CN113470742A - 数据处理方法、装置、存储介质及计算机设备 - Google Patents

数据处理方法、装置、存储介质及计算机设备 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种数据处理方法、装置、存储介质及计算机设备。其中，该方法包括：接收数据输入，其中，该数据为用于对样本进行基因测序的源数据；接收数据处理方式的选择；采用选择的数据处理方式，对接收的数据基于预定病原体的病原体基因组进行基因测序处理，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果；展示数据处理结果。本发明解决了相关技术中，为鉴定样本是否感染预定病原体，均是针对众多微生物的基因组进行检测，因而存在检测时间长，精准度不高的技术问题。

Description

数据处理方法、装置、存储介质及计算机设备
技术领域
本发明涉及计算机领域，具体而言，涉及一种数据处理方法、装置、存储介质及计算机设备。
背景技术
当一些新的疾病产生时，特别是对于一些具有高传染性的疾病，掌握疾病的病理(例如，引起疾病的病原体(比如，病毒)的遗传特征)，是快速诊断疾病的关键。因此，对待诊断样本的基因序列的测序，从而鉴别是否属于病原体感染成为关键。
例如，新型冠状病毒给老百姓的生命安全及国家的经济发展带来严重影响。除新冠病毒外，如严重呼吸***困难症SARA，流感等病毒也给国家和人民造成了巨大危害。因此，快速检测、鉴定患者的样本是否含有特定病毒，从而进行有效隔离、治疗是防治严重传染病的当务之急。
但在相关技术中，为鉴别是否属于预定病原体感染，均是针对众多微生物的基因组进行检测，因而存在检测时间长，精准度不高的技术问题。
针对上述的问题，目前尚未提出有效的解决方案。
发明内容
本发明实施例提供了一种数据处理方法、装置、存储介质及计算机设备，以至少解决相关技术中，为鉴定样本是否感染预定病原体，均是针对众多微生物的基因组进行检测，因而存在检测时间长，精准度不高的技术问题。
根据本发明实施例的一个方面，提供了一种数据处理方法，包括：接收数据输入，其中，所述数据为用于对样本进行基因测序的源数据；接收数据处理方式的选择；采用选择的数据处理方式，对接收的所述数据基于预定病原体的病原体基因组进行基因测序处理，得到所述样本是否携带所述预定病原体的数据处理结果；展示所述数据处理结果。
根据本发明实施例的另一个方面，提供了一种数据处理方法，包括：获取样本的下机数据，其中，所述下机数据为通过测序仪对所述样本进行测序获得的数据；将所述下机数据转换为基因序列格式，得到基因短片段；将所述基因短片段与预定病原体的病原体基因组进行比较，判断所述基因短片段是否包含在所述病原体基因组中；将所述基因短片段拼接成样本基因组，并通过比对所述样本基因组与所述病原体基因，得到所述样本是否携带所述预定病原体的数据处理结果。
根据本发明实施例的再一个方面，提供了一种数据处理方法，包括：显示基因短片段，其中，所述基因短片段由样本的下机数据进行基因序列格式转换得到，所述下机数据为通过测序仪对所述样本进行测序获得的数据；显示比较结果，其中，所述比较结果用于表明所述基因短片段是否包含在预定病原体的病原体基因组中；显示样本基因组以及所述样本是否携带所述预定病原体的数据处理结果，其中，所述样本基因组由所述基因短片段拼接而成。
根据本发明的一方面，提供了一种数据处理装置，包括：第一接收模块，用于接收数据输入，其中，所述数据为用于对样本进行基因测序的源数据；第二接收模块，用于接收数据处理方式的选择；处理模块，用于采用选择的数据处理方式，对接收的所述数据基于预定病原体的病原体基因组进行基因测序处理，得到所述样本是否携带所述预定病原体的数据处理结果；展示模块，用于展示所述数据处理结果。
根据本发明的另一方面，提供了一种数据处理装置，包括：获取模块，用于获取样本的下机数据，其中，所述下机数据为通过测序仪对所述样本进行测序获得的数据；转换模块，用于将所述下机数据转换为基因序列格式，得到基因短片段；比较模块，用于将所述基因短片段与预定病原体的病原体基因组进行比较，判断所述基因短片段是否包含在所述病原体基因组中；拼接模块，用于将所述基因短片段拼接成样本基因组，并通过比对所述样本基因组与所述病原体基因，得到所述样本是否携带所述预定病原体的数据处理结果。
根据本发明的再一方面，提供了一种数据处理装置，包括：第一显示模块，用于显示基因短片段，其中，所述基因短片段由样本的下机数据进行基因序列格式转换得到，所述下机数据为通过测序仪对所述样本进行测序获得的数据；第二显示模块，用于显示比较结果，其中，所述比较结果用于表明所述基因短片段是否包含在预定病原体的病原体基因组中；第三显示模块，用于显示样本基因组以及所述样本是否携带所述预定病原体的数据处理结果，其中，所述样本基因组由所述基因短片段拼接而成。
根据本发明的还一方面，提供了一种存储介质，所述存储介质存储有程序，其中，在所述程序被处理器运行时控制所述处理器执行上述任意一项所述的数据处理方法。
根据本发明的再一方面，提供了一种计算机设备，包括：存储器和处理器，所述存储器存储有计算机程序；所述处理器，用于执行所述存储器中存储的计算机程序，所述计算机程序运行时使得所述处理器执行上述任意一项所述的数据处理方法。
在本发明实施例中，采用将样本的基因短片段与预定病原体的基因组进行比对的方式，通过与预定病原体的基因组进行比较，达到了为鉴定样本是否感染预定病原体仅需要与单一的预定病原体进行比较的目的，从而实现了快速、精准鉴定样本是否感染预定病原体的技术效果，进而解决了相关技术中，为鉴定样本是否感染预定病原体，均是针对众多微生物的基因组进行检测，因而存在检测时间长，精准度不高的技术问题。
附图说明
此处所说明的附图用来提供对本发明的进一步理解，构成本申请的一部分，本发明的示意性实施例及其说明用于解释本发明，并不构成对本发明的不当限定。在附图中：
图1是根据本发明实施例提供的一种用于实现数据处理方法的计算机终端的硬件结构框图；
图2是根据本发明实施例1的数据处理方法的流程图；
图3是根据本发明实施例1的另一数据处理方法的流程图；
图4是根据本发明实施例1的再一数据处理方法的流程图；
图5是根据本发明实施例1的优选的数据处理方法的流程图；
图6是根据本发明实施例1的数据处理方法的场景应用图；
图7是根据本发明实施例提供的用于实施数据处理方法的装置一的结构框图；
图8是根据本发明实施例提供的用于实施数据处理方法的装置二的结构框图；
图9是根据本发明实施例提供的用于实施数据处理方法的装置三的结构框图；
图10是根据本发明实施例的一种计算机终端的结构框图。
具体实施方式
为了使本技术领域的人员更好地理解本发明方案，下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分的实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都应当属于本发明保护的范围。
需要说明的是，本发明的说明书和权利要求书及上述附图中的术语“第一”、“第二”等是用于区别类似的对象，而不必用于描述特定的顺序或先后次序。应该理解这样使用的数据在适当情况下可以互换，以便这里描述的本发明的实施例能够以除了在这里图示或描述的那些以外的顺序实施。此外，术语“包括”和“具有”以及他们的任何变形，意图在于覆盖不排他的包含，例如，包含了一系列步骤或单元的过程、方法、***、产品或设备不必限于清楚地列出的那些步骤或单元，而是可包括没有清楚地列出的或对于这些过程、方法、产品或设备固有的其它步骤或单元。
首先，在对本申请实施例进行描述的过程中出现的部分名词或术语适用于如下解释：
全基因组：病原体微生物，如病毒、细菌等都有其基因组成，通常为核糖核酸(Ribonucleic Acid，简称为RNA)或脱氧核糖核酸(DeoxyriboNucleic Acid，简称为DNA)。全基因组就是RNA或DNA的总和。
基因测序：用生物试剂和测序仪将微生物的基因组片段检测出来，并转换成字符。
实施例1
根据本发明实施例，还提供了一种数据处理方法的方法实施例，需要说明的是，在附图的流程图示出的步骤可以在诸如一组计算机可执行指令的计算机***中执行，并且，虽然在流程图中示出了逻辑顺序，但是在某些情况下，可以以不同于此处的顺序执行所示出或描述的步骤。
本申请实施例1所提供的方法实施例可以在移动终端、计算机终端或者类似的运算装置中执行。图1是根据本发明实施例提供的一种用于实现数据处理方法的计算机终端的硬件结构框图。如图1所示，计算机终端10(或移动设备10)可以包括一个或多个(图中采用102a、102b，……，102n来示出)处理器102(处理器102可以包括但不限于微处理器MCU或可编程逻辑器件FPGA等的处理装置)、用于存储数据的存储器104、以及用于通信功能的传输模块。除此以外，还可以包括：显示器、输入/输出接口(I/O接口)、通用串行总线(USB)端口(可以作为BUS总线的端口中的一个端口被包括)、网络接口、电源和/或相机。本领域普通技术人员可以理解，图1所示的结构仅为示意，其并不对上述电子装置的结构造成限定。例如，计算机终端10还可包括比图1中所示更多或者更少的组件，或者具有与图1所示不同的配置。
应当注意到的是上述一个或多个处理器102和/或其他数据处理电路在本文中通常可以被称为“数据处理电路”。该数据处理电路可以全部或部分的体现为软件、硬件、固件或其他任意组合。此外，数据处理电路可为单个独立的处理模块，或全部或部分的结合到计算机终端10(或移动设备)中的其他元件中的任意一个内。如本申请实施例中所涉及到的，该数据处理电路作为一种处理器控制(例如与接口连接的可变电阻终端路径的选择)。
存储器104可用于存储应用软件的软件程序以及模块，如本发明实施例中的数据处理方法对应的程序指令/数据存储装置，处理器102通过运行存储在存储器104内的软件程序以及模块，从而执行各种功能应用以及数据处理，即实现上述的应用程序的漏洞检测方法。存储器104可包括高速随机存储器，还可包括非易失性存储器，如一个或者多个磁性存储装置、闪存、或者其他非易失性固态存储器。在一些实例中，存储器104可进一步包括相对于处理器102远程设置的存储器，这些远程存储器可以通过网络连接至计算机终端10。上述网络的实例包括但不限于互联网、企业内部网、局域网、移动通信网及其组合。
传输装置用于经由一个网络接收或者发送数据。上述的网络具体实例可包括计算机终端10的通信供应商提供的无线网络。在一个实例中，传输装置包括一个网络适配器(Network Interface Controller，NIC)，其可通过基站与其他网络设备相连从而可与互联网进行通讯。在一个实例中，传输装置可以为射频(Radio Frequency，RF) 模块，其用于通过无线方式与互联网进行通讯。
显示器可以例如触摸屏式的液晶显示器(LCD)，该液晶显示器可使得用户能够与计算机终端10(或移动设备)的用户界面进行交互。
在上述运行环境下，本申请提供了如图2所示的数据处理方法。图2是根据本发明实施例1的数据处理方法的流程图，如图2所示，该流程包括如下步骤S202至步骤 S208。
步骤S202，接收数据输入，其中，该数据为用于对样本进行基因测序的源数据；
作为一种可选的实施例，接收的数据是可以用于进行基因测序的数据，例如，可以是通过对样本进行取样处理后得到的数据。例如，为检测某人是否感染有某种病原体，可以直接从该人的身体部位获取该样本，并对样本进行仪器检测，输出用于表征样本特征的数据，该数据可以是图像数据，也可以是具体数值数据等。
需要说明的是，此处输入数据的执行体可以是人，也可以是预定的程序。当是人时，可以是所取样本的主人，也可以是负责该样本的医护人员等。
作为一种可选的实施例，在接收数据输入之前，可以展示对数据进行处理的事项说明，其中，事项说明包括以下至少之一：数据的格式要求，数据处理的价格，数据处理的优先等级。为使得操作过程清楚，可以进行一此事项说明。例如，对数据处理时，可能涉及到格式的要求，也可能涉及到文件的版本问题，因此，在进行数据处理之后，先进行说明，可以有效地避免处理时间过长。又例如，由于对数据进行处理是有偿处理的，因此，在进行数据处理前，可以先标明数据处理的价格，对数据处理的价格可以是按照数据量的多少进行计价，也可以是按照处理的次数进行计价，上述按照数据量的多少，以及按照处理的次数仅仅是一种举例，也可以按照其它可以采用的方式进行处理。另外，在进行数据处理之前，也可以对数据处理的优先等级进行说明，例如，有一些数据的时效性是较高的，需要优先处理的，而有一些数据的时效是一般的，因此，不需要加急处理。因此，可以对数据是否标注优先等级，以及标注的优先等级高低来分别对数据进行处理。
步骤S204，接收数据处理方式的选择；
作为一种可选的实施例，在接收数据处理方式的选择之前，还可以展示多种数据处理方式，以及对应的数据处理方式的原理，优劣点。为兼容多种数据处理方式，在本发明实施例中，在进行数据处理之前，可以展示多种数据处理方式，在展示多种数据处理方式时，可以分别展示数据处理方式的原理，优劣点。例如，数据处理方式的原理可以是采用分布式的处理方式，并列式的处理方式等。数据处理方式的原理也可以是采用数据处理的具体算法等，采用的人工智能的模型等。数据处理处理方式的优劣包括：优点，可以是处理速度快，用时少，结果准确等；缺点，可以是需要人工辨别的步骤，需要的费用高，交互不智能等。需要说明的是，上述优劣仅是一种举例，并不排除其它的优劣特点。
步骤S206，采用选择的数据处理方式，对接收的数据基于预定病原体的病原体基因组进行基因测序处理，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果；
本发明实施例是所针对的预定病原体可以是指单一的病原体，例如，可以包括：新型冠状病毒，或者严重呼吸***困难症SARS等。采用对单一病原体进行数据处理，相对于相关技术需要分别对多个病原体进行比对处理，具备快速，准确的好处。
作为一种可选的实施例，采用选择的数据处理方式，对接收的数据基于预定病原体的病原体基因组进行基因测序处理，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果可以采用多种方式，例如，可以采用以下处理方式：将数据转换为基因序列格式，得到基因短片段；将基因短片段与预定病原体的病原体基因组进行比较，判断基因短片段是否包含在病原体基因组中；将基因短片段拼接成样本基因组；通过比对样本基因组与病原体基因，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果。
步骤S208，展示数据处理结果。
作为一种可选的实施例，展示数据处理结果时，由于数据处理结果不同，因此，可以采用不同的展示方式。
例如，展示数据处理结果时，可以采用样本基因组与病原体基因的相似度来表示，也可以采用样本携带预定病原体的概率来表示等。因此，展示数据处理结果可以包括：展示样本携带预定病原体的概率，其中，该概率可以采用数值的方式表示，也可以采用图表的方式等。另外，数据处理结果还可以包括：该预定病原体是否发生变异。因此，展示数据处理结果还可以包括：该预定病原体发生变异，以及变异的位置。具体地，当预定病原体发生变异时，可以对与预定病原体的基因组不同的地方进行标识，在标识的位置的数量达到一定数量时，可以确定该预定病原体发生变异。在进行标识时，可以采用不同颜色进行显示，也可以采用特殊标记圈出。
作为一种可选的实施例，该方法还可以包括：生成并打印报告，其中，报告中包括有数据处理结果。报告的形式可以多种，例如，可以传统纸件，也可以电子的。
本申请还提供了如图3所示的数据处理方法。图3是根据本发明实施例1的另一数据处理方法的流程图，如图3所示，该流程包括如下步骤S302至步骤S308。
步骤S302，获取样本的下机数据，其中，该下机数据为通过测序仪对样本进行测序获得的数据；
作为一种可选的实施例，该下机数据为通过测序仪对样本进行测序获得的数据。测序仪又称基因测序仪，是测定RNA或DNA片段的碱基顺序、种类和定量的仪器。在通过测序仪对样本进行测序时，输出的测序结果为一张张图片，即该下机数据为一张张图片。
作为一种可选的实施例，获取样本的下机数据时，可以采用多种方式，例如，依据不同的测序方式，或者不同的测序参数，可以采用不同的获取方式。举例来说，获取样本的下机数据可以包括以下至少之一：
通过单端测序的方式获取样本的下机数据：单端测序，是仅从染色体一端开始基因测序，是最简单的测序方法。该测序方案可快速、经济地提供大量的高质量数据。
通过双端测序的方式获取样本的下机数据：双端测序，是从染色体的两端进行测序，并生成高质量、可比对的测序数据。双端测序有助于检测基因组重排、重复序列元件、基因融合及新转录本等。
通过采用不同测序长度进行测序的方式获取样本的下机数据：测序长度，是指对染色体进行基因测序时，进行一次测序的长度，该长度可以依据样本类型、应用和覆盖度需求选择合适的测序长度。
需要说明的是，上述不同的获取方式可以依据具体的样本的类型，样本的应用不同而灵活选择。
步骤S304，将下机数据转换为基因序列格式，得到基因短片段；
作为一种可选的实施例，在通过测序仪对样本进行测序时，输出的测序结果为一张张图片。在对样本进行基因测序时，为快速方便地将样本基因与病原体的基因序列进行比对，可以通过序列格式的方式进行比对。因此，在进行基因序列比对之前，可以将要进行比对的样本的下机数据转换为基因序列格式，得到基因短片段。采用将下机数据转换为基因序列格式，得到基因短片段的处理方式，可以有效地提高后续基因比对的方便性，以及基因比对的效率。
作为一种可选的实施例，如上该下机数据是一张张的图片，该一张张的图片即对应于样本的基因片段，因此，在对样本的下机数据进行基因序列格式转换时，得到的是与样本所包括的一张张图片对应的基因短片段，即多张图片分别对应多个基因短片段，该多个基因短片段共同组成样本的全基因组。
步骤S306，将基因短片段与预定病原体的病原体基因组进行比较，判断基因短片段是否包含在病原体基因组中；
作为一种可选的实施例，该预定病原体可以是指单一的病原体，例如，可以包括：新型冠状病毒，或者严重呼吸***困难症SARS等。预定病原体为单一的病原体，这样在将基因短片段与病原体基因组进行比较时，仅需要判断基因短片段是否包含在该病原体基因组中，而不需要去一个一个轮询的方式去与多个病原体的基因组进行比对，判断基因短片段是否存在于多个病原体的基因组中，从而大大地减少了比对和判断的工作量。
作为一种可选的实施例，在执行将基因短片段与病原体基因组进行比较，判断基因短片段是否包含在病原体基因组中时，可以采用多种方式实现。例如，可以采用分布式处理方式，和/或，并行式处理方式，将基因短片段与病原体基因组进行比较，判断基因短片段是否包含在病原体基因组中，其中，分布式处理方式包括：将样本的多个基因短片段分布于多个服务器硬件进行处理的方式，并行式处理方式包括：将样本的多个基因短片段在同一个服务器硬件中的多个任务中进行并行处理的方式。通过上述分布式的处理方式和/或并行式的处理方式，不仅可以使得对计算资源的利用更为高效，而且可以进一步加速测序过程，从而提高测序效率。需要说明的是，上述采用分布式的处理方式和并行式的处理方式，可以单独选择，也可以组合使用，依据进行测序的样本的样本量，以及样本的具体应用灵活使用。另外，该病原体基因组对应于预定病原体，即病原体基因组是该预定病原体的基因组，因此，通过样本的基因组与病原体基因组的比较，可以确定该样本是否感染有该预定病原体。
作为一种可选的实施例，在将基因短片段与病原体基因组进行比较，判断基因短片段是否包含在病原体基因组中之后，在确定基因短片段包含在病原体基因组中的情况下，定位基因短片段在病原体基因组中的位置。即确定基因短片段处于病原体基因组中的具***置，通过对基因短片段进行定位，在对确定的位置进行标识后，便于后续对位置的显示，以及后续对该基因短片段的分析。
步骤S308，将基因短片段拼接成样本基因组，并通过比对样本基因组与病原体基因，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果。
作为一种可选的实施例，在对基因短片段拼接成样本基因组时，也可以采用上述分布式处理方式，和/或，并行式处理方式，将基因短片段拼接成样本基因组。需要指出的是，在进行整个基因测序的过程中，各个步骤均可以采用上述分布式处理方式，和/或，并行式处理方式执行，上述说明中步骤S306和步骤S308采用分布式处理方式，和/或，并行式处理方式执行仅仅是一个举例。
作为一种可选的实施例，在将基因短片段拼接成样本基因组后，可以将拼接成的样本基因组与上述病原体基因组进行比对，从而确定样本基因组与病原体基因组的相似度。
该相似度可以采用多种方式表示，例如，可以采用百分比的方式表示，比如，样本基因组与病原体基因组的相似度为80％，即表示样本基因组中有80％的基因短片段是包括在病原体基因组中的。又例如，该相似度也可以采用表示相似和不相似的数值进行表示，例如，1表示样本基因组与病原体基因组相似，而0表示样本基因组与病原体基因组不相似。用于区分相似与不相似时，可以给定一个阈值，当样本的基因短片段在病原体基因组中的个数超过这个阈值时，则判定样本基因组与病原体基因组相似，否则判定样本基因组与病原体基因组不相似。
通过确定样本基因组与病原体基因组的相似度，可以依据该相似度直接确定样本是否感染有该病原体。当然依据该相似度判断样本是否感染有该病原体，需要给定一个相似度阈值，当样本基因组与病原体基因组的相似度超过该相似度阈值时，可以确定样本感染有该病原体；而当样本基因组与病原体基因组的相似度不超过该相似度阈值时，可以确定该样本未感染有该病原体。
作为一种可选的实施例，通过比较样本基因组与病原体基因组，确定预定病原体的变异位点。其中，样本基因组与病原体基因组不同的基因短片段中不同序列所在的位置即可能是该预定病原体的变异位点。需要说明的是，该变异位点，可以是样本基因组与病原体基因组的相似度超过一个定值后，样本基因组与病原体基因组所存在的不同的基因短片段中不同序列所在的位置。由于基因变异并非常见，因此，该定值可以是一个比较高的值，有效地避免了变异位点的判断错误。
通过上述实施例，采用将样本的基因短片段与预定病原体的基因组进行比对的方式，通过与预定病原体的基因组进行比较，达到了为鉴定样本是否感染预定病原体仅需要与单一的预定病原体进行比较的目的，从而实现了快速、精准鉴定样本是否感染预定病原体的技术效果，进而解决了相关技术中，为鉴定样本是否感染预定病原体，均是针对众多微生物的基因组进行检测，因而存在检测时间长，精准度不高的技术问题。
图4是根据本发明实施例1的再一数据处理方法的流程图，如图4所示，该方法包括如下步骤：
步骤S402，显示基因短片段，其中，该基因短片段由样本的下机数据进行基因序列格式转换得到，下机数据为通过测序仪对样本进行测序获得的数据；
步骤S404，显示比较结果，其中，该比较结果用于表明基因短片段是否包含在预定病原体的病原体基因组中；
步骤S406，显示样本基因组以及样本是否携带预定病原体的数据处理结果，其中，该样本基因组由基因短片段拼接而成。
通过上述实施例，通过对数据处理方法中对各个步骤的显示，不仅实现了快速、精准鉴定样本是否感染预定病原体的技术效果，进而解决了相关技术中，为鉴定样本是否感染预定病原体，均是针对众多微生物的基因组进行检测，因而存在检测时间长，精准度不高的技术问题，而且实现了友好的人机交互，使得操作更为简便。
作为一种可选的实施例，在通过友好的人机交互实现基因测序的过程中，可以根据用户通过简单的键盘和/或鼠标的操作，实现指令的输入，并响应该指令，输出对应的结果。下面举例说明。
例如，接收第一指令，其中，第一指令用于请求显示基因短片段在病原体基因组中的位置；响应第一指令，在基因短片段包含在病原体基因组中的情况下，显示基因短片段在病原体基因组中的位置。其中，接收第一指令可以是接收通过键盘和/或鼠标对应用界面上的第一按钮的操作来实现的，即用户通过对应用界面上的该第一按钮可以调取后台确定的基因短片段在病原体基因组中的位置。
又例如，接收第二指令，其中，第二指令用于请求显示样本基因组与病原体基因组的相似度；响应第二指令，显示样本基因组与病原体基因组的相似度，以及样本携带预定病原体的概率。对应地，在接收通过键盘和/或鼠标对应用界面上的第二按钮的操作时，后台就获取该第二按钮对应的请求内容，进而在应用界面上显示样本基因组与病原体基因组的相似度，以及样本携带预定病原体的概率。
还例如，接收第三指令，其中，第三指令用于请求显示预定病原体的变异位点；响应第三指令，通过比较样本基因组与病原体基因组，显示预定病原体的变异位点。对应地，在接收通过键盘和/或鼠标对应用界面上的第三按钮的操作时，后台就获取该第三按钮对应的请求内容，进而在应用界面上显示该预定病原体的变异位点。
作为一种可选的实施例，在通过友好的人机交互实现基因测序的过程中，考虑基因测序过程中，对于一些比较重要，并且关键的信息，可以不需要用户通过输入指令的方式进行反馈，可以直接统一在一个报告中生成。例如，接收请求列表，其中，请求列表中包括请求反馈测序结果的项目；响应请求列表，生成并显示报告，其中，报告中包括请求列表中所包括项目的测序结果。其中，接收请求列表可以是向设备输入样本的下机数据时的一个默认设置，即只要一输入下机数据即默认需要生成报告，并且报告中需要该请求列表中所请求项目的测序结果。当然为使得生成的报告更为灵活，可以将请求列表中的项目设置为可选，这样用户就可以依据需要灵活选择需要的项目，后续获得需要的项目的测序结果。
图5是根据本发明实施例1的优选的数据处理方法的流程图，如图5所示，该方法包括如下步骤：
S1，获取样本的下机数据，该下机数据是测序仪对样本进行测序获得的数据；
S2，下机数据图形转文件：测序仪的下机数据是一张张图片，需要将其转为基因序列格式：即将一张张图片转化为包括与图片对应的基因短片段的文件，该基因短片段是基因序列格式的；
S3，序列比对：测序数据是一个个基因短片段，需要将其与病原体基因组进行比较，以确定测序数据是否包含在病原体基因组中，以及所在位置；
S4，序列拼接：将测序数据的短片段拼接成长的基因组(即样本基因组)，以利于后续分析。如与病原体基因组的相似度，是否存在变异等。
S5，报告生成：根据用户输入的指令生成包括用户请求的项目对应的测序结果的报告，或者生成包括默认设置的项目对应的测序结果的报告。
图6是根据本发明实施例1的数据处理方法的场景应用图，如图6所示，基于上述优选实施例，仅需要输入测序仪的下机数据，用户通过应用界面输入操作指令，就可以获得该指令所请求的反馈结果。例如，用户通过数据传输设备输入通过测序仪对样本测得的数据(比如，如果用户为患者自己时，则输入自己的样本所得的数据)，之后，通过界面上的提示输入用户自己关注的指令，从而在界面上浏览自己需要的结果。例如，在应用界面显示测序结果，并显示测序结果：是否为预定病原体(例如，新型冠状病毒(简称新冠)在进行相应结果的显示时，还可以采用不同的颜色进行标识，例如，红色标识属于新冠，绿色标识不属于新冠。采用不同颜色标识，由于不同颜色具有显眼的好处，因此，能够第一时间知晓反馈结果。
作为一种可选的实施例，基于已经处理的大量数据，或者是已经鉴定的样本，可以结合人工智能的方法来实现对新的数据的处理。例如，结合人工智能，本发明实施例可以采用以下方式实现：采集用于进行基因测序的样本的数据；通过数据处理模型获得与采集的数据对应的数据处理结果，其中，该数据处理模型为使用多组数据通过机器学习训练得到，所述多组数据中的每组数据均包括：用于进行基因测序的数据，以及与该数据对应的数据处理结果。需要说明的是，该用于进行基因测序的数据可以是直接依据测序仪获得的图片，也可以是对测序仪的图片进行转换后获得的数值数据。当然，如果将测序仪作为人工智能数据处理的一部分，可以直接将样本本身作为数据进行处理。与数据对应的数据处理结果，也可以多种，例如，可以直接是测序得到的基因序列，也可以是与预定病原体进行比较后获得的比较结果，还可以是被认为感染了预定病原体的概率等。具体实现时，可以依据具体需求灵活选择。
另外，上述用于训练数据处理模型的样本数据，可以来源于多处，例如，可以是直接从医院收集的，也可以是从相应的检测机构获得，还可以是从参加过该病原体基因检测的人员处收集。收集的样本数据越全，训练得到的数据处理模型会越理想，因而采用该数据处理模型进行数据处理得到的数据处理结果也能更为准确。
通过上述优选实施例，算法层面支持从测序下机数据到检测报告生成的端到端的处理流程。其中，序列比对和序列拼接部分根据服务器硬件的不同支持并行分析或分布式分析。该处理过程具有良好的人机交互界面，方便实验人员操作。同时具有多任务管理功能，用于管理多任务的分析，终止，重新分析等操作。
与相关技术中的数据处理方法相比，本发明优选实施例具备以下好处：
(1)本数据处理方法针对预定的病原体进行检测，因此，不仅检测速度快，而且精准度高，例如，通常一组样本在半小时内就能完成分析，生成报告，算上样本准备和测序时间可能仅需要是几个小时。
(2)针对病原体采用分布式、并行化的全基因组处理方法，使得对计算资源的利用更为高效，且进一步加速分析过程。
(3)包含有序列拼接过程，能够完整拼出病原体基因组，使得发现变异位点成为可能，也即方便发现变异位点。
(4)采用友好的人机交互以及多任务管理，使得操作更为简便。
(5)支持多种测序仪，多种测序模式，(如单端测序，双端测序，不同测序长度)，使得测序灵活，可以满足多种测序要求。
(6)具备完整的开发设计，而且键盘鼠标操作，无需打命令，方便实验人员使用。
需要说明的是，对于前述的各方法实施例，为了简单描述，故将其都表述为一系列的动作组合，但是本领域技术人员应该知悉，本发明并不受所描述的动作顺序的限制，因为依据本发明，某些步骤可以采用其他顺序或者同时进行。其次，本领域技术人员也应该知悉，说明书中所描述的实施例均属于优选实施例，所涉及的动作和模块并不一定是本发明所必须的。
通过以上的实施方式的描述，本领域的技术人员可以清楚地了解到根据上述实施例的方法可借助软件加必需的通用硬件平台的方式来实现，当然也可以通过硬件，但很多情况下前者是更佳的实施方式。基于这样的理解，本发明的技术方案本质上或者说对现有技术做出贡献的部分可以以软件产品的形式体现出来，该计算机软件产品存储在一个存储介质(如ROM/RAM、磁碟、光盘)中，包括若干指令用以使得一台终端设备(可以是手机，计算机，服务器，或者网络设备等)执行本发明各个实施例的方法。
实施例2
根据本发明实施例，还提供了一种用于实施上述数据处理方法的装置一，图7是根据本发明实施例提供的用于实施数据处理方法的装置一的结构框图，如图7所示，该数据处理装置一包括：第一接收模块702，第二接收模块704，处理模块706和展示模块708，下面对该数据处理装置一进行说明。
第一接收模块702，用于接收数据输入，其中，数据为用于对样本进行基因测序的源数据；第二接收模块704，连接至上述第一接收模块702，用于接收数据处理方式的选择；处理模块706，连接至上述第二接收模块704，用于采用选择的数据处理方式，对接收的数据基于预定病原体的病原体基因组进行基因测序处理，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果；展示模块708，连接至上述处理模块706，用于展示数据处理结果。
此处需要说明的是，上述第一接收模块702，第二接收模块704，处理模块706 和展示模块708对应于实施例1中的步骤S202至步骤S208，两个模块与对应的步骤所实现的实例和应用场景相同，但不限于上述实施例一所公开的内容。需要说明的是，上述模块作为装置的一部分可以运行在实施例1提供的计算机终端10中。
实施例3
根据本发明实施例，还提供了一种用于实施上述数据处理方法的装置二，图8是根据本发明实施例提供的用于实施数据处理方法的装置二的结构框图，如图8所示，该数据处理装置二包括：获取模块802，转换模块804，比较模块806和拼接模块808，下面对该数据处理装置二进行说明。
获取模块802，用于获取样本的下机数据，其中，下机数据为通过测序仪对样本进行测序获得的数据；转换模块804，连接至上述获取模块802，用于将下机数据转换为基因序列格式，得到基因短片段；比较模块806，连接至上述转换模块804，用于将基因短片段与病原体基因组进行比较，判断基因短片段是否包含在预定病原体的病原体基因组中；拼接模块808，连接至上述比较模块806，用于将基因短片段拼接成样本基因组，并通过比对样本基因组与病原体基因，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果。
此处需要说明的是，上述获取模块802，转换模块804，比较模块806和拼接模块808对应于实施例1中的步骤S302至步骤S308，两个模块与对应的步骤所实现的实例和应用场景相同，但不限于上述实施例一所公开的内容。需要说明的是，上述模块作为装置的一部分可以运行在实施例1提供的计算机终端10中。
实施例4
根据本发明实施例，还提供了一种用于实施上述数据处理方法的装置三，图9是根据本发明实施例提供的用于实施数据处理方法的装置三的结构框图，如图9所示，该数据处理装置三包括：第一显示模块902，第二显示模块904和第三显示模块906，下面对该数据处理装置二进行说明。
第一显示模块902，用于显示基因短片段，其中，基因短片段由样本的下机数据进行基因序列格式转换得到，下机数据为通过测序仪对样本进行测序获得的数据；第二显示模块904，连接至上述第一显示模块902，用于显示比较结果，其中，比较结果用于表明基因短片段是否包含在预定病原体的病原体基因组中；第三显示模块906，连接至上述第二显示模块904，用于显示样本基因组以及样本是否携带预定病原体的数据处理结果，其中，样本基因组由基因短片段拼接而成。
此处需要说明的是，上述第一显示模块902，第二显示模块904和第三显示模块906对应于实施例1中的步骤S402至步骤S406，两个模块与对应的步骤所实现的实例和应用场景相同，但不限于上述实施例一所公开的内容。需要说明的是，上述模块作为装置的一部分可以运行在实施例1提供的计算机终端10中。
实施例5
本发明的实施例可以提供一种计算机终端(或称计算机设备)，该计算机终端可以是计算机终端群中的任意一个计算机终端设备。可选地，在本实施例中，上述计算机终端也可以替换为移动终端等终端设备。
可选地，在本实施例中，上述计算机终端可以位于计算机网络的多个网络设备中的至少一个网络设备。
图10是根据本发明实施例的一种计算机终端的结构框图。如图10所示，该计算机终端可以包括：一个或多个(图中仅示出一个)处理器1002、存储器1004等。
其中，存储器可用于存储软件程序以及模块，如本发明实施例中的数据处理方法和装置对应的程序指令/模块，处理器通过运行存储在存储器内的软件程序以及模块，从而执行各种功能应用以及数据处理，即实现上述的数据处理方法。存储器可包括高速随机存储器，还可以包括非易失性存储器，如一个或者多个磁性存储装置、闪存、或者其他非易失性固态存储器。在一些实例中，存储器可进一步包括相对于处理器远程设置的存储器，这些远程存储器可以通过网络连接至计算机终端。上述网络的实例包括但不限于互联网、企业内部网、局域网、移动通信网及其组合。
处理器可以通过传输装置调用存储器存储的信息及应用程序，以执行下述步骤：接收数据输入，其中，数据为用于对样本进行基因测序的源数据；接收数据处理方式的选择；采用选择的数据处理方式，对接收的数据基于预定病原体的病原体基因组进行基因测序处理，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果；展示数据处理结果。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：在接收数据输入之前，还包括：展示对数据进行处理的事项说明，其中，事项说明包括以下至少之一：数据的格式要求，数据处理的价格，数据处理的优先等级。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：在接收数据处理方式的选择之前，还包括：展示多种数据处理方式，以及对应的数据处理方式的原理，优劣点。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：采用选择的数据处理方式，对接收的数据基于预定病原体的病原体基因组进行基因测序处理，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果包括：将数据转换为基因序列格式，得到基因短片段；将基因短片段与预定病原体的病原体基因组进行比较，判断基因短片段是否包含在病原体基因组中；将基因短片段拼接成样本基因组；通过比对样本基因组与病原体基因，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：展示数据处理结果包括：展示样本携带预定病原体的概率。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：展示数据处理结果还包括：展示预定病原体的变异位点。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：生成并打印报告，其中，报告中包括有数据处理结果。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：预定病原体包括：新型冠状病毒，或者严重呼吸***困难症SARS。
处理器可以通过传输装置调用存储器存储的信息及应用程序，以执行下述步骤：获取样本的下机数据，其中，下机数据为通过测序仪对样本进行测序获得的数据；将下机数据转换为基因序列格式，得到基因短片段；将基因短片段与预定病原体的病原体基因组进行比较，判断基因短片段是否包含在病原体基因组中；将基因短片段拼接成样本基因组，并通过比对样本基因组与病原体基因，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：采用分布式处理方式，和/或，并行式处理方式，将基因短片段与预定病原体的病原体基因组进行比较，判断基因短片段是否包含在病原体基因组中，其中，分布式处理方式包括：将样本的多个基因短片段分布于多个服务器硬件进行处理的方式，并行式处理方式包括：将样本的多个基因短片段在同一个服务器硬件中的多个任务中进行并行处理的方式。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：采用分布式处理方式，和/或，并行式处理方式，将基因短片段拼接成样本基因组。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：在确定基因短片段包含在病原体基因组中的情况下，定位基因短片段在病原体基因组中的位置。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：确定样本基因组与病原体基因组的相似度，得到样本携带预定病原体的概率；和/或，通过比较样本基因组与病原体基因组，确定预定病原体的变异位点。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：获取样本的下机数据包括以下至少之一：通过单端测序的方式获取样本的下机数据；通过双端测序的方式获取样本的下机数据；通过采用不同测序长度进行测序的方式获取样本的下机数据。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：预定病原体包括：新型冠状病毒，或者严重呼吸***困难症SARS。
处理器可以通过传输装置调用存储器存储的信息及应用程序，以执行下述步骤：显示基因短片段，其中，基因短片段由样本的下机数据进行基因序列格式转换得到，下机数据为通过测序仪对样本进行测序获得的数据；显示比较结果，其中，比较结果用于表明基因短片段是否包含在预定病原体的病原体基因组中；显示样本基因组以及样本是否携带预定病原体的数据处理结果，其中，样本基因组由基因短片段拼接而成。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：接收第一指令，其中，第一指令用于请求显示基因短片段在病原体基因组中的位置；响应第一指令，在基因短片段包含在病原体基因组中的情况下，显示基因短片段在病原体基因组中的位置。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：接收第二指令，其中，第二指令用于请求显示样本基因组与病原体基因组的相似度，以及样本携带预定病原体的概率；响应第二指令，显示样本基因组与病原体基因组的相似度。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：接收第三指令，其中，第三指令用于请求显示预定病原体的变异位点；响应第三指令，通过比较样本基因组与病原体基因组，显示预定病原体的变异位点。
可选的，上述处理器还可以执行如下步骤的程序代码：接收请求列表，其中，请求列表中包括请求反馈测序结果的项目；响应请求列表，生成并显示报告，其中，报告中包括请求列表中所包括项目的测序结果。
采用本发明实施例，提供了一种将样本的基因短片段与预定病原体的基因组进行比对的方案。通过与预定病原体的基因组进行比较，达到了为鉴定样本是否感染预定病原体仅需要与单一的预定病原体进行比较的目的，进而解决了相关技术中，为鉴定样本是否感染预定病原体，均是针对众多微生物的基因组进行检测，因而存在检测时间长，精准度不高的技术问题。
本领域普通技术人员可以理解，图10所示的结构仅为示意，计算机终端也可以是智能手机(如Android手机、iOS手机等)、平板电脑、掌声电脑以及移动互联网设备 (MobileInternet Devices，MID)、PAD等终端设备。图10其并不对上述电子装置的结构造成限定。例如，计算机终端还可包括比图10中所示更多或者更少的组件(如网络接口、显示装置等)，或者具有与图10所示不同的配置。
本领域普通技术人员可以理解上述实施例的各种方法中的全部或部分步骤是可以通过程序来指令终端设备相关的硬件来完成，该程序可以存储于一计算机可读存储介质中，存储介质可以包括：闪存盘、只读存储器(Read-Only Memory，ROM)、随机存取器(RandomAccess Memory，RAM)、磁盘或光盘等。
实施例5
本发明的实施例还提供了一种存储介质。可选地，在本实施例中，上述存储介质可以用于保存上述实施例1所提供的数据处理方法所执行的程序代码。
可选地，在本实施例中，上述存储介质可以位于计算机网络中计算机终端群中的任意一个计算机终端中，或者位于移动终端群中的任意一个移动终端中。
可选地，在本实施例中，存储介质被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：接收数据输入，其中，数据为用于对样本进行基因测序的源数据；接收数据处理方式的选择；采用选择的数据处理方式，对接收的数据基于预定病原体的病原体基因组进行基因测序处理，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果；展示数据处理结果。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：在接收数据输入之前，还包括：展示对数据进行处理的事项说明，其中，事项说明包括以下至少之一：数据的格式要求，数据处理的价格，数据处理的优先等级。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：在接收数据处理方式的选择之前，还包括：展示多种数据处理方式，以及对应的数据处理方式的原理，优劣点。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：采用选择的数据处理方式，对接收的数据基于预定病原体的病原体基因组进行基因测序处理，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果包括：将数据转换为基因序列格式，得到基因短片段；将基因短片段与预定病原体的病原体基因组进行比较，判断基因短片段是否包含在病原体基因组中；将基因短片段拼接成样本基因组；通过比对样本基因组与病原体基因，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：展示数据处理结果包括：展示样本携带预定病原体的概率。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：展示数据处理结果还包括：展示预定病原体的变异位点。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：还包括：生成并打印报告，其中，报告中包括有数据处理结果。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：预定病原体包括：新型冠状病毒，或者严重呼吸***困难症SARS。
可选地，在本实施例中，存储介质被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：获取样本的下机数据，其中，下机数据为通过测序仪对样本进行测序获得的数据；将下机数据转换为基因序列格式，得到基因短片段；将基因短片段与预定病原体的病原体基因组进行比较，判断基因短片段是否包含在病原体基因组中；将基因短片段拼接成样本基因组，并通过比对样本基因组与病原体基因，得到样本是否携带预定病原体的数据处理结果。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：采用分布式处理方式，和/或，并行式处理方式，将基因短片段与预定病原体的病原体基因组进行比较，判断基因短片段是否包含在病原体基因组中，其中，分布式处理方式包括：将样本的多个基因短片段分布于多个服务器硬件进行处理的方式，并行式处理方式包括：将样本的多个基因短片段在同一个服务器硬件中的多个任务中进行并行处理的方式。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：采用分布式处理方式，和/或，并行式处理方式，将基因短片段拼接成样本基因组。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：在确定基因短片段包含在病原体基因组中的情况下，定位基因短片段在病原体基因组中的位置。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：确定样本基因组与病原体基因组的相似度，得到样本携带预定病原体的概率；和/或，通过比较样本基因组与病原体基因组，确定预定病原体的变异位点。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：获取样本的下机数据包括以下至少之一：通过单端测序的方式获取样本的下机数据；通过双端测序的方式获取样本的下机数据；通过采用不同测序长度进行测序的方式获取样本的下机数据。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：预定病原体包括：新型冠状病毒，或者严重呼吸***困难症SARS。
可选地，在本实施例中，存储介质被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：显示基因短片段，其中，基因短片段由样本的下机数据进行基因序列格式转换得到，下机数据为通过测序仪对样本进行测序获得的数据；显示比较结果，其中，比较结果用于表明基因短片段是否包含在预定病原体的病原体基因组中；显示样本基因组以及样本是否携带预定病原体的数据处理结果，其中，样本基因组由基因短片段拼接而成。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：接收第一指令，其中，第一指令用于请求显示基因短片段在病原体基因组中的位置；响应第一指令，在基因短片段包含在病原体基因组中的情况下，显示基因短片段在病原体基因组中的位置。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：接收第二指令，其中，第二指令用于请求显示样本基因组与病原体基因组的相似度；响应第二指令，显示样本基因组与病原体基因组的相似度，以及样本携带预定病原体的概率。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：接收第三指令，其中，第三指令用于请求显示预定病原体的变异位点；响应第三指令，通过比较样本基因组与病原体基因组，显示预定病原体的变异位点。
可选地，在本实施例中，存储介质还被设置为存储用于执行以下步骤的程序代码：接收请求列表，其中，请求列表中包括请求反馈测序结果的项目；响应请求列表，生成并显示报告，其中，报告中包括请求列表中所包括项目的测序结果。
上述本发明实施例序号仅仅为了描述，不代表实施例的优劣。
在本发明的上述实施例中，对各个实施例的描述都各有侧重，某个实施例中没有详述的部分，可以参见其他实施例的相关描述。
在本申请所提供的几个实施例中，应该理解到，所揭露的技术内容，可通过其它的方式实现。其中，以上所描述的装置实施例仅仅是示意性的，例如所述单元的划分，仅仅为一种逻辑功能划分，实际实现时可以有另外的划分方式，例如多个单元或组件可以结合或者可以集成到另一个***，或一些特征可以忽略，或不执行。另一点，所显示或讨论的相互之间的耦合或直接耦合或通信连接可以是通过一些接口，单元或模块的间接耦合或通信连接，可以是电性或其它的形式。
所述作为分离部件说明的单元可以是或者也可以不是物理上分开的，作为单元显示的部件可以是或者也可以不是物理单元，即可以位于一个地方，或者也可以分布到多个网络单元上。可以根据实际的需要选择其中的部分或者全部单元来实现本实施例方案的目的。
另外，在本发明各个实施例中的各功能单元可以集成在一个处理单元中，也可以是各个单元单独物理存在，也可以两个或两个以上单元集成在一个单元中。上述集成的单元既可以采用硬件的形式实现，也可以采用软件功能单元的形式实现。
所述集成的单元如果以软件功能单元的形式实现并作为独立的产品销售或使用时，可以存储在一个计算机可读取存储介质中。基于这样的理解，本发明的技术方案本质上或者说对现有技术做出贡献的部分或者该技术方案的全部或部分可以以软件产品的形式体现出来，该计算机软件产品存储在一个存储介质中，包括若干指令用以使得一台计算机设备(可为个人计算机、服务器或者网络设备等)执行本发明各个实施例所述方法的全部或部分步骤。而前述的存储介质包括：U盘、只读存储器(ROM，Read-Only Memory)、随机存取存储器(RAM，Random Access Memory)、移动硬盘、磁碟或者光盘等各种可以存储程序代码的介质。
以上所述仅是本发明的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以做出若干改进和润饰，这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。

Claims (25)

1.一种数据处理方法，其特征在于，包括：
接收数据输入，其中，所述数据为用于对样本进行基因测序的源数据；
接收数据处理方式的选择；
采用选择的数据处理方式，对接收的所述数据基于预定病原体的病原体基因组进行基因测序处理，得到所述样本是否携带所述预定病原体的数据处理结果；
展示所述数据处理结果。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在接收数据输入之前，还包括：
展示对数据进行处理的事项说明，其中，所述事项说明包括以下至少之一：数据的格式要求，数据处理的价格，数据处理的优先等级。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在接收数据处理方式的选择之前，还包括：
展示多种数据处理方式，以及对应的数据处理方式的原理，优劣点。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，采用选择的数据处理方式，对接收的所述数据基于预定病原体的病原体基因组进行基因测序处理，得到所述样本是否携带所述预定病原体的数据处理结果包括：
将所述数据转换为基因序列格式，得到基因短片段；
将所述基因短片段与所述预定病原体的病原体基因组进行比较，判断所述基因短片段是否包含在所述病原体基因组中；
将所述基因短片段拼接成样本基因组；
通过比对所述样本基因组与所述病原体基因，得到所述样本是否携带预定病原体的数据处理结果。
5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，展示所述数据处理结果包括：
展示所述样本携带所述预定病原体的概率。
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，展示所述数据处理结果还包括：
展示所述预定病原体的变异位点。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其特征在于，还包括：
生成并打印报告，其中，所述报告中包括有所述数据处理结果。
8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述预定病原体包括：新型冠状病毒，或者严重呼吸***困难症SARS。
9.一种数据处理方法，其特征在于，包括：
获取样本的下机数据，其中，所述下机数据为通过测序仪对所述样本进行测序获得的数据；
将所述下机数据转换为基因序列格式，得到基因短片段；
将所述基因短片段与预定病原体的病原体基因组进行比较，判断所述基因短片段是否包含在所述病原体基因组中；
将所述基因短片段拼接成样本基因组，并通过比对所述样本基因组与所述病原体基因，得到所述样本是否携带所述预定病原体的数据处理结果。
10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，采用分布式处理方式，和/或，并行式处理方式，将所述基因短片段与所述预定病原体的病原体基因组进行比较，判断所述基因短片段是否包含在所述病原体基因组中，其中，分布式处理方式包括：将所述样本的多个基因短片段分布于多个服务器硬件进行处理的方式，所述并行式处理方式包括：将所述样本的多个基因短片段在同一个服务器硬件中的多个任务中进行并行处理的方式。
11.根据权利要求10所述的方法，其特征在于，采用所述分布式处理方式，和/或，所述并行式处理方式，将所述基因短片段拼接成所述样本基因组。
12.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，还包括：在确定所述基因短片段包含在所述病原体基因组中的情况下，定位所述基因短片段在所述病原体基因组中的位置。
13.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，还包括以下至少之一：
确定所述样本基因组与所述病原体基因组的相似度，得到所述样本携带所述预定病原体的概率；
通过比较所述样本基因组与所述病原体基因组，确定所述预定病原体的变异位点。
14.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，获取所述样本的下机数据包括以下至少之一：
通过单端测序的方式获取所述样本的下机数据；
通过双端测序的方式获取所述样本的下机数据；
通过采用不同测序长度进行测序的方式获取所述样本的下机数据。
15.根据权利要求9至14中任一项所述的方法，其特征在于，所述预定病原体包括：新型冠状病毒，或者严重呼吸***困难症SARS。
16.一种数据处理方法，其特征在于，包括：
显示基因短片段，其中，所述基因短片段由样本的下机数据进行基因序列格式转换得到，所述下机数据为通过测序仪对所述样本进行测序获得的数据；
显示比较结果，其中，所述比较结果用于表明所述基因短片段是否包含在预定病原体的病原体基因组中；
显示样本基因组以及所述样本是否携带所述预定病原体的数据处理结果，其中，所述样本基因组由所述基因短片段拼接而成。
17.根据权利要求16所述的方法，其特征在于，还包括：
接收第一指令，其中，所述第一指令用于请求显示基因短片段在所述病原体基因组中的位置；
响应所述第一指令，在所述基因短片段包含在所述病原体基因组中的情况下，显示所述基因短片段在所述病原体基因组中的位置。
18.根据权利要求16所述的方法，其特征在于，还包括：
接收第二指令，其中，所述第二指令用于请求显示所述样本基因组与所述病原体基因组的相似度；
响应所述第二指令，显示所述样本基因组与所述病原体基因组的相似度，以及所述样本携带所述预定病原体的概率。
19.根据权利要求16所述的方法，其特征在于，还包括：
接收第三指令，其中，所述第三指令用于请求显示所述预定病原体的变异位点；
响应所述第三指令，通过比较所述样本基因组与所述病原体基因组，显示所述预定病原体的变异位点。
20.根据权利要求16至19中任一项所述的方法，其特征在于，还包括：
接收请求列表，其中，所述请求列表中包括请求反馈测序结果的项目；
响应所述请求列表，生成并显示报告，其中，所述报告中包括所述请求列表中所包括项目的测序结果。
21.一种数据处理装置，其特征在于，包括：
第一接收模块，用于接收数据输入，其中，所述数据为用于对样本进行基因测序的源数据；
第二接收模块，用于接收数据处理方式的选择；
处理模块，用于采用选择的数据处理方式，对接收的所述数据基于预定病原体的病原体基因组进行基因测序处理，得到所述样本是否携带所述预定病原体的数据处理结果；
展示模块，用于展示所述数据处理结果。
22.一种数据处理装置，其特征在于，包括：
获取模块，用于获取样本的下机数据，其中，所述下机数据为通过测序仪对所述样本进行测序获得的数据；
转换模块，用于将所述下机数据转换为基因序列格式，得到基因短片段；
比较模块，用于将所述基因短片段与预定病原体的病原体基因组进行比较，判断所述基因短片段是否包含在所述病原体基因组中；
拼接模块，用于将所述基因短片段拼接成样本基因组，并通过比对所述样本基因组与所述病原体基因，得到所述样本是否携带所述预定病原体的数据处理结果。
23.一种数据处理装置，其特征在于，包括：
第一显示模块，用于显示基因短片段，其中，所述基因短片段由样本的下机数据进行基因序列格式转换得到，所述下机数据为通过测序仪对所述样本进行测序获得的数据；
第二显示模块，用于显示比较结果，其中，所述比较结果用于表明所述基因短片段是否包含在预定病原体的病原体基因组中；
第三显示模块，用于显示样本基因组以及所述样本是否携带所述预定病原体的数据处理结果，其中，所述样本基因组由所述基因短片段拼接而成。
24.一种存储介质，其特征在于，所述存储介质存储有程序，其中，在所述程序被处理器运行时控制所述处理器执行权利要求1至20中任意一项所述的数据处理方法。
25.一种计算机设备，其特征在于，包括：存储器和处理器，
所述存储器存储有计算机程序；
所述处理器，用于执行所述存储器中存储的计算机程序，所述计算机程序运行时使得所述处理器执行权利要求1至20中任意一项所述的数据处理方法。
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