CN109182519B - 一种用于诊断acta2-mitf易位性血管周上皮样细胞肿瘤的探针组合及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种用于诊断ACTA2‑MITF易位性血管周上皮样细胞肿瘤的探针组合及其应用。该组合由BAC克隆探针RP11‑28G22和BAC克隆探针RP11‑963H1组成，BAC克隆探针RP11‑28G22定位于ACTA2着丝粒一侧，标记为任意一种颜色的荧光；BAC克隆探针RP11‑963H1定位于MITF端粒一侧，标记为与ACTA2着丝粒一侧标记的颜色不同的荧光。本发明探针组合，在石蜡包埋组织切片的基础上进行原位杂交，检测融合及分离信号，可大大提高诊断该类肿瘤的准确率。

Description

一种用于诊断ACTA2-MITF易位性血管周上皮样细胞肿瘤的探 针组合及其应用

技术领域

本发明属于荧光原位杂交探针应用领域，涉及一种用于诊断ACTA2-MITF易位性血管周上皮样细胞肿瘤的荧光原位杂交(FISH)融合基因探针组合及其在制备ACTA2-MITF易位性血管周上皮样细胞肿瘤诊断试剂中的应用。

背景技术

小眼畸形转录因子家族(microphthalmia-associated transcription factorfamily，MiT)包括了小眼畸形转录因子(MiTF)、TFE3、TFEB和TFEC基因。

目前已经发现了Xp11.2易位/TFE3基因融合相关性肾细胞癌和t(6；11)(p21；q12)易位/TFEB基因融合相关性肾细胞癌，这两类肿瘤已被2016版新版WHO肾脏肿瘤病理收录，并且一并归入MiT家族易位性肾细胞癌中。近期本研究团队利用高通量测序技术成功诊断出一例PRCC-MITF易位性肾细胞癌，这也填补了MiT家族易位性肾细胞中MiTF易位类型的空白。目前MITF易位性肾癌包括PRCC-MITF和CLTC-MITF两种基因易位模式。TFEC基因易位的肿瘤在世界范围内暂无文献报道。

MiT家族易位性肾细胞癌致病机理清晰明确，MiT家族成员基因(TFE3/TFEB)的易位是其关键致病因素：这类肿瘤均涉及MiT家族成员基因同其它染色体易位及其所致形成融合基因，通过启动子变换从而高表达TFE3/TFEB融合蛋白，而TFE3/TFEB作为一个转录因子，通过与特异的DNA结构相结合，转录调控体内多种基因表达最终致病。目前至少有10种不同的易位伴侣和融合基因被报道，包括ASPL-TFE3、PRCC-TFE3、SFPQ-TFE3、NONO-TFE3、CLTC-TFE3、LUC7L3-TFE3、KHSRP-TFE3、PARP14-TFE3、DVL2-TFE3、RBM10-TFE3和MALAT1-TFEB等，每例肿瘤内仅存在单一的易位形式。

此外，越来越多的TFE3相关的间叶源性肿瘤被报道，如伴有TFE3基因重排的血管周上皮样细胞肿瘤(perivascular epithelioid cell tumor，PEComa)，该肿瘤与不伴有TFE3基因重排的PEComa相比具有更加侵袭性的生物学行为，患者多出现肿瘤复发、转移或死亡。研究发现SFPQ-TFE3融合基因是其最常见的融合基因，偶尔也可见其他融合基因，如NONO-TFE3、DVL2-TFE3及MED15-TFE3。

有证据表明哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin，mTOR)信号通路在多种MiT基因相关性肿瘤中被激活。MiT基因家族接受mTOR信号通路的调控。随着肿瘤个体化及靶向治疗时代的到来，针对mTOR等基因靶向治疗成为MiT基因家族易位相关性肿瘤患者新的选择。因此，精确诊断此类肿瘤显得十分重要。

本发明团队通过高通量测序技术，在一例形态学符合血管周上皮样细胞肿瘤(PEComa)特征的病例中检测出ACTA2-MITF融合基因，该融合基因型为首次发现，国内外均无报道，且这是国际首次发现MITF基因易位相关性PEComa。

目前高通量测序是唯一可以明确未知易位位点的检测手段，然而高通量测序费用高昂，检测周期长，检测平台稀缺，对样品质量要求高，不利于普及推广，对于大多数患者来说也不是首选检测手段。

染色体荧光原位杂交(FISH)始于传统的细胞遗传学和DNA技术的结合，快速灵敏、特异性好，可以检测隐匿或微小的染色体畸变以及复杂核型；还可以使用多种荧光标记，显示DNA片段及基因之间的相对位置与方向，空间定位精确。此外，FISH的方法，可以在石蜡包埋的样本上进行回顾性研究，大大降低了对研究样本的要求。目前，利用荧光原位杂交(FISH)检测ACTA2-MITF融合基因的方法国内外均无报道。

发明内容

本发明的目的是针对上述技术问题提供一种用于诊断ACTA2-MITF易位性PEComa的探针组合。

本发明另一个目的是提供上述探针组合在制备ACTA2-MITF易位性PEComa诊断试剂中的应用。

本发明再一个目的是提供含有上述探针组合的诊断试剂盒。

本发明的目的是通过下列技术方案实现的：

本发明团队通过高通量测序技术，在一例形态学符合PEComa特征的病例中检测出ACTA2-MITF融合基因。ACTA2基因位于10q23.31(10号染色体，位置90694830-90751147，序列来自GeneBank，序列版本号hg19)，共10个外显子；MITF基因位于3p13(3号染色体，位置69788585-70017488，序列来自GeneBank，序列版本号hg19),共17个外显子。基因融合发生于ACTA2的2号外显子与MITF基因3号外显子之间。

所述的ACTA2-MITF融合基因的检测试剂在制备ACTA2-MITF易位性肿瘤诊断试剂中的应用。

所述的ACTA2-MITF融合基因的检测试剂优选检测ACTA2-MITF融合基因的探针组合。

本发明针对该MiT家族易位性肿瘤的新融合基因设计了诊断ACTA2-MITF易位性PEComa的探针组合。

一种用于诊断ACTA2-MITF易位性PEComa的探针组合，该组合为BAC克隆探针RP11-28G22和BAC克隆探针RP11-963H1。

所述的探针组合，其中，BAC克隆探针RP11-28G22定位于ACTA2着丝粒一侧，标记为任意一种颜色的荧光；BAC克隆探针RP11-963H1定位于MITF端粒一侧，标记为与ACTA2着丝粒一侧标记的颜色不同的荧光。

所述的探针组合，其中RP11-28G22优选标记为绿色荧光，RP11-963H1优选标记为红色荧光；标记的荧光颜色可以互换。

本发明所述的探针在制备ACTA2-MITF易位性PEComa诊断试剂中的应用。

一种ACTA2-MITF易位性PEComa诊断试剂盒，包含本发明所述的探针组合。

以下是本发明技术方案详细的说明：

本发明采用的探针组合为国内外首次利用FISH方法检测ACTA2-MITF融合基因，是基于对染色体上ACTA2基因着丝粒侧和MITF基因端粒侧的不同的BAC克隆探针结合位点的分布位置、大小等情况的分析而采取的优选方案。

本发明中，ACTA2着丝粒一侧BAC克隆探针为RP11-28G22(片段长度146.5kb)，MITF端粒一侧BAC克隆探针为RP11-963H1(片段长度196kb)，这些片段为细菌人工染色体(Bacterial artificial chromosome，BAC)克隆，其在人类染色体上的定位已经公开，分别为，RP11-28G22定位于10号染色体90430957-90577498，RP11-963H1定位于3号染色体70151790-70348243。ACTA2基因的定位为10号染色体90694830-90751147。MITF基因的定位为3号染色体69788585-70017488。BAC克隆探针与ACTA2基因的链接顺序为ACTA2，RP11-28G22，10号染色体着丝粒；BAC克隆探针与MITF基因的链接顺序为3号染色体着丝粒，MITF，RP11-963H1。

BAC克隆探针与染色体上相应位置的序列结合而标记上荧光，片段位置与ACTA2、MITF基因之间保持一定距离而不重叠(本发明中距离分别为117.3kb，134.3kb)，因而ACTA2、MITF基因内部的断裂重排不会影响BAC克隆片段与染色体相应位置结合。此外，当发生ACTA2-MITF基因融合时，MITF基因端粒侧和ACTA2基因着丝粒侧BAC克隆探针最远距离控制在1500kb之内。这样，在非MITF易位性PEComa不存在ACTA2-MITF融合基因时，红绿两种荧光离得比较远，观察时无需放大即可见到分离较远的红绿两种信号；当PEComa中存在ACTA2-MITF融合基因时，红绿两种荧光靠得比较近，观察时出现红绿融合信号(表现为红绿相连或黄色信号点)，很容易观察。

选择这2种BAC克隆探针有以下几个方面的考虑：①2个BAC克隆探针大小相近，带来的好处是：每一端的荧光强度保持一致，防止一端过强而另一端过弱而影响观察；另外可使原位杂交条件保持一致性。②BAC克隆探针位置与ACTA2、MITF基因之间保持一定距离而不重叠，因而ACTA2、MITF基因内部的断裂重排不会影响BAC克隆探针与染色体相应位置结合。③可使MITF基因端粒侧和ACTA2基因着丝粒侧BAC克隆探针最远距离控制在1500kb之内，当两基因融合时呈现融合信号(如表现为红绿相连或黄色信号点)，而在MITF基因和ACTA2基因不存在融合时，两种荧光颜色分离比较远，很容易观察。否则，若MITF基因端粒侧和ACTA2基因着丝粒侧BAC克隆探针最远距离过大，如超过1500kb甚至更大，则无论两基因是否融合，均观察到明显分离的两种荧光，就很难判断是否存在ACTA2-MITF融合基因。

本发明的有益效果：

本发明根据MITF易位性PEComa的特点，设计结合在MITF基因端粒侧和ACTA2基因着丝粒侧的荧光标记DNA探针组合，在石蜡包埋组织切片的基础上进行原位杂交，检测融合及分离信号，可大大提高诊断该类肿瘤的准确率。为诊断分型及分子靶向治疗提供依据。根据我们的实验结果，该探针组合诊断的特异性和敏感性均达到了100％，且操作对象只需要在石蜡包埋组织切片上进行，时间仅为两个工作日。采用本发明提供的探针组合进行检测ACTB-TFEB易位性肾细胞癌，不但方便、快速、可靠而且成功率高，可用于制备ACTA2-MITF易位性PEComa诊断试剂盒，为ACTA2-MITF易位性PEComa的快速准确的诊断提供了新的工具。

附图说明

图1：BAC克隆探针定位模式图。

图2：RT-PCR方法检测出ACTA2-MITF易位性PEComa的融合基因。测序结果显示10号染色体和3号染色体存在易位，形成ACTA2-MITF融合基因(ACTA2外显子2与MITF外显子3相连)；

图3：ACTA2-MITF融合探针FISH检测结果示，肿瘤存在融合信号，记为阳性结果。

图4：用ACTA2-MITF融合探针对对照组透明细胞癌组织FISH检测示，组织中不存在融合信号，记为阴性结果。

图5：用ACTA2-MITF融合探针对正常组织FISH检测示，组织中不存在融合信号，记为阴性结果。

具体实施方式

以下通过实施例对本发明作进一步的阐述。

实施例中所述的探针即BAC克隆片段，也可以叫BAC克隆探针。

实施例1针对明确诊断的病例进行验证：

本发明团队通过高通量测序技术，在一例形态学符合血管周上皮样细胞肿瘤特征的病例中检测出ACTA2-MITF融合基因,发现该基因由ACTA2外显子2和MITF外显子3融合形成。对于这例高通量测序RNA-seq检测出ACTA2 exon2-MITF exon3新融合基因的病例，使用我们设计的引物对该病例进行PCR RT-PCR验证。

一、RNA的提取：

严格按照RNeasy FFPE Kit操作说明进行提取。①脱蜡：将收集好的玻片进行二甲苯脱蜡，再用无水乙醇漂洗，风干后用手术刀片刮下来装入1.5ml EP管中；②酶解：加入150μl消化液,再加入10μl蛋白酶K，混匀，56℃酶解15min,80℃15min，冰上冷却；③加入16μlDNDNA酶缓冲液,再加入10μl DNase I,混匀，室温静置15mimin,12000rpm离心15min，取上清；④加入320μl结合液液再加入720μl无水乙醇，混匀，分2次转移至吸附柱中，8000rpm离心1min，，弃废液；⑤洗涤：加入500μl洗涤液,8000rpm离心1min；重复洗涤一次，弃废液，将吸附柱转移到一个新的2ml收集管中，12000rpm离心5min；⑥洗脱：将吸附柱转移到1.5ml的EP管中，加入100μl的洗脱液，室温静置1min,12000rpm离心1min，将收集好的洗脱液(即DNA提取液)进行浓度和纯度测定，-80℃保存存待用。

二、逆转录PCR RT-PCR

采用试剂盒(K1622，RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit，MBI)对RNA进行逆转录，方法详见试剂盒说明。PCR扩增引物为本专利PRCC-MITF融合基因引物组合：ACTA2-E2-F2：gctatgtgtgaagaagaggac(SEQ ID NO.1)；MITF-E3-R4：aagtggtagaaaggtactgct(SEQ ID NO.2)；理论扩增产物长217bp，扩增产物(融合基因)的全部序列如下：gctatgtgtgaagaagaggacagcactgccttggtgtgtgacaatggctctgggctctgtaaggccggctttgctggggacgatgctcccagggctgttttcccatccattgtgggacgtcccagacatcaggtgcagacccacctcgaaaaccccaccaagtaccacatacagcaagcccaacggcagcaggtaaagcagtacctttctaccactt(SEQ ID NO.3)。反应体系包括：0.125μl TaKaRa Ex Taq^TMHS液，2.5μl 10×Taq Buffer(Mg²⁺plus)，2μl dNTP(均购自日本Takara公司)，引物浓度为20μmol/l，cDNA模版为100ng，无菌去离子水加至25μl。PCR扩增条件为94℃变性3min后，94℃30s、60℃30s、72℃1min，共35次循环，最后72℃延伸5min。PCR产物用3％琼脂糖，电压100V，电泳，溴化乙啶染色后于紫外光下观察结果，并送测序。

结果：使用本发明设计的引物PCR后从发现的含ACTA2-MITF融合基因的患者石蜡包埋组织切片上可见单一特异的电泳条带，对扩增产物进行测序，得到ACTA2 exon2-MITFexon3融合基因序列(图2)。

实施例2：DNA探针组合的制备：

选择能够在3号染色体MITF基因端粒侧和10号染色体ACTA2基因着丝粒侧分别连接的2个BAC克隆片段，控制两端探针之间最远距离在1500kb以内，BAC克隆片段之间保持一定距离不重叠，片段大小相近。克隆片段出处为EmpireGenomics公司的人类BAC克隆中心(http://www.empiregenomics.com/helixhq/clonecentral/search/human)。ACTA2着丝粒一侧BAC克隆探针为RP11-28G22(片段长度146.5kb)，MITF端粒一侧BAC克隆探针为RP11-963H1(片段长度196kb)，这些片段为细菌人工染色体(Bacterial artificialchromosome，BAC)克隆，其在人类染色体上的定位已经公开，分别为，RP11-28G22定位于10号染色体90430957-90577498，RP11-963H1定位于3号染色体70151790-70348243。ACTA2基因的定位为10号染色体90694830-90751147。MITF基因的定位为3号染色体69788585-70017488。BAC克隆探针与ACTA2基因的链接顺序为ACTA2，RP11-28G22，10号染色体着丝粒；BAC克隆探针与MITF基因的链接顺序为3号染色体着丝粒，MITF，RP11-963H1。探针组合的定位结构如图1所示。将MITF端粒侧的BAC克隆探针标记成红色荧光，将ACTA2着丝粒侧的BAC克隆探针标记成绿色荧光；两端标记的荧光颜色也可以互换。这些方法为本领域技术人员所熟知(由美国EmpireGenomics公司提供上述这些服务)。ACTA2着丝粒一侧BAC克隆探针在荧光显微镜下为一个绿色荧光信号，代表ACTA2基因着丝粒侧。MITF端粒一侧BAC克隆探针在荧光显微镜下为一个红色荧光信号，代表MITF基因端粒侧。两端标记的荧光颜色可以互换。正常情况下红绿信号分离，在肿瘤存在ACTA2-MITF基因易位时，则观察到融合信号。

进一步，可将制备的探针组合采用荧光原位杂交方法，在ACTA2-MITF易位性PEComa、非ACTA2-MITF易位性PEComa和肿瘤旁正常组织中验证其定位和/或诊断效果是否可靠。

实施例3：荧光原位杂交过程：

通过高通量测序及RT-PCR检测融合基因结果确诊ACTA2-MITF易位性PEComa 1例(图2，与本实验结果相互对应更能体现出本实验的可靠性)，以及由两位经验丰富的病理医生参照WHO 2016泌尿及男性生殖***分类标准，收集***南京总医院诊断肾细胞癌及PEComa共30例作为对照组。

蜡块3μm厚切片，在脱蜡后，依次置于100％、85％、70％乙醇中各2min，随后浸入去离子水中，100℃水浴15min。将组织切片放入胃蛋白酶K溶液(0.1g胃蛋白酶，40ml 0.01MHCL)37℃，15min；2×SSC(氯化钠、柠檬酸钠)漂洗2次，各5min，切片置于0.1mol/L HCl中室温浸泡10min，用2×SSC漂洗2次，各5min；经70％、85％、100％乙醇各脱水2min，于空气中干燥；在组织区域加10μl探针混合液(其中每个探针各1μl，2个探针共2μl，另加8μl的杂交缓冲液，杂交缓冲液在购买探针时由EmpireGenomics公司提供，内含人类Cot1DNA)，加盖玻片，用橡皮胶封边；放入原位杂交仪(GeneAmp In Situ PCR System 1000)中88℃变性6min后37℃过夜(16h)；移去盖玻片，将玻片置于0.4×SSC(氯化钠、柠檬酸钠、0.3％NP-40)溶液中，69℃漂洗1min；2×SSC(氯化钠、柠檬酸钠、0.1％NP-40)溶液中漂洗1min，70％乙醇3min，室温暗处干燥；靶区域滴加10μl 4',6-二脒基-2-苯基吲哚(4',6-diamidino-2-phenylindole DAPI)，用盖玻片封片后，再用荧光显微镜观察结果。

结果判定：

正常细胞可见2个红色信号和2个绿色信号。所有信号均为独立信号(每个细胞都是二倍体，所以正常就是两红两绿)。

发生ACTA2-MITF易位的肿瘤细胞，可见一对红绿融合的异常信号，和红绿各1个野生型信号。

为排除假阳性和假阴性，每个样本计数100个细胞，只有当4个荧光信号均存在时，才纳入计数对象(无论正常和肿瘤我们都会看到4个单信号(两绿和两红)，只不过在正常细胞红绿信号是分离的，看上去是四个单信号组成。在肿瘤中见到一个融合信号和一对红绿分离的单信号，表面上看是3个信号，但实际还是由4个单信号组成的)。红绿荧光信号之间的距离小于一个信号宽度时计为融合信号。当异常信号大于10％时记为阳性。以上结果判断方法依据市面上多数类似的商业化探针所行使的评判标准，如Vysis公司和Dako公司的探针使用方法。

结果：

我们对31例病例进行检测，其中ACTA2-MITF易位性PEComa 1例、TFE3易位性肾癌6例、MALAT1-TFEB易位性肾癌3例、PRCC-MITF易位性肾癌1例、透明细胞癌10例、传统PEComa10例。结果1例ACTA2-MITF易位性PEComa检测出阳性融合信号，其阳性细胞数范围在80％，其余对照组肿瘤组织及癌旁正常肾组织均未检测出融合信号(图3－5给出了ACTA2-MITF易位性PEComa代表性阳性图片、其余肿瘤如透明细胞癌的阴性图片、正常组织的阴性图片)。说明使用该探针检测ACTA2-MITF易位性PEComa的特异性和敏感性同为100％

敏感性＝真阳性/所有MITF易位性肿瘤病人数×100％；

特异性＝真阴性/所有非MITF易位性肾癌肿瘤病人数×100％；

评价：

本组探针使用的克隆片段相对较少，且克隆片段大小相对一致。在设计上即考虑到了经济性又考虑到了原位杂交条件的一致性。此外，在本实验中该荧光原位杂交探针的特异性和敏感性均达到了100％。利用FISH技术，使用ACTA2-MITF双色融合荧光原位杂交探针来诊断ACTA2-MITF易位性PEComa快速、可靠且成功率高，是诊断ACTA2-MITF易位性PEComa的一项新技术，值得推广。

序列表

<110> 中国人民解放军***南京总医院

<120> 一种用于诊断ACTA2-MITF易位性血管周上皮样细胞肿瘤的探针组合及其应用

<160> 3

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 1

gctatgtgtg aagaagagga c 21

<210> 2

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

aagtggtaga aaggtactgc t 21

<210> 3

<211> 217

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

gctatgtgtg aagaagagga cagcactgcc ttggtgtgtg acaatggctc tgggctctgt 60

aaggccggct ttgctgggga cgatgctccc agggctgttt tcccatccat tgtgggacgt 120

cccagacatc aggtgcagac ccacctcgaa aaccccacca agtaccacat acagcaagcc 180

caacggcagc aggtaaagca gtacctttct accactt 217

Claims (8)

1.一种ACTA2-MITF融合基因，其特征在于，所述的融合基因包含SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列。

2.权利要求1所述的ACTA2-MITF融合基因的检测试剂在制备ACTA2-MITF易位性血管周上皮样细胞肿瘤诊断试剂中的应用。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于所述的ACTA2-MITF融合基因的检测试剂为检测ACTA2-MITF融合基因的探针组合。

4.一种用于诊断ACTA2-MITF易位性血管周上皮样细胞肿瘤的探针组合，其特征在于该组合由BAC克隆探针RP11-28G22和BAC克隆探针RP11-963H1组成；所述的ACTA2-MITF易位性血管周上皮样细胞肿瘤其致病基因为ACTA2-MITF融合基因， 包含SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列； BAC克隆探针RP11-28G22定位于人类10号染色体90430957-90577498，BAC克隆探针RP11-963H1定位于人类3号染色体70151790-70348243 。

5.根据权利要求4所述的探针组合，其特征在于BAC克隆探针RP11-28G22定位于ACTA2着丝粒一侧，标记为任意一种颜色的荧光；BAC克隆探针RP11-963H1定位于MITF端粒一侧，标记为与ACTA2着丝粒一侧标记的颜色不同的荧光。

6.根据权利要求5所述的探针组合，其特征在于所述的BAC克隆探针RP11-28G22标记为绿色荧光，所述的BAC克隆探针RP11-963H1标记为红色荧光；标记的荧光颜色可以互换。

7.权利要求4-6中任一项所述的探针组合在制备ACTA2-MITF易位性血管周上皮样细胞肿瘤诊断试剂中的应用。

8.一种ACTA2-MITF易位性血管周上皮样细胞肿瘤诊断试剂盒，其特征在于该试剂盒包含权利要求4-6中任一项所述的探针组合。