CN111587116A

CN111587116A - 降低β-连环蛋白和IDO表达以加强免疫疗法

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Publication number: CN111587116A
Application number: CN201980007306.0A
Authority: CN
Inventors: S.加内什
Original assignee: Dicerna Pharmaceuticals Inc
Current assignee: Dicerna Pharmaceuticals Inc
Priority date: 2018-01-05
Filing date: 2019-01-03
Publication date: 2020-08-25
Also published as: JP2021509669A; MX2020007066A; EP3697423A4; WO2019136157A3; AU2019205904A1; KR20200106513A; IL275300A; CA3084829A1; EP3697423A2; US11813280B2; US20200338110A1; WO2019136157A2

Abstract

本文提供了用于治疗癌症的方法和组合物，所述癌症包括对免疫疗法没有应答的癌症。在一方面，所述治疗方法包括向所述受试者施用治疗有效量的β‑连环蛋白抑制剂、治疗有效量的IDO抑制剂和治疗有效量的免疫治疗剂。另一方面涉及用于在治疗癌症中使用的包含β‑连环蛋白抑制剂的药物组合物，其中所述组合物与IDO抑制剂和免疫治疗剂组合施用。又一方面涉及使用β‑连环蛋白抑制剂，诸如β‑连环蛋白核酸抑制剂分子与IDO抑制剂的组合加强免疫疗法对癌症的治疗效果的方法。

Description

降低β-连环蛋白和IDO表达以加强免疫疗法

相关申请的交叉引用

本申请要求于2018年1月5日提交的美国临时专利申请号62/614,206的优先权。本段中引用的每个相关申请的整个内容均以引用的方式整体并入本文。

序列表

本申请含有已以ASCII格式电子版形式提交且特此以引用的方式整体并入的序列表。2018年12月18日创建的所述ASCII拷贝命名为0243_0028-PCT_SL.txt并且大小为2千字节。

背景技术

免疫***使用免疫细胞表面的某些分子作为检查点，以控制T细胞激活并阻止免疫***靶向健康细胞和诱导自身免疫。某些癌细胞能够利用这些免疫检查点分子逃避免疫***。近年来，阻断免疫检查点分子(诸如细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA-4)和程序性细胞死亡受体1(PD-1))的免疫治疗策略已显示出对某些癌症的成功。在2011年，抗CTLA-4单克隆抗体(伊匹单抗(ipilimumab))被批准用于治疗晚期黑素瘤患者。在2014年，两种抗PD-1单克隆抗体(纳武单抗(nivolumab)和派姆单抗(pembrolizumab))被批准用于治疗某些晚期癌症患者。自2016年以来，已批准了三种抗PD-L1单克隆抗体(阿特珠单抗(atezolizumab)、阿维鲁单抗(avelumab)和德瓦鲁单抗(durvalumab))用于晚期癌症。阻断免疫检查点分子(如CTLA-4、PD-1和PD-L1)的抗体似乎释放了对T细胞激活的制动，并促进了强有力的抗肿瘤免疫应答。然而，只有一小组患者对该免疫疗法有应答。

至少在某些情况下，对免疫疗法有应答的肿瘤具有预先存在的T细胞发炎表型伴有浸润性T细胞、广泛的趋化因子谱(将T细胞募集至肿瘤微环境)以及高水平的IFNγ分泌(也称为热肿瘤或发炎肿瘤)。Gajewski等人,Nat Immunol.,2013,14(10):1014-22；Ji等人,Cancer Immunol Immunother,2012,61:1019-31。相反，某些对免疫疗法无应答的肿瘤已显示出没有T细胞发炎的表型(也称为冷肿瘤或非发炎肿瘤)。同前。

肿瘤细胞已发展出逃避免疫***的不同策略。一种这样的策略涉及吲哚胺2,3-双加氧酶-1(IDO1)酶的表达。IDO1是一种细胞内含亚铁血红素的酶，其催化必需氨基酸色氨酸降解为犬尿氨酸及其下游分解代谢物。IDO1表达促进T细胞浸润减少的免疫抑制肿瘤微环境(即，冷肿瘤或非发炎肿瘤)。IDO1在许多癌症中表达，并且IDO1的过表达与多种癌症类型中的晚期疾病阶段和肿瘤转移相关联。Munn,Front.Biosci.,2012,(Elite编)4:734-45。在癌症中，IDO1可以直接由肿瘤细胞表达或者由周围微环境中的抗原呈递细胞间接诱导。Holmgaard等人,Cell Reports,2015,13:412-24。尽管尚未完全了解IDO过表达促进对免疫疗法的抗性的机制，但已知IDO1通过耗竭必需氨基酸色氨酸来抑制效应T细胞的激活，并通过产生犬尿氨酸促进FoxP3调控性T细胞(Treg)的分化和激活(Munn和Mellor,J.Clin.Invest.,2007,117:1147-54)。在某些实体瘤中过表达的另一种吲哚胺2,3-双加氧酶同种型(IDO2)也已参与免疫抗性，色氨酸2,3-双加氧酶(TDO)也是如此，其与IDO1和IDO2一样是色氨酸分解代谢酶。Pendergast等人,Cancer Research,2017,77(24):6795-6811。

最近，已显示IDO抑制剂增强靶向PD-1/PD-L1途径的某些免疫疗法的有效性。利用IDO抑制剂艾卡哚司他(epacadostat)(Incyte)与PD-1抑制剂帕博利珠单抗(prembrolizumab)

和纳武单抗

的组合的I/II期试验已在黑素瘤患者中取得了积极的早期结果。Gangadhar等人,在2016年欧洲肿瘤医学会峰会(EuropeanSociety for medical Oncology Congress)提出,10月7-11日,2016,摘要,1110PD；Perez等人,J.Clin.Oncol.,2017,ASCO摘要,3003。所述组合在其他肿瘤中也显示出功效，所述其他肿瘤包括头颈部转移性或复发性鳞状细胞癌、晚期尿路上皮细胞癌和晚期肾细胞癌。来自Incyte的艾卡哚司他组合Merck的

(派姆单抗)的ECHO-202试验的更新数据证明跨多种肿瘤类型的临床活性，这是在2017年6月5日日期的来自Merck网站的Incyte和Merck联合新闻发布。艾卡哚司他和派姆单抗用于不可切除或转移性黑素瘤的III期研究目前正在进行中。临床试验政府标识符：NCT02752074。

在II期研究中，当与派姆单抗组合时，小分子IDO抑制剂吲哚莫德(indoximod)(NewLink Genetics)已在晚期黑素瘤患者中显示出功效。关于Indoximod加

(派姆单抗)的更新数据证明晚期黑素瘤患者的应答率得到改善，这是在2017年8月7日日期的来自NewLink Genetics的新闻发布。在晚期黑素瘤患者中，还评价了与FDA批准的以下检查点抑制剂之一组合的吲哚莫德：伊匹单抗、纳武单抗或派姆单抗。临床试验政府标识符：NCT02073123。已显示另一种IDO抑制剂BMS-986205在晚期癌症患者中是安全耐受的，并且正在扩展研究以评估与纳武单抗和/或伊匹单抗的组合疗法。Siu等人,AACR摘要CT116,2017,77(13增刊)。在I期研究中正在评价其他IDO抑制剂，如NLG802(NewLink Genetics)和HTI-1090(Atridia Pty Ltd)。

本领域仍然需要开发新的癌症治疗选择，包括将增强非发炎肿瘤对免疫疗法的应答性的选择。

发明内容

本申请公开了降低β-连环蛋白和IDO表达可以显著增强某些肿瘤对免疫疗法的应答性。无意于受任何理论的束缚，似乎降低β-连环蛋白和IDO表达可以将某些对免疫疗法有抗性的非发炎或冷肿瘤转化为发炎或热肿瘤，同时增加CD8 T细胞浸润并降低免疫抑制性Foxp3⁺调控性T细胞(Treg)的水平。一旦转化，发炎或热肿瘤就会对免疫疗法(例如，免疫检查点分子的阻断)有应答。因此，本申请提供了用于通过降低β-连环蛋白和IDO表达将某些非发炎肿瘤转化为对免疫疗法有应答的肿瘤的方法。

通常，通过施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子来降低β-连环蛋白的表达，所述核酸抑制剂包括但不限于诸如以下的核酸抑制剂分子：短干扰RNA(siRNA)、常规反义寡核苷酸、微RNA(miRNA)、核糖酶和适体。然而，任何β-连环蛋白抑制剂可用于本文所述的方法和组合物中。如本文所公开的，用β-连环蛋白和IDO抑制剂和免疫疗法的组合治疗癌症不仅减慢了肿瘤生长，而且实际上诱导了体内肿瘤模型中的肿瘤消退。

一方面涉及治疗受试者中的癌症的方法，其包括向受试者施用治疗有效量的β-连环蛋白抑制剂、治疗有效量的IDO抑制剂和治疗有效量的免疫治疗剂。在某些实施方案中，受试者是人。

另一方面涉及包含β-连环蛋白抑制剂的药物组合物，用于在治疗癌症中使用，其中所述组合物与IDO抑制剂和免疫治疗剂组合施用。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，癌症是Wnt激活的癌症。在所述方法或组合物的某些实施方案中，癌症是过表达IDO1的Wnt激活的癌症。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，IDO抑制剂包括艾卡哚司他、吲哚莫德、BMS-986205、NLG802、HTI-1090、navoximod、PF-06840003、IOM2983、RG-70099、苯基苯磺酰肼、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、β-[3-苯并(b)噻吩基]-丙氨酸或6-硝基-D-色氨酸。在所述方法或组合物的某些实施方案中，IDO抑制剂包括艾卡哚司他。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，β-连环蛋白抑制剂是β-连环蛋白核酸抑制剂分子，包括但不限于siRNA、常规反义寡核苷酸、miRNA、核糖酶和适体。在所述方法或组合物的某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含形成互补区的有义链和反义链，任选地其中有义链与反义链之间的互补区是约15-45个核苷酸。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在有义链与反义链之间、约15-45、18-26或19-21个核苷酸的互补区。在某些实施方案中，有义链为15-66个核苷酸，并且反义链为15-66个核苷酸。在某些实施方案中，有义链为25-40个核苷酸或19-25个核苷酸。在某些实施方案中，反义链为25-40个核苷酸或19-25个核苷酸。在某些实施方案中，有义链为19-25个核苷酸，并且反义链为19-25个核苷酸。在某些实施方案中，有义链为26-30或34-40个核苷酸并且含有茎和四元环，并且反义链为18-24个核苷酸，其中有义链和反义链形成18-24个核苷酸的双链体区。在某些实施方案中，有义链为27-29或33-39个核苷酸并且含有茎和三元环，并且反义链为18-24个核苷酸，其中有义链和反义链形成18-24个核苷酸的双链体区。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在有义链与反义链之间、18-34个核苷酸的互补区，其中有义链的长度为25-36个核苷酸，并且反义链的长度为26-38个核苷酸并且在其3'-末端包含1-5个核苷酸的单链突出端。在某些实施方案中，双链RNAi抑制剂分子的反义链在其5'-末端进一步包含1-10个核苷酸的单链突出端

在所述方法或组合物的某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在有义链与反义链之间、20-30、21-26、19-24或19-21个核苷酸的互补区。在某些实施方案中，有义链具有21个核苷酸并且在其3'-末端包含2个核苷酸的单链突出端，反义链是21个核苷酸并且在其3'-端具有2个核苷酸的单链突出端，并且有义链和反义链形成19个核苷酸的双链体区。在某些实施方案中，有义链为21个核苷酸，反义链为23个核苷酸并且在其3'-端具有2个核苷酸的单链突出端，并且有义链和反义链形成21个核苷酸的双链体区。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在有义链与反义链之间、26个核苷酸的互补区，其中有义链的长度为26个核苷酸，并且其中反义链的长度为38个核苷酸并且在其3'-末端包含2个核苷酸的单链突出端且在其5'-末端包含10个核苷酸的单链突出端。

在双链RNAi抑制剂分子的某些实施方案中，有义链包含SEQ ID NO:1的序列或由所述序列组成。在双链RNA抑制剂分子的某些实施方案中，反义链包含SEQ ID NO:2的序列或由所述序列组成。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子含有四元环。在所述方法或组合物的某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子含有三元环。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是单链寡核苷酸。在所述方法或组合物的某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是常规反义寡核苷酸，其具有5'至3'方向的核苷酸序列，所述核苷酸序列包含人β-连环蛋白基因的区段的反向互补序列并且长度为12-30、12-25、12-22、14-20或18-22个核苷酸。在某些实施方案中，常规反义寡核苷酸的长度为16-18或18-20个核苷酸。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，免疫治疗剂是抑制性免疫检查点分子的拮抗剂或共刺激检查点分子的激动剂。在某些实施方案中，免疫治疗剂是抑制性检查点的拮抗剂，并且抑制性检查点是PD-1或PD-L1。在某些实施方案中，抑制性免疫检查点分子的拮抗剂或共刺激检查点分子的激动剂是单克隆抗体。在某些实施方案中，单克隆抗体是抗CTLA-4单克隆抗体、抗PD-1单克隆抗体、抗PD-L1单克隆抗体或抗CTLA-4单克隆抗体与抗PD-1单克隆抗体的组合。

在其他实施方案中，免疫治疗剂是抑制性免疫检查点分子的拮抗剂，其中抑制性免疫检查点分子是PD-1的配体，诸如PD-L1或PD-L2；CTLA4的配体，诸如CD80或CD86；或淋巴细胞激活基因3(LAG3)、杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)、T细胞膜蛋白3(TIM3)、半乳糖凝集素9(GAL9)或腺苷A2a受体(A2aR)。在某些实施方案中，免疫治疗剂是共刺激分子的激动剂，其中共刺激分子是CD28、诱导型T细胞共刺激剂(ICOS)、CD137、OX40或CD27。在其他实施方案中，免疫治疗剂是共刺激分子的配体的激动剂，所述配体包括例如CD80、CD86、B7RP1、B7-H3、B7-H4、CD137L、OX40L或CD70。

在一个实施方案中，所述治疗人受试者中的癌症的方法包括向人受试者施用：

治疗有效量的β-连环蛋白核酸抑制剂分子，其中β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在有义链与反义链之间、18-34个核苷酸的互补区，其中有义链的长度为19-36个核苷酸，并且反义链的长度为18-38个核苷酸并且在其3'-末端包含1-5个单链核苷酸；

治疗有效量的IDO抑制剂，其中IDO抑制剂包括艾卡哚司他、吲哚莫德、BMS-986205、NLG802、HTI-1090、navoximod、PF-06840003、IOM2983、RG-70099、苯基苯磺酰肼、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、β-[3-苯并(b)噻吩基]-丙氨酸或6-硝基-D-色氨酸；以及

治疗有效量的免疫治疗剂，其中免疫治疗剂包括抗CTLA-4单克隆抗体、抗PD-1单克隆抗体、抗PD-L1单克隆抗体或抗CTLA-4单克隆抗体与抗PD-1单克隆抗体的组合。在一个实施方案中，IDO抑制剂包括艾卡哚司他。在某些实施方案中，癌症是Wnt激活的癌症。在某些实施方案中，癌症是过表达IDO1的Wnt激活的癌症。

在一个实施方案中，药物组合物包含β-连环蛋白抑制剂分子，用于在治疗癌症中使用，其中所述组合物与IDO抑制剂和免疫治疗剂组合施用，其中β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在有义链与反义链之间、18-34个核苷酸的互补区，其中有义链的长度为19-36个核苷酸，并且反义链的长度为19-38个核苷酸并且在其3'-末端包含1-5个单链核苷酸，其中IDO抑制剂包括艾卡哚司他、吲哚莫德、BMS-986205、NLG802、HTI-1090、navoximod、PF-06840003、IOM2983、RG-70099、苯基苯磺酰肼、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、β-[3-苯并(b)噻吩基]-丙氨酸或6-硝基-D-色氨酸，并且其中免疫治疗剂是抗CTLA-4单克隆抗体、抗PD-1单克隆抗体、抗PD-L1单克隆抗体或抗CTLA-4单克隆抗体与抗PD-1单克隆抗体的组合。在某些实施方案中，IDO抑制剂包括艾卡哚司他。在某些实施方案中，癌症是Wnt激活的癌症。在某些实施方案中，癌症是过表达IDO1的Wnt激活的癌症。

在所述方法或组合物的一个实施方案中，在有义链与反义链之间的互补区为21-26个核苷酸，其中有义链的长度为21-26个核苷酸，并且其中反义链的长度为23-38个核苷酸并且在其3'-末端包含1-2个核苷酸的单链突出端。在某些实施方案中，反义链在其5'-末端进一步包含1-10个核苷酸的单链突出端。

在所述方法或组合物的一个实施方案中，在有义链与反义链之间的互补区为19个核苷酸，其中有义链的长度为21个核苷酸并且在其3'-末端包含2个核苷酸的单链突出端，并且其中反义链的长度为21个核苷酸并且在其3'-末端包含2个核苷酸的单链突出端。在另一个实施方案中，在有义链与反义链之间的互补区为21个核苷酸，其中有义链的长度为21个核苷酸，并且其中反义链的长度为23个核苷酸并且在其3'-末端包含2个核苷酸的单链突出端。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，有义链包含SEQ ID NO:1的序列或由所述序列组成，并且反义链包含SEQ ID NO:2的序列或由所述序列组成。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，有义链为34-36个核苷酸并且含有茎和四元环，并且反义链为18-24个核苷酸，其中有义链和反义链形成18-24个核苷酸的双链体区。在所述方法或组合物的某些实施方案中，有义链为26-30个核苷酸并且含有茎和四元环，并且反义链为18-24个核苷酸，其中有义链和反义链形成18-24个核苷酸的双链体区，并且其中茎含有1、2或3个碱基对和至少一个双环核苷酸。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，有义链为33-35个核苷酸并且含有茎和三元环，并且反义链为18-24个核苷酸，其中有义链和反义链形成18-24个核苷酸的双链体区。在所述方法或组合物的某些实施方案中，有义链为27-29个核苷酸并且含有茎和三元环，并且反义链为18-24个核苷酸，其中有义链和反义链形成18-24个核苷酸的双链体区，并且其中茎含有2或3个碱基对和至少一个双环核苷酸。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，用脂质纳米颗粒配制β-连环蛋白核酸抑制剂分子。在某些实施方案中，脂质纳米颗粒包含阳离子脂质和聚乙二醇化脂质。

在所述方法的某些实施方案中，施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子、IDO抑制剂和免疫治疗剂减少了受试者中的癌症量。

在所述方法的某些实施方案中，在施用步骤之前，受试者已被鉴定为患有非Wnt激活的癌症和/或过表达IDO1的癌症。

在某些实施方案中，所述方法进一步包括在施用步骤之前，分析来自受试者的肿瘤样品以确定受试者是否患有非Wnt激活的癌症的步骤。

在所述方法或组合物的某些实施方案中，当免疫治疗剂不与β-连环蛋白核酸抑制剂分子和IDO抑制剂组合施用时，Wnt激活的癌症对用免疫治疗剂的治疗有抗性。

另一个方面涉及加强免疫治疗剂对癌症的治疗效果的方法，所述方法包括以足以加强免疫治疗剂对癌症的治疗效果的量向患有癌症的受试者施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子，诸如本文所述的双链RNAi抑制剂分子，和IDO抑制剂。在某些实施方案中，癌症是Wnt激活的癌症。在某些实施方案中，癌症是过表达IDO1的Wnt激活的癌症。

在所述方法的某些实施方案中，在施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子和IDO抑制剂之前，癌症与对免疫疗法有抗性的非T细胞发炎表型相关联，并且其中施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子和IDO抑制剂将非T细胞发炎表型转化为对免疫治疗剂有应答的T细胞发炎表型。

在某些实施方案中，IDO抑制剂包括艾卡哚司他、吲哚莫德、BMS-986205、NLG802、HTI-1090、navoximod、PF-06840003、IOM2983、RG-70099、苯基苯磺酰肼、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、β-[3-苯并(b)噻吩基]-丙氨酸或6-硝基-D-色氨酸。在某些实施方案中，IDO抑制剂包括艾卡哚司他。

在某些实施方案中，免疫治疗剂是抑制性免疫检查点分子的拮抗剂或共刺激检查点分子的激动剂。在某些实施方案中，免疫治疗剂是抑制性检查点的拮抗剂，并且抑制性检查点是PD-1或PD-L1。在某些实施方案中，抑制性免疫检查点分子的拮抗剂或共刺激检查点分子的激动剂是单克隆抗体。在某些实施方案中，单克隆抗体是抗CTLA-4单克隆抗体、抗PD-1单克隆抗体、抗PD-L1单克隆抗体或抗CTLA-4单克隆抗体与抗PD-1单克隆抗体的组合。

附图说明

并入本说明书并且构成本说明书的一部分的附图说明某些实施方案，并且与书面说明一起用于解释本文所公开的组合物和方法的某些原理。

图1A示出了用于Balb/C小鼠的治疗方案，所述小鼠被植入Wnt激活的4T1肿瘤并用安慰剂或BCAT1进行治疗，如实施例3中所述。

图1B通过免疫组织化学显示，BCAT1治疗降低了β-连环蛋白水平并增加了CD8T细胞浸润，但未显著降低4T1肿瘤中的IDO1水平。

图1C显示，与安慰剂相比，在植入Balb/C小鼠中的4T1肿瘤中，两个周期的BCAT1治疗抑制了肿瘤生长。

图2A示出了用于Balb/C小鼠的治疗方案，所述小鼠被植入4T1肿瘤并用PBS或BCAT1进行治疗，如实施例3中所述。

图2B通过流式细胞术分析显示，对4T1肿瘤的BCAT1治疗增加了CD8+T细胞、增加了多种检查点分子(PD-1、LAG-3+和Tim-3+)，并且增加了调控T细胞(Treg)，但未显著改变肿瘤微环境中髓源性抑制细胞(MDSC)的数目。

图3A示出了用于Balb/C小鼠的治疗方案，所述小鼠被植入4T1肿瘤并用媒介物或IDO抑制剂(IDOi)(被称为艾卡哚司他)进行治疗，如实施例4中所述。

图3B通过免疫组织化学显示，IDOi治疗降低了β-连环蛋白水平、增加了CD8T细胞浸润，并且降低4T1肿瘤中的IDO1水平。

图3C显示，与安慰剂相比，在植入Balb/C小鼠中的4T1肿瘤中，两个周期的IDOi治疗抑制了肿瘤生长。

图4A-C示出了作为单一剂(图4A)、两种剂的组合(图4B)或三种剂的组合(图4C)施用的IDOi(艾卡哚司他)、抗PD-1抗体(PD-1)和BCAT在植入4T1肿瘤的Balb/C小鼠中的功效，其中所有三种剂的组合显示出肿瘤消退，如实施例5中所述。

图5A-B示出了用IDOi、抗PD-1抗体和/或BCAT1治疗的4T1肿瘤中的CD8(图5A)和Foxp3(图5B)的mRNA水平并且证明仅所有三种剂的组合显著增加CD8 mRNA水平并且显著降低Foxp3 mRNA水平。

图6A示出了用于C57BL/6小鼠的治疗方案，所述小鼠被植入非Wnt激活的B16F10肿瘤并用安慰剂或BCAT1进行治疗，如实施例6中所述。

图6B通过免疫组织化学显示，BCAT1治疗降低了β-连环蛋白水平、增加了CD8T细胞浸润，并且降低了B16F10肿瘤中的IDO1水平。

图6C显示，与安慰剂相比，在植入C57BL/6小鼠中的B16F10肿瘤中，两个周期的BCAT1治疗未显著抑制肿瘤生长。

图7A示出了用于C57BL/6小鼠的治疗方案，所述小鼠被植入B16F10肿瘤并用安慰剂或BCAT1进行治疗，如实施例6中所述。

图7B通过流式细胞术分析显示，对B16F10肿瘤的BCAT1治疗增加CD8+ T细胞，增加多种检查点分子(PD-1、LAG-3+和Tim-3+)，但未显著改变调控T细胞(Treg)或肿瘤微环境中髓源性抑制细胞(MDSC)的数目。

图8A示出了用于C57BL/6小鼠的治疗方案，所述小鼠被植入B16F10肿瘤并用媒介物或IDO抑制剂(IDOi)(被称为艾卡哚司他)进行治疗，如实施例7中所述。

图8B通过免疫组织化学显示，IDOi治疗降低了β-连环蛋白水平、增加了CD8T细胞浸润，并且降低了B16F10肿瘤中的IDO1水平。

图8C显示，与安慰剂相比，在植入C57BL/6小鼠中的B16F10肿瘤中，两个周期的IDOi治疗未显著抑制肿瘤生长。

图9A-C示出了作为单一剂(图9A)或者两种或三种剂的组合(图9B和9C)施用的IDOi(艾卡哚司他)、抗PD-1抗体(PD-1)和BCAT1在植入B16F10肿瘤的C57BL/6小鼠中的功效，如实施例8中所述。

图10A示出了用于携带MMTV-Wnt肿瘤的小鼠的治疗方案，所述小鼠用安慰剂或BCAT1进行治疗，如实施例9中所述。

图10B通过免疫组织化学显示，BCAT1治疗降低了β-连环蛋白水平并增加了CD8 T细胞浸润，但未显著降低MMTV-Wnt肿瘤中的IDO1水平。

图10C显示，与安慰剂相比，在携带MMTV-Wnt肿瘤的小鼠中，两个周期的BCAT1治疗抑制了肿瘤生长。

图11A示出了用于携带MMTV-Wnt肿瘤的小鼠的治疗方案，所述小鼠用媒介物或IDO抑制剂(IDOi)(被称为艾卡哚司他)进行治疗，如实施例10中所述。

图11B通过免疫组织化学显示，IDOi治疗降低了IDO1水平并且增加了β-连环蛋白和CD8水平。

图12示出了双链β-连环蛋白核酸抑制剂分子的一个非限制性实施方案，其具有有义(或信使)链(SEQ ID NO:1)和反义(引导)链(SEQ ID NO:2)。该β-连环蛋白核酸抑制剂分子在本文中称为BCAT1。

图13示出了可以用于配制β-连环蛋白核酸抑制剂分子的脂质纳米颗粒(LNP)的一个非限制性实施方案。LNP包含以下核心脂质：DL-048(阳离子脂质)和DSG-MPEG(聚乙二醇脂质)，以及以下包膜脂质：DL-103(阳离子脂质)、DSPC、胆固醇和DSPE-MPEG(聚乙二醇化脂质)。

图14示出了Wnt信号传导途径的简化图。左侧描绘了其中Wnt配体未与其表面受体结合的细胞，β-连环蛋白被隔离在破坏复合物中并被靶向进行泛素化和降解，并且靶基因被阻遏。右侧描绘了Wnt配体结合其表面受体后的细胞，其中破坏复合物分解，稳定化的β-连环蛋白释放并行进到细胞核，并且靶基因被激活。

定义

为了更容易理解本公开，以下首先定义某些术语。以下术语和其他术语的另外的定义可以通过说明书进行阐述。如果以下阐述的术语的定义与以引用的方式并入的申请或专利中的定义不一致，则应使用本申请中阐述的定义来理解所述术语的含义。

如本说明书以及随附权利要求中所用，除非上下文另外明确指示，否则单数形式的“一个/种(a/an)”与“所述”包括复数提及形式。因此，例如提及“一种方法”包括本文所述类型的和/或在阅读本公开等后对于本领域技术人员将变得清楚的一种或多种方法，和/或步骤。

施用：如本文所用，将组合物“施用”至受试者意指将组合物给予、应用至受试者或使组合物与受试者接触。可以通过许多途径中的任一种来完成施用，所述许多途径包括例如局部、口服、皮下、肌内、腹膜内、静脉内、鞘内和皮内。

酰基：如本文所用，术语“酰基”是指烷基羰基、环烷基羰基和芳基羰基部分。

烷氧基：如本文所用，术语“烷氧基”是指通过氧原子连接至分子部分的烷基。

烯基：如本文使用，术语“烯基”是指具有至少一个碳碳双键并且具有在约2个至约20个范围内的碳原子的直链或支链烃基。“取代的烯基”是指进一步携带一个或多个取代基的烯基。如本文所用，“低级烯基”是指具有2个至约6个碳原子的烯基部分。

烷基：如本文所用，术语“烷基”是指具有1个至约20个碳原子的直链或支链烃基。无论何时它出现在本文中，数值范围诸如“C₁-C₆烷基”意指烷基可以包含仅1个碳原子、2个碳原子、3个碳原子等，最多至并包括6个碳原子，但是术语“烷基”还包括其中未指定碳原子的数值范围的情况。例如，术语“烷基”可以是指在C₁-C₁₀(例如C₁-C₆)之间的子范围。“取代的烷基”是指携带取代基的烷基部分。如本文所用，“低级烷基”是指具有1个至约6个碳原子的烷基部分。

炔基：如本文所用，“炔基”是指具有至少一个碳碳三键并且具有在约2个至约20个范围内的碳原子的直链或支链烃基。“取代的炔基”是指进一步携带一个或多个取代基的炔基。如本文所用，“低级炔基”是指具有约2个至约6个碳原子的炔基部分。

抗体：如本文所用，术语“抗体”是指免疫球蛋白或其抗原结合结构域。所述术语包括但不限于多克隆抗体、单克隆抗体、单特异性抗体、多特异性抗体、非特异性抗体、人源化抗体、人抗体、单链抗体、嵌合抗体、合成抗体、重组抗体、杂合抗体、突变抗体、嫁接抗体和体外产生的抗体。抗体可以包括恒定区或其一部分，诸如κ、λ、α、γ、δ、ε和μ恒定区基因。例如，可以使用各种同种型的重链恒定区，包括：IgG₁、IgG₂、IgG₃、IgG₄、IgM、IgA₁、IgA₂、IgD和IgE。举例来说，轻链恒定区可以是κ或λ。

抗原结合结构域：如本文所用，术语“抗原结合结构域”是指抗体分子的一部分，其包含负责抗体与抗原之间的特异性结合的氨基酸。对于某些抗原，抗原结合结构域可以仅与抗原的一部分结合。抗原的被抗体特异性识别并结合的部分称为“表位”或“抗原决定簇”。抗原结合结构域包括Fab(片段抗原结合)；F(ab')₂片段，一种具有通过二硫桥在铰链区连接的两个Fab片段的二价片段；Fv片段；单链Fv片段(scFv)，参见例如，Bird等人(1988)Science242:423-426；和Huston等人(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:5879-5883)；Fd片段，其具有两个V_H和C_H1结构域；dAb(Ward等人,(1989)Nature341:544-546)，以及其他保留抗原结合功能的抗体片段。Fab片段具有通过二硫键在恒定区之间共价连接的V_H-C_H1和V_L-C_L结构域。F_v片段较小并且具有非共价连接的V_H和V_L结构域。为了克服非共价连接的结构域解离的趋势，可以构建scF_v。scF_v含有柔性多肽，其连接(1)V_H的C-末端与V_L的N-末端，或(2)V_L的C-末端与V_H的N-末端。15-mer(Gly₄Ser)₃肽可以用作接头，但是其他接头是本领域已知的。这些抗体片段是使用本领域技术人员已知的常规技术获得的，并且以与完整抗体相同的方式评价片段的功能。

反义链：dsRNAi抑制剂分子包含两条寡核苷酸链：反义链和有义链。反义链或其区与靶核酸的相应区部分、基本上或完全互补。此外，双链RNAi抑制剂分子的反义链或其区与双链RNAi抑制剂分子的有义链或其区部分、基本上或完全互补。在某些实施方案中，反义链还可以含有与靶核酸序列不互补的核苷酸。非互补核苷酸可以在互补序列的任一侧或可以在互补序列的两侧。在某些实施方案中，当反义链或其区与有义链或其区部分或基本互补时，非互补核苷酸可以位于一个或多个互补区之间(例如一个或多个错配)。双链RNAi抑制剂分子的反义链也称为引导链。

大约：如本文所用，当应用到一种或多种感兴趣的值时，术语“大约”或“约”是指类似于所述参考值的值。在某些实施方案中，术语“大约”或“约”是指在所陈述的参考值的任一方向上的(大于或小于)25％、20％、19％、18％、17％、16％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％或更小范围内的值范围，除非另外说明或以另外的方式从上下文显而易见(除了这种数值将超过可能值的100％的情况)。

酰基：如本文所用，术语“芳基”是指具有在5个至19个范围内的碳原子的芳族单环或多环基团。“取代的芳基”是指进一步携带一个或多个取代基的芳基。

β-连环蛋白：如本文所用，“β-连环蛋白”是指编码这种β-连环蛋白的多肽或核酸序列。当提及多肽时，“β-连环蛋白”是指β-连环蛋白基因/转录物(CTNNB1)(基因库登录号NM_001904.3(人β-连环蛋白转录变体1)、NM_001098209.1(人β-连环蛋白转录变体2)、NM_001098210.1(人β-连环蛋白转录变体3)以及NM_007614.2和NM_007614.3(小鼠β-连环蛋白)的多肽基因产物。

BCAT1：如本文所用，“BCAT1”是指这样的核酸抑制剂分子，其靶向β-连环蛋白基因并且具有有着由SEQ ID NO:1组成的核酸序列的正义链和有着由SEQ ID NO:2组成的核酸序列的反义链。

双环核苷酸：如本文所用，术语“双环核苷酸”是指包含双环糖部分的核苷酸。

双环糖部分：如本文所用，术语“双环糖部分”是指包含4至7元环的修饰糖部分(包括但不限于呋喃糖基)，所述修饰糖部分包含连接4至7元环的两个原子以形成第双环，从而产生双环结构的桥。通常，4至7元环为糖。在一些实施方案中，4至7元环为呋喃糖基。在某些实施方案中，桥连接呋喃糖基的2'-碳和4'-碳。

互补的：如本文所用，术语“互补的”是指两个核苷酸之间的结构关系(例如，在两个相对的核酸上或在单条核酸链的相对区上)，其允许两个核苷酸彼此形成碱基对。例如，与相对核酸的嘧啶核苷酸互补的一种核酸的嘌呤核苷酸可以通过彼此形成氢键而碱基配对在一起。在一些实施方案中，互补核苷酸可以以Watson-Crick方式或以允许形成稳定双链体的任何其他方式碱基配对。“完全互补”或100％互补性是指这样的一种情况，其中第一寡核苷酸链或第一寡核苷酸链的区段的每个核苷酸单体可以与第二寡核苷酸链或第二寡核苷酸链的区段的每个核苷酸单体形成碱基配对。小于100％的互补性是指这样一种情况，其中两个寡核苷酸链(或两个寡核苷酸链的两个区段)的一些但不是全部核苷酸单体可以彼此形成碱基对。“基本互补性”是指两条寡核苷酸链(或两条寡核苷酸链的区段)彼此表现出90％或更大的互补性。“充分互补”是指靶mRNA与核酸抑制剂分子之间的互补性，使得靶mRNA编码的蛋白质的量减少。

互补链：如本文所用，术语“互补链”是指与另一条链部分、基本上或完全互补的双链核酸抑制剂分子的链。

常规反义寡核苷酸：如本文所用，术语“常规反义寡核苷酸”是指通过以下机制之一抑制靶基因表达的单链寡核苷酸：(1)空间位阻，例如，反义寡核苷酸通过以下方式干扰参与基因表达和/或编码蛋白产生的事件序列中的某个步骤：直接干扰例如基因的转录、mRNA前体的剪接和mRNA的翻译；(2)诱导RNA酶H对靶基因的RNA转录物的酶消化；(3)诱导RNA酶L对靶基因的RNA转录物的酶消化；(4)诱导RNA酶P对靶基因的RNA转录物的酶消化；(5)诱导双链RNA酶对靶基因的RNA转录物的酶消化；和(6)在同一个反义寡核苷酸中，将空间位阻和酶消化活性的诱导相结合。常规反义寡核苷酸不像RNAi抑制剂分子那样具有RNAi作用机制。RNAi抑制剂分子可以通过若干种方式与常规反义寡核苷酸区分开，包括对Ago2的要求，所述Ago2与RNAi反义链组合使得反义链将Ago2蛋白引导至一个或多个预期靶标并且其中要求Ago2沉默靶标。

环烷基：如本文所用，术语“环烷基”是指含有3个至12个碳，例如3个至8个碳和例如3个至6个碳的环状(即，含环的)烃基。

脱氧核糖呋喃糖基：如本文所用，术语“脱氧核糖呋喃糖基”是存在于天然存在的DNA中并且在2'-碳上具有氢基的呋喃糖基，如下所示：

脱氧核糖核苷酸：如本文所用，术语“脱氧核糖核苷酸”是指在糖部分的2'-位具有氢基的天然核苷酸(如本文所定义)或修饰核苷酸(如本文所定义)。

双链体：如本文所用，关于核酸(例如，寡核苷酸)的术语“双链体”是指通过核苷酸的两个反平行序列的互补碱基配对形成的结构。

赋形剂：如本文所用，术语“赋形剂”是指可以包含在组合物中例如以提供或有助于所希望的稠度或稳定作用的非治疗剂。

呋喃糖基：如本文所用，术语“呋喃糖基”是指包含5元环的结构，所述5元环具有四个碳原子和一个氧原子。

卤素：如本文所用，术语“卤素”是指选自氟、氯、溴和碘的原子。

杂环：如本文所用，术语“杂环”或“杂环的”是指含有一个或多个杂原子(例如，N、O、S等)作为环结构的一部分并且具有在3个至14个范围内的碳原子的非芳族环(即，含有环)基。“取代的杂环的”或“取代的杂环”是指进一步携带一个或多个取代基的杂环基。

IDO抑制剂：如本文所用，术语“IDO抑制剂”是指降低吲哚胺2,3-双加氧酶(“IDO”)的活性的化合物或剂。

核苷酸间连接基团：如本文所用，术语“核苷酸间连接基团”或“核苷酸间键”是指能够共价连接两个核苷部分的化学基团。通常，化学基团是含磷酸或亚磷酸酯基团的含磷键基团。磷酸连接基团旨在包括磷酸二酯键、二硫代磷酸酯键、硫代磷酸酯键、磷酸三酯键、硫羰基烷基膦酸酯键、硫羰基烷基磷酸三酯(thionalkylphosphotriester)键、亚磷酰胺键、膦酸酯键和/或硼烷磷酸酯键。许多含磷键是本领域熟知的，如例如以下专利中公开的：美国专利号3,687,808；4,469,863；4,476,301；5,023,243；5,177,196；5,188,897；5,264,423；5,276,019；5,278,302；5,286,717；5,321,131；5,399,676；5,405,939；5,453,496；5,455,233；5,466,677；5,476,925；5,519,126；5,536,821；5,541,306；5,550,111；5,563,253；5,571,799；5,587,361；5,194,599；5,565,555；5,527,899；5,721,218；5,672,697和5,625,050。在其他实施方案中，寡核苷酸含有一个或多个不含磷原子的核苷酸间连接基团，诸如短链烷基或环烷基核苷酸间键、混合的杂原子和烷基或环烷基核苷酸间键或一个或多个短链杂原子或杂环核苷酸间键，包括但不限于具有以下主链的那些：硅氧烷主链；硫化物、亚砜和砜主链；甲醛乙酰基(formacetyl)和硫代甲醛乙酰基主链；亚甲基甲醛乙酰基和硫代甲醛乙酰基主链；核糖乙酰基主链；含烯烃的主链；氨基磺酸酯主链；亚甲基亚氨基和亚甲基肼基主链；磺酸酯和磺酰胺主链；和酰胺主链。不含磷键是本领域熟知的，如例如以下专利中公开的：美国专利号5,034,506；5,166,315；5,185,444；5,214,134；5,216,141；5,235,033；5,264,562；5,264,564；5,405,938；5,434,257；5,466,677；5,470,967；5,489,677；5,541,307；5,561,225；5,596,086；5,602,240；5,610,289；5,602,240；5,608,046；5,610,289；5,618,704；5,623,070；5,663,312；5,633,360；5,677,437；5,792,608；5,646,269和5,677,439。

免疫检查点分子：如本文所用，术语“免疫检查点分子”是指免疫细胞(诸如T细胞)上的分子，所述分子在正常生理条件下对于在免疫***对外源病原体作出应答时维持自身耐受性(或预防自身免疫性)和保护宿主细胞和组织是重要的。某些免疫检查点分子是共刺激性分子，其可放大涉及对抗原的T细胞应答的信号，而某些免疫检查点分子是抑制性分子(例如，CTLA-4或PD-1)，其减少参与对抗原的T细胞应答的信号。

环：如本文所用，术语“环”是指由核酸的单一链形成的结构，在所述结构中，侧接特定单链核苷酸区的互补区按使互补区之间的单链核苷酸区排除在双链体形成或Watson-Crick碱基配对之外的方式杂交。环是任何长度的单链核苷酸区。环的实例包括诸如发夹、四元环或三元环的结构中存在的未配对核苷酸。

修饰核碱基：如本文所用，术语“修饰核碱基”是指不是天然核碱基或通用核碱基的任何核碱基。合适的修饰核碱基包括二氨基嘌呤及其衍生物、烷基化嘌呤或嘧啶、酰化嘌呤或嘧啶、硫醇化嘌呤或嘧啶等。其他合适的修饰核碱基包括嘌呤和嘧啶的类似物。合适的类似物包括但不限于1-甲基腺嘌呤、2-甲基腺嘌呤、N6-甲基腺嘌呤、N6-异戊基腺嘌呤、2-甲硫基-N6-异戊基腺嘌呤、N,N-二甲基腺嘌呤、8-溴腺嘌呤、2-硫胞嘧啶、3-甲基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、5-乙基胞嘧啶、4-乙酰胞嘧啶、1-甲基鸟嘌呤、2-甲基鸟嘌呤、7-甲基鸟嘌呤、2,2-二甲基鸟嘌呤、8-溴鸟嘌呤、8-氯鸟嘌呤、8-氨基鸟嘌呤、8-甲基鸟嘌呤、8-硫鸟嘌呤、5-氟尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-氯尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、5-乙基尿嘧啶、5-丙基尿嘧啶、5-甲氧基尿嘧啶、5-羟甲基尿嘧啶、5-(羧基羟甲基)尿嘧啶、5-(甲基氨基甲基)尿嘧啶、5-(羧甲基氨基甲基)-尿嘧啶、2-硫尿嘧啶、5-甲基-2-硫尿嘧啶、5-(2-溴乙烯基)尿嘧啶、尿嘧啶-5-氧乙酸、尿嘧啶-5-氧乙酸甲酯、假尿嘧啶、1-甲基假尿嘧啶、Q核苷(queosine)、次黄嘌呤、黄嘌呤、2-氨基嘌呤、6-羟基氨基嘌呤、硝基吡咯基、硝基吲哚基和二氟甲苯基、6-硫嘌呤和2,6-二氨基嘌呤硝基吡咯基、硝基吲哚基和二氟甲苯基。通常，核碱基包括含氮碱基。在某些实施方案中，核碱基不含氮原子。参见例如，美国公布的专利申请号20080274462。

修饰核苷：如本文所用，术语“修饰核苷”是指与糖(例如，脱氧核糖或核糖或其类似物)处于N-糖苷键中的杂环含氮碱基，所述糖不与磷酸酯基团或修饰磷酸酯基团(如本文所定义)连接，并且含有修饰核碱基(如本文所定义)、通用核碱基(如本文所定义)或修饰糖部分(如本文所定义)中的一种或多种。修饰或通用核碱基(在本文中也称为碱基类似物)通常位于核苷糖部分的1'-位，并且是指在1'-位的除腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶以外的核碱基。在某些实施方案中，修饰或通用核碱基为含氮碱基。在某些实施方案中，修饰核碱基不含氮原子。参见例如，美国公布的专利申请号20080274462。在某些实施方案中，修饰核苷酸不含核碱基(无碱基)。本文描述了在本公开的上下文中合适的修饰或通用核碱基或修饰糖。

修饰核苷酸：如本文所用，术语“修饰核苷酸”是指与糖(例如，核糖或脱氧核糖或其类似物)处于N-糖苷键中的杂环含氮碱基，所述糖与磷酸酯基团或修饰磷酸酯基团(如本文所定义)连接，并且含有修饰核碱基(如本文所定义)、通用核碱基(如本文所定义)、修饰糖部分(如本文所定义)或修饰磷酸酯基团(如本文所定义)中的一种或多种。修饰或通用核碱基(在本文中也称为碱基类似物)通常位于核苷糖部分的1'-位，并且是指在1'-位的除腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶以外的核碱基。在某些实施方案中，修饰或通用核碱基为含氮碱基。在某些实施方案中，修饰核碱基不含氮原子。参见例如，美国公布的专利申请号20080274462。在某些实施方案中，修饰核苷酸不含核碱基(无碱基)。本文描述了在本公开的上下文中合适的修饰或通用核碱基、修饰糖部分或修饰磷酸酯基团。

修饰磷酸酯基团：如本文所用，术语“修饰磷酸酯基团”是指磷酸酯基团的修饰，其不存在于天然核苷酸中并且包括如本文所述的非天然存在的磷酸酯模拟物，包括包含磷原子的磷酸酯模拟物和不包含磷酸酯的阴离子磷酸酯模拟物(例如乙酸酯)。修饰磷酸酯基团还包括如本文所述的非天然存在的核苷酸间连接基团，包括含磷的核苷酸间连接基团(包括例如硫代磷酸酯)和不含磷的连接基团两者。本文描述了在本公开的上下文中合适的修饰或通用核碱基、修饰糖部分或修饰磷酸酯。

修饰糖部分：如本文所用，“修饰糖部分”是指取代的糖部分(如本文所定义)或糖类似物(如本文所定义)。

裸寡核苷酸：如本文所用，术语“裸寡核苷酸”是指未配制在保护性脂质纳米颗粒或其他保护性配制品中且因此当在体内施用时暴露于血液和内体/溶酶体区室的寡核苷酸。

天然核碱基：如本文所用，术语“天然核碱基”是指RNA和DNA的五种基本的、天然存在的杂环核碱基，即嘌呤碱基：腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)；以及嘧啶碱基：胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)。

天然糖部分：如本文所用，术语“天然糖部分”是指呋喃核糖基(如本文所定义)或脱氧核糖呋喃糖基(如本文所定义)。

天然核苷：如本文所用，术语“天然核苷”是指与不与磷酸酯基团连接的天然糖部分(如本文定义)处于N-糖苷键的天然核苷碱基(如本文定义)。

天然核苷酸：如本文所用，术语“天然核苷酸”是指与与磷酸酯基团连接的天然糖部分处于N-糖苷键的天然核苷碱基(如本文定义)。

非T细胞发炎表型：如本文所用，“非T细胞发炎表型”是指没有针对肿瘤的预先存在的T细胞应答的肿瘤微环境，如通过浸润CD8+ T细胞在肿瘤微环境中几乎没有积累所证实。通常，非T细胞发炎的表型的特征还在于有限的趋化因子谱(其不促进肿瘤微环境中CD8+ T细胞的募集和积累)和/或极小或不存在的I型IFN基因特征。

非Wnt激活的疾病或障碍：如本文所用，“非Wnt激活的”疾病或障碍是指不与Wnt/β-连环蛋白途径的激活相关联的疾病或障碍。“非Wnt激活的”疾病或障碍包括某些癌症和/或增生性疾病、病症或障碍，包括某些结直肠癌、硬纤维瘤、子宫内膜癌、胃癌、肝细胞癌、肝母细胞瘤、肾脏(威尔姆氏(Wilms’)肿瘤)、髓母细胞瘤、黑素瘤、神经母细胞瘤、卵巢癌(子宫内膜样癌)、胰腺癌、钙化上皮瘤、***癌、肾癌、甲状腺癌(间变性癌)和子宫癌(子宫内膜癌)。在一个实施方案中，“非Wnt激活的”疾病或障碍是结直肠癌、肝细胞癌或黑素瘤。在一个实施方案中，“非Wnt激活的”疾病或障碍是神经母细胞瘤、肾癌或黑素瘤。应当理解，疾病或障碍，包括上文列出的癌症和/或增生性疾病，可以包括疾病或障碍的非Wnt激活的亚型和疾病或障碍的Wnt激活的亚型，这与下文提供Wnt激活的疾病或障碍的定义一致。

核酸抑制剂分子：如本文所用，术语“核酸抑制剂分子”是指降低或消除靶基因的表达的寡核苷酸分子，其中寡核苷酸分子含有特异性靶向靶基因mRNA中的序列的区。通常，核酸抑制剂分子的靶向区包含与靶基因mRNA上的序列充分互补的序列，以将核酸抑制剂分子的作用引导至指定的靶基因。核酸抑制剂分子可以包括核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸和/或修饰核苷酸。

核碱基：如本文所用，术语“核碱基”是指天然核碱基(如本文定义)、修饰核碱基(如本文定义)或通用核碱基(如本文定义)。

核苷：如本文所用，术语“核苷”是指天然核苷(如本文定义)或修饰核苷(如本文定义)。

核苷酸：如本文所用，术语“核苷酸”是指天然核苷酸(如本文定义)或修饰核苷酸(如本文定义)。

突出端：如本文所用，术语“突出端”是指在双链核酸抑制剂分子的任一链的任一端的一个或多个末端非碱基配对核苷酸。在某些实施方案中，突出端由延伸超过互补链的末端的一条链或区域产生，所述第一链或区域与所述互补链形成双链体。能够通过碱基对的氢键形成双链体的两个寡核苷酸区域中的一者或两者可以具有延伸超过由两个多核苷酸或区域共享的互补的3'和/或5'端的5'和/或3'端。延伸超过双链体的3'和/或5'-端的单链区称为突出端。

药物组合物：如本文所用，术语“药物组合物”包含药理学有效量的β-连环蛋白核酸抑制剂分子、IDO抑制剂或免疫治疗剂，诸如抗体(包括例如，抗CTLA-4、抗PD-1或抗PD-L1抗体中一种或多种)和药学上可接受的赋形剂。如本文所用，“药理学有效量”、“治疗有效量”或“有效量”是指β-连环蛋白核酸抑制剂分子、IDO抑制剂或免疫治疗剂诸如抗体(包括例如，抗CTLA-4、抗PD-1或抗PD-L1抗体中的一种或多种)有效产生预期药理学、治疗或预防结果的量。

药学上可接受的赋形剂：如本文所用，术语“药学上可接受的赋形剂”意指赋形剂适用于与人和/或动物一起使用而无过度不良副作用(诸如毒性、刺激和过敏反应)，与合理益处/风险比相称。

磷酸酯模拟物：如本文所用，术语“磷酸酯模拟物”是指在寡核苷酸的5'-末端处的模拟磷酸酯基团的静电和空间特性的化学部分。已经开发了许多磷酸酯模拟物，它们可以连接到寡核苷酸的5'-端(参见例如，美国专利号8,927,513；Prakash等人NucleicAcidsRes.,2015,43(6):2993-3011)。通常，这些5'-磷酸酯模拟物含有磷酸酶抗性键。合适的磷酸酯模拟物包括5'-膦酸酯，诸如5'-亚甲基膦酸酯(5'-MP)和5'-(E)-乙烯基膦酸酯(5'-VP)以及与寡核苷酸的5'-末端核苷酸的糖部分(例如，核糖或脱氧核糖或其类似物)的4'-碳结合的4'-磷酸酯类似物，诸如4'-氧甲基膦酸酯、4'-硫代甲基膦酸酯或4'-氨基甲基膦酸酯，如PCT国际公开号WO2018/045317中所述，所述专利以引用的方式整体并入本文。在某些实施方案中，4'-氧甲基膦酸酯由式–O-CH₂-PO(OH)₂或–O-CH₂-PO(OR)₂表示，其中R独立地选自H、CH₃、烷基或保护基。在某些实施方案中，烷基为CH₂CH₃。更通常，R独立地选自H、CH₃或CH₂CH₃。对于寡核苷酸的5'-端，已开发其他修饰(参见例如，WO2011/133871)。

加强：如本文所用，术语“加强(potentiate或potentiating)”是指一种或多种治疗剂(例如，β-连环蛋白核酸抑制剂分子和IDO抑制剂)增加或增强另一种治疗剂(例如，抑制性免疫检查点分子，诸如CTLA-4或PD-1的拮抗剂，或共刺激检查点分子的激动剂)的治疗效果的能力。

保护基：如本文所用，术语“保护基”在常规化学意义上用作在所需反应的某些条件下可逆地使官能团不可反应的基团。在所需的反应之后，可以除去保护基以使受保护的官能团脱保护。所有保护基应在不降解大部分合成分子的条件下可除去。

降低：如本文所用，术语“降低(reduce或reduces)”是指其本领域通常接受的含义。关于示例性核酸抑制剂分子(例如，β-连环蛋白RNAi抑制剂分子)，所述术语通常是指使基因的表达、或编码一种或多种蛋白质或蛋白质亚基的RNA分子或等同RNA分子的水平或一种或多种蛋白质或蛋白质亚基的活性降低至低于在核酸抑制剂分子不存在下所观察到的那些。

抗性：关于免疫疗法使用的术语“抗性(resistance)”或“有抗性的(resistant)”是指癌症和/或增生性疾病、病症或障碍对免疫疗法没有显示出医学上显著应答。如本文所公开的，可以通过降低β-连环蛋白和IDO表达来逆转对免疫疗法的抗性。

核糖呋喃糖基：如本文所用，术语“核糖呋喃糖基”是存在于天然存在的RNA中并且在2'-碳上具有羟基的呋喃糖基，如下所示：

核糖核苷酸：如本文所用，术语“核糖核苷酸”是指在糖部分的2'-位具有羟基的天然核苷酸(如本文所定义)或修饰核苷酸(如本文所定义)。

RNAi抑制剂分子：如本文所用，术语“RNAi抑制剂分子”是指(a)具有有义链(信使链)和反义链(引导链)的双链核酸抑制剂分子(“dsRNAi抑制剂分子”)，其中反义链或反义链的一部分被Argonaute2(Ago2)内切核酸酶用于裂解靶mRNA或(b)具有单条反义链的单链核酸抑制剂分子(“ssRNAi抑制剂分子”)，其中反义链(或反义链的一部分)被Ago2内切核酸酶用于裂解靶mRNA。

有义链：dsRNAi抑制剂分子包含两条寡核苷酸链：反义链和有义链。有义链或其区与dsRNAi抑制剂分子的反义链或其区部分、基本上或完全互补。在某些实施方案中，有义链还可以含有与反义链不互补的核苷酸。非互补核苷酸可以在互补序列的任一侧或可以在互补序列的两侧。在某些实施方案中，当有义链或其区与反义链或其区部分或基本互补时，非互补核苷酸可以位于一个或多个互补区之间(例如一个或多个错配)。有义链还被称为信使链。

受试者：如本文所用，术语“受试者”意指任何哺乳动物，包括小时、兔子和人。在一个实施方案中，受试者是人。术语“个体”或“患者”旨在与“受试者”可互换。

取代基或取代的：如本文所用，术语“取代基”或“取代的”是指给定结构中的氢基团被取代基的基团替代。除非另外指明，否则当在给定结构中超过一个位置可以被超过一个取代基取代时，在每个位置处的取代基可以相同或不同。如本文所用，术语“取代的”设想包括与有机化合物相容的所有可允许的取代基。可允许的取代基包括有机化合物的无环和有环的、支链和非支链的、碳环和杂环的、芳族和非芳族的取代基。本公开并非旨在以任何方式受有机化合物的可允许的取代基的限制。

取代的糖部分：如本文所用，“取代的糖部分”包括含有一个或多个修饰的呋喃糖基。通常，修饰发生在糖的2'-、3'-、4'-或5'-碳位置。在某些实施方案中，取代的糖部分是双环糖部分，其包含连接呋喃糖基的2'-碳和4-碳的桥。

糖类似物：如本文所用，术语“糖类似物”是指这样的一种结构，其不包含呋喃糖基并且能够替代核苷酸的天然存在的糖部分以使得所产生的核苷酸能够(1)并入寡核苷酸中和(2)与互补核苷酸杂交。此类结构通常包括对呋喃糖基的相对简单的变化，诸如下述环，所述环包含不同的原子数(例如，4元环、6元环或7元环)；用非氧原子(例如，碳、硫或氮)替代呋喃糖基的氧；或原子数和氧替代均变化。此类结构还可以包含与对于取代的糖部分描述的那些对应的取代基。糖类似物还包括更复杂的糖替代物(例如，肽核酸的非环***)。糖类似物包括但不限于吗啉代、环己烯基和环己六醇。

糖部分：如本文所用，术语“糖部分”是指核苷酸或核苷的天然糖部分或修饰糖部分。

靶位点：如本文所用，术语“靶位点”、“靶序列”、“靶核酸”、“靶区”、“靶基因”可互换使用，并且是指被“靶向”例如用于由RNAi抑制剂分子介导的裂解的RNA或DNA序列，是RNAi抑制剂分子在其引导/反义区内含有与该靶序列部分、基本上或完全或充分互补的序列。

T细胞发炎的肿瘤表型：如本文所用，“T细胞发炎表型”是指具有针对肿瘤的预先存在的T细胞应答的肿瘤微环境，如通过浸润CD8+ T细胞在肿瘤微环境中积累所证实。通常，T细胞发炎的表型的特征还在于广泛的趋化因子谱(其能够将CD8+ T细胞募集到肿瘤微环境(包括CXCL9和/或CXCL10))和/或I型IFN基因特征。

TDO抑制剂：如本文所用，术语“TDO抑制剂”是指降低色氨酸2,3-双加氧酶(“TDO”)的活性的化合物或剂。

四元环：如本文所用，术语“四元环”是指这样的环，所述环形成有助于相邻Watson-Crick杂交的核苷酸的稳定的稳定二级结构。在不受理论限制的情况下，四元环可以通过堆叠相互作用使相邻Watson-Crick碱基对稳定。此外，四元环中核苷酸间的相互作用包括但不限于，非Watson-Crick碱基配对、堆叠相互作用、氢键和接触相互作用(Cheong等人,Nature,1990,346(6285):680-2；Heus和Pardi,Science,1991,253(5016):191-4)。四元环使相邻双链体的解链温度(Tm)升高，其高于根据由随机碱基组成的简易模型环序列所预期的。例如，在10mM NaHPO4中，四元环可以使包含长度为至少2个碱基对的双链体的发夹的解链温度为至少50℃、至少55℃、至少56℃、至少58℃、至少60℃、至少65℃或至少75℃。四元环可以含有核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸、修饰核苷酸及其组合。在某些实施方案中，四元环由四个核苷酸组成。在某些实施方案中，四元环由五个核苷酸组成。

RNA四元环的实例包括UNCG家族四元环(例如，UUCG)、GNRA家族四元环(例如，GAAA)和CUUG四元环。(Woese等人,PNAS,1990,87(21):8467-71；Antao等人,Nucleic AcidsRes.,1991,19(21):5901-5)。DNA四元环的实例包括d(GNNA)家族四元环(例如，d(GTTA))、d(GNRA)家族四元环、d(GNAB)家族四元环、d(CNNG)家族四元环和d(TNCG)家族四元环(例如，d(TTCG))。(Nakano等人Biochemistry,2002,41(48):14281-14292.Shinji等人,NipponKagakkai Koen Yokoshu,2000,78(2):731)。

治疗有效量：如本文所用，“治疗有效量”或“药理有效量”意指一种或多种化合物的有效产生预期的药理、治疗或预防结果的量。

三元环：如本文所用，术语“三元环”是指这样的环，所述环形成有助于相邻Watson-Crick杂交的核苷酸的稳定并且由三个核苷酸组成的稳定二级结构。在不受理论限制的情况下，三元环可以通过三元环内的非Watson-Crick碱基配对和碱基堆叠相互作用而稳定。(Yoshizawa等人,Biochemistry1997；36,4761-4767)。三元环还使相邻双链体的解链温度(Tm)升高，其高于根据由随机碱基组成的简易模型环序列所预期的。三元环可以含有核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸、修饰核苷酸及其组合。三元环的实例包括GNA家族三元环(例如，GAA、GTA、GCA和GGA)。(Yoshizawa1997)。在某些实施方案中，三元环具有GAA的核苷酸序列。

通用核碱基：如本文所用，“通用核碱基”是指这样的碱基，其可以与天然存在的核酸中通常存在的超过一个碱基配对并且因此可以取代双链体中此类天然存在的碱基。所述碱基不需要能够与每个天然碱基配对。例如，某些碱基仅或选择性地与嘌呤配对，或仅或选择性地与嘧啶配对。通用核碱基可以经由Watson-Crick或非Watson-Crick相互作用(例如，Hoogsteen相互作用)形成氢键形成碱基对。代表性的通用核碱基包括肌苷及其衍生物。

Wnt激活的疾病或障碍：如本文所用，“Wnt激活的”疾病或障碍是指与激活的Wnt/β-连环蛋白途径相关联的疾病或障碍。“Wnt激活的”疾病或障碍包括癌症和/或增生性疾病、病症或障碍，包括结直肠癌、硬纤维瘤、子宫内膜癌、胃癌、肝细胞癌、肝母细胞瘤、肾脏(威尔姆氏肿瘤)、髓母细胞瘤、黑素瘤、卵巢癌(子宫内膜样癌)、胰腺癌、钙化上皮瘤、***癌、甲状腺癌(间变性癌)和子宫癌(子宫内膜癌)。在一个实施方案中，“Wnt激活的”疾病或障碍是结直肠癌、肝细胞癌或黑素瘤。应当理解，疾病或障碍，包括上文列出的癌症和/或增生性疾病，可以包括疾病或障碍的Wnt激活的型式和疾病或障碍的非Wnt激活的型式，这与上文提供的非Wnt激活的疾病或障碍的定义一致。

Wnt/β-连环蛋白途径：如本文所用，“Wnt/β-连环蛋白途径”是指通过Wnt配体、受体和共受体的组合介导的细胞中的分子信号传导途径，所述配体和受体启动涉及β-连环蛋白的下游信号传导途径(参见例如，图14)。在Wnt信号传导不存在下，β-连环蛋白被靶向经由细胞质中的泛素化进行降解。在Wnt配体和Wnt信号转导的存在下，β-连环蛋白稳定化并行进到细胞核，在那里它可以与转录因子(诸如T细胞转录因子(TCF)和淋巴增强转录因子(LEF))相互作用，并且激活基因转录。Wnt/β-连环蛋白途径的失调和激活最通常是由β-连环蛋白基因或编码腺瘤性结肠息肉病(APC)的基因(其负调控β-连环蛋白的功能)中的突变引起的，但也可能由编码Wnt/β-连环蛋白途径的其他成分(诸如Axin、LEF和ICAT)的基因中的突变引起。

具体实施方式

本申请提供了用于治疗癌症，包括对免疫疗法(例如，免疫检查点分子的阻断)没有应答的癌症的新的方法和组合物。通常，对免疫疗法没有应答的癌症的特征在于非T细胞发炎表型(也称为冷或非发炎肿瘤，在肿瘤微环境中几乎没有浸润CD8+ T细胞。如在PCT国际公开号WO2018/183420中所公开的，降低β-连环蛋白表达可以将冷或非发炎肿瘤转化为热或发炎肿瘤，并加强免疫疗法的效果，即使在没有激活的Wnt/β-连环蛋白途径的肿瘤中也是如此。换句话说，通过将β-连环蛋白抑制剂(诸如，β-连环蛋白核酸抑制剂分子)与免疫疗法组合，可以治疗通常对免疫疗法无应答的冷或非发炎肿瘤。如在PCT国际公开号WO2018/183420中所公开的，使用该组合疗法方法来抑制跨多种癌症的体内肿瘤生长，所述癌症包括具有和不具有激活的Wnt/β-连环蛋白途径的癌症。

本申请证明，降低IDO表达和β-连环蛋白表达两者是将某些冷或非发炎肿瘤转化为热或发炎肿瘤并加强免疫疗法效果的另一种策略。虽然显示β-连环蛋白抑制剂和免疫疗法的组合可以显著减慢癌症小鼠模型中的肿瘤生长，但在同一小鼠模型中，β-连环蛋白抑制剂、IDO抑制剂和免疫疗法的三联组合实际上诱导肿瘤消退。因此，降低β-连环蛋白和IDO两者的表达都可以增强某些非发炎或冷肿瘤对免疫疗法的易感性，并提供了用于治疗通常对免疫疗法没有应答的某些冷或非发炎肿瘤的改进方法。

通常，使用β-连环蛋白核酸抑制剂分子来降低β-连环蛋白表达。然而，降低β-连环蛋白表达的任何β-连环蛋白抑制剂或Wnt/β-连环蛋白途径抑制剂均可用于本文所述的方法和组合物中，包括但不限于靶向β-连环蛋白或Wnt/β-连环蛋白途径的组分的小分子、肽和抗体。

核酸抑制剂分子

在某些实施方案中，使用核酸抑制剂分子降低β-连环蛋白表达。各种寡核苷酸结构已被用作核酸抑制剂分子，包括单链寡核苷酸和双链寡核苷酸。

在某些实施方案中，核酸抑制剂分子是包含有义(或信使)链和反义(或引导)链的双链RNAi抑制剂分子。多种双链RNAi抑制剂分子结构是本领域已知的。例如，关于RNAi抑制剂分子的早期工作集中在双链核酸分子上，其中每条链的大小为19-25个核苷酸，具有至少一个1至5个核苷酸的3'-突出端(参见，例如美国专利号8,372,968)。随后，开发了由Dicer酶在体内加工成活性RNAi抑制剂分子的更长的双链RNAi抑制剂分子(参见，例如美国专利号8,883,996)。后来的工作开发了延伸的双链核酸抑制剂分子，其中至少一条链的至少一个末端延伸到分子的双链靶向区之外，包括其中一条链中包括热力学稳定的四元环结构的结构(参见，例如美国专利号8,513,207、美国专利号8,927,705、WO2010/033225和WO2016/100401，所述专利关于这些双链核酸抑制剂分子的公开内容以引用的方式并入)。这些结构包括单链延伸部(在分子的一侧或两侧)和双链延伸部。

在一些实施方案中，有义链和反义链在15-66、25-40或19-25个核苷酸的范围内。在一些实施方案中，有义链小于30个核苷酸，诸如19-24个核苷酸，诸如21个核苷酸。在一些实施方案中，反义链小于30个核苷酸，诸如19-24个核苷酸，诸如21、22或23个核苷酸。通常，双链体结构的长度在15与50个碱基对之间，诸如在15与30个碱基对之间，诸如在18与26个碱基对之间，更通常在19与23个碱基对之间，并且在某些情况下在19与21个碱基对之间。

在一些实施方案中，dsRNAi抑制剂分子可以进一步包含一个或多个单链核苷酸突出端。通常，dsRNAi抑制剂分子具有1-10、1-4或1-2个核苷酸的单链突出端。单链突出端通常位于有义链的3'-端和/或反义链的3'-端。在某些实施方案中，1-10、1-4或1-2个核苷酸的单链突出端位于反义链的5'-端。在某些实施方案中，1-10、1-4或1-2个核苷酸的单链突出端位于有义链的5'-端。在某些实施方案中，1-2个核苷酸的单链突出端位于反义链的3'-端。在某些实施方案中，dsRNA抑制剂分子具有平端，其通常在反义链的5'端。

在某些实施方案中，dsRNAi抑制剂分子具有长度为21个核苷酸的引导链和长度为21个核苷酸的信使链，其中在分子的右侧(信使链的3'端/引导链的5'端)存在两个核苷酸的3'信使链突出端并且在分子的左侧(信使链的5'端/引导链的3'端)存在两个核苷酸的3'引导链突出端。在此类分子中，存在19碱基对双链体区。

在某些实施方案中，dsRNAi抑制剂分子具有长度为23个核苷酸的引导链和长度为21个核苷酸的信使链，其中在分子的右侧(信使链的3'端/引导链的5'端)存在平端并且在分子的左侧(信使链的5'端/引导链的3'端)存在两个核苷酸的3'引导链突出端。在此类分子中，存在21碱基对双链体区。

在一些实施方案中，dsRNAi抑制剂分子包含茎和环。通常，dsRNAi抑制剂分子的信使链的3'-末端区或5'-末端区形成单链茎和环结构。

在一些实施方案中，dsRNAi抑制剂分子含有茎和四元环或三元环。在某些实施方案中，dsRNAi抑制剂分子包含引导链和信使链，其中信使链含有茎和四元环或三元环并且长度在20-66个核苷酸的范围内。通常，引导链和信使链是分开的链，每条链具有5'-端和3'-端，不形成连续的寡核苷酸(有时称为“切口”结构)。

在这些实施方案的某些中，引导链的长度在15与40个核苷酸之间。在某些实施方案中，含有茎和四元环或三元环的信使链的延伸部分在所述链的3'-端上。在某些其他实施方案中，含有茎和四元环或三元环的信使链的延伸部分在所述链的5'-端上。

在某些实施方案中，含有茎和四元环的dsRNAi抑制剂分子的信使链的长度在26-40个核苷酸之间，并且dsRNAi抑制剂分子的引导链含有20-24个核苷酸，其中信使链和引导链形成18-24个核苷酸的双链体区。在某些实施方案中，信使链的长度为26-30个核苷酸，并且茎的长度为1、2或3个碱基对并含有一个或多个双环核苷酸。

在某些实施方案中，含有茎和三元环的dsRNAi抑制剂分子的信使链的长度在27-39个核苷酸之间，并且dsRNAi抑制剂分子的引导链含有20-24个核苷酸，其中信使链和引导链形成18-24个核苷酸的双链体区。在某些实施方案中，信使链的长度为27-29个核苷酸，并且茎的长度为2或3个碱基对并含有一个或多个双环核苷酸。

在某些实施方案中，dsRNAi抑制剂分子包含(a)含有茎和四元环并且长度为36个核苷酸的信使链，其中信使链的从5'-端开始的前20个核苷酸与引导链互补，并且信使链的后面16个核苷酸形成茎和四元环，和(b)长度为22个核苷酸并且在其3'-端具有两个核苷酸的单链突出端的引导链，其中引导链和信使链为不形成连续寡核苷酸的分开的链。

在某些实施方案中，dsRNAi抑制剂分子包含(a)含有茎和三元环并且长度为35个核苷酸的信使链，其中信使链的从5'-端开始的前20个核苷酸与引导链互补，并且信使链的后面16个核苷酸形成茎和三元环，和(b)长度为22个核苷酸并且在其3'-端具有两个核苷酸的单链突出端的引导链，其中引导链和信使链为不形成连续寡核苷酸的分开的链。

在某些实施方案中，核酸抑制剂分子是单链核酸抑制剂分子。单链核酸抑制剂分子是本领域已知的。例如，最近的努力证明了ssRNAi抑制剂分子的活性(参见例如，Matsui等人,Molecular Therapy,2016,24(5):946-55)。另外，反义分子已经用于降低特定靶基因的表达数十年。Pelechano和Steinmetz,Nature Review Genetics,2013,14:880-93。针对一系列靶标，已经在这些结构的共同主题上开发了多种变体。单链核酸抑制剂分子包括例如常规反义寡核苷酸、微小RNA、核糖酶、适体和ssRNAi抑制剂分子，所有它们都是本领域已知的。

在某些实施方案中，核酸抑制剂分子是具有14-50、16-30或15-25个核苷酸的ssRNAi抑制剂分子。在其他实施方案中，ssRNAi抑制剂分子具有18-22或20-22个核苷酸。在某些实施方案中，ssRNAi抑制剂分子具有20个核苷酸。在其他实施方案中，ssRNAi抑制剂分子具有22个核苷酸。在某些实施方案中，核酸抑制剂分子是抑制外源RNAi抑制剂分子或天然miRNA的单链寡核苷酸。

在某些实施方案中，核酸抑制剂分子是具有8-80、12-50、12-30或12-22个核苷酸的单链反义寡核苷酸。在某些实施方案中，单链反义寡核苷酸具有16-20、16-18、18-22或18-20个核苷酸。

修饰

通常，修饰核酸抑制剂分子的多个核苷酸亚基以改善分子的各种特征，诸如对核酸酶的抗性或降低的免疫原性。参见例如，Bramsen等(2009),Nucleic Acids Res.,37,2867-2881。许多核苷酸修饰已用于寡核苷酸领域，特别是用于核酸抑制剂分子。此类修饰可以在核苷酸的任何部分(包括糖部分、磷酸酯键和核碱基)上进行。在核酸抑制剂分子的某些实施方案中，使用例如本领域已知和本文所述的2'-碳修饰，在糖部分的2'-碳上修饰一个至每个核苷酸。2'-碳修饰的典型实例包括但不限于2'-F、2'-O-甲基(“2'-OMe”或“2'-OCH₃”)、2'-O-甲氧基乙基(“2'-MOE”或“2'-OCH₂CH₂OCH₃”)。如本文所述，修饰也可以发生在核苷酸的糖部分的其他部分，诸如5'-碳。

在某些实施方案中，糖部分的环结构被修饰，包括但不限于锁核酸(“LNA”)(参见例如，Koshkin等人(1998),Tetrahedron,54,3607-3630)；桥联核酸(“BNA”)(参见例如，美国专利号7,427,672和Mitsuoka等人(2009),Nucleic Acids Res.,37(4):1225-38)；解锁核酸(“UNA”)(参见例如，Snead等人(2013),Molecular Therapy–Nucleic Acids,2,e103(doi:10.1038/mtna.2013.36))。

修饰核碱基包括在1'-位的除腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶以外的核碱基，如本领域已知的和如本文所述的。在某些实施方案中，修饰或通用核碱基为含氮碱基。在某些实施方案中，修饰核碱基不含氮原子。参见例如，美国公布的专利申请号20080274462。在某些实施方案中，修饰核苷酸不含核碱基(无碱基)。修饰核碱基的典型实例为5'-甲基胞嘧啶。

RNA和DNA的天然存在的核苷酸间键是3'至5'磷酸二酯键。修饰磷酸二酯键包括如本领域已知的和如本文所述的非天然存在的核苷酸间连接基团，包括含磷原子的核苷酸间键和不含磷原子的核苷酸间键。通常，核酸抑制剂分子含有一个或多个如本文所述的含磷的核苷酸间连接基团。在其他实施方案中，核酸抑制剂分子的一个或多个核苷酸间连接基团是如本文所述的不含磷键。在某些实施方案中，核酸抑制剂分子含有一个或多个含磷的核苷酸间连接基团和一个或多个不含磷的核苷酸间连接基团。

在某些实施方案中，双链核酸抑制剂分子含有至少一个硫代磷酸酯核苷酸间连接基团。在某些实施方案中，双链核酸抑制剂分子含有少于10个，诸如少于5个硫代磷酸酯核苷酸间连接基团。在某些实施方案中，双链核酸抑制剂分子含有4个硫代磷酸酯核苷酸间连接基团。

核酸抑制剂分子的5'-端可以包含天然取代基，诸如羟基或磷酸酯基团。在某些实施方案中，羟基连接至核酸抑制剂分子的5'-末端。在某些实施方案中，磷酸酯基团连接至核酸抑制剂分子的5'-末端。通常，在寡核苷酸合成之前将磷酸酯添加至单体。在其他实施方案中，在例如通过细胞溶质Clp1激酶将核酸抑制剂分子引入细胞溶胶中之后自然地完成5'-磷酸化。在一些实施方案中，5'-末端磷酸酯是诸如以下的磷酸酯基团：5'-单磷酸酯[(HO)₂(O)P-O-5']、5'-二磷酸酯[(HO)₂(O)P-O-P(HO)(O)-O-5']或5'-三磷酸酯[(HO)₂(O)P-O-(HO)(O)P-O-P(HO)(O)-0-5']。

也可以修饰核酸抑制剂分子的5'-端。例如，在一些实施方案中，将核酸抑制剂分子的5'端连接至氨基磷酸酯[(ΗΟ)₂(O)Ρ-ΝΗ-5′、(ΗΟ)(ΝΗ₂)(O)Ρ-O-5′]。在某些实施方案中，将核酸抑制剂分子的5'-端连接至磷酸酯模拟物。合适的磷酸酯模拟物包括5'-膦酸酯，诸如5'-亚甲基膦酸酯(5'-MP)、5'-(E)-乙烯基膦酸酯(5'-VP)。Lima等人,Cell,2012,150-883-94；WO2014/130607。其他合适的磷酸酯模拟物包括与寡核苷酸的5'-末端核苷酸的糖部分(例如，核糖或脱氧核糖或其类似物)的4'-碳结合的4'-磷酸酯类似物，如PCT国际公开号WO2018/045317中所述，所述专利以引用的方式整体并入本文。例如，在一些实施方案中，核酸抑制剂分子的5'-端连接至氧甲基膦酸酯，其中氧甲基的氧原子与糖部分或其类似物的4'-碳结合。在其他实施方案中，磷酸盐类似物是硫代甲基膦酸酯或氨基甲基膦酸酯，其中硫代甲基的硫原子或氨基甲基的氮原子与糖部分或其类似物的4'-碳键合。

在某些实施方案中，核酸抑制剂分子包含一个或多个脱氧核糖核苷酸。通常，核酸抑制剂分子含有少于5个的脱氧核糖核苷酸。在某些实施方案中，核酸抑制剂分子包含一个或多个核糖核苷酸。在某些实施方案中，核酸抑制剂分子的所有核苷酸为核糖核苷酸。

在某些实施方案中，核酸抑制剂分子的一个或两个核苷酸被谷胱甘肽敏感部分可逆地修饰。通常，谷胱甘肽敏感部分位于糖部分的2'-碳并且包括磺酰基。在某些实施方案中，谷胱甘肽敏感部分与亚磷酰胺寡核苷酸合成法相容，如例如PCT国际公开号WO2018/039364中所述，所述专利以引用的方式整体并入本文。在某些实施方案中，核酸抑制剂分子的超过两个核苷酸被谷胱甘肽敏感部分可逆地修饰。在某些实施方案中，大多数核苷酸被谷胱甘肽敏感部分可逆地修饰。在某些实施方案中，核酸抑制剂分子的所有或基本上所有核苷酸被谷胱甘肽敏感部分可逆地修饰。

至少一个谷胱甘肽敏感部分通常位于单链核酸抑制剂分子的5'-或3'-末端核苷酸，或双链核酸抑制剂分子的信使链或引导链的5'-或3'-末端核苷酸。然而，至少一个谷胱甘肽敏感部分可以位于核酸抑制剂分子中的感兴趣的任何核苷酸处。

在某些实施方案中，核酸抑制剂分子被完全修饰，其中有义和/或反义链的每个核苷酸均被修饰；通常，每个核苷酸在糖部分的2'-位被修饰。在某些实施方案中，完全修饰的核酸抑制剂分子不含有可逆修饰。在一些实施方案中，单链核酸抑制剂分子或双链核酸抑制剂分子的引导链的至少一个，诸如至少两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个核苷酸被修饰。在一些实施方案中，双链核酸抑制剂分子的信使链的至少一个，诸如至少两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个或36个核苷酸被修饰。

在某些实施方案中，完全修饰的核酸抑制剂分子被一个或多个可逆的谷胱甘肽敏感部分修饰。在某些实施方案中，核酸抑制剂分子的基本上所有核苷酸被修饰。在某些实施方案中，核酸抑制剂分子的超过一半的核苷酸被除可逆修饰以外的化学修饰修饰。在某些实施方案中，核酸抑制剂分子的少于一半的核苷酸被除可逆修饰以外的化学修饰修饰。修饰可以在核酸抑制剂分子上成组发生，或者可以散布不同的修饰核苷酸。

在核酸抑制剂分子的某些实施方案中，一个至每个核苷酸在2'-碳上被修饰。在某些实施方案中，核酸抑制剂分子(或其有义链和/或反义链)被2'-F、2'-O-Me和/或2'-MOE部分或完全修饰。在核酸抑制剂分子的某些实施方案中，一个至每个磷原子被修饰并且一个至每个核苷酸在糖部分的2'-碳上被修饰。

在某些实施方案中，核酸抑制剂分子含有一个或多个双环核苷酸。本文公开的含有三元环和四元环的双链核酸抑制剂分子含有有义链和反义链，并且在某些实施方案中，可以在存在于有义链中的茎环结构的茎部分中含有至少一个双环核苷酸，如2018年4月13日提交的美国临时申请号62/657,428中；2018年12月12日提交的美国临时申请号62/778,755；以及2018年12月12日提交的美国临时申请号62/778,759中所述的；所述临时申请中的每一个以引用的方式整体并入本文。

双环核苷酸包含双环糖部分。在某些实施方案中，双环糖部分包含4至7个成员的第一环和形成北型糖构型(North-type sugar confirmation)的桥，所述桥连接糖部分的第一环的任何两个原子以形成第二环。在某些实施方案中，桥连接第一环的2'-碳和4'-碳以形成第二环。

通常，桥含有2至8个原子。在某些实施方案中，桥含有3个原子。在某些实施方案中，桥含有4个原子。在某些实施方案中，桥含有5个原子。在某些实施方案中，桥含有6个原子。在某些实施方案中，桥含有7个原子。在某些实施方案中，桥含有8个原子。在某些实施方案中，桥含有超过8个原子。

在某些实施方案中，双环糖部分是取代的呋喃糖基，其包含连接呋喃糖基的2'-碳和4'-碳以形成第二环的桥。在某些实施方案中，双环核苷酸具有式I的结构：

其中B为核碱基；

其中G为H、OH、NH₂、C₁-C₆烷基、C₂-C₆烯基、C₂-C₆炔基、取代的C₁-C₆烷基、取代的C₂-C₆烯基、取代的C₂-C₆炔基、酰基、取代的酰基、取代的酰胺、硫醇或取代的硫代；

其中X为O、S或NR₁，其中R₁为H、C₁-C₆烷基、C₁-C₆烷氧基、苯或嵌二萘；并且

其中W_a和W_b各自独立地为H、OH、羟基保护基、磷部分或将由式I表示的核苷酸连接至另一核苷酸或寡核苷酸的核苷酸间连接基团，并且其中W_a或W_b中的至少一个为将由式I表示的核苷酸连接至寡核苷酸的核苷酸间连接基团。

在式I的某些实施方案中，G为H并且X为NR₁，其中R₁为苯或嵌二萘。在式I的某些实施方案中，G为H并且X为S。

在式I的某些实施方案中，G为H并且X为O：

在式I的某些实施方案中，G为H并且X为NR₁，其中R₁为H、CH₃或OCH_3：

在式I的某些实施方案中，G为OH或NH₂并且X为O。

在式I的某些实施方案中，G为OH并且X为O：

在式I的某些实施方案中，G为NH₂并且X为O：

在式I的某些实施方案中，G为CH₃或CH₂OCH₃并且X为O。在式I的某些实施方案中，G为CH₃并且X为O：

在式I的某些实施方案中，G为CH₂OCH₃并且X为O：

在某些实施方案中，双环核苷酸具有式II的结构：

其中B为核碱基；

其中Q₁为CH₂或O；

其中X为CH₂、O、S或NR₁、其中R₁为H、C₁-C₆烷基、C₁-C₆烷氧基、苯或嵌二萘；

其中如果Q₁为O，则X为CH₂；

其中如果Q₁为CH₂，则X为CH₂、O、S或NR₁，其中R₁为H、C₁-C₆烷基、C₁-C₆烷氧基、苯或嵌二萘；

其中W_a和W_b各自独立地为H、OH、羟基保护基、磷部分或将由式II表示的核苷酸连接至另一核苷酸或寡核苷酸的核苷酸间连接基团，并且其中W_a或W_b中的至少一个为将由式II表示的核苷酸连接至寡核苷酸的核苷酸间连接基团。

在式II的某些实施方案中，Q₁为O并且X为CH₂：

在式II的某些实施方案中，Q₁为CH₂并且X为O：

在式II的某些实施方案中，Q₁为CH₂并且X为NR₁，其中R₁为H、CH₃或OCH₃：

在式II的某些实施方案中，Q₁为CH₂并且X为NH：

在某些实施方案中，双环核苷酸具有式III的结构：

其中B为核碱基；

其中Q₂为O或NR₁，其中R₁为H、C₁-C₆烷基、C₁-C₆烷氧基、苯或嵌二萘；

其中如果Q₂为O，则X为NR₁；

其中如果Q₂为NR₁，则X为O或S；

其中W_a和W_b各自独立地为H、OH、羟基保护基、磷部分或将由式III表示的核苷酸连接至另一核苷酸或寡核苷酸的核苷酸间连接基团，并且其中W_a或W_b中的至少一个为将由式III表示的核苷酸连接至寡核苷酸的核苷酸间连接基团。

在式III的某些实施方案中，Q₂为O并且X为NR₁。在式III的某些实施方案中，Q₂为O并且X为NR₁，其中R₁为C₁-C₆烷基。在式III的某些实施方案中，Q₂为O并且X为NR₁并且R₁为H或CH₃。

在式III的某些实施方案中，Q₂为O并且X为NR₁并且R₁为CH₃：

在式III的某些实施方案中，Q₂为NR₁并且X为O。在式III的某些实施方案中，Q₂为NR₁、其中R₁为C₁-C₆烷基并且X为O。

在式III的某些实施方案中，Q₂为NCH₃并且X为O：

在某些实施方案中，双环核苷酸具有式IV的结构：

其中B为核碱基；

其中P₁和P₃为CH₂，P₂为CH₂或O并且P₄为O；并且

其中W_a和W_b各自独立地为H、OH、羟基保护基、磷部分或将由式IV表示的核苷酸连接至另一核苷酸或寡核苷酸的核苷酸间连接基团，并且其中W_a或W_b中的至少一个为将由式IV表示的核苷酸连接至寡核苷酸的核苷酸间连接基团。

在式IV的某些实施方案中，P₁、P₂和P₃为CH₂，并且P₄为O：

在式IV的某些实施方案中，P₁和P₃为CH₂，P₂为O并且P₄为O：

在某些实施方案中，双环核苷酸具有式Va或Vb的结构：

其中B为核碱基；

其中r1、r2、r3和r4各自独立地为H、卤素、C₁-C₁₂烷基、取代的C₁-C₁₂烷基、C₂-C₁₂烯基、取代的C₂-C₁₂烯基、C₂-C₁₂炔基；取代的C₂-C₁₂炔基；C₁-C₁₂烷氧基；取代的C₁-C₁₂烷氧基、OT₁、ST₁、SOT₁、SO₂T₁、NT₁T₂、N3、CN、C(═O)OT₁、C(═O)NT₁T₂、C(═O)T₁、O─C(═O)NT₁T2、N(H)C(═NH)NT₁T₂、N(H)C(═O)NT₁T₂或N(H)C(═S)NT₁T₂，其中T1和T2中的每一个独立地为H、C₁-C₆烷基或取代的C₁-C₁₆烷基；或

r1和r2或r3和r4一起为═C(r5)(r6)，其中r5和r6各自独立地为H、卤素、C₁-C₁₂烷基或取代的C₁-C₁₂烷基；并且

其中W_a和W_b各自独立地为H、OH、羟基保护基、磷部分或将由式V表示的核苷酸连接至另一核苷酸或寡核苷酸的核苷酸间连接基团，并且其中W_a或W_b中的至少一个为将由式V表示的核苷酸连接至寡核苷酸的核苷酸间连接基团。

在某些实施方案中，双环糖部分是取代的呋喃糖基，其包含连接呋喃糖基的2'-碳和4'-碳以形成第二环的桥，其中连接呋喃糖基的2'-碳和4'-碳的桥包括但不限于：

a)4'-CH₂-O-N(R)-2'和4'-CH₂-N(R)-O-2'，其中R为H、C₁-C₁₂烷基或保护基，包括例如4'-CH₂-NH-O-2'(也称为BNA^NC)、4'-CH₂-N(CH₃)-O-2'(也称为BNA^NC[NMe])(如美国专利号7,427,672中所述，所述专利以引用的方式整体并入本文)；

b)4'-CH₂-2'；4'-(CH₂)₂-2'；4'-(CH₂)₃-2'；4'-(CH₂)-O-2'(也称为LNA)；4'-(CH₂)-S-2'；4'-(CH₂)₂-O-2'(也称为ENA)；4'-CH(CH₃)-O-2'(也称为cEt)；和4'-CH(CH₂OCH₃)-O-2'(也称为cMOE)及其类似物(如美国专利号7,399,845中所述，所述专利以引用的方式整体并入本文)；

c)4'-C(CH₃)(CH₃)-O-2'及其类似物(如美国专利号8,278,283中所述，所述专利以引用的方式整体并入本文)；

d)4'-CH₂-N(OCH₃)-2'及其类似物(如美国专利号8,278,425中所述，所述专利以引用的方式整体并入本文)；

e)4'-CH₂-O-N(CH₃)-2'及其类似物(如美国专利公开号2004/0171570中所述，所述专利以引用的方式整体并入本文)；

f)4'-CH₂-C(H)(CH₃)-2'及其类似物(如Chattopadhyaya等人,J.Org.Chem.,2009,74,118-34中所述，所述文献以引用的方式整体并入本文)；以及

g)4'-CH₂-C(═CH₂)-2'及其类似物，如美国专利号8,278,426中所述，所述专利以引用的方式整体并入本文)。

在某些实施方案中，双环核苷酸(BN)是以下中的一种或多种：(a)亚甲氧基BN，(b)亚乙氧基BN，(c)氨基氧基BN；(d)氧基氨基BN，(e)甲基(亚甲氧基)BN(也称为受限乙基或cET)，(f)亚甲基-硫代BN，(g)亚甲基氨基BN，(h)甲基碳环BN和(i)丙烯碳环BN，如下所示。

在上文(a)至(i)的双环核苷酸中，B为核碱基，R₂为H或CH₃并且W_a和W_b各自独立地为H、OH、羟基保护基、磷部分或将双环核苷酸连接至另一核苷酸或寡核苷酸的核苷酸间连接基团，并且其中W_a或W_b中的至少一个为将双环核苷酸连接至寡核苷酸的核苷酸间连接基团。

在氧基氨基BN(d)的一个实施方案中，R₂为CH₃，如下(也称为BNA^NC[NMe])：

在某些实施方案中，双环糖部分和掺入所述双环糖部分的双环核苷酸通过异构构型进一步定义。在某些实施方案中，双环糖部分或核苷酸处于α-L构型。在某些实施方案中，双环糖部分或核苷酸处于β-D构型。例如，在某些实施方案中，双环糖部分或核苷酸包含呈α-L构型的2'O,4'-C-亚甲桥(2'-O-CH₂-4')(α-L LNA)。在某些实施方案中，双环糖部分或核苷酸处于R构型。在某些实施方案中，双环糖部分或核苷酸处于S构型。例如，在某些实施方案中，双环糖部分或核苷酸包含呈S构型的4'-CH(CH₃)-O-2'桥(即，cEt)。

β-连环蛋白核酸抑制剂

如本文所公开的，可以将β-连环蛋白核酸抑制剂分子与IDO抑制剂和免疫疗法组合以治疗某些疾病或障碍，诸如Wnt激活的癌症。

β-连环蛋白核酸抑制剂分子是已知的，如例如在以下专利中所公开的：PCT国际申请号PCT/US2018/056317；美国公布的申请号2015/0291954和2015/0291956；美国申请号6,066,500；8,198,427；8,835,623或9,243,244，所有所述专利关于这些β-连环蛋白核酸抑制剂分子的公开内容以引用的方式并入。在某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是美国专利号9,243,244中公开的分子。在某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是PCT国际申请号PCT/US2018/056317中公开的分子，所述国际申请以引用的方式整体并入本文。

在某些实施方案中，本发明的β-连环蛋白核酸抑制剂分子是dsRNAi抑制剂分子，其中分子的双链区的长度在15-40个核苷酸之间。在这些实施方案的某些中，双链区域的长度在19-30、19-23或19-21个核苷酸之间。在这些实施方案的某些中，双链区域的长度为19、20、21、22、23、24、25或26个核苷酸。

在某些实施方案中，本发明的β-连环蛋白核酸抑制剂分子是dsRNAi抑制剂分子，其中有义链的长度在18与66个核苷酸之间。在某些实施方案中，有义链的长度在18与25个核苷酸之间。在某些实施方案中，有义链的长度为18、19、20、21、22、23或24个核苷酸。在这些实施方案的某些中，有义链的长度在25与45个核苷酸之间。在这些实施方案的某些中，有义链的长度在26与30个核苷酸之间。在这些实施方案的某些中，有义链的长度在27与29个核苷酸之间。在某些实施方案中，有义链的长度在30与40个核苷酸之间。在某些实施方案中，有义链的长度为36、37、38、39或40个核苷酸。在某些实施方案中，有义链的长度在25与30个核苷酸之间。在这些实施方案的某些中，有义链的长度在25、26或27个核苷酸之间。

在某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是dsRNAi抑制剂分子，其中反义链的长度在18与66个核苷酸之间。通常，反义链包含与靶基因mRNA中的序列充分互补的序列，以将核酸抑制剂分子的作用引导至靶基因。在某些实施方案中，反义链包含与靶基因mRNA中包含的序列完全互补的序列，其中完全互补序列的长度在18与40个核苷酸之间。在这些实施方案的某些中，反义链的长度在20与50个核苷酸之间。在某些实施方案中，反义链的长度在20与30个核苷酸之间。在某些实施方案中，反义链的长度为21、22、23、24、25、26、27或28个核苷酸。在某些实施方案中，反义链的长度在35与40个核苷酸之间。在这些实施方案的某些中，反义链的长度在36、37、38或39个核苷酸之间。

在某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是dsRNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在18-34个核苷酸之间的双链体区，其中有义链的长度为25-34个核苷酸，并且反义链的长度为26-38个核苷酸并且在其3'-末端包含1-5个单链核苷酸。在某些实施方案中，有义链为26个核苷酸，反义链为38个核苷酸并且在其3'-末端具有2个核苷酸的单链突出端且在其5'-末端具有10个核苷酸的单链突出端，并且有义链和反义链形成26个核苷酸的双链体区。在某些实施方案中，有义链为25个核苷酸，反义链为27个核苷酸并且在其3'-末端具有2个核苷酸的单链突出端，并且有义链和反义链形成25个核苷酸的双链体区。

在某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是dsRNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在19-21个核苷酸之间的双链体区，其中有义链的长度为19-21个核苷酸，并且反义链的长度为21-23个核苷酸并且在其3'-末端包含1-2个核苷酸的单链突出端。在某些实施方案中，有义链为21个核苷酸并且在其3'-端具有2个核苷酸的单链突出端，反义链是21个核苷酸并且在其3'-端具有2个核苷酸的单链突出端，并且有义链和反义链形成19个核苷酸的双链体区。在某些实施方案中，有义链为21个核苷酸，反义链为23个核苷酸并且在其3'-端具有2个核苷酸的单链突出端，并且有义链和反义链形成21个核苷酸的双链体区。

在一些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是包含茎和四元环或三元环的dsRNAi抑制剂分子。在某些实施方案中，dsRNAi抑制剂分子的有义链含有茎和四元环并且长度在34-40、26-36、26-30或34-36个核苷酸之间，并且dsRNAi抑制剂分子的反义链含有20-24个核苷酸，其中有义链和反义链形成18-24个核苷酸的双链体区。在某些实施方案中，dsRNAi抑制剂分子的有义链含有茎和三元环并且长度在33-39、27-29或33-35个核苷酸之间，并且dsRNAi抑制剂分子的反义链含有20-24个核苷酸，其中有义链和反义链形成18-24个核苷酸的双链体区。

在某些实施方案中，dsRNAi抑制剂分子包含(a)含有茎和四元环并且长度为36个核苷酸的有义链，其中有义链的从5'-端开始的前20个核苷酸与反义链互补，并且有义链的后面16个核苷酸形成茎和四元环，和(b)长度为22个核苷酸并且在其3'-端具有两个核苷酸的单链突出端的反义链，其中反义链和有义链为不形成连续寡核苷酸的分开的链。在某些实施方案中，有义链含有茎和四元环并且长度为26、28或30个核苷酸，并且茎含有一个或多个双环核苷酸并且长度为1、2或3个碱基对。

在某些实施方案中，dsRNAi抑制剂分子包含(a)含有茎和三元环并且长度为35个核苷酸的有义链，其中有义链的从5'-端开始的前20个核苷酸与反义链互补，并且有义链的后面15个核苷酸形成茎和三元环，和(b)长度为22个核苷酸并且在其3'-端具有两个核苷酸的单链突出端的反义链，其中反义链和有义链为不形成连续寡核苷酸的分开的链。在某些实施方案中，有义链含有茎和三元环并且长度为27或29个核苷酸，并且茎含有一个或多个双环核苷酸并且长度为2或3个碱基对。

在某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是常规反义寡核苷酸，其具有5'至3'方向的序列，所述序列包含靶核酸(例如，β-连环蛋白)的区段的反向互补序列。在某些实施方案中，反义寡核苷酸包含12-30、12-25、12-22、14-20、16-20或18-22个核苷酸。在某些实施方案中，反义寡核苷酸包含16-18个核苷酸。在某些实施方案中，反义寡核苷酸包含18-20个核苷酸。在其他实施方案中，反义寡核苷酸具有8-80或12-50个核苷酸。在某些实施方案中，反义寡核苷酸或其一部分与靶核酸(例如β-连环蛋白)或其特定部分完全互补。在某些实施方案中，反义寡核苷酸或其一部分与靶核酸(例如，β-连环蛋白)的至少12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个连续核苷酸互补。在某些实施方案中，反义寡核苷酸相对于靶核酸(例如，β-连环蛋白)或其部分含有不超过5、4、3、2或1个非互补核苷酸。有可能减少反义寡核苷酸的长度和/或引入错配碱基而不消除活性。

在某些实施方案中，本发明的β-连环蛋白核酸抑制剂分子是ssRNAi抑制剂分子。

在某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子的反义链包含SEQ ID NO:2的序列。在某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子的反义链由SEQ ID NO:2的序列组成。在某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是dsRNAi抑制剂分子并且有义链包含SEQID NO:1的序列。在某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是dsRNAi抑制剂分子并且有义链由SEQ ID NO:1的序列组成。在某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是dsRNAi抑制剂分子并且有义链包含SEQ ID NO:1的序列并且反义链包含SEQ ID NO:2的序列。在某些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是dsRNAi抑制剂分子，其中有义链由SEQ ID NO:1的序列组成并且反义链由SEQ ID NO:2的序列组成。

β-连环蛋白RNA的水平或活性可以通过本领域中现已知的或将来将开发的适合方法测定。可以了解的是，用于测量靶RNA和/或靶基因“表达”的方法可以取决于靶基因及其编码RNA的性质。例如，在靶β-连环蛋白RNA序列编码蛋白质的情况下，术语“表达”可以是指源自于β-连环蛋白基因(基因组或外源来源)的蛋白质或β-连环蛋白RNA/转录物。在此类情况下，可以通过直接测量β-连环蛋白RNA/转录物的量或通过测量β-连环蛋白蛋白质的量来测定靶β-连环蛋白RNA的表达。蛋白质可以在蛋白质测定中测量，例如通过染色或免疫印迹法测量，或者如果蛋白质催化可测量的反应，那么可以通过测量反应速率来进行测量。所有这些方法都是本领域已知的并且都可以使用。在要测量靶β-连环蛋白RNA水平的情况下，可以使用本领域公认的用于检测RNA水平的方法(例如，RT-PCR、RNA印迹等)。在靶向β-连环蛋白RNA中，可以在体外或体内或者细胞提取物中测量核酸抑制剂分子在降低受试者、组织、细胞中β-连环蛋白RNA或蛋白质水平方面的功效来确定β-连环蛋白相关表型(例如，疾病或障碍，例如，癌症或肿瘤形成、生长、转移、扩散等)减少的程度，如例如在国际申请号PCT/US2017/022510(其作为WO/2017/160983公布)中所公开的。上述测量法可以针对细胞、细胞提取物、组织、组织提取物或其他适合的源材料进行。

IDO抑制剂

吲哚胺2,3-双加氧酶(IDO)是一种具有两种同种型IDO1和IDO2的细胞内酶，其参与将必需氨基酸色氨酸转化为犬尿氨酸的代谢途径。IDO1在许多人癌症中表达，并且IDO1的过表达与多种癌症类型中的晚期癌症和癌症转移相关联。Munn,Front.Biosci.,2012,(Elite编)4:734-45。IDO1过表达还与减少T细胞浸润的免疫抑制肿瘤微环境相关联，从而导致对免疫疗法有抗性的非发炎或冷肿瘤。IDO2在某些实体瘤中过表达，并且还与免疫调节有牵连，色氨酸2,3-双加氧酶(TDO)也是如此，其是另一种色氨酸分解代谢酶，像IDO1和IDO2一样。Pendergast等人,Cancer Research,2017,77(24):6795-6811。因此，像抑制IDO一样，抑制TDO提供了另一种免疫调节策略，其可以与β-连环蛋白和IDO抑制组合使用以增强抗肿瘤活性。

近年来，IDO途径已成为开发新的抗癌药物的主要靶标。因此，多种IDO抑制剂是本领域已知的，包括例如以下文献中公开的那些：美国专利号9,850,249；9,789,094；9,790,169；9,771,370；9,765,018；9,758,492；9,675,571；9,624,188；9,617,272；9,598,422；9,499,497；9,174,942；9,073,875；8,951,536；8,846,726；和8,748,469；美国公布的申请号2006/0258719和2007/0185165，和PCT国际公布号WO2004/094409，以及Pendergast等人,Cancer Research,2017,77(24):6795-6811，所有所述文献均以引用的方式整体并入。

任何IDO抑制剂均可以用于本申请公开的方法和组合物中，包括本领域已知的那些。在某些实施方案中，IDO抑制剂包括但不限于艾卡哚司他(INCB24360)、吲哚莫德(NLG8189，亦称1-甲基-D-色氨酸)、BMS-986205、NLG802、HTI-1090、navoximod(NLG919)、PF-06840003、IOM2983、RG-70099、苯基苯磺酰肼(参见例如，Cheng等人,Bioorg Med ChemLett,2014,24:3403-06)、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、β-[3-苯并(b)噻吩基]-丙氨酸和6-硝基-D-色氨酸。

在某些实施方案中，IDO抑制剂是艾卡哚司他。在某些实施方案中，IDO抑制剂是吲哚莫德。在某些实施方案中，IDO抑制剂是BMS-986205。在某些实施方案中，IDO抑制剂是NLG802。在某些实施方案中，IDO抑制剂是HTI-1090。在某些实施方案中，IDO抑制剂是navoximod。在某些实施方案中，IDO抑制剂是PF-06840003。在某些实施方案中，IDO抑制剂是IOM2983。在某些实施方案中，IDO抑制剂是RG-70099。在某些实施方案中，IDO抑制剂是苯基苯磺酰肼。

通常，IDO抑制剂选择性地抑制IDO1。例如，艾卡哚司他、BMS-986205、PF-06840003和IOM2983选择性地靶向IDO1。在其他实施方案中，IDO抑制剂抑制IDO2。例如，已报道吲哚莫德间接抑制IDO2。Pendergast等人,Cancer Research,2017,77(24):6795-6811。在某些实施方案中，IDO抑制剂抑制IDO1和IDO2和/或TDO中的一种或多种。Navoximod例如抑制IDO1和TDO两者，但其对IDO1比对TDO具有多约20倍的选择性。Pendergast等人,CancerResearch,2017,77(24):6795-6811。在本文公开的方法和组合物的其他实施方案中，IDO抑制剂被TDO抑制剂替代。

免疫疗法

本文公开的方法和组合物涉及使用β-连环蛋白抑制剂、IDO抑制剂和免疫疗法(或免疫治疗剂)的组合疗法。免疫疗法是指增强免疫应答的方法。通常，在本文公开的方法中，增强了抗肿瘤免疫应答。在某些实施方案中，免疫疗法是指增强针对肿瘤或癌症的T细胞应答的方法。

在某些实施方案中，免疫疗法或免疫治疗剂靶向免疫检查点分子。某些肿瘤能够通过占用(co-opting)免疫检查点途径来逃避免疫***。因此，靶向免疫检查点已出现作为对抗肿瘤逃避免疫***和激活针对某些癌症的抗肿瘤免疫的能力的有效方法。Pardoll,Nature Reviews Cancer,2012,12:252-264。

在某些实施方案中，免疫检查点分子是减少参与对抗原的T细胞应答的信号的抑制性分子。例如，CTLA4在T细胞上表达，并通过与抗原呈递细胞上的CD80(亦称B7.1)或CD86(亦称B7.2)结合而在下调T细胞激活中发挥作用。PD-1是在T细胞上表达的另一种抑制性免疫检查点分子。PD-1限制了炎症应答过程中外周组织中T细胞的活性。此外，PD-1的配体(PD-L1或PD-L2)通常在许多不同肿瘤的表面上是上调的，从而导致肿瘤微环境中抗肿瘤免疫应答的下调。在某些实施方案中，抑制性免疫检查点分子是CTLA4或PD-1。在其他实施方案中，抑制性免疫检查点分子是PD-1的配体，诸如PD-L1或PD-L2。在其他实施方案中，抑制性免疫检查点分子是CTLA4的配体，诸如CD80或CD86。在其他实施方案中，抑制性免疫检查点分子是淋巴细胞激活基因3(LAG3)、杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)、T细胞膜蛋白3(TIM3)、半乳糖凝集素9(GAL9)或腺苷A2a受体(A2aR)。

靶向这些抑制性免疫检查点分子的拮抗剂可以用于增强针对某些癌症的抗原特异性T细胞应答。因此，在某些实施方案中，免疫疗法或免疫治疗剂是抑制性免疫检查点分子的拮抗剂。在某些实施方案中，抑制性免疫检查点分子是PD-1。在某些实施方案中，抑制性免疫检查点分子是PD-L1。在某些实施方案中，抑制性免疫检查点分子的拮抗剂是抗体并且优选是单克隆抗体。在某些实施方案中，抗体或单克隆抗体是抗CTLA4、抗PD-1、抗PD-L1或抗PD-L2抗体。在某些实施方案中，抗体是单克隆抗PD-1抗体。在某些实施方案中，抗体是单克隆抗PD-L1抗体。在某些实施方案中，单克隆抗体是抗CTLA4抗体和抗PD-1抗体的组合、抗CTLA4抗体和抗PD-L1抗体的组合或抗PD-L1抗体和抗PD-1抗体的组合。在某些实施方案中，抗PD-1抗体是派姆单抗

或纳武单抗

中的一种或多种。在某些实施方案中，抗CTLA4抗体是伊匹单抗

在某些实施方案中，抗PD-L1抗体是阿特珠单抗

阿维鲁单抗

或德瓦鲁单抗

中的一种或多种。

在某些实施方案中，免疫疗法或免疫治疗剂是针对CD80、CD86、LAG3、KIR、TIM3、GAL9或A2aR的拮抗剂(例如抗体)。在其他实施方案中，拮抗剂是抑制性免疫检查点分子的可溶性型式，诸如包含抑制性免疫检查点分子的细胞外结构域和抗体的Fc结构域的可溶性融合蛋白。在某些实施方案中，可溶性融合蛋白包含CTLA4、PD-1、PD-L1或PD-L2的细胞外结构域。在某些实施方案中，可溶性融合蛋白包含CD80、CD86、LAG3、KIR、TIM3、GAL9或A2aR的细胞外结构域。在一个实施方案中，可溶性融合蛋白包含PD-L2或LAG3的细胞外结构域。

在某些实施方案中，免疫检查点分子是放大参与对抗原的T细胞应答的信号的共刺激分子。例如，CD28是在T细胞上表达的共刺激受体。当T细胞通过其T细胞受体与抗原结合时，CD28与抗原呈递细胞上的CD80(亦称B7.1)或CD86(亦称B7.2)结合，以放大T细胞受体信号传导并促进T细胞激活。因为CD28与CTLA4结合相同的配体(CD80和CD86)，所以CTLA4能够抵消或调孔CD28介导的共刺激信号传导。在某些实施方案中，免疫检查点分子是选自CD28、诱导型T细胞共刺激物(ICOS)、CD137、OX40或CD27的共刺激分子。在其他实施方案中，免疫检查点分子是共刺激分子的配体，所述配体包括例如CD80、CD86、B7RP1、B7-H3、B7-H4、CD137L、OX40L或CD70。

靶向这些共刺激检查点分子的激动剂可以用于增强针对某些癌症的抗原特异性T细胞应答。因此，在某些实施方案中，免疫疗法或免疫治疗剂是共刺激检查点分子的激动剂。在某些实施方案中，共刺激检查点分子的激动剂是激动剂抗体并且优选是单克隆抗体。在某些实施方案中，激动剂抗体或单克隆抗体是抗CD28抗体。在其他实施方案中，激动剂抗体或单克隆抗体是抗ICOS、抗CD137、抗OX40或抗CD27抗体。在其他实施方案中，激动剂抗体或单克隆抗体是抗CD80、抗CD86、抗B7RP1、抗B7-H3、抗B7-H4、抗CD137L、抗OX40L或抗CD70抗体。

药物组合物

本公开提供了药物组合物，其包含治疗有效量的β-连环蛋白核酸抑制剂分子和药学上可接受的赋形剂。通常，β-连环蛋白核酸抑制剂分子不包含在与IDO抑制剂或免疫治疗剂相同的药物组合物中。然而，在某些实施方案中，包含β-连环蛋白核酸抑制剂分子和药学上可接受的赋形剂的药物组合物进一步包含治疗有效量的IDO抑制剂(例如，艾卡哚司他、吲哚莫德、BMS-986205、NLG802、HTI-1090、navoximod、PF-06840003、IOM2983、RG-70099、苯基苯磺酰肼、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、β-[3-苯并(b)噻吩基]-丙氨酸或6-硝基-D-色氨酸中的一种或多种)，和/或治疗有效量的免疫治疗剂，诸如抑制性免疫检查点分子的拮抗剂(例如，抗CTLA-4、抗PD-1或抗PD-L1抗体中的一种或多种)或共刺激检查点分子的激动剂。

这些药物组合物可以通过常规灭菌技术来灭菌或者可以进行无菌过滤。所得水性溶液可以按原样包装使用或者是冻干的，冻干制剂在施用之前与无菌水性赋形剂组合。制剂的pH通常在3与11之间、更优选在5与9之间或在6与8之间，并且最优选在7与8之间，诸如7至7.5。

本公开的药物组合物应用于治疗用途。因此，本公开的一个方面提供了药物组合物，其可以通过以下方式来治疗受试者，包括但不限于患有疾病或障碍的人：向所述受试者施用治疗有效量的本公开的药物组合物。通常，疾病或障碍是如本文所述的癌症。

在某些实施方案中，本公开的特征在于治疗有效量的如本文所述的药物组合物在制造用于治疗有需要的受试者的药物中的用途。通常，受试者患有如本文所述的癌症。

药学上可接受的赋形剂

通常，可用于本公开的药学上可接受的赋形剂是常规的。E.W.Martin的Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co.,Easton,PA,第15版(1975)描述了适于一种或多种治疗性组合物的药物递送的组合物和配制品。可以充当药学上可接受的赋形剂的材料的一些实例包括：糖，诸如乳糖、葡萄糖和蔗糖；淀粉，诸如玉米淀粉和马铃薯淀粉；纤维素及其衍生物，诸如羧甲基纤维素钠、乙基纤维素和乙酸纤维素；麦芽糖；明胶；赋形剂，诸如可可脂和栓剂蜡；油，诸如花生油、棉籽油、红花油、芝麻油、橄榄油、玉米油和大豆油；缓冲剂，诸如氢氧化镁和氢氧化铝；(等渗盐水；林格氏溶液(Ringer’ssolution))；乙醇；pH缓冲溶液；多元醇，诸如甘油、丙二醇、聚乙二醇等；以及其他用于药物配制品中的无毒可相容物质。

剂型

药物组合物可以与常规赋形剂一起配制用于任何预期的施用途径。

通常，将含有核酸抑制剂分子的本公开药物组合物配制成液体形式以例如通过皮下、肌内、静脉内或硬膜外注射用于肠胃外施用。

通常，含有免疫治疗剂，诸如抑制性免疫检查点分子的拮抗剂(例如，抗CTLA-4、抗PD-1或抗PD-L1抗体中的一种或多种)或共刺激检查点分子的激动剂的本公开药物组合物被配制成液体形式以例如通过皮下、肌内、静脉内或硬膜外注射用于肠胃外施用。

通常，含有IDO抑制剂诸如艾卡哚司他、吲哚莫德或BMS-986205的本公开药物组合物被配制用于肠内施用，包括例如口服施用。

适于肠胃外施用的剂型通常包含一种或多种适于肠胃外施用的媒介物，举例来说，包括无菌水性溶液，盐水，低分子量醇诸如丙二醇、聚乙二醇，植物油，明胶，脂肪酸酯，诸如如油酸乙酯等。肠胃外配制品可以含有糖、醇、抗氧化剂、缓冲剂、抑菌剂、使配制品与预期接受者的血液等渗的溶质、或悬浮或增稠剂。可以例如通过使用表面活性剂来保持适当的流动性。液体配制品可以冻干并储存以供后来在用无菌可注射液重构后使用。

药物组合物也可以配制用于其他施用途径，包括局部或透皮施用、直肠或***施用、眼内施用、鼻内施用、颊内施用或舌下施用。

递送剂

β-连环蛋白核酸抑制剂分子可以与其他分子、分子结构或化合物混合物混合、囊封、缀合或以其它方式缔合以有助于摄取、分布和/或吸收，所述其他分子、分子结构或化合物混合物包括例如脂质体和脂质，诸如美国专利号6,815,432、6,586,410、6,858,225、7,811,602、7,244,448和8,158,601中公开的那些；聚合物材料，诸如美国专利号6,835,393、7,374,778、7,737,108、7,718,193、8,137,695和美国公布的专利申请号2011/0143434、2011/0129921、2011/0123636、2011/0143435、2011/0142951、2012/0021514、2011/0281934、2011/0286957和2008/0152661中公布的那些；衣壳、类壳体(capsoid)或受体靶向分子。

在某些实施方案中，将β-连环蛋白核酸抑制剂分子配制在脂质纳米颗粒(LNP)中。脂质-核酸纳米颗粒通常在脂质与核酸混合形成复合物时自发形成。根据所需的粒度分布，可以使用例如热桶挤出机(诸如

挤出机(Northern Lipids,Inc)将所得的纳米颗粒混合物任选地挤出通过聚碳酸酯膜(例如100nm截止值)。为了制备用于治疗用途的脂质纳米颗粒，可能需要除去用于形成纳米颗粒的溶剂(例如，乙醇)和/或交换缓冲液，这可以通过例如透析或切向流过滤来实现。制备含有核酸干扰分子的脂质纳米颗粒的方法是本领域已知的，如例如美国公布的专利申请号2015/0374842和2014/0107178中所公开的。

在某些实施方案中，LNP包含核心脂质组分，其包含阳离子脂质体和聚乙二醇化脂质。LNP可以进一步包含一种或多种包膜脂质，诸如阳离子脂质、结构或中性脂质、固醇、聚乙二醇化脂质或其混合物。

用于LNP中的阳离子脂质是本领域已知的，如例如美国公布的专利申请号2015/0374842和2014/0107178中所论述的。通常，阳离子脂质是在生理pH下具有净正电荷的脂质。在某些实施方案中，阳离子脂质体是DODMA、DOTMA、DL-048或DL-103。在某些实施方案中，结构脂质是DSPC、DPPC或DOPC。在某些实施方案中，固醇是胆固醇。在某些实施方案中，聚乙二醇化脂质是DMPE-PEG、DSPE-PEG、DSG-PEG、DMPE-PEG2K、DSPE-PEG2K、DSG-PEG2K或DSG-MPEG。在一个实施方案中，阳离子脂质是DL-048，聚乙二醇化脂质是DSG-MPEG，并且一种或多种包膜脂质是DL-103、DSPC、胆固醇和DSPE-MPEG。参见例如，图13，其示出了可以用于配制β-连环蛋白核酸抑制剂分子的LNP的一个非限制性实施方案。

在某些实施方案中，将β-连环蛋白核酸抑制剂分子共价缀合至配体，所述配体引导寡核苷酸向感兴趣的组织的递送。已经探究了许多此类配体。参见例如，Winkler,Ther.Deliv.4(7):791-809(2013)。例如，可以将β-连环蛋白核酸抑制剂分子与一个或多个糖配体部分(例如，N-乙酰半乳糖胺(GalNAc))缀合，以引导寡核苷酸向肝脏中的摄入。参见例如，WO2016/100401。通常，将β-连环蛋白核酸抑制剂分子与三个或四个糖配体部分缀合。可以使用的其他配体包括但不限于甘露糖-6-磷酸、胆固醇、叶酸、转铁蛋白和半乳糖(对于其他具体的示例性配体参见例如，WO2012/089352)。通常，当寡核苷酸与配体缀合时，寡核苷酸以裸寡核苷酸形式施用，其中寡核苷酸也没有配制在LNP或其他保护性包衣中。在某些实施方案中，裸寡核苷酸内的每个核苷酸在糖部分的2'-位通常被2'-F、2'-OMe和/或2'-MOE修饰。

施用/治疗的方法

本文所述的含有β-连环蛋白核酸抑制剂分子或免疫治疗剂的药物组合物通常肠胃外施用。含有β-连环蛋白核酸抑制剂分子的药物组合物通常静脉内或皮下施用。含有免疫治疗剂的药物组合物通常静脉内施用。含有IDO抑制剂(诸如艾卡哚司他、吲哚莫德或BMS-986205)的药物组合物通常口服施用。然而，本文公开的药物组合物也可以通过本领域已知的任何方法施用，包括例如含服、舌下、直肠、***、尿道内，局部，眼内，鼻内和/或耳内，所述施用可以包括片剂、胶囊、颗粒剂、水性悬浮液、凝胶、喷剂、栓剂、药膏、软膏等。

在某些实施方案中，本文公开的药物组合物可以用于治疗或预防与Wnt激活的疾病或障碍诸如癌症相关的症状。在其他实施方案中，本文公开的药物组合物可以用于治疗或预防与非Wnt激活的疾病或障碍诸如癌症相关的症状。

一个实施方案涉及治疗癌症的方法，其包括向受试者施用包含治疗有效量的β-连环蛋白核酸抑制剂分子的第一药物组合物、包含治疗有效量的IDO抑制剂的第二药物组合物和包含治疗有效量的免疫治疗剂的第三药物组合物。在一些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是RNAi抑制剂分子，其包括ssRNAi抑制剂分子或dsRNAi抑制剂分子。在一些实施方案中，IDO抑制剂是以下中的一种或多种：艾卡哚司他、吲哚莫德、BMS-986205、NLG802、HTI-1090、navoximod、PF-06840003、IOM2983、RG-70099、苯基苯磺酰肼、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、β-[3-苯并(b)噻吩基]-丙氨酸或6-硝基-D-色氨酸。在一个实施方案中，IDO抑制剂是艾卡哚司他。在一些实施方案中，免疫治疗剂是作为抑制性免疫检查点分子的拮抗剂或共刺激检查点分子的激动剂。在某些实施方案中，抑制性免疫检查点分子的拮抗剂是抗CTLA-4、抗PD-1、抗PD-L1抗体或其组合。

另一个实施方案涉及治疗癌症的方法，其包括向受试者施用包含治疗有效量的β-连环蛋白核酸抑制剂分子的第一药物组合物和包含治疗有效量的IDO抑制剂的第二药物组合物。在一些实施方案中，β-连环蛋白核酸抑制剂分子是RNAi抑制剂分子，其包括ssRNAi抑制剂分子或dsRNAi抑制剂分子。在一些实施方案中，IDO抑制剂是以下中的一种或多种：艾卡哚司他、吲哚莫德、BMS-986205、NLG802、HTI-1090、navoximod、PF-06840003、IOM2983、RG-70099、苯基苯磺酰肼、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、β-[3-苯并(b)噻吩基]-丙氨酸或6-硝基-D-色氨酸。在一个实施方案中，IDO抑制剂是艾卡哚司他。

此类癌症的非限制性实例包括胆道癌、膀胱癌、移行细胞癌、尿路上皮癌、脑癌、神经胶质瘤、星形细胞瘤、乳腺癌、化生性癌、***、宫颈鳞状细胞癌、直肠癌、结直肠癌、结肠癌、遗传性非息肉病结直肠癌、结直肠腺癌、胃肠道间质瘤(GIST)、子宫内膜癌、子宫内膜间质肉瘤、食道癌、食道鳞状细胞癌、食道腺癌、眼黑素瘤、葡萄膜黑素瘤、胆囊癌、胆囊腺癌、肾细胞癌、透明细胞肾细胞癌、移行细胞癌、尿路上皮癌、威尔姆氏肿瘤、白血病、急性淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓样白血病(AML)、慢性淋巴细胞(CLL)、慢性髓样(CML)、慢性骨髓单核细胞性(CMML)、肝癌(liver cancer)、肝癌(liver carcinoma)、肝细胞瘤、肝细胞癌、胆管癌、肝母细胞癌、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、间皮瘤、B细胞淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、前体T成淋巴细胞性淋巴瘤/白血病、外周T细胞淋巴瘤、多发性骨髓瘤、鼻咽癌(NPC)、神经母细胞瘤、口咽癌、口腔鳞状细胞癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰腺癌、胰腺导管腺癌、假***状赘生物、腺泡细胞癌。***癌、***腺癌、皮肤癌、黑素瘤、恶性黑素瘤、皮肤黑素瘤、小肠癌、胃癌(stomach cancer)、胃癌(gastric carcinoma)、胃肠道间质瘤(GIST)、子宫癌或子宫肉瘤。在某些实施方案中，本公开的特征在于治疗肝癌(liver cancer)、肝癌(livercarcinoma)、肝细胞瘤、肝细胞癌、胆管癌和肝母细胞瘤的方法。在治疗方法的某些实施方案中，癌症是结直肠癌、肝细胞癌或黑素瘤。

在治疗方法的某些实施方案中，在施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子和IDO抑制剂之前，癌症对免疫疗法没有响应，所述免疫疗法诸如抑制性免疫检查点分子的拮抗剂(例如抗CTLA-4、抗PD-1或抗PD-L1抗体中的一种或多种)或共刺激检查点分子的激动剂，诸如抗CD28抗体。

在治疗方法的某些实施方案中，癌症是转移性癌症。在治疗方法的某些实施方案中，癌症是黑素瘤。在某些实施方案中，黑素瘤是III或IV期黑素瘤。在某些实施方案中，癌症是非小细胞肺癌。在某些实施方案中，癌症是膀胱癌。在某些实施方案中，癌症是头颈部转移性或复发性鳞状细胞癌。在某些实施方案中，癌症是晚期尿路上皮细胞癌。在某些实施方案中，癌症是转移性胰腺癌。在某些实施方案中，癌症是晚期实体瘤。

在一些实施方案中，癌症与激活的Wnt/β-连环蛋白路径相关联。在其他实施方案中，癌症是非Wnt激活的癌症。在某些实施方案中，癌症过表达IDO1。在某些实施方案中，在施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子之前，受试者已被鉴定为患有Wnt激活的癌症或IDO的过表达。使用本领域技术人员可用的任何方法，可以将受试者鉴定为患有Wnt激活的癌症或IDO的过表达。然而，通常，通常分析来自受试者的样品以确定受试者是否患有Wnt激活的癌症或IDO的过表达。在某些实施方案中，样品包括组织、细胞、血液或尿液。在某些实施方案中，分析样品中的与激活的Wnt/β-连环蛋白途径、失活的Wnt/β-连环蛋白途径和/或非T细胞发炎表型相关联的一种或多种生物标志物。可以使用任何合适的测定或技术来分析任何适当的生物标志物，包括但不限于核酸(例如，mRNA)、蛋白质和肽。在某些实施方案中，生物标志物是与激活的Wnt/β-连环蛋白途径相关联的基因突变，诸如编码β-连环蛋白或APC或参与Wnt/β-连环蛋白途径的一种或多种其他组分的基因中的突变，诸如Axin、LEF和ICAT。

在某些实施方案中，Wnt激活的癌症对免疫疗法有抗性，但是对免疫疗法的抗性可以通过与β-连环蛋白核酸抑制剂分子和IDO抑制剂组合施用免疫疗法来逆转。

在一些实施方案中，本公开提供了加强针对癌症的体内免疫应答的方法，其包括以足以加强免疫疗法针对癌症的治疗效果或以其他方式使癌症对免疫疗法易感的量向患有癌症的受试者施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子和IDO抑制剂。通常，在施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子和IDO抑制剂之前，癌症与对免疫疗法有抗性的非T细胞发炎表型相关联，并且施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子和IDO抑制剂将非T细胞发炎表型转化为T细胞发炎表型，使得癌症对免疫疗法有应答。在某些实施方案中，受试者在用β-连环蛋白核酸抑制剂分子、IDO抑制剂和免疫疗法治疗后经历肿瘤消退。在某些实施方案中，对免疫疗法有抗性的癌症是Wnt激活的癌症。在某些实施方案中，对免疫疗法有抗性的癌症过表达IDO1。

通常，受试者在开始施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子和IDO抑制剂后开始服用免疫治疗剂。在其他实施方案中，，受试者在开始施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子和/或IDO抑制剂后时可能已经在服用免疫治疗剂。在又其他实施方案中，受试者可以大约同时开始免疫治疗剂和β-连环蛋白核酸抑制剂分子和/或IDO抑制剂的施用。

给药和方案

通常，β-连环蛋白核酸抑制剂分子和IDO抑制剂与免疫治疗剂分开施用，并且基于与其不同的方案施用。例如，当作为单一剂使用时，以每3周3mg/kg的推荐剂量经90分钟静脉内施用伊匹单抗(抗CTLA-4抗体)，共4个剂量。同样，当作为单一剂使用时，以每2周240mg(或3mg/kg)的推荐剂量经60分钟静脉内施用纳武单抗(抗PD-1抗体)。当将纳武单抗与伊匹单抗组合施用时，纳武单抗的推荐剂量为1mg/kg，经60分钟静脉内施用，随后在同一天以每3周3mg/kg的推荐剂量施用伊匹单抗，共4个剂量，然后以每2周240mg的推荐剂量施用纳武单抗。当使用派姆单抗作为单一剂时，通常将其以每3周200mg的推荐剂量经30分钟静脉内施用，直至疾病进展、不可接受的毒性或长达24个月而无疾病进展。

通常，将β-连环蛋白核酸抑制剂分子经肠胃外施用(诸如经由静脉内、肌内或皮下施用)。在某些实施方案中，以每天20微克至10毫克/千克接受者体重、100微克至5毫克/千克、0.25毫克至5.0毫克/千克或0.5至3.0毫克/千克的剂量施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子。通常，以每天约0.25至2.0毫克/千克接受者体重的剂量施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子。

可以每天或间歇性施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子。例如，β-连环蛋白核酸抑制剂分子的间歇性施用可以是每周1至6天、每月1至6天、每周一次、隔周一次、每月一次、隔月一次或每年一次或两次，或分成多个年剂量、月剂量、周剂量或日剂量的施用。通常，每周或每两周施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子。在一些实施方案中，间歇性给药可以意指以周期施用，所述周期具有初始优化的β-连环蛋白核酸抑制剂分子或免疫治疗剂施用，然后是不施用的休息期，长达一周、长达一个月、长达两个月、长达三个月或长达六个月或更长的时间)，或者可以意指隔数天、数周、数月或数年施用。

可以根据推荐剂量方案和施用途径来施用IDO抑制剂。通常，艾卡哚司他、吲哚莫德和BMS-986205口服施用。艾卡哚司他通常以约50-300mg的剂量，并且更通常地以约100mg的剂量施用，每日两次。吲哚莫德通常以约600-1500mg的剂量，并且更通常地以约1000-1200mg的剂量施用，每日两次。BMS-986205通常以约50-100mg的剂量，并且更通常地以约100mg的剂量施用，每日一次。

β-连环蛋白核酸抑制剂分子通常与免疫治疗剂和/或IDO抑制剂分开施用，并且基于其不同的方案施用。

β-连环蛋白核酸抑制剂分子、IDO抑制剂或免疫治疗剂的治疗有效量可能取决于施用途径和患者的身体特征(诸如受试者的大小和体重)，疾病进展或渗透的程度，受试者的年龄、健康状况和性别，并且可以根据这些因素和其他因素进行必要的调整。

实施例

实施例1：BCAT1构建体

构建了靶向β-连环蛋白基因的核酸抑制剂分子(“BCAT1”)。BCAT1具有26个碱基对的信使链和38个碱基对的引导链，它们形成由26个碱基对组成的双链体区。图12.引导链的5'-端由10个碱基对的单链突出端组成，并且引导链的3'-端由两个碱基对的单链突出端组成。图12.

将BCAT1构建体配制在EnCore脂质纳米颗粒(LNP)中。已经显示，LNP配制的BCAT1有效地将核酸有效载荷递送至多种肿瘤类型(参见下表I)，包括皮下、常位、播散性和转移性异种移植肿瘤、患者来源的异种移植物(PDX)和遗传工程化模型(GEM)。

表I：将BCAT1递送至各种肿瘤类型

阴性：HCT116、DLD1、HL60

实施例2：肿瘤研究

对6-8周龄的具有免疫能力的小鼠(C57BL/6或Balb/C)在右肩下皮下注射1.5x10⁶个B16F10或1.5x10⁶个4T1肿瘤细胞。每周2-3天测量一次肿瘤体积以监测肿瘤生长。当肿瘤达到约150-200mm³时开始给药。对于肿瘤生长抑制研究，将动物随机化并分配到不同的群组，并进行给药周期。将BCAT1配制的LNP或安慰剂(乱序的CTNNB1dsRNAi)配制的LNP经由侧尾静脉进行静脉内给予，总体积为10ml/kg。以10ml/kg的体积经腹膜内给予免疫疗法治疗(抗PD-1抗体)。以10ml/kg的总体积口服给予艾卡哚司他(IDO1抑制剂)。

小鼠细胞系B16F10和4T1细胞获自ATCC(Manassas,VA)，并且在补充有10％FBS的RPMI/DMEM培养基中生长。B16F10细胞是没有Wnt激活或IDO1激活的鼠类黑素瘤细胞系。4T1是具有Wnt激活和IDO1组成型激活的鼠乳腺细胞系。

在MMTV-Wnt小鼠模型中，具有MMTV-LTR的Wnt1的乳腺特异性过表达导致具有激活的Wnt/β-连环蛋白信号传导的自发性乳腺肿瘤。MMTV-Wnt乳腺肿瘤在出生后3-6个月内在小鼠中自发生长，伴有Wnt途径激活。

实施例3：抑制Wnt活性的4T1肿瘤中的β-连环蛋白

向Balb/C小鼠植入4T1肿瘤。在植入4T1肿瘤细胞后六天，在平均肿瘤大小为150-200mm³的情况下，将小鼠分选为两组，并在植入后第6和7天以及第12和13天以3mg/kg用安慰剂或BCAT1进行治疗，如图1A中所示。在最后一次剂量后48小时，收集肿瘤并通过免疫组织化学分析β-连环蛋白、CD8和IDO1蛋白水平。如图1B中所示，在两轮治疗后，BCAT1治疗降低了β-连环蛋白水平并且增加了CD8水平，但并未显著降低IDO1水平。

在另一项研究中，将4T1肿瘤细胞植入Balb/C小鼠中，并且在植入后4天，将小鼠随机分为两组并且用安慰剂或BCAT1进行治疗。在第4天和第5天以3mg/kg给小鼠施用两剂的安慰剂或BCAT1，如图1C中所示。然后在第9天和第10天重复此给药周期。通过测量治疗期过程中的肿瘤大小来监测肿瘤生长。用单独BCAT1治疗小鼠导致约40％的肿瘤生长抑制。图1C.

在另一项类似的研究中，在植入后的第6天和第7天以及第12天和第13天，以3mg/kg用PBS或BCAT1治疗携带4T1肿瘤的小鼠，如图2A中所示。在最后一次剂量后24小时收集肿瘤，并对其进行流式细胞术以测量由提取的肿瘤制备的单细胞悬液上的表面标志物。虽然PBS对照对肿瘤免疫微环境无显著影响，但BCAT1治疗导致细胞毒性T细胞(CD8)和多个检查点(PD-1、LAG-3和Tim-3)显著增加。图2B.BCAT1治疗显著增加了调控性T细胞(Treg)，所述调控性T细胞在调控或抑制免疫***的其他细胞中起重要作用。图2B.在免疫抑制性MDSC细胞上未观察到影响。图2B.

实施例4：抑制Wnt活性的4T1肿瘤中的IDO1

使用IDO1抑制剂艾卡哚司他(IDOi)在4T1肿瘤中进行了另一项功效研究。将携带4T1肿瘤的小鼠随机分为两组，并且在植入后第6天和第8天每日两次用媒介物或IDOi口服进行治疗，每剂量为100mg/kg，如图3A中所示。在最后一剂后48小时收集肿瘤，并对其进行免疫组织化学以检查β-连环蛋白、CD8和IDO1水平。100mg/kg的IDOi几乎完全降低了IDO1水平，但β-连环蛋白和CD8的水平仅被适度地改变。图3B.图3B.在一项相关研究中，在植入后第6天和第8天，以每天100mg/kg每日两次向携带4T1肿瘤的小鼠施用安慰剂或IDOi，如图3C中所示。通过测量治疗期过程中的肿瘤大小来监测肿瘤生长。用单独IDOi治疗小鼠导致肿瘤生长抑制，这表明，除了β-连环蛋白之外，4T1肿瘤还依赖于IDO1来进行肿瘤生长。图3C.

实施例5：与β-连环蛋白抑制和/或检查点抑制剂组合抑制Wnt活性4T1肿瘤中的IDO1

接下来，在4T1肿瘤中评估了使用BCAT1和IDOi或BCAT和检查点抑制剂(抗PD-1抗体)的组合疗法，或使用BCAT1、IDO1和抗PD-1抗体的三联组合疗法。将携带4T1肿瘤的小鼠分选为8组(n＝5)，并在植入后第4天和第6天用IDOi(口服，每剂量为100mg/kg)，以及在植入后第5天和第6天用BCAT1或安慰剂(静脉内，每剂量为3mg/kg)，然后在植入后第7天和第8天用抗PD-1抗体(腹膜内，每剂量为5mg/kg)进行每日两次预治疗，如图4C中所示。小鼠还接受了作为单一剂(图4A)和两种剂的组合(图4B)的BCAT1、IDOi和PD-1抗体。接受作为单一疗法的BCAT1、IDOi或抗PD1抗体的小鼠显示出适度的抗肿瘤功效。图4A.接受用BCAT1和抗PD-1抗体或BCAT1和IDOi的组合疗法的小鼠展示出肿瘤停滞，从而降低了肿瘤生长的速度。图4B.显著地，用所有三种剂(BCAT1、IDOi和抗PD-1抗体)治疗的小鼠均展示出肿瘤消退，如图4C中所示，在施用所有三种剂后，肿瘤体积开始明显的减少。值得注意的是，如图4C中所示，BCAT1、艾卡哚司他(IDOi)和抗PD-1抗体的三联组合的抗肿瘤作用显著优于在艾卡哚司他(IDOi)和抗PD-1抗体的双重组合的情况下所观察到的作用，所述双重组合目前正在III期研究中进行评价。

在研究结束时(在最后一次抗PD-1抗体治疗后72小时)，收集肿瘤并对其进行qPCR以分析某些T细胞标志物。与其他组相比，在接受三联组合治疗的小鼠中观察到CD8 mRNA存在大幅增加。图5A.FoxP3是称为Treg的免疫抑制性T细胞的标志物。当将抗PD-1抗体添加至安慰剂或BCAT1治疗后，Foxp3 mRNA水平增加。图5B.通过添加IDOi，这些水平返回到本底水平。图5B.尽管无意于受任何理论的束缚，这些mRNA数据表明BCAT1、IDOi和抗PD-1抗体的三联组合导致CD8 T细胞大幅增加和免疫抑制Treg水平降低，并且4T1肿瘤微环境内的T细胞群体的这些变化很可能有助于观察到的肿瘤消退。

实施例6：抑制非Wnt活性的B16F10肿瘤中的β-连环蛋白

向C57BL/6小鼠植入B16F10肿瘤。在B16F10肿瘤细胞植入后六天，在平均肿瘤大小为200mm³的情况下，将小鼠分选为两组，并在植入后第6天和第7天且在植入后第12天和第13天再次以3mg/kg用安慰剂或BCAT1进行治疗，如图6A中所示。在最后一剂后48小时，收集肿瘤并通过免疫组织化学分析β-连环蛋白、CD8和IDO1蛋白水平。如关于4T1肿瘤所观察到的，BCAT1治疗降低了β-连环蛋白的水平并提高了CD8的水平(图6B)。然而，与4T1肿瘤不同，BCAT1治疗降低了B16F10肿瘤中IDO1的水平。图6B.

在一项类似的研究中，将B16F10肿瘤细胞植入C57BL/6小鼠中，并且在植入后5天，将小鼠随机分为两组并且用安慰剂或BCAT1进行治疗。在第5天和第6天以3mg/kg给小鼠施用安慰剂或BCAT1，如图6C中所示。然后在第11天和第12天重复此给药周期。通过测量治疗期过程中的肿瘤大小来监测肿瘤生长。作为单一剂施用的BCAT1未显著抑制这些B16F10肿瘤中的肿瘤生长。图6C.

进行了一项类似的研究来监测在两轮BCAT1治疗后免疫细胞浸润物的水平。在植入后的第6天和第7天且在植入后的第12天和第13天再次以3mg/kg用PBS、安慰剂或BCAT1治疗B16F10肿瘤，如图7A中所示。在最后一剂后24小时收集肿瘤并对其进行流式细胞术。如图7B中所示，用BCAT1治疗后，CD8 T细胞和多个检查点(PD-1、LAG-3和Tim-3)升高。MDSC细胞群体未改变。图7B.与PBS相比，安慰剂治疗略微降低了Treg的水平，而BCAT1治疗并未显著改变Treg的水平(图7B)，这表明用BCAT1治疗B16F10肿瘤不显著改变免疫抑制MDSC和Treg细胞群体。

实施例7：抑制非Wnt活性的B16F10肿瘤中的IDO1

使用IDO抑制剂艾卡哚司他(IDOi)在B16F10肿瘤中进行了另一项功效研究。将携带B16F10肿瘤的小鼠随机分为两组，并且在植入后第7天和第9天用媒介物或IDOi口服进行每日两次治疗，每剂量为100mg/kg，如图8A中所示。在最后一次剂量后48小时收集肿瘤，并对其进行免疫组织化学以分析β-连环蛋白、CD8和IDO1水平。100mg/kg的IDOi几乎完全降低了IDO1水平。IDOi还降低了β-连环蛋白水平，并增加了CD8水平。图8B.

在一项类似的研究中，将B16F10肿瘤细胞植入C57BL/6小鼠中，并且在植入后7天，将小鼠随机分为两组并且在第7天和第9天用媒介物或IDOi进行治疗，每日两次，每剂量为100mg/kg，如图8C中所示。通过测量治疗期过程中的肿瘤大小来监测肿瘤生长。IDO1的耗竭不导致任何显著的肿瘤生长抑制。图8C.

实施例8：与β-连环蛋白抑制和/或检查点抑制剂组合抑制B16F10肿瘤中的IDO1

接下来，在B16F10肿瘤中评估了使用BCAT1和IDOi或BCAT和检查点抑制剂(抗PD-1抗体)的组合疗法，或使用BCAT1、IDOi和抗PD-1抗体的三联组合疗法。将200mm³时的携带B16F10肿瘤的小鼠分组并用单一剂或双重剂或三联剂进行治疗，如图9A-C中所示。在这些研究中，在植入后第6天和第8天用IDOi(口服，每次剂量为100mg/kg)、在植入后第7天和第8天用BCAT1或安慰剂(静脉内，每剂量为3mg/kg)，然后在植入后第9天和第10天用抗PD-1抗体(腹膜内，每剂量为5mg/kg)对小鼠进行治疗，每日两次，如图9A-C中所示。

单一剂在这些B16F10肿瘤中无效，BCAT1和IDO1的组合也无效(图9A-B)。与用单一剂的治疗相比，用BCAT1和抗PD-1抗体或IDOi和抗PD-1抗体的组合治疗的肿瘤显示出协同的肿瘤生长抑制。图9B-C.然而，与BCAT1+抗PD-1抗体或IDOi+抗PD1相比，向组合中添加第三剂(即BCAT、IDOi和抗PD-1抗体)似乎并未显著改善B16F10肿瘤生长抑制。图9B-C.由于BCAT1对B16F10肿瘤的治疗耗竭了IDO1的水平，并且没有改变免疫抑制MDSC和Treg，因此纳入IDOi似乎没有贡献任何附加益处。同样，IDOi作为单一剂降低了IDO1和β-连环蛋白水平。与该发现一致的是，IDOi与抗PD-1抗体的组合产生的功效与BCAT1和抗PD-1抗体组合类似。

实施例9：抑制Wnt活性的MMTV肿瘤模型中的β-连环蛋白

为了观察β-连环蛋白抑制对自发性肿瘤中T细胞浸润和IDO1水平的影响，使用了MMTV-Wnt1模型。在研究的第1、2和3天，用BCAT1对携带MMTV-Wnt肿瘤的小鼠进行治疗，每剂量为5mg/kg，如图10A中所示。在最后一次剂量后24小时收集肿瘤，并对其进行免疫组织化学以测定β-连环蛋白、CD8和IDO1水平。结果与在4T1肿瘤中所观察到的结果非常类似。β-连环蛋白水平降低，CD8水平增加并且IDO1水平未改变(图10B)。

在另一项研究中，在研究的第1、2、6和7天以3mg/kg用BCAT1治疗携带MMTV-Wnt肿瘤的小鼠，并且监测肿瘤生长。用单独BCAT1治疗小鼠导致约50％的肿瘤生长抑制(图10C)，这与在4T1肿瘤中所观察到的肿瘤减少类似。

实施例10：抑制Wnt活性的MMTV肿瘤模型中的IDO1

在单独的研究中，用IDO1抑制剂(IDOi)对携带MMTV肿瘤的小鼠进行治疗，每剂量为30mg/kg，每天两次，持续连续3天，如图11A中所示。在最后一次剂量后24小时收集肿瘤，并对其进行免疫组织化学以测定β-连环蛋白、CD8和IDO1水平。30mg/kg的IDOi几乎完全降低了IDO1水平，然而，在IDOi治疗后，β-连环蛋白和CD8水平增加(图11B)。

Claims

1.一种治疗受试者中的癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用：

治疗有效量的β-连环蛋白核酸抑制剂分子；

治疗有效量的吲哚胺2,3-双加氧酶(“IDO”)抑制剂；以及

治疗有效量的免疫治疗剂。

2.一种用于在治疗癌症中使用的包含β-连环蛋白核酸抑制剂分子的药物组合物，其中所述组合物与免疫治疗剂和IDO抑制剂组合施用。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述受试者是人。

4.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中所述癌症是Wnt激活的癌症。

5.如权利要求4所述的方法或组合物，其中所述癌症过表达IDO1。

6.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中所述IDO抑制剂包括艾卡哚司他、吲哚莫德、BMS-986205、NLG802、HTI-1090、navoximod、PF-06840003、IOM2983、RG-70099、苯基苯磺酰肼、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、β-[3-苯并(b)噻吩基]-丙氨酸或6-硝基-D-色氨酸。

7.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中所述IDO抑制剂是艾卡哚司他。

8.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中所述β- 连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子。

9.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在所述有义链与所述反义链之间、约15-45个核苷酸的互补区。

10.如权利要求9所述的方法或组合物，其中

a)所述有义链为15-45、18-26或19-21个核苷酸，并且所述反义链为15-45、18-26或19-21个核苷酸；

b)所述有义链为15-66个核苷酸，并且所述反义链为15-66个核苷酸；

c)所述有义链为25-40个核苷酸或19-25个核苷酸；

d)所述反义链为25-40个核苷酸或19-25个核苷酸；

e)所述有义链为19-25个核苷酸，并且所述反义链为19-25个核苷酸；

f)所述有义链为26-30或34-40个核苷酸并且含有茎和四元环，所述反义链为18-24个核苷酸，其中所述有义链和反义链形成18-24个核苷酸的双链体区；或者

g)所述有义链为27-29或33-39个核苷酸并且含有茎和三元环，并且所述反义链为18-24个核苷酸，其中所述有义链和反义链形成18-24个核苷酸的双链体区。

11.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在所述有义链与所述反义链之间、18-34个核苷酸的互补区，其中所述有义链的长度为25-36个核苷酸，并且所述反义链的长度为26-38个核苷酸并且在其3'-末端包含1-5个核苷酸的单链突出端。

12.如权利要求11所述的方法或组合物，其中所述双链RNAi抑制剂分子的所述反义链在其5'-末端进一步包含1-10个核苷酸的单链突出端。

13.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在所述有义链与所述反义链之间、20-30、21-26、19-24或19-21个核苷酸的互补区。

14.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在所述有义链与所述反义链之间、19个核苷酸的互补区，其中所述有义链的长度为21个核苷酸并且在其3'-末端包含2个核苷酸的单链突出端，并且其中所述反义链的长度为21个核苷酸并且在其3'-末端包含2个核苷酸的单链突出端。

15.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在所述有义链与所述反义链之间、21个核苷酸的互补区，其中所述有义链的长度为21个核苷酸，并且其中所述反义链的长度为23个核苷酸并且在其3'-末端包含2个核苷酸的单链突出端。

16.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在所述有义链与所述反义链之间、26个核苷酸的互补区，其中所述有义链的长度为26个核苷酸，并且其中所述反义链的长度为38个核苷酸并且在其3'-末端包含2个核苷酸的单链突出端且在其5'-末端包含10个核苷酸的单链突出端。

17.如权利要求9-13或16中任一项所述的方法或组合物，其中所述有义链包含SEQ IDNO:1的序列或由SEQ ID NO:1的序列组成。

18.如权利要求9-13、16或17中任一项所述的方法或组合物，其中所述反义链包含SEQID NO:2的序列或由SEQ ID NO:2的序列组成。

19.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子含有四元环或三元环。

20.如权利要求1-7中任一项所述的方法或组合物，其中所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子是常规反义寡核苷酸，其具有5'至3'方向的核苷酸序列，所述核苷酸序列包含人β-连环蛋白基因的区段的反向互补序列并且长度为12-30、12-25、12-22、14-20或18-22个核苷酸。

21.如权利要求20所述的方法或组合物，其中所述常规反义寡核苷酸的长度为16-18或18-20个核苷酸。

22.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中所述免疫治疗剂是抑制性免疫检查点分子的拮抗剂或共刺激检查点分子的激动剂。

23.如权利要求22所述的方法或组合物，其中所述免疫治疗剂是抑制性检查点的拮抗剂，并且所述抑制性检查点是PD-1或PD-L1。

24.如权利要求22或23所述的方法或组合物，其中所述抑制性免疫检查点分子的拮抗剂或所述共刺激检查点分子的激动剂是单克隆抗体。

25.如权利要求24所述的方法或组合物，其中所述单克隆抗体是抗CTLA-4单克隆抗体、抗PD-1单克隆抗体、抗PD-L1单克隆抗体或抗CTLA-4单克隆抗体与抗PD-1单克隆抗体的组合。

26.一种治疗人受试者中的癌症的方法，所述方法包括向所述人受试者施用：

治疗有效量的β-连环蛋白核酸抑制剂分子，其中所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在所述有义链与所述反义链之间、18-34个核苷酸的互补区，其中所述有义链的长度为19-36个核苷酸，并且所述反义链的长度为18-38个核苷酸并且在其3'-末端包含1-5个单链核苷酸；

治疗有效量的IDO抑制剂，其中所述IDO抑制剂包括艾卡哚司他、吲哚莫德、BMS-986205、NLG802、HTI-1090、navoximod、PF-06840003、IOM2983、RG-70099、苯基苯磺酰肼、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、β-[3-苯并(b)噻吩基]-丙氨酸或6-硝基-D-色氨酸；以及

治疗有效量的免疫治疗剂，其中所述免疫治疗剂包括抗CTLA-4单克隆抗体、抗PD-1单克隆抗体、抗PD-L1单克隆抗体或抗CTLA-4单克隆抗体与抗PD-1单克隆抗体的组合。

27.一种用于在治疗癌症中使用的包含β-连环蛋白核酸抑制剂分子的药物组合物，其中所述组合物与免疫治疗剂和IDO抑制剂组合施用，

其中β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在有义链与反义链之间、18-34个核苷酸的互补区，其中有义链的长度为19-36个核苷酸，并且反义链的长度为18-38个核苷酸并且在其3'-末端包含1-5个单链核苷酸，

其中所述免疫治疗剂是抗CTLA-4单克隆抗体、抗PD-1单克隆抗体、抗PD-L1单克隆抗体或抗CTLA-4单克隆抗体与抗PD-1单克隆抗体的组合，并且

其中所述IDO抑制剂包括艾卡哚司他、吲哚莫德、BMS-986205、NLG802、HTI-1090、navoximod、PF-06840003、IOM2983、RG-70099、苯基苯磺酰肼、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、β-[3-苯并(b)噻吩基]-丙氨酸或6-硝基-D-色氨酸。

28.如权利要求26或27所述的方法或组合物，其中所述IDO抑制剂是艾卡哚司他。

29.如权利要求26-28中任一项所述的方法或组合物，其中所述癌症是Wnt激活的癌症。

30.如权利要求29所述的方法或组合物，其中所述癌症过表达IDO1。

31.如权利要求26-30中任一项所述的方法或组合物，其中在所述有义链与所述反义链之间的所述互补区为21-26个核苷酸，其中所述有义链的长度为21-26个核苷酸，并且其中所述反义链的长度为23-38个核苷酸并且在其3'-末端包含1-2个核苷酸的单链突出端。

32.如权利要求31所述的方法或组合物，其中所述反义链在其5'-末端进一步包含1-10个核苷酸的单链突出端。

33.如权利要求26-30中任一项所述的方法或组合物，其中所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子是双链RNAi抑制剂分子，其包含有义链和反义链以及在所述有义链与所述反义链之间、26个核苷酸的互补区，其中所述有义链的长度为26个核苷酸，并且其中所述反义链的长度为38个核苷酸并且在其3'-末端包含2个核苷酸的单链突出端且在其5'-末端包含10个核苷酸的单链突出端。

34.如权利要求26-30中任一项所述的方法或组合物，其中所述有义链包含SEQ ID NO:1的序列或由SEQ ID NO:1的序列组成，并且所述反义链包含SEQ ID NO:2的序列或由SEQID NO:2的序列组成。

35.如权利要求26-30中任一项所述的方法，其中：

a)所述有义链为34-36个核苷酸并且含有茎和四元环，并且所述反义链为18-24个核苷酸，其中所述有义链和反义链形成18-24个核苷酸的双链体区；或者

b)所述有义链为33-35个核苷酸并且含有茎和三元环，并且所述反义链为18-24个核苷酸，其中所述有义链和反义链形成18-24个核苷酸的双链体区。

36.如权利要求26-30中任一项所述的方法或组合物，其中在所述有义链与所述反义链之间的所述互补区为19个核苷酸，其中所述有义链的长度为21个核苷酸并且在其3'-末端包含2个核苷酸的单链突出端，并且其中所述反义链的长度为21个核苷酸并且在其3'-末端包含2个核苷酸的单链突出端。

37.如权利要求26-30中任一项所述的方法或组合物，其中在所述有义链与所述反义链之间的所述互补区为21个核苷酸，其中所述有义链的长度为21个核苷酸，并且其中所述反义链的长度为23个核苷酸并且在其3'-末端包含2个核苷酸的单链突出端。

38.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子用脂质纳米颗粒配制。

39.如权利要求38所述的方法或组合物，其中所述脂质纳米颗粒包含阳离子脂质和聚乙二醇化脂质。

40.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中施用所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子、所述IDO抑制剂和所述免疫治疗剂减少了所述受试者中的癌症量。

41.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中在所述施用步骤之前，所述受试者已被鉴定为患有Wnt激活的癌症和/或过表达IDO1的癌症。

42.如前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法进一步包括在所述施用步骤之前，分析来自所述受试者的肿瘤样品以确定所述受试者是否患有Wnt激活的癌症或过表达IDO1的癌症的步骤。

43.如前述权利要求中任一项所述的方法或组合物，其中当所述免疫治疗剂不与所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子和所述IDO抑制剂组合施用时，所述Wnt激活的癌症对用所述免疫治疗剂的治疗有抗性。

44.一种加强免疫治疗剂对癌症的治疗效果的方法，所述方法包括以足以加强所述免疫治疗剂对所述癌症的治疗效果的量向患有所述癌症的受试者施用β-连环蛋白核酸抑制剂分子和IDO抑制剂。

45.如权利要求44所述的方法，其中所述癌症是Wnt激活的癌症。

46.如权利要求45所述的方法，其中所述癌症过表达IDO1。

47.如权利要求44-46中任一项所述的方法，其中在施用所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子和所述IDO抑制剂之前，所述癌症与对免疫疗法有抗性的非T细胞发炎表型相关联，并且其中施用所述β-连环蛋白核酸抑制剂分子和所述IDO抑制剂将非T细胞发炎表型转化为对免疫治疗剂有应答的T细胞发炎表型。

48.如权利要求44-47中任一项所述的方法，其中所述IDO抑制剂包括艾卡哚司他、吲哚莫德、BMS-986205、NLG802、HTI-1090、navoximod、PF-06840003、IOM2983、RG-70099、苯基苯磺酰肼、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、β-[3-苯并(b)噻吩基]-丙氨酸或6-硝基-D-色氨酸。

49.如权利要求48所述的方法，其中所述IDO抑制剂是艾卡哚司他。

50.如权利要求44-49中任一项所述的方法，其中所述免疫治疗剂是抑制性免疫检查点分子的拮抗剂或共刺激检查点分子的激动剂。

51.如权利要求50所述的方法或组合物，其中所述免疫治疗剂是抑制性检查点的拮抗剂，并且所述抑制性检查点是PD-1或PD-L1。

52.如权利要求50或51所述的方法，其中所述抑制性免疫检查点分子的拮抗剂或所述共刺激检查点分子的激动剂是单克隆抗体。

53.如权利要求52所述的方法，其中所述单克隆抗体是抗CTLA-4单克隆抗体、抗PD-1单克隆抗体、抗PD-L1单克隆抗体或抗CTLA-4单克隆抗体与抗PD-1单克隆抗体的组合。