CN113163771A - 用于防治植物有害生物和改善植物健康的组合物和方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供用于防治植物有害生物和/或改善植物的至少一种感兴趣的农艺形状的组合物和方法。所述组合物和方法包含可以用作植物接种剂的细菌菌株。因此，本发明还提供了用于使易受植物有害生物和/或由植物有害生物引起的植物病害影响的植物生长的方法和用于防治易受植物有害生物和/或植物病害影响的植物上的植物有害生物和/或植物病害的方法。

Description

用于防治植物有害生物和改善植物健康的组合物和方法
技术领域
本发明涉及用于防治植物有害生物和/或改善植物中感兴趣的农艺性状的细菌菌株和群体。
背景技术
由植物有害生物引起的损害和病害是造成重大农业损失的原因。效果可从轻度症状到严重的植物损害，这可导致重大的经济和社会后果。需要有效控制植物有害生物的方法。
发明内容
本发明提供了用于防治植物有害生物和/或用于改善植物中至少一种感兴趣的农艺性状的组合物和方法。所述组合物和方法包含防治一种或多种植物有害生物和/或改善至少一种感兴趣的农艺性状的细菌菌株。该细菌菌株可用作植物的接种剂。本文还提供了用于使易受植物有害生物或由植物有害生物引起的植物病害影响的植物生长以及用于治疗或预防由植物有害生物引起的植物病害或损害的方法。本发明还提供了用于制备对感兴趣的杀生物剂具有抗性的修饰细菌菌株的方法和组合物。
具体实施方式
I.概述
本发明提供了用于防治一种或多种植物有害生物和/或改善至少一种感兴趣的农艺性状的组合物和方法。本文使用生物制剂、生物防治剂、细菌菌株、修饰的细菌菌株、改良的生物制剂或改良的生物防治剂或其活性变体来描述用于防治植物有害生物和/或改善至少一种感兴趣的农艺性状的微生物。
II.细菌菌株
本发明提供了可用于防治一种或多种植物有害生物和/或改善至少一种感兴趣的农艺性状的各种生物防治剂或细菌菌株。所述细菌菌株包括AIP075655(Pseudomonasproteogens菌株)、AIP061382(解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)菌株)和AIP029105(耐硼赖氨酸芽孢杆菌(Lysinibacillus boronitolerans)菌株)。提供了包含AIP075655、AIP061382和AIP029105中的一种或多种的细胞群体，以及衍生自这些菌株的孢子群体，或其中任一种的制剂。
因此，本文提供的各种细菌菌株和/或杀有害生物组合物包含细胞群体作为活性成分，所述细胞群体包含AIP075655、AIP061382和AIP029105或其中任一种的活性变体的一种或多种。
AIP075655于2018年8月3日保藏于美国农业研究机构培养物保藏中心(NRRL)的专利保管处(U.S.Department of Agriculture,1815 North University Street,Peoria,Illinois 61604 U.S.A)，保藏号为NRRL No.B-67651。
AIP061382于2018年8月3日保藏于美国农业研究机构培养物保藏中心(NRRL)的专利保管处(U.S.Department of Agriculture,1815 North University Street,Peoria,Illinois 61604 U.S.A)，保藏号为NRRL No.B-67658。
AIP029105于2018年1月23日保藏于美国农业研究机构培养物保藏中心(NRRL)的专利保管处(U.S.Department of Agriculture,1815 North University Street,Peoria,Illinois 61604 U.S.A)，保藏号为NRRL No.67663。
上述鉴定的每个保藏物将按照国际承认用于专利程序的微生物保存的布达佩斯条约的规定保持。每个保藏物仅仅是为了方便本领域技术人员，而不是为了认可35 U.S.C.§112需要的保藏。
术语“分离的”包括细菌、孢子或其它实体或物质，其已经：(1)与最初产生时(无论是在自然中还是在实验环境中)与其相关联的至少一些组分分离，和/或(2)由人工产生、制备、纯化和/或制造。分离的细菌可以从它们最初与之相关联的至少约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或更多的其它组分中分离。
如本文所用，如果物质基本上不含其它组分，则该物质是“纯的”。术语“纯化”、“净化”和“纯化的”是指这样的细菌、孢子或其它材料，当其最初产生或生成时(例如，无论是在自然中还是在实验环境中)，或者在其最初产生之后的任何时间，其已经从与其相关联的至少一些组分中分离出来。如果在产生时或之后分离出细菌或孢子或细菌群体或孢子群体，例如从包含所述细菌或细菌群体或孢子的材料或环境分离，则可以认为所述细菌或孢子或细菌群体或孢子群体是纯化的，并且，纯化的细菌或细菌群体或孢子可以包含高达约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或高于约90％的其它物质，并且仍然被认为是纯化的。在一些实施方案中，纯化的细菌或孢子和细菌群体或孢子群体是大于约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或大于约99％纯的。特定的实施方案中，细菌培养物不含数量可通过常规细菌学技术检测到的其它细菌种。
在一些实施方案中，本发明的组合物包含细菌菌株AIP075655、AIP061382或AIP029105的基本上纯的培养物。本发明的组合物还提供细菌菌株AIP075655、AIP061382或AIP029105的基本上纯的培养物的后代，其中所述培养物分别具有AIP075655、AIP061382或AIP029105的所有生理和形态特征。术语“群体”是指包括给定细菌菌株的两个或更多个个体(即10、100、1,000、10,000、1x106、1x107或1x108)的组或集合。本文提供了各种组合物，其包含至少一种细菌菌株的群体或来自多于一种细菌菌株的个体的混合群体。在特定实施例中，细菌菌株(即，AIP075655、AIP061382和AIP029105或其中任一种的活性变体的细胞，或由AIP075655、AIP061382和AIP029105或其中任一种的活性变体中的一种或多种形成的孢子或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合)中至少一种的群体包含的浓度为至少约105CFU/ml至约1011CFU/ml、约105CFU/ml至约1010CFU/ml、约105CFU/ml至约1012CFU/ml、约105CFU/ml至约106CFU/ml、约106CFU/ml至约107CFU/ml、约107CFU/ml至约108CFU/ml、约108CFU/ml至约109CFU/ml、约109CFU/ml至约1010CFU/ml、约1010CFU/ml至约1011CFU/ml、约1011CFU/ml至约1012CFU/ml。在其它实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体的浓度包含至少约105CFU/ml、至少约106CFU/ml、至少约107CFU/ml、至少约108CFU/ml、至少约109CFU/ml、至少约1010CFU/ml、至少约1011CFU/ml或至少约1012CFU/ml。
“孢子”是指细菌种的至少一种休眠(在应用时)但存活的繁殖单位。本文其它地方公开了由AIP075655、AIP061382和AIP029105(或其中任一种的变体)中的每一种形成孢子的非限制性方法。还认识到本文公开的群体可包含营养细胞和前孢子(孢子形成中间阶段的细胞)的组合；前孢子和孢子的组合；或前孢子、营养细胞和/或孢子的组合。
如本文所用，“衍生自”是指直接从特定来源分离或获得，或者备选地具有从特定来源分离或获得的物质或生物体的鉴定特征。在“来源”是生物体，“衍生自”意味着它可以从生物体本身或用于培养或生长所述生物体的培养液、悬浮液或培养基中分离或获得。化合物或组合物“衍生自”或“获得自”意味着该化合物或组合物可以从细胞培养物或全细胞液、或悬浮液、滤液、上清液、级分或衍生自细胞培养物或全细胞培养液的提取物中分离或由其产生。
如本文所用，“全培养液”或“全细胞培养液”是指含有细胞和培养基二者的液体培养物。如果细菌在平板上生长，细胞可在水或其它液体全培养物中收获。术语“全培养液”和“全细胞培养液”可互换使用。
如本文所用，“上清液”是指当细胞在培养液中生长或在另一种液体中从琼脂平板中收获并通过离心、过滤、沉淀或本领域公知的其它方法除去时剩余的液体。在一些实施方案中，上清液可以用另一种组合物(例如水、缓冲液、新鲜培养基和/或制剂)稀释。稀释的上清液仍然被认为是本发明的上清液。
如本文所用，“滤液”是指来自通过膜的全培养液的液体。与全培养液或上清液中有效化合物或代谢物的浓度相比，滤液可包含浓缩量的所述有效化合物或代谢物。如本文所用，“提取物”指通过溶剂(例如水、洗涤剂、缓冲液和/或有机溶剂)从细胞中移出并通过离心、过滤或本领域已知的其它方法从细胞中分离出来的液体物质。与提取前细胞中有效化合物或代谢物的浓度相比，该提取物可包含浓缩量的所述有效化合物或代谢物。备选地，滤液或提取物然后可以用另一种组合物(例如水、缓冲液、新鲜介质和/或制剂)稀释。这种稀释的滤液或提取物仍然被认为是本发明的滤液和提取物。
如本文所用，“代谢物”指细菌菌株(即AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种)发酵的化合物、物质或副产物。有效的化合物或代谢物是存在于上清液、全细胞培养液或细菌菌株中的化合物，当以有效量施用于感兴趣的植物时，所述化合物可改善植物的任何感兴趣的农艺性状，或防治引起植物病害的植物有害生物或植物病原体。
在一些实施方案中，本发明的组合物包含衍生自细菌菌株发酵的滤液或提取物，其中与所述细菌菌株的全细胞培养液或上清液中的量相比，所述组合物包含浓缩量的有效化合物或代谢物，其中所述细菌是AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种。在其它实施方案中，本发明的组合物包含稀释的滤液、稀释的提取物或来自细菌菌株发酵的稀释上清液，其中与所述细菌菌株的全细胞培养液或未稀释上清液的量相比，所述组合物包含稀释量的有效化合物或代谢物，其中所述细菌是AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种。稀释的滤液、稀释的提取物或稀释的上清液仍可包含有效量的有效化合物或代谢物。
本文所述的组合物和方法包含或衍生自细菌菌株(即，AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种，或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或者细胞、前孢子或孢子的组合)。方法包括培养这些细菌菌株中的至少一种。在一些实施方案中，培养这些细菌菌株中的至少一种，并且通过从这些细菌菌株中的至少一种的培养物中分离这些化合物和/或组合物来获得化合物和/或组合物。
在一些实施方案中，使用本领域已知的方法在营养培养基中培养至少一种细菌菌株。该细菌菌株可通过摇瓶培养或在实验室或工业发酵罐中在适宜的培养基和允许细菌细胞生长的条件下进行小规模或大规模发酵(包括但不限于连续、分批、补料分批或固态发酵)来培养。使用本领域已知的方法，可以在包含碳源和氮源以及无机盐的合适营养培养基中进行培养。合适的介质可从商业来源获得或根据本领域公知的出版物制备。
培养后，可从培养液中提取化合物，代谢物和/或组合物。该提取物可通过色谱法分离。该提取物可以使用本领域公知的方法进一步纯化。该提取物也可以用本领域公知的方法稀释。
包含细菌菌株(即，AIP075655、AIP061382和AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种，或孢子或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合、和/或衍生自AIP075655、AIP061382和AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的组合物)的细胞的组合物还可包含农业上可接受的载剂。术语“农业上可接受的载剂”意欲包括有助于将组合物施用到预期对象上的任何材料(即，易受植物有害生物引起的损害或病害影响的植物或植物部分，或用于改善感兴趣的农艺性状的植物或植物部分)。用在施用至植物和植物部分的组合物中的载剂优选是无植物毒性的或仅轻度植物毒性的。根据所需的制剂，合适的载剂可以是固体、液体或气体。在一个实施方案中，载剂包括极性或非极性液体载剂，例如水、矿物油和植物油。本文其它地方公开了另外的载剂。
A.细菌菌株的活性变体
还提供了AIP075655、AIP061382和AIP029105的活性变体。这样的变体将保持防治一种或多种植物有害生物或改善植物中一种或多种感兴趣的农艺性状的能力。因此，在一些实施方案中，本文提供的细菌菌株的活性变体将保持对植物有害生物的杀有害生物活性。本文所用的“杀有害生物活性”是指对一种或多种有害生物的活性，所述有害生物包括昆虫、真菌、细菌、线虫、病毒或类病毒、原生动物病原体等，从而有害生物被杀死或得到防治。在一些实施方案中，变体将保留以下能力：防治一种或多种昆虫害虫或线虫害虫。在特定的实施方案中，变体将保留防治鞘翅目(coleopteran)昆虫害虫或半翅目(hemipteran)昆虫害虫的能力，所述鞘翅目昆虫害虫包括玉米根虫(例如，西方玉米根虫)、科罗拉多马铃薯甲虫、象甲(例如，甘薯象甲)。
本文提供的各种细菌菌株的活性变体包括例如AIP075655、AIP061382和AIP029105的任何分离物或突变体。
术语“突变体”是指亲本的变体以及获得杀有害生物活性大于亲本菌株表达的杀有害生物活性的突变体或变体的方法。“亲本菌株”是诱变前的原始菌株。为了获得这样的突变体，亲本菌株可以用化学物质(如N-甲基-N’-硝基-N-亚硝基胍、乙基甲砜(EMS))或通过用γ、X射线或UV辐照进行的辐照、或用本领域公知的其它方法处理。
在一些实施方案中，相对于保藏的菌株，活性变体至少在至少一个基因中含有突变。所述基因可以在以下方面起作用:例如，生物膜形成，运动性，趋化性，细胞外分泌，转运(例如ABC转运蛋白)，应激反应，挥发物，转录(例如选择性σ因子和全局转录调节剂)，根定殖，刺激植物诱导的***抗性的能力，和/或次级代谢(包括脂肽、聚酮、大分子水解酶(例如蛋白酶和/或碳水化合物酶)和/或抗微生物化合物(包括抗生素)的合成)。次级代谢是指抗微生物化合物的非核糖体合成和核糖体合成，所述抗微生物化合物包括环状脂肽、聚酮、伊枯草菌素(iturins)、细菌素(例如plantazolicin和解淀粉芽孢杆菌素(amylocyclicin))和二肽(例如杆菌溶素)。
活性变体的实例是细菌菌株AIP075655、AIP061382或AIP029105的细胞，其中所述细胞还包含导致功能丧失的swrA基因突变。影响生物膜形成的swrA突变(Kearns等人，Molecular Microbiology(2011)52(2):357-369)可导致本发明菌株的活性变体，其具有增强的防治植物有害生物或改善植物感兴趣的农艺性状的能力。在本发明细菌菌株的活性变体中，也可以突变其它参与生物膜形成的基因，例如sfp、epsC、degQ和称作rapP的质粒基因(参见例如，McLoon等人,J of Bacteriology,(2011)193(8):2027-2034)。
在特定的实施方案中，所述细菌菌株与杀生物剂相容。杀生物剂是能够通过化学或生物手段对生物体发挥防治作用的化学物质。杀生物剂包括杀有害生物剂，例如杀真菌剂或杀昆虫剂；除草剂；其它作物保护化学品等。这些化合物在本文别处详细讨论。当细菌菌株能够在有效量的感兴趣的杀生物剂存在下存活和/或繁殖时，该细菌菌株与杀生物剂相容。如果需要，在细菌菌株与感兴趣的杀生物剂不相容的情况下，可以采用修饰细菌菌株以赋予感兴趣的相容性的方法。此类产生修饰的细菌菌株的方法包括选择技术和/或转化技术。
“修饰的细菌菌株”是指其中所述菌株已经被修饰(通过选择和/或转化)以具有一个或多个感兴趣的附加性状的群体。在一些情况下，修饰的细菌菌株包括AIP075655、AIP061382和AIP029105或其中任一种的活性变体中的任一种。在特定的实施方案中，修饰的细菌菌株与感兴趣的杀生物剂相容，包括但不限于对除草剂、杀真菌剂、杀有害生物剂或其它作物保护化学品的抗性。修饰的抗杀生物剂菌株除了对特定除草剂、杀真菌剂、杀有害生物剂或其它作物保护化学品具有显著更强的抗性，它们具有与原始敏感菌株相同的鉴定特征。通过与已知敏感菌株的特性进行比较，它们的鉴定是容易实现的。因此，提供了经修饰的细菌菌株的分离群体。
提高对杀生物剂的抗性(例如，除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀有害生物剂或其它作物保护化学抗性)是指生物体(例如，细菌细胞或孢子)在暴露于一定剂量的杀生物剂(例如除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂，杀有害生物剂或其它作物保护化学品)之后存活和繁殖的能力，所述杀生物剂的剂量通常对未修饰的生物体是致死的或将实质性减少未修饰的生物体的生长。在特定的实施方案中，在农业有效量的杀生物剂的存在下，证明了对杀生物剂的抗性增加。
在这种情况下，对一种或多种杀生物剂具有抗性的修饰的细菌菌株可用于增强细菌菌株的竞争力，特别是与对除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀有害生物剂或其它作物保护化学品不具有抗性的其它微生物菌剂相比。因此，本文提供的组合物包括选择的或工程化的细菌菌株和修饰的细菌菌株群体。这些细菌菌株或修饰的细菌菌株可用作植物的接种剂。它们也可以作为喷雾剂施用直接施用于植物的地上部分或作为种子包衣施用于植物，并且可以与除草剂或其它化学物质混合，它们已经被修饰以变得耐受所述其它化学物质。
因此，本文公开的细菌菌株的活性变体包括例如修饰的菌株，使得活性变体防治植物有害生物，并且还能够在至少一种杀生物剂的存在下生长。对除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀有害生物剂或其它作物保护化学品具有抗性的重组细菌菌株可以通过基因工程技术制备，并且这样的工程化或重组的细菌菌株生长以产生经修饰的菌株群体。通过转化将多核苷酸导入细菌宿主细胞来产生重组细菌菌株。转化微生物的方法是本领域已知的和可获得的。通常参见Hanahan,D.(1983)Studies on transformation of Escherichia coliwith plasmids J.Mol.Biol.166,557–77；Seidman,C.E.(1994)见于:Current Protocolsin Molecular Biology,Ausubel,F.M.等人编,John Wiley and Sons,NY；Choi等人，(2006)J.Microbiol.Methods 64:391-397；Wang等人，2010.J.Chem.Technol.Biotechnol.85:775–778。转化可以通过在实验室中由感受态细胞从其环境中自然摄取裸DNA而发生。备选地，通过在冷的条件下暴露于二价阳离子，通过电穿孔，通过暴露于聚乙二醇，通过用纤维状纳米颗粒处理，或本领域公知的其它方法，可使细胞成为感受态的。
用于转化重组细菌菌株的除草剂抗性基因包括但不限于伏马毒素(fumonisin)解毒基因(美国专利号5,792,931)；导致除草剂抗性(特别是磺酰脲型除草剂抗性)的乙酰乳酸合酶(ALS)突变体，如S4和/或Hra突变；谷氨酰胺合酶抑制剂，例如草丁膦(phosphinothricin)或basta(例如bar基因)；和草甘膦抗性(EPSPS基因)；草胺膦和HPPD抗性(WO 96/38576，美国专利号6,758,044；7,250,561；7,935,869；和8,124,846)，或本领域已知的其它此类基因。WO 96/38576、美国专利号5,792,931、美国专利号6,758,044、美国专利号7,250,561、美国专利号7,935,869和美国专利号8,124,846的公开内容通过引入结合在本文中。bar基因编码对除草剂basta的抗性，nptII基因编码对抗生素卡那霉素和遗传霉素的抗性，ALS基因突变体编码对磺酰脲类除草剂和咪唑啉酮类(imadizolinone)除草剂的抗性，所述磺酰脲类除草剂包括氯磺隆(chlorsulfuron)、甲磺隆(metsulfuron)、甲嘧磺隆(sulfometuron)、烟嘧磺隆(nicosulfuron)、玉嘧磺隆(rimsulfuron)、啶嘧磺隆(flazasulfuron)、磺酰磺隆(sulfosulfuron)和醚苯磺隆(triasulfuron)，所述咪唑啉酮类除草剂包括咪咪草烟(imazethapyr)、灭草喹(imazaquin)、灭草烟(imazapyr)和咪草酸(imazamethabenz)。
为了鉴定和通过选择产生修饰的菌株群体，在除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀有害生物剂或其它作物保护化学品作为选择压力的存在下生长所述细菌菌株。杀死易感物，而抗性物存活以在没有竞争的情况下繁殖。由于细菌菌株在除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀有害生物剂或其它作物保护化学品的存在下生长，抗性细菌菌株成功地繁殖并在群体中成为优势菌株，成为经修饰的细菌菌株群体。选择抗性菌株的方法是已知的，包括美国专利号4,306,027和4,094,097，它们通过参考结合在本文中。包含经修饰的细菌菌株群体的细菌菌株的活性变体将具有与原始敏感菌株相同的鉴定特征，不同之处在于它们对特定除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀有害生物剂或其它作物保护化学品具有显著更高的耐受性。因此，通过与已知敏感菌株的特性进行比较，它们的鉴定是容易实现的。
本文提供的各种细菌的其它活性变体可使用以下方法鉴定:例如，确定16S核糖体RNA之间序列同一性相关性的方法，鉴定衍生的和功能上相同或几乎相同的菌株组的方法包括多位点序列分型(Multi-locus sequence typing，MLST)、连锁共享基因树、全基因组比对(WGA)、平均核苷酸同一性和MinHash(Mash)距离度量。
一方面，细菌菌株AIP075655、AIP061382和AIP029105的活性变体包括通过采用Bishop等人，(2009)BMC Biology 7(1)1741-7007-7-3所定义的Bishop MLST生物分类法而与任何所公开的菌株密切相关的菌株。因此，在特定实施方案中，本文公开的细菌菌株的活性变体包括落在至少80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、98.5％、98.8％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％的序列截点内的细菌菌株，所述序列截点采用Bishop等人，(2009)BMC Biology 7(1)1741-7007-7-3所定义的Bishop生物分类法确定，该文献通过引用完全结合在本文中。当以有效量施用于植物、植物部分或栽培区域时，通过这样的方法鉴定的细菌的活性变体将保持防治至少一种植物有害生物和/或改善至少一种农艺性状的能力，包括例如减少植物有害生物，减少植物有害生物的侵染，和/或增加有害生物抗性，包括昆虫害虫抗性(例如鞘翅目昆虫，如西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和/或甘薯象甲)。
另一方面，本文公开的细菌菌株的活性变体包括基于生物分类的平均核苷酸同一性(ANI)方法与任何公开的菌株密切相关的菌株。ANI(参见，例如，Konstantinidis,K.T.,等人,(2005)PNAS USA 102(7):2567–72；和Richter,M.,等人,(2009)PNAS 106(45):19126–31)和变体(参见，例如，Varghese,N.J.,等人,Nucleic Acids Research(2015年7月6日):gkv657)基于总结在WGA中比对的菌株基因组之间共享的平均核苷酸。因此，在特定实施例中，本文公开的细菌菌株AIP075655、AIP061382和AIP029105的活性变体包括落在至少90％、95％、96％、97％、97.5％、98％、98.5％、98.8％、99％、99.5％或99.8％的序列截点内的细菌菌株，所述序列截点采用如Konstantinidis,K.T.,等人,(2005)PNAS USA102(7):2567–72中所述的ANI生物分类法确定，该文献通过引用完全结合在本文中。当以有效量施用于植物、植物部分或栽培区域时，通过这样的方法鉴定的细菌的活性变体将保持防治至少一种植物有害生物和/或改善至少一种农艺性状的能力，包括例如减少植物有害生物，减少植物有害生物的侵染，和/或增加有害生物抗性，包括昆虫害虫抗性(例如鞘翅目昆虫，如西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和/或甘薯象甲)。
另一方面，本文公开的分离的细菌菌株的活性变体包括基于16S rDNA序列同一性与任何上述菌株密切相关的菌株(例如，与AIP075655、AIP061382或AIP029105密切相关)。关于使用16S rDNA序列同一性来确定细菌的相关性，参见Stackebrandt E,等人,“Reportof the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition inbacteriology,”Int J Syst Evol Microbiol.52(3):1043-7(2002)。在一个实施方案中，基于16S rDNA序列同一性，活性变体与上述任一菌株至少95％相同，基于16S rDNA序列同一性，与上述任一菌株至少96％相同，基于16S rDNA序列同一性，与上述任一菌株至少97％相同，基于16SrDNA序列同一性，与上述任一菌株至少98％相同，基于16S rDNA序列同一性，与上述任一菌株至少98.5％相同，基于16S rDNA序列同一性，与上述任一菌株至少99％相同，基于16S rDNA序列同一性，与上述任一菌株至少99.5％相同，或者基于16S rDNA序列同一性，与上述任一菌株至少100％相同。当以有效量施用于植物、植物部分或栽培区域时，通过这样的方法鉴定的细菌的活性变体将保持防治至少一种植物有害生物和/或改善至少一种农艺性状的能力，包括例如减少植物有害生物，减少植物有害生物的侵染，和/或增加有害生物抗性，包括昆虫害虫抗性(例如鞘翅目昆虫，如西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和/或甘薯象甲)。
MinHash(Mash)距离度量是一种比较方法，其定义了用于以高分辨率对微生物进行分级分类的阈值，并且需要很少的参数和步骤((Ondov等人，(2016)Genome Biology 17:132)。Mash距离直接从两个序列的Minhash简表中估计这两个序列之间的突变率(Ondov等人，(2016)Genome Biology 17:132)。Mash距离与用于分级分类的平均核苷酸同一性方法(ANI)高度对应(参见Konstantinidis,K.T.等人，(2005)PNAS USA 102(7):2567–72，通过引用将其整体结合在本文中)。也就是说，97％的ANI近似等于0.03的Mash距离，使得在ANI文献中作为有用的分类阈值提出的值可以直接与Mash距离一起应用。
本文公开的细菌菌株的活性变体包括基于完整基因组DNA序列之间的Minhash(Mash)距离与AIP075655、AIP061382或AIP029105密切相关的菌株。因此，在特定的实施方案中，本文公开的细菌菌株的活性变体包括基因组与所公开的菌株的Mash距离小于约0.015的细菌菌株。在其它实施方案中，本文公开的细菌菌株的活性变体包括小于约0.001、0.0025、0.005、0.010、0.015、0.020、0.025或0.030的距离度量。由于基因组与Mash距离相关，其包括细菌染色体DNA和细菌质粒DNA。在其它实施方案中，细菌菌株的活性变体的基因组高于与所公开菌株的Mash距离阈值，其高于由技术变异引起的差异。在另外的情况下，细菌菌株的活性变体的基因组高于所公开菌株的Mash距离阈值，其高于由技术变异引起的差异，并且具有小于约0.015的Mash距离。在其它情况下，细菌菌株的活性变体的基因组高于所公开菌株的Mash距离阈值，其高于由技术变异引起的差异，并且具有小于约0.001、0.0025、0.005、0.010、0.015、0.020、0.025或0.030的Mash距离。
如本文所使用的，“高于技术变异”意指高于两个菌株之间由于基因组组件中的错误引起的Mash距离，条件是进行比较的基因组各自为用Illumina HiSeq 2500DNA测序技术以至少20倍覆盖率测序的DNA，并且所述基因组是至少99％完整的，污染的迹象小于2％。尽管20倍覆盖率是本领域公认的术语，但是为了清楚起见，20倍覆盖率的实例如下:对于5兆碱基(MB)的基因组尺寸而言，需要由给定基因组100MB的DNA测序，以在沿着基因组的各位置处平均具有20倍测序覆盖率。有许多合适的标志物基因集合可用于基因组完整性计算，包括在Campbell等人，(2013)PNAS USA 110(14):5540-45,Dupont等人，(2012)ISMEJ 6:1625–1628中所述的几组，以及CheckM框架(Parks等人，(2015)Genome Research 25:1043-1055)；这些参考文献中的每一个通过引用完全结合在本文中。污染定义为在给定基因组序列中以多拷贝存在的典型为单拷贝标志物基因的百分比(例如Parks等人，(2015)GenomeResearch 25:1043-1055)；这些参考文献中的每一个通过引用完全结合在本文中。使用相同的标志物基因集合来计算完整性和污染。除非另有说明，否则在完整性和污染测定中使用的集合标志物组是Campbell等人，(2013)PNAS USA 110(14):5540-45提出的那些，该文献通过引用结合在本文中。
获得所讨论的基因组之间的距离估计的示例性步骤如下:(1)必须产生用于比较的足够品质的基因组。足够品质的基因组定义为使用足够的DNA序列(其量达到使用Illumina HiSeq 2500技术的至少20倍基因组覆盖率)创建的基因组组件。基因组必须是至少99％完整的，与所述的微生物基因组比较，污染小于2％。(2)如Ondov等人(2016)GenomeBiology 17:132所证明的(该文献通过引用完全结合在本文中)，使用Minhash工作流程比较基因组。除非另有说明，否则所采用的参数如下：“绘制(sketch)”尺寸为1000，“k-mer长度”为21。(3)确定两个基因组之间的Mash距离小于0.001、0.0025、0.005、0.010、0.015、0.020、0.025或0.030。使用上述参数和方法，两个基因组之间的Mash距离为0.015意味着预期突变率为每个同源位置0.015个突变。当以有效量施用于植物、植物部分或栽培区域时，通过这样的方法鉴定的细菌的活性变体将保持防治至少一种植物有害生物和/或改善至少一种农艺性状的能力，包括例如减少植物有害生物，减少植物有害生物的侵染，和/或增加有害生物抗性，包括昆虫害虫抗性(例如鞘翅目昆虫，如西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和/或甘薯象甲)。
III.制剂
本文提供的细菌菌株(即，AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体的细胞，或孢子或前孢子或者细胞、前孢子或孢子的组合，和/或衍生自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的任一种的组合物)可配制成细胞糊剂、可湿性粉末、细胞团块、粉尘剂、颗粒剂、浆液、干粉剂、水性或油基液体产品等。除了载剂和其他试剂之外，此类制剂还包含本文提供的细菌化合物或其活性变体，和/或由其衍生的组合物。该制剂可用于本文其它处公开的多种方法中。
本文公开的细菌菌株及其活性变体可被配制为包括增容剂、溶剂、自发性促进剂、载剂、乳化剂、分散剂、防冻剂、增稠剂和/或辅助剂中的至少一种或多种。在一些实施方案中，增容剂、溶剂、自发性促进剂，载剂、乳化剂、分散剂、防冻剂、增稠剂和/或辅助剂是非天然的或合成的增容剂、溶剂、自发性促进剂、载剂、乳化剂、分散剂、防冻剂、增稠剂和/或辐助剂。在特定的实施方案中，本文公开的细菌菌株及其活性变体可配制成包括至少一种或多种天然增容剂、溶剂、自发性促进剂，载剂、乳化剂、分散剂、防冻剂、增稠剂和/或辅助剂。
典型制剂的实例包括水溶性液体(SL)、可乳化浓缩物(EC)、水乳状液(EW)、混悬液浓缩物(SC)、悬乳剂(SE)、用于种子处理的可流动浓缩物(FS)、油分散体(OD)、水分散性颗粒(WG)、颗粒(GR)、胶囊浓缩物(CS)、水分散性颗粒(WG)、颗粒(GR)、块状诱饵(BB)、水溶性颗粒(SG)以及CS和SC的混合制剂。描述了这些和其它可能类型的制剂，例如，由作物国际协会(Crop Life International)和在Pesticide Specifications,Manual on developmentand use of FAO and WHO specifications for pesticides(杀有害生物剂说明，FAO和WHO关于杀有害生物剂说明的研发和应用的手册),FAO Plant Production andProtection Papers–173(由2004年关于杀有害生物剂说明的FAO/WHO联合会议制定，ISBN:9251048576)中所述。所述制剂可包含除本发明的一种或多种活性化合物之外的活性农用化学化合物。
多种细菌菌株或其活性变体的制剂或应用形式可包括但不限于助剂，例如增容剂、溶剂、自发性促进剂、载剂、乳化剂、分散剂、防冻剂、杀生物剂、固体载剂、表面活性剂、增稠剂和/或其它助剂，例如辐助剂。本文中的辅助剂是增强制剂生物效应的组分，而该组分本身不具有生物效应。辅助剂的实例是促进保留、散布、附着于叶表面或渗透的试剂。
非限制性的增容剂是，例如，水、极性和非极性有机化学液体，例如来自以下种类的极性和非极性有机化学液体：芳族和非芳族烃类(如石蜡、烷基苯、烷基萘、氯苯)，醇和多元醇(其中，如果合适，还可以是取代的、醚化的和/或酯化的)，酮(如丙酮、环己酮)，酯(包括脂肪和油)和(多)醚，未取代和取代的胺、酰胺、内酰胺(如N-烷基吡咯烷酮)和内酯，砜和亚砜(如二甲基亚砜)。如果所用的增容剂是水，也可以使用例如有机溶剂作为辅助溶剂。本质上，非限制性液体溶剂是：芳族化合物如二甲苯、甲苯或烷基萘，氯化的芳族烃和氯化的脂族烃如氯苯、氯乙烯或二氯甲烷，脂族烃如环己烷或石蜡，例如石油馏分，矿物油和植物油，醇如丁醇或乙二醇以及它们的醚和酯，酮如丙酮、甲乙酮、甲基异丁基酮或环己酮，强极性溶剂如二甲基甲酰胺和二甲基亚砜，以及水。原则上，可以使用任何合适的溶剂。非限制性的溶剂是，例如，芳族烃，如二甲苯、甲苯或烷基萘，例如，氯化的芳族烃或脂族烃，如氯苯、氯乙烯或二氯甲烷，例如，脂族烃，如环己烷，例如，石蜡，石油馏分，矿物油和植物油，醇，例如甲醇、乙醇、异丙醇、丁醇或乙二醇，以及它们的醚和酯，酮，例如丙酮、甲乙酮、甲基异丁基酮或环己酮，例如强极性溶剂，例如二甲基亚砜，和水。
合适载剂的非限制性实例包括，例如铵盐和研磨的天然矿物，例如高岭土、粘土、滑石、白垩、石英、坡缕石、蒙脱石或硅藻土，和研磨的合成矿物，例如细分的硅石、氧化铝和天然或合成硅酸盐、树脂、蜡和/或固体肥料。同样可以使用此类载剂的混合物。适用于颗粒的载剂包括以下物质：例如，粉碎和分级的天然矿物，例如方解石、大理石、浮石、海泡石、白云石，以及无机和有机粗粉的合成颗粒，以及有机材料的颗粒，例如木屑、纸、椰子壳、玉米芯和烟草杆。
也可以使用液化的气体增容剂或溶剂。非限制性实例是那些在标准温度和标准压力下为气态的增容剂或载剂，其实例是气溶胶推进剂，例如卤代烃、以及丁烷、丙烷、氮气和二氧化碳。乳化剂和/或泡沫形成剂、分散剂或润湿剂(具有离子或非离子性质)、或这些表面活性物质的混合物的实例是：聚丙烯酸盐，木质素磺酸盐，苯酚磺酸盐或萘磺酸盐，环氧乙烷与脂肪醇或与脂肪酸或与脂肪胺的缩聚物，环氧乙烷与取代酚(优选烷基酚或芳基酚)的缩聚物，磺基琥珀酸酯的盐，牛磺酸衍生物(优选烷基脲酸酯(alkylta urates))，聚乙氧基化的醇或酚的磷酸酯，多元醇的脂肪酸酯，以及含有硫酸盐、磺酸盐和磷酸盐的化合物的衍生物，实例为烷基芳基聚乙二醇醚，烷基磺酸盐，烷基硫酸盐，芳基磺酸盐，蛋白质水解物，木质素-亚硫酸盐废液和甲基纤维素。如果一种活性化合物和/或一种惰性载剂不溶于水，并且如果施用在水中发生，那么表面活性物质的存在是有利的。
可存在于制剂中和由其衍生的应用形式中的其它助剂包括着色剂，例如无机颜料，实例是氧化铁、氧化钛、普鲁士蓝，和有机染料，例如茜素染料、偶氮染料和金属酞菁染料，以及营养物和微量营养物，例如铁、锰、硼、铜、钴、钼和锌的盐。
也可以存在稳定剂，例如低温稳定剂、防腐剂、抗氧化剂、光稳定剂或其它改善化学和/或物理稳定性的试剂。另外存在的可以是泡沫形成剂或消泡剂。
另外，所述制剂和由其衍生的应用形式还可包含作为附加助剂的粘合剂(如羧甲基纤维素)，粉末、颗粒或胶乳形式的天然和合成聚合物(如***树胶、聚乙烯醇、聚乙酸乙烯酯)，以及天然磷脂(如脑磷脂和卵磷脂)，和合成磷脂。其它可用的助剂包括矿物油和植物油。
在制剂和由其衍生的应用形式中可能存在其它助剂。这些添加剂的实例包括香料、保护性胶体、粘结剂、粘附剂、增稠剂、触变物质、渗透剂、助留剂、稳定剂、螯合剂、络合剂、湿润剂和铺展剂。一般而言，活性化合物可以与通常用于配制目的的任何固体或液体添加剂组合。
例如，合适的助留剂包括降低动态表面张力的所有那些物质，例如磺基琥珀酸二辛酯，或增加粘弹性的物质，例如羟丙基瓜耳胶聚合物。
本文中合适的渗透剂包括通常用于增强活性农用化学化合物对植物的渗透的所有那些物质。本文中的渗透剂定义为：能够由(通常含水的)施用液体和/或由喷涂层渗透植物的角质层并由此增加活性化合物在角质层中的流动性。使用文献(Baur等人，1997,Pesticide Science 51:131-152)中所述的方法可以确定该性质。实例包括醇烷氧基化物如椰子脂肪醇乙氧基化物(10)或异十三烷基乙氧基化物(12)，脂肪酸酯如菜籽油或大豆油甲酯，脂肪胺烷氧基化物如牛脂胺乙氧基化物(15)，或铵盐和/或鏻盐如硫酸铵或磷酸氢二铵。
本文公开的多种组合物和制剂可包含一定量的细菌菌株细胞，例如AIP075655、AIP061382、AIP029105，或其中任一种的活性变体，或孢子或前孢子，或细胞、前孢子和/或孢子的组合，和/或可包含一定量的衍生自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的任一种的组合物。所述量可以包括细菌菌株的浓度为至少约104至约1011、至少约105CFU/克至约1011CFU/克、约105CFU/克至约1010CFU/克、约105CFU/克至约1012CFU/克、约105CFU/克至约106CFU/克、约106CFU/克至约107CFU/克、约107CFU/克至约108CFU/克、约108CFU/克至约109CFU/克、约109CFU/克至约1010CFU/克、约1010CFU/克至约1011CFU/克或约1011CFU/克至约1012CFU/克。在其它实施方案中，细菌菌株的浓度包括至少约104CFU/克、至少约105CFU/克、至少约106CFU/克、至少约107CFU/克、至少约108CFU/克、至少约109CFU/克、至少约1010CFU/克、至少约1011CFU/克、至少约1012CFU/克。细菌菌株的这种浓度可以出现在任何感兴趣的制剂类型中，包括例如液体制剂、可湿性粉剂、喷雾干燥的制剂、细胞糊剂、可湿性颗粒剂或冻干制剂中。
在一些实施方案中，细菌菌株可以存在于液体制剂中。液体制剂可以包含一定量的细菌菌株细胞，例如AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体，或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合，和/或由其衍生的组合物。在液体制剂中，本文公开的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物的量可以包括至少约104至约1011CFU/mL、至少约105CFU/mL至约1011CFU/mL、约105CFU/mL至约1010CFU/mL、约105CFU/mL至约1012CFU/mL、约105CFU/mL至约106CFU/mL、约106CFU/mL至约107CFU/mL、约107CFU/mL至约108CFU/mL、约108CFU/mL至约109CFU/mL、约109CFU/mL至约1010CFU/mL、约1010CFU/mL至约1011CFU/mL、或约1011CFU/mL至约1012CFU/mL、或至少约104CFU/mL、至少约105CFU/mL、至少约106CFU/mL、至少约107CFU/mL、至少约108CFU/mL、至少约109CFU/mL、至少约1010CFU/mL、至少约1011CFU/mL、至少约1012CFU/mL的浓度。
干制剂(如细胞糊剂、可湿性粉剂，喷雾干燥的制剂)可以包含细菌菌株的细胞，例如AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体，或其中任一种的孢子、前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合，和/或可以包含衍生自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任何一种的组合物。干制剂(例如细胞糊剂，可湿性粉剂和/或喷雾干燥的制剂)中细菌菌株的量可包括细菌菌株的浓度为至少约105CFU/克至约1011CFU/克、约107CFU/克至约1010CFU/克、约107CFU/克至约1011CFU/克、约106CFU/克至约1010CFU/克、约106CFU/克至约1011CFU/克、约1011CFU/克至约1012CFU/克、约105CFU/克至约1010CFU/克、约105CFU/克至约1012CFU/克、约105CFU/克至约106CFU/克、约106CFU/克至约107CFU/克、约107CFU/克至约108CFU/克、约108CFU/克至约109CFU/克、约109CFU/克至约1010CFU/克、约1010CFU/克至约1011CFU/克、或约1011CFU/克至约1012CFU/克。在一些实施方案中，细菌菌株的浓度包括至少约105CFU/克、至少约106CFU/克、至少约107CFU/克、至少约108CFU/克、至少约109CFU/克、至少约1010CFU/克、至少约1011CFU/克、至少约1012CFU/克、或至少约1013CFU/克。
如本文所用，“细胞糊剂”包括离心和/或过滤或以其他方式浓缩的细胞群体。本发明进一步提供了一种包衣种子，其包括种子和种子上的包衣，其中所述包衣包含至少一种细菌菌株的细胞，如AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体，或其中任一种的孢子或前孢子或者细胞、前孢子或孢子的组合，和/或可以包含衍生自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任何一种的组合物，其中所述细菌菌株或其活性变体以约105CFU/种子至约107CFU/种子、约104CFU/种子至约108CFU/种子、约104CFU/种子至约105CFU/种子、约105CFU/种子至约106CFU/种子、约106CFU/种子至约107CFU/种子、或约107CFU/种子至约108CFU/种子存在于种子上。本文的其它地方公开了多种感兴趣的植物。
在特定实施例中，本发明提供了种子，该种子包括在种子上的异源包衣，其中异源包衣包含至少一种细菌菌株的细胞，如AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体，或孢子或前孢子或者细胞、前孢子或孢子的组合，和/或可以包含衍生自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的组合物，其中所述细菌菌株或其活性变体以约105CFU/种子至约107CFU/种子、约104CFU/种子至约108CFU/种子、约104CFU/种子至约105CFU/种子、约105CFU/种子至约106CFU/种子、约106CFU/种子至约107CFU/种子、或约107CFU/种子至约108CFU/种子存在于种子上。本文所用的“异源”，就包衣而言，可以指包含在种子上天然未发现的细菌菌株的种子包衣，或者如果在种子上天然发现，则通过故意的人为干预，在组成和/或浓度上基本上从其天然形式改变的种子包衣。在特定的实施方案中，就包衣而言，“异源”可以指包含悬浮在其中没有天然发现的细菌菌株的溶液中的细菌菌株的种子包衣。用于异源包衣的悬浮液可以是天然的或非天然的，并且可以为细菌菌株提供该菌株通常不具有的性质。例如，异源包衣的悬浮液可以允许细菌菌株以这样的方式附着在种子上，即细菌在种子储存和萌发期间保持活性。
种子包衣还可包含至少一种营养物、至少一种杀生物剂(例如除草剂或杀有害生物剂)。参见，例如，美国专利公布20040336049、20140173979和20150033811。
本发明还提供了包含来自细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种的全细胞培养液、上清液、滤液或提取物的组合物，其中有效量的该组合物改善植物感兴趣的农艺性状或控制引起病害的植物有害生物或植物病原体。该组合物含有改善植物感兴趣的农艺性状或控制引起病害的植物有害生物或植物病原体的有效的化合物、代谢物和/或蛋白质。上清液是指当细胞在培养液中生长或从琼脂板收集到另一种液体中并通过离心、过滤、沉降或本领域熟知的其他方式除去细胞时剩余的液体。上清液可进一步浓缩以产生滤液。与上清液或全细胞培养液中有效化合物或代谢物的浓度相比，滤液可以包含浓缩量的有效化合物或代谢物。在一些实施方案中，上清液、滤液或提取物可以加工成可湿性粉末和/或喷雾干燥的制剂。在其它实施方案中，可以浓缩上清液、滤液或提取物(例如，除去水)，但保留在液体制剂中。上述组合物可以有效量单独施用或与另一种物质组合施用以防治植物有害生物或改善植物感兴趣的农艺性状。
本文公开的多种制剂可以稳定至少30、40、50、60、70、80、90、100、125、150、200、225、250、275、300、325、350天，1.5年，2年或更长时间。稳定是指制剂保留活细菌和/或保留有效量的生物活性细菌群体。本文所用的生物活性是指该制剂改善感兴趣的农艺性状或防治植物有害生物的能力。在一个实施例中，当与在即刻制备制剂后产生的CFU/克相比时，稳定的制剂在给定的储存时间点保留该制剂中的CFU/克的至少约1％、约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％或约90％。在另一个实施例中，与制备后制剂中即刻发现的生物活性相比，稳定的制剂在给定的储存时间点时保留该制剂中生物活性的至少约30％至80％、约50％至约80％、约60％至约70％、约70％至约80％、约40％至约50％、约50％至约60％、约60％至约70％。在另一个实施方案中，与制备后制剂中即刻发现的生物活性相比，稳定制剂在给定储存时间点时保留至少约30％、45％、50％、60％、70％、80％、90％的生物活性。在又一个实施方案中，稳定的制剂保留上述活力和生物活性的任何组合。
基于制剂的重量，制剂优选包含0.00000001重量％至98重量％的活性化合物，或者特别优选0.01重量％至95重量％的活性化合物，更优选0.5重量％至90重量％的活性化合物。
由所述制剂制备的应用形式的活性化合物含量可以在宽范围内变化。基于应用形式的重量，应用形式的活性化合物浓度可以典型地处于0.00000001重量％至95重量％之间，优选0.00001重量％至1重量％之间的活性化合物。应用以与应用形式相适应的惯用方式进行。
此外，本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物可与杀生物剂(例如杀真菌剂、杀昆虫剂或除草剂)混合，以增强其活性或者加入这些杀生物剂的化学品的活性。在一些情况下，细菌菌株(或由其衍生的组合物)和化学品的组合可以显示出协同活性，其中两者的混合物超过了由它们简单加成效应所预计的作用。在其它实施方案中，本文所述的生物防治剂可与其它生物防治剂混合。
在具体的实施方案中，细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物与用于改善杀生物剂性能的农业化学品是相容的。这些农业化学品包括安全剂、表面活性剂、粘着剂、铺展剂、UV保护剂和悬浮剂和分散助剂。安全剂是改进或改变除草剂性能的化学品。表面活性剂、铺展剂和粘着剂是农业喷洒制剂中包含的化学品，其改变喷洒的机械性能(例如，通过改变表面张力或改善叶角质层渗透)。UV保护剂通过减少被紫外线的降解来改善农业杀生物剂的性能。悬浮液和分散助剂通过改变它们在喷雾罐中的行为来改善杀生物剂的性能。如果需要，在细菌菌株或活性变体与感兴趣的农业化学品不相容的情况下，可以采用多种方法修饰细菌菌株以赋予感兴趣的相容性。这些产生修饰的细菌菌株的方法包括选择技术和/或转化技术。
本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物可用于显著改善至少一种感兴趣的农艺性状(例如，降低对植物有害生物如昆虫和线虫害虫的易感性)。本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物可与其它杀有害生物剂一起用于有效的综合有害生物管理计划。在一个实施方案中，生物防治群体可以以WO94/10845中所述的方式与已知的杀有害生物剂混合，该文献通过引用并入本文。
可以添加到制剂中的化合物和组合物的非限制性实例包括但不限于:乙酰柠檬酸三丁酯[柠檬酸，2-(乙酰氧基)-，三丁酯]；琼脂；扁桃仁外壳；扁桃仁壳；α-环糊精；铝酸盐硅酸盐；硅酸铝镁[硅酸，铝镁盐]；硅酸铝钾钠[硅酸，铝钾钠盐]；硅酸铝；硅酸铝钠[硅酸，铝钠盐]；硅酸铝钠(1:1:1)[硅酸(H4SiO4)，铝钠盐(1:1:1)]；苯甲酸铵[苯甲酸，铵盐]；硬脂酸铵[十八酸，铵盐]；支链淀粉，酸水解的，1-辛烯基丁二酸酯；支链淀粉，氢1-十八烯基丁二酸酯；动物胶；抗坏血酸棕榈酸酯；坡缕石型粘土；蜂蜡；膨润土；膨润土，钠碱(sodian)；β-环糊精；骨粉；麸皮；面包屑；(+)乳酸丁酯；[乳酸，正丁酯，(S)]；乳酸丁酯[乳酸，正丁酯]；硬脂酸丁酯[十八酸，丁酯]；钙质页岩；方解石(Ca(Co3))；乙酸钙；乙酸钙一水合物[乙酸，钙盐，一水合物]；苯甲酸钙[苯甲酸，钙盐]；碳酸钙；柠檬酸钙[柠檬酸，钙盐]；辛酸钙；氧化钙硅酸盐(Ca3O(SiO4))；硅酸钙[硅酸，钙盐]；硬脂酸钙[十八烷酸，钙盐]；硫酸钙；脱水硫酸钙；半水硫酸钙；金丝雀草籽；碳；二氧化碳；羧甲基纤维素[纤维素，羧甲基醚]；纸板；巴西棕榈蜡；角豆树胶[刺槐豆胶]；卡拉胶；酪蛋白；蓖麻油；蓖麻油，氢化的；猫粮；纤维素；醋酸纤维素；纤维素，与纤维素羧甲基醚的混合物，钠盐；纤维素，纸浆；纤维素，再生的；奶酪；叶绿素a；叶绿素b；柑橘渣；柠檬酸；柠檬酸，一水合物；柑橘果胶；柑桔果肉；蛤壳；可可；可可豆壳粉；可可豆壳；鱼肝油；咖啡渣；饼干；植物外皮；玉米轴；棉花；棉籽粕；碾碎的麦粒；癸酸，与1,2,3-丙三醇的单酯；糊精；单油酸二甘油酯[9-十八碳烯酸，与1,2,3-丙三醇形成的酯]；单硬脂酸二甘油酯[9-十八酸，与xybis(丙二醇)形成的单酯]；二月桂精[十二烷酸，与1,2,3-丙三醇形成的二酯]；二棕榈酸精[十六烷酸，与1,2,3-丙三醇形成的二酯]；柠檬酸二钾[柠檬酸，二钾盐]；柠檬酸二钠[柠檬酸，二钠盐]；硫酸钠十水合物；硅藻土(小于1％晶体硅石)；十二烷酸，与1,2,3-丙三醇形成的单酯；白云石；道格拉斯杉树皮；蛋壳；蛋；(+)-乳酸乙酯[乳酸，乙酯，(S)]；乳酸乙酯[乳酸，乙酯]；长石；鱼粉；鱼油(不符合40CFR 180.950)；漂白土；富马酸；γ-环糊精；明胶；结冷胶；胶(作为解聚的动物胶原)；甘油[1,2,3-丙三醇]；甘油单油酸酯[9-十八碳烯酸(Z)-,2,3-二羟基丙酯]；二辛酸甘油酯[辛酸，与1,2,3-丙三醇形成的二酯]；甘油二肉豆蔻酸酯[十四烷酸，与1,2,3-丙三醇形成的二酯]；二油酸甘油酯[9-十八碳烯酸(9Z)-，与1,2,3-丙三醇形成形成的二酯]；二硬脂酸甘油酯；单肉豆蔻酸甘油酯[十四烷酸，与1,2,3-丙三醇的单酯]；单辛酸甘油酯[辛酸，与1,2,3-丙三醇形成的单酯]；单油酸甘油酯[9-十八碳烯酸(9Z)-，与1,2,3-丙三醇形成的单酯]；单硬脂酸甘油酯[十八烷酸，与1,2,3-丙三醇形成的单酯]；硬脂酸甘油酯[十八烷酸，与1,2,3-丙三醇形成的酯]；花岗岩；石墨；瓜尔豆胶；***树胶；黄蓍胶；石膏；赤铁矿(Fe2O3)；腐植酸；氢化棉籽油；氢化菜籽油；氢化大豆油；羟乙基纤维素[纤维素，2-羟乙基醚]；羟丙基纤维素[纤维素，2-羟丙基醚]；羟丙基甲基纤维素[纤维素，2-羟丙基甲基醚]；铁氧化镁(Fe2MgO4)；氧化铁(Fe2O3)；氧化铁(Fe2O3)；氧化铁(Fe3O4)；氧化铁(FeO)；异丙醇[2-丙醇]；肉豆蔻酸异丙酯；高岭土；乳糖；乳糖一水合物；羊毛脂；乳胶橡胶；月桂酸；卵磷脂；甘草提取物；石灰(化学品)含白云石的；石灰石；亚麻子油；碳酸镁[碳酸，镁盐(1:1)]；苯甲酸镁；氧化镁；氧化镁硅酸盐(Mg3O(Si2O5)2)一水合物；硅酸镁；硅酸镁水合物；镁硅氧化物(Mg2Si3O8)；硬脂酸镁[十八烷酸，镁盐]；硫酸镁；硫酸镁七水合物；苹果酸；麦芽提取物；麦芽风味剂；麦芽糊精；甲基纤维素[纤维素，甲醚]；云母；云母族矿物；奶；N/A粟粒；矿物油(U.S.P.)；1-月桂酸单甘油酯[十二烷酸，2,3-二羟丙基酯]；1-肉豆蔻酸单甘油酯[十四烷酸，2,3-二羟丙基酯]；肉豆蔻酸单甘油酯[癸酸，与1,2,3-丙三醇形成的二酯]；棕榈酸单甘油酯[十六烷酸，与1,2,3-丙三醇形成的单酯]；柠檬酸二氢钾[柠檬酸，一钾盐]；柠檬酸二氢钠[柠檬酸，一钠盐]；蒙脱石；肉豆蔻酸；霞石正长岩；氮；海狸鼠肉；尼龙；辛酸，钾盐；辛酸，钠盐；油，扁桃仁；油，小麦；油酸；牡蛎壳；棕榈油；棕榈油，氢化的；棕榈酸[十六烷酸]；石蜡；花生酱；花生壳；花生；泥炭苔；果胶；珍珠岩；珍珠岩，膨胀的；熟石膏；聚乙烯；聚甘油油酸酯；聚甘油硬脂酸酯；乙酸钾[乙酸，钾盐]；硅酸铝钾，无水的；苯甲酸钾[苯甲酸，钾盐]；碳酸氢钾[碳酸，一钾盐]；氯化钾；柠檬酸钾[柠檬酸，钾盐]；腐植酸钾[腐植酸，钾盐]；肉豆蔻酸钾[十四烷酸，钾盐]；油酸钾[9-十八烯酸(9Z)-，钾盐]；蓖麻油酸钾[9-十八烯酸，12-羟基-，一钾盐，(9Z，L2R)-]；山梨酸钾[山梨酸，钾盐]；硬脂酸钾[十八烷酸，钾盐]；硫酸钾；硫酸钾[硫酸，钾盐]；1,2-碳酸丙烯酯[1，3-二氧戊环-2-酮，4-甲基-]；浮石；红甘蓝色素(由食用红甘蓝头表达，仅使用酸化的水通过压榨工艺释放出来)；红杉片；低级面粉；橡胶；木屑；页岩；二氧化硅，无定形的，气相(无结晶)；二氧化硅，无定形的，沉淀和凝胶；二氧化硅(无结晶)；硅胶；硅胶，沉淀的，无结晶；二氧化硅，水合物；二氧化硅，玻璃状；硅酸(H2SiO3)，镁盐(1:1)；肥皂(通过脂肪和油的皂化或脂肪酸的中和产生的水溶性脂肪酸钠盐或钾盐)；皂树皮[皂树皂苷]；皂石；乙酸钠[乙酸，钠盐]；海藻酸钠；苯甲酸钠[苯甲酸，钠盐]；碳酸氢钠；羧甲基纤维素钠[纤维素，羧甲基醚，钠盐]；氯化钠；柠檬酸钠；腐植酸钠[腐植酸，钠盐]；油酸钠；蓖麻油酸钠[9-十八碳烯酸，12-羟基，一钠盐，(9Z，L2R)-]；硬脂酸钠[十八烷酸，钠盐]；硫酸钠；山梨醇[D-葡糖醇]；大豆蛋白；大豆卵磷脂[卵磷脂，大豆]；大豆皮；大豆粕；大豆，粉；硬脂酸[十八烷酸]；硫；糖浆，水解淀粉，氢化的；单油酸四甘油酯[9-十八碳烯酸(9Z)-，与四甘油形成的单酯]；柠檬酸三钙[柠檬酸，钙盐(2:3)]；柠檬酸三乙酯[柠檬酸，三乙酯]；柠檬酸三钾[柠檬酸，三钾盐]；柠檬酸三钾一水合物[柠檬酸，三钾盐，一水合物]；柠檬酸三钠[柠檬酸，三钠盐]；脱水柠檬酸三钠[柠檬酸，三钠盐，脱水合物]；柠檬酸三钠五水合物[柠檬酸，三钠盐，五水合物]；群青蓝[C.I.颜料蓝29]；尿素；香草精；蛭石；醋(溶液中最多8％的乙酸)；维生素C[L-抗坏血酸]；维生素；核桃粉；核桃壳；小麦；小麦粉；小麦胚芽油；乳清；白色矿物油(石油)；冬青油；硅灰石(Ca(SiO3))；羊毛；黄原胶；酵母；沸石(不包括毛沸石(CAS Reg.No.66733-21-9))；沸石，NaA；氧化锌铁；氧化锌(ZnO)；和硬脂酸锌[十八烷酸，锌盐]。
IV.使用方法
本发明提供的细菌菌株或修饰的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物可以与任何植物物种一起使用，以防治植物有害生物或改善感兴趣的农艺性状。感兴趣的农艺性状包括改善植物健康或商业价值的任何性状。感兴趣的农艺性状的非限定性实例包括生物质增加、耐旱性增加、耐热性、耐除草剂、抗旱性、抗有害生物(例如，抗线虫、抗昆虫、抗真菌、抗病毒、抗细菌)、雄性不育、耐寒性、耐盐性、增加产量、营养物利用效率增加、氮利用效率增加、耐氮胁迫增加、可发酵的碳水化合物含量增加、木质素含量降低、抗氧化剂含量增加、水利用效率增强、活力增加、发芽率增加、开花更早或增加、生物质增加、根茎生物质比例改变、土壤水分保持增强或它们的组合。在其他的情况下，感兴趣的农艺性状包括油含量改变、蛋白质含量改变、种子碳水化合物组成改变、种子油组成改变、种子蛋白质组成改变、耐化学品、耐寒性、延缓衰老、抗病害性、耐旱性、穗重、生长改良、增强健康、耐热性、耐除草剂、抗食草动物性、氮固定改善、氮利用改善、根构型改善、水利用效率改善、生物质增加、根长度增加、籽粒重增加、茎长度增加、产量增加、在水限制条件下产量增加、核质量、核水份含量、耐金属性、穗数量、每穗粒数量、荚数量、营养增强、光合性能改善、耐盐性、持绿性、活力改善、成熟种子干重增加、成熟种子鲜重增加、每颗植物成熟种子数量增加、叶绿素含量增加、每棵植物的荚数量增加、每棵植物的荚长度增加、每棵植物的枯叶数量减少、每棵植物的严重的枯叶数量减少、每棵植物的非枯叶数量增加、代谢物水平可检测的调控、转录物水平可检测的调控或者相对于参照植物而言蛋白质组可检测的调控。
在一个非限制性实施方案中，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物可以与任何易受植物有害生物影响或有发展由植物有害生物引起的植物病害或损害的风险的植物物种一起使用。“有害生物抗性”是指本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物可以抑制(抑制生长、摄食、繁殖力或生存力)、阻抑(阻抑生长、摄食、繁殖力或生存力)、减少(减少有害生物侵染、减少特定植物上的有害生物摄食活性)或杀死(引起有害生物的发病率、死亡率或降低的繁殖力)有害生物。“易受有害生物影响的植物”意味着有害生物能够侵染或破坏植物。例如，易受有害生物影响的植物可能易受真菌、昆虫或线虫有害生物引起的损害，如本文其它地方所公开的。
感兴趣的植物物种的实例包括但不限于玉米(Zea mays)，芸苔属(Brassica)的物种(例如欧洲油菜(B.napus)、芜青(B.rapa)、芥菜(B.juncea))，特别是用作种籽油来源的那些芸苔属物种，苜蓿(Medicago sativa)，水稻(Oryza sativa)，黑麦(Secale cereale)，高粱(Sorghum bicolor，Sorghum vulgare)，稷(例如珍珠稷(Pennisetum glaucum)，黍稷(Panicum miliaceum)，粟(Setaria italica)，龙爪稷(穇子(Eleusine coracana))，向日葵(Helianthus annuus)，红花(Carthamus tinctorius)，小麦(Triticum aestivum)，大豆(Glycine max)，烟草(Nicotiana tabacum)，马铃薯(Solanum tuberosum)，花生(Arachishypogaea)，棉花(海岛棉(Gossypium barbadense，Gossypium hirsutum))，甘薯(Ipomoeabatatus)，木薯(Manihot esculenta)，咖啡(咖啡属的物种)，椰子(Cocos nucifera)，菠萝(Ananas comosus)，广柑树(柑橘属(Citrus)的物种)，可可(Theobroma cacao)，茶(Camellia sinensis)，香蕉(香蕉属(Musa)的物种)，鳄梨(Persea americana)，无花果(Ficus casica)，番石榴(Psidium guajava)，芒果(Mangifera indica)，橄榄(Oleaeuropaea)，番木瓜(Carica papaya)，葡萄(葡萄属(Vitus)的物种)，草莓(Fragaria xananassa)，樱桃(樱桃属(Prunus)的物种)，苹果(Malus domestica)，甜橙(Citrus×sinensis)，腰果(Anacardium occidentale)，澳洲坚果(Macadamia integrifolia)，扁桃(Prunus amygdalus)，甜菜(Beta vulgaris)，甘蔗(甘蔗属(Saccharum)的物种)，燕麦，大麦，蔬菜，观赏植物和针叶树。
蔬菜包括番茄(Lycopersicon esculentum)，莴苣(例如Lactuca sativa)，四季豆(菜豆(Phaseolus vulgaris))，利马豆(Phaseolus limensis)，豌豆(山黧豆属(Lathyrus)的物种)，以及黄瓜属(Cucumis)的成员，例如黄瓜(C.sativus)，香瓜(C.cantalupensis)和甜瓜(C.melo)。观赏植物包括杜鹃花(杜鹃花属(Rhododendron)的物种)，八仙花(Macrophylla hydrangea)，木槿(Hibiscus rosasanensis)，玫瑰(蔷薇属(Rosa)的物种)，郁金香(郁金香属(Tulipa)的物种)，水仙花(水仙属(Narcissus)的物种)，矮牵牛花(Petunia hybrida)，康乃馨(Dianthus caryophyllus)，一品红(Euphorbia pulcherrima)和菊花。
在实施本发明中可以使用的针叶树包括例如松树，例如火炬松(Pinus taeda)，沼泽松(Pinus elliotii)，西黄松(Pinus ponderosa)，美国黑松(Pinus contorta)和辐射松(Pinus radiata)；花旗松(Pseudotsuga menziesii)；铁杉木(Tsuga canadensis)；北美云杉(Picea glauca)；红杉(Sequoia sempervirens)；冷杉，例如银枞(Abies amabilis)和香脂冷杉(Abies balsamea)；以及雪松，例如北美乔柏(Thuja plicata)和阿拉斯加黄桧(Chamaecyparis nootkatensis)。在具体的实施方案中，本发明的植物为农作物植物(例如谷物、苜蓿、向日葵、芸苔、大豆、棉、红花、花生、高粱、小麦、稷、烟草等)。在其他的实施方案中，谷物和大豆植物是最佳的，在其他的实施方案中，谷物植物是最佳的。
感兴趣的其他植物包括提供感兴趣的种子的谷粒植物、油籽植物和豆科植物。感兴趣的种子包括谷粒种子，例如玉米(corn)、小麦、大麦、水稻、高粱、黑麦等。油籽植物包括棉、大豆、红花、向日葵、芸苔、玉蜀黍(maize)、苜蓿、棕榈、椰子等。豆科植物包括豆、豌豆和干豆。豆包括瓜尔豆、刺槐豆、胡芦巴、大豆、四季豆、豇豆、绿豆、利马豆、蚕豆、小扁豆、鹰嘴豆等。
A.非限制性植物有害生物
在特定的实施方案中，本文提供的细菌菌株是那些靶向一种或多种植物有害生物的菌株。术语“有害生物”包括但不限于昆虫、真菌、细菌、线虫、病毒或类病毒、原生动物病原体等。
在具体的实施方案中，本文提供的细菌菌株是那些靶向一种或多种昆虫害虫的菌株。本文所用的术语“昆虫”或“昆虫害虫”指昆虫和其它类似的有害生物。术语“昆虫”包括卵、幼虫、幼体和成熟形式的昆虫。可以在任何发育阶段靶向昆虫。例如，可以在一龄后、在二龄、三龄、四龄、五龄或任何其它发育或成虫生长阶段期间靶向昆虫。本文所用的术语“龄”用于表示昆虫幼虫或蛹形式的发育阶段。昆虫害虫包括选自鞘翅目(Coleoptera)、鳞翅目(Lepidoptera)、半翅目(Hemiptera)、双翅目(Diptera)、膜翅目(Hymenoptera)、鳞翅目、食毛目(Mallophaga)、同翅目(Homoptera)、半翅目、直翅目(Orthroptera)、缨翅目(Thysanoptera)、恙螨目(Trombidiformes)、革翅目(Dermaptera)、等翅目(Isoptera)、虱目(Anoplura)、蚤目(Siphonaptera)、毛翅目(Trichoptera)等的昆虫。
鞘翅目昆虫害虫包括，但不限于：叩甲属物种(Agriotes spp.)、花象属物种(Anthonomus spp.)、甜菜隐食甲(Atomaria linearis)、蚤凹胫跳甲(Chaetocnematibialis)、根颈象属(Cosmopolites spp.)、象虫属的物种(Curculio spp.)、皮蠹属物种(Dermestes spp.)、食植瓢虫属物种(Epilachna spp.)、Eremnus spp.、马铃薯叶甲(Leptinotarsa decemlineata)、稻水象属物种(Lissorhoptrus spp.)、鳃金龟属物种(Melolontha spp.)、锯谷盗属(Orycaephilus spp.)、耳象属物种(Otiorhynchus spp.)、斑象属物种(Phlyctinus spp.)、云粉蝶属物种(Popillia spp.)、蚤跳甲属物种(Psylliodes spp.)、谷蠹属物种(Rhizopertha spp.)、金龟科(Scarabeidae)、米象属物种(Sitophilus spp.)、麦蛾属物种(Sitotroga spp.)、粉甲属物种(Tenebrio spp.)、拟谷盗属物种(Tribolium spp.)和斑皮蠹属物种(Trogoderma spp.)。在具体的实施方案中，鞘翅目昆虫包括，但不限于：来自长角象虫科(Anthribidae)、豆象科(Bruchidae)和象甲科(Curculionidae)的象甲类(例如，甘薯小象虫(Cylas formicarius(Fabricius)),棉铃象甲(Anthonomus grandis Boheman),稻水象(Lissorhoptrus oryzophilus Kuschel),米象(Sitophilus oryzae L.))；跳甲,黄瓜甲虫,根虫,叶甲,马铃薯甲虫,和叶甲科(Chrysomelidae)的潜叶虫(例如,科罗拉多马铃薯甲虫(Leptinotarsa decemlineataSay),西方玉米根虫(Diabrotica virgifera virgifera LeConte))；金龟子和来自Scaribaeidae科的其他甲虫(例如，日本金龟子(Popillia japonica Newman)和欧洲金龟子(Rhizotrogus majalis Razoumowsky))；来自叩甲科(Elateridae)的铁线虫和来自小蠹科(Scolytidae)的小蠹虫。
如本文所公开的，昆虫害虫包括玉米根虫复合体的鞘翅目害虫:西方玉米根虫，Diabrotica virgifera virgifera；长角叶甲，D.barberi；南方玉米根虫或斑点黄瓜甲虫,Diabrotica undecimpunctata howardi；和墨西哥玉米根虫,D.virgifera zeae。在具体的实施方案中，所述昆虫害虫是西方玉米根虫，Diabrotica virgifera virgifera。
可用本文公开的组合物和方法防治的昆虫害虫还包括鳞翅目昆虫，例如，小蜡螟(Achoroia grisella)、西部黑头长翅卷蛾(Acleris gloverana)、黑头长翅卷蛾(Aclerisvariana)、苹果小卷叶蛾(Adoxophyes orana)、小地老虎(Agrotis ipsilon)、棉叶波纹夜蛾(Alabama argillacea)、秋尺蠖(Alsophila pometaria)、脐橙螟蛾(Amyeloistransitella)、地中海粉螟(Anagasta kuehniella)、桃枝麦蛾(Anarsia lineatella)、橙纹犀额蛾(Anisota senatoria)、柞蚕(Antheraea pernyi)、大豆夜蛾(Anticarsiagemmatalis)、黄卷蛾属物种(Archips spp.)、带卷蛾属物种(Argyrotaenia spp.)、Athetis mindara、家蚕(Bombyx mori)、棉潜蛾(Bucculatrix thurberiella)、粉斑螟蛾(Cadra cautella)、色卷蛾属物种(Choristoneura sp.)、Cochylls hospes、苜蓿黄蝶(Colias eurytheme)、米蛾(Corcyra cephalonica)、Cydia latiferreanus、苹果蠹蛾(Cydia pomonella)、胡桃黄蝶(Datana integerrima)、Dendrolimus sibericus、Desmiafeneralis spp.、甜瓜绢野螟(Diaphania hyalinata)、黄瓜绢野螟(Diaphanianitidalis)、西南玉米螟(Diatraea grandiosella)、小蔗螟(Diatraea saccharalis)、白尺蠖蛾(Ennomos subsignaria)、墨西哥稻螟(Eoreuma loftini)、烟草粉螟(Esphestiaelutella)、菩提松尺蠖(Erannis tilaria)、盐泽灯蛾(Estigmene acrea)、Euliasalubricola、Eupocoellia ambiguella、女贞细卷蛾(Eupoecilia ambiguella)、褐尾蠹(Euproctis chrysorrhoea)、暗缘地老虎(Euxoa messoria)、大蜡螟(Galleriamellonella)、梨小食心虫(Grapholita molesta)、黑拟蛉蛾(Harrisina americana)、亚曲叶蛾(Helicoverpa subflexa)、棉铃虫(Helicoverpa zea)、烟芽夜蛾(Heliothisvirescens)、Hemileuca oliviae、向日葵斑螟(Homoeosoma electellum)、美国白蛾(Hyphantia cunea)、番茄蠹蛾(Keiferia lycopersicella)、铁杉尺蠖(Lambdinafiscellaria fiscellaria)、西部铁杉尺蠖(Lambdina fiscellaria lugubrosa)、柳毒蛾(Leucoma salicis)、葡萄花翅小卷蛾(Lobesia botrana)、草地螟(Loxostegesticticalis)、舞毒蛾(Lymantria dispar)、Macalla thyrisalis、天幕毛虫属物种(Malacosoma spp.)、甘蓝夜蛾(Mamestra brassicae)、蓓带夜蛾(Mamestraconfigurata)、番茄天蛾(Manduca quinquemaculata)、烟草天蛾(Manduca sexta)、豆荚野螟(Maruca testulalis)、Melanchra picta、冬尺蛾(Operophtera brumata)、毒蛾属物种(Orgyia spp.)、玉米螟(Ostrinia nubilalis)、尺蠖(Paleacrita vernata)、美洲大芷凤蝶(Papilio cresphontes)、红棉铃虫(Pectinophora gossypiella)、加州槲蛾(Phryganidia californica)、斑幕潜叶蛾(Phyllonorycter blancardella)、暗脉菜粉蝶(Pieris napi)、菜粉蝶(Pieris rapae)、苜蓿绿夜蛾(Plathypena scabra)、Platynotaflouendana、荷兰石竹小卷蛾(Platynota stultana)、洋葱羽蛾(Platyptiliacarduidactyla)、印度谷螟(Plodia interpunctella)、小莱蛾(Plutella xylostella)、美国纹白蝶(Pontia protodice)、美洲粘虫(Pseudaletia unipuncta)、Pseudoplasiaincludens、杂食尺蠖(Sabulodes aegrotata)、红抚天社蛾(Schizura concinna)、麦蛾(Sitotroga cerealella)、苹果小卷叶蛾(Spilonta ocellana)、斜纹夜蛾属物种(Spodoptera spp.)、松行列蛾(Thaurnstopoea pityocampa)、衣蛾(Tinsolabisselliella)、粉纹夜蛾(Trichoplusia hi)、番茄斑潜蝇(Tuta absoluta)、温室结网野螟(Udea rubigalis)、Xylomyges curiails和苹果巢蛾(Yponomeuta padella)。
本文所提供的方法和组合物还可用于抗半翅目昆虫害虫，包括但不限于：草盲蝽属物种(Lygus spp.)，包括草盲蝽属物种，包括草盲蝽(Lygus hesperus)、美国牧草盲蝽(Lygus lineolaris)、牧草盲蝽(Lygus pratensis)、长毛草盲蝽(Lygus rugulipennis)和Lygus pabulinus、土豆盲蝽(Calocoris norvegicus)、泛奥盲蝽(Orthops compestris)、苹果盲蝽(Plesiocoris rugicollis)、Cyrtopeltis modestus、黑斑烟盲蝽(Cyrtopeltisnotatus)、白斑盲蝽(Spanagonicus albofasciatus)、Diaphnocoris chlorinonis、Labopidicola allii、棉盲蝽(Pseudatomoscelis seriatus)、苜蓿盲蝽(Adelphocorisrapidus)、四线盲蝽(Poecilocapsus lineatus)、美洲毛谷杆长蝽(Blissusleucopterus)，Nysius spp.，包括小长蝽(Nysius ericae)和Nysius raphanus、稻绿蝽(Nezara viridula)、拟绿蝽(Acrosternum hilare)，美洲蝽属物种(Euschistus spp.)，包括褐臭蝽(Euschistus servus)和英雄美洲蝽(Euschistus heros),Dichelops spp.，包括Dichelops melacantus和Dichelops furcatus、褐翅蝽象(Halyomorpha halys)、萝卜蚜(Lipaphis erysimi)、棉蚜(Aphis gossypii)、麦长管蚜(Macrosiphum avenae)、桃蚜(Myzus persicae)、豌豆蚜(Acyrthosiphon pisum)，蚜总科物种(Aphidoidea spp),扁盾蝽属物种(Eurygaster spp.),缘蝽科物种(Coreidae spp.),红蝽科物种(Pyrrhocoridaespp.),负子蝽科物种(Blostomatidae spp.),猎蝽科物种(Reduviidae spp.),臭虫科物种(Cimicidae spp.),橘黑刺粉虱(Aleurocanthus woglumi),Aleyrodes proletella,小粉虱属物种(Bemisia spp.),包括银叶粉虱(Bemisia argentifolii)和烟草粉虱(Bemisiatabaci),和温室粉虱(Trialeurodes vaporariorum)。
本文提供的方法和组合物也可用于抗缨翅目昆虫害虫，包括，但不限于：蓟马属(thrips)物种,包括花蓟马属物种(Frankliniella spp.)，例如西花蓟马(Frankliniellaoccidentalis(Pergande))；蓟马属物种，例如烟蓟马(Thrips tabaci)；硬蓟马属物种(Scirtothrips spp.),例如茶黄蓟马(Scirtothrips dorsalis)；Klambothrips spp.,例如Klambothrips myopori；Echinothrips spp.,例如美洲棘蓟马(Echinothripsamericanus)；和大蓟马属物种(Megalurothrips spp.),例如普通大蓟马(Megalurothripsusitatus)。
本文提供的方法和组合物也可用于抗恙螨目昆虫害虫，包括，但不限于：啃食植物的螨虫，包括六点始叶螨(six-spooted spider mite，Eutetranychus sexmaculatus),Texas柑橘叶螨(Texas citrus mite，Eutetranychus banksi),柑橘全爪螨(Citrus redmite，Panonychus citri),苹果全爪螨(European red mite，Panonychus ulmi),迈叶螨(McDaniel mite，Tetranychus mcdanieli),棉花叶螨(Pacific spider mite，Tetranychus pacificus),二斑叶螨(Strawberry spider mite，Tetranychus urticae),针叶小爪螨(Spruce spider mite，Oligonychus ununguis),日本雪松叶螨(Sugi spidermite，Oligonychus nondonensisi)和Tetranychus evansi。
感兴趣的昆虫害虫还包括咖啡豆象(Araecerus fasciculatus,coffee beanweevil)；大豆象(Acanthoscelides obtectus,bean weevil)；蚕豆象(Bruchus rufmanus,broadbean weevil)；豌豆象(Bruchus pisorum,pea weevil)；墨西哥豆象(Zabrotessubfasciatus,Mexican bean weevil)；黄瓜条叶甲(Diabrotica balteata,bandedcucumber beetle)；豆叶甲(Cerotoma trifurcata,bean leaf beetle)；墨西哥玉米根虫(Diabrotica virgifera,Mexican corn rootworm)；黄瓜跳甲(Epitrix cucumeris,即美洲马铃薯跳甲)；甘薯跳甲(Chaetocnema confinis,sweet potato flea beetle)；苜蓿叶象甲(Hypera postica,alfalfa weevil)；苹果花象(Anthonomus quadrigibbus,applecurculio)；豆茎象()Sternechus paludatus,bean stalk weevil)；埃及苜蓿象鼻虫(Hypera brunnipennis,Egyptian alfalfa weevil)；谷象(Sitophilus granaries,granary weevil)；葡萄象(Craponius inaequalis,grape curculio)；玉米象(Sitophiluszeamais,maize weevil)；梅象(Conotrachelus nenuphar,plum curculio)；甘薯象鼻虫(Euscepes postfaciatus,West Indian sweet potato weevil)；栗金龟(Maladeracastanea,Asiatic garden beetle)；欧洲金龟子(Rhizotrogus majalis,Europeanchafer)；蔷薇刺金龟(Macrodactylus subspinosus,rose chafer)；杂拟谷盗(Triboliumconfusum,confused flour beetle)；黑粉虫(Tenebrio obscurus,dark mealworm)；赤拟谷盗(Tribolium castaneum,red flour beetle)；黄粉虫(Tenebrio molitor,yellowmealworm)；以及果蝇科(Drosophilidae)，包括斑翅果蝇(Drosophila suzukii,spottedwing drosophila)。
昆虫害虫还包括选自双翅目、膜翅目、食毛目、同翅目、半翅目、直翅目、缨翅目、革翅目、等翅目、虱目、蚤目和毛翅目的昆虫。本发明的昆虫害虫可进一步包括蜱螨目(Acari)的那些，包括但不限于螨虫和蜱。在具体的实施方案中，鞘翅目昆虫包括西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和/或甘薯象甲。
可以用本发明的组合物和方法防治的主要作物的昆虫害虫包括但不限于:玉蜀黍：欧洲玉米螟(Ostrinia nubilalis,European corn borer)；小地老虎(Agrotisipsilon,black cutworm)；棉铃虫(Helicoverpa zeae,corn earworm)；草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda,即秋粘虫)；西南玉米螟(Diatraea grandiosella,southwestern corn borer)；小玉米茎蛀虫(Elasmopalpus lignosellus,lessercornstalk borer)；小蔗螟(Diatraea saccharalis,surgarcane borer)；西方玉米根虫，例如玉米根萤叶甲(Diabrotica virgifera virgifera)；北方玉米根虫，例如长角叶甲(Diabrotica longicornis barberi)；南方玉米根虫，例如食根叶甲(Diabroticaundecimpunctata howardi)；梳爪叩甲属物种(Melanotus spp.),线虫；北方圆头犀金龟(Cyclocephala borealis),北方假面金龟子(蛴螬)；南方圆头犀金龟(Cyclocephalaimmaculate),南方假面金龟子(蛴螬)；日本金龟子(Popillia japonica,Japanesebeetle)；玉米跳甲(Chaetocnema pulicaria,corn flea beetle)；玉米象虫(Sphenophorus maidis,maize billbug)；玉米蚜(Rhopalosiphum maidis,corn leafaphid)；玉米根蚜(Anuraphis maidiradicis,corn root aphid)；桃蚜(Myzus persicae,green peach aphid)；稻绿蝽(Nezara viridula,southern green stink bug)；高粱长蝽(Blissus leucopterus leucopterus,chinch bug)；红腿蝗(Melanoplus femurrubrum,redlegged grasshopper)；迁徒蚱蜢(Melanoplus sanguinipes,migratorygrasshopper)；灰地种蝇(Hylemya platura,seedcorn maggot)；玉米斑潜蝇(Agromyzaparvicornis,corn blotch leafminer)；草蓟马(Anaphothrips obscrurus,grassthrips)；盗蚁(Solenopsis milesta,thief ant)；二斑叶螨(Tetranychus urticae,twospotted spider mite)；高粱：高粱螟(Chilo partellus,sorghum borer)；草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda,即秋粘虫)；棉铃虫(Helicoverpa zea,corn earworm)；小玉米茎蛀虫(Elasmopalpus lignosellus,lesser cornstalk borer)；颗粒地老虎(Feltiasubterranea,granulate cutworm)；蛴螬(Phyllophaga crinita,white grub)；伪金针虫属(Eleodes),宽胸叩头虫属(Conoderus),和Aeolus spp.,线虫；谷叶甲虫(Oulemamelanopus,cereal leaf beetle)；玉米跳甲(Chaetocnema pulicaria,corn fleabeetle)；玉米象虫(Sphenophorus maidis,maize billbug)；玉米蚜(Rhopalosiphummaidis；corn leaf aphid)；黄甘蔗蚜虫(Sipha flava,yellow sugarcane aphid)；高粱长蝽，例如美洲毛谷杆长蝽(Blissus leucopterus leucopterus)；高粱瘿蚊(Contariniasorghicola,sorghummidge)；朱砂叶螨(Tetranychus cinnabarinus,carmine spidermite)；二斑叶螨(Tetranychus urticae,two-spotted spider mite)；小麦：美洲粘虫(Pseudaletia unipunctata,armyworm)；草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda,即秋粘虫)；小玉米茎蛀虫(Elasmopalpus lignosellus,lesser cornstalk borer)；西方灰地老虎(Agrotis orthogonia,pale western cutworm)；小玉米茎蛀虫(Elasmopalpuslignosellus,lesser cornstalk borer)；谷叶甲虫(Oulema melanopus,cereal leafbeetle)；三叶草叶象(Hypera punctata,clover leaf weevil)；南方玉米根虫，例如十一星叶假食根亚种(Diabrotica undecimpunctata howardi)；俄罗斯小麦蚜虫；麦二叉蚜(Schizaphis graminum),绿蚜；麦长管蚜(Macrosiphum avenae,English grain aphid)；红腿蝗(Melanoplus femurrubrum,redlegged grasshopper)；殊种蚱蜢(Melanoplusdifferentialis,differential grasshopper)；迁徒蚱蜢(Melanoplus sanguinipes,migratory grasshopper)；小麦瘿蚊(Mayetiola destructor,Hessian fly)；小麦红吸浆虫(Sitodiplosis mosellana,wheat midge)；美州麦杆蝇(Meromyza americana,wheatstem maggot)；麦种蝇(Hylemya coarctata,wheat bulb fly)；烟草褐花蓟马(Frankliniella fusca,tobacco thrips)；麦茎蜂(Cephus cinctus,wheat stemsawfly)；小麦曲叶螨(Aceria tulipae,wheat curl mite)；向日葵：向曰葵茎象甲(Cylindrocupturus adspersus,sunflower stem weevil)；红色种子象(Smicronyxfulus,red sunflower seed weevil)；灰色种子象(Smicronyx sordidus,gray sunflowerseed weevil)；向日葵食芽蛾(Suleima helianthana,sunflower bud moth)；向日葵同斑螟(Homoeosoma electellum,sunflower moth)；向日葵叶甲(Zygogramma exclamationis,sunflower beetle)；胡萝卜金龟(Bothyrus gibbosus,carrot beetle)；向日葵籽瘿蚊(Neolasioptera murtfeldtiana,sunflower seed midge)；棉花：烟芽夜蛾(Heliothisvirescens,tobacco budworm)；棉铃虫(Helicoverpa zea,cotton bollworm)；甜菜夜蛾(Spodoptera exigua,beet armyworm)；棉红铃虫(Pectinophora gossypiella,pinkbollworm)；棉铃象鼻虫，例如，棉铃象甲(Anthonomus grandis)；棉蚜(Aphis gossypii,cotton aphid)；棉盲蝽(Pseudatomoscelis seriatus,cotton fleahopper)；纹翅粉虱(Trialeurodes abutilonea,banded winged whitefly)；美国牧草盲蝽(Lyguslineolaris,tarnished plant bug)；红腿蝗(Melanoplus femurrubrum,redleggedgrasshopper)；殊种蚱蜢(Melanoplus differentialis,differential grasshopper)；烟蓟马(Thrips tabaci,又名葱蓟马)；烟草褐花蓟马(Frankliniella fusca,tobaccothrips)；朱砂叶螨(Tetranychus cinnabarinus,carmine spider mite)；二斑叶螨(Tetranychus urticae,two-spotted spider mite)；稻：小蔗螟(Diatraea saccharalis,sugarcane borer)；草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda,即秋粘虫)；棉铃虫(Helicoverpa zea,corn earworm)；葡萄肖叶甲(Colaspis brunnea,grape colaspis)；稻水象(Lissorhoptrus oryzophilus,rice water weevil)；米象(Sitophilus oryzae,riceweevil)；二条黑尾叶蝉(Nephotettix nigropictus,rice leafhopper)；高粱长蝽，例如美洲毛谷杆长蝽(Blissus leucopterus leucopterus)；拟绿蝽(Acrosternum hilare,greenstink bug)；大豆：大豆尺蠖(Pseudoplusia includens,soybean looper)；大豆夜蛾(Anticarsia gemmatalis,velvetbean caterpillar)；苜蓿绿夜蛾(Plathypena scabra,green cloverworm)；欧洲玉米螟(Ostrinia nubilalis,European corn borer)；小地老虎(Agrotis ipsilon,black cutworm)；甜菜夜蛾(Spodoptera exigua,beet armyworm)；烟芽夜蛾(Heliothis virescens,tobacco budworm)；棉铃虫(Helicoverpa zea,cottonbollworm)；墨西哥豆甲虫(Epilachna varivestis,Mexican bean beetle)；桃蚜(Myzuspersicae,green peach aphid)；马铃薯叶蝉(Empoasca fabae,potato leafhopper)；拟绿蝽(Acrosternum hilare,green stink bug)；红腿蝗(Melanoplus femurrubrum,redlegged grasshopper)；殊种蚱蜢(Melanoplus differentialis,differentialgrasshopper)；灰地种蝇(Hylemya platura,seedcorn maggot)；大豆蓟马(Sericothripsvariabilis,soybean thrips)；烟蓟马(Thrips tabaci,又名葱蓟马)；土耳其斯坦叶螨(Tetranychus turkestani,strawberry spider mite)；二斑叶螨(Tetranychus urticae,two-spotted spider mite)；大麦：欧洲玉米螟(Ostrinia nubilalis,European cornborer)；小地老虎(Agrotis ipsilon,black cutworm)；麦二叉蚜(Schizaphis graminum,greenbug)；高粱长蝽，例如美洲毛谷杆长蝽(Blissus leucopterus leucopterus)；拟绿蝽(Acrosternum hilare,green stink bug)；褐臭蝽(Euschistus servus,brown stinkbug)；种蝇(Jylemya platura,seedcorn maggot)；小麦瘿蚊(Mayetiola destructor,Hessian fly)；麦岩螨(Petrobia latens,brown wheat mite)；油籽油菜：甘蓝蚜(Vrevicoryne brassicae,cabbage aphid)；十字花科跳甲(Phyllotreta cruciferae,crucifer flea beetle)；黄曲条跳甲(Phyllotreta striolata,striped flea beetle)；大豆淡足跳甲(Phyllotreta nemorum,striped turnip flea beetle)；油菜露尾甲(Meligethes aeneus,rapeseed beetle)；以及花粉甲虫Meligethes rufimanus,Meligethes nigrescens,Meligethes canadianus,and Meligethes viridescens；马铃薯：马铃薯甲虫(Leptinotarsa decemlineata,又名科罗拉多马铃薯甲虫)；甘薯:巨型甘薯瓢虫(Spartocera batatas,giant sweet potato bug)；黄金龟甲虫(Charidotella(＝Metriona)bicolor,golden tortoise beetle)；甘薯小象(Cylas formicarius,sweetpotato weevil)；甘薯象鼻虫(Cylas puncticollis,sweet potato weevil)；甘薯蚁象(Cylas brunneus,sweet potato weevil)；白缘象属物种(Naupactus(＝Graphognathus)spp.,whitefringed beetles)；金针虫(Conoderus rudis,wireworm)；花生金针虫(Conoderus scissus,peanut wireworm)；粗糙甘薯象鼻虫(Blosyrus spp.,rough sweetpotato weevil)；甘薯蝴蝶(Acraea acerata,sweet potato butterfly)；甘薯天蛾(Agrius convolvuli,sweet potato hornworm)；甜菜夜蛾(Spodoptera exigua,armyworm)；亚热带粘虫(Spodoptera eridania,armyworm)；透翅蛾属物种(Synanthedonspp.,clearwing moth)；多毛螨和瘿螨；西印度甘薯象甲(Euscepes postfasciatus,WestIndian sweetpotato weevil)；爪象甲(Peloropus batatae,Peloropus weevil)；甘薯茎蛀虫(Omphisia anastomasalis,sweet potato stemborer),和多种金龟子象甲物种的蛴螬幼虫。
在一些实施方案中，本发明提供的组合物和方法防治线虫类植物害虫。线虫类包括寄生线虫，例如根节、孢囊和病变线虫，包括根结线虫属(Meloidogyne)物种，例如南方根结线虫(Meloidogyne incognita)，爪哇根结线虫(Meloidogyne javanica),北方根结线虫(Meloidogyne hapla)和花生根结线虫(Meloidogyne arenaria)；茎线虫属(Ditylenchus)物种的线虫，例如腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)和鳞球茎线虫(Ditylenchusdipsaci)；短体线虫属(Pratylenchus)物种的线虫，例如，穿刺短体线虫(Pratylenchuspenetrans),菊花穿刺短体线虫(Pratylenchus fallax),咖啡短体线虫(Pratylenchuscoffeae),卢斯短体线虫(Pratylenchus loosi)和伤残短体线虫(Pratylenchus vulnus)；金线虫属(Globodera)物种的线虫，例如马铃薯金线虫(Globodera rostochiensis)和马铃薯白线虫(Globodera pallida)；孢囊线虫属(Heterodera)物种的线虫，例如大豆孢囊线虫(Heterodera glycines，soybean cyst nematode)；甜菜孢囊线虫(Heteroderaschachtii，beet cyst nematode)；禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae，cereal cystnematode)；滑刃线虫属(Aphelenchoides)物种的线虫，例如水稻干尖线虫(Aphelenchoides besseyi),菊花滑刃线虫(Aphelenchoides ritzemabosi)和草莓滑刃线虫(Aphelenchoides fragariae)；真滑刃线虫属(Aphelenchus)物种的线虫，例如燕麦真滑刃线虫(Aphelenchus avenae)；穿孔线虫属(Radopholus)物种的线虫，例如香蕉穿孔线虫(Radopholus similis)；半穿刺线虫属(Tylenchulus)物种的线虫，例如，柑橘半穿刺线虫(Tylenchulus semipenetrans)；肾状线虫属(Rotylenchulus)物种的线虫，例如肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis)；在树上存活的线虫，例如松材线虫(Bursaphelenchusxylophilus)和红环腐线虫(Bursaphelenchus cocophilus)等以及金线虫属物种(Globodera spp.)；特别是孢囊线虫成员，其包括，但不限于：马铃薯金线虫(Globoderarostochiensis)和马铃薯白线虫(Globodera pailida)(马铃薯孢囊线虫)；螺旋线虫(螺旋线虫属物种(Helicotylenchus spp.))；穿孔线虫(香蕉穿孔线虫(Radopholus similis))；鳞茎和茎线虫(Ditylenchus dipsaci)；肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis)；剑线虫(剑线虫属物种(Xiphinema spp.))；芽和叶线虫(芽线虫属物种(Aphelenchoidesspp.))；和松材线虫病(松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus))。根腐线虫包括短体线虫属物种(Pratylenchus spp.)。术语“线虫”包括线虫的卵、幼虫、不成熟和成熟形式。
细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物可以针对处在任何发育阶段(包括早期发育阶段，例如幼虫或其它未成熟形式)的害虫检测杀有害生物活性。例如，昆虫害虫的幼虫可以在约20℃至约30℃和约30％至约70％的相对湿度下在完全黑暗中饲养。生物测定可以如Czapla和Lang(1990)J.Econ.Entomol.83(6):2480-2485所述进行。饲养昆虫幼虫和进行生物测定的方法是本领域普通技术人员公知的。
在具体的实施方案中，本文提供的细菌菌株是那些靶向一种或多种昆虫害虫的菌株。例如，本文提供的多种细菌菌株靶向引起植物损害的一种或多种昆虫害虫。例如，本文提供的细菌菌株或其活性变体中的任何一种可对本文所述的一种、两种、三种、四种、五种或更多种昆虫害虫具有杀昆虫活性。
在具体的实施方案中，细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体的细胞、或孢子、或前孢子，或细胞、前孢子和/或孢子的组合可以防治昆虫或线虫害虫。因此，在一些实施方案中，本文公开的植物有害生物是来自鞘翅目的昆虫害虫。例如，细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体的细胞、或孢子、或前孢子，或细胞、前孢子和/或孢子的组合可以防治玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和/或象甲。在具体的实施方案中，细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体的细胞可以具有抗西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和/或甘薯象甲的活性。在特定的实施方案中，AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体可以具有抗根结线虫和南方绿蝽象的活性。
本文公开的方法和组合物可以用于防治一种或多种真菌有害生物。真菌有害生物可以是，但不限于选自由下述组成的组的真菌：曲霉属物种(Aspergillus spp.),寄生曲霉(Aspergillus parasiticus),黄曲霉(Aspergillus flavus),红绶曲霉(Aspergillusnomius),葡萄孢霉属物种(Botrytis spp.),灰葡萄孢霉(Botrytis cinerea),尾孢菌属物种(Cersospora spp.),大豆尾孢菌(Cercospora sojina),甜菜尾孢菌(Cercosporabeticola),链格孢菌属物种(Alternaria spp.),茄链格孢菌(Alternaria solani),立枯丝核菌属物种(Rhizoctonia spp.),大豆立枯丝核菌(Rhizoctonia solani),小麦白粉菌(Blumeria graminis f.sp.Tritici),葡萄白粉菌(Erysiphe necator),叉丝单囊壳属物种(Podosphaera spp.),苍耳单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii),二孢白粉菌(Golovinomyces cichoracearum),紫薇白粉菌(Erysiphe lagerstroemiae),月季白粉菌(Sphaerotheca pannosa),谷物炭疽菌(Colletotrichum cereale),Apiognomoniaerrabunda,Apiognomonia veneta,炭疽菌属物种(Colletotrichum spp.),胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporiodes),亚线孢炭疽菌(Colletotrichum sublineolum),白蜡盘座孢菌(Discula fraxinea),球腔菌属物种(Mycosphaerella spp.),斐济球腔菌(Mycosphaerella fijiensis),拟茎点霉属物种(Phomopsis spp.),葡萄霜霉菌(Plasmopara viticola),黄瓜假霜霉病菌(Pseudoperonospora cubensis),Peronosporabelbahrii,莴苣盘梗霉(Bremia lactucae),Peronospora lamii,Plasmopara obduscens,腐霉属物种(Pythium spp.),Pythium cryptoirregulare,瓜果腐霉(Pythiumaphanidermatum),畸雌腐霉(Pythium irregulare),林栖腐霉(Pythium sylvaticum),群结腐霉(Pythium myriotylum),终极腐霉(Pythium ultimum),疫霉属物种(Phytophthoraspp.),辣椒疫霉(Phytophthora capsici),烟草疫霉(Phytophthora nicotianae),致病疫霉(Phytophthora infestans),热带疫霉(Phytophthora tropicalis),大豆疫霉(Phytophthora sojae),镰孢霉属物种(Fusarium spp.),禾谷镰刀菌(Fusariumgraminearum),茄病镰刀菌(Fusarium solani),尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum),禾生镰刀菌(Fusarium graminicola),玉米赤霉(Gibberella zeae),禾生炭疽病菌(Colletotrichum graminicola),青霉属物种(Penicillium spp.),层锈菌属物种(Phakopsora spp.),山马蝗层锈菌(Phakopsora meibomiae),豆薯层锈菌(Phakopsorapachyrizi),小麦叶锈菌(Puccinia triticina),隐匿柄锈菌(Puccinia recondita),小麦条锈菌(Puccinia striiformis),小麦秆锈菌(Puccinia graminis),柄锈菌属物种(Puccinia spp.),小菌核属物种(Sclerotium spp.),核盘菌属物种(Sclerotinia spp.),苹果黑星菌(Venturia inaequalis),轮枝孢属物种(Verticillium spp.),梨火疫病病原菌(Erwinia amylovora),链核盘菌属物种(Monilinia spp.),桃褐腐病菌(Moniliniafructicola),Monilinia lax,和苹果褐腐菌(Monilinia fructigena)。
在一些实施方案中，真菌有害生物选自由以下组成的组：寄生曲霉(Aspergillusparasiticus),黄曲霉(Aspergillus flavus),红绶曲霉(Aspergillus nomius),灰葡萄孢霉(Botrytis cinerea),大豆尾孢菌(Cercospora sojina),茄链格孢菌(Alternariasolani),大豆立枯丝核菌(Rhizoctonia solani),葡萄白粉菌(Erysiphe necator),苍耳单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii),谷物炭疽菌(Colletotrichum cereale),亚线孢炭疽菌(Colletotrichum sublineolum),斐济球腔菌(Mycosphaerella fijiensis),葡萄霜霉菌(Plasmopara viticola),Peronospora belbahrii,瓜果腐霉(Pythiumaphanidermatum),林栖腐霉(Pythium sylvaticum),群结腐霉(Pythium myriotylum),终极腐霉(Pythium ultimum),烟草疫霉(Phytophthora nicotianae),致病疫霉(Phytophthora infestans),热带疫霉(Phytophthora tropicalis),大豆疫霉(Phytophthora sojae),禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum),茄病镰刀菌(Fusariumsolani),Fusarium virguliforme,豆薯层锈菌(Phakopsora pachyrizi)和苹果黑星菌(Venturia inaequalis)。
在其他实施方案中，真菌病原体是层锈菌属物种(Phakopsora spp.),包括豆薯层锈菌(Phakopsora pachyrhizi)和/或山马蝗层锈菌(Phakopsora meibomiae)。在另一些实施方案中，真菌病原体是疫霉属物种(Phytophthora spp.)，包括致病疫霉(Phytophthorainfestans)和/或大豆疫霉(Phytophthora sojae)。在另一些实施方案中，真菌病原体是叉丝单囊壳属物种(Podosphaera spp.),包括苍耳单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii)。在另一些实施方案中，真菌病原体是炭疽菌属物种(Colletotrichum spp.),包括亚线孢炭疽菌(Colletotrichum sublineolumn)和/或谷物炭疽菌(Colletotrichum cereale)。在另一些实施方案中，真菌病原体是球腔菌属物种(Mycosphaerella spp.),包括斐济球腔菌(Mycosphaerella fijiensis)。
真菌性植物病况和由真菌性有害生物引起的病害的实例包括，但不限于：亚洲大豆锈病(ASR)，灰霉病，叶斑病，大豆灰斑病，早疫病，猝倒复杂性病(Damping offcomplex)，褐斑病，丝核菌病，根腐病，肚腐病(belly rot)，纹枯病，白粉病，炭疽病叶斑，黑叶斑病，高粱炭疽病，霜霉病，腐霉枯萎病，晚疫病，小麦赤霉病，猝死综合征(sudden deathsyndrome，SDS)，镰刀菌萎蔫病，玉米茎腐病，棕锈病，黑锈病，黄锈病，小麦锈病，锈病，苹果黑星病，黄萎病，火疫病和褐腐病。
B.防治植物有害生物和治疗或预防植物病害的方法
本文提供了防治植物有害生物的方法，包括向植物施用有效量的本文提供的至少一种细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物，其中所述细菌菌株和/或由其衍生的组合物防治植物有害生物，例如昆虫或线虫害虫。本文还提供了降低对植物有害生物的易感性和/或提高对植物有害生物的抗性的方法，包括对具有植物有害生物、由植物有害生物或损伤引起的植物病害或损伤或处于发展由植物有害生物引起的植物病害或损伤的风险中的植物施用有效量的至少一种本文提供的细菌菌株或其活性变体，和/或由其衍生的组合物，其中所述细菌菌株和/或由其衍生的组合物防治植物有害生物。本发明提供了治疗或预防植物病害或损伤的方法，包括向患有植物病害或损伤或处于发展植物病害或损伤风险中的植物施用有效量的本发明提供的至少一种细菌菌株或其活性变体，和/或由其衍生的组合物，其中所述细菌菌株和/或由其衍生的组合物防治引起植物病害或损害的植物有害生物。在特定的实施方案中，植物损伤由昆虫害虫例如鞘翅目害虫引起。在某些实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体可以包含AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的细胞；或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合。在一些实施方案中，有效量的细菌菌株或其活性变体包含至少约1012至1016CFU/公顷或至少约104至1016CFU/公顷，或至少约105至1011CFU/公顷。在一些实施方案中，所述组合物衍生自本文提供的细菌菌株或其活性变体，所述组合物可以包含AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的细胞；或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合。
本文提供的任何细菌菌株、其活性变体或由其衍生的组合物可防治本文所述的一种、两种、三种、四种、五种或多种植物有害生物。在一些方法中，所述细菌菌株防治一种、两种、三种、四种、五种或更多种昆虫害虫，例如鞘翅目害虫。在一些实施方案中，本文提供的任何细菌菌株或其活性变体可具有抗昆虫害虫和其它植物有害生物的组合的活性，所述其它植物有害生物包括真菌、病毒或类病毒、细菌、昆虫、线虫和原生动物害虫。本文提供的细菌菌株或其活性变体可以与任何易受感兴趣的植物有害生物影响的植物物种一起使用。
由示例性植物有害生物引起的病害的实例提供在表1中。还提供了易受由有害生物引起的植物病害影响的非限制性示例性作物品种。例如，表1显示灰葡萄孢菌(Bortrytiscinerea)在所有开花作物上引起灰霉病。因此，本文提供的防治灰葡萄孢菌的细菌菌株或其活性变体可应用于具有灰霉病或处于发展灰霉病危险中的植物，以治疗或预防植物中的灰霉病。类似地，表1显示了大豆立枯丝核菌引起玉米中的猝倒复杂性病、大豆中的猝倒复杂性病、草皮中的褐块病以及观赏植物中的猝倒复杂性病。因此，本发明提供的防治大豆立枯病菌的细菌菌株或其活性变体可应用于具有猝倒复杂性病和/或褐块病或处于发展猝倒复杂性病和/或褐块病危险中的植物，以在所述植物中治疗或预防立猝倒复杂性病和/或褐块病。在又一个实施例中，表1显示谷物炭疽菌、Apiognomonia errabunda、Apiognomoniaveneta、胶孢炭疽菌、白蜡盘座孢菌引起炭疽病叶斑病。因此，本文提供的防治谷物炭疽菌、Apiognomonia errabunda、Apiognomonia veneta、胶孢炭疽菌、白蜡盘座孢菌中的一种或多种的细菌菌株或其活性变体可以应用于具有炭疽病叶斑病或处于发展炭疽病叶斑病危险中的植物，以治疗或预防植物中的炭疽病叶斑病。
表1
Figure BDA0003089192840000431
Figure BDA0003089192840000441
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在特定的实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体控制一种或多种线虫害虫。例如，该细菌菌株或其活性变体可控制或治疗根结线虫(根结线虫属物种)。植物寄生性线虫可侵袭植物的根、茎、叶和花。所有植物寄生性线虫都具有被称作口针的刺穿口部。口针的存在是区分植物寄生性线虫与所有其它类型线虫的关键诊断标志。表明线虫侵袭的典型根症状是根结或根瘿、根损伤、过量的根分支、损伤的根尖和矮化的根系。表明根感染的地上植物部分的症状是整个植物缓慢衰落，甚至在土壤水分充足的情况下枯萎，叶片变黄和叶片越来越少且越来越小。事实上，这些是在没有正常功能的根系的植物中出现的症状。球茎线虫和茎杆线虫产生茎杆膨胀和缩短的节间。芽和叶线虫扭曲和杀死芽和叶组织。在一些情况下，例如对于SCN，可能发生产量损失而没有可见的症状。
术语“治疗”或“处理”或其衍生词语包括基本上抑制、减慢或逆转病况的进展，基本上减轻病况的症状，或者基本上预防由昆虫害虫、或导致植物病害的病原体或有害生物引起的症状或病况的出现。
术语“防治”植物有害生物是指抑制或减少植物有害生物的生长、摄食、繁殖力、繁殖和/或增殖或杀死植物有害生物(例如，引起植物有害生物的发病率或死亡率、或繁殖力降低)。因此，用本文提供的细菌菌株和/或由其衍生的组合物处理的植物可以表现出减少的有害生物侵染、或统计学显著量的减少的由有害生物引起的损害。在特定实施方案中，“防治”和“保护”植物免受有害生物影响是指以下中的一种或多种：抑制或减少有害生物的生长、萌发、繁殖和/或增殖；和/或杀死、清除、破坏或以其它方式减少有害生物的发生和/或活性。因此，用本文提供的细菌菌株和/或由其衍生的组合物处理的植物在植物有害生物存在下显示出病害或损害统计学显著量的严重程度减轻或发展减少。
术语“预防”或其变化形式是指提前对抗细菌、真菌、病毒、昆虫或其它有害生物的生长、增殖、侵染、孢子萌发和菌丝生长。在这种情况下，在暴露于植物有害生物之前施加组合物。
术语“改善”和“有改善”涉及由本文提供的组合物和方法带来的处理过的植物状况的改善。所述改善可以表现为有害生物生长的减少和/或受损或患病植物高度、重量、叶的数量、根系或产量的改善。通常，该术语是指受损或患病植物的生理学状态的改善。
术语“抑制”和该术语的所有变化形式旨在包括对细菌、真菌、病毒、线虫、昆虫或任何其它有害生物生长以及孢子萌发的限制或禁止。
术语“消除”涉及通过使细菌、真菌、病毒、线虫、昆虫或任何其它有害生物与本发明的组合物接触，任选地根据下文描述的本发明的方法，基本上根除或除去它们。
术语“延迟”、“减慢”及其所有变化形式旨在包括减缓细菌、真菌、病毒、线虫、昆虫或任何其它有害生物生长和孢子萌发的进程。表述“延迟发作”被解释为在一定时间内，防止或减缓细菌、真菌、病毒、线虫、昆虫或任何其它有害生物生长、侵染、感染、孢子萌发和菌丝生长，使得所述细菌、真菌、病毒、线虫、昆虫或任何其它有害生物生长、侵染、感染、孢子萌发和菌丝生长在发育过程中不会随着发育大幅发展，或者与缺乏本发明的处理相比出现得更晚。
用本文提供的细菌菌株或其活性变体处理的植物，植物部分或栽培区域在植物有害生物的存在下可以表现出病害或损害统计学显著量的严重程度降低或发展降低。与未处理的对照植物相比，病害或损害的严重程度降低或发展降低可以降低约10％至约20％、约20％至约30％、约30％至约40％、约40％至约50％、约50％至约60％、约60％至约70％、约70％至约80％、约80％至约90％、或约90％至约100％。在其它情况下，与未处理的对照植物相比，用本文提供的细菌菌株或其活性变体处理的植物在存在植物有害生物的情况下可表现出病害或损害严重程度降低或发展降低至少约10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或约100％以上。评估植物损害或病害严重程度的方法是已知的，包括测量损害或患病叶片面积的百分比(Godoy等人，(2006)Fitopatol.Bras.31(1)63-68)或通过测量夏孢子堆计数。
用本文提供的细菌菌株或其活性变体处理的植物、植物部分或栽培区域可以显示出植物有害生物(包括昆虫和/或线虫害虫)的减少。与未处理的对照植物相比，植物有害生物的减少可以是约10％至约20％、约20％至约30％、约30％至约40％、约40％至约50％、约50％至约60％、约60％至约70％、约70％至约80％、约80％至约90％、或约90％至约100％的减少。在其它情况下，与未处理的对照植物相比，用本文提供的细菌菌株或其活性变体处理的植物可显示至少约10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％。56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或约100％以上的植物有害生物减少。测量植物有害生物数量的方法是已知的，包括计数有害生物数量，或使植物与一种或多种有害生物接触，并确定植物存活和/或引起有害生物死亡的能力。参见，例如，Czapla和Lang，(1990)J.Econ.Entomol.83:2480-2485；Andrews等人，(1988)Biochem.J.252:199-206；Marrone等人，(1985)J.ofEconomic Entomology 78:290-293和美国专利号5,743,477，所有这些参考文献的全部内容在此引入作为参考。
在一些实施方案中，本文提供的细菌菌株及其活性变体和/或由其衍生的组合物具有针对昆虫害虫的杀有害生物活性(即杀昆虫活性)。在这些实施方案中的一些中，杀昆虫活性是针对鞘翅目物种的活性。在一个实施方案中，杀昆虫活性针对鳞翅目昆虫。在一个实施方案中，杀昆虫活性针对半翅目物种。在一些实施方案中，杀昆虫活性针对一种或多种昆虫害虫，例如西方玉米根虫、南方玉米根虫、北方玉米根虫、墨西哥玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫、甘薯象甲或南方绿蝽象。
在具体的实施分案中，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物以统计学上显著的量减少由植物有害生物引起的损害或病害症状，所述统计学上显著的量包括例如，至少约10％至至少约20％、至少约20％至约50％、至少约10％至约60％、至少约30％至约70％、至少约40％至约80％、或至少约50％至约90％或更高。因此，本发明的方法可用于保护植物免受由植物有害生物引起的病害或损害。
定量有害生物侵染后的损害或病害抗性的测定在本领域中是公知的。参见，例如，美国专利号5,614,395，该文献在此引入作为参考。这些技术包括随时间测量平均损伤直径、有害生物的生物量和腐烂植物组织的总百分比。例如，与未暴露于所述杀有害生物组合物的对照植物相比，表达杀有害生物多肽或在其表面施用杀有害生物组合物的植物显示出组织坏死的减少(即，损伤直径)或在用有害生物攻击后植物死亡减少。备选地，杀有害生物活性可以通过有害生物的生物量降低来测定。例如，表达杀有害生物多肽或暴露于杀有害生物组合物的植物受到感兴趣的有害生物的攻击。随着时间的推移，从有害生物侵染的组织中获得组织样品并提取RNA。特定有害生物RNA转录物相对于植物特定转录物水平的百分比允许确定有害生物的生物量的水平。参见，例如Thomma等人，(1998)Plant Biology 95:15107-15111，该文献在此引入作为参考。
此外，体外杀有害生物测定包括，例如，将不同浓度的杀有害生物组合物添加到纸盘上，并将纸盘放置在含有感兴趣的有害生物悬浮液的琼脂上。孵育后，在含有有效浓度的杀有害生物组合物的纸盘周围形成清晰的抑制区(Liu等人，(1994)Plant Biology 91:1888-1892，该文献在此引入作为参考)。另外，显微分光光度分析可用于测量组合物的体外杀有害生物性能(Hu等人，(1997)Plant Mol.Biol.34:949-959和Cammue等人，(1992)J.Biol.Chem.267:2228-2233，两者在此引入作为参考)。C.在植物中诱导有害生物和/或病 害抗性和/或改善感兴趣的农艺性状的方法
本发明还提供了用于在植物中诱导有害生物和/或病害抗性的组合物和方法，其中所述病害由植物有害生物引起。因此，所述组合物和方法也可用于保护植物抵抗任何类型的植物有害生物，包括真菌有害生物、病毒、线虫和昆虫。本文提供了诱导对植物有害生物抗性的方法，包括向易受植物有害生物感染或侵染或易受由植物有害生物引起的植物病害影响的植物施用有效量的本文提供的至少一种细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物。在某些实施方案中，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物可以包含AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种的细胞；或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合。在某些实施方案中，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物促进对引起植物病害或损害的有害生物的防御反应。在一些实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体的有效量包含至少约105至1012CFU/公顷。在一些实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体的有效量包含至少约1012至1016CFU/公顷。
在对植物施用本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物后，但在用本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物处理的植物在有害生物攻击之前和/或有害生物攻击之后，可以在植物中引发防御反应。
在一些方法中，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物诱导对本文所述的一种、两种、三种、四种、五种或更多种植物有害生物的抗性。在其它方法中，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物诱导对本文所述的一种、两种、三种、四种、五种或更多种昆虫害虫、真菌性植物有害生物或线虫害虫的抗性。
“病害抗性”是指植物避免由植物-有害生物相互作用引起的病害症状。即，防止有害生物引起植物病害和相关的病害，或者备选地，与对照相比，由有害生物引起的病害症状被最小化或减轻。“有害生物抗性”是指植物避免由有害生物感染或侵染植物引起的症状。也就是说，与对照相比，防止有害生物引起植物病害和相关的疾病症状，或者备选地，由有害生物引起的疾病症状被最小化或减轻。还提供了改善植物健康和/或改善感兴趣的农艺性状的方法，包括向植物施用有效量的至少一种本文提供的细菌菌株或其活性变体或其活性衍生物。在某些实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体可包含AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的细胞；或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合。在一些实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体的有效量包含至少约105至1012CFU/公顷。在一些实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体的有效量包含至少约1012至1016CFU/公顷。在一些实施方案中，所述组合物衍生自本文提供的细菌菌株或其活性变体，其可包含AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的细胞；或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合。
在特定的实施方案中，由本文所述的细菌菌株或其活性变体改善的感兴趣的农艺性状是改善的植物健康。仅举几个实例而言，“改善的植物健康”是指植物的生长和/或产量增加、胁迫耐受性增加和/或除草剂抗性降低。增加的胁迫耐受性是指植物减少或防止与一种或多种胁迫相关的症状的能力的增加。所述胁迫可以是生物胁迫，所述生物胁迫是由于其它活生物体对植物的损害而发生的，所述其它活生物体例如是有害生物(例如，细菌、病毒、真菌、寄生虫)、昆虫、线虫、杂草、栽培的或天然的植物)。该胁迫也可以是非生物胁迫，例如极端温度(高温或低温)、大风、干旱、盐度、化学毒性、氧化胁迫、水灾、***、野火、辐射和暴露于重金属。本文其它地方公开了改善的农艺性状的非限制性实例。在具体的实施方案中，有效量的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物以统计学显著量改善植物健康或改善所关注的农艺性状，所述统计学显著量包括例如，至少约10％至至少约20％、至少约20％至约50％、至少约10％至约60％、至少约30％至约70％、至少约40％至约80％、或至少约50％至约90％或更高。
D.施用于植物或植物部分的方法
以有效量施用本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物。本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物的有效量足以控制，治疗，预防，抑制害虫如虫害，和/或改善感兴趣的农艺性状。在具体实施方案中，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物的有效量是足以控制、治疗、预防、抑制引起植物病害或损害的有害生物和/或降低植物病害的严重程度或减少植物病害的发展的量。在其它实施方案中，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物的有效量是足以改善感兴趣的农艺性状和/或促进或增加易受病害和/或植物有害生物感染或植物有害生物(如昆虫害虫)侵染的植物的健康、生长或产量的量。本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物的施用率可根据下述而变化：所靶向的有害生物，待保护的作物，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物的功效，病害的严重程度，气候条件，要改善的感兴趣的农艺性状等。本文提供的方法可以包括将本文提供的至少一种细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物单次施用到植物、植物部分或栽培区域中或将本文提供的至少一种细菌菌株或其活性变体多次施用到植物、植物部分或栽培区域中。
通常，本文提供的细菌菌株或其活性变体的施用率为107至1016集落形成单位(CFU)/公顷。在其它实施方案中，对于田间接种，本文提供的细菌菌株或其活性变体的施用率为3×107至1×1011集落形成单位(CFU)/公顷。(这相当于约1Kg至10kg的配制材料/公顷)。在其它实施方案，对于田间接种，本文提供的细菌菌株或其活性变体的施用率为3×107至1×1016集落形成单位(CFU)/公顷；约1×1012至约1×1013集落形成单位(CFU)/公顷，约1×1013至约1×1014集落形成单位(CFU)/公顷，约1×1014至约1×1015集落形成单位(CFU)/公顷，约1×1015至约1×1016集落形成单位(CFU)/公顷，约1×1016至约1×1017集落形成单位(CFU)/公顷；约1×104至约1×1014集落形成单位(CFU)/公顷；约1×105至约1×1013集落形成单位(CFU)/公顷；约1×106至约1×1012集落形成单位(CFU)/公顷；约1×109至约1×1011集落形成单位(CFU)/公顷；或约1×109至约1×1011集落形成单位(CFU)/公顷。在其它实施方案中，对于田间接种，本文提供的细菌菌株或其活性变体的施用率为至少约1×104、约1×105、约1×106、约1×107、约1×108、约1×109、约1×1010、约1×1011、约1×1012、1×1013、约1×1014、1×1015、约1×1016或约1×1017集落形成单位(CFU)/公顷。在其它实施方案中，对于田间接种，本文提供的细菌菌株或其活性变体的施用率至少为1×107到至少约1×1012CFU/公顷。在具体的实施方案中，本文提供的细菌菌株或其应用的活性变体包括保藏号为AIP075655、AIP061382、AIP029105的细菌菌株，或其中任一种的活性衍生物，或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性衍生物的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合。
在一些实施方案中，施用的组合物衍生自：细菌菌株或其活性变体，所述细菌菌株包括保藏号为AIP075655、AIP061382、AIP029105的菌株或其中任一种的活性衍生物，或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性衍生物中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合。在一些实施方案中，施用的组合物可以是基本上纯的培养物、全细胞培养液、上清液、滤液、提取物、或衍生自本发明的细菌菌株或其活性变体的化合物。施用的组合物可以单独施用或与另一种物质组合施用，以有效量用于防治植物有害生物或用于改善植物中感兴趣的农艺性状。
施用的组合物的有效量是微生物细胞、上清液、全细胞培养液、滤液、细胞级分或提取物、代谢物和/或化合物单独或与另一种杀有害生物物质组合时的量，所述量足以调节植物有害生物侵染或植物中感兴趣的农艺性状的表现。在有效范围内的量可以由本领域技术人员通过实验室或田间测试来确定。
在一些实施方案中，当组合物直接施用于种子时，有效量为每100g种子约0.05-25％、或约0.1-20％、或约0.5-15％、或约1-10％、或约2-5％的活性成分的浓度。在一些实施方案中，有效量为每100g种子约0.5-1％的活性成分。
在一些实施方案中，当组合物通过例如开沟施用于土壤时，有效量为每1000英尺行约0.1-50oz的活性成分。在另一个实施方案中，土壤施用的有效量为每1000英尺行约1-25oz的活性成分。在另一个实施方案中，有效量为每1000英尺行约2-20oz、或约3-15oz、或约4-10oz、或约5-8oz的活性成分。在又一个实施方案中，有效量为每1000英尺行约14或28oz的活性成分。
任何合适的农业施用率的杀生物剂可与本文提供的细菌菌株或本文公开的其活性变体联合施用。测定本文提供的细菌菌株或其活性变体的有效量的方法包括，例如，对由该细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物靶向的有害生物的防治的任何统计学上显著的增加。测定这种防治的方法是已知的。此外，与植物健康、产量和/或生长(在未应用本发明提供的细菌菌株或其活性变体时发生)相比，在应用有效量的本发明提供的细菌菌株或其活性变体时，植物健康、产量和/或生长发生统计学意义的增加
本发明还提供了一种控制或抑制植物有害生物(如引起植物病害的那些)生长的方法，通过施用包含本文提供的细菌菌株或其活性变体的组合物(即，AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的细胞，或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任何一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合)和/或衍生自上述细菌菌株或活性变体的组合物。“施用”旨在使用本文提供的细菌菌株或其活性变体中的一种或多种，使有效量的本文提供的细菌菌株或其活性变体与植物、栽培区域和/或种子接触，从而达到所需的效果。此外，本文提供的细菌菌株或其活性变体的施用可以在作物种植之前进行(例如，施用到土壤、种子或植物)。在具体的实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物的施用是叶面施用。因此，本发明的另一个实施方案提供了一种通过将本文提供的细菌菌株或其活性变体的群体和/或由其衍生的组合物施用于植物有害生物可能生长的环境来控制或抑制植物有害生物生长的方法。施用可以是对植物、对植物的部分、对要保护的植物的种子、或对要保护的植物在其中生长或将要生长的土壤的施用。对植物或植物部分的施用可以在收获之前或之后进行。对种子的施用将在种子种植之前进行。
在一些实施方案中，将有效量的至少一种本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或本文提供的由其衍生的组合物用作叶面施用以控制或抑制一种或多种线虫病原体的生长，所述线虫病原体选自南方根结线虫(Meloidogyne incognita)、爪哇根结线虫(Meloidogyne javanica)、北方根结线虫(Meloidogyne hapla)和花生根结线虫。
在一些实施方案中，有效量的本文提供的至少一种细菌菌株或其本文提供的活性变体和/或由其衍生的组合物用作叶面或土壤或种子施用以控制或抑制一种或多种昆虫害虫的生长。例如，有效量的本文提供的至少一种细菌菌株或其活性变体可用作叶面施用以控制或抑制鞘翅目昆虫的生长，所述鞘翅目昆虫包括玉米根虫、西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫、象甲和甘薯象甲。在其它实施方案中，将有效量的本文提供的至少一种细菌菌株或其活性变体和/或本文提供的由其衍生的组合物施用到待保护植物生长或将生长的土壤中，以控制或抑制一种或多种线虫害虫的生长。在具体的实施方案中，将有效量本文提供的至少一种细菌菌株或其活性变体和/或本文提供的由其衍生的组合物施用于植物种子，以抑制(抑制生长、摄食、繁殖力或生存力)、阻抑(阻抑生长、摄食、繁殖力或生存力)、减少(减少有害生物侵染、减少特定植物上的有害生物摄食活性)或杀死(引起植物有害生物的发病率、死亡率或降低的繁殖力)植物有害生物(例如昆虫害虫，例如鞘翅目害虫)。
在其它实施方案中，将有效量的本文提供的至少一种细菌菌株或其活性变体和/或本文提供的由其衍生的组合物施用于植物繁殖体(即，种子、枝条、茎插条、谷粒)，由该繁殖体生长或将生长成待保护的植物，从而控制或抑制一种或多种植物有害生物的生长。例如，有效量的至少一种本文提供的细菌菌株、或其活性变体和/或由其衍生的组合物可以施用于植物繁殖体，以控制或抑制昆虫害虫(例如鞘翅目昆虫，包括玉米根虫、西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫、象甲和红薯象甲)的生长。在具体的实施例中，有效量的至少一种本文提供的细菌菌株、或其活性变体和/或由其衍生的组合物可以在收获前或收获后施用于植物组织(包括果实)，以控制或抑制植物有害生物(例如昆虫害虫，如鞘翅目昆虫，包括玉米根虫、西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫、象甲和甘薯象甲)的生长。在一些实施方案中，在收获后，将有效量的本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物施用于植物组织(包括果实)，以控制或抑制一种或多种线虫害虫的生长。
在其它实施例中，有效量的至少一种本文提供的细菌菌株、或其活性变体和/或本文提供的由其衍生的组合物被施用到待保护植物生长或将要生长的土壤，以控制或抑制选自南方根结线虫(Meloidogyne incognita)、爪哇根结线虫(Meloidogyne javanica)、北方根结线虫(Meloidogyne hapla)和花生根结线虫的一种或多种害虫的生长。
在一些实施方案中，在收获后将有效量的本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或本文提供的衍生自其的组合物施用于植物，以控制或抑制选自南方根结线虫(Meloidogyne incognita)、爪哇根结线虫(Meloidogyne javanica)、北方根结线虫(Meloidogyne hapla)和花生根结线虫的一种或多种害虫的生长。
如本文所用，术语“植物”包括植物细胞、植物原生质体、可再生植物的植物细胞组织培养物、植物愈伤组织、植物丛和在植物或植物部分(例如胚芽、花粉、胚珠、种子、叶、花、枝、果实、核、穗、轴、壳、茎、根、根尖、花药等)中完好的植物细胞。谷粒是指商业种植者为了达到除了使物种生长或繁殖以外的目的而生产的成熟种子。
在具体的实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体(即，AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的细胞，或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合)和/或由其衍生的组合物，施用于植物的种子，例如玉米(玉蜀黍)植物的种子。所述细菌菌株或其活性变体向玉米种子的施用可以包括浓度为约105CFU/克至约1011CFU/克，约107CFU/克至约1010CFU/克，约107CFU/克至约1011CFU/克，约106CFU/克至约1010CFU/克，约106CFU/克至约1011CFU/克，约1011CFU/克至约1012CFU/克，约105CFU/克至约1010CFU/克，约105CFU/克至约1012CFU/克，约105CFU/克至约106CFU/克，约106CFU/克至约107CFU/克，约107CFU/克至约108CFU/克，约108CFU/克至约109CFU/克，约109CFU/克至约1010CFU/克，约1010CFU/克至约1011CFU/克，或约1011CFU/克至约1012CFU/克。在一些实施方案中，所述细菌菌株的浓度至少约105CFU/克，至少约106CFU/克，至少约107CFU/克，至少约108CFU/克，至少约109CFU/克，至少约1010CFU/克，至少约1011CFU/克，至少约1012CFU/克，或至少约1013CFU/克。在具体的实施方案中，所述细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物以异源种子包衣的形式施用到玉米种子上，如本文别处所述。施用的浓度和时间可以根据条件和地理位置而变化。
在具体的实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体(即，AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的细胞，或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合)和/或由其衍生的组合物施用于植物的叶片。施用时机可以根据条件和地理位置而变化。所述植物可以是感兴趣的植物物种，包括作物植物，包括谷物植物、油料种子植物和/或豆科植物、蔬菜植物和/或针叶树。
本发明提供了在包含易受植物有害生物或由植物有害生物引起的植物病害的影响的植物的栽培区域中防治植物有害生物(例如引起植物病害的植物有害生物)的方法。该方法包括：在栽培区域种植易受植物病害或有害生物影响的种子或植物；以及向易受病害或有害生物影响的植物、易受植物病害或有害生物影响的植物的种子或栽培区域施用有效量的本文提供的至少一种细菌菌株或其活性变体(AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的细胞，或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合)和/或由其衍生的组合物，其中本文提供的细菌菌株或其活性变体的有效量防治植物有害生物而不显著影响所述植物。在具体的实施方案中，有效量包括至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷。本发明还提供了一种用于生长易受植物有害生物或由植物有害生物引起的植物病害影响的植物的方法。该方法包括将有效量的包含至少一种本文提供的细菌菌株或其活性变体的组合物施用于易受所述病害或有害生物影响的植物、或易受所述病害或有害生物影响的植物的种子或栽培区域。在某些实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体可以包含AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的细胞；或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合。本文其它地方公开了本文提供的至少一种菌株或其活性变体的不同有效量，在一个非限制性实施例中，本文提供的细菌菌株或其活性变体的有效量包括至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷。在一些实施方案中，所述组合物衍生自本文提供的细菌菌株或其活性变体，并且可以包含AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的细胞；或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合。
本发明提供了提高植物产量的方法。植物的“产量”是指植物产生的生物质的质量和/或数量。“生物量”是指任何测定的植物产品。生物质产量的增加是所测植物产品产量的任何改善。与未暴露于本文提供的细菌菌株或其活性变体的植物相比，产量的增加可以包括任何统计学上显著的增加，包括，但不限于，产量至少增加1％、至少增加3％、至少增加5％、产量增加至少10％、增加至少20％、增加至少30％、增加至少50％、增加至少70％、增加至少100％或更大。本发明还提供了一种提高植物产量的方法，包括向作物或栽培区域施用有效量的组合物，所述组合物包含至少一种细菌菌株(包括AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体)、来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合，其中所述有效量包括至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷，其中所述组合物防治植物有害生物，从而提高产量。本发明还提供了一种提高植物产量的方法，该方法包括向作物或栽培区域施用有效量的组合物，所述组合物衍生自包括AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体的至少一种细菌菌株，来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合，其中所述组合物防治植物有害生物，从而提高产量。
如本文所用，“栽培区域”包括希望生长植物的任何区域。这些栽培区域包括但不限于栽培植物的田地(例如作物田地、草皮地、树林地、管理的林场、用于栽培水果和蔬菜的田地等)、温室、生长室等。
在其它实施方案中，感兴趣的植物(即，易受植物有害生物或由植物有害生物引起的植物病害影响的植物)和/或包含该植物的栽培区域，可以用有效量的本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物与有效量的杀生物剂或其它生物防治剂的组合来处理。用本文提供的细菌菌株、其活性变体、由其衍生的组合物与杀生物剂或其它生物防治剂的“组合处理”植物、栽培区域或田地或向植物、栽培区域或田地“施用该组合”，是指用有效量的一种或多种本文提供的细菌菌株或其活性变体和一种或多种杀生物剂或其它生物防治剂处理特定田地、植物和/或杂草中的一个或多个，从而达到所需的效果。此外，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物、以及杀生物剂或其它生物防治剂之一的施用可以在作物种植之前进行(例如，对土壤或植物施用)。而且，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物以及杀生物剂或其它生物防治剂的施用可以是同时的，或者可以在不同的时间(顺序的)施用，只要达到所需的效果即可。
在一个非限制性实施方案中，活性变体包括对一种或多种杀生物剂具有抗性的本文提供的细菌菌株。在具体的实施分案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体(即，AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的细胞，或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合)对草甘膦具有抗性。在这样的方法中，将植物、作物、或栽培区域用有效量的对草甘膦具有抗性的本文提供的细菌菌株或其活性变体与有效量的草甘膦的组合处理，其中草甘膦的有效量使得在作物没有明显损害的同时选择性地控制杂草。
在另一个非限制性实施方案中，活性变体包括本文提供的对草铵膦具有抗性的细菌菌株。在这样的方法中，将植物、作物或栽培区域用有效量的抗草铵膦的本文提供的细菌菌株或其活性变体与有效量的草铵膦的组合处理，其中草铵膦的有效量使得在作物没有明显损害的同时选择性地控制杂草。在这样的实施方案中，当与相同的浓度的未被修饰成草铵膦抗性的本文提供的细菌菌株或其活性变体与有效量的草铵膦或其活性衍生物组合时的植物健康、产量和/或生长相比，本文提供的细菌菌株或其活性变体的有效量足以导致植物健康、产量和/或生长的统计学显著增加。在另一个实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体包含有效量的:AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的细胞，或来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合。
V.与本文提供的细菌菌株或其活性变体联合使用的杀生物剂
如本文别处所讨论的，本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物可与杀生物剂(即，除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀有害生物剂或其它作物保护化学品)联合使用。在这种情况下，本文提供的细菌菌株或其活性变体与感兴趣的杀生物剂相容。
“除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀有害生物剂或其它作物保护化学品耐受性或除草剂、杀真菌剂、杀有害生物剂、杀昆虫剂或其它作物保护化学品抗性”是指生物体(即，本文提供的植物和/或菌株或其活性变体等)在暴露于一定剂量的除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀有害生物剂或其它作物保护化学品(通常对野生型生物体致死)之后存活和繁殖的能力。
可以用于本文公开的多种方法和组合物中的除草剂包括草甘膦、ACCase抑制剂(芳氧苯氧丙酸酯(FOPS))；ALS抑制剂(磺脲(SU))、咪唑啉酮(IMI)、嘧啶(PM))；微管蛋白抑制剂(二硝基苯胺(DNA))；合成的生长激素(苯氧基(P))、苯甲酸(BA)、羧酸(CA))；光***II抑制剂(三嗪(TZ))、三嗪酮(TN)、腈(NT)、苯并噻二嗪(BZ)、脲(US))；EPSP合酶抑制剂(甘氨酸(GC))；谷氨酰胺合成抑制剂(Phosphinic Acid(PA))；DOXP合酶抑制剂(异噁唑啉酮(IA))；HPPD抑制剂(吡唑(PA))、三酮(TE))；PPO抑制剂(二苯醚(DE)、N-苯基苯邻二甲酰亚胺(NP)(芳基三嗪酮(AT))；VLFA抑制剂(氯代乙酰胺(CA))、氧基乙酰胺(OA))；光***I抑制剂(联吡啶类(BP))等。
可用于本文公开的多种方法和组合物中的杀有害生物剂包括吡虫啉噻虫胺，芳基吡唑化合物(WO2007103076)；有机磷酸酯，苯基吡唑，拟除虫菊酯caramoyloximes，吡唑，脒，卤化烃，氨基甲酸酯及其衍生物，特丁硫磷(terbufos)，毒死蜱(chloropyrifos)，芬普尼，chlorethoxyfos，七氟菊酯(telfuthrin)，虫螨威(carbofuran)，吡虫啉，丁嘧硫磷(美国专利号5,849,320)。
可用于本文公开的多种方法和组合物中的杀昆虫剂包括吡虫啉，β-氯氟氰菊酯，溴氰虫甲酰胺(cyantraniliprole)，二嗪磷(diazinon)，λ-三氟氯氰菊酯(lambda-cyhalothrin)，灭虫威(methiocarb)，吡蚜酮(pymetrozine)，氟虫吡喹(pyrifluquinazon)，乙基多杀菌素(spinetoram)，螺虫乙酯(spirotetramat)，硫双灭多威(thiodicarb)和Ti-435，氨基甲酸酯，钠通道调节剂/电压依赖性钠通道阻断剂，拟除虫菊酯(pyrethroids)如DDT，噁二嗪如茚虫威(indoxacarb)，乙酰胆碱受体激动剂/拮抗剂，乙酰胆碱受体调节剂，烟碱，杀虫磺(bensultap)，杀螟丹(cartap)，chloronicotyinyls如啶虫脒(acetamiprid)，联苯菊酯(bifenthrin)，噻虫胺(clothianidin)，呋虫胺(dinotefuran)，吡虫啉(imidac loprid)，烯啶虫胺(nitenpyram)，噻硝虫嗪(nithiazine)，噻虫啉(thiacloprid)和噻虫嗪(thiamethoxam)，多杀菌素(spinosyns)如多杀霉素(spinosad)，环二烯有机氯如樟脑，氯丹，硫丹，γ-HCH，HCH，七氯，林丹(lindane)，甲氧氯(methoxychlor)，fiproles诸如乙酰虫腈，乙虫腈，氟虫腈，vaniliprole，氯化物通道，6.1菌素(mectins)如阿维菌素，依马菌素，甲氨基阿维菌素苯甲酸盐，伊维菌素，和米贝霉素，保幼激素模拟物如苯虫醚(diofenolan)，保幼醚(epofenonane)，苯氧威(fenoxycarb)，烯虫乙酯(hydroprene)，烯虫炔酯(Kinoprene)，烯虫酯(methoprene)，吡丙醚(pyriproxyfen)，和烯虫硫酯(Triprene)，非甾类蜕皮激素激动剂/破坏剂，二酰基肼(diacylhydrazine)，苯虫酰肼(chromafenozide)，卤虫酰肼(halofenozide)，甲氧虫酰肼(methoxyfenozide)，虫酰肼(tebufenozide)，壳多糖生物合成抑制剂，苯甲酰脲如双三氟虫脲(bistrifluron)，氟啶脲(chlorfluazuron)，除虫脲(diflubenzuron)，氟啶(fluazuron)，氟螨脲(flucycloxuron)，氟虫脲(flufenoxuron)，氟铃脲(hexaflumuron)，虱螨脲(lufenuron)，诺伐隆(novaluron)，多氟脲(noviflumuron)，氟幼脲(penfluron)，氟苯脲(teflubenzuron)，杀铃脲(triflumuron)，噻嗪酮(buprofezin)，环丙氨嗪(cyromazin)，氧化磷酸化抑制剂，ATP破坏剂，丁醚脲(diafenthiuron)，有机锡如***锡(azocyclotin)，三环锡(cyhexatin)，六苯丁锡氧(fenbutatin-oxide)，吡咯如溴虫腈(chlorfenapyr)，二硝基苯酚如乐杀螨(binapacryl)，消螨通(dinobuton)，敌螨普(dinocap)，DNOC，位点-I电子转运抑制剂，METI's如喹螨醚(fenazaquin)，唑螨酯(fenpyroximate)，嘧螨醚(pyrimidifen)，哒螨灵(pyridaben)，吡螨胺(tebufenpyrad)，唑虫酰胺(tolfenpyrad)，灭蚁腙(hydramethyinon)，三氯杀螨醇(dicofol)，鱼藤酮(rotenone)，灭螨醌(acequinocyl)，嘧螨酯(fluacrypyrim)，螺螨酯(spirodiclofen)，螺甲螨酯(spiromesifen)，tetramic acids，羧酰胺类如克螨特(propargite)，八胺能激动剂如阿米特拉，镁刺激的ATP酶抑制剂如炔螨特，BDCA's如N2-[1,1-二甲基-2-(甲磺酰基)乙基]-3-碘-N1-[2-甲基-4-[1,2,2,2--四氟-1-(三氟甲基)乙基]苯基]-1,2-苯，沙蚕毒素类似物如杀虫环草酸盐(thiocyclam hydrogen oxalate)和杀虫双(thiosultap sodium)。优选杀昆虫剂为毒死蜱和七氟菊酯中的一种或多种。
可用于本文所公开的多种方法和组合物中的杀线虫剂包括，但不限于，阿拉酸式苯-S-甲基(acibenzolar-S-methyl)，阿维菌素(例如阿巴美丁(abamectin))，氨基甲酸酯杀线虫剂(例如地灭威(aldicarb)，硫双威(thiadicarb)，呋喃丹(carbofuran)，丁硫克百威(carbosulfan)，杀线威(oxamyl)，涕灭砜威(aldoxycarb)，灭克磷(ethoprop)，灭多威(methomyl)，苯菌灵(benomyl)，棉铃威(alanycarb))，有机磷杀线虫剂(例如克线磷(phenamiphos)(苯线磷(fenamiphos))，丰索磷(fensulfothion)，特丁硫磷(terbufos)，噻唑磷(fosthiazate)，乐果(dimethoate)，磷虫威(phosphocarb)，除线磷(dichlofenthion)，isamidofos，丁硫环磷(fosthietan)，氯唑磷灭线磷(isazofosethoprophos),硫线磷(cadusafos),特丁硫磷,毒死蜱,除线磷,速杀硫磷(heterophos),isamidofos,四甲磷(mecarphon),甲拌磷(phorate),硫磷嗪(thionazin),***磷(triazophos),除线特(diamidafos),丁硫环磷,磷胺(phosphamidon)),和某些杀真菌剂，如克菌丹(captan),甲基硫菌灵(thiophanate-methyl)和噻菌灵(thiabendazole)。
可以用于本发明公开的多种方法和组合物中的杀真菌剂包括脂肪族氮杀真菌剂(丁胺、霜脲氰、多地辛、多果定、双胍盐、双胍辛醋酸盐)；酰胺杀真菌剂(苯并烯氟菌唑、环丙酰亚胺、双胺灵、环氟菌胺、双氯氰菌胺、双氯氰菌胺、甲氧菌平、烯肟菌胺、氰菌胺、flumetover、呋吡菌胺、isofetamid、吡唑萘菌胺、mandestrobin、双炔酰菌胺、苯氧菌胺、肟醚菌胺、吡噻菌胺、扑克拉杀虫剂、醌菌腙、硫硅菌霜脲氰胺、嗪胺灵)；氨酰酸杀真菌剂(苯霜灵、苯霜灵-M、呋霜灵、甲霜林、甲霜林-M、稻瘟酯、valifenalate)；苯胺杀真菌剂(苯霜灵、苯霜灵-M、联苯吡菌胺、啶酰菌胺、萎锈灵、环酰菌胺、氟唑菌酰胺、异噻菌胺、甲霜林、甲霜林-M、噻菌胺、甲呋酰胺、恶霜灵、氧化萎锈灵、戊苯吡菌胺、比锈灵、对氟唑环菌胺、噻呋酰胺、噻酰菌胺、vanguard)；苯酰苯胺杀真菌剂(麦锈灵、氟酰胺、灭锈胺、担菌宁、水杨酰苯胺、叶枯酞)；呋喃酰苯胺杀真菌剂(一甲呋萎灵、呋霜灵、二甲呋酰苯胺、三甲呋菌胺)；磺胺杀真菌剂(磺菌胺)；苯甲酰胺杀真菌剂(苯基异羟肟酸、氟吡菌胺、氟吡菌酰胺、tioxymid、水杨菌胺、zarilamid、对苯酰菌胺)；糠酰胺杀真菌剂(呋环散、拌种胺)；苯基磺酰胺杀真菌剂(抑菌灵、对甲抑菌灵)；磺胺杀真菌剂(吲唑磺菌胺、氰霜唑)；缬氨酰胺杀真菌剂(苯噻菌胺、异丙菌胺)；抗生素杀真菌剂(金色制霉素、杀稻瘟菌素-S、放线菌酮、灰黄霉素、春日霉素、吗啉胍、游霉素、多抗霉素、多氧霉素、链霉素、有效霉素)；甲氧基丙烯酸酯类杀真菌剂(氟嘧菌酯、mandestrobin)；甲氧基丙烯酸酯甲氧基丙烯酸酯类杀真菌剂(嘧菌酯、吡氟菌酯、丁香菌酯、烯肟菌酯、氟菌螨酯、jiaxiangjunzhi、啶氧菌酯、唑菌酯)；甲氧基苯氨基甲酸酯甲氧基丙烯酸酯类杀真菌剂(唑菌胺酯、唑胺菌酯、氯啶菌酯)；甲氧基亚氨基乙酰胺甲氧基丙烯酸酯类杀真菌剂(甲氧菌平、烯肟菌胺、苯氧菌胺、肟醚菌胺)；甲氧基亚氨基乙酸酯甲氧基丙烯酸酯类杀真菌剂(醚菌酯-甲基、肟菌酯)；芳香族杀真菌剂(联苯、氯二硝萘、地茂散、百菌清、甲酚、氯硝胺、酚菌酮、六氯苯、五氯苯酚、五氯硝基苯、五氯酚酸钠、四氯硝基苯、三硝基苯)；含砷杀真菌剂(福美砷、福美甲胂)；芳基苯基酮杀真菌剂(苯菌酮、pyriofenone)；苯并咪唑杀真菌剂(阿苯达唑、苯菌灵、多菌灵、解草唑、青菌灵、咪菌威、呋喃基苯并咪唑、甲威苯咪、吡咪唑、噻苯唑)；苯并咪唑前体杀真菌剂(呋甲硫菌灵、托布津、托布津-甲基)；苯并噻唑杀真菌剂(bentaluron、苯噻菌胺、苯噻硫氰、灭瘟唑、噻菌灵)；植物杀真菌剂(蒜素、黄连素、香芹酚、香芹酮、欧芹酚甲醚、血根碱、散道宁)；桥联联苯杀真菌剂(硫二氯酚、双氯酚、二苯胺、六氯酚、屈***酚)；氨基甲酸酯杀真菌剂(苯噻菌胺、呋甲硫菌灵、3-碘-2-丙炔基丁基氨基甲酸酯(iodocarb)、异丙菌胺、picarbutrazox、霜霉威、pyribencarb、托布津、托布津-甲基、tolprocarb)；苯并咪唑基氨基甲酸酯杀真菌剂(阿苯达唑、苯菌灵、多菌灵、青菌灵、咪菌威、甲威苯咪)；苯氨基甲酸酯杀真菌剂(乙霉威、唑菌胺酯、唑胺菌酯、氯啶菌酯)；唑类杀真菌剂、唑类杀真菌剂(咪唑)(氯咪巴唑、克霉唑、伊米萨利、噁咪唑、扑克拉杀虫剂、氟菌唑)；唑类杀真菌剂(***)(氮康唑、糠菌唑、环丙唑醇、苄氯***醇、苯醚甲环唑、烯唑醇、烯唑醇-M、氟环唑、乙环唑、唑菌腈、氟喹唑、氟硅唑、粉唑醇、呋菌唑、呋菌唑-cis、己唑醇、酰胺唑、种菌唑、叶菌唑、腈菌唑、戊菌唑、丙环唑、丙硫菌唑、氟喹唑、硅氟唑、戊唑醇、四氟醚唑、***酮、***醇、灭菌唑、烯效唑、烯效唑-P)；铜杀真菌剂(acypetacs-铜、波尔多混合液、碳酸钠波尔多混合液、切欣特混合液、醋酸铜、碳酸铜(碱式)、氢氧化铜、环烷酸铜、油酸铜、碱式氯化铜、硅酸铜、硫酸铜、硫酸铜(碱式)、铬酸铜锌、硫杂灵杀菌剂、福美铜氯、氧化亚铜、代森锰铜、喹啉铜、噻森铜、噻二唑-铜)；氰基丙烯酸酯杀真菌剂(benzamacril、氰烯菌酯)；二甲酰亚胺杀真菌剂(噁唑菌酮、氟里醚)；二氯苯基二甲酰亚胺杀真菌剂(乙菌利、菌核利、异丙二酮、isovaledione、甲菌利、腐霉利、烯菌酮)；苯邻二甲酰亚胺杀真菌剂(敌菌丹、克菌丹、灭菌磷、灭菌丹、硫氯苯亚胺)；二硝基酚杀真菌剂(乐杀螨、敌螨通、敌螨普、敌螨普-4、敌螨普-6、消螨多、邻敌螨消、硝戊酯、硝辛酯、硝丁酯、DNOC)；二硫氨基甲酸酯杀真菌剂(代森铵、福美砷、氧化福美双杀菌剂、吗菌威、硫杂灵杀菌剂、福美铜氯、双硫仑、福美铁、威百亩、代森钠、tecoram、福美双、福美甲胂、什来特)；环状二硫氨基甲酸酯杀真菌剂(棉隆、etem、代森环)；聚合二硫氨基甲酸酯杀真菌剂(代森锰铜、代森锰锌、代森锰、代森联、聚氨基甲酸酯、丙森锌、代森锌)；二硫戊环杀真菌剂(稻瘟灵、噻菌茂)；薰剂杀真菌剂(二硫化碳、氰、双硫醚、甲基溴、甲基碘、四硫代碳酸钠)；酰肼杀真菌剂(benquinox、噻菌茂)；咪唑杀真菌剂(氰霜唑、咪唑菌酮、丁基苯基咪唑丙腈、果绿定、异丙二酮、isovaledione、稻瘟酯、咪唑嗪)；唑类杀真菌剂(咪唑)(氯咪巴唑、克霉唑、伊米萨利、噁咪唑、扑克拉杀虫剂、氟菌唑)；无机杀真菌剂(叠氮化钾、硫氰酸钾、叠氮化钠、硫、还参见铜杀真菌剂、还参见无机汞杀真菌剂)；汞杀真菌剂；无机汞杀真菌剂(氯化汞、***、氯化亚汞)；有机汞杀真菌剂((3-乙氧丙基)溴化汞、醋酸乙基汞、乙基溴化汞、乙基氯化汞、乙基汞2,3-二羟丙基硫醇盐、乙基汞磷酸酯、N-(乙基汞)-p-甲苯磺苯胺、汞加芬、2-甲氧基乙基氯化汞、苯甲酸甲汞、氰胍甲汞、五氯酚酸甲汞、8-苯基汞氧基喹啉、phenylmercuriurea、醋酸苯汞、氯化苯汞、邻苯二酚的苯基汞衍生物、硝酸苯汞、水杨酸苯汞、硫柳汞、tolylmercury acetate)；吗啉杀真菌剂(二甲基吗啉、benzamorf、吗菌威、烯酰吗啉、十二环吗啉、丁苯吗啉、氟吗啉、二甲十三烷吗啉)；有机磷杀真菌剂(ampropylfos、灭菌磷、EBP、克瘟散、乙膦酸、hexylthiofos、枯瘟净、异稻瘟净、浸种磷、kejunlin、phosdiphen、定菌磷、立枯磷-甲基、***磷胺)；有机锡杀真菌剂(癸磷锡、三苯锡、氧化三丁锡)；控心灵(oxathiin)杀真菌剂(萎锈灵、氧化萎锈灵)；噁唑杀真菌剂(乙菌利、菌核利、敌菌酮、噁唑菌酮、恶霉灵、肼叉噁唑酮、甲菌利、恶霜灵、oxathiapiprolin、氯啶菌酯、烯菌酮)；多硫化物杀真菌剂(多硫化钡、多硫化钙、多硫化钾、多硫化钠)；吡唑杀真菌剂(苯并烯氟菌唑、联苯吡菌胺、胺苯吡菌酮、氟唑菌酰胺、呋吡菌胺、吡唑萘菌胺、oxathiapiprolin、戊苯吡菌胺、吡噻菌胺、唑菌胺酯、唑胺菌酯、唑菌酯、吡咪唑、对氟唑环菌胺)；吡啶杀真菌剂(啶酰菌胺、粉病定、双硫氧吡啶、氟啶胺、氟吡菌胺、氟吡菌酰胺、屈***酚、picarbutrazox、pyribencarb、二氮二氰苯吡啶、比芬诺、氯啶菌酯、甲氧氯吡啶、pyroxyfur、氯啶菌酯)；嘧啶杀真菌剂(磺酸丁嘧啶、氟嘧菌胺、甲菌定、乙菌定、芬瑞莫杀虫剂、嘧菌腙、氟苯嘧啶醇、嘧菌醇)；苯氨基嘧啶杀真菌剂(嘧菌环胺、嘧菌胺、嘧霉胺)；吡咯杀真菌剂(菌核净、拌种咯、咯菌腈、氟里醚)；季铵杀真菌剂(黄连素、血根碱)；喹啉杀真菌剂(乙氧喹、halacrinate、8-硫酸羟基喹啉、羟基喹啉基乙酮、喹氧灵、tebufloquin)；苯醌杀真菌剂(氯醌、二氯萘醌、二噻农)；喹喔啉杀真菌剂(灭螨猛、四氯喹噁啉、克杀螨)；噻重氮杀真菌剂(氯唑灵、噻森铜、噻二唑-铜、噻唑锌)；噻唑杀真菌剂(噻唑菌胺、异噻菌胺、噻菌胺、辛异噻啉酮、oxathiapiprolin、噻苯唑、噻呋酰胺)；噻唑烷杀真菌剂(flutianil、噻二呋)；硫代氨基甲酸酯杀真菌剂(磺菌威、胺丙威)；噻吩杀真菌剂(噻唑菌胺、isofetamid、硫硅菌胺)；三嗪杀真菌剂(敌菌灵)；***杀真菌剂(吲唑磺菌胺、联苯***醇、氟苯***、丁基***)；唑类杀真菌剂(***)(氮康唑、糠菌唑、环丙唑醇、苄氯***醇、苯醚甲环唑、烯唑醇、烯唑醇-M、氟环唑、乙环唑、唑菌腈、氟喹唑、氟硅唑、粉唑醇、呋菌唑、呋菌唑-顺式、己唑醇、huanjunzuo、酰胺唑、种菌唑、叶菌唑、腈菌唑、戊菌唑、丙环唑、丙硫菌唑、氟喹唑、硅氟唑、戊唑醇、四氟醚唑、***酮、***醇、灭菌唑、烯效唑、烯效唑-P)；***嘧啶杀真菌剂(唑嘧菌胺)；脲杀真菌剂(bentaluron、戊菌隆、醌菌腙)；锌杀真菌剂(acypetacs-锌、铬酸铜锌、硫杂灵杀菌剂、代森锰锌、代森联、聚氨基甲酸酯、多氧霉素-锌、丙森锌、环烷酸锌、噻唑锌、三氯苯氧化锌、代森锌、什来特)；未分类的杀真菌剂(活化酯、acypetacs、烯丙醇、杀藻胺、bethoxazin、溴菌腈、壳聚糖、三氯硝基甲、DBCP、去水醋酸、哒菌清、焦碳酸二乙酯、乙蒜素、敌克松、种衣酯、苯锈啶、甲醛、糠醛、六氯丁二烯、异硫氰酸甲酯、硝茎苯乙烯、异丙消、OCH、月桂酸五氯苯酯、2-苯基苯酚、苯酞、哌丙灵、普罗帕脒、碘喹唑酮、氯喹酮、邻苯基苯酚钠、葚孢菌素、戊苯砜、噻菌腈、三环唑)或精甲霜灵。
在本发明的一些实施方案中，提供了一种部件试剂盒，所述部件试剂盒以空间分离的排列包含本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物，和至少一种杀生物剂。在一些实施方案中，杀生物剂是除草剂、杀真菌剂、杀昆虫剂、杀有害生物剂或其它作物保护化学品。
本发明的非限制性实施方案包括：
1.一种组合物，其包含:
(a)细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，并且其中所述细菌菌株或其活性变体以约105CFU/克至约1012CFU/克或约105CFU/ml至约1012CFU/ml存在；
(b)来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，并且其中所述孢子、前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合、或其活性变体以约105CFU/克至约1012CFU/克或约105CFU/ml至约1012CFU/ml存在；和/或
(c)衍生自细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；
其中有效量的所述组合物改善植物感兴趣的农艺性状或防治引起植物病害的植物有害生物或植物病原体。
2.实施方案1的组合物，其中所述细菌菌株或其活性变体以约105CFU/克至约1010CFU/克或约105CFU/ml至约1010CFU/ml存在.
3.实施方案1或2的组合物，其中所述组合物包含细胞糊剂。
4.实施方案1或2的组合物，其中所述组合物包含可湿性粉末、喷雾干燥的制剂或稳定的制剂。
5.实施方案1或2的组合物，其中所述组合物包含种子处理剂。
6.实施方案1-5中任一项的组合物，其中所述植物有害生物包括线虫害虫或昆虫害虫。
7.实施方案1-5中任一项的组合物，其中所述植物有害生物包括至少一种线虫害虫或至少一种昆虫害虫。
8.实施方案1-7中任一项的组合物，其中所述植物有害生物是鞘翅目、鳞翅目或半翅目昆虫。
9.实施方案6或7的组合物，其中所述植物有害生物包括一种或多种鞘翅目害虫，所述鞘翅目害虫选自由以下组成的组：叩甲属物种(Agriotes spp.)、花象属物种(Anthonomus spp.)、甜菜隐食甲(Atomaria linearis)、蚤凹胫跳甲(Chaetocnematibialis)、根颈象属物种(Cosmopolites spp.)、象虫属物种(Curculio spp.)、皮蠹属物种(Dermestes spp.)、食植瓢虫属物种(Epilachna spp.)、Eremnus spp.、马铃薯叶甲(Leptinotarsa decemlineata)、稻水象属物种(Lissorhoptrus spp.)、鳃金龟属物种(Melolontha spp.)、锯谷盗属物种(Orycaephilus spp.)、耳象属物种(Otiorhynchusspp.)、斑象属物种(Phlyctinus spp.)、云粉蝶属物种(Popillia spp.)、蚤跳甲属物种(Psylliodes spp.)、谷蠹属物种(Rhizopertha spp.)、金龟科(Scarabeidae)、米象属物种(Sitophilus spp.)、麦蛾属物种(Sitotroga spp.)、粉甲属物种(Tenebrio spp.)、拟谷盗属物种(Tribolium spp.)、斑皮蠹属物种(Trogoderma spp.)、来自长角象虫科(Anthribidae)、豆象科(Bruchidae)和象甲科(Curculionidae)的象甲类(例如，甘薯小象虫(Cylas formicarius(Fabricius)),棉铃象甲(Anthonomus grandis Boheman),稻水象(Lissorhoptrus oryzophilus Kuschel),米象(Sitophilus oryzae L.))；跳甲,黄瓜甲虫,根虫,叶甲,马铃薯甲虫，叶甲科(Chrysomelidae)的潜叶虫(例如,科罗拉多马铃薯甲虫(Leptinotarsa decemlineata),玉米根虫属物种(Diabrotica spp.)，包括西方玉米根虫(Diabrotica virgifera virgifera LeConte))；金龟子和来自Scaribaeidae科的其他甲虫(例如，日本金龟子(Popillia japonica Newman)和欧洲金龟子(Rhizotrogus majalisRazoumowsky))；来自叩甲科(Elateridae)的铁线虫和来自小蠹科(Scolytidae)的小蠹虫。
10.实施方案6或7的组合物，其中所述植物有害生物包括一种或多种鳞翅目害虫，所述鳞翅目害虫选自由以下组成的组：小蜡螟(Achoroia grisella)、西部黑头长翅卷蛾(Acleris gloverana)、黑头长翅卷蛾(Acleris variana)、苹果小卷叶蛾(Adoxophyesorana)、小地老虎(Agrotis ipsilon)、棉叶波纹夜蛾(Alabama argillacea)、秋尺蠖(Alsophila pometaria)、脐橙螟蛾(Amyelois transitella)、地中海粉螟(Anagastakuehniella)、桃枝麦蛾(Anarsia lineatella)、橙纹犀额蛾(Anisota senatoria)、柞蚕(Antheraea pernyi)、大豆夜蛾(Anticarsia gemmatalis)、黄卷蛾属物种(Archipsspp.)、带卷蛾属物种(Argyrotaenia spp.)、Athetis mindara、家蚕(Bombyx mori)、棉潜蛾(Bucculatrix thurberiella)、粉斑螟蛾(Cadra cautella)、色卷蛾属物种(Choristoneura sp.)、Cochylls hospes、苜蓿黄蝶(Colias eurytheme)、米蛾(Corcyracephalonica)、Cydia latiferreanus、苹果蠹蛾(Cydia pomonella)、胡桃黄蝶(Datanaintegerrima)、Dendrolimus sibericus、Desmiafeneralis spp.、甜瓜绢野螟(Diaphaniahyalinata)、黄瓜绢野螟(Diaphania nitidalis)、西南玉米螟(Diatraea grandiosella)、小蔗螟(Diatraea saccharalis)、白尺蠖蛾(Ennomos subsignaria)、墨西哥稻螟(Eoreumaloftini)、烟草粉螟(Esphestia elutella)、菩提松尺蠖(Erannis tilaria)、盐泽灯蛾(Estigmene acrea)、Eulia salubricola、Eupocoellia ambiguella、女贞细卷蛾(Eupoecilia ambiguella)、褐尾蠹(Euproctis chrysorrhoea)、暗缘地老虎(Euxoamessoria)、大蜡螟(Galleria mellonella)、梨小食心虫(Grapholita molesta)、黑拟蛉蛾(Harrisina americana)、亚曲叶蛾(Helicoverpa subflexa)、棉铃虫(Helicoverpa zea)、烟芽夜蛾(Heliothis virescens)、Hemileuca oliviae、向日葵斑螟(Homoeosomaelectellum)、美国白蛾(Hyphantia cunea)、番茄蠹蛾(Keiferia lycopersicella)、铁杉尺蠖(Lambdina fiscellaria fiscellaria)、西部铁杉尺蠖(Lambdina fiscellarialugubrosa)、柳毒蛾(Leucoma salicis)、葡萄花翅小卷蛾(Lobesia botrana)、草地螟(Loxostege sticticalis)、舞毒蛾(Lymantria dispar)、Macalla thyrisalis、天幕毛虫属物种(Malacosoma spp.)、甘蓝夜蛾(Mamestra brassicae)、蓓带夜蛾(Mamestraconfigurata)、番茄天蛾(Manduca quinquemaculata)、烟草天蛾(Manduca sexta)、豆荚野螟(Maruca testulalis)、Melanchra picta、冬尺蛾(Operophtera brumata)、毒蛾属物种(Orgyia spp.)、玉米螟(Ostrinia nubilalis)、尺蠖(Paleacrita vernata)、美洲大芷凤蝶(Papilio cresphontes)、红棉铃虫(Pectinophora gossypiella)、加州槲蛾(Phryganidia californica)、斑幕潜叶蛾(Phyllonorycter blancardella)、暗脉菜粉蝶(Pieris napi)、菜粉蝶(Pieris rapae)、苜蓿绿夜蛾(Plathypena scabra)、Platynotaflouendana、荷兰石竹小卷蛾(Platynota stultana)、洋葱羽蛾(Platyptiliacarduidactyla)、印度谷螟(Plodia interpunctella)、小莱蛾(Plutella xylostella)、美国纹白蝶(Pontia protodice)、美洲粘虫(Pseudaletia unipuncta)、Pseudoplasiaincludens、杂食尺蠖(Sabulodes aegrotata)、红抚天社蛾(Schizura concinna)、麦蛾(Sitotroga cerealella)、苹果小卷叶蛾(Spilonta ocellana)、斜纹夜蛾属物种(Spodoptera spp.)、松行列蛾(Thaurnstopoea pityocampa)、衣蛾(Tinsolabisselliella)、粉纹夜蛾(Trichoplusia hi)、番茄斑潜蝇(Tuta absoluta)、温室结网野螟(Udea rubigalis)、Xylomyges curiails和苹果巢蛾(Yponomeuta padella)。
11.实施方案6或7的组合物，其中所述植物有害生物包括一种或多种半翅目害虫，所述半翅目害虫选自由以下组成的组：草盲蝽属物种(Lygus spp.)，包括草盲蝽(Lygushesperus)、美国牧草盲蝽(Lygus lineolaris)、牧草盲蝽(Lygus pratensis)、长毛草盲蝽(Lygus rugulipennis)和Lygus pabulinus、土豆盲蝽(Calocoris norvegicus)、泛奥盲蝽(Orthops compestris)、苹果盲蝽(Plesiocoris rugicollis)、Cyrtopeltis modestus、黑斑烟盲蝽(Cyrtopeltis notatus)、白斑盲蝽(Spanagonicus albofasciatus)、Diaphnocoris chlorinonis、Labopidicola allii、棉盲蝽(Pseudatomoscelisseriatus)、苜蓿盲蝽(Adelphocoris rapidus)、四线盲蝽(Poecilocapsus lineatus)、美洲毛谷杆长蝽(Blissus leucopterus)，Nysius spp.，包括小长蝽(Nysius ericae)和Nysius raphanus、褐臭蝽(Euschistus servus)、英雄美洲蝽(Euschistus heros),绿蝽属物种(Nezara spp.)，包括稻绿蝽(Nezara viridula)，美洲蝽属物种(Euschistus spp.)，包括褐臭蝽(Euschistus servus)和英雄美洲蝽(Euschistus heros)，Dichelops spp.，包括Dichelops melacantus和Dichelops furcatus、褐翅蝽象(Halyomorpha halys)、萝卜蚜(Lipaphis erysimi)、棉蚜(Aphis gossypii)、麦长管蚜(Macrosiphum avenae)、桃蚜(Myzus persicae)、豌豆蚜(Acyrthosiphon pisum)，蚜总科物种(Aphidoidea spp),扁盾蝽属物种(Eurygaster spp.),缘蝽科物种(Coreidae spp.),红蝽科物种(Pyrrhocoridaespp.),负子蝽科物种(Blostomatidae spp.),猎蝽科物种(Reduviidae spp.),臭虫科物种(Cimicidae spp.),橘黑刺粉虱(Aleurocanthus woglumi),Aleyrodes proletella,小粉虱属物种(Bemisia spp.),包括银叶粉虱(Bemisia argentifolii)和烟草粉虱(Bemisiatabaci),和温室粉虱(Trialeurodes vaporariorum)。
12.实施方案6或7的组合物，其中所述线虫害虫包括选自由以下组成的组的一种或多种线虫害虫：南方根结线虫(Meloidogyne incognita)，爪哇根结线虫(Meloidogynejavanica),北方根结线虫(Meloidogyne hapla)，花生根结线虫(Meloidogyne arenaria)，腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)，鳞球茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，穿刺短体线虫(Pratylenchus penetrans),菊花穿刺短体线虫(Pratylenchus fallax),咖啡短体线虫(Pratylenchus coffeae),卢斯短体线虫(Pratylenchus loosi)，伤残短体线虫(Pratylenchus vulnus)，马铃薯金线虫(Globodera rostochiensis)，马铃薯白线虫(Globodera pallida)，大豆孢囊线虫(Heterodera glycines)，甜菜孢囊线虫(Heteroderaschachtii)，禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)，水稻干尖线虫(Aphelenchoidesbesseyi),菊花滑刃线虫(Aphelenchoides ritzemabosi)，草莓滑刃线虫(Aphelenchoidesfragariae)，燕麦真滑刃线虫(Aphelenchus avenae)，香蕉穿孔线虫(Radopholussimilis)，柑橘半穿刺线虫(Tylenchulus semipenetrans)，肾形肾状线虫(Rotylenchulusreniformis)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)，红环腐线虫(Bursaphelenchuscocophilus)，螺旋线虫属物种(Helicotylenchus spp.)，香蕉穿孔线虫(Radopholussimilis)，鳞茎和茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，肾形肾状线虫(Rotylenchulusreniformis)，剑线虫属物种(Xiphinema spp.)，芽线虫属物种(Aphelenchoides spp.)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)和短体线虫属物种(Pratylenchus spp.)。
13.实施方案1-5中任一项的组合物，其中所述植物病害是真菌植物病害。
14.实施方案1-5中任一项的组合物，其中所述植物病原体包括至少一种真菌病原体。
15.实施方案13或14的组合物，其中所述植物病原体包括一种或多种真菌病原体，所述真菌病原体选自由以下组成的组：曲霉属物种(Aspergillus spp.),黄曲霉(Aspergillus flavus),灰葡萄孢霉(Botrytis cinerea),尾孢菌属物种(Cersosporaspp.),大豆尾孢菌(Cercospora sojina),甜菜尾孢菌(Cercospora beticola),茄链格孢菌(Alternaria solani),大豆立枯丝核菌(Rhizoctonia solani),小麦白粉菌(Blumeriagraminis),莴苣盘梗霉(Bremia lactucae),葡萄白粉菌(Erysiphe necator),叉丝单囊壳属物种(Podosphaera spp.),苍耳单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii),二孢白粉菌(Golovinomyces cichoracearum),紫薇白粉菌(Erysiphe lagerstroemiae),月季白粉菌(Sphaerotheca pannosa),炭疽菌属物种(Colletotrichum spp.),亚线孢炭疽菌(Colletotrichum sublineolum),谷物炭疽菌(Colletotrichum cereale),胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporiodes),Apiognomonia errabunda，Apiognomonia veneta，白蜡盘座孢菌(Discula fraxinea),葡萄霜霉菌(Plasmopara viticola),黄瓜假霜霉病菌(Pseudoperonospora cubensis),霜霉属物种(Peronospora spp.)，Peronosporabelbahrii,Peronospora lamii,Plasmopara obduscens,Pythium cryptoirregulare,瓜果腐霉(Pythium aphanidermatum),畸雌腐霉(Pythium irregulare),林栖腐霉(Pythiumsylvaticum),群结腐霉(Pythium myriotylum),终极腐霉(Pythium ultimum),疫霉属物种(Phytophthora spp.),辣椒疫霉(Phytophthora capsici),烟草疫霉(Phytophthoranicotianae),致病疫霉(Phytophthora infestans),热带疫霉(Phytophthoratropicalis),大豆疫霉(Phytophthora sojae),镰孢霉属物种(Fusarium spp.),Fusariumvirguliforme，禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum)，茄病镰刀菌(Fusarium solani),尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)，禾生镰刀菌(Fusarium graminicola)，玉米赤霉(Gibberella zeae),禾生炭疽病菌(Colletotrichum graminicola)，层锈菌属物种(Phakopsora spp.)，山马蝗层锈菌(Phakopsora meibomiae)，豆薯层锈菌(Phakopsorapachyrizi),小麦叶锈菌(Puccinia triticina),隐匿柄锈菌(Puccinia recondita),小麦条锈菌(Puccinia striiformis),小麦秆锈菌(Puccinia graminis)，柄锈菌属物种(Puccinia spp.),苹果黑星菌(Venturia inaequalis),轮枝孢属物种(Verticilliumspp.)，球腔菌属物种(Mycosphaerella spp.)，斐济球腔菌(Mycosphaerella fijiensis)，桃褐腐病菌(Monilinia fructicola),Monilinia lax和苹果褐腐菌(Moniliniafructigena)。
16.一种包含细胞糊剂的组合物，所述细胞糊剂包含：
(a)细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；和/或
(b)来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，
其中有效量的所述细菌菌株组合物改善植物感兴趣的农艺性状或防治引起植物病害的植物有害生物或植物病原体。
17.实施方案16的组合物，其中所述植物有害生物是线虫害虫或昆虫害虫。
18.实施方案17的组合物，其中所述线虫害虫包括选自由以下组成的组的一种或多种线虫害虫：南方根结线虫(Meloidogyne incognita)，爪哇根结线虫(Meloidogynejavanica),北方根结线虫(Meloidogyne hapla)，花生根结线虫(Meloidogyne arenaria)，腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)，鳞球茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，穿刺短体线虫(Pratylenchus penetrans),菊花穿刺短体线虫(Pratylenchus fallax),咖啡短体线虫(Pratylenchus coffeae),卢斯短体线虫(Pratylenchus loosi)，伤残短体线虫(Pratylenchus vulnus)，马铃薯金线虫(Globodera rostochiensis)，马铃薯白线虫(Globodera pallida)，大豆孢囊线虫(Heterodera glycines)，甜菜孢囊线虫(Heteroderaschachtii)，禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)，水稻干尖线虫(Aphelenchoidesbesseyi),菊花滑刃线虫(Aphelenchoides ritzemabosi)，草莓滑刃线虫(Aphelenchoidesfragariae)，燕麦真滑刃线虫(Aphelenchus avenae)，香蕉穿孔线虫(Radopholussimilis)，柑橘半穿刺线虫(Tylenchulus semipenetrans)，肾形肾状线虫(Rotylenchulusreniformis)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)，红环腐线虫(Bursaphelenchuscocophilus)，螺旋线虫属物种(Helicotylenchus spp.)，香蕉穿孔线虫(Radopholussimilis)，鳞茎和茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，肾形肾状线虫(Rotylenchulusreniformis)，剑线虫属物种(Xiphinema spp.)，芽线虫属物种(Aphelenchoides spp.)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)和短体线虫属物种(Pratylenchus spp.)。
19.实施方案17的组合物，其中所述昆虫害虫包括一种或多种鞘翅目害虫，所述鞘翅目害虫选自由以下组成的组：叩甲属物种(Agriotes spp.)、花象属物种(Anthonomusspp.)、甜菜隐食甲(Atomaria linearis)、蚤凹胫跳甲(Chaetocnema tibialis)、根颈象属物种(Cosmopolites spp.)、象虫属物种(Curculio spp.)、皮蠹属物种(Dermestes spp.)、食植瓢虫属物种(Epilachna spp.)、Eremnus spp.、马铃薯叶甲(Leptinotarsadecemlineata)、稻水象属物种(Lissorhoptrus spp.)、鳃金龟属物种(Melolontha spp.)、锯谷盗属物种(Orycaephilus spp.)、耳象属物种(Otiorhynchus spp.)、斑象属物种(Phlyctinus spp.)、云粉蝶属物种(Popillia spp.)、蚤跳甲属物种(Psylliodes spp.)、谷蠹属物种(Rhizopertha spp.)、金龟科(Scarabeidae)、米象属物种(Sitophilus spp.)、麦蛾属物种(Sitotroga spp.)、粉甲属物种(Tenebrio spp.)、拟谷盗属物种(Triboliumspp.)、斑皮蠹属物种(Trogoderma spp.)、来自长角象虫科(Anthribidae)、豆象科(Bruchidae)和象甲科(Curculionidae)的象甲类(例如，甘薯小象虫(Cylas formicarius(Fabricius)),棉铃象甲(Anthonomus grandis Boheman),稻水象(Lissorhoptrusoryzophilus Kuschel),米象(Sitophilus oryzae L.))；跳甲,黄瓜甲虫,根虫,叶甲,马铃薯甲虫，叶甲科(Chrysomelidae)的潜叶虫(例如,科罗拉多马铃薯甲虫(Leptinotarsadecemlineata),玉米根虫属物种(Diabrotica spp.)，包括西方玉米根虫(Diabroticavirgifera virgifera LeConte))；金龟子和来自Scaribaeidae科的其他甲虫(例如，日本金龟子(Popillia japonica Newman)和欧洲金龟子(Rhizotrogus majalisRazoumowsky))；来自叩甲科(Elateridae)的铁线虫和来自小蠹科(Scolytidae)的小蠹虫。
20.实施方案17的组合物，其中所述昆虫害虫包括一种或多种鳞翅目害虫，所述鳞翅目害虫选自由以下组成的组：小蜡螟(Achoroia grisella)、西部黑头长翅卷蛾(Aclerisgloverana)、黑头长翅卷蛾(Acleris variana)、苹果小卷叶蛾(Adoxophyes orana)、小地老虎(Agrotis ipsilon)、棉叶波纹夜蛾(Alabama argillacea)、秋尺蠖(Alsophilapometaria)、脐橙螟蛾(Amyelois transitella)、地中海粉螟(Anagasta kuehniella)、桃枝麦蛾(Anarsia lineatella)、橙纹犀额蛾(Anisota senatoria)、柞蚕(Antheraeapernyi)、大豆夜蛾(Anticarsia gemmatalis)、黄卷蛾属物种(Archips spp.)、带卷蛾属物种(Argyrotaenia spp.)、Athetis mindara、家蚕(Bombyx mori)、棉潜蛾(Bucculatrixthurberiella)、粉斑螟蛾(Cadra cautella)、色卷蛾属物种(Choristoneura sp.)、Cochylls hospes、苜蓿黄蝶(Colias eurytheme)、米蛾(Corcyra cephalonica)、Cydialatiferreanus、苹果蠹蛾(Cydia pomonella)、胡桃黄蝶(Datana integerrima)、Dendrolimus sibericus、Desmiafeneralis spp.、甜瓜绢野螟(Diaphania hyalinata)、黄瓜绢野螟(Diaphania nitidalis)、西南玉米螟(Diatraea grandiosella)、小蔗螟(Diatraea saccharalis)、白尺蠖蛾(Ennomos subsignaria)、墨西哥稻螟(Eoreumaloftini)、烟草粉螟(Esphestia elutella)、菩提松尺蠖(Erannis tilaria)、盐泽灯蛾(Estigmene acrea)、Eulia salubricola、Eupocoellia ambiguella、女贞细卷蛾(Eupoecilia ambiguella)、褐尾蠹(Euproctis chrysorrhoea)、暗缘地老虎(Euxoamessoria)、大蜡螟(Galleria mellonella)、梨小食心虫(Grapholita molesta)、黑拟蛉蛾(Harrisina americana)、亚曲叶蛾(Helicoverpa subflexa)、棉铃虫(Helicoverpa zea)、烟芽夜蛾(Heliothis virescens)、Hemileuca oliviae、向日葵斑螟(Homoeosomaelectellum)、美国白蛾(Hyphantia cunea)、番茄蠹蛾(Keiferia lycopersicella)、铁杉尺蠖(Lambdina fiscellaria fiscellaria)、西部铁杉尺蠖(Lambdina fiscellarialugubrosa)、柳毒蛾(Leucoma salicis)、葡萄花翅小卷蛾(Lobesia botrana)、草地螟(Loxostege sticticalis)、舞毒蛾(Lymantria dispar)、Macalla thyrisalis、天幕毛虫属物种(Malacosoma spp.)、甘蓝夜蛾(Mamestra brassicae)、蓓带夜蛾(Mamestraconfigurata)、番茄天蛾(Manduca quinquemaculata)、烟草天蛾(Manduca sexta)、豆荚野螟(Maruca testulalis)、Melanchra picta、冬尺蛾(Operophtera brumata)、毒蛾属物种(Orgyia spp.)、玉米螟(Ostrinia nubilalis)、尺蠖(Paleacrita vernata)、美洲大芷凤蝶(Papilio cresphontes)、红棉铃虫(Pectinophora gossypiella)、加州槲蛾(Phryganidia californica)、斑幕潜叶蛾(Phyllonorycter blancardella)、暗脉菜粉蝶(Pieris napi)、菜粉蝶(Pieris rapae)、苜蓿绿夜蛾(Plathypena scabra)、Platynotaflouendana、荷兰石竹小卷蛾(Platynota stultana)、洋葱羽蛾(Platyptiliacarduidactyla)、印度谷螟(Plodia interpunctella)、小莱蛾(Plutella xylostella)、美国纹白蝶(Pontia protodice)、美洲粘虫(Pseudaletia unipuncta)、Pseudoplasiaincludens、杂食尺蠖(Sabulodes aegrotata)、红抚天社蛾(Schizura concinna)、麦蛾(Sitotroga cerealella)、苹果小卷叶蛾(Spilonta ocellana)、斜纹夜蛾属物种(Spodoptera spp.)、松行列蛾(Thaurnstopoea pityocampa)、衣蛾(Tinsolabisselliella)、粉纹夜蛾(Trichoplusia hi)、番茄斑潜蝇(Tuta absoluta)、温室结网野螟(Udea rubigalis)、Xylomyges curiails和苹果巢蛾(Yponomeuta padella)。
21.实施方案16的组合物，其中所述植物病原体包括至少一种真菌病原体。
22.实施方案21的组合物，其中所述植物病原体包括一种或多种真菌病原体，所述真菌病原体选自由以下组成的组：曲霉属物种(Aspergillus spp.),黄曲霉(Aspergillusflavus),灰葡萄孢霉(Botrytis cinerea),尾孢菌属物种(Cersospora spp.),大豆尾孢菌(Cercospora sojina),甜菜尾孢菌(Cercospora beticola),茄链格孢菌(Alternariasolani),大豆立枯丝核菌(Rhizoctonia solani),小麦白粉菌(Blumeria graminis),莴苣盘梗霉(Bremia lactucae),葡萄白粉菌(Erysiphe necator),叉丝单囊壳属物种(Podosphaera spp.),苍耳单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii),二孢白粉菌(Golovinomyces cichoracearum),紫薇白粉菌(Erysiphe lagerstroemiae),月季白粉菌(Sphaerotheca pannosa),炭疽菌属物种(Colletotrichum spp.),亚线孢炭疽菌(Colletotrichum sublineolum)，谷物炭疽菌(Colletotrichum cereale),胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporiodes),Apiognomonia errabunda，Apiognomonia veneta，白蜡盘座孢菌(Discula fraxinea)，葡萄霜霉菌(Plasmopara viticola),黄瓜假霜霉病菌(Pseudoperonospora cubensis),霜霉属物种(Peronospora spp.)，Peronosporabelbahrii,Peronospora lamii,Plasmopara obduscens,Pythium cryptoirregulare,瓜果腐霉(Pythium aphanidermatum),畸雌腐霉(Pythium irregulare),林栖腐霉(Pythiumsylvaticum),群结腐霉(Pythium myriotylum),终极腐霉(Pythium ultimum),疫霉属物种(Phytophthora spp.),辣椒疫霉(Phytophthora capsici),烟草疫霉(Phytophthoranicotianae),致病疫霉(Phytophthora infestans),热带疫霉(Phytophthoratropicalis),大豆疫霉(Phytophthora sojae),镰孢霉属物种(Fusarium spp.),Fusariumvirguliforme，禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum),茄病镰刀菌(Fusarium solani),尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum),禾生镰刀菌(Fusarium graminicola),玉米赤霉(Gibberella zeae),禾生炭疽病菌(Colletotrichum graminicola)，层锈菌属物种(Phakopsora spp.),山马蝗层锈菌(Phakopsora meibomiae),豆薯层锈菌(Phakopsorapachyrizi),小麦叶锈菌(Puccinia triticina),隐匿柄锈菌(Puccinia recondita),小麦条锈菌(Puccinia striiformis),小麦秆锈菌(Puccinia graminis),柄锈菌属物种(Puccinia spp.),苹果黑星菌(Venturia inaequalis),轮枝孢属物种(Verticilliumspp.)，球腔菌属物种(Mycosphaerella spp.)，斐济球腔菌(Mycosphaerella fijiensis)，桃褐腐病菌(Monilinia fructicola),Monilinia lax和苹果褐腐菌(Moniliniafructigena)。
23.一种包含可湿性粉末的组合物，所述可湿性粉末包含：
(a)细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，并且其中所述细菌菌株或其活性变体以约105CFU/克至约1012CFU/克或约105CFU/ml至约1012CFU/ml存在；
(b)来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，并且其中所述孢子、前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合、或其活性变体以约105CFU/克至约1012CFU/克或约105CFU/ml至约1012CFU/ml存在；和/或
(c)衍生自细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；
其中有效量的所述组合物改善植物感兴趣的农艺性状或防治引起植物病害的植物有害生物或植物病原体。
24.实施方案23的组合物，其中所述植物有害生物包括至少一种线虫害虫或至少一种昆虫害虫。
25.实施方案24的组合物，其中所述植物有害生物包括一种或多种线虫害虫，所述线虫害虫选自由以下组成的组：南方根结线虫(Meloidogyne incognita)，爪哇根结线虫(Meloidogyne javanica),北方根结线虫(Meloidogyne hapla)，花生根结线虫(Meloidogyne arenaria)，腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)，鳞球茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，穿刺短体线虫(Pratylenchus penetrans),菊花穿刺短体线虫(Pratylenchus fallax),咖啡短体线虫(Pratylenchus coffeae),卢斯短体线虫(Pratylenchus loosi)，伤残短体线虫(Pratylenchus vulnus)，马铃薯金线虫(Globoderarostochiensis)，马铃薯白线虫(Globodera pallida)，大豆孢囊线虫(Heteroderaglycines)，甜菜孢囊线虫(Heterodera schachtii)，禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)，水稻干尖线虫(Aphelenchoides besseyi),菊花滑刃线虫(Aphelenchoidesritzemabosi)，草莓滑刃线虫(Aphelenchoides fragariae)，燕麦真滑刃线虫(Aphelenchus avenae)，香蕉穿孔线虫(Radopholus similis)，柑橘半穿刺线虫(Tylenchulus semipenetrans)，肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)，红环腐线虫(Bursaphelenchus cocophilus)，螺旋线虫属物种(Helicotylenchus spp.)，香蕉穿孔线虫(Radopholus similis)，鳞茎和茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis)，剑线虫属物种(Xiphinema spp.)，芽线虫属物种(Aphelenchoides spp.)，松材线虫(Bursaphelenchusxylophilus)和短体线虫属物种(Pratylenchus spp.)。
26.实施方案24的组合物，其中所述昆虫害虫包括一种或多种鞘翅目昆虫害虫，所述鞘翅目昆虫害虫选自由以下组成的组：叩甲属物种(Agriotes spp.)、花象属物种(Anthonomus spp.)、甜菜隐食甲(Atomaria linearis)、蚤凹胫跳甲(Chaetocnematibialis)、根颈象属物种(Cosmopolites spp.)、象虫属物种(Curculio spp.)、皮蠹属物种(Dermestes spp.)、食植瓢虫属物种(Epilachna spp.)、Eremnus spp.、马铃薯叶甲(Leptinotarsa decemlineata)、稻水象属物种(Lissorhoptrus spp.)、鳃金龟属物种(Melolontha spp.)、锯谷盗属物种(Orycaephilus spp.)、耳象属物种(Otiorhynchusspp.)、斑象属物种(Phlyctinus spp.)、云粉蝶属物种(Popillia spp.)、蚤跳甲属物种(Psylliodes spp.)、谷蠹属物种(Rhizopertha spp.)、金龟科(Scarabeidae)、米象属物种(Sitophilus spp.)、麦蛾属物种(Sitotroga spp.)、粉甲属物种(Tenebrio spp.)、拟谷盗属物种(Tribolium spp.)、斑皮蠹属物种(Trogoderma spp.)、来自长角象虫科(Anthribidae)、豆象科(Bruchidae)和象甲科(Curculionidae)的象甲类(例如，甘薯小象虫(Cylas formicarius(Fabricius)),棉铃象甲(Anthonomus grandis Boheman),稻水象(Lissorhoptrus oryzophilus Kuschel),米象(Sitophilus oryzae L.))；跳甲,黄瓜甲虫,根虫,叶甲,马铃薯甲虫，叶甲科(Chrysomelidae)的潜叶虫(例如,科罗拉多马铃薯甲虫(Leptinotarsa decemlineata),玉米根虫属物种(Diabrotica spp.)，包括西方玉米根虫(Diabrotica virgifera virgifera LeConte))；金龟子和来自Scaribaeidae科的其他甲虫(例如，日本金龟子(Popillia japonica Newman)和欧洲金龟子(Rhizotrogus majalisRazoumowsky))；来自叩甲科(Elateridae)的铁线虫和来自小蠹科(Scolytidae)的小蠹虫。
27.实施方案24的组合物，其中所述昆虫害虫包括一种或多种鳞翅目昆虫害虫，所述鳞翅目昆虫害虫选自由以下组成的组：小蜡螟(Achoroia grisella)、西部黑头长翅卷蛾(Acleris gloverana)、黑头长翅卷蛾(Acleris variana)、苹果小卷叶蛾(Adoxophyesorana)、小地老虎(Agrotis ipsilon)、棉叶波纹夜蛾(Alabama argillacea)、秋尺蠖(Alsophila pometaria)、脐橙螟蛾(Amyelois transitella)、地中海粉螟(Anagastakuehniella)、桃枝麦蛾(Anarsia lineatella)、橙纹犀额蛾(Anisota senatoria)、柞蚕(Antheraea pernyi)、大豆夜蛾(Anticarsia gemmatalis)、黄卷蛾属物种(Archipsspp.)、带卷蛾属物种(Argyrotaenia spp.)、Athetis mindara、家蚕(Bombyx mori)、棉潜蛾(Bucculatrix thurberiella)、粉斑螟蛾(Cadra cautella)、色卷蛾属物种(Choristoneura sp.)、Cochylls hospes、苜蓿黄蝶(Colias eurytheme)、米蛾(Corcyracephalonica)、Cydia latiferreanus、苹果蠹蛾(Cydia pomonella)、胡桃黄蝶(Datanaintegerrima)、Dendrolimus sibericus、Desmiafeneralis spp.、甜瓜绢野螟(Diaphaniahyalinata)、黄瓜绢野螟(Diaphania nitidalis)、西南玉米螟(Diatraea grandiosella)、小蔗螟(Diatraea saccharalis)、白尺蠖蛾(Ennomos subsignaria)、墨西哥稻螟(Eoreumaloftini)、烟草粉螟(Esphestia elutella)、菩提松尺蠖(Erannis tilaria)、盐泽灯蛾(Estigmene acrea)、Eulia salubricola、Eupocoellia ambiguella、女贞细卷蛾(Eupoecilia ambiguella)、褐尾蠹(Euproctis chrysorrhoea)、暗缘地老虎(Euxoamessoria)、大蜡螟(Galleria mellonella)、梨小食心虫(Grapholita molesta)、黑拟蛉蛾(Harrisina americana)、亚曲叶蛾(Helicoverpa subflexa)、棉铃虫(Helicoverpa zea)、烟芽夜蛾(Heliothis virescens)、Hemileuca oliviae、向日葵斑螟(Homoeosomaelectellum)、美国白蛾(Hyphantia cunea)、番茄蠹蛾(Keiferia lycopersicella)、铁杉尺蠖(Lambdina fiscellaria fiscellaria)、西部铁杉尺蠖(Lambdina fiscellarialugubrosa)、柳毒蛾(Leucoma salicis)、葡萄花翅小卷蛾(Lobesia botrana)、草地螟(Loxostege sticticalis)、舞毒蛾(Lymantria dispar)、Macalla thyrisalis、天幕毛虫属物种(Malacosoma spp.)、甘蓝夜蛾(Mamestra brassicae)、蓓带夜蛾(Mamestraconfigurata)、番茄天蛾(Manduca quinquemaculata)、烟草天蛾(Manduca sexta)、豆荚野螟(Maruca testulalis)、Melanchra picta、冬尺蛾(Operophtera brumata)、毒蛾属物种(Orgyia spp.)、玉米螟(Ostrinia nubilalis)、尺蠖(Paleacrita vernata)、美洲大芷凤蝶(Papilio cresphontes)、红棉铃虫(Pectinophora gossypiella)、加州槲蛾(Phryganidia californica)、斑幕潜叶蛾(Phyllonorycter blancardella)、暗脉菜粉蝶(Pieris napi)、菜粉蝶(Pieris rapae)、苜蓿绿夜蛾(Plathypena scabra)、Platynotaflouendana、荷兰石竹小卷蛾(Platynota stultana)、洋葱羽蛾(Platyptiliacarduidactyla)、印度谷螟(Plodia interpunctella)、小莱蛾(Plutella xylostella)、美国纹白蝶(Pontia protodice)、美洲粘虫(Pseudaletia unipuncta)、Pseudoplasiaincludens、杂食尺蠖(Sabulodes aegrotata)、红抚天社蛾(Schizura concinna)、麦蛾(Sitotroga cerealella)、苹果小卷叶蛾(Spilonta ocellana)、斜纹夜蛾属物种(Spodoptera spp.)、松行列蛾(Thaurnstopoea pityocampa)、衣蛾(Tinsolabisselliella)、粉纹夜蛾(Trichoplusia hi)、番茄斑潜蝇(Tuta absoluta)、温室结网野螟(Udea rubigalis)、Xylomyges curiails和苹果巢蛾(Yponomeuta padella)。
28.实施方案23的组合物，其中宿舍植物病原体包括至少一种真菌病原体。
29.实施方案28的组合物，其中所述植物病原体包括选自由以下组成的组的一种或多种真菌病原体：曲霉属物种(Aspergillus spp.),黄曲霉(Aspergillus flavus),灰葡萄孢霉(Botrytis cinerea),尾孢菌属物种(Cersospora spp.),大豆尾孢菌(Cercosporasojina),甜菜尾孢菌(Cercospora beticola),茄链格孢菌(Alternaria solani),大豆立枯丝核菌(Rhizoctonia solani),小麦白粉菌(Blumeria graminis),莴苣盘梗霉(Bremialactucae),葡萄白粉菌(Erysiphe necator),叉丝单囊壳属物种(Podosphaera spp.),苍耳单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii),二孢白粉菌(Golovinomyces cichoracearum),紫薇白粉菌(Erysiphe lagerstroemiae),月季白粉菌(Sphaerotheca pannosa),炭疽菌属物种(Colletotrichum spp.),亚线孢炭疽菌(Colletotrichum sublineolum),谷物炭疽菌(Colletotrichum cereale),胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporiodes),Apiognomonia errabunda，Apiognomonia veneta，白蜡盘座孢菌(Discula fraxinea),葡萄霜霉菌(Plasmopara viticola),黄瓜假霜霉病菌(Pseudoperonospora cubensis),霜霉属物种(Peronospora spp.)，Peronospora belbahrii,Peronospora lamii,Plasmoparaobduscens,Pythium cryptoirregulare,瓜果腐霉(Pythium aphanidermatum),畸雌腐霉(Pythium irregulare),林栖腐霉(Pythium sylvaticum),群结腐霉(Pythiummyriotylum),终极腐霉(Pythium ultimum),疫霉属物种(Phytophthora spp.),辣椒疫霉(Phytophthora capsici),烟草疫霉(Phytophthora nicotianae),致病疫霉(Phytophthora infestans),热带疫霉(Phytophthora tropicalis),大豆疫霉(Phytophthora sojae),镰孢霉属物种(Fusarium spp.),Fusarium virguliforme，禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum)，茄病镰刀菌(Fusarium solani),尖孢镰刀菌(Fusariumoxysporum)，禾生镰刀菌(Fusarium graminicola)，玉米赤霉(Gibberella zeae),禾生炭疽病菌(Colletotrichum graminicola),层锈菌属物种(Phakopsora spp.)，山马蝗层锈菌(Phakopsora meibomiae)，豆薯层锈菌(Phakopsora pachyrizi),小麦叶锈菌(Pucciniatriticina),隐匿柄锈菌(Puccinia recondita),小麦条锈菌(Puccinia striiformis),小麦秆锈菌(Puccinia graminis)，柄锈菌属物种(Puccinia spp.),苹果黑星菌(Venturiainaequalis),轮枝孢属物种(Verticillium spp.)，球腔菌属物种(Mycosphaerellaspp.)，斐济球腔菌(Mycosphaerella fijiensis)，桃褐腐病菌(Monilinia fructicola),Monilinia lax和苹果褐腐菌(Monilinia fructigena)。
30.实施方案23-29中任一项的组合物，其中所述活性变体对至少一种除草剂、杀线虫剂、杀真菌剂、杀有害生物剂、杀昆虫剂或其它作物保护化学品具有抗性。
31.实施方案30的组合物，其中所述活性变体在除草剂、杀真菌剂、杀有害生物剂、杀昆虫剂或其它作物保护化学品压力下选择，并且对所述除草剂、杀真菌剂、杀有害生物剂、杀昆虫剂或其它作物保护化学品具有抗性。
32.实施方案30-31中任一项的组合物，其中所述活性变体已经用除草剂抗性基因转化，所述除草剂抗性基因使本文提供的细菌菌株或其活性变体具有除草剂抗性，并且其中细菌菌株防治引起植物病害的植物有害生物或植物病原体。
33.实施方案32的组合物，其中所述植物有害生物是线虫害虫或昆虫害虫。
34.实施方案32的组合物，其中所述植物病原体包括至少一种真菌病原体。
35.实施方案30-34中任一项的组合物，其中所述除草剂选自由以下组成的组：草甘膦，草铵膦(谷氨酰胺合酶抑制剂)，磺酰脲和咪唑啉酮除草剂(支链氨基酸合成抑制剂)。
36.细菌菌株的分离的生物学纯培养物，其包含：
(a)AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；或
(b)来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株。
37.实施方案36的分离的生物学纯培养物，其中所述细菌菌株对选自除草剂、杀真菌剂、杀有害生物剂、杀昆虫剂或作物保护化学品的杀生物剂具有抗性，其中所述培养物通过在所述杀生物剂存在下生长产生，并且其中所述菌株防治引起植物病害的植物有害生物或植物病原体。
38.实施方案37的分离的生物学纯培养物，其中所述生物学纯培养物能够在草甘膦存在下生长。
39.实施方案36-38的分离的生物学纯培养物，其中所述植物有害生物是线虫害虫或昆虫害虫。
40.实施方案39的分离的生物学纯培养物，其中所述植物有害生物包括选自由以下组成的组的一种或多种线虫害虫：南方根结线虫(Meloidogyne incognita)，爪哇根结线虫(Meloidogyne javanica),北方根结线虫(Meloidogyne hapla)，花生根结线虫(Meloidogyne arenaria)，腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)，鳞球茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，穿刺短体线虫(Pratylenchus penetrans),菊花穿刺短体线虫(Pratylenchus fallax),咖啡短体线虫(Pratylenchus coffeae),卢斯短体线虫(Pratylenchus loosi)，伤残短体线虫(Pratylenchus vulnus)，马铃薯金线虫(Globoderarostochiensis)，马铃薯白线虫(Globodera pallida)，大豆孢囊线虫(Heteroderaglycines)，甜菜孢囊线虫(Heterodera schachtii)，禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)，水稻干尖线虫(Aphelenchoides besseyi),菊花滑刃线虫(Aphelenchoidesritzemabosi)，草莓滑刃线虫(Aphelenchoides fragariae)，燕麦真滑刃线虫(Aphelenchus avenae)，香蕉穿孔线虫(Radopholus similis)，柑橘半穿刺线虫(Tylenchulus semipenetrans)，肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)，红环腐线虫(Bursaphelenchus cocophilus)，螺旋线虫属物种(Helicotylenchus spp.)，香蕉穿孔线虫(Radopholus similis)，鳞茎和茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis)，剑线虫属物种(Xiphinema spp.)，芽线虫属物种(Aphelenchoides spp.)，松材线虫(Bursaphelenchusxylophilus)和短体线虫属物种(Pratylenchus spp.)。
41.实施方案39的分离的生物学纯培养物，其中所述昆虫害虫包括一种或多种鞘翅目昆虫害虫，所述鞘翅目昆虫害虫选自由以下组成的组：叩甲属物种(Agriotes spp.)、花象属物种(Anthonomus spp.)、甜菜隐食甲(Atomaria linearis)、蚤凹胫跳甲(Chaetocnema tibialis)、根颈象属物种(Cosmopolites spp.)、象虫属物种(Curculiospp.)、皮蠹属物种(Dermestes spp.)、食植瓢虫属物种(Epilachna spp.)、Eremnus spp.、马铃薯叶甲(Leptinotarsa decemlineata)、稻水象属物种(Lissorhoptrus spp.)、鳃金龟属物种(Melolontha spp.)、锯谷盗属物种(Orycaephilus spp.)、耳象属物种(Otiorhynchus spp.)、斑象属物种(Phlyctinus spp.)、云粉蝶属物种(Popillia spp.)、蚤跳甲属物种(Psylliodes spp.)、谷蠹属物种(Rhizopertha spp.)、金龟科(Scarabeidae)、米象属物种(Sitophilus spp.)、麦蛾属物种(Sitotroga spp.)、粉甲属物种(Tenebrio spp.)、拟谷盗属物种(Tribolium spp.)、斑皮蠹属物种(Trogoderma spp.)、来自长角象虫科(Anthribidae)、豆象科(Bruchidae)和象甲科(Curculionidae)的象甲类(例如，甘薯小象虫(Cylas formicarius(Fabricius)),棉铃象甲(Anthonomus grandisBoheman),稻水象(Lissorhoptrus oryzophilus Kuschel),米象(Sitophilus oryzaeL.))；跳甲,黄瓜甲虫,根虫,叶甲,马铃薯甲虫，叶甲科(Chrysomelidae)的潜叶虫(例如,科罗拉多马铃薯甲虫(Leptinotarsa decemlineata),玉米根虫属物种(Diabrotica spp.)，包括西方玉米根虫(Diabrotica virgifera virgifera LeConte))；金龟子和来自Scaribaeidae科的其他甲虫(例如，日本金龟子(Popillia japonica Newman)和欧洲金龟子(Rhizotrogus majalis Razoumowsky))；来自叩甲科(Elateridae)的铁线虫和来自小蠹科(Scolytidae)的小蠹虫。
42.实施方案39的分离的生物学纯培养物，其中所述昆虫害虫包括一种或多种鳞翅目昆虫害虫，所述鳞翅目昆虫害虫选自由以下组成的组：小蜡螟(Achoroia grisella)、西部黑头长翅卷蛾(Acleris gloverana)、黑头长翅卷蛾(Acleris variana)、苹果小卷叶蛾(Adoxophyes orana)、小地老虎(Agrotis ipsilon)、棉叶波纹夜蛾(Alabamaargillacea)、秋尺蠖(Alsophila pometaria)、脐橙螟蛾(Amyelois transitella)、地中海粉螟(Anagasta kuehniella)、桃枝麦蛾(Anarsia lineatella)、橙纹犀额蛾(Anisotasenatoria)、柞蚕(Antheraea pernyi)、大豆夜蛾(Anticarsia gemmatalis)、黄卷蛾属物种(Archips spp.)、带卷蛾属物种(Argyrotaenia spp.)、Athetis mindara、家蚕(Bombyxmori)、棉潜蛾(Bucculatrix thurberiella)、粉斑螟蛾(Cadra cautella)、色卷蛾属物种(Choristoneura sp.)、Cochylls hospes、苜蓿黄蝶(Colias eurytheme)、米蛾(Corcyracephalonica)、Cydia latiferreanus、苹果蠹蛾(Cydia pomonella)、胡桃黄蝶(Datanaintegerrima)、Dendrolimus sibericus、Desmiafeneralis spp.、甜瓜绢野螟(Diaphaniahyalinata)、黄瓜绢野螟(Diaphania nitidalis)、西南玉米螟(Diatraea grandiosella)、小蔗螟(Diatraea saccharalis)、白尺蠖蛾(Ennomos subsignaria)、墨西哥稻螟(Eoreumaloftini)、烟草粉螟(Esphestia elutella)、菩提松尺蠖(Erannis tilaria)、盐泽灯蛾(Estigmene acrea)、Eulia salubricola、Eupocoellia ambiguella、女贞细卷蛾(Eupoecilia ambiguella)、褐尾蠹(Euproctis chrysorrhoea)、暗缘地老虎(Euxoamessoria)、大蜡螟(Galleria mellonella)、梨小食心虫(Grapholita molesta)、黑拟蛉蛾(Harrisina americana)、亚曲叶蛾(Helicoverpa subflexa)、棉铃虫(Helicoverpa zea)、烟芽夜蛾(Heliothis virescens)、Hemileuca oliviae、向日葵斑螟(Homoeosomaelectellum)、美国白蛾(Hyphantia cunea)、番茄蠹蛾(Keiferia lycopersicella)、铁杉尺蠖(Lambdina fiscellaria fiscellaria)、西部铁杉尺蠖(Lambdina fiscellarialugubrosa)、柳毒蛾(Leucoma salicis)、葡萄花翅小卷蛾(Lobesia botrana)、草地螟(Loxostege sticticalis)、舞毒蛾(Lymantria dispar)、Macalla thyrisalis、天幕毛虫属物种(Malacosoma spp.)、甘蓝夜蛾(Mamestra brassicae)、蓓带夜蛾(Mamestraconfigurata)、番茄天蛾(Manduca quinquemaculata)、烟草天蛾(Manduca sexta)、豆荚野螟(Maruca testulalis)、Melanchra picta、冬尺蛾(Operophtera brumata)、毒蛾属物种(Orgyia spp.)、玉米螟(Ostrinia nubilalis)、尺蠖(Paleacrita vernata)、美洲大芷凤蝶(Papilio cresphontes)、红棉铃虫(Pectinophora gossypiella)、加州槲蛾(Phryganidia californica)、斑幕潜叶蛾(Phyllonorycter blancardella)、暗脉菜粉蝶(Pieris napi)、菜粉蝶(Pieris rapae)、苜蓿绿夜蛾(Plathypena scabra)、Platynotaflouendana、荷兰石竹小卷蛾(Platynota stultana)、洋葱羽蛾(Platyptiliacarduidactyla)、印度谷螟(Plodia interpunctella)、小莱蛾(Plutella xylostella)、美国纹白蝶(Pontia protodice)、美洲粘虫(Pseudaletia unipuncta)、Pseudoplasiaincludens、杂食尺蠖(Sabulodes aegrotata)、红抚天社蛾(Schizura concinna)、麦蛾(Sitotroga cerealella)、苹果小卷叶蛾(Spilonta ocellana)、斜纹夜蛾属物种(Spodoptera spp.)、松行列蛾(Thaurnstopoea pityocampa)、衣蛾(Tinsolabisselliella)、粉纹夜蛾(Trichoplusia hi)、番茄斑潜蝇(Tuta absoluta)、温室结网野螟(Udea rubigalis)、Xylomyges curiails和苹果巢蛾(Yponomeuta padella)。
43.实施方案36-38中任一项的分离的生物学纯培养物，其中所述植物病原体包括至少一种真菌病原体。
44.实施方案43的分离的生物学纯培养物，其中所述植物病原体包括选自由以下组成的组的一种或多种真菌病原体：曲霉属物种(Aspergillus spp.),黄曲霉(Aspergillus flavus),灰葡萄孢霉(Botrytis cinerea),尾孢菌属物种(Cersosporaspp.),大豆尾孢菌(Cercospora sojina),甜菜尾孢菌(Cercospora beticola),茄链格孢菌(Alternaria solani),大豆立枯丝核菌(Rhizoctonia solani),小麦白粉菌(Blumeriagraminis),莴苣盘梗霉(Bremia lactucae),葡萄白粉菌(Erysiphe necator),叉丝单囊壳属物种(Podosphaera spp.),苍耳单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii),二孢白粉菌(Golovinomyces cichoracearum),紫薇白粉菌(Erysiphe lagerstroemiae),月季白粉菌(Sphaerotheca pannosa),炭疽菌属物种(Colletotrichum spp.),亚线孢炭疽菌(Colletotrichum sublineolum),谷物炭疽菌(Colletotrichum cereale),胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporiodes),Apiognomonia errabunda，Apiognomonia veneta，白蜡盘座孢菌(Discula fraxinea)，葡萄霜霉菌(Plasmopara viticola),黄瓜假霜霉病菌(Pseudoperonospora cubensis),霜霉属物种(Peronospora spp.)，Peronosporabelbahrii,Peronospora lamii,Plasmopara obduscens,Pythium cryptoirregulare,瓜果腐霉(Pythium aphanidermatum),畸雌腐霉(Pythium irregulare),林栖腐霉(Pythiumsylvaticum),群结腐霉(Pythium myriotylum),终极腐霉(Pythium ultimum),疫霉属物种(Phytophthora spp.),辣椒疫霉(Phytophthora capsici),烟草疫霉(Phytophthoranicotianae),致病疫霉(Phytophthora infestans),热带疫霉(Phytophthoratropicalis),大豆疫霉(Phytophthora sojae),镰孢霉属物种(Fusarium spp.),Fusariumvirguliforme，禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum)，茄病镰刀菌(Fusarium solani),尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)，禾生镰刀菌(Fusarium graminicola)，玉米赤霉(Gibberella zeae),禾生炭疽病菌(Colletotrichum graminicola)，层锈菌属物种(Phakopsora spp.)，山马蝗层锈菌(Phakopsora meibomiae)，豆薯层锈菌(Phakopsorapachyrizi),小麦叶锈菌(Puccinia triticina),隐匿柄锈菌(Puccinia recondita),小麦条锈菌(Puccinia striiformis),小麦秆锈菌(Puccinia graminis)，柄锈菌属物种(Puccinia spp.),苹果黑星菌(Venturia inaequalis),轮枝孢属物种(Verticilliumspp.)，球腔菌属物种(Mycosphaerella spp.)，斐济球腔菌(Mycosphaerella fijiensis)，桃褐腐病菌(Monilinia fructicola),Monilinia lax和苹果褐腐菌(Moniliniafructigena)。
45.一种细菌培养物，其由下述长成：
(a)AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；或
(b)来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；
其中所述细菌培养物具有针对引起植物病害的植物有害生物或植物病原体的杀有害生物活性，并且能够在草铵膦存在下生长，或者有效量的所述细菌培养物改善植物感兴趣的农艺性状。
46.实施方案45的细菌培养物，其中所述植物有害生物是线虫害虫或昆虫害虫。
47.实施方案46的细菌培养物，其中所述植物有害生物包括选自由以下组成的组的一种或多种线虫害虫：南方根结线虫(Meloidogyne incognita)，爪哇根结线虫(Meloidogyne javanica),北方根结线虫(Meloidogyne hapla)，花生根结线虫(Meloidogyne arenaria)，腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)，鳞球茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，穿刺短体线虫(Pratylenchus penetrans),菊花穿刺短体线虫(Pratylenchus fallax),咖啡短体线虫(Pratylenchus coffeae),卢斯短体线虫(Pratylenchus loosi)，伤残短体线虫(Pratylenchus vulnus)，马铃薯金线虫(Globoderarostochiensis)，马铃薯白线虫(Globodera pallida)，大豆孢囊线虫(Heteroderaglycines)，甜菜孢囊线虫(Heterodera schachtii)，禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)，水稻干尖线虫(Aphelenchoides besseyi),菊花滑刃线虫(Aphelenchoidesritzemabosi)，草莓滑刃线虫(Aphelenchoides fragariae)，燕麦真滑刃线虫(Aphelenchus avenae)，香蕉穿孔线虫(Radopholus similis)，柑橘半穿刺线虫(Tylenchulus semipenetrans)，肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)，红环腐线虫(Bursaphelenchus cocophilus)，螺旋线虫属物种(Helicotylenchus spp.)，香蕉穿孔线虫(Radopholus similis)，鳞茎和茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis)，剑线虫属物种(Xiphinema spp.)，芽线虫属物种(Aphelenchoides spp.)，松材线虫(Bursaphelenchusxylophilus)和短体线虫属物种(Pratylenchus spp.)。
48.实施方案47的细菌培养物，其中所述植物有害生物包括选自由以下组成的组的一种或多种昆虫害虫：叩甲属物种(Agriotes spp.)、花象属物种(Anthonomus spp.)、甜菜隐食甲(Atomaria linearis)、蚤凹胫跳甲(Chaetocnema tibialis)、根颈象属物种(Cosmopolites spp.)、象虫属物种(Curculio spp.)、皮蠹属物种(Dermestes spp.)、食植瓢虫属物种(Epilachna spp.)、Eremnus spp.、马铃薯叶甲(Leptinotarsadecemlineata)、稻水象属物种(Lissorhoptrus spp.)、鳃金龟属物种(Melolontha spp.)、锯谷盗属物种(Orycaephilus spp.)、耳象属物种(Otiorhynchus spp.)、斑象属物种(Phlyctinus spp.)、云粉蝶属物种(Popillia spp.)、蚤跳甲属物种(Psylliodes spp.)、谷蠹属物种(Rhizopertha spp.)、金龟科(Scarabeidae)、米象属物种(Sitophilus spp.)、麦蛾属物种(Sitotroga spp.)、粉甲属物种(Tenebrio spp.)、拟谷盗属物种(Triboliumspp.)、斑皮蠹属物种(Trogoderma spp.)、来自长角象虫科(Anthribidae)、豆象科(Bruchidae)和象甲科(Curculionidae)的象甲类(例如，甘薯小象虫(Cylas formicarius(Fabricius)),棉铃象甲(Anthonomus grandis Boheman),稻水象(Lissorhoptrusoryzophilus Kuschel),米象(Sitophilus oryzae L.))；跳甲,黄瓜甲虫,根虫,叶甲,马铃薯甲虫，叶甲科(Chrysomelidae)的潜叶虫(例如,科罗拉多马铃薯甲虫(Leptinotarsadecemlineata),玉米根虫属物种(Diabrotica spp.)，包括西方玉米根虫(Diabroticavirgifera virgifera LeConte))；金龟子和来自Scaribaeidae科的其他甲虫(例如，日本金龟子(Popillia japonica Newman)和欧洲金龟子(Rhizotrogus majalisRazoumowsky))；来自叩甲科(Elateridae)的铁线虫；来自小蠹科(Scolytidae)的小蠹虫；小蜡螟(Achoroia grisella)、西部黑头长翅卷蛾(Acleris gloverana)、黑头长翅卷蛾(Acleris variana)、苹果小卷叶蛾(Adoxophyes orana)、小地老虎(Agrotis ipsilon)、棉叶波纹夜蛾(Alabama argillacea)、秋尺蠖(Alsophila pometaria)、脐橙螟蛾(Amyeloistransitella)、地中海粉螟(Anagasta kuehniella)、桃枝麦蛾(Anarsia lineatella)、橙纹犀额蛾(Anisota senatoria)、柞蚕(Antheraea pernyi)、大豆夜蛾(Anticarsiagemmatalis)、黄卷蛾属物种(Archips spp.)、带卷蛾属物种(Argyrotaenia spp.)、Athetis mindara、家蚕(Bombyx mori)、棉潜蛾(Bucculatrix thurberiella)、粉斑螟蛾(Cadra cautella)、色卷蛾属物种(Choristoneura sp.)、Cochylls hospes、苜蓿黄蝶(Colias eurytheme)、米蛾(Corcyra cephalonica)、Cydia latiferreanus、苹果蠹蛾(Cydia pomonella)、胡桃黄蝶(Datana integerrima)、Dendrolimus sibericus、Desmiafeneralis spp.、甜瓜绢野螟(Diaphania hyalinata)、黄瓜绢野螟(Diaphanianitidalis)、西南玉米螟(Diatraea grandiosella)、小蔗螟(Diatraea saccharalis)、白尺蠖蛾(Ennomos subsignaria)、墨西哥稻螟(Eoreuma loftini)、烟草粉螟(Esphestiaelutella)、菩提松尺蠖(Erannis tilaria)、盐泽灯蛾(Estigmene acrea)、Euliasalubricola、Eupocoellia ambiguella、女贞细卷蛾(Eupoecilia ambiguella)、褐尾蠹(Euproctis chrysorrhoea)、暗缘地老虎(Euxoa messoria)、大蜡螟(Galleriamellonella)、梨小食心虫(Grapholita molesta)、黑拟蛉蛾(Harrisina americana)、亚曲叶蛾(Helicoverpa subflexa)、棉铃虫(Helicoverpa zea)、烟芽夜蛾(Heliothisvirescens)、Hemileuca oliviae、向日葵斑螟(Homoeosoma electellum)、美国白蛾(Hyphantia cunea)、番茄蠹蛾(Keiferia lycopersicella)、铁杉尺蠖(Lambdinafiscellaria fiscellaria)、西部铁杉尺蠖(Lambdina fiscellaria lugubrosa)、柳毒蛾(Leucoma salicis)、葡萄花翅小卷蛾(Lobesia botrana)、草地螟(Loxostegesticticalis)、舞毒蛾(Lymantria dispar)、Macalla thyrisalis、天幕毛虫属物种(Malacosoma spp.)、甘蓝夜蛾(Mamestra brassicae)、蓓带夜蛾(Mamestraconfigurata)、番茄天蛾(Manduca quinquemaculata)、烟草天蛾(Manduca sexta)、豆荚野螟(Maruca testulalis)、Melanchra picta、冬尺蛾(Operophtera brumata)、毒蛾属物种(Orgyia spp.)、玉米螟(Ostrinia nubilalis)、尺蠖(Paleacrita vernata)、美洲大芷凤蝶(Papilio cresphontes)、红棉铃虫(Pectinophora gossypiella)、加州槲蛾(Phryganidia californica)、斑幕潜叶蛾(Phyllonorycter blancardella)、暗脉菜粉蝶(Pieris napi)、菜粉蝶(Pieris rapae)、苜蓿绿夜蛾(Plathypena scabra)、Platynotaflouendana、荷兰石竹小卷蛾(Platynota stultana)、洋葱羽蛾(Platyptiliacarduidactyla)、印度谷螟(Plodia interpunctella)、小莱蛾(Plutella xylostella)、美国纹白蝶(Pontia protodice)、美洲粘虫(Pseudaletia unipuncta)、Pseudoplasiaincludens、杂食尺蠖(Sabulodes aegrotata)、红抚天社蛾(Schizura concinna)、麦蛾(Sitotroga cerealella)、苹果小卷叶蛾(Spilonta ocellana)、斜纹夜蛾属物种(Spodoptera spp.)、松行列蛾(Thaurnstopoea pityocampa)、衣蛾(Tinsolabisselliella)、粉纹夜蛾(Trichoplusia hi)、番茄斑潜蝇(Tuta absoluta)、温室结网野螟(Udea rubigalis)、Xylomyges curiails和苹果巢蛾(Yponomeuta padella)。
49.实施方案45的细菌培养物，其中所述植物病原体包括至少一种真菌病原体。
50.实施方案49的细菌培养物，其中所述植物病原体包括选自由以下组成的组的一种或多种真菌病原体：曲霉属物种(Aspergillus spp.),黄曲霉(Aspergillus flavus),灰葡萄孢霉(Botrytis cinerea),尾孢菌属物种(Cersospora spp.),大豆尾孢菌(Cercospora sojina),甜菜尾孢菌(Cercospora beticola),茄链格孢菌(Alternariasolani),大豆立枯丝核菌(Rhizoctonia solani),小麦白粉菌(Blumeria graminis),莴苣盘梗霉(Bremia lactucae),葡萄白粉菌(Erysiphe necator),叉丝单囊壳属物种(Podosphaera spp.),苍耳单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii),二孢白粉菌(Golovinomyces cichoracearum),紫薇白粉菌(Erysiphe lagerstroemiae),月季白粉菌(Sphaerotheca pannosa),炭疽菌属物种(Colletotrichum spp.),亚线孢炭疽菌(Colletotrichum sublineolum)，谷物炭疽菌(Colletotrichum cereale),胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporiodes),Apiognomonia errabunda，Apiognomonia veneta，白蜡盘座孢菌(Discula fraxinea)，葡萄霜霉菌(Plasmopara viticola),黄瓜假霜霉病菌(Pseudoperonospora cubensis),霜霉属物种(Peronospora spp.)，Peronosporabelbahrii,Peronospora lamii,Plasmopara obduscens,Pythium cryptoirregulare,瓜果腐霉(Pythium aphanidermatum),畸雌腐霉(Pythium irregulare),林栖腐霉(Pythiumsylvaticum),群结腐霉(Pythium myriotylum),终极腐霉(Pythium ultimum),疫霉属物种(Phytophthora spp.),辣椒疫霉(Phytophthora capsici),烟草疫霉(Phytophthoranicotianae),致病疫霉(Phytophthora infestans),热带疫霉(Phytophthoratropicalis),大豆疫霉(Phytophthora sojae),镰孢霉属物种(Fusarium spp.),Fusariumvirguliforme，禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum),茄病镰刀菌(Fusarium solani),尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum),禾生镰刀菌(Fusarium graminicola),玉米赤霉(Gibberella zeae),禾生炭疽病菌(Colletotrichum graminicola)，层锈菌属物种(Phakopsora spp.),山马蝗层锈菌(Phakopsora meibomiae),豆薯层锈菌(Phakopsorapachyrizi),小麦叶锈菌(Puccinia triticina),隐匿柄锈菌(Puccinia recondita),小麦条锈菌(Puccinia striiformis),小麦秆锈菌(Puccinia graminis),柄锈菌属物种(Puccinia spp.),苹果黑星菌(Venturia inaequalis),轮枝孢属物种(Verticilliumspp.)，球腔菌属物种(Mycosphaerella spp.)，斐济球腔菌(Mycosphaerella fijiensis)，桃褐腐病菌(Monilinia fructicola),Monilinia lax和苹果褐腐菌(Moniliniafructigena)。
51.一种使易受植物有害生物或植物病害影响的植物生长或改善植物的感兴趣的农艺性状的方法，所述方法包括向所述植物施加：
(a)有效量的细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包含至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷；
(b)有效量的来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包含至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷；和/或
(c)有效量的衍生自细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；
其中所述有效量防治引起植物病害的植物有害生物或植物病原体或改善植物感兴趣的农艺性状。
52.实施方案51的方法，其中所述方法增加易受植物病害影响的植物的产量。
53.实施方案51或52的方法，其中所述植物病害是由线虫害虫或昆虫害虫引起的植物病害。
54.实施例方案53的方法，其中所述植物有害生物包括一种或多种线虫害虫，所述线虫害虫选自由以下组成的组：南方根结线虫(Meloidogyne incognita)，爪哇根结线虫(Meloidogyne javanica),北方根结线虫(Meloidogyne hapla)，花生根结线虫(Meloidogyne arenaria)，腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)，鳞球茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，穿刺短体线虫(Pratylenchus penetrans),菊花穿刺短体线虫(Pratylenchus fallax),咖啡短体线虫(Pratylenchus coffeae),卢斯短体线虫(Pratylenchus loosi)，伤残短体线虫(Pratylenchus vulnus)，马铃薯金线虫(Globoderarostochiensis)，马铃薯白线虫(Globodera pallida)，大豆孢囊线虫(Heteroderaglycines)，甜菜孢囊线虫(Heterodera schachtii)，禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)，水稻干尖线虫(Aphelenchoides besseyi),菊花滑刃线虫(Aphelenchoidesritzemabosi)，草莓滑刃线虫(Aphelenchoides fragariae)，燕麦真滑刃线虫(Aphelenchus avenae)，香蕉穿孔线虫(Radopholus similis)，柑橘半穿刺线虫(Tylenchulus semipenetrans)，肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)，红环腐线虫(Bursaphelenchus cocophilus)，螺旋线虫属物种(Helicotylenchus spp.)，香蕉穿孔线虫(Radopholus similis)，鳞茎和茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis)，剑线虫属物种(Xiphinema spp.)，芽线虫属物种(Aphelenchoides spp.)，松材线虫(Bursaphelenchusxylophilus)和短体线虫属物种(Pratylenchus spp.)。
55.实施方案53的方法，其中所述植物有害生物包括一种或多种昆虫害虫，其中所述昆虫害虫是鞘翅目、鳞翅目和/或半翅目昆虫害虫。
56.实施方案51的方法，其中所述植物病原体包括至少一种真菌病原体。
57.实施方案56的方法，其中所述植物病原体包括选自由以下组成的组的一种或多种真菌病原体：曲霉属物种(Aspergillus spp.),黄曲霉(Aspergillus flavus),灰葡萄孢霉(Botrytis cinerea),尾孢菌属物种(Cersospora spp.),大豆尾孢菌(Cercosporasojina),甜菜尾孢菌(Cercospora beticola),茄链格孢菌(Alternaria solani),大豆立枯丝核菌(Rhizoctonia solani),小麦白粉菌(Blumeria graminis),莴苣盘梗霉(Bremialactucae),葡萄白粉菌(Erysiphe necator),叉丝单囊壳属物种(Podosphaera spp.),苍耳单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii),二孢白粉菌(Golovinomyces cichoracearum),紫薇白粉菌(Erysiphe lagerstroemiae),月季白粉菌(Sphaerotheca pannosa),炭疽菌属物种(Colletotrichum spp.),亚线孢炭疽菌(Colletotrichum sublineolum)，谷物炭疽菌(Colletotrichum cereale),胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporiodes),Apiognomonia errabunda，Apiognomonia veneta，白蜡盘座孢菌(Discula fraxinea),葡萄霜霉菌(Plasmopara viticola),黄瓜假霜霉病菌(Pseudoperonospora cubensis),霜霉属物种(Peronospora spp.)，Peronospora belbahrii,Peronospora lamii,Plasmoparaobduscens,Pythium cryptoirregulare,瓜果腐霉(Pythium aphanidermatum),畸雌腐霉(Pythium irregulare),林栖腐霉(Pythium sylvaticum),群结腐霉(Pythiummyriotylum),终极腐霉(Pythium ultimum),疫霉属物种(Phytophthora spp.),辣椒疫霉(Phytophthora capsici),烟草疫霉(Phytophthora nicotianae),致病疫霉(Phytophthora infestans),热带疫霉(Phytophthora tropicalis),大豆疫霉(Phytophthora sojae),镰孢霉属物种(Fusarium spp.),Fusarium virguliforme，禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum)，茄病镰刀菌(Fusarium solani),尖孢镰刀菌(Fusariumoxysporum)，禾生镰刀菌(Fusarium graminicola)，玉米赤霉(Gibberella zeae),禾生炭疽病菌(Colletotrichum graminicola)，层锈菌属物种(Phakopsora spp.)，山马蝗层锈菌(Phakopsora meibomiae)，豆薯层锈菌(Phakopsora pachyrizi),小麦叶锈菌(Pucciniatriticina),隐匿柄锈菌(Puccinia recondita),小麦条锈菌(Puccinia striiformis),小麦秆锈菌(Puccinia graminis)，柄锈菌属物种(Puccinia spp.),苹果黑星菌(Venturiainaequalis),轮枝孢属物种(Verticillium spp.)，球腔菌属物种(Mycosphaerellaspp.)，斐济球腔菌(Mycosphaerella fijiensis)，桃褐腐病菌(Monilinia fructicola),Monilinia lax和苹果褐腐菌(Monilinia fructigena)。
58.一种防治在栽培区域中引起植物病害的植物有害生物或植物病原体的方法，所述方法包括：
(a)用易受植物有害生物或植物病害影响的种子或植物种植所述栽培区域；以及
(b)向易受植物有害生物或植物病害影响的植物施加有效量的组合物，所述组合物包含:
(i)有效量的至少一种细菌菌株，所述细菌菌株包括AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，并且其中所述有效量包含至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷；
(ii)有效量的至少一种细菌菌株，所述细菌菌株包含来自以下任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合:AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，并且其中所述有效量包含至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷；或
(iii)有效量的衍生自细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；
其中所述有效量防治在栽培区域中引起植物病害的植物有害生物或植物病原体。
59.实施方案58的方法，其中所述植物易受线虫害虫或昆虫害虫影响。
60.实施方案59的方法，其中所述易受线虫害虫或昆虫害虫影响的植物是大豆、香蕉、木薯、鹰嘴豆、豌豆、豆类、柑桔、花生、木豆、玉米、小麦、大麦、黑麦、水稻、马铃薯、番茄、黄瓜、辣椒、三叶草、豆类、苜蓿、甘蔗、甜菜、烟草、向日葵、红花、高粱、草莓、草皮或观赏植物。
61.实施方案58-60中任一项的方法，其中所述组合物防治一种或多种线虫害虫。
62.实施方案61的方法，其中所述一种或多种线虫害虫选自由以下组成的组：南方根结线虫(Meloidogyne incognita)，爪哇根结线虫(Meloidogyne javanica),北方根结线虫(Meloidogyne hapla)，花生根结线虫(Meloidogyne arenaria)，腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)，鳞球茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，穿刺短体线虫(Pratylenchus penetrans),菊花穿刺短体线虫(Pratylenchus fallax),咖啡短体线虫(Pratylenchus coffeae),卢斯短体线虫(Pratylenchus loosi)，伤残短体线虫(Pratylenchus vulnus)，马铃薯金线虫(Globodera rostochiensis)，马铃薯白线虫(Globodera pallida)，大豆孢囊线虫(Heterodera glycines)，甜菜孢囊线虫(Heteroderaschachtii)，禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)，水稻干尖线虫(Aphelenchoidesbesseyi),菊花滑刃线虫(Aphelenchoides ritzemabosi)，草莓滑刃线虫(Aphelenchoidesfragariae)，燕麦真滑刃线虫(Aphelenchus avenae)，香蕉穿孔线虫(Radopholussimilis)，柑橘半穿刺线虫(Tylenchulus semipenetrans)，肾形肾状线虫(Rotylenchulusreniformis)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)，红环腐线虫(Bursaphelenchuscocophilus)，螺旋线虫属物种(Helicotylenchus spp.)，香蕉穿孔线虫(Radopholussimilis)，鳞茎和茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，肾形肾状线虫(Rotylenchulusreniformis)，剑线虫属物种(Xiphinema spp.)，芽线虫属物种(Aphelenchoides spp.)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)和短体线虫属物种(Pratylenchus spp.)。
63.实施方案58的方法，其中所述植物有害生物包括一种或多种昆虫害虫，其中所述昆虫害虫是鞘翅目、鳞翅目和/或半翅目昆虫害虫。
64.实施方案58的方法，其中由所述组合物防治的植物病原体是一种或多种真菌病原体。
65.实施方案64的方法，其中所述一种或多种真菌病原体选自由以下组成的组：曲霉属物种(Aspergillus spp.),黄曲霉(Aspergillus flavus),灰葡萄孢霉(Botrytiscinerea),尾孢菌属物种(Cersospora spp.),大豆尾孢菌(Cercospora sojina),甜菜尾孢菌(Cercospora beticola),茄链格孢菌(Alternaria solani),大豆立枯丝核菌(Rhizoctonia solani),小麦白粉菌(Blumeria graminis),莴苣盘梗霉(Bremialactucae),葡萄白粉菌(Erysiphe necator),叉丝单囊壳属物种(Podosphaera spp.),苍耳单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii),二孢白粉菌(Golovinomyces cichoracearum),紫薇白粉菌(Erysiphe lagerstroemiae),月季白粉菌(Sphaerotheca pannosa),炭疽菌属物种(Colletotrichum spp.),亚线孢炭疽菌(Colletotrichum sublineolum)，谷物炭疽菌(Colletotrichumcereale),胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporiodes),Apiognomonia errabunda，Apiognomonia veneta，白蜡盘座孢菌(Discula fraxinea)，葡萄霜霉菌(Plasmopara viticola),黄瓜假霜霉病菌(Pseudoperonospora cubensis),霜霉属物种(Peronospora spp.)，Peronospora belbahrii,Peronospora lamii,Plasmoparaobduscens,Pythium cryptoirregulare,瓜果腐霉(Pythium aphanidermatum),畸雌腐霉(Pythium irregulare),林栖腐霉(Pythium sylvaticum),群结腐霉(Pythiummyriotylum),终极腐霉(Pythium ultimum),疫霉属物种(Phytophthora spp.),辣椒疫霉(Phytophthora capsici),烟草疫霉(Phytophthora nicotianae),致病疫霉(Phytophthora infestans),热带疫霉(Phytophthora tropicalis),大豆疫霉(Phytophthora sojae),镰孢霉属物种(Fusarium spp.),Fusarium virguliforme，禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum),茄病镰刀菌(Fusarium solani),尖孢镰刀菌(Fusariumoxysporum),禾生镰刀菌(Fusarium graminicola),玉米赤霉(Gibberella zeae),禾生炭疽病菌(Colletotrichum graminicola)，层锈菌属物种(Phakopsora spp.),山马蝗层锈菌(Phakopsora meibomiae),豆薯层锈菌(Phakopsora pachyrizi),小麦叶锈菌(Pucciniatriticina),隐匿柄锈菌(Puccinia recondita),小麦条锈菌(Puccinia striiformis),小麦秆锈菌(Puccinia graminis),柄锈菌属物种(Puccinia spp.),苹果黑星菌(Venturiainaequalis),轮枝孢属物种(Verticillium spp.)，球腔菌属物种(Mycosphaerellaspp.)，斐济球腔菌(Mycosphaerella fijiensis)，桃褐腐病菌(Monilinia fructicola),Monilinia lax和苹果褐腐菌(Monilinia fructigena)。
66.实施方案58-65中任一项所述的方法，其中所述方法还包括施用有效量的杀生物剂，其中所述有效量的杀生物剂选择性地防治感兴趣的生物体而不显著地损害作物。
67.实施方案66的方法，其中同时施用所述细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物和杀生物剂。
68.实施方案66的方法，其中所述细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物和杀生物剂顺序地施用。
69.实施方案66-68中任一项的方法，其中所述杀生物剂是杀线虫剂或杀昆虫剂。
70.实施方案66-69中任一项的方法，其中所述植物有害生物是线虫害虫和/或昆虫害虫。
71.实施方案66-68中任一项的方法，其中所述杀生物剂是杀真菌剂。
72.实施方案66-68或71中任一项的方法，其中所述植物病原体是一种或多种真菌病原体。
73.一种制备修饰的细菌菌株的方法，所述方法包括：
(a)提供至少一种细菌菌株的群体，所述细菌菌株包括AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述细菌菌株易受感兴趣的杀生物剂影响；
(b)在感兴趣的杀生物剂存在下培养所述细菌菌株；以及
(c)选择对所述感兴趣的杀生物剂具有增加的抗性的修饰的细菌菌株。
74.实施方案73的方法，其中所述培养包括随时间增加杀生物剂的浓度。
75.实施方案73或74的方法，其中所述杀生物剂是草甘膦或草铵膦。
76.一种治疗或预防植物病害的方法，所述方法包括对具有植物有害生物或植物病害或处于发展植物有害生物或植物病害风险中的植物施加有效量的:
(a)细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包含至少约1012至1016CFU/公顷；和/或
(b)来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包含至少约1012至1016CFU/公顷；和/或
(c)有效量的衍生自细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；
其中有效量防治引起植物病害的植物有害生物或植物病原体。
77.实施方案76的方法，其中所述细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物治疗或预防一种或多种植物病害。
78.实施方案77的方法，其中所述一种或多种植物病害由线虫害虫和/或昆虫害虫引起。
79.实施方案76-77中任一项的方法，其中所述细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物防治一种或多种有害生物。
80.实施方案79的方法，其中所述一种或多种有害生物包括一种或多种线虫害虫和/或昆虫害虫。
81.实施方案76-80中任一项的方法，其中所述一种或多种线虫害虫选自由以下组成的组：南方根结线虫(Meloidogyne incognita)，爪哇根结线虫(Meloidogynejavanica),北方根结线虫(Meloidogyne hapla)，花生根结线虫(Meloidogyne arenaria)，腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)，鳞球茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，穿刺短体线虫(Pratylenchus penetrans),菊花穿刺短体线虫(Pratylenchus fallax),咖啡短体线虫(Pratylenchus coffeae),卢斯短体线虫(Pratylenchus loosi)，伤残短体线虫(Pratylenchus vulnus)，马铃薯金线虫(Globodera rostochiensis)，马铃薯白线虫(Globodera pallida)，大豆孢囊线虫(Heterodera glycines)，甜菜孢囊线虫(Heteroderaschachtii)，禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)，水稻干尖线虫(Aphelenchoidesbesseyi),菊花滑刃线虫(Aphelenchoides ritzemabosi)，草莓滑刃线虫(Aphelenchoidesfragariae)，燕麦真滑刃线虫(Aphelenchus avenae)，香蕉穿孔线虫(Radopholussimilis)，柑橘半穿刺线虫(Tylenchulus semipenetrans)，肾形肾状线虫(Rotylenchulusreniformis)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)，红环腐线虫(Bursaphelenchuscocophilus)，螺旋线虫属物种(Helicotylenchus spp.)，香蕉穿孔线虫(Radopholussimilis)，鳞茎和茎线虫(Ditylenchus dipsaci)，肾形肾状线虫(Rotylenchulusreniformis)，剑线虫属物种(Xiphinema spp.)，芽线虫属物种(Aphelenchoides spp.)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)和短体线虫属物种(Pratylenchus spp.)。
82.实施方案80的方法，其中所述昆虫害虫包括一种或多种鞘翅目害虫，所述鞘翅目害虫选自由以下组成的组：叩甲属物种(Agriotes spp.)、花象属物种(Anthonomusspp.)、甜菜隐食甲(Atomaria linearis)、蚤凹胫跳甲(Chaetocnema tibialis)、根颈象属物种(Cosmopolites spp.)、象虫属物种(Curculio spp.)、皮蠹属物种(Dermestes spp.)、食植瓢虫属物种(Epilachna spp.)、Eremnus spp.、马铃薯叶甲(Leptinotarsadecemlineata)、稻水象属物种(Lissorhoptrus spp.)、鳃金龟属物种(Melolontha spp.)、锯谷盗属物种(Orycaephilus spp.)、耳象属物种(Otiorhynchus spp.)、斑象属物种(Phlyctinus spp.)、云粉蝶属物种(Popillia spp.)、蚤跳甲属物种(Psylliodes spp.)、谷蠹属物种(Rhizopertha spp.)、金龟科(Scarabeidae)、米象属物种(Sitophilus spp.)、麦蛾属物种(Sitotroga spp.)、粉甲属物种(Tenebrio spp.)、拟谷盗属物种(Triboliumspp.)、斑皮蠹属物种(Trogoderma spp.)、来自长角象虫科(Anthribidae)、豆象科(Bruchidae)和象甲科(Curculionidae)的象甲类(例如，甘薯小象虫(Cylas formicarius(Fabricius)),棉铃象甲(Anthonomus grandis Boheman),稻水象(Lissorhoptrusoryzophilus Kuschel),米象(Sitophilus oryzae L.))；跳甲,黄瓜甲虫,根虫,叶甲,马铃薯甲虫，叶甲科(Chrysomelidae)的潜叶虫(例如,科罗拉多马铃薯甲虫(Leptinotarsadecemlineata),玉米根虫属物种(Diabrotica spp.)，包括西方玉米根虫(Diabroticavirgifera virgifera LeConte))；金龟子和来自Scaribaeidae科的其他甲虫(例如，日本金龟子(Popillia japonica Newman)和欧洲金龟子(Rhizotrogus majalisRazoumowsky))；来自叩甲科(Elateridae)的铁线虫和来自小蠹科(Scolytidae)的小蠹虫。
83.实施方案76-80中任一项的方法，其中所述昆虫害虫包括一种或多种鳞翅目害虫，所述鳞翅目害虫选自由以下组成的组：小蜡螟(Achoroia grisella)、西部黑头长翅卷蛾(Acleris gloverana)、黑头长翅卷蛾(Acleris variana)、苹果小卷叶蛾(Adoxophyesorana)、小地老虎(Agrotis ipsilon)、棉叶波纹夜蛾(Alabama argillacea)、秋尺蠖(Alsophila pometaria)、脐橙螟蛾(Amyelois transitella)、地中海粉螟(Anagastakuehniella)、桃枝麦蛾(Anarsia lineatella)、橙纹犀额蛾(Anisota senatoria)、柞蚕(Antheraea pernyi)、大豆夜蛾(Anticarsia gemmatalis)、黄卷蛾属物种(Archipsspp.)、带卷蛾属物种(Argyrotaenia spp.)、Athetis mindara、家蚕(Bombyx mori)、棉潜蛾(Bucculatrix thurberiella)、粉斑螟蛾(Cadra cautella)、色卷蛾属物种(Choristoneura sp.)、Cochylls hospes、苜蓿黄蝶(Colias eurytheme)、米蛾(Corcyracephalonica)、Cydia latiferreanus、苹果蠹蛾(Cydia pomonella)、胡桃黄蝶(Datanaintegerrima)、Dendrolimus sibericus、Desmiafeneralis spp.、甜瓜绢野螟(Diaphaniahyalinata)、黄瓜绢野螟(Diaphania nitidalis)、西南玉米螟(Diatraea grandiosella)、小蔗螟(Diatraea saccharalis)、白尺蠖蛾(Ennomos subsignaria)、墨西哥稻螟(Eoreumaloftini)、烟草粉螟(Esphestia elutella)、菩提松尺蠖(Erannis tilaria)、盐泽灯蛾(Estigmene acrea)、Eulia salubricola、Eupocoellia ambiguella、女贞细卷蛾(Eupoecilia ambiguella)、褐尾蠹(Euproctis chrysorrhoea)、暗缘地老虎(Euxoamessoria)、大蜡螟(Galleria mellonella)、梨小食心虫(Grapholita molesta)、黑拟蛉蛾(Harrisina americana)、亚曲叶蛾(Helicoverpa subflexa)、棉铃虫(Helicoverpa zea)、烟芽夜蛾(Heliothis virescens)、Hemileuca oliviae、向日葵斑螟(Homoeosomaelectellum)、美国白蛾(Hyphantia cunea)、番茄蠹蛾(Keiferia lycopersicella)、铁杉尺蠖(Lambdina fiscellaria fiscellaria)、西部铁杉尺蠖(Lambdina fiscellarialugubrosa)、柳毒蛾(Leucoma salicis)、葡萄花翅小卷蛾(Lobesia botrana)、草地螟(Loxostege sticticalis)、舞毒蛾(Lymantria dispar)、Macalla thyrisalis、天幕毛虫属物种(Malacosoma spp.)、甘蓝夜蛾(Mamestra brassicae)、蓓带夜蛾(Mamestraconfigurata)、番茄天蛾(Manduca quinquemaculata)、烟草天蛾(Manduca sexta)、豆荚野螟(Maruca testulalis)、Melanchra picta、冬尺蛾(Operophtera brumata)、毒蛾属物种(Orgyia spp.)、玉米螟(Ostrinia nubilalis)、尺蠖(Paleacrita vernata)、美洲大芷凤蝶(Papilio cresphontes)、红棉铃虫(Pectinophora gossypiella)、加州槲蛾(Phryganidia californica)、斑幕潜叶蛾(Phyllonorycter blancardella)、暗脉菜粉蝶(Pieris napi)、菜粉蝶(Pieris rapae)、苜蓿绿夜蛾(Plathypena scabra)、Platynotaflouendana、荷兰石竹小卷蛾(Platynota stultana)、洋葱羽蛾(Platyptiliacarduidactyla)、印度谷螟(Plodia interpunctella)、小莱蛾(Plutella xylostella)、美国纹白蝶(Pontia protodice)、美洲粘虫(Pseudaletia unipuncta)、Pseudoplasiaincludens、杂食尺蠖(Sabulodes aegrotata)、红抚天社蛾(Schizura concinna)、麦蛾(Sitotroga cerealella)、苹果小卷叶蛾(Spilonta ocellana)、斜纹夜蛾属物种(Spodoptera spp.)、松行列蛾(Thaurnstopoea pityocampa)、衣蛾(Tinsolabisselliella)、粉纹夜蛾(Trichoplusia hi)、番茄斑潜蝇(Tuta absoluta)、温室结网野螟(Udea rubigalis)、Xylomyges curiails和苹果巢蛾(Yponomeuta padella)。
84.实施方案77的方法，其中所述一种或多种植物病害包括一种或多种真菌植物病害。
85.实施方案77的方法，其中所述植物病原体包括一种或多种真菌病原体。
86.实施方案85的方法，其中所述一种或多种真菌病原体选自由以下组成的组：曲霉属物种(Aspergillus spp.),黄曲霉(Aspergillus flavus),灰葡萄孢霉(Botrytiscinerea),尾孢菌属物种(Cersospora spp.),大豆尾孢菌(Cercospora sojina),甜菜尾孢菌(Cercospora beticola),茄链格孢菌(Alternaria solani),大豆立枯丝核菌(Rhizoctonia solani),小麦白粉菌(Blumeria graminis)，莴苣盘梗霉(Bremialactucae),葡萄白粉菌(Erysiphe necator),叉丝单囊壳属物种(Podosphaera spp.),苍耳单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii),二孢白粉菌(Golovinomyces cichoracearum),紫薇白粉菌(Erysiphe lagerstroemiae),月季白粉菌(Sphaerotheca pannosa),炭疽菌属物种(Colletotrichum spp.),亚线孢炭疽菌(Colletotrichum sublineolum)，谷物炭疽菌(Colletotrichumcereale),胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporiodes),Apiognomonia errabunda，Apiognomonia veneta，白蜡盘座孢菌(Discula fraxinea)，葡萄霜霉菌(Plasmopara viticola),黄瓜假霜霉病菌(Pseudoperonospora cubensis),霜霉属物种(Peronospora spp.)，Peronospora belbahrii,Peronospora lamii,Plasmoparaobduscens,Pythium cryptoirregulare,瓜果腐霉(Pythium aphanidermatum),畸雌腐霉(Pythium irregulare),林栖腐霉(Pythium sylvaticum),群结腐霉(Pythiummyriotylum),终极腐霉(Pythium ultimum),疫霉属物种(Phytophthora spp.),辣椒疫霉(Phytophthora capsici),烟草疫霉(Phytophthora nicotianae),致病疫霉(Phytophthora infestans),热带疫霉(Phytophthora tropicalis),大豆疫霉(Phytophthora sojae),镰孢霉属物种(Fusarium spp.),Fusarium virguliforme，禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum),茄病镰刀菌(Fusarium solani),尖孢镰刀菌(Fusariumoxysporum),禾生镰刀菌(Fusarium graminicola),玉米赤霉(Gibberella zeae),禾生炭疽病菌(Colletotrichum graminicola)，层锈菌属物种(Phakopsora spp.),山马蝗层锈菌(Phakopsora meibomiae),豆薯层锈菌(Phakopsora pachyrizi),小麦叶锈菌(Pucciniatriticina),隐匿柄锈菌(Puccinia recondita),小麦条锈菌(Puccinia striiformis),小麦秆锈菌(Puccinia graminis),柄锈菌属物种(Puccinia spp.),苹果黑星菌(Venturiainaequalis),轮枝孢属物种(Verticillium spp.)，球腔菌属物种(Mycosphaerellaspp.)，斐济球腔菌(Mycosphaerella fijiensis)，桃褐腐病菌(Monilinia fructicola),Monilinia lax和苹果褐腐菌(Monilinia fructigena)。
87.一种部件试剂盒，其包含杀生物剂和以下组分：
(a)细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包含至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷；
(b)来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包含至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷；和/或
(c)衍生自细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株。
88.实施方案87的试剂盒，其中杀生物剂是除草剂、杀真菌剂、杀昆虫剂、杀线虫剂和/或杀有害生物剂。
提供下面的实施例是为了举例说明而不是为了限制。
实施例
实施例1：微生物菌株和培养方法
表2:选择用于评价抑制有害生物活性的细菌菌株
Figure BDA0003089192840001051
将表2所示的细菌菌株在培养基中培养。表3A总结了培养时间和得到的细菌浓度(CFU/ml)。表3B提供了培养基配方。
表3A:培养条件
菌株ID 培养基 培养时间(小时) 浓度(CFU/ml)
AIP075655 LB 72 3.00x10<sup>8</sup>
AIP061382 LB 72 1.57x10<sup>10</sup>
AIP029105 LB 72 4.90x10<sup>9</sup>
表3B:培养基配方
成分 量(g/L)
磷酸氢二钠七水合物 11.33
磷酸二氢钾 3
氯化铵 1.55
L(+)-谷氨酸一钠 14.01
硫酸镁七水合物 0.5
Amberex酵母提取物 10
硫酸锌 0.05
硫酸亚铁(II)七水合物 0.004
葡萄糖(Dextrose) 75
实施例2：抗亚线孢炭疽菌(Colletotrichumsublineolum)(高粱炭疽病)的细菌菌 株的评价
将高粱品种12-GS9016-KS585在温室中生长，以稳定供应叶组织用于细菌菌株评价。切下来自4-6周龄植物的完全展开的高粱叶，并将其切割成2.5cm宽的相等小块。将亚线孢炭疽菌(Colletotrichum sublineolum，获自得克萨斯A&M大学的Dr.Isakeit实验室)在20％燕麦琼脂上生长14天。用无菌蒸馏水浸没活性生长的培养物，移出孢子。然后将悬浮液的浓度调整到1x106个孢子/mL。然后向悬浮液中加入吐温20至0.05％。
将每个感兴趣的细菌菌株划线到Luria Bertani(LB)琼脂培养皿板上。挑取单个菌落并将其置于250-ml烧瓶中的50ml LB液体培养基或液体培养物(CHA培养基；每升，NaCl(5g)，胰蛋白胨(10g)，营养肉汤(8g)，CaCl2(0.14mM)，MgCl2·6H2O(0.2mM)和MnCl2·4H2O(0.01mM))中。48小时后，通过沉淀细胞并在去离子水中重悬至原始体积来收获培养物。使用标准稀释平板计数方法滴定每种培养物以确定CFU/mL，并检查平板是否有污染的迹象。加入无菌蒸馏水以达到菌株评价所需的最终浓度。
使用配有15mL锥形离心管(Fisher Scientific,Cat No.14-59-53A)的肋状裙式细雾指尖喷雾器(ID-S009,Container&Packaging Supply,Eagle,ID)，将120μL的每种细菌菌株(1×108CFU/mL，悬浮在氯化镁缓冲液中)喷雾到叶块上。然后将处理过的叶块放置在用6-苄基氨基嘌呤(BAP)改良的1％水琼脂上，并在室温和黑暗中孵育。处理后24小时，将叶块接种30μL的亚线孢炭疽菌孢子悬浮液液滴，涂敷在中脉的每一侧。然后在设定为12小时光周期、保持在25℃和95％相对湿度的生长室(Percival Scientific,Inc)中孵育该平板。该实验设计是具有2个重复的随机完全区组设计，并且重复该实验两次。
7天后，根据Prom等人,2016(Plant Path J.15(1):11-16)(几乎没有修改)，以0-4的等级评估炭疽病的严重程度。0-没有症状或发黄斑点(chlorotic flecks)，1-没有分生孢子盘的过敏性反应，2-具有微小的且很少的分生孢子盘的损伤，3-在小于等于(≤)25％的叶组织上具有微小的且很少的分生孢子盘的损伤，4-分生孢子盘覆盖叶表面大于等于(≥)25％的叶组织的损伤。使用
Figure BDA0003089192840001072
(13.2.1版；SAS Institute Inc.,Cary,NC)中的方差分析(ANOVA)来分析结果(表4)，在细菌菌株中观察到显著性差异(P<0.05)。
表4:在高粱离体叶测定中细菌菌株对炭疽病的防治(％)
Figure BDA0003089192840001071
Figure BDA0003089192840001081
a使用SAS JMP 14.0版command LSMeans Tukey’s HSD分析的平均分离度(meansseparation)。
实施例3：抗致病疫霉(Phytophthorainfestans)(番茄晚疫病)的细菌菌株的评价
在离体叶测定中使用番茄品种Money Maker来评价感兴趣的细菌菌株。从4-5周龄番茄植株切下完全展开的小叶，并使用直径为3.5-cm的软木钻孔器将小叶制成大小相等的圆盘片。制备从北卡罗莱纳的番茄分离的致病疫霉(基因型US-23，获自北卡罗莱纳州立大学的Dr.Ristaino实验室)的接种物。用无菌蒸馏水浸没2周龄的活性生长培养物，刮下菌丝体。然后使菌丝体悬浮液破裂以保持一致性。
按照实施例2所述制备菌株。使用配有15mL锥形离心管(Fisher Scientific,CatNo.14-59-53A)的肋状裙式细雾指尖喷雾器(ID-S009,Container&Packaging Supply,Eagle,ID)，将120μL细菌菌株(1×108CFU/ml，悬浮在氯化镁缓冲液中)喷雾到叶盘上(每个叶盘直径为3.5-cm)。施用该菌株24小时后，用30μL致病疫霉菌丝体悬浮液的液滴接种叶盘。在塑料容器(BlisterBox P5887,20×20cm,Placon,Madison,WI)中放置叶盘，远轴侧与WhatmanTM 3MM层析纸(20×20cm，Fisher Scientific Cat No.3030-861)的饱和双层接触。将含有叶盘的盒子放到双拉链加仑储存袋(ZIP IGS250-448632,AEP IndustrialInc.Montvale NJ)内并在设置为13小时光和11小时暗周期、保持在18℃和95％RH的生长室(Percival Scientific,Inc)中孵育。该实验设计是具有2个重复的随机完全区组设计，并且重复该实验一次。
7天后，基于总感染面积使用0-4等级评估晚疫病严重程度，0＝没有明显的症状，1＝～10％感染，2＝～25％感染，3＝～50％感染和4＝≥75％感染。使用
Figure BDA0003089192840001092
(13.2.1版；SAS Institute Inc.,Cary,NC)中的方差分析(ANOVA)来分析数据，在细菌菌株中观察到显著性差异(P<0.05)。结果显示在表5中。
表5:在番茄叶盘测定中细菌菌株对晚疫病的防治(％)
Figure BDA0003089192840001091
a使用SAS JMP 14.0版command LSMeans Tukey’s HSD分析的平均分离度。
实施例4：抗苍耳单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii)(瓜类蔬菜上的白粉病)的 细菌菌株的评价
切下健康南瓜的叶片，并用大软木钻孔器切成直径为35mm的均匀叶盘。实验单元由单个叶盘组成，每个叶盘用所选细菌的悬浮液处理。处理包括Agbiome菌株AIP061382、AIP075655和AIP029105，和对照处理。对照是没有接种的和接种的叶盘，10ppm的合成的杀真菌剂戊唑醇(tebuconazole)作为阳性对照。按照实施例2所述制备细菌菌株。在用病原体苍耳单囊壳白粉菌(从康奈尔大学Dr.McGrath实验室获得的菌株)接种前24小时，每个叶盘在近轴表面上喷雾200μL的处理液(细菌悬浮液或合成的杀真菌剂)。在用杀真菌剂处理后，将叶盘在黑暗中在23℃孵育24小时。
通过在处理的叶盘表面上喷雾1x106个苍耳单囊壳白粉菌分生孢子混悬液而接种叶盘。处理物放置在密封的透明塑料盒中，并在25℃、80％相对湿度和12小时光周期下孵育六天。每个处理物对病害严重程度按0-4等级分级，其中0是没有症状，4是大于50％的叶盘被菌落覆盖。还对每个处理物记录白粉菌的菌落数。该实验进行一次，每个处理重复两到三次。在SAS JMP 14.0版中分析数据。结果显示在表6中。
表6:在离体南瓜叶盘上细菌菌株的白粉病防治。
菌株ID 分类学ID 病害防治百分数<sup>a</sup>
AIP075655 Pseudomonas protegens 87.2a
AIP061382 解淀粉芽孢杆菌 59.0b
AIP029105 耐硼赖氨酸芽孢杆菌 30.0c
接种的对照 - 0
戊唑醇(10ppm) - 67.0
a使用SAS JMP 14.0版command LSMeans Tukey’s HSD分析的平均分离度。
实施例5：抗豆薯层锈菌(Phakopsora pachyrhizi)(大豆锈病)的细菌菌株评价
使用易感大豆品种Williams 82。每2周种植大豆植物，并将其放置在保持75％相对湿度、14小时光(350μmol m–2s–1PAR)和10小时暗(分别在24和23℃)周期的生长室(Percival Scientific,Inc.,Boone,IA)中，以恒定供应2至3周龄的没有锈病的叶子。在本实验中使用在2015年和2016年从佛罗里达州加兹登县(Gadsden County,Florida)采集的感染大豆叶子上得到的豆薯层锈菌夏孢子混合物。维持和增加豆薯层锈菌夏孢子的详细内容已在其他地方记载(Twizeyimana和Hartman 2010,Plant Dis.94:1453-1460)。
使用配有15mL锥形离心管(Fisher Scientific,Cat No.14-59-53A)的指尖喷雾器(Container&Packaging Supply,Eagle,ID)，将120μL每种感兴趣的细菌菌株(1×108CFU/mL无菌蒸馏水)喷雾到叶盘(每个直径为3.5-cm)上。将叶盘近轴侧向下放置在塑料容器(Blister Box 20×20cm,Placon,Madison,WI)中的饱和20×20cm滤纸(WhatmanInternational Ltd.,Kent,England)上；每个盒子使用两张滤纸。将具有叶盘的盒子(25个/盒)在室温在黑暗中孵育24小时。然后使用连接到空气压缩机(Twizeyimana andHartman,2010)的喷雾器将叶盘接种豆薯层锈菌夏孢子的孢子悬浮液(以5×104个夏孢子/mL无菌蒸馏水，每个叶盘120μL)。接种后，将盒子在黑暗中孵育12小时的时间，然后在保持78％RH的生长室(Percival Scientific,Inc.)中以22.5℃ 12小时光(40-60μmol m-2s-1)和22℃ 11小时黑暗的周期孵育。在放置于生长室内之前，将盒子放在拉链袋(WebsterIndustries,Peabody,MA)中。
通过对从接种的叶盘任意选择的两个直径为1-cm的叶组织圆计数产孢夏孢子的数目对锈病严重程度进行评分(表7)。使用SAS的PROC GLM(9.4版；SAS Institute Inc.,Cary,NC)中的方差分析(ANOVA)来分析数据，并且在各处理中观察到显著性差异(P<0.05)。
表7:离体叶盘上细菌菌株对大豆锈病的防治
菌株ID Tax ID 病害防治百分数<sup>a</sup>
AIP075655 Pseudomonas protegens 98.3a
AIP029105 耐硼赖氨酸芽孢杆菌 70.9ab
AIP061382 解淀粉芽孢杆菌 92.5a
接种的对照 - 0c
嘧菌酯(0.5ppm) - 97.0
a使用SAS JMP 14.0版command LSMeans Tukey’s HSD分析的平均分离度。
实施例6：抗斐济球腔菌(Mycosphaerella fijiensis)(黑叶斑病)的细菌菌株的 评价
使用易感的芭蕉品种Grand Nain。将植物保持在温室中，以恒定供应无病害的叶子。在该评价中使用的接种物是从尼日利亚伊巴丹(Ibadan，Nigeria)的国际热带农业组织(the International of Tropical Agriculture，IITA)获得的斐济球腔菌培养物，并在V8果汁琼脂上维持。
从切下的叶子切成较小的叶块(长4cm×宽3cm)。将两个叶块放置在塑料培养皿中，近轴侧放置在用5mg/L赤霉酸改良的琼脂上。使用指尖喷雾器对叶块喷雾120μL细菌菌株(1×108CFU/mL无菌蒸馏水)。将具有叶块的培养皿在室温黑暗中孵育24小时。然后用斐济球腔菌菌丝体悬浮液接种叶块。使用匀浆器(Omni International,Kennesaw,GA)在无菌蒸馏水中(在50ml锥形管中)将从生长的培养物刮下的菌丝体片段切成较小的菌丝体尖端。将悬浮液经两层干酪布过滤，然后搅拌。加入吐温20(0.05％和0.05％Silwet L-77(Loveland Industries Inc.,Greeley,CO))，并使用血细胞计数器，用无菌蒸馏水将悬浮液调整至浓度为1×106个菌丝体片段/ml。接种后一天，在设定为14小时光周期、保持在25℃和90％相对湿度的生长室(Percival Scientific，Inc)中孵育平板。
所记录的数据是在数据收集时接种叶片上进展最大的阶段(对于黑叶斑症状发展有6个公认的阶段)。使用SAS的PROC GLM(9.4版；SAS Institute Inc.,Cary,NC)中的方差分析(ANOVA)来分析数据，并且在治疗中观察到显著性差异(P<0.05)。结果显示在表8中。
表8:在Grand Nain叶块上细菌菌株对黑叶斑病的防治
菌株ID Tax ID 病害防治百分数<sup>a</sup>
AIP075655 Pseudomonas protegens 70.8a
AIP061382 解淀粉芽孢杆菌 79.2a
接种的对照 - 0c
代森锰锌(Mancozeb，10ppm) - 83.7
a使用SAS JMP 14.0版command LSMeans Tukey’s HSD分析的平均分离度。
实施例7：针对亚线孢炭疽菌(Colletotrichum sublineolum)(高粱炭疽病)的温 室测定
在温室中种植高粱植物(cv.Seso3)。种植35天后，用微生物菌株(AIP029105，AIP075655或AIP061382)以5g/L的比率处理该植物。其它处理包括接种的检验(check)和杀真菌剂(代森锰锌)。处理以随机完全区组设计排列，具有三个重复，每个重复由三个植物组成。将处理剂喷雾到植物上直到流失。每周用生物防治剂进行处理，连续三周。
处理后一天，用亚线孢炭疽菌孢子悬浮液接种植物。所述接种物由从乌干达东部天然感染的高粱中获得的真菌分离株制备。分离株在马铃薯葡萄糖琼脂(PDA；FarmEur.Laboratories Madrid,Spain)上于26-28℃培养两周以获得孢子形成。用蒸馏水浸没两周龄的亚线孢炭疽菌培养物，轻轻刮下板上的分生孢子。将悬浮液通过两层纱布过滤以除去菌丝体和琼脂，并进一步调整到5×106个分生孢子/mL的浓度。然后通过使用手动喷雾器将悬浮液喷雾到植物上而接种植物，直到流失。
通过观察个体植物炭疽病症状的出现来统计发病率，从接种后7天开始，然后每周观察，持续5周。任何表现出炭疽病症状的植物都被记录下来，并且组成与严重程度无关因病害感染的植物的总数(发病率)。对于病害的严重程度，评估基于Erpelding和Prom(2004,Plant Pathol.J.3:65-71.)所述的等级1-5，其中1＝无症状；2＝存在少量细长损伤而无孢子形成，或存在过敏性反应(轻度感染)的损伤；3＝存在细长损伤而没有孢子形成，或存在过敏性反应、最多影响20％的叶面积的损伤；4＝具有孢子形成损伤和一些聚结的严重感染，21-40％的叶面积受到影响；5＝严重感染，具有孢子形成和聚结损伤，超过40％的叶面积受到影响。使用
Figure BDA0003089192840001132
(14.0.0版；SAS Institute Inc.,Cary,NC)中的方差分析(ANOVA)来分析数据。
表9:在高粱植物上对炭疽病的防治
Figure BDA0003089192840001131
Figure BDA0003089192840001141
实施例8：科罗拉多马铃薯甲虫叶盘测定
通过用1-ml(每孔)LB培养基填充96孔板来制备起始培养物。用细菌菌株接种板的每个孔。起始培养物在30℃、225rpm摇动下生长24小时。通过用～1.7ml(每孔)培养基填充两个48孔板来制备测定培养物。将来自起始培养物的每个孔的25μl加入测定培养板中。在30℃以225rpm使测定板生长24、48或72小时。所有的微生物制剂在制备12小时内施用。
在24孔板的每个孔中放置单个预过滤器。将50μl ddH2O施加到每个过滤器上，以在整个实验中保持相对湿度。选择来自马铃薯植物的未损伤和未卷曲的马铃薯叶来使用。使用#8软木钻孔器来制造叶盘。放置单个叶盘，使得叶的顶侧面朝上进入24孔板的每个孔中。将100μl 1％的表面活性剂储液(Silwet ECO铺展剂)加入到含有微生物制剂的每个孔中。将培养物充分混合，移液40μl到马铃薯叶盘上。使该处理液在整个叶子上扩散。重复该过程，使得每种细菌处理液都应用于两个叶盘。
处理后，向每个孔中加入干燥的5-6只2龄CPB幼虫。CPB卵是在Agbiome实验室饲养的，来源于购自缅因大学(University of Maine)的昆虫。在每个孔中加入5-6只幼虫后，将板用压敏粘合盖密封，并在每个孔的上方增添4个小洞。然后将板放置在Percival培养箱中，并保持在26℃和55％RH与12/12光:暗光周期持续24小时。24小时后，评价板上每个叶盘被CPB幼虫消耗的百分比。然后将板返回培养箱。处理后48小时，将板从培养箱中移出，并记录任何孔的CPB死亡率，其中在24小时读数时出现少于20％的估计叶片消耗量。当在三次或更多次独立重复中消耗了少于20％的叶盘和/或存在大于80％的死亡率时，认为微生物对CPB具有活性。结果列于表10中。
实施例9：西方玉米根虫饮食覆盖测定：
西方玉米根虫(WCR)卵购自Crop Characteristics,Farmington,MN。将60μl体积的完全培养物微生物悬浮液接种在24孔板(Cellstar,24-孔,Greiner Bio One)的孔中的饮食顶部表面上，并使其干燥。每个孔包含500μl饮食(由Marrone等人，1985改良)。使用细尖画刷将15-20只新生幼虫引入每个孔中，并用膜(Viewseal,Greiner Bio One)覆盖板。该生物测定在环境温度下保存，并在第4天对死亡率、生长抑制和/或进食抑制进行评分。当微生物在三次或更多次独立重复中具有大于70％的死亡率时，认为其对WCR具有活性。结果列于表10中。
表10:杀昆虫活性总结
菌株ID WCR CPB
AIP075655 阴性 活性
AIP061382 阴性 阴性
AIP029105 阴性 阴性
实施例10：用于多种细菌菌株或其活性变体的田间试验
将表2中列举的多种细菌菌株应用至田地中的大豆。根据ASR处理的一般处理指导原则，以16.8加仑/英亩应用所述处理，并且所应用的处理达到均匀的植物覆盖率。在R1时应用第一次处理，并且在第一次处理之后的14天和28天应用随后的处理。具体处理概括如下。
处理：
1.未处理的检查
2.接种的检查
3.嘧菌酯(Quadris)，6.2oz/英亩
4.嘧菌酯，2.1oz/英亩
5.AIP075655，7.5g/L
6.AIP061382，7.5g/L
7.AIP029105，7.5g/L
实施例11：对于多种细菌菌株进行抵抗多种真菌有害生物的田间试验
在表11列出的目前的农艺实践下，将表2中列出的多种细菌菌株施加至表11中列举的作物上，从而取得均匀的植物覆盖率和随后的合适的农艺实践。根据病害，在合适的时机预防性地和/或治疗性地应用处理。
表11：细菌处理
Figure BDA0003089192840001161
具体处理概括如下：
叶部有害生物处理列表：早疫病
6-10次处理
处理体积：100加仑/英亩
处理列表：
1.未接种的、未处理的检查
2.接种的检查
3.标签说明书使用的由合作者选择的化学品对照
4.标签说明书使用的生物对照Serenade
5.5g/L的实验生物叶部处理+3oz/100加仑的Capsil
实施例12：对于多种细菌菌株或其活性变体，使用种子处理，抵抗多种真菌有害生 物的田间试验
将表2中列出的多种细菌菌株作为种子处理应用至表6中列出的作物，然后种植于田地中。细菌菌株处理用于病害的预防性控制，并且处于表12中所述应用比率。具体的处理概括如下。
表12:用于进行细菌种子处理的作物
大豆 加拿大油菜 小麦 谷物谷粒
玉蜀黍 瓜类蔬菜 棉 茄属作物
甜菜 绿叶蔬菜 Verticillium Whilt 油料和种子向日葵
种子处理试验的处理列表：
1.未接种的检查
2.接种的检查
3.合作者选择和采用的病害适当的种子处理化学品检查
5.生物实验种子处理
表13:细菌种子处理
作物 有害生物 比率 处理类型
中耕作物/蔬菜 腐霉属(Pythium) 10e4至10e12 种子处理
中耕作物/蔬菜 疫霉属(Phytophthora) 10e4至10e12 种子处理
中耕作物/蔬菜 镰刀菌萎蔫病 10e4至10e12 种子处理
中耕作物/蔬菜 大豆猝死综合症 10e4至10e12 种子处理
中耕作物/蔬菜 大豆立枯丝核菌 10e4至10e12 种子处理
中耕作物/蔬菜 黄萎病 10e4至10e12 种子处理
中耕作物/蔬菜 玉米茎腐病 10e4至10e12 种子处理
实施例13：对于多种细菌菌株或其活性变体，使用沟内处理，抵抗多种真菌有害生 物的田间试验
在种植时，作为病害的预防性控制的沟内处理，并且在表14列出的处理比率下，将表2中列出的多种细菌菌株或其活性变体施加给表14中列出的作物。具体处理概括如下：
沟内试验处理列表：
1.未接种的检查
2.接种的检查
3.5g/L的沟内生物处理+15加仑/英亩的6oz/100加仑的Capsil
4.合作者选择和采用的病害适当的沟内处理化学品检查
表14:细菌沟内处理
作物 有害生物 比率 处理/体积
中耕作物/蔬菜 腐霉属 5g/L 2至15加仑/英亩
中耕作物/蔬菜 疫霉属 5g/L 2至15加仑/英亩
中耕作物/蔬菜 镰刀菌萎蔫病 5g/L 2至15加仑/英亩
中耕作物/蔬菜 大豆猝死综合症 5g/L 2至15加仑/英亩
中耕作物/蔬菜 大豆立枯丝核菌 5g/L 2至15加仑/英亩
中耕作物/蔬菜 黄萎病 5g/L 2至15加仑/英亩
中耕作物/蔬菜 玉米茎腐病 5g/L 2至15加仑/英亩
实施例14：生物防治菌株的种子处理方案
通过将10g配制的菌株+30ml水+15ml Unicoat Polymer混合而制成种子处理制剂。将称重的种子放置在无菌梅森罐(mason jar)中。适量的种子处理溶液基于种子重量的(.05ml/25g种子)，将混合物摇动60秒或者直至目测种子被良好包被。将种子放置于铝箔烤盘中的单层中，并在层流净化罩下放置1小时或者直至种子干燥。一旦种子干燥，便将它们放置于气密容器中并储存在RT下。
实施例15：可湿性粉末配制物
使用食品加工机，将得自表2中注释的各种菌株的100克细胞糊剂与5g甘油和20g合成硅酸钙混合。该材料在40℃干燥至水活度值低于0.30。在22℃，将干燥的粉末制剂储存在真空密封的聚酯薄膜袋中。干燥的粉末制剂保持杀有害生物活性。
实施例16：腐霉属的田间试验
将表2所列的细菌菌株作为种子处理应用给大豆品种W3103。细菌菌株均配制成可湿性粉末，如实施例15所述，然后通过将10g配制的细菌菌株与30ml水和15ml种子包衣聚合物(Unicoat)组合，再摇动直至形成均匀的溶液而进入种子处理。将形成的溶液应用给1kg大豆种子，并允许在层流净化罩下干燥12小时。
腐霉属接种物在黍粒上生长，并通过沟内应用以1.25g/ft应用，而且在第1天，使用以130,000个种子/英亩播种的经处理的大豆种子在种植时应用。在17天后取得整行计数。具体的处理概括如下。
处理：
1.未处理的检查
2.接种的检查
3.0.4液体盎司/英亩的嘧菌酯
4.AIP075655种子处理
5.AIP061382种子处理
6.AIP029105种子处理
实施例17:大豆立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)田间试验
将表2所列的细菌菌株作为种子处理应用给大豆品种W3103。细菌菌株各自配制成可湿性粉末，如实施例15所述，然后通过将10g配制的细菌菌株与30ml水和15ml种子包衣聚合物(Unicoat)组合，再摇动直至形成均匀的溶液而进入种子处理。将形成的溶液应用给1kg大豆种子，并允许在层流净化罩下干燥12小时。
大豆立枯丝核菌接种物在高粱籽粒上生长，并通过沟内应用以1.25g/ft应用，而且在第1天，使用以130,000个种子/英亩播种的经处理的大豆种子在种植时应用。在17天后取得整行计数。具体的处理概括如下。
处理：
1.未处理的检查
2.接种的检查
3.0.4液体盎司/英亩的嘧菌酯
4.AIP075655种子处理
5.AIP061382种子处理
6.AIP029105种子处理

Claims (20)

1.一种组合物，其包含:
(a)细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，并且其中所述细菌菌株或其活性变体以约105CFU/克至约1012CFU/克或约105CFU/ml至约1012CFU/ml存在；
(b)来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，并且其中所述孢子、前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合、或其活性变体以约105CFU/克至约1012CFU/克或约105CFU/ml至约1012CFU/ml存在；和/或
(c)衍生自细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；
其中有效量的所述组合物改善植物感兴趣的农艺性状或防治引起植物病害的植物有害生物或植物病原体。
2.权利要求1所述的组合物，其中所述组合物包含细胞糊剂、可湿性粉末、喷雾干燥的制剂、稳定的制剂或种子处理剂。
3.细菌菌株的分离的生物学纯培养物，其包含:
(a)AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；或
(b)来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；
其中有效量的所述培养物防治植物有害生物或改善植物感兴趣的农艺性状。
4.权利要求1或2所述的组合物、或权利要求3所述的分离的生物学纯培养物，其中所述细菌菌株对选自除草剂、杀真菌剂、杀有害生物剂、杀虫剂或作物保护化学品的杀生物剂具有抗性，其中所述组合物或培养物通过在所述杀生物剂存在下生长产生，并且其中所述细菌菌株防治引起植物病害的植物有害生物或植物病原体。
5.权利要求4所述的组合物或分离的生物学纯培养物，其中所述杀生物剂包括草甘膦或草铵膦。
6.权利要求1、2、4和5中任一项所述的组合物、或权利要求3-5中任一项所述的分离的生物学纯培养物，其中所述植物有害生物是线虫害虫或昆虫害虫。
7.权利要求1、2、4和5中任一项所述的组合物、或权利要求3-5中任一项所述的分离的生物学纯培养物，其中所述植物有害生物包括鞘翅目昆虫害虫、半翅目昆虫害虫或鳞翅目昆虫害虫。
8.权利要求1、2、4和5中任一项所述的组合物、或权利要求3-5中任一项所述的分离的生物学纯培养物，其中所述植物病原体包括至少一种真菌病原体。
9.一种防治植物有害生物群体的方法，所述方法包括使所述群体与有效量的权利要求1、2或4-8中任一项所述的组合物或权利要求3-8中任一项所述的分离的生物学纯培养物接触，其中所述细菌菌株防治所述植物有害生物。
10.一种使易受植物有害生物或植物病害影响的植物生长或改善植物的感兴趣的农艺性状的方法，所述方法包括向所述植物施加:
(a)有效量的细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包含至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷；
(b)有效量的来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包含至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷；和/或
(c)有效量的衍生自细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；
其中所述有效量防治引起植物病害的植物有害生物或植物病原体或改善植物感兴趣的农艺性状。
11.权利要求10所述的方法，其中所述方法增加易受植物病害影响的植物的产量。
12.一种防治在栽培区域中引起植物病害的植物有害生物或植物病原体的方法，所述方法包括:
(a)用易受植物有害生物或植物病害影响的种子或植物种植所述栽培区域；以及
(b)向易受植物有害生物或植物病害影响的植物施加有效量的组合物，所述组合物包含:
(i)有效量的至少一种细菌菌株，所述细菌菌株包括AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，并且其中所述有效量包含至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷；
(ii)有效量的至少一种细菌菌株，所述细菌菌株包含来自以下任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合:AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，并且其中所述有效量包含至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷；或
(iii)有效量的衍生自细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；
其中所述有效量防治在栽培区域中引起植物病害的植物有害生物或植物病原体。
13.一种治疗或预防植物病害的方法，所述方法包括对具有植物有害生物或植物病害或处于发展植物有害生物或植物病害风险中的植物施加有效量的:
(a)细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包含至少约1012至1016CFU/公顷；和/或
(b)来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包含至少约1012至1016CFU/公顷；和/或
(c)有效量的衍生自细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株；
其中有效量防治引起植物病害的植物有害生物或植物病原体。
14.权利要求9-13中任一项所述的方法，其中所述植物有害生物是线虫害虫或昆虫害虫。
15.权利要求9-13中任一项所述的方法，其中所述植物有害生物包括鞘翅目昆虫害虫、半翅目昆虫害虫或鳞翅目昆虫害虫。
16.权利要求9-13中任一项所述的方法，其中所述植物有害生物或植物病原体是一种或多种真菌病原体。
17.权利要求9-16中任一项所述的方法，其中所述方法还包括施加有效量的杀生物剂，其中所述有效量的杀生物剂选择性地防治感兴趣的生物体而不显著地损害作物。
18.一种制备修饰的细菌菌株的方法，所述方法包括:
(a)提供至少一种细菌菌株的群体，所述细菌菌株包括AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述细菌菌株易受感兴趣的杀生物剂影响；
(b)在感兴趣的杀生物剂存在下培养所述细菌菌株；以及
(c)选择对所述感兴趣的杀生物剂具有增加的抗性的修饰的细菌菌株。
19.一种试剂盒，其包含杀生物剂和:
(a)细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包含至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷；
(b)来自AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中任一种的孢子或前孢子、或细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包含至少约1012至1016集落形成单位(CFU)/公顷；和/或
(c)衍生自细菌菌株AIP075655、AIP061382、AIP029105或其中任一种的活性变体中至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中所述活性变体包括具有在约0.015的Mash距离内的基因组的细菌菌株。
20.权利要求19所述的试剂盒，其中所述杀生物剂是除草剂、杀真菌剂、杀昆虫剂、杀线虫剂和/或杀有害生物剂。
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