CN115341036A - 一种影响猪一号肉重在胴体重中占比的snp - Google Patents

Abstract

本发明涉及一种影响猪一号肉重在胴体重中占比的SNP。所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.1所示，所述SNP标记位于SEQ ID No.1上的从5’端起的第928位点，对应于11.1版本国际猪基因组的9号染色体上的从5’端起的第g.133504045位点，为T或C。

Description

一种影响猪一号肉重在胴体重中占比的SNP

技术领域

本发明涉及遗传领域，特别涉及影响猪一号肉重在胴体重中占比的SNP。

背景技术

猪胴体切块的占比组成是决定整个胴体切块制品总体价值关键因素。根据国家标准 GB/T 9959.2-2008中所述，一号肉是从猪胴体第五、六肋骨中间斩下的颈背部位去骨后所得的肩胛肉，又称梅头肉、眉毛肉、猪梅肉等。其肉质细腻，肌间脂肪含量高，售价比其他切块肉相对较高。因此，提高一号肉重量在胴体重中的占比，降低其他售价较低的切块肉在胴体重的占比，可以提升整个胴体的经济价值。

对猪胴体切块产品组成的性状测定目前只能在猪屠宰后，对每个标准分割产品进行称重并计算其占比。目前并没有相关仪器可以进行活体测量，也无法估计不同切块产品的胴体占比。另外，由于种猪育种是在核心群群体中选留优良种猪，实际选育体系只能将核心群群体的近亲个体种猪进行屠宰测定，成本极其昂贵，且不能实现对核心群个体直接选择，只能通过基于亲缘关系的测量间接选育，这使得基于家系和表型测定的传统育种效率低下。

目前鲜有针对猪胴体切块组成的遗传解析的研究。对于影响猪胴体组成，提高胴体切块肉经济价值的主效基因及其关键变异位点还没有研究报道。

发明内容

为了解决上述现有技术中存在的问题，本发明之一提供了一种SNP标记，所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.1所示，所述SNP标记位于SEQ ID No.1上的从5’端起的第928位点，对应于11.1版本国际猪基因组的9号染色体上的从5’端起的第g.133504045位点，为T或C。其可以影响猪胴体切块一号肉重量在胴体重中占比。

在一个具体实施方式中，所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、含有长白血统的合成系猪、含有长白血统的配套系猪、含有长白血统的杂交猪、含有大白血统的合成系猪、含有大白血统的配套系猪、含有大白血统的杂交猪中的至少一种。

在一个具体实施方式中，所述猪为纯种长白猪，纯种大白猪，长白猪×大白猪二元杂交猪，杜洛克猪和长白猪的杂交猪，杜洛克猪和大白猪的杂交猪，以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。

本发明之二提供了一对用于鉴定如本发明之一所述SNP标记的探针，所述探针的序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示。

本发明之三提供了一对用于扩增如本发明之一所述SNP标记的引物，包括上游引物和下游引物，其中，上游引物的序列如SEQ ID No.4所示，下游引物的序列和SEQ ID No.5所示。

本发明之四提供了如本发明之一所述的SNP标记、如本发明之二所述的探针和如本发明之三中的引物中的至少一种在确定猪的猪胴体一号肉的重量在猪胴体总重量中占比中的应用。

在一个具体实施方式中，所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、含有长白血统的合成系猪、含有长白血统的配套系猪、含有长白血统的杂交猪、含有大白血统的合成系猪、含有大白血统的配套系猪、含有大白血统的杂交猪中的至少一种。

在一个具体实施方式中，所述猪为纯种长白猪，纯种大白猪，长白猪×大白猪二元杂交猪，杜洛克猪和长白猪的杂交猪，杜洛克猪和大白猪的杂交猪，以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。

本发明之五提供了一种猪的遗传改良的方法，所述方法包括：确定种猪核心群中的种猪的如本发明之一所述的SNP标记，并根据所述SNP标记做出相应的选择：

在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第928位点为C/C和C/T 基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/T基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因 C的频率；优选在所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第928位点为C/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/T和T/T基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率。

在一个具体实施方式中，利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的如本发明之一所述的SNP标记，其中所述核酸的序列如SEQ ID No.1所示。

本发明之六提供了一种确定猪的生长性状优劣的方法，所述方法包括：确定所述猪的如本发明之一所述的SNP标记，并根据所述SNP标记确定所述猪的生长性状：

所述猪的生长性状从优到劣，以所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第928位点的基因型排序依次为：C/C基因型、C/T基因型和T/T基因型。

本发明之七提供了一种改善猪的生长性状的猪新品系和/或猪新品种建立的方法，其包括如下步骤：对于如本发明之一所述SNP标记的基因型为C/T或T/T的猪，通过定点突变将其中的C/T和T/T突变为C/C基因型。

在一个具体实施方式中，利用转基因的方法或基因编辑的方法进行突变。

在一个具体实施方式中，利用CRISPR/Cas9的基因编辑方法进行突变。

本发明的有益效果：

本发明首次确定了位于SEQ ID No.1上的从5’端起的第928位点的SNP可以影响猪胴体切块一号肉重量在胴体重中占比，其中，当该位点为C/C基因型时，改善了猪的胴体组成，使猪胴体一号肉的重量在胴体的总重量中占比最高，从而能够提高猪胴体切块的经济效益。

附图说明

图1为一号肉在前段中的部位及其外形。

图2为影响猪一号肉胴体占比的GWAS定位结果示意图。横坐标均表示猪的染色体编号，纵坐标表示log(1/P)值。

图3为不同群体中SNP位点不同基因型的表型差异箱线图；其中，横坐标表示不同猪群 SNP位点的不同基因型；纵坐标表示一号肉重量占胴体重的百分比。

具体实施方式

以下通过优选的实施案例的形式对本发明的上述内容作进一步的详细说明，但其不构成对本发明的限制。

如无特别说明，本发明的实施例中的试剂均可通过商业途径购买。

实验猪群：本发明共使用四种猪实验群体：长白猪、大白猪、长白猪×大白猪二元杂交猪、杜长大三杂群体。

所有猪只均在河南龙大牧原肉食品有限公司屠宰测定。所有分割制品测定指标均为屠宰后胴体经0至4℃冷却排酸24h的生鲜胴体分割后的测定值，测定地点为屠宰场的分割车间。

分割前，对所有胴体用条形码进行编号，以供分割后对产品称重时进行识别，以保证不同胴体之间的分割产品不会混乱。

实验中使用的电子秤为蓝牙电子秤，能实时记录每次称重的重量、产品名称和胴体序号。保障分块产品与胴体一一对应。

测定个体经宰杀、放血后除去毛、内脏、头、尾及四肢(腕及关节以下)后并去皮后获得白条胴体，白条胴体预冷(0至4℃)24h。首先将胴体进行称重，并记录数据。然后将左右胴体分别从第5、6肋骨之间及腰荐结合处锯开，将其分为前、中、后段，取前段将一号肉分割出来(一号肉在前段中的部位及其外形如图1所示)，对一号肉进行称重，并记录。

计算一号肉产品重量在胴体中的占比，即计算一号产品肉重量占胴体重的百分含量。

实施例1

猪全基因组SNP基因型检测：从长白猪(279头)、大白猪(743头)、长白猪×大白猪二元杂交猪(726头)、杜长大群体(268头)中的每个个体采集一小块肌肉组织样，利用标准苯酚-氯仿法提取全基因组DNA，经过Nanodrop-100分光光度计检测质量后统一将浓度稀释至50ng/ul，利用illuminanovaSeq测序平台进行测序，覆盖深度为10X。利用bwa将测序的读长比对到susscrofa 11.1参考基因组序列中，依据GATK最佳变异检测流程检测所有个体的SNP变异信息，利用PLINK(1.07)对所有样本基因型检测数据进行质量控制，剔除检出率低于95％、家系孟德尔错误率高于0.1的个体；以及检出率低于95％，最小等位基因频率小于0.05和哈代-温伯格平衡显著性高于10^-6的SNP标记，最终保留2012个个体和26773790个SNP标记基因型用于后续分析。

全基因组关联(GWAS)分析，精细定位及候选基因的确定：使用GEMMA软件中的混合线性模型利用上述4个实验群体所有个体的基因分型数据和一号肉产品重量占比表型数据进行GWAS分析，采用Bonferroni法确定SNP与一号肉重量占比表型性状关联程度的显著性阈值，结果见图2。结果显示，猪9号染色体上存在与一号肉重量占比显著相关的SNP 位点。

取最显著SNP标记，即SEQ ID NO:1上的第928位的位点，利用R软件对不同群体中的不同基因型个体进行差异分析，结果见图3，发现长白猪、大白猪和长杜长大群体中的SEQ ID NO:1上的第928号位点的CC纯合基因型个体的一号肉重量占比均显著高于CT杂合基因型个体(图3)；白猪×大白猪二元杂交猪以及整合所有个体的群体中的SEQ ID NO:1上的第928号位点的CC纯合基因型个体的一号肉重量占比显著高于CT杂合基因型个体和TT纯合基因型(图3)。由此可见，四个群体中选育g.133504045C>T位点的CC型个体，可提高猪胴体分块肉一号肉重量在胴体重中的占比，达到提高猪胴体分块肉经济价值的目的。

实施例2

本实施例为实施例1中得到的SNP位点g.133504045C>T分型：使用BeaconDesigner 7软件设计SNP位点g.133504045C>T的实时荧光Taqman探针和引物。

探针序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示，其中在如SEQ ID No.2的序列上标记 VIC荧光，称为VIC荧光探针；在如SEQ ID No.3的序列上标记FAM荧光，称为FAM荧光探针。

引物分为上游引物和下游引物，其中，上游引物的序列如SEQ ID No.4所示，下游引物的序列如SEQ ID No.5所示。

以杜长大商业群体的基因组DNA为模板，利用ABI 7900型实时荧光定量PCR***进行基因分型，反应体系如下：DNA模版1μl，上游引物0.2μl，下游引物0.2μl，VIC荧光探针0.15μl，FAM荧光探针0.15μl，Taq Probe Mix 5μl，加ddH₂O补足至10μl。反应条件如下：50℃预变性2min；94℃变性10min，95℃15s，60℃15s，40次循环。只有VIC荧光表明等位基因型是纯合子CC；只有FAM荧光表明等位基因型是纯合子TT；VIC和FAM 荧光都有表明等位基因型是杂合子CT。

利用上述方法直接检测猪9号染色体上两个影响猪一号肉重在胴体重中占比的主效突变位点g.133504045基因型，选择有利基因型CC个体留种，群体继代选育后提高猪胴体一号肉的重量在胴体的总重量中的占比。

具体地，利用222头杜长大三元杂商品猪群(DLY)为实验动物。所有猪只均在河南龙大牧原肉食品有限公司屠宰测定。所有分割制品测定指标均为屠宰后胴体经0至4℃冷却排酸24h的生鲜胴体分割后的测定值，测定地点为屠宰场的分割车间。测定所有个体一号肉产品的重量并计算其在胴体重中的占比。同时采集所有个体的背最长肌一小块肌肉组织样，使用实施示例1中的DNA提取方法提取每个个体全基因组DNA，用Taqman探针对所有个体DNA直接分型。根据测序结果对g.133504045C>T主效标记位点基因型进行判定。然后利用R软件进行基因型对表型的影响效应分析。表1给出了g.133504045C>T突变位点在杜长大三元杂商品猪群中一号肉产品的重量并计算其在胴体重中的占比的影响。

表1

由表1可知，g.133504045C>T位点的CC基因型与CT基因型个体相比较，杜长大商业群体中一号肉的占比平均提高了51.58％((3.23-2.13)/2.13)。由此可见，杜长大三元杂商品猪群中继代选育g.133504045C>T位点的CC型个体，可逐步提高猪胴体一号肉的重量在胴体的总重量中的占比，达到提高猪胴体切块经济效益的目的。

序列表

<110> 江西农业大学

<120> 一种影响猪一号肉重在胴体重中占比的SNP

<130> LHA2260214

<160> 5

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 2000

<212> DNA

<213> 猪(Sus scrofa)

<400> 1

atgtgggtgc tgcaccccct tcctctactc ttctgtagcc ccattctttg cctcagctgc 60

actggaaccc tgtgacctgt ttatgagtct gagggtctcc ctccatggta gaccctggag 120

agtgaggatg ggaccacagc cttctctgct tttctcaccc caaggctggc tcctcatagg 180

ctctccatcg gagatggagg cagaatgaaa cgcacttggg ttctcctgcc atggcagcca 240

gcacagtgag ttgtcatcgc ggcctagcta ctcttggccg tggtcttgtt tatccaactt 300

aagaaagctt ctcgacgtgg tggaggccct tttcacttaa aagggacttt tctctttttc 360

tctagaggct ggtactcccc gtctctcttc ttttctcagt aggaacttgg taactctaac 420

agactccccg aaacacagag ccgaagagcc aggcacagcc ccgggggaac cgagagcagc 480

aggccttgtc ctcagttgtt ccgtgtctct tctctgagtt ccttcctgtt ccctctgccc 540

tttcaggctc ttcataagcc cagctcgagg aaaaggactg atttaaccac ttacagctcg 600

ttgtgacttg aggtcaatag gcagcctttt tctggagaat ttgcgttttg gggcctcatt 660

tgtgatttgg gaacaaaaga ctccatggaa agtctaatga gctctatcct gccccttcag 720

agtatccatt attatttttt caattttttt tttattaatc aatgaatttt attacattta 780

tagttgtaca acaacatttt atagctgtac ctgtgacata gggaaactcc caggccaggg 840

gttaaatcca gtcacaggtt ctgacctagg cagctgaggc agctctggat cctttaaccc 900

actgcgctgt gcccgggatc aaacctgcgc ctccagagca ggtttgcagc agctcagtct 960

gtctgtctgt ctgtctgtct atatatctat catctatcca tctatctatc catctatcta 1020

tctatctatc tatctatcta tctatctatc tatccatcca attgaagtat gattgagcca 1080

cagttagttt agctaatata agctaagtca cattagcttc aggtgacagg ttacgatttt 1140

tttttttttt tactttttag ggccacactt ggggcatatg gaggttccca ggctaggggt 1200

ccaatcagag ctacagctgc cgacctacac cacagccaca gcaacatcag atccaagctg 1260

tgtctgtgac ccacaccaca gctcacggaa aggccaagcc ttaacctact gagtgaggcc 1320

agggatcgaa cctgcaaccc catggttcct agtcggactc atttccgctg cgccacgatg 1380

ggaactccca ggttaggtat tttaatgagg acattgtatt cgtttgctag cactgccaga 1440

atcagtacta ccgacagagt ggtttaaaca atagaaattt gttcctcacg gttctggagg 1500

ctagaagtcc aagaccaagg cattggcggg cttggtttcc tcaaggccgt cttctccctg 1560

agtcttcacg tgccttctct tctgcgcccg tgcccgtcct ggtcctctct tctctaatca 1620

tattgtgttg ggagaataca catccatcca cacgacctcc tgttacggga gttacctctg 1680

taaaggctct gtctctagat acagtcccac gccgaggtac tggggttagg actccacagt 1740

gtgaatttgg gggagcacaa ttcaacccac aacagtcacc cagccgagtg gaaggcagca 1800

tagcccaggg attcaatatc ctctattaag agtcaggaag actgaggtga gaaattttga 1860

ctttataatt ccttggaagt gttatttaat tttttggaac cttagttgct tcctccgtta 1920

aatggaaata aaaatcatta ccgtggctcc gaggaaacaa atccaactag tatccatgag 1980

gatacaggtt cgatctctgt 2000

<210> 2

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

atcaaacctg cgcctccaga g 21

<210> 3

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

atcaaacctg tgcctccaga g 21

<210> 4

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 4

caggccaggg gttaaatc 18

<210> 5

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 5

gctaaactaa ctgtggctca atca 24

Claims (10)

1.一种猪的SNP标记，所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.1所示，所述SNP标记位于SEQ ID No.1上的从5’端起的第928位点，对应于11.1版本国际猪基因组的9号染色体上的从5’端起的第g.133504045位点，为T或C。

2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、含有长白血统的合成系猪、含有长白血统的配套系猪、含有长白血统的杂交猪、含有大白血统的合成系猪、含有大白血统的配套系猪、含有大白血统的杂交猪中的至少一种；

优选地，所述猪为纯种长白猪，纯种大白猪，长白猪×大白猪二元杂交猪，杜洛克猪和长白猪的杂交猪，杜洛克猪和大白猪的杂交猪，以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。

3.一对用于鉴定如权利要求1或2所述SNP标记的探针，所述探针的序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示。

4.一对用于扩增如权利要求1或2所述SNP标记的引物，包括上游引物和下游引物，其中，上游引物的序列如SEQ ID No.4所示，下游引物的序列和SEQ ID No.5所示。

5.如权利要求1或2所述的SNP标记、如权利要求3所述的探针和如权利要求4中的引物中的至少一种在确定猪的猪胴体一号肉的重量在猪胴体总重量中占比中的应用；

优选地，所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、含有长白血统的合成系猪、含有长白血统的配套系猪、含有长白血统的杂交猪、含有大白血统的合成系猪、含有大白血统的配套系猪、含有大白血统的杂交猪中的至少一种；

优选地，所述猪为纯种长白猪，纯种大白猪，长白猪×大白猪二元杂交猪，杜洛克猪和长白猪的杂交猪，杜洛克猪和大白猪的杂交猪，以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。

6.一种猪的遗传改良的方法，所述方法包括：确定种猪核心群中的种猪的如权利要求1或2所述的SNP标记，并根据所述SNP标记做出相应的选择：

在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第928位点为C/C和C/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/T基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率；优选在所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第928位点为C/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/T和T/T基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率；

优选地，利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的如权利要求1或2所述的SNP标记，其中所述核酸的序列如SEQ ID No.1所示；

优选地，利用如权利要求3所述的探针和/或权利要求4所述的引物进行PCR来确定所述种猪的如权利要求1或2所述的SNP标记。

7.一种确定猪的生长性状优劣的方法，所述方法包括：确定所述猪的如权利要求1或2所述的SNP标记，并根据所述SNP标记确定所述猪的生长性状：

所述猪的生长性状从优到劣，以所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第928位点的基因型排序依次为：C/C基因型、C/T基因型和T/T基因型。

8.一种改善猪的生长性状的猪新品系和/或猪新品种建立的方法，其包括如下步骤：对于如权利要求1或2所述SNP标记的基因型为C/T或T/T的猪，通过定点突变将其中的C/T和T/T突变为C/C基因型。

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，利用转基因的方法或基因编辑的方法进行突变。

10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，利用CRISPR/Cas9的基因编辑方法进行突变。

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