CN110157808A - 一种与喉鳞癌发生发展相关的非编码rna的应用 - Google Patents
一种与喉鳞癌发生发展相关的非编码rna的应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN110157808A CN110157808A CN201910483146.9A CN201910483146A CN110157808A CN 110157808 A CN110157808 A CN 110157808A CN 201910483146 A CN201910483146 A CN 201910483146A CN 110157808 A CN110157808 A CN 110157808A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- reagent
- expression
- squamous carcinoma
- larynx squamous
- gene
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种与喉鳞癌发生发展相关的非编码RNA的应用,所述非编码RNA为LOC100507599。本发明通过高通量测序技术结合生物信息学分析,首次发现了LOC100507599在喉鳞癌患者中表达上调,并通过进一步的QPCR验证了上述结论,提示LOC100507599可作为分子靶标应用于喉鳞癌的诊断和治疗。
Description
技术领域
本发明属于生物医药领域,涉及一种与喉鳞癌发生发展相关的非编码RNA的应用,具体的涉及RNA为LOC100507599。
背景技术
喉癌是喉部最常见的恶性肿瘤,在我国,以东北地区发病率最高,近年来其发病率有明显增高趋势,但迄今为止喉癌的发病机制尚未完全阐明。目前喉癌的治疗以手术切除为主,治疗后(包括喉全切除术和喉部分切除术)的5年生存率I期约为94%,II期约为89%,III期约为82%,IV期约为66%。早期喉癌可以行手术或放疗获得痊愈;而晚期喉癌患者治疗后通常发音、吞咽及呼吸功能均会受到严重影响,生活质量和生存率都明显下降(RUDOLPH E,DYCKHOFF G,BECHER H,et al.Effects of tumour stage,comorbidity andtherapy on survival of laryngeal cancer patients:a systematic review and ameta-analysis[J].European archives of oto-rhino-laryngology:official j ournalof the European Federation of Oto-Rhino-Laryngological Societies(EUFOS):affiliated with the German Society for Oto-Rhino-Laryngology-Head and NeckSurgery,2011,268(2):165-179.)。目前,喉癌的诊断仍然依靠传统的症状、体征、喉镜、CT表现及病理诊断,尚无有效的能在临床广泛应用的血清肿瘤标记物可用于喉癌的筛查与早期诊断。因此,揭示喉癌发病的分子机制,寻找新的有效的肿瘤标记物,以提高喉癌早期诊断水平和防治效果已成为一项亟待解决的问题。
随着cDNA的克隆和测序技术的发展,科学家现在估计高达70-90%的哺乳动物的基因组被转录,但只有小于3%的DNA被认为是翻译成蛋白质晚。ncRNAs起初被认为是垃圾,杂物,或从转录衍生的副产物(KASHI K,HENDERSON L,BONETTI A,et al.Discovery andfunctional analysis of 1ncRNAs:Methodologies to investigate anuncharacterized transcriptome[J].Biochimica et biophysica acta,2016,1859(1):13-15.),随着研究深入,其功能已越来越受到重视。
根据转录本的长度将ncRNAs分为三类:短链非编码RNA(short noncoding RNAs),中链非编码RNA(midsize noncoding RNAs)和长链非编码RNA。近年来,小干扰BNA(siRNA),Piwi相互作用RNA(piRNA)和微小BNA(miRNA)等短链非编码RNA受到了极大关注和研究。目前,对1ncRNAs的研究处于起步阶段,但其已成为细胞与分子生物学研究领域中的新热点,越来越受到研究者青睐。
研究表明,1ncRNAs与癌症有着密切关系,对癌症的发生、发展、转移及预后等产生重要影响。1ncRNAs在癌症中的作用可分为三类:一是作为原癌基因,如HOTAIR在喉癌、胰腺癌、肝癌和胃肠道间质瘤等疾病中的表达水平显著升高(颜彬,蒋逸群,曹亚,等.长链非编码RNAs的作用机制及其在肿瘤中的作用[J].科学通报,2012,57(36):3467-3474.),HOTAIR敲除后能明显降低细胞增殖、改变细胞周期并诱导细胞的凋亡(KIM K,JUTOORU I,CHADALAPAKA G,et al.HOTAIR is a negative prognostic factor and exhibits pro-oncogenic activity in pancreatic 32(13):1616-1625.);二是作为抑癌基因,例如PTCSC3在***状甲状腺癌中表达水平明显下降,它可以影响与DNA复制、重组、修复和细胞运动等相关基因的表达,恢复其表达能明显抑制***状甲状腺癌细胞的生长(JENDRZEJEWSKI J,HE H,RADOMSKA H S,et al.The polymorphism rs944289predisposes to papillary thyroid carcinoma through a large intergenicnoncoding RNA gene of tumor suppressor type[J].Proceedings of the NationalAcademy of Sciences of the United States of America,2012,109(22):8646-8651.);三是可以同时发挥致癌和抑癌作用的1ncRNAs,如印迹基因H19既具有原癌作用,也可扮演抑癌基因的角色。
寻找喉鳞癌新的有效的分子生物标志物和信号通路,进一步阐明喉鳞癌的发生发展机制,对实现喉鳞癌的个体化精准治疗具有重要的意义。
发明内容
为了弥补现有技术的不足,本发明的目的在于提供一种与喉鳞癌发生发展相关的生物标志物,以及其在诊断和治疗喉鳞癌中的应用。
为了实现上述目的,本发明采用如下技术方案:
本发明提供了检测LOC100507599的试剂在制备诊断喉鳞癌的产品中的应用。
进一步,所述试剂包括通过反转录PCR、实时定量PCR、原位杂交、芯片技术检测LOC100507599表达水平的试剂。
进一步,通过反转录PCR检测LOC100507599表达水平的试剂至少包括一对特异性扩增LOC100507599的引物,通过实时定量PCR检测LOC100507599表达水平的试剂至少包括一对特异性扩增LOC100507599的引物,通过原位杂交检测LOC100507599表达水平的试剂包括特异性识别LOC100507599的探针,通过芯片技术检测LOC100507599表达水平的试剂包括特异性识别LOC100507599的探针。
进一步,通过实时定量PCR检测LOC100507599表达水平的特异性扩增LOC100507599的引物序列如SEQ ID NO.1~2所示。
进一步,所述产品包括芯片、试剂盒。
本发明提供了一种诊断喉鳞癌的产品,所述产品包括检测LOC100507599表达水平的试剂。
进一步,所述产品包括芯片或试剂盒,芯片中检测LOC100507599表达水平的试剂包括特异性识别LOC100507599基因的探针;试剂盒中检测LOC100507599表达水平的试剂包括特异性扩增LOC100507599基因的引物或特异性识别LOC100507599基因的探针。
进一步,特异性扩增LOC100507599基因的引物序列如SEQ ID NO.1~2所示。
本发明提供了LOC100507599在构建预测喉鳞癌的计算模型中的应用。
本发明提供了LOC100507599在制备治疗喉鳞癌的药物组合物中的应用。
本发明的优点和有益效果:
本发明首次发现了LOC100507599基因的表达水平与喉鳞癌相关,通过检测受试者样本中LOC100507599的表达水平,可以判断受试者是否患有喉鳞癌,以及患喉鳞癌的风险,从而指导临床医师给受试者提供预防方案或者治疗方案。
相比传统诊断手段,采用本发明发现的分子标志物对喉鳞癌进行诊断,更及时、更灵敏、更特异。
附图说明
图1是利用QPCR检测LOC100507599基因在喉鳞癌组织中的表达情况图。
具体的实施方式
本发明经过广泛而深入的研究,通过高通量测序的方法,检测喉鳞癌标本中lncRNA在肿瘤组织和正常组织的表达,发现其中具有明显表达差异的lncRNA,探讨其与喉鳞癌的发生之间的关系,从而为喉鳞癌的诊断及靶向治疗寻找更好的途径和方法。
在本发明中,术语“LOC100507599”位于22号染色体上,基因ID为100507599,包括LOC100507599基因及其的同源物,突变,和同等型。该术语涵盖全长,未加工的LOC100507599,以及源自细胞中加工的任何形式的LOC100507599。该术语涵盖LOC100507599的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)。该术语涵盖例如LOC100507599基因,人LOC100507599的基因序列(NR_144529.1),以及来自任何其它脊椎动物来源。
本发明包括任何本领域可用的检测内在基因LOC100507599表达的方法。“检测表达”是指确定内在基因的RNA转录物或其表达产物的量或存在。检测本发明公开的内在基因表达,即基因表达概况分析的方法包括基于多核苷酸杂交分析的方法、基于多核苷酸测序的方法。这些方法通常检测本文所述的内在基因的表达产物(例如lncRNA)。
在优选的实施方案中,使用基于PCR的方法,例如逆转录PCR(RT-PCR),和基于阵列的方法例如微阵列。“微阵列”指可杂交阵列元件,如,例如,多核苷酸探针,在基质上的有序排列。
许多表达检测方法使用分离的RNA。起始材料典型地是从生物样品,例如分别从肿瘤或肿瘤细胞系,以及相应的正常组织或细胞系分离的总RNA。如果RNA的来源是原发性肿瘤,则可以从冷冻的或保存的石蜡包埋并固定的(例如***固定的)组织样品(例如病理学家指导的组织核心样品)中提取RNA(例如mRNA)。
RNA提取的一般方法是本领域熟知的。特别地,可以使用来自商业制造商,例如Qiagen(Valencia,CA)的纯化试剂盒、缓冲剂套组和蛋白酶进行RNA分离,按照制造商的说明进行。例如,可以使用Qiagen RNeasy微型柱从培养细胞分离总RNA。其它可商购的RNA分离试剂盒包括MASTERPURETM Complete DNA和RNA纯化试剂盒(Epicentre,Madison,Wis.)和Paraffin Block RNA分离试剂盒(Ambion,Austin,TX)。例如,可以使用RNA Stat-60(Tel-Test,Friendswood,TX)从组织样品中分离总RNA。例如,可以使用高纯FFPE RNA Microkit,货号04823125001(Roche Applied Science,Indianapolis,IN)从FFPE中分离总RNA。例如,可以通过氯化铯密度梯度离心分离从肿瘤制备的RNA。此外,可以通过使用本领域技术人员熟知的技术容易地处理大量组织样品。
分离的RNA可用于杂交或扩增测定中,包括,但不限于PCR分析和探针阵列。用于检测RNA水平的一种方法包括使分离的RNA能与由被检测基因转录的RNA杂交的核酸分子(探针)接触。核酸探针可以是,例如,全长cDNA,或其部分,例如长度为至少7,15,30,60,100,250或500个核苷酸并且在严谨条件下足以与本发明公开的内在基因,或任何衍生的DNA或RNA特异性杂交的寡核苷酸。RNA与探针的杂交表示所述的内在基因正在表达。
确定样品中内在基因表达产物水平的替代方法包括这样的核酸扩增方法:例如通过RT-PCR、连接酶链式反应、自我持续序列复制、转录扩增***、Q-Beta复制酶、滚环扩增,或任何其它核酸扩增方法,然后使用本领域技术人员熟知的技术检测扩增分子。这些检测方法特别可用于检测核酸分子,如果这种分子以非常低的数量存在的话。
在本发明公开的特定方面,通过定量RT-PCR评价内在基因表达。许多不同的PCR或QPCR方案是本领域已知的并在下文中例举,并可以直接应用它们或者对其进行改变以适用于使用当前所述的组合物来检测和/或定量本发明中所列的内在基因。通常,在PCR中,用至少一种寡核苷酸引物或一对寡核苷酸引物进行反应扩增靶核苷酸序列。一个或多个引物与靶核酸的互补区域杂交,并且DNA聚合酶延伸一个或多个引物以扩增靶序列。在足以提供基于聚合酶的核酸扩增产物的条件下,单一大小的核酸片段在反应产物(靶多核苷酸序列,其是扩增产物)中占优势。重复扩增循环以增加单个靶多核苷酸序列的浓度。可以在任何通常用于PCR的热循环仪中进行反应。但是,优选的是具有实时荧光测量能力的循环仪,例如,(Cepheid,Sunnyvale,CA)、ABI PRISM(Applied Biosystems,Foster City,Calif.)、ROTOR-GENETM(CorbettResearch,Sydney,Australia)、(Roche Diagnostics Corp,Indianapolis,Ind.)、(BioradLaboratories,Hercules,Calif.)和(Stratagene,La Jolla,Calif.)。
本发明提供了一种诊断喉鳞癌的产品,所述产品包括检测LOC100507599表达水平的试剂,所述产品包括芯片或试剂盒。作为一种实施方案,芯片包括固相载体以及固定在固相载体的特异性识别LOC100507599的寡核苷酸探针,试剂盒包括特异性扩增LOC100507599的引物、特异性识别LOC100507599的寡核苷酸探针或芯片。
特异性识别LOC100507599的寡核苷酸探针可以是DNA、RNA、DNA-RNA嵌合体、PNA或其它衍生物。所述探针的长度没有限制,只要完成特异性杂交、与目的核苷酸序列特异性结合,任何长度都可以。所述探针的长度可短至25、20、15、13或10个碱基长度。同样,所述探针的长度可长至60、80、100、150、300个碱基对或更长,甚至整个基因。由于不同的探针长度对杂交效率、信号特异性有不同的影响,所述探针的长度通常至少是14个碱基对,最长一般不超过30个碱基对,与目的核苷酸序列互补的长度以15-25个碱基对最佳。所述探针自身互补序列最好少于4个碱基对,以免影响杂交效率。
所述固相载体包括无机载体和有机载体,所述无机载体包括但不限于有硅载体、玻璃载体、陶瓷载体等;所述有机载体包括聚丙烯薄膜、尼龙膜等。
作为一种实施方案,试剂盒包含一组寡核苷酸引物,所述引物足以检测和/或定量本发明所述的内在基因。寡核苷酸引物可以以冻干或重构的形式提供,或者可以作为一组核苷酸序列提供。在一个实施方案中,以微孔板(microplate)的形式提供引物,其中每一个引物组占用微孔板中的一个孔(或多个孔,如在重复的情况下)。微孔板可以进一步包含足以检测如下所述的一个或多个看家基因的引物。试剂盒可以进一步包含足以扩增本发明所述的基因的表达产物的试剂和说明。
为了便于快速访问,例如为进行比较、检查、恢复、和/或修改,分子特征/表达概况典型地记录在数据库中。最典型地,数据库是可由计算机设备访问的关系数据库,虽然可以使用其它形式,例如作为照片、模拟或数字成像读数、电子表格等的表达概况的手动访问索引文件。无论最初记录的表达模式本质上是模拟的或数字的,表达模式、表达概况(集合的表达模式)和分子特征(相关表达模式)以数字形式储存并通过数据库访问。典型地,数据库在中央设备编辑并维持,可以在本地和/或远程访问。
在本发明的一个实施方案中,通过评价一个或多个主体样品中本发明所述的内在基因的表达模式或表达概况来评估喉鳞癌亚型。为了讨论的目的,术语主体,或主体样品,指个体,不管其健康和/或疾病状态。主体可以是受试者、研究参与者、对照主体、筛选主体、或任何由其获得样品的并在本发明的背景下被评估的其他类别的个体。相应地,主体可以被诊断为患有喉鳞癌,可以呈现出喉鳞癌的一种或几种症状,或者对于喉鳞癌的诱发因素,例如家族(遗传)或医疗史(医疗)因素,可以正在接受喉鳞癌的治疗或疗法,等等。或者,就任何上述因素或标准而言,主体可以是健康的。应当理解本文使用的术语“健康”是相对于喉鳞癌状态而言的,因为术语“健康”不能定义为相应于任何绝对的评价或状态。因此,对于任何特定疾病或疾病标准来说,被定义为健康的个体可以实际上被诊断为患有任何其它一种或多种疾病,或者表现出任何其它一种或多种疾病标准,包括一种或多种除喉鳞癌以外的癌症。但是,健康对照优选没有任何癌症。
在特定的实施方案中,预测喉鳞癌内在亚型的方法包括收集包含癌细胞或组织的生物样品,例如喉组织样品或原发喉肿瘤组织样品。“生物样品”意指任何在其中可以检测内在基因表达的细胞、组织、或体液的取样。这种生物样品的实例包括,但不限于活组织检查和涂片。可用于本发明的体液包括血液、淋巴液、尿液、唾液或任何其它身体分泌液或其衍生物。血液可以包括全血、血浆、血清或任何血液衍生物。在一些实施方案中,生物样品包括喉细胞,特别是来自活组织检查的喉组织,例如喉鳞癌组织样品。可以通过多种技术从主体获得生物样品,包括,例如通过刮擦或擦抹一个区域、通过使用针抽吸细胞或体液、或者通过移除组织样品(即活组织检查)。收集各种生物样品的方法是本领域熟知的。在一些实施方案中,通过,例如,细针抽吸活检,穿刺活检,或切除活检获得喉组织样品。可以对细胞或组织应用固定剂和染色液以保存样本并便于检查。生物样品,特别是喉组织样品,可以转移至载玻片以进行放大观察。在一个实施方案中,生物样品是***固定、石蜡包埋的喉组织样品,特别是原发喉鳞癌样品。在不同的实施方案中,从病理学家指导的组织核心样品获得组织样品。
本发明提供了LOC100507599在制备治疗喉鳞癌的药物组合物中的应用,所述药物组合物包括LOC100507599的抑制剂,所述抑制剂是指可以降低LOC100507599表达水平的试剂,包括但不限于特异性针对LOC100507599的shRNA或siRNA。所述药物组合物还包括药学上可接受的载体,包括(但并不限于):稀释剂、赋形剂如乳糖、氯化钠、葡萄糖、尿素、淀粉、水等、填充剂如淀粉、蔗糖等;粘合剂如单糖浆、葡萄糖溶液、淀粉溶液、纤维素衍生物、藻酸盐、明胶和聚乙烯吡咯烷酮;湿润剂如甘油;崩解剂如干淀粉、海藻酸钠、海带多糖粉末、琼脂粉末、碳酸钙和碳酸氢钠;吸收促进剂季铵化合物、十二烷基硫酸钠等;表面活性剂如聚氧化乙烯山梨聚糖脂肪酸酯、十二烷基硫酸钠、硬脂酸单甘油酯、十六烷醇等;致湿剂如甘油、淀粉等;吸附载体如淀粉、乳糖、斑脱土、硅胶、高岭土和皂粘土等;润滑剂如滑石粉、硬脂酸钙和镁、聚乙二醇、硼酸粉末等。
在本发明中,药物组合物可以使用不同的添加剂进行制备,例如缓冲剂、稳定剂、抑菌剂、等渗剂、螯合剂、pH控制剂及表面活性剂。
下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细的说明。以下实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件,或按照制造厂商所建议的条件。
实施例1筛选与喉鳞癌相关的基因标志物
1、样品收集
分别收集4例喉鳞癌的癌组织及相对应的癌旁组织样本(距离肿瘤边缘1.5公分以上),进行高通量测序,所有患者术前未进行化疗、放疗以及内分泌治疗,且患者无其他肿瘤、心脑血管疾病史、传染病病史已经家族遗传性疾病史。
2、RNA样品的制备及质量分析
使用Takara RNA提取试剂盒(Code NO.9767)提取组织中的RNA,步骤如下:
1)将组织样品转移至液氮预冷的研钵中,用研杵研磨组织,其间不断加入液氮,直至研磨成粉末状。将研磨成粉末状的样品加入到含有裂解Buffer RL的1.5ml灭菌离心管中,用移液器反复吹打直至裂解液中无明显沉淀。
2)将裂解液在12,000rpm,4℃离心5min。
3)小心吸取上清液到新的1.5ml RNase Free Tube中。
4)加入与液体等体积的70%乙醇,使用移液枪将溶液混合均匀。
5)立即将混合液全部转入到RNA Spin Column中。
6)12,000rpm,离心1min,弃滤液。将RNA Spin Column放回到2ml收集管中。
7)将500μl的Buffer RWA加入至RNA Spin Column中,12,000rpm离心30s,弃滤液。
8)将600μl的Buffer RWB加入至RNA Spin Column中,12,000rpm离心30s,弃滤液。
9)重复步骤8)。
10)将RNA Spin Column重新安置于2ml收集管上,12,000rpm离心2min。
11)将RNA Spin Column安置于1.5ml的无RNA酶收集管上,在RNA SpinColumn膜中央处加入50~200μl的RNase Free dH2O或0.1%DEPC处理水,室温静置5min。
12)12,000rpm离心2min洗脱RNA。
13)检测RNA浓度,鉴定RNA的产量和纯度。
3、cDNA文库的构建及测序
利用Illumina的TruseqTM RNA sample Prep Kit进行cDNA文库的构建。
使用试剂盒去除核糖体rRNA,向反应体系中加入fragmentation buffer将RNA打断成短片段,以mRNA为模板,用六碱基随机引物(random hexamers)合成第一条cDNA链,然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H和DNA polymerase I合成第二条cDNA链,在经过QiaQuickPCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱之后做末端修复、加碱基A,连接测序接头,然后用琼脂糖凝胶电泳进行片段大小选择,加UNG酶消化cDNA二链,最后进行PCR扩增,最后用琼脂糖凝胶电泳回收目的大小片段,使用建好的文库上机测序。11)文库质量检测:使用Agilent 2100Bioanalyzer和ABI StepOnePlus Real-Time PCR System对文库质量进行检测。
4、上机测序
检测合格的文库,加入NaOH变性成单链,按照预期上机数据量,稀释至一定的上机浓度。变性稀释后的文库加入到FlowCell内,与FlowCell上的接头杂交,在cBot上完成桥式PCR扩增,最后使用Illumina Hiseq x-ten平台进行测序。
5、生物信息学分析
用cutadapt对reads的5’和3’段进行trim,trim掉质量<20的碱基,并且删掉N大于10%的reads;将质控后得到的高质量测序序列与指定的参考基因组比对,参考基因组版本是GRCh38.p7,采用limma包分析对照组跟疾病组lncRNA的表达差异,筛选标准是p<0.05。
6、结果
生物信息学分析发现,LOC100507599在喉鳞癌患者中表达显著上调,提示LOC100507599可能作为检测靶标应用于喉鳞癌的早期诊断。
实施例2QPCR测序验证LOC100507599基因的差异表达
1、按照实施例1的收集方式收集的32例喉鳞癌患者癌组织样本和癌旁组织样本对LOC100507599基因差异表达进行大样本QPCR验证。
2、RNA提取
Takara RNA提取试剂盒(Code NO.9767)提取组织中的RNA,具体步骤参见实施例1。
3、QPCR
根据LOC100507599和GADPH的基因序列设计引物,引物序列如表1所示。
表1扩增引物序列
使用TaKaRa One Step TB GreenTM Prime ScriptTM RT-PCR试剂盒(CodeNo.RR066A)进行PCR反应,反应体系和反应条件如表2所示。在Thermal CyclerRealTime System扩增仪上进行PCR扩增,反应结束后确认Real Time PCR的扩增曲线和溶解曲线,ΔΔCT法进行相对定量。
表2 QPCR反应体系和反应条件
4、结果
QPCR结果如图1所示,与癌旁组织相比,LOC100507599在喉鳞癌组织中表达上调,差异具有统计学意义(P<0.05),同高通量测序结果一致,提示可通过检测LOC100507599的水平判断受试者是否患有喉鳞癌,当LOC100507599的水平显著增加时,受试者患有喉鳞癌或者存在患有喉鳞癌的风险,通过LOC100507599与喉鳞癌之间的关系可以设计靶向LOC100507599的shRNA、siRNA从而治疗喉鳞癌。
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以对本发明进行若干改进和修饰,这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围内。
序列表
<110> 河北医科大学第二医院
<120> 一种与喉鳞癌发生发展相关的非编码RNA的应用
<160> 4
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
ttccagcaga ttcaagag 18
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
aggcacaatg attctaca 18
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
aatcccatca ccatcttcca g 21
<210> 4
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gagccccagc cttctccat 19
Claims (10)
1.检测LOC100507599的试剂在制备诊断喉鳞癌的产品中的应用。
2.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述试剂包括通过反转录PCR、实时定量PCR、原位杂交、芯片技术检测LOC100507599表达水平的试剂。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,通过反转录PCR检测LOC100507599表达水平的试剂至少包括一对特异性扩增LOC100507599的引物,通过实时定量PCR检测LOC100507599表达水平的试剂至少包括一对特异性扩增LOC100507599的引物,通过原位杂交检测LOC100507599表达水平的试剂包括特异性识别LOC100507599的探针,通过芯片技术检测LOC100507599表达水平的试剂包括特异性识别LOC100507599的探针。
4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,通过实时定量PCR检测LOC100507599表达水平的特异性扩增LOC100507599的引物序列如SEQ ID NO.1~2所示。
5.根据权利要求1-4任一项所述的应用,其特征在于,所述产品包括芯片、试剂盒。
6.一种诊断喉鳞癌的产品,其特征在于,所述产品包括检测LOC100507599表达水平的试剂。
7.根据权利要求6所述的产品,其特征在于,所述产品包括芯片或试剂盒,芯片中检测LOC100507599表达水平的试剂包括特异性识别LOC100507599基因的探针;试剂盒中检测LOC100507599表达水平的试剂包括特异性扩增LOC100507599基因的引物或特异性识别LOC100507599基因的探针。
8.根据权利要求7所述的产品,其特征在于,特异性扩增LOC100507599基因的引物序列如SEQ ID NO.1~2所示。
9.LOC100507599在构建预测喉鳞癌的计算模型中的应用。
10.LOC100507599在制备治疗喉鳞癌的药物组合物中的应用。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201910483146.9A CN110157808A (zh) | 2019-06-04 | 2019-06-04 | 一种与喉鳞癌发生发展相关的非编码rna的应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201910483146.9A CN110157808A (zh) | 2019-06-04 | 2019-06-04 | 一种与喉鳞癌发生发展相关的非编码rna的应用 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN110157808A true CN110157808A (zh) | 2019-08-23 |
Family
ID=67627552
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201910483146.9A Pending CN110157808A (zh) | 2019-06-04 | 2019-06-04 | 一种与喉鳞癌发生发展相关的非编码rna的应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN110157808A (zh) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN110819712A (zh) * | 2019-10-31 | 2020-02-21 | 上海市第十人民医院 | piRNA-26131在制备甲状腺癌诊断和预后标记物中的应用 |
CN111733249A (zh) * | 2020-07-21 | 2020-10-02 | 北京泱深生物信息技术有限公司 | 喉癌发生发展相关分子标志物 |
CN115074444A (zh) * | 2022-06-30 | 2022-09-20 | 河北医科大学第二医院 | miR-5189-3p在头颈部鳞癌诊疗中的应用 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106492228A (zh) * | 2016-10-31 | 2017-03-15 | 中南大学 | 长链非编码RNA LINC00673的siRNA的应用及抑制制剂 |
KR20190048019A (ko) * | 2017-10-30 | 2019-05-09 | 이화여자대학교 산학협력단 | lncRNA를 포함하는 폐암의 상피-중간엽 세포전이 진단 또는 암 예후 예측용 조성물 |
CN110272998A (zh) * | 2019-07-01 | 2019-09-24 | 北京泱深生物信息技术有限公司 | Loc100507599作为喉鳞癌诊断的分子标记 |
-
2019
- 2019-06-04 CN CN201910483146.9A patent/CN110157808A/zh active Pending
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106492228A (zh) * | 2016-10-31 | 2017-03-15 | 中南大学 | 长链非编码RNA LINC00673的siRNA的应用及抑制制剂 |
KR20190048019A (ko) * | 2017-10-30 | 2019-05-09 | 이화여자대학교 산학협력단 | lncRNA를 포함하는 폐암의 상피-중간엽 세포전이 진단 또는 암 예후 예측용 조성물 |
CN110272998A (zh) * | 2019-07-01 | 2019-09-24 | 北京泱深生物信息技术有限公司 | Loc100507599作为喉鳞癌诊断的分子标记 |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
LING FENG等: "Integrated Analysis of Long Noncoding RNA and mRNA Expression Profile in Advanced Laryngeal Squamous Cell Carcinoma", 《PLOS ONE》 * |
RUI ZHAO等: "Comprehensive analysis of the whole coding and non-coding RNA transcriptome expression profiles and construction of the circRNA–lncRNA co-regulated ceRNA network in laryngeal squamous cell carcinoma", 《FUNCTIONAL & INTEGRATIVE GENOMICS》 * |
孟文霞等: "喉鳞状细胞癌的表观遗传调控研究进展", 《临床耳鼻咽喉头颈外科杂志》 * |
梁晓奔等: "长链非编码RNA与喉癌调控研究进展", 《临床耳鼻咽喉头颈外科杂志》 * |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN110819712A (zh) * | 2019-10-31 | 2020-02-21 | 上海市第十人民医院 | piRNA-26131在制备甲状腺癌诊断和预后标记物中的应用 |
CN110819712B (zh) * | 2019-10-31 | 2023-03-31 | 上海市第十人民医院 | piRNA-26131在制备甲状腺癌诊断和预后标记物中的应用 |
CN111733249A (zh) * | 2020-07-21 | 2020-10-02 | 北京泱深生物信息技术有限公司 | 喉癌发生发展相关分子标志物 |
CN115074444A (zh) * | 2022-06-30 | 2022-09-20 | 河北医科大学第二医院 | miR-5189-3p在头颈部鳞癌诊疗中的应用 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN110964826B (zh) | 一种结直肠癌抑癌基因甲基化高通量检测试剂盒及其应用 | |
CN109825586B (zh) | 用于肺癌检测的DNA甲基化qPCR试剂盒及使用方法 | |
CN109504780B (zh) | 用于肺癌检测的DNA甲基化qPCR试剂盒及使用方法 | |
CN102628082B (zh) | 基于高通量测序技术进行核酸定性定量检测的方法 | |
CN109852689B (zh) | 一组脉管畸形相关的生物标志物及相关检测试剂盒 | |
CN110157808A (zh) | 一种与喉鳞癌发生发展相关的非编码rna的应用 | |
WO2021180106A1 (zh) | 一种检测消化道5种肿瘤的探针组合物 | |
CN108374048B (zh) | 一种用于诊断和治疗肝细胞癌的lncRNA标志物 | |
WO2021185274A1 (zh) | 一种检测6种中国高发癌症的探针组合物 | |
WO2021180105A1 (zh) | 一种检测常见两性癌症的探针组合物 | |
US20160222461A1 (en) | Methods and kits for diagnosing the prognosis of cancer patients | |
CN108130368B (zh) | lncRNA在制备诊断或预示青少年特发性脊柱侧凸产品中的应用 | |
CN104845970B (zh) | 与***状甲状腺瘤相关的基因 | |
EP2307570A1 (en) | Molecular signature of liver tumor grade and use to evaluate prognosis and therapeutic regimen | |
CN108949969B (zh) | 长链非编码rna在结直肠癌中的应用 | |
CN107519193B (zh) | 食管鳞癌早期分子诊断标志物及其应用 | |
CN108624693B (zh) | miR-577在制备肾病诊断标志物中的应用 | |
CN111996250B (zh) | 用于开发胃腺癌诊疗产品的分子标志物 | |
CN107058579A (zh) | 肺腺癌相关的miRNA、组合物及其应用 | |
JP5865241B2 (ja) | 肉腫の予後分子署名およびその使用 | |
CN105985955B (zh) | 小rna组成的指纹图谱在胃癌中的应用 | |
WO2021185275A1 (zh) | 一种检测11种癌症的探针组合物 | |
CN109628594B (zh) | 一种与肝癌相关的长链非编码rna及其应用 | |
CN109266750B (zh) | 用于鼻咽癌诊断的生物标志物以及应用 | |
CN109266751B (zh) | 用于鼻咽癌诊断的生物标志物组合以及应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20190823 |