CN109685819A - 一种基于特征增强的三维医学图像分割方法 - Google Patents
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Abstract
一种基于特征增强的三维医学图像分割方法，涉及图像处理领域。构造一种U型卷积神经网络，实现端到端的医学图像分割；将医学图像的多个模态的图像分别作为输入送入到并行的U型卷积神经网络中，得到不同的特征图；提取多个并行网络的特征图并融合，再进行卷积，得到不同特征图各自的权重图；将并行网络各自的体素级权重与原先的特征图相乘，完成特征增强过程；将所有并行网络末端的特征图融合，得到多张概率图，从而得到分割结果。能有效地增强特征图中有用的信息，抑制冗余信息。同时，相较于其他注意力加权方式，该加权方法考虑到了图像的多模态信息和三维信息，从而获得更好的分割效果。
Description
技术领域
本发明涉及图像处理领域，尤其是涉及一种基于特征增强的三维医学图像分割方法。
背景技术
图像分割是图像处理和计算机视觉领域中的一个基本问题，特别是医学图像分割，近来已经成为医学图像领域最热门的研究方向之一，其对于临床诊断和治疗有重要的意义。深度学习的概念由Hinton等人于2006年提出，是机器学习领域中的一系列对数据进行多层抽象的算法。近几年，深度学习的出现使图像分割的性能大幅提高，将图像分割带入了一个新的发展阶段。
对于深度学习的卷积神经网络来说，网络中的特征图包含着丰富的图像信息，但很多情况下，特征图的某些信息又是多余的，甚至有可能影响到最终的网络输出结果。于是，学术界开始尝试运用注意力机制，增强特征图中某些区域的有用的信息，抑制部分无用的信息，从而提高网络的性能。目前，注意力机制已经成功运用在一些二维的图像处理任务中，例如超分辨率重建、图像去雨去雾、人体行为识别等。然而，空间注意力机制尚未在多模态的三维图像中得到有效的运用。在医学图像分割领域，一些经典的网络如3D U-Net(Abdulkadir,A.,Lienkamp,S.S.,Brox,T.,Ronneberger,O.,2016.3D U-Net:Learning Dense Volumetric Segmentation from Sparse Annotation.SpringerInternational Publishing,Cham,pp.424-432)，采用编解码网络结构，并将低层网络特征融入到高层网络中，但并没有运用到空间注意力机制。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是提供可改善特征图的表征能力，提高图像分割效果的一种基于特征增强的三维医学图像分割方法。
本发明包括以下步骤：
1)构造一种U型卷积神经网络，实现端到端的医学图像分割；
2)将医学图像的多个模态的图像分别作为输入送入到并行的U型卷积神经网络中，得到不同的特征图；
3)提取多个并行网络的特征图并融合，再进行卷积，得到不同特征图各自的权重图；
4)将并行网络各自的体素级权重与原先的特征图相乘，完成特征增强过程；
5)将所有并行网络末端的特征图融合，得到多张概率图，从而得到分割结果。
在步骤1)中，所述构造一种U型卷积神经网络是构造单通路网络结构图，单通路网络结构借鉴医学图像领域常用的U型卷积神经网路，其中包含两次池化与上采样过程，使得网络输出图片与原输入图片尺寸大小相同；每一个卷积层都包含BN层、卷积操作以及使用激活函数激活；同时，在训练阶段，通过在网络浅层加入辅助监督层，将监督信息引入网络浅层，使网络浅层有更多的语义信息；最终网络总的损失函数设定为：
其中，X和Y表示输入的训练数据以及分割标签；Θ代表网络的各项参数；对于每一个X，都有一个Y的对应的分割标签Yc，有pc(X,Θ)代表网络输出结果中每个类别中体素级分类的概率；表示第α个辅助监督层的输出结果中每个类别中体素级分类的概率，且两个辅助监督层的权重μα均为0.5；在网络中引入正则化方法，并将正则化系数λ设定为0.0001。
在步骤2)中，所述并行的U型卷积神经网络中，可将各个模态的医学图像分别作为每条网络的输入，在网络末端再将多条网络的特征图融合，以得到最终的分割概率图，同时，在网络进行空间加权时，也将多条网络融合，使得加权后的各个模态的特征图各有侧重。
在步骤3)中，所述提取多个并行网络的特征图并融合的具体方法可为：首先对于网络中的某一层有n张特征图，对于第i张特征图，将所有多路并行网络的第i张特征图提取，如对于MR脑组织分割，其有T1、T1-IR以及T2-FLAIR三种模态，将这三种模态连接，作为三个通道，使用不同的卷积核对其卷积，各自压缩为一个通道，作为不同模态的权重图，过程的表达式为：
其中，代表所得到的不同模态的权重图，l表示其属于第l层的特征图，i表示其属于该层第i张特征图，σ代表使用Sigmoid函数进行激活，Conv3D表示三维卷积操作，其中卷积核大小为9×9×9，表示m模态网络中第l层的第i张特征图。
在步骤4)中，所述将并行网络各自的体素级权重与原先的特征图相乘的公式可为：
其中，fl T1、fl T1-IR、fl T2-FLAIR分别为各个模态第l层的所有的特征图；分别为三个模态的权重图；分别为三个模态加权后的所有的特征图；ReLU代表用ReLU函数进行激活；BN表示经过BN层；Conv3D表示三维卷积操作，其中卷积核大小为3×3×3。
在步骤5)中，所述将所有并行网络末端的特征图融合的具体方法可为：在几条并行网络的末端，将多个模态的特征图融合，再通过卷积的方式，最终得到n张概率图，其中n为分割任务中类别的个数，某一张概率图的某一个体素点的值代表其属于某一类的概率，对所有体素点取其概率最大的那一类别，即得到最终的分割结果。
本发明提出了一种基于特征增强的三维医学图像分割方法，运用空间注意力机制的思想，创造性地提出利用深度卷积求出每个三维特征图的权重，再将得到的权重图同原有的特征图一一相乘，从而达到特征增强的目的。相较于传统的分割网络，该三维特征增强的方式能有效地增强特征图中有用的信息，抑制冗余信息。同时，相较于其他注意力加权方式，该加权方法考虑到了图像的多模态信息和三维信息，从而获得更好的分割效果。
附图说明
图1为单通路网络结构图。
图2为并行网络结构图。
图3为特征增强流程图。
图4为特征增强前后对比图。在图4中，(a)为T1特征图，(b)为T1-IR特征图，(c)为T2-FLAIR特征图。
图5为有无特征增强分割结果对比图。在图5中，(a)为无特征增强(T1)，(b)为有特征增强(T1-IR)，(c)为图像标签(T2-FLAIR)
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将结合附图对本发明实施方式作进一步地详细描述：
根据图1，构造单通路U型卷积神经网络：
该网络结构借鉴医学图像领域常用的U型卷积神经网路，其中包含两次池化与上采样过程，使得网络输出图片与原输入图片尺寸大小相同。每一个卷积层都包含BN层、卷积操作以及使用激活函数激活。同时，在训练阶段，通过在网络浅层加入辅助监督层，将监督信息引入网络浅层，使网络浅层有更多的语义信息。最终网络总的损失函数设定为：
其中，X和Y表示输入的训练数据以及分割标签；Θ代表网络的各项参数；对于每一个X，都有一个Y的对应的分割标签Yc，有pc(X,Θ)代表网络输出结果中每个类别中体素级分类的概率；表示第α个辅助监督层的输出结果中每个类别中体素级分类的概率，且两个辅助监督层的权重μα均为0.5；我们在网络中引入正则化方法，并将正则化系数λ设定为0.0001。
根据图2，以MR人脑图像为例，其包含T1、T1-IR、T2-FLAIR三个模态，以这三个模态为输入构造整个分割网络。
根据图3，三维特征增强主要有三个步骤：
步骤1：融合不同模态的特征图，表达式为：
其中，分别代表不同模态的单个通道的特征图，l代表其为第l层特征图，i代表是第i个通道的特征图，表示融合后的三通道的特征图。
步骤2：对融合后的特征图进行卷积，表达式为：
具体步骤如下：
1、对于步骤1中所得到三通道的特征图，使用不同的大小为9×9×9进行卷积，分别得到不同的卷积后的结果。
2、对步骤1得到的结果使用ReLU激活函数激活，得到属于不同模态的权重图。
步骤3：原有的特征图和权重图相乘，最终得到空间加权后的结果，如图4所示。有无特征增强分割结果对比如图5所示。
特征图的计算为：
本发明的创造性包括：首次提出了一种三维特征增强方式，通过将网络中的特征图逐通道提取，融合多个模态的特征图，再使用不同的卷积核得到针对不同模态的权重图，将权重图和对应的特征图相乘，从而得到特征增强后的特征图。该加权方法，相较于无加权的深度学习模型，能使网络中的特征图各有侧重，提高特征图的表征能力，得到更好的图像分割结果。
Claims (6)
1.一种基于特征增强的三维医学图像分割方法，其特征在于包括以下步骤：
1)构造一种U型卷积神经网络，实现端到端的医学图像分割；
2)将医学图像的多个模态的图像分别作为输入送入到并行的U型卷积神经网络中，得到不同的特征图；
3)提取多个并行网络的特征图并融合，再进行卷积，得到不同特征图各自的权重图；
4)将并行网络各自的体素级权重与原先的特征图相乘，完成特征增强过程；
5)将所有并行网络末端的特征图融合，得到多张概率图，从而得到分割结果。
2.如权利要求1所述一种基于特征增强的三维医学图像分割方法，其特征在于在步骤1)中，所述构造一种U型卷积神经网络是构造单通路网络结构图，单通路网络结构借鉴医学图像领域常用的U型卷积神经网路，其中包含两次池化与上采样过程，使得网络输出图片与原输入图片尺寸大小相同；每一个卷积层都包含BN层、卷积操作以及使用激活函数激活；同时，在训练阶段，通过在网络浅层加入辅助监督层，将监督信息引入网络浅层，使网络浅层有更多的语义信息；最终网络总的损失函数设定为：
其中，X和Y表示输入的训练数据以及分割标签；Θ代表网络的各项参数；对于每一个X，都有一个Y的对应的分割标签Yc，有pc(X,Θ)代表网络输出结果中每个类别中体素级分类的概率；表示第α个辅助监督层的输出结果中每个类别中体素级分类的概率，且两个辅助监督层的权重μα均为0.5；在网络中引入l2正则化方法，并将正则化系数λ设定为0.0001。
3.如权利要求1所述一种基于特征增强的三维医学图像分割方法，其特征在于在步骤2)中，所述并行的U型卷积神经网络中，是将各个模态的医学图像分别作为每条网络的输入，在网络末端再将多条网络的特征图融合，以得到最终的分割概率图，同时，在网络进行空间加权时，也将多条网络融合，使得加权后的各个模态的特征图各有侧重。
4.如权利要求1所述一种基于特征增强的三维医学图像分割方法，其特征在于在步骤3)中，所述提取多个并行网络的特征图并融合的具体方法为：首先对于网络中的某一层有n张特征图，对于第i张特征图，将所有多路并行网络的第i张特征图提取，对于MR脑组织分割，其有T1、T1-IR以及T2-FLAIR三种模态，将这三种模态连接，作为三个通道，使用不同的卷积核对其卷积，各自压缩为一个通道，作为不同模态的权重图，过程的表达式为：
其中，代表所得到的不同模态的权重图，l表示其属于第l层的特征图，i表示其属于该层第i张特征图，σ代表使用Sigmoid函数进行激活，Conv3D表示三维卷积操作，其中卷积核大小为9×9×9，表示m模态网络中第l层的第i张特征图。
5.如权利要求1所述一种基于特征增强的三维医学图像分割方法，其特征在于在步骤4)中，所述将并行网络各自的体素级权重与原先的特征图相乘的公式为：
其中，fl T1、fl T1-IR、fl T2-FLAIR分别为各个模态第l层的所有的特征图；分别为三个模态的权重图；分别为三个模态加权后的所有的特征图；ReLU代表用ReLU函数进行激活；BN表示经过BN层；Conv3D表示三维卷积操作，其中卷积核大小为3×3×3。
6.如权利要求1所述一种基于特征增强的三维医学图像分割方法，其特征在于在步骤5)中，所述将所有并行网络末端的特征图融合的具体方法为：在几条并行网络的末端，将多个模态的特征图融合，再通过卷积的方式，最终得到n张概率图，其中n为分割任务中类别的个数，某一张概率图的某一个体素点的值代表其属于某一类的概率，对所有体素点取其概率最大的那一类别，即得到最终的分割结果。
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