CN113584169A - 一种与肝癌相关的血清tsRNA标志物、探针及其应用 - Google Patents
一种与肝癌相关的血清tsRNA标志物、探针及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN113584169A CN113584169A CN202110859706.3A CN202110859706A CN113584169A CN 113584169 A CN113584169 A CN 113584169A CN 202110859706 A CN202110859706 A CN 202110859706A CN 113584169 A CN113584169 A CN 113584169A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- liver cancer
- serum
- tsrna
- kit
- probe
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 108091093130 Toxic Small RNA Proteins 0.000 title claims abstract description 73
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 67
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 66
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 title claims abstract description 52
- 239000003550 marker Substances 0.000 title claims abstract description 26
- 239000000523 sample Substances 0.000 title claims description 27
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 claims abstract description 9
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 7
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 7
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L magnesium chloride Substances [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 7
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 7
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 6
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 claims description 4
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims description 4
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 4
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 claims description 4
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 abstract description 18
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 abstract description 5
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 abstract description 3
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 11
- 108091032955 Bacterial small RNA Proteins 0.000 description 10
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 7
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 7
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 7
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 7
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 6
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 6
- 206010073071 hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 description 6
- 231100000844 hepatocellular carcinoma Toxicity 0.000 description 6
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 description 6
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 5
- 238000011161 development Methods 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 5
- 238000000034 method Methods 0.000 description 5
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 4
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 3
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 3
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 3
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 3
- 102100023635 Alpha-fetoprotein Human genes 0.000 description 2
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 2
- 238000012167 Small RNA sequencing Methods 0.000 description 2
- 102000013529 alpha-Fetoproteins Human genes 0.000 description 2
- 108010026331 alpha-Fetoproteins Proteins 0.000 description 2
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 2
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 2
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- 108020004463 18S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- 125000003821 2-(trimethylsilyl)ethoxymethyl group Chemical group [H]C([H])([H])[Si](C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])C(OC([H])([H])[*])([H])[H] 0.000 description 1
- 108020005096 28S Ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- 208000031261 Acute myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 1
- 208000010839 B-cell chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 1
- 208000003950 B-cell lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 238000000923 Brown–Forsythe test Methods 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- 208000031422 Lymphocytic Chronic B-Cell Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 208000033776 Myeloid Acute Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 208000012902 Nervous system disease Diseases 0.000 description 1
- 208000025966 Neurological disease Diseases 0.000 description 1
- 239000013614 RNA sample Substances 0.000 description 1
- 238000011869 Shapiro-Wilk test Methods 0.000 description 1
- 208000000102 Squamous Cell Carcinoma of Head and Neck Diseases 0.000 description 1
- 238000000692 Student's t-test Methods 0.000 description 1
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 208000032852 chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 1
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 description 1
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 1
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 1
- 238000012350 deep sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 201000000459 head and neck squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 230000002438 mitochondrial effect Effects 0.000 description 1
- 238000009099 neoadjuvant therapy Methods 0.000 description 1
- 108091027963 non-coding RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 description 1
- 239000000101 novel biomarker Substances 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000001543 one-way ANOVA Methods 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 238000011127 radiochemotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 238000002271 resection Methods 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 1
- 238000004626 scanning electron microscopy Methods 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 238000000528 statistical test Methods 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000012353 t test Methods 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 1
- 238000007492 two-way ANOVA Methods 0.000 description 1
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Pathology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种与肝癌相关的血清tsRNA标志物及其应用,属于分子生物学领域。该标志物为血清中的tRF‑Gln‑TTG‑006。本发明筛选出的tsRNA对肝癌病人检测的特异性和灵敏度较高,可以大大提高肝癌诊断的准确性。该标志物可用于制备诊断试剂盒,用于肝癌的辅助早期诊断。
Description
发明领域
本发明属于分子生物学领域,涉及一种与肝癌相关的血清tsRNA标志物、探针及其应用。
背景技术
肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)占原发性肝癌的比例最高,到2020年,HCC在全球肿瘤相关死亡病例中占第三位,发病率居全球第六位。HCC仍然是包括中国在内的东亚地区的常见癌症之一,其发病率、患病率和活动性均显著高于其他地区。被诊断为早期的肝癌可以通过切除或者肝移植的方式治疗,相较于晚期肝癌5年生存率更高。目前CT、超声、MRI等影像学技术已被应用于HCC的早期诊断,但这些技术很难发现直径≤1cm的病灶,不足以在早期阶段检测HCC。临床仍然缺乏敏感的诊断方法或生物标志物,。
非编码小RNA是近年来肿瘤分子生物学研究领域的热点,RNA高通量测序技术的发展帮助人们发现和鉴定了多种新型非编码小RNA,其中一类被命名为 tRNA来源的小RNA(tRNA-derived small RNAs,tsRNAs)。tsRNA长约18-40nt,来源于tRNA成熟体或前体。近期研究发现tsRNA参与调节多种生理、病理功能,包括应激、翻译调控、神经***疾病、病毒感染、表观遗传等等。研究发现,tsRNA 与肿瘤发生发展密切相关,已经有报道发现tsRNA在肺癌、慢性淋巴细胞性白血病、乳腺癌和急性髓细胞白血病中异常表达,与肿瘤的发生发展密切相关。
RNA-derived small RNAs(tsRNAs)是一类新发现的长度约为14~40个核苷酸的非编码RNA,来源于tRNA前体和成熟tRNA。最近的研究表明,tsRNAs在乳腺癌、肺癌、B细胞淋巴瘤等多种癌症中异常表达,提示tsRNAs可能参与了这些疾病的发生和发展。tsRNA同样可以稳定的存在与血清中,血清中的循环tsRNA可以作为早期乳腺癌和头颈部鳞状细胞癌等癌症的非侵入性生物标志物。然而,血清 tsRNA在肝癌无创诊断中的应用前景仍有待发掘,如果能筛选到肝癌中异常表达的血清tsRNAs作为生物标志物,并研发相应的诊断试剂盒,对肝癌的诊断现状将会有大大的推动。
发明内容
本发明的主要目的是针对肝癌临床无创诊断中的问题,提出一类与肝癌相关的血清tsRNA标志物、以及该类血清tsRNA标志物在制备肝癌诊断试剂盒中的应用。
为实现上述目的,本发明采用以下技术方案:
一种与肝癌相关的血清tsRNA标志物,所述的血清tsRNA标志物为以下序列中的中的任意一种或包含该序列的组合:
tRF-Gln-TTG-006:SEQ ID No.1;
本发明提供了一种探针,所述探针能特异性捕获包括上述的与肝癌相关的血清tsRNA标志物。该探针是由Applied Biosystems公司定制合成的TaqMan tsRNA 探针。
本发明提供了上述的血清tsRNA标志物、探针在肝癌诊断试剂盒制备中的应用。
本发明提供了一种肝癌诊断试剂盒,所述试剂盒用于检测血清中的上述的 tsRNA标志物的一种或多种的表达量。
进一步的技术方案,所述的试剂盒中包括上述的探针。
进一步的技术方案,所述的试剂盒还包括PCR反应常用的试剂和酶。
进一步的技术方案,所述的试剂盒包括dNTP/AMV逆转录酶及缓冲液、MgCl2、 DEPC水和Taq酶等。
本发明的有益效果:
本发明提供的血清tsRNAs标志物作为肝癌诊断的标志物的优势在于:
(1)传统肝癌的血清标注物主要是以甲胎蛋白AFP为代表的蛋白类生物标志物,检测方法主要为ELISA,相对不稳定,而血清tsRNAs是一种新型生物标志物,在肝癌病人血清中表达稳定,易于检测、定量。利用本发明提供的tsRNA进行肝癌血清无创诊断有利于对目前肝癌进行辅助诊断,将大大提高肝癌无创诊断的敏感性和特异性。
(2)本发明***的通过高通量测序及qRT-PCR方法研究了血清tsRNAs在肝癌患者血清中的差异表达谱,进一步验证其在肝癌诊断中的应用价值。
(3)本发明通过qRT-PCR对大样本进行了多阶段验证,采用了绝对定量进行验证;保证了肝癌血清tsRNAs生物标志物和诊断试剂盒的应用,也为其他疾病生物标志物的研制提供方法和策略上的借鉴。
附图说明
图1为实施例中5种tsRNAs分别对肝癌病人和健康对照组的诊断效果的ROC图。
图2为tsRNA:tRF-Gln-TTG-006在肝癌病人组与健康对照组血清的表达水平。
图3为tsRNA:tRF-Gln-TTG-006分别对肝癌病人和健康对照组的诊断效果的ROC图。
具体实施方式
下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细的说明。
一种与肝癌相关的血清tsRNA标志物,所述的血清tsRNA标志物为以下序列中的中的任意一种或包含该序列的组合:
tRF-Gln-TTG-006:SEQ ID No.1;
一种探针,所述探针能特异性捕获包括上述的与肝癌相关的血清tsRNA标志物。该探针是由Applied Biosystems公司定制合成的TaqMan tsRNA探针。
上述的血清tsRNA标志物、探针在肝癌诊断试剂盒制备中的应用。
一种肝癌诊断试剂盒,所述试剂盒用于检测血清中的上述的tsRNA标志物的表达量。
所述的试剂盒中包括上述的探针。所述的试剂盒还包括PCR反应常用的试剂和酶。所述的试剂盒包括dNTP/AMV逆转录酶及缓冲液、MgCl2、DEPC水和 Taq酶等。
本发明首先分离了肝癌病人及与病人年龄性别等信息匹配的健康对照的血清样本,提取RNA进行tsRNA测序分析,经过初步筛选后通过大样本进行验证,进而筛选出一组与肝癌高度相关的且具有较高敏感性和特异性的tsRNA标志物,并基于此研发出可应用于肝癌临床诊断的试剂盒,为肝癌的筛查和早期诊断提供基础。
本发明解决问题的技术方案包括:
(1)以标准操作程序(SOP)采集符合标准的血样,***收集完整的临床病例信息资料。
(2)血清tsRNA差异表达谱筛选分析:筛选肝癌患者、与肝癌患者年龄性别相匹配的健康人对照,分离血清,通过测序分析血清tsRNA表达谱,筛选出差异表达的tsRNAs并通过大样本进行多阶段验证。
(3)对前面筛选到的差异表达的血清tsRNAs进行定量分析,明确与肝癌发病相关的血清tsRNAs。
(4)基于以上筛选到的血清tsRNA,研发诊断试剂盒。
本发明按照SOP收集符合标准的血样,收集完整的病理学资料(包括年龄、性别、病理类型、WHO分级、TMN分期等),接着采用小RNA高通量测序、Real-time PCR等方法进行检测。
具体来说包括以下几个部分:
(1)收集病人样本:①经影像学诊断、病理学确认的肝癌病例;②所有样本为术前,未经放化疗和新辅助治疗的;③健康对照为与病人年龄性别匹配的正常人。本研究共采用100例符合标准的肝癌病人血清样本进行研究。
(2)使用Trizol(Invitrogen life technologies)法提取血清总RNA。
(3)RNA质量检测:通过变性琼脂糖凝胶电泳检测28S和18S核糖体RNA条带。
(4)小RNA高通量测序:
①将以上提取的总RNA进行PAGE电泳回收;
②tsRNAs被大量的RNA修饰,会干扰小RNA seq文库的构建。在对总RNA样本进行文库准备之前,先进行以下处理:将链接引物(adaptor prime)酶联在小RNA 分子的3′与5′端:所有sRNA文库构建和深度测序均由Aksomics(中国上海)完成。测序文库的大小选择用于RNA生物类型测序使用自动凝胶切割器。利用安捷伦生物分析仪2100对这些文库进行了严格的定量分析。根据安捷伦生物分析仪2100构建 sRNA文库。Illumina NextSeq仪器标准小RNA测序,测序类型为50bp单读。
③进行RT-PCR反应后进行测序
④数据分析与处理
(5)qRT-PCR方法
①提取血清总RNA,通过RNA逆转录反应得到cDNA样品;
②使用Applied Biosystems公司的TaqMan tsRNA茎环引物进行逆转,合成 cDNA;
③使用Applied Biosystems公司的TaqMan tsRNA荧光探针进行PCR反应;
④检测比较肝癌患者与健康正常对照血清样本中tsRNA的表达变化。
(6)制备肝癌tsRNA诊断试剂盒
①前期通过小RNA高通量测序检测肝癌患者和正常对照之间的拷贝差异和表达差异的tsRNA,通过qRT-PCR技术进一步对肝癌患者和健康对照中差异较显著的血清tsRNA进行检测,作为辅助肝癌诊断的指标。最后筛选到与肝癌相关的血清tsRNA:tRF-Gln-TTG-006作为诊断标志物。在此基础上研发肝癌诊断试剂盒,该试剂盒包括一个tsRNA的探针,AMV逆转录酶、Taq酶、MgCl2,DEPC水和dNTP 等试剂。
(7)数据分析
所有统计检验均使用GraphPad Prism软件7(圣地亚哥,CA)进行。数据以平均值±SEMs表示。P<0.05为差异有统计学意义。组间样本的正态性和等方差分别用Shapiro-Wilk检验和Brown-Forsythe检验进行评估。当样本组间达到正态性和方差相等时,采用单因素方差分析(随后采用Bonferroni多重比较检验)、双因素方差分析(随后采用Bonferroni多重比较检验)或t检验。
以下是本发明进一步的说明:
在探索阶段,发明人分别对30例肝癌血清和30例健康对照血清,运用小RNA 高通量测序,通过筛选发现有30种tsRNAs(细胞质的tsRNAs来自GtRNAdb 数据库;线粒体的tsRNA由tRANscan-SE软件预测产生)在肝癌血清样本中发生显著变化(变化倍数>2)。
根据测序结果,发明人选择了在肝癌患者中表达升高的tsRNAs进行分析(升高倍数>2),共10种符合要求,考虑到长度等限制因素,其中有5种tsRNA可以由 AppliedBiosystems公司定制合成相应的TaqMan探针进行检测,包括:
分别采用两种分析方法对以上5种tsRNAs进行检测,基于绝对定量的方法,对有统计学显著差异的tsRNAs在另外24例肝癌病例和24例对照中进行进一步进行一一验证,进而观察研究结果的稳定程度,结果如图1所示。
绝对定量分析:合成相应的tsRNA标准品,制作标准曲线,分别提取100uL血清样本中的RNA,通过QRT-PCR检测,得到样本CT值,通过标曲计算得到绝对浓度。分析方法结果显示,同时满足上述筛选条件的tsRNAs为tRF-Gln-TTG-006 在肝癌病例组和健康对照组中的表达存在显著差异。
根据以上结果,接着在另外100例健康对照和100例肝癌患者血清中对上述 tsRNA进行进一步检测验证,结果显示,tRF-Gln-TTG-006在肝癌样本中显著升高,结果如图2所示。
进一步分析上述tsRNAs用于肝癌诊断的效果,ROC曲线(ReceiverOperatingCharacteristicCurve,受试者工作特征曲线)分析发现tRF-Gln-TTG-006对肝癌有较好的诊断效果,结果如图3所示。曲线下面积达到0.908,特异性达到80%,敏感度达到77.4%,与传统基于甲胎蛋白AFP的检测方式相比敏感度(39%~ 65%)和特异性(约76%)均有着很大提升。
序列表
<110> 南京大学
<120> 一种与肝癌相关的血清tsRNA 标志物、探针及其应用
<160> 1
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
taggatgggg tgtgataggt gg 22
Claims (8)
1.一种与肝癌相关的血清tsRNA 标志物,其特征在于,所述的血清tsRNA 标志物为以下序列:
tRF-Gln-TTG-006:SEQ ID No.1。
2.一种探针,其特征在于,所述探针能特异性捕获包括权利要求1所述的肝癌血清tsRNA 标志物。
3.权利要求1 所述的血清tsRNA 标志物在肝癌诊断试剂盒制备中的应用。
4.权利要求2 所述的探针在肝癌诊断试剂盒制备中的应用。
5.一种肝癌诊断试剂盒,其特征在于,所述试剂盒用于检测血清中的如权利要求1所述的tsRNA 标志物的表达量。
6.根据权利要求5 所述的诊断试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒中包括权利要求2所述的探针。
7.根据权利要求5或6 所述的诊断试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒还包括PCR 反应常用的试剂和酶。
8.根据权利要求7所述的诊断试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒包括dNTP/AMV逆转录酶、缓冲液、MgCl2、DEPC 水和Taq 酶。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202110859706.3A CN113584169B (zh) | 2021-07-28 | 2021-07-28 | 一种与肝癌相关的血清tsRNA标志物、探针及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202110859706.3A CN113584169B (zh) | 2021-07-28 | 2021-07-28 | 一种与肝癌相关的血清tsRNA标志物、探针及其应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN113584169A true CN113584169A (zh) | 2021-11-02 |
CN113584169B CN113584169B (zh) | 2024-06-18 |
Family
ID=78251286
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202110859706.3A Active CN113584169B (zh) | 2021-07-28 | 2021-07-28 | 一种与肝癌相关的血清tsRNA标志物、探针及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN113584169B (zh) |
Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20140323555A1 (en) * | 2013-03-15 | 2014-10-30 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | tRNA DERIVED SMALL RNAs (tsRNAs) INVOLVED IN CELL VIABILITY |
CN104520439A (zh) * | 2012-02-28 | 2015-04-15 | 国立大学法人东京农工大学 | Tdp-43细胞内存在量关联疾患的认定方法 |
CN109642241A (zh) * | 2016-04-01 | 2019-04-16 | 新加坡国立大学 | 反式剪接RNA(tsRNA) |
WO2020077095A1 (en) * | 2018-10-10 | 2020-04-16 | Thomas Jefferson University | tRNA-DERIVED FRAGMENTS AS BIOMARKERS FOR PARKINSON'S DISEASE |
CN111826444A (zh) * | 2020-07-17 | 2020-10-27 | 南京大学 | 一种与胰腺癌相关的血清/血浆tsRNA标志物、探针及其应用 |
CN113337613A (zh) * | 2021-07-28 | 2021-09-03 | 南京翌科生物科技有限公司 | 一种与肝癌相关的血清外泌体tsRNA标志物、探针及其应用 |
CN117568481A (zh) * | 2023-12-28 | 2024-02-20 | 南京大学 | 一组与肝癌相关的血浆外泌体tsRNAs标志物及其应用 |
CN117723755A (zh) * | 2023-12-14 | 2024-03-19 | 重庆医科大学附属第一医院 | 血清tRNA-ValTAC-3作为肝癌诊断生物标志物的应用 |
-
2021
- 2021-07-28 CN CN202110859706.3A patent/CN113584169B/zh active Active
Patent Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN104520439A (zh) * | 2012-02-28 | 2015-04-15 | 国立大学法人东京农工大学 | Tdp-43细胞内存在量关联疾患的认定方法 |
US20140323555A1 (en) * | 2013-03-15 | 2014-10-30 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | tRNA DERIVED SMALL RNAs (tsRNAs) INVOLVED IN CELL VIABILITY |
CN109642241A (zh) * | 2016-04-01 | 2019-04-16 | 新加坡国立大学 | 反式剪接RNA(tsRNA) |
WO2020077095A1 (en) * | 2018-10-10 | 2020-04-16 | Thomas Jefferson University | tRNA-DERIVED FRAGMENTS AS BIOMARKERS FOR PARKINSON'S DISEASE |
CN111826444A (zh) * | 2020-07-17 | 2020-10-27 | 南京大学 | 一种与胰腺癌相关的血清/血浆tsRNA标志物、探针及其应用 |
CN113337613A (zh) * | 2021-07-28 | 2021-09-03 | 南京翌科生物科技有限公司 | 一种与肝癌相关的血清外泌体tsRNA标志物、探针及其应用 |
CN117723755A (zh) * | 2023-12-14 | 2024-03-19 | 重庆医科大学附属第一医院 | 血清tRNA-ValTAC-3作为肝癌诊断生物标志物的应用 |
CN117568481A (zh) * | 2023-12-28 | 2024-02-20 | 南京大学 | 一组与肝癌相关的血浆外泌体tsRNAs标志物及其应用 |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
SHOUBIN ZHAN等: "Serum mitochondrial tsRNA serves as a novel biomarker for hepatocarcinoma diagnosis", FRONT MED, 13 April 2022 (2022-04-13), pages 216 - 226, XP037810634, DOI: 10.1007/s11684-022-0920-7 * |
SUSHMITA PODDAR等: "RNA Structure Design Improves Activity and Specificity of trans-Splicing-Triggered Cell Death in a Suicide Gene Therapy Approach", MOLECULAR THERAPY: NUCLEIC ACIDS, 31 January 2018 (2018-01-31), pages 41 - 56 * |
XINLIANG GU等: "Transfer RNA‑derived small RNA: an emerging small non‑coding RNA with key roles in cancer", EXPERIMENTAL HEMATOLOGY & ONCOLOGY, 3 June 2022 (2022-06-03), pages 1 - 15, XP021303649, DOI: 10.1186/s40164-022-00290-1 * |
王书奎等: "tsRNA作为肿瘤诊断和预后标志物的研究进展", 诊断学理论与实践, 25 October 2023 (2023-10-25), pages 413 - 420 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN113584169B (zh) | 2024-06-18 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN111826444B (zh) | 一种与胰腺癌相关的血清/血浆tsRNA标志物、探针及其应用 | |
CN110484624B (zh) | 一种基于外周血的胃癌生物标志物及其检测方法和应用 | |
CN109055563B (zh) | 结直肠癌相关环状rna基因、结直肠癌分子标志物及其应用 | |
CN113337613B (zh) | 一种与肝癌相关的血清外泌体tsRNA标志物、探针及其应用 | |
CN108866194B (zh) | 一组用于膀胱癌检测的基因及其应用 | |
CN114277138B (zh) | 外泌体arpc5、mboat2等在肺癌诊断中的应用 | |
CN108866187B (zh) | 一种与肺癌辅助诊断相关的长链非编码rna标志物及其应用 | |
CN117568481A (zh) | 一组与肝癌相关的血浆外泌体tsRNAs标志物及其应用 | |
TWI571514B (zh) | 評估罹患大腸直腸癌風險的方法 | |
CN111763740B (zh) | 基于lncRNA分子模型预测食管鳞癌患者新辅助放化疗的疗效和预后的*** | |
WO2019117257A1 (ja) | 乳がんの検出を補助する方法 | |
CN110257514B (zh) | 一种新的食管癌血液miRNA标志物及其应用 | |
CN112553341A (zh) | 一种肾透明细胞癌scnn1引物、诊断试剂盒及其应用 | |
CN111778335A (zh) | 用于检测胰腺癌的癌组织和癌旁组织的tsRNA标志物、探针及其应用 | |
CN108660213B (zh) | 检测三种非编码rna试剂的应用及试剂盒 | |
JPWO2019117269A1 (ja) | 膵がんの検出を補助する方法 | |
CN113584169B (zh) | 一种与肝癌相关的血清tsRNA标志物、探针及其应用 | |
CN111733242B (zh) | lncRNA AK024561作为卵巢癌诊断标志物的应用 | |
CN113416784A (zh) | 一种与乳腺癌诊断相关的血清外泌体tsRNA标志物及其应用 | |
CN108823308B (zh) | 检测circMAN1A2和LOC284454试剂的应用及试剂盒 | |
WO2019095541A1 (zh) | 一种诊断预示乳腺癌骨转移的组合物及诊断预示方法 | |
CN111455057B (zh) | 用于肺癌诊断的试剂盒、装置及方法 | |
CN116162705B (zh) | 一种胃癌诊断产品和诊断模型 | |
WO2022019326A1 (ja) | 脳腫瘍の検出を補助する方法 | |
CN109182520B (zh) | 一种***及其癌前病变检测试剂盒及其应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |