CN114591980A - Cars基因突变体及其应用 - Google Patents

Cars基因突变体及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN114591980A
CN114591980A CN202011412665.5A CN202011412665A CN114591980A CN 114591980 A CN114591980 A CN 114591980A CN 202011412665 A CN202011412665 A CN 202011412665A CN 114591980 A CN114591980 A CN 114591980A
Authority
CN
China
Prior art keywords
mutation
nucleic acid
gene
leu
glu
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202011412665.5A
Other languages
English (en)
Inventor
刘汉奎
张振馨
张建国
田长耕
黄小燕
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
BGI Shenzhen Co Ltd
Peking Union Medical College Hospital Chinese Academy of Medical Sciences
Original Assignee
BGI Shenzhen Co Ltd
Peking Union Medical College Hospital Chinese Academy of Medical Sciences
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by BGI Shenzhen Co Ltd, Peking Union Medical College Hospital Chinese Academy of Medical Sciences filed Critical BGI Shenzhen Co Ltd
Priority to CN202011412665.5A priority Critical patent/CN114591980A/zh
Publication of CN114591980A publication Critical patent/CN114591980A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K49/00—Preparations for testing in vivo
    • A61K49/0004—Screening or testing of compounds for diagnosis of disorders, assessment of conditions, e.g. renal clearance, gastric emptying, testing for diabetes, allergy, rheuma, pancreas functions
    • A61K49/0008—Screening agents using (non-human) animal models or transgenic animal models or chimeric hosts, e.g. Alzheimer disease animal model, transgenic model for heart failure
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/28—Drugs for disorders of the nervous system for treating neurodegenerative disorders of the central nervous system, e.g. nootropic agents, cognition enhancers, drugs for treating Alzheimer's disease or other forms of dementia
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/573—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for enzymes or isoenzymes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2503/00—Use of cells in diagnostics
    • C12N2503/02—Drug screening
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
    • G01N2333/914—Hydrolases (3)
    • G01N2333/916—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1), e.g. phosphatases (3.1.3), phospholipases C or phospholipases D (3.1.4)
    • G01N2333/922—Ribonucleases (RNAses); Deoxyribonucleases (DNAses)
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value
    • G01N2500/10—Screening for compounds of potential therapeutic value involving cells
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/28—Neurological disorders
    • G01N2800/2814—Dementia; Cognitive disorders
    • G01N2800/2821—Alzheimer

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Neurology (AREA)
  • Neurosurgery (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Psychiatry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)

Abstract

本发明提供了一种基因突变。该基因突变与野生型CARS基因相比，具有c.2384A>T突变。发明人发现CARS基因的c.2384A>T突变与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，从而可以通过检测该基因突变在生物样本中是否发生，有效地检测生物样本是否患多***性神经退行性疾病。

Description

CARS基因突变体及其应用
技术领域
本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种CARS基因突变体及其应用。
背景技术
氨酰基-tRNA合成酶(Aminoacyl-tRNA synthetases,ARSs)是一类在蛋白质合成中具有重要作用的酶。在蛋白质合成过程中，每个ARS负责将特定的氨基酸连接到同源的tRNA上。根据一级结构上保守序列的特点，氨酰基-tRNA合成酶可分为I、II类。研究发现ARS的致病变异集会引起多种神经***疾病包括痉挛性共济失调(MARS)，脑白质病(KARS)，癫痫性脑病(CARS2，NARS2，AARS)，智力障碍(WARS2)，腓骨肌萎缩症(AARS,GARS)，精神运动迟缓(TARS2)，发育迟缓(IARS,KARS,YARS)，周围神经病变(HARS)，这些研究指出ARSs在神经***疾病中发挥重要作用。
CARS是I类ARSs的成员，负责在蛋白质合成过程中tRNA与半胱氨酸的结合，并被认为是ferroptosis发生的激活剂。
然而，目前CARS基因中的致病突变与疾病的相关性尚未明确。
发明内容
本发明旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。为此，本发明的一个目的在于一种CARS基因突变体及其应用。
发明人利用全基因组测序，在一个有90个成员的汉族家庭中发现了一个与多***神经退行性疾病相关的CARS基因的新突变，该突变的发现将神经退行性疾病特征和CARS突变联系起来，并扩展了与ARSs相关的神经元特异表型谱。这对于该病的诊断、阻断疾病在家族中的遗传以及以CARS基因作为靶点开发药物都具有重要意义。
在本发明的第一方面，本发明提供了一种基因突变。根据本发明的实施例，所述基因突变与野生型CARS基因相比，具有c.2384A>T突变。发明人发现CARS基因的c.2384A>T突变与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，从而可以通过检测该基因突变在生物样本中是否发生，有效地检测生物样本是否患多***性神经退行性疾病。根据本发明的实施例，所提供的基因突变是可检测的。
在本发明的第二方面，本发明提供了一种核酸。根据本发明的实施例，所提供的核酸与野生型CARS基因相比，具有c.2384A>T突变。发明人发现CARS基因的c.2384A>T突变与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，从而可以通过检测上述核酸在生物样品中是否存在，有效地检测生物样品是否易患多***性神经退行性疾病。根据本发明的实施例，所提供的核酸是可分离的。
在本发明的第三方面，本发明提供了一种多肽，所述多肽与野生型CARS基因表达的多肽的氨基酸序列相比，所述多肽的氨基酸序列具有p.Glu795Val突变。如上文提到的，CARS基因的c.2384A>T突变引起的p.Glu795Val突变与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，因此上述核酸所表达的蛋白或者多肽与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，进而可以通过检测该蛋白或者多肽在生物样品中是否存在，有效地检测生物样品是否易患多***性神经退行性疾病。根据本发明的实施例，所提供的多肽是可分离的。
在本发明的第四方面，本发明提供了一种检测基因突变或核酸或多肽的试剂在制备试剂盒或者设备中的用途，所述试剂盒或者设备用于诊断多***性神经退行性疾病，所述基因突变为本发明第一方面所述的基因突变，所述核酸为本发明第二方面所述的核酸，所述多肽为本发明第三方面所述的多肽。如上所述，前面提到的基因突变、核酸、多肽与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，进而可以将能够用于检测这些基因突变、核酸或者多肽的试剂来制备试剂盒或者设备，所得到的试剂盒或设备能有效筛选出患有多***性神经退行性疾病的生物样品。
在本发明的第五方面，本发明提供了一种生物模型在筛选药物中的用途，所述生物模型携带下列至少之一：(1)本发明第一方面所述的基因突变；(2)本发明第二方面所述的核酸；(3)表达本发明第三方面所述的多肽。需要说明的是，“生物模型携带本发明第一方面所述的基因突变”表示，生物模型携带的CARS基因与野生型CARS基因相比，具有c.2384A>T突变；“生物模型携带本发明第二方面所述的核酸”表示，生物模型携带的核酸序列与野生型CARS基因的核酸序列相比，具有c.2384A>T突变；“生物模型携带本发明第三方面所述的多肽”表示，生物模型携带的多肽与野生型CARS基因所表达的多肽相比，具有p.Glu795Val突变。所提供的生物模型能有效地用作多***性神经退行性疾病的相关研究。根据本发明的实施例，所提供的生物模型可以用于筛选药物，所述药物用于治疗多***性神经退行性疾病。所提供的生物模型可以为细胞模型或者动物模型。
在本发明的第六方面，本发明提供了一种特异性改变基因突变或者核酸的试剂在制备药物中的用途，所述药物用于治疗多***性神经退行性疾病，其中所述基因突变为本发明第一方面所述的基因突变，所述核酸为本发明第二方面所述的核酸。需要说明的是，这里的特异性改变是指能使得突变的核酸或者基因突变的位点恢复到原来的野生状态或者其他不具有致病性的状态，而对于个体基因组的其他序列不产生实质影响。如前所述，前面所述的基因突变或者前面所述的核酸与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，由此，特异性改变前面所述的核酸或者前面所述的基因突变的试剂制备的药物能有效用于治疗多***性神经退行性疾病。
在本发明的第七方面，本发明提供了一种用于治疗多***性神经退行性疾病的药物，所述药物含有：特异性改变本发明第一方面所述的基因突变或者本发明第二方面所述的核酸的试剂。需要说明的是，这里的特异性改变是指能使得突变的核酸或者基因突变的位点恢复到原来的野生状态或者其他不具有致病性的状态，而对于个体基因组的其他序列不产生实质影响。如前所述，前面所述的核酸或者前面所述的基因突变与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，由此，包含特异性改变前面所述的核酸或者前面所述的基因突变的试剂的药物能有效用于治疗多***性神经退行性疾病。
在本发明的第八方面，本发明提供了一种构建体，包含本发明第一方面所述的基因突变或本发明第二方面所述的核酸。需要说明的是，“构建体包含本发明第一方面所述的基因突变”表示，构建体与野生型CARS基因相比，具有c.2384A>T突变；“构建体包含本发明第二方面所述的核酸”表示，构建体携带的核酸序列与野生型CARS基因的核酸序列相比，具有c.2384A>T突变。由此，根据本发明实施例的构建体转化受体细胞获得的重组细胞，能够有效地用作多***性神经退行性疾病的模型。
在本发明的第九方面，本发明提供了一种重组细胞，所述重组细胞是通过本发明第八方面所述的构建体转化受体细胞获得的。根据本发明的一些实施例，本发明的重组细胞，能够有效地用作多***性神经退行性疾病的相关研究。
在本发明的第十方面，本发明提供了一种检测多***性神经退行性疾病的试剂盒，所述试剂盒中包括检测本发明第一方面所述的基因突变的试剂，和/或检测本发明第二方面所述的核酸的试剂，和/或检测本发明第三方面所述的多肽的试剂。如前所述，前面所述的核酸、基因突变、多肽与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，进而能用于包含能有效地检测前面所述的核酸或前面所述的基因突变或前面所述的多肽的试剂的试剂盒能有效筛选出患多***性神经退行性疾病的生物样品。
附图说明
本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解，其中：
图1显示了根据本发明的一个实施例扩增产物的测序峰图。
具体实施方式
下面通过参考附图描述的实施例是示例性的，旨在用于解释本发明，而不能理解为对本发明的限制。同时，对于本文中的某些术语进行了说明，这些说明仅仅用来帮助理解，而不应看做是对本发明保护范围的限制。
本文中，术语“多***性神经退行性疾病”包括痉挛性共济失调(MARS)，脑白质病(KARS)，癫痫性脑病(CARS2，NARS2，AARS)，智力障碍(WARS2)，腓骨肌萎缩症(AARS,GARS)，精神运动迟缓(TARS2)，发育迟缓(IARS,KARS,YARS)或周围神经病变(HARS)。
本发明发现了CARS上的致病位点c.2384A>T突变，该突变导致多***性神经退行性疾病的发生。该突变位点可以用于筛查多***性神经退行性疾病患者的分子诊断及与相关疾病的鉴别诊断，并且快速、准确、高效、简便、早期诊断率高，检测结果可以为多***性神经退行性疾病的早期诊断、鉴别诊断及药物治疗提供科学依据。
需要说明的是，本文中所提供的CARS基因上的突变位点，可以用来作为多***性神经退行性疾病的标示；或者这些突变位点的出现用来说明生物样品患有多***性神经退行性疾病。这并不意味着“多***性神经退行性疾病”是作为CARS基因上该突变位点的一种限制。也就是说，如果要对CARS基因上的该突变位点所表征的疾病进行详细地指示或者说明时，可以知悉其可以说明该生物样品是患有多***性神经退行性疾病；但是也完全可以根据具体目的或者针对对象不同，被直接告知患有多***性神经退行性疾病。
本文中，野生型CARS基因的DNA序列如SEQ ID NO:1所示，其编码的多肽的氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示。
ATGGCAGATTCCTCCGGGCAGCAGGCTCCTGACTACAGGTCCATTCTGAGCATTAGTGACGAGGCAGCCAGGGCACAAGCCCTGAACGAGCACCTCAGCACGCGTAGCTATGTCCAGGGGTACTCACTGTCCCAGGCAGACGTGGACGCGTTCAGGCAGCTCTCGGCCCCGCCCGCTGACCCCCAGCTCTTCCACGTGGCTCGGTGGTTCAGGCACATAGAAGCGCTCCTGGGTAGCCCCTGTGGCAAAGGCCAGCCCTGCAGGCTCCAAGCAAGCAAAGGCCGGCGTGTGCAGCCCCAGTGGTCCCCTCCTGCTGGGACCCAGCCATGCAGACTCCACCTTTACAACAGCCTCACCAGGAACAAGGAAGTGTTCATACCTCAAGATGGGAAAAAGGTGACGTGGTATTGCTGTGGGCCAACCGTCTATGACGCATCTCACATGGGGCACGCCAGGTCCTACATCTCTTTTGATATCTTGAGAAGAGTGTTGAAGGATTACTTCAAATTTGATGTCTTTTATTGCATGAACATTACGGATATTGATGACAAGATCATCAAGAGGGCCCGGCAGAACCACCTGTTCGAGCAGTATCGGGAGAAGAGGCCTGAAGCGGCACAGCTCTTGGAGGATGTTCAGGCCGCCCTGAAGCCATTTTCAGTAAAATTAAATGAGACCACGGATCCCGATAAAAAGCAGATGCTCGAACGGATTCAGCACGCAGTGCAGCTTGCCACAGAGCCACTTGAGAAAGCTGTGCAGTCCAGACTCACGGGAGAGGAAGTCAACAGCTGTGTGGAGGTGTTGCTGGAAGAAGCCAAGGATTTGCTCTCTGACTGGCTGGATTCTACACTTGGCTGTGATGTCACTGACAATTCCATCTTCTCCAAGCTGCCCAAGTTCTGGGAGGGGGACTTCCACAGAGACATGGAAGCTCTGAATGTTCTCCCTCCAGATGTCTTAACCCGGGTTAGTGAGTATGTGCCAGAAATTGTGAACTTTGTCCAGAAGATTGTGGACAACGGTTACGGCTATGTCTCCAATGGGTCTGTCTACTTTGATACAGCGAAGTTTGCTTCTAGCGAGAAGCACTCCTATGGGAAGCTGGTGCCTGAGGCCGTTGGAGATCAGAAAGCCCTTCAAGAAGGGGAAGGTGACCTGAGCATCTCTGCAGACCGCCTGAGTGAGAAGCGCTCTCCCAACGACTTTGCCTTATGGAAGGCCTCTAAGCCCGGAGAACCGTCCTGGCCGTGCCCTTGGGGAAAGGGTCGTCCGGGCTGGCATATCGAGTGCTCGGCCATGGCAGGCACCCTCCTAGGGGCTTCGATGGACATTCACGGAGGTGGGTTCGACCTCCGGTTCCCCCACCATGACAATGAGCTGGCACAGTCGGAGGCCTACTTTGAAAACGACTGCTGGGTCAGGTACTTCCTGCACACAGGCCACCTGACCATTGCAGGCTGCAAAATGTCAAAGTCACTAAAAAACTTCATCACCATTAAAGATGCCTTGAAAAAGCACTCAGCACGGCAGTTGCGGCTGGCCTTCCTCATGCACTCGTGGAAGGACACCCTGGACTACTCCAGCAACACCATGGAGTCAGCGCTTCAATATGAGAAGTTCTTGAATGAGTTTTTCTTAAATGTGAAAGATATCCTTCGCGCTCCTGTTGACATCACTGGTCAGTTTGAGAAGTGGGGAGAAGAAGAAGCAGAACTGAATAAGAACTTTTATGACAAGAAGACAGCAATTCACAAAGCCCTCTGTGACAATGTTGACACCCGCACCGTCATGGAAGAGATGCGGGCCTTGGTCAGTCAGTGCAACCTCTATATGGCAGCCCGGAAAGCCGTGAGGAAGAGGCCCAACCAGGCTCTGCTGGAGAACATCGCCCTGTACCTCACCCATATGCTGAAGATCTTTGGGGCCGTAGAAGAGGACAGCTCCCTGGGATTCCCGGTCGGAGGGCCTGGAACCAGCCTCAGTCTCGAGGCCACAGTCATGCCCTACCTTCAGGTGTTATCAGAATTCCGAGAAGGAGTGCGGAAGATTGCCCGAGAGCAAAAAGTCCCTGAGATTCTGCAGCTCAGCGATGCCCTGCGGGACAACATCCTGCCCGAGCTTGGGGTGCGGTTTGAAGACCACGAAGGACTGCCCACAGTGGTGAAACTGGTAGACAGAAACACCTTATTAAAAGAGAGAGAAGAAAAGAGACGGGTTGAAGAGGAGAAGAGGAAGAAGAAAGAGGAGGCGGCCCGGAGGAAACAGGAACAAGAAGCAGCAAAGCTGGCCAAGATGAAGATTCCCCCCAGTGAGATGTTCTTGTCAGAAACCGACAAATACTCCAAGTTTGATGAAAATGGTCTGCCCACACATGACATGGAGGGCAAAGAGCTCAGCAAAGGGCAAGCCAAGAAGCTGAAGAAGCTCTTCGAGGCTCAGGAGAAGCTCTACAAGGAATATCTGCAGATGGCCCAGAATGGAAGCTTCCAGTGA(SEQID NO:1)。
MADSSGQQAPDYRSILSISDEAARAQALNEHLSTRSYVQGYSLSQADVDAFRQLSAPPADPQLFHVARWFRHIEALLGSPCGKGQPCRLQASKGRRVQPQWSPPAGTQPCRLHLYNSLTRNKEVFIPQDGKKVTWYCCGPTVYDASHMGHARSYISFDILRRVLKDYFKFDVFYCMNITDIDDKIIKRARQNHLFEQYREKRPEAAQLLEDVQAALKPFSVKLNETTDPDKKQMLERIQHAVQLATEPLEKAVQSRLTGEEVNSCVEVLLEEAKDLLSDWLDSTLGCDVTDNSIFSKLPKFWEGDFHRDMEALNVLPPDVLTRVSEYVPEIVNFVQKIVDNGYGYVSNGSVYFDTAKFASSEKHSYGKLVPEAVGDQKALQEGEGDLSISADRLSEKRSPNDFALWKASKPGEPSWPCPWGKGRPGWHIECSAMAGTLLGASMDIHGGGFDLRFPHHDNELAQSEAYFENDCWVRYFLHTGHLTIAGCKMSKSLKNFITIKDALKKHSARQLRLAFLMHSWKDTLDYSSNTMESALQYEKFLNEFFLNVKDILRAPVDITGQFEKWGEEEAELNKNFYDKKTAIHKALCDNVDTRTVMEEMRALVSQCNLYMAARKAVRKRPNQALLENIALYLTHMLKIFGAVEEDSSLGFPVGGPGTSLSLEATVMPYLQVLSEFREGVRKIAREQKVPEILQLSDALRDNILPELGVRFEDHEGLPTVVKLVDRNTLLKEREEKRRVEEEKRKKKEEAARRKQEQEAAKLAKMKIPPSEMFLSETDKYSKFDENGLPTHDMEGKELSKGQAKKLKKLFEAQEKLYKEYLQMAQNGSFQ(SEQ ID NO:2)。
本文中所示出的c.2384A>T是以SEQ ID NO:1所示的野生型CARS基因的cDNA序列为参考而确定的，具有c.2384A>T突变的核酸的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。
ATGGCAGATTCCTCCGGGCAGCAGGCTCCTGACTACAGGTCCATTCTGAGCATTAGTGACGAGGCAGCCAGGGCACAAGCCCTGAACGAGCACCTCAGCACGCGTAGCTATGTCCAGGGGTACTCACTGTCCCAGGCAGACGTGGACGCGTTCAGGCAGCTCTCGGCCCCGCCCGCTGACCCCCAGCTCTTCCACGTGGCTCGGTGGTTCAGGCACATAGAAGCGCTCCTGGGTAGCCCCTGTGGCAAAGGCCAGCCCTGCAGGCTCCAAGCAAGCAAAGGCCGGCGTGTGCAGCCCCAGTGGTCCCCTCCTGCTGGGACCCAGCCATGCAGACTCCACCTTTACAACAGCCTCACCAGGAACAAGGAAGTGTTCATACCTCAAGATGGGAAAAAGGTGACGTGGTATTGCTGTGGGCCAACCGTCTATGACGCATCTCACATGGGGCACGCCAGGTCCTACATCTCTTTTGATATCTTGAGAAGAGTGTTGAAGGATTACTTCAAATTTGATGTCTTTTATTGCATGAACATTACGGATATTGATGACAAGATCATCAAGAGGGCCCGGCAGAACCACCTGTTCGAGCAGTATCGGGAGAAGAGGCCTGAAGCGGCACAGCTCTTGGAGGATGTTCAGGCCGCCCTGAAGCCATTTTCAGTAAAATTAAATGAGACCACGGATCCCGATAAAAAGCAGATGCTCGAACGGATTCAGCACGCAGTGCAGCTTGCCACAGAGCCACTTGAGAAAGCTGTGCAGTCCAGACTCACGGGAGAGGAAGTCAACAGCTGTGTGGAGGTGTTGCTGGAAGAAGCCAAGGATTTGCTCTCTGACTGGCTGGATTCTACACTTGGCTGTGATGTCACTGACAATTCCATCTTCTCCAAGCTGCCCAAGTTCTGGGAGGGGGACTTCCACAGAGACATGGAAGCTCTGAATGTTCTCCCTCCAGATGTCTTAACCCGGGTTAGTGAGTATGTGCCAGAAATTGTGAACTTTGTCCAGAAGATTGTGGACAACGGTTACGGCTATGTCTCCAATGGGTCTGTCTACTTTGATACAGCGAAGTTTGCTTCTAGCGAGAAGCACTCCTATGGGAAGCTGGTGCCTGAGGCCGTTGGAGATCAGAAAGCCCTTCAAGAAGGGGAAGGTGACCTGAGCATCTCTGCAGACCGCCTGAGTGAGAAGCGCTCTCCCAACGACTTTGCCTTATGGAAGGCCTCTAAGCCCGGAGAACCGTCCTGGCCGTGCCCTTGGGGAAAGGGTCGTCCGGGCTGGCATATCGAGTGCTCGGCCATGGCAGGCACCCTCCTAGGGGCTTCGATGGACATTCACGGAGGTGGGTTCGACCTCCGGTTCCCCCACCATGACAATGAGCTGGCACAGTCGGAGGCCTACTTTGAAAACGACTGCTGGGTCAGGTACTTCCTGCACACAGGCCACCTGACCATTGCAGGCTGCAAAATGTCAAAGTCACTAAAAAACTTCATCACCATTAAAGATGCCTTGAAAAAGCACTCAGCACGGCAGTTGCGGCTGGCCTTCCTCATGCACTCGTGGAAGGACACCCTGGACTACTCCAGCAACACCATGGAGTCAGCGCTTCAATATGAGAAGTTCTTGAATGAGTTTTTCTTAAATGTGAAAGATATCCTTCGCGCTCCTGTTGACATCACTGGTCAGTTTGAGAAGTGGGGAGAAGAAGAAGCAGAACTGAATAAGAACTTTTATGACAAGAAGACAGCAATTCACAAAGCCCTCTGTGACAATGTTGACACCCGCACCGTCATGGAAGAGATGCGGGCCTTGGTCAGTCAGTGCAACCTCTATATGGCAGCCCGGAAAGCCGTGAGGAAGAGGCCCAACCAGGCTCTGCTGGAGAACATCGCCCTGTACCTCACCCATATGCTGAAGATCTTTGGGGCCGTAGAAGAGGACAGCTCCCTGGGATTCCCGGTCGGAGGGCCTGGAACCAGCCTCAGTCTCGAGGCCACAGTCATGCCCTACCTTCAGGTGTTATCAGAATTCCGAGAAGGAGTGCGGAAGATTGCCCGAGAGCAAAAAGTCCCTGAGATTCTGCAGCTCAGCGATGCCCTGCGGGACAACATCCTGCCCGAGCTTGGGGTGCGGTTTGAAGACCACGAAGGACTGCCCACAGTGGTGAAACTGGTAGACAGAAACACCTTATTAAAAGAGAGAGAAGAAAAGAGACGGGTTGAAGAGGAGAAGAGGAAGAAGAAAGAGGAGGCGGCCCGGAGGAAACAGGAACAAGAAGCAGCAAAGCTGGCCAAGATGAAGATTCCCCCCAGTGAGATGTTCTTGTCAGAAACCGACAAATACTCCAAGTTTGATGAAAATGGTCTGCCCACACATGACATGGTGGGCAAAGAGCTCAGCAAAGGGCAAGCCAAGAAGCTGAAGAAGCTCTTCGAGGCTCAGGAGAAGCTCTACAAGGAATATCTGCAGATGGCCCAGAATGGAAGCTTCCAGTGA(SEQID NO:3)。
本文中，所示出的c.128delG突变是指在野生型CARS基因的cDNA上第128位碱基发生G碱基缺失。
本文中所示出的p.Glu795Val突变是以SEQ ID NO:2所示的野生型CARS基因的编码多肽的序列为参考而确定的，具有p.Glu795Val突变的多肽的氨基酸序列如SEQ ID NO:4所示。
MADSSGQQAPDYRSILSISDEAARAQALNEHLSTRSYVQGYSLSQADVDAFRQLSAPPADPQLFHVARWFRHIEALLGSPCGKGQPCRLQASKGRRVQPQWSPPAGTQPCRLHLYNSLTRNKEVFIPQDGKKVTWYCCGPTVYDASHMGHARSYISFDILRRVLKDYFKFDVFYCMNITDIDDKIIKRARQNHLFEQYREKRPEAAQLLEDVQAALKPFSVKLNETTDPDKKQMLERIQHAVQLATEPLEKAVQSRLTGEEVNSCVEVLLEEAKDLLSDWLDSTLGCDVTDNSIFSKLPKFWEGDFHRDMEALNVLPPDVLTRVSEYVPEIVNFVQKIVDNGYGYVSNGSVYFDTAKFASSEKHSYGKLVPEAVGDQKALQEGEGDLSISADRLSEKRSPNDFALWKASKPGEPSWPCPWGKGRPGWHIECSAMAGTLLGASMDIHGGGFDLRFPHHDNELAQSEAYFENDCWVRYFLHTGHLTIAGCKMSKSLKNFITIKDALKKHSARQLRLAFLMHSWKDTLDYSSNTMESALQYEKFLNEFFLNVKDILRAPVDITGQFEKWGEEEAELNKNFYDKKTAIHKALCDNVDTRTVMEEMRALVSQCNLYMAARKAVRKRPNQALLENIALYLTHMLKIFGAVEEDSSLGFPVGGPGTSLSLEATVMPYLQVLSEFREGVRKIAREQKVPEILQLSDALRDNILPELGVRFEDHEGLPTVVKLVDRNTLLKEREEKRRVEEEKRKKKEEAARRKQEQEAAKLAKMKIPPSEMFLSETDKYSKFDENGLPTHDMVGKELSKGQAKKLKKLFEAQEKLYKEYLQMAQNGSFQ(SEQ ID NO:4)。
需要说明的是，上述给出的突变位点以及序列等，均是以收录于NCBI数据库中的内容作为参考，本领域技术人员应该理解的是，由于数据库的更新或者数据库的不同，所示出的突变位点以及序列等可能会稍有不同或者变化，这些不同或者变化均可以给出的该数据库中的内容为标准确定，这些不同或者变化也均包含在本发明的保护范围之内。
而且，本领域技术人员能够理解的是，本文中所使用的野生型CARS基因序列位置是以人类基因组GRCh38中野生型CARS基因的序列为准，但当该野生型CARS基因存在于其他物种时，该序列可能会有所差异，可以将该物种的野生型CARS基因与人类基因组中野生型CARS基因进行比对，获得该物种的野生型CARS基因中所对应的位置。
基因突变
在本发明的一个方面，本发明提出了一种基因突变。根据本发明的实施例，与野生型CARS基因相比，具有c.2384A>T突变。发明人发现该基因上的c.2384A>T突变与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，从而通过检测上述基因突变在生物样品中是否发生，可以有效地检测生物样品是否患多***性神经退行性疾病。
基因突变通常指基因在结构上发生碱基对组成或者排列顺序的改变。本文中，基因突变是指发生在CARS基因上的碱基的缺失、***、替换等。该基因突变是可以被检测的或者说是可以被辨别的，其可以作为CARS基因上的一个突变位点被检测或者辨别，也可以被作为CARS基因的部分核酸或者CARS基因的全部核酸被检测或者辨别。当然也可以称该基因突变是可以被甄选的。可以采用本领域常用的抗体、探针、引物以及质谱检测试剂等，对上述基因突变进行检测。
核酸
在本发明的又一方面，本发明提出了一种核酸。根据本发明的实施例，与野生型CARS基因相比，所述核酸具有下列的突变：c.2384A>T突变。发明人发现CARS基因的c.2384A>T突变与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，从而通过检测上述核酸在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否患多***性神经退行性疾病。
对于本发明说明书和权利要求书中，提及核酸，本领域技术人员应当理解，实际包括互补双链的任意一条，或者两条。为了方便，在本说明书和权利要求书中，虽然多数情况下只给出了一条链，但实际上也公开了与之互补的另一条链。例如，提及CARS基因的序列，实际包括其互补序列。本领域技术人员还可以理解，利用一条链可以检测另一条链，反之亦然。
多肽
在本发明另一方面，本发明提出了一种多肽。根据本发明的实施例，与所述野生型CARS基因表达的多肽的氨基酸序列相比，所述多肽的氨基酸序列具有p.Glu795Val突变突变。如前所述，CARS基因的c.2384A>T突变与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，该突变基因所表达的蛋白也与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，进而通过检测上述多肽在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否患多***性神经退行性疾病。
检测前面所述的核酸、基因突变、多肽的试剂在制备试剂盒或设备中的用途
在本发明的又一方面，本发明提出了前面所述的基因突变或前面所述的核酸或前面所述的多肽的试剂在制备试剂盒或者设备中的用途。根据本发明的实施例，所述试剂盒或者设备用于诊断多***性神经退行性疾病。如前所述，前面所述的基因突变、核酸、多肽与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，进而检测前面所述的核酸或前面所述的基因突变或前面所述的多肽的试剂，可以用于制备试剂盒或者设备，所得到的试剂盒或者设备能有效筛选出患多***性神经退行性疾病的生物样品。
根据本发明的实施例，所述试剂包括特异性针对所述核酸、所述基因突变和所述多肽的至少之一的抗体、探针、引物以及质谱检测试剂的至少之一。例如，发明人可通过特异性识别所述多肽的抗体与所述多肽的特异性结合来检测待测样品中是否存在上述突变，即通过特异性抗体与抗原的相互作用来检测上述多肽是否存在；发明人还可以通过预先设计特异性识别所述核酸或基因突变的探针，通过探针与上述核酸或基因突变位点所在的核酸片段发生互补配对，来鉴别上述核酸或基因突变的存在；发明人还可以设计用于扩增上述基因突变所在外显子的特异性引物，进而通过基因扩增以及测序，确定上述基因突变是否存在；发明人还可以通过质谱来检测多肽的m/z来判断，上述发生p.Glu795Val突变的多肽是否存在。所提供的抗体、探针、引物以及质谱检测试剂的至少之一，能特异性、高灵敏性地筛选出前面所述的核酸或者前面所述的基因突变或者前面所述的多肽，进而特异性、高灵敏性地筛选出患多***性神经退行性疾病的生物样品，进而能有效用于制备筛选患多***性神经退行性疾病的试剂盒或者设备。
根据本发明的具体实施例，所述引物具有SEQ ID NO:5和6所示的核苷酸序列。
CCACTAGTCCACAATGGTTT(SEQ ID NO:5)。
TTTGTCATAGCGATTCACAG(SEQ ID NO:6)。
生物模型
在本发明的另一方面，本发明提出了生物模型在筛选药物中的用途。根据本发明的实施例，所述生物模型携带下列至少之一：(1)前面所述的核酸；(2)前面所述的基因突变；(3)表达前面所述的多肽。根据所提供的生物模型，能有效地用作多***性神经退行性疾病的相关研究的模型。这些生物模型可以是细胞模型也可以是动物模型。
试剂在制备药物中的用途
在本发明的又一方面，本发明提出了特异性改变前面所述的核酸或者前面所述的基因突变的试剂在制备药物中的用途，所述药物用于治疗多***性神经退行性疾病。需要说明的是，这里的特异性改变是指能使得突变的核酸或者基因突变的位点恢复到原来的野生状态或者其他不具有致病性的状态，而对于个体基因组的其他序列不产生实质影响。如前所述，前面所述的核酸或者前面所述的基因突变与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，由此，由这些能够特异性改变前面所述的核酸或者前面所述的基因突变的试剂所制备的药物能有效用于治疗多***性神经退行性疾病。
根据本发明的实施例，所述试剂为基于shRNA、反义核酸、核酶、显性负突变、CRISPR-Cas9、CRISPR-Cpf1和锌指核酸酶至少之一的试剂。例如，CRISPRs技术是一种由RNA指导Cas蛋白对靶向基因进行修饰的技术，CRISPR-Cas9主要通过基因敲除、特种变异的引入和定点转基因三种途径来实现基因组改造，基于CRISPR-Cas9的方法，发明人可以设计出sgRNA并合成该序列的gRNA，然后将gRNA与dCas9在细胞中共表达，通过gRNA介导d Cas9蛋白与目标DNA区域结合，进而实现特定位点的修复或改变。
治疗多***性神经退行性疾病的药物
在本发明的另一个方面，本发明提出了一种用于治疗多***性神经退行性疾病的药物。根据本发明的实施例，所述药物含有：特异性改变前面所述的核酸或者前面所述的基因突变的试剂。需要说明的是，这里的特异性改变是指能使得突变的核酸或者基因突变的位点恢复到原来的野生状态或者其他不具有致病性的状态，而对于个体基因组的其他序列不产生实质影响。如前所述，前面所述的核酸或者前面所述的基因突变与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，由此，包含特异性改变前面所述的核酸或者前面所述的基因突变的试剂的药物能有效用于治疗多***性神经退行性疾病。
根据本发明的实施例，所述试剂为基于shRNA、反义核酸、核酶、显性负突变、CRISPR-Cas9、CRISPR-Cpf1和锌指核酸酶至少之一的试剂。例如，CRISPRs技术是一种由RNA指导Cas蛋白对靶向基因进行修饰的技术，CRISPR-Cas9主要通过基因敲除、特种变异的引入和定点转基因三种途径来实现基因组改造，基于CRISPR-Cas9的方法，发明人可以设计出sgRNA并合成该序列的gRNA，然后将gRNA与dCas9在细胞中共表达，通过gRNA介导d Cas9蛋白与目标DNA区域结合，进而实现特定位点的修复或改变。
构建体及重组细胞
在本发明的又一个方面，本发明提出了一种构建体。根据本发明的实施例，所述构建体包含前面所述的核酸或前面所述的基因突变。将所提供的构建体转化受体细胞获得重组细胞，能够有效地用作多***性神经退行性疾病的相关研究的模型。其中，所述受体细胞的种类不受特别限制，例如可以为大肠杆菌细胞、哺乳动物细胞，优选该受体细胞来源于哺乳动物。
在本发明中所使用的术语“构建体”是指这样的一种遗传载体，其包含特定核酸序列，并且能够将目的核酸序列转入宿主细胞中，以获得重组细胞。根据本发明的实施例，构建体的形式不受限制，其包括但不限于质粒、噬菌体、人工染色体、粘粒(Cosmid)、病毒中的至少一种，优选质粒。质粒作为遗传载体，具有操作简单，可以携带较大片段的性质，便于操作和处理。质粒的形式也不受特别限制，既可以是环形质粒，也可以是线性质粒，即可以是单链的，也可以是双链的。本领域技术人员可以根据需要进行选择。在本发明中所使用的术语“核酸”可以是任何包含脱氧核糖核苷酸或者核糖核苷酸的聚合物，包括但不限于经过修饰的或者未经修饰的DNA、RNA，其长度不受任何特别限制。对于用于构建重组细胞的构建体，优选所述核酸为DNA，因为DNA相对于RNA而言，其更稳定，并且易于操作。
在本发明的再一个方面，本发明提出了一种重组细胞。根据本发明的实施例，所述重组细胞是通过前面所述的构建体转化受体细胞获得的。根据本发明的一些实施例，本发明的重组细胞，能够有效地用作多***性神经退行性疾病的相关研究的模型。
根据本发明的实施例，受体细胞的种类不受特别限制，例如可以为大肠杆菌细胞、哺乳动物细胞，优选所述受体细胞来源于非人哺乳动物。
检测多***性神经退行性疾病的试剂盒
在本发明的另一个方面，本发明提出了一种检测多***性神经退行性疾病的试剂盒。根据本发明的实施例，所述试剂盒中包括检测前面所述的核酸的试剂，和/或检测前面所述的基因突变的试剂，和/或检测前面所述的多肽的试剂。如前所述，前面所述的核酸、基因突变、多肽与多***性神经退行性疾病的发病密切相关，进而能用于包含能有效地检测前面所述的核酸或前面所述的基因突变或前面所述的多肽的试剂的试剂盒能有效筛选出患多***性神经退行性疾病的生物样品。
筛选患多***性神经退行性疾病的生物样品的方法
除了上述内容之外，本发明还提出了一种筛选患多***性神经退行性疾病的生物样品的方法。根据本发明的实施例，所述方法包括以下步骤：
从生物样品提取核酸样本；
基于所述核酸样本，确定所述核酸样本的核酸序列；
基于所述核酸样本的核酸序列或其互补序列，与野生型CARS基因相比是否具有c.2384A>T突变，判断所述生物样品是否患多***性神经退行性疾病，其中，所述核酸样本的核酸序列或其互补序列，与野生型CARS基因相比有且仅有c.2384A>T突变，是所述生物样品患有多***性神经退行性疾病的指示。所提供的筛选患多***性神经退行性疾病的生物样品的方法，可以有效地筛选患多***性神经退行性疾病的生物样品。
首先，从生物样品提取核酸样本。根据本发明的实施例，生物样品的类型并不受特别限制，只要从该生物样品中能够提取到反映生物样品CARS基因是否存在突变的核酸样本即可。根据本发明的实施例，生物样品可以为选自人体血液、皮肤、皮下组织的至少一种。由此，可以方便地进行取样和检测，从而能够进一步提高筛选患多***性神经退行性疾病的生物样品的效率。根据本发明的实施例，这里所使用的术语“核酸样本”应做广义理解，其可以是任何能够反映生物样品中CARS基因是否存在突变的样本，例如可以是从生物样品中直接提取的全基因组DNA，也可以是该全基因组中包含CARS基因编码序列的一部分，可以是从生物样品中提取的总RNA，也可以是从生物样品中提取的mRNA。根据本发明的一个实施例，所述核酸样本为全基因组DNA。由此，可以扩大生物样品的来源范围，并且可以同时对生物样品的多种信息进行确定，从而能够提高筛选患非多***性神经退行性疾病的生物样品的效率。另外，根据本发明的实施例，针对采用RNA作为核酸样本，从生物样品提取核酸样本可以进一步包括：从生物样品提取RNA样本，优选RNA样本为mRNA；以及基于所得到的RNA样本，通过反转录反应，获得cDNA样本，所得到的cDNA样本构成核酸样本。由此，可以进一步提高利用RNA作为核酸样本筛选患多***性神经退行性疾病的生物样品的效率。
对所得到的核酸样本进行分析，从而能够确定所得到核酸样本的核酸序列。根据本发明的实施例，确定所得到核酸样本的核酸序列的方法和设备并不受特别限制。根据本发明的具体实施例，可以通过测序方法，确定核酸样本的核酸序列。可以用于进行测序的方法和设备并不受特别限制，例如可以采用第二代测序技术，也可以采用第三代以及***或者更先进的测序技术。根据本发明的具体实施例，可以利用选BGISEQ-500、BGISEQ-500RS、HISEQ2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种对核酸序列进行测序。由此，结合最新的测序技术，针对单个位点可以达到较高的测序深度，检测灵敏度和准确性大大提高，因而能够利用这些测序装置的高通量、深度测序的特点，进一步提高对核酸样本进行检测分析的效率。从而，能够提高后续对测序数据进行分析时的精确性和准确度。由此，根据本发明的实施例，确定核酸样本的核酸序列可以进一步包括：首先，针对所得到的核酸样本，构建核酸测序文库；以及对所得到的核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果。根据本发明的一些实施例，可以采用选自BGISEQ-500、BGISEQ-500RS、HISEQ2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种对所得到的核酸测序文库进行测序。另外，根据本发明的实施例，可以对核酸样本进行筛选，富集CARS基因外显子，该筛选富集可以在构建测序文库之前，构建测序文库过程中，或者构建测序文库之后进行。可以采用外显子靶向序列富集***如：华大自主外显子捕获芯片，Aglient SureSelect，Nimblegen等其他外显子或目标区域捕获平台，对目标片段进行富集。根据本发明的一个实施例，针对核酸样本，构建核酸测序文库进一步包括：利用选自CARS基因特异性引物的至少一种，对核酸样本进行PCR扩增；以及针对所得到的扩增产物，构建核酸测序文库。由此，可以通过PCR扩增，富集CARS基因外显子，从而能够进一步提高筛选患多***性神经退行性疾病的生物样品的效率。根据本发明的实施例，CARS基因特异性引物的序列不受特别限制，例如可以参考人类基因组序列数据库GRCh37.1/hg19，采用Primer3.0在线设计获得，例如可以参考UCSC(http://genome.ucsc.edu/)，应用Primer3(version 0.4.0,http://primer3.ut.ee/)设计候选基因的引物并合成(生工生物工程公司合成)，并利用Primer-BLAST(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/)验证引物特异性。
针对核酸样本，构建测序文库的方法和流程，本领域技术人员可以根据不同的测序技术进行适当选择，关于流程的细节，可以参见测序仪器的厂商例如Illumina公司所提供的规程，例如参见Illumina公司Multiplexing Sample Preparation Guide(Part#1005361；Feb2010)或Paired-End SamplePrep Guide(Part#1005063；Feb 2010)，通过参照将其并入本文。根据本发明的实施例，从生物样品提取核酸样本的方法和设备，也不受特别限制，可以采用商品化的核酸提取试剂盒进行。
需要说明的是，在这里所使用的术语“核酸序列”应作广义理解，其可以是在对核酸样本进行测序得到的测序数据进行组装后，得到的完整的核酸序列信息，也可以是直接采用通过对核酸样本进行测序所得到的测序数据(reads)作为核酸序列，只要这些核酸序列中含有对应CARS基因的编码序列即可。
最后，在确定核酸样本的核酸序列之后，将所得到的核酸序列与参考序列进行比对，当所得到的核酸序列中具有前述的突变时，即指示生物样品患多***性神经退行性疾病。由此，通过根据本发明实施例的筛选患多***性神经退行性疾病的生物样品的方法，可以有效地筛选患多***性神经退行性疾病的生物样品。根据本发明的实施例，对核酸序列与相应野生型基因序列进行比对的方法和设备并不受特别限制，可以采用任意常规的软件进行操作，根据本发明的具体实例，可以采用SOAPALIGNER/SOAP2进行比对。
需要说明的是，根据本发明实施例的“筛选患多***性神经退行性疾病的生物样品的方法”的用途不受特别限制，例如可以用作非诊断目的的筛选方法，例如用作科研或者其他试剂盒的生产工艺等应用中。
下面将结合实施例对本发明的方案进行解释。本领域技术人员将会理解，下面的实施例仅用于说明本发明，而不应视为限定本发明的范围。实施例中未注明具体技术或条件的，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市购获得的常规产品。
实施例1
本实施例对一个有多***性神经退行性疾病家族遗传的汉族家庭中的4个病例和3个正常健康人进行全基因组测序。
具体测序采用利用BGISEQ-500高通量测序平台获得变异数据。随后通过dbSNP数据库、千人基因组数据库、HapMap数据库等公共数据库的过滤，去掉所有已知的且在数据库中等位基因频率大于0.005的变异。同时结合多***性神经退行性疾病已知基因信息，去掉同义突变以及非编码区的变异，并利用SIFT软件进行SNP功能预测，最终得到3个可能引起致病的基因突变。
进一步运用Sanger测序的方法，对CARS基因上的侯选突变位点进一步验证，发现CARS基因的c.2384A>T杂合突变，导致编码的第795位氨基酸发生p.Glu795Val错义突变。而正常人并不携带此基因突变，因此该基因突变导致疾病。
实施例2
抽取一多***性神经退行性疾病患者的外周血样进行如下步骤：
S1，提取全基因组DNA：
S2，取2mL外周血样本、150μl OB蛋白酶、2.1mL缓冲液BL和20μl RNase A加入EP管中，然后最大速度漩涡1分钟彻底混匀后；于65℃水浴15～20分钟，并在水浴过程中漩涡5次；
S3，再向EP管中加入2.2mL无水乙醇，最大速度漩涡30秒，彻底混匀，进行裂解，得裂解液；
S4，将3.5mL裂解液移入带过滤柱的15mL离心管，4000转离心5分钟，取出过滤柱，倒掉过滤液体，放回过滤柱；
将步骤S3剩余裂解液加入带过滤柱的15ml离心管，4000转离心5分钟，取出过滤柱，倒掉过滤液体，放回过滤柱。
S5，加入3mL HB缓冲液，洗涤过滤柱，4000转离心5分钟，取出过滤柱，倒掉过滤液体，放回过滤柱；
S6，加入3mL DNA洗脱缓冲液(Wash Buffer)，4000转离心5分钟，取出过滤柱，倒掉过滤液体，放回过滤柱；
S7，再次加入3mL DNA Wash Buffer，4000转离心5分钟，取出过滤柱，倒掉过滤液体，放回过滤柱；4000转离心15分钟，甩干过滤柱；
S8，将过滤柱移至新的15mL离心管，加入500μL 70摄氏度的Elution Buffer，室温静置5分钟，4000转离心5分钟，收集含有DNA的过滤液；
S9，再次将过滤柱移至新的15mL离心管，加入500μL 70摄氏度的Elution Buffer，室温静置5分钟，4000转离心5分钟，收集含有DNA的过滤液；
S10，利用分光光度计测量DNA的浓度及纯度，所得的每个标本基因组DNA的OD260/OD280均位于1.7-2.0之间，浓度不少于200ng/μL，总量不少于30μg。
然后步骤S11，将步骤S10所得到的DNA标样进行PCR，过程采用如下体系进行：当然下述PCR过程中引物采用本发明中所描述的具有序列表SEQ ID NO:5碱基序列的上游引物P1和具有序列表SEQ ID NO:6碱基序列的下游引物P2；
引物名称 序列 长度 序列号编号
上游引物P1 CCACTAGTCCACAATGGTTT 20bp SEQ ID No:5
下游引物P2 TTTGTCATAGCGATTCACAG 20bp SEQ ID No:6
Figure BDA0002817635000000141
Figure BDA0002817635000000151
然后进行变性-退火-延伸循环：
Figure BDA0002817635000000152
S21，将上述扩增的产物进行测序，所得测序的峰图如图1所示。
从与标准基因组序列比对的结果可以看出，患者发生c.2384A>T杂合突变。
在本说明书的描述中，参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中，对上述术语的示意性表述不必须针对的是相同的实施例或示例。而且，描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。此外，在不相互矛盾的情况下，本领域的技术人员可以将本说明书中描述的不同实施例或示例以及不同实施例或示例的特征进行结合和组合。
尽管上面已经示出和描述了本发明的实施例，可以理解的是，上述实施例是示例性的，不能理解为对本发明的限制，本领域的普通技术人员在本发明的范围内可以对上述实施例进行变化、修改、替换和变型。
SEQUENCE LISTING
<110> 深圳华大生命科学研究院;中国医学科学院北京协和医院
<120> CARS基因突变体及其应用
<130> PIDC3202237
<160> 6
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 2496
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 野生型CARS基因的DNA序列
<400> 1
atggcagatt cctccgggca gcaggctcct gactacaggt ccattctgag cattagtgac 60
gaggcagcca gggcacaagc cctgaacgag cacctcagca cgcgtagcta tgtccagggg 120
tactcactgt cccaggcaga cgtggacgcg ttcaggcagc tctcggcccc gcccgctgac 180
ccccagctct tccacgtggc tcggtggttc aggcacatag aagcgctcct gggtagcccc 240
tgtggcaaag gccagccctg caggctccaa gcaagcaaag gccggcgtgt gcagccccag 300
tggtcccctc ctgctgggac ccagccatgc agactccacc tttacaacag cctcaccagg 360
aacaaggaag tgttcatacc tcaagatggg aaaaaggtga cgtggtattg ctgtgggcca 420
accgtctatg acgcatctca catggggcac gccaggtcct acatctcttt tgatatcttg 480
agaagagtgt tgaaggatta cttcaaattt gatgtctttt attgcatgaa cattacggat 540
attgatgaca agatcatcaa gagggcccgg cagaaccacc tgttcgagca gtatcgggag 600
aagaggcctg aagcggcaca gctcttggag gatgttcagg ccgccctgaa gccattttca 660
gtaaaattaa atgagaccac ggatcccgat aaaaagcaga tgctcgaacg gattcagcac 720
gcagtgcagc ttgccacaga gccacttgag aaagctgtgc agtccagact cacgggagag 780
gaagtcaaca gctgtgtgga ggtgttgctg gaagaagcca aggatttgct ctctgactgg 840
ctggattcta cacttggctg tgatgtcact gacaattcca tcttctccaa gctgcccaag 900
ttctgggagg gggacttcca cagagacatg gaagctctga atgttctccc tccagatgtc 960
ttaacccggg ttagtgagta tgtgccagaa attgtgaact ttgtccagaa gattgtggac 1020
aacggttacg gctatgtctc caatgggtct gtctactttg atacagcgaa gtttgcttct 1080
agcgagaagc actcctatgg gaagctggtg cctgaggccg ttggagatca gaaagccctt 1140
caagaagggg aaggtgacct gagcatctct gcagaccgcc tgagtgagaa gcgctctccc 1200
aacgactttg ccttatggaa ggcctctaag cccggagaac cgtcctggcc gtgcccttgg 1260
ggaaagggtc gtccgggctg gcatatcgag tgctcggcca tggcaggcac cctcctaggg 1320
gcttcgatgg acattcacgg aggtgggttc gacctccggt tcccccacca tgacaatgag 1380
ctggcacagt cggaggccta ctttgaaaac gactgctggg tcaggtactt cctgcacaca 1440
ggccacctga ccattgcagg ctgcaaaatg tcaaagtcac taaaaaactt catcaccatt 1500
aaagatgcct tgaaaaagca ctcagcacgg cagttgcggc tggccttcct catgcactcg 1560
tggaaggaca ccctggacta ctccagcaac accatggagt cagcgcttca atatgagaag 1620
ttcttgaatg agtttttctt aaatgtgaaa gatatccttc gcgctcctgt tgacatcact 1680
ggtcagtttg agaagtgggg agaagaagaa gcagaactga ataagaactt ttatgacaag 1740
aagacagcaa ttcacaaagc cctctgtgac aatgttgaca cccgcaccgt catggaagag 1800
atgcgggcct tggtcagtca gtgcaacctc tatatggcag cccggaaagc cgtgaggaag 1860
aggcccaacc aggctctgct ggagaacatc gccctgtacc tcacccatat gctgaagatc 1920
tttggggccg tagaagagga cagctccctg ggattcccgg tcggagggcc tggaaccagc 1980
ctcagtctcg aggccacagt catgccctac cttcaggtgt tatcagaatt ccgagaagga 2040
gtgcggaaga ttgcccgaga gcaaaaagtc cctgagattc tgcagctcag cgatgccctg 2100
cgggacaaca tcctgcccga gcttggggtg cggtttgaag accacgaagg actgcccaca 2160
gtggtgaaac tggtagacag aaacacctta ttaaaagaga gagaagaaaa gagacgggtt 2220
gaagaggaga agaggaagaa gaaagaggag gcggcccgga ggaaacagga acaagaagca 2280
gcaaagctgg ccaagatgaa gattcccccc agtgagatgt tcttgtcaga aaccgacaaa 2340
tactccaagt ttgatgaaaa tggtctgccc acacatgaca tggagggcaa agagctcagc 2400
aaagggcaag ccaagaagct gaagaagctc ttcgaggctc aggagaagct ctacaaggaa 2460
tatctgcaga tggcccagaa tggaagcttc cagtga 2496
<210> 2
<211> 831
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 野生型CARS基因所编码的多肽序列
<400> 2
Met Ala Asp Ser Ser Gly Gln Gln Ala Pro Asp Tyr Arg Ser Ile Leu
1 5 10 15
Ser Ile Ser Asp Glu Ala Ala Arg Ala Gln Ala Leu Asn Glu His Leu
20 25 30
Ser Thr Arg Ser Tyr Val Gln Gly Tyr Ser Leu Ser Gln Ala Asp Val
35 40 45
Asp Ala Phe Arg Gln Leu Ser Ala Pro Pro Ala Asp Pro Gln Leu Phe
50 55 60
His Val Ala Arg Trp Phe Arg His Ile Glu Ala Leu Leu Gly Ser Pro
65 70 75 80
Cys Gly Lys Gly Gln Pro Cys Arg Leu Gln Ala Ser Lys Gly Arg Arg
85 90 95
Val Gln Pro Gln Trp Ser Pro Pro Ala Gly Thr Gln Pro Cys Arg Leu
100 105 110
His Leu Tyr Asn Ser Leu Thr Arg Asn Lys Glu Val Phe Ile Pro Gln
115 120 125
Asp Gly Lys Lys Val Thr Trp Tyr Cys Cys Gly Pro Thr Val Tyr Asp
130 135 140
Ala Ser His Met Gly His Ala Arg Ser Tyr Ile Ser Phe Asp Ile Leu
145 150 155 160
Arg Arg Val Leu Lys Asp Tyr Phe Lys Phe Asp Val Phe Tyr Cys Met
165 170 175
Asn Ile Thr Asp Ile Asp Asp Lys Ile Ile Lys Arg Ala Arg Gln Asn
180 185 190
His Leu Phe Glu Gln Tyr Arg Glu Lys Arg Pro Glu Ala Ala Gln Leu
195 200 205
Leu Glu Asp Val Gln Ala Ala Leu Lys Pro Phe Ser Val Lys Leu Asn
210 215 220
Glu Thr Thr Asp Pro Asp Lys Lys Gln Met Leu Glu Arg Ile Gln His
225 230 235 240
Ala Val Gln Leu Ala Thr Glu Pro Leu Glu Lys Ala Val Gln Ser Arg
245 250 255
Leu Thr Gly Glu Glu Val Asn Ser Cys Val Glu Val Leu Leu Glu Glu
260 265 270
Ala Lys Asp Leu Leu Ser Asp Trp Leu Asp Ser Thr Leu Gly Cys Asp
275 280 285
Val Thr Asp Asn Ser Ile Phe Ser Lys Leu Pro Lys Phe Trp Glu Gly
290 295 300
Asp Phe His Arg Asp Met Glu Ala Leu Asn Val Leu Pro Pro Asp Val
305 310 315 320
Leu Thr Arg Val Ser Glu Tyr Val Pro Glu Ile Val Asn Phe Val Gln
325 330 335
Lys Ile Val Asp Asn Gly Tyr Gly Tyr Val Ser Asn Gly Ser Val Tyr
340 345 350
Phe Asp Thr Ala Lys Phe Ala Ser Ser Glu Lys His Ser Tyr Gly Lys
355 360 365
Leu Val Pro Glu Ala Val Gly Asp Gln Lys Ala Leu Gln Glu Gly Glu
370 375 380
Gly Asp Leu Ser Ile Ser Ala Asp Arg Leu Ser Glu Lys Arg Ser Pro
385 390 395 400
Asn Asp Phe Ala Leu Trp Lys Ala Ser Lys Pro Gly Glu Pro Ser Trp
405 410 415
Pro Cys Pro Trp Gly Lys Gly Arg Pro Gly Trp His Ile Glu Cys Ser
420 425 430
Ala Met Ala Gly Thr Leu Leu Gly Ala Ser Met Asp Ile His Gly Gly
435 440 445
Gly Phe Asp Leu Arg Phe Pro His His Asp Asn Glu Leu Ala Gln Ser
450 455 460
Glu Ala Tyr Phe Glu Asn Asp Cys Trp Val Arg Tyr Phe Leu His Thr
465 470 475 480
Gly His Leu Thr Ile Ala Gly Cys Lys Met Ser Lys Ser Leu Lys Asn
485 490 495
Phe Ile Thr Ile Lys Asp Ala Leu Lys Lys His Ser Ala Arg Gln Leu
500 505 510
Arg Leu Ala Phe Leu Met His Ser Trp Lys Asp Thr Leu Asp Tyr Ser
515 520 525
Ser Asn Thr Met Glu Ser Ala Leu Gln Tyr Glu Lys Phe Leu Asn Glu
530 535 540
Phe Phe Leu Asn Val Lys Asp Ile Leu Arg Ala Pro Val Asp Ile Thr
545 550 555 560
Gly Gln Phe Glu Lys Trp Gly Glu Glu Glu Ala Glu Leu Asn Lys Asn
565 570 575
Phe Tyr Asp Lys Lys Thr Ala Ile His Lys Ala Leu Cys Asp Asn Val
580 585 590
Asp Thr Arg Thr Val Met Glu Glu Met Arg Ala Leu Val Ser Gln Cys
595 600 605
Asn Leu Tyr Met Ala Ala Arg Lys Ala Val Arg Lys Arg Pro Asn Gln
610 615 620
Ala Leu Leu Glu Asn Ile Ala Leu Tyr Leu Thr His Met Leu Lys Ile
625 630 635 640
Phe Gly Ala Val Glu Glu Asp Ser Ser Leu Gly Phe Pro Val Gly Gly
645 650 655
Pro Gly Thr Ser Leu Ser Leu Glu Ala Thr Val Met Pro Tyr Leu Gln
660 665 670
Val Leu Ser Glu Phe Arg Glu Gly Val Arg Lys Ile Ala Arg Glu Gln
675 680 685
Lys Val Pro Glu Ile Leu Gln Leu Ser Asp Ala Leu Arg Asp Asn Ile
690 695 700
Leu Pro Glu Leu Gly Val Arg Phe Glu Asp His Glu Gly Leu Pro Thr
705 710 715 720
Val Val Lys Leu Val Asp Arg Asn Thr Leu Leu Lys Glu Arg Glu Glu
725 730 735
Lys Arg Arg Val Glu Glu Glu Lys Arg Lys Lys Lys Glu Glu Ala Ala
740 745 750
Arg Arg Lys Gln Glu Gln Glu Ala Ala Lys Leu Ala Lys Met Lys Ile
755 760 765
Pro Pro Ser Glu Met Phe Leu Ser Glu Thr Asp Lys Tyr Ser Lys Phe
770 775 780
Asp Glu Asn Gly Leu Pro Thr His Asp Met Glu Gly Lys Glu Leu Ser
785 790 795 800
Lys Gly Gln Ala Lys Lys Leu Lys Lys Leu Phe Glu Ala Gln Glu Lys
805 810 815
Leu Tyr Lys Glu Tyr Leu Gln Met Ala Gln Asn Gly Ser Phe Gln
820 825 830
<210> 3
<211> 2496
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 具有c.2384A>T突变的核酸的核苷酸序列
<400> 3
atggcagatt cctccgggca gcaggctcct gactacaggt ccattctgag cattagtgac 60
gaggcagcca gggcacaagc cctgaacgag cacctcagca cgcgtagcta tgtccagggg 120
tactcactgt cccaggcaga cgtggacgcg ttcaggcagc tctcggcccc gcccgctgac 180
ccccagctct tccacgtggc tcggtggttc aggcacatag aagcgctcct gggtagcccc 240
tgtggcaaag gccagccctg caggctccaa gcaagcaaag gccggcgtgt gcagccccag 300
tggtcccctc ctgctgggac ccagccatgc agactccacc tttacaacag cctcaccagg 360
aacaaggaag tgttcatacc tcaagatggg aaaaaggtga cgtggtattg ctgtgggcca 420
accgtctatg acgcatctca catggggcac gccaggtcct acatctcttt tgatatcttg 480
agaagagtgt tgaaggatta cttcaaattt gatgtctttt attgcatgaa cattacggat 540
attgatgaca agatcatcaa gagggcccgg cagaaccacc tgttcgagca gtatcgggag 600
aagaggcctg aagcggcaca gctcttggag gatgttcagg ccgccctgaa gccattttca 660
gtaaaattaa atgagaccac ggatcccgat aaaaagcaga tgctcgaacg gattcagcac 720
gcagtgcagc ttgccacaga gccacttgag aaagctgtgc agtccagact cacgggagag 780
gaagtcaaca gctgtgtgga ggtgttgctg gaagaagcca aggatttgct ctctgactgg 840
ctggattcta cacttggctg tgatgtcact gacaattcca tcttctccaa gctgcccaag 900
ttctgggagg gggacttcca cagagacatg gaagctctga atgttctccc tccagatgtc 960
ttaacccggg ttagtgagta tgtgccagaa attgtgaact ttgtccagaa gattgtggac 1020
aacggttacg gctatgtctc caatgggtct gtctactttg atacagcgaa gtttgcttct 1080
agcgagaagc actcctatgg gaagctggtg cctgaggccg ttggagatca gaaagccctt 1140
caagaagggg aaggtgacct gagcatctct gcagaccgcc tgagtgagaa gcgctctccc 1200
aacgactttg ccttatggaa ggcctctaag cccggagaac cgtcctggcc gtgcccttgg 1260
ggaaagggtc gtccgggctg gcatatcgag tgctcggcca tggcaggcac cctcctaggg 1320
gcttcgatgg acattcacgg aggtgggttc gacctccggt tcccccacca tgacaatgag 1380
ctggcacagt cggaggccta ctttgaaaac gactgctggg tcaggtactt cctgcacaca 1440
ggccacctga ccattgcagg ctgcaaaatg tcaaagtcac taaaaaactt catcaccatt 1500
aaagatgcct tgaaaaagca ctcagcacgg cagttgcggc tggccttcct catgcactcg 1560
tggaaggaca ccctggacta ctccagcaac accatggagt cagcgcttca atatgagaag 1620
ttcttgaatg agtttttctt aaatgtgaaa gatatccttc gcgctcctgt tgacatcact 1680
ggtcagtttg agaagtgggg agaagaagaa gcagaactga ataagaactt ttatgacaag 1740
aagacagcaa ttcacaaagc cctctgtgac aatgttgaca cccgcaccgt catggaagag 1800
atgcgggcct tggtcagtca gtgcaacctc tatatggcag cccggaaagc cgtgaggaag 1860
aggcccaacc aggctctgct ggagaacatc gccctgtacc tcacccatat gctgaagatc 1920
tttggggccg tagaagagga cagctccctg ggattcccgg tcggagggcc tggaaccagc 1980
ctcagtctcg aggccacagt catgccctac cttcaggtgt tatcagaatt ccgagaagga 2040
gtgcggaaga ttgcccgaga gcaaaaagtc cctgagattc tgcagctcag cgatgccctg 2100
cgggacaaca tcctgcccga gcttggggtg cggtttgaag accacgaagg actgcccaca 2160
gtggtgaaac tggtagacag aaacacctta ttaaaagaga gagaagaaaa gagacgggtt 2220
gaagaggaga agaggaagaa gaaagaggag gcggcccgga ggaaacagga acaagaagca 2280
gcaaagctgg ccaagatgaa gattcccccc agtgagatgt tcttgtcaga aaccgacaaa 2340
tactccaagt ttgatgaaaa tggtctgccc acacatgaca tggtgggcaa agagctcagc 2400
aaagggcaag ccaagaagct gaagaagctc ttcgaggctc aggagaagct ctacaaggaa 2460
tatctgcaga tggcccagaa tggaagcttc cagtga 2496
<210> 4
<211> 831
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 具有p.Glu795Val突变的多肽的氨基酸序列
<400> 4
Met Ala Asp Ser Ser Gly Gln Gln Ala Pro Asp Tyr Arg Ser Ile Leu
1 5 10 15
Ser Ile Ser Asp Glu Ala Ala Arg Ala Gln Ala Leu Asn Glu His Leu
20 25 30
Ser Thr Arg Ser Tyr Val Gln Gly Tyr Ser Leu Ser Gln Ala Asp Val
35 40 45
Asp Ala Phe Arg Gln Leu Ser Ala Pro Pro Ala Asp Pro Gln Leu Phe
50 55 60
His Val Ala Arg Trp Phe Arg His Ile Glu Ala Leu Leu Gly Ser Pro
65 70 75 80
Cys Gly Lys Gly Gln Pro Cys Arg Leu Gln Ala Ser Lys Gly Arg Arg
85 90 95
Val Gln Pro Gln Trp Ser Pro Pro Ala Gly Thr Gln Pro Cys Arg Leu
100 105 110
His Leu Tyr Asn Ser Leu Thr Arg Asn Lys Glu Val Phe Ile Pro Gln
115 120 125
Asp Gly Lys Lys Val Thr Trp Tyr Cys Cys Gly Pro Thr Val Tyr Asp
130 135 140
Ala Ser His Met Gly His Ala Arg Ser Tyr Ile Ser Phe Asp Ile Leu
145 150 155 160
Arg Arg Val Leu Lys Asp Tyr Phe Lys Phe Asp Val Phe Tyr Cys Met
165 170 175
Asn Ile Thr Asp Ile Asp Asp Lys Ile Ile Lys Arg Ala Arg Gln Asn
180 185 190
His Leu Phe Glu Gln Tyr Arg Glu Lys Arg Pro Glu Ala Ala Gln Leu
195 200 205
Leu Glu Asp Val Gln Ala Ala Leu Lys Pro Phe Ser Val Lys Leu Asn
210 215 220
Glu Thr Thr Asp Pro Asp Lys Lys Gln Met Leu Glu Arg Ile Gln His
225 230 235 240
Ala Val Gln Leu Ala Thr Glu Pro Leu Glu Lys Ala Val Gln Ser Arg
245 250 255
Leu Thr Gly Glu Glu Val Asn Ser Cys Val Glu Val Leu Leu Glu Glu
260 265 270
Ala Lys Asp Leu Leu Ser Asp Trp Leu Asp Ser Thr Leu Gly Cys Asp
275 280 285
Val Thr Asp Asn Ser Ile Phe Ser Lys Leu Pro Lys Phe Trp Glu Gly
290 295 300
Asp Phe His Arg Asp Met Glu Ala Leu Asn Val Leu Pro Pro Asp Val
305 310 315 320
Leu Thr Arg Val Ser Glu Tyr Val Pro Glu Ile Val Asn Phe Val Gln
325 330 335
Lys Ile Val Asp Asn Gly Tyr Gly Tyr Val Ser Asn Gly Ser Val Tyr
340 345 350
Phe Asp Thr Ala Lys Phe Ala Ser Ser Glu Lys His Ser Tyr Gly Lys
355 360 365
Leu Val Pro Glu Ala Val Gly Asp Gln Lys Ala Leu Gln Glu Gly Glu
370 375 380
Gly Asp Leu Ser Ile Ser Ala Asp Arg Leu Ser Glu Lys Arg Ser Pro
385 390 395 400
Asn Asp Phe Ala Leu Trp Lys Ala Ser Lys Pro Gly Glu Pro Ser Trp
405 410 415
Pro Cys Pro Trp Gly Lys Gly Arg Pro Gly Trp His Ile Glu Cys Ser
420 425 430
Ala Met Ala Gly Thr Leu Leu Gly Ala Ser Met Asp Ile His Gly Gly
435 440 445
Gly Phe Asp Leu Arg Phe Pro His His Asp Asn Glu Leu Ala Gln Ser
450 455 460
Glu Ala Tyr Phe Glu Asn Asp Cys Trp Val Arg Tyr Phe Leu His Thr
465 470 475 480
Gly His Leu Thr Ile Ala Gly Cys Lys Met Ser Lys Ser Leu Lys Asn
485 490 495
Phe Ile Thr Ile Lys Asp Ala Leu Lys Lys His Ser Ala Arg Gln Leu
500 505 510
Arg Leu Ala Phe Leu Met His Ser Trp Lys Asp Thr Leu Asp Tyr Ser
515 520 525
Ser Asn Thr Met Glu Ser Ala Leu Gln Tyr Glu Lys Phe Leu Asn Glu
530 535 540
Phe Phe Leu Asn Val Lys Asp Ile Leu Arg Ala Pro Val Asp Ile Thr
545 550 555 560
Gly Gln Phe Glu Lys Trp Gly Glu Glu Glu Ala Glu Leu Asn Lys Asn
565 570 575
Phe Tyr Asp Lys Lys Thr Ala Ile His Lys Ala Leu Cys Asp Asn Val
580 585 590
Asp Thr Arg Thr Val Met Glu Glu Met Arg Ala Leu Val Ser Gln Cys
595 600 605
Asn Leu Tyr Met Ala Ala Arg Lys Ala Val Arg Lys Arg Pro Asn Gln
610 615 620
Ala Leu Leu Glu Asn Ile Ala Leu Tyr Leu Thr His Met Leu Lys Ile
625 630 635 640
Phe Gly Ala Val Glu Glu Asp Ser Ser Leu Gly Phe Pro Val Gly Gly
645 650 655
Pro Gly Thr Ser Leu Ser Leu Glu Ala Thr Val Met Pro Tyr Leu Gln
660 665 670
Val Leu Ser Glu Phe Arg Glu Gly Val Arg Lys Ile Ala Arg Glu Gln
675 680 685
Lys Val Pro Glu Ile Leu Gln Leu Ser Asp Ala Leu Arg Asp Asn Ile
690 695 700
Leu Pro Glu Leu Gly Val Arg Phe Glu Asp His Glu Gly Leu Pro Thr
705 710 715 720
Val Val Lys Leu Val Asp Arg Asn Thr Leu Leu Lys Glu Arg Glu Glu
725 730 735
Lys Arg Arg Val Glu Glu Glu Lys Arg Lys Lys Lys Glu Glu Ala Ala
740 745 750
Arg Arg Lys Gln Glu Gln Glu Ala Ala Lys Leu Ala Lys Met Lys Ile
755 760 765
Pro Pro Ser Glu Met Phe Leu Ser Glu Thr Asp Lys Tyr Ser Lys Phe
770 775 780
Asp Glu Asn Gly Leu Pro Thr His Asp Met Val Gly Lys Glu Leu Ser
785 790 795 800
Lys Gly Gln Ala Lys Lys Leu Lys Lys Leu Phe Glu Ala Gln Glu Lys
805 810 815
Leu Tyr Lys Glu Tyr Leu Gln Met Ala Gln Asn Gly Ser Phe Gln
820 825 830
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 上游引物P1
<400> 5
ccactagtcc acaatggttt 20
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 下游引物P2
<400> 6
tttgtcatag cgattcacag 20

Claims (10)

1.一种基因突变，其特征在于，与野生型CARS基因相比，具有c.2384A>T突变；
任选地，所述基因突变是可检测的。
2.一种核酸，其特征在于，与野生型CARS基因相比，具有c.2384A>T突变。
3.一种多肽，其特征在于，与野生型CARS基因表达的多肽的氨基酸序列相比，所述多肽的氨基酸序列具有p.Glu795Val突变。
4.检测权利要求1所述的基因突变或权利要求2所述的核酸或权利要求3所述的多肽的试剂在制备试剂盒或者设备中的用途，所述试剂盒或者设备用于诊断多***性神经退行性疾病；
任选地，所述试剂包括特异性针对所述基因突变、所述核酸和所述多肽的至少之一的抗体、探针、引物以及质谱检测试剂的至少之一；
任选地，所述引物具有SEQ ID NO:5和6所示的核苷酸序列。
5.生物模型在筛选药物中的用途，其特征在于，所述生物模型携带下列至少之一：
(1)权利要求1所述的基因突变；
(2)权利要求2所述的核酸；
(3)表达权利要求3所述的多肽；
任选地，所述生物模型为细胞模型或者动物模型；
任选地，所述生物模型用于筛选药物，所述药物用于治疗多***性神经退行性疾病。
6.特异性改变权利要求1所述的基因突变或者权利要求2所述的核酸的试剂在制备药物中的用途，所述药物用于治疗多***性神经退行性疾病；
任选地，所述试剂为基于shRNA、反义核酸、核酶、显性负突变、CRISPR-Cas9、CRISPR-Cpf1和锌指核酸酶至少之一的试剂。
7.一种用于治疗多***性神经退行性疾病的药物，其特征在于，所述药物含有：
特异性改变权利要求1所述的基因突变或者权利要求2所述的核酸的试剂；
任选地，所述试剂为基于shRNA、反义核酸、核酶、显性负突变、CRISPR-Cas9、CRISPR-Cpf1和锌指核酸酶至少之一的试剂。
8.一种构建体，其特征在于，包含权利要求1所述的基因突变或权利要求2所述的核酸。
9.一种重组细胞，其特征在于，所述重组细胞是通过权利要求8所述的构建体转化受体细胞而获得的。
10.一种检测多***性神经退行性疾病的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中包括检测权利要求1所述的基因突变的试剂，和/或检测权利要求2所述的核酸的试剂，和/或检测权利要求3所述的多肽的试剂。
CN202011412665.5A 2020-12-04 2020-12-04 Cars基因突变体及其应用 Pending CN114591980A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011412665.5A CN114591980A (zh) 2020-12-04 2020-12-04 Cars基因突变体及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011412665.5A CN114591980A (zh) 2020-12-04 2020-12-04 Cars基因突变体及其应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN114591980A true CN114591980A (zh) 2022-06-07

Family

ID=81812189

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202011412665.5A Pending CN114591980A (zh) 2020-12-04 2020-12-04 Cars基因突变体及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN114591980A (zh)

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107449921A (zh) * 2012-05-22 2017-12-08 博格有限责任公司 用于鉴别药物诱导毒性标志物的基于细胞的探询式分析
CN110878346A (zh) * 2018-09-06 2020-03-13 深圳华大生命科学研究院 基因突变体及其应用

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107449921A (zh) * 2012-05-22 2017-12-08 博格有限责任公司 用于鉴别药物诱导毒性标志物的基于细胞的探询式分析
CN110878346A (zh) * 2018-09-06 2020-03-13 深圳华大生命科学研究院 基因突变体及其应用

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN104120132B (zh) Fbn1基因突变体及其应用
JP2018514205A (ja) 次世代の塩基配列分析技法を利用した臓器移植の拒否反応の予測方法
CN111662983B (zh) 一种用于检测淋巴瘤基因变异的试剂盒及其应用
CN113889187B (zh) 单样本等位基因拷贝数变异检测方法、探针组和试剂盒
CN107312861B (zh) 一种b-all患者预后风险评估标记物
CN106282195A (zh) 基因突变体及其应用
CN105441454B (zh) Scap基因突变体及其应用
CN110184344A (zh) 检测htt基因cag三核苷酸重复序列的方法及引物对
CN104745592B (zh) Cyp4v2基因突变体及其应用
CN104178487B (zh) Atm基因突变体及其应用
CN109402132A (zh) 一种编码scn1a基因突变体的核酸及其应用
CN105838720B (zh) Ptprq基因突变体及其应用
CN103275987A (zh) Aqp5基因突变体及其应用
CN111304226A (zh) 一种编码cyp1b1基因突变体的核酸及其应用
CN110878346B (zh) 基因突变体及其应用
CN114591980A (zh) Cars基因突变体及其应用
CN112442528B (zh) Loxhd1基因突变体及其应用
CN105821062B (zh) Amsh基因突变体及其应用
CN109402131B (zh) 一种编码kansl1基因突变体的核酸及其应用
CN104561015B (zh) Myl4基因突变体及其应用
CN113684213A (zh) Myo15a基因突变体及其应用
CN105802974B (zh) Bcs1l基因突变体及其应用
CN113403316A (zh) Slc26a4基因突变体及其应用
CN105779463B (zh) Vps13b基因突变体及其应用
CN112522275A (zh) Myo15a基因突变体及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination