CN114913169B - 一种新生儿坏死性小肠结肠炎筛查*** - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种新生儿坏死性小肠结肠炎筛查***,包括计算机存储器、计算机处理器以及存储在所述计算机存储器中并可在所述计算机处理器上执行的计算机程序,所述计算机存储器中存有训练好的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型;所述的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型基于改进的DenseNet神经网络模型,在原始DenseNet的框架基础上引入PReLU激活函数以及ECA注意力机制;所述计算机处理器执行所述计算机程序时实现以下步骤:将待筛查的腹部平片数据进行预处理,然后输入训练好的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型,得到是否患有坏死性小肠结肠炎的筛查结果。利用本发明,可以提高新生儿坏死性小肠结肠炎的诊断准确率,从而尽快向患儿提供优质医疗救助。
Description
技术领域
本发明属于医学人工智能领域,尤其是涉及一种新生儿坏死性小肠结肠炎筛查***。
背景技术
坏死性小肠结肠炎(Necrotizing enterocolitis,NEC)是极低出生体重早产儿中一种常见的、潜在的灾难性肠道疾病。NEC影响多达15%的出生体重低于1500克的新生儿,NEC会导致突然发作的进行性肠道炎症和坏死,这可能导致严重的肠道坏死、多器官损伤或死亡。尚未确定NEC的统一治病机理,也没有任何可靠的生物标志物表明个体患者患该疾病的风险。由于无法***NEC,目前的医疗策略包括密切的临床监测,以便在发生不可恢复的肠道损伤之前尽快治疗NEC婴儿。目前临床上常用的检查包括生化五类、血常规、血气、腹部平片以及B超等。其中腹部平片是准确率最高的检测方式。
多项研究表明,卷积神经网络广泛应用于医学,尤其是医学影像的分类,且取得较为良好的分类结果。
如公开号为CN109620152A的中国专利文献公开了一种基于MutiFacolLoss-Densenet的心电信号分类方法,由于每条记录所测得的心电信号时间长短不一或者时间过长,无法对其进行直接分类,需要对每条记录以等长的时间间隔分割处理,然后把分割后的心电信号片段进行归一化处理,最后把处理好的心电信号输入到卷积神经网络中进行分类。该方法的主干网络主要采用DenseNet结构的思想,该思想具有分类识别率高以及参数量等优点。该主干网络的输入为分割后的心电信号片段,输出为心电信号类别个数,网络的每个输出分别为所属类别的概率,是一种端到端的心电信号分类方法。
如公开号为CN114067092A的中国专利文献公开了本发明涉及医学图像处理领域,尤其是一种基于DenseNet和lightGBM的脂肪肝B超图像分类方法,获取肝脏的医学图像数据集,对获取的的肝脏图像数据集进行预处理;构建DenseNet201网络,输入经过预处理的图像数据集并提取出图像特征矩阵,将提取出的特征矩阵按照设定比例划分为训练集,验证集和测试集;利用训练集对lightGBM模型进行训练,利用验证集对训练出的模型进行评估,并调整模型参数以提高模型分类准确率;将测试集输入调整好的lightGBM模型,得到肝脏分类结果,测试模型泛化能力。采用直方图正规化和USM锐化增强算法对脂肪肝B超图像的分类特征进行了优化处理,表现更加优越
众多学者将卷积神经网络运用到基于影像的疾病分类。但是,针对本发明的研究领域,即基于腹部平片的新生儿坏死性小肠结肠炎初筛,并没有相关的研究和报道,现有的网络模型也不适合新生儿坏死性小肠结肠炎的筛查。
发明内容
本发明提供了一种新生儿坏死性小肠结肠炎筛查***,可以提高新生儿坏死性小肠结肠炎的诊断准确率,从而尽快向患儿提供优质医疗救助,对减轻患儿症状,降低死亡率有重要意义。
一种新生儿坏死性小肠结肠炎筛查***,包括计算机存储器、计算机处理器以及存储在所述计算机存储器中并可在所述计算机处理器上执行的计算机程序,所述计算机存储器中存有训练好的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型;
所述的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型基于改进的DenseNet神经网络模型,在原始DenseNet的框架基础上引入PReLU激活函数以及ECA注意力机制;
所述计算机处理器执行所述计算机程序时实现以下步骤:
将待筛查的腹部平片数据进行预处理,然后输入训练好的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型,得到是否患有坏死性小肠结肠炎的筛查结果。
进一步地,所述新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型的具体结构如下:
在原始DenseNet的框架中,对每个特征提取层DenseLayer进行修改,修改后的DenseLayer包括:Batch Norm层、PReLU激活函数、1x1卷积、3x3卷积及ECA注意力模块,使用bottleneck的构造形式;其中,1x1卷积用于降维输入特征图,3x3卷积用于进行特征提取,ECA注意力模块用于获得加强的特征图;
原始输入特征图依次经过Batch Norm层、PReLU激活函数、1x1卷积、Batch Norm层、PReLU激活函数和3x3卷积后,输出的特征图进入ECA注意力模块,根据输入的特征图计算出每个通道分配到的注意力权重,注意力权重用来与对该特征图进行点乘得到特征重标定,最终原始输入特征图与加强后的特征图在通道维度的组合拼接,得到最终的特征图。
原始DenseNet的框架由具有特征提取功能的DenseBlock模块和具有下采样功能的Transition模块交叉组合形成;DenseBlock模块包含多个串联的DenseLayer,Transition模块通过平均池化层与卷积层构成。
所述的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型训练过程如下:
(1)收集新生儿坏死性小肠结肠炎患儿的腹部平片数据;
(2)对腹部平片数据进行预处理,包括图像增强、格式转换、尺寸统一;
(3)将预处理后的数据按比例分成训练集和验证集;
(4)将训练集送入构建的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型中进行训练,利用验证集对分类模型的性能进行评估,根据评估的效果对模型的超参数进行调整,最终完成模型训练。
步骤(1)中,收集的新生儿坏死性小肠结肠炎患儿腹部平片数据应符合以下标准:
患儿仰卧于摄影台上,上举患儿双臂,并将患儿头和手一并夹紧;将患儿头、双肩、双膝部紧贴摄影台上,身体正中面对准台面中线,以保证***不致歪斜;中心线对准剑突与耻骨联合连线中点,垂直摄入探测器;投照野尽量缩小,上缘包括膈面,下缘包括耻骨联合,从而减少散射线及新生儿的辐射剂量。
步骤(2)中,对腹部平片数据进行预处理的具体过程为:
首先使用CLAHE算法对原始的腹部平片数据进行图像增强,以突出腹部平片的关键影像特征;将图像大小统一为224*224尺寸,图像格式由DICOM转化为jpg格式。
步骤(3)中,将预处理后的数据按8:2的比例分成训练集和验证集。
步骤(4)中,训练过程中,将64张影像数据列为一组进行模型训练,并采用随机左右或水平旋转25度以达到扩大样本量的效果。
与现有技术相比,本发明具有以下有益效果:
本发明的***,创新性的构建改进的DenseNet神经网络算法构建新生儿坏死性小肠结肠炎初筛模型,该模型在DenseNet神经网络的原有框架基础上,引入PReLU激活函数以及使用ECA注意力机制,仅通过腹部平片就能对新生儿是否患有新生儿坏死性小肠结肠炎进行初筛判断,极大的提升了基层医生的诊断正确率以及效率。
附图说明
图1为本发明一种新生儿坏死性小肠结肠炎筛查***的整体结构流程图;
图2为本发明实施例中病灶可视化热力图。
具体实施方式
下面结合附图和实施例对本发明做进一步详细描述,需要指出的是,以下所述实施例旨在便于对本发明的理解,而对其不起任何限定作用。
一种新生儿坏死性小肠结肠炎筛查***,包括计算机存储器、计算机处理器以及存储在计算机存储器中并可在计算机处理器上执行的计算机程序,计算机存储器中存有训练好的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型。
本发明构建的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型基于改进的DenseNet神经网络模型,在原始DenseNet的框架基础上引入PReLU激活函数以及ECA注意力机制,此改进模型有效的提升了模型的分类性能。
如图1所示,DenseNet算法模型的主要由具有特征提取功能的DenseBlock模块和具有下采样功能的Transition模块交叉组合形成,而DenseBlock模块又包含多个串联的DenseLayer,Transition模块则是通过平均池化层与卷积层构成。
新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型在原始DenseNet中对每个DenseLayer(特征提取层)进行修改,修改后的DenseLayer由以下成分组成,包括:Batch Norm(批归一化)层、PReLU激活函数、1x1卷积、3x3卷积及ECA模块,使用bottleneck的构造形式,其中1x1卷积位于3x3卷积之前,1x1卷积主要发挥降维输入特征图的作用,同时,3x3卷积主要完成特征提取的任务。引入ECA注意力模块的目的是获得加强的特征图,具体实现方式如下:ECA注意力模块的输入数据为最末层3x3卷积输出的特征图,根据输入的特征图可以计算出每个通道分配到的注意力权重,注意力权重用来与对该特征图进行点乘得到特征重标定,最终原始输入特征图与加强后的特征图在通道维度的组合拼接,得到最终的特征图。
新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型的训练过程如下:
(1)收集新生儿坏死性小肠结肠炎患儿的腹部平片数据。腹部平片影像数据的收集应符合以下标准:
患儿仰卧于摄影台上,嘱咐家长上举患儿双臂,并将患儿头和手一并夹紧;将患儿头、双肩、双膝部紧贴摄影台上,身体正中面对准台面中线,以保证***不致歪斜;中心线对准剑突与耻骨联合连线中点,垂直摄入探测器;投照野尽量缩小,上缘包括膈面,下缘包括耻骨联合,从而减少散射线及新生儿的辐射剂量。
(2)对腹部平片数据进行预处理,包括图像增强、格式转换、尺寸统一。
收集到的影像数据要经过数据预处理,首先使用CLAHE算法对原始的腹部平片数据进行图像的预处理,以突出腹部平片的关键影像特征,这一步的目的是外部条件导致腹部平片数据边缘模糊、造影、亮度不均或者过低过高例如:新生儿拍摄影像时活动、设备采样精度、光线轻度、病人本身病理特性以及拍摄人员的水平等。采集到的数据质量直接影响到模型的学习效率,同时为了配准图像,将图像大小统一为224*224尺寸,图像格式由DICOM转化为jpg格式。
(3)将预处理后的数据按8:2的比例随机分成训练集和验证集。
(4)将训练集送入构建的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型中进行训练,利用验证集对分类模型的性能进行评估,根据评估的效果对模型的超参数进行调整,最终完成模型训练。
训练时,将64张影像数据列为一组进行模型训练,并采用随机左右或水平旋转25度以达到扩大样本量的效果。
为验证本发明的效果,采用多种指标验证模型的先进性,包括图像分类任务中常出现的特异性0.92、灵敏度0.8、准确率0.85、召回率0.87、F1分数0.98、AUC值91.6以及测试数据集的ROC曲线。因NEC诊断较为困难,以上实验结果表明该***已达到中级医生诊断水平。
进一步地,采用多个算法模型进行性能对比,包括VGGNet、AlexNet以及RestNet,在特异性、灵敏度、准确率、召回率,F1分数、AUC值,本模型均具有先进性。
对性能进行可视化,通过Grad-CAM模型的特征热力图映射,评估新生儿腹部平片筛选过程中特征选择是否集中在临床病理上的位置,以增强算法模型的可解释性,热力图颜色越深代表贡献值越大,经具有8年某省级三甲医院放射科工作经验的医生验证,热图很好的契合病灶部位,如图2病灶可视化热力图所示。
以上所述的实施例对本发明的技术方案和有益效果进行了详细说明,应理解的是以上所述仅为本发明的具体实施例,并不用于限制本发明,凡在本发明的原则范围内所做的任何修改、补充和等同替换,均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (7)
1.一种新生儿坏死性小肠结肠炎筛查***,包括计算机存储器、计算机处理器以及存储在所述计算机存储器中并可在所述计算机处理器上执行的计算机程序,其特征在于:所述计算机存储器中存有训练好的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型;
所述的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型基于改进的DenseNet神经网络模型,在原始DenseNet的框架基础上引入PReLU激活函数以及ECA注意力机制;所述新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型的具体结构如下:
在原始DenseNet的框架中,对每个特征提取层DenseLayer进行修改,修改后的DenseLayer包括:Batch Norm层、PReLU激活函数、1x1卷积、3x3卷积及ECA注意力模块,使用bottleneck的构造形式;其中,1x1卷积用于降维输入特征图,3x3卷积用于进行特征提取,ECA注意力模块用于获得加强的特征图;
原始输入特征图依次经过Batch Norm层、PReLU激活函数、1x1卷积、Batch Norm层、PReLU激活函数和3x3卷积后,输出的特征图进入ECA注意力模块,根据输入的特征图计算出每个通道分配到的注意力权重,注意力权重用来与对该特征图进行点乘得到特征重标定,最终原始输入特征图与加强后的特征图在通道维度的组合拼接,得到最终的特征图;
所述计算机处理器执行所述计算机程序时实现以下步骤:
将待筛查的腹部平片数据进行预处理,然后输入训练好的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型,得到是否患有坏死性小肠结肠炎的筛查结果。
2.根据权利要求1所述的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查***,其特征在于,原始DenseNet的框架由具有特征提取功能的DenseBlock模块和具有下采样功能的Transition模块交叉组合形成;DenseBlock模块包含多个串联的DenseLayer,Transition模块通过平均池化层与卷积层构成。
3.根据权利要求1所述的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查***,其特征在于,所述的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型训练过程如下:
(1)收集新生儿坏死性小肠结肠炎患儿的腹部平片数据;
(2)对腹部平片数据进行预处理,包括图像增强、格式转换、尺寸统一;
(3)将预处理后的数据按比例分成训练集和验证集;
(4)将训练集送入构建的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查模型中进行训练,利用验证集对分类模型的性能进行评估,根据评估的效果对模型的超参数进行调整,最终完成模型训练。
4.根据权利要求3所述的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查***,其特征在于,步骤(1)中,收集的新生儿坏死性小肠结肠炎患儿腹部平片数据应符合以下标准:
患儿仰卧于摄影台上,上举患儿双臂,并将患儿头和手一并夹紧;将患儿头、双肩、双膝部紧贴摄影台上,身体正中面对准台面中线,以保证***不致歪斜;中心线对准剑突与耻骨联合连线中点,垂直摄入探测器;投照野尽量缩小,上缘包括膈面,下缘包括耻骨联合,从而减少散射线及新生儿的辐射剂量。
5.根据权利要求3所述的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查***,其特征在于,步骤(2)中,对腹部平片数据进行预处理的具体过程为:
首先使用CLAHE算法对原始的腹部平片数据进行图像增强,以突出腹部平片的关键影像特征;将图像大小统一为224*224尺寸,图像格式由DICOM转化为jpg格式。
6.根据权利要求3所述的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查***,其特征在于,步骤(3)中,将预处理后的数据按8:2的比例分成训练集和验证集。
7.根据权利要求3所述的新生儿坏死性小肠结肠炎筛查***,其特征在于,步骤(4)中,训练过程中,将64张影像数据列为一组进行模型训练,并采用随机左右或水平旋转25度以达到扩大样本量的效果。
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