CN111187825A - 阿尔兹海默症的tomm40基因及apoe基因的易感位点的检测方法及试剂盒 - Google Patents
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Abstract
阿尔兹海默症的TOMM40基因及APOE基因的易感位点的检测方法,所述方法包括步骤:(1)提取样本的基因组DNA,扩增样品的TOMM40基因3' UTR中包含rs10119位点的区域及5' nearGene中包含rs71352238位点的区域,及APOE基因包含rs429358位点的区域和rs7412位点的区域,得到扩增产物;(2)使用HRM分析技术和Tagman分析技术检测扩增产物中rs10119位点、rs71352238位点、rs429358位点及rs7412位点的基因型。
Description
技术领域
本发明涉及一种检测阿尔兹海默症易感位点的方法及试剂盒。
背景技术
阿尔兹海默症又称老年痴呆,是一种不可逆的神经退行性脑部疾病,是影响老年人的痴呆症的最常见原因。阿尔兹海默症的遗传学可分为早老性痴呆和老年性痴呆。早老性痴呆通常在65岁之前发作。老年性痴呆发病于65岁以后,是阿尔兹海默症的更普遍形式。老年性痴呆的遗传学较为复杂,涉及多个基因,只有中等程度的家族聚集。载脂蛋白E(APOE)是与老年性痴呆相关的最完善的基因,其中带有ε4等位基因(APOE e4)的人罹患阿尔兹海默症的风险大大增加。但是包括APOE在内大多数阿尔兹海默症遗传数据,,都是基于对白种人的研究。先前的研究已经确定,并非白种人中发现的所有阿尔兹海默症易感基因位点在汉族人群中都具有相同的相关性,这表明汉族人群中的阿尔兹海默症的机制可能存在与高加索人中遗传风险因素不同的遗传风险因素。其中APOE的基因型与SNP位点基因型的关系见下表
近年来,越来越多的研究发现线粒体功能障碍在神经***疾病中起重要作用。据报道,保持线粒体正常功能所需的蛋白质转移的TOMM40(线粒体外膜转移酶40)在相关疾病的发病机理中起着重要作用。TOMM40是由外膜转移酶(TOM)形成的化合物,是在蛋白质输入到线粒体重要入口通道的过程中形成的亚基,这对蛋白质转运到线粒体至关重要。随着阿尔兹海默症发病机制中线粒体功能障碍学说的相关研究增多,一些研究者对定位于19q13的TOMM40基因的多态性与阿尔兹海默症的相关性进行了研究,有研究报道TOMM40基因可能影响脑白质的完整性,并与阿尔兹海默症发病年龄有关,确定TOMM40多态性在汉族人群AD的发病机理中起着重要作用。一些研究认为TOMM40与阿尔兹海默症的发病有关,因为TOMM40中的SNP直接导致线粒体功能障碍,例如能量代谢功能障碍,氧化应激损伤等。但具体的SNP与阿尔海默茨症发病的关系目前尚无深入的研究,因此找到TOMM40基因中与阿尔兹海默症高度相关的易感位点,并与APOE联合应用为现有技术中亟待解决的问题。
发明内容
在先期研究中,我们对830多例阿尔兹海默症患者和630多例无阿尔兹海默症病症的健康老人进行分析,发现TOMM40基因中rs10119号SNP位点(以下均简称rs10119位点)及rs71352238号SNP位点(以下均简称rs71352238位点)与阿尔兹海默症具有强相关性,其不仅独立于APOE基因作用于阿尔兹海默症,而且与APOE协同对阿尔兹海默症发病起促进作用,此分析比较采用R×C×2检验,用SPSS软件进行统计分析,经过性别、年龄校正后的分析结果如下表所示:
同时在研究中还确定了APOE基因中的rs429358号SNP位点和rs7412号SNP位点与阿尔兹海默症的相关性。基于此发现为解决现有技术中的问题,本发明采用的技术方案为:
为了解决上述问题,本发明提供的技术方案是:阿尔兹海默症的TOMM40基因及APOE基因的易感位点的检测方法,所述方法包括步骤:(1)提取样本的基因组DNA,扩增样品的TOMM40基因3' UTR中包含rs10119位点的区域及5' nearGene中包含rs71352238位点的区域,及APOE基因包含rs429358位点的区域和rs7412位点的区域,得到扩增产物;(2)使用HRM分析技术和Tagman分析技术检测扩增产物中rs10119位点、rs71352238位点、rs429358位点及rs7412位点的基因型。
所述的阿尔兹海默症的TOMM40基因及APOE基因的易感位点的检测方法,进一步的,TOMM40基因的rs10119的基因型带有TT,TOMM40基因的rs71352238的基因型带有CC。
进一步的,TOMM40基因的rs10119位点的基因型带有TT时,该TOMM40基因所属样品的测试者对于阿尔兹海默症的易感性高于基因型没有TT的测试者;TOMM40基因的rs71352238位点的基因型带有CC时,该TOMM40基因所属样品的测试者对于阿尔兹海默症的易感性高于基因型没有CC的测试者。
进一步的,APOE基因的rs429358及rs7412位点的基因型带有ε3/ε4或ε4/ε4时,该APOE基因所属样品的测试者对于阿尔兹海默症的易感性高于野生基因型ε3/ε3的测试者。
所述的阿尔兹海默症的TOMM40基因及APOE基因的易感位点的检测方法,进一步的,使用特异性引物扩增样品的TOMM40基因中包含rs10119及rs71352238的区域,及APOE基因包含rs429358位点和rs7412的区域;所述特异性引物是能特异性扩增出包含TOMM40基因上rs10119位点、rs71352238位点和APOE基因上rs429358位点和rs7412位点的DNA片段的引物对。
进一步的,所述特异性引物具有SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ IDNO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11及SEQ ID NO:12所示的核苷酸序列。
进一步的,使用HRM分析技术和Tagman分析技术直接检测扩增后包含上述SNP位点的DNA片段的引物对的基因型。
进一步的,将扩增后包含上述SNP位点的DNA片段的引物对转移至分析装置,然后使用HRM分析技术对该引物对的基因型进行分析。
进一步的,所述阿尔兹海默症易感位点的检测方法在体外诊断性检测阿尔兹海默症的易感性的应用。
本发明还提供了一种用于检测阿尔兹海默症易感位点的试剂盒,其特征是所述试剂盒对TOMM40基因3' UTR中包含rs10119位点的区域和5' nearGene中包含rs71352238位点的区域,及APOE基因包含rs429358位点的区域和rs7412位点的区域进行扩增及HRM技术分析和Tagman技术分析。
进一步的,所述试剂盒包括特异性扩增TOMM40基因中包含rs10119和rs71352238,及APOE基因包含rs429358位点和rs7412位点的区域的特异性引物。
进一步的,所述特异性引物具有SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ IDNO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11及SEQ ID NO:12所示的核苷酸序列。
进一步的,试剂盒的组分及含量包括300ul 2X HRM Analysis RreMix、3ul 100uMPrimer Mix、100ul 大于10ng/ulDNA、197ul H2O、具有SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3和SEQ IDNO:5、SEQ ID NO:6,及SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12所示的核苷酸序列的特异性引物。
本发明还提供了所述方法和试剂盒在预测阿尔兹海默症易感性方面的应用。
本发明还提供了所述方法及试剂盒在检测阿尔兹海默症遗传风险因子单核苷酸多态性位点方面的应用。
在先期研究中,我们通过对大量病人和健康人群的rs10119和rs71352238的基因型进行分析发现,当TOMM40基因的rs10119的基因型带有TT, TOMM40基因的rs71352238的基因型带有CC时,与阿尔兹海默症的发病具有强相关性,其不仅独立于APOE基因作用于阿尔兹海默症,而且与APOE协同对阿尔兹海默症发病起促进作用。基于上述发现,本发明提供的方法及试剂盒:采用HRM分析技术对扩增后的TOMM40基因中包含rs10119位点和rs71352238位点,及APOE基因包含rs429358位点和rs7412位点的区域进行基因型分析,该方法操作简单、快速,使用成本低,结果准确,可以实现批量检测。
附图说明
图1是Taqman分析技术基因分型结果截图,显示了rs10119位点的SNP基因型的结果;
图2是Taqman分析技术基因分型结果截图,显示了rs71352238位点的SNP基因型的结果;
图3是Taqman分析技术基因分型结果截图,显示了rs429358位点的SNP基因型的结果;
图4是Taqman分析技术基因分型结果截图,显示了rs7412位点的SNP基因型的结果。
图5是HRM分析技术基因分型结果截图,显示了rs10119位点的SNP基因型的结果;
图6是HRM分析技术基因分型结果截图,显示了rs71352238位点的SNP基因型的结果;
图7是HRM分析技术基因分型结果截图,显示了rs429358位点的SNP基因型的结果;
图8是HRM分析技术基因分型结果截图,显示了rs7412位点的SNP基因型的结果。
具体实施方式
下面结合具体实施例,进一步阐明本发明。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件如Sambrook等人、分子克隆、实验室手册(New York:Cold SpringHarbor Laboratory Press,1989)中所述的条件,或按照厂商所建议的条件。
本发明提供了的一种检测阿尔兹海默症易感位点的方法及试剂盒,所述方法包括步骤:
1)提取样本的基因组DNA,扩增样品的TOMM40基因3' UTR中包含rs10119的区域及5'nearGene中包含rs71352238的区域,得到扩增产物;
2)使用高分辨熔解曲线(High-Resolution Melt,HRM)分析技术检测扩增产物中位点rs10119、rs71352238,及rs429358和rs7412的基因型。该阿尔兹海默症易感位点的检测方法及试剂盒亦可用于预测阿尔兹海默症的易感性。
所述的rs10119位于TOMM40基因的3' UTR区域(片段重叠群conting:NT_011109.17 位置17662542 G>A),其中,脱氧核糖核苷酸(DNA)序列编号:rs10119位置基于SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:17所示的核苷酸序列;引物1基于SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列;引物2基于SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列;扩增产物基于SEQ ID NO:7所示的核苷酸序列。
所述的rs71352238位于TOMM40基因的5' nearGene区域(片段重叠群conting:NT_011109.17 位置17650205 T>C),其中,脱氧核糖核苷酸(DNA)序列编号:rs71352238位置基于SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:18所示的核苷酸序列;引物3基于SEQ ID NO:5所示的核苷酸序列;引物4基于SEQ ID NO:6所示的核苷酸序列;扩增产物基于SEQ ID NO:8所示的核苷酸序列;
所述的rs429358位于APOE基因的外显子区域(片段重叠群conting:NT_011109.17位置17667810 T>C),其中,脱氧核糖核苷酸(DNA)序列编号:rs429358位置基于SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:19所示的核苷酸序列;引物3基于SEQ ID NO:8所示的核苷酸序列;引物4基于SEQ ID NO:9所示的核苷酸序列;扩增产物基于SEQ ID NO:15所示的核苷酸序列;
所述的rs7412位于APOE基因的外显子区域(片段重叠群conting:NT_011109.17位置17667948C>T),其中,脱氧核糖核苷酸(DNA)序列编号:rs7412位置基于SEQ ID NO:10或SEQID NO:20所示的核苷酸序列;引物3基于SEQ ID NO:11所示的核苷酸序列;引物4基于SEQID NO:12所示的核苷酸序列;扩增产物基于SEQ ID NO:16所示的核苷酸序列
经过研究证明了TOMM40基因及APOE基因与阿尔兹海默症密切相关,而且发现了TOMM40的单核苷酸多态性位点rs10119及rs71352238的新功能:TOMM40基因的3' UTR区域的单核苷酸多态性位点rs10119及TOMM40基因的5' nearGene区域的单核苷酸多态性位点rs71352238中的基因型的改变将导致阿尔兹海默症的发病风险升高,其中关联研究结果显示,在TOMM40基因rs10119 G>A及TOMM40 T>C在病例和对照组中的分布存在极显著性差异(P<0.01)。。
TOMM40基因的详细序列可参见登录号为rs10119及rs71352238的核苷酸序列(可参见网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
APOE基因的详细序列可参见登录号为rs429358及rs7412的核苷酸序列(可参见网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)。
实施例1:荧光PCR检测
一、实验材料
LightCycler480荧光定量PCR仪购自瑞士罗氏(Roche)公司,聚合酶链反应液(HRMAnalysis RreMix)由天根生化科技(北京)有限公司定制合成。
二、引物及探针设计与合成:
以TOMM40基因的3' UTR区域和5' nearGene区域,及APOE外显子区域的部分序列为模版,使用Primer Premier5软件分析引物,并由无锡精合生物科技有限公司定制合成。
检测用引物:
TOMM40基因rs10119上游引物序列:
5’-TGGTGCTCAGAATCCTGCG-3’(SEQ ID NO:2)
TOMM40基因rs10119下游引物序列:
5’-CGCTTCGGGATTCTGAGTAGC-3’(SEQ ID NO:3)
TOMM40基因rs71352238上游引物序列:
5’-CCTGAAATGTCCTTTTGTATTGGTT-3’(SEQ ID NO:5)
TOMM40基因rs71352238下游引物序列:
5’-CTGCGAGCCAATGGGAAG-3’(SEQ ID NO:6)
APOE基因rs429358上游引物序列:
5’-GGCTGTCCAAGGAGCTGC-3’(SEQ ID NO:8)
APOE基因rs429358下游引物序列:
5’-CCGAGCATGGCCTGCA-3’(SEQ ID NO:9)
APOE基因rs7412上游引物序列:
5’-CCTCCGCGATGCCGA-3’(SEQ ID NO:11)
APOE基因rs7412下游引物序列:
5’-ACGCGGCCCTGTTCCA-3’(SEQ ID NO:12)
三、样本检测:
实验共检测200例阿尔兹海默症病例和200例正常对照人群,每例收集血样标本约2mL,用酚/氯仿抽提基因组DNA,抽提结果用微量紫外/可见光分光光度计(Themo Fisher公司)检测。
按如下体系进行荧光PCR扩增,最后用Roche LC480 Software 1.5扫描并聚类分析
四、基因型检测结果:
基因组DNA抽提的检测结果:
所有样本的基因组DNA符合检测要求(260/280>1.8,浓度>10ng/ul)
实施例2:Tagman法检测阿尔兹海默症rs10119、rs71352238、rs429358及rs7412位点的基因型
用Tagman法检测阿尔兹海默症遗传风险基因TOMM40基因的rs10119和rs71352238,及APOE基因的rs429358和rs7412位点。挑选上述阿尔兹海默症病例——对照组样本各200例进行Tagman分型实验,判断rs10119、rs71352238、rs429358及rs7412的基因型。
一、实验方法
Tagman探针方法使用美国应用生物***公司的Tagman探针和TagmanGenotypingMasterMix。
按如下体系进行PCR扩增,最后用Roche LC480 Software 1.5扫描并聚类分析
二、实验结果
Taqman分析技术基因分型结果截图分别如图1、图2、图3、图4所示。
HRM分析技术基因分型结果截图分别如图5、图6、图7、图8所示。
最终,400例的Tagman分型结果与Light Cycler 480荧光PCR的HRM分析结果完全一致。
三、TOMM40基因rs10119和rs71352238,及APOE基因rs429358和rs7412的基因型和阿尔兹海默症易感的关联分析
TOMM40基因rs10119和rs71352238,及APOE基因rs429358和rs7412位点在阿尔兹海默症病人和对照中分布的比较采用R×C×2检验,用SPSS软件进行统计分析的分析结果如下表所示:
实施例3:阿尔兹海默症易感位点的检测试剂盒
本发明提供的检测试剂盒可以对TOMM40基因3' UTR中包含rs10119位点的区域和5'nearGene中包含rs71352238位点的区域,及APOE基因外显子中包含rs429358位点的区域和rs7412位点的区域进行扩增及HRM技术分析和Tagman技术分析,该检测试剂盒可以检测阿尔兹海默症的易感性,其包含有可扩增出TOMM40基因3' UTR中包含rs10119位点和5'nearGene中包含rs71352238位点,及APOE基因外显子中包含rs429358位点和rs7412位点的特异性引物,及其他PCR-HRM相应试剂,PCR扩增与HRM分析的组分含量相同。
检测试剂盒供50人份检测应用,与-20oC避光保存,其组分及含量包括:
300ul 2X HRM Analysis RreMix
6ul 100uM Primer Mix
100ul 大于10ng/ul DNA
197ul H2O
具有SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6,及SEQ ID NO:8、SEQ IDNO:9和SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12所示的核苷酸序列的特异性引物各0.75ul。
本发明具有实用性的例证:
检测该个体的TOMM40基因中rs10119和rs71352238位点,及APOE基因中rs429358和rs7412位点的基因型,以此判断该个体患阿尔兹海默症的发病风险是否高于普通人群。
TOMM40基因中rs10119和rs71352238位点,及APOE基因中rs429358和rs7412位点的多态性可直接用于阿尔兹海默症的预防指导。
检测TOMM40基因中rs10119及rs71352238位点,及APOE基因中rs429358和rs7412位点的基因型也可用于阿尔兹海默症患者的个性化治疗。
在本发明提及的所有文献都在本申请中引用做参考,就如同每一篇文献被引用作为参考那样。
本发明的技术内容和技术特点已揭示如上,然而熟悉本领域的技术人员仍可能基于本发明的教示及揭示进行种种不背离发明精神的替换和修饰。因此,本发明的保护范围应不限于实施方式所揭示的内容,而包括各种不背离本发明的替换和修饰,均为本专利申请权利要求所涵盖。
序列表
<110> 丁玎
<120> 阿尔兹海默症的TOMM40基因及APOE基因的易感位点的检测方法
<141> 2020-01-15
<160> 20
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
gtgctcagaa tcctgcgtgc ccctcaattc tggaatccct cccgggaccc caggcccact 60
g 61
<210> 2
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 2
tggtgctcag aatcctgcg 19
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 3
cgcttcggga ttctgagtag c 21
<210> 4
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 4
caatgggaag ggtgggaggg gcgccgtggc caccctgcga gtgagaacca atacaaaagg 60
a 61
<210> 5
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 5
cctgaaatgt ccttttgtat tggtt 25
<210> 6
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 6
ctgcgagcca atgggaag 18
<210> 7
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 7
gcccggctgg gcgcggacat ggaggacgtg tgcggccgcc tggtgcagta ccgcggcgag 60
g 61
<210> 8
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 8
ggctgtccaa ggagctgc 18
<210> 9
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 9
ccgagcatgg cctgca 16
<210> 10
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 10
ctcctccgcg atgccgatga cctgcagaag cgcctggcag tgtaccaggc cggggcccgc 60
g 61
<210> 11
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 11
cctccgcgat gccga 15
<210> 12
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 12
acgcggccct gttcca 16
<210> 13
<211> 98
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 13
tggtgctcag aatcctgcgt gcccctcaat tcgggaatcc ctcccgggac cccaggccca 60
ctgggcatgc tgcccctgct actcagaatc ccgaagcg 98
<210> 14
<211> 78
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 14
cctgaaatgt ccttttgtat tggttctcac tcgcagggta gccacggcgc ccctcccacc 60
cttcccattg gctcgcag 78
<210> 15
<211> 106
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 15
ggctgtccaa ggagctgcag gcggcgcagg cccggctggg cgcggacatg gaggacgtgt 60
gcggccgcct ggtgcagtac cgcggcgagg tgcaggccat gctcgg 106
<210> 16
<211> 126
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 16
cctccgcgat gccgatgacc tgcagaagcg cctggcagtg taccaggccg gggcccgcga 60
gggcgccgag cgcggcctca gcgccatccg cgagcgcctg gggcccctgg tggaacaggg 120
ccgcgt 126
<210> 17
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 17
gtgctcagaa tcctgcgtgc ccctcaattc cggaatccct cccgggaccc caggcccact 60
g 61
<210> 18
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 18
caatgggaag ggtgggaggg gcgccgtggc taccctgcga gtgagaacca atacaaaagg 60
a 61
<210> 19
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 19
gcccggctgg gcgcggacat ggaggacgtg cgcggccgcc tggtgcagta ccgcggcgag 60
g 61
<210> 20
<211> 61
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 20
ctcctccgcg atgccgatga cctgcagaag tgcctggcag tgtaccaggc cggggcccgc 60
g 61
Claims (10)
1.阿尔兹海默症的TOMM40基因及APOE基因的易感位点的检测方法,其特征是所述方法包括步骤:(1)提取样本的基因组DNA,扩增样品的TOMM40基因3' UTR中包含rs10119位点的区域及5' nearGene中包含rs71352238位点的区域,及APOE基因包含rs429358位点的区域和rs7412位点的区域,得到扩增产物;(2)使用HRM分析技术和Tagman分析技术检测扩增产物中rs10119位点、rs71352238位点、rs429358位点及rs7412位点的基因型。
2.如权利要求1所述的阿尔兹海默症的TOMM40基因及APOE基因的易感位点的检测方法,其特征是,TOMM40基因的rs10119位点的基因型带有TT时,该TOMM40基因所属样品的测试者对于阿尔兹海默症的易感性高于基因型没有TT的测试者;TOMM40基因的rs71352238位点的基因型带有CC时,该TOMM40基因所属样品的测试者对于阿尔兹海默症的易感性高于基因型没有CC的测试者;APOE基因的rs429358及rs7412位点的基因型带有ε3/ε4或ε4/ε4时,该APOE基因所属样品的测试者对于阿尔兹海默症的易感性高于野生基因型ε3/ε3的测试者。
3.如权利要求1或2所述的阿尔兹海默症的TOMM40基因及APOE基因的易感位点的检测方法,其特征是使用特异性引物扩增样品的TOMM40基因中包含rs10119及rs71352238的区域,及APOE基因包含rs429358位点和rs7412的区域;所述特异性引物是能特异性扩增出包含TOMM40基因上rs10119位点、rs71352238位点和APOE基因上rs429358位点和rs7412位点的DNA片段的引物对。
4.如权利要求3所述的阿尔兹海默症的TOMM40基因及APOE基因的易感位点的检测方法,其特征是所述特异性引物具有SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11及SEQ ID NO:12所示的核苷酸序列。
5.如权利要求4所述的阿尔兹海默症的TOMM40基因及APOE基因的易感位点的检测方法,其特征是,使用HRM分析技术和Tagman分析技术直接检测扩增后包含上述SNP位点的DNA片段的引物对的基因型。
6.如权利要求1~5任一所述阿尔兹海默症易感位点的检测方法在体外诊断性检测阿尔兹海默症的易感性的应用。
7.一种用于检测阿尔兹海默症易感位点的试剂盒,其特征是所述试剂盒对TOMM40基因3' UTR中包含rs10119位点的区域和5' nearGene中包含rs71352238位点的区域,及APOE基因包含rs429358位点的区域和rs7412位点的区域进行扩增及HRM技术分析和Tagman技术分析。
8.如权利要求7所述试剂盒,其特征是所述试剂盒包括特异性扩增TOMM40基因中包含rs10119和rs71352238,及APOE基因包含rs429358位点和rs7412位点的区域的特异性引物,所述特异性引物具有SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11及SEQ ID NO:12所示的核苷酸序列。
9.如权利要求8所述试剂盒,其特征是试剂盒的组分及含量包括300ul 2X HRMAnalysis RreMix、3ul 100uM Primer Mix、100ul 大于10ng/ulDNA、197ul H2O、具有SEQID NO:2、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6,及SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9和SEQID NO:11、SEQ ID NO:12所示的核苷酸序列的特异性引物。
10.如权利要求1~5所述方法和如权利要求6~9所述试剂盒在预测阿尔兹海默症易感性方面的应用。
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Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN112725431A (zh) * | 2020-12-30 | 2021-04-30 | 广州凯普医药科技有限公司 | 一种检测apoe和slco1b1基因多态性位点的引物、探针及其试剂盒 |
CN114736963A (zh) * | 2022-05-25 | 2022-07-12 | 首都医科大学宣武医院 | 一种用于预测阿尔茨海默病发病风险的物质的组合、试剂盒及应用 |
Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN102177436A (zh) * | 2008-08-12 | 2011-09-07 | 金帆德尔制药股份有限公司 | 鉴定疾病风险因子的方法 |
CN104059989A (zh) * | 2014-07-10 | 2014-09-24 | 光瀚健康咨询管理(上海)有限公司 | 1型糖尿病易感位点rs231775的检测方法及试剂盒 |
CN104178418A (zh) * | 2013-05-28 | 2014-12-03 | 大江基因医学股份有限公司 | 检测阿兹海默症的方法及阿兹海默症基因检测装置 |
CN107447030A (zh) * | 2017-09-20 | 2017-12-08 | 苏州康吉诊断试剂有限公司 | 阿尔茨海默症apoe基因检测的试剂盒 |
CN107574236A (zh) * | 2016-07-02 | 2018-01-12 | 江苏华生基因数据科技股份有限公司 | 一种基于sanger测序评估阿尔茨海默症患病风险的方法 |
US20190032137A1 (en) * | 2008-08-12 | 2019-01-31 | Zinfandel Pharmaceuticals, Inc. | Disease risk factors and methods of use |
CN110100014A (zh) * | 2016-10-31 | 2019-08-06 | 香港科技大学 | 用于检测阿尔茨海默病基因变体的组合物、方法和试剂盒 |
-
2020
- 2020-01-15 CN CN202010040844.4A patent/CN111187825A/zh active Pending
Patent Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN102177436A (zh) * | 2008-08-12 | 2011-09-07 | 金帆德尔制药股份有限公司 | 鉴定疾病风险因子的方法 |
US20190032137A1 (en) * | 2008-08-12 | 2019-01-31 | Zinfandel Pharmaceuticals, Inc. | Disease risk factors and methods of use |
CN104178418A (zh) * | 2013-05-28 | 2014-12-03 | 大江基因医学股份有限公司 | 检测阿兹海默症的方法及阿兹海默症基因检测装置 |
CN104059989A (zh) * | 2014-07-10 | 2014-09-24 | 光瀚健康咨询管理(上海)有限公司 | 1型糖尿病易感位点rs231775的检测方法及试剂盒 |
CN107574236A (zh) * | 2016-07-02 | 2018-01-12 | 江苏华生基因数据科技股份有限公司 | 一种基于sanger测序评估阿尔茨海默症患病风险的方法 |
CN110100014A (zh) * | 2016-10-31 | 2019-08-06 | 香港科技大学 | 用于检测阿尔茨海默病基因变体的组合物、方法和试剂盒 |
CN107447030A (zh) * | 2017-09-20 | 2017-12-08 | 苏州康吉诊断试剂有限公司 | 阿尔茨海默症apoe基因检测的试剂盒 |
Non-Patent Citations (8)
Title |
---|
LUCILA OHNO-MACHADO等: "《MEDINFO 2019:HEALTH AND WELLBEING E-NETWORKS FOR ALL》", 上海科技教育出版社, pages: 362 - 129 * |
SEBASTIÁN CERVANTES: "Genetic variation in APOE cluster region and Alzheimer’s disease risk", 《NEUROBIOLOGY OF AGING》 * |
SEBASTIÁN CERVANTES: "Genetic variation in APOE cluster region and Alzheimer’s disease risk", 《NEUROBIOLOGY OF AGING》, 31 December 2011 (2011-12-31) * |
ZHENG ZHU: "TOMM40 and APOE variants synergistically increase the risk", 《AGING CLINICAL AND EXPERIMENTAL RESEARCH》, 28 July 2020 (2020-07-28) * |
李蝉秀等: "基于超网络的基因和脑影像关联分析", 《模式识别与人工智能》 * |
李蝉秀等: "基于超网络的基因和脑影像关联分析", 《模式识别与人工智能》, no. 09, 15 September 2017 (2017-09-15) * |
贺林等: "《临床遗传学》", 31 May 2013 * |
赵水平等: "《中国血脂学》", 31 July 2019 * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN112725431A (zh) * | 2020-12-30 | 2021-04-30 | 广州凯普医药科技有限公司 | 一种检测apoe和slco1b1基因多态性位点的引物、探针及其试剂盒 |
CN114736963A (zh) * | 2022-05-25 | 2022-07-12 | 首都医科大学宣武医院 | 一种用于预测阿尔茨海默病发病风险的物质的组合、试剂盒及应用 |
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