CN109641935A - 组合合成和生物标志物开发 - Google Patents

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Abstract

本文提供了用于诊断和治疗疾病的方法、试剂盒和组合物。鉴定了被阿尔茨海默病特异性抗体所识别的类肽。

Description

组合合成和生物标志物开发
交叉引用
本申请要求于2016年3月25日提交的美国临时专利申请号62/313,580的权益，该申请通过引用以其全文并入本文。
背景技术
阿尔茨海默病(AD)是神经***的退行性疾病，其对人的记忆、认知功能和进行日常生活的正常活动的能力具有不利影响。AD在在受试者的行为中出现痴呆症状之前便已改变了大脑中的组织。阿尔茨海默病与脑中的β-淀粉样蛋白斑块(导致脑细胞的最终破坏)的积累有关。AD的两个关键神经病理学标志是老年斑和神经原纤维缠结(NFT)的存在，老年斑主要由聚集的β-淀粉样蛋白(Aβ)组成，而神经原纤维缠结(NFT)是由超磷酸化tau蛋白的积累形成的。研究人员认为，AD的症状前进展可在轻度痴呆发病前8至12年(或更长时间)开始。遗憾的是，即使当症状变得明显时，也没有能够确切地诊断AD的试验。尽管经过数十年的研究努力，仍然没有发现AD的早期标志物。本文公开了用于检测能够指示疾病的生物标志物如AD生物标志物的分子、方法和试剂盒。
发明内容
本文公开了方法。在一些实施方案中，本文公开的方法可以检测分子是否可以与类肽或其药学上可接受的盐结合。在一些实施方案中，所述方法可包括使样品与类肽或其药学上可接受的盐接触。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可以能够结合至少两种抗体亚型或其片段。在一些实施方案中，所述至少两种抗体亚型可包括IgG、IgM、IgD、IgE或IgA中的至少一种。在一些实施方案中，可使用计算机***来检测分子是否与所述类肽或其药学上可接受的盐结合。在一些实施方案中，所述样品可以是组织、细胞、尿液、血清、全血、脑脊液、痰液、唾液或***。在一些实施方案中，所述样品可以是血清。在一些实施方案中，所述样品可以从哺乳动物获得。在一些实施方案中，所述哺乳动物可以是人类受试者。在一些实施方案中，所述受试者可以被怀疑患有疾病。在一些实施方案中，所述疾病可以是神经***疾病。在一些实施方案中，所述神经***疾病可以是帕金森病。在一些实施方案中，所述神经***疾病可以是阿尔茨海默病。在一些实施方案中，所述检测利用包括放射免疫测定(“RIA”)、荧光免疫测定(“FIA”)、酶联免疫吸附测定(“ELISA”)、Western印迹法、流式细胞术、共振能量转移(“FRET”)、表面等离子体共振或其任意组合的方法。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括通过通信介质传递所述类肽或其药学上可接受的盐是否可以与所述分子结合的结果。在一些实施方案中，所述通信介质包括电子介质。在一些实施方案中，所述电子介质可包括包含处理器或微处理器的装置。在一些实施方案中，所述分子可以是生物标志物。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括鉴定所述生物标志物。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐对所述生物标志物具有至少10-5M(KD)的结合亲和力。在一些实施方案中，可以向有需要的患者施用预防或治疗有效量的预防或治疗上可接受量的所述生物标志物。在一些实施方案中，可以施用所述生物标志物用于预防、治疗、改善或管控疾病或病况。在一些实施方案中，所述疾病或病况可以是神经***疾病、癌症、自身免疫病或感染性疾病。在一些实施方案中，所述疾病为神经***疾病。在一些实施方案中，所述神经***疾病可以是帕金森病或阿尔茨海默病。在一些实施方案中，所述生物标志物可存在于没有所述疾病的子区域中，并且所述生物标志物的缺失指示所述疾病。在一些实施方案中，所述生物标志物可以是肽、蛋白质、碳水化合物、脂质、脂蛋白、受体、T细胞受体、分子量为1000道尔顿或更低的分子、细胞、抗体或其片段。在一些实施方案中，所述生物标志物可以是抗体或其片段。在一些实施方案中，所述抗体可以是IgG、IgM或IgA、其片段或其任意组合。在一些实施方案中，所述抗体可以是IgM或其片段。在一些实施方案中，所述抗体可以是IgA或其片段。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐包含整合在其中的约9、10、11、12、13个或更多个可以不同或相同的单体。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可与支持体相关联。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可与所述支持体结合。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可与所述支持体共价结合。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可与所述支持体非共价结合。在一些实施方案中，在所述支持体与所述类肽或其药学上可接受的盐之间可以存在连接体。在一些实施方案中，所述连接体可与所述支持体共价结合。在一些实施方案中，所述连接体可与所述支持体非共价结合。在一些实施方案中，所述连接体可包括聚乙二醇(“PEG”)连接体。在一些实施方案中，所述连接体可包含整合在其中的正量的小于或等于约10个PEG单体单元。在一些实施方案中，所述支持体可以是固体支持体。在一些实施方案中，所述固体支持体可以是载玻片、硅表面、珠子、树脂或阵列。在一些实施方案中，所述固体支持体可以是珠子。在一些实施方案中，所述固体支持体可以是树脂。在一些实施方案中，所述固体支持体可以是阵列。在一些实施方案中，所述固体支持体可以与刷状聚合物相关联。在一些实施方案中，所述固体支持体可以与瓶刷状聚合物相关联。在一些实施方案中，所述生物标志物可以指示受试者患有疾病的可能性。在一些实施方案中，所述疾病可以是神经***疾病、癌症、自身免疫病或感染性疾病。在一些实施方案中，所述疾病可以是神经***疾病。在一些实施方案中，所述神经***疾病可以是帕金森病。在一些实施方案中，所述神经***疾病可以是阿尔茨海默病。在一些实施方案中，如果所述生物标志物可以与所述类肽或其药学上可接受的盐结合，则可能存在所述疾病的可能性。在一些实施方案中，所述疾病的所述可能性可以通过第二试验来指示。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括如果所述生物标志物可以与所述类肽或其药学上可接受的盐结合，则诊断所述疾病。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括如果所述生物标志物可以与所述类肽或其药学上可接受的盐结合并且可高于在未患病对照受试者样品中观察到的浓度，则诊断所述疾病。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括如果所述生物标志物可以与所述类肽或其药学上可接受的盐结合并且低于可在未患病对照受试者样品中观察到的浓度，则诊断所述疾病。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括施用针对所述疾病的治疗。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括在不同的时间点重复使样品与类肽或其药学上可接受的盐接触，以及检测分子是否与所述类肽或其药学上可接受的盐结合，以监测疾病。在一些实施方案中，所述不同的时间点可以是在1周、2周、1个月、2个月、3个月、6个月、8个月或1年内。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括在不同的时间点重复使样品与类肽或其药学上可接受的盐接触，以及检测分子是否与所述类肽或其药学上可接受的盐结合，可以在向受试者施用治疗之后进行。在一些实施方案中，所述生物标志物的所述检测可以确定所述受试者对所述治疗的反应。在一些实施方案中，所述生物标志物的所述检测可以至少部分地确定受试者是否可以有资格进行临床试验。在一些实施方案中，所述生物标志物可以确定受试者对药物有不良反应的可能性。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可选自下式：
或其任意组合。在一些实施方案中，R可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。
本文公开了类肽或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述方法可包括使样品与类肽或其药学上可接受的盐接触。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可包含式I的化合物：
在一些实施方案中，R1可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基，上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R2可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；环烷基；(CY2)n-杂芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R3可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；烯基；烷基芳基；环烷基；烷基二芳基；和烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R4可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；环烷基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R5可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R6可独立地选自氢；氘；烷基二芳基；烷基芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R7可独立地选自氢；氘；烷基；烷基芳基；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R8可独立地选自氢；氘；(CY2)n-杂芳基；(CY2)n-芳基；烯基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R9可独立地选自氢；氘；烷基芳基；(CY2)n-芳基；烷基二芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R10可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；(CY2)n-烷基；和(CY2)n-杂芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R11可独立地选自氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R12可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R13可单独且独立地选自氢；氘；卤素；乙基；和甲基。在一些实施方案中，当R13可能不是氢时，每个用*表示的碳可独立地为R或S。在一些实施方案中，X可独立地选自氧或硫。在一些实施方案中，Y可独立地选自氘或氢。在一些实施方案中，A可以是氢、氘、芳基或杂芳基。在一些实施方案中，n可为1-10。在一些实施方案中，R3不是氢或氘。在一些实施方案中，R4不是氢或氘。在一些实施方案中，R5不是氢或氘。在一些实施方案中，R6不是氢或氘。在一些实施方案中，R7不是氢或氘。在一些实施方案中，R8不是氢或氘。在一些实施方案中，R9不是氢或氘。在一些实施方案中，R10不是氢或氘。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R1可选自氘和氢。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R2可选自胡椒基；环丙基；二甲氧基苄基；吗啉基；氨基丁基；和吡啶基。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R3可选自烯丙基；甲基苄基；环丙基；二苯基乙基；苄基；二甲氧基苄基；和甲基。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R4可选自苄基；可以是异丁基；环丙基；胡椒基；和氨基丁基。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R5可选自苄基；氨基丁基；可以是异丁基；二苯基乙基；和甲基。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R6可选自二苯基乙基；氨基丁基；或甲基苄基。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R7可选自甲基；甲基苄基；胡椒基；二苯基乙基；氨基丁基。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R8可选自吡啶基；烯丙基；胡椒基；氨基丁基；异丁基；二苯基乙基；或苄基。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R9可选自甲基苄基；苄基；二苯基乙基；氨基丁基。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R10可选自甲基；氨基丁基；苄基；胡椒基；异丁基。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R11可选自氢和氘。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R12可选自氢和氘。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R13可选自氢和氘。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R1可以是氢或氘；R2可以是胡椒基；R3可以是二甲氧基苄基；R4可以是苄基；R5可以是苄基；R6可以是二苯基乙基；R7可以是甲基；R8可以是吡啶基；R9可以是甲基苄基；R10可以是苄基；R11、R12和R13可各自独立地选自氢或氘。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R1可以是氢或氘；R2可以是环丙基；R3可以是烯丙基；R4可以是异丁基；R5可以是氨基丁基；R6可以是二苯基乙基；R7可以是甲基苄基；R8可以是苄基；R9可以是苄基；R10可以是甲基；R11、R12和R13可各自独立地选自氢或氘。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R1可以是氢或氘；R2可以是二甲氧基苄基；R3可以是甲基苄基；R4可以是环丙基；R5可以是异丁基；R6可以是甲基苄基；R7可以是胡椒基；R8可以是烯丙基；R9可以是二苯基乙基；R10可以是苄基；R11、R12和R13可各自独立地选自氢或氘。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R1可以是氢或氘；R2可以是吗啉基；R3可以是环丙基；R4可以是胡椒基；R5可以是二苯基乙基；R6可以是氨基丁基；R7可以是氨基丁基；R8可以是苄基；R9可以是苄基；R10可以是氨基丁基；R11、R12和R13可各自独立地选自氢或氘。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R1可以是氢或氘；R2可以是二甲氧基苄基；R3可以是二苯基乙基；R4可以是氨基丁基；R5可以是甲基；R6可以是二苯基乙基；R7可以是甲基苄基；R8可以是胡椒基；R9可以是甲基苄基；R10可以是苄基；R11、R12和R13可各自独立地选自氢或氘。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R1可以是氢或氘；R2可以是氨基丁基；R3可以是苄基；R4可以是氨基丁基；R5可以是氨基丁基；R6可以是氨基丁基；R7可以是二苯基乙基；R8可以是氨基丁基；R9可以是氨基丁基；R10可以是吗啉基；R11、R12和R13可各自独立地选自氢或氘。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R1可以是氢或氘；R2可以是二甲氧基苄基；R3可以是二甲氧基苄基；R4可以是氨基丁基；R5可以是氨基丁基；R6可以是甲基苄基；R7可以是甲基；R8可以是异丁基；R9可以是苄基；R10可以是胡椒基；R11、R12和R13可各自独立地选自氢或氘。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R1可以是氢或氘；R2可以是吡啶基；R3可以是甲基；R4可以是环丙基；R5可以是异丁基；R6可以是氨基丁基；R7可以是氨基丁基；R8可以是二苯基乙基；R9可以是氨基丁基；R10可以是异丁基；R11、R12和R13可各自独立地选自氢或氘。在一些实施方案中，式I的类肽或其药学上可接受的盐，R1可以是氢或氘；R2可以是二甲氧基苄基；R3可以是环丙基；R4可以是苄基；R5可以是异丁基；R6可以是氨基丁基；R7可以是氨基丁基；R8可以是苄基；R9可以是苄基；R10可以是异丁基；R11、R12和R13可各自独立地选自氢或氘。在一些实施方案中，所述样品可以是组织、细胞、尿液、血清、全血、脑脊液、痰液、唾液或***。在一些实施方案中，所述样品可以是血清。在一些实施方案中，所述样品可以从哺乳动物获得。在一些实施方案中，所述哺乳动物可以是人类受试者。在一些实施方案中，所述受试者可以被怀疑患有疾病。在一些实施方案中，所述疾病可以是神经***疾病。在一些实施方案中，所述神经***疾病可以是帕金森病。在一些实施方案中，所述神经***疾病可以是阿尔茨海默病。在一些实施方案中，所述检测利用包括放射免疫测定(“RIA”)、荧光免疫测定(“FIA”)、酶联免疫吸附测定(“ELISA”)、Western印迹法、流式细胞术、共振能量转移(“FRET”)、表面等离子体共振或其任意组合的方法。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括通过通信介质传递所述类肽或其药学上可接受的盐是否可以与所述分子结合的结果。在一些实施方案中，所述通信介质包括电子介质。在一些实施方案中，所述电子介质包括包含处理器或微处理器的装置。在一些实施方案中，所述分子可以是生物标志物。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括鉴定所述生物标志物。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐对所述生物标志物具有至少10-5M(KD)的结合亲和力。在一些实施方案中，可以向有需要的患者施用预防或治疗有效量的预防或治疗上可接受量的所述生物标志物。在一些实施方案中，可以施用所述生物标志物用于预防、治疗、改善或管控疾病或病况。在一些实施方案中，所述疾病或病况可以是神经***疾病、癌症、自身免疫病或感染性疾病。在一些实施方案中，所述疾病为神经***疾病。在一些实施方案中，所述神经***疾病可以是帕金森病或阿尔茨海默病。在一些实施方案中，所述生物标志物可存在于没有所述疾病的子区域中，并且所述生物标志物的缺失指示所述疾病。在一些实施方案中，所述生物标志物可以是肽、蛋白质、碳水化合物、脂质、脂蛋白、受体、T细胞受体、分子量为1000道尔顿或更低的分子、细胞、抗体或其片段。在一些实施方案中，所述生物标志物可以是抗体或其片段。在一些实施方案中，所述抗体可以是IgG、IgM或IgA、其片段或其任意组合。在一些实施方案中，所述抗体可以是IgM或其片段。在一些实施方案中，所述抗体可以是IgA或其片段。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐包含整合在其中的约9、10、11、12、13个或更多个可以不同或相同的单体。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可与支持体相关联。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可与所述支持体结合。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可与所述支持体共价结合。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可与所述支持体非共价结合。在一些实施方案中，在所述支持体与所述类肽或其药学上可接受的盐之间可以存在连接体。在一些实施方案中，所述连接体可与所述支持体共价结合。在一些实施方案中，所述连接体可与所述支持体非共价结合。在一些实施方案中，所述连接体可包括聚乙二醇(“PEG”)连接体。在一些实施方案中，所述连接体可包含整合在其中的正量的小于或等于约10个PEG单体单元。在一些实施方案中，所述支持体可以是固体支持体。在一些实施方案中，所述固体支持体可以是载玻片、硅表面、珠子、树脂或阵列。在一些实施方案中，所述固体支持体可以是珠子。在一些实施方案中，所述固体支持体可以是树脂。在一些实施方案中，所述固体支持体可以是阵列。在一些实施方案中，所述固体支持体可以与刷状聚合物相关联。在一些实施方案中，所述固体支持体可以与瓶刷状聚合物相关联。在一些实施方案中，所述生物标志物可指示受试者患有疾病的可能性。在一些实施方案中，所述疾病可以是神经***疾病、癌症、自身免疫病或感染性疾病。在一些实施方案中，所述疾病可以是神经***疾病。在一些实施方案中，所述神经***疾病可以是帕金森病。在一些实施方案中，所述神经***疾病可以是阿尔茨海默病。在一些实施方案中，如果所述生物标志物可以与所述类肽或其药学上可接受的盐结合，则可能存在所述疾病的可能性。在一些实施方案中，所述疾病的所述可能性可通过第二试验来指示。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括如果所述生物标志物可以与所述类肽或其药学上可接受的盐结合，则诊断所述疾病。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括如果所述生物标志物可以与所述类肽或其药学上可接受的盐结合并且可以高于在未患病对照受试者样品中观察到的浓度，则诊断所述疾病。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括如果所述生物标志物可以与所述类肽或其药学上可接受的盐结合并且低于可以在未患病对照受试者样品中观察到的浓度，则诊断所述疾病。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括施用针对所述疾病的治疗。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括在不同的时间点重复使样品与类肽或其药学上可接受的盐接触，以及检测分子是否与所述类肽或其药学上可接受的盐结合，以监测疾病。在一些实施方案中，所述不同的时间点可以在1周、2周、1个月、2个月、3个月、6个月、8个月或1年内。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括在不同的时间点重复使样品与类肽或其药学上可接受的盐接触，以及检测分子是否与所述类肽或其药学上可接受的盐结合，可以在向受试者施用治疗之后进行。在一些实施方案中，所述生物标志物的所述检测可以确定所述受试者对所述治疗的反应。在一些实施方案中，所述生物标志物的所述检测可以至少部分地确定受试者是否可以有资格进行临床试验。在一些实施方案中，所述生物标志物可以确定受试者对药物有不良反应的可能性。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可选自下式：
或其任意组合。在一些实施方案中，R可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。
本文公开了方法。在一些实施方案中，所述方法可包括使样品与非随机类肽文库接触。在一些实施方案中，所述非随机类肽文库可包含对抗体具有亲和力的类肽或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述抗体可包含IgA或其片段，或者IgM或其片段。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括检测所述抗体是否与所述类肽或其药学上可接受的盐结合。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可选自下式：
或其任意组合。在一些实施方案中，R可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，X可独立地选自氧或硫。在一些实施方案中，Y可独立地选自氘或氢。在一些实施方案中，A可以是氢、氘、芳基或杂芳基。
本文公开了方法。在一些实施方案中，所述方法可包括筛选生物标志物。在一些实施方案中，所述方法可包括使对照样品与支持体接触。在一些实施方案中，所述支持体可具有与所述支持体相关联的至少一种类肽或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可具有下式：
在一些实施方案中，R1可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基，上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R2可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；环烷基；(CY2)n-杂芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R3可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；烯基；烷基芳基；环烷基；烷基二芳基；和烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R4可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；环烷基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R5可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R6可独立地选自氢；氘；烷基二芳基；烷基芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R7可独立地选自氢；氘；烷基；烷基芳基；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R8可独立地选自氢；氘；(CY2)n-杂芳基；(CY2)n-芳基；烯基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R9可独立地选自氢；氘；烷基芳基；(CY2)n-芳基；烷基二芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R10可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；(CY2)n-烷基；和(CY2)n-杂芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R11可独立地选自氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R12可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R13可单独且独立地选自氢；氘；卤素；乙基；和甲基。在一些实施方案中，当R13可能不是氢时，每个用*表示的碳可独立地为R或S。在一些实施方案中，X可独立地选自氧或硫。在一些实施方案中，Y可独立地选自氘或氢。在一些实施方案中，A可以是氢、氘、芳基或杂芳基。在一些实施方案中，n可为1-10。在一些实施方案中，R3不是氢或氘。在一些实施方案中，R4不是氢或氘。在一些实施方案中，R5不是氢或氘。在一些实施方案中，R6不是氢或氘。在一些实施方案中，R7不是氢或氘。在一些实施方案中，R8不是氢或氘。在一些实施方案中，R9不是氢或氘。在一些实施方案中，R10不是氢或氘。在一些实施方案中，所述方法可包括使所述支持体与疾病样品接触。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括检测所述生物标志物。在一些实施方案中，所述生物标志物可以与所述类肽或其药学上可接受的盐结合。在一些实施方案中，所述生物标志物不存在于所述对照样品中。在一些实施方案中，与疾病样品相比，所述生物标志物在对照样品中的量较低。在一些实施方案中，与疾病样品相比，所述生物标志物在对照样品中的量较高。在一些实施方案中，可以向有需要的患者施用预防或治疗有效量的预防或治疗上可接受量的所述生物标志物。在一些实施方案中，可以施用所述生物标志物用于预防、治疗、改善或管控疾病或病况。在一些实施方案中，所述疾病或病况可以是神经***疾病、癌症、自身免疫病或感染性疾病。在一些实施方案中，所述疾病为神经***疾病。在一些实施方案中，所述神经***疾病可以是帕金森病或阿尔茨海默病。在一些实施方案中，所述生物标志物可存在于没有所述疾病的子区域中，并且所述生物标志物的缺失指示所述疾病。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐不与所述对照样品中的生物标志物结合。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可以选自下式：
或其任意组合。在一些实施方案中，R可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。
本文公开了方法。在一些实施方案中，所述方法可包括使类肽或其药学上可接受的盐与支持体接触。在一些实施方案中，所述支持体可具有与所述支持体相关联的至少一种生物标志物。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可具有下式：
在一些实施方案中，R1可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基，上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R2可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；环烷基；(CY2)n-杂芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R3可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；烯基；烷基芳基；环烷基；烷基二芳基；和烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R4可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；环烷基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R5可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R6可独立地选自氢；氘；烷基二芳基；烷基芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R7可独立地选自氢；氘；烷基；烷基芳基；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R8可独立地选自氢；氘；(CY2)n-杂芳基；(CY2)n-芳基；烯基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R9可独立地选自氢；氘；烷基芳基；(CY2)n-芳基；烷基二芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R10可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；(CY2)n-烷基；和(CY2)n-杂芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R11可独立地选自氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R12可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R13可单独且独立地选自氢；氘；卤素；乙基；和甲基。在一些实施方案中，当R13可能不是氢时，每个用*表示的碳可独立地为R或S。在一些实施方案中，X可独立地选自氧或硫。在一些实施方案中，Y可独立地选自氘或氢。在一些实施方案中，A可以是氢、氘、芳基或杂芳基。在一些实施方案中，n可为1-10。在一些实施方案中，R3不是氢或氘。在一些实施方案中，R4不是氢或氘。在一些实施方案中，R5不是氢或氘。在一些实施方案中，R6不是氢或氘。在一些实施方案中，R7不是氢或氘。在一些实施方案中，R8不是氢或氘。在一些实施方案中，R9不是氢或氘。在一些实施方案中，R10不是氢或氘。在一些实施方案中，所述方法可进一步包括检测与所述类肽或其药学上可接受的盐结合的所述生物标志物。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐选自下式：
或其任意组合。在一些实施方案中，R可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。
本文公开了类肽或其药学上可接受的盐。类肽或其药学上可接受的盐可包括下式的化合物：
在一些实施方案中，R1可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基，上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R2可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；环烷基；(CY2)n-杂芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R3可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；烯基；烷基芳基；环烷基；烷基二芳基；和烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R4可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；环烷基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R5可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R6可独立地选自氢；氘；烷基二芳基；烷基芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R7可独立地选自氢；氘；烷基；烷基芳基；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R8可独立地选自氢；氘；(CY2)n-杂芳基；(CY2)n-芳基；烯基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R9可独立地选自氢；氘；烷基芳基；(CY2)n-芳基；烷基二芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R10可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；(CY2)n-烷基；和(CY2)n-杂芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R11可独立地选自氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R12可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R13可单独且独立地选自氢；氘；卤素；乙基；和甲基。在一些实施方案中，当R13可能不是氢时，每个用*表示的碳可独立地为R或S。在一些实施方案中，X可独立地选自氧或硫。在一些实施方案中，Y可独立地选自氘或氢。在一些实施方案中，A可以是氢、氘、芳基或杂芳基。在一些实施方案中，n可为1-10。在一些实施方案中，R3不是氢或氘。在一些实施方案中，R4不是氢或氘。在一些实施方案中，R5不是氢或氘。在一些实施方案中，R6不是氢或氘。在一些实施方案中，R7不是氢或氘。在一些实施方案中，R8不是氢或氘。在一些实施方案中，R9不是氢或氘。在一些实施方案中，R10不是氢或氘。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可选自下式：
或其任意组合。在一些实施方案中，R可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可包含结构
在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可包含结构
在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可包含结构
在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可包含结构
在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可包含结构
在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可包含结构
在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可包含结构
在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可包含结构
在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可包含结构
在一些实施方案中，可向有需要的患者施用预防或治疗有效量的预防或治疗上可接受量的所述类肽或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，可施用所述类肽或其药学上可接受的盐用于预防、治疗、改善或管控疾病或病况。在一些实施方案中，所述疾病或病况可以是神经***疾病、癌症、自身免疫病或感染性疾病。在一些实施方案中，所述疾病为神经***疾病。在一些实施方案中，所述神经***疾病可以是帕金森病或阿尔茨海默病。
本文公开了制备阵列的方法。在一些实施方案中，所述制备阵列的方法可包括将类肽或其药学上可接受的盐与支持体相关联。在一些实施方案中，所述类肽可具有下式：
在一些实施方案中，R1可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基，上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R2可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；环烷基；(CY2)n-杂芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R3可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；烯基；烷基芳基；环烷基；烷基二芳基；和烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R4可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；环烷基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R5可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R6可独立地选自氢；氘；烷基二芳基；烷基芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R7可独立地选自氢；氘；烷基；烷基芳基；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R8可独立地选自氢；氘；(CY2)n-杂芳基；(CY2)n-芳基；烯基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R9可独立地选自氢；氘；烷基芳基；(CY2)n-芳基；烷基二芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R10可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；(CY2)n-烷基；和(CY2)n-杂芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R11可独立地选自氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R12可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R13可单独且独立地选自氢；氘；卤素；乙基；和甲基。在一些实施方案中，当R13可能不是氢时，每个用*表示的碳可独立地为R或S。在一些实施方案中，X可独立地选自氧或硫。在一些实施方案中，Y可独立地选自氘或氢。在一些实施方案中，A可以是氢、氘、芳基或杂芳基。在一些实施方案中，n可为1-10。在一些实施方案中，R3不是氢或氘。在一些实施方案中，R4不是氢或氘。在一些实施方案中，R5不是氢或氘。在一些实施方案中，R6不是氢或氘。在一些实施方案中，R7不是氢或氘。在一些实施方案中，R8不是氢或氘。在一些实施方案中，R9不是氢或氘。在一些实施方案中，R10不是氢或氘。
本文公开了合成与支持体相关联的类肽或其药学上可接受的盐的方法。在一些实施方案中，所述类肽可具有下式：
在一些实施方案中，R1可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基，上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R2可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；环烷基；(CY2)n-杂芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R3可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；烯基；烷基芳基；环烷基；烷基二芳基；和烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R4可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；环烷基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R5可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R6可独立地选自氢；氘；烷基二芳基；烷基芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R7可独立地选自氢；氘；烷基；烷基芳基；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R8可独立地选自氢；氘；(CY2)n-杂芳基；(CY2)n-芳基；烯基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R9可独立地选自氢；氘；烷基芳基；(CY2)n-芳基；烷基二芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R10可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；(CY2)n-烷基；和(CY2)n-杂芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R11可独立地选自氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R12可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R13可单独且独立地选自氢；氘；卤素；乙基；和甲基。在一些实施方案中，当R13可能不是氢时，每个用*表示的碳可独立地为R或S。在一些实施方案中，X可独立地选自氧或硫。在一些实施方案中，Y可独立地选自氘或氢。在一些实施方案中，A可以是氢、氘、芳基或杂芳基。在一些实施方案中，n可为1-10。在一些实施方案中，R3不是氢或氘。在一些实施方案中，R4不是氢或氘。在一些实施方案中，R5不是氢或氘。在一些实施方案中，R6不是氢或氘。在一些实施方案中，R7不是氢或氘。在一些实施方案中，R8不是氢或氘。在一些实施方案中，R9不是氢或氘。在一些实施方案中，R10不是氢或氘。
本文公开了制备类肽或其药学上可接受的盐的方法。在一些实施方案中，所述制备类肽或其药学上可接受的盐的方法可包括将一个或多个单体偶联以形成所述类肽或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可具有下式：
在一些实施方案中，R1可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基，上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R2可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；环烷基；(CY2)n-杂芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R3可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；烯基；烷基芳基；环烷基；烷基二芳基；和烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R4可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；环烷基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R5可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R6可独立地选自氢；氘；烷基二芳基；烷基芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R7可独立地选自氢；氘；烷基；烷基芳基；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R8可独立地选自氢；氘；(CY2)n-杂芳基；(CY2)n-芳基；烯基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R9可独立地选自氢；氘；烷基芳基；(CY2)n-芳基；烷基二芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R10可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；(CY2)n-烷基；和(CY2)n-杂芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R11可独立地选自氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R12可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R13可单独且独立地选自氢；氘；卤素；乙基；和甲基。在一些实施方案中，当R13可能不是氢时，每个用*表示的碳可独立地为R或S。在一些实施方案中，X可独立地选自氧或硫。在一些实施方案中，Y可独立地选自氘或氢。在一些实施方案中，A可以是氢、氘、芳基或杂芳基。在一些实施方案中，n可为1-10。在一些实施方案中，R3不是氢或氘。在一些实施方案中，R4不是氢或氘。在一些实施方案中，R5不是氢或氘。在一些实施方案中，R6不是氢或氘。在一些实施方案中，R7不是氢或氘。在一些实施方案中，R8不是氢或氘。在一些实施方案中，R9不是氢或氘。在一些实施方案中，R10不是氢或氘。在一些实施方案中，所述一个或多个单体中的每一个可独立地选自苄胺、甲胺、烯丙胺、异丁胺、4-(氨基甲基)吡啶、4-(2-氨基乙基)吗啉、3,4-二甲氧基苄胺、2,2-二苯基乙胺、胡椒基胺、R-(+)-α-甲基苄胺、环丙胺、1,4-二氨基丁烷或甘氨酸或2-氨基乙醇中的一种。
本文公开了试剂盒。在一些实施方案中，本文公开的试剂盒可包含类肽或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述类肽或药学上可接受的盐可包含下式：
在一些实施方案中，R1可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基，上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R2可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；环烷基；(CY2)n-杂芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R3可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；烯基；烷基芳基；环烷基；烷基二芳基；和烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R4可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；环烷基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R5可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R6可独立地选自氢；氘；烷基二芳基；烷基芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R7可独立地选自氢；氘；烷基；烷基芳基；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R8可独立地选自氢；氘；(CY2)n-杂芳基；(CY2)n-芳基；烯基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R9可独立地选自氢；氘；烷基芳基；(CY2)n-芳基；烷基二芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R10可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；(CY2)n-烷基；和(CY2)n-杂芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R11可独立地选自氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R12可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R13可单独且独立地选自氢；氘；卤素；乙基；和甲基。在一些实施方案中，当R13可能不是氢时，每个用*表示的碳可独立地为R或S。在一些实施方案中，X可独立地选自氧或硫。在一些实施方案中，Y可独立地选自氘或氢。在一些实施方案中，A可以是氢、氘、芳基或杂芳基。在一些实施方案中，n可为1-10。在一些实施方案中，R3不是氢或氘。在一些实施方案中，R4不是氢或氘。在一些实施方案中，R5不是氢或氘。在一些实施方案中，R6不是氢或氘。在一些实施方案中，R7不是氢或氘。在一些实施方案中，R8不是氢或氘。在一些实施方案中，R9不是氢或氘。在一些实施方案中，R10不是氢或氘。在一些实施方案中，所述类肽或其药学上可接受的盐可选自下式：
或其任意组合。在一些实施方案中，R可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。
本文公开了组合物。在一些实施方案中，所述组合物可包含具有下式的类肽或其药学上可接受的盐：
在一些实施方案中，R1可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基，上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R2可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；环烷基；(CY2)n-杂芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R3可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；烯基；烷基芳基；环烷基；烷基二芳基；和烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R4可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；环烷基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R5可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R6可独立地选自氢；氘；烷基二芳基；烷基芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R7可独立地选自氢；氘；烷基；烷基芳基；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R8可独立地选自氢；氘；(CY2)n-杂芳基；(CY2)n-芳基；烯基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R9可独立地选自氢；氘；烷基芳基；(CY2)n-芳基；烷基二芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R10可独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；烷基；(CY2)n-烷基；和(CY2)n-杂芳基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R11可独立地选自氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R12可独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合。在一些实施方案中，R13可单独且独立地选自氢；氘；卤素；乙基；和甲基。在一些实施方案中，当R13可能不是氢时，每个用*表示的碳可独立地为R或S。在一些实施方案中，X可独立地选自氧或硫。在一些实施方案中，Y可独立地选自氘或氢。在一些实施方案中，A可以是氢、氘、芳基或杂芳基。在一些实施方案中，n可为1-10。在一些实施方案中，R3不是氢或氘。在一些实施方案中，R4不是氢或氘。在一些实施方案中，R5不是氢或氘。在一些实施方案中，R6不是氢或氘。在一些实施方案中，R7不是氢或氘。在一些实施方案中，R8不是氢或氘。在一些实施方案中，R9不是氢或氘。在一些实施方案中，R10不是氢或氘。在一些实施方案中，所述药物组合物可包含药学上可接受的载体和类肽或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述载体可以是肠胃外载体、口服或局部载体。
援引并入
本说明书中所提到的所有出版物、专利和专利申请均通过引用以其全文并入本文而用于所有目的，其程度如同特别地且单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请通过引用以其全文并入。
附图说明
本文所述的新颖特征在所附权利要求中特别地提出。通过参考以下对利用了本文所述特征的原理的说明性实例进行阐述的详细描述以及附图，将获得对本文所述特征和特征的优点的更好的理解，在附图中：
图1。特异性：描绘了显示与IgG、IgA和IgM抗体(1A)结合而不与磷酸化的蛋白质(1B)或淀粉样蛋白β42肽(1C)结合的分子的子集的图像。微阵列上每种分子的荧光强度显示在图像中。
图2。分子与阿尔茨海默病受试者结合但不与正常对照结合：描绘了与来自正常对照(2A)和阿尔茨海默病(2B)受试者的血清杂交的微阵列扫描的原始图像。微阵列上每种分子的荧光强度显示在图像中。
图3。疾病特异性分子：描绘了在微阵列上与轻度认知障碍(MCI)血清(3A)和AD(3B)血清样品一起温育的每种分子的荧光强度的定量。
图4。与MCI受试者结合的特异性分子的盲法分析：(4A)描绘了印刷有对MCI受试者具有特异性的6种分子，并与相应的血清样品一起温育，随后与标记的第二抗体一起温育的微阵列的原始图像。微阵列上每个斑点的荧光强度显示在图像中。(4B)描绘了印刷有对MCI受试者具有特异性的6种分子，并与相应的血清样品一起温育，随后与标记的第二抗体一起温育的微阵列的原始图像。显示了微阵列上每个斑点的荧光强度。
图5。与MCI受试者结合的特异性分子的盲法分析：描绘了区分MCI受试者与正常对照的微阵列上每种MCI特异性分子的荧光强度的定量。
图6。与AD受试者结合的特异性分子的盲法分析：(6A)描绘了印刷有对AD受试者具有特异性的3种分子(一式二份)，并与相应的血清样品一起温育，随后与标记的第二抗体一起温育的微阵列的原始图像。微阵列上每个斑点的荧光强度显示在图像中。(6B)描绘了印刷有对AD受试者具有特异性的3种分子(一式二份)，并与相应的血清样品一起温育，随后与标记的第二抗体一起温育的微阵列的原始图像。微阵列上每个斑点的荧光强度显示在图像中。
图7。与AD受试者结合的特异性分子的盲法分析：描绘了区分AD受试者与正常对照的微阵列上每种AD特异性分子的荧光强度的定量。
图8。区分AD受试者与正常对照的微阵列上每种AD特异性分子的荧光强度的定量：描绘了血清样品对9种分离的特异性分子的反应的平均强度(比较了29个正常对照受试者和21个AD受试者)。在20,000处的条线区分AD阳性和AD阴性。
图9。阿尔茨海默病特异性分子及其当前的药物反应：描绘了区分AD受试者与正常对照的微阵列上每种AD特异性分子的荧光强度的定量。进一步描绘了血清样品对9种分离的AD特异性分子的反应(与其当前的药物反应相比)的平均强度(圈出的)。
图10。结构单元：描绘了在分子文库的合成中使用的结构单元。
图11。六种MCI特异性分子(ErAD1-6)的化学结构：描绘了六种MCI特异性分子(ErAD1-6)的化学结构，它们被提取以区分MCI受试者与正常对照。
图12。三种AD特异性分子(AAD1-3)的化学结构：描绘了三种AD特异性分子(AAD1-3)的化学结构，它们被提取以区分AD受试者与正常对照。
图13。通过来自AD的AD特异性分子血清对血清样品的纯化，并使用三种(ErAD1-3)分子纯化正常对照受试者。然后将富集的血清样品与微阵列杂交(右侧)。
图14。调节信号:背景条件：描绘了以连续稀释印刷并与血清一起温育的分子的微阵列扫描图像。
图15。调节信号:背景条件：描绘了以连续稀释印刷的微阵列的布置。
图16。反应强度：描绘了区分AD受试者与正常对照的微阵列上每种分子的荧光强度的定量。
具体实施方式
下面参考用于说明的示例性应用来描述若干方面。应当理解，阐述了许多具体细节、关系和方法以提供对本文所述特征的充分理解。然而，相关领域的普通技术人员将容易认识到，可以在没有一个或多个具体细节或其他方法的情况下实践本文描述的特征。本文描述的特征不受所示动作或事件的排序的限制，因为一些动作可以以不同的顺序发生和/或与其他动作或事件同时发生。此外，并非所有示出的动作或事件对于实现根据本文描述的特征的方法都是必需的。
本文使用的术语仅用于描述特定情况的目的，而非旨在限制。如本文所使用的，单数形式“一种”、“一个”和“该”也旨在包括复数形式，除非上下文另有明确说明。此外，在详细描述和/或权利要求书中使用术语“包括”、“含有”、“具有”、“拥有”、“有”或其变化形式时，这些术语旨在为包含性的(以与术语“包含”类似的方式)。
定义
在本公开内容中，术语“约”或“大约”可以表示在本领域普通技术人员确定的特定值的可接受误差范围内，这将部分地取决于如何测量或确定该值，即，测量***的局限性。例如，根据本领域的实践，“约”可以表示在1个或大于1个标准偏差内。或者，“约”可以表示给定值的至多20％、至多10％、至多5％或至多1％的范围。或者，特别是对于生物***或过程，该术语可以表示在一个数量级内，在数值的5倍内，以及在数值的2倍内。在本申请和权利要求书中描述特定值的情况下，除非另有说明，否则应当假设术语“约”意味着在特定值的可接受误差范围内。
术语“附接”、“结合”、“偶联”和“连接”可互换使用，并且指共价相互作用(例如，通过化学偶联)或非共价相互作用(例如，离子相互作用、疏水相互作用、氢键、杂交等)。
术语“特异的”、“特异性地”或“特异性”是指第一分子与第二分子之间的稳定复合物的优先识别、接触和形成(与第一分子与多种其他分子中的任一种的复合物相比，例如，与第一分子与多种其他分子中的任一种之间的稳定复合物的基本很少或不识别、接触或形成相比)。
术语聚(N-取代的甘氨酸)、寡(N-取代的)甘氨酸和聚NSG在本文中可互换使用，并且使用本发明的方法产生。聚NSG不是肽，即它们不是由以肽键连接的天然存在的氨基酸组成的。然而，它们可以被设计成具有与天然存在的肽和蛋白质密切相关的结构特征(例如，反应性位点)，因此可用作潜在的治疗剂和/或作为测定的结合位点。本文公开的聚NSG可以被设计成具有很多种侧链取代基—包括通常在天然氨基酸上发现的取代基和非天然存在的其他取代基。例如，本发明使得合成具有类似于已知药物的药效团的侧链(例如，苯氧基苯基或2-金刚烷基)的化合物成为可能。
当在化学基团的上下文中使用时，“氢”意指—H，“羟基”意指——OH；“氧代”意指═O；“卤素”独立地意指—F、—Cl、—Br或—I；“氨基”意指—NH2。
对于本文提供的结构，以下带括号的下标进一步如下定义基团：“(Cn)”定义了该基团中碳原子的确切数目(n)。例如，“(C2-10)烷基”表示具有2至10个碳原子(例如，2、3、4、5、6、7、8、9或10个，或其中可衍生的任何范围(例如，3至10个碳原子))的那些烷基。
术语“烷基”在没有“取代的”修饰语的情况下使用时是指以饱和碳原子作为附接点，直链或支链，环形、环状或非环状结构，无碳-碳双键或三键，并且没有除碳和氢之外的原子的非芳族单价基团。基团—CH3(Me)、—CH2CH3(Et)、—CH2CH2CH3(正丙基)、—CH(CH3)2(异丙基)、—CH(CH2)2(环丙基)、—CH2CH2CH2CH3(正丁基)、—CH(CH3)CH2CH3(仲丁基)、—CH2CH(CH3)2(异丁基)、—C(CH3)3(叔丁基)、—CH2C(CH3)3(新戊基)、环丁基、环戊基、环己基和环己基甲基是烷基的非限制性实例。取代的烷基是指以饱和碳原子作为附接点，直链或支链，环形、环状或非环状结构，无碳-碳双键或三键，并且至少一个原子独立地选自N、O、F、Cl、Br、I、Si、P和S的非芳族单价基团。以下基团是取代的烷基的非限制性实例：—CH2OH、—CH2Cl、—CH2Br、—CH2SH、—CF3、—CH2CN、—CH2C(O)H、—CH2C(O)OH、—CH2C(O)OCH3、—CH2C(O)NH2、—CH2C(O)NHCH3、—CH2C(O)CH3、—CH2OCH3、—CH2OCH2CF3、—CH2OC(O)CH3、—CH2NH2、—CH2NHCH3、—CH2N(CH3)2、—CH2CH2Cl、—CH2CH2OH、—CH2CF3、—CH2CH2OC(O)CH3、—CH2CH2NHCO2C(CH3)3和—CH2Si(CH3)3。
术语“烯基”在没有“取代的”修饰语的情况下使用时是指以非芳族碳原子作为附接点，直链或支链，环形、环状或非环状结构，有至少一个非芳族碳-碳双键，没有碳-碳三键，并且没有除碳和氢以外的原子的单价基团。烯基的非限制性实例包括：—CH═CH2(乙烯基)、—CH═CHCH3、—CH═CHCH2CH3、—CH2CH═CH2(烯丙基)、—CH2CH═CHCH3和—CH═CH—C6H5。取代的烯基是指以非芳族碳原子作为附接点，有至少一个非芳香碳-碳双键，无碳-碳三键，直链或支链，环形、环状或非环状结构，且至少一个原子独立地选自N、O、F、Cl、Br、I、Si、P和S的单价基团。基团-CH＝CHF、-CH＝CHCl和-CH＝CHRr是取代的烯基的非限制性实例。
术语“炔基”在没有“取代的”修饰语的情况下使用时是指以非芳族碳原子作为附接点，直链或支链，环形、环状或非环状结构，具有至少一个碳-碳三键，并且没有除碳和氢之外的原子的单价基团。基团—C≡CH、—C≡CH3、—C≡CC6H5和—CH2C≡CCH3是炔基的非限制性实例。取代的炔基是指以非芳族碳原子作为附接点，并且具有至少一个碳-碳三键，直链或支链，环形、环状或非环状结构，并且至少一个原子独立地选自N、O、F、Cl、Br、I、Si、P和S的单价基团。基团—C≡CSi(CH3)3是取代的炔基的非限制性实例。
术语“芳基”在没有“取代的”修饰语的情况下使用时是指以芳族碳原子作为附接点的单价基团，所述碳原子形成一个或多个六元芳环结构的一部分，其中环原子都是碳，并且其中该单价基团不含除碳和氢以外的原子。芳基的非限制性实例包括苯基(Ph)、甲基苯基、(二甲基)苯基、—C6H4CH2CH3(乙基苯基)、—C6H4CH2CH2CH3(丙基苯基)、—C6H4CH(CH3)2、—C6H4CH(CH2)2、—C6H3(CH3)CH2CH3(甲基乙基苯基)、—C6H4CH═CH2(乙烯基苯基)、—C6H4CH═CHCH3、—C6H4C≡CH、—C6H4C≡CCH3、萘基和由联苯基衍生的单价基团。取代的芳基是指以芳族碳原子作为附接点的单价基团，所述碳原子形成一个或多个六元芳香环结构的一部分，其中环原子都是碳，并且其中所述单价基团进一步具有至少一个独立地选自N、O、F、Cl、Br、I、Si、P和S的原子。取代的芳基的非限制性实例包括以下基团：—C6H4F、—C6H4Cl、—C6H4Br、—C6H4I、—C6H4OH、—C6H4OCH3、—C6H4OCH2CH3、—C6H4OC(O)CH3、—C6H4NH2、—C6H4NHCH3、—C6H4N(CH3)2、—C6H4CH2OH、—C6H4CH2OC(O)CH3、—C6H4CH2NH2、—C6H4CF3、—C6H4CN、—C6H4CHO、—C6H4CHO、—C6H4C(O)CH3、—C6H4C(O)C6H5、—C6H4CO2H、—C6H4CO2CH3、—C6H4CONH2、—C6H4CONHCH3和—C6H4CON(CH3)2。
术语“环烷基”是指具有三个或更多个碳原子(例如，3-6个碳原子)，并且可以任选地在任何可用的位置进行苯并稠合的饱和脂环族部分。环烷基基团的非限制性实例包括环丙基、环丁基、环戊基、环己基、茚满基和四氢萘基等基团。
术语“杂芳基”在没有“取代的”修饰语的情况下使用时是指以芳族碳原子或氮原子作为附接点的单价基团，所述碳原子或氮原子形成芳环结构的一部分，其中至少一个环原子是氮、氧或硫，并且其中所述单价基团不含除碳、氢、芳香氮、芳香氧和芳香硫以外的原子。杂芳基基团的非限制性实例包括吖啶基、呋喃基、咪唑并咪唑基、咪唑并吡唑基、咪唑并吡啶基、咪唑并嘧啶基、吲哚基、吲唑啉基(indazolinyl)、甲基吡啶基、噁唑基、苯基咪唑基、吡啶基、吡咯基、嘧啶基、吡嗪基、喹啉基、喹唑啉基、喹喔啉基、四氢喹啉基、噻吩基、三嗪基、吡咯并吡啶基、吡咯并嘧啶基、吡咯并吡嗪基、吡咯并三嗪基、吡咯并咪唑基、苯并吡喃基(其中附接点为一个芳族原子)和苯并二氢吡喃基(其中附接点为一个芳族原子)。取代的杂芳基是指以芳族碳原子或氮原子作为附接点的单价基团，所述碳原子或氮原子形成芳环结构的一部分，其中至少一个环原子是氮、氧或硫，并且其中所述单价基团还具有至少一个独立地选自非芳香氮、非芳香氧、非芳香硫、F、Cl、Br、I、Si和P的原子。
术语“烷氧基”在没有“取代的”修饰语的情况下使用时是指基团—OR，其中R是烷基，该术语如上文所定义。烷氧基的非限制性实例包括：—OCH3、—OCH2CH3、—OCH2CH2CH3、—OCH(CH3)2、—OCH(CH2)2、—O-环戊基和—O-环己基。“取代的烷氧基”是指基团-OR，其中R是取代的烷基，该术语如上文所定义。例如，—OCH2CF3是取代的烷氧基。
“有效量”、“治疗有效量”或“药学有效量”是指当向受试者或患者施用以供治疗疾病时足以实现对疾病的这种治疗的量。
“治疗”或“处理”包括(1)抑制经历或显示疾病的病理学或症状学的受试者或患者的疾病(例如，阻止病理学和/或症状学的进一步发展)，(2)改善正在经历或显示疾病的病理学或症状学的受试者或患者的疾病(例如，逆转病理学和/或症状学)，和/或(3)实现正在经历或显示疾病的病理学或症状学的受试者或患者的疾病的任何可测量的减少。
概述
阿尔茨海默病(AD)是一种进行性且致命的脑部疾病，其影响多达530万美国人。AD破坏脑细胞，引起记忆、思考和行为方面的问题。随着时间的推移，AD症状逐渐恶化，并且该疾病最终是致命的。当今，AD是美国第六大死亡原因，并且是痴呆的最常见形式，占所有痴呆病例的50-70％。虽然存在针对症状的治疗，但并没有治愈方法。
诊断AD是一种涉及几种类型的评估(可能要花费许多天至数周才能完成)的经验过程。评估可以包括例如，取得详细的病史和体格检查。标准实验室检验可以包括血液、尿液和CSF检验。评估可以进一步包括神经心理学测验，以评估记忆、问题解决能力、注意力、视觉-运动协调和抽象思维。评估还可以包括抑郁症测验和脑成像扫描，以排除作为症状的病因的脑肿瘤或脑血栓。在一些情况下，AD评估可以包括但不限于TARC神经心理学核心组合、包括数字跨度的NACC统一数据集(WAIS-R、WAIS-III、WMS-R)、连线测验(Trail-MakingTest)、WMS逻辑记忆和视觉再现(WMS-R和WMS-III)、Boston命名测验(30和60个项目的版本)、言语流畅性(FAS)、时钟绘图测验、美国国家成人阅读测验(AMNART)、老年抑郁量表(GDS-30)、细微精神状态检查(MMSE)和临床痴呆评定量表(CDR)评级。
目前，没有准确诊断AD的单一试验。AD的确诊只有通过死亡后检查脑组织才可以实现。
因此，仍然需要神经***疾病的诊断和/或治疗方法，该方法是(i)准确且客观的，(ii)简单且可再现的，以及(iii)在早期和晚期病例中都有用。
本发明涉及用于检测指示AD的生物标志物的分子、方法和试剂盒。在一些情况下，本文描述的分子是类肽。本文描述的类肽可以合成为包含类肽的一个文库或多个文库。可以选择一个文库或多个文库来筛选目标疾病或病况，例如AD。每个文库可用于筛选不同的疾病或病况，或相同的文库可以用于筛选多种疾病状态或状况。文库可以包括那些在单取代胺上具有丰富种类的侧链的文库，这些侧链以寡聚链形成任何特定的单体。这种类型的R基团在胺起始材料中可以是特征特异性的。在一些实施方案中，类肽是特征特异性类肽。即使任何特定单体的一些化学和/或物理特征如功能性/溶解性不是目标寡聚物的期望特征或特性的一部分，分子也可以是特征特异性的。例如，对于基于血浆的筛选或血清筛选，可能理想的是与珠子结合的任何特定配体具有溶解特性，从而促进溶液中与配体结合部分和/或生物标志物如抗体的相互作用。在一些实施方案中，配体可以是分子。在一些实施方案中，配体结合部分可以是生物标志物。在一些实施方案中，生物标志物可以是肽、类肽、蛋白质、碳水化合物、脂质、脂蛋白、受体、T细胞受体、分子量为1000道尔顿或更低的分子、分子量为1000道尔顿或更高的分子、细胞、抗体或其片段。此外，寡聚物的大小可以是当形成可以结合配体结合部分和/或生物标志物，例如抗体或蛋白质的配体文库时考虑的特征。
在一些实施方案中，文库是基于珠子的文库。基于珠子的文库可以包括珠子或类似的支持体结构(即，聚合树脂)，其上键合(或者这类树脂上的连接体上键合)有选自小分子、肽、类肽、多糖或任何基于寡聚物的化合物(包括核酸或修饰的核酸部分)的配体。在一些实施方案中，基于珠子的文库可以包括类肽。寡聚类肽可以使用例如典型固态肽合成与亚单体合成方法合并的混合组合产生，并且包含具有单取代酰胺的甘氨酸或碳取代的类似甘氨酸的部分，其中酰胺氮或α-碳上的取代基选自各种部分，取决于在合成中使用的单取代的胺或甘氨酸α碳取代基。类肽文库通常可以如例如Kodadek和Reddy,Proceedings ofthe National Academy of Sciences,2005年9月6日,第102卷,第36期或如本文所述进行制备。Kodadek和Reddy以其全文并入本文。如上文所提到的，单取代的胺池通常可以选自各种单体。文库的大小可以在少于约10、100、1000、10,000、100,000、200,000个至约1.5亿或更多个珠子的范围内，每个珠子具有所述数目的不同配体。或者，根据珠子或支持体的大小，每个支持体或珠子可以具有每个珠子/支持体多于一个配体，并且该配体可以是相同的配体或不同的配体。
在一些实施方案中，文库可以不在暴露于结合部分和/或生物标志物之前进行预处理。在一些实施方案中，文库可以进行预处理。文库可以在适当的条件下进行预处理和暴露，并且在暴露于对照血浆或血清样品以允许去除非选择性配体之后，针对存在或不存在与疾病相关的生物标志物或其他目标生物标志物，如抗体或蛋白质或其他标志物，如细胞表面蛋白质，对含有生物标志物的样品，例如生物流体如血浆或血清进行筛选。含有生物标志物的样品、血液样品或其他生物流体样品可取自可能患有或者可能未患特定疾病的受试者，并且可以将从筛选产生的结果与从对照健康受试者或对照患病受试者获得的结果进行比较。
筛选过程可以产生大量针对任何特定疾病相关生物标志物如抗体的高亲和力配体。本发明还包括用于产生高亲和力配体的方法，该高亲和力配体可用于针对这样的疾病状态的诊断设置和/或其本身可用作配体—例如，用作治疗性疫苗或用作可靶向位于身体或身体组织特定区域中的所述疾病相关抗体的药物。这样的药物可以连接至其他部分，如化学治疗剂或产生或可产生局部免疫应答以去除和/或降解自身抗体的其他药剂。
类肽
类肽是具有共价连接而形成寡聚物的5-15个单体的单体单元的寡聚物。在一些实施方案中，配体或类肽可以是3-聚体、4-聚体、5-聚体、6-聚体、7-聚体、8-聚体、9-聚体、10-聚体、11-聚体、12-聚体、13-聚体、14-聚体、15-聚体、16-聚体或更大的寡聚物。寡聚物可以具有与该寡聚物的末端连接的另外的部分，以与支持体或连接体键合，该连接体将寡聚物与支持体连接。由于其N-取代，类肽比肽更具细胞渗透性，并且对蛋白酶是稳定的。在一些实施方案中，本文所述的配体可以是类肽。
对于本文公开的分子，除非特别指出特定的立体化学或异构形式，否则意指结构的所有手性、非对映异构、外消旋形式、差向异构形式和所有几何异构形式。分子可以作为外消旋物和外消旋混合物、单一对映异构体、非对映异构体混合物和单独的非对映异构体形式存在。在一些实施方案中，获得单一的非对映异构体。本发明的分子的手性中心可具有S或R构型。“立体异构体”或“光学异构体”是给定分子的异构体，其中相同的原子与相同的其他原子键合，但在三维中这些原子的构型不同。“对映异构体”是给定分子的立体异构体，它们彼此为镜像，类似左手和右手。“非对映异构体”是给定分子的不是对映异构体的立体异构体。手性分子含有手性中心，也称为立体中心或立体源中心，其在带有基团的分子中为任何点，但不一定是原子，使得任何两个基团的交换产生立体异构体。在有机化合物中，手性中心可以是例如碳、磷或硫原子，但其他原子也可以是有机和无机化合物中的立体中心。分子可以具有多个立体中心，这使其具有许多立体异构体。在立体异构性由四面体立体源中心(例如，四面体碳)引起的分子中，假设可能的立体异构体的总数不超过2n，其中n是四面体立体中心的数目。具有对称性的分子通常具有少于最大可能数目的立体异构体。对映异构体的50:50混合物被称为外消旋混合物。或者，对映异构体的混合物可以进行对映异构体富集，使得一种对映异构体以大于50％的量存在。通常，可以使用本领域已知的技术拆分或分离对映异构体和/或非对映异构体。预期对于尚未定义立体化学的任何立构中心或手性轴，该立体中心或手性轴可以以其R形式、S形式或作为R和S形式的混合物(包括外消旋和非外消旋混合物)存在。在一些实施方案中，分子可以少于另一种立体异构体的约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、80％、90％、95％。
疾病
在一些实施方案中，本领域技术人员可以使用本文公开的发明来发现与疾病相关的生物标志物，以及制作包含针对这类生物标志物的高亲和力配体的诊断试剂盒和/或装置。在一些实施方案中，该疾病可以包括阿尔茨海默病、帕金森病和/或癌症。在一些实施方案中，基于血液的方法可以代表用于评估、诊断和/或治疗疾病或病况的许多方法中的一种。在一些实施方案中，基于血液的方法可以代表用于评估、诊断和/或治疗疾病或病况的唯一方法。
诊断阿尔茨海默病
当进行诊断时，作为AD治疗剂而提出的药物通常落入广泛类别的胆碱酯酶抑制剂、毒蕈碱激动剂、抗氧化剂或抗炎剂。例如，可以单独使用或组合使用以下物质：加兰他敏(Reminyl)、他克林(Cognex)、司来吉兰、毒扁豆碱、revistigmin、多奈哌齐、(Aricept)、利凡斯的明(Exelon)、美曲磷酯、米拉美林、呫诺美林、沙贝鲁唑(saeluzole)、乙酰基-左旋肉碱、艾地苯醌、ENA-713、memric、喹硫平、neurestrol和neuromidal。
然而，诊断阿尔茨海默病(“AD”)可能涉及几种类型的评估，并且可能要花费许多天至数周才能完成。评估可以包括取得详细的病史和体格检查。可使用标准实验室检验(包括血液、尿液和CSF检验)来帮助消除其他可能的病况。也可以使用多种工具进行神经心理学测验来评估记忆、问题解决能力、注意力、视觉-运动协调和抽象思维。还可以包括抑郁症测验。可以包括脑成像扫描以排除作为症状的病因的脑肿瘤或脑血栓。总之，没有准确诊断AD的单一试验，阿尔茨海默病的确诊只有通过死亡后检查脑组织才可以实现。
先进的神经成像和CSF技术还可有助于在基于诊所的设置中用于检测AD的诊断准确性。然而，基于血液的生物标志物代表通过用作一般的和/或特定的筛选工具来增强成像和基于CSF的方式的效用的方法。在一些方面，基于血液的方法可以作为多步骤诊断过程的第一步，许多其他病症，如神经***疾病、心血管疾病、感染性疾病和癌症可能是这样。在一些方面，在第一步之后，筛选阳性者可以进行神经成像或CSF评估以用于确认目的(例如，用于诊断或入选到临床试验中)。在另一个方面，基于血液的方法可以用作准确诊断AD的单一试验。
对于发现疾病相关生物标志物以及制备包含针对此类生物标志物的高亲和力配体的诊断试剂盒的改进方法存在需求。本发明涉及合成特征特异性配体、筛选这类配体、检测对疾病相关生物标志物具有高亲和力的分子、检测生物标志物和诊断疾病和疾病进展的方法。
根据本发明，提供了包含结合指示神经退行性疾病的抗体的类肽的组合物和检测包含抗体的样品中的抗体的方法，该方法包括使含抗体的样品与类肽接触。在一些实施方案中，支持体上可以附加有类肽。配体文库可以包括例如Erad1、Erad2、Erad3、Erad4、Erad5、Erad6、AD1、AD2或AD3。
在一些实施方案中，本领域技术人员可以使用本文公开的发明来发现与疾病相关的生物标志物，以及用于制备包含针对这类生物标志物的高亲和力配体的诊断试剂盒。在一些实施方案中，该疾病可以包括帕金森病。
帕金森病
当进行诊断时，作为单独或组合的帕金森病(PD)治疗剂而提出的药物包括左旋多巴、Sinemet(左旋多巴+卡比多巴)、Stalevo(卡比多巴+左旋多巴+恩他卡朋)、Symmetrel(盐酸金刚烷胺)、抗胆碱能药(苯海索、甲苯磺酸苯丙哌嗪、丙脒等)、司来吉兰、deprenyl(咪多吡(Eldepryl))、多巴胺激动剂如溴隐亭(Parlodel)、培高利特(Permax)、普拉克索(Mirapex)和罗匹尼罗(Requip)、COMT抑制剂如托卡朋(Tasmar)和恩他卡朋(Comtan)。在药物不再令人满意后，一些患者也可以选择手术。
PD是脑(中枢神经***)的退行性疾病，其通常损害运动技能、言语和其他功能。PD影响运动(运动症状)，但其他典型症状可包括情绪、行为、思维和感觉障碍(非运动症状)。受试者的个体症状可能非常不同，并且疾病的进展也明显是个体性的。PD的症状是由于黑质(字面意思为“黑色物质”)致密区中的色素沉着多巴胺分泌(多巴胺能)细胞的损失(特发性或遗传性，毒性或创伤性)引起的。这些神经元投射到纹状体，并且它们的损失导致基底神经节内调节运动的神经回路活动的改变，实质上是对直接通路的抑制和间接通路的激发。当进行神经学检查以评价具有任何运动障碍的受试者时，医生可能会检查受试者的病史并进行体格检查。另外，可以进行神经***检查以对神经***进行全面评价，包括观察受试者的运动、协调和平衡的各个方面。具有帕金森病典型症状的受试者的血液实验室检验很少发现任何异常。脑电图(EEG)记录了脑电活动的一些方面，但其在发现PD方面无效。大脑的MRI和CAT扫描产生了显著且精致的解剖学图片，但是PD病患者的大脑即使在这种仔细检查下也看起来正常，因为与PD相关的变化是微观的，并且无法被这些扫描揭示。由于没有明确的诊断试验来提供具体答案，因此医生根据判断来确定其对PD的诊断。因此，仍然需要对于这些疾病和其他神经***疾病(i)准确且客观，(ii)简单且可再现，以及(iii)在早期和晚期病例中都有用的诊断程序。
在一些实施方案中，本领域技术人员可以使用本文公开的发明来发现对疾病相关生物标志物具有高亲和力的分子，发现疾病相关生物标志物，以及用于制备包含针对这类生物标志物的高亲和力配体的诊断试剂盒和/或装置。在一些实施方案中，该疾病可以包括自身免疫病。
自身免疫病
本发明还可以提供可以结合来自多种自身免疫病状态或状况的自身免疫性T细胞和/或抗体的配体的鉴定。在某些方面，疾病状态包括但不限于如下疾病，例如急性播散性脑脊髓炎(ADEM)、急性坏死性出血性脑白质炎、阿狄森病、丙种球蛋白血症、变应性哮喘、过敏性鼻炎、斑秃、淀粉样变性、强直性脊柱炎、抗GBM/抗TBM肾炎、抗磷酸脂质综合征(APS)、自身免疫性再生障碍性贫血、自身免疫性自主神经机能异常、自身免疫性肝炎、自身免疫性超脂质血症、自身免疫性免疫缺陷、自身免疫性内耳病(AIED)、自身免疫性心肌炎、自身免疫性胰腺炎、自身免疫性视网膜病、自身免疫性血小板减少性紫癜(ATP)、自身免疫性甲状腺疾病、轴突神经元性神经病(axonal&neuronal neuropathies)、Balo病、Behcet病、大疱性类天疱疮、心肌病、Castlemen病、乳糜泻(非热带)、查加斯病、慢性疲劳综合征、慢性炎性脱髓鞘性多发性神经病(CIDP)、慢性复发性多灶性骨髓炎(CRMO)、Churg-Strauss综合征、瘢痕性类天疱疮/良性粘膜类天疱疮、克罗恩病、Cogan综合征、冷凝集素病、先天性心脏传导阻滞、柯萨奇心肌炎、CREST病、原发性混合型冷球蛋白血症(essential mixedcryoglobulinemia)、脱髓鞘性神经病、皮肌炎、Devic病(视神经脊髓炎)、盘状狼疮、Dressler综合征、子宫内膜异位症、嗜酸性粒细胞性筋膜炎、结节性红斑、实验性变应性脑脊髓炎、Evan综合征、纤维肌痛、纤维化肺泡炎、巨细胞动脉炎(颞动脉炎)、肾小球肾炎、Goodpasture综合征、Grave病、格林-巴利综合征、桥本脑炎、桥本甲状腺炎、溶血性贫血、Henock-Schoniein紫癜、妊娠期疱疹、低丙种球蛋白血症、特发性血小板减少性紫癜(ITP)、IgA肾病、免疫调节脂蛋白、包涵体肌炎、胰岛素依赖型糖尿病(1型)、间质性膀胱炎、幼年型关节炎、青少年糖尿病、川崎综合征、Lambert-Eaton综合征、白细胞碎屑性血管炎、扁平苔癣、硬化性苔藓、木样结膜炎、线性IgA病(LAD)、狼疮(SLE)、莱姆病、Meniere病、显微镜下多血管炎、混合性***病(MCTD)、Mooren溃疡、Mucha-Habermann病、多发性硬化、重症肌无力、肌炎、发作性睡病、视神经脊髓炎(Devic)、嗜中性粒细胞减少症、眼瘢痕性类天疱疮、视神经炎、回文性风湿病、PANDAS(与链球菌相关的小儿自身免疫性神经精神病)、副肿瘤性小脑变性、阵发性睡眠性血红蛋白尿(PNH)、Parry Romberg综合征、Parsonnage-Turner综合征、植物睫状体(外周葡萄膜炎)、天疱疮、周围神经病变、周围性脑脊髓炎、恶性贫血、POEMS综合征、息肉结节性结膜炎、I型、II型和III型自身免疫性多腺体综合征、风湿性多肌痛、多肌炎、心肌梗死后综合征、心包切开术后综合征、***性皮炎、原发性胆汁性肝硬化、原发性硬化性胆管炎、银屑病、银屑病关节炎、特发性肺纤维化、坏疽性脓皮病、纯红细胞再生障碍、雷诺氏现象、反射***感神经营养不良、Reiter综合征、复发性多软骨炎、不宁腿综合征、腹膜后纤维化、风湿热、类风湿性关节炎、结节病、Schmidt综合征、巩膜炎、硬皮病、Slogren综合征、***和睾丸自身免疫病、僵人综合征、亚急性细菌性心内膜炎(SBE)、交感性眼炎、Takayasu动脉炎、颞动脉炎/巨细胞动脉、血小板减少性紫癜(TPP)、Tolosa-Hunt综合征、横贯性脊髓炎、溃疡性结肠炎、未分化***病(UCTD)、葡萄膜炎、血管炎、水疱性皮肤病、白癜风或韦格纳肉芽肿病、慢性活动性肝炎、原发性胆汁性肝硬化、心肌病、心肌炎、I型自身免疫性多内分泌综合征(APS-I)、囊性纤维化血管炎、获得性甲状旁腺功能减退症、冠状动脉疾病、叶状天疱疮、寻常型天疱疮、Rasmussen脑炎、自身免疫性胃炎、胰岛素低血糖综合征(Hirata病)、B型胰岛素抗性、棘层肥厚、***性红斑狼疮(SLE)、恶性贫血、治疗抗性莱姆关节炎、多发性神经病、脱髓鞘疾病、特应性皮炎、自身免疫性甲状腺功能减退、白癜风、甲状腺相关眼病、自身免疫性乳糜泻、ACTH缺乏症、皮肌炎、舍格伦综合征、***性硬化症、进行性***性硬化症、硬斑病、原发性抗磷酸脂质综合征、慢性特发性荨麻疹、***综合征、坏死性新月体性肾小球肾炎(NCGN)、***性血管炎、Raynaud综合征、慢性肝病、内脏利什曼病、自身免疫性C1缺乏、膜增生性肾小球肾炎(MPGN)、凝血时间延长、免疫缺陷、动脉粥样硬化、神经元病、副肿瘤性天疱疮、副肿瘤性僵硬综合征、副肿瘤性脑脊髓炎、亚急性自主神经病变、癌症相关性视网膜病变、副肿瘤性眼阵挛性肌阵挛性共济失调、下肢运动神经元综合征和Lambert-Eaton肌无力综合征。
在一些实施方案中，本领域技术人员可以使用本文公开的发明来发现疾病相关生物标志物，以及用于制备包含针对这类生物标志物的高亲和力配体的诊断试剂盒和/或装置。在一些实施方案中，该疾病可以包括癌症。
癌症
本发明还可用于鉴定和/或表征与癌症或癌前状况相关的生物标志物的存在或不存在。这些癌症包括但不限于例如急性淋巴母细胞白血病、急性髓样白血病、肾上腺皮质癌、AIDS相关癌症、AIDS相关淋巴瘤、***癌、阑尾癌、儿童期小脑或大脑星形细胞瘤、基底细胞癌、肝外胆管癌、膀胱癌、骨癌、骨肉瘤/恶性纤维组织细胞瘤、脑干神经胶质瘤、脑肿瘤、小脑星形细胞瘤脑肿瘤、大脑星形细胞瘤/恶性胶质瘤脑肿瘤、室管膜瘤脑肿瘤、成神经管细胞瘤脑肿瘤脑肿瘤、幕上原始神经外胚层肿瘤脑肿瘤、视觉通路与下丘脑神经胶质瘤脑肿瘤、乳腺癌、支气管腺瘤/类癌、伯基特淋巴瘤、儿童期类癌瘤、胃肠道类癌瘤、未知原发性癌、原发性中枢神经***淋巴瘤、儿童期小脑星形细胞瘤、儿童期大脑星形细胞瘤/恶性胶质瘤、***、儿童期癌症、慢性淋巴细胞性白血病、慢性髓性白血病、慢性骨髓增生性疾病、结肠癌、皮肤T细胞淋巴瘤、***增生性小圆细胞瘤、子宫内膜癌、室管膜瘤、食管癌、尤因肿瘤家族中的尤因肉瘤、儿童期颅外生殖细胞瘤、性腺外生殖细胞瘤、肝外胆管癌、眼癌、眼内黑素瘤、视网膜母细胞瘤眼癌、胆囊癌、胃部(胃)癌、胃肠道类癌瘤、胃肠道间质瘤(GIST)、颅外、性腺外或卵巢生殖细胞瘤、妊娠滋养细胞肿瘤、脑干胶质瘤、胶质瘤、儿童期脑星形细胞瘤、儿童期视觉通路和下丘脑胶质瘤、胃类癌、毛细胞白血病、头颈癌、心脏癌、肝细胞(肝)癌、霍奇金淋巴瘤、下咽癌、儿童期下丘脑和视觉通路胶质瘤、眼内黑素瘤、胰岛细胞癌(内分泌胰腺)、卡波西肉瘤、肾癌(肾细胞癌)、喉癌、白血病、急性淋巴母细胞白血病(又称为急性淋巴细胞性白血病)、急性髓样白血病(又称为急性髓性白血病)、慢性淋巴细胞白血病(又称为慢性淋巴细胞性白血病)、慢性髓性白血病(又称为慢性髓样白血病)、毛细胞白血病、唇和口腔癌、肝癌(原发性)、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、淋巴瘤、AIDS相关淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、皮肤T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤(除霍奇金淋巴瘤外的所有淋巴瘤的旧分类)、原发性中枢神经***淋巴瘤、Marcus Whittle致死性疾病、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、骨恶性纤维组织细胞瘤/骨肉瘤、儿童期成神经管细胞瘤、黑素瘤、眼内(眼)黑素瘤、Merkel细胞癌、成人恶性间皮瘤、儿童期间皮瘤、隐匿原发性转移性鳞状颈癌、口癌、儿童期多发性内分泌肿瘤综合征、多发性骨髓瘤/浆细胞肿瘤、蕈样真菌病、骨髓增生异常综合征、骨髓增生异常/骨髓增生性疾病、慢性髓性白血病、成人急性髓样白血病、儿童期急性髓样白血病、多发性骨髓瘤(骨髓癌)、慢性骨髓增生性疾病、鼻腔和鼻窦癌、鼻咽癌、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、口腔癌、口咽癌、骨肉瘤/骨恶性纤维组织细胞瘤、卵巢癌、卵巢上皮癌(表面上皮-间质瘤)、卵巢生殖细胞瘤、卵巢低恶性潜能肿瘤、胰腺癌、胰岛细胞胰腺癌、副鼻窦和鼻腔癌、甲状旁腺癌、***癌、咽癌、嗜铬细胞瘤、松果体星形细胞瘤、松果体生殖细胞瘤、儿童期松果体母细胞瘤和幕上原始神经外胚层肿瘤、垂体腺瘤、浆细胞瘤/多发性骨髓瘤、胸膜肺母细胞瘤、原发性中枢神经***淋巴瘤、***癌、直肠癌、肾盂和输尿管肾细胞癌(肾癌)、移行细胞癌、视网膜母细胞瘤、儿童期横纹肌肉瘤、唾液腺癌、肉瘤、尤因肿瘤家族肉瘤、卡波西肉瘤、软组织肉瘤、子宫肉瘤、Sézary综合征、皮肤癌(非黑素瘤)、皮肤癌(黑素瘤)、Merkel细胞皮肤癌、小细胞肺癌、小肠癌、软组织肉瘤、鳞状细胞癌—见皮肤癌(非黑素瘤)、隐匿原发性转移性鳞状颈癌、胃癌、儿童期幕上原始神经外胚层肿瘤、皮肤T细胞淋巴瘤—见蕈样真菌病和Sézary综合征、睾丸癌、喉癌、儿童期胸腺瘤、胸腺瘤和胸腺癌、甲状腺癌、儿童期甲状腺癌、肾盂和输尿管移行细胞癌、未知原发部位的妊娠期滋养细胞肿瘤、未知原发部位的成人输尿管和肾盂癌、儿童期输尿管和肾盂癌、移行细胞癌、尿道癌、子宫内膜子宫癌、子宫肉瘤、***癌、儿童期视觉通路和下丘脑胶质瘤、外阴癌、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、儿童期维尔姆斯瘤(肾癌)。
其他疾病
本发明还可用于筛选与任何其他疾病或病况相关的生物标志物。这类疾病和病况的范围包括上文提出的神经***疾病、自身免疫病和癌症，以及具有生物标志物如抗体或与疾病或疾病进展相关的其他特征性蛋白质或生物分子的任何其他疾病或病况。这些疾病和病况具体包括炎症性疾病、感染性疾病、心血管疾病和代谢性疾病。具体的感染性疾病包括但不限于AIDS、炭疽、肉毒杆菌中毒、布鲁氏菌病、软下疳、衣原体感染、霍乱、球孢子菌病、隐孢子虫病、环孢子虫病、白喉、埃里希体病、虫媒病毒性脑炎、肠出血性大肠杆菌、贾第虫病、淋病、登革热、流感嗜血杆菌、汉森病(麻风病)、汉坦病毒肺综合征、溶血性***综合征、甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、人类免疫缺陷病毒、军团菌病、李斯特菌病、莱姆病、疟疾、麻疹、脑膜炎球菌病、腮腺炎、百日咳(顿咳)、鼠疫、麻痹性脊髓灰质炎、鹦鹉热、Q热、狂犬病、洛矶山斑疹热、风疹、先天性风疹综合征(SARS)、志贺菌病、天花、链球菌病(侵袭性A组)、链球菌中毒性休克综合征、链球菌肺炎、梅毒、破伤风、中毒性休克综合征、旋毛虫病、肺结核、土拉菌病、伤寒、万古霉素中间抗性金黄色葡萄球菌水痘、黄热病、变异克雅氏病(vCJD)、埃博拉出血热、棘球蚴病、亨德拉病毒感染、人类猴痘、H5N1甲型流感、拉沙热、马尔堡出血热、尼帕病毒、奥尼昂热、裂谷热、委内瑞拉马脑炎和西尼罗病毒。
抗体
在一些实施方案中，本文所述的类肽可以结合疾病相关抗体。抗体，也称为免疫球蛋白(Ig)，是由浆细胞产生的大的Y形蛋白质，其可以被动物的免疫***用来识别和中和病原体，例如细菌和病毒。抗体通过可变区识别有害物的独特分子(称为抗原)。抗体的“Y”形的每个尖端均包含对抗原上的一个特定表位(类似于钥匙)具有特异性的互补位(类似于锁)，从而允许这两个结构精确地结合在一起。通过使用这种结合机制，抗体可以标记微生物或被感染的细胞，以供被免疫***的其他部分攻击，或者可以直接中和其靶标(例如，通过阻断对其入侵和存活而言至关重要的微生物的一部分)。抗体与免疫***的其他组分通信的能力通过其Fc区(位于“Y”的基部)来介导，该Fc区含有参与这些相互作用的保守糖基化位点。抗体的产生是体液免疫***的主要功能。
已知适应性免疫***部分地通过扩增识别疾病特异性抗原的特定抗体而与许多不同的疾病状态特异性地反应。因此，可以基于测定生物流体如血清、组织或本文所述的任何生物流体中的疾病特异性抗体的水平和/或存在来设计针对许多不同疾病的诊断试验。本发明叙述了配体和配体文库的设计和合成，其中可以针对结合疾病特异性生物标志物的配体，例如抗体，对配体或配体文库进行差异性筛查。在一些实施方案中，配体可以是对IgA、IgM、IgE、IgD、IgG抗体和或其片段具有亲和力的分子。在一些情况下，配体可以对IgA、IgM、IgE、IgD、IgG抗体中的两种或更多种和或其片段具有亲和力。在一些实施方案中，IgG抗体可以包括，例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4，而IgA可以包括，例如，IgA1或IgA2。
在一些方面，所述分子可以对分子具有至少10-5M(KD)的结合亲和力。在一些实施方案中，至少1％至100％的多种本文所述分子可对抗体具有至少10-5M(KD)的结合亲和力。至少一种本文所述分子可对其靶标具有至少10-5M(KD)，例如至少10-5M、10-6M、10-7M、10-8M、10-9M、10-10M、10-UM、10-12M、10-13M、10-14M、10-15M或10-16M的结合亲和力。至少1％的本文所述配体或本文所述配体文库可以是单特异性的。例如，文库中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的配体可以是单特异性的，并且文库中至少一种配体可以对抗体具有至少10-5M、10-6M、10- 7M、10-8M、10-9M、10-10M、10-11M、10-12M、10-13M、10-14M、10-15M或10-16M的结合亲和力。在一些实施方案中，配体可以对第一靶标和第二靶标具有不同的结合亲和力。在一些实施方案中，配体可以对第一靶标和第二靶标具有结合亲和力。在一些实施方案中。该靶标可以是抗体。
组合文库
术语“组合文库”或“文库”是指这样的文库，其中各个分子是有限的一组基本元素的***性或随机性组合，每个配体的性质取决于并入其中的元素的选择和位置。在一些实施方案中，可以同时筛选文库的配体。组合文库的配体可以是一些种类的寡聚物或聚合物，其中通过在寡聚物或聚合物的一个或多个位置处选择单体结构单元而发生变化，并且可能在连接键或寡聚物或聚合物的长度方面发生变化。文库的配体可以是具有标准核心结构的非寡聚配体，且通过在核心结构上的特定可变位点处选择取代基而引入变化。文库的配体可以是像拼图一样组装的非寡聚分子，但其中每个片段具有一个或多个可变部分(有助于文库多样性)和一个或多个恒定部分(提供将考虑的片段与其他片段相偶联的功能)。在一些实施方案中，配体结构单元可以至少部分地随机组合成大量不同的化合物，随后针对对于一种或多种靶标的结合(或其他)活性对这些化合物同时进行筛选。在一些实施方案中，结构单元不是随机组合的。在一些实施方案中，本文所述的组合文库可以包含少于约101、102、103、104、105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014、1015、1016、1017、1018、1019或1020个不同的分子。在一些实施方案中，本文所述的组合文库可以包含至少约101、102、103、104、105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014、1015、1016、1017、1018、1019或至少1020个不同的分子。
类肽的组合文库可以如下制备
类肽可以通过本领域已知的技术合成。在一些方面，可以使用用于溶液相合成的组合方法进行合成。在一些实施方案中，可以使用用于固相合成的组合方法进行合成。在一些实施方案中，可以使用用于溶液相和固相合成技术的组合的组合方法进行合成。Comprehensive Biomaterials(2011),vol.2,pp.53-76通过引用整体并入本文。在一些实施方案中，类肽合成可以是自动化的。在一些实施方案中，类肽可以通过平行合成来合成。在一些实施方案中，类肽可以通过混合裂分(裂分/混合)合成来合成。在一些实施方案中，类肽可以通过斑点合成来合成。在一些实施方案中，类肽可以使用微波辅助的合成方案来合成。“Combinatorial Chemistry”,Chemical and Engineering News,1997年2月24日,p.43；Thompson等人,Chem.Rev.(1996)96:555)；Fodor等人,Science 251(1991)767；美国专利5,143,854；WO 93/09668通过引用并入本文。
具有的半胱氨酸或甲硫氨酸单体氨基酸附接到支持体上或支持体或树脂或珠子上的连接体上的类肽可以如下制备：首先将受保护的氨基酸添加到支持体上或支持体上的连接体上。在加入所述氨基酸(或在寡聚物中具有功能性或其他目的或充当具有所述寡聚物的诊断剂的任何所需氨基酸)之后，可以使用标准肽化学或使用溴乙酸的亚单体(或α-取代的溴乙酸或类似的反应物)和单取代的胺添加剩余的单体，其中该胺被R基团取代。R基团可以选自任何已知的类肽取代基，包括在例如公开号为2010/0303805或2010/0303835的美国专利申请中描述的那些，在Zuckermann和各种Kodadek出版物中描述的那些，以及本文描述的那些。公开号为2010/0303805和2010/0303835的美国专利申请通过引用整体并入本文。
详细而言，制备每种类肽的方法通常可包括(1)在支持体上准备氨基酸反应物(包括支持体上可选的连接体)；(2)所述支持体上的氨基酸部分与酰基卤如溴乙酸或氯乙酸反应，以形成卤代衍生物，(3)该卤代衍生物与单取代的胺反应，以形成酰胺，以及(4)重复步骤(2)和(3)，以形成类肽。含有甲硫氨酸或半胱氨酸的类肽可以在大型文库中制备。在一些实施方案中，PEG连接体可以在珠子或树脂上。在一些实施方案中，PEG连接体可以是少于约10个单体单元的短连接体。在一些实施方案中，PEG连接体可以是超过约10个单体单元的长连接体。
用来进行寡聚物构建过程中的每个步骤的条件可以使用溶剂，如DMF或乙腈或二氯甲烷。三氟乙酸可用于切割目的，而哌啶或其他合适的碱可用作溴代衍生物与胺之间的反应中的碱。各种保护基团可用于制备氨基酸反应物。在一些实施方案中，二氨基丁烷可以用作与类肽的C-末端半胱氨酸残基相邻的链中的第一个胺亚单体。在该方法的第一步中，所选择的珠子或树脂(克或毫克量)可在合适的溶剂如DMF中溶胀。如果在所述珠子上的反应性胺上用保护基团“保护”珠子，则可以反复加入碱溶液如哌啶，随后用DMF洗涤以使珠子脱保护。一旦珠子脱保护或者如果最初使用珠子如珠子，它可以在合适的溶剂如DMF中与合适的氨基酸如半胱氨酸或甲硫氨酸反应(在氮上用Fmoc或其他合适的保护基团保护，而在硫上用Trt(三苯基甲基)保护，并且其摩尔量足以与每个珠子反应)。可将HBTU(四氟脲鎓六氟磷酸盐)(偶联试剂)和4-甲基吗啉(碱)与受保护的氨基酸一起加入到烧杯(或管或烧瓶)中的珠子溶液中，并在室温下摇动，以在树脂上(或树脂上的连接体上)形成Fmoc/Trt保护的氨基酸。然后可以在溶剂如DMF中洗涤珠子多次。然后可以使用合适的试剂将Fmoc基团脱保护，该试剂允许氨基酸上的胺与另一种反应物如另一种受保护的氨基酸或亚单体如溴乙酸和活化剂如DIC(3-异丙基碳二亚胺)在合适的溶剂中在加热(例如微波加热)和搅拌下反应。所得珠子可以洗涤多次，然后在加热下在合适的溶剂中用所需的单体胺处理。所得珠子可以洗涤多次，然后用溴乙酸和所选择的胺反复处理，以构建寡聚物和寡聚文库。可以使用三氟乙酸从珠子上切下类肽。
在一些实施方案中，具有与具有1-基-正丁胺的单体相邻的半胱氨酸的类肽可以包括在C-末端构建具有两个氨基酸的类肽，然后是进一步包括添加在亚单体过程中构建的任何单体的过程，其中第二氨基酸是赖氨酸。这可以进一步包括选择任何单体或亚单体以制备α-取代的溴乙酸亚单体，其中碳取代基可以选自典型的氨基酸侧链，以在反应物反应后形成α-取代的类肽，其中R基团可见于类肽链上的任一或两个碳上或类肽链上的氮上。
小分子的组合文库可以商购获得或使用本领域已知的方法制备。参见，例如，Eichler等人,1995；Cho等人,1999；LePlae等人,2002；Ostergaard和Holm,1997；Yang等人,1999。另外，美国专利6,344,334和出版物Gallop等人,(1994)，Gordon等人,(1994)；Thompson和Ellman(1996)也是这类分子和文库的来源，其中每一个都通过引用整体并入本文。
肽的组合文库可以商购获得或使用本领域已知的方法制备。参见，例如，Stewart和Young(1984)；Tam等人(1983)；Merrifield(1986)；以及Barany和Merrifield(1979)，其中每一个都通过引用整体并入本文。
包括RNA或DNA的核酸的组合文库可以商购获得或使用本领域已知的方法制备。寡糖的组合文库可以商购获得或使用本领域已知的方法制备。
在每种情况下，可以在本文所述的条件下将“配体”添加到支持体、支持体树脂或珠子，以形成文库。可以针对样品，例如含有生物标志物的样品，例如生物流体中的生物标志物筛查文库。在一些实施方案中，配体可以是类肽。在一些实施方案中，配体可以部分地由亚单体合成，所述亚单体可以选自任何已知的单体胺和任何已知的乙酰卤或取代的乙酰卤。例如，表1提供了可以选择的单取代胺上的一系列R基团：
本文公开的类肽可以使用修饰的、非天然的和/或不常见的氨基酸。非天然残基包括但不限于2-氨基己二酸、N-乙基天冬酰胺、3-氨基己二酸、羟基赖氨酸、β-丙氨酸、别-羟基赖氨酸丙酸、2-氨基丁酸、3-羟基脯氨酸、4-氨基丁酸、4-羟基脯氨酸哌啶酸、6-氨基己酸、异锁链素(Isodesmosine)、2-氨基庚酸、别-异亮氨酸、2-氨基异丁酸、N-甲基甘氨酸、3-氨基异丁酸、N-甲基异亮氨酸、2-氨基庚二酸、6-N-甲基赖氨酸、2,4-二氨基丁酸、N-甲基缬氨酸、锁链素、正缬氨酸、2,2'-二氨基庚二酸、正亮氨酸、2,3-二氨基丙酸、鸟氨酸和N-乙基甘氨酸。可以使用常规亚单体化学法掺入诸如2-甲氧基乙胺乙醇胺、糠胺的类肽残基。在一些实施方案中，用于本发明目的的单体和/或亚单体可进一步包含苄胺、甲胺、烯丙胺、异丁胺、4-(氨基甲基)吡啶、4-(2-氨基乙基)吗啉、3,4-二甲氧基苄胺、2、2-二苯基乙胺、胡椒基胺、R-(+)-α-甲基苄胺、环丙胺、1,4-二氨基丁烷、甘氨酸、2-氨基乙醇和/或表2中列出的那些。
本文所述的分子可包括胺侧链或α碳上的R基团，并且可独立地选自氢；烷基；烯丙基；甲基；乙基；正丙基；异丙基；正丁基；异丁基；正丁胺；仲丁基；叔丁基；戊基；己基；异戊基；芳基；杂芳基；呋喃基；吲哚基；噻吩基；噻唑基；咪唑基；异噁唑基；噁唑基；胡椒基；吡唑基；吡咯基；吡嗪基；吡啶基；嘧啶基(pyrimidyl)；嘧啶基(pyrimidinyl)；嘌呤基；噌啉基；苯并呋喃基；苯并噻吩基；苯并***基；苯并噁唑基；喹啉；异噁唑基；异喹啉环烷基；烯基；环烯基；苯基；吡啶基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；C0-6烷基芳基；C0-6烷基杂芳基；被选自OH、SH、卤素、OR15、COOR15、NR15(其中R15选自H或C1-6烷基或C1-6炔基)或R16(其中R16选自H或C1-6炔基)的基团取代的C1-6烷基；OC1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基；C2-6烯基；和C2-6炔基—包括以下表1和表2中描述的一种或多种化学基团。
在一些实施方案中，分子可包括独立地选自以下基团的R基团：氢；C1-6烷基；C2-6烯基；C3-C8环烷基；C1-C6烷基杂芳基；C1-C6烷基芳基；其中所述烷基或烯基中的任一个可任选地被OH、卤素、NH2或COOH取代；其中所述芳基或杂芳基中的任一个可任选地被OH、卤素、OCH3、SO2NH2或OCH2O取代。
支持体
合适的支持体的选择对于技术人员来说是常规的。在一些实施方案中，重要标准可包括支持体的反应性不干扰制备文库所需的反应。在一些实施方案中，支持体可以是不溶性的。在一些实施方案中，支持体可以是聚合物支持体。在一些实施方案中，不溶性聚合物支持体可包括基于聚苯乙烯、聚苯乙烯/二乙烯基苯共聚物等的官能化聚合物。应当理解，聚合物支持体可以涂覆、接枝或以其他方式键合到其他固体支持体上。在另一个实施方案中，支持体可以由可逆溶解性聚合物提供。这类支持体可包括基于聚乙烯醇和/或聚乙二醇(PEG)的官能化聚合物。通过加入合适的惰性非溶剂，可以使可溶性支持体为不溶性的(例如，可以使其沉淀)。
许多反应性基团可用于偶联，如羧酸(-COOH)、酰肼(-CONHNH2)、伯脂肪胺(-RNH2)、醛(-CHO)、芳香胺(-ArCH2Cl)、羟基(-OH)、氯甲基(乙烯基苄基氯)(-ArCH2Cl)、巯基(-SH)、酰胺(-CONH2)和环氧基(-COC-)。
在某些方面，如本文所述的类肽可在羧基或氨基末端包含末端官能团。在一些情况下，该官能团可以能够与支持体、连接体部分、标记物、基底或其他部分偶联。在一些实施方案中，末端半胱氨酸残基可以与类肽偶联，并且可以提供巯基以供进一步将类肽与基底偶联。在一些实施方案中，羧基末端可包含NH2、OH或其他化学基团，该化学基团可进一步与基底(直接或间接地)或连接体或标记物或其他部分反应。例如，可以使用众多的标记物，包括可直接检测的标记物，如染料，如发光剂和荧光剂(例如罗丹明、基于镧系元素的染料等)，和可间接检测的标记物，如酶和半抗原，包括洋地黄毒苷、生物素等。其他标记物的实例可包括但不限于谷胱甘肽-S-转移酶(GST)、麦芽糖结合蛋白(MBP)、绿色荧光蛋白(GFP)、AviTag、钙调蛋白标签、聚谷氨酸标签、FLAG-标签、HA-标签、His标签、Myc-标签、S-标签、SBP-标签、Softag 1、Strep-标签、TC标签、V5标签、Xpress标签、Isopeptag、SpyTag或其组合。
可以使用众多的连接体。最简单形式的连接体组分可以是在类肽与第二部分如基底或其他实体之间的键。更加一般地，连接体可以提供单分子或多分子主链，其将一个或多个类肽与一个或多个基底或部分共价或非共价地连接。因此，本文所述的类肽与所需的基底或部分的连接可以通过共价或非共价方式实现，通常涉及与位于类肽和/或基底或第二实体上的一个或多个官能团的相互作用。可用于此目的的化学反应性官能团的实例可包括但不限于氨基、羟基、硫羟基、羧基和羰基，以及碳水化合物基团、邻二醇、硫醚、2-氨基醇、2-氨基硫醇、胍基、咪唑基和酚基团。
支持体可由任何合适的材料制成。在一些实施方案中，用来制备这类支持体的材料可包括但不限于例如玻璃、塑料、陶瓷或聚合物树脂或珠子。支持体还可包括诸如镍、黄铜、钢或其他金属或金属混合物等材料。在一些实施方案中，可以用基底部分地或完全地覆盖支持体。基底可以是平面的或颗粒，并且可以包含固体或多孔材料。基底可以是有机的或无机的、生物的或非生物的，或这些材料的任何组合。基底可以是透明或半透明的。基底或其部分可以是平坦的、坚固的或半坚固的。许多材料适合用作基底。基底可包含硅、二氧化硅、玻璃或聚合物。例如，基底可包含选自硅、二氧化硅、石英、玻璃、可控孔度玻璃、碳、氧化铝、二氧化钛、锗、氮化硅、沸石和砷化镓的材料。许多金属如金、铂、铝、铜、钛及其合金也可用于阵列的基底。此外，许多陶瓷和聚合物也可用作基底。可用作基底的聚合物包括但不限于以下物质：聚苯乙烯；聚(四)氟乙烯；(聚)偏二氟乙烯；聚碳酸酯；聚甲基丙烯酸甲酯；聚乙烯基乙烯；聚乙烯亚胺；聚(醚醚)酮；聚甲醛(POM)；聚乙烯基苯酚；聚丙交酯；聚甲基丙烯酰亚胺(PMI)；聚烯烃砜(PAS)；聚甲基丙烯酸羟乙酯；聚二甲基硅氧烷；聚丙烯酰胺；聚酰亚胺；共聚嵌段聚合物；和光刻胶、聚合Langmuir-Blodgett膜和LIGA结构。
可以用不同的一层或多层化合物或涂层来修饰基底，所述化合物或涂层用来以期望的方式改变表面的性质。例如，基底可以进一步在基底的整个表面或部分表面上包含涂层材料。在一些实施方案中，涂层材料增强配体的亲和力，以及样品中包含的结合部分，或基底的另一部分(例如，官能团)。例如，涂层材料可以是硝酸纤维素、硅烷、硫醇、二硫化物或聚合物。当材料是硫醇时，基底可包含金涂覆的表面，并且/或者该硫醇包含疏水和亲水部分。当涂层材料是硅烷时，基底可以包含玻璃，并且该硅烷可以呈现末端部分，包括例如羟基、羧基、磷酸酯、缩水甘油氧基、磺酸酯、异氰酸基、巯基或氨基。在替代实施方案中，涂层材料可以是衍生的单层或具有共价键合的连接体部分的多层。例如，单层涂层可具有硫醇(例如，选自硫烷基酸(例如、16-巯基十六烷酸)、硫烷基醇、硫烷基胺和含卤素的硫烷基化合物的硫烷基)、二硫化物或硅烷基团，这些基团产生与基底的化学或物理化学键合。单层与基底的附接也可以通过非共价相互作用或通过共价反应来实现。
在附接到基底上之后，涂层可包含至少一种官能团。单层涂层上的官能团的实例包括但不限于羧基、异氰酸酯、卤素、胺或羟基。在一个实施方案中，涂层上的这些反应性官能团可以通过标准化学技术活化成单层涂层上的相应活化官能团(例如，羧基转化为酸酐或酰卤等)。用于共价偶联至末端氨基的基底上涂层的示例性活化官能团包括酸酐、N-羟基琥珀酰亚胺酯或其他常见的活化酯或酰卤。基底上涂层的示例性活化官能团包括用于与末端羟基偶联的酸酐衍生物；用于偶联到连接体化合物的氧化糖残基上的肼衍生物；或用于与连接体化合物的巯基共价连接的马来酰亚胺衍生物。为了产生衍生化涂层，可以将涂层上的至少一个末端羧基活化为酸酐基团，然后例如与连接体化合物反应。或者，涂层上的官能团可以与具有活化官能团(例如，N-羟基琥珀酰亚胺酯、酰卤、酸酐和异氰酸酯)的连接体反应，以用于共价偶联到涂层上的反应性氨基。
基底可含有连接体(例如，将某部分间接地偶联到基底上)。用于与活化涂层上的官能团反应的末端官能团包括卤素、氨基、羟基或巯基。在一些情况下，末端官能团可选自羧酸、卤素、胺、巯基、烯烃、丙烯酸酯、酸酐、酯、酰卤、异氰酸酯、肼、马来酰亚胺和羟基。
在一些实施方案中，支持体可与刷状聚合物相关联。在一些方面，支持体可以与瓶刷状聚合物相关联。在一些实施方案中，瓶刷状聚合物或刷状聚合物可沉积在基底上。在一些实施方案中，瓶刷状聚合物与聚合物刷的不同可在于，在聚合物刷中，聚合物仅与基底的一个表面反应，而在瓶刷状聚合物中，聚合物接枝在聚合物主链的所有侧面上，从而产生在外观上看起来像瓶刷的形态。在一个实施方案中，主链聚合物可以是沿链的主链包含张力环的聚合物。在另一个实施方案中，主链聚合物可以是聚缩醛、聚丙烯酸、聚碳酸酯、聚苯乙烯、聚酯、聚酰胺、聚酰胺酰亚胺、聚芳酯、聚芳基砜、聚醚砜、聚苯硫醚、聚氯乙烯、聚砜、聚酰亚胺、聚醚酰亚胺、聚四氟乙烯、聚醚酮、聚醚醚酮、聚醚酮酮、聚苯并噁唑、聚噁二唑、聚苯并噻嗪并吩噻嗪、聚苯并噻唑、聚吡嗪并喹喔啉、均苯型聚酰亚胺(polypyromellitimide)、聚喹喔啉、聚苯并咪唑、聚羟吲哚、聚氧代异吲哚啉、聚二氧代异吲哚啉、聚三嗪、聚哒嗪、聚哌嗪、聚吡啶、聚哌啶、聚***、聚吡唑、聚吡咯烷、聚碳硼烷、聚氧杂二环壬烷、聚二苯并呋喃、聚苯酞、聚酐、聚乙烯醚、聚乙烯基硫醚、聚乙烯醇、聚乙烯基酮、聚乙烯基卤化物、聚乙烯基腈、聚乙烯基酯、聚磺酸酯、聚降冰片烯、聚硫化物、聚硫醚、聚磺酰胺、聚脲、聚磷腈、聚硅氮烷、聚氨酯等，或包含至少一种前述聚合物的组合。
固体支持体的表面可以涂覆有官能团，而类肽可以通过该官能团附接到固体支持体上。例如，固体支持体可以涂覆有第一官能团，而包含第二官能团的类肽可以通过使第一官能团与第二官能团反应而附接到固体支持体上。例如，固体支持体的表面可以涂覆有抗体、抗体片段、谷胱甘肽、钙调蛋白、生物素、链霉亲和素、streptactin、直链淀粉、阴离子交换树脂如Mono-Q、FlAsH和ReAsH双砷化合物、菌毛蛋白-C蛋白、SpyCatcher蛋白或金属螯合物。在一些情况下，该金属螯合物可包括但不限于镍、钴、锌、汞、铜或铁螯合物。在一些实施方案中，固体支持体可以完全涂覆。在一些实施方案中，固体支持体可以部分涂覆。
在一些实施方案中，所述支持体可以是磁性的。在一些情况下，磁性固体支持体可包括磁铁矿、镁铁矿、FePt、SrFe、铁、钴、镍、二氧化铬、铁氧体或其混合物。在一些情况下，支持体可以是非磁性的。
还可以调节支持体，以使连接体和/或其他工具与配体或配体上的活性基团结合或连接或反应。这类基团也描述于公开号为2007/0003954的美国专利申请中，并且也在此描述。公开号为2007/0003954的美国专利申请通过引用整体并入本文。在一些实施方案中，支持体可以是树脂或珠子。在本发明中，具有与之键合或先与连接体键合再与所述支持体键合的单独配体的树脂或珠子的数目可以在少于约1、10、100、1000、100,000个至多于约1.5亿个的范围内。
在一些实施方案中，所述树脂可以是树脂。树脂是由低交联聚苯乙烯基质组成的接枝共聚物，在基质上接枝有聚(乙二醇)(PEG或POE)。有几种类型的可获得的树脂，根据其应用显示出定制的性能。在一些实施方案中，固体支持体可以是S树脂。在一些实施方案中，固体支持体可以是PAP树脂。在一些实施方案中，固体支持体可以是N树脂。在一些实施方案中，固体支持体可以是R。在一些实施方案中，固体支持体可以是HL。在一些实施方案中，固体支持体可以是MB。在一些实施方案中，固体支持体可以是J。在一些实施方案中，固体支持体可以是M。在一些实施方案中，固体支持体可以是B。除了珠子外，也可以采用其他树脂和/或颗粒。例如，可以采用轻度交联的聚苯乙烯树脂或聚酰胺树脂。在某些方面，支持体可以是珠子、板、试纸条(dipstick)、过滤器、膜、针销或孔。在一些实施方案中，本文使用的珠子可以是至少约1μm。在一些实施方案中，本文使用的珠子可以是至少约1、5、10、35、50、90、100、130、150、200、300、500、750μm或至少约1000μm。在一些实施方案中，本文使用的珠子可以大于约500、700、800、900、1000μm。
在一些实施方案中，所述支持体可以是leuminex珠子。Luminex的技术依赖于现有的技术平台，包括流式细胞术、微球、激光、数字信号处理和传统化学。技术采用灵活的开放式架构设计，可被配置用于快速、成本有效、准确地进行多种生物测定。Luminex将微球用颜色编码成100个不同的组。每个珠子组可以用根据本发明的类肽涂覆，从而允许从样品中捕获和检测特异性抗体。在Luminex紧凑型分析仪中，激光激发标识每个微球颗粒的内部染料，以及在测定过程中捕获的任何报告染料。对每个珠子组进行多次读数，进一步验证结果。通过这种方式，xMAP技术允许独特测定在单个样品内的快速、精确多重化。xMAP技术已在生命科学的许多领域采用，包括蛋白质表达谱分析、分子和免疫诊断学、HLA检测和生物防御/环境。
在一些实施方案中，裂分合成方法可以产生珠子，每个珠子包含单个类肽序列的多个拷贝。
在一些情况下，支持体可以是阵列。在一些实施方案中，固体支持体可包含阵列。在一些实施方案中，本发明的阵列可包含有序的空间布置。
样品
在一些实施方案中，可以用样品筛选本文公开的一种或多种分子和/或文库。在一些实施方案中，该样品可以是含有抗体的样品。在一些实施方案中，该样品可以是含有生物标志物的样品。在一些实施方案中，含有生物标志物的样品可以是生物流体。在一些实施方案中，含有抗体的样品可以是生物流体。在一些实施方案中，该样品可以是生物流体。在本文所述的方法中为了分析而制备的生物流体包括或可包括许多潜在的生物标志物，包括在细胞(非贴壁细胞，包括T细胞或其他免疫效应细胞)上表达的标志物、微生物、蛋白质、肽、脂质、多糖、小分子、有机分子、无机分子、生物分子，并且在这样的复杂环境中包括任何可检测或可反应的部分。在一些实施方案中，这样的生物标志物可以是抗体，特别是由于疾病或病况而产生的抗体。在一些实施方案中，体液如血清、血浆、唾液或其他流体或源自受试者或动物或生物体的样品可以是此类生物标志物的来源。在一些实施方案中，该样品可以是血液、血清、唾液或CSF。在一些实施方案中，该样品可以是例如痰液、骨髓、滑液、房水、羊水、耵聍、母乳、支气管肺泡灌洗液、***、***液、考珀液、***前液、女性喷出液、汗液、泪液、囊液、胸膜液、腹膜液、心包液、淋巴、食糜、乳糜、胆汁、间质液、月经、脓液、皮脂、***分泌物、粘膜分泌物、粪便水、胰液、来自窦腔的灌洗液、支气管肺抽吸物、胚泡腔液或脐带血。
在一些实施方案中，在将样品暴露于配体文库和/或衍生自此类文库的配体或试剂盒后，使用洗涤或洗脱步骤和其他调节手段。可以使用水溶液，包括缓冲溶液，如HEPES缓冲液、Tris缓冲液或磷酸盐缓冲盐水。也可以用能量吸收材料处理支持体以促进解吸或电离。在一些实施方案中，也可以采用化学手段从支持体上分离或除去配体-配体结合部分复合物。
设备
在一些实施方案中，可以在市售设备(如Advanced Chemtech多重有机合成仪)上使用标准固相技术制备本发明的配体。在一些方面，起始材料或后来的反应物可以通过连接单元附接至固相，或者直接并随后用于合成所需配体。连接的选择将取决于分子和固体支持单元的反应性以及这些连接的稳定性。如果希望不从固体支持体上分离文库成员，则通过连接体分子直接附接到固体支持体上可能是有用的。例如，对于生物活性的直接珠上分析，可能需要文库成员与固体支持体之间更强的相互作用。或者，如果希望从固体支持体上更容易地切割本发明的文库成员，则使用连接试剂可能是有用的。
自动化
在一些实施方案中，本文描述的组合合成过程可以是自动化的。关于本方法的自动化，可以使用多种仪器，以便容易且有效地制备本发明的配体文库，以及测定这类文库的成员的方法。通常，如关于配体文库的合成和制备所使用的自动化涉及使仪器完成一个或多个必须重复多次的操作步骤，因为正在制备文库而不是单个配体。自动化的实例包括但不限于使仪器完成试剂的添加、它们的混合和反应、反应混合物的过滤、用溶剂洗涤固体、除去和添加溶剂等。自动化可以应用于反应方案中的任何步骤，包括制备、纯化和测定用于本发明的配体的步骤。
一系列自动化是可能的。例如，配体文库的合成可以是完全自动化的或仅部分自动化的。如果完全自动化，则可以在启动合成过程后，除了重新填充试剂瓶或在必要时监测或编程仪器外，通过仪器制备文库，而无需任何人为干预。尽管配体文库的合成可以是完全自动化的，但是对于文库成员的纯化、鉴定等，人为干预可能是必需的。
在一些实施方案中，本文描述的组合合成过程可以是部分自动化的。配体文库合成的部分自动化可以涉及对产生文库的反应方案的物理步骤进行某种机器人辅助，如混合、搅拌、过滤等，但仍然需要一定的人为干预，而不仅仅是重新填充试剂瓶或监测或编程该仪器。这种类型的机器人自动化可以与常规有机合成和生物技术提供的辅助区分开来，因为在部分自动化中，仪器仍然完成需要多次完成的任何方案的一个或多个步骤，因为配体文库正在制备。
文库成员的表征
除了构建和/或使用此类文库之外，可能有必要或希望表征、纯化和/或合成或重新合成任何这样的配体。这类方法是本领域已知的，并且包括整套纯化方法，如通过色谱手段的HPLC，或通过化学手段的纯化方法；表征方法，如质谱法或NMR，或任何这些方法的组合。这类方法进一步描述于，例如，公开号为2007/0003954的美国专利申请，其通过引用整体并入本文。
可以使用诸如质谱法、包括195Pt和1H NMR在内的核磁共振光谱法、色谱法(例如液相等)和红外光谱法等标准分析技术进行文库成员的表征。本领域普通技术人员将会认识到，特定分析技术的选择将取决于本发明的文库成员是处于溶液相中还是处于固相上。除了这类表征外，还可以单独合成文库成员以允许更容易的鉴别。
在其他实施方案中，配体文库可以在溶液中合成，并且通过使用去卷积技术，可以确定特定成员的身份。
在本发明中使用固相技术还可以包括使用特定的编码技术。Czarnik在CurrentOpinion in Chemical Biology(1997)1:60中已经综述了特定的编码技术。本领域普通技术人员还将认识到，如果在特定反应孔如96孔板或塑料针销上生成较小的固相文库，则这些文库成员的反应历史也可以通过其在特定板中的空间坐标来鉴别，因此是空间编码的。在其他实施方案中，编码技术涉及使用附接至固体支持体上的特定“鉴别剂”，这使得能够在不参考其空间坐标的情况下确定特定文库成员的结构。这类编码技术的实例包括但不限于空间编码技术、图形编码技术，包括“茶包”方法、化学编码方法和分光光度编码方法。本领域普通技术人员将认识到，可以基于所需文库成员的数目和所采用的反应化学来选择将在本发明中使用的特定编码方法。
筛选
在一些实施方案中，可以筛查本发明的合成配体文库。对于筛查，配体文库可以以不同的形式存在，例如在液体溶液中，例如在管、微量滴定板中，或在固体支持体上，例如在过滤器、载玻片、硅表面、珠子或定制的化学微阵列上。
在适当的实验条件下，可以在生物流体中直接使用文库，以筛选生物标志物，并且在筛选生物流体之前不需要将这些类肽或配体转移到微阵列上。此外，配体文库也可用于筛选与特定细胞表面标志物特异性相关的基于细胞的受体。在一些实施方案中，本发明的配体可用于监测疾病进展，其包括以下步骤：在时间点1筛选受试者的生物样品，然后在时间点2或随后的任何时间筛选所述受试者的生物样品，以便在任何时间点使用具有至少一种配体的试剂盒或仪器或装置追踪和/或监测所述受试者中疾病相关生物标志物的存在或不存在。
在一个方面，本发明提供了筛选合成配体以发现生物标志物的方法，以及设计此类生物标志物的方法。本发明的生物标志物和其他结构相关的分子，以及含有它们的复合物，可以如下所述并且使用本领域技术人员已知的技术和方法进行鉴定和开发。本发明的生物标志物可用来检测疾病状态。在一些实施方案中，该疾病状态可以是阿尔茨海默病状态或其他神经***疾病状态。本发明的生物标志物可用来开发和/或鉴定潜在的分子，例如，治疗、改善或延缓诸如AD或其他神经***病况等疾病的进展。
在一个方面，本发明涉及与疾病相关表位相互作用的生物标志物。在一些方面，该疾病相关表位是AD相关表位。在另一方面，本发明涉及合成小配体，其足够好地模拟天然蛋白质抗原的形状或一些其他特征，从而以高亲和力和特异性结合抗体结合位点或T细胞受体的抗原结合口袋。
在另一方面，本发明涉及生物标志物，其为表位的片段(或此类片段的同源物或此类片段的模拟物)。在一些实施方案中，该生物标志物可以是AD相关表位的片段。任何上述表位的生物标志物可以单独使用或以互补方法使用，从而开发和/或鉴定潜在分子，以治疗、改善或延缓诸如AD或其他神经***病况等疾病的进展。
通常，在一些实施方案中，为了筛查组合类肽文库，可以制备一个、数十个、数百个、数千个、数万个至数百万个携带类肽的珠子，然后将其与含有生物标志物的样品如生物样品混合。初始生物样品可以是对照样品，然后用已经除去对照命中物(hit)的配体文库处理的后续生物样品可以针对病变生物样品进行处理和/或筛选。然后检测、鉴定并分离和/或表征与至少一种疾病相关生物标志物相互作用的配体/珠子。在一些实施方案中，使用筛选方案，其包括(1)珠子制备，(2)生物流体的筛选，和(3)命中物的检测。
详细而言，在一些实施方案中，可以筛选本发明的配体。在一些实施方案中，筛选可以包括筛选含有生物标志物的样品(例如用于疾病相关生物标志物的生物流体)的过程，该过程包括用至少一个配体文库筛选生物对照样品和生物病变样品以及使用这样的筛选发现疾病相关生物标志物的步骤。在一些实施方案中，文库可包含一种分子。在一些实施方案中，文库可包含一种或多种分子。在一些实施方案中，筛选可以包括针对疾病相关生物标志物的存在与否筛选生物样品的过程，该过程包括使所述样品暴露于一种或多种配体，其中至少一种配体可检测地结合疾病相关生物标志物。在一些实施方案中，针对疾病相关生物标志物筛选生物样品的方法包括以下步骤：(1)使配体文库暴露于对照样品，以鉴定并去除任何非特异性配体命中物，以及(2)使剩余的配体文库暴露于病变样品，以鉴定与病变样品中的疾病相关生物标志物结合的任何配体。在一些实施方案中，针对疾病相关生物标志物筛选生物样品的过程可包括(1)用合适的溶剂预处理配体文库，以形成经处理的配体文库；(2)使经处理的配体文库暴露于具有对照样品配体结合部分的正常对照生物样品；(3)使来自对照样品的经处理的配体文库暴露于Dynabead筛(例如，铁标记的抗IgG抗体)并除去命中物；(4)洗涤剩余的配体文库，并使用量子点标记的第二抗体(例如，抗IgG抗体)使所述文库暴露于具有任何剩余对照样品配体结合部分的正常对照生物样品并除去命中物；(5)洗涤剩余的配体文库并使所述文库暴露于来自患有疾病的受试者的生物样品；(6)使来自病变样品的经处理的配体文库暴露于Dynabead筛并除去命中物；(7)洗涤剩余的配体文库并使所述文库暴露于来自患有疾病的受试者的生物样品；(8)将量子点标记的第二抗体加入经洗涤的配体文库中，并鉴定与配体文库上的配体结合的疾病相关配体结合部分，并任选地，在从步骤(6)洗涤Dynabead后，使用来自步骤(6)的Dynabead命中物重复步骤(8)，并鉴定Dynabead Qdot命中物。在一些实施方案中，在配体文库的制备中使用珠子(具有嵌入的PEG连接体)。在一些实施方案中，具有不同的和/或可选的连接体的珠子和/或颗粒也可以与备选检测手段一起使用。珠子也可以选自例如Luminex珠子。在一些实施方案中，除了作为确认Qdot命中物的初始验证步骤之外，不使用Dynabead步骤。
在一些实施方案中，来自以上确定的一个或多个步骤的任何或所有分离的命中物可进一步表征、化学鉴定并合成为相同的部分或其修饰形式。在一些实施方案中，表征涉及获取配体文库的配体，并对与生物标志物结合的特定配体进行测序。在一些实施方案中，该配体可以是类肽。在一些实施方案中，可以对类肽进行测序，以鉴定和/或确认或再确认该类肽的身份。在一些实施方案中，该类肽可以进一步用于诊断试剂盒中或作为治疗药物或疫苗候选物的基础，这取决于具体的疾病或病况。在一些实施方案中，可以对本发明的配体进行测序、鉴定，然后使用基于珠子或基于支持体的合成方法再合成或以更大规模合成，以产生经鉴定的/测序的配体。
通常，在一些实施方案中，为了筛查肽文库，制备数万至数百万个带有肽的珠子，然后按照本文所述的方法与生物样品混合。然后可以鉴定并分离与疾病相关生物标志物相互作用的珠子，以供化合物结构确定。例如，可以进行使用链霉亲和素(SA)作为探针蛋白质的文库筛查，其用红色荧光染料标记并使用COPAS BIO-BEAD流动分选设备分离荧光珠与非荧光珠。参见Marani等人,J.Comb.Chem.,2009,11(1),pp146-150。可以使用的红色染料是例如ATTO 590和德克萨斯红(Texas Red)。在文库与SA-红色荧光染料缀合物一起温育后，获得由肽-SA相互作用引起的阳性珠子。可以通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(MALDI-TOF MS)分析这些珠子。因此，肽文库可以以类似于本文所述方法的方式对类肽使用，其中使用初始对照生物流体样品从起始化合物文库中除去任何配体/珠子命中物，并且其中使用文库的其余成员随后筛选病变生物流体样品中的任何命中物。这些命中物是推定的命中物，然后在任何诊断试剂盒中继续使用。
潜在生物标志物的计算评价
在一个方面，生物标志物筛选方法通常可以包括计算地评价本发明的配体(或其部分)与任何疾病相关表位或其部分相关联的潜力。在一个方面，生物标志物筛选方法通常可以包括计算地评价本发明的配体(或其部分)与任何疾病表位或其部分，例如AD相关表位或其部分相关联的潜力。例如，该方法可包括以下步骤：(a)采用计算工具在配体与AD相关表位或蛋白质区域之间进行拟合操作；以及(b)分析所述拟合操作的结果，以量化该分子与表位之间的关联。
在许多检测配体和天然提取物文库的筛选计划中，为了使在给定时间段内研究的配体的数目最大化，可能需要高通量测定。可以在无细胞***中进行测定。
本文公开的筛选方法可以通过使用多种测定形式来完成。根据本公开内容，本领域普通技术人员将会知晓并理解本文未明确描述的那些内容。接近诸如蛋白质复合物或蛋白质-核酸复合物形成等条件以及酶活性的测定形式可以以许多不同的形式产生，如本领域技术人员基于本说明书将会理解的，并且包括但不限于基于无细胞***(例如纯化的蛋白质或细胞裂解物)的测定，以及利用完整细胞的基于细胞的测定。测定由给定靶标:配体相互作用引起的结合可以在适于容纳反应物的任何容器中完成。实例包括微量滴定板、试管和微量离心管。任何测定均可以以试剂盒形式提供并且可以是自动化的。以下许多特定测定依赖于可能适用于其他特定测定的一般原理，如融合的阻断或防止。
检测方法
用于检测配体结合部分或配体-生物标志物复合物的检测方法可包括光度测定法和非光度测定法。在一些实施方案中，此类方法过程包括检测和测量吸光度、荧光、折射率、偏振或光散射的方法。这些包括测量这些参数的直接和/或间接手段。涉及荧光的方法包括诸如ELISA或夹心测定等免疫学方法中的荧光标记。涉及折射率的方法包括表面等离子体共振(SPR)、光栅耦合方法(例如，传感器均匀光栅耦合器、波长探询光学传感器(WIOS)和啁啾光栅耦合器)、谐振次要和干涉测量技术。涉及偏振的方法包括椭圆偏振法。也可以使用光散射方法。用于标记和/或分离和/或检测的其他手段也可包括磁性手段。磁共振成像、气相离子光谱法、MRI均可使用。
非光度检测方法包括但不限于磁共振成像、气相离子光谱法、原子力显微术和多极耦合共振光谱法。磁共振成像(MRI)基于核磁共振(NMR)原理，这是科学家用来获得有关分子的微观化学和物理信息的光谱技术。气相离子光谱仪包括质谱仪、离子迁移谱仪和总离子电流测量装置。
质谱仪测量可以转换成离子的质荷比的参数。通常，感兴趣的离子带有单个电荷，而质荷比通常简称为质量。质谱仪包括入口***、电离源、离子光学组件、质量分析仪和检测器。已经使用几种不同的电离源从质谱仪中的支持体或生物芯片的表面上解吸和电离分析物。这类方法包括激光解吸/电离(MALDI，SELDI)、快速原子轰击、等离子体解吸和二次离子质谱仪。在这类质谱仪中，入口***包含支撑接口，该支撑接口能够接合支持体，并将其定位成与电离源呈可探询关系，并且同时与质谱仪(例如离子光学组件、质量分析器和检测器)通信。用于生物测定的固体支持体通常被称为生物芯片，该固体支持体具有用于捕获靶标的通常平坦的表面，并且适合容易用作具有检测仪器的支持体。
对生成的数据的分析通常涉及由于检测到的生物标志物引起的信号与对照或参照物相比的定量。可以通过任何合适的手段分析数据。可以利用计算机和计算机程序来生成和分析数据。珠子和/或其他支持体可以是计算机编码的或为了标识目的而编码的。数据分析包括在测定或检测方法的特定条件下对信号强度的分析。配体、配体结合部分、生物标志物或参考部分和/或次级检测部分可以用可检测部分标记或放射性标记或标签化。本领域普通技术人员可评估具有疾病相关生物标志物的样品与不含此类生物标志物的那些对照或健康受试者样品之间的差异和/或区别。本领域普通技术人员还可以根据本文所述的方法确定存在于对照样品中或可以在对照样品中发现的假阳性或其他命中物的存在，以解释和/或去除这类命中物，并且本领域普通技术人员根据本文所述的方法可以继续在具有任何疾病或病况的受试者样品中确定或发现疾病相关生物标志物的过程。在所有情况下，这类命中物的检测可以通过检测配体结合部分或生物标志物如疾病相关生物标志物或其他标志物与配体文库(例如本文所述的配体文库)中的配体的结合来实现。
与本文所述的疾病和/或病况相关的生物标志物将根据所评估的特定受试者或动物或其他生物体的疾病和/或病况的特定阶段而变化。在大多数情况下，预期作为本文所述的推定命中物的配体模拟天然抗原，该天然抗原在第一种情况下启动免疫应答和/或抗体或免疫细胞的形成。在本发明的一些实施方案中，本文请求保护并引述的筛选方法不需要知道特定抗原或响应于抗原而产生的抗体。然而，除了可用于本文所述的筛选和诊断方法之外，配体本身也可用作疫苗或候选药物。
结合分析
筛选可以通过筛选能够与疾病相关抗体结合的本文所述配体来进行。结合分析也可用于例如鉴定与本文所述配体相互作用的疾病相关抗体。例如，可以在结合分析中鉴定结合本发明配体的抗体或其他分子。结合分析可以涉及但不限于使用分离的多肽、粗提物或基于细胞的测定。在一些实施方案中，本文描述的测定可用于a)确定其血清抗体谱使其具有发生或患有疾病的风险的受试者；(b)确定其症状使得他们可能会或可能不会患上疾病的受试者(即，提供疾病的明确诊断)；(c)评估疾病治疗的影响；以及(d)监测疾病进展。
结合分析可以包括使配体与一种或多种测试试剂(抗体)接触，并使分子和测试剂保持足够的时间以形成结合复合物。所形成的任何结合复合物可以使用许多已建立的分析技术中的任何一种来检测。结合分析包括但不限于测量非变性SDS-聚丙烯酰胺凝胶上的共沉淀或共迁移、Western印迹上的共迁移的方法，酶联免疫吸附测定(ELISA)、放射免疫测定(RIA)、免疫放射测定、荧光免疫测定、化学发光测定、生物发光测定、FACS、FRET。各种有用的免疫检测方法的步骤已在科学文献中描述，例如Doolittle和Ben-Zeev(1999)，Gulbis和Galand(1993)，De Jager等人(1993)，以及Nakamura等人(1987)。(参见，例如，Bennet,J.P.和Yamamura,H.I.(1985)"Neurotransmitter,Hormone or Drug Receptor BindingMethods,"，于Neurotransmitter Receptor Binding(Yamamura,H.L等人编),pp.61-89。其他结合分析涉及使用质谱法或NMR技术来鉴定结合抗体的配体或标记的基底的置换。可以天然表达、克隆或合成在这些测定中使用的抗体。[108]另外，哺乳动物或酵母双杂交方法(参见，例如，Bartel,P.L.等人.Methods Enzymol,254:241(1995))可用来鉴定当在宿主细胞中一起表达时与多肽相互作用或结合的多肽或其他分子。美国专利3,817,837、3,850,752、3,939,350、3,996,345、4,277,437、4,275,149和4,366,241通过引入整体并入本文。
ELISA
免疫测定，在其最简单和直接的意义上，是结合分析。在本发明中特别有用的某些免疫测定是本领域已知的各种类型的酶联免疫吸附测定(ELISA)和放射免疫测定(RIA)。在一个示例性ELISA中，将本发明的配体固定在选定的表面上，如聚苯乙烯微量滴定板中的孔上。然后，将怀疑含有抗体的测试组合物加入孔中。在结合并洗涤以除去非特异性结合的复合物后，可以检测结合的抗体。可以通过添加与可检测标记物连接的另一配体来实现检测。这种类型的测定类似于简单的“夹心ELISA”，不同之处在于标记的试剂直接在结合的抗体的Fab部分处结合。还可以通过添加标记的抗体来实现检测，该抗体结合任何所结合的抗体，例如识别所结合的抗体的Fc部分。任选地，该抗体未被标记，随后添加对第一抗体具有结合亲和力的第二抗体，第二抗体与可检测标记物连接。
在另一个示例性ELISA中，将怀疑含有抗体的样品固定在孔表面上，然后与本发明的经标记的配体接触。在结合并洗涤以除去非特异性结合的免疫复合物后，检测结合的经标记的配体。或者，配体未被标记，并且可以针对为了特异性结合所选配体而选择的人工抗体(非样品)进行检测，这第二个将与可检测标记物连接，从而允许检测。
无论采用何种形式，ELISA都具有一些共同的特征，如包被、温育和结合，洗涤以去除非特异性结合的物质，以及检测结合的免疫复合物。这些描述如下。
在用配体或抗体包被平板时，通常可以将平板的孔与配体或抗体的溶液一起温育过夜或指定的数小时时间。在某些方面，可以使用细菌裂解物如大肠杆菌裂解物封闭平板(参见实施例1)。然后可以洗涤平板的孔以除去未完全吸附的物质。然后可以用相对于测试抗血清为抗原中性的非特异性蛋白质包被所述孔的任何剩余可用表面。这些包括牛血清白蛋白(BSA)、酪蛋白或奶粉溶液。包被允许阻断固定表面上的非特异性吸附位点，从而减少由抗血清非特异性结合到表面上引起的背景。或者，由于配体的简单且可预测的化学性，它们可以通过特定的化学反应附着到支持体上。
在ELISA中，使用二级或三级检测手段而不是直接程序可能更为常用。因此，在配体或抗体与孔结合，用非反应性物质进行包被以减少背景，并洗涤以除去未结合的物质之后，固定表面可以在有效允许免疫复合物形成的条件下与待测的生物样品或配体接触。然后免疫复合物的检测需要标记的二级结合配体或抗体，或二级结合配体或抗体以及标记的三级抗体(对抗体的Fc区或配体具有特异性)。
在有效允许免疫复合物(抗原/抗体)形成的条件下是指，该条件可包括用诸如BSA、牛γ球蛋白(BGG)或磷酸盐缓冲盐水(PBS)/吐温等溶液稀释抗原和/或抗体。这些添加的试剂可以帮助减少非特异性背景。
合适的条件还可以表示，温育在足以允许有效结合的温度或时间段进行。温育步骤可以在约20℃至约37℃的温度下进行约1至2至4至6至24至约48小时左右。在一些实施方案中，约21℃、22℃、23℃、24℃、25℃、26℃、27℃、28℃、29℃、30℃、31℃、32、℃、33℃、34℃、35℃、36℃或约37℃，或可以在约2℃、3℃、4℃、5℃、6℃、7℃左右过夜。
在ELISA中的温育步骤之后，可以洗涤接触的表面以除去未复合的物质。在一些实施方案中，洗涤程序包括用诸如PBS/吐温或硼酸盐缓冲液等溶液洗涤。在测试样品与最初结合的物质之间形成特异性免疫复合物并随后洗涤后，可以确定甚至微量免疫复合物的出现。
检测可以利用在与适当的生色底物一起温育时可发生显色的酶。因此，例如，人们可能希望使第一和第二免疫复合物与脲酶、葡萄糖氧化酶、碱性磷酸酶或过氧化氢酶缀合的抗体或配体在有利于发生进一步免疫复合物形成的条件下接触或温育一段时间(例如，在含有PBS的溶液如PBS-吐温中，在室温下温育约1、2、3、4、5、6、7、8、9或约10小时)。
在与标记的抗体或类肽一起温育后，并在洗涤以除去未结合的物质后，可以对标记物的量进行定量，例如在过氧化物酶作为酶标记物的情况下，通过与发色底物如尿素或溴甲酚紫或2,2'-连氮基-二-(3-乙基-苯并噻唑啉-6-磺酸(ABTS)或H2O2一起温育。
可以通过测量产生的颜色程度来实现定量，例如使用可见光谱分光光度计。
共振能量转移(FRET)
FRET是一种分子(称为供体)中的激发态能量通过无辐射耦合转移到另一分子的现象。这种机制最初由正确描述，并且不同于其他类型的能量转移，如电子共享(Dexter)或普通转移(来自供体的光子的发射和被接受体的重吸收)。Dexter机制要求两个分子物理接触，而普通转移的概率非常低。相比之下，当两个分子在针对任何给定的一对荧光团而定义的半径之内时，机制表现出很高的概率。
总FRET效率取决于半径，并且由若干因素决定，并且与接受体分子的吸收光谱和供体分子的发射光谱之间的重叠程度直接相关。FRET的量还取决于供体和接受体分子的对齐，尽管大多数生物***不是刚性对齐的。FRET效率还受到以下因素的影响：接受体分子吸收光的能力，如其摩尔消光系数所示，以及供体分子的激发态的总体稳定性，如吸收将导致荧光的概率(量子产率)和激发态的寿命所示。
可以通过几种方法测定两种不同荧光团之间的FRET：观察荧光颜色的变化，测量供体的荧光寿命，检查供体或接受体光漂白时的变化，或通过测量接受体的荧光偏振。无论采用何种方法，大多数这些测定都具有仪器的共同特征。
用来测量FRET的显微镜的类型可以根据目的适当选择。在一些实施方案中，在需要频繁观察来监测变化的时间过程的情况下，可以使用传统的入射光荧光显微镜。在一些实施方案中，在将要增加分辨率时，如在将要监测详细细胞间定位的情况下，可以使用共聚焦激光显微镜。作为显微镜***，倒置显微镜可用于大多数活细胞测量，以保持细胞的生理状态和防止污染。当使用直立显微镜时，在使用高倍透镜的情况下可以使用水浸透镜。
可以根据荧光蛋白的荧光波长适当地选择滤光器组。为了观察GFP，可以使用具有约470-490nm的激发光和约500-520nm的荧光的滤光器。为了观察YFP，可以使用具有约490-510nm的激发光和约520-550nm的荧光的滤光器。为了观察CFP，优选使用具有约425nm的激发光和约460-500nm的荧光的滤光器。此外，当通过使用荧光显微镜在活细胞中进行时间过程观察时，可以在短时间内拍摄细胞，因此可以使用高灵敏度冷却CCD相机。通过使用冷却CCD相机，可以通过冷却CCD来降低热噪声，并且通过短时间的曝光可以清楚地获得弱荧光图像。共聚焦显微镜也可用于活细胞成像，只要注意使曝光时间减至最短。
以类似的方式，可以使用本文所述的方法在珠子或支持体上筛选任何配体。除了类肽或肽之外，这些配体还包括核酸寡聚物、多糖、小分子和/或其任何组合，其可以构建到文库中，并且在本文所述的条件下，用于筛选生物流体。
在一些实施方案中，检测可包括放射免疫测定(“RIA”)、荧光免疫测定(“FIA”)、酶联免疫吸附测定(“ELISA”)、Western印迹法、流式细胞术、共振能量转移(“FRET”)或表面等离子体共振。
连接体
在一些实施方案中，本文描述的分子可包含连接体。在一些实施方案中，该连接体可以是将分子连接至支持体(树脂珠子)的基团。在一些实施方案中，该连接体将分子连接至树脂珠子。在一些实施方案中，本文的连接体可以是羧酸连接体。在一些实施方案中，本文的连接体可以是羧酰胺连接体。在一些实施方案中，本文的连接体可以是醇连接体。在一些实施方案中，本文的连接体可以是氨基甲酸酯和胺连接体。在一些实施方案中，本文的连接体可以是无痕连接体。
羧酸连接体
第一种用于肽合成的连接基团具有固相合成之父的名称。Merrifield树脂是用氯甲基官能化的交联聚苯乙烯。通过氯化物与DMF中的羧酸铯盐的亲核置换附接羰基。通常通过氟化氢实现切割以再生羧酸。
第二类用于羧酸的连接体是Wang连接体。该连接体通常附接至交联聚苯乙烯、和聚丙烯酰胺，以形成Wang树脂。它被设计用于使用Fmoc保护策略合成肽羧酸，并且由于活化的苄醇设计，羧酸产物可以用TFA切割。已经开发了更加酸不稳定形式的Wang树脂。SASRIN树脂具有与Wang连接体相同的结构，但添加了甲氧基以稳定在酸催化的切割过程中形成的碳鎓离子。
羧酰胺连接体
通常优选rink连接体以供在固相上产生伯羧酰胺。在本发明中，当从本发明的初级筛选制造或重新合成命中物或推定的命中物时，使用该连接体。在这样的情况下，半胱氨酸是第一个与rink连接体反应的单体，然后该过程涉及随后添加单体以构建寡聚物或随后的亚单体化学以构建寡聚物。在rink连接体中更高的酸敏感性是两个额外的供电子甲氧基的结果。在伯羧酰胺的产生中，起始物质作为羧酸附接至连接体，并且在合成修饰后用TFA从树脂上切下。
醇连接体
Thompson和Ellmann开发了基于四氢吡喃基(THP)保护基团的羟基连接体。所有类型的醇都易于加至二氢吡喃，所得的THP保护基团对强碱稳定，但易被酸切割。该连接体附接到Merrifield树脂上。对于许多杂原子，三苯甲基是一种良好的酸不稳定保护基团。三苯甲基已用于在β-巯基酮文库的合成中锚定醇。
氨基甲酸酯和胺连接体
氨基甲酸酯连接体已用于合成在寻找锥虫寄生虫感染抑制剂时制备的576种多胺的组合文库。研究了两种连接体。一种基于羟甲基苯甲酸1，另一种添加了供电子基团2。最后一种允许TFA切割，而第一种可以在强酸性条件下切割。
最近开发了一种非常有用的连接体以供产生叔胺(叔胺通常在药物分子中使用)。通过迈克尔加成将伯胺和仲胺引入连接体。可以对胺进行烷基化以得到树脂结合的季铵离子。在弱碱性条件下，发生Hoffmann消除以得到高纯度的叔胺。
无痕连接体
在一些情况下，起始材料以一种形式如羧酸加载到树脂上，并且以另一种形式如羧酰胺切下。如果目标化合物需要释放的功能，这是完全可以接受的(肽总是含有羧酸或羧酰胺)。然而，对低分子量非肽组合文库的兴趣的增长引起了对新型连接体的需求。这些连接体在切割后显示出非特异性功能。无痕连接体的称谓是因为对最终化合物的检查显示没有与固相的连接点的痕迹。
表征所结合的抗体
某些实施方案包括用于表征抗体以及被特定疾病特有的抗体所识别的抗原决定簇的方法和组合物。对于本说明书和所附权利要求书，术语“表位”和“抗原决定簇”可互换使用，是指B和/或T细胞对其响应或识别的抗原上的位点。B细胞表位可以由连续氨基酸形成，或者由通过蛋白质的三级折叠并置的非连续氨基酸形成。由连续氨基酸形成的表位通常在暴露于变性溶剂时保留，而通过三级折叠形成的表位通常在用变性溶剂处理时丢失。表位通常包含独特空间构象的至少3个，更通常至少5或8-10个氨基酸。确定表位的空间构象的方法包括例如x射线晶体学和二维核磁共振。参见，例如，Epitope Mapping Protocols(1996)。识别相同表位的抗体可以在简单的免疫测定中鉴定，其显示一种抗体阻断另一种抗体与靶抗原结合的能力。
T细胞识别约9个氨基酸(对于CD8细胞)或约13-15个氨基酸(对于CD4细胞)的连续表位。识别表位的T细胞可以通过测量抗原依赖性增殖的体外测定来鉴定，如通过引发T细胞响应于表位的H-胸苷掺入(Burke等人,1994)、通过抗原依赖性杀伤(细胞毒性T淋巴细胞试验，Tigges等人,1996)或通过细胞因子分泌所确定的。
如本文和权利要求书中所用的，术语“抗体”或“免疫球蛋白”可互换使用，是指作为动物或接受者免疫应答的一部分起作用的几类结构相关蛋白质中的任何一种，所述蛋白质包括IgG、IgD、IgE、IgA、IgM、IgY、IgW和相关蛋白质。
在正常生理条件下，抗体存在于血浆和其他体液中以及某些细胞的膜中，并且由称为B细胞的类型的淋巴细胞或其功能等同物产生。IgG类抗体由通过二硫键连接在一起的四条多肽链组成。完整IgG分子的四条链是两条相同的重链(被称为H链)和两条相同的轻链(被称为L链)。
IgD是在成熟B淋巴细胞质膜中的蛋白质中约占1％的抗体同种型，其中它通常与另一种IgM共表达。IgD也以分泌形式产生，其在血清中以非常少的量存在，代表血清中约0.25％的免疫球蛋白。
IgE是免疫球蛋白家族的成员，其介导***反应，如哮喘、食物***反应、1型超敏反应以及广泛存在的熟悉的鼻窦炎症。IgE由B细胞或B淋巴细胞分泌并在其表面上表达。IgE通过低亲和力IgE受体的Fc区(被称为FcεRII)与B细胞(以及单核细胞、嗜酸性粒细胞和血小板)结合。在哺乳动物暴露于变应原后，带有表面结合的抗原特异性IgE抗体的B细胞被激活，并发育成分泌IgE的浆细胞。然后，所得的变应原特异性IgE通过血流循环，并通过高亲和力受体(也称为FcεRI)与组织中的肥大细胞和血液中的嗜碱性粒细胞的表面结合。肥大细胞和嗜碱性粒细胞因此变得对变应原敏感。随后暴露于变应原导致嗜碱性粒细胞和肥大细胞FcεRI的交联，这导致负责临床超敏反应和过敏反应的组胺、白三烯和血小板活化因子、嗜酸性粒细胞和嗜中性粒细胞趋化因子以及细胞因子IL-3、IL-4、IL-5和GM-CSF的释放。
IgA是在粘膜免疫中起关键作用的抗体。粘膜内层产生的IgA比所有其他类型的抗体加起来都多；每天有约三克至约五克分泌到肠腔中。这累积到整个身体中产生的总免疫球蛋白的约15％。IgA具有两个亚类(IgA1和IgA2)，并且可以以被称为分泌型IgA(sIgA)的二聚体形式存在。以其分泌形式，IgA是在粘液分泌物中发现的主要免疫球蛋白，该粘液分泌物包括泪液、唾液、汗液、初乳和来自泌尿生殖道、胃肠道、***和呼吸道上皮的分泌物。其在血液中也少量发现。sIgA的分泌成分保护免疫球蛋白免受蛋白水解酶的降解，因此sIgA可以在严苛的胃肠道环境中保留下来，并针对身体分泌物中繁殖的微生物提供保护。sIgA还可以抑制其他免疫球蛋白的炎性作用。IgA是补体***的不良激活物，并且只是微弱地进行调理。其重链是α型。
IgM是由B细胞产生的基础抗体。IgM是人体循环***中物理上最大的抗体。它是响应于最初接触抗原而首个出现的抗体。脾脏是特异性IgM产生的主要部位，其中存在负责抗体产生的浆母细胞。IgM形成聚合物，其中多个免疫球蛋白通过二硫键共价连接在一起，主要作为五聚体，但有时也作为六聚体。IgM具有约970kDa的分子量(其五聚体形式)。因为每个单体具有两个抗原结合位点，所以五聚体IgM具有10个结合位点。然而，通常，IgM不能同时结合10个抗原，因为大多数抗原的大尺寸阻碍了与附近位点的结合。J链可见于五聚体IgM中，但在六聚体形式中不可见，这可能是由于六聚体复合物中的空间约束。五聚体IgM也可以在没有J链的情况下形成。目前，仍然不确定正常五聚体的哪一部分含有J链，并且就此而言，还不确定含有J链的五聚体是否含有一条或多于一条J链。没有J链的六聚体IgM比具有J链的五聚体IgM具有更高的补体固定效率。因为IgM是一种大分子，所以它不能很好地扩散，并且在间质中以非常低的量存在。IgM主要可见于血清中；然而，由于J链，它作为分泌型免疫球蛋白也是重要的。由于其聚合性质，IgM具有高亲合力，并且在补体激活方面特别有效。IgM本身就是一种无效的调理素；然而，它通过激活补体并使C3b与抗原结合而对调理作用有很大贡献。
IgY是一种免疫球蛋白，是鸟类、爬行动物和肺鱼血液中的主要抗体。其在鸡蛋黄中也以高浓度发现。与其他免疫球蛋白一样，IgY是由免疫***在与某些外来物质反应时形成的一类蛋白质，并且特异性识别它们。
如本领域所熟知的，抗体可以与固体支持基底结合或与可检测部分缀合，或者既结合又缀合。关于荧光或酶部分的缀合的一般讨论，参见Johnstone等人(1982)。抗体与固体支持基底的结合也是本领域熟知的(Harlow等人,1988；Borrebaeck,1992)。
一旦鉴别出指示疾病的抗原或抗体，即可使用重组技术产生抗原和/或所鉴别的抗体的变体，包括单克隆抗体。例如，单链抗体(SCA)是基因工程蛋白质，其旨在扩展单克隆抗体可能的治疗和诊断应用。SCA具有单克隆抗体的结合特异性和亲和力，并且在其天然形式下，大约是单克隆抗体大小的五分之一至六分之一，通常使它们具有非常短的半衰期。与大多数单克隆抗体相比，SCA提供一些益处，包括它们与可用于检测的多肽(例如，萤光素酶或荧光蛋白)直接融合的能力。除了这些益处之外，完全人SCA还可以直接从人类SCA文库中分离出来，而无需昂贵且耗时的“人源化”程序。
单链重组抗体(scFv)由通过经设计的柔性肽系链连接的抗体VL和VH域组成(Atwell等人,1999)。与完整的IgG相比，scFv具有尺寸更小、结构简单且抗原结合亲和力相当的优点，并且它们可能比类似的2-链Fab片段更稳定(Colcher等人,1998；Adams和Schier,1999)。来自重链和轻链的可变区(VH和VL)均长约110个氨基酸。它们可以通过15个氨基酸或更长的连接体与序列连接，例如，其具有足够的灵活性以允许两个结构域组装成功能性抗原结合口袋。在具体的实施方案中，各种信号序列的添加允许scFv靶向细胞内的不同细胞器或得到分泌。轻链恒定区(Ck)的添加允许通过二硫键二聚化，提供增加的稳定性和亲合力。因此，对于单链Fv(scFv)SCA，尽管Fv片段的两个结构域由不同的基因编码，但已经证明可以制备合成的连接体，使其能够通过重组方法制备成单蛋白质链scFv(Bird等人,1988；Huston等人,1988)。此外，它们经常被使用，因为它们易于从噬菌体展示文库中分离，并且能够识别保守的抗原(综述见Adams和Schier,1999)。因此，在本发明的一些方面，抗体可以是从噬菌体展示文库中分离的SCA，而不是通过上述更传统的抗体生产技术产生的SCA。
产生或分离多克隆抗体的方法是本领域技术人员已知的。通常，可以通过获取含有目的抗体的来源，并分级分离该来源以富集具有目的反应性如类肽结合的抗体，来制备多克隆抗体。参见，例如，Harlow和Lane(1988)Antibodies:A Laboratory Manual,CSHpress,NY。
简而言之，分离结合特定配体的抗体的实例可包括但不限于获得包含此类抗体的样品；用硫酸铵从样品中沉淀出抗体；并使用标准技术和一种或多种配体作为亲和试剂，通过免疫亲和纯化分离抗体。所用的亲和树脂可以是与具有本文所述结构的配体偶联的活化CH-Sepharose。可以将抗体沉淀物加载到柱上，并用PBS或另一种合适的缓冲液或洗涤溶液洗涤。然后可以洗脱并收集沉淀物。获得的抗体的浓度可以使用总蛋白质比色测定(Bio-Rad)来确定。
本发明并非旨在限于使用该特定方案来产生和纯化抗体，因为本领域技术人员可获得并且已知许多方案(参见，例如，Sambrook等人(编),Molecular Cloning,Cold SpringHarbor Laboratory Press[1989]；Harlow和Lane(编),Antibodies:A LaboratoryManual,Cold Spring Harbor Laboratory Press[1988]；以及Ausubel等人(编),CurrentProtocols in Molecular Biology,Ch.11,John Wiley&Sons,Inc.,New York[1994]。在本发明中有用的抗体产生方法的唯一标准是产生充分纯化的抗体制品。
试剂盒和诊断工具
本文所述的任何分子可以在临床或实验室环境中进一步用于诊断试剂盒中。这些试剂盒的范围可以从简单的照护点诊断试验到复杂的多路仪器或探针。围绕核心支持/配体***的支持***和包装可从当前的商业试剂盒中选择。试剂盒通常可以伴随有所有合适的试剂和说明书，以使用试剂盒来筛选和/或诊断试剂盒所针对的特定疾病或病况。任何此类试剂盒或方法可包含至少一种已根据本文所述的筛选方法鉴定的配体。可以基于它们对一种特定疾病状态或一组或一批疾病或病况的疾病相关生物标志物的亲和力来选择配体。在一些实施方案中，该配体是类肽。该试剂盒还可以包含关于医生诊断特定疾病或病况的说明书以及关于特定试剂盒和疾病状态或病况的特定标签。还可以设想，本文公开的具体过程和方法和材料可以在熟练操作者的监督下在临床和实验室环境中使用。该试剂盒和/或仪器或设备可包含配体，如对疾病相关抗体和/或细胞具有特异性的类肽。该试剂盒可包含完整的诊断试剂盒和/或筛选试剂盒。该试剂盒可包含含有或包含诊断配体的组分或亚组分，通过此类配体发现和表征的抗体，或者由于与自身抗体相互作用和从中发现而被发现和纯化和/或表征的天然抗原。此类抗体和纯化的抗原构成本发明的一部分。
在具有本发明配体的诊断试剂盒或其他试剂盒中，支持***可以扩展到几乎任何支持***，包括微阵列或任何其他已知的诊断平台。在这些情况下，可能需要确保具有配体的这类试剂盒或其他支持***也具有或适于具有检测器或检测方法，以允许检测具有与这类配体附接的配体结合部分的配体。在一些实施方案中，例如，该检测可以是ELISA或涉及使用标记的第二抗体的其他方法。
在一些实施方案中，检测可以是组合筛选，其中根据系列号为12/789,711的专利申请中公开的方法，针对配体文库筛选产生或引起这类抗体产生的B细胞、T细胞或其他细胞，以找到针对这类B细胞或T细胞的高亲和力配体，其中所述配体对产生这类自身抗体的B细胞和/或帮助刺激产生这类抗体产生细胞的T细胞具有高度选择性，但对健康细胞或与这类自身免疫病无关的细胞则没有选择性。
在本文所述的任何一种过程或方法中使用的配体可以与诸如珠子、芯片、过滤器、试纸条、微阵列、膜、聚合物基质或孔等支持体结合。在与使用自身抗体筛选结合使用T细胞筛选的情况下，接触步骤可包括使所述支持体同时与所述第一和第二T细胞群体接触。该T细胞群体可包含CD4+T细胞。受试者可以是人或动物。
免疫检测试剂盒
在更进一步的实施方案中，本发明涉及与上述方法一起使用的检测试剂盒。根据本发明的配体可以包括在该试剂盒中。因此，免疫检测试剂盒可以在合适的容器中包含一种或多种配体，该配体结合针对诸如阿尔茨海默病、帕金森病或两者的疾病的抗体，任选地与检测试剂和/或支持体连接。
在配体预先与固体支持体结合的某些实施方案中，可以提供支持体，并且其包括柱基基质、珠子、棒或微量滴定板的孔。试剂盒的免疫检测试剂可以采用多种形式中的任何一种，包括与给定的类肽或第二抗体相关联或连接的那些可检测标记物。示例性的第二抗体是对样品抗体具有结合亲和力的抗体。
容器通常可以包括至少一个小瓶、试管、烧瓶、瓶子、注射器或其他容器，配体可以放入其中，或者在一些实施方案中，可以适当地等分。本发明的试剂盒还可以包括用于容纳配体、抗体和任何其他试剂容器的装置，受到商业销售的严格限制。这类容器可包括注塑或吹塑成型的塑料容器，所需的小瓶保留在其中。
在一些实施方案中，所述试剂盒可包括使用本文所述配体的方法。公开了用于检测、证明和/或分类至少一种疾病状态的试剂盒和/或方法。所采取的步骤可包括从受试者(例如人)获得样品，并使用以试剂盒形式提供的试剂或阵列基底对样品进行配体结合分析。结果，从样品中分离或鉴定了至少一种指示疾病状态的抗体。结合本文所述配体的抗体至少与疾病发生的风险或特定疾病状态的存在有关。
另外，考虑各种试剂盒可用于本发明。一种这样的试剂盒可以提供确定疾病特异性抗体的存在，包括一种或多种与阿尔茨海默病和/或帕金森病相关的抗体。可以将至少一种配体引入试剂盒中，该配体能够与疾病特异性抗体特异性结合。在某些方面，还可以包括用于确定配体与抗体之间的结合的试剂。本文所述的配体可以固定在固体支持体或基底上，并包括至少一种检测试剂来确定抗体是否与配体结合。用于任何试剂盒的样品可以是分级分离的或未分级分离的体液或组织样品。这类体液的非限制性实例是血液、血液产品、尿液、唾液、脑脊液和淋巴。
进一步考虑用于诊断、确定风险评估和鉴定与疾病状态如神经退行性疾病状态相关的治疗途径的试剂盒。该试剂盒可包括至少一种能够特异性结合指示疾病状态的抗体的配体。还可以包括用于确定配体与抗体之间的结合的试剂。
根据本发明方法分析的疾病特异性抗体可以释放到循环中，并且可以存在于血液或任何血液产品中，例如血浆或血清，及其稀释液和制品，以及其他体液，例如脑脊液(CSF)、唾液、尿液、淋巴等。可以使用任何合适的直接或间接测定方法来确定所测量的抗体水平。该测定可以是竞争性测定、夹心测定，并且标记物可以选自公知的标记物，如放射免疫测定、荧光或化学发光免疫测定或免疫PCR技术。
诊断方法
然后可以在找到或未找到与关于任何特定受试者或受试者组的已知或潜在数据的统计学显著结果或相关性之后，分析由于筛选而生成的数据。本发明包括针对疾病或病况的存在进行筛选的方法，其包括(1)用至少一种本发明分子筛选来自受试者的含有生物标志物的样品；(2)使用所述至少一种分子在相同条件下筛选含有生物标志物的对照样品，和(3)比较健康对照数据与受试者数据，以确定疾病相关生物标志物的存在或不存在。可以针对具有至少一种本发明分子的试剂盒或诊断探针，筛选患有或怀疑患有疾病的一组受试者或受试者样品，并且可以根据具体情况使用针对每名受试者生成的数据，以证实或验证疾病状态或病况或其缺乏。在此生成的此类数据可与关于该特定受试者的已知总信息组合使用，以评估受试者的状况，并向提供治疗选择的执业医师提供指导。由于任何这样的筛选而生成的信息可以在临床试验环境下使用，以评估正在接受药物治疗的个体受试者。因此，本发明包括评估临床试验进展的方法，其包括使用根据本文所述的方法进行的筛选。在一些实施方案中，本发明涉及筛选或诊断早期疾病状态的方法，其包括使用本文请求保护的筛选或分子来检测疾病相关生物标志物。本发明在早期癌症干预的背景下特别有用，其中预期这类生物标志物的检测在疾病的侵袭性进展之前进行。在另一种背景下，预期心血管疾病和/或代谢疾病以及神经***疾病的早期干预可以挽救生命，并且在没有早期医学干预或治疗的情况下预防或可用于预防这类疾病的进一步发展。
在另一个实施方案中，提供了治疗被怀疑患有疾病的受试者的方法，其包括(a)使来自所述受试者的含有抗体的样品与一种或多种配体接触；(b)检测与所述配体结合的抗体；以及(c)根据步骤(b)的结果作出治疗决定。该方法可以进一步包括从受试者获得所述样品。该方法还可以进一步包括如果与配体结合的抗体多于未患病对照受试者所观察到的抗体，则对获得所述样品的受试者作出疾病诊断。该方法还可以进一步包括为所述受试者作出治疗决定。可以使样品与多于一种本文所述通式的配体接触。为了诊断多种疾病状态或病况，可以使样品与多路化平台接触。所述支持体可以是珠子、板、试纸条、过滤器、膜、针销或孔。样品可以是血液、血清、唾液或CSF。检测可包括RIA、FIA、ELISA、Western印迹法、流式细胞术、FRET或表面等离子体共振。
另一个实施方案涉及从含有能够指示疾病的生物标志物的样品中分离的抗体组合物。在某些实施方案中，可以通过使具有此类抗体的样品与特异性结合指示疾病或与疾病相关的抗体的配体接触来分离抗体。可以从其他非抗体和非疾病特异性组分中去除、分离或纯化抗体。然后可以从配体洗涤和/或解离抗体。
单一生物标志物
在一些实施方案中，本发明的生物标志物和/或分子可在诊断试验中使用，以评估受试者的疾病状态。非限制性实例如下。受试者中的阿尔茨海默病状态，例如，用于诊断阿尔茨海默病。短语“阿尔茨海默病状态”包括尤其区分阿尔茨海默病与非阿尔茨海默病，特别是阿尔茨海默病与非阿尔茨海默病正常，或阿尔茨海默病与非阿尔茨海默病痴呆。基于该状态，可以指示进一步的程序，包括另外的诊断试验或治疗程序或方案。
用来正确预测状态的诊断试验的能力通常被测量为测定的灵敏度、测定的特异性或接受者操作特征(“ROC”)曲线下面积。灵敏度是通过试验预测为阳性的真阳性的百分比，而特异性是通过试验预测为阴性的真阴性的百分比。ROC曲线作为1-特异性的函数提供试验的灵敏度。ROC曲线下面积越大，试验的预测值越强大。试验效用的其他有用量度有阳性预测值和阴性预测值。阳性预测值是检测为阳性的实际阳性的百分比。阴性预测值是检测为阴性的实际阴性的百分比。
本发明的生物标志物和/或分子可显示不同阿尔茨海默病状态的统计学差异，其至少为p≤0.05、p≤10-2、p 10-3、p≤10-4或p≤10-5。单独或组合使用这些生物标志物和/或分子的诊断试验可显示至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％和约100％的灵敏度和特异性。
在一些实施方案中，所述方法包括，首先，使用本文描述的方法测量受试者样品中的所选生物标志物，其次，将测量值与区分阳性疾病状态与阴性疾病状态(例如阿尔茨海默病状态与阴性阿尔茨海默病状态)的诊断量或截止值进行比较。在一些实施方案中，用于检测生物标志物的体外技术说明性地包括酶联免疫吸附测定(ELISA)、放射免疫测定、放射性测定、Western印迹法、Southern印迹法、Northern印迹法、免疫沉淀、免疫荧光、质谱法、RT-PCR、PCR、液相色谱法、高效液相色谱法、酶活性测定、细胞测定、正电子发射断层扫描、质谱法、其组合或本领域已知的其他技术。此外，用于检测生物标志物的体内技术可包括引入特异性结合生物样品或测试受试者中的生物标志物的经标记试剂。例如，可以用放射性标记物标记试剂，该放射性标记物在生物样品或测试受试者中的存在和位置可以通过标准成像技术来检测。
诊断量表示生物标志物的测定量，在高于或低于该测定量时，将受试者分类为具有特定疾病状态，例如阿尔茨海默病状态。例如，如果生物标志物在阿尔茨海默病期间与正常相比上调，则高于诊断截止值的测定量提供阿尔茨海默病的诊断。或者，如果生物标志物在阿尔茨海默病期间下调，则低于诊断截止值的测定量提供阿尔茨海默病的诊断。
类似地，如果生物标志物在非阿尔茨海默痴呆期间与正常相比上调，则高于诊断截止值的测定量提供非阿尔茨海默痴呆的诊断。或者，如果生物标志物在非阿尔茨海默痴呆期间与阿尔茨海默病相比下调，则低于诊断截止值的测定量提供非阿尔茨海默痴呆的诊断(即阿尔茨海默病的阴性诊断)。
如本领域所公知的，通过调整测定中使用的特定诊断截止值，可以根据诊断医师的偏好提高诊断测定的灵敏度或特异性。特定的诊断截止值可以如下确定，例如，如此处所做的那样，对于来自具有不同阿尔茨海默病状态的受试者的统计学上显著数目的样品，测定其中生物标志物的量，并且绘出截止值，以适合诊断医生所希望的特异性和灵敏度水平。
制备方法
实施例中提供了制备本文所述分子的方法。这些分子可以使用本领域技术人员可获得的常规化学技术来合成。还提供了本文所述分子的盐。在一些实施方案中，这些盐是药学上可接受的。化合物的可接受的盐包括但不限于盐酸盐、氢溴酸盐、氢碘酸盐、硝酸盐、硫酸盐、硫酸氢盐、磷酸盐、酸式磷酸盐。
如本文通常所用的，“药学上可接受的”是指这样的化合物、材料、组合物和/或剂型：它们在合理的医学判断范围内，适用于与人类和动物的组织、器官和/或体液接触，而没有过度的毒性、刺激、***反应，或其他与合理的利益/风险比相称的问题或并发症。
“药学上可接受的盐”是指本发明化合物的盐，它们是如上定义的药学上可接受的，并且具有所需的药理活性。这类盐包括与以下酸形成的酸加成盐：无机酸，如盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、磷酸等；或有机酸，如1,2-乙二磺酸、2-羟基乙磺酸、2-萘磺酸、3-苯基丙酸、4,4'-亚甲基双(3-羟基-2-烯-1-羧酸)、4-甲基双环[2.2.2]辛-2-烯-1-羧酸、乙酸、脂肪族单羧酸和二羧酸、脂肪族硫酸、芳香族硫酸、苯磺酸、苯甲酸、樟脑磺酸、碳酸、肉桂酸、柠檬酸、环戊烷丙酸、乙磺酸、富马酸、葡庚糖酸、葡萄糖酸、谷氨酸、乙醇酸、庚酸、己酸、羟基萘甲酸、乳酸、十二烷基硫酸、马来酸、苹果酸、丙二酸、扁桃酸、甲磺酸、粘康酸、邻-(4-羟基苯甲酰基)苯甲酸、草酸、氯苯磺酸、苯基取代的链烷酸、丙酸、甲苯磺酸、丙酮酸、水杨酸、硬脂酸、琥珀酸、酒石酸、叔丁基乙酸、三甲基乙酸等。药学上可接受的盐还包括碱加成盐，其可以在存在的酸性质子能够与无机碱或有机碱反应时形成。可接受的无机碱包括氢氧化钠、碳酸钠、氢氧化钾、氢氧化铝和氢氧化钙。可接受的有机碱包括乙醇胺、二乙醇胺、三乙醇胺、氨丁三醇、N-甲基葡糖胺等。应当认识到，形成本发明任何盐的一部分的特定阴离子或阳离子并不重要，只要该盐作为整体是药理学上可接受的即可。药学上可接受的盐及其制备和使用方法的其他实例在Handbook of Pharmaceutical Salts:Properties,and Use(2002)中给出。
本文描述的分子可用于制备药物组合物。提供了包含本文所述的类肽和药学上可接受的载体的药物组合物。药学上可接受的载体是适合于体内施用的任何载体。适用于组合物的药学上可接受的载体的实例包括但不限于水、缓冲溶液、葡萄糖溶液、油基或细菌培养液。组合物的其他组分可适当地包括，例如，赋形剂，如稳定剂、防腐剂、稀释剂、乳化剂和润滑剂。药学上可接受的载体或稀释剂的实例包括稳定剂，如碳水化合物(例如山梨醇、甘露醇、淀粉、蔗糖、葡萄糖、葡聚糖)，蛋白质，如白蛋白或酪蛋白，含蛋白质的试剂，如牛血清或脱脂乳，以及缓冲液(例如，磷酸盐缓冲液)。特别是当将这类稳定剂加入组合物中时，该组合物适用于冷冻干燥或喷雾干燥。该组合物也可以乳化。
本文所述的组合物可通过本领域技术人员已知的任何方式施用，包括但不限于口服、局部、鼻内、腹膜内、肠胃外、静脉内、肌肉内、皮下、鞘内、经皮、鼻咽或通过经粘膜吸收。因此，该组合物可以配制成可摄取、可注射、局部或栓剂制剂。该组合物还可以与脂质体或延时释放媒介物一起递送。在一些情况下，可以施用本文所述的组合物，使得它们被递送或能够穿过血脑屏障。在一些实施方案中，向受试者施用本文所述的组合物可以以剂量依赖性方式引发有益效果。该组合物可以以单剂量或分剂量施用。在一些实施方案中，本文所述的组合物可以在第一时间点和第二时间点施用。在一些实施方案中，可以这样施用组合物，使得第一次施用在另一次施用之前施用，施用时间相差1小时、2小时、4小时、8小时、12小时、16小时、20小时、1天、2天、4天、7天、2周、4周、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、1年或更长时间。
应当理解，在任何给定情况下施用的具体剂量将根据所施用的一种或多种组合物、待治疗或抑制的疾病、受试者的状况以及可能改变组合物活性或受试者反应的其他相关医学因素进行调整，如本领域技术人员所熟知的。例如，对于特定受试者的具体剂量可取决于年龄、体重、一般健康状况、饮食、给药时机和方式、***速率、联合使用的药物和对其施加疗法的特定病症的严重程度。对于给定患者的剂量可以使用常规考虑因素来确定，例如通过本发明组合物和已知药剂的差异活性的惯常比较，例如借助于适当的常规药理学或预防方案。用于施用组合物的合适的有效剂量可以由本领域技术人员确定，但通常在每周每千克体重约1微克至约100,000微克的范围内，尽管它们通常为每周每千克体重约1,000微克或更少。在一些实施方案中，有效剂量范围为每周每千克体重约10至约10,000微克。在另一个实施方案中，有效剂量范围为每周每千克体重约50至约5,000微克。在另一个实施方案中，有效剂量范围为每周每千克体重约75至约1,000微克。本文所述的有效剂量是指所施用的总量，即，如果施用多于一种组合物，则有效剂量对应于所施用的总量。
对于受试者的最大剂量是不会引起不良或不可耐受的副作用的最高剂量。关于个体预防或治疗方案的变量的数目很大，并且预期相当大的剂量范围。给药途径也会影响剂量要求。与疾病的治疗前症状或未予治疗时的进展相比，预计组合物的剂量会将病况的进展抑制至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％。特别想到，药物制品和组合物可以减轻或缓解疾病的症状而不提供治愈，或者在一些实施方案中，可以用来阻止疾病或病症的进展，并且在一些情况下甚至可以逆转进展。
标志物的组合
虽然单独的生物标志物是有用的诊断生物标志物，但已发现生物标志物的组合可提供比单独的单一生物标志物更大的对特定状态的预测价值。具体地，检测样品中的多种生物标志物可以增大试验的灵敏度和/或特异性。在一些实施方案中，在本文所述的诊断试验中使用多种生物标志物。在一些实施方案中，对指示疾病的生物标志物具有亲和力的多种分子可用来诊断疾病。
确定发生疾病的风险
在一些实施方案中，本发明提供了用于确定在受试者中发生疾病如阿尔茨海默病的风险的方法。生物标志物的量或模式是各种风险状态的特征，例如高、中或低。发生阿尔茨海默病的风险可以通过测量一种或多种相关生物标志物，然后将它们提交进行分类算法或将它们与同特定风险水平相关的生物标志物的参考量和/或模式进行比较来确定。
确定疾病的阶段
在一些实施方案中，本发明提供了用于确定受试者中的疾病如阿尔茨海默病的阶段的方法。疾病的每个阶段具有生物标志物的特征量或一组生物标志物的相对量(模式)。疾病的阶段可以通过测量一种或多种相关生物标志物，然后将它们提交进行分类算法或将它们与同特定阶段相关的生物标志物的参考量和/或模式进行比较来确定。
确定疾病的进程(进展/缓解)
在一个实施方案中，本发明提供了用于确定受试者中的疾病，例如受试者中的阿尔茨海默病的进程的方法。疾病进程是指疾病状态随时间的变化，包括疾病进展(恶化)和疾病消退(改善)。随着时间的推移，生物标志物的量或相对量(例如，模式)发生改变。例如，生物标志物的浓度可以在来自阿尔茨海默病受试者的样品中增加/减少。因此，这些标志物随着时间的推移而向患病或未患病增加或减少的趋势指示疾病的进程。因此，该方法涉及在至少两个不同时间点(例如，第一时间和第二时间)测量受试者中的一种或多种生物标志物，并比较其量(如果有的话)的变化。可以基于这些比较确定疾病的进程。类似地，该方法可用于确定对治疗的反应。如果治疗有效，则生物标志物将趋向于正常，而如果治疗无效，则生物标志物将趋向于疾病适应症。
受试者管控
在确定疾病如阿尔茨海默病状态的方法的某些实施方案中，该方法还包括基于状态管控受试者的治疗。这种管控可以包括医生或临床医生在确定阿尔茨海默病状态之后的行动。例如，如果医生作出阿尔茨海默病的诊断，则随后可以给出某种治疗方案，例如胆碱酯酶抑制剂、抗谷氨酸能疗法或抗氧化剂的开出或施用。或者，随后可以通过进一步的试验进行非阿尔茨海默病或非阿尔茨海默病痴呆的诊断，以确定受试者可能患有的特定痴呆。此外，如果诊断试验对阿尔茨海默病的状态给出不确定的结果，则可能需要进一步的试验。
传递结果
本发明的另外的实施方案涉及例如将测定结果或诊断或两者传递给技术人员、医师或受试者。在某些实施方案中，使用计算机将测定结果或诊断或两者传递给感兴趣的各方，例如医生及其受试者。在一些实施方案中，可以在与传递结果或诊断的国家或管辖区不同的国家或管辖区进行测定或分析测定结果。在本发明的一些实施方案中，基于在测试受试者中存在或不存在本发明鉴定的任何生物标志物的诊断可以在获得诊断后尽快传递给受试者。诊断可以由受试者的治疗医师传送给受试者。或者，可以通过电子邮件将诊断发送给测试受试者或通过电话将其传达给受试者。可以使用计算机通过电子邮件或电话传递诊断。在某些实施方案中，可以使用电信技术人员熟悉的计算机硬件和软件的组合自动生成包含诊断试验结果的消息并将其传递给受试者。在美国专利6,283,761中描述了面向医疗保健的通信***的一个例子；然而，本发明不限于利用该特定通信***的方法。在本发明方法的某些实施方案中，所有或一些方法步骤，包括样品的测定、疾病的诊断和测定结果或诊断的传递，可以在不同的(例如，外国的)管辖区进行。
实施例
实施例1.类肽文库合成
通过固相混合裂分合成在聚苯乙烯大珠(500-560μm；取代：0.4-0.7mmol/g，Rapp)上制备类肽文库，得到单珠单化合物文库。将聚苯乙烯大珠(500-560μm；取代：0.4-0.7mmol/g，Rapp Polymere)在室温下在12mL二甲基甲酰胺(DMF)中溶胀4小时。然后将珠子均匀地分配到14个烧结注射器中，然后在培养箱振荡器中振荡(250rpm)12分钟的情况下在室温下用DMF中的20％(v/v)哌啶处理两次(2×2ml)。将烧结的注射器反应容器排干并洗涤，重复四次，然后用DMF(4×2ml)进行氨基酸偶联循环。为了偶联半胱氨酸，将2ml的220mMFmoc-Cys(Trt)-OH溶液加入到珠子中，然后加入2ml含有440mM N-甲基吗啉(NMM)的220mMO-(苯并***-1-基)-N,N,N′,N′-四甲基脲鎓六氟磷酸盐(HBTU)和1-羟基苯并***(HOBT)在DMF中的溶液。将注射器在室温下摇动90分钟。然后排干注射器并用DMF(4×2ml)洗涤。将珠子用DMF中的20％哌啶处理两次，持续12分钟(2×2ml)，然后用DMF洗涤。根据亚单体添加方法，在每个反应容器中进行类肽合成。以两步过程进行类肽单体的添加。在步骤1中，使用氯乙酸和二异丙基碳二亚胺(DIC)进行酰化。将1ml 1.8M氯乙酸在无水DMF中的溶液和1ml1.8M DIC在无水DMF中的溶液加入到树脂中，并在亚单体循环的酰化步骤期间在36℃下混合12分钟。将树脂用2mL DMF洗涤四次后，将1.8M 1,4-二氨基丁烷(2mL)的N-甲基吡咯烷酮(NMP)溶液加至14个反应容器中的每一个中。在定期鼓泡混合下，该置换反应在36℃下进行90分钟。置换后，将树脂用2mL DMF洗涤四次。在步骤2中，使用氯乙酸和二异丙基碳二亚胺(DIC)进行酰化。将1ml 1.8M氯乙酸在无水DMF中的溶液和1ml 1.8M DIC在无水DMF中的溶液加入到树脂中，并在36℃下在培养箱振荡器中混合12min。将树脂用2mL DMF洗涤四次，然后通过将1.8M胺(2mL)的N-甲基吡咯烷酮(NMP)溶液加入到14个反应容器中的每一个中，用针对文库合成而选择的十四种(苄胺、甲胺、烯丙胺、异丁胺、4-(氨基甲基)吡啶、4-(2-氨基乙基)吗啉、3,4-二甲氧基苄胺、2,2-二苯基乙胺、胡椒基胺、R-(+)-α-甲基苄胺、环丙胺、1,4-二氨基丁烷、甘氨酸、2-氨基乙醇)胺亚单体中的一种置换树脂结合的溴。图10。然后将树脂从每个反应容器中合并到混合容器中，然后同等地重新分配回到十四个反应容器中。对于八个剩余的偶联，如上所述继续进行类肽偶联。在最终的类肽残基偶联后，不合并树脂。得到的文库由14个亚文库组成，其中来自每个反应容器的最终残基的身份是已知的。文库合成后，用二氯甲烷(4×12ml)和无水乙醇(4×12ml)洗涤珠子。
实施例2.质量控制
使用由Thermo Scientific(以前称Finnigan)生产的Thermo LTQ FT质谱仪(耦合到线性离子阱的傅里叶变换离子回旋加速器质谱仪)检查实施例1的所有合成产物的质量，分离2个珠子，切割(如下所述)，并使用MS和MS/MS进行分析。
实施例3.珠上文库筛选
如下筛选实施例1的类肽文库：将文库置于烧结注射器中，用PBST洗涤文库三次，然后添加在PBST中1:300稀释的阿尔茨海默病血清，并在室温下在培养箱振动器中温育该混合物3小时。然后除去未结合的血清，并用PBST洗涤珠子四次。将在PBST中以1:250稀释的第二抗体Alexa647 AffiniPure山羊抗人IgA+IgG+IgM(H+L)加入到反应容器中，并在室温下温育90分钟。然后用PBST(4×4ml)洗涤聚苯乙烯大珠，并在显微镜下筛分。然后将分离的珠子手动分选到384孔聚丙烯板中，每孔一个珠子。为了切割文库珠子，向每个孔中加入40μl由48％TFA、48％二氯乙烷、2％三异丙基硅烷和2％水组成的切割混合物。将板密封并在室温下温育8h，之后使裂解混合物在通风橱中蒸发。将类肽溶解于100μl乙腈/水(1:1)中，并定量转移到重复的一组384孔聚丙烯板中。蒸发溶剂，并将各孔中的残余物溶解于20μl二甲基亚砜(DMSO)中。
实施例4.质谱仪分析
使用由Thermo Scientific(以前称Finnigan)生产的Thermo LTQ FT质谱仪(与线性离子阱耦合的傅里叶变换离子回旋加速器质谱仪)进行样品的ESI MS和串联MS/MS分析。使用注射泵以5uL/min的流速将样品注入ESI源，并以正离子模式进行分析。使用的源参数是源电压3.0kV，毛细管电压48V，管透镜电压250V和CID(碰撞诱导解离)能量26％。控制仪器的软件Xcalibur(版本2.0.7)用于数据分析。
实施例5.载玻片的印刷和分析
将化合物在聚丙烯384板(目录号：MMP384)中稀释至终浓度为75μM，50％DMSO和50％PBS，以便在使用载玻片之前进行目视检查并确认印刷的干斑。新鲜冷冻、真空包装的马来酰亚胺载玻片(Microsurfaces MAL_02高密度型)用于印刷化合物。使用机器人点样器，以24个微阵列/载玻片印刷载玻片，该机器人点样器采用Arrayit 946MP3微阵列印刷针，微阵列的室被设置为50％湿度，对于小分子之间的微阵列印刷针的严格洗涤/干燥设置，斑点间距，使得载玻片上的小分子斑点不能合并在一起，并且每个小分子至少有2个技术重复。使用excel和txt文件在源板中追踪小分子。使用微阵列机器人样品追踪软件和源板信息的txt文件创建斑点图谱(GAL文件)。在印刷完成后，将载玻片干燥过夜。为了确认所有印刷的斑点都是干燥的，对于在印刷运行中执行的每个斑点，在显微镜下的观察使用小盐PBS晶体。第二天，将载玻片在新制备的1％(v/v)2-巯基乙醇的DMF溶液中洗涤2次，各1分钟，以使用微阵列洗涤管(Arrayit目录号：MWT)从载玻片表面除去未结合的小分子。然后在1％(v/v)的2-巯基乙醇的DMF溶液中反应1小时。然后将载玻片在DMF中洗涤1次，随后在异丙醇中洗涤3次，每次10秒。将载玻片在Microarray反应盘(目录ID：MRT)中用PBST洗涤3×10秒，并直接洗涤至Arrayit Blockit Plus(基于酪蛋白)封闭缓冲液中1小时。1小时后，将载玻片在PBST中洗涤3×10秒，然后在ddH2O中进行非常短的漂洗。立即在Arrayit微阵列离心机(目录号：MHC)中干燥20秒，现在载玻片已为装载到AHC4x24杂交盒中作好了准备。当载玻片封闭时，来自AHC4x24杂交盒的垫圈也浸泡在1X Protein Microarray ReactionBuffer Plus中，以确保血清蛋白质不能附着或吸收到杂交盒的橡胶垫圈中。在将垫圈装载到杂交盒的硬件上之前，取出缓冲液，并通过在Microarray Cleanroom wipe(目录号：MCW)内将其挤干来干燥。将垫圈装载到杂交盒硬件中，然后将载玻片装载到Arrayit杂交盒AHC4x24的基部中。确认垫片密封件直接对着玻璃，以避免从微阵列泄漏到微阵列的可能性(通过垫圈对玻璃产生的暗线来观察)。
实施例6.血清反应
将血清样品在聚丙烯96孔板中的1X Arrayit Protein Microarray ReactionBuffer Plus(PMRBP)中1:600稀释，并在从血清管转移至含有反应缓冲液的平板期间通过上下吸移10次充分混合。使用多通道移液器，将来自96孔板的100μl混合血清/反应缓冲液样品转移到相应的反应工具中。使用Arrayit Hybridization Station(目录号：MMHS2)将样品在37℃、500RPM、2mm轨道下温育1小时。将孔用PBST缓冲液洗涤6次，每次完全排出缓冲液，然后加入在1X Arrayit PMRBP中以1:4000稀释的第二抗体Alexa647AffiniPure山羊抗人IgA+IgG+IgM(H+L)。将载玻片在37℃、500RPM、MMHS2下温育1小时。将载玻片用PBST缓冲液洗涤6次，每次完全排出缓冲液，并使用Arrayit Innoscan 710AL在50、35、25、15PMT下用低激光扫描。在图像上打开gal文件，进行斑点查找工作，保存工作文件以保留斑点的发现方式。按照载玻片编号和区块编号生成并保存所有扫描的txt文件。减去背景的中值信号用于进一步分析。
实施例7.调节信号:背景条件(图14和图15)
筛选制造的类肽的步骤是确定类肽、血清和第二抗体的适当浓度，以在试验中区分信号与背景或过度饱和。类肽以1.25mM、625μM、300μM、150μM和75μM浓度印刷。将血清样品在1X Arrayit Protein Microarray Reaction Buffer Plus(PMRBP)中以1:600、1:1200和1:2400稀释，并施加到印刷的载玻片上。洗涤载玻片，然后加入第二抗体(Alexa647 AffiniPure山羊抗人IgA+IgG+IgM(H+L))。将第二抗体在1X Arrayit PMRBP中以1:2000和1:4000稀释，并加入载玻片中。洗涤载玻片并使用Arrayit Innoscan 710AL进行扫描。图14的数据显示为所有单独区块的扫描原始图像。在1:600稀释度的血清浓度、75uM的类肽浓度和1:4000倍的第二抗体稀释度下，类肽与抗体特异性结合。在所有其他条件下发生饱和或高背景信号。匹配的对照不与类肽结合，证明了抗体与特征特异性类肽之间的相互作用的特异性。这些浓度条件用于所有后续的类肽文库筛选和验证。图15，在不同浓度下在载玻片上印刷的FSM的示意图。
实施例8.AD生物标志物的提取
根据本发明合成的类肽可提供约100,000个特征特异性分子(FSM)的一般子集。然后，FSM可以经受一系列过滤器或区分条件，以逐步消除不满足所需功能的类肽。
过滤器#1：与抗体的一般结合：该方案的提取阶段的第一步是区分仅结合IgA、IgM和IgG抗体的FSM子集与混杂结合其他蛋白质的类肽。为了确定抗体特异性结合，加入适当浓度的阿尔茨海默病血清(1:600稀释)。温育并洗涤后，通过添加在1X Arrayit PMRBP中以1:4000稀释的Alexa647 AffiniPure山羊抗人IgA+IgG+IgM(H+L)来对被类肽结合的血清抗体进行定量。在另一个平行实验中，使用匹配的、经标记的抗磷酸抗体和抗肽抗体(图1)。该实验步骤还证明，以上开发的筛选条件也足以验证特异性结合。如图1所示，合成的FSM类肽分子的子集可以通过过滤器#1得到分离，因为它们特异性结合IgA、IgM和IgG抗体，但不结合其他蛋白质靶标(在这种情况下，磷酸化的蛋白质和淀粉样蛋白β42肽)。经过滤器#1而留存的1,536种类肽的精炼子集可以被称为类肽的“聚焦文库”，其可以经历进一步的过滤以获得更具体的功能。
过滤器#2：与AD抗体的特异性结合：该方案的提取阶段的第二步是进一步区分聚焦文库子集中与AD相关抗体(如果有的话)结合的类肽与那些与其他抗体结合的类肽。将聚焦的文库类肽暴露于血清样品，其中包括已知的AD受试者和正常对照受试者，以分离仅与AD受试者相关的任何结合。图2显示聚焦文库的1,536种类肽经受正常对照(左)和已知的阿尔茨海默病受试者(右)的结果。这两个受试者群体都显示出对聚焦文库类肽的广泛响应，这些类肽被设计并过滤以响应IgG、IgM和IgA。然而，当减去重叠数据时，九(9)种类肽对与AD受试者相关的抗体显示出升高的特异性和灵敏度。在图16中，与正常对照受试者相比，这9种类肽对AD受试者的响应显示出明显的分化。已知AD受试者与正常对照受试者的重复比较显示出相似的结果。
实施例9.结果
分离出9种与阿尔茨海默病受试者显示高度相关性的类肽。然后对50个血液样品进行双盲分析，以提供这9种类肽可以鉴别AD阳性样品和AD阴性样品的初步验证。图8显示了对于从126个成员的群组中随机选择的50个血液样品，类肽的平均强度。将任意值20,000设定为确定AD阳性样品与AD阴性样品的障碍。正常对照和AD受试者的分析后分选显示，在29名正常对照受试者中有5个假阳性，而在21个AD受试者中有3个假阴性，这导致灵敏度(85.72％)和特异性(82.76％)。
实施例10.与MCI和AD受试者结合的特异性分子的验证(图3)
将来自MCI、AD和正常对照受试者的血清样品(1:600稀释)与印刷有特异性分子的微阵列一起温育。洗涤载玻片，然后添加在1X Arrayit PMRBP中以1:4000稀释的第二抗体Alexa647 AffiniPure山羊抗人IgA+IgG+IgM(H+L)。然后洗涤载玻片并使用Arrayit Innoscan 710AL进行扫描。减去背景的中值信号用于分析。在图3中，信号强度针对ErAD1-6(图3A)和AAD1-3(图3B)作图。数据显示信号强度与疾病诊断之间的相关性。误差条表示中值+标准偏差。
实施例11.与MCI受试者结合的特异性分子的盲法分析(图4)
将来自MCI和正常对照总共25名受试者的血清样品(1:600稀释)与印刷有特异性分子ErAD1-6的微阵列一式两份进行温育。洗涤载玻片，然后添加在1X Arrayit PMRBP中以1:4000稀释的第二抗体Alexa647 AffiniPure山羊抗人IgA+IgG+IgM(H+L)。在短暂洗涤后，使用Arrayit Innoscan 710AL扫描载玻片。图4显示25个单独区块的扫描原始图像。
实施例12.与MCI受试者结合的特异性分子的盲法分析(图5)
将来自25名不知情受试者的减去背景的中值荧光信号用于分析。在图5中，信号强度针对所有ErAD1-6的疾病诊断作图。误差条表示中值+标准偏差。数据显示信号强度与MCI状态之间的相关性。
实施例13.与AD受试者结合的特异性分子的盲法分析(图6)
将来自AD和正常对照总共25名受试者的血清样品(1:600稀释)与印刷有所有3种特异性分子AAD1-3的微阵列一式两份进行温育。洗涤载玻片，然后添加在1X ArrayitPMRBP中以1:4000稀释的第二抗体Alexa647 AffiniPure山羊抗人IgA+IgG+IgM(H+L)。洗涤载玻片并使用Arrayit Innoscan 710AL进行扫描。图6显示了所有25个单独区块的扫描原始图像。
实施例14.与AD受试者结合的特异性分子的盲法分析(图7)
将来自25名不知情AD和正常对照受试者的减去背景的中值荧光信号用于分析。在图7中，信号强度针对所有三种分子(AAD1-3)的疾病诊断作图。误差条表示中值+标准偏差。数据显示信号强度与AD疾病状态之间的相关性。
实施例15.图8，区分AD受试者与正常对照的微阵列上每种AD特异性分子的荧光强度的定量(图8)
将来自总共50名不同MCI、AD和正常对照受试者的减去背景的中值荧光信号用于分析。在图8中，平均信号强度针对所有九种分子(ErAD1-6和AAD1-3)的疾病诊断作图。数据显示信号强度与疾病诊断之间的相关性。
实施例16.阿尔茨海默病特异性分子及其当前的药物反应(图9)
将来自单个MCI、AD和正常对照受试者的减去背景的中值荧光信号用于分析。在图9中，信号强度针对所有九种分子(ErAD1-6和AAD1-3)的疾病诊断及其药物反应作图。数据显示信号强度与药物反应之间的相关性。这九种分子在受试者的子集内显示出独特的模式。这些子集模式可以区分AD的各个阶段。这些子集模式还可以帮助区分特定药物反应者与非反应者以用于临床试验。
实施例17.通过AD特异性分子对血清样品的纯化(图13)
将来自AD和正常对照受试者的血清样品(1:600稀释)进行柱纯化，并与印刷有特异性分子ErAD1-3的微阵列一起温育。洗涤载玻片，然后添加在1X Arrayit PMRBP中以1:4000稀释的第二抗体Alexa647 AffiniPure山羊抗人IgA+IgG+IgM(H+L)。洗涤载玻片并使用Arrayit Innoscan 710AL进行扫描。减去背景的中值信号用于分析。在图13中，信号强度针对ErAD1-3作图。数据显示柱纯化后信号强度更高。
实施例18.对于阿尔茨海默病(AD)受试者和正常对照(NC)受试者，九种分离的分子的反应强度(图16)
九种分子以75μM的浓度印刷，并与1:600稀释的合并的AD、MCI和正常对照血清样品一起温育。洗涤载玻片，然后添加在1X Arrayit PMRBP中以1:4000稀释的第二抗体Alexa647 AffiniPure山羊抗人IgA+IgG+IgM(H+L)。洗涤载玻片并使用ArrayitInnoscan 710AL进行扫描。减去背景的中值信号用于分析。在图16中，信号强度针对九种单独的分子作图。
本文公开了可用于本文公开的方法和组合物、可与本文公开的方法和组合物一起使用、可用于制备本文公开的组合物或作为本文公开的方法和组合物的产物的方法、材料、组合物、试剂盒和组分。应当理解，当公开这些材料的组合、子集、相互作用、组别等时，虽然不能明确地公开这些分子和化合物的各种个体和集体组合以及排列的具体参考，但是在本文中特别考虑并描述了其中每一种。应当理解，在一些实施方案中，本文公开的试剂盒可包含关于组合和/或使用所述试剂盒的内容物的说明书。
虽然本文已经示出并描述了本文所述的一些实施方案，但是这些实施方案仅作为示例提供。在不脱离本文提供的公开内容的情况下，本领域技术人员现在将会想到许多变化、改变和替换。应当理解，本文所述实施方案的各种替代方案可用于实施本文所述的方法。

Claims (109)

1.一种方法，其包括：
a.使样品与一种或多种类肽或其药学上可接受的盐接触，其中所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐能够结合至少两种抗体亚型或其片段；以及
b.使用计算机***检测分子是否与所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐结合。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐包括如权利要求84中描述的所述类肽。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述至少两种抗体亚型包括IgG、IgM、IgD、IgE或IgA中的至少一种。
4.一种方法，其包括：
a.使样品与一种或多种类肽或其药学上可接受的盐接触，其中所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐包含式I的化合物：
其中R1独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R2独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；环烷基；(CY2)n-杂芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R3独立地选自(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；烯基；烷基芳基；环烷基；烷基二芳基；和烷基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R4独立地选自(CY2)n-芳基；烷基；环烷基；和(CY2)n-烷基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R5独立地选自(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R6独立地选自烷基二芳基；烷基芳基；和(CY2)n-烷基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R7独立地选自烷基；烷基芳基；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；和烷基二芳基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R8独立地选自(CY2)n-杂芳基；(CY2)n-芳基；烯基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R9独立地选自烷基芳基；(CY2)n-芳基；烷基二芳基；和(CY2)n-烷基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R10独立地选自(CY2)n-芳基；烷基；(CY2)n-烷基；和(CY2)n-杂芳基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R11独立地选自氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R12独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R13单独且独立地选自氢；氘；卤素；乙基；和甲基；其中当R13不是氢时，每个用*表示的碳可独立地为R或S；其中X独立地选自氧或硫；Y独立地选自氘或氢；A为氢、氘、芳基或杂芳基，并且n为1-10；以及
b.检测分子是否与所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐结合。
5.根据权利要求4所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R1选自氘和氢。
6.根据权利要求4或5所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R2选自胡椒基；环丙基；二甲氧基苄基；吗啉基；氨基丁基；和吡啶基。
7.根据权利要求4-6中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R3选自烯丙基；甲基苄基；环丙基；二苯基乙基；苄基；二甲氧基苄基；和甲基。
8.根据权利要求4-7中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R4选自苄基；异丁基；环丙基；胡椒基；和氨基丁基。
9.根据权利要求4-8中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R5选自苄基；氨基丁基；异丁基；二苯基乙基；和甲基。
10.根据权利要求4-9中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R6选自二苯基乙基；氨基丁基；或甲基苄基。
11.根据权利要求4-10中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R7选自甲基；甲基苄基；胡椒基；二苯基乙基；氨基丁基。
12.根据权利要求4-11中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R8选自吡啶基；烯丙基；胡椒基；氨基丁基；异丁基；二苯基乙基；或苄基。
13.根据权利要求4-12中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R9选自甲基苄基；苄基；二苯基乙基；氨基丁基。
14.根据权利要求4-13中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R10选自甲基；氨基丁基；苄基；胡椒基；异丁基。
15.根据权利要求4-14中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R11选自氢和氘。
16.根据权利要求4-15中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R12选自氢和氘。
17.根据权利要求4-16中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R13选自氢和氘。
18.根据权利要求4-17中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R1为氢或氘；R2为胡椒基；R3为二甲氧基苄基；R4为苄基；R5为苄基；R6为二苯基乙基；R7为甲基；R8为吡啶基；R9为甲基苄基；R10为苄基；R11、R12和R13各自独立地选自氢或氘。
19.根据权利要求4-17中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R1为氢或氘；R2为环丙基；R3为烯丙基；R4为异丁基；R5为氨基丁基；R6为二苯基乙基；R7为甲基苄基；R8为苄基；R9为苄基；R10为甲基；R11、R12和R13各自独立地选自氢或氘。
20.根据权利要求4-17中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R1为氢或氘；R2为二甲氧基苄基；R3为甲基苄基；R4为环丙基；R5为异丁基；R6为甲基苄基；R7为胡椒基；R8为烯丙基；R9为二苯基乙基；R10为苄基；R11、R12和R13各自独立地选自氢或氘。
21.根据权利要求4-17中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R1为氢或氘；R2为吗啉基；R3为环丙基；R4为胡椒基；R5为二苯基乙基；R6为氨基丁基；R7为氨基丁基；R8为苄基；R9为苄基；R10为氨基丁基；R11、R12和R13各自独立地选自氢或氘。
22.根据权利要求4-17中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R1为氢或氘；R2为二甲氧基苄基；R3为二苯基乙基；R4为氨基丁基；R5为甲基；R6为二苯基乙基；R7为甲基苄基；R8为胡椒基；R9为甲基苄基；R10为苄基；R11、R12和R13各自独立地选自氢或氘。
23.根据权利要求4-17中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R1为氢或氘；R2为氨基丁基；R3为苄基；R4为氨基丁基；R5为氨基丁基；R6为氨基丁基；R7为二苯基乙基；R8为氨基丁基；R9为氨基丁基；R10为吗啉基；R11、R12和R13各自独立地选自氢或氘。
24.根据权利要求4-17中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R1为氢或氘；R2为二甲氧基苄基；R3为二甲氧基苄基；R4为氨基丁基；R5为氨基丁基；R6为甲基苄基；R7为甲基；R8为异丁基；R9为苄基；R10为胡椒基；R11、R12和R13各自独立地选自氢或氘。
25.根据权利要求4-17中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R1为氢或氘；R2为吡啶基；R3为甲基；R4为环丙基；R5为异丁基；R6为氨基丁基；R7为氨基丁基；R8为二苯基乙基；R9为氨基丁基；R10为异丁基；R11、R12和R13各自独立地选自氢或氘。
26.根据权利要求4-17中任一项所述的方法，其中，在式I的所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐中，R1为氢或氘；R2为二甲氧基苄基；R3为环丙基；R4为苄基；R5为异丁基；R6为氨基丁基；R7为氨基丁基；R8为苄基；R9为苄基；R10为异丁基；R11、R12和R13各自独立地选自氢或氘。
27.根据权利要求1-26中任一项所述的方法，其中所述样品为组织、细胞、尿液、血清、全血、脑脊液、痰液、唾液或***。
28.根据权利要求27所述的方法，其中所述样品为血清。
29.根据权利要求27或28所述的方法，其中所述样品从哺乳动物获得。
30.根据权利要求29所述的方法，其中所述哺乳动物为人类受试者。
31.根据权利要求30所述的方法，其中所述受试者被怀疑患有疾病。
32.根据权利要求31所述的方法，其中所述疾病为神经***疾病。
33.根据权利要求32所述的方法，其中所述神经***疾病为帕金森病。
34.根据权利要求32所述的方法，其中所述神经***疾病为阿尔茨海默病。
35.根据权利要求1-34中任一项所述的方法，其中所述检测利用包括放射免疫测定(“RIA”)、荧光免疫测定(“FIA”)、酶联免疫吸附测定(“ELISA”)、Western印迹法、流式细胞术、共振能量转移(“FRET”)、表面等离子体共振或其任意组合的方法。
36.根据权利要求35所述的方法，其进一步包括通过通信介质传递所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐是否与所述分子结合的结果。
37.根据权利要求36所述的方法，其中所述通信介质包括电子介质。
38.根据权利要求37所述的方法，其中所述电子介质包括包含处理器或微处理器的装置。
39.根据权利要求1、4或35所述的方法，其中所述分子为生物标志物。
40.根据权利要求39所述的方法，其进一步包括鉴定所述生物标志物。
41.根据权利要求39所述的方法，其中所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐对所述生物标志物具有至少10-5M(KD)的结合亲和力。
42.根据权利要求39所述的方法，其中所述生物标志物为肽、蛋白质、碳水化合物、脂质、脂蛋白、受体、T细胞受体、分子量为1000道尔顿或更低的分子、细胞、抗体或其片段。
43.根据权利要求42所述的方法，其中所述生物标志物为抗体或其片段。
44.根据权利要求43所述的方法，其中所述抗体为IgG、IgM或IgA、其片段或其任意组合。
45.根据权利要求44所述的方法，其中所述抗体为IgM或其片段。
46.根据权利要求44所述的方法，其中所述抗体为IgA或其片段。
47.根据权利要求1或4所述的方法，其中所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐包含整合在其中的约9、10、11、12、13个或更多个可以不同或相同的单体。
48.根据权利要求1-47中任一项所述的方法，其中所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐与支持体相关联。
49.根据权利要求48所述的方法，其中所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐与所述支持体结合。
50.根据权利要求49所述的方法，其中所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐与所述支持体共价结合。
51.根据权利要求49所述的方法，其中所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐与所述支持体非共价结合。
52.根据权利要求48所述的方法，其中在所述支持体与所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐之间存在连接体。
53.根据权利要求52所述的方法，其中所述连接体与所述支持体共价结合。
54.根据权利要求52所述的方法，其中所述连接体与所述支持体非共价结合。
55.根据权利要求52所述的方法，其中所述连接体包括聚乙二醇(“PEG”)连接体。
56.根据权利要求55所述的方法，其中所述连接体包含整合在其中的正量的小于或等于约10个PEG单体单元。
57.根据权利要求48-56中任一项所述的方法，其中所述支持体为固体支持体。
58.根据权利要求57所述的方法，其中所述固体支持体为载玻片、硅表面、珠子、树脂或阵列。
59.根据权利要求58所述的方法，其中所述固体支持体为珠子。
60.根据权利要求58所述的方法，其中所述固体支持体为树脂。
61.根据权利要求58所述的方法，其中所述固体支持体为阵列。
62.根据权利要求57所述的方法，其中所述固体支持体与刷状聚合物相关联。
63.根据权利要求57所述的方法，其中所述固体支持体与瓶刷状聚合物相关联。
64.根据权利要求39所述的方法，其中所述生物标志物指示受试者患有疾病的可能性。
65.根据权利要求64所述的方法，其中所述疾病为神经***疾病、癌症、自身免疫病或感染性疾病。
66.根据权利要求65所述的方法，其中所述疾病为神经***疾病。
67.根据权利要求65所述的方法，其中所述神经***疾病为帕金森病。
68.根据权利要求65所述的方法，其中所述神经***疾病为阿尔茨海默病。
69.根据权利要求64所述的方法，其中如果所述生物标志物与所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐结合，则存在所述疾病的可能性。
70.根据权利要求69所述的方法，其中所述疾病的所述可能性通过第二试验来指示。
71.根据权利要求64所述的方法，其进一步包括如果所述生物标志物与所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐结合，则诊断所述疾病。
72.根据权利要求64所述的方法，其进一步包括如果所述生物标志物与所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐结合并且高于在未患病对照受试者样品中观察到的浓度，则诊断所述疾病。
73.根据权利要求64所述的方法，其进一步包括如果所述生物标志物与所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐结合并且低于在未患病对照受试者样品中观察到的浓度，则诊断所述疾病。
74.根据权利要求71-73中任一项所述的方法，其进一步包括施用针对所述疾病的治疗。
75.根据权利要求1或4所述的方法，其进一步包括在不同的时间点重复(a)和(b)以监测疾病。
76.根据权利要求75所述的方法，其中所述不同的时间点在1周、2周、1个月、2个月、3个月、6个月、8个月或1年内。
77.根据权利要求75所述的方法，其中所述重复(a)和(b)在向受试者施用治疗之后进行。
78.根据权利要求77所述的方法，其中所述生物标志物的所述检测确定所述受试者对所述治疗的反应。
79.根据权利要求39所述的方法，其中所述生物标志物的所述检测至少部分地确定受试者是否有资格进行临床试验。
80.根据权利要求39所述的方法，其中所述生物标志物确定受试者对药物有不良反应的可能性。
81.一种方法，其包括：
a.使样品与非随机类肽文库接触，其中所述非随机类肽文库包含一种或多种对抗体具有亲和力的类肽或其药学上可接受的盐，其中所述抗体包含IgA或其片段，或者IgM或其片段；以及
b.检测所述抗体是否与所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐结合。
82.一种筛选生物标志物的方法，该方法包括：
a.使对照样品与支持体接触，该支持体具有与所述支持体相关联的一种或多种类肽或其药学上可接受的盐，其中所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐具有如权利要求4所述的通式；
b.使所述支持体与疾病样品接触；以及
c.检测所述生物标志物，其中所述生物标志物与所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐结合，并且所述生物标志物不存在于所述对照样品中，或者所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐不与所述对照样品中的所述生物标志物结合。
83.一种方法，其包括：
a.使一种或多种类肽或其药学上可接受的盐与支持体接触，该支持体具有与所述支持体相关联的至少一种生物标志物，其中所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐具有如权利要求4所述的通式；以及
b.检测与所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐结合的所述生物标志物。
84.一种类肽或其药学上可接受的盐，其包含式I的化合物：
其中R1独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R2独立地选自氢；氘；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；环烷基；(CY2)n-杂芳基；和(CY2)n-烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R3独立地选自(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷氧基芳基；烯基；烷基芳基；环烷基；烷基二芳基；和烷基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R4独立地选自(CY2)n-芳基；烷基；环烷基；和(CY2)n-烷基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R5独立地选自(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R6独立地选自烷基二芳基；烷基芳基；和(CY2)n-烷基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R7独立地选自烷基；烷基芳基；(CY2)n-芳基；(CY2)n-烷基；和烷基二芳基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R8独立地选自(CY2)n-杂芳基；(CY2)n-芳基；烯基；(CY2)n-烷基；烷基；和烷基二芳基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R9独立地选自烷基芳基；(CY2)n-芳基；烷基二芳基；和(CY2)n-烷基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R10独立地选自(CY2)n-芳基；烷基；(CY2)n-烷基；和(CY2)n-杂芳基；上述每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R11独立地选自氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R12独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合；
R13单独且独立地选自氢；氘；卤素；乙基；和甲基；其中当R13不是氢时，每个用*表示的碳可独立地为R或S；其中X独立地选自氧或硫；Y独立地选自氘或氢；A为氢、氘、芳基或杂芳基，并且n为1-10。
85.根据权利要求4或81-83中任一项所述的方法，其中所述一种或多种类肽或其药学上可接受的盐选自下式：
或其任意组合，其中R独立地选自能够与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合，其中X独立地选自氧或硫；Y独立地选自氘或氢；A为氢、氘、芳基或杂芳基。
86.根据权利要求84所述的类肽或其药学上可接受的盐，其包含结构
87.根据权利要求84所述的类肽或其药学上可接受的盐，其包含结构
88.根据权利要求84所述的类肽或其药学上可接受的盐，其包含结构
89.根据权利要求84所述的类肽或其药学上可接受的盐，其包含结构
90.根据权利要求84所述的类肽或其药学上可接受的盐，其包含结构
91.根据权利要求84所述的类肽或其药学上可接受的盐，其包含结构
92.根据权利要求84所述的类肽或其药学上可接受的盐，其包含结构
93.根据权利要求84所述的类肽或其药学上可接受的盐，其包含结构
94.根据权利要求84所述的类肽或其药学上可接受的盐，其包含结构
95.一种制备阵列的方法，该方法包括将权利要求84的所述类肽或其药学上可接受的盐与支持体相关联。
96.一种合成与支持体相关联的权利要求84的所述类肽或其药学上可接受的盐的方法。
97.一种制备权利要求84的所述类肽或其药学上可接受的盐的方法，该方法包括将一个或多个单体偶联以形成所述类肽或其药学上可接受的盐。
98.根据权利要求97所述的方法，其中所述一个或多个单体中的每一个独立地选自苄胺、甲胺、烯丙胺、异丁胺、4-(氨基甲基)吡啶、4-(2-氨基乙基)吗啉、3,4-二甲氧基苄胺、2,2-二苯基乙胺、胡椒基胺、R-(+)-α-甲基苄胺、环丙胺、1,4-二氨基丁烷或甘氨酸或2-氨基乙醇中的一种。
99.一种试剂盒，其包含具有如权利要求84所述的通式的类肽或其药学上可接受的盐。
100.根据权利要求99所述的试剂盒，其中所述类肽或其药学上可接受的盐选自如权利要求85所述的通式。
101.一种组合物，其包含权利要求84的所述类肽或其药学上可接受的盐。
102.一种药物组合物，其包含药学上可接受的载体和权利要求101的所述类肽或其药学上可接受的盐。
103.根据权利要求102所述的药物组合物，其中所述载体为肠胃外载体、口服或局部载体。
104.一种用于预防、治疗、改善或管控疾病或病况的方法，该方法包括：向需要这种预防、治疗、改善或管控的患者施用预防或治疗有效量的预防或治疗上可接受量的权利要求84的所述类肽或其药学上可接受的盐。
105.一种用于预防、治疗、改善或管控疾病或病况的方法，该方法包括：向需要这种预防、治疗、改善或管控的患者施用预防或治疗有效量的预防或治疗上可接受量的权利要求39或82的所述生物标志物，其中所述生物标志物存在于没有所述疾病的子区域中，并且所述生物标志物的缺失指示所述疾病。
106.根据权利要求104或105所述的方法，其中所述疾病或病况为神经***疾病、癌症、自身免疫病或感染性疾病。
107.根据权利要求106所述的方法，其中所述疾病为神经***疾病。
108.根据权利要求107所述的方法，其中所述神经***疾病为帕金森病或阿尔茨海默病。
109.根据权利要求84所述的类肽或其药学上可接受的盐，其中所述类肽或其药学上可接受的盐选自下式：
或其任意组合，其中R独立地选自与以下物质偶联的偶联基团：连接体、基底或标记物；氢；氘；C1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基、C3-8环烷基；杂芳基、环烷基；C1-6烷基杂芳基；C1-6烷基芳基；和烷基环烷基；上述除氢和氘之外的每一个均可单独且独立地被以下基团取代一次或多次：XA；卤素；NY2；CXXY；XCY3；烷基；氢；氘；羧酸；醚；胺；XX2NY2；＝X；XCY2X或其任意组合，其中X独立地选自氧或硫；Y独立地选自氘或氢；A为氢、氘、芳基或杂芳基。
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