CN111607659B - 与苎麻原麻半纤维素含量关联的snp分子标记及其应用 - Google Patents
与苎麻原麻半纤维素含量关联的snp分子标记及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN111607659B CN111607659B CN202010489445.6A CN202010489445A CN111607659B CN 111607659 B CN111607659 B CN 111607659B CN 202010489445 A CN202010489445 A CN 202010489445A CN 111607659 B CN111607659 B CN 111607659B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- ramie
- hemicellulose
- content
- genotype
- snp
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及植物遗传育种技术领域,尤其涉及与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标记及其应用。本发明提供了一种与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标志物,该分子标志物分别位于苎麻的第1号染色体上。经鉴定,该标志物与苎麻半纤维之间存在显著的相关性。在本发明所述的SNP位点,基因型为TT的半纤维素含量显著高于基因型为CC的,杂合基因型介于两者之间。通过对苎麻品种该SNP位点的基因型鉴定,即可预测苎麻原麻半纤维素水平。因此,利用该标志物可在苎麻生育早期鉴定出符合育种目标的苎麻种质,对苎麻原麻半纤维素含量水平的早期预测和筛选具有重要意义。有利于提高育种的效率,加快育种进程。
Description
技术领域
本发明涉及植物遗传育种技术领域,尤其涉及与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标记及其应用。
背景技术
苎麻(Boehmerianivea L.)是我国特色的多年生韧皮纤维作物,为含有14对染色体的二倍体。苎麻原麻中除纤维素外,还含有半纤维素、果胶、木质素、脂蜡质等胶质成分,需经过去除这些胶质成分的脱胶过程,才能获得可供纺织利用的纤维。去除胶质的脱胶过程是苎麻加工过程中造成环境污染的主要环节,已成为苎麻产业发展的瓶颈。半纤维素占苎麻纤维总胶质的50%,对酸碱的稳定性高,是脱胶工艺的重点和难点。半纤维素是植物细胞壁的主要构成物质之一,主要功能是交连纤维素微纤丝。苎麻纤维中半纤维素含量高,还导致纤维脆硬、纤维品质下降。半纤维素含量是受多基因控制的复杂数量性状,传统育种方法对数量性状选择效率不高,遗传改良进程较慢。因此,开发半纤维素含量相关有效分子标记和候选基因,可为分子标记辅助选择以及基因克隆奠定基础,提高选择效率,加快品种改良进程。
半纤维素含量是苎麻特异的品质性状,已有研究测定了不同苎麻品种、不同部位半纤维素构成、含量的差异,但因其测定费时费力,工作量大,目前还没有利用分子标记技术对半纤维素含量进行QTL定位,获得有效分子标记的报道。研究表明,苎麻原麻半纤维素含量性状为多基因控制,易受环境影响,利用常规育种方法改良苎麻原麻半纤维素含量进展缓慢。因此,开发与苎麻中半纤维素含量相关的分子标志物,对促进苎麻种植资源的育种与改良具有重要意义。
发明内容
有鉴于此,本发明要解决的技术问题在于提供与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标记及其应用,从而利用分子生物学手段实现对苎麻种植资源的早期、快速鉴定。
本发明提供的与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标记,其为Marker00075072。
所述Marker00075072的SNP位点位于SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的第101位碱基,存在3种基因型,分别为纯合C/C,纯合T/T,杂合型C/T(Y);。
根据319份苎麻核心种质资源的测序结果,通过序列比对,获得了大量高质量SNP标记,对这些SNP标记进行进一步筛选,获得了与原麻半纤维素含量密切相关的标志物,该标记可用于遗传图谱构建、指纹图谱构建,为分子育种、***进化、种质资源鉴定提供保障。
本发明所述的SNP分子标记在苎麻育种中的应用。
本发明还提供了一种苎麻种质检测试剂盒,其中包括检测所述的SNP分子标记中至少一个的检测试剂。
所述检测方法优选为PCR法。所述检测试剂包括检测引物和PCR扩增试剂。
本发明还提供了一种苎麻的育种方法,其包括:检测苎麻基因组中所述的SNP分子标记的基因型,根据基因型判断苎麻半纤维素含量的高低。
所述苎麻基因组为苎麻植株的基因组。所述植株包括:苎麻的根、茎、叶、花、种子及子叶。
所述根据基因型判断苎麻半纤维素含量的高低包括:
所示Marker00075072的SNP位点基因型为TT,则半纤维素含量高,基因型为CC,则半纤维素含量低。
所述半纤维素为苎麻原麻的半纤维素。
本发明构建了190份苎麻资源的验证群体,在该验证群体中该位点不同等位基因间半纤维素含量存在差异,说明该位点真实有效,可用于半纤维素含量的分子标记辅助选择。
本发明提供了一种与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标志物,该分子标志物分别位于苎麻的第1号染色体上。经鉴定,该标志物与苎麻半纤维之间存在显著的相关性。通过对苎麻种质的该SNP位点基因型,即可预测苎麻原麻半纤维素水平。因此,利用该标志物可在苎麻生育早期鉴定出符合育种目标的苎麻种质,对苎麻原麻半纤维素含量水平的早期预测和筛选具有重要意义。有利于提高育种的效率,加快育种进程。
具体实施方式
本发明提供了与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标记及其应用,本领域技术人员可以借鉴本文内容,适当改进工艺参数实现。特别需要指出的是,所有类似的替换和改动对本领域技术人员来说是显而易见的,它们都被视为包括在本发明。本发明的方法及应用已经通过较佳实施例进行了描述,相关人员明显能在不脱离本发明内容、精神和范围内对本文的方法和应用进行改动或适当变更与组合,来实现和应用本发明技术。
本发明采用的试材皆为普通市售品,皆可于市场购得。
下面结合实施例,进一步阐述本发明:
实施例1
1.半纤维素含量测定:319份苎麻核心种质2017年种植于湖南省沅江市试验地,田间行距70cm,株距50cm,单行种植。试验地肥力中等偏上且均匀,四周无高大建筑物及树木遮挡,排灌良好,种植深浅一致。2018年分别对关联分析群体和验证群体进行性状测定。田间样品收获后,采用手工简易刮麻器(沅江2号)剥制,干燥后获得原麻,用于半纤维素测定。按照GB5881-86《苎麻理化性能试验取样方法》进行取样,采用微波法(冷娟等,2008)测定半纤维素含量,每个品种3次重复。
表1关联分析群体半纤维素含量统计分析
平均值% | 最大值% | 最小值% | 变异系数% | 是否正态分布 | |
半纤维素 | 14.24 | 22.91 | 11.43 | 9.41 | 是 |
关联群体半纤维素含量范围为11.43%~22.91%,平均值为14.24%,极差为11.48%(表1)。半纤维素含量主要分布在12.2%~15.8%之间,其中含量在13.4%~14.6%之间的样品数量最多,为101个,占总数的40.73%。
2.SNP的获得:参考序列为苎麻品种“中苎1号”基因组序列,参考基因组的版本号为(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA417329)。对319个样品重测序基因组序列,采用GATK流程中的分析工具,对经过处理和矫正后的比对结果文件,进行变异的检测,经过初步过滤后获得原始群体SNP位点。对SNP位点按照maf>0.05,缺失率<0.05的条件进行过滤,获取高质量SNP位点用于GWAS分析。
3.苎麻原麻半纤维素含量关联:采用TASSEL5.0(BRADBURY et al.,2007)软件中的GLM-Qmatirx模型(GLM为一般线性模型,Qmatrix代表以群体结构作为协变量进行校正),对核心种质的半纤维素含量性状进行全基因组关联分析,获得一个显著关联SNP位点。具体信息见表2:
表2苎麻原麻半纤维素含量显著相关SNP位点
结果显示,该SNP位点与苎麻原麻半纤维素含量显著相关。C/C基因型原麻半纤维素含量最低,T/T基因型原麻半纤维素含量最高,C/T杂合基因型原麻半纤维素含量处于两纯合基因型之间。
4.SNP位点的验证:构建了190份苎麻资源的验证群体,测定其原麻半纤维素含量,发现其范围为9.11%~20.19%,极差为11.08%,与关联分析群体测定值极差差异不显著。群体半纤维素含量的平均值为14.92%,两者差异也不显著。群体中半纤维素主要分布在12.41%~17.91%之间,其中含量在13.51%~14.61%之间的样品数量最多(表3)。190份资源在Marker00075072位点的基因分型及半纤维素含量见下表4。
表3验证群体半纤维素含量统计分析
平均值% | 最大值% | 最小值% | 变异系数% | 是否正态分布 | |
半纤维素 | 14.92 | 20.19 | 9.11 | 11.06 | 是 |
表4验证群体显著相关SNP位点基因分型及原麻半纤维素含量
连锁标记 | 等位基因1 | 半纤维素含量 | 等位基因2 | 半纤维素含量 | 等位基因3 | 半纤维素含量 |
Marker00075072 | C(79) | 14.05 | T(20) | 16.36 | Y(91) | 15.31 |
由表3可知,验证群体中该位点不同等位基因间半纤维素含量存在差异,说明该位点真实有效,可用于半纤维素含量的分子标记辅助选择。
以上仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 中国农业科学院麻类研究所
<120> 与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标记及其应用
<130> MP2010274
<160> 1
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 201
<212> DNA
<213> 苎麻( Boehmeria nivea L.)
<400> 1
gtctaagcga cctcgacggc tgcaaagcgg cggaatggct gaggagtaaa ccgctgtgcg 60
cagtgatgga cggcgcgcta gcgctagtag cagcaatggc cgattggaga agtttagggc 120
tctctaaaag gggaagaaag tgttggtcat gatgagggac ttggtagggc attatcaagt 180
gatcaagctc tttcttgcaa g 201
Claims (8)
1.与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标记,其为Marker00075072;所述Marker00075072的SNP位点位于SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的第101位碱基,存在3种基因型,分别为纯合C/C,纯合T/T,杂合型C/T。
2.权利要求1所述的SNP分子标记中在苎麻育种中的应用。
3.一种苎麻种植检测试剂盒,其中包括检测权利要求1所述的SNP分子标记的检测试剂。
4.根据权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,所述检测试剂包括检测引物和PCR扩增试剂。
5.一种苎麻的育种方法,其特征在于,检测苎麻基因组中,权利要求1所述的SNP分子标记的基因型,根据基因型判断苎麻半纤维素含量的高低。
6.根据权利要求5所述的育种方法,所述苎麻基因组为苎麻植株的基因组。
7.根据权利要求5或6所述的育种方法,所述根据基因型判断苎麻半纤维素含量的高低包括:所述Marker00075072的SNP位点基因型为TT,则半纤维素含量高,基因型为CC,则半纤维素含量低。
8.根据权利要求5~7任一项所述的育种方法,其特征在于,所述半纤维素为苎麻原麻的半纤维素。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202010489445.6A CN111607659B (zh) | 2020-06-02 | 2020-06-02 | 与苎麻原麻半纤维素含量关联的snp分子标记及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202010489445.6A CN111607659B (zh) | 2020-06-02 | 2020-06-02 | 与苎麻原麻半纤维素含量关联的snp分子标记及其应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN111607659A CN111607659A (zh) | 2020-09-01 |
CN111607659B true CN111607659B (zh) | 2023-03-10 |
Family
ID=72203957
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202010489445.6A Active CN111607659B (zh) | 2020-06-02 | 2020-06-02 | 与苎麻原麻半纤维素含量关联的snp分子标记及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN111607659B (zh) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN117418031A (zh) * | 2021-09-17 | 2024-01-19 | 中国中医科学院中药研究所 | 一种与天麻块茎重量相关的单倍型分子标记及其应用 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106801105A (zh) * | 2017-03-16 | 2017-06-06 | 江西省宜春市农业科学研究所 | 与苎麻纤维细度相关联的ssr标记及应用 |
CN109295245A (zh) * | 2018-08-31 | 2019-02-01 | 中国农业科学院麻类研究所 | 一种与苎麻分株数关联snp分子标记及相关基因与应用 |
-
2020
- 2020-06-02 CN CN202010489445.6A patent/CN111607659B/zh active Active
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106801105A (zh) * | 2017-03-16 | 2017-06-06 | 江西省宜春市农业科学研究所 | 与苎麻纤维细度相关联的ssr标记及应用 |
CN109295245A (zh) * | 2018-08-31 | 2019-02-01 | 中国农业科学院麻类研究所 | 一种与苎麻分株数关联snp分子标记及相关基因与应用 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
Kunmei Chen.Genome Wide Association Study Discovered Favorable Single Nucleotide Poly Morphisms and Candidate Genes Associated with Ramie Boehmeria Nivea L.2022,第1-14页. * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN111607659A (zh) | 2020-09-01 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN108779459B (zh) | 棉花全基因组snp芯片及其应用 | |
CN112094935B (zh) | 鉴定棉花纤维比强度和马克隆值的snp分子标记及应用 | |
CN109762812B (zh) | 小麦生长势相关snp及其作为靶点在鉴定小麦生长势性状中的应用 | |
CN110724758B (zh) | 一种基于snp标记鉴定京农科728玉米杂交种纯度的方法 | |
CN111979345A (zh) | 盐胁迫条件下小麦生物量和产量相关kasp标记的开发及应用 | |
CN115820892A (zh) | 陆地棉a07号染色体与棉铃重关联的snp分子标记及其应用 | |
KR20180077873A (ko) | 수박 분자마커이용여교잡 선발용 snp 마커 | |
CN113005213B (zh) | 与小麦茎基腐病抗性相关的snp分子标记及其应用 | |
CN111607659B (zh) | 与苎麻原麻半纤维素含量关联的snp分子标记及其应用 | |
CN111926104B (zh) | 一种鉴定甘蔗与斑茅杂交后代真实性的ssr分子标记及其方法 | |
CN110527742B (zh) | 与低盐条件下小麦穗长相关的kasp标记及其应用 | |
CN109055593B (zh) | 提高棉花衣分的snp标记以及高产棉的鉴定和育种方法 | |
CN115948603A (zh) | 一种筛选不同株高、分蘖和产量小麦的方法 | |
CN113881799B (zh) | 用于烟草根黑腐病主效抗性位点筛选/检测的功能分子标记及其应用 | |
CN108841983A (zh) | 一种甘蔗全长转录组数据大规模开发的ssr引物 | |
CN113881794A (zh) | 一组与甘蔗叶夹角显著相关的分子标记及其应用 | |
CN107893125B (zh) | 用于鉴定桃花铃型/蔷薇型性状的单核苷酸多态性标记位点、引物对、试剂盒及应用 | |
CN107858448B (zh) | 用于鉴定桃花粉育性性状的单核苷酸多态性标记位点、引物对、试剂盒及应用 | |
CN112575103A (zh) | 控制莲子单粒质量性状的qtl、分子标记、kasp检测引物组及应用 | |
CN110643728A (zh) | 一种提高白杨杂交育种效率的方法 | |
CN113817862B (zh) | 与小麦旗叶宽主效QTL连锁的KASP-Flw-sau6198分子标记及其应用 | |
CN116622881B (zh) | 一种烟草全基因组snp位点组合、探针、芯片及其应用 | |
CN116926230B (zh) | 一种与棉花纤维长度相关的分子标记及其应用 | |
CN117778616B (zh) | 小麦粒重相关基因TaSINA101分子标记及应用 | |
CN106480054B (zh) | 重组核酸片段RecCR020322及其检测方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |