CN107657150A - 一种可视化生物信息分析工具生成方法和装置 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种可视化生物信息分析工具生成方法和装置，所述方法包括：显示第一可视化编辑界面；所述第一可视化编辑界面包括至少一个配置栏；获取用户通过所述配置栏输入的输入信息；根据预设的生成规则，获取所述输入信息对应的代码段，并基于所述代码段生成生物信息分析工具。本发明通过在可视化界面上的简单操作即可快速高效的生成生物信息分析工具；此外，基于多个生成的生物信息分析工具，还能够方便的生成生物信息分析流程。
Description
技术领域
本发明涉及计算机程序开发管理技术领域，特别是指一种可视化生物信息分析工具生成方法和装置。
背景技术
随着基因检测的技术日渐成熟，相应的生物信息分析技术正渐渐从实验室走向商业化、工程化。在现有技术中，多采用计算机编程设计生成专用的生物信息分析工具来进行快速高效的生物信息分析过程。具体的，生物信息专家用文本编辑器编写流程描述脚本，然后将其在终端执行相关的作业。发明人在实现本发明的过程中，发现现有技术存在如下缺点：1、通过命令行操作，使用不便；2、制作工具人员要求高，需要有命令行和写代码的技术。
发明内容
有鉴于此，本发明的目的在于提出一种可视化生物信息分析工具生成方法和装置，能够简单、高效的生成生物信息分析工具。
基于上述目的本发明提供的一种可视化生物信息分析工具生成方法，包括：
显示第一可视化编辑界面；所述第一可视化编辑界面包括至少一个配置栏；
获取用户通过所述配置栏输入的输入信息；
根据预设的生成规则，获取所述输入信息对应的代码段，并基于所述代码段生成生物信息分析工具。
在一些实施方式中，所述方法还包括：
获取执行对象文件；
令所述生物信息分析工具对所述执行对象文件进行生物信息分析，生成结果文件。
在一些实施方式中，所述获取执行对象文件还包括：
对多个所述执行对象文件的文件名进行字段匹配，将匹配成功的至少两个所述执行对象文件设置为一个执行对象文件组。
在一些实施方式中，所述获取执行对象文件还包括：
选择所述执行对象文件附带的参考文件；
根据预设的所述索引文件的二级扩展名与所述参考文件之间的对应关系，获取所述参考文件对应的至少一个索引文件；其中，所述二级扩展名为所述参考文件的扩展名加上所述索引文件的原始扩展名。
在一些实施方式中，所述方法还包括：
生成至少两个所述生物信息分析工具；
显示第二可视化编辑界面；所述第二可视化编辑界面上包括与至少两个所述生物信息分析工具对应的多个工具节点；
根据用户对所述工具节点的编辑操作，将至少两个所述工具节点按一定的依赖关系和顺序，生成生物信息分析流程；
根据所述生物信息分析流程，设置输入项，生成作业描述文档；
分解所述作业描述文档，生成与多个所述生物信息分析工具对应的多个任务单元，并相应生成与多个所述任务单元对应的多个任务描述文档；
对多个所述任务描述文档进行解析，生成可执行命令；
在容器镜像中执行所述可执行命令，获得流程结果文件。
另一方面，本发明还提供了一种可视化生物信息分析工具生成装置，包括：
显示模块，用于显示第一可视化编辑界面；所述第一可视化编辑界面包括至少一个配置栏；
获取模块，用于获取用户通过所述配置栏输入的输入信息；
生成模块，用于根据预设的生成规则，获取所述输入信息对应的代码段，并基于所述代码段生成生物信息分析工具。
在一些实施方式中，所述装置还包括：
第一执行模块，用于获取执行对象文件；令所述生物信息分析工具对所述执行对象文件进行生物信息分析，生成结果文件。
在一些实施方式中，所述执行模块还用于：对多个所述执行对象文件的文件名进行字段匹配，将匹配成功的至少两个所述执行对象文件设置为一个执行对象文件组。
在一些实施方式中，所述执行模块还用于：选择所述执行对象文件附带的参考文件；根据预设的所述索引文件的二级扩展名与所述参考文件之间的对应关系，获取所述参考文件对应的至少一个索引文件；其中，所述二级扩展名为所述参考文件的扩展名加上所述索引文件的原始扩展名。
在一些实施方式中，所述装置还包括：
第二执行模块，用于生成多个所述生物信息分析工具；显示第二可视化编辑界面；所述第二可视化编辑界面上包括与多个所述生物信息分析工具对应的多个工具节点；根据用户对所述工具节点的编辑操作，将多个所述工具节点按一定的依赖关系和顺序，生成生物信息分析流程；根据所述生物信息分析流程，设置输入项，生成作业描述文档；分解所述作业描述文档，生成与多个所述生物信息分析工具对应的多个任务单元，并相应生成与多个所述任务单元对应的多个任务描述文档；对多个所述任务描述文档进行解析，生成可执行命令；在容器镜像中执行所述可执行命令，获得流程结果文件。
从上面所述可以看出，本发明提供的可视化生物信息分析工具生成方法和装置，通过在可视化界面上的简单操作即可快速高效的生成生物信息分析工具；此外，基于多个生成的生物信息分析工具，还能够方便的生成生物信息分析流程。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1为本发明实施例的可视化生物信息分析工具生成方法流程图；
图2为本发明实施例中建立生物信息分析流程的流程图；
图3为本发明实施例的可视化生物信息分析工具生成装置结构示意图。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚明白，以下结合具体实施例，并参照附图，对本发明进一步详细说明。
需要说明的是，本发明实施例中所有使用“第一”和“第二”的表述均是为了区分两个相同名称非相同的实体或者非相同的参量，可见“第一”“第二”仅为了表述的方便，不应理解为对本发明实施例的限定，后续实施例对此不再一一说明。
本发明实施例提供了一种可视化生物信息分析工具生成方法。参考图1，为本发明实施例的可视化生物信息分析工具生成方法流程图。
所述可视化生物信息分析工具生成方法，包括以下步骤：
步骤101、显示第一可视化编辑界面；所述第一可视化编辑界面包括至少一个配置栏；
步骤102、获取用户通过所述配置栏输入的输入信息；
步骤103、根据预设的生成规则，获取所述输入信息对应的代码段，并基于所述代码段生成生物信息分析工具。
本实施例中，将可执行命令进行了抽象和分解，即预先设置了生成规则，该生成规则记录了不同的配置栏内的输入信息与命令行被分解的不同代码段的对应关系；同时参考CWL(Common Workflow Language)规范实现的一个基于web的GUI的程序，其对应的前端显示部分即所述第一可视化编辑界面，该第一可视化编辑界面上包括有至少一个供用于输入信息的配置栏。为了实现命令执行环境的隔离和PaaS平台的大规模计算，作为优选的，将生成生物信息分析工具封装到了Docker镜像中；用于通过在第一可视化编辑界面上通过配置栏输入相应的输入信息，对Docker镜像中的生物信息分析工具进行定义，也即命令行中的参数都将作为输入，通过图形界面进行配置。生成的所述生物信息分析工具经过封装，使其接口标准化，并在后台以标准的工具描述文档进行保存，形成具有一定生物信息分析能力，且能够在后续的步骤中用于组装生物信息分析流程的最小单元。
进一步的，本实施例还包括所述生物信息分析工具的执行步骤，即获取执行对象文件；令所述生物信息分析工具对所述执行对象文件进行生物信息分析。命令执行完后，一般会形成一个运行结果文件，这个文件就是作为生物信息分析工具的最终输出。
在一些可选的实施例中，在使用本发明的方法生成的生物信息分析工具进行生物信息分析时，还包括对生物信息分析工具进行分组的步骤。具体的，以执行对象文件为基因测序文件为例，大多数情况下同一个样本的基因测序文件会成对出现，而且文件名都是有规则的。故在本实施例中，对多个基因测序文件的文件名进行字段匹配，将匹配成功的两个基因测序文件设置为一个执行对象文件组。这样，在后续处理中，可以根据分好的执行对象文件组组去创建不同的生物信息分析作业，简化操作过程，提高工作效率。
在一些可选的实施例中，在使用本发明的方法生成的生物信息分析工具进行生物信息分析时，还包括参考文件与其索引文件的匹配步骤。具体的，在生物信息分析领域经常是在选择一个执行对象文件时，同时要附带有其他的相关文件同时选择，其中最具代表性的就是在选择参考文件时，要同时选择参考文件所对应的索引文件，而其对应关系就是，索引文件的后缀名直接跟在原参考文件后面，一般一个参考文件会有多个索引文件，用二级扩展名来匹配他们之间的关系。这样，在创建生物信息分析作业时，生物信息专家即可以不必单独去查找并选择索引文件，简化操作过程，提高工作效率。
在一些可选的实施例中，本发明的方法还包括，在通过前述实施例的方法生成的生物信息分析工具的基础上，通过多个所述的生物信息分析工具建立一个具有生物信息分析能力的生物信息分析流程的步骤。参考图2，具体包括以下步骤：
步骤201、生成至少两个所述生物信息分析工具。
本步骤中，基于前述实施例的方法，生成至少两个生物信息分析工具。
步骤202、显示第二可视化编辑界面；所述第二可视化编辑界面上包括与至少两个所述生物信息分析工具对应的多个工具节点。
本步骤中，第二可视化编辑界面上的工具节点均为可操作对象。每个工具节点均对应于一个生物信息分析工具。
步骤203、根据用户对所述工具节点的编辑操作，将至少两个所述工具节点按一定的依赖关系和顺序，生成生物信息分析流程。
本步骤中，用户可以对第二可视化编辑界面上的工具节点进行编辑操作，设置不同的工具节点之间的相互依赖关系(如一个或多个工具节点的输出作为另一个工具节点的输入)和先后执行顺序，生成一个具有生物信息分析能力的生物信息分析流程。在生成生物信息分析流程后，生物信息分析流程会有一个流程描述文档与之对应。
该生物信息分析流程除了工具节点之外，还包括文件输入节点和文件输出节点。其中，文件输入节点反应了整个生物信息分析流程的文件输入，在执行作业时，所有的文件输入节点的文件要进行初始化，然后才开始执行后续的任务；工具节点是要执行具体的作业任务，将任务发送到PaaS平台执行后，在执行过程中可能会使用到流程文件、其他节点输出到文件等；文件输出节点是在生物信息分析流程中定义的、当流程执行完成后所要提取的文件。
步骤204、根据所述生物信息分析流程，设置输入项，生成作业描述文档。
本步骤中，根据生成的生物信息分析流程，将每个输入项进行设置之后，从而形成作业，每个作业会有一个作业描述文档与之对应。
步骤205、分解所述作业描述文档，生成与多个所述生物信息分析工具对应的多个任务单元，并相应生成与多个所述任务单元对应的多个任务描述文档。
步骤206、对多个所述任务描述文档进行解析，生成可执行命令。
步骤207、在容器镜像中执行所述可执行命令，获得流程结果文件。
本步骤中，通过Docker技术，在一个相对封闭的环境执行所述可执行命令。
另一方面，本发明实施例还提供了一种可视化生物信息分析工具生成装置。参考图3，为本发明实施例的可视化生物信息分析工具生成装置结构示意图。
所述可视化生物信息分析工具生成装置，包括：
显示模块301，用于显示第一可视化编辑界面；所述第一可视化编辑界面包括至少一个配置栏；
获取模块302，用于获取用户通过所述配置栏输入的输入信息；
生成模块303，用于根据预设的生成规则，获取所述输入信息对应的代码段，并基于所述代码段生成生物信息分析工具。
在一些可选的实施例中，所述可视化生物信息分析工具生成装置还包括：第一执行模块，用于获取执行对象文件；令所述生物信息分析工具对所述执行对象文件进行生物信息分析，生成结果文件。
在一些可选的实施例中，所述执行模块还用于：对多个所述执行对象文件的文件名进行字段匹配，将匹配成功的至少两个所述执行对象文件设置为一个执行对象文件组。
在一些可选的实施例中，所述执行模块还用于：选择所述执行对象文件附带的参考文件；根据预设的所述索引文件的二级扩展名与所述参考文件之间的对应关系，获取所述参考文件对应的至少一个索引文件；其中，所述二级扩展名为所述参考文件的扩展名加上所述索引文件的原始扩展名。
在一些可选的实施例中，所述可视化生物信息分析工具生成装置还包括：第二执行模块，用于生成多个所述生物信息分析工具；显示第二可视化编辑界面；所述第二可视化编辑界面上包括与多个所述生物信息分析工具对应的多个工具节点；根据用户对所述工具节点的编辑操作，将多个所述工具节点按一定的依赖关系和顺序，生成生物信息分析流程；根据所述生物信息分析流程，设置输入项，生成作业描述文档；分解所述作业描述文档，生成与多个所述生物信息分析工具对应的多个任务单元，并相应生成与多个所述任务单元对应的多个任务描述文档；对多个所述任务描述文档进行解析，生成可执行命令；在容器镜像中执行所述可执行命令，获得流程结果文件。
上述实施例的装置用于实现前述实施例中相应的方法，并且具有相应的方法实施例的有益效果，在此不再赘述。
所属领域的普通技术人员应当理解：以上任何实施例的讨论仅为示例性的，并非旨在暗示本公开的范围(包括权利要求)被限于这些例子；在本发明的思路下，以上实施例或者不同实施例中的技术特征之间也可以进行组合，步骤可以以任意顺序实现，并存在如上所述的本发明的不同方面的许多其它变化，为了简明它们没有在细节中提供。
本发明的实施例旨在涵盖落入所附权利要求的宽泛范围之内的所有这样的替换、修改和变型。因此，凡在本发明的精神和原则之内，所做的任何省略、修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (10)
1.一种可视化生物信息分析工具生成方法，其特征在于，包括：
显示第一可视化编辑界面；所述第一可视化编辑界面包括至少一个配置栏；
获取用户通过所述配置栏输入的输入信息；
根据预设的生成规则，获取所述输入信息对应的代码段，并基于所述代码段生成生物信息分析工具。
2.根据权利要求1所述的可视化生物信息分析工具生成方法，其特征在于，还包括：
获取执行对象文件；
令所述生物信息分析工具对所述执行对象文件进行生物信息分析，生成结果文件。
3.根据权利要求2所述的可视化生物信息分析工具生成方法，其特征在于，所述获取执行对象文件还包括：
对多个所述执行对象文件的文件名进行字段匹配，将匹配成功的至少两个所述执行对象文件设置为一个执行对象文件组。
4.根据权利要求2所述的可视化生物信息分析工具生成方法，其特征在于，所述获取执行对象文件还包括：
选择所述执行对象文件附带的参考文件；
根据预设的所述索引文件的二级扩展名与所述参考文件之间的对应关系，获取所述参考文件对应的至少一个索引文件；其中，所述二级扩展名为所述参考文件的扩展名加上所述索引文件的原始扩展名。
5.根据权利要求1所述的可视化生物信息分析工具生成方法，其特征在于，还包括：
生成至少两个所述生物信息分析工具；
显示第二可视化编辑界面；所述第二可视化编辑界面上包括与至少两个所述生物信息分析工具对应的多个工具节点；
根据用户对所述工具节点的编辑操作，将至少两个所述工具节点按一定的依赖关系和顺序，生成生物信息分析流程；
根据所述生物信息分析流程，设置输入项，生成作业描述文档；
分解所述作业描述文档，生成与多个所述生物信息分析工具对应的多个任务单元，并相应生成与多个所述任务单元对应的多个任务描述文档；
对多个所述任务描述文档进行解析，生成可执行命令；
在容器镜像中执行所述可执行命令，获得流程结果文件。
6.一种可视化生物信息分析工具生成装置，其特征在于，包括：
显示模块，用于显示第一可视化编辑界面；所述第一可视化编辑界面包括至少一个配置栏；
获取模块，用于获取用户通过所述配置栏输入的输入信息；
生成模块，用于根据预设的生成规则，获取所述输入信息对应的代码段，并基于所述代码段生成生物信息分析工具。
7.根据权利要求6所述的可视化生物信息分析工具生成装置，其特征在于，还包括：
第一执行模块，用于获取执行对象文件；令所述生物信息分析工具对所述执行对象文件进行生物信息分析，生成结果文件。
8.根据权利要求7所述的可视化生物信息分析工具生成装置，其特征在于，所述执行模块还用于：对多个所述执行对象文件的文件名进行字段匹配，将匹配成功的至少两个所述执行对象文件设置为一个执行对象文件组。
9.根据权利要求7所述的可视化生物信息分析工具生成装置，其特征在于，所述执行模块还用于：选择所述执行对象文件附带的参考文件；根据预设的所述索引文件的二级扩展名与所述参考文件之间的对应关系，获取所述参考文件对应的至少一个索引文件；其中，所述二级扩展名为所述参考文件的扩展名加上所述索引文件的原始扩展名。
10.根据权利要求6所述的可视化生物信息分析工具生成装置，其特征在于，还包括：
第二执行模块，用于生成多个所述生物信息分析工具；显示第二可视化编辑界面；所述第二可视化编辑界面上包括与多个所述生物信息分析工具对应的多个工具节点；根据用户对所述工具节点的编辑操作，将多个所述工具节点按一定的依赖关系和顺序，生成生物信息分析流程；根据所述生物信息分析流程，设置输入项，生成作业描述文档；分解所述作业描述文档，生成与多个所述生物信息分析工具对应的多个任务单元，并相应生成与多个所述任务单元对应的多个任务描述文档；对多个所述任务描述文档进行解析，生成可执行命令；在容器镜像中执行所述可执行命令，获得流程结果文件。
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Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
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| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20180202 |