一种核酸的转座酶打断一站式处理方法及试剂
技术领域
本发明涉及分子生物学技术领域,尤其涉及一种核酸的转座酶打断一站式处理方法及试剂。
背景技术
自从罗氏发明了焦磷酸测序方法开辟了二代测序以来,直至现在,二代测序经历了一段高速发展期。但随着高通量测序的发展,高通量和低成本的样本制备环节逐渐成了测序领域的一个重点考虑的因素。各种原理的样本处理方法及自动化装置不断被研发出来,主要包括:样本片段化、核酸分子的末端处理及接头连接并最终的出库。
其中样本片段化主要分为物理方法(如超声剪切)或酶学方法(即非特异的核酸内切酶处理)来实现。其中物理方法以基于专利的自适应聚焦超声(Adaptive FocusedAcoustic,AFA)技术的Covaris为主。在等温的条件下,利用几何聚焦声波能量,通过>400kHz的球面固态超声传感器,将波长为1mm的声波能量聚焦在样品上。该方法确保了核酸样品的完整性得以保留,并能实现高回收率。Covaris的仪器包括经济的M系列、单管全功率的S系列以及更高通量的E和L系列。基于物理方法打断的片段随机性良好,但是通量上也要依赖大量的Covaris打断仪,同时需要后续单独进行末端处理、加接头和PCR以及各种纯化操作。其中酶学方法有一种NEB公司推出的NEB Next dsDNA Fragmentase。该试剂首先在双链DNA产生随机的切刻位点,然后通过另一种酶识别切刻位点来切割互补的DNA链,从而实现打断的目的。这种试剂可以用于基因组DNA、全基因组扩增产物和PCR产物等,随机性也较好,但是会产生一些人工短片段***和缺失,同时也不可避免的需要后续单独进行末端处理、加接头和PCR以及相应的纯化操作。另外以Epicentra公司(已被Illumina收购)的Nextera试剂盒领衔的转座酶打断试剂盒,利用转座酶同时完成DNA片段化和接头的添加,从而减少样品处理的时间。
从各种操作的简便性来看,转座酶打断的方式无疑在通量及操作简便性上远远胜过其它方法,但是这种打断方式也有自身的缺点:转座酶包埋在靶序列上会抑制后续的酶反应,虽然相关转座酶试剂盒生产商提供了一些试剂用于低起始量(如5ng起始量基因组DNA)样本的转座酶处理,从而实现打断后无需纯化。但是对于50ng起始量这种需要提高转座酶用量的方法,则需要通过过柱或磁珠纯化的方式将转座酶去除,这无疑加大了实验操作的成本和流程(图1A)。
发明内容
本发明提供一种核酸的转座酶打断一站式处理方法及试剂,该方法和试剂能够实现从核酸的转座酶打断到下游的PCR扩增反应的一站式处理,不需要过柱或磁珠纯化,从而简化了实验操作流程并降低实验成本。
根据本发明的第一方面,本发明提供一种核酸的转座酶打断一站式处理方法,包括如下步骤:
使用转座酶包埋复合体对核酸进行随机打断,其中转座酶包埋复合体包含转座酶和含转座酶识别序列的第一接头;
加入第一试剂进行处理,打破转座酶与核酸的靶序列的吸附作用;
加入第二试剂进行处理,减弱第一试剂对后续酶促反应的影响;
以第二试剂处理后的产物为模板成分进行PCR反应,得到打断的核酸片段两端连接有接头的PCR产物。
在本发明的方法中,采用第一试剂处理转座酶打断核酸后的反应产物,以打破转座酶与核酸的靶序列的吸附作用,替代了传统的流程复杂且成本较高的过柱或磁珠纯化步骤,然后采用第二试剂处理,以减弱第一试剂对后续酶促反应的影响,保证下游的PCR扩增顺利进行。
作为本发明的优选方案,第一试剂包含蛋白酶溶液、十二烷基硫酸钠(SDS)溶液和NT缓冲液中的一种或多种。这些溶液使得转座酶发生降解或变性而从核酸的靶序列上解脱下来。需要说明的是:第一试剂可以是上述溶液中的一种或多种,其中多种可以是两种或三种,比如蛋白酶溶液和SDS溶液,SDS溶液和NT缓冲液,蛋白酶溶液和NT缓冲液,蛋白酶溶液、SDS溶液和NT缓冲液。其中,NT缓冲液可以采用Truprep试剂盒S5系列中配套的NT缓冲液。
作为本发明的优选方案,如果第一试剂包含蛋白酶溶液,则加入第一试剂进行处理后,进一步加入乙二胺四乙酸(EDTA)溶液处理。EDTA抑制蛋白酶的活性,防止蛋白酶对后续PCR反应中的酶产生降解作用。
作为本发明的优选方案,第二试剂包含Triton-X100溶液。Triton-X100又称曲拉通X-100,化学名为辛基苯基聚氧乙烯醚,作为非离子型表面活性剂,在本发明中的作用是减弱第一试剂对后续酶促反应的影响。
作为本发明的优选方案,如果第一试剂包含SDS溶液,则第二试剂还包含吐温-20溶液。吐温-20的加入能够进一步减弱SDS对后续酶促反应的影响,提升PCR效果。需要说明的是:吐温-20可以以与Triton-X100混合的形式作为第二试剂使用;也可以以与Triton-X100分离的形式单独提供,在这种情况下第二试剂指Triton-X100溶液和吐温-20溶液。应当理解,本发明中第一试剂和第二试剂并不限定指单一的对象,也可以指多个对象的组合。并且,本发明中,任何情况下使用的“第一”和“第二”等概念都不应当理解为具有顺序和技术的含义,其作用仅在于将其与其它对象区别开来。
作为本发明的优选方案,在加入第二试剂进行处理之后并且在进行PCR反应之前还包括:通过连接酶在缺口处连接上第二接头,其中缺口是在打断的核酸两端连接第一接头后形成的9bp碱基缺失。第二接头的加入,使得通过使用分别靶向结合第一接头的引物和靶向结合第二接头的引物进行PCR时,能够得到两端带有不同接头序列的PCR产物,从而打断后的核酸片段的应用不再受限于两侧共有转座酶识别序列的影响。第二接头的序列不受限制,可以是任何序列。
作为本发明的优选方案,第二接头的3’端为双脱氧核苷酸,以防止第二接头与第一接头互连。
根据本发明的第二方面,本发明提供一种核酸的转座酶打断一站式处理试剂,包括如下组成部分:
第一试剂,包含蛋白酶溶液、SDS溶液和NT缓冲液中的一种或多种,用于打破转座酶与核酸的靶序列的吸附作用;
第二试剂,包含Triton-X100溶液,用于减弱第一试剂对后续酶促反应的影响。
需要说明的是:第一试剂可以是蛋白酶溶液、SDS溶液和NT缓冲液中的一种或多种,其中多种可以是两种或三种,比如蛋白酶溶液和SDS溶液,SDS溶液和NT缓冲液,蛋白酶溶液和NT缓冲液,蛋白酶溶液、SDS溶液和NT缓冲液。其中,NT缓冲液可以采用Truprep试剂盒S5系列中配套的NT缓冲液。
作为本发明的优选方案,如果第一试剂包括蛋白酶溶液,则第一试剂还包括含有EDTA的附加试剂。EDTA抑制蛋白酶的活性,防止蛋白酶对后续PCR反应中的酶产生降解作用。含有EDTA的附加试剂作为第一试剂的组成部分,与蛋白酶溶液分开单独提供。
作为本发明的优选方案,如果第一试剂包括SDS溶液,则第二试剂还包含吐温-20溶液。吐温-20可以以与Triton-X100混合的形式作为第二试剂提供;也可以以与Triton-X100分离的形式单独提供。
作为本发明的优选方案,试剂还包括:转座酶和含转座酶识别序列的第一接头,用于形成转座酶包埋复合体以对核酸进行随机打断。
作为本发明的优选方案,试剂还包括PCR组分,用于以第二试剂处理后的产物为模板成分进行PCR反应。其中,PCR组分公知地包括DNA聚合酶、PCR缓冲液、dNTPs、Mg2+溶液和引物等。
作为本发明的优选方案,试剂还包括第二接头组分,用于连入打断的核酸两端连接第一接头后形成的缺口处。
作为本发明的优选方案,试剂还包括连接酶组分,用于在打断的核酸两端连接第一接头后形成的缺口处连接上第二接头。
本发明中,待打断的核酸可以是基因组DNA、全基因组扩增产物或PCR产物,可以是DNA或cDNA,并且对于核酸的来源没有限制,可以是动物、植物或微生物来源的核酸样品。
本发明中,第一试剂和第二试剂的工作浓度,可由本领域技术人员根据经验确定。一般地,在第一试剂中,蛋白酶的工作浓度以50~5000mAU/mL为佳,优选75~3750mAU/mL,最优选1500mAU/mL;EDTA的工作浓度以1~50mmol/L为佳,优选14mmol/L;SDS的工作浓度以0.01%~1.5%(体积比)为佳,优选1%(体积比);NT缓冲液的终浓度按照1×使用即可。在第二试剂中,Triton-X100的工作浓度以0.1%~2%(体积比)为佳,优选1%(体积比);吐温-20的工作浓度以0.1%~2%(体积比)为佳,优选0.5%(体积比)。
本发明的方法采用第一试剂和第二试剂对转座酶打断核酸后的产物进行处理,代替传统的过柱或磁珠纯化,从而实现从核酸的转座酶打断到下游的PCR扩增反应的一站式处理,整个过程在单管内进行,简化了实验操作流程并降低实验成本,缩短处理周期,从而使得高通量的样本处理成为可能。
附图说明
图1为传统的转座酶试剂盒打断到PCR反应的操作流程示意图(A)、本发明的无需纯化一站式反应的操作流程示意图(B)和本发明的对应于二号接头引入方案优化的无需纯化一站式反应的操作流程示意图(C)。
图2为本发明实施例1的一号接头双接头转座酶复合体的PCR产物电泳检测结果,其中D2000为DNA Ladder泳道;泳道1为1×PBI,1.3×Ampure XP beads纯化处理结果;泳道2为2μL蛋白酶+14mM EDTA+1%Triton-X100处理结果;泳道3为1%SDS+1%Triton-X100+0.5%吐温-20处理结果;泳道4为NT缓冲液+1%Triton-X100处理结果;泳道5为2μL蛋白酶+1%Triton-X100处理结果。
图3为本发明实施例2的一号接头单接头转座酶复合体的PCR产物电泳检测结果,其中D2000为DNA Ladder泳道;泳道1为2μL蛋白酶+1%Triton-X100处理结果;泳道2为NT缓冲液+1%Triton-X100处理结果;泳道3为1%SDS+1%Triton-X100+0.5%吐温-20处理结果;泳道4为2μL蛋白酶+14mM EDTA+1%Triton-X100处理结果;泳道5为1×PBI,1.3×Ampure XP beads+1%Triton-X100处理结果;泳道6为阴性对照(未加模板)结果。
具体实施方式
下面通过具体实施例对本发明作进一步详细说明。除非特别说明,下面实施例中所使用的技术均为本领域内的技术人员已知的常规技术;所使用的仪器设备和试剂等,均为本领域内的技术人员可以通过公共途径如商购等获得的。
请参考图1B,本发明的无需纯化一站式反应的操作流程主要包括:(1)利用转座酶包埋特定修饰序列(含转座酶识别序列)的一号接头(本发明中其它地方称为第一接头)于对基因组序列、全基因组扩增序列或PCR产物序列等核酸序列进行随机打断;(2)通过蛋白酶或其它特定比例的一号试剂(本发明中其它地方称为第一试剂)处理,打破转座酶和靶序列的吸附作用实现无纯化操作;(3)向上一步反应的产物中加入二号试剂(本发明中其它地方称为第二试剂),以减弱一号试剂对于后续酶促反应的影响;(4)无需纯化直接进行特殊引物(引物靶向结合一号接头,一号接头包括两个接头部分,每个接头部分含有共同的转座酶识别序列和彼此不同的其它序列)介导的PCR反应,从而得到靶序列两端连接有除转座酶识别序列之外完全不同序列的PCR产物,这种产物可以用于后续的分子生物学实验。
请参考图1C,本发明的对应于二号接头引入方案优化的无需纯化一站式反应的操作流程主要包括:(1)利用转座酶包埋特定修饰序列的一号接头用于对基因组序列、全基因组扩增序列和PCR产物序列等核酸序列进行随机打断;(2)通过蛋白酶或其它特定比例的一号试剂处理打破转座酶和靶序列的吸附作用实现无纯化操作;(3)加入二号试剂,以减弱一号试剂对后续酶促反应的影响;(4)通过在9nt缺口进行二号接头(本发明中其它地方称为第二接头或空隙接头)连接的方式,实现二号接头的引入,改变片段化的靶序列毗邻的接头碱基序列,使得靶序列两侧的序列完全不同,其中一段保留有含转座酶识别序列的一号接头序列,而另一段完全是任意设计的二号接头序列;(5)直接进行特殊引物(引物分别靶向结合一号接头和二号接头)介导的PCR反应,从而得到靶序列两端连接有完全不同的序列的PCR产物,这种产物可以用于后续的分子生物学实验。
在转座酶包埋阶段,本发明同时选择了两种包埋方式:第一种为转座酶包埋一号接头双接头形成座酶包埋复合体(图1B),两个接头中都含有特殊的19bp转座酶识别序列,但分别还含有不同的其它序列;第二种为转座酶包埋一号接头单接头形成复合体(图1C),通过对包埋接头的特殊修饰,使得包埋的一号接头序列中有一段含有特殊的19bp转座酶识别序列,同时为避免未包埋的一号接头与二号接头的互相连接而影响PCR,本发明中对接头进行3’端双脱氧修饰,即3’端为双脱氧核苷酸。
本发明中采用了一家国产(南京诺唯赞公司的Truprep试剂盒的S50系列)的转座酶试剂盒进行实验,试剂盒包含5ng基因组DNA和50ng基因组DNA用量两种,本实施方案采用50ng基因组用量进行实验。
实施例1
本实施例首先用包埋的转座酶复合体将50ng高质量的基因组DNA进行打断操作,经过蛋白酶、SDS、NT或蛋白酶和EDTA组合物来处理,去除结合在DNA上的转座酶蛋白;然后直接用PCR引物进行扩增,PCR反应体系中加入一定浓度的TritonX-100。
1、设计订购带有19bp转座酶识别序列的三条引物序列,序列A、序列B和序列C,用于制备包埋用的一号接头双接头(本发明中称为一号接头),其中序列A+序列B组成一号接头双接头5端;序列A+序列C组成一号接头双接头3端:
一号接头双接头序列A:CTGTCTCTTATACACATCT(SEQ ID NO:1);
一号接头双接头序列B:TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG(SEQ ID NO:2);
一号接头双接头序列C:GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG(SEQ ID NO:3)。
2、将序列A、序列B和序列C分别稀释到100μM,序列A+序列B组合,序列A+序列C组合,充分混合后离心,于PCR仪中按如下程序(表1)退火得到一号接头(储存于-20℃),用于包埋复合体的制备。
表1
反应后将两组退火后的接头等体积混合,用于包埋转座酶复合体。
3、按照如下体系(表2)将一号接头与转座酶包埋成转座酶包埋复合体,轻轻吹打20次混合,30℃孵育1小时后完成复合体包埋。该复合体储存于-20℃。
表2
组分 |
含量 |
转座酶S50试剂 |
47μL |
一号接头 |
2μL |
偶联缓冲液 |
47μL |
合计 |
96μL |
4、按照如下体系(表3)将50ng的高质量基因组和转座酶复合体进行混合,轻轻吹打20次混合,55℃孵育10分钟后降温至4℃,完成基因组的打断。
表3
组分 |
含量 |
水 |
5μL |
5×打断缓冲液 |
2μL |
gDNA(50ng/μL) |
1μL |
打断酶复合体 |
2μL |
合计 |
10μL |
5、打断后的样本处理方法有以下几种选择,方法1:加入1倍体积的PBI(QiagenPCR纯化试剂盒中的一种商业试剂)混匀后再用1.3倍数的Ampure XP beads纯化,回融采用纯水;方法2:加入0.1-5μL蛋白酶(750mAU/mL)进行处理,然后加入终浓度1-50mM的EDTA,本实施例优选2μL蛋白酶和终浓度14mM的EDTA,并且同时对0.1μL蛋白酶加1mM EDTA和5μL蛋白酶加50mM EDTA组合进行测试;方法3:加入0.01%-1.5%(体积比)的SDS,本实施例优选1%(体积比)的SDS,并且对0.01%(体积比)和1.5%(体积比)浓度分别进行了测试;方法4:加入终浓度的商业1×NT缓冲液(Truprep试剂盒S5系列中配套试剂);方法5:加入0.1-5μL蛋白酶进行处理,本实施优选2μL蛋白酶,并且对0.1μL和5μL蛋白酶用量分别进行了测试。
6、在上述处理以后的产物中,加入0.1%-2%(体积比)的Triton-X100,本实施例中优选1%(体积比),同时对0.1%(体积比)和2%(体积比)用量的Triton-X100进行测试。
7、按照如下PCR反应体系(表4)及反应条件(表5)进行PCR扩增。对于加入了SDS的实验组,在该PCR体系中还加入特定浓度的吐温-20来部分提高PCR的效率,吐温-20的工作浓度可以调整到不同,如0.1%-2%(体积比),本实施例优选0.5%(体积比),同时对0.1%(体积比)和2%(体积比)工作浓度的吐温-20进行了测试。
表4
组分 |
含量 |
处理后的DNA样品 |
30μL |
5×PCR缓冲液(含Mg<sup>2+</sup>) |
10μL |
10mM dNTP |
1μL |
引物1(10μM) |
2μL |
引物2(10μM) |
2μL |
PCR酶(DNA聚合酶) |
1μL |
纯水 |
4μL |
总量 |
50μL |
注:一号接头双接头引物1:AATGATACGGCGACCACCGA(SEQ ID NO:4);一号接头双接头引物2:CAAGCAGAAGACGGCATACGA(SEQ ID NO:5)。
表5
8、一号接头双接头转座酶复合体的PCR产物检测如图2所示,PCR产物浓度测定结果如表6所示:
表6
实施例2
本实施例首先用包埋的转座酶复合体将50ng高质量的基因组DNA进行打断操作,经过蛋白酶、SDS、NT或蛋白酶和EDTA组合物来处理,去除结合在DNA上的转座酶蛋白;通过空隙接头连接后,直接用PCR引物进行扩增,PCR反应体系中加入一定浓度的TritonX-100。
1、设计订购带有19bp转座酶识别序列的一对引物序列,序列A和序列B,用于制备包埋用的一号接头单接头(本发明中称为一号接头):
一号接头单接头序列A:TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG(SEQ ID NO:6);
一号接头单接头序列B:CTGTCTCTTATACACATC ddT(SEQ ID NO:7,dd表示双脱氧修饰)。
2、将序列A和序列B稀释到100μM,充分混合后离心,于PCR仪中按如下程序(表7)退火得到一号接头(储存于-20℃),用于包埋复合体的制备。
表7
3、按照如下体系(表8)将一号接头与转座酶包埋成转座酶复合体,轻轻吹打20次混合,30℃孵育1小时后完成复合体包埋。该复合体储存于-20℃。
表8
组分 |
含量 |
转座酶 |
85μL |
一号接头 |
30μL |
偶联缓冲液 |
85μL |
合计 |
200μL |
4、按照如下体系(表9)将50ng的高质量基因组和转座酶复合体进行混合,轻轻吹打20次混合,55℃孵育10分钟后降温至4℃,完成基因组的打断。
表9
组分 |
含量 |
水 |
5μL |
5×打断缓冲液 |
2μL |
gDNA(50ng/μL) |
1μL |
打断酶复合体 |
2μL |
合计 |
10μL |
5、打断后的样本处理方法有以下几种选择,方法1:加入0.1-5μL蛋白酶(750mAU/mL)进行处理,本实施优选2μL蛋白酶,同时对0.1μL和5μL蛋白酶用量分别进行了测试;方法2:加入终浓度的商业1×NT缓冲液(Truprep试剂盒S5系列中配套试剂);方法3:加入0.01%-1.5%(体积比)的SDS,本实施例优选1%(体积比)的SDS,同时对0.01%(体积比)和1.5%(体积比)浓度分别进行了测试;方法4:加入0.1-5μL蛋白酶进行处理,然后加入终浓度1-50mM的EDTA,本实施例优选2μL蛋白酶和终浓度14mM的EDTA,同时对0.1μL蛋白酶加1mMEDTA和5μL蛋白酶加50mM EDTA组合进行测试;方法5:加入1倍体积的PBI(Qiagen PCR纯化试剂盒中的一种商业试剂)混匀后再用1.3倍数的Ampure XP beads纯化,回融采用纯水。
6、在上述处理以后的产物中,加入0.1%-2%(体积比)的Triton-X100,本实施例中优选1%(体积比),同时对0.1%(体积比)和2%(体积比)用量的Triton-X100进行测试。
7、上述Triton-X100处理后的产物按照如下体系(表10)进行退火后空隙接头(二号接头)的连接,25℃孵育60分钟完成接头连接。
表10
组分 |
含量 |
水 |
8μL |
3×连接buffer |
20μL |
二号接头(5μM) |
10μL |
连接酶 |
2μL |
DNA |
20μL |
合计 |
30μL |
注:二号接头序列A:5’-pAAGTCGGAGGCCAAGCGGTCGT ddC-3’(SEQ ID NO:8);二号接头序列B:5’-TTGGCCTCCGACT ddT-3’(SEQ ID NO:9)(p表示磷酸化修饰;dd表示双脱氧修饰)。
8、按照如下PCR反应体系(表11)及反应条件(表12)进行PCR扩增。对于加入了SDS的实验组,在该PCR体系中还需要加入特定浓度的吐温-20来部分提高PCR的效率,吐温-20的工作浓度可以调整到不同,如0.1%-2%(体积比),本实施例优选0.5%,同时对0.1%(体积比)和2%(体积比)工作浓度的吐温-20进行了测试。
表11
注:一号接头单接头引物1:
AGACAAGCTCGAGCTCGAGCGATCGGGATCTACACGACTCACTGATCGTCGGCAGCGTC(SEQ IDNO:10);一号接头单接头引物2:TCCTAAGACCGCTTGGCCTCCGACT(SEQ ID NO:11)。
表12
9、单接头包埋复合体打断及空隙接头连接后PCR产物检测结果如图3所示,PCR产物浓度测定结果如表13。
表13
以上内容是结合具体的实施方式对本发明所作的进一步详细说明,不能认定本发明的具体实施只局限于这些说明。对于本发明所属技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明构思的前提下,还可以做出若干简单推演或替换。