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的水平，其中所述方法进一步包括将两种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的水平与关于分别ATTR生物标记物的阈值进行比较，并且其中检测到的一种或多种ATTR生物标记物中的每一种的水平高于关于分别ATTR生物标记物的阈值。
实施方案89.实施方案88的方法，其进一步包括如果一种或多种ATTR生物标记物中的每一种的水平高于关于分别ATTR生物标记物的阈值，则确定受试者患有TTR-CM或处于发展TTR-CM的风险中。
实施方案90.实施方案88或89的方法，其进一步包括如果一种或多种ATTR生物标记物中的每一种的水平高于关于分别ATTR生物标记物的阈值，则诊断受试者患有TTR-CM。
实施方案91.实施方案88-90中任何一个的方法，其进一步包括如果一种或多种ATTR生物标记物中的每一种的水平高于关于分别ATTR生物标记物的阈值，则推荐受试者用于一种或多种心肌病测试。
实施方案92.实施方案88-91中任何一个的方法，其中所述一种或多种ATTR生物标记物中的每一种的水平是关于分别ATTR生物标记物的阈值的至少1.3、至少1.4、至少1.5、至少1.6、至少1.7、至少1.8倍或至少1.9倍。
实施方案93.实施方案88-92中任何一个的方法，其中关于ATTR生物标记物的阈值是对于两个或更多个对照样品检测到的ATTR生物标记物的值的平均值。
实施方案94.实施方案93的方法，其中所述两个或更多个对照样品各自是从并未患有ATTR型淀粉样变性的受试者中获得的样品。
实施方案95.实施方案88-92中任何一个的方法，其中关于ATTR生物标记物的阈值是标准表中报告的值。
实施方案96.实施方案88-92中任何一个的方法，其进一步包括如果一种或多种ATTR生物标记物中的每一种的水平高于阈值，并且受试者在一种或多种心肌病测试中对于心肌病测试呈阳性，则推荐所述受试者用于心脏活组织检查。
实施方案97.实施方案13-87中任何一个的方法，其中使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分包括将算法应用于ATTR生物标记物概况，以计算ATTR生物标记物评分，其中所述算法是决策树算法、神经增强算法、自举森林算法、提升树算法、K最近邻算法、广义回归前向选择算法、广义回归修剪前向选择算法、逐步拟合算法、广义回归套索算法、广义回归弹性网络算法、广义回归岭算法、名义逻辑算法、支持向量机算法、判别算法或朴素贝叶斯算法。
实施方案98.实施方案13-87和97中任何一个的方法，其中使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分包括将算法应用于ATTR生物标记物概况，以计算ATTR生物标记物评分，其中所述算法是决策树算法、神经增强算法、自举森林算法、提升树算法、广义回归套索算法、广义回归弹性网络算法、广义回归岭算法、名义逻辑算法、支持向量机算法或判别算法。
实施方案99.实施方案13-87、97和98中任何一个的方法，其中使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分包括将算法应用于ATTR生物标记物概况，以计算ATTR生物标记物评分，其中所述算法是决策树算法、神经增强算法、自举森林算法、提升树算法或支持向量机算法。
实施方案100.实施方案13-87和97-99中任何一个的方法，其进一步包括使用ATTR生物标记物评分来确定得出所述样品的受试者是否处于TTR-CM的风险中或患有TTR-CM。
实施方案101.实施方案13-87和97-100中任何一个的方法，其进一步包括使用ATTR生物标记物评分来确定是否选择得出所述样品的受试者用于一种或多种心肌病测试。
实施方案102.实施方案13-87和97-101中任何一个的方法，其进一步包括使用ATTR生物标记物评分来确定是否选择得出所述样品的受试者来接受TTR稳定剂的一个或多个剂量。
实施方案103.实施方案1-102中任何一个的方法，其进一步包括来自受试者的活组织检查组织的免疫化学染色。
实施方案104.实施方案88的方法，其中所述活组织检查组织包括心脏活组织检查组织。
实施方案105.实施方案88或89的方法，其中免疫化学染色包括使用针对心脏组织中的κ或λ轻链淀粉样蛋白沉积物的两种或更多种抗体试剂和/或针对转甲状腺素蛋白沉积物的两种或更多种抗体试剂。
实施方案106.实施方案88-90中任何一个的方法，其进一步包括如果免疫化学染色指示了心脏组织中存在转甲状腺素蛋白沉积物，则诊断受试者患有TTR-CM。
实施方案107.一种方法，其包括：
(a)检测从受试者中获得的样品中的两种或更多种ATTR生物标记物的水平，以获得ATTR生物标记物概况；和
(b)使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分，
其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包括：(i)TnI、(ii)PKM1、(iii)PKM2、(iv)NT-proBNP、(v)RBP4、(vi)TIMP2、(vii)NfL或(viii)其组合，和
其中使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分包括将算法应用于ATTR生物标记物概况，以计算ATTR生物标记物评分，其中所述算法是决策树算法、神经增强算法、自举森林算法、提升树算法或支持向量机算法。
实施方案108.实施方案107的方法，其中所述受试者是人受试者。
实施方案109.实施方案107或108的方法，其中所述受试者至少65岁。
实施方案110.实施方案107-109中任何一个的方法，其中所述样品包括血液、血清、血浆或心脏组织。
实施方案111.实施方案107-110中任何一个的方法，其进一步包括使用ATTR生物标记物评分来确定得出所述样品的受试者是否处于TTR-CM的风险中或患有TTR-CM。
实施方案112.实施方案107-111中任何一个的方法，其进一步包括使用ATTR生物标记物评分来确定受试者发展转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)的风险。
实施方案113.实施方案107-112中任何一个的方法，其进一步包括使用ATTR生物标记物评分来诊断受试者患有TTR-CM。
实施方案114.实施方案113的方法，其中TTR-CM起因于野生型转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTRwt)。
实施方案115.实施方案107-114中任何一个的方法，其进一步包括使用ATTR生物标记物评分来确定是否选择得出所述样品的受试者用于一种或多种心肌病测试。
实施方案116.实施方案115的方法，其中所述一种或多种心肌病测试包括超声心动图、先进成像方法或两者。
实施方案117.实施方案116的方法，其中所述先进成像方法包括心脏磁共振成像(CMR)、闪烁扫描术或两者。
实施方案118.实施方案117的方法，其中闪烁扫描术包括使用放射性同位素缀合物，例如99mTc-焦磷酸盐。
实施方案119.实施方案117或118的方法，其中闪烁扫描术使用单光子发射计算机断层扫描(SPECT)来执行。
实施方案120.实施方案107-119中任何一个的方法，其进一步包括使用ATTR生物标记物评分来确定是否选择得出所述样品的受试者来接受TTR稳定剂的一个或多个剂量。
实施方案121.实施方案120的方法，其中所述方法进一步包括向受试者施用TTR稳定剂的一个或多个剂量。
实施方案122.一种含有可执行指令的非暂时性计算机可读介质，所述可执行指令在执行时促使处理器执行包括实施方案1-121中任何一个的方法的操作。
实施方案123.一种组合物，其包括：
(a)一种或多种ATTR生物标记物，其中所述一种或多种ATTR生物标记物包括：(i)TnI、(ii)PKM1、(iii)PKM2、(iv)NT-proBNP、(v)RBP4、(vi)TIMP2、(vii)NfL或(viii)其组合；和
(b)一种或多种抗ATTR生物标记物试剂，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括：(i)抗TnI试剂、(ii)抗PKM1试剂、(iii)抗PKM2试剂、(iv)抗NT-proBNP试剂、(v)抗RBP4试剂、(vi)抗TIMP2试剂、(vii)抗NfL试剂或(viii)其组合。
实施方案124.一种组合物，其包括：
(a)一种或多种ATTR生物标记物，其中所述一种或多种ATTR生物标记物包括TnI，和
(b)一种或多种抗ATTR生物标记物试剂，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂。
实施方案125.实施方案124的组合物，其中：
(a)所述一种或多种ATTR生物标记物包括TnI和PKM1，和
(b)所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂和抗PKM1试剂。
实施方案126.实施方案124的组合物，其中：
(a)所述一种或多种ATTR生物标记物包括TnI和PKM2，和
(b)所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂和抗PKM2试剂。
实施方案127.实施方案124的组合物，其中：
(a)所述一种或多种ATTR生物标记物包括TnI、PKM1和PKM2，知
(b)所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂、抗PKM1试剂和抗PKM2试剂。
实施方案128.实施方案123-127中任何一个的组合物，其中：
(a)所述一种或多种ATTR生物标记物进一步包括NT-proBNP、RBP4或两者，和
(b)所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂进一步包括抗NT-proBNP试剂、抗RBP4试剂或两者。
实施方案129.实施方案123-128中任何一个的组合物，其中：
(a)所述一种或多种ATTR生物标记物进一步包括TIMP2、NfL或两者，和
(b)所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂进一步包括抗TIMP2试剂、抗NfL试剂或两者。
实施方案130.一种组合物，其包括：
(a)一种或多种ATTR生物标记物，其中所述一种或多种ATTR生物标记物包括NT-proBNP，和
(b)一种或多种抗ATTR生物标记物试剂，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗NT-proBNP试剂。
实施方案131.实施方案130的组合物，其中：
(a)所述一种或多种ATTR生物标记物进一步包括：(i)TnI、(ii)PKM1、(iii)PKM2、(iv)RBP4、(v)TIMP2、(vi)NfL或(vii)其组合；和
(b)所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂进一步包括：(i)抗TnI试剂、(ii)抗PKM1试剂、(iii)抗PKM2试剂、(iv)抗RBP4试剂、(v)抗TIMP2试剂、(vi)抗NfL试剂或(vii)其组合。
实施方案132.实施方案130或131的组合物，其中：
(a)所述一种或多种ATTR生物标记物包括NT proBNP、TnI和RBP，知
(b)所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗NT proBNP试剂、抗TnI试剂和抗RBP试剂。
实施方案133.实施方案123、124、126和128-132中任何一个的组合物，其中所述一种或多种ATTR生物标记物不包括PKM1，并且所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂不包括抗PKM1试剂。
实施方案134.实施方案123-125和128-132中任何一个的组合物，其中所述一种或多种ATTR生物标记物不包括PKM2，并且所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂不包括抗PKM2试剂。
实施方案135.实施方案123、124和128-132中任何一个的组合物，其中所述一种或多种ATTR生物标记物不包括PKM1或PKM2，并且所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂不包括抗PKM1试剂或抗PKM2试剂。
实施方案136.一种用于检测TTR-CM的试剂盒，所述试剂盒包括：
(a)一种或多种抗ATTR生物标记物试剂，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括：(i)抗TnI试剂、(ii)抗PKM1试剂、(iii)抗PKM2试剂、(iv)抗NT-proBNP试剂、(v)抗RBP4试剂、(vi)抗TIMP2试剂、(vii)抗NfL试剂或(viii)其组合；以及(b)使用说明书。
实施方案137.一种用于检测TTR-CM的试剂盒，所述试剂盒包括：
(a)一种或多种抗ATTR生物标记物试剂，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂；和
(b)使用说明书。
实施方案138.实施方案137的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂和抗PKM1试剂。
实施方案139.实施方案137的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂和抗PKM2试剂。
实施方案140.实施方案137的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗TnI试剂、抗PKM1试剂和抗PKM2试剂。
实施方案141.实施方案137-140中任何一个的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂进一步包括抗NT-proBNP试剂、抗RBP4试剂或两者。
实施方案142.实施方案137-141中任何一个的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂进一步包括抗TIMP2试剂、抗NfL试剂或两者。
实施方案143.一种试剂盒，其包括：
(a)一种或多种抗ATTR生物标记物试剂，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗NT-proBNP试剂；和
(b)使用说明书。
实施方案144.实施方案143的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂进一步包括：(i)抗TnI试剂、(ii)抗PKM1试剂、(iii)抗PKM2试剂、(iv)抗RBP4试剂、(v)抗TIMP2试剂、(vi)抗NfL试剂或(vii)其组合。
实施方案145.实施方案143或144的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括抗NT-proBNP试剂、抗TnI试剂和抗RBP试剂。
实施方案146.实施方案136、137、139和141-145中任何一个的方法，其中所述一种或多种ATTR生物标记物不包括PKM1，并且所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂不包括抗PKM1试剂。
实施方案147.实施方案136-138和141-145中任何一个的方法，其中所述一种或多种ATTR生物标记物不包括PKM2，并且所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂不包括抗PKM2试剂。
实施方案148.实施方案136、137和141-145中任何一个的方法，其中所述一种或多种ATTR生物标记物不包括PKM1或PKM2，并且所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂不包括抗PKM1试剂或抗PKM2试剂。
实施方案149.实施方案136-148中任何一个的试剂盒，其中所述试剂盒进一步包括TTR稳定剂。
实施方案150.实施方案136-149中任何一个的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括一种或多种抗体试剂。
实施方案151.实施方案136-150中任何一个的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包括一种或多种核酸探针。
实施方案152.实施方案150或151的试剂盒，其中一种或多种抗体试剂用可检测部分进行标记。
实施方案153.实施方案150-152的试剂盒，其进一步包括特异性结合一种或多种抗ATTR生物标记物抗体试剂的一种或多种二抗试剂。
实施方案154.实施方案153的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物抗体试剂和/或所述一种或多种二抗试剂与酶连接。
实施方案155.实施方案136-154的试剂盒，其进一步包括检测试剂。
实施方案156.实施方案155的试剂盒，其中所述检测试剂是或包括酶的底物。
实施方案157.实施方案155的试剂盒，其中所述检测试剂是或包括一种或多种吖啶酯分子。
实施方案158.实施方案153的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物抗体试剂和/或所述一种或多种二抗试剂用一种或多种吖啶酯分子进行标记。
实施方案159.实施方案151-158中任何一个的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物核酸探针与编码ATTR生物标记物的一种或多种核苷酸互补。
实施方案160.实施方案151-159中任何一个的试剂盒，其中每种抗ATTR生物标记物核酸探针的至少一部分与编码ATTR生物标记物的一种或多种核苷酸杂交。
实施方案161.实施方案159和160中任何一个的试剂盒，其中编码一种或多种ATTR生物标记物的核苷酸是DNA。
实施方案162.实施方案161的试剂盒，其中所述DNA是cDNA。
实施方案163.实施方案159和160中任何一个的试剂盒，其中编码一种或多种ATTR生物标记物的核苷酸是RNA。
实施方案164.实施方案151-163的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物核酸探针用一种或多种检测试剂进行标记。
实施方案165.实施方案164的试剂盒，其中所述检测试剂指示了编码一种或多种ATTR生物标记物的核苷酸的存在。
实施方案166.实施方案136-165的试剂盒，其进一步包括一个或多个对照样品。
实施方案167.实施方案166的试剂盒，其中所述对照样品包括一种或多种ATTR生物标记物标准品。
实施方案168.实施方案167的试剂盒，其中所述一种或多种ATTR生物标记物标准品包括重组ATTR生物标记物。
实施方案169.实施方案167的试剂盒，其中所述一种或多种ATTR生物标记物标准品包括合成的ATTR生物标记物核酸。
实施方案170.根据实施方案136-169的试剂盒在诊断受试者中的TTR-CM的体外诊断测定中的用途。
范例
实施例1：关于ATTR型淀粉样变性的标记物的鉴定
该实施例证实了用于筛查人血浆，以鉴定指示ATTR型淀粉样变性和TTR-CM的生物标记物的方法。
采用质谱法(MS)来鉴定对于ATTR型淀粉样变性特异性的生物标记物。将人正常(N＝4)和ATTRwt EDTA血浆(N＝6)加入(50uL)预洗涤的(1x TTBS)山羊抗小鼠96孔ELISA板中，并且在室温下温育1小时。随后洗涤板(在1x TTBS中三次)，并且提取残留的捕获材料并准备用于MS。
生成了表示为指数修正蛋白质丰度指标(emPAI)的MS的结果，并且数据从最高到最低emPAI评分进行分选。计算了关于ATTRwt的平均emPAI评分/正常评分的信噪比(S/N)。还计算了逆S/N。选择具有3或更大的S/N比的所选标记物(图14)。关于标记物选择的标准包括在患病样品、正常样品或这两个范畴中具有多个且一致的评分值。缺失数据或空数据对应于低于可检测限。为了生成S/N值的目的，空数据被人为评分为值“1”。从表1中的列表中选择了8种不同的标记物，以寻找关于ATTRwt的可能标记物(表6)。
表6：选择的质谱法命中
实施例2：用于生物标记物测试的患者队列
该实施例提供了关于用于分析各种ATTR生物标记物在TTR-CM检测中如何表现的患者队列的信息。如图1中所示的，273个心力衰竭患者、46个临床试验患者和20个独立假定的正常供体参与这项研究。这项研究中的所有个体都是60岁或以上，并且占优势地是白人。每个子集中的男性和女性数不同。患者的NYHA类别在子集中也不同。值得注意的是，仅少数目的阳性样品与匹配的阴性在队列中是可用的。
实施例3：测试结果总结
该实施例总结了得自使用实施例2中描述的患者队列分析各种ATTR生物标记物在TTR-CM检测中如何表现的数据。如图2中所示的，仅一个结果跨越测试的所有生物标记物缺失。由于用于必要的重新测试的样品数量不足，因此无法获得该RBP结果。总的来说，体外诊断测定结果基于一次测试/样品；为了解决仅研究使用的测定的较高变异性，利用了两次测试重复的平均值。
实施例4：单一生物标记物分类性能
该实施例证实了本文描述的示例性ATTR生物标记物用作检测TTR-CM的单一生物标记物的能力的评价。结果显示了本文描述的某些ATTR生物标记物可以在足以允许其单独使用的灵敏度和/或特异性水平下表现。然而，该实施例还证实了，当用作评价TTR-CM的单一生物标记物时，并非所有ATTR生物标记物都满足关于灵敏度和特异性两者的标准。如图3-6中所示的，TnI满足灵敏度和特异性标准两者，提示了TnI可以用作检测TTR-CM的单一生物标记物。评价的剩余ATTR生物标记物并未满足对于使用单一生物标记物阐述的灵敏度和特异性标准两者。这些生物标记物然后以组合进行评价，以确定ATTR生物标记物的组合在检测TTR-CM时是否可以实现改善的灵敏度和特异性。
实施例5：单一生物标记物NYHA类别应答筛查
该实施例证实了在考虑每个NYHA类别时，生物标记物效应的评价。如图7中所示的，关于NYHA类别的所有生物标记物效应都进行建模，并且报告了关于显著性检验的p值。数据显示了，生物标记物效应对于PKM、TnI、RBP4、RBP和NT-proBNP是统计学显著的，指示了这些ATTR生物标记物可以用于检测TTR-CM，尽管这些生物标记物无一满足灵敏度和特异性标准的事实，如上文实施例4中讨论的。
实施例6：性能结果
该实施例证实了用于处理从生物标记物组合获得的数据的广义回归拟合的筛查。筛查主要效应和相互作用，并且选择具有4种或更少生物标记物的最佳拟合用于进一步评估。
使用完全应答表面作为输入的具有留一法验证的适应性双套索广义回归方法预计将使用最小数目的效应伴随包括一些相关生物标记物的小数据集来选择接近最优的模型。如图8中所示的，取决于使用的方法，发现生物标记物的不同子集是信息丰富的。然而，基于实际考虑，确定了4种生物标记物的限制。生成了生物标记物的几个子集和预测模型。使用另外的机器学习方法进一步评价这些生物标记物，包括：PKM、TnI、DCN、TIMP2和NT-proBNP。
执行了使用PKM、TnI、DCN、TIMP2和NT-proBNP的组合的另外模型筛查。如图9中所示的，与其它机器学习方法相比，发现自举森林模型产生最佳结果。神经网络模型也产生了良好的结果，但经历了更多的假阴性。
这些结果指示了包括TnI和PKM，特别是伴随NT-proBNP和/或RBP4的三种生物标记物或四种生物标记物组合，可以以高灵敏度和特异性检测TTR-CM。
实施例7：鉴定PKM和TIMP2作为ATTR型淀粉样变性患者中升高的生物标记物
该实施例证实了两种鉴定的生物标记物(PKM和TIMP2)，其个别地或组合地显示了与正常人对照样品相比，在ATTRwt患者中升高的血浆水平。
通过ELISA测试了表2中选择的生物标记物针对正常人血浆和ATTR型淀粉样变性血浆的免疫反应性(表7)。
表7：关于ATTRwt和正常人EDTA血浆的生物标记物原始吸光度450nm值(部分1)
平均值0.040.050.060.082.111.940.410.28
N＝正常人EDTA血浆
CM＝ATTRwt人EDTA血浆
表7：关于ATTRwt和正常人EDTA血浆的生物标记物原始吸光度450nm值(部分2)
N＝正常人EDIA血浆
CM＝ATTRwt人EDTA血浆
对于每种生物标记物测定确定了信噪比(S/N)(计算为心肌病(CM)或正常(N)样品的原始吸光度值除以关于每种生物标记物的正常样品的平均值)。将截止值设定为关于每种生物标记物测定的正常血浆样品的最高S/N值，除了关于ILK和PKM的测定之外，其中来自各自的最高值正常样品由于大于平均值+(4x标准差)被排除。
使用S/N值并且将这些与关于每种生物标记物的截止值进行比较，每个样品(即CM或N)分别评分为阳性(>截止)或阴性(<截止)，分别为1或0(表8)。还通过下述计算来确定关于每种生物标记物的性能比，包括灵敏度、特异性和准确度：％灵敏度＝#阳性评分的CM样品/总CM样品；％特异性＝(1-#阳性评分的正常样品)x100；％准确度＝(#报告的阳性CM样品+#报告的阴性正常样品)/测试的总样品(CM和N)x100。
表8：关于CM和正常样品的评分值和性能总结
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关于测试的各种生物标记物的性能评分显示了关于两种个别标记物TIMP2(72％灵敏度、100％特异性、87％准确度)和PKM(83％灵敏度、97％特异性、90％准确度)的高灵敏度、特异性和准确度。当两种标记物TIMP2和PKM跨越同一样品集组合时，灵敏度、特异性和准确度显著改善(93％灵敏度、97％特异性、95％准确度)，提示了组合的TIMP2和PKM可以充当用于鉴定ATTRwt血浆的灵敏度和特异性标记物。
实施例8：生物标记物阈值的计算
该实施例证实了关于ATTR型淀粉样变性的生物标记物阈值的鉴定。
评价了总共N＝30个诊断的TTR-CM患者血浆样品和N＝30个正常供体样品的PKM、TIMP2、LIMS1、C3和A11表达。如上所述计算灵敏度、特异性和准确度。灵敏度和特异性计算假定没有未诊断的TTR-CM供体。通过使灵敏度达到最大同时保留大约100％的特异性来确定关于每种测定的优化检测截止(表9和图10)。
所公开的方法可以手动执行或者可以是自动化的。例如，所公开的方法可以使用ADVIA免疫测定***或ATELLICA@TM。
例如，***可以是自动化的，以执行下述操作：
1.将样品分配到比色皿内。
2.分配含有具有抗人IgM抗体与之结合的固相支持物的缓冲液，并且例如在37℃下温育18.25分钟。
3.使固体支持物解离/分开，抽吸比色皿并用洗涤试剂洗涤。
4.分配含有加上化学发光标签的NS1抗原的缓冲液，并且例如在37℃下温育18分钟。
5.使固体支持物解离/分开，抽吸比色皿并用洗涤试剂洗涤。
6.分配化学发光试剂以启动化学发光反应。
7.根据由用户选择的选项来报告结果。
在一个特定实施方案中，所公开的免疫测定可能适用于ADVIA CENTAUR免疫测定***(Siemens Healthcare，AG)上，和/或ADVIA CENTAUR免疫测定***可以是自动化的，以执行上述动作。
表9：关于生物标记物的优化检测截止的ROC曲线数据
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实施例9：患者评价
处于TTR-CM的风险中的患者对于ATTR生物标记物的组合中的每种ATTR生物标记物的水平进行测试，如本文例如在表2-5中公开的。从患者中获取血液样品，并且使用Siemens ***或SiemensAdvia />***测量水平，以获得关于患者的ATTR生物标记物概况。需要时，考虑了患者的人口统计因素和基于图像的生物标记物。患者的ATTR生物标记物概况用于计算ATTR生物标记物评分。基于ATTR生物标记物评分，患者分类为患有TTR-CM。推荐TTR稳定剂或其它心脏用药的施用。
实施例10：患者评价
处于TTR-CM的风险中的患者对于ATTR生物标记物的组合中的每种ATTR生物标记物的水平进行测试，如本文例如在表2-5中公开的。从患者中获取血液样品，并且使用Siemens ***或SiemensAdvia />***测量水平，以获得关于患者的ATTR生物标记物概况。需要时，考虑了患者的人口统计因素和基于图像的生物标记物。将患者的ATTR生物标记物概况与参考ATTR生物标记物概况进行比较。基于比较，患者分类为患有TTR-CM。推荐TTR稳定剂或其它心脏用药的施用。
实施例11：患者评价
处于TTR-CM的风险中的患者对于ATTR生物标记物的组合中的每种ATTR生物标记物的水平进行测试，如本文例如在表2-5中公开的。从患者中获取血液样品，并且使用Siemens***或Siemens Advia/>***测量水平，以获得关于患者的ATTR生物标记物概况。需要时，考虑了患者的人口统计因素和基于图像的生物标记物。患者的ATTR生物标记物概况用于计算ATTR生物标记物评分。基于ATTR生物标记物评分，患者分类为处于患有TTR-CM的风险中。推荐进一步的心肌病测试。
实施例12：患者评价
处于TTR-CM的风险中的患者对于ATTR生物标记物的组合中的每种ATTR生物标记物的水平进行测试，如本文例如表2-5中公开的。从患者中获取血液样品，并且使用Siemens***或Siemens Advia/>***测量水平，以获得关于患者的ATTR生物标记物概况。需要时，考虑了患者的人口统计因素和基于图像的生物标记物。将患者的ATTR生物标记物概况与参考ATTR生物标记物概况进行比较。基于比较，患者分类为处于患有TTR-CM的风险中。推荐进一步的心肌病测试。
实施例13：群体评价
处于TTR-CM的风险中的1000个患者对于ATTR生物标记物的组合中的每种ATTR生物标记物的水平进行测试，如本文例如在表2-5中公开的。从患者中获取血液样品，并且使用Siemens***或Siemens Advia/>***测量水平，以获得关于患者的ATTR生物标记物概况。需要时，考虑了患者的人口统计因素和基于图像的生物标记物。患者的ATTR生物标记物概况用于计算分别的ATTR生物标记物评分。患者子集分类为处于患有TTR-CM的风险中。推荐进一步的心肌病测试。
实施例14：非侵入性、准确的TTR-CM的临床效用
该实施例证实了提供非侵入性TTR-CM测定对公众的益处，所述非侵入性TTR-CM测定是既灵敏又特异性且易于遵守的。该实施例证实了，不愿经历逃避性心肌病检测是常见的，并且如果无法早期检测到TTR-CM，则它可以具有严重的健康后果。
患者证实了TTR-CM的症状，但拒绝心脏活组织检查。患者的初级护理医生嘱咐了患者的ATTR生物标记物组合中的每种ATTR生物标记物水平的评价，如本文例如在表2-5中公开的。结果指示了该患者处于TTR-CM的高风险中。患者咨询其医生，并且被说服安排进一步的心肌病测试，其揭示了TTR-CM的证据。
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本公开中引用的所有出版物和专利(包括上文列出的那些)都通过引用并入本文，如同每个个别的出版物或专利特异性地且个别地指示通过引用并入一样。
等同方案
本领域技术人员将认识到或能够仅使用常规实验来确定本文描述的本公开的具体实施方案的许多等价方案。本公开的范围并不预期限于上文说明书，而是如下述权利要求书中阐述的。

Claims (25)

1.一种方法，其包括：
检测样品中的两种或更多种转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)生物标记物中的每一种的水平，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包含：
(i)肌钙蛋白I(TnI)，
(ii)丙酮酸激酶肌肉同种型1(PKM1)，
(iii)丙酮酸激酶肌肉同种型2(PKM2)，
(iv)N末端激素B型利钠肽前体(NT-proBNP)，
(v)视黄醇结合蛋白4(RBP4)，
(vi)组织金属蛋白酶抑制剂2(TIMP2)，
(vii)神经丝轻链(NfL)，或
(viii)其组合。
2.一种方法，其包括：
检测样品中的两种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的水平，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包含(i)TnI和PKM1，(ii)TnI和PKM2，或(iii)TnI、PKM1和PKM2。
3.一种方法，其包括：
(a)检测从受试者中获得的样品中的两种或更多种ATTR生物标记物中的每一种的水平，以获得ATTR生物标记物概况；和
(b)使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分，
其中所述两种或更多种ATTR生物标记物包含：
(i)肌钙蛋白I(TnI)，
(ii)丙酮酸激酶肌肉同种型1(PKM1)，
(iii)丙酮酸激酶肌肉同种型2(PKM2)，
(iv)N末端激素B型利钠肽前体(NT-proBNP)，
(v)视黄醇结合蛋白4(RBP4)，
(vi)组织金属蛋白酶抑制剂2(TIMP2)，
(vii)神经丝轻链(NfL)，或
(viii)其组合，和
其中使用ATTR生物标记物概况来计算ATTR生物标记物评分包括将算法应用于ATTR生物标记物概况，以计算ATTR生物标记物评分，其中所述算法衍生自决策树方法、神经增强方法、自举森林方法、提升树方法或支持向量机方法。
4.权利要求3的方法，其中所述受试者是人受试者。
5.权利要求1-4中任一项的方法，其中所述样品包含血液、血清、血浆或心脏组织。
6.权利要求3-5中任一项的方法，其进一步包括使用所述ATTR生物标记物评分来确定得出所述样品的受试者是否处于转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)的风险中、或患有转甲状腺素蛋白淀粉样变心肌病(TTR-CM)。
7.权利要求3-6中任一项的方法，其进一步包括使用所述ATTR生物标记物评分来诊断受试者患有TTR-CM。
8.权利要求3-7中任一项的方法，其进一步包括使用所述ATTR生物标记物评分来确定是否选择得出所述样品的受试者用于一种或多种心肌病测试。
9.权利要求3-8中任一项的方法，其进一步包括使用所述ATTR生物标记物评分来确定是否选择得出所述样品的受试者来接受TTR稳定剂的一个或多个剂量。
10.权利要求1-9中任一项的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物不包含PKM1。
11.权利要求1-9中任一项的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物不包含PKM2。
12.权利要求1-9中任一项的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物不包含PKM1或PKM2。
13.权利要求1-12中任一项的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物不包含SMOC-2。
14.权利要求1-12中任一项的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物不包含DCN。
15.权利要求1-12中任一项的方法，其中所述两种或更多种ATTR生物标记物不包含SMOC-2或DCN。
16.一种包含可执行指令的非暂时性计算机可读介质，所述可执行指令在执行时促使处理器执行包括权利要求1-15中任一项的方法的操作。
17.一种组合物，其包含：
(a)一种或多种ATTR生物标记物，其中所述一种或多种ATTR生物标记物包含：
(i)TnI，
(ii)PKM1，
(iii)PKM2，
(iv)NT-proBNP，
(v)RBP4，
(vi)TIMP2，
(vii)NfL，或
(viii)其组合；和
(b)一种或多种抗ATTR生物标记物试剂，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包含：
(i)抗TnI试剂，
(ii)抗PKM1试剂，
(iii)抗PKM2试剂，
(iv)抗NT-proBNP试剂，
(v)抗RBP4试剂，
(vi)抗TIMP2试剂，
(vii)抗NfL试剂，或
(viii)其组合。
18.一种用于检测TTR-CM的试剂盒，所述试剂盒包含：
(a)一种或多种抗ATTR生物标记物试剂，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包含：
(i)抗TnI试剂，
(ii)抗PKM1试剂，
(iii)抗PKM2试剂，
(iv)抗NT-proBNP试剂，
(v)抗RBP4试剂，
(vi)抗TIMP2试剂，
(vii)抗NfL试剂，或
(viii)其组合；和
(b)使用说明书。
19.一种用于检测TTR-CM的试剂盒，所述试剂盒包含：
(a)一种或多种抗ATTR生物标记物试剂，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包含(i)抗TnI试剂和抗PKM1试剂，(ii)抗TnI试剂和抗PKM2试剂，或(iii)抗TnI试剂、抗PKM1试剂和抗PKM2试剂；和
(b)使用说明书。
20.一种试剂盒，其包含：
(a)一种或多种抗ATTR生物标记物试剂，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包含抗NT-proBNP试剂、抗TnI试剂和抗RBP4试剂；和
(b)使用说明书。
21.权利要求18-20中任一项的试剂盒，其中所述一种或多种抗ATTR生物标记物试剂包含一种或多种抗体试剂。
22.权利要求21的试剂盒，其中一种或多种抗体试剂用可检测部分进行标记。
23.权利要求18-22的试剂盒，其进一步包含一个或多个对照样品。
24.权利要求23的试剂盒，其中所述对照样品包含一种或多种ATTR生物标记物标准品。
25.根据权利要求18-24的试剂盒在体外诊断测定中的用途，所述体外诊断测定用于诊断受试者中的TTR-CM。
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