CN108823306A - 检测白血病细胞的***和方法 - Google Patents
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Abstract
本申请涉及一种检测白血病细胞的***和方法。所述***包括扩增模块,该扩增模块包含能够特异性扩增靶标基因的试剂,以获得靶标特异性扩增产物。所述***能够快速、准确地评价受试者白血病细胞及其残留的水平。
Description
技术领域
本申请涉及一种用于检测白血病细胞的***和方法。特别地,本申请的***和方法可用于检测白血病细胞的残留,从而为患者提供更有效的预防和/或治疗手段。
背景技术
检测癌细胞残留(MRD,Minimal Residual Disease)对评估治疗的效果和预测癌症复发有非常重要的作用。国际上,以万分之一为界,超过万分之一的癌细胞残留意味着很大的癌症复发几率。提前检测到癌细胞,意味着准确地把握病情,进行更及时的治疗,从而提高患者存活的机率。
目前,检测癌细胞残留的主要手段是采取流式细胞技术,也就是进行细胞水平的检测。细胞水平检测的精度上限仅为万分之一,并且该方法容易受到细胞分化和克隆选择的影响,稳定性不佳。此外,这种方法对接受过骨髓移植的患者无效,适用范围有限。
发明内容
本申请提供了用于检测白血病细胞的***和方法。
一方面,本申请提供了一种用于检测受试者中白血病细胞的***,所述***可包括扩增模块,该扩增模块可包含能够特异性扩增靶标基因的试剂,以获得靶标特异性扩增产物。
在某些实施方式中,所述白血病包括B细胞急性淋巴细胞白血病和/或T细胞急性淋巴细胞白血病。
在某些实施方式中,所述靶标基因包括选自下组的一种或多种基因、其片段或其变体:IgH、IgK、T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B、T细胞受体G和Tal 1。
在某些实施方式中,所述白血病为B细胞急性淋巴细胞白血病,且所述靶标基因包括选自下组的一种或多种基因、其片段或其变体:IgH、IgK、T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B和T细胞受体G。
在某些实施方式中,所述白血病为T细胞急性淋巴细胞白血病,且所述靶标基因包括选自下组的一种或多种基因、其片段或其变体:T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B和T细胞受体G。
在某些实施方式中,所述靶标基因包括IgH基因重排,且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂包括选自下述的一组或多组引物组合:
1)正向引物:VH1/7,反向引物:JH cons;
2)正向引物:VH2,反向引物:JH cons;
3)正向引物:VH3,反向引物:JH cons;
4)正向引物:VH4,反向引物:JH cons;
5)正向引物:VH5,反向引物:JH cons;
6)正向引物:VH6,反向引物:JH cons;
7)正向引物:DH1、DH4、DH5及DH7,反向引物:JH cons;
8)正向引物:DH2,反向引物:JH cons;
9)正向引物:DH3,反向引物:JH cons;和
10)正向引物:DH6,反向引物:JH cons。
在某些实施方式中,所述引物JH cons包含选自下组的序列:SEQ ID NO.19所示、和SEQ ID NO.20所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物VH1/7包含选自下组的序列:SEQ ID NO.1所示、SEQID NO.2所示和SEQ ID NO.3所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物VH2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.4所示、SEQ IDNO.5所示和SEQ ID NO.6所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物VH3包含选自下组的序列:SEQ ID NO.7所示、SEQ IDNO.8所示和SEQ ID NO.9所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物VH4包含选自下组的序列:SEQ ID NO.10所示、SEQID NO.11所示和SEQ ID NO.12所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物VH5包含选自下组的序列:SEQ ID NO.13所示、SEQID NO.14所示和SEQ ID NO.15所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物VH6包含选自下组的序列:SEQ ID NO.16所示、SEQID NO.17所示和SEQ ID NO.18所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物DH1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.21所示和SEQID NO.22所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物DH2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.23所示和SEQID NO.24所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物DH3包含选自下组的序列:SEQ ID NO.25所示和SEQID NO.26所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物DH4包含选自下组的序列:SEQ ID NO.27所示和SEQID NO.28所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物DH5包含选自下组的序列:SEQ ID NO.29所示和SEQID NO.30所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物DH6包含选自下组的序列:SEQ ID NO.31所示和SEQID NO.32所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物DH7包含选自下组的序列:SEQ ID NO.33所示和SEQID NO.34所示的序列。
在某些实施方式中,所述靶标基因包括IgK基因重排,且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂包括选自下述的一组或多组引物组合:
1)正向引物:Vk1,反向引物:Kdel;
2)正向引物:Vk2,反向引物:Kdel;
3)正向引物:Vk3,反向引物:Kdel;和
4)正向引物:Intron RSS,反向引物:Kdel。
在某些实施方式中,所述引物Vk1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.35所示和SEQID NO.36所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Vk2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.37所示和SEQID NO.38所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Vk3包含选自下组的序列:SEQ ID NO.39所示和SEQID NO.40所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Vk4包含选自下组的序列:SEQ ID NO.41所示和SEQID NO.42所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Intron RSS包含选自下组的序列:SEQ ID NO.43所示和SEQ ID NO.44所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Kdel包含选自下组的序列:SEQ ID NO.45所示和SEQID NO.46所示的序列。
在某些实施方式中(例如,当所述白血病为B细胞急性淋巴细胞白血病时),所述靶标基因包括T细胞受体区域的基因重排;所述T细胞受体区域的基因包括选自下组的一个或多个:T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B和T细胞受体G;且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂包括选自下述的一组或多组引物组合:
1)正向引物:Vd2,反向引物:Dd3;
2)正向引物:Dd2,反向引物:Dd3;
3)正向引物:Vd2,反向引物:Ja29;
4)正向引物:Vd2,反向引物:Ja9、Ja29、Ja30、Ja48、Ja49、Ja52、Ja54、Ja55、Ja56、Ja57、Ja58、Ja59和Ja61;
5)正向引物:Vg1,反向引物:Jg1和Jg2;
6)正向引物:Vg2,反向引物:Jg1和Jg2;
7)正向引物:Vg4,反向引物:Jg1和Jg2;
8)TCRB多引物组合A;
9)TCRB多引物组合B;和
10)TCRB多引物组合C。
在某些实施方式中,所述引物Vg1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.47所示和SEQID NO.48所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Vg2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.49所示和SEQID NO.50所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Vg4包含选自下组的序列:SEQ ID NO.53所示和SEQID NO.54所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Jg1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.55所示和SEQID NO.56所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Jg2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.57所示和SEQID NO.58所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Vd2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.61所示和SEQID NO.62所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Dd2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.65所示和SEQID NO.66所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Dd3包含选自下组的序列:SEQ ID NO.67所示和SEQID NO.68所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja9包含SEQ ID NO.71所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja29包含SEQ ID NO.72所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja30包含SEQ ID NO.73所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja48包含SEQ ID NO.74所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja49包含SEQ ID NO.75所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja52包含SEQ ID NO.76所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja54包含SEQ ID NO.77所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja55包含SEQ ID NO.78所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja56包含SEQ ID NO.79所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja57包含SEQ ID NO.80所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja58包含SEQ ID NO.81所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja59包含SEQ ID NO.82所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja61包含SEQ ID NO.83所示的序列。
在某些实施方式中,所述多引物组合A包含选自下组的一个或多个序列:SEQ IDNO.86所示、SEQ ID NO.87所示、SEQ ID NO.88所示、SEQ ID NO.89所示、SEQ ID NO.90所示、SEQ ID NO.91所示、SEQ ID NO.92所示、SEQ ID NO.93所示、SEQ ID NO.94所示、SEQ IDNO.95所示、SEQ ID NO.96所示、SEQ ID NO.97所示、SEQ ID NO.98所示、SEQ ID NO.99所示、SEQ ID NO.100所示、SEQ ID NO.101所示、SEQ ID NO.102所示、SEQ ID NO.103所示、SEQ ID NO.104所示、SEQ ID NO.105所示、SEQ ID NO.106所示、SEQ ID NO.107所示、SEQID NO.108所示、SEQ ID NO.111所示、SEQ ID NO.112所示、SEQ ID NO.113所示、SEQ IDNO.114所示、SEQ ID NO.115所示、SEQ ID NO.116所示、SEQ ID NO.118、SEQ ID NO.122所示和SEQ ID NO.123所示的序列。
在某些实施方式中,所述多引物组合B包含选自下组的一个或多个序列:SEQ IDNO.86所示、SEQ ID NO.87所示、SEQ ID NO.88所示、SEQ ID NO.89所示、SEQ ID NO.90所示、SEQ ID NO.91所示、SEQ ID NO.92所示、SEQ ID NO.93所示、SEQ ID NO.94所示、SEQ IDNO.95所示、SEQ ID NO.96所示、SEQ ID NO.97所示、SEQ ID NO.98所示、SEQ ID NO.99所示、SEQ ID NO.100所示、SEQ ID NO.101所示、SEQ ID NO.102所示、SEQ ID NO.103所示、SEQ ID NO.104所示、SEQ ID NO.105所示、SEQ ID NO.106所示、SEQ ID NO.107所示、SEQID NO.108所示、SEQ ID NO.117所示、SEQ ID NO.119所示、SEQ ID NO.120所示和SEQ IDNO.121所示的序列。
在某些实施方式中,所述多引物组合C包含选自下组的一个或多个序列:SEQ IDNO.109所示、SEQ ID NO.110所示、SEQ ID NO.111所示、SEQ ID NO.112所示、SEQ IDNO.113所示、SEQ ID NO.114所示、SEQ ID NO.115所示、SEQ ID NO.116所示、SEQ IDNO.117所示、SEQ ID NO.118所示、SEQ ID NO.119所示、SEQ ID NO.120所示、SEQ IDNO.121所示、SEQ ID NO.122所示和SEQ ID NO.123所示的序列。
在某些实施方式中(例如,当所述白血病为T细胞急性淋巴细胞白血病时),所述靶标基因包括T细胞受体区域的基因重排;所述T细胞受体区域的基因包括选自下组的一个或多个:T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B和T细胞受体G;且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂包括选自下述的一组或多组引物组合:
1)正向引物:Vd1,反向引物:Jd1;
2)正向引物:Vd2,反向引物:Jd1;
3)正向引物:Vd3,反向引物:Jd1;
4)正向引物:Vd2,反向引物:Dd3;
5)正向引物:Dd2,反向引物:Dd3;
6)正向引物:Dd2,反向引物:Jd1;
7)正向引物:Vd2,反向引物:Ja29;
8)正向引物:Vd2,反向引物:Ja9、Ja29、Ja30、Ja48、Ja49、Ja52、Ja54、Ja55、Ja56、Ja57、Ja58、Ja59和Ja61;
9)正向引物:Vg1,反向引物:Jg1和Jg2;
10)正向引物:Vg2,反向引物:Jg1和Jg2;
11)正向引物:Vg3,反向引物:Jg1和Jg2;
12)正向引物:Vg4,反向引物:Jg1和Jg2;
13)正向引物:Sildb,反向引物:Taldb1;
14)TCRB多引物组合A;
15)TCRB多引物组合B;和
16)TCRB多引物组合C。
在某些实施方式中,所述引物Vg3包含选自下组的序列:SEQ ID NO.51所示和SEQID NO.52所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Vd3包含选自下组的序列:SEQ ID NO.63所示和SEQID NO.64所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Vg1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.47所示和SEQID NO.48所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Vg2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.49所示和SEQID NO.50所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Vg4包含选自下组的序列:SEQ ID NO.53所示和SEQID NO.54所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Jg1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.55所示和SEQID NO.56所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Jg2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.57所示和SEQID NO.58所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Vd2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.61所示和SEQID NO.62所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Dd2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.65所示和SEQID NO.66所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Dd3包含选自下组的序列:SEQ ID NO.67所示和SEQID NO.68所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja9包含选自下组的序列:SEQ ID NO.71所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja29包含选自下组的序列:SEQ ID NO.72所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja30包含选自下组的序列:SEQ ID NO.73所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja48包含选自下组的序列:SEQ ID NO.74所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja49包含选自下组的序列:SEQ ID NO.75所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja52包含选自下组的序列:SEQ ID NO.76所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja54包含选自下组的序列:SEQ ID NO.77所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja55包含选自下组的序列:SEQ ID NO.78所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja56包含选自下组的序列:SEQ ID NO.79所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja57包含选自下组的序列:SEQ ID NO.80所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja58包含选自下组的序列:SEQ ID NO.81所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja59包含选自下组的序列:SEQ ID NO.82所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Ja61包含选自下组的序列:SEQ ID NO.83所示的序列。
在某些实施方式中,所述多引物组合A包含选自下组的一个或多个序列:SEQ IDNO.86所示、SEQ ID NO.87所示、SEQ ID NO.88所示、SEQ ID NO.89所示、SEQ ID NO.90所示、SEQ ID NO.91所示、SEQ ID NO.92所示、SEQ ID NO.93所示、SEQ ID NO.94所示、SEQ IDNO.95所示、SEQ ID NO.96所示、SEQ ID NO.97所示、SEQ ID NO.98所示、SEQ ID NO.99所示、SEQ ID NO.100所示、SEQ ID NO.101所示、SEQ ID NO.102所示、SEQ ID NO.103所示、SEQ ID NO.104所示、SEQ ID NO.105所示、SEQ ID NO.106所示、SEQ ID NO.107所示、SEQID NO.108所示、SEQ ID NO.111所示、SEQ ID NO.112所示、SEQ ID NO.113所示、SEQ IDNO.114所示、SEQ ID NO.115所示、SEQ ID NO.116所示、SEQ ID NO.118所示、SEQ IDNO.122所示和SEQ ID NO.123所示的序列。
在某些实施方式中,所述多引物组合B包含选自下组的一个或多个序列:SEQ IDNO.86所示、SEQ ID NO.87所示、SEQ ID NO.88所示、SEQ ID NO.89所示、SEQ ID NO.90所示、SEQ ID NO.91所示、SEQ ID NO.92所示、SEQ ID NO.93所示、SEQ ID NO.94所示、SEQ IDNO.95所示、SEQ ID NO.96所示、SEQ ID NO.97所示、SEQ ID NO.98所示、SEQ ID NO.99所示、SEQ ID NO.100所示、SEQ ID NO.101所示、SEQ ID NO.102所示、SEQ ID NO.103所示、SEQ ID NO.104所示、SEQ ID NO.105所示、SEQ ID NO.106所示、SEQ ID NO.107所示、SEQID NO.108所示、SEQ ID NO.117所示、SEQ ID NO.119所示、SEQ ID NO.120所示和SEQ IDNO.121所示的序列。
在某些实施方式中,所述多引物组合C包含选自下组的一个或多个序列:
SEQ ID NO.109所示、SEQ ID NO.110所示、SEQ ID NO.111所示、SEQ ID NO.112所示、SEQ ID NO.113所示、SEQ ID NO.114所示、SEQ ID NO.115所示、SEQ ID NO.116所示、SEQ ID NO.117所示、SEQ ID NO.118所示、SEQ ID NO.119所示、SEQ ID NO.120所示、SEQID NO.121所示、SEQ ID NO.122所示和SEQ ID NO.123所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Vd1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.59所示和SEQID NO.60所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Jd1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.69所示和SEQID NO.70所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Sildb包含选自下组的序列:SEQ ID NO.84所示的序列。
在某些实施方式中,所述引物Taldb1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.85所示的序列。
在某些实施方式中,所述白血病为B细胞急性淋巴细胞白血病。
在某些实施方式中,所述白血病为T细胞急性淋巴细胞白血病。
在某些实施方式中,所述***还包括鉴定模块,该鉴定模块包含用于鉴别所述靶标特异性扩增产物的试剂和装置,从而鉴别出所述靶标特异性扩增产物中源自所述受试者的白血病细胞的特征性扩增产物。
在某些实施方式中,所述鉴定模块包含对所述靶标特异性扩增产物进行凝胶电泳分离所需的试剂和装置。
在某些实施方式中,所述***还包括分析模块,该分析模块包含用于分析所述特征性扩增产物的试剂和装置,从而获得特异于所述受试者的白血病细胞的特征性基因序列。
在某些实施方式中,所述分析模块包含对所述特征性扩增产物进行核酸测序及序列分析所需的试剂和装置。
在某些实施方式中,所述分析模块包括鉴定所述特征性扩增产物的核酸序列中保守性核酸序列及受试者特异性核酸序列所需的试剂和装置,从而获得特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列。
在某些实施方式中,所述***还包括识别模块,该识别模块包含能够特异性识别和/或扩增所述受试者的所述特征性基因序列的试剂和装置,从而判断所述受试者中残留白血病细胞的存在和/或比例。
在某些实施方式中,所述识别模块包含特异性扩增特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列的试剂或装置。
在某些实施方式中,所述识别模块还包含与非特征性基因序列结合的探针以及能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置。
在某些实施方式中,所述非特征性基因序列包括源自下组中的一种或多种基因的核酸序列:IgH、IgK、T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B、T细胞受体G和Tal 1。
在某些实施方式中,所述非特征性基因序列包括源自IgH的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置包含选自下组的序列:SEQ ID NO.124所示、SEQ IDNO.125所示、SEQ ID NO.126所示、SEQ ID NO.127所示、SEQ ID NO.128所示、SEQ IDNO.129所示、SEQ ID NO.130所示和SEQ ID NO.131所示的序列。
在某些实施方式中,所述非特征性基因序列包括源自IgH的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针包含选自下组的序列:SEQ ID NO.173所示、SEQ ID NO.174所示、SEQ ID NO.175所示、SEQ ID NO.176所示、SEQ ID NO.177所示、SEQ ID NO.178所示、SEQ ID NO.179所示和SEQ ID NO.180所示的序列。
在某些实施方式中,所述非特征性基因序列包括源自IgK的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置包含选自下组的序列:SEQ ID NO.132所示、SEQ IDNO.133所示、SEQ ID NO.134所示、SEQ ID NO.135所示、SEQ ID NO.136所示、SEQ IDNO.137所示、SEQ ID NO.138所示、SEQ ID NO.139所示、SEQ ID NO.140所示和SEQ IDNO.141所示的序列。
在某些实施方式中,所述非特征性基因序列包括源自IgK的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针包含选自下组的序列:SEQ ID NO.181所示、SEQ ID NO.182所示、SEQ ID NO.183所示、SEQ ID NO.184所示、SEQ ID NO.185所示、SEQ ID NO.186所示、SEQ ID NO.187所示、SEQ ID NO.188所示、SEQ ID NO.189所示和SEQ ID NO.190所示的序列。
在某些实施方式中,所述非特征性基因序列包括源自T细胞受体G的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置包含选自下组的序列:SEQ ID NO.142所示、SEQ ID NO.143所示、SEQ ID NO.144所示、SEQ ID NO.145所示、SEQ ID NO.146所示、SEQID NO.147所示、SEQ ID NO.148所示、SEQ ID NO.149所示、SEQ ID NO.150所示和SEQ IDNO.151所示的序列。
在某些实施方式中,所述非特征性基因序列包括源自T细胞受体G的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针包含选自下组的序列:SEQ ID NO.191所示、SEQ IDNO.192所示、SEQ ID NO.193所示、SEQ ID NO.194所示、SEQ ID NO.195所示、SEQ IDNO.196所示、SEQ ID NO.197所示、SEQ ID NO.198所示、SEQ ID NO.199所示和SEQ IDNO.200所示的序列。
在某些实施方式中,所述非特征性基因序列包括源自T细胞受体D和/或T细胞受体A的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置包含选自下组的序列:SEQID NO.152所示、SEQ ID NO.153所示、SEQ ID NO.154所示、SEQ ID NO.155所示、SEQ IDNO.156所示和SEQ ID NO.157所示的序列。
在某些实施方式中,所述非特征性基因序列包括源自T细胞受体D和/或T细胞受体A的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针包含选自下组的序列:SEQ IDNO.201所示、SEQ ID NO.202所示、SEQ ID NO.203所示、SEQ ID NO.204所示、SEQ IDNO.205所示和SEQ ID NO.206所示的序列。
在某些实施方式中,所述非特征性基因序列包括源自T细胞受体B的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置包含选自下组的序列:SEQ ID NO.158所示、SEQ ID NO.159所示、SEQ ID NO.160所示、SEQ ID NO.161所示、SEQ ID NO.162所示、SEQID NO.163所示、SEQ ID NO.164所示、SEQ ID NO.165所示、SEQ ID NO.166所示、SEQ IDNO.167所示、SEQ ID NO.168所示、SEQ ID NO.169所示和SEQ ID NO.170所示的序列。
在某些实施方式中,所述非特征性基因序列包括源自T细胞受体B的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针包含选自下组的序列:SEQ ID NO.207所示、SEQ IDNO.208所示、SEQ ID NO.209所示、SEQ ID NO.210所示、SEQ ID NO.211所示、SEQ IDNO.212所示、SEQ ID NO.213所示、SEQ ID NO.214所示、SEQ ID NO.215所示、SEQ IDNO.216所示、SEQ ID NO.217所示、SEQ ID NO.218所示和SEQ ID NO.219所示的序列。
在某些实施方式中,所述非特征性基因序列包括源自Tal 1的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置包含选自下组的序列:SEQ ID NO.171所示和SEQID NO.172所示的序列。
在某些实施方式中,所述非特征性基因序列包括源自Tal 1的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针包含选自下组的序列:SEQ ID NO.220所示和SEQ ID NO.221所示的序列。
本领域技术人员能够从下文的详细描述中容易地洞察到本公开的其它方面和优势。下文的详细描述中仅显示和描述了本公开的示例性实施方式。如本领域技术人员将认识到的,本公开的内容使得本领域技术人员能够对所公开的具体实施方式进行改动而不脱离本申请所涉及发明的精神和范围。相应地,本申请的附图和说明书中的描述仅仅是示例性的,而非为限制性的。
附图说明
本申请所涉及的发明的具体特征如所附权利要求书所显示。通过参考下文中详细描述的示例性实施方式和附图能够更好地理解本申请所涉及发明的特点和优势。对附图简要说明书如下:
图1是检测受试者白血病细胞残留的示意图。
图2是显示受试者的白血病细胞中特异性基因表达的结果示意图。
图3是显示检测受试者白血病细胞中患者特异性DNA序列的结果示意图。
图4是通过qPCR反应检测受试者白血病细胞的结果示意图。
具体实施方式
以下由特定的具体实施例说明本申请发明的实施方式,熟悉此技术的人士可由本说明书所公开的内容容易地了解本申请发明的其他优点及效果。
在本申请中,术语“白血病”或“Leukemia”通常指因白血病细胞大量增殖、累积所引起的疾病,通常起始于骨髓中。
在本申请中,术语“急性淋巴细胞性白血病”(也称为acute lymphoblasticleukemia,或简称为ALL)通常指由体内淋巴细胞异常增殖引起的急性血液恶性肿瘤。
在本申请中,术语“B细胞急性淋巴细胞白血病”(B-ALL)通常指血液和/或骨髓中含有过多的B细胞淋巴母细胞(未成熟的白血球)而引起的一种急性淋巴细胞白血病。
在本申请中,术语“T细胞急性淋巴细胞白血病”(T-ALL)通常指血液和/或骨髓和/或组织(例如,纵膈***)中含有过多的T细胞淋巴母细胞(未成熟的白血球)而引起的一种急性淋巴细胞白血病。
在本申请中,术语“患者”通常指具有某种疾病表征的个体,所述疾病表征可以指疾病的症状,也可以指在预防性情况中不能被改变的有害的生理状态。所述个体可包括雄性和/或雌性,通常包含人或非人动物,包括但不限于人、狗、猫、马、绵羊、山羊、猪、牛、兔、大鼠、小鼠、猴等。在某些实施方式中,所述患者为人类患者。
在本申请中,术语“白血病细胞”通常是指造血干细胞病态分化产生的不成熟的白细胞。例如,白血病细胞通常没有正常细胞的功能,还可以有很强的增殖能力。
在本申请中,术语“约”通常是指在指定数值以上或以下0.5%-10%的范围内变动,例如在指定数值以上或以下0.5%、1%、1.5%、2%、2.5%、3%、3.5%、4%、4.5%、5%、5.5%、6%、6.5%、7%、7.5%、8%、8.5%、9%、9.5%、或10%的范围内变动。
在本申请中,术语“骨髓样本”通常指来自于受试者骨髓组织的样本。
在本申请中,术语“复发”通常指患者的疾病表征被消除或减轻后,疾病表征再度出现或加重的现象。
在本申请中,术语“T细胞受体”(T cell receptor,TCR)通常指在T细胞表面表达的特异性受体。T细胞受体可负责识别由主要组织相容性复合体(MHC)所呈递的抗原。同一抗原可能被不同的T细胞受体所识别,某一T细胞受体也可识别许多种抗原。T细胞受体可与CD3分子呈复合物形式存在于T细胞表面。T细胞受体可以为异二聚体,例如由α和β肽链组成,或者由γ和δ肽链组成。
在本申请中,术语“引物”通常指一小段单链DNA或RNA,其在核酸聚合反应中(例如,PCR反应中),可作为多核苷酸链进行延伸的出发点。其中,“反向引物”通常指与编码链(coding strand)结合(例如,与编码链的核苷酸序列互补)的引物。
在本申请中,术语“编码链”通常指双链DNA中,不用于进行转录的那一条DNA链,该链的核苷酸序列与转录生成的RNA的序列一致(在RNA中是以U取代了DNA中的T),又称有义链(sense strand)。
在本申请中,术语“模板链”通常指双链DNA中,用于进行转录的那一条DNA链,又称反义链(anti-sense strand)。
在本申请中,术语“正向引物”通常指与模板链结合的引物。
在本申请中,术语“基因重排”通常指通过基因编码序列的重新排列而改变基因表达产物和/或基因转录方式。基因重排可通过DNA分子的断裂及重新连接而实现。例如,组成T细胞受体的多肽链可包括α、β、γ和/或δ肽链,编码这些多肽链的T细胞受体基因可通过基因重排(V-D-J)而使T细胞受体产生多样性和/或特异性。
在本申请中,术语“IgH基因重排”通常指在编码免疫球蛋白重链的基因(IgH)中发生的基因重排(例如,VH-JH和DH-JH基因重排)。
在本申请中,术语“IgK基因重排”通常指在编码免疫球蛋白κ轻链的基因(IgK)中发生的基因重排(例如,Vκ–Jκ基因重排,或Kde缺失)。
在本申请中,术语“T细胞受体B基因重排”通常指在编码T细胞受体β亚基的基因(TCRB)中发生的基因重排(例如,Vβ–Jβ和Dβ-Jβ基因重排)。
在本申请中,术语“保守性核酸序列”通常指具有高度相似性或同一性的核酸序列(如RNA或DNA序列),其可以基于各物种间(种间同源序列)或由相同生物产生的不同分子(种内同源序列)间的序列比对结果。
在本申请中,术语“受试者特异性核酸序列”通常指具有独特的碱基排列顺序的、来源于特定受试者的核酸序列。例如,其可用于唯一地识别该受试者,或可用于将源自该受试者(或其组织、部分、细胞(如白血病细胞)等)的序列与其它来源(例如,源自其它受试者)的序列区别开。
在本申请中,术语“非特征性基因序列”通常指广泛地存在于众多受试者中,不与特定受试者来源有明显关联的基因序列。
在本申请中,术语“PCR”通常指聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction),其可用于扩增特定的DNA片段。例如,在PCR反应中,可将拟扩增的DNA目的片段作为模板,以一对分别与该模板5'末端和3'末端互补的寡核苷酸片段为引物,在耐热DNA聚合酶的作用下,按照半保留复制的机制沿着模板链延伸直至完成新的目的片段合成。可通过重复这一过程而使目的片段得以大量扩增。
在本申请中,术语“qPCR”通常指定量聚合酶链式反应,其通过定量核酸扩增检测对目的核酸分子的数量进行精确分析。
在本申请中,术语“测序”通常指用于测定目标分子(例如,核酸分子)的序列组成的技术,可用于确定目的核酸分子的具体核苷酸序列。目前用于测序的技术主要有Sanger等(1977)发明的双脱氧链末端终止法、Maxam等(1977)发明的化学降解法和Taq cycle测序法等。
在本申请中,引物“VH1/7”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因V区的1/7号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为VH1/7外显子。
在本申请中,引物“JH cons”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因J区共有(concensus)序列部分的引物。例如,该引物靶向的基因区域为JH concensus。
在本申请中,引物“VH2”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因V区的2号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为VH2外显子。
在本申请中,引物“VH3”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因V区的3号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为VH3外显子。
在本申请中,引物“VH4”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因V区的4号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为VH4外显子。
在本申请中,引物“VH5”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因V区的5号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为VH5外显子。
在本申请中,引物“VH6”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因V区的6号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为VH6外显子。
在本申请中,引物“DH1”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因D区的1号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为DH1外显子。
在本申请中,引物“DH2”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因D区的2号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为DH2外显子。
在本申请中,引物“DH3”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因D区的3号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为DH3外显子。
在本申请中,引物“DH4”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因D区的4号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为DH4外显子。
在本申请中,引物“DH5”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因D区的5号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为DH5外显子。
在本申请中,引物“DH6”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因D区的6号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为DH6外显子。
在本申请中,引物“DH7”通常指特异性结合和/或扩增IgH基因D区的7号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为DH7外显子。
在本申请中,引物“Vk1”通常指特异性结合和/或扩增IgK基因V区的1号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vk1外显子。
在本申请中,引物“Vk2”通常指特异性结合和/或扩增IgK基因V区的2号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vk2外显子。
在本申请中,引物“Vk3”通常指特异性结合和/或扩增IgK基因V区的3号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vk3外显子。
在本申请中,引物“Kdel”通常指特异性结合和/或扩增IgK基因的kappa缺失元件(kappa deleting element)的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Kdel区域。
在本申请中,引物“Intron RSS”通常指特异性结合和/或扩增IgK基因的内含子重组信号序列(intron recombination signal sequence)的引物。例如,该引物靶向的基因区域为IgK的Intron RSS区域。
在本申请中,引物“Vd2”通常指特异性结合和/或扩增TCR Delta(TCRδ)基因V区的2号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vδ2(Vd2)外显子。
在本申请中,引物“Dd3”通常指特异性结合和/或扩增TCRδ基因D区的3号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Dδ3(Dd3)外显子。
在本申请中,引物“Dd2”通常指特异性结合和/或扩增TCRδ基因D区的2号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Dδ2(Dd2)外显子。
在本申请中,引物“Ja29”通常指特异性结合和/或扩增TCR Alpha(TCRα)基因J区的29号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jα29(Ja29)外显子。
在本申请中,引物“Ja9”通常指特异性结合和/或扩增TCRα基因J区的9号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jα9(Ja9)外显子。
在本申请中,引物“Ja30”通常指特异性结合和/或扩增TCRα基因J区的30号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jα30(Ja30)外显子。
在本申请中,引物“Ja48”通常指特异性结合和/或扩增TCRα基因J区的48号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jα48(Ja48)外显子。
在本申请中,引物“Ja49”通常指特异性结合和/或扩增TCRα基因J区的49号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jα49(Ja49)外显子。
在本申请中,引物“Ja52”通常指特异性结合和/或扩增TCRα基因J区的52号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jα52(Ja52)外显子。
在本申请中,引物“Ja54”通常指特异性结合和/或扩增TCRα基因J区的54号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jα54(Ja54)外显子。
在本申请中,引物“Ja55”通常指特异性结合和/或扩增TCRα基因J区的55号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jα55(Ja55)外显子。
在本申请中,引物“Ja56”通常指特异性结合和/或扩增TCRα基因J区的56号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jα56(Ja56)外显子。
在本申请中,引物“Ja57”通常指特异性结合和/或扩增TCRα基因J区的57号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jα57(Ja57)外显子。
在本申请中,引物“Ja58”通常指特异性结合和/或扩增TCRα基因J区的58号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jα58(Ja58)外显子。
在本申请中,引物“Ja59”通常指特异性结合和/或扩增TCRα基因J区的59号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jα59(Ja59)外显子。
在本申请中,引物“Ja61”通常指特异性结合和/或扩增TCRα基因J区的61号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jα61(Ja61)外显子。
在本申请中,引物“Vg1”通常指特异性结合和/或扩增TCR Gamma(TCRG)基因V区的1号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vg1外显子。
在本申请中,引物“Vg2”通常指特异性结合和/或扩增TCR Gamma(TCRG)基因V区的2号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vg2外显子。
在本申请中,引物“Vg4”通常指特异性结合和/或扩增TCR Gamma(TCRG)基因V区的4号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vg4外显子。
在本申请中,引物“Jg1”通常指特异性结合和/或扩增TCR Gamma(TCRG)基因J区的1号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jg1外显子。
在本申请中,引物“Jg2”通常指特异性结合和/或扩增TCR Gamma(TCRG)基因J区的2号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jg2外显子。
在本申请中,引物“Vd1”通常指特异性结合和/或扩增TCR Delta(TCRδ)基因V区的1号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vδ1(Vd1)外显子。
在本申请中,引物“Jd1”通常指特异性结合和/或扩增TCR Delta(TCRδ)基因J区的1号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jδ1(Jd1)外显子。
在本申请中,引物“Vd3”通常指特异性结合和/或扩增TCR Delta(TCRδ)基因V区的3号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vδ3(Vd3)外显子。
在本申请中,引物“Vg3”通常指特异性结合和/或扩增TCR Gamma(TCRG)基因V区的3号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vg3外显子。
在本申请中,引物“Sildb”通常指特异性结合和/或扩增sil基因中断裂位点(breakpoint)的引物。例如,该引物靶向的基因区域为sil断裂位点。
在本申请中,引物“Taldb1”通常指特异性结合和/或扩增tal-1基因中断裂位点1(breakpoint1)的引物。例如,该引物靶向的基因区域为tal-1断裂位点1。
在本申请中,引物“Vb2”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的2号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ2(Vb2)外显子。
在本申请中,引物“Vb4”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的4号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ4(Vb4)外显子。
在本申请中,引物“Vb5/1”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的5/1号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ5/1(Vb5/1)外显子。
在本申请中,引物“Vb6a/11”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的6a/11号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ6a/11(Vb6a/11)外显子。
在本申请中,引物“Vb6b/25”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的6b/25号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ6b/25(Vb6b/25)外显子。
在本申请中,引物“Vb6c”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的6c号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ6c(Vb6c)外显子。
在本申请中,引物“Vb7”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的7号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ7(Vb7)外显子。
在本申请中,引物“Vb8a”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的8a号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ8a(Vb8a)外显子。
在本申请中,引物“Vb9”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的9号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ9(Vb9)外显子。
在本申请中,引物“Vb10”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的10号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ10(Vb10)外显子。
在本申请中,引物“Vb11”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的11号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ11(Vb11)外显子。
在本申请中,引物“Vb12a/3/13a/15”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的12a/3/13a/15号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ12a/3/13a/15(Vb12a/3/13a/15)外显子。
在本申请中,引物“Vb13b”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的13b号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ13b(Vb13b)外显子。
在本申请中,引物“Vb13c/12b/14”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的13c/12b/14号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ13c/12b/14(Vb13c/12b/14)外显子。
在本申请中,引物“Vb16”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的16号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ16(Vb16)外显子。
在本申请中,引物“Vb17”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的17号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ17(Vb17)外显子。
在本申请中,引物“Vb18”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的18号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ18(Vb18)外显子。
在本申请中,引物“Vb19”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的19号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ19(Vb19)外显子。
在本申请中,引物“Vb20”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的20号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ20(Vb20)外显子。
在本申请中,引物“Vb21”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的21号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ21(Vb21)外显子。
在本申请中,引物“Vb22”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的22号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ22(Vb22)外显子。
在本申请中,引物“Vb23/8b”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的23/8b号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ23/8b(Vb23/8b)外显子。
在本申请中,引物“Vb24”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因V区的24号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Vβ24(Vb24)外显子。
在本申请中,引物“Db1”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因D区的1号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Dβ1(Db1)外显子。
在本申请中,引物“Db2”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因D区的2号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Dβ2(Db2)外显子。
在本申请中,引物“Jb1”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因J区的1号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jβ1(Jb1)外显子。
在本申请中,引物“Jb2”通常指特异性结合和/或扩增TCR Beta(TCRβ)基因J区的2号外显子的引物。例如,该引物靶向的基因区域为Jβ2(Jb2)外显子。
在一个方面,本申请提供了用于检测受试者中白血病细胞的方法。该方法可包括特异性扩增靶标基因,从而获得靶标特异性扩增产物的步骤。例如,可利用具有特定核苷酸序列的扩增引物,通过PCR扩增靶标基因(如IgH、IgK、T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B、T细胞受体G和Tal 1等),从而获得患有白血病的受试者的靶标特异性扩增产物。
本申请的方法还可包括鉴别该靶标特异性扩增产物中源自受试者的白血病细胞的特征性扩增产物的步骤。例如,可采用能够鉴别标靶特异性扩增产物的试剂和装置,如凝胶电泳分离的试剂和装置,从靶标特异性扩增产物中鉴别出源自受试者的白血病细胞的特征性扩增产物。
本申请的方法还可包括获得该源自受试者的白血病细胞的特征性扩增产物的基因序列的步骤。例如,可通过采用分析特征性扩增产物的试剂和装置,如进行核酸测序及序列分析所需的试剂和装置,鉴定出源自受试者的白血病细胞的特征性扩增产物中的具体核苷酸序列(例如,可包括保守性核酸序列和受试者特异性核酸序列)。
此外,本申请的方法还可包括通过特异性识别和/或扩增源自受试者白血病细胞的特征性基因序列,判断受试者体内残留白血病细胞的存在和/或比例的步骤。例如,可利用具有特定核苷酸序列的引物(例如,该引物特异性扩增源自受试者白血病细胞的特征性基因序列)以及与非特征性基因序列结合的探针,准确定量地扩增(例如,通过qPCR)特异于受试者白血病细胞的特征性基因序列,从而确认受试者体内是否存在残留的白血病细胞,并还可进一步获得残留白血病细胞的比例。
在另一个方面,本申请提供了用于检测受试者中白血病细胞的***。所述***可包括扩增模块,该扩增模块可包含能够特异性扩增靶标基因的试剂,以获得靶标特异性扩增产物。
例如,所述扩增步骤或扩增模块能够有效地产生(例如,以在完全理想的条件下进行反应获得的扩增产物的量为100%计,获得至少75%,至少80%,至少81%,至少82%,至少83%,至少84%,至少85%,至少86%,至少87%,至少88%,至少89%,至少90%,至少91%,至少92%,至少93%,至少94%,至少95%或更多)所述靶标特异性的扩增产物。
在本申请的方法和***中,所述白血病可包括B细胞急性淋巴细胞白血病和/或T细胞急性淋巴细胞白血病。
在本申请的方法和***中,所述靶标基因可包括IgH、IgK、T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B、T细胞受体G和Tal 1中的一种或多种,或者它们的片段或突变体。
在本申请的方法和***中,所述扩增步骤或扩增模块中可采用PCR反应来获得靶标特异性扩增产物。
在本申请的方法和***中,所述扩增步骤或扩增模块中可使用或包括能够特异性扩增靶标基因的试剂。所述试剂可包含具有特定核苷酸序列的一组或多组引物组合。
在本申请的方法和***中,所述靶标基因可包括IgH基因重排,且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂可包括选自下述的一组或多组引物组合:1)正向引物:VH1/7,反向引物:JH cons;2)正向引物:VH2,反向引物:JH cons;3)正向引物:VH3,反向引物:JH cons;4)正向引物:VH4,反向引物:JH cons;5)正向引物:VH5,反向引物:JH cons;6)正向引物:VH6,反向引物:JH cons;7)正向引物:DH1、DH4、DH5及DH7,反向引物:JH cons;8)正向引物:DH2,反向引物:JH cons;9)正向引物:DH3,反向引物:JH cons;和10)正向引物:DH6,反向引物:JH cons。
所述引物JH cons可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.19所示、和SEQ ID NO.20所示的序列。
所述引物VH1/7可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.1所示、SEQ ID NO.2所示和SEQ ID NO.3所示的序列。
所述引物VH2可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.4所示、SEQ ID NO.5所示和SEQID NO.6所示的序列。
所述引物VH3可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.7所示、SEQ ID NO.8所示和SEQID NO.9所示的序列。
所述引物VH4可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.10所示、SEQ ID NO.11所示和SEQ ID NO.12所示的序列。
所述引物VH5可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.13所示、SEQ ID NO.14所示和SEQ ID NO.15所示的序列。
所述引物VH6可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.16所示、SEQ ID NO.17所示和SEQ ID NO.18所示的序列。
所述引物DH1可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.21所示和SEQ ID NO.22所示的序列。
所述引物DH2可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.23所示和SEQ ID NO.24所示的序列。
所述引物DH3可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.25所示和SEQ ID NO.26所示的序列。
所述引物DH4可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.27所示和SEQ ID NO.28所示的序列。
所述引物DH5可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.29所示和SEQ ID NO.30所示的序列。
所述引物DH6可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.31所示和SEQ ID NO.32所示的序列。
所述引物DH7可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.33所示和SEQ ID NO.34所示的序列。
在本申请的方法和***中,所述靶标基因可包括IgK基因重排,且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂可包括选自下述的一组或多组引物组合:1)正向引物:Vk1,反向引物:Kdel;2)正向引物:Vk2,反向引物:Kdel;3)正向引物:Vk3,反向引物:Kdel;和4)正向引物:Intron RSS,反向引物:Kdel。
所述引物Vk1可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.35所示和SEQ ID NO.36所示的序列。
所述引物Vk2可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.37所示和SEQ ID NO.38所示的序列。
所述引物Vk3可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.39所示和SEQ ID NO.40所示的序列。
所述引物Vk4可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.41所示和SEQ ID NO.42所示的序列。
所述引物Intron RSS可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.43所示和SEQ ID NO.44所示的序列。
所述引物Kdel可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.45所示和SEQ ID NO.46所示的序列。
在本申请的方法和***中,所述靶标基因可包括T细胞受体区域的基因重排;所述T细胞受体区域的基因包括选自下组的一个或多个:T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B和T细胞受体G;且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂可包括选自下述的一组或多组引物组合:1)正向引物:Vd2,反向引物:Dd3;2)正向引物:Dd2,反向引物:Dd3;3)正向引物:Vd2,反向引物:Ja29;4)正向引物:Vd2,反向引物:Ja9、Ja29、Ja30、Ja48、Ja49、Ja52、Ja54、Ja55、Ja56、Ja57、Ja58、Ja59和Ja61;5)正向引物:Vg1,反向引物:Jg1和Jg2;6)正向引物:Vg2,反向引物:Jg1和Jg2;7)正向引物:Vg4,反向引物:Jg1和Jg2;8)TCRB多引物组合A;9)TCRB多引物组合B;和10)TCRB多引物组合C。
所述引物Vg1可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.47所示和SEQ ID NO.48所示的序列。
所述引物Vg2可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.49所示和SEQ ID NO.50所示的序列。
所述引物Vg4可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.53所示和SEQ ID NO.54所示的序列。
所述引物Jg1可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.55所示和SEQ ID NO.56所示的序列。
所述引物Jg2可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.57所示和SEQ ID NO.58所示的序列。
所述引物Vd2可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.61所示和SEQ ID NO.62所示的序列。
所述引物Dd2可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.65所示和SEQ ID NO.66所示的序列。
所述引物Dd3可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.67所示和SEQ ID NO.68所示的序列。
所述引物Ja9可包含SEQ ID NO.71所示的序列。
所述引物Ja29可包含SEQ ID NO.72所示的序列。
所述引物Ja30可包含SEQ ID NO.73所示的序列。
所述引物Ja48可包含SEQ ID NO.74所示的序列。
所述引物Ja49可包含SEQ ID NO.75所示的序列。
所述引物Ja52可包含SEQ ID NO.76所示的序列。
所述引物Ja54可包含SEQ ID NO.77所示的序列。
所述引物Ja55可包含SEQ ID NO.78所示的序列。
所述引物Ja56可包含SEQ ID NO.79所示的序列。
所述引物Ja57可包含SEQ ID NO.80所示的序列。
所述引物Ja58可包含SEQ ID NO.81所示的序列。
所述引物Ja59可包含SEQ ID NO.82所示的序列。
所述引物Ja61可包含SEQ ID NO.83所示的序列。
所述多引物组合A可包含选自下组的一个或多个序列:SEQ ID NO.86所示、SEQ IDNO.87所示、SEQ ID NO.88所示、SEQ ID NO.89所示、SEQ ID NO.90所示、SEQ ID NO.91所示、SEQ ID NO.92所示、SEQ ID NO.93所示、SEQ ID NO.94所示、SEQ ID NO.95所示、SEQ IDNO.96所示、SEQ ID NO.97所示、SEQ ID NO.98所示、SEQ ID NO.99所示、SEQ ID NO.100所示、SEQ ID NO.101所示、SEQ ID NO.102所示、SEQ ID NO.103所示、SEQ ID NO.104所示、SEQ ID NO.105所示、SEQ ID NO.106所示、SEQ ID NO.107所示、SEQ ID NO.108所示、SEQID NO.111所示、SEQ ID NO.112所示、SEQ ID NO.113所示、SEQ ID NO.114所示、SEQ IDNO.115所示、SEQ ID NO.116所示、SEQ ID NO.118、SEQ ID NO.122所示和SEQ ID NO.123所示的序列。
所述多引物组合B可包含选自下组的一个或多个序列:SEQ ID NO.86所示、SEQ IDNO.87所示、SEQ ID NO.88所示、SEQ ID NO.89所示、SEQ ID NO.90所示、SEQ ID NO.91所示、SEQ ID NO.92所示、SEQ ID NO.93所示、SEQ ID NO.94所示、SEQ ID NO.95所示、SEQ IDNO.96所示、SEQ ID NO.97所示、SEQ ID NO.98所示、SEQ ID NO.99所示、SEQ ID NO.100所示、SEQ ID NO.101所示、SEQ ID NO.102所示、SEQ ID NO.103所示、SEQ ID NO.104所示、SEQ ID NO.105所示、SEQ ID NO.106所示、SEQ ID NO.107所示、SEQ ID NO.108所示、SEQID NO.117所示、SEQ ID NO.119所示、SEQ ID NO.120所示和SEQ ID NO.121所示的序列。
所述多引物组合C可包含选自下组的一个或多个序列:SEQ ID NO.109所示、SEQID NO.110所示、SEQ ID NO.111所示、SEQ ID NO.112所示、SEQ ID NO.113所示、SEQ IDNO.114所示、SEQ ID NO.115所示、SEQ ID NO.116所示、SEQ ID NO.117所示、SEQ IDNO.118所示、SEQ ID NO.119所示、SEQ ID NO.120所示、SEQ ID NO.121所示、SEQ IDNO.122所示和SEQ ID NO.123所示的序列。
在本申请的方法和***中,所述靶标基因可包括T细胞受体区域的基因重排;所述T细胞受体区域的基因包括选自下组的一个或多个:T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B和T细胞受体G;且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂可包括选自下述的一组或多组引物组合:1)正向引物:Vd1,反向引物:Jd1;2)正向引物:Vd2,反向引物:Jd1;3)正向引物:Vd3,反向引物:Jd1;4)正向引物:Vd2,反向引物:Dd3;5)正向引物:Dd2,反向引物:Dd3;6)正向引物:Dd2,反向引物:Jd1;7)正向引物:Vd2,反向引物:Ja29;8)正向引物:Vd2,反向引物:Ja9、Ja29、Ja30、Ja48、Ja49、Ja52、Ja54、Ja55、Ja56、Ja57、Ja58、Ja59和Ja61;9)正向引物:Vg1,反向引物:Jg1和Jg2;10)正向引物:Vg2,反向引物:Jg1和Jg2;11)正向引物:Vg3,反向引物:Jg1和Jg2;12)正向引物:Vg4,反向引物:Jg1和Jg2;13)正向引物:Sildb,反向引物:Taldb1;14)TCRB多引物组合A;15)TCRB多引物组合B;和16)TCRB多引物组合C。
所述引物Vg3可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.51所示和SEQ ID NO.52所示的序列。
所述引物Vd3可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.63所示和SEQ ID NO.64所示的序列。
所述引物Vg1可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.47所示和SEQ ID NO.48所示的序列。
所述引物Vg2可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.49所示和SEQ ID NO.50所示的序列。
所述引物Vg4可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.53所示和SEQ ID NO.54所示的序列。
所述引物Jg1可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.55所示和SEQ ID NO.56所示的序列。
所述引物Jg2可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.57所示和SEQ ID NO.58所示的序列。
所述引物Vd2可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.61所示和SEQ ID NO.62所示的序列。
所述引物Dd2可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.65所示和SEQ ID NO.66所示的序列。
所述引物Dd3可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.67所示和SEQ ID NO.68所示的序列。
所述引物Ja9可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.71所示的序列。
所述引物Ja29可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.72所示的序列。
所述引物Ja30可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.73所示的序列。
所述引物Ja48可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.74所示的序列。
所述引物Ja49可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.75所示的序列。
所述引物Ja52可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.76所示的序列。
所述引物Ja54可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.77所示的序列。
所述引物Ja55可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.78所示的序列。
所述引物Ja56可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.79所示的序列。
所述引物Ja57可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.80所示的序列。
所述引物Ja58可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.81所示的序列。
所述引物Ja59可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.82所示的序列。
所述引物Ja61可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.83所示的序列。
所述多引物组合A可包含选自下组的一个或多个序列:SEQ ID NO.86所示、SEQ IDNO.87所示、SEQ ID NO.88所示、SEQ ID NO.89所示、SEQ ID NO.90所示、SEQ ID NO.91所示、SEQ ID NO.92所示、SEQ ID NO.93所示、SEQ ID NO.94所示、SEQ ID NO.95所示、SEQ IDNO.96所示、SEQ ID NO.97所示、SEQ ID NO.98所示、SEQ ID NO.99所示、SEQ ID NO.100所示、SEQ ID NO.101所示、SEQ ID NO.102所示、SEQ ID NO.103所示、SEQ ID NO.104所示、SEQ ID NO.105所示、SEQ ID NO.106所示、SEQ ID NO.107所示、SEQ ID NO.108所示、SEQID NO.111所示、SEQ ID NO.112所示、SEQ ID NO.113所示、SEQ ID NO.114所示、SEQ IDNO.115所示、SEQ ID NO.116所示、SEQ ID NO.118所示、SEQ ID NO.122所示和SEQ IDNO.123所示的序列。
所述多引物组合B可包含选自下组的一个或多个序列:SEQ ID NO.86所示、SEQ IDNO.87所示、SEQ ID NO.88所示、SEQ ID NO.89所示、SEQ ID NO.90所示、SEQ ID NO.91所示、SEQ ID NO.92所示、SEQ ID NO.93所示、SEQ ID NO.94所示、SEQ ID NO.95所示、SEQ IDNO.96所示、SEQ ID NO.97所示、SEQ ID NO.98所示、SEQ ID NO.99所示、SEQ ID NO.100所示、SEQ ID NO.101所示、SEQ ID NO.102所示、SEQ ID NO.103所示、SEQ ID NO.104所示、SEQ ID NO.105所示、SEQ ID NO.106所示、SEQ ID NO.107所示、SEQ ID NO.108所示、SEQID NO.117所示、SEQ ID NO.119所示、SEQ ID NO.120所示和SEQ ID NO.121所示的序列。
所述多引物组合C可包含选自下组的一个或多个序列:SEQ ID NO.109所示、SEQID NO.110所示、SEQ ID NO.111所示、SEQ ID NO.112所示、SEQ ID NO.113所示、SEQ IDNO.114所示、SEQ ID NO.115所示、SEQ ID NO.116所示、SEQ ID NO.117所示、SEQ IDNO.118所示、SEQ ID NO.119所示、SEQ ID NO.120所示、SEQ ID NO.121所示、SEQ IDNO.122所示和SEQ ID NO.123所示的序列。
所述引物Vd1可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.59所示和SEQ ID NO.60所示的序列。
所述引物Jd1可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.69所示和SEQ ID NO.70所示的序列。
所述引物Sildb可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.84所示的序列。
所述引物Taldb1可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.85所示的序列。
在本申请的方法和***中,所述扩增步骤或扩增模块中可采用所述引物组合、通过PCR反应来获得靶标特异性扩增产物。这些特定的引物组合能够有效地(例如,以在完全理想的条件下进行反应获得的扩增产物的量为100%计,获得至少75%,至少80%,至少81%,至少82%,至少83%,至少84%,至少85%,至少86%,至少87%,至少88%,至少89%,至少90%,至少91%,至少92%,至少93%,至少94%,至少95%或更多)扩增所述靶标基因。
在本申请的方法和***中,所述扩增步骤或扩增模块中还可使用或包括进行PCR扩增所需的材料和试剂,和/或一种或多种检测扩增产物的报告剂(例如,可检测的核酸结合试剂)。例如,所述扩增步骤或扩增模块中可使用或包括核酸聚合酶、反转录酶、dNTP、Mg2+离子、扩增反应所需的缓冲液和/或检测扩增产物的报告剂等。
在本申请的方法和***中,所述扩增步骤或扩增模块中还可使用或包括来自受试者的生物学样品。所述生物学样品可以直接或间接取自受试者。例如,在某些实施方式中,所述生物学样品直接取自活的受试者。所述生物学样品可包括例如,血液、尿液、粪便、唾液、脑脊液和汗液等。可使用任何包含核酸的生物学样品,其可以为固体形式(例如生物学组织)也可以为液体形式(例如体液)。生物学样品的非限制性实例包括从受试者的任何解剖学位置(例如,组织、循环***、骨髓)获得的血液(或血液的成分—例如,白细胞、红细胞、血小板)、从受试者的任何解剖学位置获得的细胞、皮肤、心脏、肺、肾脏、呼出气、骨髓、粪便、***、***液、来源于肿瘤组织的组织液、***、胰腺、脑脊液、组织、咽喉拭子、活检物、胎盘液、羊水、肝脏、肌肉、平滑肌、膀胱、胆囊、结肠、肠、脑、腔液、痰、脓、微生物群(micropiota)、胎粪、乳汁、***、食道、甲状腺、血清、唾液、尿液、胃液和消化液、泪液、眼部液体、汗液、粘液、耳垢、油、腺体分泌物、脊髓液、毛发、指甲、皮肤细胞、血浆、鼻拭子或鼻咽洗液、脊髓液、脐带血、淋巴液和/或其他***物或身体组织。
所述受试者可以是有生命的个体或死亡的个体。所述受试者可以是人或者动物。例如,所述受试者可以为哺乳动物,例如猿、猴、猫、犬、猪、牛、羊、鼠等。在某些实施方式中,所述受试者可以是食物、土壤、水或空气等。
直接取自受试者的生物学样品通常是指未经过进一步处理的生物学样品。例如,可从受试者的外周循环***中获取血液(例如,通过采血针)并将其直接加至所述扩增模块中,或直接用于所述扩增步骤中。
在本申请的方法和***中,所述报告剂可通过共价或非共价方式与包括扩增产物在内的核酸相连接。非共价方式的非限制性实例包括离子相互作用、范德华力、疏水相互作用、氢键键合及其组合。在某些实施方式中,报告剂可与初始反应物结合,并且报告剂水平的变化可用于检测扩增产物。在某些实施方式中,报告剂可以仅在核酸扩增进行时是可检测的(或不可检测的)。在某些实施方式中,光学活性染料(例如,荧光染料)可用作报告剂。染料的非限制性实例包括SYBR绿,SYBR蓝,DAPI,碘化丙啶(propidium iodine),Hoeste,SYBR金,溴化乙锭,吖啶,原黄素、吖啶橙,吖啶黄,荧光香豆素(fluorcoumanin),玫瑰树碱,道诺霉素,氯喹,偏端霉素D,色霉素,胡米溴铵(homidium),光辉霉素,多吡啶钌(rutheniumpolypyridyl),安曲霉素(anthramycin),菲啶和吖啶,溴化乙锭,碘化丙啶,碘化己啶(hexidium iodide),二氢乙锭,乙锭同型二聚体-1和乙锭同型二聚体-2,单叠氮化乙锭(ethidium monoazide)和ACMA,Hoechst 33258,Hoechst 33342,Hoechst 34580,DAPI,吖啶橙,7-AAD,放线菌素D,LDS751,羟茋巴脒(hydroxystilbamidine),SYTOX蓝,SYTOX绿,SYTOX橙,POPO-1,POPO-3,YOYO-1,YOYO-3,TOTO-1,TOTO-3,JOJO-1,LOLO-1,BOBO-1,BOBO-3,PO-PRO-1,PO-PRO-3,BO-PRO-1,BO-PRO-3,TO-PRO-1,TO-PRO-3,TO-PRO-5,JO-PRO-1,LO-PRO-1,YO-PRO-1,YO-PRO-3,PicoGreen,OliGreen,RiboGreen,SYBR金,SYBR绿I,SYBR绿II,SYBR DX,SYTO-40、-41、-42、-43、-44、-45(蓝),SYTO-13、-16、-24、-21、-23、-12、-11、-20、-22、-15、-14、-25(绿),SYTO-81、-80、-82、-83、-84、-85(橙),SYTO-64、-17、-59、-61、-62、-60、-63(红),荧光素,异硫氰酸荧光素(FITC),四甲基罗丹明异硫氰酸酯(TRITC),罗丹明,四甲基罗丹明,R-藻红蛋白,Cy-2、Cy-3、Cy-3.5、Cy-5、Cy5.5、Cy-7,德克萨斯红(TexasRed),Phar-Red,别藻蓝蛋白(APC),Sybr绿I,Sybr绿II,Sybr金,CellTracker绿,7-AAD,乙锭同型二聚体I,乙锭同型二聚体II,乙锭同型二聚体III,溴化乙锭,伞形酮,曙红,绿色荧光蛋白,赤藓红,香豆素,甲基香豆素,芘,孔雀绿,茋,荧光黄,级联蓝(cascade blue),二氯三嗪胺荧光素,丹磺酰氯,荧光镧系络合物(如那些包括铕和铽的络合物),羧基四氯荧光素,5和/或6-羧基荧光素(FAM),5-(或6-)碘乙酰胺基荧光素,5-{[2(和3)-5-(乙酰基巯基)-琥珀酰基]氨基}荧光素(SAMSA-荧光素),丽丝胺罗丹明B磺酰氯,5和/或6羧基罗丹明(ROX),7-氨基-甲基-香豆素,7-氨基-4-甲基香豆素-3-乙酸(AMCA),BODIPY荧光团,8-甲氧基芘-1,3,6-三磺酸三钠盐,3,6-二磺酸-4-氨基-萘二甲酰亚胺,藻胆蛋白,AlexaFluor350、405、430、488、532、546、555、568、594、610、633、635、647、660、680、700、750和790染料,DyLight 350、405、488、550、594、633、650、680、755和800染料,或其他荧光团。
在本申请的方法和***中,所述报告剂可以是在与扩增产物杂交时具有光学活性的序列特异性寡核苷酸探针。由于探针与扩增产物的序列特异性结合,寡核苷酸探针的使用可提高检测的特异性和灵敏度。探针可连接至本申请中描述的任何光学活性报告剂(例如,染料),并且还可包括能够阻断相关联的染料的光学活性的猝灭剂。可用作报告剂的探针的非限制性实例包括TaqMan探针、TaqMan Tamara探针、TaqMan MGB探针或Lion探针。
在本申请的方法和***中,所述报告剂可以是RNA寡核苷酸探针,其可包含光学活性染料(例如,荧光染料)和相邻地位于探针上的猝灭剂。染料与猝灭剂的紧密靠近可阻断染料的光学活性。探针可与待扩增的靶序列结合。一旦在扩增期间DNA聚合酶的外切核酸酶活性使探针断裂,则猝灭剂与染料分离,而游离的染料重新获得其光学活性,随后可检测该活性。
在本申请的方法和***中,所述报告剂可以是分子信标。分子信标可包括,例如,在发夹构象的寡核苷酸的一端上连接的猝灭剂。在该寡核苷酸的另一端是光学活性染料,例如,荧光染料。在发夹构型中,光学活性染料和猝灭剂足够紧密地接近,使得猝灭剂能够阻断染料的光学活性。然而,一旦与扩增产物杂交,该寡核苷酸即呈线性构象并与该扩增产物上的靶序列杂交。寡核苷酸的线性化导致光学活性染料与猝灭剂的分离,从而使得光学活性恢复,并且可被检测到。分子信标对扩增产物上的靶序列的序列特异性可改善检测的特异性和灵敏度。
在本申请的方法和***中,所述报告剂可以是放射性物质。放射性物质的非限制性实例可包括14C、123I、124I、125I、131I、Tc99m、35S和3H。
在本申请的方法和***中,所述报告剂可以是能够产生可检测信号的酶。可检测信号可通过酶对其底物的活性,或在酶具有多个底物的情况下对特定底物的活性来产生。可用作报告剂的酶的非限制性实例包括碱性磷酸酶、辣根过氧化物酶、I2-半乳糖苷酶、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、乙酰胆碱酯酶和萤光素酶。
本领域已知的任何类型的核酸扩增反应均可用于扩增靶核酸并生成扩增产物。此外,核酸的扩增可以是线性的、指数式的或其组合。扩增可以是基于乳剂的或不是基于乳剂的。核酸扩增方法的非限制性实例包括逆转录、引物延伸、聚合酶链反应、连接酶链反应、解旋酶依赖性扩增、非对称扩增、滚环扩增和多重置换扩增(MDA)。在某些实施方式中,扩增产物可以是DNA。在对靶RNA进行扩增的情况下,可通过RNA的逆转录来获得DNA并且可利用随后的DNA扩增来生成扩增的DNA产物。扩增的DNA产物可以指示在生物样品中存在靶RNA。在对DNA进行扩增的情况下,可以使用本领域中已知的任何DNA扩增方法。DNA扩增方法的非限制性实例包括聚合酶链反应(PCR)、PCR的变形方式(例如,实时PCR、等位基因特异性PCR、装配PCR、非对称PCR、数字PCR、乳液PCR等)、解旋酶依赖性PCR、巢式PCR、热启动PCR、反向PCR、甲基化特异性PCR、微引物PCR(miniprimer PCR)、多重PCR、巢式PCR、重叠-延伸PCR、热非对称交错PCR(thermal asymmetric interlaced PCR)、递降PCR)以及连接酶链式反应(LCR)。在一些情况下,DNA扩增是线性的。在一些情况下,DNA扩增是指数式的。在一些情况下,DNA扩增采用巢式PCR来实现,其可改善检测扩增的DNA产物的灵敏度。
在本申请的方法和***中,所述扩增步骤或扩增模块中可使用或包括DNA聚合酶。可以使用任何合适的DNA聚合酶,包括可商购的DNA聚合酶。DNA聚合酶通常指能够以模板结合的方式将核苷酸掺入到DNA链中的酶。DNA聚合酶的非限制性实例包括Taq聚合酶、Tth聚合酶、Tli聚合酶、Pfu聚合酶、VENT聚合酶、DEEPVENT聚合酶、EX-Taq聚合酶、LA-Taq聚合酶、Expand聚合酶、Sso聚合酶、Poc聚合酶、Pab聚合酶、Mth聚合酶、Pho聚合酶、ES4聚合酶、Tru聚合酶、Tac聚合酶、Tne聚合酶、Tma聚合酶、Tih聚合酶、Tfi聚合酶、Platinum Taq聚合酶、Hi-Fi聚合酶、Tbr聚合酶、Tfl聚合酶、Pfutubo聚合酶、Pyrobest聚合酶、Pwo聚合酶、KOD聚合酶、Bst聚合酶、Sac聚合酶、Klenow片段,以及它们的变体、修饰的产物和衍生物。对于某种热启动聚合酶,可能需要在94℃-95℃下2分钟至10分钟的变性步骤,这根据不同的聚合酶可能会有所不同。在某些实施方式中,所述DNA聚合酶为Taq聚合酶。
在本申请的方法和***的中,可使用逆转录酶。可使用任何合适的逆转录酶。逆转录酶通常指在与RNA模板结合时能够将核苷酸掺入到DNA链中的酶。逆转录酶的非限制性实例包括HIV-1逆转录酶、M-MLV逆转录酶、AMV逆转录酶、端粒酶逆转录酶,以及它们的变体、修饰的产物和衍生物。
在本申请的方法和***中,所述扩增步骤或扩增模块中可使用或包括扩增缓冲液。例如,所述扩增缓冲液可包含50-200mmol/L Tris-HCl缓冲液(例如,60-200mmol/L、70-200mmol/L、80-200mmol/L、90-200mmol/L、100-200mmol/L、110-200mmol/L、120-200mmol/L、130-200mmol/L、140-200mmol/L、150-200mmol/L、160-200mmol/L、170-200mmol/L、180-200mmol/L、或190-200mmol/L)。所述扩增缓冲液的pH值可以为6.0-9.0(例如,约6.5、7.0、7.5、8.0、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9或9.0等),所述扩增缓冲液中可包含约5-30mmol/L Mg2+(例如,10-30mmol/L Mg2+、15-30mmol/L Mg2+、20-30mmol/L Mg2+、5-15mmol/L Mg2+、10-15mmol/L Mg2+等)。所述扩增缓冲液的还可包含,例如300-800mmol/LKCl(例如400-800mmol/L、450-800mmol/L、500-800mmol/L、550-800mmol/L、600-800mmol/L或700-800mmol/L等)。
在本申请的方法和***中,当在所述扩增步骤或所述扩增模块中进行扩增反应(例如,PCR反应)时,所述扩增反应的体系可以随着所述扩增步骤或扩增模块中涉及组分的不同而进行相应调整,只要能够有效地获得(例如,以在完全理想的条件下进行反应获得的扩增产物的量为100%计,获得至少75%,至少80%,至少81%,至少82%,至少83%,至少84%,至少85%,至少86%,至少87%,至少88%,至少89%,至少90%,至少91%,至少92%,至少93%,至少94%,至少95%或更多)所述靶标基因即可。例如,在一个实施方式中,以100μL的总反应体积计,所述扩增反应体系可包含:约10μL扩增缓冲液、4种dNTP各200μmol/L、100pmol/L的引物组合物、2μg模板、2.5μg TaqDNA聚合酶、1.5mmol/L Mg2+和补足至100μL体积的水(例如,双蒸水)。
在本申请的方法和***中,当在所述扩增步骤或所述扩增模块中进行扩增反应(例如,PCR反应)时,所述扩增反应的条件可随着所述靶标基因的长度而进行相应地调整,只要能够有效地获得(例如,以在完全理想的条件下进行反应获得的扩增产物的量为100%计,获得至少75%,至少80%,至少81%,至少82%,至少83%,至少84%,至少85%,至少86%,至少87%,至少88%,至少89%,至少90%,至少91%,至少92%,至少93%,至少94%,至少95%或更多)所述靶标基因即可。例如,在一个实施方式中,以进行PCR反应为例,反应的条件可以为:94℃10分钟、94℃45秒和55℃45秒循环35次、72℃90秒、72℃15分钟后保持在4℃下。
在本申请的方法和***中,所述扩增步骤或所述扩增模块中还可使用或包括获得所述扩增反应(例如,PCR反应)所需扩增模板的材料和试剂。例如,在本申请的方法和***中,所述扩增步骤或所述扩增模块中可使用或包括从B细胞急性淋巴细胞白血病或T细胞急性淋巴细胞白血病患者的骨髓样本中获取DNA所需的材料和试剂。所述获取DNA所需的材料和试剂可包括DNA提取试剂盒。所述DNA提取试剂盒可以为,例如NucleoBond Kit CB 20、NucleoBond CB 100或NucleoBond CB 500等。
在需要裂解剂的情况下,可使用本领域中已知的任何合适的裂解剂,包括可商购的裂解剂。裂解剂的非限制性实例包括Tris-HCl,EDTA,去污剂(例如,Triton X-100、SDS),溶菌酶,葡萄糖酶(glucolase),蛋白酶E,病毒内溶素,外溶素(exolysin),消解酶(zymolose),溶细胞酶(Iyticase),蛋白酶K,来自噬菌体的内溶素和外溶素,来自噬菌体PM2的内溶素,来自枯草芽孢杆菌(B.subtilis)噬菌体PBSX的内溶素,来自乳杆菌原噬菌体Lj928、Lj965、噬菌体15Phiadh的内溶素,来自肺炎链球菌噬菌体Cp-I的内溶素,无乳链球菌噬菌体B30的双功能肽聚糖溶素,来自原噬菌体细菌的内溶素和外溶素,来自李斯特菌(Listeria)噬菌体的内溶素,穴蛋白(holin)-内溶素,细胞20裂解基因,holWMY沃氏葡萄球菌(Staphylococcus wameri)M噬菌体varphiWMY,沃氏葡萄球菌M噬菌体varphiWMY的Iy5WMY,及其组合。在一些情况下,缓冲液可包含裂解剂(例如,裂解缓冲液)。裂解缓冲液的一个实例是氢氧化钠(NaOH)。
在本申请的方法和***中,可通过源自受试者的骨髓样本获得来自受试者的白血病细胞。例如,可从所述骨髓样本中分离淋巴细胞。因此,所述扩增步骤或所述扩增模块中还可使用或包括淋巴细胞分离试剂,如Ficoll淋巴细胞分离液、Stemcell淋巴细胞分离液、LymphoprepTM07801、人外周血淋巴细胞分离液或Solarbio人外周血淋巴细胞分离液P8610等。
本申请的所述***还可包括鉴定模块。该鉴定模块可包含用于鉴别所述靶标特异性扩增产物的试剂和装置,从而鉴别出所述靶标特异性扩增产物中源自所述受试者的白血病细胞的特征性扩增产物。
在本申请的***中,所述鉴定模块能够有效地(例如,至少50%,至少55%,至少60%,至少65%,至少70%,至少75%,至少80%,至少85%,至少90%,至少95%或更多)将所述受试者的白血病细胞的特征性扩增产物从所述扩增步骤或扩增模块中获得的所述靶标特异性扩增产物中分离出来。
在本申请的***中,所述鉴定模块所采用的鉴定方式可以为凝胶电泳分离。所述凝胶电泳分离能够将所述受试者的白血病细胞的特征性扩增产物有效地(例如,至少60%,至少65%,至少70%,至少75%,至少80%,至少85%,至少90%,至少95%或更多)从所述扩增步骤或扩增模块中获得的所述靶标特异性扩增产物中分离出来。
所述鉴定模块可含有用于进行凝胶电泳分离所需的试剂和装置,例如,用于进行琼脂糖凝胶电泳或聚丙烯酰胺凝胶电泳的试剂和装置。
在本申请的***中,所述鉴定模块可包括配制凝胶所需的试剂和/或电泳缓冲液。例如,所述配制凝胶所需的试剂可包括琼脂糖、丙烯酰胺(Acr)、N,N-亚甲双丙烯酰胺(Bis)、四甲基乙二胺(TEMED)和三羟甲基氨基甲烷(Tris)中的一种或多种。所述电泳缓冲液可含有Tris-HCl、二硫苏糖醇(DTT)、SDS、溴酚蓝、β-巯基乙醇和甘油中的一种或多种。例如,在一个实施方式中,所述电泳缓冲液包含100mmol/L Tris-HCl(6.8)、200mmol/L二硫苏糖醇(DTT)、4%SDS、0.2%溴酚蓝和20%甘油。例如,在一个实施方式中,所述电泳缓冲液含有60mmol/L Tris-HCl(pH6.8)、2%SDS、、0.1%溴酚蓝、25%甘油和14.4mmol/Lβ-巯基乙醇。
在本申请的***中,所述鉴定模块还可包括电泳槽和/或电泳仪。例如,所述电泳槽可以为圆盘电泳槽、垂直版电泳槽或水平电泳槽。所述电泳仪可以为稳压稳流电泳仪、全自动荧光/可见光双***电泳仪或全自动琼脂糖电泳仪。
在本申请的***中,所述鉴定模块还可包括制胶板、电源等便于进行凝胶电泳分离的附加装置。
在本申请的方法和***中,进行凝胶电泳分离的条件可以根据所分离的核酸(例如,DNA)片段的长度而相应调整,只需使分离的产物片段(例如,DNA片段)条带清晰,满足上述有效地分离的要求即可。
在本申请的方法和***中,进行凝胶电泳分离的条件可以为,例如在电压100V下持续通电2-3小时。在一个实施方式中,进行凝胶电泳分离的条件为在电压40-50V下持续通电过夜。
所述鉴定模块可用于鉴别出所述靶标特异性扩增产物中源自所述受试者的白血病细胞的特征性扩增产物。例如,可通过凝胶电泳来分离源自受试者白血病细胞的特征性扩增产物。在鉴定过程中,分离得到的产物(例如,目标是分离得到源自受试者白血病细胞的特征性扩增产物)在凝胶电泳中可显示在凝胶的特定位置处,通过将其与阳性对照组中相应的核酸片段进行比较(例如,两者的均为长度约400pb的核酸片段),可以初步判断经所述鉴定模块分离获得的产物(例如,DNA片段)即为源自所述受试者白血病细胞的特征性扩增产物。
本申请的所述***还可包括分析模块。所述分析模块可包含用于分析所述受试者的白血病细胞的特征性扩增产物的试剂和装置,从而获得所述受试者的白血病细胞的特征性基因序列。
例如,所述分析模块可包含对所述特征性扩增产物进行核酸测序及序列分析所需的试剂和装置。所述分析模块可准确地(例如,通过将所述分析模块获得的基因序列与真实的基因序列进行比较,序列相似性达到至少85%,至少86%,至少87%,至少88%,至少89%,至少90%,至少91%,至少92%,至少93%,至少94%,至少95%,至少96%,至少97%,至少98%,至少99%或更多)获得所述受试者的白血病细胞的特征性扩增产物的特征性基因序列。
所述分析模块中可包含对所述特征性扩增产物(例如,通过凝胶电泳分离扩增产物(例如,PCR反应产物)所得到的特定长度的DNA片段)进行核酸测序及序列分析所需的试剂和装置。例如,所述分析模块可包含实施测序法、Taq cycle测序法或SILVER SEQUENCETMDNA测序***法所需的试剂和装置。
在某些实施方式中,所述分析模块采用Taq cycle测序法,所述分析模块包含通用的正向测序引物和Ready Reaction Dye Deoxy Terminator Cycle测序试剂盒(ABI公司)。
采用所述分析模块对所述受试者的白血病细胞的特征性扩增产物进行分析的具体步骤可参见,例如Kneba M,Bolz I,Linke B,Hiddemann W.Analysis of rearranged T-cell receptor beta-chain genes by polymerase chain reaction(PCR)DNAsequencing and automated high resolution PCR fragment analysis.Blood 1995;86:3930–3937中“Cloning and DNA sequencing”部分的记载或者参见文献Linke B,Bolz I,Fayyazi A,von Hofen M,Pott C,Bertram J et al.Automated high resolution PCRfragment analysis for identification of clonally rearranged immunoglobulinheavy chain genes.Leukemia 1997;11:1055–1062.中“Cloning and DNA sequencing”部分的记载,这些文献的全文被本申请所引用。
所述分析模块可包括鉴定所述特征性扩增产物的核酸序列中保守性核酸序列及受试者特异性核酸序列所需的试剂和装置,从而获得所述受试者白血病细胞的特征性基因序列。
所述分析模块可包括对所述核酸测序的结果进行分析的试剂和装置,通过对所述核酸测序的结果进行分析,可明确所得的核酸测序结果是否属于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列。例如,所述分析模块可包括进行BLAST(Basic Local Alignment SearchTool)、BioEdit软件或MEGA软件分析所需的设备和装置。具体地,在某些实施方式中,向所述分析模块分别输入所述核酸测序的结果和普遍存在于任意受试者的非特征性的基因序列,通过分析,获得表征所述受试者白血病细胞的特征性基因序列。
本申请的***还可包括识别模块。所述识别模块可包含能够特异性识别和/或扩增所述受试者的所述特征性基因序列的试剂和装置,从而判断所述受试者中残留白血病细胞的存在和/或比例。在某些实施方式中,所述识别模块包含特异性扩增特异于所述受试者白血病细胞的所述特征性基因序列的试剂或装置。在某些实施方式中,所述识别模块包含特异性识别所述受试者的所述特征性基因序列的试剂和装置,例如,特异性结合所述特征性基因序列的探针。
例如,所述识别模块可有效地获得(例如,以在完全理想的条件下进行反应获得的产物的量为100%计,获得至少75%,至少80%,至少81%,至少82%,至少83%,至少84%,至少85%,至少86%,至少87%,至少88%,至少89%,至少90%,至少91%,至少92%,至少93%,至少94%,至少95%或更多)特异于所述受试者白血病细胞的所述特征性基因序列。
在所述识别模块中,可根据由分析模块确定的、表征受试者白血病细胞的特征性基因序列来设计和准备特异性扩增该特征性基因序列的试剂或装置。例如,所述特异性扩增该特征性基因序列的试剂或装置可包括一组或多组能够针对所述特征性基因序列进行特异性核酸扩增的引物。
在所述识别模块中,用于特异性扩增所述特征性基因序列的试剂(例如,其包括一组或多组能够针对所述特征性基因序列进行特异性核酸扩增的引物)可通过核酸扩增反应(例如,qPCR反应)进行扩增,从而获得所述特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列。
在某些实施方式中,所述识别模块通过进行qPCR反应来扩增所述特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列。所述识别模块可包括进行qPCR反应所需的材料和试剂。例如,在某些实施方式中,所述识别模块包括Green I、DNA聚合酶、dNTP、扩增缓冲液以及一组或多组能够有效地获得(例如,扩增)所述特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列的引物组合。在某些实施方式中,所述DNA聚合酶为TaqDNA聚合酶。在某些实施方式中,所述扩增缓冲液为MasterMIX。
在某些实施方式中,当在所述识别模块中进行qPCR反应时,所述qPCR反应的体系可以随着所述识别模块含有组分的不同而进行相应调整,只要能够有效地特异性地扩增所述特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列即可。例如,以25μL的体系计,所述qPCR反应的体系可以为:2μL DNA模板、0.5μL正向引物、0.5μL反向引物、12.5μLPremixEx Taq TM和9.5μL dH2O。在某些实施方式中,以20μL的体系计,所述qPCR反应的体系可以为:2μL DNA模板、0.4μL正向引物、0.4μL反向引物、0.4μL ROX Rerference Dye、10μLPremixEx Taq TM和6.8μL dH2O。
在某些实施方式中,当在所述识别模块中进行qPCR反应时,所述qPCR反应的条件可随着所述特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列的长度不同而进行相应调整,只要能够有效地特异性地扩增所述特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列即可。在某些实施方式中,所述qPCR反应的条件为:95℃30秒、94℃5秒和60℃34秒循环40次、95℃15秒、60℃1分钟后保持4℃。在本申请的方法和***中,所述qPCR反应的条件为:95℃30秒、94℃3秒和60℃30秒循环40次、95℃15秒、60℃1分钟后保持4℃。
在某些实施方式中,所述识别模块包括进行所述qPCR反应的仪器和设备。例如,进行所述qPCR反应的仪器可以为ABI7000/7700/7900HT、LightCycler Real TimePCR或Smart Cycler II System Real Time PCR扩增仪。
在本申请的***中,所述识别模块还可包含与非特征性基因序列结合的探针以及能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置。
所述非特征性基因序列可包括源自下组中的一种或多种基因的核酸序列:IgH、IgK、T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B、T细胞受体G和Tal 1。
例如,所述非特征性基因序列可包括源自IgH的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.124所示、SEQ ID NO.125所示、SEQ ID NO.126所示、SEQ ID NO.127所示、SEQ ID NO.128所示、SEQ ID NO.129所示、SEQ ID NO.130所示和SEQ ID NO.131所示的序列。
例如,所述非特征性基因序列可包括源自IgH的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.173所示、SEQ ID NO.174所示、SEQ IDNO.175所示、SEQ ID NO.176所示、SEQ ID NO.177所示、SEQ ID NO.178所示、SEQ IDNO.179所示和SEQ ID NO.180所示的序列。
例如,所述非特征性基因序列可包括源自IgK的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.132所示、SEQ ID NO.133所示、SEQ ID NO.134所示、SEQ ID NO.135所示、SEQ ID NO.136所示、SEQ ID NO.137所示、SEQ ID NO.138所示、SEQ ID NO.139所示、SEQ ID NO.140所示和SEQ ID NO.141所示的序列。
例如,所述非特征性基因序列可包括源自IgK的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.181所示、SEQ ID NO.182所示、SEQ IDNO.183所示、SEQ ID NO.184所示、SEQ ID NO.185所示、SEQ ID NO.186所示、SEQ IDNO.187所示、SEQ ID NO.188所示、SEQ ID NO.189所示和SEQ ID NO.190所示的序列。
例如,所述非特征性基因序列可包括源自T细胞受体G的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.142所示、SEQ IDNO.143所示、SEQ ID NO.144所示、SEQ ID NO.145所示、SEQ ID NO.146所示、SEQ IDNO.147所示、SEQ ID NO.148所示、SEQ ID NO.149所示、SEQ ID NO.150所示和SEQ IDNO.151所示的序列。
例如,所述非特征性基因序列可包括源自T细胞受体G的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.191所示、SEQ ID NO.192所示、SEQ ID NO.193所示、SEQ ID NO.194所示、SEQ ID NO.195所示、SEQ ID NO.196所示、SEQ ID NO.197所示、SEQ ID NO.198所示、SEQ ID NO.199所示和SEQ ID NO.200所示的序列。
例如,所述非特征性基因序列可包括源自T细胞受体D和/或T细胞受体A的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置可包含选自下组的序列:SEQ IDNO.152所示、SEQ ID NO.153所示、SEQ ID NO.154所示、SEQ ID NO.155所示、SEQ IDNO.156所示和SEQ ID NO.157所示的序列。
例如,所述非特征性基因序列可包括源自T细胞受体D和/或T细胞受体A的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.201所示、SEQ ID NO.202所示、SEQ ID NO.203所示、SEQ ID NO.204所示、SEQ ID NO.205所示和SEQID NO.206所示的序列。
例如,所述非特征性基因序列可包括源自T细胞受体B的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.158所示、SEQ IDNO.159所示、SEQ ID NO.160所示、SEQ ID NO.161所示、SEQ ID NO.162所示、SEQ IDNO.163所示、SEQ ID NO.164所示、SEQ ID NO.165所示、SEQ ID NO.166所示、SEQ IDNO.167所示、SEQ ID NO.168所示、SEQ ID NO.169所示和SEQ ID NO.170所示的序列。
例如,所述非特征性基因序列可包括源自T细胞受体B的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.207所示、SEQ ID NO.208所示、SEQ ID NO.209所示、SEQ ID NO.210所示、SEQ ID NO.211所示、SEQ ID NO.212所示、SEQ ID NO.213所示、SEQ ID NO.214所示、SEQ ID NO.215所示、SEQ ID NO.216所示、SEQID NO.217所示、SEQ ID NO.218所示和SEQ ID NO.219所示的序列。
例如,所述非特征性基因序列可包括源自Tal 1的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.171所示和SEQ ID NO.172所示的序列。
例如,所述非特征性基因序列可包括源自Tal 1的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针可包含选自下组的序列:SEQ ID NO.220所示和SEQ ID NO.221所示的序列。
在某些实施方式中,可通过所述识别模块分若干次(例如,2次,3次,4次,5次或更多次)对所述受试者的所述特征性基因序列进行扩增(例如,qPCR扩增)和/或识别。在某些实施方式中,所述若干次中包括在向所述受试者施用针对白血病的治疗之前的至少一次以及施用该治疗之后的至少一次。
所述针对白血病的治疗可以包括药物治疗和/或放射治疗。所述药物可选自蛋白激酶抑制剂,细胞凋亡调节剂,促基因分解药物,细胞***抑制剂,MDM2类致癌基因抑制剂,抗体类药物和/或其他化疗药物附加剂。所述药物还可包括下组中的一种或多种:长春新碱,***,环磷酰胺,长春新碱、***和左旋天冬酰胺酶组合,NSC750854,拓扑替康,Volasertib,Serdemetan,JNJ-26481585和KTP-330。所述蛋白激酶抑制剂可包括AZD8055,MLN0128,GSK690693,MK-2206,SAR245408,rapamycin,MLN0128,selumetinib,AZD6244,PCI-32765,ibrutinib,SGI-1776,dinaciclib,VS-4718,temsirolimus,sorafenib,sunitinib,ruxolitinib,AZD1480和/或dasatinib。所述细胞凋亡调节剂可包括ABT-263(navitoclax),ABT-199(venetoclax),LCL161和/或birinapant。所述MDM2类致癌基因抑制剂可包括MK-8242(SCH 900242)和/或RG7112。所述促基因分解药物可包括PR-104,cytarabine(CPX-351),daunorubicin(Vyxeos),topotecan,clofarabine和/或temozolomide。所述细胞***抑制剂可包括eribulin,ispinesib,bortezomib,carfilzomib和/或alisertib。所述抗体类药物可包括SAR3419,blinatumomab,和/或inotuzumab。所述其他化疗药物附加剂可包括alvespimycin,AT13387,PF-03084014,RO-4929097,MLN4924,PG11047,CX-5461,BMN-673,selinexor,curaxin,和/或CBL0137。
所述放射治疗可包括x射线、α射线、β射线、γ射线、质子束或其它粒子束的照射。
在某些实施方式中,在向受试者施用所述治疗之前,获得源自所述受试者的样品(例如,血细胞样品,或从所述细胞中提取的DNA样品),并对该样品进行系列稀释(例如,稀释10倍,100倍,1000倍,1万倍,10万倍或更多倍)。随后,使用所述识别模块分别对所述经稀释的样品中受试者的所述特征性基因序列进行扩增(例如,qPCR扩增),从而建立一系列对应于不同浓度(例如,不同DNA浓度)样品的标准扩增曲线。在施用所述治疗之后,再次获得经过治疗的所述受试者的样品(例如,相应的血细胞样品,或从所述细胞中提取的相应的DNA样品),并使用所述识别模块对该样品中受试者的所述特征性基因序列进行扩增(例如,用与制作所述标准扩增曲线时相同的扩增方法,如同样的qPCR扩增方法)。
施用所述治疗之前的所述扩增与施用所述治疗之后的所述扩增之间可以间隔一段时间。例如,间隔至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少11天、至少7天、至少7天、
然后,可通过将施用所述治疗后获得的针对所述受试者的所述特征性基因序列的识别和/或扩增(例如,qPCR扩增)结果与所述标准扩增曲线进行比较,从而判断经过所述治疗后的受试者中白血病细胞的特征性基因序列的比例,并据此判断经过所述治疗后,所述受试者中白血病细胞的比例A。
例如,可根据所述比例A的大小,对相应的受试者采用不同的后续治疗方案。例如,当A<1/104时,可表明所述治疗是成功的,不再需要进行额外的治疗;当A>1/104时,可表明所述治疗是不完善的,还需要进行新一轮的治疗或者提高治疗的强度。
在A>1/104的情况下,可进一步分析所述比例A的大小,从而判断是否适于对所述受试者进行骨髓移植。例如,若1/104<A<1/103,可表明可以对所述受试者进行骨髓移植手术;若A>1/103,可表明所述受试者体内存在大量的白血病细胞,由于较高的白血病细胞残留度会使得白血病复发的可能性大大增加,因此这种情况下应认为所述受试者不适于进行骨髓移植手术,而应继续接受新一轮的治疗或提高治疗的强度。
本申请所述的用于检测受试者中白血病细胞的***和方法能够被用于在疾病发展或复发的早期发现受试者中的白血病细胞,根据分析所述比例A的大小能够预测可能的白血病复发情况,从而为后续的治疗提供针对受试者本身情况的更加特异性、更加精确的治疗方案。
在某些实施方式中,本申请提供了用于检测受试者中白血病细胞(例如,用于检测治疗后癌细胞残留)的方法。所述白血病可包括B细胞急性淋巴细胞白血病和/或T细胞急性淋巴细胞白血病。所述方法可包括下述步骤:
1)特异性扩增靶标基因,从而获得靶标特异性扩增产物。例如,可利用具有特定核苷酸序列的扩增引物,通过PCR扩增靶标基因(如IgH、IgK、T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B、T细胞受体G和Tal 1等),从而获得患有白血病的受试者的靶标特异性扩增产物。其中,可使用本申请所述的能够特异性扩增靶标基因的试剂来扩增所述靶标基因。
所述方法还可包括鉴别该靶标特异性扩增产物中源自受试者的白血病细胞的特征性扩增产物的步骤。例如,可采用能够鉴别标靶特异性扩增产物的试剂和装置,如凝胶电泳分离的试剂和装置,从靶标特异性扩增产物中鉴别出源自受试者的白血病细胞的特征性扩增产物。
所述方法还可包括分析步骤,可在所述分析步骤中获得该源自受试者的白血病细胞的特征性扩增产物的基因序列。例如,可通过采用分析特征性扩增产物的试剂和装置,如进行核酸测序及序列分析所需的试剂和装置,鉴定出源自受试者的白血病细胞的特征性扩增产物中的具体核苷酸序列(例如,可包括保守性核酸序列和受试者特异性核酸序列)。
此外,所述方法还可包括通过特异性识别和/或扩增源自受试者白血病细胞的特征性基因序列,判断受试者体内残留白血病细胞的存在和/或比例的步骤。例如,可利用具有特定核苷酸序列的引物(例如,针对在所述分析步骤中获得的源自受试者白血病细胞的特征性扩增产物的基因序列设计的特异性扩增引物)、与非特征性基因序列结合的探针(例如,本申请中所描述的那些)以及能够特异性扩增所述非特征性基因序列的引物(例如,本申请中所描述的那些),来检测受试者体内残留白血病细胞的存在和/或比例。
在某些实施方式中,本申请提供了用于检测受试者中白血病细胞(例如,用于检测治疗后癌细胞残留)的***。所述***包括扩增模块、鉴定模块、分析模块和识别模块。
获得样品(例如,来自受试者的样品,如细胞或血液样品)后,可在所述扩增模块中特异性扩增所述样品中的靶标基因,以获得靶标特异性扩增产物。用于特异性扩增所述样品中靶标基因(例如,IgH、IgK、T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B、T细胞受体G和Tal 1等)的试剂如本申请中所述。所述白血病可包括B细胞急性淋巴细胞白血病和/或T细胞急性淋巴细胞白血病。
可在鉴定模块中鉴别经所述扩增模块扩增得到的所述靶标特异性扩增产物,从而鉴别出所述靶标特异性扩增产物中源自所述受试者的白血病细胞的特征性扩增产物。例如,可通过进行凝胶电泳分离所需的试剂和装置来鉴别出所述靶标特异性扩增产物中源自所述受试者的白血病细胞的特征性扩增产物。
可在分析模块中对在所述鉴定模块中鉴定出的源自所述受试者的白血病细胞的特征性扩增产物进行分析,从而获得特异于所述受试者的白血病细胞的特征性基因序列(例如核苷酸序列)。例如,可通过进行核酸测序及序列分析的试剂及装置获得特异于所述受试者的白血病细胞的特征性基因序列。所述分析模块可包括鉴定所述特征性扩增产物的核酸序列中保守性核酸序列及受试者特异性核酸序列所需的试剂和装置,从而获得特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列。
可在识别模块中对由所述分析模块获得的特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列进行进一步分析,以检测所述受试者体内残留白血病细胞的存在和/或比例。例如,所述识别模块中可包含能够特异性识别和/或扩增所述受试者的所述特征性基因序列的试剂和装置、与非特征性基因序列结合的探针以及能够(特异性)扩增非特征性基因序列的试剂或装置。所述能够特异性识别和/或扩增所述受试者的所述特征性基因序列的试剂和装置可包括针对在分析模块中获得的、特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列设计的特异性扩增引物。所述与非特征性基因序列结合的探针可以是本申请中所描述的那些。所述能够特异性扩增非特征性基因序列的引物可以是本申请中所描述的那些。
图1中显示了本申请的所述方法和***的一个具体实施方式。其中在部分(步骤或模块)“1”中对靶标基因(例如,靶标基因可包括IgH、IgK、T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B、T细胞受体G和Tal 1等,且其中可发生基因重组)进行扩增;在部分(步骤或模块)“2”中对由所述部分“1”获得的扩增产物进行分离、并对所得到的目标扩增片段进行核酸测序,从而确定特异于受试者的白血病细胞的特征性扩增产物的基因序列;在部分(步骤或模块)“3”中对由所述部分“2”获得的基因序列进行定量分析,其中通过设计具有特定核苷酸序列的个性化引物对、与非特征性基因序列特异性结合的通用探针、以及特异性扩增所述非特征性基因序列的通用引物对,来定量地检测样品中源自受试者白血病细胞的特征性扩增产物的含量,进而在分子水平上检测受试者中白血病细胞的残留水平。
因此,本申请还涉及以下具体实施方案:
1、一种用于检测受试者中白血病细胞的***,所述***包括扩增模块,该扩增模块包含能够特异性扩增靶标基因的试剂,以获得靶标特异性扩增产物。
2、根据实施方式1所述的***,其中所述白血病包括B细胞急性淋巴细胞白血病和/或T细胞急性淋巴细胞白血病。
3、根据实施方式1-2中任一项所述的***,其中所述靶标基因包括选自下组的一种或多种基因、其片段或其变体:IgH、IgK、T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B、T细胞受体G和Tal 1。
4、根据实施方式3所述的***,其中所述靶标基因包括IgH基因重排,且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂包括选自下述的一组或多组引物组合:
1)正向引物:VH1/7,反向引物:JH cons;
2)正向引物:VH2,反向引物:JH cons;
3)正向引物:VH3,反向引物:JH cons;
4)正向引物:VH4,反向引物:JH cons;
5)正向引物:VH5,反向引物:JH cons;
6)正向引物:VH6,反向引物:JH cons;
7)正向引物:DH1、DH4、DH5及DH7,反向引物:JH cons;
8)正向引物:DH2,反向引物:JH cons;
9)正向引物:DH3,反向引物:JH cons;和
10)正向引物:DH6,反向引物:JH cons。
5、根据实施方式4所述的***,其中所述引物JH cons包含选自下组的序列:SEQID NO.19所示的序列;和SEQ ID NO.20所示的序列。
6、根据实施方式4-5中任一项所述的***,其中所述引物VH1/7包含选自下组的序列:SEQ ID NO.1所示、SEQ ID NO.2所示和SEQ ID NO.3所示的序列。
7、根据实施方式4-6中任一项所述的***,其中所述引物VH2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.4所示、SEQ ID NO.5所示和SEQ ID NO.6所示的序列。
8、根据实施方式4-7中任一项所述的***,其中所述引物VH3包含选自下组的序列:SEQ ID NO.7所示、SEQ ID NO.8所示和SEQ ID NO.9所示的序列。
9、根据实施方式4-8中任一项所述的***,其中所述引物VH4包含选自下组的序列:SEQ ID NO.10所示、SEQ ID NO.11所示和SEQ ID NO.12所示的序列。
10、根据实施方式4-9中任一项所述的***,其中所述引物VH5包含选自下组的序列:SEQ ID NO.13所示、SEQ ID NO.14所示和SEQ ID NO.15所示的序列。
11、根据实施方式4-10中任一项所述的***,其中所述引物VH6包含选自下组的序列:SEQ ID NO.16、SEQ ID NO.17所示和SEQ ID NO.18所示的序列。
12、根据实施方式4-11中任一项所述的***,其中所述引物DH1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.21所示和SEQ ID NO.22所示的序列。
13、根据实施方式4-12中任一项所述的***,其中所述引物DH2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.23所示和SEQ ID NO.24所示的序列。
14、根据实施方式4-13中任一项所述的***,其中所述引物DH3包含选自下组的序列:SEQ ID NO.25所示和SEQ ID NO.26所示的序列。
15、根据实施方式4-14中任一项所述的***,其中所述引物DH4包含选自下组的序列:SEQ ID NO.27所示和SEQ ID NO.28所示的序列。
16、根据实施方式4-15中任一项所述的***,其中所述引物DH5包含选自下组的序列:SEQ ID NO.29所示和SEQ ID NO.30所示的序列。
17、根据实施方式4-16中任一项所述的***,其中所述引物DH6包含选自下组的序列:SEQ ID NO.31所示和SEQ ID NO.32所示的序列。
18、根据实施方式4-17中任一项所述的***,其中所述引物DH7包含选自下组的序列:SEQ ID NO.33所示和SEQ ID NO.34所示的序列。
19、根据实施方式3-18中任一项所述的***,其中所述靶标基因包括IgK基因重排,且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂包括选自下述的一组或多组引物组合:
1)正向引物:Vk1,反向引物:Kdel;
2)正向引物:Vk2,反向引物:Kdel;
3)正向引物:Vk3,反向引物:Kdel;和
4)正向引物:Intron RSS,反向引物:Kdel。
20、根据实施方式19所述的***,其中所述引物Vk1包含选自下组的序列:SEQ IDNO.35所示和SEQ ID NO.36所示的序列。
21、根据实施方式19-20中任一项所述的***,其中所述引物Vk2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.37所示和SEQ ID NO.38所示的序列。
22、根据实施方式19-21中任一项所述的***,其中所述引物Vk3包含选自下组的序列:SEQ ID NO.39所示和SEQ ID NO.40所示的序列。
23、根据实施方式19-22中任一项所述的***,其中所述引物Vk4包含选自下组的序列:SEQ ID NO.41所示和SEQ ID NO.42所示的序列。
24、根据实施方式19-23中任一项所述的***,其中所述引物Intron RSS包含选自下组的序列:SEQ ID NO.43所示和SEQ ID NO.44所示的序列。
25、根据实施方式19-24中任一项所述的***,其中所述引物Kdel包含选自下组的序列:SEQ ID NO.45所示和SEQ ID NO.46所示的序列。
26、根据实施方式3-25中任一项所述的***,其中所述靶标基因包括T细胞受体区域的基因重排;所述T细胞受体区域的基因包括选自下组的一个或多个:T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B和T细胞受体G;且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂包括选自下述的一组或多组引物组合:
1)正向引物:Vd2,反向引物:Dd3;
2)正向引物:Dd2,反向引物:Dd3;
3)正向引物:Vd2,反向引物:Ja29;
4)正向引物:Vd2,反向引物:Ja9、Ja29、Ja30、Ja48、Ja49、Ja52、Ja54、Ja55、Ja56、Ja57、Ja58、Ja59和Ja61;
5)正向引物:Vg1,反向引物:Jg1和Jg2;
6)正向引物:Vg2,反向引物:Jg1和Jg2;
7)正向引物:Vg4,反向引物:Jg1和Jg2;
8)TCRB多引物组合A;
9)TCRB多引物组合B;和
10)TCRB多引物组合C。
27、根据实施方式26所述的***,其中所述引物Vg1包含选自下组的序列:SEQ IDNO.47所示和SEQ ID NO.48所示的序列。
28、根据实施方式26-27中任一项所述的***,其中所述引物Vg2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.49所示和SEQ ID NO.50所示的序列。
29、根据实施方式26-28中任一项所述的***,其中所述引物Vg4包含选自下组的序列:SEQ ID NO.53所示和SEQ ID NO.54所示的序列。
30、根据实施方式26-29中任一项所述的***,其中所述引物Jg1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.55所示和SEQ ID NO.56所示的序列。
31、根据实施方式26-30中任一项所述的***,其中所述引物Jg2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.57所示和SEQ ID NO.58所示的序列。
32、根据实施方式26-31中任一项所述的***,其中所述引物Vd2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.61所示和SEQ ID NO.62所示的序列。
33、根据实施方式26-32中任一项所述的***,其中所述引物Dd2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.65所示和SEQ ID NO.66所示的序列。
34、根据实施方式26-33中任一项所述的***,其中所述引物Dd3包含选自下组的序列:SEQ ID NO.67所示和SEQ ID NO.68所示的序列。
35、根据实施方式26-34中任一项所述的***,其中所述引物Ja9包含选自下组的序列:SEQ ID NO.71所示的序列。
36、根据实施方式26-35中任一项所述的***,其中所述引物Ja29包含选自下组的序列:SEQ ID NO.72所示的序列。
37、根据实施方式26-36中任一项所述的***,其中所述引物Ja30包含选自下组的序列:SEQ ID NO.73所示的序列。
38、根据实施方式26-37中任一项所述的***,其中所述引物Ja48包含选自下组的序列:SEQ ID NO.74所示的序列。
39、根据实施方式26-38中任一项所述的***,其中所述引物Ja49包含选自下组的序列:SEQ ID NO.75所示的序列。
40、根据实施方式26-39中任一项所述的***,其中所述引物Ja52包含选自下组的序列:SEQ ID NO.76所示的序列。
41、根据实施方式26-40中任一项所述的***,其中所述引物Ja54包含选自下组的序列:SEQ ID NO.77所示的序列。
42、根据实施方式26-41中任一项所述的***,其中所述引物Ja55包含选自下组的序列:SEQ ID NO.78所示的序列。
43、根据实施方式26-42中任一项所述的***,其中所述引物Ja56包含选自下组的序列:SEQ ID NO.79所示的序列。
44、根据实施方式26-43中任一项所述的***,其中所述引物Ja57包含选自下组的序列:SEQ ID NO.80所示的序列。
45、根据实施方式26-44中任一项所述的***,其中所述引物Ja58包含选自下组的序列:SEQ ID NO.81所示的序列。
46、根据实施方式26-45中任一项所述的***,其中所述引物Ja59包含选自下组的序列:SEQ ID NO.82所示的序列。
47、根据实施方式26-46中任一项所述的***,其中所述引物Ja61包含选自下组的序列:SEQ ID NO.83所示的序列。
48、根据实施方式26-47中任一项所述的***,其中所述多引物组合A包含选自下组的一个或多个序列:SEQ ID NO.86所示、SEQ ID NO.87所示、SEQ ID NO.88所示的序列、SEQ ID NO.89所示、SEQ ID NO.90所示、SEQ ID NO.91所示、SEQ ID NO.92所示、SEQ IDNO.93所示、SEQ ID NO.94所示、SEQ ID NO.95所示、SEQ ID NO.96所示、SEQ ID NO.97所示、SEQ ID NO.98所示、SEQ ID NO.99所示、SEQ ID NO.100所示、SEQ ID NO.101所示、SEQID NO.102所示、SEQ ID NO.103所示、SEQ ID NO.104所示、SEQ ID NO.105所示、SEQ IDNO.106所示、SEQ ID NO.107所示、SEQ ID NO.108所示、SEQ ID NO.111所示、SEQ IDNO.112所示、SEQ ID NO.113所示、SEQ ID NO.114所示、SEQ ID NO.115所示、SEQ IDNO.116所示、SEQ ID NO.118、SEQ ID NO.122所示和SEQ ID NO.123所示的序列。
49、根据实施方式26-48中任一项所述的***,其中所述多引物组合B包含选自下组的一个或多个序列:SEQ ID NO.86所示、SEQ ID NO.87所示、SEQ ID NO.88所示、SEQ IDNO.89所示、SEQ ID NO.90所示、SEQ ID NO.91所示、SEQ ID NO.92所示、SEQ ID NO.93所示、SEQ ID NO.94所示、SEQ ID NO.95所示、SEQ ID NO.96所示、SEQ ID NO.97所示、SEQ IDNO.98所示、SEQ ID NO.99所示、SEQ ID NO.100所示、SEQ ID NO.101所示、SEQ ID NO.102所示、SEQ ID NO.103所示、SEQ ID NO.104所示、SEQ ID NO.105所示、SEQ ID NO.106所示、SEQ ID NO.107所示、SEQ ID NO.108所示、SEQ ID NO.117所示、SEQ ID NO.119所示、SEQID NO.120所示和SEQ ID NO.121所示的序列。
50、根据实施方式26-49中任一项所述的***,其中所述多引物组合C包含选自下组的一个或多个序列:SEQ ID NO.109所示、SEQ ID NO.110所示、SEQ ID NO.111所示、SEQID NO.112所示、SEQ ID NO.113所示、SEQ ID NO.114所示、SEQ ID NO.115所示、SEQ IDNO.116所示、SEQ ID NO.117所示、SEQ ID NO.118所示、SEQ ID NO.119所示、SEQ IDNO.120所示、SEQ ID NO.121所示、SEQ ID NO.122所示和SEQ ID NO.123所示的序列。
51、根据实施方式3所述的***,其中所述靶标基因包括T细胞受体区域的基因重排;所述T细胞受体区域的基因包括选自下组的一个或多个:T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B和T细胞受体G;且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂包括选自下述的一组或多组引物组合:
1)正向引物:Vd1,反向引物:Jd1;
2)正向引物:Vd2,反向引物:Jd1;
3)正向引物:Vd3,反向引物:Jd1;
4)正向引物:Vd2,反向引物:Dd3;
5)正向引物:Dd2,反向引物:Dd3;
6)正向引物:Dd2,反向引物:Jd1;
7)正向引物:Vd2,反向引物:Ja29;
8)正向引物:Vd2,反向引物:Ja9、Ja29、Ja30、Ja48、Ja49、Ja52、Ja54、Ja55、Ja56、Ja57、Ja58、Ja59和Ja61;
9)正向引物:Vg1,反向引物:Jg1和Jg2;
10)正向引物:Vg2,反向引物:Jg1和Jg2;
11)正向引物:Vg3,反向引物:Jg1和Jg2;
12)正向引物:Vg4,反向引物:Jg1和Jg2;
13)正向引物:Sildb,反向引物:Taldb1;
14)TCRB多引物组合A;
15)TCRB多引物组合B;和
16)TCRB多引物组合C。
52、根据实施方式51所述的***,其中所述引物Vg3包含选自下组的序列:SEQ IDNO.51所示和SEQ ID NO.52所示的序列。
53、根据实施方式51-52中任一项所述的***,其中所述引物Vd3包含选自下组的序列:SEQ ID NO.63所示和SEQ ID NO.64所示的序列。
54、根据实施方式51-53中任一项所述的***,其中所述引物Vg1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.47所示和SEQ ID NO.48所示的序列。
55、根据实施方式51-54中任一项所述的***,其中所述引物Vg2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.49所示和SEQ ID NO.50所示的序列。
56、根据实施方式51-55中任一项所述的***,其中所述引物Vg4包含选自下组的序列:SEQ ID NO.53所示和SEQ ID NO.54所示的序列。
57、根据实施方式51-56中任一项所述的***,其中所述引物Jg1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.55所示和SEQ ID NO.56所示的序列。
58、根据实施方式51-57中任一项所述的***,其中所述引物Jg2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.57所示和SEQ ID NO.58所示的序列。
59、根据实施方式51-58中任一项所述的***,其中所述引物Vd2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.61所示和SEQ ID NO.62所示的序列。
60、根据实施方式51-59中任一项所述的***,其中所述引物Dd2包含选自下组的序列:SEQ ID NO.65所示和SEQ ID NO.66所示的序列。
61、根据实施方式51-60中任一项所述的***,其中所述引物Dd3包含选自下组的序列:SEQ ID NO.67所示和SEQ ID NO.68所示的序列。
62、根据实施方式51-61中任一项所述的***,其中所述引物Ja9包含选自下组的序列:SEQ ID NO.71所示的序列。
63、根据实施方式51-62中任一项所述的***,其中所述引物Ja29包含选自下组的序列:SEQ ID NO.72所示的序列。
64、根据实施方式51-63中任一项所述的***,其中所述引物Ja30包含选自下组的序列:SEQ ID NO.73所示的序列。
65、根据实施方式51-64中任一项所述的***,其中所述引物Ja48包含选自下组的序列:SEQ ID NO.74所示的序列。
66、根据实施方式51-65中任一项所述的***,其中所述引物Ja49包含选自下组的序列:SEQ ID NO.75所示的序列。
67、根据实施方式51-66中任一项所述的***,其中所述引物Ja52包含选自下组的序列:SEQ ID NO.76所示的序列。
68、根据实施方式51-67中任一项所述的***,其中所述引物Ja54包含选自下组的序列:SEQ ID NO.77所示的序列。
69、根据实施方式51-68中任一项所述的***,其中所述引物Ja55包含选自下组的序列:SEQ ID NO.78所示的序列。
70、根据实施方式51-69中任一项所述的***,其中所述引物Ja56包含选自下组的序列:SEQ ID NO.79所示的序列。
71、根据实施方式51-70中任一项所述的***,其中所述引物Ja57包含选自下组的序列:SEQ ID NO.80所示的序列。
72、根据实施方式51-71中任一项所述的***,其中所述引物Ja58包含选自下组的序列:SEQ ID NO.81所示的序列。
73、根据实施方式51-72中任一项所述的***,其中所述引物Ja59包含选自下组的序列:SEQ ID NO.82所示的序列。
74、根据实施方式51-73中任一项所述的***,其中所述引物Ja61包含选自下组的序列:SEQ ID NO.83所示的序列。
75、根据实施方式51-74中任一项所述的***,其中所述多引物组合A包含选自下组的一个或多个序列:SEQ ID NO.86所示、SEQ ID NO.87所示、SEQ ID NO.88所示、SEQ IDNO.89所示、SEQ ID NO.90所示、SEQ ID NO.91所示、SEQ ID NO.92所示、SEQ ID NO.93所示、SEQ ID NO.94所示、SEQ ID NO.95所示、SEQ ID NO.96所示、SEQ ID NO.97所示、SEQ IDNO.98所示、SEQ ID NO.99所示、SEQ ID NO.100所示、SEQ ID NO.101所示、SEQ ID NO.102所示、SEQ ID NO.103所示、SEQ ID NO.104所示、SEQ ID NO.105所示、SEQ ID NO.106所示、SEQ ID NO.107所示、SEQ ID NO.108所示、SEQ ID NO.111所示、SEQ ID NO.112所示、SEQID NO.113所示、SEQ ID NO.114所示、SEQ ID NO.115所示、SEQ ID NO.116所示、SEQ IDNO.118所示、SEQ ID NO.122所示和SEQ ID NO.123所示的序列。
76、根据实施方式51-75中任一项所述的***,其中所述多引物组合B包含选自下组的一个或多个序列:SEQ ID NO.86所示、SEQ ID NO.87所示、SEQ ID NO.88所示、SEQ IDNO.89所示、SEQ ID NO.90所示、SEQ ID NO.91所示、SEQ ID NO.92所示、SEQ ID NO.93所示、SEQ ID NO.94所示、SEQ ID NO.95所示、SEQ ID NO.96所示、SEQ ID NO.97所示、SEQ IDNO.98所示、SEQ ID NO.99所示、SEQ ID NO.100所示、SEQ ID NO.101所示、SEQ ID NO.102所示、SEQ ID NO.103所示、SEQ ID NO.104所示、SEQ ID NO.105所示、SEQ ID NO.106所示、SEQ ID NO.107所示、SEQ ID NO.108所示、SEQ ID NO.117所示、SEQ ID NO.119所示、SEQID NO.120所示和SEQ ID NO.121所示的序列。
77、根据实施方式51-76中任一项所述的***,其中所述多引物组合C包含选自下组的一个或多个序列:SEQ ID NO.109所示、SEQ ID NO.110所示、SEQ ID NO.111所示、SEQID NO.112所示、SEQ ID NO.113所示、SEQ ID NO.114所示、SEQ ID NO.115所示、SEQ IDNO.116所示、SEQ ID NO.117所示、SEQ ID NO.118所示、SEQ ID NO.119所示、SEQ IDNO.120所示、SEQ ID NO.121所示、SEQ ID NO.122所示和SEQ ID NO.123所示的序列。
78、根据实施方式51-77中任一项所述的***,其中所述引物Vd1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.59所示和SEQ ID NO.60所示的序列。
79、根据实施方式51-78中任一项所述的***,其中所述引物Jd1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.69所示和SEQ ID NO.70所示的序列。
80、根据实施方式51-79中任一项所述的***,其中所述引物Sildb包含选自下组的序列:SEQ ID NO.84所示的序列。
81、根据实施方式51-80中任一项所述的***,其中所述引物Taldb1包含选自下组的序列:SEQ ID NO.85所示的序列。
82、根据实施方式4-50中任一项所述的***,其中所述白血病为B细胞急性淋巴细胞白血病。
83、根据实施方式51-81中任一项所述的***,其中所述白血病为T细胞急性淋巴细胞白血病。
84、根据实施方式1-83中任一项所述的***,其中所述***还包括鉴定模块,该鉴定模块包含用于鉴别所述靶标特异性扩增产物的试剂和装置,从而鉴别出所述靶标特异性扩增产物中源自所述受试者的白血病细胞的特征性扩增产物。
85、根据实施方式84所述的***,其中所述鉴定模块包含对所述靶标特异性扩增产物进行凝胶电泳分离所需的试剂和装置。
86、根据实施方式84-85中任一项所述的***,其中所述***还包括分析模块,该分析模块包含用于分析所述特征性扩增产物的试剂和装置,从而获得特异于所述受试者的白血病细胞的特征性基因序列。
87、根据实施方式86所述的***,其中所述分析模块包含对所述特征性扩增产物进行核酸测序及序列分析所需的试剂和装置。
88、根据实施方式87所述的***,其中所述分析模块包括鉴定所述特征性扩增产物的核酸序列中保守性核酸序列及受试者特异性核酸序列所需的试剂和装置,从而获得特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列。
89、根据实施方式86-88中任一项所述的***,其中所述***还包括识别模块,该识别模块包含能够特异性识别和/或扩增所述受试者的所述特征性基因序列的试剂和装置,从而判断所述受试者中残留白血病细胞的存在和/或比例。
90、根据实施方式89所述的***,其中所述识别模块包含特异性扩增特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列的试剂或装置。
91、根据实施方式90所述的***,其中所述识别模块还包含与非特征性基因序列结合的探针以及能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置。
92、根据实施方式91所述的***,其中所述非特征性基因序列包括源自下组中的一种或多种基因的核酸序列:IgH、IgK、T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B、T细胞受体G和Tal 1。
93、根据实施方式92所述的***,其中所述非特征性基因序列包括源自IgH的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置包含选自下组的序列:SEQ IDNO.124所示、SEQ ID NO.125所示、SEQ ID NO.126所示、SEQ ID NO.127所示、SEQ IDNO.128所示、SEQ ID NO.129所示、SEQ ID NO.130所示和SEQ ID NO.131所示的序列。
94、根据实施方式92-93中任一项所述的***,其中所述非特征性基因序列包括源自IgH的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针包含选自下组的序列:SEQ IDNO.173所示、SEQ ID NO.174所示、SEQ ID NO.175所示、SEQ ID NO.176所示、SEQ IDNO.177所示、SEQ ID NO.178所示、SEQ ID NO.179所示和SEQ ID NO.180所示的序列。
95、根据实施方式92-94中任一项所述的***,其中所述非特征性基因序列包括源自IgK的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置包含选自下组的序列:SEQ ID NO.132所示、SEQ ID NO.133所示、SEQ ID NO.134所示、SEQ ID NO.135所示、SEQID NO.136所示、SEQ ID NO.137所示、SEQ ID NO.138所示、SEQ ID NO.139所示、SEQ IDNO.140所示和SEQ ID NO.141所示的序列。
96、根据实施方式92-95中任一项所述的***,其中所述非特征性基因序列包括源自IgK的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针包含选自下组的序列:SEQ IDNO.181所示、SEQ ID NO.182所示、SEQ ID NO.183所示、SEQ ID NO.184所示、SEQ IDNO.185所示、SEQ ID NO.186所示、SEQ ID NO.187所示、SEQ ID NO.188所示、SEQ IDNO.189所示和SEQ ID NO.190所示的序列。
97、根据实施方式92-96中任一项所述的***,其中所述非特征性基因序列包括源自T细胞受体G的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置包含选自下组的序列:SEQ ID NO.142所示、SEQ ID NO.143所示、SEQ ID NO.144所示、SEQ ID NO.145所示、SEQ ID NO.146所示、SEQ ID NO.147所示、SEQ ID NO.148所示、SEQ ID NO.149所示、SEQ ID NO.150所示和SEQ ID NO.151所示的序列。
98、根据实施方式92-97中任一项所述的***,其中所述非特征性基因序列包括源自T细胞受体G的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针包含选自下组的序列:SEQ ID NO.191所示、SEQ ID NO.192所示、SEQ ID NO.193所示、SEQ ID NO.194所示、SEQID NO.195所示、SEQ ID NO.196所示、SEQ ID NO.197所示、SEQ ID NO.198所示、SEQ IDNO.199所示和SEQ ID NO.200所示的序列。
99、根据实施方式92-98中任一项所述的***,其中所述非特征性基因序列包括源自T细胞受体D和/或T细胞受体A的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置包含选自下组的序列:SEQ ID NO.152所示、SEQ ID NO.153所示、SEQ ID NO.154所示、SEQ ID NO.155所示、SEQ ID NO.156所示和SEQ ID NO.157所示的序列。
100、根据实施方式92-99中任一项所述的***,其中所述非特征性基因序列包括源自T细胞受体D和/或T细胞受体A的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针包含选自下组的序列:SEQ ID NO.201所示、SEQ ID NO.202所示、SEQ ID NO.203所示、SEQ IDNO.204所示、SEQ ID NO.205所示和SEQ ID NO.206所示的序列。
101、根据实施方式92-100中任一项所述的***,其中所述非特征性基因序列包括源自T细胞受体B的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置包含选自下组的序列:SEQ ID NO.158所示、SEQ ID NO.159所示、SEQ ID NO.160所示、SEQ ID NO.161所示、SEQ ID NO.162所示、SEQ ID NO.163所示、SEQ ID NO.164所示、SEQ ID NO.165所示、SEQ ID NO.166所示、SEQ ID NO.167所示、SEQ ID NO.168所示、SEQ ID NO.169所示和SEQID NO.170所示的序列。
102、根据实施方式92-101中任一项所述的***,其中所述非特征性基因序列包括源自T细胞受体B的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针包含选自下组的序列:SEQ ID NO.207所示、SEQ ID NO.208所示、SEQ ID NO.209所示、SEQ ID NO.210所示、SEQ ID NO.211所示、SEQ ID NO.212所示、SEQ ID NO.213所示、SEQ ID NO.214所示、SEQID NO.215所示、SEQ ID NO.216所示、SEQ ID NO.217所示、SEQ ID NO.218所示和SEQ IDNO.219所示的序列。
103、根据实施方式92-102中任一项所述的***,其中所述非特征性基因序列包括源自Tal 1的核酸序列,且所述能够扩增非特征性基因序列的试剂或装置包含选自下组的序列:SEQ ID NO.171所示和SEQ ID NO.172所示的序列。
104、根据实施方式92-103中任一项所述的***,其中所述非特征性基因序列包括源自Tal 1的核酸序列,且所述与非特征性基因序列结合的探针包含选自下组的序列:SEQID NO.220所示和SEQ ID NO.221所示的序列。
不欲被任何理论所限,下文中的实施例仅仅是为了阐释本申请的装置、方法和***的工作方式,而不用于限制本申请发明的范围。
实施例
实施例1急性淋巴细胞白血病(ALL)受试者靶标基因的扩增和鉴定
1.1受试者DNA的获取
在每名被诊断患有急性淋巴细胞白血病的受试者接收治疗之前,获得源自该受试者的样品(例如,血细胞样品,或从所述细胞中提取的DNA样品),并对该样品进行系列稀释(例如,稀释10倍,100倍,1000倍,1万倍,10万倍或更多倍)。在该受试者经受所述治疗之后,再次获得源自该受试者的样品(例如,血细胞样品,或从所述细胞中提取的DNA样品)。
对于每名受试者,每次收集约2毫升其骨髓样本(在该骨髓样本中,白血病细胞比例为至少90%)。培养基中制备了5毫升该样本的细胞悬液,并用Ficoll进行密度梯度离心分离。此过程中,在所述细胞悬液的下层注入5毫升Ficoll淋巴细胞分离液,并在室温下、以800g离心30分钟。离心后,小心收集中间层的细胞,并将其转移到RPMI细胞培养基中,获得源自受试者的白血病细胞悬液。
之后,将该白血病细胞悬液在室温下、300g离心8分钟。用RPMI细胞培养基清洗沉淀的细胞,并在室温下、300g离心8分钟,去除上清。将得到的细胞悬浮于含有约10%DMSO的胎牛血清中,并将其制备为细胞密度为约2x107/ml至约5x107/ml的细胞悬液。将不准备立即使用的细胞冷冻储存在液氮中。
用NucleoBond CB 20试剂盒(购自NucleoBond公司,按照试剂盒中的说明书进行操作)分离细胞悬液中的DNA,即得所述受试者的DNA。根据需要,对所获得的受试者DNA样品进行稀释。
1.2受试者中靶标基因的扩增
(1)靶标基因包括:IgH、IgK、IgL、TCRA/D、TCRB和TCRG的编码区域。
(2)所使用的PCR反应体系为:10μL扩增缓冲液、4种dNTP各200μmol/L、100pmol/L引物、2μg模板(在实施例1.1中获得的源自受试者的DNA)、2.5μg TaqDNA聚合酶、1.5mmol/LMg2+和补足至100μL体积的双蒸水。其中,进行PCR反应所需的试剂购自Takara公司。
(3)PCR反应条件如下表所示:
(4)针对上述不同的靶标基因,分别采用不同的引物组合进行PCR:
A、针对源自B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)受试者的样品,共使用24组引物组合,其中:
对靶标基因IgH,使用如表1所示的引物组合:
表1
正向引物名称 | 反向引物名称 | |
第1组 | VH1/7 | JH cons |
第2组 | VH2 | JH cons |
第3组 | VH3 | JH cons |
第4组 | VH4 | JH cons |
第5组 | VH5 | JH cons |
第6组 | VH6 | JH cons |
第7组 | DH1/4/5/7 | JH cons |
第8组 | DH2 | JH cons |
第9组 | DH3 | JH cons |
第10组 | DH6 | JH cons |
对靶标基因IgK,使用如表2所示的引物组合:
表2
正向引物名称 | 反向引物名称 | |
第1组 | Vk1 | Kdel |
第2组 | Vk2 | Kdel |
第3组 | Vk3 | Kdel |
第4组 | Intron RSS | Kdel |
对靶标基因TCR,使用如表3所示的引物组合:
表3
B、针对源自T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)受试者的样品,共使用16组引物组合,其中:
对靶标基因TCR,使用如表4所示的引物组合:
表4
C、上述引物的具体核苷酸序列如表5所示:
表5
1.3靶标基因的PCR扩增产物的分离:
对实施例1.2所得的PCR扩增产物进行凝胶电泳分离,其中使用2%(w/w)琼脂糖凝胶在电压100V下电泳2小时。
图2反映了使用VH3和JH con引物组合扩增靶标基因IgH的凝胶电泳的结果。图2中,阳性对照组为采用已知IgH重排的细胞株(例如,B细胞性非霍奇金淋巴瘤(B-NHL)细胞株),按照实施例1.1提取的DNA作为模板,进行PCR反应的扩增产物,其在400bp左右出现一个明显而清晰的DNA条带,而在显示的4位受试者中,第2位和第3位受试者均出现了类似的DNA条带。这说明对这两位受试者而言这个条带是具有特异性的。
类似地,通过比对针对30个靶标基因区域进行扩增获得的PCR扩增产物的凝胶电泳分析结果(包括本申请表1-4中所示的10个IgH区域,4个IgK区域和16个TCR区域),获得了对于每位受试者而言,特异性的PCR扩增产物(即该受试者的白血病细胞的特征性扩增产物)。
由于白血病一般为单克隆性疾病,因此所有的白血病细胞基本上都源于一个基因变异的细胞克隆。基于细胞的多样性,正常人不会出现特异性的免疫球蛋白重排,而白血病细胞群却表现为对特定的基因重排的特异性,即该特定区域发生大量扩增,显示出特定受试者特异性的DNA扩增产物条带。
实施例2分析受试者的白血病细胞的特征性扩增产物
2.1基因测序
回收实施例1.3中鉴别出的各受试者白血病细胞的特征性扩增产物,然后采用“GeneScanning”的方法对获得的受试者白血病细胞的特征性扩增产物进行基因测序,得到各受试者的血病细胞特征性扩增产物的具体核苷酸序列。
“GeneScanning”的具体操作步骤参见文献Linke B,Bolz I,Fayyazi A,vonHofen M,Pott C,Bertram J et al.Automated high resolution PCR fragmentanalysis for identification of clonally rearranged immunoglobulin heavy chaingenes.Leukemia 1997;11:1055–1062.中“Cloning and DNA sequencing”部分的记载。
2.2基因测序的结果分析
利用BLAST工具(参见blast.ncbi.nlm.nih.gov),将实施例2.1中获得的各受试者白血病细胞特征性扩增产物的核苷酸序列与NCBI数据库中没有患白血病的正常人所具有的对应靶标基因的核苷酸序列进行比对,从而鉴别出各受试者白血病细胞特征性扩增产物的核苷酸序列中,哪些是保守性序列(即也存在于其它受试者中),哪些是受试者白血病细胞的特征性基因序列(即,可用于表征和识别该受试者的白血病细胞,且基本不存在于其它受试者中或非白血病细胞中)。
以图2中从第2位受试者回收的片段长度为400bp的特征性扩增产物为例,其BLAST的结果如图3所示。图3中,框中的序列表示保守的序列(即也存在于其它受试者中),而两个框之间的核苷酸序列即为受试者的白血病细胞的特征性基因序列。根据图3可知,受试者的白血病细胞的特征性基因序列为ACGGGGGCCGTAG。
实施例3对白血病细胞的特征性基因序列的分析
3.1对受试者白血病细胞特征性基因序列的qPCR检测
(1)基于实施例2.2中分析获得的各受试者白血病细胞的特征性基因序列(例如,作为示例的基因序列ACGGGGGCCGTAG),设计能够特异性对其进行扩增的个体化扩增引物组。
(2)进行荧光定量PCR扩增反应
将步骤(1)中所设计的引物,与特异性结合非特征性基因序列的探针、以及特异性扩增非特征性基因序列的引物组相组合,即采用针对于特定受试者白血病细胞的特征性基因序列设计的引物、适于所有受试者的非特征性基因扩增引物(如表6所示)和荧光探针(如表6所示)来进行qPCR反应。在qPCR中,每对引物中有一条引物是特异于特定的受试者的白血病细胞的特征性基因序列的,而另一条引物是针对所有受试者的非特征性基因的,并且所使用的荧光探针也是针对所有受试者的非特征性基因的。
表6
(3)qPCR反应体系为:2μL DNA模板(即实施例1.1中获得的受试者白血病细胞DNA)、0.3μL正向引物、0.3μL反向引物、0.4μL荧光探针、10μL Taqman Universal PCRMaster Mix和7μL dH2O。
(4)qPCR反应条件如下表所示:
(5)qPCR反应结果
以步骤(1)中获得的经系列稀释(例如,稀释10倍,100倍,1000倍,1万倍或10万倍)的治疗前受试者DNA样品作为模板,按照本实施例中所描述的,分别进行qPCR反应,从而建立一系列对应于各不同DNA样品浓度的标准扩增曲线。
此外,还以步骤(1)中获得的治疗后该受试者的DNA样品作为模板,按照本实施例中所描述的进行qPCR反应,获得治疗后测定结果。通过将所述治疗后测定结果与所述标准扩增曲线进行比较,来判断经过治疗后的该受试者中白血病细胞特征性基因序列的比例,并据此判断经过治疗后,所述受试者中白血病细胞的比例A。
以用表6中IgH引物(GCGCGRAACAGGTACTGG(SEQ ID NO:126)及其相应探针TCTCCTATACTACACGCTCT)(SEQ ID NO:175)和第2名受试者的患者特异性引物(CCGTGGTGTCACA(SEQ ID NO:222))对实施例2中所述的示例性基因序列ACGGGGGCCGTAG进行qPCR扩增的结果为例,结果如图4所示。将接受治疗15天后该受试者的DNA样品作为模板,所获得的qPCR结果如图4中“第15天”的箭头所指,将该结果与系列标准曲线(图4中分别使用白血病细胞DNA比例为1/10、1/102、1/103、1/104、5/105的样品作为模板,进行本实施例描述的qPCR反应所获得的结果,分别标记为10-1、10-2、10-3、10-4以及5x 10-5)进行比较,可以看到,经过15天的治疗后,所述受试者体内包含的白血病细胞的比例为约1/102。
类似地,可利用本申请中描述的方法和***对所有受试者中的残留白血病细胞比例进行检测。
3.2qPCR检测的结果分析
实施例3.1中测定的受试者中白血病细胞的比例A可用于指导后续的治疗方案(如表7所示):在A>1/104的情况下,可进一步分析所述比例A的大小,从而判断是否适于对所述受试者进行骨髓移植。例如,若1/104<A<1/103,可表明可以对所述受试者进行骨髓移植手术;若A>1/103,可表明所述受试者体内存在大量的白血病细胞,由于较高的白血病细胞残留度会使得白血病复发的可能性大大增加,因此这种情况下应认为所述受试者不适于进行骨髓移植手术,而应继续接受新一轮的治疗或提高治疗的强度
表7
可见,根据图4的结果,该受试者还应继续接受治疗或提高治疗的强度。
前述详细说明是以解释和举例的方式提供的,并非要限制所附权利要求的范围。目前本文所列举的实施方式的多种变化对本领域普通技术人员来说是显而易见的,且保留在所附的权利要求和其等同方案的范围内。
序列表
<110> 杭州赫玛生物科技有限公司
<120> 0022-PA-003
<130> 检测白血病细胞的***和方法
<160> 222
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH1/7
<400> 1
tctccccctc tcctctacta 20
<210> 2
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH1/7
<400> 2
cccctcagtc tacctctcct gcaag 25
<210> 3
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH1/7
<400> 3
ctccgtgcct cacccccctg ctcaa 25
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH2
<400> 4
accttctagc tgtctcctcc t 21
<210> 5
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH2
<400> 5
gtctcctcct acgctcctct aaccc 25
<210> 6
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH2
<400> 6
tgcttccgtc agcccccacc ctacc 25
<210> 7
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH3
<400> 7
ccccgtccct ctctctctc 19
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH3
<400> 8
ctcccccctc cctctctctc tcctg 25
<210> 9
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH3
<400> 9
cctccgccac cctccaccct a 21
<210> 10
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH4
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gcccagctct cctctagc 18
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH4
<400> 11
cttcgctctc cctgtccctc acctg 25
<210> 12
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH4
<400> 12
tgcttccgcc agcccccacc ctacc 25
<210> 13
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH5
<400> 13
ctcctgcagt ctgctgcag 19
<210> 14
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH5
<400> 14
cccgctgtct ctctacttct cctgt 25
<210> 15
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH5
<400> 15
ccgtgcgcca cttgcccccc taacc 25
<210> 16
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH6
<400> 16
gtacagctgc agcagtcacc t 21
<210> 17
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH6
<400> 17
tcgcactccc tctcactcac ctgtg 25
<210> 18
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> VH6
<400> 18
tgcttcaccc agtccccatc ctctg 25
<210> 19
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> JH cons
<400> 19
acctctgctc tccctctcc 19
<210> 20
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> JH cons
<400> 20
cttacctctg ctctccctct cc 22
<210> 21
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH1
<400> 21
ayccagctcc ccccactgcw ca 22
<210> 22
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH1
<400> 22
cccgctatgt gtgcaccc 18
<210> 23
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH2
<400> 23
cagcactccg ctcactgtcc tctc 24
<210> 24
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH2
<400> 24
gcactccgct cactgtcctc t 21
<210> 25
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH3
<400> 25
cctcctcmcc tcagcccygc tcat 24
<210> 26
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH3
<400> 26
gtccccctcc ctatataaaa 20
<210> 27
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH4
<400> 27
cccagctcgc accrctgtca a 21
<210> 28
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH4
<400> 28
acttccccag ctcgcagca 19
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH5
<400> 29
acccagcctg ctctccactg 20
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH5
<400> 30
caccccctca ctgtgcatgt 20
<210> 31
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH6
<400> 31
cacccccccc araaccagkg wt 22
<210> 32
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH6
<400> 32
tctccccagc aaccctacc 19
<210> 33
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH7
<400> 33
ccgctcccct ctcccacgtg tttt 24
<210> 34
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DH7
<400> 34
cacacccccc ctaccagc 18
<210> 35
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vk1
<400> 35
gtagctctca ctgtcaccat cact 24
<210> 36
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vk1
<400> 36
tcaaccttca gccccagtgc ttctg 25
<210> 37
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vk2
<400> 37
tgctctgccc ccctccatct c 21
<210> 38
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vk2
<400> 38
cccctccatc tcctgcacct ctagtc 26
<210> 39
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vk3
<400> 39
ccctaactgc caccctctcc tg 22
<210> 40
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vk3
<400> 40
cccaccctcc tcatctatct tgcatcc 27
<210> 41
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vk4
<400> 41
cccctctccg ccaccatcaa c 21
<210> 42
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vk4
<400> 42
caactgcaag tccagccact gtgtttt 27
<210> 43
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Intron RSS
<400> 43
gttattccca aaagctcaat ctcaaag 27
<210> 44
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Intron RSS
<400> 44
cgtcccaccg cctgctgtac tc 22
<210> 45
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Kdel
<400> 45
cccttcatac tcccttcacc cac 23
<210> 46
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Kdel
<400> 46
cctcactcct cactgcacct tgtccta 27
<210> 47
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vg1
<400> 47
caccccctct ccgtcatctg c 21
<210> 48
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vg1
<400> 48
gctacccccc acagcrtctt 20
<210> 49
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vg2
<400> 49
cagcccgcct gctatgtgtc c 21
<210> 50
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vg2
<400> 50
agcatccgta actcaagcaa 20
<210> 51
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vg3
<400> 51
ctcatacctt gcaacttatc ctgc 24
<210> 52
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vg3
<400> 52
ccccactgtc actaagctat c 21
<210> 53
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vg4
<400> 53
ctctaatatc tatttccact ccagc 25
<210> 54
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vg4
<400> 54
cttccacttc cactttctaa 20
<210> 55
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jg1 (Jg1.1/2.1)
<400> 55
ttaccacctc tagttactat ctgc 24
<210> 56
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jg1 (Jg1.1/2.1)
<400> 56
ttaccacccc tagttactat ctgc 24
<210> 57
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jg2 (Jg1.3/2.3)
<400> 57
ccgtatatgc acaaagccaa atc 23
<210> 58
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jg2 (Jg1.3/2.3)
<400> 58
gtgttgttcc actgccaaac tg 22
<210> 59
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vd1
<400> 59
actaccgccc agtcatcagt atcc 24
<210> 60
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vd1
<400> 60
atgcaaaaag tcctcgctat t 21
<210> 61
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vd2
<400> 61
accaaacagt gcctgtgtca atacc 25
<210> 62
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vd2
<400> 62
ataccctcta aagctcatct atg 23
<210> 63
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vd3
<400> 63
ctccactccc tcccctgtcc c 21
<210> 64
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vd3
<400> 64
gtaccgctta accccacttt a 21
<210> 65
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Dd2
<400> 65
actccatgtt caaatactta tagtatt 27
<210> 66
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Dd2
<400> 66
agcccgtcct cttcccaaag t 21
<210> 67
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Dd3
<400> 67
ctaatcccac ttttgcccct gcag 24
<210> 68
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Dd3
<400> 68
tccctcccac cgtctgctta t 21
<210> 69
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jd1
<400> 69
acctcttccc agctgtcctc c 21
<210> 70
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jd1
<400> 70
gttccacagt cacacccgtt c 21
<210> 71
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Ja9
<400> 71
tttaactccc actcaaaact atg 23
<210> 72
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Ja29
<400> 72
cccaaaagca ttctacctac a 21
<210> 73
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Ja30
<400> 73
gccacccaca tgtcttag 18
<210> 74
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Ja48
<400> 74
tccccactat cttatgcag 19
<210> 75
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Ja49
<400> 75
gcagtttaaa ccgtttgct 19
<210> 76
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Ja52
<400> 76
ccgctaccct gcaaaag 17
<210> 77
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Ja54
<400> 77
ctcccccaag taattaaatc a 21
<210> 78
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Ja55
<400> 78
agtatacgtc cctcaagctc t 21
<210> 79
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Ja56
<400> 79
agctctttcc cttatctttc a 21
<210> 80
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Ja57
<400> 80
gctcctccgt tataaaacac t 21
<210> 81
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Ja58
<400> 81
ctcttctatg tcccactct 19
<210> 82
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Ja59
<400> 82
atcaaatcct caccctctag 20
<210> 83
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Ja61
<400> 83
gtttgttaac ccacattact atc 23
<210> 84
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Sildb
<400> 84
aaccgctgct agtccctcta a 21
<210> 85
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Taldb1
<400> 85
actgcctgtc gccaacta 18
<210> 86
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb2
<400> 86
aactatgttt tcctatcgtc a 21
<210> 87
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb4
<400> 87
caccttgttc tcctaccgtc agca 24
<210> 88
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb5/1
<400> 88
cagtgtgtcc tcctaccaac ag 22
<210> 89
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb6a/11
<400> 89
aaccctttat tcctaccctc a 21
<210> 90
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb6b/25
<400> 90
atcccttttt tcctaccaac ag 22
<210> 91
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb6c
<400> 91
aaccctttat tcctatcaac ag 22
<210> 92
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb7
<400> 92
cgctatgtat tcctacaagc a 21
<210> 93
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb8a
<400> 93
ctcccgtttt ctcctacact cactc 25
<210> 94
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb9
<400> 94
cgctatgtat tcctataaac ag 22
<210> 95
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb10
<400> 95
ttatgtttac tcctatcgta actagc 26
<210> 96
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb11
<400> 96
caaaatgtac tcctatcaac aa 22
<210> 97
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb12a/3/13a/15
<400> 97
atacatgtac tcctatcctc aactc 25
<210> 98
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb13b
<400> 98
ccccatgtac tcctatactc aag 23
<210> 99
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb13c/12b/14
<400> 99
gtatatgtcc tcctatcctc aact 24
<210> 100
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb16
<400> 100
taacctttat tcctatcctc gtgt 24
<210> 101
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb17
<400> 101
ccccatgtac tcctaccctc a 21
<210> 102
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb18
<400> 102
tcatgtttac tcctatcccc ag 22
<210> 103
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb19
<400> 103
ttatgtttat tcctatcaac actatca 27
<210> 104
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb20
<400> 104
caacctatac tcctaccctc a 21
<210> 105
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb21
<400> 105
taccctttac tcctaccccc ag 22
<210> 106
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb22
<400> 106
atacttctat tcctacactc aaatct 26
<210> 107
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb23/8b
<400> 107
caccctctac tcctaccagc a 21
<210> 108
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vb24
<400> 108
cgtcatgtac tcctaccagc a 21
<210> 109
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Db1
<400> 109
gccaaacagc cttacaaact c 21
<210> 110
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Db2
<400> 110
tttccaagcc ccacacagtc 20
<210> 111
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jb1.1
<400> 111
cttacctaca actgtctatc tcctg 25
<210> 112
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jb1.2
<400> 112
cttacctaca acccttaacc tcctc 25
<210> 113
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jb1.3
<400> 113
cttacctaca acagtctgcc aactt 25
<210> 114
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jb1.4
<400> 114
catacccaac tcactctgct ccgttc 26
<210> 115
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jb1.5
<400> 115
cttacctagc ttgctctgtc ctgtc 25
<210> 116
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jb1.6
<400> 116
catacctgtc acagtctgcc tg 22
<210> 117
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jb2.1
<400> 117
ccttcttacc tagcaccctc t 21
<210> 118
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jb2.2
<400> 118
cttacccagt accctcagcc t 21
<210> 119
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jb2.3
<400> 119
cccgcttacc ctgcactgtc a 21
<210> 120
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jb2.4
<400> 120
ccagcttacc cagcactctc t 21
<210> 121
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jb2.5
<400> 121
cgcgcacacc ctgcac 16
<210> 122
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jb2.6
<400> 122
ctcgcccagc accctcagcc t 21
<210> 123
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Jb2.7
<400> 123
cttacctgta accgtctgcc tg 22
<210> 124
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH引物
<400> 124
ctagaaycag gcctgrgtca c 21
<210> 125
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH引物
<400> 125
ctactctcta ctcctgcgtc 20
<210> 126
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH引物
<400> 126
gcgcgraaca ggtactgg 18
<210> 127
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH引物
<400> 127
ggctcaactg tcctgtyagg 20
<210> 128
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH引物
<400> 128
gtccttaaag gtacaaggca g 21
<210> 129
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH引物
<400> 129
ccgttagggc tctcacctct 20
<210> 130
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH引物
<400> 130
agcctctagc taacgctaca aac 23
<210> 131
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH引物
<400> 131
cctctaaaca aagcgggtac tgt 23
<210> 132
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK引物
<400> 132
gcctggcgct cgtgtact 18
<210> 133
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK引物
<400> 133
gctcacttat cactctcagg taca 24
<210> 134
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK引物
<400> 134
cagtgggtca gcctctgtaa a 21
<210> 135
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK引物
<400> 135
aggctgcgaa ggtaggctgg 20
<210> 136
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK引物
<400> 136
gtacacaact aactcacagg ctacag 26
<210> 137
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK引物
<400> 137
atagctcaca aagctacaca aagta 25
<210> 138
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK引物
<400> 138
tcacaaaaca acctcaatag taaca 25
<210> 139
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK引物
<400> 139
atatctggtc tcgtatatac tcaaacac 28
<210> 140
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK引物
<400> 140
ggtacactgg caataaacac tactc 25
<210> 141
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK引物
<400> 141
tacactcagg tggtcactgg tcag 24
<210> 142
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg引物
<400> 142
acaaacccta cctcaagcta caac 24
<210> 143
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg引物
<400> 143
gctgctaagt tattaactct aacaggc 27
<210> 144
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg引物
<400> 144
acaaacgcta cctcaagcta ctact 25
<210> 145
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg引物
<400> 145
atacaactta cagtactgct aagttat 27
<210> 146
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg引物
<400> 146
cctcaggcta ctcgcaaaat aaa 23
<210> 147
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg引物
<400> 147
tctcaggtat cacatagtac tctaaca 27
<210> 148
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg引物
<400> 148
ctctcacaac ataggaaagg tacaag 26
<210> 149
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg引物
<400> 149
ggtggctact ctaactaaca actgg 25
<210> 150
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg引物
<400> 150
aactatactg cttaaaaaac actaacta 28
<210> 151
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg引物
<400> 151
aaggtcgcaa ggctcttata ggaa 24
<210> 152
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRd/a引物
<400> 152
ccgcaaaagg taaacacgca aac 23
<210> 153
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRd/a引物
<400> 153
aagctaaggc taaaagctac tactg 25
<210> 154
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRd/a引物
<400> 154
ggctggaatc aaactcataa agg 23
<210> 155
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRd/a引物
<400> 155
caaagtagct ggtacgcaaa aggaa 25
<210> 156
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRd/a引物
<400> 156
aacgggctcc tgaaaatgta c 21
<210> 157
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
TCRb引物
<400> 157
ctctggtggt ctctggcagg 20
<210> 158
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb引物
<400> 158
ctacctggct gctaactaaa aa 22
<210> 159
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb引物
<400> 159
cgaaaggctc ctgggtcag 19
<210> 160
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb引物
<400> 160
cgaaaggctc ctgggtcag 19
<210> 161
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb引物
<400> 161
cgaaaggctc ctgggtcag 19
<210> 162
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb引物
<400> 162
cgaaaggctc ctgggtcag 19
<210> 163
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb引物
<400> 163
cgaaaggctc ctgggtcag 19
<210> 164
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb引物
<400> 164
cgaaaggctc ctgggtcag 19
<210> 165
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb引物
<400> 165
cgaaaggctc ctgggtcag 19
<210> 166
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb引物
<400> 166
caggctcctg ctgctcg 17
<210> 167
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb引物
<400> 167
caggctcctg ctgctcg 17
<210> 168
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb引物
<400> 168
caggctcctg ctgctcg 17
<210> 169
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb引物
<400> 169
caggctcctg ctgctcg 17
<210> 170
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb引物
<400> 170
caggctcctg ctgctcg 17
<210> 171
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Tal 1引物
<400> 171
aaggaactta cgtccgtcaa gt 22
<210> 172
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Tal 1引物
<400> 172
ggaacttacg tccgtct 17
<210> 173
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH荧光探针
<400> 173
acgctactag ctcgtct 17
<210> 174
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH荧光探针
<400> 174
tactgctact agctgg 16
<210> 175
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH荧光探针
<400> 175
tctcctatac tacacgctct 20
<210> 176
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH荧光探针
<400> 176
tctggctcta cgtctcgt 18
<210> 177
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH荧光探针
<400> 177
tctggctcct cgtctact 18
<210> 178
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH荧光探针
<400> 178
ggctggtcag ggtctggtca ggtg 24
<210> 179
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH荧光探针
<400> 179
caaggctcat aggtcagggt ctcaaca 27
<210> 180
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgH荧光探针
<400> 180
cacggtcagg gtctggtcag gtaacta 27
<210> 181
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK荧光探针
<400> 181
ctcgccgggt caatctcgta tctgt 25
<210> 182
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK荧光探针
<400> 182
tggtgtactt acgtcgtagc tgaatcct 28
<210> 183
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK荧光探针
<400> 183
acactctaat acacctgggt gctgcgt 27
<210> 184
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK荧光探针
<400> 184
acgtcgtaaa aacgctatag ctcttaaagc tgt 33
<210> 185
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK荧光探针
<400> 185
aggaatagaa tcctctc 17
<210> 186
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK荧光探针
<400> 186
aggtctagaa tcgtatc 17
<210> 187
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK荧光探针
<400> 187
caggttaaga atcgtatc 18
<210> 188
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK荧光探针
<400> 188
aggtctataa acgtatc 17
<210> 189
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK荧光探针
<400> 189
aggtctataa acgtatc 17
<210> 190
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IgK荧光探针
<400> 190
acgtcgtaaa aacgctatag ctcttaaagc tgt 33
<210> 191
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg荧光探针
<400> 191
aactgtatgt aactcgctat a 21
<210> 192
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg荧光探针
<400> 192
aggtgctcgt ggtatatg 18
<210> 193
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg荧光探针
<400> 193
cctatacaat atctaatact ctctg 25
<210> 194
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg荧光探针
<400> 194
tcctacgtac tgctgctcgt gctata 26
<210> 195
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg荧光探针
<400> 195
tgctaatact atatctacgt ctctctggg 29
<210> 196
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg荧光探针
<400> 196
actaacgtag gtactactgt 20
<210> 197
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg荧光探针
<400> 197
tactctaact actctagcgc 20
<210> 198
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg荧光探针
<400> 198
aaagaacaaa ctctaactag tactgg 26
<210> 199
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg荧光探针
<400> 199
ctctaggctc taacgtctaa gtaacaacag gtgg 34
<210> 200
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRg荧光探针
<400> 200
tgtcacaggt aagttacgct acttaacaac taaa 34
<210> 201
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRd/a荧光探针
<400> 201
actagtatca cctaagtact 20
<210> 202
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRd/a荧光探针
<400> 202
ttaactgtag tgaatctatg tcg 23
<210> 203
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRd/a荧光探针
<400> 203
aggtctctat gtatatccta actaggtgcg 30
<210> 204
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRd/a荧光探针
<400> 204
ggcgtgtctc tgtgctagct agtaagtaac tc 32
<210> 205
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRd/a荧光探针
<400> 205
taaccctcag tcgtacaaaa ggtacactct ggt 33
<210> 206
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 206
aagtacaaac gtgtaactat gt 22
<210> 207
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 207
tctaggtgta actatgtgg 19
<210> 208
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 208
aagctcaagc ctgctctctc acagaag 27
<210> 209
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 209
ggaacggaac gggctgctgg aaaa 24
<210> 210
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 210
aagctctggc tagaagcgtc actgaag 27
<210> 211
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 211
gctcgtaaat ggtgtaggct ctcctct 27
<210> 212
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 212
gctcaatggc ttaggctgct gcgt 24
<210> 213
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 213
tactcctgaa caacggcgca ggct 24
<210> 214
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 214
aagctctagc gtctagcgtc tgggta 26
<210> 215
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 215
agttaaatgc ggctgcctgg cgg 23
<210> 216
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 216
cggctggcgc gtctcagtcg t 21
<210> 217
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 217
cagtacaacg gcgcagcctc cg 22
<210> 218
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 218
aacgtggtct caatcgggcg cg 22
<210> 219
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> TCRb荧光探针
<400> 219
cggcctgctg cgtcacggtc 20
<210> 220
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Tal 1荧光探针
<400> 220
tacggtggct taaacaactg ct 22
<210> 221
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Tal 1荧光探针
<400> 221
acaaactacc tcgcaaccgc 20
<210> 222
<211> 13
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 第2名受试者的患者特异性引物
<400> 1
ccgtggtgtc aca 13
Claims (10)
1.一种用于检测受试者中白血病细胞的***,所述***包括扩增模块,该扩增模块包含能够特异性扩增靶标基因的试剂,以获得靶标特异性扩增产物。
2.根据权利要求1所述的***,其中所述靶标基因包括选自下组的一种或多种基因、其片段或其变体:IgH、IgK、T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B、T细胞受体G和Tal 1。
3.根据权利要求1-2中任一项所述的***,其中所述靶标基因包括IgH基因重排,且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂包括选自下述的一组或多组引物组合:
1)正向引物:VH1/7,反向引物:JH cons;
2)正向引物:VH2,反向引物:JH cons;
3)正向引物:VH3,反向引物:JH cons;
4)正向引物:VH4,反向引物:JH cons;
5)正向引物:VH5,反向引物:JH cons;
6)正向引物:VH6,反向引物:JH cons;
7)正向引物:DH1、DH4、DH5及DH7,反向引物:JH cons;
8)正向引物:DH2,反向引物:JH cons;
9)正向引物:DH3,反向引物:JH cons;和
10)正向引物:DH6,反向引物:JH cons。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的***,其中所述靶标基因包括IgK基因重排,且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂包括选自下述的一组或多组引物组合:
1)正向引物:Vk1,反向引物:Kdel;
2)正向引物:Vk2,反向引物:Kdel;
3)正向引物:Vk3,反向引物:Kdel;和
4)正向引物:Intron RSS,反向引物:Kdel。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的***,其中所述靶标基因包括T细胞受体区域的基因重排;所述T细胞受体区域的基因包括选自下组的一个或多个:T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B和T细胞受体G;且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂包括选自下述的一组或多组引物组合:
1)正向引物:Vd2,反向引物:Dd3;
2)正向引物:Dd2,反向引物:Dd3;
3)正向引物:Vd2,反向引物:Ja29;
4)正向引物:Vd2,反向引物:Ja9、Ja29、Ja30、Ja48、Ja49、Ja52、Ja54、Ja55、Ja56、Ja57、Ja58、Ja59和Ja61;
5)正向引物:Vg1,反向引物:Jg1和Jg2;
6)正向引物:Vg2,反向引物:Jg1和Jg2;
7)正向引物:Vg4,反向引物:Jg1和Jg2;
8)TCRB多引物组合A;
9)TCRB多引物组合B;和
10)TCRB多引物组合C。
6.根据权利要求1-4中任一项所述的***,其中所述靶标基因包括T细胞受体区域的基因重排;所述T细胞受体区域的基因包括选自下组的一个或多个:T细胞受体A、T细胞受体D、T细胞受体B和T细胞受体G;且所述能够特异性扩增靶标基因的试剂包括选自下述的一组或多组引物组合:
1)正向引物:Vd1,反向引物:Jd1;
2)正向引物:Vd2,反向引物:Jd1;
3)正向引物:Vd3,反向引物:Jd1;
4)正向引物:Vd2,反向引物:Dd3;
5)正向引物:Dd2,反向引物:Dd3;
6)正向引物:Dd2,反向引物:Jd1;
7)正向引物:Vd2,反向引物:Ja29;
8)正向引物:Vd2,反向引物:Ja9、Ja29、Ja30、Ja48、Ja49、Ja52、Ja54、Ja55、Ja56、Ja57、Ja58、Ja59和Ja61;
9)正向引物:Vg1,反向引物:Jg1和Jg2;
10)正向引物:Vg2,反向引物:Jg1和Jg2;
11)正向引物:Vg3,反向引物:Jg1和Jg2;
12)正向引物:Vg4,反向引物:Jg1和Jg2;
13)正向引物:Sildb,反向引物:Taldb1;
14)TCRB多引物组合A;
15)TCRB多引物组合B;和
16)TCRB多引物组合C。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的***,其中所述***还包括鉴定模块,该鉴定模块包含用于鉴别所述靶标特异性扩增产物的试剂和装置,从而鉴别出所述靶标特异性扩增产物中源自所述受试者的白血病细胞的特征性扩增产物。
8.根据权利要求7所述的***,其中所述***还包括分析模块,该分析模块包含用于分析所述特征性扩增产物的试剂和装置,从而获得特异于所述受试者的白血病细胞的特征性基因序列。
9.根据权利要求7-8中任一项所述的***,其中所述***还包括识别模块,该识别模块包含能够特异性识别和/或扩增所述受试者的所述特征性基因序列的试剂和装置,从而判断所述受试者中残留白血病细胞的存在和/或比例。
10.根据权利要求9所述的***,其中所述识别模块包含特异性扩增特异于所述受试者白血病细胞的特征性基因序列的试剂或装置。
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- 2017-05-03 CN CN201710303550.4A patent/CN108823306A/zh active Pending
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