CN110964778A - 肠杆菌科作为缺血性脑卒中生物标志物的用途 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及生物标志物领域，特别是涉及肠杆菌科作为缺血性脑卒中生物标志物的用途。本发明发明人发现，肠杆菌科可以作为一个新的生物标记物来评估卒中的风险、诊断卒中的种类、评估卒中的预后等，包括早期恢复结局和远期功能结局是有十分意义的，从而可以被开发为精准医学中的新型生物标志物。

Description

肠杆菌科作为缺血性脑卒中生物标志物的用途
技术领域
本发明涉及生物标志物领域，特别是涉及肠杆菌科作为缺血性脑卒中生物标志物的用途。
背景技术
识别脑卒中不良结局的风险对于临床管理非常重要，但并非所有患者都能通过以往的标准化治疗获得满意的恢复。而对于医生和患者来说，识别具有较高不良EI风险的患者对于医生调整治疗计划或开发新的治疗方法是十分重要的。
发明内容
鉴于以上所述现有技术的缺点，本发明的目的在于提供肠杆菌科(Enterobacteriaceae) 作为缺血性脑卒中生物标志物的用途，用于解决现有技术中的问题。
为实现上述目的及其他相关目的，本发明一方面提供用于检测肠杆菌科的物质在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于评估缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后。
在本发明一些实施方式中，所述用于检测肠杆菌科的物质为用于检测粪便样品中的肠杆菌科的物质。
在本发明一些实施方式中，所述用于检测肠杆菌科的物质为用于检测肠道中的肠杆菌科的物质。
在本发明一些实施方式中，所述用于检测肠杆菌科的物质为用于检测肠杆菌科富集程度的物质。
在本发明一些实施方式中，所述用于检测肠杆菌科的物质为检测细菌16S rRNA的物质。
在本发明一些实施方式中，所述用于检测肠杆菌科的物质为用于检测大肠肠道中的肠杆菌科的物质。
在本发明一些实施方式中，所述用于检测肠杆菌科的物质为检测细菌16S rRNAV4区的物质。
在本发明一些实施方式中，所述试剂盒是根据样品中肠杆菌科的富集程度，评估缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后。
在本发明一些实施方式中，所述样品为粪便样品。
在本发明一些实施方式中，所述缺血性脑卒中为NIHSS≥4。
在本发明一些实施方式中，所述缺血性脑卒中选自完全性卒中。
在本发明一些实施方式中，所述缺血性脑卒中为急性期。
在本发明一些实施方式中，所述评估缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后具体指评估缺血性脑卒中患者的早期恢复结局和/或远期功能结局。
本发明另一方面提供用于检测肠杆菌科的物质在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于评估对象是否易发预后性较差的缺血性脑卒中。
本发明另一方面提供用于检测肠杆菌科的物质在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于诊断缺血性脑卒中。
附图说明
图1显示为本发明在建模队列中EI与不良EI亚组的菌群的比较。(A)PCoA图显示，EI 组与不良EI组之间的细菌群落存在显著差异。(B)EI和不良EI患者的科，门和属的主要细菌类群的平均相对丰度。(C)LEfSe确定了两组之间差异最大的分类群。只有肠杆菌科和肠杆菌类群的LDA有效阈值>4。(D)箱形图显示与EI组相比，不良EI组中肠杆菌科的丰度。PC，主要坐标分析(PCoA)。EI，EI患者(n＝15)；不良EI，无EI的患者(n＝21)。
图2显示为本发明在验证队列中比较EI的微生物群落和不良EI亚群的示意图，其中，(A) PCoA图显示在验证队列中EI组和不良EI组之间的细菌群落没有显着差异；(B)EI和不良 EI患者在科水平的主要细菌类群的平均相对丰度；(C)LEfSe识别两组之间差异最大的分类群。只有γ-变形菌门，肠杆菌科，肠杆菌目，变形菌门分类群符合LDA有效阈值>4；(D) 箱形图显示与EI组相比，不良EI组中肠杆菌科的丰度。PC，主要坐标分析(PCoA)。EI，EI患者(n＝37)；不良EI，无EI的患者(n＝51)。
图3显示为本发明不良EI结局的预测性能示意图，其中，(A)该模型(肠杆菌科+空腹血糖)对不良EI结局的预测性能在建模队列中为78.8％(曲线下面积[AUC]估计为78.8％)，而肠杆菌科对不良EI的预测性能具有相似的效率(AUC估计，76.9％)；(B)验证队列中，不良EI结局的肠杆菌科的曲线下面积为70.2％，而肠杆菌科加空腹血糖的预测模型为73.3％。
图4显示为本发明预测90天最佳结局和良好结局的模型示意图，其中，(A)在预测90 天最佳结局和良好结局的模型中加入不良EI结局显著增加了它们的预测性能；(B)加入不良 EI结局能增加90天最佳结局和良好结局(C)肠杆菌科的加入也增加了整个患者队列(合并建模及验证队列)中90天最佳结局和良好结局的预测性能。
具体实施方式
本发明发明人经过大量研究发现，肠杆菌科与缺血性脑卒中的诊断、治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后有着密切关系，在此基础上完成了本发明。
本发明第一方面提供用于检测肠杆菌科的物质在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于评估缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后。所述缺血性脑卒中是指由于脑的供血动脉闭塞供血不足导致的脑组织坏死的总称，血管闭塞原因可以是脑栓塞、脑血栓形成等。
脑卒中主要包括出血性脑卒中和缺血性脑卒中。其中，缺血性脑卒中占卒中的60-70％。缺血性脑卒中主要包括：短暂性脑缺血发作(TIA)；完全性卒中(CS)。在本发明一具体实施方式中，优选针对完全性卒中。在本发明另一具体实施方式中，所述缺血性脑卒中为中重度卒中患者(NIHSS评分≥4，NIHSS(美国国立卫生研究院卒中量表，National Instituteof Health stroke scale)的评分方法可以参见Williams LS,Yilmaz EY,Lopez-YunezAM. Retrospective Assessment of Initial Stroke Severity with The NIH StrokeScale.Stroke. 2000；31:858–862)。在本发明另一具体实施方式中，所述缺血性脑卒中为急性期，所述急性期通常指起病7天以内。
本发明中，所述用于检测肠杆菌科的物质可以是本领域各种适用于检测肠杆菌科的检测产品，例如，可以是PCR试剂盒、FISH试剂盒等，所述检测产品针对的对象可以是粪便样品，从而可以较好地反映大肠肠道菌群，还可以是检测细菌的16S rRNA，优选可以为检测细菌的16S rRNA V4区，从而获取样品中肠杆菌科的信息。在本发明一具体实施方式中，所述用于检测肠杆菌科的物质可以为用于检测粪便样品中的肠杆菌科的物质。在本发明另一具体实施方式中，所述用于检测肠杆菌科的物质可以为用于检测肠道中的肠杆菌科的物质，优选为大肠肠道，待检测的样品通常是反应出患者肠道中肠杆菌科的情况。在本发明另一具体实施方式中，所述用于检测肠杆菌科的物质可以为用于检测肠杆菌科富集程度的物质，所述富集程度可以是一定量的样品中(例如，单位体积、单位质量等)肠杆菌科的含量、在菌群中所占的百分比等。在本发明另一具体实施方式中，所述用于检测肠杆菌科的物质和/或试剂盒的使用方法可以包括如下步骤：获取样品中肠道菌群总DNA，扩增细菌16SrRNA V4区基因特征标签序列，根据扩增结果获取样品中肠杆菌科的富集信息，对于菌的种类的划分，可以采用OTU(Operational Taxonomic Units，分类操作单元)方法。
本发明中，所述试剂盒是根据样品中肠杆菌科的富集程度，评估缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后，优选所针对的样品为粪便样品。通常来说，检测结果中肠杆菌科的富集程度越高，则对应更差的治疗效果和/或预后，而肠杆菌科的富集程度越低，则对应更佳的治疗效果和/或预后。所述评估缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后具体指评估缺血性脑卒中患者的早期恢复结局和/或远期功能结局。所述早期恢复结局可以通过NIHSS评分进行衡量，例如，NIHSS评分改善比例越高，则可以被认为早期恢复良好的病例，反之则被认为是早期恢复不良的病例，在本发明一具体实施方式中，NIHSS评分改善≥40％可以被认为早期恢复良好的病例，而NIHSS评分改善＜40％可以被认为早期恢复不良的病例。所述远期功能结局可以通过Rankin量表(mRS)评分进行衡量，该观察量表提供反映生活方式和独立生活能力的临床致残评分，例如，分值越低，则表示远期功能结局良好，反之则表示远期功能结局不良，在本发明一具体实施方式中，范围从0(无症状)到6(死亡)。如果评估者判断为0或1，则表明功能结果最佳，如果评分为0-2，则表明良好或功能独立(良好)的结局。
本发明中，所述试剂盒可以用于评估通过各种针对缺血性脑卒中的常规治疗方法进行治疗的缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后，所述治疗方法可以是抗血小板、改善循环、营养神经、调控血脂、血压、血糖等对症的治疗方法。
本发明中，优选可以是用于检测肠杆菌科和空腹血糖的物质在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于评估缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后。所述用于检测空腹血糖的物质可以是本领域各种可检测患者空腹血糖的检测产品。肠杆菌科指标和空腹血糖指标的联合使用，可以进一步提高对于缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后的准确性，肠杆菌科指标的趋势如上所述，而对于空腹血糖指标，较高的空腹血糖往往对应较差的缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后，反之，则对应较好的缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后。
本发明第二方面提供用于检测肠杆菌科的物质在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于评估对象是否易发预后性较差的缺血性脑卒中。所述试剂盒是根据样品中肠杆菌科的富集程度，评估对象是否易发预后性较差的缺血性脑卒中，优选所针对的样品为粪便样品。通常来说，检测结果中肠杆菌科的富集程度越高，则认为对象易发预后性较差的缺血性脑卒中，而肠杆菌科的富集程度越低，则认为对象不易发预后性较差的缺血性脑卒中。
本发明中，优选可以是用于检测肠杆菌科和空腹血糖的物质在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于评估对象是否易发预后性较差的缺血性脑卒中。肠杆菌科指标和空腹血糖指标的联合使用，可以进一步提高对于评估对象是否易发预后性较差的缺血性脑卒中的准确性，肠杆菌科指标的趋势如上所述，而对于空腹血糖指标，较高的空腹血糖往往对应评估对象易发预后性较差的缺血性脑卒中，反之，则认为对象不易发预后性较差的缺血性脑卒中。
本发明第三方面提供用于检测肠杆菌科的物质在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于诊断缺血性脑卒中。所述试剂盒是根据样品中肠杆菌科的富集程度，诊断缺血性脑卒中的疾病类型，优选所针对的样品为粪便样品。通常来说，检测结果中肠杆菌科的富集程度越高，则认为诊断对象是预后性较差的缺血性脑卒中，而肠杆菌科的富集程度越低，则认为诊断对象是预后性较佳的缺血性脑卒中。
本发明中，优选可以是用于检测肠杆菌科和空腹血糖的物质在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于诊断缺血性脑卒中。肠杆菌科指标和空腹血糖指标的联合使用，可以进一步提高诊断缺血性脑卒中的种类的准确性，肠杆菌科指标的趋势如上所述，而对于空腹血糖指标，较高的空腹血糖，则认为诊断对象是预后性较差的缺血性脑卒中，反之，则认为诊断对象是预后性较佳的缺血性脑卒中。
如上所述，本发明的所提供的试剂盒，可以高效、准确地对卒中进行风险评估、诊断和预后，从而使肠道微生物群可以作为一个新的生物标记物来评估卒中的风险、诊断卒中的种类、评估卒中的预后等，包括早期恢复结局和远期功能结局是有十分意义的，从而可以被开发为精准医学中的新型生物标志物。
以下通过特定的具体实例说明本发明的实施方式，本领域技术人员可由本说明书所揭露的内容轻易地了解本发明的其他优点与功效。本发明还可以通过另外不同的具体实施方式加以实施或应用，本说明书中的各项细节也可以基于不同观点与应用，在没有背离本发明的精神下进行各种修饰或改变。
在进一步描述本发明具体实施方式之前，应理解，本发明的保护范围不局限于下述特定的具体实施方案；还应当理解，本发明实施例中使用的术语是为了描述特定的具体实施方案，而不是为了限制本发明的保护范围；在本发明说明书和权利要求书中，除非文中另外明确指出，单数形式“一个”、“一”和“这个”包括复数形式。
当实施例给出数值范围时，应理解，除非本发明另有说明，每个数值范围的两个端点以及两个端点之间任何一个数值均可选用。除非另外定义，本发明中使用的所有技术和科学术语与本技术领域技术人员通常理解的意义相同。除实施例中使用的具体方法、设备、材料外，根据本技术领域的技术人员对现有技术的掌握及本发明的记载，还可以使用与本发明实施例中所述的方法、设备、材料相似或等同的现有技术的任何方法、设备和材料来实现本发明。
除非另外说明，本发明中所公开的实验方法、检测方法、制备方法均采用本技术领域常规的分子生物学、生物化学、染色质结构和分析、分析化学、细胞培养、重组DNA技术及相关领域的常规技术。这些技术在现有文献中已有完善说明，具体可参见Sambrook等MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANUAL，Second edition，Cold Spring HarborLaboratory Press，1989and Third edition，2001；Ausubel等，CURRENT PROTOCOLS INMOLECULAR BIOLOGY，John Wiley&Sons，New York，1987and periodic updates；theseries METHODS IN ENZYMOLOGY，Academic Press，San Diego；Wolffe，CHROMATINSTRUCTURE AND FUNCTION，Third edition，Academic Press，San Diego，1998；METHODS INENZYMOLOGY，Vol.304，Chromatin(P.M.Wassarman and A.P.Wolffe，eds.)，AcademicPress，San Diego，1999；和METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY，Vol.119，ChromatinProtocols(P.B.Becker，ed.)Humana Press，Totowa，1999等。
研究队列为于2014年2月至2015年6月期间在南方医科大学南方医院神经内科就诊的患者。本研究招募了新诊断为缺血性卒中的患者。缺血性卒中被定义为与影像学证实的急性梗塞相关的临床综合征，其与脑成像-磁共振成像或磁共振血管造影的结果一致。根据缺血性脑卒中诊断指标，入院时的所有患者确诊为缺血性卒中。纳入标准如下：(1)年龄在18至 80岁之间，(2)诊断为急性中重度缺血性卒中(美国国立卫生研究院卒中量表[NIHSS]评估病情严重程度，NIHSS评分≥4)，(3)在缺血性卒中发病后7天内入院，(4)入院后48小时内收集粪便样本。排除标准如下：(1)入院前一个月内使用抗生素，益生元或益生菌；(2) 脑卒中发病7天后入院；(3)卒中发病后7天内死亡；(4)肝硬化，肾功能衰竭和恶性肿瘤等全身性疾病的病史。出于验证目的，使用相同的选择标准从2016年3月至2017年12月招募了一个独立的队列。南方医科大学伦理委员会批准了本研究的所有方面，并从所有受试者或其法定监护人处获得了数据收集的知情同意书。
患者的人口统计学：临床特征包括入院第0天和第7天的NIHSS评分(NationalInstitutes of Health Stroke Scale，美国国立卫生院评分量表)、年龄(Age)、性别(sex)、吸烟史(smoke)、饮酒史(alcohol)、服药病史(medicine)、卒中史(History ofStroke)、高血压病史(History of HBP)、冠心病史(History of CAD)、糖尿病史(Historyof DM)、糖化血红蛋白 (glycatedhemoglobin,HbAlc)、血糖(GLU,glucose)、高脂血症(HLP,hyperlipidemia)、总胆固醇(TC,Total cholesterol)、极低密度脂蛋白(VLDL，Verylow-density lipoprotein)、高密度脂蛋白(HDL，high-density lipoprotein)、甘油三酯(TG,Triglycerides)、低密度脂蛋白(LDL, low-density lipoprotein)、肌酐(Cr,creatinine)、尿酸(UA,Uric Acid)、白细胞(WBC,white blood cell)。除上述数据外，患者已完成的头颅影像及血管等检查结果也将进行收集。收集患者入院后48小时内的粪便样品，粪便样本在采集后，迅速放置在冰盒中转送至实验室，采用高压无菌的EP管进行分装，分装操作台为消毒后的通风橱，分装后做好标记，并在收集后2小时内在冻存于-80℃冰箱中。确定入组样本后，进行后期操作分析。
数据采集的负责人为经过培训的研究生，且通过2人随机抽取部分数据进行核对无误后，进入后期数据分析。
实施例1
卒中量表评分：
采用美国国立卫生研究院卒中量表(National Institute of Health strokescale,NIHSS)进行神经功能受损评测，按表评分，记录结果，时间2分钟。除必要的指点，不能反复提醒被测者。评测人员均受过临床专门的评测培训，结果由从事神经内科临床至少5年以上的副主任医师确定诊断。
粪便样品的微生物学研究：
粪便样本总DNA(肠道菌群总DNA)提取：
在本研究中，采用Mo Bio强力土壤DNA提取试剂盒(the Mo Bio PowerSoil DNAExtraction Kit)来进行粪便样本中细菌总DNA的提取。提取流程严格按照Mo Bio试剂盒的说明书进行。细菌总DNA的提取产物放置于-20℃冰箱冻存，留待后期进行PCR操作扩增目标基因。
PCR扩增细菌16S rRNA V4区基因特征标签序列：
获得所有粪便样本的细菌总DNA产物后，采用具有16s rRNA V4可变区域带barcode的通用引物进行下一步的PCR扩增流程。PCR循环参数设定如下表1所示：
表1
Figure BDA0001816798370000071
PCR体系建立，体系建立过程均在无菌条件下完成，操作台为生物安全柜。PCR反应体系设计容量为25μl。25μl的PCR反应体系成分：0.5μl模板DNA(细菌DNA)、1.5μl Mg2+(25mM),0.25μl TaKaRa Ex Taq DNA聚合酶(2.5单位)、2.5μl TaKaRa 10×Ex Taq缓释液(去Mg2+)、2.0μl dNTP混合物(2.5mM)(TaKaRa,大连,中国)、0.5μl 10μM下游引物 (805R)、0.5μl 10μM带barcode上游引物(514F)(GTGCCAGCMGCCGCGGTAA)(SEQ ID NO.1)、下游引物805R(GGACTACHVGGGTWTCTAAT)(SEQ ID NO.2)和17.25μl ddH2O。 (所有稀释液均为无菌ddH2O)
PCR扩增后，琼脂凝胶电泳技术进行PCR扩增产物检测，明确目标条带是否扩增。成功扩增目标条带的样本即可送测序。
测序及菌群数据分析：
成功扩增目标条带的所有的PCR产物，按照浓度100ug/L定量混样，统一送至华大基因公司(深圳,中国)(冰冻条件保存)，采用Illumina Miseq(PE 150)测序技术进行菌群基因测序。利用BIPES技术测序对测序前所有的原始序列进行预处理(参见Zhou HW,Li DF,Tam NF,et al.BIPES,a cost-effective high-throughput method for assessingmicrobial diversity.ISME J,2011, 5:741-749)。
测序结果综合采用Mothur、QIIME、BIPES等生物信息学工具，处理序列，质控，去除嵌合体，拼接获得目标标签序列，最终分拣到每个样品；进一步，经Usearch或者UPARSE 聚类，进一步进行OTU种属分类(参见He Y,Caporaso JG,Jiang XT,et al.Stability ofoperational taxonomic units:an important but neglected property for analyzingmicrobial diversity[J]. Microbiome,2015,3:20)。最终的结果再进一步获得相应的alpha和beta多样性参数，并作 PCoA，PCA等多元统计分析。最后结合运用LEfSe等工具，寻找不同组别之间的菌群结构差异。
OTU(Operational Taxonomic Units，分类操作单元)：在生物学信息分析中，测序得到的每一条序列代表一个菌。我们需要对序列进行归类操作(cluster)，将序列按照彼此相似性(指定相似度96％、97％或者98％)归类为许多小组(每一个小组即为一个OTU)，OTU划分后进行生物信息统计分析，才能进一步得知一个样品测序结果中的菌种、菌属等数目信息，分析过程中所使用的肠杆菌科最大OTU序列如下：
TACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGTGGT TTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATCTGATACTGGCA AGCTTGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGAT CTGGAGGAATACCGGTGGCAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGCTCAGGTGCGA AAGCGTGGGGAGCAAACAGG(SEQ ID NO.3)
利用PyNAST算法(PyNAST algorithms)对每个OTU的序列进行校准序列排齐处理，每个OTU的代表性序列都需要通过序列的频率来确定。下一步，去除嵌合体，将OTU的代表序列***到FastTree软件进行处理，进而生成含有所有OTU代谢序列的***发育进化树，在此基础上进行菌群的alpha多样性(α-多样性)和beta多样性(β-多样性分析)的分析。
α-多样性反映一个微生物群落的多样性，其指标包括PD whole tree指标(代表***发育多样性)；Chao1和observed species指标(代表物种丰富度)；Shannon index指标(同时考虑物种丰富度和均匀性的指标)。
主成分分析(Principal component analysis,PCA)，该方法已被广泛运用于不同肠道菌群群落结构的比较。主成分分析PCA是根据样本之间的相关性程度，采用降维方法，把多数指标转化为几个综合性的指标来进行分析。本研究中，采用的是与主成分分析PCA相似的主坐标分析方法(principal coordinate analysis,PCoA)，对各样本间进行进行非加权(unweighted) 和加权(weighted)分析组间beta-多样性的结果。PCoA分析方法是从样本间的聚类矩阵出发，通过三维坐标轴的旋转，根据聚类距离在新的坐标系中标定样本。
采用LEfSe(linear discriminate analysis size effect)分析方法，找出对照组和疾病组之间具有显著性差异的细菌类群。在本次分析中，将LDA(线性判别分析)临界值设置为2或4。 LEfSe分析，即LDA Effect Size分析，是一种针对高维生物的标记进行探索的分析方法。它可识别不同生物条件间的基因组学的特点，辨别两个或多个不同生态组之间的差异，实现分组之间的比较。除此之外，还可进行分组的内部的亚组比较，找到组间在丰度上有显著差异的物种(即biomaker)。该分析方法首先在多组样本中检测不同分组间丰度差异显著的物种(采用非参数因子Kruskal-Wallis秩和检验)；然后进行组间的差异分析(采用非参数因子成组分析的Wilcoxon秩和检验)；最后用线性判别分析(LDA)方法，对数据进行降维以帮助评估组间差异显著的物种在组间差异中的影响力(即LDA score)。最后，采用条图，清晰地展示出LEfSe分析结果。条图中不同的颜色代表不同的分组，条图的高度表示细菌差异程度的大小。
早期改善结局和长期功能结局的定义：
选择入院后第7天NIHSS改善的百分比作为早期改善(EI)的衡量标准(参见Kharitonova T,et al.Association of Early National Institutes of Health StrokeScale Improvement with Vessel Recanalization and Functional Outcome AfterIntravenous Thrombolysis in Ischemic Stroke.Stroke； 2011；42:1638–1643；KerrDM,et al.Seven-Day NIHSS Is A Sensitive Outcome Measure for ExploratoryClinical Trials in Acute Stroke:Evidence from the Virtual InternationalStroke Trials Archive.Stroke.2012；43:1401–1403；Bentley P,et al.LesionLocations Influencing Baseline Severity and Early Recovery in IschaemicStroke.Eur J Neurol.2014；21:1226–1232)。使用先前已被确定的NIHSS评估方法在入院时即基线水平和治疗第7天从临床评估模板中评出NIHSS 评分(参见Williams LS,YilmazEY,Lopez-Yunez AM.Retrospective Assessment of Initial Stroke Severity withThe NIH Stroke Scale.Stroke.2000；31:858–862)。国际卒中试验档案(VISTA)分析表明，与急性卒中试验中的典型记录终点(30天和90天改良Rankin量表[mRS]和90天 NIHSS)相比，7天NIHSS评分是评估治疗效果最敏感的结点。此外，急性卒中患者通常在医院住院将近7-14天；因此，7天的NIHSS评分便于使用，且可用于随访和未来的临床管理参考。因此，患者被分类为EI(标准治疗7天后NIHSS评分改善≥40％)组或不良EI(不良 EI结局，7天NIHSS与基线相比改善<40％)组。
在卒中后90天通过电话对患者或其护理人员进行随访，通过使用改良的Rankin量表 (mRS)评分获得功能结局。该观察量表提供反映生活方式和独立生活能力的临床致残评分。范围从0(无症状)到6(死亡)。如果评估者判断为0或1，则表明功能结果最佳，如果评分为0-2，则表明功能结果良好或功能独立的结局(参见Rost NS,Biffi A,Cloonan L,ChorbaJ, Kelly P,Greer D,et al.Brain Natriuretic Peptide Predicts FunctionalOutcome in Ischemic Stroke. Stroke.2012；43:441–445)。
数据分析：
所有统计分析均使用R3.3.2进行。连续变量表示为中位数(四分位数间距，IQR)或平均值±标准差(SD)。分类变量以比例表示。对于微生物群分析，使用在QIIME 1.9.1中实施的Adonis测试。当作为独立变量进行分析时，对肠杆菌科进行对数转换[lg(肠杆菌科×105+ 1)]以量化生物标志物与EI或90天功能结局之间的关联。使用Shapiro-Wilk测试检查数据的正常性。使用t检验，Mann-Whitney检验，卡方检验或Fisher精确检验以及适当的Wald 检验比较受试者。P<0.05(双尾)的值被认为是显著的。
单变量和多变量逻辑回归分析用于评估研究队列中肠杆菌科与不良EI之间的关联，以及不良EI结局与90天功能结局之间的关联。所有变量均显示单变量分析中的相关趋势(P<0.20) (不良EI结局模型：既往抗血小板使用史、卒中史、血糖、UA、HCY、总胆固醇[TC]、高密度脂蛋白[HDL]]、低密度脂蛋白[LDL]和肠杆菌科；最佳结局模型：NIHSS评分，肠杆菌科和不良EI；良好的功能结局模型：NIHSS评分，肠杆菌科和不良EI)。通过使用上述多变量模型比较受试者操作特征(ROC)曲线来评估不良EI和90天功能结局的预测性能。相对风险表示为优势比(OR)与95％置信区间(CI)。
结果：
研究队列与验证队列患者的特征的整体概括参见表2：
表2
Figure BDA0001816798370000111
除非另有说明，数据均为中位数(四分位数间距，IQR)。百分比在括号中显示。
EI与不良EI组(poor EI)之间的传统参数无显著性差异：
共有36名中重度急性缺血性卒中患者被纳入建模队列，以比较EI和不良EI组之间的菌群。治疗7天后，15名患者(41.7％)显示NIHSS改善≥40％，被归类为EI组，而其余21 例(58.3％)被归类为不良EI组。年龄、入院时的NIHSS评分、HBP或DM的病史、血糖等报道与急性卒中预后相关的潜在指标，在本研究中，这些指标均未显示在EI与不良EI组之间的显着差异，具体如表3所示。
表3
Figure BDA0001816798370000112
Figure BDA0001816798370000121
除非另有说明，数据均为中位数(四分位数间距，IQR)。百分比在括号中显示。
两组的肠道菌群有显著差异，其中不良EI组肠道的肠杆菌科富集：
使用主坐标分析(PCoA)来确定两组的菌群结构是否在统计学上存在差异。对于未加权的UniFrac距离，两组显著不同(Adonis检验，R2＝0.034，P＝0.044)(图1A)，提示组间肠道菌群特征存在差异。我们使用其他距离进行了类似的分析，包括加权UniFrac(R2＝0.034， P＝0.29)；Bray-Curtis(R2＝0.036，P＝0.197)；二进制Jaccard(R2＝0.033，P＝0.006)；和Pearson(R2＝0.044，P＝0.139)。这些结果表明，早期急性期的肠道菌群可能可以用于区分脑卒中患者的EI和不良EI结局。
然后，使用LEfSe(一种高维生物标记物发现算法)来评估两组之间的分类学差异。在 LEfSe中，较高的LDA值表示测试组之间某种菌的差异更显著。实验中，可以观察到肠杆菌科和肠杆菌目(仅包含肠杆菌科)在不良EI组中显着富集，而其他分类群包括放线菌，甲型变形菌纲和放线菌在EI组中更丰富(图1B-C)。其中，肠杆菌科的差异最显著，其LDA值高于4(图1C)。我们进一步使用Mann-Whitney检验来检查这两组之间肠杆菌科相对丰度的显著性。肠杆菌科相对丰度在不良EI组中显着增加(中位数[四分位数间距，IQR]12.2％(2.8-29.0)对比4.7％(1.1-7.9)；Mann-Whitney检验，P＝0.027)，几乎是EI组的3倍(图1D)。对于用LEfSe鉴定的其他分类群，Mann-Whitney检验结果存在显著性差异。然而，其他分类群的绝对丰度远低于肠杆菌科。
肠杆菌科预测不良EI：
使用单变量和多变量分析来测试肠杆菌科是否可用于预测不良EI结局。在多因素逻辑回归模型中输入的变量如下：性别、年龄、吸烟史、血糖、基线NIHSS评分、卒中史、HBP、DM和HLP，这些都是先前有报道的与急性卒中相关的潜在混杂因素，此外，一些实验室化验值也加入该模型，单因素和多因素逻辑回归分析预测研究组中卒中患者的不良EI结局参见表4。在单变量分析中，肠杆菌科(OR：6.2,95％CI：1.27-30.34)；TC(OR：0.39,95％CI：0.19-0.79)；HDL(OR：0.02,95％CI：0-0.44)；和LDL(OR：0.23,95％CI：0.07-0.68)与不良EI结果相关。空腹血糖，使用抗血小板药物史，中风史，UA和HCY显示出与不良EI的相关趋势(P<0.2)。在针对上述变量调整的多变量分析中，仅肠杆菌科(调整OR：6.27,95％ CI：1.16-33.73)仍然独立地预测不良EI结局。预测模型包含肠杆菌科和空腹血糖，而UA， HCY，TC，HDL，LDL，卒中史和抗血小板药物史被去除，因为这些变量之间存在多重共线性关联。Logistic回归分析的ROC图显示，该模型(肠杆菌科+空腹血糖)对不良EI结局的预测性能为78.8％(曲线下面积[AUC]估计为78.8％)，而肠杆菌科对不良EI的预测性能具有相似的效率(AUC估计，76.9％)(图3A)。
表4
Figure BDA0001816798370000131
AUC表示曲线下面积；抗板药物史，入院前使用抗血小板药物；HBP，高血压；DM，糖尿病；HLP，高脂血症；TC，总胆固醇；TG，甘油三酯；HDL，高密度脂蛋白；LDL，低密度脂蛋白；VLDL，极低密度脂蛋白；WBC，白细胞计数；Cr，肌酐；UA，尿酸；HbA1c，糖化血红蛋白；HCY，同型半胱氨酸；SBP，收缩压；DBP，舒张压；PBP，脉压。*P<0.05。 #调整表中的所有上述值。
肠杆菌科预测不良EI的验证：
另外于2016年-2017年重新建立新的临床队列，含有88名患者的验证队列(EI组：n＝37 [42.0％]，不良EI组：n＝51[58.0％])。
EI和不良EI组在入院时的年龄、性别、HBP、DM和NIHSS评分相似(对验证队列亚组间EI相关的不良因素的分析参见表5)。与研究组相似，LEfSe分析的结果显示，与EI组相比，富集的肠杆菌科一直是不良EI组中最重要的差异菌(图2B-C)。在Mann-Whitney检验中，与EI组相比，在不良EI组中观察到显著增加的肠杆菌科(中位数[IQR]7.3％,95％CI [4.0-16.4]对比4.1％,95％CI[1.9-8.4]；P＝0.0011)图2D)。ROC结果显示，不良EI结局的肠杆菌科的曲线下面积为70.2％，而肠杆菌科加空腹血糖的预测模型为73.3％(图3B)。
表5
Figure BDA0001816798370000141
除非另有说明，数据均为中位数(四分位数间距，IQR)。百分比在括号中显示。
使用不良EI和肠杆菌科来预测90天的功能结局：
对缺血性卒中90天的远期功能结局进行的单变量分析显示，基线NIHSS评分，在建模队列中，肠杆菌科和不良EI与90天最佳结局(mRS 0-1)和良好结局(mRS 0-2)显著相关(均为P<0.05)，用于预测研究队列患者90天功能结局的单变量和多变量逻辑回归分析参见表5。验证队列和整个队列的校正后的不良EI结局对缺血性卒中90天功能结局的预测如表7所示，在针对上述变量和相关混杂因素调整的多变量分析中，不良EI(OR：0.059，95％CI：0.005-0.656)和NIHSS评分(OR：0.287，95％CI：0.097-0.846)能独立预测90天最佳结局(mRS 0-1)。我们从模型中除去肠杆菌科，因为它与不良EI呈线性相关。同样，不良EI 结局(OR：0.005，95％CI：0-0.392)和NIHSS评分(OR：0.372，95％CI：0.179-0.770)是 90天良好结局(mRS 0-2)的独立预测因子。
在预测90天最佳结局和良好结局的模型中加入不良EI结局显著增加了它们的预测性能 (AUC估计值分别从0.821增加到0.919[P＝0.024]和从0.786增加到0.925[P＝0.018])(图 4A)。
在验证队列中，不良EI仍然是90天最佳结局和良好结局的独立预测因子。加入不良EI 结局能增加90天最佳结局和良好结局(AUC估计分别从0.747增加到0.802[P＝0.006]和从 0.802增加到0.839[P＝0.016])预测性能，该结果在验证队列中得到了证实(图4B)。
在整个大队列(即建模+验证队列)中，肠杆菌科是90天最佳结局(OR：0.249,95％CI： 0.089-0.693)和良好结局(OR：0.320,95％CI：0.122)-0.844)的独立预测因子。肠杆菌科的加入也增加了整个患者队列中90天最佳结局和良好结局的预测性能(AUC估计值分别从 0.764增加到0.802[P＝0.008]和从0.800增加到0.825[P＝0.021])(图4C)。
表6
Figure 2
*P<0.05。#调整表中的所有上述值。
表7
Figure 1
多因素逻辑回归包括年龄、性别、基线NIHSS、HBP病史、DM病史、HLP病史、CAD 病史和吸烟史。*P<0.05；**P<0.01；***P<0.001。
整个队列，即建模队列和验证队列的总和。
由上述实验结果可知，缺血性卒中后早期急性期肠道肠杆菌与7天不良EI结局密切相关，传统临床变量预测7天不良EI结局的效能较低。此外，早期急性期的肠道肠杆菌科可以成为缺血性卒中90天功能结局的独立预测因子。研究结果证实，7天不良EI结果是90天功能结局的独立预测因子，可提高缺血性脑卒中后90天功能预后的预测性能。
如上所述，EI与长期恢复结局呈现正相关关系，神经***功能的改善对于临床管理至关重要，但并非所有患者都能通过以往的标准化治疗获得满意的恢复。识别具有较高不良EI风险的患者对于医生调整治疗计划或开发新的治疗方法是十分重要的。事实上，在临床上EI不是一个十分精准的术语。虽然NIHSS评分的使用很广泛，但“早期”的时间段通常为发病时间的2小时至30天。在本研究中，使用基线和第7天NIHSS评分进行评估。急性脑卒中患者的住院时间中位数(LOHS)通常为7至14天，七天随访是一个体现早期恢复趋势的时间点，是每时间段的最大的比例的恢复状态并是预测最终结局强力指标。发病后第7天的患者通常达到相对稳定的状态，其中几乎一半患者在此时间左右出院。此外，研究表明，该指标在急性脑卒中试验中的价值优于其他典型终点(在30天和90天mRS评分，在90天时NIHSS评分)。为了评估早期改善或最终功能结局，人口统计学和临床指标包括基线NIHSS评分，年龄，卒中严重程度，病变部位，既往缺血性卒中史，尿酸和糖尿病已经被证实其准确性不稳定。一个整合入院时年龄和NIHSS评分的模型可正确识别62.9％不完全康复或死亡的患者，以及83.2％急性卒中后100天完全康复患者。然而，根据报道，这些指标的结果并不一致，并且在本研究中它们用于预测早期结局的效能很差。
而本发明发明人发现，肠道菌群，特别是肠杆菌科，是急性缺血性脑卒中预后的独立预测因子。通过使用4种不同的统计方法-LEfSe分析(其中LDA值为4)，Mann-Whitney U检验，单变量和多变量逻辑回归分析-我们证实了EI与不良EI组之间肠杆菌科的显著差异以及肠杆菌科对不良EI结局的影响在两个独立的队列中具有可靠的预测性能(分别为AUC76.9％和70.2％)。传统指标的阴性结果可能归因于缺血性脑卒中人群的异质性，因为大多数患者在入院时接受相应的药物治疗。相比之下，迄今为止，在急性脑卒中患者住院期间尚没有针对肠道菌群的临床治疗。研究数据进一步表明，在患者住院期间，其紊乱的肠道菌群保持相对稳定状态。在脑卒中后几天(1-4)观察到肠道菌群的变化，包括肠杆菌科的增加，并且持续至少3周而没有出现明显改变。因此，急性期肠道菌群可以是结局预测的可靠生物标志物。
综上所述，本发明有效克服了现有技术中的种种缺点而具高度产业利用价值。
上述实施例仅例示性说明本发明的原理及其功效，而非用于限制本发明。任何熟悉此技术的人士皆可在不违背本发明的精神及范畴下，对上述实施例进行修饰或改变。因此，举凡所属技术领域中具有通常知识者在未脱离本发明所揭示的精神与技术思想下所完成的一切等效修饰或改变，仍应由本发明的权利要求所涵盖。
序列表
<110> 南方医科大学珠江医院
南方医科大学南方医院
<120> 肠杆菌科作为缺血性脑卒中生物标志物的用途
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gtgccagcmg ccgcggtaa 19
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ggactachvg ggtwtctaat 20
<210> 3
<211> 252
<212> DNA
<213> 人工序列(Enterobacteriaceae)
<400> 3
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggtggtttgt 60
taagtcagat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg catctgatac tggcaagctt 120
gagtctcgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcaaggcgg ccccctggac gaagactgac gctcaggtgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca gg 252

Claims (10)

1.用于检测肠杆菌科的物质在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于评估缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后。
2.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述用于检测肠杆菌科的物质为用于检测粪便样品中的肠杆菌科的物质；
和/或，所述用于检测肠杆菌科的物质为用于检测肠道中的肠杆菌科的物质；
和/或，所述用于检测肠杆菌科的物质为用于检测肠杆菌科富集程度的物质；
和/或，所述用于检测肠杆菌科的物质为检测细菌16S rRNA的物质。
3.如权利要求2所述的用途，其特征在于，所述用于检测肠杆菌科的物质为用于检测大肠肠道中的肠杆菌科的物质；
和/或，所述用于检测肠杆菌科的物质为检测细菌16S rRNA V4区的物质。
4.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述试剂盒是根据样品中肠杆菌科的富集程度，评估缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后。
5.如权利要求4所述的用途，其特征在于，所述样品为粪便样品。
6.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述缺血性脑卒中为NIHSS≥4。
7.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述缺血性脑卒中选自完全性卒中；
和/或，所述缺血性脑卒中为急性期。
8.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述评估缺血性脑卒中的治疗效果和/或判断缺血性脑卒中的预后具体指评估缺血性脑卒中患者的早期恢复结局和/或远期功能结局。
9.用于检测肠杆菌科的物质在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于评估对象是否易发预后性较差的缺血性脑卒中。
10.用于检测肠杆菌科的物质在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于诊断缺血性脑卒中。
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Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111983160A (zh) * 2020-08-14 2020-11-24 中元伯瑞生物科技(珠海横琴)有限公司 神经酸在治疗脑卒中药物中的应用
CN112553358A (zh) * 2020-09-19 2021-03-26 河北医科大学第二医院 微生物菌群在脑卒中中的应用
CN112708686A (zh) * 2021-01-25 2021-04-27 温州医科大学慈溪生物医药研究院 肠道菌群在神经损伤检测中的应用
CN113215240A (zh) * 2021-04-14 2021-08-06 广东医科大学附属医院 研究不稳定斑块脑梗死与肠道菌群相关性的方法、诊断标记物及其应用
CN113769091A (zh) * 2020-06-10 2021-12-10 南方医科大学珠江医院 肠杆菌科特异性抑制剂在制备药物中的用途

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1652785A (zh) * 2002-03-05 2005-08-10 柏林洪堡大学夏里特大学综合诊所技术转让部 用于急性中风之后的预防性治疗的抗感染剂和/或免疫调节剂
US20140147425A1 (en) * 2012-11-23 2014-05-29 Seres Health, Inc. Synergistic bacterial compositions and methods of production and use thereof
CN105693855A (zh) * 2014-11-24 2016-06-22 中国海洋大学 一种高效制备阪崎肠杆菌多克隆抗体的方法
CN106834430A (zh) * 2016-05-27 2017-06-13 郴州市第人民医院 一种脑卒中预警和早期诊断相关标志物及应用

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1652785A (zh) * 2002-03-05 2005-08-10 柏林洪堡大学夏里特大学综合诊所技术转让部 用于急性中风之后的预防性治疗的抗感染剂和/或免疫调节剂
US20140147425A1 (en) * 2012-11-23 2014-05-29 Seres Health, Inc. Synergistic bacterial compositions and methods of production and use thereof
CN105693855A (zh) * 2014-11-24 2016-06-22 中国海洋大学 一种高效制备阪崎肠杆菌多克隆抗体的方法
CN106834430A (zh) * 2016-05-27 2017-06-13 郴州市第人民医院 一种脑卒中预警和早期诊断相关标志物及应用

Non-Patent Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
AMIT K KISHORE ET AL.: "Microbiological Etiologies of Pneumonia Complicating Stroke: A Systematic Review", 《STROKE》 *
AMIT K KISHORE ET AL.: "Microbiological Etiologies of Pneumonia Complicating Stroke: A Systematic Review", 《STROKE》, 31 July 2018 (2018-07-31), pages 1602 - 1609 *
VIKRAMJEET SINGH ET AL.: "Microbiota Dysbiosis Controls the Neuroinflammatory Response after Stroke", 《J NEUROSCI.》, 13 July 2016 (2016-07-13), pages 7428 - 40 *
徐开宇: "急性前循环缺血性脑卒中合并糖尿病患者肠道菌群失调特征研究", 《2017年第五次世界中西医结合大会论文摘要集（上册）》 *
徐开宇: "急性前循环缺血性脑卒中合并糖尿病患者肠道菌群失调特征研究", 《2017年第五次世界中西医结合大会论文摘要集（上册）》, 6 December 2017 (2017-12-06), pages 1 - 4 *
苏式兵等: "生命科学前沿技术与中医药研究", 生命科学前沿技术与中医药研究, pages: 263 - 265 *
高玉霞: "早期肠内营养联合酪酸梭菌肠球菌三联活菌改善高龄脑卒中患者肠道菌群和营养指标的效果分析", 《中国老年保健医学》 *
高玉霞: "早期肠内营养联合酪酸梭菌肠球菌三联活菌改善高龄脑卒中患者肠道菌群和营养指标的效果分析", 《中国老年保健医学》, 25 April 2018 (2018-04-25), pages 65 - 67 *

Cited By (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113769091A (zh) * 2020-06-10 2021-12-10 南方医科大学珠江医院 肠杆菌科特异性抑制剂在制备药物中的用途
CN113769091B (zh) * 2020-06-10 2024-01-12 南方医科大学珠江医院 肠杆菌科特异性抑制剂在制备药物中的用途
CN111983160A (zh) * 2020-08-14 2020-11-24 中元伯瑞生物科技(珠海横琴)有限公司 神经酸在治疗脑卒中药物中的应用
CN111983160B (zh) * 2020-08-14 2022-08-09 中元伯瑞生物科技(珠海横琴)有限公司 神经酸在治疗脑卒中药物中的应用
CN112553358A (zh) * 2020-09-19 2021-03-26 河北医科大学第二医院 微生物菌群在脑卒中中的应用
CN112708686A (zh) * 2021-01-25 2021-04-27 温州医科大学慈溪生物医药研究院 肠道菌群在神经损伤检测中的应用
CN113215240A (zh) * 2021-04-14 2021-08-06 广东医科大学附属医院 研究不稳定斑块脑梗死与肠道菌群相关性的方法、诊断标记物及其应用

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