CN117385060B - 一种与绵羊生长性能相关的snp标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及动物育种技术领域,尤其涉及一种与绵羊生长性能相关的SNP标记及其应用。所述SNP标记位于核酸的第324位,所述核酸具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。本发明提供的SNP标记与绵羊的生长性能紧密相关,通过该SNP标记的检测可以实现绵羊生长性能的鉴定。本发明提供的SNP标记可以应用于绵羊的分子标记辅助育种,对于绵羊养殖领域具有重要意义。
Description
技术领域
本发明涉及动物育种技术领域,尤其涉及一种与绵羊生长性能相关的SNP标记及其应用。
背景技术
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是指在基因组水平上由单个碱基的变异所引起的DNA序列的多态性,该变异可以遗传给后代。部分单个核苷酸引起的变异可能导致基因功能变化从而引起个体的表型变化。
SOCS2(suppressor of cytokine signaling 2)是与动物生长速度和体型大小相关的功能基因,该基因通过负调控GH/IGF1信号轴对个体的生长性状造成影响,因此,当SOCS2基因功能受影响时,对GH/IGF1信号轴的负调控信号减弱,最终导致个体生长速度加快,体型增大,在法国奶绵羊中报道SOCS2的第96位氨基酸p96.R>C突变,可以引起个体体重和体型增加,但在中国地方绵羊品种中没有该位点突变的报道。
生长性状是肉用绵羊品种选育的最重要指标之一,培育生长速度快,体型较大的绵羊品系有利于提高生产效率和产业化水平。如果针对生长性状运用到肉羊育种工作中,则需要利用分子标记鉴定生长性状较好的个体用于育种,但由于在中国绵羊品种内未发现SOCS2 p.R96C点突变,目前缺乏适合选育国内地方绵羊品种生长速度和体型大小的分子标记和相应的检测方法。
发明内容
为了解决现有技术存在的问题,本发明提供一种与绵羊生长性能相关的SNP标记及其应用。
第一方面,本发明提供一种SNP标记,所述SNP标记为绵羊3号染色体的第129558029位碱基,多态性为A/C。
进一步地,参考基因组版本号为:Oar _v4.0(GCF 000298735.2)序列号NC019460.2。
进一步地,所述SNP标记位于核酸的第324位,所述核酸具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。
进一步地,所述SNP标记多态性为A的绵羊,相较于所述SNP标记多态性为C的绵羊具备更高的生长性能。
第二方面,本发明提供一种引物对,所述引物对包括:
上游引物SOE2F1:5’-cattgttgccaagtacttgccct-3’,
下游引物SOE2R1:5’-gttccttcagcctttacttgggatg-3’。
本发明进一步提供一种试剂盒,所述试剂盒包括所述的SNP标记,或所述的引物对。
第三方面,本发明提供所述的SNP标记,或所述的引物对,或所述的试剂盒在绵羊的生长性能检测中的应用。
本发明进一步提供所述的SNP标记,或所述的引物对,或所述的试剂盒在绵羊的选育中的应用。
第四方面,本发明提供一种检测绵羊的生长性能的方法,包括:
通过对待测绵羊进行所述的SNP标记的检测,根据检测结果判断所述待测绵羊的生长性能。
进一步地,包括:
提取所述待测绵羊的基因组DNA;利用所述的引物对进行PCR扩增,检测所述待测绵羊的所述的SNP标记的基因型;根据基因型检测结果判断所述待测绵羊的生长性能。
进一步地,所述根据基因型检测结果判断所述待测绵羊的生长性能包括:
基因型检测结果为AC的绵羊相较于基因型检测结果为CC的绵羊而言,具备更优的生长性能。
进一步地,所述检测所述待测绵羊的所述的SNP标记的基因型包括:
对PCR扩增产物进行测序。
进一步地,所述生长性能包括:
体重、体斜长、胸围或尻宽中的一种或多种。
本发明具备如下有益效果:
现有的与绵羊生长性状相关的SOCS2突变位点R96C是在法国奶绵羊中被报道,不存在于多个中国地方绵羊品种中。本发明研究得到一个新的与绵羊生长性能相关的SNP标记位点,通过对该标记位点进行检测,可以实现绵羊生长性能的鉴定,填补了国内绵羊无生长性状相关分子标记的空白,这对于选育具有更高生长性能的绵羊品系而言具备重要价值。
附图说明
为了更清楚地说明本发明或现有技术中的技术方案,下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作一简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图是本发明的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1是本发明实施例1提供的全基因组重测序曼哈顿图。
图2是本发明实施例2提供的SOCS2 基因及引物设计示意图原理示意图。
图3是本发明实施例2提供的野生型和突变型绵羊基因组PCR产物检测结果示意图;其中野生型为无g.129558029点突变分子标记的绵羊,突变型为带有g.129558029C>A点突变分子标记的绵羊。
图4是本发明实施例2提供的野生型和突变型绵羊基因组PCR产物进行测序后的结果示意图;其中g.129558029C为无点突变分子标记的绵羊;g.129558029C>A为带有点突变分子标记的绵羊。
图5是本发明实施例2提供的含有g.129558029C>A点突变分子标记的杂合个体,与不包含g.129558029C>A点突变分子标记的野生型个体的出生重及不同月龄体重的对比示意图;其中PM为含有g.129558029C>A点突变分子标记的绵羊;WT为不包含g.129558029C>A点突变分子标记的野生型绵羊。
图6是本发明实施例3提供的含有g.129558029C>A点突变分子标记的杂合个体,与不包含g.129558029C>A点突变分子标记的野生型个体的体高、体斜长、胸围和尻宽的对比示意图;其中SOCS2 PM为含有g.129558029C>A点突变分子标记的绵羊,WT为不包含g.129558029C>A点突变分子标记的野生型绵羊。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚,下面将结合本发明中的附图,对本发明中的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。
实施例1
1、获取SNP分子标记位点g.129558029 C>A
本发明通过采集30只湖羊、20只呼伦贝尔羊、20只苏尼特羊及10只小尾寒羊(均为中国地方绵羊品种)的血液基因组进行全基因组重测序及Genome-wide selective sweep,结果显示呼伦贝尔羊中的3号外显子SOCS2附近区段有连续选择信号(图1),即该区段内的一些基因突变在呼伦贝尔羊的驯化或饲养过程中是被自然或人工选择的,进一步分析发现,这个区段内包含一个位于SOCS2的关键结构域SH2(Scrhomology 2磷酸酪氨酸结合结构域)内的突变位点(g.129558029 C>A)该区域的氨基酸突变可能导致SOCS2功能失活,从而影响绵羊生长,因此在选取这一位点在个体中验证具有该突变个体是否具有更高生长性能。
具体地,本发明提供一种SNP分子标记位点g.129558029 C>A(多态性为A/C,位于绵羊3号染色体的第129558029位碱基)。参考基因组版本号为:Oar v4.0(GCF000298735.2)序列号NC019460.2。
2、SNP分子标记位点g.129558029 C>A在大群中的突变频率
本发明采集200只呼伦贝尔羊和200只湖羊中血液,进行基因组提取、PCR扩增和sanger测序(方法与本专利中一致),鉴定所有绵羊的基因型,统计基因型频率和基因频率,证实该SNP位点在绵羊中的突变频率较低,分别为湖羊中的0.02和呼伦贝尔羊中的0.01,且在两种绵羊品种中没有显著差异(P>0.05)(见表1)。
表1 SNP分子标记位点g.129558029 C>A在大群中的基因型频率
实施例2
本实施例验证SNP分子标记位点g.129558029 C>A与绵羊生长性能之间的关系,SOCS2 基因及引物设计示意图如图2所示,具体包括如下流程:
(1)检测流程
所采用的引物为:
上游引物SOE2F1:5’-cattgttgccaagtacttgccct-3’,
下游引物SOE2R1:5’-gttccttcagcctttacttgggatg-3’。
扩增体系如下:
使用南京诺唯赞生物科技股份有限公司的高保真PCR酶(2 × Phanta® MaxMaster Mix)进行扩增,货号P525-02。
表2 SOCS2 exon2扩增体系
扩增条件为:使用PCR扩增仪进行扩增,第一阶段:95℃预变性5min;第二阶段95℃变性30s,58℃退火30s,72℃延伸45s,34个循环;第三阶段72℃终延伸5min,4℃保存。
图3为引物扩增结果的示例,无g.129558029 C>A点突变分子标记的野生型绵羊基因组PCR产物大小824bp,带有g.129558029 C>A点突变分子标记的突变型绵羊基因组PCR产物大小824bp。
进一步将上述引物获得的PCR扩增产物使用F1引物进行sanger测序,与参考基因序列进行比对,图4为比对示例结果,无g.129558029 C>A点突变分子标记的野生型绵羊该位点基因型为C;带有g.129558029 C>A点突变分子标记的突变型绵羊该位点基因型为A。
(2)结果验证
本发明基于前述方法对16只绵羊(品种为湖羊)的基因组进行扩增,将PCR产物测序后得到7只含有g.129558029 C>A点突变分子标记的杂合个体,9只为野生型个体,不包含g.129558029 C>A点突变分子标记。
本发明进一步对7只含有g.129558029 C>A点突变分子标记的杂合个体的出生重及不同月龄体重进行检测并求取平均值;对9只具有相同性别相同日龄的野生型个体的出生重及不同月龄体重进行检测并求取平均值。绘制生长曲线得到如图5所示的结果,从结果来看含有g.129558029 C>A点突变分子标记的杂合个体的出生重及不同月龄体重均要显著高于野生型个体。
实施例3
本实施例基于实施例1提供的方法对20只绵羊(品种为呼伦贝尔羊)基因组进行g.129558029 C>A点突变分子标记的检测,将PCR产物测序后,得到4只绵羊为包含g.129558029 C>A点突变分子标记的杂合个体,16只具有相同性别相同日龄的绵羊为野生型个体(不包含g.129558029 C>A点突变分子标记)。分别对包含g.129558029 C>A点突变分子标记的杂合个体和野生型个体,检测个体的体高、体斜长、胸围、尻宽,取平均值并绘图。
结果如图6所示,从结果来看,包含g.129558029 C>A点突变分子标记的杂合个体相较于野生型个体而言,个体的体斜长、胸围和尻宽显著更高。
最后应说明的是:以上实施例仅用以说明本发明的技术方案,而非对其限制;尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明,本领域的普通技术人员应当理解:其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改,或者对其中部分技术特征进行等同替换;而这些修改或者替换,并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的精神和范围。
Claims (9)
1.一种SNP标记,其特征在于,所述SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其中第324位存在多态性,多态性为A/C。
2.根据权利要求1所述的SNP标记,其特征在于,所述SNP标记为绵羊3号染色体的第129558029位碱基,多态性为A/C。
3.根据权利要求1或2所述的SNP标记,其特征在于,所述SNP标记多态性为A的绵羊,相较于所述SNP标记多态性为C的绵羊具备更高的生长性能。
4.一种试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括如权利要求1-3任一项所述的SNP标记。
5.权利要求1-3任一项所述的SNP标记,或权利要求4所述的试剂盒在绵羊的生长性能检测中的应用。
6.权利要求1-3任一项所述的SNP标记,或权利要求4所述的试剂盒在绵羊的选育中的应用。
7.一种检测绵羊的生长性能的方法,其特征在于,包括:
通过对待测绵羊进行如权利要求1-3任一项所述的SNP标记的检测,根据检测结果判断所述待测绵羊的生长性能。
8.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,包括:
提取所述待测绵羊的基因组DNA;利用引物对进行PCR扩增,检测所述待测绵羊的如权利要求1-3任一项所述的SNP标记的基因型;根据基因型检测结果判断所述待测绵羊的生长性能;
所述引物对包括:
上游引物SOE2F1:5’-cattgttgccaagtacttgccct-3’,
下游引物SOE2R1:5’-gttccttcagcctttacttgggatg-3’。
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,所述根据基因型检测结果判断所述待测绵羊的生长性能包括:
基因型检测结果为AC的绵羊相较于基因型检测结果为CC的绵羊而言,具备更优的生长性能。
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