CN111254196B - Inpp4b基因变异在预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性中的应用 - Google Patents

Abstract

本发明涉及临床分子诊断学领域，具体而言，涉及INPP4B基因变异在预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性中的应用，以及预测非小细胞肺癌患者肿瘤突变负荷程度中的应用。该方法有利于简化检测内容，降低患者检测成本，加快检测报告出具时间，且基因变异状态的检测更为可靠。

Description

INPP4B基因变异在预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制 剂疗法敏感性中的应用

技术领域

本发明涉及临床分子诊断学领域，具体而言，涉及INPP4B基因变异在预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性中的应用。

背景技术

肿瘤免疫治疗现已发展得如火如荼，其中免疫检查点抑制剂(immune checkpointinhibitor,ICI)更是近年肿瘤治疗领域的“明星”药物，已进入非小细胞肺癌一线治疗。虽然免疫检查点抑制剂效果不错，但整体客观缓解率(Objective Response Rate，ORR)依然只有20％左右，所以如何精准筛选获益人群成为临床医生迫切需要解决的问题。

PD-L1，TMB(肿瘤突变负荷，tumor mutational burden)以及MSI(微卫星不稳定，microsatellite instability)是三个获得FDA认可或NCCN指南推荐的免疫治疗生物标志物(biomarker)，但是这三个生物标志物各有优缺点。PD-L1作为免疫治疗biomarker应用最为广泛，PD-L1IHC检测也被FDA获准作为Pembrolizumab一线用药的伴随诊断。但是，多个临床试验结果显示PD-L1表达对免疫治疗疗效的预测能力并不一致，部分PD-L1阴性患者依然能从免疫治疗获益，且持续缓解时间并不逊于PD-L1阳性患者；TMB同样是非小细胞肺癌NCCN指南推荐的免疫治疗biomarker，但是鉴于不同公司或实验室对于TMB算法的不同，TMB阈值难以建立共识；MSI已经作为肿瘤关键biomarker让FDA同意基于MSI状态，而不是组织病理类型，进行用药治疗，但是肿瘤中MSI-H比例太低，临床推广有一定局限性。最重要的一点就是现有研究(纳入11348例实体瘤)发现，PD-L1阳性、TMB高表达以及MSI-H三者重叠率仅为0.6％，提示任一biomarker单用都会遗漏很多潜在免疫治疗获益人群。所以需要进一步探索免疫治疗biomarker。

随着二代测序在肿瘤精准治疗中的开展日益广泛，特定基因的体细胞突变被发现可能影响肿瘤免疫功能或对免疫治疗的响应，即提示特定体细胞突变可能是潜在的免疫治疗预测因子。EGFR突变和ALK重排是ICI免疫治疗不良预后的潜在预测因子。一项回顾性分析发现，这些患者中只有3.6％对ICI免疫治疗有反应，而EGFR野生型和ALK阴性或未知患者的反应率为23.3％。对包括使用PD-(L)1抑制剂治疗的3025名晚期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者的5项试验进行的荟萃分析发现，在EGFR突变的患者中，与多西他赛相比，总体生存率没有改善。EGFR突变或ALK重排的肺癌显示较低的PD-L1和CD8+T细胞浸润，这可能是ICI免疫治疗反应不佳的原因。除了EGFR和ALK的改变TP53和KRAS的协同突变以及同源重组修复和错配修复(HRR-MMR)或HRR和碱基切除修复(HRR-BER)的DNA损伤反应(DDR)通路中的协同突变被认为是ICI免疫治疗疗效较好的正向预测因子，而KRAS和STK11的协同突变与ICI免疫治疗不良预后有关。但是以上这些基因突变作为biomarker依然不能覆盖所有潜在免疫治疗获益人群，本领域仍然需要更高效、更准确地鉴定适用于免疫检查点抑制剂治疗的非小细胞肺癌患者的方法和工具。

PD-L1和TMB已被认为是用于选择对免疫检查点抑制剂治疗敏感的NSCLC患者的2个最常用预测生物标志物。然而，PD-L1检测由于不同抗PD-(L)1药物都有各自对应的PD-(L)1检测抗体和平台，导致缺乏统一的标准；另外PD-L1的表达具有动态变化的特点，导致PD-L1表达与免疫治疗效果之间的关系仍有一些争议；另一方面，虽然大量随机对照研究和大样本真实世界研究都已证实TMB与免疫疗效之间的相关性，但是TMB依然只能反映肿瘤突变数量，而不能提示肿瘤微环境的状态，且TMB检测对技术平台要求较高，工作周期较长，成本较高都制约其临床应用。

发明内容

为了实现本发明的上述目的，特采用以下技术方案：

本发明涉及INPP4B(Inositol Polyphosphate-4-Phosphatase Type II B)基因变异的检测剂在制备用于预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性的试剂盒中的应用，其中INPP4B基因变异的存在是所述非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感的指征。

本发明还涉及INPP4B基因变异的检测剂在制备用于预测非小细胞肺癌患者肿瘤突变负荷程度的试剂盒中的应用，其中INPP4B基因变异的存在是高肿瘤突变负荷的指征。

目前，NSCLC患者的免疫检查点抑制剂(ICI)治疗仅使用PD-L1和TMB作为适合治疗的生物标志物。然而，在通过PD-L1或TMB选择出的NSCLC患者中，客观响应率仍然只有大约20％左右，同时一些PD-L1阴性表达的NSCLC患者也报道为对ICI有响应。在本发明中，通过考虑INPP4B基因变异，能够准确预测NSCLC患者中对TMB程度，进而预测ICI敏感的群体，避免盲目用药，提高ICI治疗的经济性能。

本发明中筛选出INPP4B基因变异作为预测NSCLC患者中对ICI敏感的群体的生物标志物，相对于其他基因组合的共突变而言，预测结果更精准；且本发明中采用的INPP4B基因变异在实际应用中可以作为独立预测风险因素，提高检测效率。该方法有利于简化检测内容，降低患者检测成本，加快检测报告出具时间，且相比PD-L1免疫组化方法需要人工判读免疫组化片子以及TMB需要人为确定阈值这两点来说，且基因变异状态的检测更为可靠。

附图说明

为了更清楚地说明本发明具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本发明的一些实施方式，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。

图1为本发明一个实施例中INPP4B基因变异患者(MUT)与野生型患者(WT)肿瘤突变负荷(TMB)的比较；

图2为本发明一个实施例中INPP4B基因变异患者(MUT)与野生型患者(WT)PD-L1表达的比较；

图3为本发明一个实施例中INPP4B基因不同变异形式变异与野生型患者肿瘤突变负荷(TMB)的比较；

图4为本发明一个实施例中INPP4B基因变异位点分析图；

图5为本发明一个实施例中INPP4B基因变异患者(MUT)与野生型患者(WT)接受使用免疫检查点抑制剂的免疫疗法的疗效比较；

图6为本发明一个实施例中INPP4B基因变异患者(MUT)与野生型患者(WT)接受使用免疫检查点抑制剂后持续获益人群比例的比较；

图7为本发明一个实施例中Cox多因素回归分析与使用免疫检查点抑制剂的免疫疗法疗效相关的独立风险因素。

具体实施方式

现将详细地提供本发明实施方式的参考，其一个或多个实例描述于下文。提供每一实例作为解释而非限制本发明。实际上，对本领域技术人员而言，显而易见的是，可以对本发明进行多种修改和变化而不背离本发明的范围或精神。例如，作为一个实施方式的部分而说明或描述的特征可以用于另一实施方式中，来产生更进一步的实施方式。

因此，旨在本发明覆盖落入所附权利要求的范围及其等同范围中的此类修改和变化。本发明的其它对象、特征和方面公开于以下详细描述中或从中是显而易见的。本领域普通技术人员应理解本讨论仅是示例性实施方式的描述，而非意在限制本发明更广阔的方面。

本发明涉及INPP4B基因变异的检测剂在制备用于预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性的试剂盒中的应用，其中INPP4B基因变异的存在是所述非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感的指征。

本发明还涉及INPP4B基因变异的检测剂在制备用于预测非小细胞肺癌患者肿瘤突变负荷程度的试剂盒中的应用，其中INPP4B基因变异的存在是高肿瘤突变负荷的指征。

在一些实施方式中，INPP4B基因种属为哺乳动物；

在一些实施方式中，INPP4B基因种属为灵长类动物；

在一些实施方式中，INPP4B基因种属为人；Gene ID:8821NM_001101669.2。

上述，需要理解的是，本发明提供一种预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性的新标记物：INPP4B基因变异。经过临床研究证实，其在非小细胞肺癌患者中有INPP4B基因变异与无INPP4B基因变异患者TMB的程度发生统计学差异。且INPP4B基因变异的患者接受免疫治疗后预后明显好于INPP4B野生型患者。

如本文所用，术语“免疫检查点”是指免疫***中存在的一些抑制性信号通路。机体在正常情况下，免疫检查点可以通过调节自身免疫反应的强度来维持免疫耐受，然而机体在受到肿瘤侵袭时，免疫检查点的激活会抑制自身免疫，有利于肿瘤细胞的生长和逃逸。通过使用免疫检查点抑制剂，可以恢复机体正常的抗肿瘤免疫反应，从而控制和清除肿瘤。

本发明所述免疫检查点包括但不限于程序性死亡受体1(PD1)、PD-L1、细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4(CTLA-4)；也包括一些新发现的免疫检查点例如淋巴细胞活化基因3(LAG3)、CD160、T细胞免疫球蛋白和粘蛋白-3(TIM-3)、T细胞活化的V结构域免疫球蛋白抑制剂(VISTA)、腺苷A2a受体(A2aR)等等。

优选的免疫检查点抑制剂为PD1抑制剂和/或PD-L1抑制剂。

所述PD1抑制剂进一步可以选择为Nivolumab(OPDIVO；BMS-936558)、Pembrolizumab(MK-3475)、Jembrolizumab、lambrolizumab、Pidilizumab(CT-011)特瑞普利单抗(JS001)以及Ipilimumab中的一种或多种。

所述PD-L1抑制剂进一步可以选择为Atezolizumab(MPDL3280A)、JS003、Durvalumab、Avelumab、BMS-936559、MEDI4736以及MSB0010718C中的一种或多种。

术语“突变负荷”、“突变负荷”、“突变负荷(mutation burden)”和“突变负荷(mutational burden)”在本文中可互换使用。在肿瘤的背景下，突变负荷在本文中又称为“肿瘤突变负荷”、“肿瘤突变负荷”或“TMB”。

在本发明中，基因变异可以包括点突变(point mutation)和片段突变(fragmentmutation)；点突变可以是单核苷酸多态性(SNP)、碱基取代，单碱基***或碱基缺失，或沉默突变(例如，同义突变)；片段突变可以是***突变，截短突变或者基因重排突变。

在一些实施方案中，所述基因变异位于INPP4B基因的581-3355位核苷酸。

在一些实施方案中，评估INPP4B基因变异包括确定其基因(例如编码区)是否存在点突变/***缺失突变和截短突变。

在一些实施方案中，在确定INPP4B基因编码区存在突变后，评估INPP4B基因表达，例如INPP4B基因的蛋白表达水平。

在一些实施方式中，所述非小细胞肺癌患者的年龄为40～80岁，例如50、60或70岁。

在一些实施方式中，所述非小细胞肺癌患者的病理类型包括肺鳞癌和/或肺腺癌。

在一些实施方式中，所述试剂盒还包括TP53基因变异和/或KMT2C基因变异的检测剂。

其中TP53基因变异和/或KMT2C基因变异与上述应用的关系记载于中国发明专利CN110305965A中，公开日2019年10月08日。

鉴于INPP4B基因为一种能够编码蛋白质的基因，因而其基因的突变通常也会表现在转录水平和反应水平上，本领域技术人员可以从RNA和蛋白水平对其突变进行检测以间接反映其是否发生INPP4B基因变异，这些都可以应用于本发明。

在一些实施方式中，所述检测剂于核酸水平进行检测。

核酸水平(DNA或RNA水平)的检测剂可选用本领域技术人员所公知的试剂，例如能够与该DNA或RNA杂交，且标记有荧光标记的核酸(通常为探针或引物)等。并且本领域技术人员也容易想到将mRNA反转录成cDNA后对cDNA进行检测，这些技术手段的常规置换不超出本发明的保护范围。

在一些实施方式中，所述检测剂用于执行以下任一种方法：

聚合酶链反应、变性梯度凝胶电泳、核酸测序法、核酸分型芯片检测、变性高效液相色谱法、原位杂交、生物质谱法以及HRM法。

在一些实施方式中，所述聚合酶链反应选自限制性片段长度多态性法、单链构象多态性法、Taqman探针法、竞争性等位基因特异性PCR和等位基因特异性PCR。

在一些实施方式中，所述生物质谱法选自飞行质谱仪检测。

在一些实施方式中，所述核酸测序法选自Snapshot法。

在本发明的一些实施方式中，所述核酸测序法可以为转录组测序或基因组测序。在本发明另外一些实施方案中，所述核酸测序法是高通量测序，也称作二代测序(“NGS”)。二代测序在并行的测序过程中同时产生数千至数百万条序列。NGS区别于“Sanger测序”(一代测序)，后者是基于单个测序反应中的链终止产物的电泳分离。可用本发明的NGS的测序平台是商用可得的，包括但不限于Roche/454FLX、Illumina/Solexa GenomeAnalyzer和Applied Biosystems SOLIDsystem等。转录组测序也可以通过二代测序平台快速全面地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列，可以用于研究基因表达量、基因功能、结构、可变剪接和新转录本预测等。

在一些实施方式中，所述检测剂于蛋白水平进行检测。

在一些实施方式中，所述检测剂用于执行以下任一种方法：

生物质谱法、氨基酸测序法、电泳法以及用特异性针对突变位点所设计的抗体进行检测。

用特异性针对突变位点所设计的抗体进行检测的方法进一步可以为免疫沉淀、免疫共沉淀、免疫组化、ELISA以及Western Blot等。

在一些实施方式中，所述试剂盒还包括样品的处理试剂；进一步地，所述样品的处理试剂包括样品裂解试剂、样品纯化试剂以及样品核酸提取试剂中的至少一种。

在一些实施方式中，所述样品选自所述非小细胞肺癌患者的血液、血清、血浆、脑脊髓液、组织或组织裂解液、细胞培养上清、***以及唾液样品中的至少一种。

在一些实施方式中，所述组织为肺癌组织或癌旁组织。

其中，优选的检测样品为血液、血清、血浆，更优选的它们来自外周血。

根据本发明的再一方面，本发明还提供了一种用于预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性的方法，所述方法包括：

a)使用如上所述的检测剂测量INPP4B基因变异的存在与否；和b)任选地，评估所述患者的肿瘤组织中的TP53基因变异和/或KMT2C基因变异和/或表达。

诊断的理想场景是这样的情形，其中单一事件或过程会造成各种疾病，例如，在感染性疾病中。在所有其它情况下，正确的诊断可能非常困难，尤其当疾病的病因学不能完全理解时，如在许多癌症类型的情况下。如熟练的技术人员将明白的，对于给定的多因子病，没有生化标志物的诊断是100％特异性且同100％灵敏度。相反地，可使用生化标志物(例如，INPP4B基因变异、TP53基因变异和/或KMT2C基因变异)来以某种可能性或预测值评估例如疾病的存在与否或严重性。因此，在常规的临床诊断中，通常综合考虑各种临床症状和生物学标志物来诊断、治疗和控制潜在的疾病。

在一些实施方式中，所述方法用于非小细胞肺癌患者在进行免疫检查点抑制剂疗法后的预后评估。

下面将结合实施例对本发明的实施方案进行详细描述。

实施例

本发明实施例所采用的研究方法如下：

全面的基因组分析

研究了来自中国非小细胞肺癌(NSCLC)患者的FFPE肿瘤样品和配对的外周全血对照样品。所有患者均提供书面知情同意书。在OrigiMed进行靶向捕获的下一代测序(NGS)，涉及包含450个癌症相关基因的组合。通过DNA FFPETissue Kit和DNA Mini试剂盒(QIAamp)分别从肿瘤含量不低于20％的全部未染色FFPE切片和全血中提取DNA，然后用dsDNA HS测定试剂盒(Qubit)定量。使用KAPA Hyper Prep Kit(KAPA Biosystems)将～250bp超声处理的DNA片段化构建文库，然后进行PCR扩增和定量。使用自定义组合进行杂交捕获，该组和覆盖了2.6Mb的人类基因组，靶向450个癌症相关基因和某些经常重排的内含子。将捕获后的文库混合、变性并稀释至1.5～1.8pM，随后按照制造商的方案在IlluminaNextSeq 500上进行配对末端测序。

其中样品使用以下三组引物对扩增ACTIN基因来进行质量检测：

i)5’-CACACTGTGCCCATCTATGAGG-3’和5’-CACGCTCGGTGAGGATCTTC-3’，

ii)5’-CACACTGTGCCCATCTATGAGG-3’和5’-TCGAAGTCCAGGGCAACATAGC-3’，和

iii)5’-CACACTGTGCCCATCTATGAGG-3’和5’-AAGGCTGGAAGAGCGCCTCGGG-3’，其分别扩增100bp、200bp和300bp的片段。当三组引物均扩增到目的片段时判定组织样品质量合格。

基因组改变分析

评估了基因组改变，包括单碱基取代(SNV)、短和长***缺失、拷贝数变异(CNV)和基因重排和融合。使用Burrows-Wheeler Aligner进行原始读段与人类基因组参考序列(hg19)的比对，然后使用Picard的MarkDuplicates算法进行PCR去重。读取深度小于30x，链偏好性(strand bias)大于10％或VAF<0.5％的变体被移除。定义为来自dbSNP数据库(版本147)的或频率超过外显子组测序项目6500(ESP6500)的1.5％的或超过1000基因组计划的1.5％的常见单核苷酸多态性(SNP)也被排除在外。

通过以下标准判断所鉴别的突变是否为真：

(1)对于点突变：

该点突变所在位置的测序覆盖深度>500次；包含该点突变的每个读段质量值>40,包含该点突变的每个读段上与该点突变相对应的碱基质量值>21；包含有该点突变的读段的条数≥5条；包含有该点突变的所有读段中正向的读段与反向的读段比例<1/6；和肿瘤组织的变异等位基因频率/对照组织的变异等位基因频率≥20；

(2)对于***缺失(indel):

如果***缺失中连续相同的碱基<5，则该***缺失所在位置的测序覆盖深度>600次；包含该***缺失的每个读段质量值>40；包含该***缺失的每个读段上与该***缺失突变相对应的碱基质量值>21；包含有该***缺失的读段的条数≥5条；包含有该***缺失的所有读段中正向的读长与反向的读长比例<1/6；所述肿瘤组织的变异等位基因频率/对照组织的变异等位基因频率≥20；

如果***缺失中连续相同的碱基≥5且<7，则该***缺失所在位置的测序覆盖深度>60次；包含该***缺失的每个读段质量值>40；包含该***缺失的每个读段上与该***缺失突变相对应的碱基质量值>21；包含有该***缺失的读段的条数≥5条；包含有该***缺失的所有读段中正向的读长与反向的读长比例<1/6；所述肿瘤组织的变异等位基因频率/对照组织的变异等位基因频率>20；且所述肿瘤组织的变异等位基因频率≥10％；

如果***缺失中连续相同的碱基≥7，则该***缺失所在位置的测序覆盖深度>60次；包含该***缺失的每个读段质量值>40；包含该***缺失的每个读段上与该***缺失突变相对应的碱基质量值>21；包含有该***缺失的读段的条数≥5条；包含有该***缺失的所有读段中正向的读长与反向的读长比例<1/6；所述肿瘤组织的变异等位基因频率/对照组织的变异等位基因频率>20；且所述肿瘤组织的变异等位基因频率≥20％。

TMB计算

除了基因组改变的常规检测之外，TMB也通过基于NGS的算法确定。通过计数体细胞突变来估计TMB，所述体细胞突变包括所检查的编码区序列的每兆碱基的SNV和***缺失。排除了dbSNP中的驱动基因变异和已知的种系改变。

免疫组化

如前所述进行免疫组织化学(IHC)染色程序。简而言之，进行脱蜡、再水化和靶标回收，然后与针对PD-L1的单克隆抗体(DAKO，克隆22C3和28-8)一起孵育。将载玻片与即用型显色试剂一起孵育，所述显色试剂由二抗分子和与葡聚糖聚合物主链偶联的辣根过氧化物酶(HRP)分子组成。随后加入发色团和增强剂进行的酶促转化导致可见反应产物在抗原位点沉淀。然后将样品用苏木精复染。

公共数据库队列数据获取

为了进一步验证INPP4B变异对于免疫检查点抑制剂治疗的临床预测作用，本发明在肿瘤基因组学数据库cBioPortal网站(http://www.cbioportal.org/)中下载了一个纳入240例非小细胞肺癌队列数据，包括患者临床基线资料、免疫检查点抑制剂治疗疗效评估数据以及患者基因组数据。

实施例1

总共有3433名非小细胞肺癌(NSCLC)患者参与了这项研究。病人的特征如表1所示。大多数患者为男性(1901/3433，55.4％)，诊断时的中位年龄为60岁。最常见的组织学类型为肺腺癌(N＝2859，83.3％)。其中Ⅰ期1024例(29.8％)，Ⅱ期311例(9.1％)，Ⅲ期574例(16.7％)，Ⅳ期1233例(35.9％)。对3433例患者进行TMB检测。整体人群的TMB中位数为4.6muts/Mb(IQR，2.3-9.2)。TMB≥10muts/Mb的肿瘤占24.3％。本实施例发现年龄与TMB呈正相关(p<0.001)。另外，男性患者组(p<0.001)以及鳞状细胞癌患者组(p<0.001)的TMB值较高。

表1.NSCLC患者表征

实施例2致病性INPP4B突变在中国NSCLC人群中的发生频率以及和免疫治疗生物标志物TMB、PD-L1之间的相关性

3433名NSCLC患者中有33名患者携带INPP4B基因变异，占1％。INPP4B突变患者中男性比例显著高于INPP4B野生型患者(78.8％vs.55.1％，p＝0.011)。INPP4B基因变异与野生型两组患者的年龄、疾病分期和病理类型比例没有显著性差异(表2)。INPP4B基因变异患者的TMB显著高于INPP4B野生型患者(中位TMB：14.7vs.4.6，p<0.001)(图1)。

在3433例NSCLC患者中有718位患者肿瘤组织接受过PD-L1免疫组化检测，其中PD-L1弱阳性(PD-L1TPS评分＝1％～49％)和强阳性PD-L1表达(PD-L1TPS评分≥为50％)分别为19.8％和9.7％。INPP4B突变患者的PD-L1阳性表达率(PD-L1TPS≥1％)显著高于INPP4B野生型患者(66.7％vs.29％，p＝0.006)(图2)

INPP4B基因变异类型包括26例点突变/***缺失和7例截短突变。INPP4B点突变/***缺失患者的TMB显著高于INPP4B野生型(中位TMB：15.9vs.4.6，p<0.001)。INPP4B截短突变患者的TMB显著高于INPP4B野生型(中位TMB：13.1vs.4.6，p＝0.015)。INPP4B点突变/***缺失患者的TMB与INPP4B截短突变患者没有显著差异(p＝0.51)。(图3)。

INPP4B基因变异位点比较分散，没有明显的热点突变区域(图4)。

表2.NSCLC患者INPP4B突变与临床病理特征之间的相关性

实施例3INPP4B基因变异作为免疫治疗biomarker的临床数据验证

为了进一步验证INPP4B突变对于免疫检查点抑制剂(ICIs)治疗的预测价值，我们通过下载公共数据库队列信息进行外部验证。我们在cBioPortal网站(http://www.cbioportal.org/)下载了Rizvi等人上传的队列数据，Rizvi队列纳入了240名接受抗PD-(L)1单药治疗或抗PD-(L)1+抗CTLA-4联合治疗方案的非小细胞肺癌患者，具体患者基线资料可参考文献(Liu S-y,Dong Z-y,Wu S-p et al.Clinical relevance of PD-L1expression and CD8+T cells infiltration in patients with EGFR-mutated andALK-rearranged lung cancer.Lung Cancer 2018；125:86-92)。240个患者中，INPP4B突变患者有9名(3.75％)，INPP4B突变的患者接受免疫治疗后的中位PFS较INPP4B野生型患者长(中位PFS：13.17vs.3.23月，p＝0.041)(图5)，该结果是非常特异的，经发明人验证，大多数基因(例如FGFR4同家族的FGFR1/2/3突变)均不能预测非小细胞肺癌患者的免疫治疗疗效，生存分析结果p值均大于0.05。进一步分析INPP4B突变患者接受免疫治疗的持续获益人群(持续获益超过6个月)比例高于INPP4B野生型患者(50％vs.29.7％，p＝0.25)(图6)。Cox多因素分析结果进一步说明INPP4B基因变异是免疫治疗预后的独立预测风险因素(INPP4B-MUT vsINPP4B-WT,HR:0.34,95％CI:0.134-0.86,p＝0.023)(图7)。

以上所述实施例的各技术特征可以进行任意的组合，为使描述简洁，未对上述实施例中的各个技术特征所有可能的组合都进行描述，然而，只要这些技术特征的组合不存在矛盾，都应当认为是本说明书记载的范围。

以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。

Claims (10)

1.INPP4B基因变异的检测剂在制备用于预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性的试剂盒中的应用，其中INPP4B基因变异的存在是所述非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感的指征，所述基因变异位于INPP4B基因的581-3355位核苷酸，所述基因变异包括点突变/缺失突变和截短突变，所述非小细胞肺癌患者的病理类型包括肺鳞癌和/或肺腺癌，所述免疫检查点抑制剂为PD1抑制剂和/或PD-L1抑制剂。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂盒还包括TP53基因变异和/或KMT2C基因变异的检测剂。

3.INPP4B基因变异的检测剂在制备用于预测非小细胞肺癌患者肿瘤突变负荷程度的试剂盒中的应用，其中INPP4B基因变异的存在是高肿瘤突变负荷的指征，所述基因变异位于INPP4B基因的581-3355位核苷酸，所述基因变异包括点突变/缺失突变和截短突变，所述非小细胞肺癌患者的病理类型包括肺鳞癌和/或肺腺癌。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述试剂盒还包括TP53基因变异和/或KMT2C基因变异的检测剂。

5.根据权利要求1～4任一项所述的应用，其特征在于，所述检测剂于核酸水平进行检测。

6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述检测剂用于执行以下任一种方法：

聚合酶链反应、变性梯度凝胶电泳、核酸测序法、核酸分型芯片检测、变性高效液相色谱法、原位杂交、生物质谱法以及HRM法。

7.根据权利要求1～4任一项所述的应用，其特征在于，所述检测剂于蛋白水平进行检测。

8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述检测剂用于执行以下任一种方法：

生物质谱法、氨基酸测序法、电泳法以及用特异性针对突变位点所设计的抗体进行检测。

9.根据权利要求1～4任一项所述的应用，其特征在于，所述试剂盒还包括样品的处理试剂，所述样品的处理试剂包括样品裂解试剂、样品纯化试剂以及样品核酸提取试剂中的至少一种。

10.根据权利要求9所述的应用，其特征在于，所述样品选自所述非小细胞肺癌患者的血液、血清、血浆、脑脊髓液、组织或组织裂解液、细胞培养上清、***以及唾液样品中的至少一种。

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