CN115125295A - 一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品 - Google Patents

一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品 Download PDF

Info

Publication number
CN115125295A
CN115125295A CN202210230210.4A CN202210230210A CN115125295A CN 115125295 A CN115125295 A CN 115125295A CN 202210230210 A CN202210230210 A CN 202210230210A CN 115125295 A CN115125295 A CN 115125295A
Authority
CN
China
Prior art keywords
standard
ptc
standard substance
hex
site
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202210230210.4A
Other languages
English (en)
Inventor
高轩
李西清
程亚双
徐龙慧
王丽达
路静
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Hefei Yuanya Biotechnology Co ltd
Anhui Normal University
Original Assignee
Hefei Yuanya Biotechnology Co ltd
Anhui Normal University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Hefei Yuanya Biotechnology Co ltd, Anhui Normal University filed Critical Hefei Yuanya Biotechnology Co ltd
Priority to CN202210230210.4A priority Critical patent/CN115125295A/zh
Publication of CN115125295A publication Critical patent/CN115125295A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/166—Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明属于基因测序标准品技术领域，提供一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品，所述标准品包括PTC‑HEX、PTC‑FAM和PTC‑H；其中，PTC‑HEX的PCR产物包括rs25487(G)、rs1042522(C)和rs1048943(A)；PTC‑FAM的PCR产物包括rs25487(A)、rs1042522(G)和rs1048943(T)，PTC‑H的PCR产物包括PTC‑HEX。本标准品经DNA结构改造，可用于多位点SNP分型，可持续使用的基因分型标准品。可通过单引物PCR扩增的方式进行标准品复制，从而使标准品可持续使用，且大大降低了标准品重新制备的成本。

Description

一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品
技术领域
本发明属于分子生物学技术基因分型领域，具体公开了一种适用于多位点基因分型的标准品。
背景技术
SNP(Single nucleotide polymorphism)即单核苷酸多态性，是基因组DNA中特定核苷酸位置的单个碱基的转化、转位、***或缺失引起的点突变，导致群体和个体之间产生差异。随着测序技术和生信分析的快速发展，海量的基因组学数据为SNP分子标记奠定了基础，数以万计的SNP多态性位点正在被不断发掘，并广泛应用于遗传疾病诊断、致病候选基因研究、药物筛选研究、分子标记辅助育种、群体遗传研究等。因此对SNP标记的真实性验证、后续开发利用等变得尤为重要。
常见的SNP位点一般有两种等位基因，又称双等位基因。因此在群体中，每个个体的一个SNP位点一般存在3种基因型：突变前位点的基因型(纯合型1)、突变后位点的基因型(纯合型2)、突变前后位点基因型共存(杂合型)。通常通过SNP检测技术，确定每个个体的每个SNP位点的基因型属于以上三种基因型中的哪一种。常见的SNP的检测平台有3种：高通量测序平台，中通量基因芯片检测平台，底通量电泳检测平台、荧光定量PCR的检测平台、酶标检测平台等。其中低通量SNP检测平台应用最为广泛和普及。
发明内容
低通量SNP检测平台往往需要每个SNP位点的3种基因型的标准品做参考辅助SNP检测。常见的SNP检测标准品有两种：一种从已知基因型样本中筛选出3种基因型样本，做为标准品；另一种是合成已知基因型的基因序列，作为标准品。但这两种标准品面对多位点SNP检测时均存在其弊端：前者由于每个SNP位点需要3种基因型的标准品，导致多位点SNP的标准品，管数众多，存在存储困难，取用易出错等问题；且每一批次标准品使用完后，需重新采样，提取DNA制备标准品，可能存在样本重新获取困难的问题，且增加了DNA提取成本。后者基因合成成本高，尤其是多位点基因合成本更加高昂，标准品使用完后，需再次进行高成本基因合成。
本发明针对现有SNP标准品的不足，力求开发一种低成本，可用于多位点SNP分型，可持续使用的基因分型标准品，且该标准品一套只有3管，易于保存。
一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品，包括PTC-HEX、PTC-FAM和PTC-H；其中，PTC-HEX的PCR产物包括rs25487(G)、rs1042522(C)和rs1048943(A)；PTC-FAM的PCR产物包括rs25487(A)、rs1042522(G)和rs1048943(T)，PTC-H的PCR产物包括PTC-HEX，其中：
所述rs25487(G)的基因序列为：5'-[HEX]CGGCTGCCCTCCCGGAGGTAAG[BHQ1]；
所述rs1042522(C)的基因序列为：5'-[HEX]CTGCTCCCCCCGTGGCCCC[BHQ1]；
所述rs1048943(A)的基因序列为：5'-[HEX]CGGTGAGACCATTGCCCGCT[BHQ1]；
所述rs25487(A)的基因序列为：5'-[6FAM]CGGCTGCCCTCCCAGAGGTAAG[BHQ1]；
所述rs1042522(G)的基因序列为：5'-[6FAM]CTGCTCCCCGCGTGGCCCC[BHQ1]；
所述rs1048943(T)的基因序列为：5'-[6FAM]CGGTGAGACCGTTGCCCGCT[BHQ1]。
其中，所述rs25487(G)的浓度为52.2～65.3ng/μL，rs1042522(C)的浓度为59.5～74ng/μL，rs1048943(A)的浓度为47～82.1ng/μL，rs25487(A)的浓度为48.1～53.2ng/μL，rs1042522(G)的浓度为53.2～59.5ng/μL，rs1048943(T)的浓度为42.9～69.6ng/μL，PTC-HEX的浓度为52.4～73.2ng/μL，PTC-HEX的浓度为47.7～60ng/μL；
其中，所述基因分型标准品用于同时连续检测三个SNP位点，其名称分别为rs25487(G/A)、rs1042522(C/G)、rs1048943(A/G)。
有益效果
低通量SNP检测平台往往需要每个SNP位点的3种基因型的标准品做参考辅助SNP检测。常见的SNP检测标准品有两种：一种从已知基因型样本中筛选出3种基因型样本，做为标准品；另一种是合成已知基因型的基因序列，作为标准品。但这两种标准品面对多位点SNP检测时均存在其弊端：前者由于每个SNP位点需要3种基因型的标准品，导致多位点SNP的标准品，管数众多，存在存储困难，取用易出错等问题；且每一批次标准品使用完后，需重新采样，提取DNA制备标准品，可能存在样本重新获取困难的问题，且增加了DNA提取成本。后者基因合成成本高，尤其是多位点基因合成本更加高昂，标准品使用完后，需再次进行高成本基因合成。为了解决以上提及的现存问题，我们开发了一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品。该发明具有三大优势：其一：该发明基于标准品制备成本考虑，针对不同SNP位点数，给出了标准品，从而大大降低了标准品制备成本。其二：新型标准品一套只有3管，每管融合了每个SNP位点的一种基因型，易于保存，且适用于多位点SNP检测。其三：新型标准品经DNA结构改造，可通过单引物PCR扩增的方式进行标准品复制，从而使标准品可持续使用，且大大降低了标准品重新制备的成本。
附图说明
图1：实施例1标准品基因分型验证结果。
图2：Illumina平台测序常用接头序列。
图3：实施例2标准品基因分型验证结果。
具体实施方式
为了使本发明实现的技术手段、创作特征、达成目的与功效易于明白了解，下面结合具体，进一步阐明本发明。
本发明中所有的原料，对其来源没有特别限定，在市场上购买的或按照本领域技术人员熟知的常规方法制备的即可。本发明中所有的原料，对其纯度没有特别限定，本发明优选采用分析纯或复合材料领域使用的常规纯度。
实施例选用市面上“抑癌卫视”基因分型检测产品进行详细说明。“抑癌卫视”基因分型检测产品包含三个SNP位点，其名称(基因型)分别为rs25487(G/A)、rs1042522(C/G)、rs1048943(A/G)。
基于成本考虑，5个及5个以下SNP位点的标准品制备，优选实施例1；5个以上SNP位点的标准品制备，优选实施例2。
实施例1
1.SNP位点引物设计
引物设计，可直接采用TaqMan探针或其他基于荧光定量PCR的检测平台探针产品自带的引物序列为基础(表1)，在其5’端添加统一扩增引物序列(表2)。也可通过rs号，获取其基因序列，使用引物设计软件或网站自行设计引物，并在设计好的引物序列，5’端添加统一扩增引物序列(表2)。
本实施例采用ThermoFisher TaqMan探针进行实验，引物直接选用ThermoFisherTaqMan探针产品自带的引物序列,在其5’端添加统一扩增引物序列。信息如下：
表1：ThermoFisher TaqMan探针产品自带引物探针序列信息表
Figure BDA0003540222340000031
表2：5’端添加标准品制备通用引物序列的融合引物信息表
Figure BDA0003540222340000041
2.样本准备
三个SNP位点，每个SNP位点，各准备2种纯合基因型的样本，样本信息如下。
表3：样本信息表
样本名称 基因型 扩增引物 探针荧光基团
1 rs25487(G) rs25487-primer pair HEX
2 rs25487(A) rs25487-primer pair 6FAM
3 rs1042522(C) rs1042522-primer pair HEX
4 rs1042522(G) rs1042522-primer pair 6FAM
5 rs1048943(A) rs1048943-primer pair HEX
6 rs1048943(T) rs1048943-primer pair 6FAM
3.SNP序列扩增
使用对应的PCR扩增引物，分别将样本的SNP基因序列扩增下来，并进行0.8X磁珠纯化。完成纯化后，扩增产物名称与表1基因型名称一致。使用Qubit3.0仪器检测扩增产物DNA含量。
1)PCR扩增体系：
表4：PCR扩增体系
Figure BDA0003540222340000051
2)PCR扩增程序：
95℃预变性3min；95℃变性30sec，56℃退火30sec，72℃延伸45sec，共25个循环；最后72℃延伸5min；4℃保存。
3)0.8X磁珠纯化方案：
本发明产物纯化使用诺唯赞VAHTS DNAClean Beads，纯化前将磁珠液提前30min从2～8℃取出，静置使其温度平衡至室温。旋涡振荡使磁珠液充分混匀，吸取40μl磁珠液加入50μl DNA扩增产物中，使用移液器轻轻吸打10次充分混匀，室温孵育10min，使DNA结合到磁珠上。将样品置于磁力架上，待溶液澄清后(约5min)，小心移除上清。保持样品始终处于磁力架上，加入200μl新鲜配制的80％乙醇漂洗磁珠，室温孵育30sec，小心移除上清。再次加入200μl新鲜配制的80％乙醇漂洗磁珠，室温孵育30sec，小心移除上清。保持样品始终处于磁力架上，室温下开盖干燥磁珠约5-10min。将样品从磁力架上取出，加入50μlNuclease-free Water，涡旋振荡或使用移液器吹打充分混匀，室温静置2min。在磁力架上静置5min待溶液澄清后，小心吸取上清至一个新的无核酸酶离心管中，做好标记待用。
4)PCR产物质控
表5：扩增产物质控结果
PCR产物名称 浓度ng/μL 体积μL 总量μg
rs25487(G) 52.2 50 2.61
rs25487(A) 48.1 50 2.405
rs1042522(C) 59.5 50 2.975
rs1042522(G) 53.2 50 2.66
rs1048943(A) 47.0 50 2.35
rs1048943(T) 42.9 50 2.145
4.多位点标准品制备
将以上6管扩增产物，制备成3管多位点标准品。混合方案如下表：
表6：多位点标准品混合方案表
Figure BDA0003540222340000061
使用Qubit3.0仪器检测制备好的标准品浓度，并将其稀释至10ng/μL待用。
5.基因分型验证
本发明使用ABI QuantStudio6实时荧光定量PCR仪，进行标准品基因分型验证实验，每个标准品做了三个重复。
1)基因分型体系：
表7：标准品基因分型验证体系
Figure BDA0003540222340000071
2)基因分型程序：
Pre-Amp：60℃/30s，Amplication：95℃/10min；95℃/30s、60℃/1min*，40个循环；Post-Amp:60℃/30s。
3)基因分型结果：见图1
6.标准品持续使用方法
本方案制备的标准品，通过融合引物扩增的方式，得到标准品SNP序列。融合引物结构包含两部分，一部分为标准品制备的通用引物序列，另一部分为SNP位点基因扩增引物序列。当标准品体积过少时，仅需取1ul标准品，使用标准品制备通用引物进行PCR扩增、纯化后即可继续使用。
该发明的标准品，除了具有将多位点SNP每种基因各融合成一管，易于保存和使用的优势，还可通过简单的单引物PCR进行新一轮标准品的制备，使该标准品可持续使用。相比基因合成的方式制备标准品，大大降低了制备成本。
实施例2
1.SNP位点引物设计
引物设计，可直接采用TaqMan探针或其他基于荧光定量PCR的检测平台探针产品自带的引物序列。也可通过rs号，获取其基因序列，使用引物设计软件或网站自行设计引物。
本发明采用Thermo Fisher TaqMan探针进行实验，引物直接选用Thermo FisherTaqMan探针产品自带的引物序列。详细信息同表1：Thermo Fisher TaqMan探针产品自带引物探针序列信息表。
2.样本准备
三个SNP位点，每个SNP位点，各准备2种纯合基因型的样本，样本信息同表2样本信息表。
3.SNP序列扩增
使用对应的PCR扩增引物，分别将样本的SNP基因序列扩增下来，并进行0.8X磁珠纯化。完成纯化后，扩增产物名称与表1基因型名称一致。使用Qubit3.0仪器检测扩增产物DNA含量。
1)PCR扩增体系见表3。
表8：PCR扩增体系
Figure BDA0003540222340000081
2)PCR扩增程序：
95℃预变性3min；95℃变性30sec，56℃退火30sec，72℃延伸45sec，共25个循环；最后72℃延伸5min；4℃保存。
3)0.8X磁珠纯化方案：
本发明产物纯化使用诺唯赞VAHTS DNAClean Beads，纯化前将磁珠液提前30min从2～8℃取出，静置使其温度平衡至室温。旋涡振荡使磁珠液充分混匀，吸取40μl磁珠液加入50μl DNA扩增产物中，使用移液器轻轻吸打10次充分混匀，室温孵育10min，使DNA结合到磁珠上。将样品置于磁力架上，待溶液澄清后(约5min)，小心移除上清。保持样品始终处于磁力架上，加入200μl新鲜配制的80％乙醇漂洗磁珠，室温孵育30sec，小心移除上清。再次加入200μl新鲜配制的80％乙醇漂洗磁珠，室温孵育30sec，小心移除上清。保持样品始终处于磁力架上，室温下开盖干燥磁珠约5-10min。将样品从磁力架上取出，加入50μlNuclease-free Water，涡旋振荡或使用移液器吹打充分混匀，室温静置2min。在磁力架上静置5min待溶液澄清后，小心吸取上清至一个新的无核酸酶离心管中，做好标记待用。
4)PCR产物质控
表9：扩增产物质控结果
PCR产物名称 浓度ng/μL 体积μL 总量μg
rs25487(G) 65.3 50 3.27
rs25487(A) 53.2 50 2.66
rs1042522(C) 74 50 3.70
rs1042522(G) 59.5 50 2.98
rs1048943(A) 82.1 50 4.11
rs1048943(T) 69.6 50 3.48
4.多位点标准品制备
将以上6管扩增产物，制备成3管多位点标准品。混合方案如下表：
表10：多位点标准品混合方案表
Figure BDA0003540222340000091
使用Qubit3.0仪器检测制备好的标准品浓度，并将其稀释至10ng/μL待用。
5.标准品文库构建
本发明标准品文库构建采用VAHTSTM Universal DNALibrary Prep Kit for
Figure BDA0003540222340000092
V3(ND607)试剂盒，通过末端修复、A接头连接、纯化、PCR扩增、产物纯化等过程，完成标准品文库构建。构建成功的标准品文库中，所有SNP序列均统一连接了illumina平台测序常用接头序列(图2)。后续标准品即将用完时，只需使用统一引物序列(表11)进行PCR扩增、纯化后，即可等到新一轮标准品，实现标准品可持续使用的目标。
表11：标准品制备通用引物序列
名称 引物序列
Primer F AATGATACGGCGACCACCGAGATC
Primer R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT
6.基因分型验证
本发明使用ABI QuantStudio6实时荧光定量PCR仪，进行标准品基因分型验证实验，每个标准品做了三个重复。
1)基因分型体系见表7。
2)基因分型程序：
Pre-Amp：60℃/30s；Amplication：95℃/10min，95℃/30s、60℃/1min*、40个循环；Post-Amp:60℃/30s。
3)基因分型结果：见图3
7.标准品持续使用方法
本方案制备的标准品，通过PCR产物文库构建的方式，得到具有统一接头序列的标准品文库。当标准品体积过少时，仅需取1ul标准品，使用标准品制备通用引物序列进行PCR扩增、纯化后即可继续使用。
本发明的标准品，除了具有将多位点SNP每种基因各融合成一管，易于保存和使用的优势，还可通过简单的单引物PCR进行新一轮标准品的制备，使该标准品可持续使用。相比基因合成的方式制备标准品，大大降低了制备成本。
rs25487,rs1042522和rs1048943的基因序列如下：
>rs25487
GAGATGGGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCCAGAGTGCAGTGGCACGATTTTGGCTTCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTTCCGAGTAACTGGGATTACAGGCGTGCGCCACCAAGCCCAGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAAGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCGGGACTCACTTTGAATGAATGAATATGGACCCTAACACTTGTTCTCCCACCCCTGAGTTTTTGCACAAACTGCTCCTCCAGCCTTTTCTGATAAGCAGGCTTCACAGAGCCCTCTGTGACCTCCCAGGCAGGTCCTCCTTCCCTCATCTGGAGTACCCCAGCCCCTGCCCCGCTCCTCTCAGTAGTCTGCTGGCTCTGGGCTGGGACCACCTGTGTTCTCCGCTGGCAGGCCCCAGTCTGACTCCCCTCCAGATTCCTGGCATTGCCCAGCACAGGATAAGGAGCAGGGTTGGCGTGTGAGGCCTTACCTCTGGGAGGGCAGCCGCCGACGCATGCGGTGACAGTCCAGCACCCACTCCTTACGCACGATGCGGCCTCCCAGGCCTAGGACCTGGCTGTACTTGGGGGTGTTGGCAAAGGCACAGCTGGTGGGGGGCAGAAGTGAAGATGCCAGTTAGGTGTGATCTGAGGGGCAAAGGGGAACGAGACAGGGGAGACAGACAGAGAGAGAGAGAGACAGACAGACAGACAGATCATGAGATTGAGGTGGGAGAAACAAAAAGAGGTTGGAGACCAAGGGAGAGATGCAAAAATCAGAGAGAAGACAAAGGCTACAGAATGCAGTGAGAAAGAAAGCAAGTGAGAGAGAGAGAAAGCATGCAGCATAGTGGACACAGAGAAAGCACAAGGTGGAGGAGACACAGGGAGCTGGGGGAGAAACTGCAGCGGCGCAGGGAGGGGGGCGCAAGCCTACATGAGGTGCGTGCTGTCCCGGGTCCAGTCTGGCCGATACTTGGCCCCAAGCTCTAGGGCCTTATCTCGCAGCTCGGAGCGGAAGGGGTTCTGGAAGCCACTCAGCACCACTACCACACCCTGAAGGATCTTCCCCAGCTCCTCTGGGCCAGCTCGGGGTCGTCTGGGCTCGGTGCCTTCTCCTCGGGGTTTGCCTGTCACTGCCCCCTGTGCTCGGGCAGGGACTG
>rs1042522
TATTTTTTTGTAGAGACGAGGTTTCATCATGTTACCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAGGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTCTTTGAGAGTGCTGGGATTGCAGGTGTGAGCCACCAAGCCTGGTCAGGAGCTTATTTTCAAAAGCCAAGGAATACACGTGGATGAAGAAAAAGAAAAGTTCTGCATCCCCAGGAGAGATGCTGAGGGTGTGATGGGATGGATAAAAGCCCAAATTCAAGGGGGGAATATTCAACTTTGGGACAGGAGTCAGAGATCACACATTAAGTGGGTAAACTATAAAAAAACACTGACAGGAAGCCAAAGGGTGAAGAGGAATCCCAAAGTTCCAAACAAAAGAAATGCAGGGGGATACGGCCAGGCATTGAAGTCTCATGGAAGCCAGCCCCTCAGGGCAACTGACCGTGCAAGTCACAGACTTGGCTGTCCCAGAATGCAAGAAGCCCAGACGGAAACCGTAGCTGCCCTGGTAGGTTTTCTGGGAAGGGACAGAAGATGACAGGGGCCAGGAGGGGGCTGGTGCAGGGGCCGCCGGTGTAGGAGCTGCTGGTGCAGGGGCCACGGGGGGAGCAGCCTCTGGCATTCTGGGAGCTTCATCTGGACCTGGGTCTTCAGTGAACCATTGTTCAATATCGTCCGGGGACAGCATCAAATCATCCATTGCTTGGGACGGCAAGGGGGACTGTAGATGGGTGAAAAGAGCAGTCAGAGGACCAGGTCCTCAGCCCCCCAGCCCCCCAGCCCTCCAGGTCCCCAGCCCTCCAGGTCCCCAGCCCAACCCTTGTCCTTACCAGAACGTTGTTTTCAGGAAGTCTGAAAGACAAGAGCAGAAAGTCAGTCCCATGGAATTTTCGCTTCCCACAGGTCTCTGCTAGGGGGCTGGGGTTGGGGTGGGGGTGGTGGGCCTGCCCTTCCAATGGATCCACTCACAGTTTCCATAGGTCTGAAAATGTTTCCTGACTCAGAGGGGGCTCGACGCTAGGATCTGACTGCGGCTCCTCCATGGCAGTGACCCGGAAGGCAGTCTGGCTGCTGCAAGAGGAAAAGTGGGGATCCAGCATGAGACACTTCCAACCCTGGGTCACCTGGGCCTGCAGAGAAGGAACCCCCTCCCCCAA
>rs1048943
AGGGTCCTGGTTTGGCTAGTTCTAACTTGCTGAAGCCAGTCAG CACCCTCACAGAG CCAGCTAGGTACTGGGCCCAGGGGCTTCCAGAGAGTTCTTCAGAGCTTCTCAGAGGCCTAAGGACCTCCTAACCCTAGCAGG CCTCCTGGCTCAAGCACAACTTGGGAAGGCTCCATCAGCATCTATGTGGCCCTGTTTTACCTGTTGTCTCTGGAGGGTGTGCAGAGGCAAGTCCAGGGTAGGGGCAGGCAGGATCCCTTAGGCTTGCCCACAGCCCAGATAGCAAAACTGCAGCCAGATCAGTGTCTATGAGTTTCAGGCTGAACCTTAGACCACATAGGCCAGCCTGCTGGTCTGGCTGCCCAACCAGACCAGGTAGACAGAGTCTAGGCCTCAGGGCTCTCAAGCACCTAAGAGCGCAGCTGCATTTGGAAGTGCTCACAGCAGGCATG CTTCATGGTTAG CCCATAGATGGGGGTCATGTCCACCTTCACGCCCAGTGGCACGCTGAATTCCACCCGTTGCAGCAGGATAGCCAGGAAGAGAAAGACCTCCCAGCGGGCAATGGTCTCACCGATACACTTCCGCTTGCCCATGCCAAAGATAATCACCTTCTCACTTAACACCTTGTCGATAGCACCATCAGGGGTGAGAAACCGTTCAGGTAGGAACTCAGATGGGTTGACCCATAGCTTCCTGTAACCAGAGGGAGACAGCTGAAGTGGCAGTTCAGGGCTCAGAAGTGTCAAGTGAGTGGAGCTCCAGCCCCAAAGGATAGAGGACAGGCAAGCAGCCCATGGACAGGAGGATCAATGCAATGATTGTATTAATCATATATAAGAGCTTAAGAGGGTGGACCCAGCCTTTCCTCTGCATCTCTGAACTTACTGGTCATGGTTGATCTG CCACTGGTTTACAAAGACACAACGCCCCTTGGGGATGTAAAAGCCTTTCAAACTTGTGTCTCTTGTTGTGCTAGGGAGAAAGGAAGCTCAGTCAGGCTCAGGGCAACAGGCAAATCTCCCTGTCTCCCATGCCGTGTCCCTCCCACTAACCCTAATCAGGTATGTGGTCCGGAGTAAGATCAGTAACAGACAGCAGTGGCTCCATGGGGCCTTACCTGTGGGGGATGGTGAAGGGGACGAAGGAAGAGTGTCGGAAGGTCTCCAGGATGAAGGCCTCCATA

Claims (3)

1.一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品，其特征在于：所述标准品包括PTC-HEX、PTC-FAM和PTC-H；其中，PTC-HEX的PCR产物包括rs25487(G)、rs1042522(C)和rs1048943(A)；PTC-FAM的PCR产物包括rs25487(A)、rs1042522(G)和rs1048943(T)，PTC-H的PCR产物包括PTC-HEX，其中：
所述rs25487(G)的基因序列为：5'-[HEX]CGGCTGCCCTCCCGGAGGTAAG[BHQ1]；
所述rs1042522(C)的基因序列为：5'-[HEX]CTGCTCCCCCCGTGGCCCC[BHQ1]；
所述rs1048943(A)的基因序列为：5'-[HEX]CGGTGAGACCATTGCCCGCT[BHQ1]；
所述rs25487(A)的基因序列为：5'-[6FAM]CGGCTGCCCTCCCAGAGGTAAG[BHQ1]；
所述rs1042522(G)的基因序列为：5'-[6FAM]CTGCTCCCCGCGTGGCCCC[BHQ1]；
所述rs1048943(T)的基因序列为：5'-[6FAM]CGGTGAGACCGTTGCCCGCT[BHQ1]。
2.根据权利要求1所述的用于多位点可持续使用的基因分型标准品，其特征在于：所述rs25487(G)的浓度为52.2～65.3ng/μL，rs1042522(C)的浓度为59.5～74ng/μL，rs1048943(A)的浓度为47～82.1ng/μL，rs25487(A)的浓度为48.1～53.2ng/μL，rs1042522(G)的浓度为53.2～59.5ng/μL，rs1048943(T)的浓度为42.9～69.6ng/μL，PTC-HEX的浓度为52.4～73.2ng/μL，PTC-HEX的浓度为47.7～60ng/μL。
3.一种权利要求1所述的用于多位点可持续使用的基因分型标准品的应用，其特征在于：所述基因分型标准品用于同时连续检测三个SNP位点，其名称分别为rs25487(G/A)、rs1042522(C/G)、rs1048943(A/G)。
CN202210230210.4A 2022-03-10 2022-03-10 一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品 Pending CN115125295A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202210230210.4A CN115125295A (zh) 2022-03-10 2022-03-10 一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202210230210.4A CN115125295A (zh) 2022-03-10 2022-03-10 一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN115125295A true CN115125295A (zh) 2022-09-30

Family

ID=83376689

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202210230210.4A Pending CN115125295A (zh) 2022-03-10 2022-03-10 一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN115125295A (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN116445596A (zh) * 2023-06-09 2023-07-18 军科正源（北京）药物研究有限责任公司 一种用于人类基因分型的产品、方法及其用途

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20090029375A1 (en) * 2007-07-11 2009-01-29 Intergenetics, Inc. Genetic models for stratification of cancer risk
CN110205363A (zh) * 2019-05-24 2019-09-06 武汉大学 载脂蛋白e基因kasp分型检测试剂盒及其方法
CN111808933A (zh) * 2020-06-23 2020-10-23 安徽微分基因科技有限公司 一种用于illumina二代测序平台的标准品
CN113136433A (zh) * 2021-05-11 2021-07-20 浙江迪谱诊断技术有限公司 同时检测多个肿瘤易感性相关snp位点的试剂盒

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20090029375A1 (en) * 2007-07-11 2009-01-29 Intergenetics, Inc. Genetic models for stratification of cancer risk
CN110205363A (zh) * 2019-05-24 2019-09-06 武汉大学 载脂蛋白e基因kasp分型检测试剂盒及其方法
CN111808933A (zh) * 2020-06-23 2020-10-23 安徽微分基因科技有限公司 一种用于illumina二代测序平台的标准品
CN113136433A (zh) * 2021-05-11 2021-07-20 浙江迪谱诊断技术有限公司 同时检测多个肿瘤易感性相关snp位点的试剂盒

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN116445596A (zh) * 2023-06-09 2023-07-18 军科正源（北京）药物研究有限责任公司 一种用于人类基因分型的产品、方法及其用途
CN116445596B (zh) * 2023-06-09 2023-09-15 军科正源（北京）药物研究有限责任公司 一种用于人类基因分型的产品、方法及其用途

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN106591441B (zh) 基于全基因捕获测序的α和/或β-地中海贫血突变的检测探针、方法、芯片及应用
US20190153535A1 (en) Varietal counting of nucleic acids for obtaining genomic copy number information
CN110029178B (zh) 与绵羊单胎多羔性状相关的snp分子标记及其检测引物组、检测试剂盒和应用
US20180282796A1 (en) Typing and Assembling Discontinuous Genomic Elements
CN110628891B (zh) 一种对胚胎进行基因异常筛查的方法
WO2012068919A1 (zh) DNA文库及其制备方法、以及检测SNPs的方法和装置
WO2012000153A1 (zh) 基于illuminaga测序技术的hla基因高分辨率分型方法
CN113308562A (zh) 棉花全基因组40k单核苷酸位点及其在棉花基因分型中的应用
CN110218781A (zh) 21个微单倍型位点的复合扩增体系、下一代测序分型试剂盒及分型方法
CN112176076A (zh) 一种与山羊生长性状相关的nfat5基因分子标记及其应用
CN112592981B (zh) 用于dna档案建库的引物组、试剂盒和方法
CN115125295A (zh) 一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品
CN116635535A (zh) 单细胞dna和rna的同时扩增
WO2017185758A1 (zh) 用于微嵌合检测和个体识别的引物、探针、试剂盒及方法
CN108707685B (zh) 与谷子分蘖数性状相关的snp标记及其检测引物和应用
CN114875118B (zh) 确定细胞谱系的方法、试剂盒和装置
CN114854737A (zh) 基于三代测序平台的i类hla基因扩增引物、试剂盒及分型方法
WO2020259303A1 (zh) 一种快速构建rna 3'端基因表达文库的方法
CN113234838A (zh) 高分辨率熔解曲线鉴定绵羊FecB基因型的引物对、产品和方法
CN113403377A (zh) 药物和营养代谢能力检测snp位点引物组合物及应用
CN114250279A (zh) 一种单倍型的构建方法
CN116622862B (zh) 棉鼠微卫星分子标记及其引物对与应用、棉鼠遗传检测的方法
CN109439773A (zh) 一种绵羊多羔性状的snp分子标记及其检测用引物组、试剂盒和应用
US20240124930A1 (en) Diagnostic and/or Sequencing Method and Kit
Gallardo et al. Application to Assisted Reproductive of Whole-Genome Treatment Technologies

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination