CN112410469A - 一种检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的荧光RT-PCR试剂及方法 - Google Patents

一种检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的荧光RT-PCR试剂及方法 Download PDF

Info

Publication number
CN112410469A
CN112410469A CN202011320537.8A CN202011320537A CN112410469A CN 112410469 A CN112410469 A CN 112410469A CN 202011320537 A CN202011320537 A CN 202011320537A CN 112410469 A CN112410469 A CN 112410469A
Authority
CN
China
Prior art keywords
virus
influenza
cov
reagent
seq
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202011320537.8A
Other languages
English (en)
Inventor
黎绍基
林镜中
刘钰涵
朱碧莹
黄俊辉
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Signaldt Biotechnologies (sz) Inc
Original Assignee
Signaldt Biotechnologies (sz) Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Signaldt Biotechnologies (sz) Inc filed Critical Signaldt Biotechnologies (sz) Inc
Priority to CN202011320537.8A priority Critical patent/CN112410469A/zh
Publication of CN112410469A publication Critical patent/CN112410469A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701Specific hybridization probes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686Polymerase chain reaction [PCR]
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16Primer sets for multiplex assays
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/166Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供一种用于检测和区分甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS‑CoV‑2的冻干型多重荧光RT‑PCR试剂及方法。本发明提供的甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS‑CoV‑2荧光RT‑PCR检测试剂所用的引物及探针是基于公众基因序列数据库最新的甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS‑CoV‑2的基因序列信息设计、筛选而得出,具有良好的包容性、特异性及反应性能。该试剂采用人RNase P核酸片段作为检测内标。另外,本发明通过冷冻干燥技术将甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS‑CoV‑2荧光RT‑PCR检测试剂制成可常温保存的冻干型试剂,避免了常规液体荧光PCR检测试剂因保存温度变化或反复冻融而失效的风险,降低了运输和管理成本。

Description

一种检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV- 2的荧光RT-PCR试剂及方法
技术领域
本发明涉及病原微生物检测技术,具体涉及甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的核酸检测。
背景技术
呼吸道感染是人类最常见的一类疾病,是引起人群发病和死亡的最主要原因之一。研究表明,呼吸道病毒是引起呼吸道疾病的最常见的病原体。呼吸道病毒包括流感病毒、冠状病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒、人偏肺病毒、腺病毒等。呼吸道病毒感染引起的临床表现都较为相似,主要有鼻炎、咽炎、喉炎、扁桃体炎、气管炎、支气管炎、肺炎、咳嗽、呼吸困难、发烧、乏力等,但不同病原体引起的感染,其治疗方法、疗效和病程也不尽相同。
流感病毒是引起流行性感冒的病原体。流感病毒属正粘病毒科,分为甲型、乙型、丙型和2016年首次发现的丁型。流感病毒的基因组由七或八条负链RNA 节段构成,每条RNA编码一或两个蛋白。其中甲型流感病毒根据病毒颗粒外膜血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)蛋白抗原性的不同,可分为16个H亚型(H1-H16) 和9个N亚型(N1-N9),由于编码HA和NA的核苷酸序列容易发生突变,令HA 和NA的抗原表位发生改变,致使人群原有的特异性免疫力失效,故甲型流感病毒常引起较大规模的流行。乙型流感病毒主要分成Victoria系与Yamagata系,抗原变异较小,可引起流感的局部爆发。丙型极少引起流行,丁型暂未见流行报道。在医疗卫生领域,对甲型和乙型流感病毒的诊断和监测最为重要。
冠状病毒是另一大类重要的呼吸道病毒。冠状病毒属于套式病毒目、冠状病毒科,可分为α、β、γ、δ四个属,基因组均由线性单股正链的RNA组成。目前已发现7种可感染人类的冠状病毒,即α属的HCoV-229E和HCoV-NL63,以及β属的HCoV-OC43、HCoV-HKU1、SARS-CoV、MERS-CoV和SARS-CoV-2。其中 SARS-CoV-2是引发当前新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情的病原体,与蝙蝠类SARS冠状病毒(Bat SARS-like coronavirus)和SARS-CoV有最接近的亲缘关系。COVID-19能引起和流行性感冒相似的肺炎、咳嗽、发烧、乏力等症状,所以在临床诊断和疫情防控上,区别SARS-CoV-2和流感病毒具有重要意义。
荧光RT-PCR技术以特定的呼吸道病毒基因序列为检测目标,对来源于人体样本中的呼吸道病毒核酸进行体外定性检测。荧光RT-PCR因其准确、灵敏、快速等特点,已被越来越多地应用于临床上辅助诊断呼吸道病毒感染相关疾病,是目前COVID-19主要确诊方法。但是,常规荧光RT-PCR检测试剂均为液体试剂,需要在-20℃以下保存才能保持检测活性,保存、运输和使用过程中的温度升高、反复冻融都会降低试剂的检测性能。特别是在疫情期间交通运输受阻,冷链运输条件难以保障,长途运输时试剂失效的风险及冷链管理成本大大增加,不能适应国际长途运输及冷链条件较差的基层检测机构的应用。
此外,由于全球疫情爆发,不同地区分别进入冬季流行性感冒季节,由于流感与COVID-19的早期症状相似,给疫情控制带来更大的挑战。市场急需一种能准确检测和区分流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的荧光RT-PCR检测试剂。
发明内容
本发明的目的是:提供一种可准确检测和区分甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2,且无需冷链的多重荧光RT-PCR检测试剂及方法。
本发明所要解决的技术问题通过以下技术方案来实现:
1.引物、探针的设计
本发明所述的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2荧光 RT-PCR检测试剂所用的引物探针是基于公众基因序列数据库最新的甲型流感病毒、乙型流感病毒和SARS-CoV-2的核酸信息设计、筛选而得出。优选地,试剂中可添加人RNase P的特异引物探针,作为检测的内标。引物探针的序列如下:
检测甲型流感病毒的特异性正向引物的序列为5’-CATGGARTGGCTAAAGACAAG ACC-3’(即SEQ ID No.1),反向引物的序列为5’-CATTTTGGACAAAGCGTCTACG -3’(即SEQ IDNo.2),探针的序列为5’-CAGTCCTCGCTCACTGGGCACG-3’(即 SEQ ID No.3)。该引物、探针的序列在已知甲型流感病毒的核酸序列中高度保守,且对其它物种具有排他性。
检测乙型流感病毒的两条特异正向引物的序列为5’-TTCGAGCGTCTTAATGAAGGACA-3’(即SEQ ID No.4)和5’-CGAGCGTCTCAATGAAGGACA-3’(即SEQ ID No.5)(两条正向引物是针对该位置的单核苷酸多态性而设计,可按一定比例混合后使用),反向引物的序列为5’-TGGTGATAATCGGTGCTCTTGAC-3’(即SEQ ID No.6),探针的序列为5’-CAAAGCCAATTCGAGCAGCTGAAACTG-3’(即SEQ ID No. 7)。该引物、探针的序列在已知乙型流感病毒核酸序列中高度保守,且对其它物种具有排他性。
检测冠状病毒SARS-CoV-2的特异正向引物的序列为5’-TGCAGTCATAACAAGAGAAGTGGGT-3’(即SEQ ID No.8),反向引物的序列为5’-CAAAAAGTCACCATTA GTTGTGCG-3’(即SEQ ID No.9),探针的序列为5’-TTGTCGTGCCTGGTTTGCCTG G-3’(即SEQ ID No.10)。所述的引物、探针的核酸序列在已知SARS-CoV-2 核酸序列中高度保守,且对最近缘的BatSARS-like coronavirus和SARS-CoV 的核酸序列具有排他性。
内标人RNase P的特异正向引物的序列为5’-CTGCGAGCGGGTTCTGAC-3’(即 SEQ IDNo.11),反向引物的序列为5’-AACGATATGATTGATAGCAACAACTGA-3’(即 SEQ ID No.12),探针的序列为5’-AAGGCTCTGCGCGGACTTGTGGA-3’(即SEQ ID No.13)。该引物、探针的序列在已知人RNase P的核酸序列中高度保守,且对其它物种具有排他性。
上述的检测甲型流感病毒、乙型流感病毒、冠状病毒SARS-CoV-2及人RNase P探针的5’端用荧光报告基团修饰,3’端用荧光淬灭基团修饰。三种病毒及人 RNase P的探针的荧光报告基团分别从FAM、JOE、HEX、VIC、TET、ROX和CY5 中选择不同的一种,荧光淬灭基团分别从BHQ1、BHQ2、BHQ3、TAMRA和Eclipse 中的选择任意一种。甲型流感病毒探针的荧光报告基团优选FAM,荧光淬灭基团优选BHQ1;乙型流感病毒探针的荧光报告基团优选JOE,荧光淬灭基团优选BHQ2;冠状病毒SARS-CoV-2探针的荧光报告基团优选ROX,荧光淬灭基团优选BHQ2;人RNase P探针的荧光报告基团优选CY5,荧光淬灭基团优选BHQ2。
2.反应体系的建立
本发明的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2荧光RT-PCR 检测试剂的反应体积为25μl,试剂包含了对甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2的荧光RT-PCR检测所需的除样本核酸外的所有反应组分(见表1),加水和待测样本核酸至25μl的反应体积即可上机检测。
表1.甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2荧光RT-PCR检测试剂成分
Figure RE-GDA0002893735340000031
Figure RE-GDA0002893735340000041
3.试剂的冻干
本发明通过真空冷冻干燥技术将甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒 SARS-CoV-2荧光RT-PCR检测试剂制成常温下稳定的冻干型试剂,从而避免了常规液体荧光PCR检测试剂因保存温度变化或反复冻融而失效的风险。
本发明所述的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2冻干型荧光RT-PCR检测试剂是由表1的成分冻干而成,可将试剂冻干在容器中,优选地,可按每管1份试剂冻干在可直接上机的PCR管或多连管中。冻干所得的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2冻干型荧光RT-PCR检测试剂为白色颗粒,可在遮光、防潮条件下常温保存12个月。单份试剂所含干物质的体积约为2μl,使用时直接加总体积为23μl的水和待测样本核酸即可配成25μl 的反应体系。作为优选,所加的水和样本核酸的体积分别为18μl和5μl。作为另一优选,在样本核酸提取的最后洗脱步骤中,适当增加洗脱液的量(如100 μl)即可得到合适浓度的样本核酸,该样本核酸可直接取23μl加至单份冻干试剂中。试剂加水和核酸样本后经慢速震荡使试剂溶解,短暂离心后即可上机检测。
4.反应程序及结果判定
本发明所述的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2荧光 RT-PCR检测试剂的反应程序按表2设置,荧光信号根据各检测目标的探针的荧光报告基团设置。
表2.甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2荧光RT-PCR检测试剂的反应程序
Figure RE-GDA0002893735340000051
反应后,阴性对照品(无核酸酶水)的Ct≥40或无Ct,阳性对照中甲型流感病毒、乙型流感病毒和SARS-CoV-2的Ct≤35且样本中RNase P内标(试剂中含RNase P内对照时)的Ct<40,则检测有效。否则结果无效,须排除错误因素后重检。若检测有效,则甲型流感病毒、乙型流感病毒和SARS-CoV-2的检测结果分别根据以下条件进行判定:
a)检测样品Ct≤35,可报告为该病原体阳性;
b)检测样品35<Ct<40,报告为该病原体疑似阳性,需重复实验或通过独立方法进行确定。
c)检测样品Ct≥40或无Ct,则报告为该病原体阴性。
本发明的有益效果:
本发明的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2冻干型荧光 RT-PCR检测试剂所用的引物、探针序列是基于最新的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2核酸序列信息设计、筛选所得,具有良好的包容性、特异性和反应性能,能保证检测的准确性并区分甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2。另外,本发明运用真空冷冻干燥技术将甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2荧光RT-PCR检测试剂制成无需冷链的冻干型试剂,避免了常规液体荧光PCR检测试剂因保存温度变化或反复冻融而失效的风险,特别适合应长途运输和冷链条件较差的地区使用。
附图说明
图1显示本发明所述的甲型流感病毒的检测目标序列及特异性引物和探针的位置。
图2显示本发明所述的乙型流感病毒的检测目标序列及特异性引物和探针的位置。
图3显示本发明所述的冠状病毒SARS-CoV-2的检测目标序列及特异性引物和探针的位置。
图4显示本发明所述的人RNase P的检测目标序列及特异性引物和探针的位置。
图5显示冻干于PCR八连管中的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒 SARS-CoV-2荧光RT-PCR检测试剂的形态。
图6显示本发明所述的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2 冻干型荧光RT-PCR检测试剂对甲型流感病毒、乙型流感病毒、SARS-CoV-2和 RNase P核酸阳性参考品的检测结果及重复性。
图7显示本发明所述的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2 冻干型荧光RT-PCR检测试剂对甲型流感病毒核酸阳性参考品的扩增效率和不同浓度间的线性关系。
图8显示本发明所述的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2 冻干型荧光RT-PCR检测试剂对乙型流感病毒核酸阳性参考品的扩增效率和不同浓度间的线性关系。
图9显示本发明所述的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2 冻干型荧光RT-PCR检测试剂对冠状病毒SARS-CoV-2核酸阳性参考品的扩增效率和不同浓度间的线性关系。
图10显示本发明所述的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒 SARS-CoV-2冻干型荧光RT-PCR检测试剂对人RNase P核酸阳性参考品的扩增效率和不同浓度间的线性关系。
具体实施方式
以下实施例仅为对本发明的进一步说明,本发明的保护范围应以权利要求书的保护范围为准。
实施例1:本实施例提供一种用于检测甲型流感病毒、乙型流感病毒、冠状病毒SARS-CoV-2和人RNase P核酸的荧光RT-PCR引物及探针的设计方案。
本发明通过分析公众基因序列数据库中的甲型流感病毒、乙型流感病毒、冠状病毒SARS-CoV-2的基因组信息及人RNase P核酸序列信息,选取了图1、2、 3、4所示的核酸序列分别作为甲型流感病毒、乙型流感病毒、冠状病毒SARS-CoV-2和人RNase P的检测目标序列。利用Primer Express V3.0软件设计出以下用于扩增目标序列的引物和用于检测目标序列的探针序列:
甲型流感病毒的特异性正向引物的序列为SEQ ID No.1,Tm=59.0℃,反向引物的序列为SEQ ID No.2,Tm=58.4℃,探针的序列为SEQ ID No.3,Tm=68.2℃。探针的5’端用荧光报告基团FAM修饰,3’端用荧光淬灭基团BHQ1修饰。扩增子长度为122bp,该序列通过BLAST检查确定和其它物种的核酸序列不存在相似性,即具有良好特异性,有利于防止错检。引物和探针序列在已知甲型流感病毒病毒株中高度保守,有利于防止漏检。
乙型流感病毒的两条特异性正向引物的序列为SEQ ID No.4(Tm=59.8℃) 和SEQID No.5(Tm=60.0℃),反向引物的序列为SEQ ID No.6,Tm=60.0℃,探针的序列为SEQ IDNo.7,Tm=68.3℃。探针的5’端用荧光报告基团JOE修饰, 3’端用荧光淬灭基团BHQ2修饰。扩增子长度为99bp或97bp,该序列通过B LAST检查确定和其它物种的核酸序列不存在相似性,即具有良好特异性,有利于防止错检。引物和探针序列在已知乙型流感病毒病毒株中高度保守,有利于防止漏检。
SARS-CoV-2的特异正向引物的序列为SEQ ID No.8,Tm=60.0℃,反向引物的序列为SEQ ID No.9,Tm=59.6℃,探针的序列为SEQ ID No.10,Tm=68.0℃。探针的5’端用荧光报告基团ROX修饰,3’端用荧光淬灭基团BHQ2修饰。扩增子长度为82bp,该序列通过BLAST检查确定和同源性最高的Bat SARS-like coronavirus及SARS-CoV的序列具有足够的差异,即具有良好特异性,有利于防止错检。引物和探针序列在已知SARS-CoV-2毒株中高度保守,有利于防止漏检。
人RNase P的特异正向引物的序列为SEQ ID No.11,Tm=59.1℃,反向引物的序列为SEQ ID No.12,Tm=59.0℃,探针的序列为SEQ ID No.13,Tm=69.8℃。探针的5’端用荧光报告基团Cy5修饰,3’端用荧光淬灭基团BHQ2修饰。扩增子长度为93bp,该序列通过BLAST检查确定和其它物种的核酸序列不存在相似性,即具有良好特异性,有利于防止错检。引物和探针序列在已知人RNase P 序列中高度保守,有利于防止漏检。
上述甲型流感病毒、乙型流感病毒、冠状病毒SARS-CoV-2及RNase P内标的正向引物、反向引物和探针的GC含量均在合理范围内;引物之间的Tm差别微小,有利于引物的同时退火;探针的Tm比引物高8℃以上,差别足够大,有利于探针早于引物完成退火。引物和探针的自身结构均维持较好,不会形成稳定的 self dimer、pair dimer和hair pin等降低反应效率的二级结构。较短的扩增子也有利于提高PCR反应效率。
上述的正向引物、反向引物、探针由华大基因合成,用TE缓冲液配成100uM 的保存液和10uM的工作液于-20℃保存。
实施例2:本实施例演示通过真空冷冻干燥技术将本发明所述的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2荧光RT-PCR检测试剂制成冻干型试剂。
按表1中所述的成分及含量配制甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒 SARS-CoV-2荧光RT-PCR液体检测试剂,按1份/管分装于200μl PCR八连管中后进行真空冷冻干燥,得到的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒 SARS-CoV-2冻干型荧光RT-PCR检测试剂为白色颗粒(图5)。向一份试剂中加入23μl无核酸酶水,慢速震荡10s,试剂即完全溶解,用移液枪测得体积为25 μl,可知试剂复溶前体积相当于2μl。
为防止试剂受潮和曝光,甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒 SARS-CoV-2冻干型荧光RT-PCR检测试剂先和硅胶干燥剂一起作真空处理,再包装于铝箔袋中,在常温中保存。
实施例3:本实施例演示用本发明所述的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2冻干型荧光RT-PCR检测试剂对甲型流感病毒、乙型流感病毒、 SARS-CoV-2和人RNase P核酸阳性参考品的检测效果。
对甲型流感病毒、乙型流感病毒、SARS-CoV-2及人RNase P RNA阳性参考品混合液进行10倍梯度稀释,每个浓度取5μl和18μl无核酸酶水混合,然后加到1份按实施例2制备的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2 冻干型荧光RT-PCR检测试剂中;23μl无核酸酶水作为阴性对照。得到体积为 25μl的反应混合液,慢速震荡溶解、离心后在荧光PCR仪上机检测,反应程序按表2设置。每个处理做3个重复。
检测结果如图6所示,本发明所述的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2冻干型荧光RT-PCR检测试剂对不低于10个拷贝的甲型流感病毒、乙型流感病毒、SARS-CoV-2及人RNase P核酸阳性参考品的检测结果均显阳性,重复之间Ct的差异系数(CV)<5%,阴性对照品没有扩增信号。模板浓度的常用对数及其Ct之间呈良好的线性关系(对甲型流感病毒、乙型流感病毒、 SARS-CoV-2及人RNase P的相关系数分别为-0.999、-0.999、-0.998和-0.996),甲型流感病毒、乙型流感病毒、SARS-CoV-2、人RNase P核酸的扩增效率分别为 98.27%、101.76%、93.65%和93.44%(图7、8、9、10)。
可见,本发明的甲型流感病毒、乙型流感病毒和冠状病毒SARS-CoV-2冻干型荧光RT-PCR检测试剂对甲型流感病毒、乙型流感病毒、SARS-CoV-2和人RNase P核酸的检测表现良好,同时具有多项优点:(1)可常温保存,无传统液体试剂对保存温度(-20℃)的要求;(2)使用前无需解冻,完全避免了反复冻融对试剂活性的影响;(3)已按单份分装,使用时无需配液、分装步骤,减少了试剂损耗和试剂污染的风险。
序列表
<110> 深圳市赛格诺生物科技有限公司
<120> 一种检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的荧光RT-PCR试剂及方法
<160> 13
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 24
<212> DNA
<213> artificial sequence
<400> 1
catggartgg ctaaagacaa gacc 24
<210> 2
<211> 22
<212> DNA
<213> artificial sequence
<400> 2
cattttggac aaagcgtcta cg 22
<210> 3
<211> 22
<212> DNA
<213> artificial sequence
<400> 3
cagtcctcgc tcactgggca cg 22
<210> 4
<211> 23
<212> DNA
<213> artificial sequence
<400> 4
ttcgagcgtc ttaatgaagg aca 23
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> artificial sequence
<400> 5
cgagcgtctc aatgaaggac a 21
<210> 6
<211> 23
<212> DNA
<213> artificial sequence
<400> 6
tggtgataat cggtgctctt gac 23
<210> 7
<211> 27
<212> DNA
<213> artificial sequence
<400> 7
caaagccaat tcgagcagct gaaactg 27
<210> 8
<211> 25
<212> DNA
<213> artificial sequence
<400> 8
tgcagtcata acaagagaag tgggt 25
<210> 9
<211> 24
<212> DNA
<213> artificial sequence
<400> 9
caaaaagtca ccattagttg tgcg 24
<210> 10
<211> 22
<212> DNA
<213> artificial sequence
<400> 10
ttgtcgtgcc tggtttgcct gg 22
<210> 11
<211> 18
<212> DNA
<213> artificial sequence
<400> 11
ctgcgagcgg gttctgac 18
<210> 12
<211> 27
<212> DNA
<213> artificial sequence
<400> 12
aacgatatga ttgatagcaa caactga 27
<210> 13
<211> 23
<212> DNA
<213> artificial sequence
<400> 13
aaggctctgc gcggacttgt gga 23

Claims (4)

1.一种检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的多重荧光RT-PCR试剂,其特征在于,为冻干型试剂,包含了荧光RT-PCR除样本核酸外所有必需的组份,由Tris-HCl缓冲液、氯化钾、氯化镁、dNTPs、Taq DNA聚合酶、逆转录酶、冻干赋形剂及检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的特异性引物和探针通过真空冷冻干燥的方法制成。
2.权利要求1中所述的检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的多重荧光RT-PCR试剂,其特征在于,所述的检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的特异性引物及探针序列如下:
检测甲型流感病毒的正向引物序列为SEQ ID No.1,反向引物序列为SEQ ID No.2,探针序列为SEQ ID No.3;
检测乙型流感病毒的正向引物序列为SEQ ID No.4和SEQ ID No.5,反向引物序列为SEQ ID No.6,探针序列为SEQ ID No.7;
检测冠状病毒SARS-CoV-2的正向引物序列为SEQ ID No.8,反向引物序列为SEQ IDNo.9,探针序列为SEQ ID No.10;
所述的检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的探针的5’端用荧光报告基团修饰,3’端用荧光淬灭基团修饰,且三种病毒的探针的荧光报告基团分别从FAM、JOE、HEX、VIC、TET、ROX和CY5中选择不同的一种,荧光淬灭基团为BHQ1、BHQ2、BHQ3、TAMRA和Eclipse中的任意一种。
3.权利要求1或2所述的检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的多重荧光RT-PCR试剂,其特征在于,还含有作为检测内标的人RNase P的特异性正向引物、反向引物和探针,所述的人RNase P的正向引物的序列为SEQ ID No.11,反向引物的序列为SEQ ID No.12,探针的序列为SEQ ID No.13;
所述的RNase P探针的5’端和3’端分别用荧光报告基团和荧光淬灭基团修饰,其中荧光报告基团从FAM、JOE、HEX、VIC、TET、ROX和CY5中选择与甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的探针的荧光报告基团不同的一种,淬灭荧光基团为BHQ1、BHQ2、BHQ3、TAMRA和Eclipse中的任意一种。
4.权利要求1、2或3所述的检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的多重荧光RT-PCR试剂,其特征在于,按每管1份冻干在可直接用于上机的PCR反应管或由其组合成的多连管中,使用时无需解冻,加入水和待测样本核酸,短暂震荡和离心后即可上机检测。
CN202011320537.8A 2020-11-23 2020-11-23 一种检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的荧光RT-PCR试剂及方法 Pending CN112410469A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011320537.8A CN112410469A (zh) 2020-11-23 2020-11-23 一种检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的荧光RT-PCR试剂及方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011320537.8A CN112410469A (zh) 2020-11-23 2020-11-23 一种检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的荧光RT-PCR试剂及方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN112410469A true CN112410469A (zh) 2021-02-26

Family

ID=74778086

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202011320537.8A Pending CN112410469A (zh) 2020-11-23 2020-11-23 一种检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的荧光RT-PCR试剂及方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN112410469A (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113621735A (zh) * 2021-08-11 2021-11-09 江苏金迪克生物技术股份有限公司 一种荧光定量pcr检测流感病毒滴度的方法
WO2022210122A1 (ja) * 2021-03-29 2022-10-06 東洋紡株式会社 マルチプレックスpcrにより複数種類のウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチドのセット

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3339451A1 (en) * 2015-08-21 2018-06-27 Mmonitor Inc. Primers for detecting influenza by using lamp, and use thereof
CN110578017A (zh) * 2019-07-30 2019-12-17 深圳市百迈生命科学有限公司 一种同步检测二十三种呼吸道病原体的试剂盒及其检测方法
CN111088408A (zh) * 2020-03-20 2020-05-01 广州凯普医药科技有限公司 一种新冠病毒、甲乙流感及呼吸道合胞病毒检测试剂盒
CN111411172A (zh) * 2020-02-28 2020-07-14 江苏硕世生物科技股份有限公司 一种同时检测人新型冠状病毒和甲型流感、乙型流感病毒的探针及引物组合物
CN111719016A (zh) * 2020-05-25 2020-09-29 深圳市疾病预防控制中心 检测新冠病毒2019-nCoV以及甲型、乙型流感病毒的组合物及应用
CN111961762A (zh) * 2020-09-03 2020-11-20 深圳市赛格诺生物科技有限公司 一种检测冠状病毒SARS-CoV-2的荧光RT-PCR引物、探针、试剂及方法

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3339451A1 (en) * 2015-08-21 2018-06-27 Mmonitor Inc. Primers for detecting influenza by using lamp, and use thereof
CN110578017A (zh) * 2019-07-30 2019-12-17 深圳市百迈生命科学有限公司 一种同步检测二十三种呼吸道病原体的试剂盒及其检测方法
CN111411172A (zh) * 2020-02-28 2020-07-14 江苏硕世生物科技股份有限公司 一种同时检测人新型冠状病毒和甲型流感、乙型流感病毒的探针及引物组合物
CN111088408A (zh) * 2020-03-20 2020-05-01 广州凯普医药科技有限公司 一种新冠病毒、甲乙流感及呼吸道合胞病毒检测试剂盒
CN111719016A (zh) * 2020-05-25 2020-09-29 深圳市疾病预防控制中心 检测新冠病毒2019-nCoV以及甲型、乙型流感病毒的组合物及应用
CN111961762A (zh) * 2020-09-03 2020-11-20 深圳市赛格诺生物科技有限公司 一种检测冠状病毒SARS-CoV-2的荧光RT-PCR引物、探针、试剂及方法

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
NATHAMON NGAOSUWANKUL: "Influenza A viral loads in respiratory samples collected from patients infected with pandemic H1N1, seasonal H1N1 and H3N2 viruses", 《VIROLOGY JOURNAL》 *
佚名: "GenBank 登录号:KC891620.1", 《NCBI》 *
佚名: "GenBank 登录号:MT446351", 《NCBI》 *
许静洪: "《生物化学实验指导》", 31 August 2010, 中国科学技术出版社 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2022210122A1 (ja) * 2021-03-29 2022-10-06 東洋紡株式会社 マルチプレックスpcrにより複数種類のウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチドのセット
CN113621735A (zh) * 2021-08-11 2021-11-09 江苏金迪克生物技术股份有限公司 一种荧光定量pcr检测流感病毒滴度的方法

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN111254228B (zh) 一种检测新型冠状病毒和流感病毒的试剂盒
CN111020064B (zh) 新型冠状病毒ORF1ab基因核酸检测试剂盒
CN111004870B (zh) 新型冠状病毒n基因核酸检测试剂盒
CN111363858A (zh) 新型冠状病毒s基因检测核酸组合物及试剂盒与生产方法
CN111270017A (zh) 一种基于数字pcr检测新型冠状病毒的引物探针组合及其应用
US20230151444A1 (en) Pcr based diagnostic kit, compositions and methods for amplification and detection of sars-cov-2
CN116171333A (zh) 用于检测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(sars-cov-2)、甲型流感和乙型流感的组合物和方法
CN112410469A (zh) 一种检测甲型流感病毒、乙型流感病毒及冠状病毒SARS-CoV-2的荧光RT-PCR试剂及方法
CN113005226A (zh) 检测SARS-CoV-2的寡核苷酸和试剂盒
Kondiah et al. A Simple-Probe® real-time PCR assay for genotyping reassorted and non-reassorted isolates of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in southern Africa
CN113652505A (zh) 检测新型冠状病毒及其voc-202012/01突变株的方法和试剂盒
CN111961762A (zh) 一种检测冠状病毒SARS-CoV-2的荧光RT-PCR引物、探针、试剂及方法
CN113789411B (zh) 一种甲型、乙型流感病毒核酸检测试剂盒及使用方法
JP4950656B2 (ja) 核酸検出
CN112813202A (zh) 一种柯萨奇病毒a16型和肠道病毒71型荧光rt-pcr检测试剂及方法
CN111363859B (zh) 一种用于2019-nCoV检测的核酸组合物及其试剂盒与生产方法
JP2023536962A (ja) 重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(sars-2)、インフルエンザa及びインフルエンザbの検出のための組成物及び方法
Gorna et al. Establishment and validation of two duplex one-step real-time RT-PCR assays for diagnosis of foot-and-mouth disease
Ahmed et al. Evaluating two approaches for using positive control in standardizing the avian influenza H5 reverse transcription recombinase polymerase amplification assay
CN112662809A (zh) 一种用于新型冠状病毒covid-19检测的核酸组合物及其应用
CN111304367A (zh) 一种用于检测2019新型冠状病毒的冻干型荧光rt-pcr试剂及方法
CN112662808A (zh) 一种新型冠状病毒covid-19核酸检测试剂盒及其检测方法
WO2021189413A1 (en) Primer set and method for detection of sars-cov-2
CN111235319A (zh) 一种甲型和乙型流感病毒核酸复合检测试剂盒
CN113073152A (zh) 一种用于检测乙型流感病毒的lamp引物、探针、试剂盒

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20210226

RJ01 Rejection of invention patent application after publication