CN115867669A

CN115867669A - 监测kras突变的方法

Info

Publication number: CN115867669A
Application number: CN202180048664.3A
Authority: CN
Inventors: 艾琳·萨穆埃尔兹; 玛雅·莱丁格; 马克·埃兰德
Original assignee: Cardiff Cancer Technology Co ltd
Current assignee: Cardiff Cancer Technology Co ltd
Priority date: 2020-05-08
Filing date: 2021-05-06
Publication date: 2023-03-28
Also published as: JP2023524592A; US20230172935A1; WO2021226403A1; EP4146346A1

Abstract

提供的包括用于改善癌症治疗的结果的方法、组合物和试剂盒，以及用于确定受试者对癌症治疗的响应性的方法、组合物和试剂盒。癌症治疗可以包括向受试者施用PLK1抑制剂(例如，onvansertib)。

Description

监测KRAS突变的方法

相关申请的交叉引用

本申请要求于2020年5月8日提交的美国专利申请第63/022,129号的优先权权益，该美国专利申请的内容通过引用以其整体并入本文。

背景

领域

本申请总体上涉及癌症治疗。更特别地，提供了用于预测和监测癌症治疗的有效性的方法。

现有技术的描述

Polo样激酶1(PLK1)是丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族的5个成员中表征最详细的成员，并且强力促进细胞进展通过有丝***。PLK1在细胞周期的有丝***(M)期中执行若干个重要的功能，包括调节中心体成熟和纺锤体组装，从染色体臂中去除黏连蛋白，使后期促进复合物/细胞周期体(anaphase-promoting complex/cyclosome，APC/C)抑制剂失活，以及调节有丝***退出(mitotic exit)和胞质***。PLK1在中心体功能和双极纺锤体的组装中起关键作用。PLK1还作为p53家族成员的负调节因子，导致p53/TP53的泛素化和随后的降解，抑制p73/TP73介导的促凋亡功能和极光激酶A的辅因子bora的磷酸化/降解。在有丝***的多个阶段期间，PLK1定位至中心体、动粒和中心纺锤体。PLK1是有丝***的主调节因子，并且在包括AML的多种人类癌症中异常地过表达，并且与细胞增殖和不良预后相关。对于预测/确定涉及PLK1抑制剂的癌症治疗的临床益处和结果的方法存在需求。

概述

提供的包括用于确定受试者对癌症治疗的响应性的方法、组合物和试剂盒(kits)，用于改善癌症治疗的结果的方法、组合物和试剂盒，以及用于治疗癌症的方法、组合物和试剂盒。

本文公开的包括确定受试者对癌症治疗的响应性的方法。在一些实施方案中，确定受试者对癌症治疗的响应性的方法包括治疗患有癌症的受试者，该治疗包括向受试者施用PLK1抑制剂。该方法包括检测受试者的KRAS基因突变的变化。该方法包括基于在KRAS基因突变中检测到的变化来确定受试者对癌症治疗的响应性。

在一些实施方案中，检测受试者的KRAS基因突变的变化包括在以下时检测受试者的KRAS基因的一个或更多个突变：(1)在受试者治疗癌症期间，(2)在受试者治疗癌症之前，(3)在受试者治疗癌症之后，或其组合。在一些实施方案中，检测受试者的KRAS基因突变的变化包括检测受试者的KRAS基因突变两次或更多次，并且任选地，所述两次或更多次中的至少两次发生在5天、7天、14天、28天或35天内。

在一些实施方案中，KRAS基因突变的变化包括：(1)受试者治疗癌症期间KRAS基因突变的变化，(2)从受试者治疗癌症之前到受试者治疗癌症期间KRAS基因突变的变化，或其组合。在一些实施方案中，检测KRAS基因突变的变化包括检测KRAS基因的变体等位基因频率(variant allele frequency)。在一些实施方案中，变体等位基因频率是突变体等位基因频率(mutant allelic frequency)(MAF)。在一些实施方案中，KRAS基因突变被测量为来自受试者的样品中KRAS突变等位基因的数目(例如，总数目)，并且可以相应地确定KRAS基因突变的变化。

在一些实施方案中，KRAS基因的变体等位基因频率由总突变计数、平均变体等位基因频率、每ml的血浆KRAS突变等位基因的数目或其组合来确定。在一些实施方案中，检测受试者的KRAS基因突变的变化包括检测来自受试者的生物样品或其衍生物中KRAS基因突变的变化。在一些实施方案中，生物样品包括体液、全血、血浆、一种或更多种组织、一个或更多个细胞或其组合。在一些实施方案中，体液包括血液、血浆、尿液或其组合。在一些实施方案中，生物样品包括循环肿瘤DNA(ctDNA)、无细胞DNA(cfDNA)、循环肿瘤细胞(CTC)或其组合。在一些实施方案中，该方法包括使用聚合酶链式反应(PCR)或下一代测序(NGS)分析ctDNA，并且PCR任选地是微滴数字PCR(droplet digital PCR，ddPCR)。

在一些实施方案中，受试者在用PLK1抑制剂治疗之前具有KRAS基因中的一个或更多个突变。在一些实施方案中，受试者在用PLK1抑制剂治疗之前不具有KRAS基因的突变。在一些实施方案中，癌症是与一个或更多个KRAS突变相关的癌症，例如与KRAS突变相关的肺癌(例如，非小细胞肺癌)、结肠直肠癌、***癌或其组合。

在一些实施方案中，确定受试者的响应性包括确定受试者是否是治疗的响应者，受试者是否处于或将要处于完全恢复(CR)，或者受试者是否处于或将要处于部分缓解(PR)。在一些实施方案中，确定受试者的响应性包括确定受试者的无进展生存期(PFS)。在一些实施方案中，确定受试者的响应性包括确定受试者是否对治疗具有部分响应，受试者是否对治疗具有完全响应，受试者是否具有稳定疾病(SD)状态，或者受试者是否具有进行性疾病(PD)状态。

在一些实施方案中，通过确定样品中KRAS突变的量、确定按样品中总KRAS的量的比例计的KRAS突变的量或两者来测量KRAS突变。

在一些实施方案中，如果KRAS的MAF的变化是至少25％、至少50％或至少75％的降低，并且任选地在癌症治疗的周期1结束时或在癌症治疗的周期2的第1天检测到降低，则维持用PLK1抑制剂的癌症治疗。在一些实施方案中，癌症治疗持续至少一个月、至少三个月或至少六个月。在一些实施方案中，癌症治疗包括化疗，并且如果在接受癌症治疗六个月之后，KRAS的MAF的变化是至少50％或至少75％的降低，则修改癌症治疗以部分地或完全地去除化疗。例如，如果KRAS的MAF的变化是小于75％的降低，则可以维持与另外的癌症疗法(例如，化疗)组合的用onvansertib的癌症治疗；并且可以通过部分地或完全地去除另外的癌症疗法(例如，化疗)来修改与另外的癌症疗法(例如，化疗)组合的用onvansertib的癌症治疗。

在一些实施方案中，该方法还包括在部分或完全去除化疗之后测量KRAS突变，并且如果KRAS突变水平与去除化疗时的KRAS突变水平相比增加，则恢复化疗。测量KRAS突变可以是例如在部分或完全去除化疗之后15天、一个月、两个月、三个月、六个月、一年、两年、三年或这些值中的任何两个之间的范围。在一些实施方案中，在癌症治疗的周期1结束时或在癌症治疗的周期2的第1天检测到降低。

在一些实施方案中，如果样品中KRAS突变降低至样品中KRAS的低于0.01％或低于0.001％，则维持用PLK1抑制剂的癌症治疗。在一些实施方案中，如果KRAS的MAF的变化是小于50％、小于25％或小于10％的降低，并且任选地在癌症治疗的周期1结束时或在癌症治疗的周期2的第1天检测到降低，则修改或停止用PLK1抑制剂的癌症治疗。在一些实施方案中，癌症治疗不包括化疗，并且如果KRAS的MAF的变化是小于50％或小于75％的降低，则修改癌症治疗以添加化疗。在一些实施方案中，化疗包括伊立替康，并且任选地化疗是FOLFIRI。在一些实施方案中，如果样品中KRAS突变未降低至样品中KRAS的低于0.01％或低于0.001％，则修改或停止用PLK1抑制剂的癌症治疗。

在一些实施方案中，检测受试者的KRAS基因突变的变化包括在受试者用PLK1抑制剂治疗之后检测受试者中出现的一个或更多个KRAS突变。

本文公开的包括改善癌症治疗的结果的方法。在一些实施方案中，改善癌症治疗的结果的方法包括在第一时间点在第一样品中检测受试者的KRAS基因的变体等位基因频率，该第一时间点是在受试者开始癌症治疗之前，或者在癌症治疗期间，并且癌症治疗包括向受试者施用PLK1抑制剂。该方法包括在一个或更多个另外的时间点在受试者的一个或更多个另外的样品中检测受试者的KRAS基因的变体等位基因频率，所述一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在癌症治疗期间。该方法包括确定第一样品和一个或更多个另外的样品之间KRAS的变体等位基因频率的差异，一个或更多个另外的样品中的至少一个相对于第一样品的变体等位基因频率的降低指示受试者对该癌症治疗有响应。该方法包括如果受试者被指示为对该癌症治疗有响应，则继续对受试者进行该癌症治疗，或者如果受试者未被指示为对该癌症治疗有响应，则停止对受试者进行该癌症治疗和/或开始对受试者进行不同的癌症治疗。在一些实施方案中，第一时间点是在受试者开始癌症治疗之前。在一些实施方案中，另外的时间点中的至少两个是在癌症治疗期间。

本文公开的包括治疗癌症的方法。在一些实施方案中，治疗癌症的方法包括治疗患有癌症的受试者，该治疗包括向受试者施用PLK1抑制剂。该方法包括确定相对于在受试者接受癌症治疗之前或癌症治疗期间在第一时间点获得的受试者的第一样品中的KRAS基因的变体等位基因频率或每单位的KRAS突变拷贝数目，在受试者开始接受癌症治疗之后在第二时间点获得的受试者的第二样品中的KRAS基因的变体等位基因频率的降低。该方法包括继续癌症治疗。

在一些实施方案中，第一时间点在癌症治疗之前或紧接在癌症治疗之前。在一些实施方案中，第一时间点是在癌症治疗期间，并且任选地在癌症治疗的第5天、第7天、第14天或第28天。在一些实施方案中，一个或更多个另外的时间点是在癌症治疗期间，并且任选地在癌症治疗的第5天、第7天、第14天、第28天或第35天。在一些实施方案中，第一时间点和一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在癌症治疗的第一周期期间。在一些实施方案中，一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在癌症治疗的第一周期期间，并且一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在癌症治疗的第二周期期间。

在一些实施方案中，变体等位基因频率是突变体等位基因频率(MAF)。在一些实施方案中，确定步骤包括确定每单位第一样品和/或第二样品的突变拷贝数目的减少，该单位任选地是ml，并且任选地第一样品和/或第二样品是血浆样品。在一些实施方案中，KRAS基因的变体等位基因频率由总突变计数、平均变体等位基因频率、KRAS突变等位基因的数目或其组合来确定。在一些实施方案中，检测KRAS基因中的变体等位基因频率包括检测来自受试者的生物样品或其衍生物中的KRAS基因中的变体等位基因频率。

在一些实施方案中，生物样品包括体液、全血、血浆、一种或更多种组织、一个或更多个细胞或其组合。在一些实施方案中，体液包括血液、血浆、尿液或其组合。在一些实施方案中，生物样品包括循环肿瘤DNA(ctDNA)、循环肿瘤细胞(CTC)或其组合。

在一些实施方案中，该方法包括使用聚合酶链式反应(PCR)或下一代测序(NGS)分析ctDNA，并且PCR任选地是微滴数字PCR(ddPCR)。

在一些实施方案中，受试者在用PLK1抑制剂治疗之前具有KRAS基因中的一个或更多个突变。在一些实施方案中，受试者在用PLK1抑制剂治疗之前不具有KRAS基因的突变。在一些实施方案中，受试者已经接受了一种或更多种先前的癌症治疗。

在一些实施方案中，癌症是晚期的、转移性的、难治性的或复发的。在一些实施方案中，癌症是结肠直肠癌、胰腺癌、白血病、肺癌或其组合。在一些实施方案中，癌症是KRAS突变癌症。在一些实施方案中，癌症是结肠直肠癌，任选地转移性结肠直肠癌。

在一些实施方案中，KRAS基因突变包括密码子12、密码子13、密码子18、密码子61、密码子117、密码子146或其组合处的突变。在一些实施方案中，KRAS基因突变包括密码子12和/或密码子13处的突变。在一些实施方案中，KRAS基因突变包括G12A、G12C、G12D、G12R、G12S、G12V、G13C、G13D、G13S、G13R、A18D、G61H、Q61L、Q61K、Q61R、K117N、A146T、A146V、A146P、A11V或其组合。

在一些实施方案中，PLK1抑制剂是onvansertib、BI2536、volasertib(BI 6727)、GSK461364、HMN-176、HMN-214、AZD1775、CYC140、rigosertib(ON-01910)、MLN0905、TKM-080301、TAK-960、Ro3280或其组合。在一些实施方案中，PLK1抑制剂是onvansertib。

PLK1抑制剂(例如，onvansertib)可以按照多种时间表被施用至受试者。例如，受试者可以以连续给药时间表被施用onvansertib，或者以在施用PLK抑制剂起的治疗周期内给予受试者一天或更多天中断的给药时间表被施用onvansertib。在一些实施方案中，治疗包括以约28天的周期每天施用onvansertib。在一些实施方案中，治疗包括在28天的周期中的前21天施用onvansertib而最后7天不施用onvansertib。在一些实施方案中，治疗包括在28天的周期中的前14天施用onvansertib而最后14天不施用onvansertib。在一些实施方案中，治疗包括在28天的周期中的10天或14天施用onvansertib。在一些实施方案中，治疗包括在28天的周期中，在第一个14天中的5天施用onvansertib，并且在第二个14天中的5天施用onvansertib。在一些实施方案中，治疗包括在28天的周期中，在第一个14天中的7天(例如，第1天至第7天)施用onvansertib，并且在第二个14天中的7天(例如，第15天至第21天)施用onvansertib。在一些实施方案中，治疗包括以6mg/m²-24mg/m²，任选地6mg/m²-12mg/m²或12mg/m²-18mg/m²施用onvansertib。在一些实施方案中，受试者的血液中onvansertib的最大浓度(C_max)是从约100nmol/L至约1500nmol/L。

在一些实施方案中，受试者的血液中onvansertib的浓度随时间变化的图的曲线下面积(AUC)是从约1000nmol/L.小时至约400000nmol/L.小时。在一些实施方案中，达到受试者的血液中onvansertib的最大浓度的时间(T_max)是从约1小时至约5小时。在一些实施方案中，受试者的血液中onvansertib的消除半衰期(T_1/2)是从约10小时至约60小时。

在一些实施方案中，癌症治疗包括向受试者施用至少一种另外的癌症治疗剂或癌症疗法。在一些实施方案中，另外的癌症治疗剂包括FOLFIRI、贝伐珠单抗(bevacizumab)、阿比特龙(abiraterone)、FOLFOX、抗EGFR剂、KRAS定向抑制剂(KRAS directedinhibitor)、吉西他滨、abraxane、纳米脂质体伊立替康、5-FU或其组合；所述抗EGFR剂任选地是西妥昔单抗(cetuximab)，并且KRAS定向抑制剂任选地是G12C抑制剂、G12D抑制剂或其组合。在一些实施方案中，PLK抑制剂和癌症治疗剂或癌症疗法被同时地或顺序地共同施用。

在一些实施方案中，癌症治疗包括一个或更多个周期，并且在癌症治疗的每个周期之前、期间和/或之后检测KRAS基因突变的变化或KRAS的变体等位基因频率。在一些实施方案中，治疗的每个周期是至少21天。在一些实施方案中，治疗的每个周期是从约21天至约28天。在一些实施方案中，受试者是人类。

PLK1抑制剂作为患有癌症的受试者的治疗的用途，受试者对治疗的响应性使用一种方法来确定，治疗结果使用一种方法来改善，受试者使用一种方法来治疗，使用的PLK1抑制剂是onvansertib。

本文公开的包括PLK1抑制剂作为患有癌症的受试者的治疗的用途的实施方案。在一些实施方案中，使用本公开内容的任何方法来确定受试者对治疗的响应性。在一些实施方案中，使用本公开内容的任何方法来改善治疗结果。在一些实施方案中，使用本公开内容的任何方法来治疗受试者。在一些实施方案中，PLK1抑制剂是onvansertib。

如本文公开的，定期测量癌症患者的体液中无细胞DNA中的KRAS突变可以指导治疗决策。本文提供的包括方法，该方法包括：(a)治疗患者的以KRAS突变为特征的癌症，以及(b)定期地从患者中采样体液并且测量体液中无细胞DNA(cfDNA)中的KRAS突变。

还提供的包括方法，该方法包括：(a)治疗患者的以KRAS突变为特征的结肠直肠癌，以及(b)定期地从患者中采样体液并且测量体液中无细胞DNA中的KRAS突变，其中所述治疗包括施用PLK1抑制剂。

附图简述

图1是PLK1抑制剂针对具有KRAS突变体的癌细胞的合成致死性的图示。

图2是指导有丝***的信号转导通路的图示。

图3是示出6名用onvansertib与FOLFIRI和贝伐珠单抗治疗的患者的无细胞血浆DNA中的突变体KRAS的图。箭头示出检测不到突变体KRAS的第一时间点。

图4A是示出用12mg/m²的onvansertib与FOLFIRI和贝伐珠单抗治疗的5名患者的放射影像学响应(radiographic response)的图。图4B是示出用12mg/m²的onvansertib与FOLFIRI和贝伐珠单抗治疗的7名患者的响应持久性的图。

图5是示出onvansertib处理的KRAS突变CRC细胞和WT等基因(isogenic)CRC细胞的细胞生存力的图。

图6A和图6B是示出在HCT-116KRAS突变CRC异种移植模型中与伊立替康和5-FU组合的onvansertib的抗肿瘤活性的图。

图7示出了与FOLFIRI和贝伐珠单抗组合的onvansertib的治疗时间表。

图8A是示出治疗响应和持续时间的图。图8B是示出放射影像学响应的图。

图9示出了两名患者的KRAS突变MAF和肿瘤尺寸相对于基线的变化的图。

图10A是示出治疗响应和持续时间的图。图10B是示出肿瘤尺寸相对于基线的变化的图。

图11A是示出1个周期之后KRAS MAF变化百分比的图。图11B是示出KRAS MAF随时间变化的图。

图12示出了在基线时具有可检测到的血浆KRAS突变体的EAP参与者的PFS。

图13示出了参与者的治疗史。

图14A示出了具有图13中示出的治疗史的参与者的基线、8周和16周扫描。图14B示出了具有图13中示出的治疗史的参与者中肿瘤病灶(tumor lesion)的减少，伴随KRAS MAF的降低。

图15示出两名EAP参与者的治疗史。

图16示出了实施例3中描述的研究的治疗时间表。

图17示出了实施例3中描述的研究的效力。

图18示出了SD和PD患者的差异性突变的基因。

详述

在以下详细描述中，对形成该详细描述的一部分的附图进行了参考。在附图中，相似的符号通常标识相似的组分，除非上下文另外规定。详细描述、附图和权利要求中描述的说明性实施方案不意味着是限制性的。在不偏离本文提出的主题的精神或范围的情况下可以利用其他的实施方案，并且可以做出其他的改变。将容易地理解的是，如本文一般描述的和附图中图示的，本公开内容的方面可以以许多不同的配置被布置、替代、组合、分离和设计，其全部在本文中被明确地设想，并且构成本文公开内容的一部分。

本文提及的所有专利、公布的专利申请、其他出版物和来自GenBank以及其他数据库的序列都针对相关技术通过引用以其整体并入。

定义

除非另外定义，否则本文使用的技术术语和科学术语具有与由本公开内容所属的领域的普通技术人员通常理解的相同含义。参见，例如Singleton等人,Dictionary ofMicrobiology and Molecular Biology第2版,J.Wiley&Sons(New York,NY 1994)；Sambrook等人,Molecular Cloning,A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press(Cold Spring Harbor,NY 1989)。为了本公开内容的目的，在下文定义了以下术语。

如本文使用的，“受试者”指的是作为治疗、观察或实验的对象的动物。“动物”包括冷血和温血的脊椎动物和无脊椎动物，诸如鱼类、甲壳动物、爬行动物并且特别是哺乳动物。“哺乳动物”包括但不限于小鼠；大鼠；兔；豚鼠；狗；猫；绵羊；山羊；牛；马；灵长类动物，诸如猴、黑猩猩和猿类并且特别是人类。

如本文使用的，“患者”指的是由医学专业人员诸如医生(即，对症疗法医学医生或骨科医学医生)或兽医医生治疗，以试图治愈或至少改善特定疾病或紊乱的影响，或首先预防疾病或紊乱发生的受试者。在一些实施方案中，患者是人类或动物。在一些实施方案中，患者是哺乳动物。

如本文使用的，“施用(administration)”或“施用(administration)”指的是向脊椎动物给予一定剂量的药学活性成分的方法。

如本文使用的，“剂量”指的是活性成分(例如，环孢菌素类似物，包括CRV431)的组合的量。

如本文使用的，“单位剂量”指的是在单个剂量中施用至患者的治疗剂的量。

如本文使用的，术语“日剂量(daily dose)”或“日剂量(daily dosage)”指的是将在24小时内服用的药物组合物或治疗剂的总量。

如本文使用的，术语“递送”指的是根据需要将药物组合物或治疗剂输送到患者体内以安全地实现其期望治疗效果的方法、制剂、技术和***。在一些实施方案中，配制有效量的组合物或剂用于递送到患者的血流中。

如本文使用的，术语“配制(formulated)”或“配制(formulation)”指的是将包括一种或更多种药学活性成分的不同的化学物质组合以产生剂型的工艺。在一些实施方案中，两种或更多种药学活性成分可以被共同配制成单一剂型或组合的剂量单位，或者被单独地配制并且随后组合成组合的剂量单位。持续释放制剂是设计成在延长的时间段内在体内缓慢地释放治疗剂的制剂，而立即释放制剂是设计成在缩短的时间段内在体内快速地释放治疗剂的制剂。

如本文使用的，术语“药学上可接受的”指示所指示的材料不具有将导致合理谨慎的医疗从业者考虑到待治疗的疾病或状况以及相应的施用途径而避免向患者施用该材料的性质。例如，通常要求这样的材料是基本上无菌的。

如本文使用的，术语“药学上可接受的载体”指的是药学上可接受的材料、组合物或媒介物，诸如液体或固体填充剂、稀释剂、赋形剂、溶剂或包封材料，它们涉及将任何补充剂或组合物或其组分从一个器官或身体的一部分运载或运输至另一个器官或身体的一部分，或者将剂递送至患病的组织或与患病的组织相邻的组织。载体或赋形剂可以用于产生组合物。可以选择载体或赋形剂以促进药物或前药的施用。载体的实例包括碳酸钙，磷酸钙，多种糖诸如乳糖、葡萄糖或蔗糖，或各种类型的淀粉，纤维素衍生物，明胶，植物油，聚乙二醇和生理上相容的溶剂。生理上相容的溶剂的实例包括注射用水(WFI)、盐水溶液和右旋糖的无菌溶液。

如本文使用的，术语“药学上可接受的盐”指的是任何酸加成盐或碱加成盐，这些酸加成盐或碱加成盐的抗衡离子以所述盐的药物剂量对于患者是无毒的。许多药学上可接受的盐在制药领域是众所周知的。如果在这些组合物中使用本公开内容的化合物的药学上可接受的盐，这些盐优选地源自无机或有机的酸和碱。这样的酸盐中包括以下：乙酸盐、己二酸盐、海藻酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、硫酸氢盐、丁酸盐、柠檬酸盐、樟脑酸盐、樟脑磺酸盐、环戊烷丙酸盐、二葡糖酸盐、十二烷基硫酸盐、乙磺酸盐(ethanesulfonate)、富马酸盐、葡糖庚酸盐(lucoheptanoate)、甘油磷酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、己酸盐、盐酸盐、氢溴酸盐、氢碘酸盐、2-羟基乙磺酸盐、乳酸盐、马来酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、草酸盐、双羟萘酸盐、果胶酸盐、过硫酸盐、3-苯基-丙酸盐、苦味酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、琥珀酸盐、酒石酸盐、硫氰酸盐、甲苯磺酸盐、十一烷酸盐、氢卤化物(例如，盐酸盐和氢溴酸盐)、硫酸盐、磷酸盐、硝酸盐、氨基磺酸盐、丙二酸盐、水杨酸盐、亚甲基-双-b-羟基萘甲酸盐、龙胆酸盐、羟乙基磺酸盐、二对甲苯酰基酒石酸盐、乙磺酸盐(ethanesulphonate)、环己基氨基磺酸盐、奎尼酸盐(quinate)等。药学上可接受的碱加成盐包括但不限于源自碱金属碱或碱土金属碱或常规有机碱(诸如三乙胺、吡啶、哌啶、吗啉、N-甲基吗啉)的那些盐，铵盐，碱金属盐诸如钠盐和钾盐，碱土金属盐诸如钙盐和镁盐，有机碱的盐诸如二环己胺盐、N-甲基-D-葡糖胺盐，以及氨基酸诸如精氨酸、赖氨酸的盐等。

如本文使用的，术语“水合物”指的是水分子与溶质的分子或离子的组合形成的复合物。如本文使用的，术语“溶剂化物”指的是溶剂分子与溶质的分子或离子的组合形成的复合物。溶剂可以是有机化合物、无机化合物或两者的混合物。溶剂化物意在包括水合物、半水合物、通道水合物等。溶剂的一些实例包括但不限于甲醇、N,N-二甲基甲酰胺、四氢呋喃、二甲基亚砜和水。

如本文使用的，“治疗有效量”或“药学有效量”指的是具有治疗效果的治疗剂的量。当单独施用或与一种或更多种另外的治疗剂组合施用时在治疗中有用的药学活性成分的剂量是治疗有效量。因此，如本文使用的，治疗有效量指的是如根据临床试验结果和/或模型动物研究判断的产生期望的治疗效果的治疗剂的量。治疗有效量将取决于化合物、疾病、紊乱或状况及其严重程度以及待治疗的哺乳动物的年龄、体重等而变化。剂量可以方便地被施用，例如以每天多至四次的分开的剂量或以持续释放形式施用。

如本文使用的，术语“治疗(treat)”、“治疗(treatment)”或“治疗(treating)”指的是为了预防和/或治疗目的向受试者施用治疗剂或药物组合物。术语“预防性治疗”指的是治疗尚未表现出疾病或状况的症状，但易受特定疾病或状况影响或处于特定疾病或状况的风险中的受试者，由此治疗降低了患者将发展该疾病或状况的可能性。术语“治疗性治疗(therapeutic treatment)”指的是向已经患有疾病或状况的受试者施用治疗。如本文使用的，“治疗效果”在一定程度上减轻了疾病或紊乱的一种或更多种症状。例如，可以通过受试者传达的主观不适的减少(例如，在自我管理的患者问卷中记录的减少的不适)来观察治疗效果。

如本文使用的，术语“预防(prophylaxis)”、“预防(prevent)”、“预防(preventing)”、“预防(prevention)”指的是对受试者例如哺乳动物(包括人类)的亚临床疾病状态的预防性治疗，用于降低临床疾病状态发生的概率。方法可以部分地或完全地延迟或排除紊乱或状况和/或其伴随症状中的一种或更多种的发作或复发，或者阻止受试者获得或再获得紊乱或状况，或者降低受试者获得或再获得紊乱或状况或其伴随症状中的一种或更多种的风险。基于已知与普通人群相比增加患临床疾病状态的风险的因素，选择受试者进行预防性疗法。“预防”疗法可以被分为(a)一级预防和(b)二级预防。一级预防被定义为对尚未呈现临床疾病状态的受试者的治疗，而二级预防被定义为预防相同或类似的临床疾病状态的第二次发生。

如本文使用的，术语“部分响应”和“部分缓解”中的每一个指的是响应于治疗的如通过例如肿瘤尺寸和/或癌症标志物水平测量的癌状态的改善。在一些实施方案中，“部分响应”意味着肿瘤或指示肿瘤的血液标志物响应于治疗在尺寸或水平上降低了约50％。治疗可以是针对癌症的任何治疗，包括但不限于化疗、放疗、激素疗法、手术、细胞或骨髓移植以及免疫疗法。肿瘤的尺寸可以通过临床或放射学手段来检测。指示肿瘤的标志物可以通过技术人员熟知的手段检测，例如，ELISA或其他基于抗体的测试。

如本文使用的，术语“完全响应”或“完全缓解”中的每一个意味着如通过例如肿瘤尺寸和/或癌症标志物水平测量的癌状态在治疗后已经消失，所述治疗包括但不限于化疗、放疗、激素疗法、手术、细胞或骨髓移植以及免疫疗法。肿瘤的存在可以通过临床或放射学手段来检测。指示肿瘤的标志物可以通过技术人员熟知的手段检测，例如，ELISA或其他基于抗体的测试。然而，“完全响应”不一定指示癌症已经被治愈，因为完全响应之后可能复发。

本文使用下文示出的缩写：

PR＝部分响应

SD＝稳定疾病

PD＝进行性疾病；

CXD1＝周期X第1天

PFS＝无进展生存期

本文公开的包括用于确定受试者对癌症治疗的响应性的方法、组合物和试剂盒，用于改善癌症治疗的结果的方法、组合物和试剂盒，以及用于治疗癌症的方法、组合物和试剂盒。

KRAS

KRAS基因(也被称为Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因同源物，KRAS原癌基因，GTP酶，K-Ras，KRAS2)是一种编码GTP酶的原癌基因，GTP酶是调节有丝***的信号转导通路的一部分。

KRAS中的若干种突变激活该蛋白，并且与诸如以下的癌症有关：急性髓细胞性白血病(acute myelogenous leukemia，AML)、幼年型粒-单核细胞白血病(juvenilemyelomonocytic leukemia，JMML)、胃癌、结肠直肠癌、胰腺癌和肺癌。具有突变体KRAS的癌症通常具有侵袭性生长。KRAS基因中的突变被发现在密码子12、密码子13、密码子18、密码子61、密码子117和密码子146。在KRAS基因中最常见的激活突变被发现在密码子12和密码子13，包括但不限于G13C、G13D、G12V、G12D、G12A、G12R、G12S和G12C。KRAS突变的非限制性实例包括A18D、Q61H和K117N。如本文使用的，KRAS基因突变可以包括例如G12A、G12C、G12D、G12R、G12S、G12V、G13C、G13D、G13S、G13R、A18D、G61H、Q61L、Q61K、Q61R、K117N、A146T、A146V、A146P、A11V或其组合。

靶向KRAS G12C的药物正在开发中，但目前还没有可用的靶向由其他突变激活的KRAS的药物。靶向具有KRAS突变的癌症的努力集中在抑制与KRAS共享相同信号转导通路的蛋白质上。完成了全基因组RNAi筛选，以鉴定KRAS突变的肿瘤细胞驱动肿瘤生长所必需的是何种基因。在鉴定出的基因中有PLK1，其中PLK1的抑制被假设为针对具有KRAS突变体的癌症是合成致死的。合成致死性(synthetic lethality)是其中两个或更多个基因的表达缺陷的组合导致细胞死亡，而这些基因中仅一个的缺陷不导致细胞死亡。在目前的情况下，如图1中图示的，当在具有野生型KRAS的细胞(例如，非癌细胞)中抑制PLK1时，该细胞保持存活。然而，当在具有KRAS突变体的癌细胞中抑制PLK1时，细胞死亡发生。

具有KRAS突变并且对治疗有抗性的肿瘤可能在治疗期间出现。这种抗性在转移性结肠直肠癌(mCRC)的抗EGFR治疗中特别常见，其中高达50％的经历护理标准(standard-of-care)抗EGFR治疗(例如，西妥昔单抗和/或帕尼单抗)的具有野生型KRAS的mCRC患者发展具有KRAS突变的抗性肿瘤。这些患者需要二级治疗选择。还需要能够快速评估突变体KRAS的流行率的存在的KRAS测定，作为对治疗响应的早期预测因子。本文公开的方法、组合物和试剂盒可以用于治疗癌症，例如结肠直肠癌。结肠直肠癌(CRC)通常与KRAS突变相关。目前结肠直肠癌的护理标准化疗是FOLFIRI，FOLFIRI是亚叶酸(醛叶酸)、5-氟尿嘧啶(5-FU)和伊立替康的组合。贝伐珠单抗通常与FOLFIRI组合，然而，该组合针对转移性CRC(mCRC)仅具有4％的响应率。

PLK抑制剂、剂量和药代动力学

Polo样激酶(PLK)是五种高度保守的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶的家族。PLK1是有丝***的主调节因子，并且涉及细胞周期的若干个步骤，包括有丝***进入、中心体成熟、双极纺锤体形成、染色体分离和胞质***。PLK1已经显示出在实体瘤和血液恶性肿瘤中过表达。PLK1抑制诱导癌细胞中的G2-M期阻滞和随后的凋亡，并且已经作为有前景的靶向疗法出现。PLK1抑制剂的非限制性实例包括onvansertib、BI2536、volasertib(BI 6727)、GSK461364、HMN-176、HMN-214、AZD1775、CYC140、rigosertib(ON-01910)、MLN0905、TKM-080301、TAK-960、Ro3280及其任何组合。

onvansertib(也被称为PCM-075，NMS-1286937，NMS-937，美国专利第8,927,530号中描述的“式(I)的化合物”；IUPAC名称1-(2-羟乙基)-8-{[5-(4-甲基哌嗪-1-基)-2-(三氟甲氧基)苯基]氨基}-4,5-二氢-1H-吡唑并[4,3-h]喹唑啉-3-甲酰胺)是选择性ATP竞争性PLK1抑制剂。生化测定展示，在296种激酶的组(包括其他PLK成员)中，onvansertib对PLK1具有高特异性。在实体恶性肿瘤和血液恶性肿瘤两者的模型中，onvansertib具有强的体外和体内的抗肿瘤活性。例如，它在增殖测定中显示出高效能，对来自实体瘤以及血液肿瘤两者的大量细胞系具有低纳摩尔活性。onvansertib是第一个在不同的临床前模型中具有经证实的抗肿瘤活性的进入临床试验的通过口服途径施用的PLK1特异性ATP竞争性抑制剂。

以小鼠中耐受良好的剂量口服施用之后，onvansertib有效地引起癌细胞系中有丝***细胞周期阻滞和随后的凋亡，并且抑制异种移植肿瘤生长，具有明确的PLK1相关的作用机制。此外，onvansertib在与批准的细胞毒性药物(诸如伊立替康)的组合疗法中显示出活性，其中与单独的每种剂相比，HT29人结肠腺癌异种移植物中存在增强的肿瘤消退，并且在与阿糖胞苷的组合疗法中在AML的播散性模型中显示出动物的延长的存活。onvansertib在啮齿动物和非啮齿动物物种中具有有利的药理学参数和良好的口服生物利用度，以及在使用多种给药方案的不同的非临床模型中具有经证实的抗肿瘤活性，这可能在给药时间表中提供高度的灵活性，保证在临床环境中的研究。与先前的PLK抑制剂相比，onvansertib具有若干个优点，包括仅对PLK1的高选择性、口服利用度和约24小时的半衰期。

在美国的单个研究点，已经在患有晚期/转移性实体瘤的成年受试者中进行了onvansertib的1期剂量递增研究。该研究的主要目的是确定患有晚期/转移性实体瘤的成年受试者中onvansertib的最大耐受剂量(MTD)。研究的次要目的是确定抗肿瘤活性。在该研究中，建立了24mg/m²的推荐2期剂量，并且16名可评价患者中的5名具有稳定疾病。

患有晚期/转移性实体瘤的患者中onvansertib的I期、人体首次、剂量递增研究确定了中性粒细胞减少症和血小板减少症为主要的剂量限制性毒性。这些血液学毒性基于药物的作用机制被预期，并且是可逆的，恢复在3周内发生。onvansertib的半衰期被确定在20小时和30小时之间。onvansertib的口服生物利用度加上其短半衰期为方便、受控且灵活的给药时间表提供了机会，有可能将毒性最小化并且改善治疗窗口。已经进行了药效学和生物标志物研究，包括基线基因组谱分析(baseline genomic profiling)、血浆中突变等位基因分数的连续监测以及循环母细胞中PLK1抑制的程度，以鉴定与临床响应相关的生物标志物，并且在2021年1月13日提交的并且标题为“Circulating Tumor DNA as a Biomarkerfor Leukemia Treatment”的PCT申请第PCT/US2021/013287号中进行了描述，该PCT申请的内容通过引用以其整体并入本文。

本公开内容的癌症治疗可以包括在一个周期、两个周期或更多个周期中向患有癌症的受试者施用PLK1抑制剂(例如，onvansertib)，持续期望的持续时间。每个周期中期望的持续时间可以独立地是一天、两天、三天、四天、五天、六天、七天、八天、九天、十天或更多天。周期的长度可以是例如至少20天、21天、22天、23天、24天、25天或更长。例如，治疗的单个周期可以包括在一个周期(例如，至少21天(例如，21天至28天)的周期)中施用PLK1抑制剂(例如，onvansertib)四天、五天、六天、七天、八天、九天、十天、十一天、十二天、十三天、十四天、十五天、十六天、十七天、十八天、十九天、二十天或更多天。在一些实施方案中，治疗可以包括在一个周期(例如，至少21天(例如，21天至28天)的周期)中施用PLK1抑制剂(例如，onvansertib)，持续以下时间或至少以下时间：四天、五天、六天、七天、八天、九天、十天、十一天、十二天、十三天、十四天、十五天、十六天、十七天、十八天、十九天、二十天或这些值中的任何两个之间的范围。在治疗的单个周期中施用PLK1抑制剂(例如，onvansertib)可以是连续的或具有一个或更多个间隔(例如，中断一天或两天)。在一些实施方案中，治疗包括在21天至28天的周期中施用PLK1抑制剂(例如，onvansertib)5天。在一些实施方案中，在一个周期中施用PLK1抑制剂的持续时间可以不同于在一个或更多个其他周期中施用PLK1抑制剂的持续时间。例如，PLK1抑制剂可以在第一周期中向受试者施用10天(例如，在28天周期中的前14天中的第1天至第5天和最后14天中的第1天至第5天)，并且在第二周期中向受试者施用14天(例如，在28天周期中的前14天中的第1天至第7天和最后14天中的第1天至第7天)。每个周期的长度可以变化。例如，周期1可以是28天，并且周期2可以是21天。

本文公开的癌症治疗可以包括以12mg/m²-90mg/m²或以约12mg/m²-90mg/m²，例如，作为日剂量，施用PLK1抑制剂(例如，onvansertib)。例如，治疗可以包括按以下值或约以下值每日施用PLK1抑制剂(例如，onvansertib)：8mg/m²、10mg/m²、12mg/m²、14mg/m²、15mg/m²、16mg/m²、18mg/m²、20mg/m²、23mg/m²、27mg/m²、30mg/m²、35mg/m²、40mg/m²、45mg/m²、50mg/m²、55mg/m²、60mg/m²、65mg/m²、70mg/m²、80mg/m²、85mg/m²、90mg/m²、这些值中的任何两个之间的范围，或8mg/m²-90mg/m²之间的任何值。在一些实施方案中，对于受试者，PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的日剂量可以在治疗期间或治疗的单个周期(例如，第一周期、第二周期、第三周期和后续周期)期间进行调整(例如，对范围增加或减少)。在一些实施方案中，PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的日剂量是12mg/m²、15mg/m²、18mg/m²或24mg/m²。在一些实施方案中，PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的日剂量是15mg/m²。治疗的每个周期的PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的日剂量可以变化。例如，用于第一周期的PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的日剂量可以是12mg/m²，并且用于第二周期的PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的日剂量可以增加至例如15mg/m²。在一些实施方案中，用于第二周期的PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的日剂量可以然后增加至例如18mg/m²。

当PLK1抑制剂单独地施用或与一种或更多种另外的癌症治疗剂(例如，FOLFIRI和贝伐珠单抗)组合施用时，受试者的血液中PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的最大浓度(C_max)(在治疗期间或在治疗之后)可以是从约100nmol/L至约1500nmol/L。例如，当PLK1抑制剂单独地施用或与一种或更多种另外的癌症治疗剂(例如，FOLFIRI和贝伐珠单抗)组合施用时，受试者的血液中PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的C_max可以是以下值或约以下值：100nmol/L、200nmol/L、300nmol/L、400nmol/L、500nmol/L、600nmol/L、700nmol/L、800nmol/L、900nmol/L、1000nmol/L、1100nmol/L、1200nmol/L、1300nmol/L、1400nmol/L、1500nmol/L、这些值中的任何两个之间的范围，或在200nmol/L至1500nmol/L之间的任何值。

当PLK1抑制剂单独地施用或与一种或更多种另外的癌症治疗剂(例如，FOLFIRI和贝伐珠单抗)组合施用时，受试者的血液中PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的浓度随时间变化的图的曲线下面积(AUC)(例如，在施用之后前24小时的AUC_0-24)可以是从约1000nmol/L.小时至约400000nmol/L.小时。例如，当PLK1抑制剂单独地施用或与一种或更多种另外的癌症治疗剂(例如，FOLFIRI和贝伐珠单抗)组合施用时，受试者的血液中PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的浓度随时间变化的图的AUC(例如，在施用之后前24小时的AUC_0-24)可以是以下值或约以下值：1000nmol/L.小时、5000nmol/L.小时、10000nmol/L.小时、15000nmol/L.小时、20000nmol/L.小时、25000nmol/L.小时、30000nmol/L.小时、35000nmol/L.小时、40000nmol/L.hour、这些值中的任何两个之间的范围，或在1000nmol/L.小时和400000nmol/L.小时之间的任何值。

当PLK1抑制剂单独地施用或与一种或更多种另外的癌症治疗剂(例如，FOLFIRI和贝伐珠单抗)组合施用时，达到受试者的血液中PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的最大浓度的时间(T_max)可以是从约1小时至约5小时。例如，当PLK1抑制剂单独地施用或与一种或更多种另外的癌症治疗剂(例如，FOLFIRI和贝伐珠单抗)组合施用时，达到受试者的血液中PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的最大浓度的时间(T_max)可以是以下值或约以下值：1小时、1.5小时、2小时、2.5小时、3小时、3.5小时、4小时、4.5小时、5小时、这些值中的任何两个之间的范围，或在1小时和5小时之间的任何值。

当PLK1抑制剂单独地施用或与一种或更多种另外的癌症治疗剂(例如，FOLFIRI和贝伐珠单抗)组合施用时，受试者的血液中PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的消除半衰期(T_1/2)可以是从约10小时至约60小时。例如，当PLK1抑制剂单独地施用或与一种或更多种另外的癌症治疗剂(例如，FOLFIRI和贝伐珠单抗)组合施用时，受试者的血液中PLK1抑制剂(例如，onvansertib)的消除半衰期(T_1/2)可以是以下值或约以下值：10小时、15小时、20小时、25小时、30小时、35小时、40小时、45小时、50小时、55小时、60小时、这些值中的任何两个之间的范围，或在10小时和60小时之间的任何值。

KRAS突变的检测

可以在来自感兴趣的受试者(例如，患有结肠直肠癌的受试者、处于结肠直肠癌的部分缓解中的受试者或怀疑患有结肠直肠癌的受试者)的生物样品(包括但不限于体液(例如，血液样品))中检测KRAS突变。例如，可以在从血液样品的血浆级分、血清级分或两者获得的循环肿瘤细胞(CTC)、循环肿瘤DNA(ctDNA)、PBMC或其组合中检测突变。在一些实施方案中，身体样品是全血、血清、血浆、脑脊液、滑液、淋巴液、腹水、间质液或细胞外液、细胞之间的空间中的流体包括龈沟液、骨髓、胸膜积液、脑脊液、唾液、粘液、痰、***、汗液、尿液或其任何组合。在一些实施方案中，CTC和/或ctDNA从血液及其级分中获得。样品可以呈最初从受试者中分离的形式，或者可以经受进一步处理以去除或添加组分，诸如细胞，或者相对于另一种组分富集一种组分。因此，在一些实施方案中，分析包含ctDNA的血浆或血清可以是有利的。样品可以从受试者中分离或获得，并且运送至样品分析的地点。样品可以在合意的温度保存和运输，例如，室温、4℃、-20℃和/或-80℃。样品可以在样品分析的地点从受试者中分离或获得。受试者可以是人类、哺乳动物、动物、伴侣动物、服务动物或宠物。受试者可以不具有癌症或可检测到的癌症症状。受试者可以已经用一种或更多种癌症疗法治疗，例如，化疗、抗体、疫苗或生物制剂中的任何一种或更多种。受试者可以处于缓解中。受试者可以被怀疑患有癌症或任何癌症相关的遗传突变/紊乱。

无细胞核酸是不包含在细胞内或以其他方式与细胞结合的核酸，或者换句话说，在去除完整细胞之后在样品中剩余的核酸。无细胞核酸包括DNA、RNA及其杂交体，包括基因组DNA、线粒体DNA、siRNA、miRNA、循环RNA(cRNA)、tRNA、rRNA、核仁小RNA(snoRNA)、Piwi相互作用RNA(piRNA)、长非编码RNA(长ncRNA)或这些中的任一种的片段。无细胞核酸可以是双链的、单链的或其杂交体。无细胞核酸可以通过分泌或细胞死亡过程(例如细胞坏死和凋亡)被释放到体液中。一些无细胞核酸从癌细胞释放到体液中，例如ctDNA。其他的无细胞核酸从健康细胞释放。cfDNA可以从体液中获得，而不需要进行体外细胞裂解步骤，并且因此为基因组分析提供了非侵入性选择。本文提供的包括用于检测和/或分析体液(例如，外周血)中的无细胞核酸(例如，ctDNA)以用于临床结果预测/确定的方法、组合物、试剂盒和***。方法可以包括单细胞和无细胞核酸的组合的分析。本文提供的包括利用来自全血(例如，血浆和/或血清)的ctDNA来进行治疗性监测和最小/分子残余疾病确定的方法。

各种测定(例如，测序分析)可以用于检测和分析ctDNA或来自CTC的核酸。本文提供的方法可以包括使用分子条形码和测序作为读出，从感兴趣的受试者(例如，患有结肠直肠癌的受试者)的血液(例如，血浆和/或血清)中分离和分析ctDNA。方法可以包括从完整的细胞耗尽的血液中分离血浆和ctDNA。方法可以包括离心以产生血浆和从血浆中提取核酸，随后通过条形码化制备文库，测序，以及然后分析。例如，ctDNA可以通过已知的方法从血浆样品中获得，并且可以通过包括但不限于聚合酶链式反应(PCR)和下一代测序(NGS)的方法进行分析。在一些实施方案中，使用微滴数字PCR(ddPCR)分析ctDNA。

ctDNA可以携带一种或更多种类型的突变，例如，种系突变、体细胞突变或两者。种系突变指的是存在于受试者的种系DNA中的突变。来自受试者的ctDNA可以携带一个或更多个基因中的一个或更多个突变，例如KRAS突变。体细胞突变指的是源自受试者的体细胞(例如，癌细胞)的突变。在一些实施方案中，突变可以是结肠直肠癌相关的KRAS突变。

在扩增之前，生物样品(例如，血浆或血清)中ctDNA的示例量在从约1fg至约1μg，例如，1pg至200ng、1ng至100ng、10ng至1000ng的范围内。例如，该量可以是高达约600ng、高达约500ng、高达约400ng、高达约300ng、高达约200ng、高达约100ng、高达约50ng或高达约20ng的无细胞核酸分子。该量可以是至少1fg、至少10fg、至少100fg、至少1pg、至少10pg、至少100pg、至少1ng、至少10ng、至少100ng、至少150ng或至少200ng的无细胞核酸分子。该量可以是高达1飞克(femtogram，fg)、10fg、100fg、1皮克(pg)、10pg、100pg、1ng、10ng、100ng、150ng或200ng的ctDNA分子。方法可以包括获得1飞克(fg)至200ng的ctDNA。ctDNA可以具有约100个-500个核苷酸的示例性尺寸分布，其中110个至约230个核苷酸的分子代表约90％的分子，具有约168个核苷酸的众数(mode)以及在240个至440个核苷酸之间的范围内的第二次峰(second minor peak)。

可以通过分级分离或分区(partitioning)步骤从体液(例如，血浆)中分离ctDNA，在所述步骤中，将溶液中存在的ctDNA从体液的完整细胞和其他不溶性组分中分离。分区可以包括诸如离心或过滤的技术。可选地，体液中的细胞可以被裂解，并且无细胞核酸和细胞核酸在一起处理。通常，在添加缓冲液和洗涤步骤之后，核酸可以用醇沉淀。可以使用另外的清洁步骤，诸如基于二氧化硅的柱来去除污染物或盐。在这样的处理之后，样品可以包括多种形式的核酸，包括双链DNA和单链DNA。在一些实施方案中，单链DNA可以被转化为双链形式，因此它们被包括在随后的处理和分析步骤中。

在一些实施方案中，提供了用于分析复杂基因组物质同时减少或消除最初存在于复杂基因组物质中的分子特征(例如，表观遗传或其他类型的结构)信息的损失的方法、试剂、组合物和***。在一些实施方案中，分子标签可以用于跟踪ctDNA并且确定遗传修饰(例如，SNV、***或缺失(indels)、基因融合和拷贝数目变异)。用于检测和分析ctDNA的方法可以包括：将来源于对分离的cfNA的一个或更多个测序测定产生的序列读段的一个或更多个变体性质分类为真正的癌症相关的变体、不确定潜能的克隆性造血(clonalhematopoiesis of indeterminate potential，CHIP)相关的变体和/或未知来源的突变。方法可以包括：基于来源于对分离的ctDNA的一个或更多个测序测定产生的序列读段的一个或更多个变体性质的分类，调整预测评分、MRD评分和/或效力评分。

本文公开的方法、组合物、试剂盒和***可以应用至不同类型的受试者。例如，受试者可以是接受癌症治疗的受试者、处于癌症缓解(例如，部分缓解)的受试者、已经接受一种或更多种癌症治疗的受试者或怀疑患有癌症的受试者。受试者可以患有I期癌症、II期癌症、III期癌症和/或IV期癌症。癌症可以包括实体癌，例如结肠直肠癌，包括转移性结肠直肠癌(mCRC)。癌症可以是KRAS突变的或不是KRAS突变的。本文公开的方法可以包括：向受试者施用治疗性干预。治疗性干预可以包括不同的治疗性干预、抗体、过继性T细胞疗法、嵌合抗原受体(CAR)T细胞疗法、抗体-药物缀合物、细胞因子疗法、癌症疫苗、检查点抑制剂、放疗、手术、化疗剂或其任何组合。治疗性干预可以在受试者患有早期癌症的时间施用，并且其中所述治疗性干预比如果在之后的时间向受试者施用治疗性干预更有效。

如本文公开的，可以通过评价来自多于一个血浆样品的ctDNA来获得有用的信息，诸如癌症治疗的有效性和/或临床益处，所述血浆样品例如(a)在治疗之前或治疗时收集的血浆，以及(b)在治疗开始之后至少一次收集的血浆。在这些实施方案中，第二样品或随后的样品可以在治疗开始之后的任何时间采集，例如，在第一轮治疗之后，在多于一轮治疗之后，或者在不再检测到结肠直肠癌之后，以便确定结肠直肠癌是否已经复发。参见实施例，其中结合骨髓和外周血细胞评价了多个血浆样品。在一些实施方案中，在治疗之后收集的血液样品(例如，血浆)是在第一轮治疗之后收集的，例如，在治疗开始之后至少10天、15天、20天、21天、28天或35天，或在这些数字之间或之外的任何天数。

分析ctDNA可以包括分析ctDNA的一种或更多种标志物(例如，包含变体/突变体等位基因的ctDNA)。例如，可以分析ctDNA以评估患有癌症(例如，结肠直肠癌)的受试者中的变体等位基因频率(VAF)、平均VAF的变化、总突变负荷和/或新KRAS突变的发展。受试者可以是待选择进行癌症治疗的受试者、正在经历癌症治疗的受试者或已经经历癌症治疗的受试者。在一些实施方案中，ctDNA分析测量ctDNA中KRAS突变的量。在一些实施方案中，ctDNA分析测量ctDNA中KRAS基因的突变体等位基因频率(mutation allelic frequencies，MAF)。对于本文公开的方法，分析来自受试者的ctDNA可以包括检测ctDNA中的变体等位基因频率(VAF)，并且在不同的时间点的VAF的变化可以指示受试者对癌症治疗有响应。

如本文描述的，治疗期间MAF的降低(例如，当比较治疗之前的MAF和治疗的第一周期之后的MAF时)指示或预测临床响应。例如，KRAS的ctDNA MAF的降低可以指示积极的临床结果。KRAS的MAF的降低可以是25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％，或这些值中的任何两个之间的数字或范围。KRAS的MAF的降低可以是至少25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％或至少约25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％。MAF的确定可以用于本文描述的方法、组合物、试剂盒和***，用于本文的ctDNA分析，以确定癌症(例如，结肠直肠癌)的治疗和未来的治疗的有效性。在一些实施方案中，这些方法可以用于决定是否继续治疗(例如，当治疗期间存在MAF的降低时)，或者改变治疗(例如，如果治疗期间不存在MAF的降低)。

用于确定癌症治疗的效力和/或改善癌症治疗的结果的方法

本文公开的包括用于预测/确定癌症治疗的临床结果、监测癌症治疗、预测/确定受试者对癌症治疗的响应性、确定受试者的癌症状态和改善癌症治疗结果的方法、组合物、试剂盒和***。治疗包括向受试者施用PLK1抑制剂(例如，onvansertib)。例如，治疗可以是使用PLK1抑制剂(例如，onvansertib)和一种或更多种癌症治疗剂(例如，FOLFIRI和贝伐珠单抗)的组合治疗。

所述方法、组合物、试剂盒和***可以用于指导癌症治疗、提供治疗建议、减少或避免对患者不必要的无效治疗。例如，可以分析ctDNA和/或CTC以预测/确定包括施用本公开内容的PLK1抑制剂的癌症治疗的临床结果，监测组合治疗，预测/确定受试者对治疗的响应性，确定受试者的癌症状态，改善癌症治疗结果，指导癌症治疗，提供癌症治疗建议，和/或减少或避免无效的癌症治疗。可以分析ctDNA以预测/确定癌症治疗的临床结果，监测癌症治疗，预测/确定受试者对癌症治疗的响应性，确定受试者的癌症状态，改善癌症治疗结果，指导癌症治疗，提供治疗建议，和/或减少或避免无效的癌症治疗。这样的ctDNA的分析已经在PCT申请第PCT/US2021/013287号中描述，该PCT申请的内容通过引用以其整体并入本文。

用于确定KRAS基因突变(例如，确定KRAS基因的变体等位基因频率)的第一时间点可以是例如在癌症治疗之前或紧接在癌症治疗之前(即，给药前)。一个或更多个另外的时间点中的至少一个可以是例如在癌症治疗的至少一个周期(例如，第一周期、第二周期、第三周期或任何后续周期)的结束时或刚好结束之前或之后。在一些实施方案中，癌症治疗的周期是癌症治疗的第一周期。在一些实施方案中，第一时间点在癌症治疗的第一周期之前或紧接在癌症治疗的第一周期之前。在一些实施方案中，一个或更多个另外的时间点处于治疗的第二周期、第三周期、第四周期和/或第五周期的结束时或刚好结束之前。在一些实施方案中，一个或更多个另外的时间点在癌症治疗的第二周期、第三周期、第四周期和/或第五周期之后。在一些实施方案中，癌症治疗的第一周期紧接在癌症治疗的第二周期之前(例如，一天、两天、三天、四天或五天)。在一些实施方案中，方法包括如果受试者被指示为对癌症治疗有响应，则继续对受试者进行癌症治疗。在一些实施方案中，方法包括如果受试者未被指示为对癌症治疗有响应，则停止对受试者进行该癌症治疗和/或开始对受试者进行不同的癌症治疗。

在一些实施方案中，第一时间点在癌症治疗(例如，组合治疗)的开始之前或紧接在癌症治疗(例如，组合治疗)的开始之前，并且一个或更多个另外的时间点中的至少一个在治疗的至少一个周期的结束时或之后。在一些实施方案中，组合治疗的周期是治疗的第一周期。在一些实施方案中，第一时间点在治疗的第一周期之前或紧接在治疗的第一周期之前，并且一个或更多个另外的时间点在治疗的第二周期的结束时或之后。在一些实施方案中，组合治疗的第一周期紧接在治疗的第二周期之前。在一些实施方案中，方法包括如果受试者被指示为对治疗有响应，则继续对受试者进行治疗。在一些实施方案中，方法包括如果受试者未被指示为对组合治疗有响应，则停止对受试者进行该组合治疗和/或开始对受试者进行不同的治疗。

第一样品可以包含在不同时间点(例如在治疗之前或治疗期间)的来自受试者的ctDNA和/或CTC。在一些实施方案中，第一样品包含在治疗之前(例如，紧接在治疗的第一周期之前)的来自受试者的ctDNA和/或CTC。在一些实施方案中，第一样品包含在治疗的第二周期之前(例如，在治疗的第一周期完成之后并且紧接在治疗的第二周期之前)的来自受试者的ctDNA和/或CTC。另外的样品可以包含在治疗期间和/或在治疗之后的来自受试者的ctDNA和/或CTC。在一些实施方案中，另外的样品包含在治疗刚好结束之前和/或在治疗之后的来自受试者的ctDNA。在一些实施方案中，另外的样品包含在治疗的第一周期、第二周期、第三周期、第四周期和/或第五周期刚好结束之前和/或之后的来自受试者的ctDNA和/或CTC。

一些实施方案包括检测ctDNA中KRAS突变的变体等位基因频率。在一些实施方案中，分析ctDNA包括：在第一时间点在第一样品中检测从受试者获得的ctDNA中的变体等位基因频率，在一个或更多个另外的时间点在一个或更多个另外的样品中检测从受试者获得的ctDNA中KRAS基因的变体等位基因频率，并且确定第一样品和一个或更多个另外的样品中的至少一个之间ctDNA中变体等位基因频率的差异，相对于第一样品，另外的样品中KRAS的变体等位基因频率的增加指示受试者不是癌症治疗的响应者。在一些实施方案中，方法包括如果受试者被指示为对癌症治疗是非响应者，则停止进行该癌症治疗和/或开始对受试者进行另外的癌症治疗。另外的治疗可以与当前的或先前的治疗相同或不同。

ctDNA中KRAS突变的变体等位基因频率可以例如通过第一样品和一个或更多个另外的样品中的每一个的ctDNA中KRAS突变的总突变计数来确定，或者通过第一样品和一个或更多个另外的样品中的每一个的KRAS突变的平均变体等位基因频率来确定，或者通过第一样品和一个或更多个另外的样品(例如，血浆样品)中的每一个的每ml KRAS突变等位基因的数目来确定。可以使用例如PCR、下一代测序(NGS)和/或微滴数字PCR(ddPCR)来分析ctDNA。本文公开的样品可以来源于例如受试者的全血、受试者的血浆、受试者的血清或其组合。在一些实施方案中，ctDNA来自受试者的全血、受试者的血浆、受试者的血清或其组合。

在一些实施方案中，方法包括在治疗之前分析受试者的ctDNA。在一些实施方案中，治疗包括一个或更多个周期，并且在治疗的每个周期之前、期间和之后分析ctDNA。治疗的每个周期可以是至少21天。在一些实施方案中，治疗的每个周期是从约21天至约28天。在一些实施方案中，受试者是人类。

本文公开的包括确定受试者对癌症治疗的响应性的方法，包括治疗患有癌症的受试者，并且所述治疗包括向受试者施用PLK1抑制剂；检测受试者的KRAS基因突变的变化，并且基于在KRAS基因突变中检测到的变化确定受试者对癌症治疗的响应性。受试者的KRAS基因突变的变化可以通过(1)在受试者治疗癌症期间，(2)在受试者治疗癌症之前，(3)在受试者治疗癌症之后，或其组合，检测受试者的KRAS基因的一个或更多个突变来确定。例如，可以紧接在向受试者施用PLK1抑制剂之前(即，给药前)在受试者中检测KRAS基因突变，并且在癌症治疗的第一周期期间再次检测(一次或多于一次)。在一些实施方案中，在癌症治疗的第一周期结束时检测KRAS基因突变。

在一些实施方案中，检测受试者的KRAS基因突变的变化包括检测受试者的KRAS基因突变两次或更多次。例如，KRAS基因突变可以被检测两次、三次、四次、五次，并且每次独立地在癌症治疗的第1天、第2天、第3天、第5天、第7天、第10天、第11天、第12天、第13天、第14天、第15天、第16天、第17天、第18天、第19天、第20天、第21天、第22天、第23天、第24天、第25天、第26天、第27天、第28天或这些值中的任何两个之间的数字或范围。在一些实施方案中，KRAS基因突变的检测发生在癌症治疗的第5天、第7天、第14天或第28天或癌症治疗的第一周期。在一些实施方案中，在癌症治疗期间每天检测KRAS基因突变。

KRAS基因突变的变化可以是或包括：受试者治疗癌症期间KRAS基因突变的变化，从受试者治疗癌症之前到受试者治疗癌症期间KRAS基因突变的变化，或其组合。例如，受试者的KRAS基因突变可以在受试者开始接受癌症治疗之后改变(与给药前相比)。在一些实施方案中，受试者在癌症治疗期间发展不同的KRAS基因突变或KRAS的不同的变体等位基因频率。变体等位基因频率可以是例如突变体等位基因频率(MAF)。KRAS基因的变体等位基因频率可以通过总突变计数、平均变体等位基因频率、每单位(例如，ml)的样品(例如，血浆样品)的KRAS突变等位基因数目或两者来确定。在一些实施方案中，受试者在用PLK1抑制剂治疗之前具有KRAS基因中的一个或更多个突变。在一些实施方案中，受试者在用PLK1抑制剂治疗之前不具有KRAS基因的突变。KRAS突变包括但不限于G12A、G12C、G12D、G12R、G12S、G12V、G13C、G13D、G13S、G13R、A18D、G61H、Q61L、Q61K、Q61R、K117N、A146T、A146V、A146P、A11V或其组合。

在一些实施方案中，检测受试者的KRAS基因突变的变化包括检测来自受试者的生物样品或其衍生物中KRAS基因突变的变化。生物样品可以是或包括体液、全血、血浆、一种或更多种组织、一个或更多个细胞或其组合。体液可以是或包括血液、血浆、尿液或其组合。生物样品可以包括ctDNA、CTC或其组合。

在本文描述的方法中，确定受试者的响应性包括确定受试者是否是治疗的响应者，受试者是否处于或将要处于完全恢复(CR)，或者受试者是否处于或将要处于部分缓解(PR)。在一些实施方案中，确定受试者的响应性包括确定受试者是否对治疗具有部分响应，受试者是否对治疗具有完全响应，受试者是否具有稳定疾病(SD)状态，或者受试者是否具有进行性疾病(PD)状态。在一些实施方案中，通过确定按样品中总KRAS的量的比例计的KRAS突变的量来测量KRAS突变。

例如，如果KRAS的MAF的变化是至少25％、至少50％或至少75％的降低，则可以维持用PLK1抑制剂的癌症治疗。例如，可以在癌症治疗的周期1结束时或在癌症治疗的周期2的第1天检测到这样的降低。在一些实施方案中，如果存在KRAS的MAF的至少50％降低，则维持癌症治疗。在一些实施方案中，如果存在KRAS的MAF的至少75％降低，则维持癌症治疗。在一些实施方案中，如果样品中KRAS突变降低至样品中KRAS的低于0.01％或低于0.001％，则维持用PLK1抑制剂的癌症治疗。

如果KRAS的MAF的变化是小于50％、小于25％或小于10％的降低，则可以修改或停止用PLK1抑制剂的癌症治疗。例如，可以在癌症治疗的周期1结束时或在癌症治疗的周期2的第1天检测到这样的降低。在一些实施方案中，如果存在KRAS的MAF的小于50％降低，则修改或停止癌症治疗。在一些实施方案中，如果存在KRAS的MAF的小于25％降低，则修改或停止癌症治疗。在一些实施方案中，如果样品中KRAS突变未降低至样品中KRAS的低于0.01％或低于0.001％，则修改或停止用PLK1抑制剂的癌症治疗。在一些实施方案中，检测受试者的KRAS基因突变的变化包括在受试者用PLK1抑制剂治疗之后检测受试者中出现的一个或更多个KRAS突变。

本文还公开的包括改善癌症治疗的结果的方法。该方法包括：在第一时间点在第一样品中检测受试者的KRAS基因的变体等位基因频率，其中第一时间点是在受试者开始癌症治疗之前，或者在癌症治疗期间，并且其中癌症治疗包括向受试者施用PLK1抑制剂；在一个或更多个另外的时间点在受试者的一个或更多个另外的样品中检测受试者的KRAS基因的变体等位基因频率，其中所述一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在癌症治疗期间；确定第一样品和一个或更多个另外的样品之间KRAS的变体等位基因频率的差异，其中一个或更多个另外的样品中的至少一个相对于第一样品的变体等位基因频率的降低指示受试者对癌症治疗有响应；以及如果受试者被指示为对癌症治疗有响应，则继续对受试者进行癌症治疗，或者如果受试者未被指示为对癌症治疗有响应，则停止对受试者进行该癌症治疗和/或开始对受试者进行不同的癌症治疗。第一时间点可以是在受试者开始癌症治疗之前。在一些实施方案中，另外的时间点中的至少两个是在癌症治疗期间。

本文还公开的包括治疗癌症的方法，该方法包括：治疗患有癌症的受试者，其中所述治疗包括向受试者施用PLK1抑制剂；相对于在受试者接受癌症治疗之前或在癌症治疗期间在第一时间点获得的受试者的第一样品中的KRAS基因的变体等位基因频率，确定在受试者开始接受癌症治疗之后在第二时间点获得的受试者的第二样品中的KRAS基因的变体等位基因频率的降低；以及继续癌症治疗。在一些实施方案中，第一时间点在癌症治疗之前或紧接在癌症治疗之前。在一些实施方案中，第一时间点是在癌症治疗期间。例如，第一时间点是在癌症治疗的第1天、第2天、第3天、第5天、第7天、第10天、第11天、第12天、第13天、第14天、第15天、第16天、第17天、第18天、第19天、第20天、第21天、第22天、第23天、第24天、第25天、第26天、第27天、第28天。在一些实施方案中，第一时间点是在癌症治疗的第5天、第7天、第14天或第28天。

在一些实施方案中，一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在癌症治疗期间。例如，第一时间点是在癌症治疗的第1天、第2天、第3天、第5天、第7天、第10天、第11天、第12天、第13天、第14天、第15天、第16天、第17天、第18天、第19天、第20天、第21天、第22天、第23天、第24天、第25天、第26天、第27天、第28天。在一些实施方案中，一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在癌症治疗的第5天、第7天、第14天或第28天。在一些实施方案中，一个或更多个另外的时间点是在癌症治疗期间。例如，第一时间点是在癌症治疗的第1天、第2天、第3天、第5天、第7天、第10天、第11天、第12天、第13天、第14天、第15天、第16天、第17天、第18天、第19天、第20天、第21天、第22天、第23天、第24天、第25天、第26天、第27天、第28天。在一些实施方案中，一个或更多个另外的时间点是在癌症治疗的第5天、第7天、第14天或第28天。在一些实施方案中，第一时间点和一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在癌症治疗的第一周期期间。在一些实施方案中，一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在癌症治疗的第一周期期间，并且一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在癌症治疗的第二周期期间。

如本文公开的，在一些实施方案中，变体等位基因频率是突变体等位基因频率(MAF)。KRAS基因的变体等位基因频率可以通过例如总突变计数、平均变体等位基因频率、每单位(例如，ml)的样品(例如，血浆样品)的KRAS突变等位基因数目或其任何组合来确定。在一些实施方案中，检测KRAS基因中的变体等位基因频率包括检测来自受试者的生物样品或其衍生物中的KRAS基因中的变体等位基因频率。生物样品可以是或包括体液、全血、血浆、一种或更多种组织、一个或更多个细胞或其组合。在一些实施方案中，体液包括血液、血浆、尿液或其组合。在一些实施方案中，生物样品包括循环肿瘤DNA(ctDNA)、循环肿瘤细胞(CTC)或其组合。在一些实施方案中，微滴数字PCR(ddPCR)、聚合酶链式反应(PCR)或下一代测序(NGS)用于确定KRAS的MAF。

受试者可以在用PLK1抑制剂治疗之前具有KRAS基因中的一个或更多个突变。在一些实施方案中，受试者在用PLK1抑制剂治疗之前不具有KRAS基因的突变。在一些实施方案中，受试者已经接受了一种或更多种先前的癌症治疗。癌症可以是晚期的、转移性的、难治性的或复发的。癌症可以是结肠直肠癌(例如，转移性结肠直肠癌)、胰腺癌、白血病、肺癌或其组合。

KRAS基因突变可以是或包括密码子12、密码子13、密码子18、密码子61、密码子117、密码子146或其组合处的突变。在一些实施方案中，KRAS基因突变包括密码子12和/或密码子13处的突变。KRAS基因突变的非限制性实例包括G12A、G12C、G12D、G12R、G12S、G12V、G13C、G13D、G13S、G13R、A18D、G61H、Q61L、Q61K、Q61R、K117N、A146T、A146V、A146P、A11V或其组合。

在一些实施方案中，PLK1抑制剂是onvansertib。在一些实施方案中，治疗包括在28天的周期中的10天施用onvansertib。例如，治疗可以包括在28天的周期中，在第一个14天中的5天施用onvansertib，并且在第二个14天中的5天施用onvansertib。在一些实施方案中，癌症治疗包括向受试者施用至少一种另外的癌症治疗剂或癌症疗法，包括但不限于FOLFIRI、贝伐珠单抗、阿比特龙或其组合。在一些实施方案中，PLK抑制剂和癌症治疗剂或癌症疗法被同时地或顺序地共同施用。

在一些实施方案中，癌症治疗包括一个或更多个周期，并且在白血病治疗的每个周期之前、期间和/或之后检测KRAS基因突变的变化或KRAS的变体等位基因频率。治疗的每个周期可以是至少21天，例如，从约21天至约28天。

如本文公开的，定期测量癌症患者的(例如体液中的)ctDNA中的一个或更多个KRAS突变，可以提供施用至患者的治疗的有效性的早期指示。本文提供的实施例示出，其中对于具有KRAS突变的转移性结肠直肠癌，与护理标准FORFIRI和贝伐珠单抗组合，通过onvansertib的PLK1抑制是有效的治疗。不受任何特定理论束缚，据信KRAS突变体正在经历有丝***应激，并且以特定方式加剧这种应激使得对PLK1干扰导致应激过载和肿瘤细胞死亡。如图2中示出的，KRAS突变体和PLK1抑制两者都阻断了对有丝***的发生至关重要的后期促进复合物(APC/C)。APC/C复合物在介导中期到后期的转变中至关重要。来自PLK1抑制剂治疗对APC/C的双重阻断被认为引起针对KRAS突变癌细胞的合成致死性，如图1中图示的。

组合治疗在治疗开始的一个月内(在一些情况下在一周内)引起血浆无细胞DNA中的突变体KRAS减少至低于检测水平(0.001％突变体KRAS)(图3)。这种减少与这些患者的放射影像学响应相关(图4A)。这些发现确定，定期测量癌症患者的ctDNA中的KRAS突变可用于快速确定治疗有效性。

本文提供的包括方法，该方法包括：(a)治疗患者的以KRAS突变为特征的癌症，以及(b)定期地从患者中采样体液并且测量体液中无细胞DNA中的KRAS突变。

这些方法对于评价以KRAS突变为特征的任何癌症的治疗是有用的。非限制性实例包括白血病、肺癌、结肠直肠癌和胰腺癌。在一些实施方案中，癌症是结肠直肠癌。在这些实施方案中的一些中，癌症是转移性结肠直肠癌。在一些实施方案中，癌症是与一个或更多个KRAS突变相关的癌症。

以KRAS突变为特征的癌症的任何治疗都可以使用这些方法进行评价。非限制性实例包括手术、化疗、放疗(包括外束(external-beam)、立体定向和术中放疗和近距离放射治疗)、骨髓移植、免疫疗法、靶向药物疗法、冷冻消融或射频消融。在癌症是结肠直肠癌的情况下，治疗的实例包括手术、射频消融、冷冻消融、放疗、化疗(包括包含卡培他滨、5-FU、伊立替康、奥沙利铂、曲氟尿苷/替匹嘧啶的药物)、靶向疗法(包括使用例如贝伐珠单抗、瑞戈非尼(regorafenib)、ziv-阿柏西普(ziv-aflibercept)或雷莫芦单抗(ramucirumab)的抗血管生成疗法；使用例如帕博利珠单抗(pembrolizumab)、纳武利尤单抗(nivolumab)或伊匹木单抗(ipilimumab)的免疫疗法；和PLK1抑制剂)。

在一些实施方案中，治疗包括施用PLK1抑制剂。非限制性实例包括onvansertib、BI2536、volasertib(BI 6727)、GSK461364、HMN-176、HMN-214、AZD1775、CYC140、rigosertib(ON-01910)、MLN0905、TKM-080301、TAK-960或Ro3280。在多种实施方案中，PLK1抑制剂是onvansertib。

任何将预期具有核酸的体液都可以用于这些方法。体液的非限制性实例包括外周血、血清、血浆、尿液、淋巴液、羊水和脑脊液。在多种实施方案中，体液是血液、血浆或尿液。

方法可以应用至患有任何具有现在已知的或以后发现的KRAS突变的癌症的患者。KRAS突变可以是G12D、G12V、G13D、G12C、G12S、G12A或G12R。在一些实施方案中，KRAS突变是A18D、Q61H或K117N。

如本文提供的描述用onvansertib、FOLFIRI和贝伐珠单抗治疗mCRC的实施例1中示出的，KRAS突变体可以在治疗开始的一周内变得检测不到(小于KRAS的0.001％)。在这些方法中，可以在与治疗开始相关的任何时间采集样品。在一些实施方案中，在治疗开始之前或开始时采集样品。在一些实施方案中，在治疗开始之后采集样品多于一次，例如，在施用治疗之后一周内采集样品至少两次。在一些实施方案中，在治疗开始之后一周内采集样品。在一些实施方案中，在开始治疗的一个月内采集至少两个体液样品。在另外的实施方案中，从开始治疗起一个月内采集样品。如本文描述用onvansertib、FOLFIRI和贝伐珠单抗治疗mCRC的实施例中示出的，KRAS突变体可以在治疗开始的一周内变得检测不到(小于KRAS的0.001％)。

样品中的KRAS突变可以通过现在已知或以后发现的任何方法测量。非限制性实例包括任何PCR和任何下一代测序(NGS)方法。在一些实施方案中，方法是微滴数字PCR。利用这些方法，可以测量样品中KRAS突变体的任何参数，例如特定体积的体液中的总KRAS突变体，或按样品中总KRAS的量的比例计的KRAS突变的量(如实施例中)。

本文公开的方法、组合物和试剂盒可以用于做出治疗决定，例如，维持治疗还是修改治疗。指导治疗建议的样品中KRAS突变体的特定水平可以针对任何特定治疗和癌症确定而不需要过度的实验，任选地考虑可能影响建议的任何其他特定因素，例如，与患者服用的其他药物的可能的相互作用，可能影响治疗的有效性或耐受性的其他患者紊乱等。

在这些方法的一些实施方案中，(i)如果样品中的KRAS突变降低至低于样品中KRAS的设置百分比，则维持治疗，或者(ii)如果样品中的KRAS突变未降低至低于样品中KRAS的设置百分比，则修改治疗。在这些实施方案中，作为维持治疗和修改治疗之间的阈值的样品中KRAS的百分比可以通过考虑任何数目的因素来确定，例如测定的灵敏度和其他患者的过往结果。在多种实施方案中，高于其则指示治疗修改的百分比降低是0.1％、0.05％、0.01％、0.005％、0.001％，或在这些百分比之间或之外的任何百分比。在一些实施方案中，百分比是0.01％；在其他实施方案中，百分比是0.001％。

当方法指示应修改治疗时，修改的治疗可以包括上文讨论的任何治疗。

在这些方法的一些实施方案中，在患者治疗具有野生型KRAS的癌症之后，KRAS突变出现在癌症的抗性肿瘤中。在这些实施方案中的一些中，癌症是mCRC。

试剂盒

本文公开的包括用于确定受试者对癌症治疗的响应性的试剂盒、用于改善癌症治疗的结果的试剂盒和用于治疗癌症的试剂盒。在一些实施方案中，试剂盒包含：PLK1抑制剂(例如，onvansertib)或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体，以及提供用于进行本文公开的一种或更多种方法的一个或更多个步骤的说明的手册。

在一些实施方案中，试剂盒包含：PLK1抑制剂(例如，onvansertib)或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体，以及提供用于进行本文公开的方法的一个或更多个步骤以确定受试者对癌症治疗的响应性的说明的手册。例如，方法可以包括：治疗患有癌症的受试者，其中所述治疗包括向受试者施用PLK1抑制剂；检测受试者的KRAS基因突变的变化，并且基于在KRAS基因突变中检测到的变化确定受试者对癌症治疗的响应性。在一些实施方案中，检测受试者的KRAS基因突变的变化包括在以下时检测受试者的KRAS基因的一个或更多个突变：(1)在受试者治疗癌症期间，(2)在受试者治疗癌症之前，(3)在受试者治疗癌症之后，或其组合。检测KRAS基因突变的变化可以包括检测KRAS基因的变体等位基因频率，例如KRAS基因的MAF。如果KRAS的MAF的变化是至少25％、至少50％或至少75％的降低，则可以维持用PLK1抑制剂的癌症治疗。在一些实施方案中，在癌症治疗的周期1结束时或在癌症治疗的周期2的第1天检测到降低。如果KRAS的MAF的变化是小于50％、小于25％或小于10％的降低，则可以例如修改或停止用PLK1抑制剂的癌症治疗。在一些实施方案中，在癌症治疗的周期1结束时或在癌症治疗的周期2的第1天检测到降低。

在一些实施方案中，试剂盒包含：PLK1抑制剂(例如，onvansertib)或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体，以及提供用于进行本文公开的方法的一个或更多个步骤以改善癌症治疗的结果的说明的手册。例如，方法可以包括：在第一时间点在第一样品中检测受试者的KRAS基因的变体等位基因频率，其中第一时间点是在受试者开始癌症治疗之前，或者在癌症治疗期间，并且其中癌症治疗包括向受试者施用PLK1抑制剂；在一个或更多个另外的时间点在受试者的一个或更多个另外的样品中检测受试者的KRAS基因的变体等位基因频率，其中所述一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在癌症治疗期间；确定第一样品和一个或更多个另外的样品之间KRAS的变体等位基因频率的差异，其中一个或更多个另外的样品中的至少一个相对于第一样品的变体等位基因频率的降低指示受试者对癌症治疗有响应；以及如果受试者被指示为对癌症治疗有响应，则继续对受试者进行癌症治疗，或者如果受试者未被指示为对癌症治疗有响应，则停止对受试者进行该癌症治疗和/或开始对受试者进行不同的癌症治疗。第一时间点可以例如在受试者开始癌症治疗之前。在一些实施方案中，另外的时间点中的至少两个是在癌症治疗期间。在一些实施方案中，试剂盒包含：PLK1抑制剂(例如，onvansertib)或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体，以及提供用于进行本文公开的方法的一个或更多个步骤以治疗癌症的说明的手册。例如，方法可以包括：治疗患有癌症的受试者，其中所述治疗包括向受试者施用PLK1抑制剂；相对于在受试者接受癌症治疗之前或在癌症治疗期间在第一时间点获得的受试者的第一样品中的KRAS基因的变体等位基因频率，确定在受试者开始接受癌症治疗之后在第二时间点获得的受试者的第二样品中的KRAS基因的变体等位基因频率的降低；以及继续癌症治疗。检测KRAS基因的变体等位基因频率可以是例如检测KRAS基因的MAF。KRAS基因的变体等位基因频率可以通过总突变计数、平均变体等位基因频率、每单位(例如，ml)的样品(例如，血浆样品)的KRAS突变等位基因数目或其任何组合来确定。

KRAS基因突变可以包括密码子12、密码子13、密码子18、密码子61、密码子117、密码子146或其组合处的突变，例如密码子12和/或密码子13处的突变。KRAS基因突变的非限制性实例包括G12A、G12C、G12D、G12R、G12S、G12V、G13C、G13D、G13S、G13R、A18D、G61H、Q61L、Q61K、Q61R、K117N、A146T、A146V、A146P、A11V或其组合。

使用说明可以包括以9mg/m²-90mg/m²，例如以从9mg/m²至24mg/m²施用PLK1的抑制剂的说明。例如，使用说明可以是以12mg/m²、15mg/m²或18mg/m²施用PLK1抑制剂。

本文提供的一些实施方案提供了一种方法，该方法包括：(a)治疗患者的以KRAS突变为特征的癌症，以及(b)定期地从患者中采样体液并且测量体液中无细胞DNA中的KRAS突变。癌症可以是白血病、肺癌、结肠直肠癌(例如，转移性结肠直肠癌)或胰腺癌。在一些实施方案中，治疗包括施用polo样激酶1(PLK1)抑制剂，该polo样激酶1(PLK1)抑制剂包括但不限于以下中的一种或更多种：onvansertib、BI2536、volasertib(BI 6727)、GSK461364、HMN-176、HMN-214、AZD1775、CYC140、rigosertib(ON-01910)、MLN0905、TKM-080301、TAK-960和Ro3280。在一些实施方案中，PLK1抑制剂是onvansertib。体液可以是血液、血浆或尿液。在一些实施方案中，KRAS突变是G12D、G12V、G13D、G12C、G12S、G12A或G12R。在一些实施方案中，KRAS突变是G13D、G12V、G12D、G12A或G12C。例如，可以在开始治疗的一个月内采集的至少两个体液样品中测量KRAS突变。例如，可以通过确定按样品中总KRAS的量的比例计的KRAS突变的量来测量KRAS突变。

在一些实施方案中，可以在以下情况下修改治疗：(i)如果样品中的KRAS突变降低至样品中KRAS的低于0.01％，或者(ii)如果样品中的KRAS突变未降低至样品中KRAS的低于0.01％，或者(i)和(ii)两者。在一些实施方案中，可以在以下情况下维持治疗：(i)如果样品中的KRAS突变降低至样品中KRAS的低于0.001％，或者(ii)如果样品中的KRAS突变未降低至样品中KRAS的低于0.001％，或者(i)和(ii)两者。在一些实施方案中，KRAS突变的减少在开始治疗的一个月内采集的样品上确定。在一些实施方案中，在患者治疗具有野生型KRAS的癌症之后，KRAS突变出现在癌症的抗性肿瘤中。癌症可以是转移性结肠直肠癌。

还提供的包括方法，该方法包括：(a)治疗患者的以KRAS突变为特征的结肠直肠癌(例如，转移性结肠直肠癌)，以及(b)定期地从患者中采样体液并且测量体液中无细胞DNA中的KRAS突变，其中所述治疗包括施用PLK1抑制剂例如onvansertib。在一些实施方案中，在患者治疗具有野生型KRAS的癌症之后，KRAS突变出现在癌症的抗性肿瘤中。

实施例

在以下实施例中进一步详细地公开了上文讨论的实施方案中的一些方面，这些方面不以任何方式意图限制本公开内容的范围。

实施例1

转移性结肠直肠癌患者的无细胞DNA中KRAS突变的测量

临床试验NCT03829410(onvansertib与FOLFIRI和贝伐珠单抗的组合用于具有Kras突变的转移性结肠直肠癌患者的二线治疗)是一项1b/2期研究，用于确定onvansertib与FOLFIRI+安维汀(Avastin)的组合在每个28天周期的每个14天进程的第1-5天连续5日每天口服施用，作为患有具有KRAS突变的转移性结肠直肠癌的成年患者的二线治疗的安全性和效力。参与者必须患有组织学证实的转移性且无法切除的疾病，并且先前治疗失败或对伴随或不伴随贝伐珠单抗的氟嘧啶和奥沙利铂不耐受。

使用微滴数字PCR(BioRad)定期对来自患者的血浆中无细胞DNA中的KRAS定量，其中确定作为突变体KRAS的KRAS的百分比。该测定的灵敏度下限是0.001％突变体KRAS。

在6名患者中检测到5种不同的KRAS突变体变体，其代表CRC中>90％的KRAS突变；所有5种KRAS变体在治疗的第一周期内均降低(onvansertib剂量水平12mg/m²和15mg/m²)。

在剂量水平1(onvansertib 12mg/m²)，4名患者在基线时具有可检测到的KRAS突变ctDNA；在所有4名患者中，KRAS在治疗的第1周期内检测不到；这先于随后用放射影像扫描观察到的肿瘤缩小，支持本发明方法的预测价值。

在剂量水平2(onvansertib 15mg/m²)，迄今接受治疗的2名患者在基线时具有可检测到的KRAS突变ctDNA；在1名患者中，在治疗的第1周期内KRAS检测不到。

血浆KRAS突变水平的降低已经被声称是治疗响应的早期标志物(通过随后的放射影像扫描证实)(Tie等人，2015)。然而，尽管“无响应”组具有高于显示出响应的组的平均KRAS水平，但该差异在统计学上不显著(Tie等人的表2)。本文提供的数据示出，响应者中突变体KRAS的减少大得多，达到检测不到的水平(小于0.001％)，而Tie等人的响应者显示出最小0.2％的突变体KRAS，同时“无响应”组的样品低至0.3％。尽管如此，Tie等人示出血浆中突变体KRAS的小于10倍的减少与“无响应”相关，而大于10倍的减少与对治疗的积极响应相关。

实施例2

转移性结肠直肠癌患者的KRAS突变

进行了onvansertib与FOLFIRI和贝伐珠单抗的组合用于二线治疗患有KRAS突变的转移性结肠直肠癌(mCRC)的患者的1b/2期研究。

KRAS突变的转移性结肠直肠癌(mCRC)需要安全且有效的二线治疗。KRAS在50％的CRC患者中发生突变，并且迄今为止，RAS疗法已经失败，其中大多数KRAS突变被认为是无成药性的(undruggable)：RAS的抗法尼基抑制剂和RAS的下游效应物的抑制剂未显示出效力或显示出有限的效力，并且KRAS G12C(代表CRC中KRAS突变的8％)的共价抑制剂在CRC中显示出有限的活性。二线治疗(化疗±靶向剂)具有不良预后：ORR是约5％，PFS是约5.7个月，OS是约11.2个月。三线治疗或更晚线(later-lines)的治疗具有不良结果：用于KRAS突变患者的批准的疗法是瑞戈非尼和曲氟尿苷/替匹嘧啶(TAS-102)，其具有2-3个月的中位值无进展生存期(PFS)和6-9个月的中位值总生存期。此外，需要抑制KRAS的替代策略，包括靶向突变体KRAS的合成致死配偶体(即，在KRAS突变体细胞中必需但在野生型细胞中非必需的蛋白质)。

onvansertib，一种口服且高选择性的PLK1抑制剂，是KRAS突变的CRC的有前景的治疗选择。PLK1，一种有丝***的关键调节因子，在CRC中过表达，并且与不良临床参数相关。全基因组RNAi筛选鉴定出PLK1抑制对CRC细胞中突变体KRAS是合成致死的，并且显示出KRAS突变体细胞对PLK1的抑制非常敏感，并且onvansertib在突变体KRAS细胞中比在野生型(WT)细胞中诱导更显著的有丝***阻滞和细胞死亡(图5示出onvansertib处理的KRAS突变体CRC细胞和WT等基因CRC细胞的细胞生存力。在图5中，用DMSO或onvansertib处理DLD-1细胞72h。用CellTiterGlo测量细胞生存力。双因素ANOVA，p<0.0001)。此外，如图6A-图6B中示出的，在HCT-116KRAS突变体异种移植模型中，onvansertib作为单一剂诱导有效的抗肿瘤活性，并且与伊立替康和5-FU组合显示出协同作用。在图6A和图6B中，粗条表示处理，数据表示为平均肿瘤体积±SEM，并且TGI指的是肿瘤生长抑制。

1b/2期研究

研究设计和目的

关键资格标准：(1)转移性且无法切除的CRC，(2)原发性肿瘤或转移灶中的KRAS突变，(3)治疗失败或对基于奥沙利铂的化疗不耐受，(4)一线疗法或维持疗法进展<6个月，以及(5)BRAF V600E突变和MSI-H/dMMR阴性。

研究设计：1b期：在3名患者的连续队列中onvansertib剂量递增(12mg/m²、15mg/m²、18mg/m²)，并且在第1周期(28天)期间评价剂量限制性毒性(DLT)。2期：MTD或RP2D的扩展队列t。

效力终点：(1)主要：接受至少1个周期的治疗的患者的客观响应率(ORR)，和(2)次要：无进展生存期(PFS)和通过液体活检评估的KRAS等位基因负荷的减少。

治疗时间表在图7中示出。

结果

截至2020年5月4日，总共12名患者被纳入研究(表1)。onvansertib+FOLFIRI/贝伐珠单抗的组合的安全性得到了展示。onvansertib 12mg/m²和15mg/m²剂量水平的安全性是清楚的；onvansertib 18mg/m²：3名患者中的1名的DLT-G4中性粒细胞减少症，被认为与5FU推注(bolus)相关；纳入3名另外的患者。所有3-4级不良事件均在2.5周内解决，并且未导致治疗停止。

表1：患者纳入

效力：onvansertib+FOLFIRI/贝伐珠单抗的初步效力得到了展示：在9名可评价的患者中，8名(89％)具有临床益处：4名(44％)部分响应(PR)和4名(44％)稳定疾病(SD)；2名患者具有证实的PR；1名患者(02-005)进展至成功治愈性手术；响应显示是持久的：(1)迄今为止>6个月的中位值PFS，和(2)6名患者仍在接受治疗。图8A示出了治疗响应和持续时间的结果，并且图8B示出了放射影像学响应的结果。

生物标志物分析：发现在治疗的第1周期期间血浆KRAS突变体的变化高度预测肿瘤消退(图9)。9名患者中的8名在基线时具有通过ctDNA分析检测到的KRAS突变(使用ddPCR和NGS检测)。5名患者在周期1中KRAS突变体降低至检测不到的水平，并且随后在8周(C3D1)时肿瘤消退。

截至2020年11月4日，总共15名患者被纳入研究(表2)。3+3剂量递增设计，以评估组合的安全性，并且确定onvansertib的最大耐受剂量(MTD)和推荐的2期剂量(RP2D)。

表2：患者纳入

1b期安全性评估：onvansertib+FOLFIRI/贝伐珠单抗的组合的安全性已经得到了展示，其耐受良好。最常见的治疗中出现的不良事件(AE)在表3中示出。没有重大或出乎意料的毒性被归因于onvansertib。四名患者具有归因于5-FU推注的DLT：在剂量水平12mg/m²，一名G4中性粒细胞减少性发热；在剂量水平18mg/m²，三名G4中性粒细胞减少症；并且剂量水平18mg/m²超过了MTD。3名另外的患者被纳入在15mg/m²，以进一步探索在该剂量水平的安全性。组合治疗耐受良好：(1)所有AE中仅9％(17/192)是G3/G4；(2)在≥2名患者中报告的仅有的G3/G4 AE是中性粒细胞减少症(n＝8)；其通过剂量延迟、生长因子支持和/或停止5-FU推注来管理；没有患者由于中性粒细胞减少症而退出试验。

表3.最常见的治疗中出现的AE

1b期初步效力：在可评价效力的12名患者中(这些患者完成了8周的治疗，并且在接受治疗期间在8周内进行了放射影像扫描或具有进展)，5名(42％)患者实现了部分响应(PR)，其中包括4名患者具有证实的PR；1名患者继续进行治愈性手术；并且1名具有未证实的PR的患者由于治疗无关的AE在PR后退出研究。此外，8名(67％)患者具有>6个月的持久的响应(截至数据截止日期的范围是6.1个月至13.7个月)。图10A示出治疗响应和持续时间；并且图10B示出肿瘤尺寸相对于基线的变化。

KRAS突变体等位基因频率(MAF)生物标志物分析：在基线时(周期1第1天，给药前)和接受治疗期间(周期2至周期9的第1天)，通过数字微滴PCR(ddPCR)测量KRAS MAF。12名患者中的10名在基线时具有通过ddPCR检测到的KRAS变体(所有患者都具有通过NGS检测到的KRAS突变)。在不同的KRAS变体(包括在CRC中最常见的3种)中观察了临床响应。在一个周期的疗法之后，实现PR的患者显示出血浆突变体KRAS的最大降低。在1个周期的治疗之后，在实现PR的患者中观察到KRAS MAF的最大变化(范围从-78％至-100％)，而2名进展的患者显示出KRAS MAF的更温和的减少(-55％和-26％)。此外，具有PR和SD的患者的接受治疗期间的KRAS MAF往往低于具有早期PD的患者。图11A示出了1个周期之后的KRAS MAF变化百分比，并且图11B示出了KRAS MAF随时间的变化。

扩展用药计划(Expanded Access Program，EAP)

关键资格标准：(1)具有证实的KRAS突变的转移性且无法切除的CRC，(2)参与者在多线的护理标准***疗法(包括先前的FOLFIRI)中失败或具有进展，以及(3)参与者不符合临床试验资格。

治疗：参与者接受onvansertib(15mg/m²)+FOLFIRI+贝伐珠单抗，具有取消5-FU推注的选择。治疗时间表在图7中示出。截至2021年3月10日，43名参与者在22个EAP点登记和治疗。

安全性：onvansertib与FOLFIRI+贝伐珠单抗的组合耐受良好，迄今为止在任何经治疗的参与者(N＝43)中均未报告严重不良事件(SAE)。

在可评价的EAP参与者中获得的临床益处：截至2021年3月10日，20名参与者进行了至少一次接受治疗期间的放射影像扫描，并且被评价临床益处。所有参与者都接受了中位值数目3的先前线的治疗，并且70％在纳入EAP前正在进展。参与者在EAP期间具有5.6个月的中位值PFS(95％CI：2.7-NR)，并且11名仍在接受治疗。参与者的基线特征在表4中示出。

表4.参与者的基线特征

发现血浆KRAS突变体的变化与临床益处相关。在基线和周期1结束时，通过数字微滴PCR(ddPCR)测量KRAS突变体等位基因频率(MAF)。20名参与者中的16名在基线时具有通过ddPCR检测到的KRAS变体。与具有KRAS MAF的小于50％的降低的参与者(n＝6)相比，具有KRAS MAF的大于50％的降低的参与者(n＝10)具有PFS的显著增加，支持KRAS MAF的早期变化预测临床益处。图12示出了在基线时具有可检测到的血浆KRAS突变体的参与者的PFS。

一名患有KRAS G12V转移性乙状结肠癌的61岁女性参与了EAP。该参与者接受了若干个先前线的治疗，包括FOLFIRI+Bev(图13)。在2020年10月，该参与者在接受研究药物期间进展，并且具有肺转移灶尺寸的增加。在2020年11月，该参与者被纳入EAP，并且接受onvansertib 15mg/m²+FOLFIRI+贝伐珠单抗。显示出临床益处和对onvansertib+FOLFIRI+贝伐珠单抗组合的响应。如图14A中示出的，8周扫描示出许多肺转移灶的尺寸的减小(许多出现坏死)，并且16周扫描显示出肺转移灶的尺寸的进一步减小(许多继续出现坏死)。此外，还发现肿瘤病灶的减少伴随着KRAS MAF从1.4％降低至0％(检测不到)，以及CEA从24.4ng/mL降低至4.6ng/mL(图14B)。

一名患有KRAS G13D转移性结肠直肠癌的49岁男性和一名患有KRAS G12A转移性结肠直肠癌的56岁女性参与了EAP。EAP前：两名参与者在基于伊立替康的方案中都正在进展(图15)。EAP下的临床益处：两名参与者分别显示出8个月(患有KRAS G13D mCRC的49岁男性)和7个月(患有KRAS G12A mCRC的56岁女性)的正在持续的持久的稳定疾病的临床益处。

在EAP中用onvansertib+FOLFIRI+贝伐珠单抗的治疗耐受良好，迄今为止未报告SAE。在2021年3月10日的截止日期，20名接受3次或更多次先前疗法的参与者被评价临床益处。中位值无进展生存期(PFS)是5.6个月，并且11名参与者仍在接受治疗(与2-3个月的历史对照形成显著对比)。在纳入EAP前，在经大量先前治疗的参与者和在基于伊立替康的方案中正在进展的参与者中观察到临床益处。发现血浆KRAS突变体的变化与临床益处相关。与具有KRAS突变体等位基因频率(MAF)的小于50％的降低的参与者相比，具有KRAS突变体等位基因频率(MAF)的大于50％的降低的参与者具有PFS的显著增加。

实施例3

转移性去势抗性***癌(mCRPC)患者的KRAS突变

在患有mCRPC的患者中进行了onvansertib与阿比特龙和***的组合的2期研究。臂A、臂B和臂C的治疗时间表在图16中示出。截至2021年1月11日的纳入在表5中示出。

表5.患者纳入

关键资格标准：阿比特龙抗性的初始体征定义为2次升高的PSA；一次升高≥0.3ng/mL，间隔一周。

关键排除标准：(1)先前用恩杂鲁胺(enzalutamide)或阿帕鲁胺(apalutamide)治疗，和(2)快速进展的疾病或与疾病进展相关的显著症状。

效力终点：主要：在治疗12周之后，疾病控制被评价为PSA下降或稳定(相对于基线PSA上升<25％)。次要：根据RECIST v1.1标准的放射影像学响应、达到PSA进展的时间和达到放射影像学响应的时间。

相关研究：分析循环肿瘤细胞(CTC)、档案组织(archival tissue)和循环肿瘤DNA(ctDNA)以鉴定响应生物标志物。

基线特征：在表6中示出。

表6.基线特征

安全性评估：最常见的3级和4级不良事件(AE)是预期的、符合目标的、可逆的血液学的(贫血、中性粒细胞减少症、血小板减少症和WBC减少)，其与onvansertib的作用机制相关。血液学AE是可逆的，并且通过剂量延迟、剂量减少和/或生长因子支持有效地管理。表7示出了经治疗的患者中最常见的治疗中出现的不良事件(≥10％的患者)

表7.经治疗的患者中最常见的治疗中出现的不良事件

不良事件	1级	2级	3级	4级	所有等级
						贫血	10(20％)	6(12％)	1(2％)	17(33％)
疲劳	10(20％)	3(6％)			13(25％)
						血小板减少症	11(22％)	1(2％)		13(25％)
中性粒细胞减少症	1(2％)	1(2％)	7(14％)		12(24％)
						低磷血症	3(6％)	3(6％)	4(8％)	10(20％)
WBC减少	3(6％)	2(4％)	3(6％)	2(4％)	10(20％)
						背痛	4(8％)	3(6％)		7(14％)
低钾血症	3(6％)	1(2％)	1(2％)		5(10％)

效力：结果在表8和图17中示出。19名(53％)患者具有至少1个与阿比特龙抗性相关的AR改变(AR-V7表达、AR突变T878A和/或AR的扩增)。5名(26％)患者在12周时具有疾病控制，并且8名(42％)患者在12周时具有放射影像稳定疾病。

表8.效力结果

10名在基线时具有不利的CTC计数(≥5个CTC/7.5mL的血液)的患者在治疗12周之后重新分析：(1)5名(50％)患者具有≥80％ CTC减少，包括4名转化为有利的CTC水平，以及3名不具有可检测到的CTC，(2)具有CTC减少的患者(n＝5)接受治疗的中位值时间是9.2个月，相对于具有CTC增加的患者(n＝5)接受治疗的中位值时间是4.9个月。臂A(n＝17)和臂B(n＝12)显示出类似的效力，其中分别有29％和25％的患者在12周时达到主要终点，并且分别有53％和42％的患者在12周时具有SD。给药时间表更连续的臂C(n＝8)迄今显示出更高的响应率，其中63％的患者在12周时达到主要终点，并且75％的患者在12周时具有SD。在所有3个组中，在具有AR改变的患者中观察到效力。onvansertib+阿比特龙组合诱导不利到有利的CTC转化，并且这种转化与持久的响应相关。

生物标志物分析：进行循环肿瘤DNA(ctDNA)基因组谱分析，其中使用Guardant平台对从基线液体活检中分离的ctDNA进行突变谱分析。对33名患者进行了分析，并且在154个基因中鉴定出总计379个体细胞变体，其中每名患者的变体中位值数目是9[1-54]。分析了SD患者和PD患者中差异性突变的基因，包括18名在12周时具有SD的患者(在SD患者中44个基因专有地突变，图18)和15名在12周时或在12周之前具有PD的患者(在PD患者中59个基因专有地突变，图18)。

使用基因列表富集分析工具(Enrichr)将SD患者或PD患者中专有地突变的基因的列表与来自分子特征数据库(Molecular Signatures Database，MSigDB)的特征基因集合进行比较。分析显示出G2/M检查点、E2F靶和DNA修复在SD患者中富集，但在PD患者中未富集，这与PLK1在细胞周期调节和DNA损伤反应通路中的作用一致。SD患者中富集的通路在表9中示出，并且PD患者中富集的通路在表10中示出。

表9.SD患者中富集的通路(P值<0.05)

SD患者中富集的通路
	Wnt-β联蛋白信号传导
PI3K/AKT/mTOR信号传导
	G2-M检查点
E2F靶
	IL-2/STAT5信号传导
KRAS信号传导上调
	IL-6/JAK/STAT3信号传导
UV响应
	DNA修复
凋亡

表10.PD患者中富集的通路(P值<0.03)

PD患者中富集的通路
	UV响应
Wnt-β联蛋白信号传导
	KRAS信号传导上调
凋亡
	肌生成
PI3K/AKT/mTOR信号传导
	Notch信号传导
经由NF-kB的TNF-α信号传导
	顶端连接
IL-6/JAK/STAT3信号传导

ctDNA分析揭示了在12周时达到SD的患者与在12周之前或在12周时正在进展的患者的基线基因组谱的差异。专有地存在于SD患者中的突变与细胞周期和DNA修复通路相关，这可能导致对onvansertib的敏感性增加和组合的效力增加。本文描述的结果指示，对阿比特龙具有早期抗性的患者子集更依赖于PLK1相关的通路，并且因此更容易受到PLK1抑制影响。

实施例4

监测KRAS突变以确定化疗

KRAS监测被预期作为确定在使用PLK抑制剂(例如，onvansertib)的癌症治疗中是否维持、移除、添加回或修改化疗的有效手段。例如，基于对在使用onvansertib的治疗下的癌症患者的KRAS突变的监测，化疗可以从患者正在接受的治疗中移除或被添加回治疗。

患者正在接受onvansertib、伊立替康、5-FU和贝伐珠单抗用于癌症治疗。该患者具有积极的临床响应，包括扫描中的肿瘤缩小和KRAS的减少(例如，在C2D1时KRAS突变相对于基线的>＝75％减少)。对患者进行监测，并且如果KRAS在6个月时保持>＝75％，且患者保持稳定，则移除伊立替康，并且患者继续维持为onvansertib和口服5-FU(伴随或不伴随贝伐珠单抗)的疗法，并且继续监测KRAS。如果在伊立替康被移除之后，患者的KRAS突变恢复到基线的<75％，则将重新施用伊立替康，使得患者回到接受伊立替康+5-FU。这种监测方法具有允许患者“中断”引起多种副作用包括疲劳的伊立替康的优点。

在至少一些先前描述的实施方案中，在实施方案中使用的一个或更多个要素可以在另一种实施方案中可互换地使用，除非这样的替换在技术上不可行。本领域技术人员将理解，在不偏离要求保护的主题的范围的情况下，可以对上文描述的方法和结构进行各种其他省略、添加和修改。所有这样的修改和改变都意图落入由所附权利要求书定义的主题的范围内。

关于本文的大体上任何复数和/或单数术语的使用，本领域技术人员可以根据上下文和/或应用将复数翻译为单数和/或将单数翻译为复数。各种单数/复数排列可以为了清楚而在本文中明确地阐述。如本说明书和所附权利要求书中使用的，除非上下文另外清楚地指出，否则单数形式“一(a)”、“一(an)”和“该(the)”包括复数指示物。除非另外说明，否则本文对“或”的任何提及意图包含“和/或”。

本领域技术人员将理解，一般地，本文使用的术语，并且尤其是在所附的权利要求(例如，所附的权利要求的主体)中使用的术语，一般意指“开放式的”术语(例如，术语“包括(including)”应被理解为“包括但不限于”，术语“具有”应被理解为“至少具有”，术语“包括(include)”应被理解为“包括但不限于”等)。本领域技术人员还将理解，如果意图引入的权利要求叙述的特定数目，则这样的意图将明确地在权利要求中叙述，并且在这样的叙述不存在时，这样的意图不存在。例如，作为对理解的帮助，所附的权利要求可以包含引导性短语“至少一个”和“一个或更多个”的使用，以引入权利要求叙述。然而，这样的短语的使用不应被解释为意味着权利要求叙述通过不定冠词“一(a)”或“一(an)”的引入将含有这样引入的权利要求叙述的任何特定的权利要求限于含有仅仅一个这样的叙述的实施方案，即使当同一权利要求包括引导性短语“一个或更多个”或“至少一个”和诸如“一(a)”或“一(an)”的不定冠词(例如，“一(a)”和/或“一(an)”应被解释为意指“至少一个”或“一个或更多个”)时；这也适用于用于引入权利要求叙述的定冠词的使用。另外，即使引入的权利要求叙述的具体数字被明确叙述，本领域技术人员将认识到，这样的叙述应被理解为意指至少叙述的数字(例如，“两个叙述”的没有其他修饰语的纯叙述，意指至少两个叙述，或者意指两个或更多个叙述)。此外，在使用与“A、B和C等中的至少一个”相似的惯例的那些情况下，一般地，这样的结构在意义上意图是本领域技术人员将理解惯例的意思(例如，“具有A、B和C中的至少一个的***”将包括但不限于只具有A、只具有B、只具有C、具有A和B一起、具有A和C一起、具有B和C一起、和/或具有A、B和C一起等的***)。在使用与“A、B或C等中的至少一个”相似的惯例的那些情况下，一般地，这样的结构在意义上意图是本领域技术人员将理解惯例的意思(例如，“具有A、B或C中的至少一个的***”将包括但不限于只具有A、只具有B、只具有C、具有A和B一起、具有A和C一起、具有B和C一起、和/或具有A、B和C一起等的***)。本领域技术人员还应理解，无论是在说明书、权利要求书还是附图中，实际上表示两个或更多个可选术语的任何转折性词语和/或短语都应被理解为考虑了包括术语中的一个、术语中的任一个或两个术语的可能性。

此外，当本公开内容的特征或方面根据马库什组来描述时，本领域技术人员将认识到，本公开内容从而还根据马库什组的任何单独的成员或成员的子组来描述。

如本领域技术人员将理解的，出于任何的和所有的目的，诸如在提供书面描述的方面，本文公开的所有范围还涵盖任何的和所有可能的其子范围和子范围的组合。任何所列出的范围可以容易地被认识为充分地描述且能够使相同的范围被分解成至少相等的一半、三分之一、四分之一、五分之一、十分之一等。作为非限制性实例，本文讨论的每个范围可以容易地被分解成下三分之一、中三分之一和上三分之一等。如本领域技术人员还将理解的，所有语言，诸如“高达(up to)”、“至少”、“大于”、“小于”等，都包括所叙述的数字，并且指的是可以随后被分解成如上文讨论的子范围的范围。最后，如将被本领域技术人员所理解的，范围包括每个单独的成员。因此，例如，具有1个-3个物品的组指的是具有1个、2个或3个物品的组。类似地，具有1个-5个物品的组指的是具有1个、2个、3个、4个或5个物品的组，等等。

虽然本文中公开了各个方面和实施方案，但是其他的方面和实施方案对于本领域技术人员来说将是明显的。本文公开的各个方面和实施方案是为了说明的目的而不意图是限制性的，其中真正的范围和精神通过所附权利要求书指示。

Claims

1.一种确定受试者对癌症治疗的响应性的方法，包括：

治疗患有癌症的受试者，其中所述治疗包括向所述受试者施用PLK1抑制剂；

检测所述受试者的KRAS基因突变的变化，以及

基于在KRAS基因突变中检测到的变化来确定所述受试者对所述癌症治疗的响应性。

2.根据权利要求1所述的方法，其中检测所述受试者的KRAS基因突变的变化包括在以下时检测所述受试者的KRAS基因的一个或更多个突变：(1)在所述受试者治疗癌症期间，(2)在所述受试者治疗癌症之前，(3)在所述受试者治疗癌症之后，或其组合。

3.根据权利要求1-2中任一项所述的方法，其中检测所述受试者的KRAS基因突变的变化包括检测所述受试者的KRAS基因突变两次或更多次，并且任选地，所述两次或更多次中的至少两次发生在5天、7天、14天、28天或35天内。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中KRAS基因突变的变化包括：(1)所述受试者治疗癌症期间KRAS基因突变的变化，(2)从所述受试者治疗癌症之前到所述受试者治疗癌症期间KRAS基因突变的变化，或其组合。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中检测KRAS基因突变的变化包括检测KRAS基因的变体等位基因频率。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述变体等位基因频率是突变体等位基因频率(MAF)。

7.根据权利要求4-6中任一项所述的方法，其中KRAS基因的变体等位基因频率由总突变计数、平均变体等位基因频率、每ml的血浆KRAS突变等位基因的数目或其组合来确定。

8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，检测所述受试者的KRAS基因突变的变化包括检测来自所述受试者的生物样品或其衍生物中KRAS基因突变的变化。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述生物样品包括体液、全血、血浆、一种或更多种组织、一个或更多个细胞或其组合。

10.根据权利要求9所述的方法，所述体液包括血液、血浆、尿液或其组合。

11.根据权利要求8-10中任一项所述的方法，其中所述生物样品包括循环肿瘤DNA(ctDNA)、无细胞DNA(cfDNA)、循环肿瘤细胞(CTC)或其组合。

12.根据权利要求11所述的方法，包括使用聚合酶链式反应(PCR)或下一代测序(NGS)分析所述ctDNA，并且其中所述PCR任选地是微滴数字PCR(ddPCR)。

13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述受试者在用所述PLK1抑制剂治疗之前具有KRAS基因中的一个或更多个突变。

14.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述受试者在用所述PLK1抑制剂治疗之前不具有KRAS基因的突变。

15.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，其中确定所述受试者的响应性包括确定所述受试者是否是所述治疗的响应者，所述受试者是否处于或将要处于完全恢复(CR)，或者所述受试者是否处于或将要处于部分缓解(PR)。

16.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，其中确定所述受试者的响应性包括确定所述受试者的无进展生存期(PFS)。

17.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，其中确定所述受试者的响应性包括确定所述受试者是否对所述治疗具有部分响应，所述受试者是否对所述治疗具有完全响应，所述受试者是否具有稳定疾病(SD)状态，或者所述受试者是否具有进行性疾病(PD)状态。

18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中通过确定样品中KRAS突变的量、确定按样品中总KRAS的量的比例计的KRAS突变的量或两者来测量KRAS突变。

19.根据权利要求6-18中任一项所述的方法，其中如果KRAS的MAF的变化是至少25％、至少50％或至少75％的降低，并且任选地在所述癌症治疗的周期1结束时或在所述癌症治疗的周期2的第1天检测到降低，则维持用所述PLK1抑制剂的所述癌症治疗。

20.根据权利要求6-19中任一项所述的方法，其中所述癌症治疗持续至少一个月、至少三个月或至少六个月。

21.根据权利要求6-20中任一项所述的方法，其中所述癌症治疗包括化疗，并且如果在接受所述癌症治疗六个月之后，KRAS的MAF的变化是至少50％或至少75％的降低，则修改所述癌症治疗以部分地或完全地去除所述化疗。

22.根据权利要求21所述的方法，还包括在部分或完全去除所述化疗之后测量KRAS突变，并且如果KRAS突变水平与去除所述化疗时的KRAS突变水平相比增加，则恢复所述化疗。

23.根据权利要求19-20中任一项所述的方法，在所述癌症治疗的周期1结束时或在所述癌症治疗的周期2的第1天检测到降低。

24.根据权利要求1-18中任一项所述的方法，其中如果样品中KRAS突变降低至样品中KRAS的低于0.01％或低于0.001％，则维持用所述PLK1抑制剂的所述癌症治疗。

25.根据权利要求6-18中任一项所述的方法，其中如果KRAS的MAF的变化是小于50％、小于25％或小于10％的降低，并且任选地在所述癌症治疗的周期1结束时或在所述癌症治疗的周期2的第1天检测到降低，则修改或停止用所述PLK1抑制剂的所述癌症治疗。

26.根据权利要求6-18中任一项所述的方法，其中所述癌症治疗不包括化疗，并且如果KRAS的MAF的变化是小于50％或小于75％的降低，则修改所述癌症治疗以添加化疗。

27.根据权利要求21、22和26中任一项所述的方法，所述化疗包括伊立替康，并且任选地所述化疗是FOLFIRI。

28.根据权利要求1-18中任一项所述的方法，其中如果样品中KRAS突变未降低至样品中KRAS的低于0.01％或低于0.001％，则修改或停止用所述PLK1抑制剂的所述癌症治疗。

29.根据权利要求1-28中任一项所述的方法，其中检测所述受试者的KRAS基因突变的变化包括在所述受试者用所述PLK1抑制剂治疗之后检测所述受试者中出现的一个或更多个KRAS突变。

30.一种改善癌症治疗的结果的方法，包括：

在第一时间点在第一样品中检测受试者的KRAS基因的变体等位基因频率，其中所述第一时间点是在所述受试者开始所述癌症治疗之前，或者在所述癌症治疗期间，并且其中所述癌症治疗包括向所述受试者施用PLK1抑制剂；

在一个或更多个另外的时间点在所述受试者的一个或更多个另外的样品中检测所述受试者的KRAS基因的变体等位基因频率，其中所述一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在所述癌症治疗期间；

确定所述第一样品和所述一个或更多个另外的样品之间KRAS的变体等位基因频率的差异，其中所述一个或更多个另外的样品中的至少一个相对于所述第一样品的变体等位基因频率的降低指示所述受试者对所述癌症治疗有响应；以及

如果所述受试者被指示为对所述癌症治疗有响应，则继续对所述受试者进行所述癌症治疗，或者如果所述受试者未被指示为对所述癌症治疗有响应，则停止对所述受试者进行所述癌症治疗和/或开始对所述受试者进行不同的癌症治疗。

31.根据权利要求30所述的方法，其中所述第一时间点是在所述受试者开始所述癌症治疗之前。

32.根据权利要求30-31中任一项所述的方法，其中所述另外的时间点中的至少两个是在所述癌症治疗期间。

33.一种治疗癌症的方法，包括：

确定相对于在所述受试者接受所述癌症治疗之前或在所述癌症治疗期间在第一时间点获得的所述受试者的第一样品中的KRAS基因的变体等位基因频率或每单位的KRAS突变拷贝数目，在所述受试者开始接受所述癌症治疗之后在第二时间点获得的所述受试者的第二样品中的KRAS基因的变体等位基因频率的降低；以及

继续所述癌症治疗。

34.根据权利要求30-33中任一项所述的方法，其中所述第一时间点在所述癌症治疗之前或紧接在所述癌症治疗之前。

35.根据权利要求30-33中任一项所述的方法，其中所述第一时间点是在所述癌症治疗期间，并且任选地在所述癌症治疗的第5天、第7天、第14天或第28天。

36.根据权利要求30-35中任一项所述的方法，其中所述一个或更多个另外的时间点是在所述癌症治疗期间，并且任选地在所述癌症治疗的第5天、第7天、第14天、第28天或第35天。

37.根据权利要求30-36中任一项所述的方法，其中所述第一时间点和所述一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在所述癌症治疗的第一周期期间。

38.根据权利要求30-37中任一项所述的方法，其中所述一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在所述癌症治疗的第一周期期间，并且所述一个或更多个另外的时间点中的至少一个是在所述癌症治疗的第二周期期间。

39.根据权利要求30-38中任一项所述的方法，其中所述变体等位基因频率是突变体等位基因频率(MAF)。

40.根据所述的方法，其中确定步骤包括确定每单位所述第一样品和/或第二样品的突变拷贝数目的减少，其中所述单位任选地是ml，并且任选地所述第一样品和/或第二样品是血浆样品。

41.根据权利要求30-40中任一项所述的方法，其中KRAS基因的变体等位基因频率由总突变计数、平均变体等位基因频率、KRAS突变等位基因的数目或其组合来确定。

42.根据权利要求1-40中任一项所述的方法，检测KRAS基因中的变体等位基因频率包括检测来自所述受试者的生物样品或其衍生物中的KRAS基因中的变体等位基因频率。

43.根据权利要求42所述的方法，其中所述生物样品包括体液、全血、血浆、一种或更多种组织、一个或更多个细胞或其组合。

44.根据权利要求43所述的方法，所述体液包括血液、血浆、尿液或其组合。

45.根据权利要求42-44中任一项所述的方法，其中所述生物样品包括循环肿瘤DNA(ctDNA)、循环肿瘤细胞(CTC)或其组合。

46.根据权利要求45所述的方法，包括使用聚合酶链式反应(PCR)或下一代测序(NGS)分析所述ctDNA，并且其中所述PCR任选地是微滴数字PCR(ddPCR)。

47.根据权利要求1-46中任一项所述的方法，其中所述受试者在用所述PLK1抑制剂治疗之前具有KRAS基因中的一个或更多个突变。

48.根据权利要求1-46中任一项所述的方法，其中所述受试者在用所述PLK1抑制剂治疗之前不具有KRAS基因的突变。

49.根据权利要求1-48中任一项所述的方法，其中所述受试者已经接受了一种或更多种先前的癌症治疗。

50.根据权利要求1-49中任一项所述的方法，其中所述癌症是晚期的、转移性的、难治性的或复发的。

51.根据权利要求1-50中任一项所述的方法，其中所述癌症是结肠直肠癌、胰腺癌、白血病、肺癌或其组合。

52.根据权利要求1-51中任一项所述的方法，其中所述癌症是KRAS突变癌症。

53.根据权利要求1-52中任一项所述的方法，其中所述癌症是结肠直肠癌，任选地转移性结肠直肠癌。

54.根据权利要求1-53中任一项所述的方法，其中所述KRAS基因突变包括密码子12、密码子13、密码子18、密码子61、密码子117、密码子146或其组合处的突变。

55.根据权利要求1-53中任一项所述的方法，其中所述KRAS基因突变包括密码子12和/或密码子13处的突变。

56.根据权利要求1-53中任一项所述的方法，其中所述KRAS基因突变包括G12A、G12C、G12D、G12R、G12S、G12V、G13C、G13D、G13S、G13R、A18D、G61H、Q61L、Q61K、Q61R、K117N、A146T、A146V、A146P、A11V或其组合。

57.根据权利要求1-56中任一项所述的方法，其中所述PLK1抑制剂是onvansertib、BI2536、volasertib(BI 6727)、GSK461364、HMN-176、HMN-214、AZD1775、CYC140、rigosertib(ON-01910)、MLN0905、TKM-080301、TAK-960、Ro3280或其组合。

58.根据权利要求1-56中任一项所述的方法，其中所述PLK1抑制剂是onvansertib。

59.根据权利要求58所述的方法，其中所述治疗包括在28天的周期中每天施用onvansertib。

60.根据权利要求58所述的方法，其中所述治疗包括在28天的周期中的前21天施用onvansertib而最后7天不施用onvansertib。

61.根据权利要求58所述的方法，其中所述治疗包括在28天的周期中的10天施用onvansertib。

62.根据权利要求58所述的方法，其中所述治疗包括在28天的周期中，在第一个14天中的5天施用onvansertib，并且在第二个14天中的5天施用onvansertib。

63.根据权利要求58-62中任一项所述的方法，其中所述治疗包括以6mg/m²-24 mg/m²，任选地6mg/m²-12 mg/m²或12mg/m²-18 mg/m²施用onvansertib。

64.根据权利要求58-63中任一项所述的方法，其中所述受试者的血液中onvansertib的最大浓度(C_max)是从约100nmol/L至约1500nmol/L。

65.根据权利要求58-64中任一项所述的方法，其中所述受试者的血液中onvansertib的浓度随时间变化的图的曲线下面积(AUC)是从约1000nmol/L.小时至约400000nmol/L.小时。

66.根据权利要求58-65中任一项所述的方法，其中达到所述受试者的血液中onvansertib的最大浓度的时间(T_max)是从约1小时至约5小时。

67.根据权利要求58-66中任一项所述的方法，其中所述受试者的血液中onvansertib的消除半衰期(T_1/2)是从约10小时至约60小时。

68.根据权利要求1-67中任一项所述的方法，其中所述癌症治疗包括向所述受试者施用至少一种另外的癌症治疗剂或癌症疗法。

69.根据权利要求68所述的方法，其中所述另外的癌症治疗剂包括FOLFIRI、贝伐珠单抗、阿比特龙、FOLFOX、抗EGFR剂、KRAS定向抑制剂、吉西他滨、abraxane、纳米脂质体伊立替康、5-FU或其组合；其中所述抗EGFR剂任选地是西妥昔单抗，并且KRAS定向抑制剂任选地是G12C抑制剂、G12D抑制剂或其组合。

70.根据权利要求68-69中任一项所述的方法，其中所述PLK抑制剂和所述癌症治疗剂或癌症疗法被同时地或顺序地共同施用。

71.根据权利要求1-70中任一项所述的方法，其中所述癌症治疗包括一个或更多个周期，并且在所述癌症治疗的每个周期之前、期间和/或之后检测KRAS基因突变的变化或KRAS的变体等位基因频率。

72.根据权利要求71所述的方法，其中治疗的每个周期是至少21天。

73.根据权利要求71所述的方法，其中治疗的每个周期是从约21天至约28天。

74.根据权利要求1-73中任一项所述的方法，其中所述受试者是人类。

75.PLK1抑制剂作为患有癌症的受试者的治疗的用途，其中所述受试者对所述治疗的响应性使用权利要求1-29中任一项所述的方法确定。

76.PLK1抑制剂作为患有癌症的受试者的治疗的用途，其中治疗结果使用权利要求30-32和34-74中任一项所述的方法来改善。

77.PLK1抑制剂作为患有癌症的受试者的治疗的用途，其中所述受试者使用权利要求33-74中任一项所述的方法进行治疗。

78.根据权利要求75-77中任一项所述的用途，其中所述PLK1抑制剂是onvansertib。