CN107058480B - 用于诊断肺腺癌的长链非编码rna标志物 - Google Patents

用于诊断肺腺癌的长链非编码rna标志物 Download PDF

Info

Publication number
CN107058480B
CN107058480B CN201611154832.4A CN201611154832A CN107058480B CN 107058480 B CN107058480 B CN 107058480B CN 201611154832 A CN201611154832 A CN 201611154832A CN 107058480 B CN107058480 B CN 107058480B
Authority
CN
China
Prior art keywords
adenocarcinoma
lung
long
coding rna
chain non
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201611154832.4A
Other languages
English (en)
Other versions
CN107058480A (zh
Inventor
田子强
李振华
温士旺
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Fourth Hospital of Hebei Medical University Hebei Cancer Hospital
Original Assignee
Fourth Hospital of Hebei Medical University Hebei Cancer Hospital
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Fourth Hospital of Hebei Medical University Hebei Cancer Hospital filed Critical Fourth Hospital of Hebei Medical University Hebei Cancer Hospital
Priority to CN201611154832.4A priority Critical patent/CN107058480B/zh
Publication of CN107058480A publication Critical patent/CN107058480A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN107058480B publication Critical patent/CN107058480B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118Prognosis of disease development
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136Screening for pharmacological compounds
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/178Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA

Abstract

本发明提供一种长链非编码RNA及其应用。本发明的研究表明LOC102724660在肺腺癌组织中和在癌旁组织中的表达存在显著差异,据此认为LOC102724660可以作为诊断肺腺癌的分子标志物。根据LOC102724660在肺腺癌组织中呈现低水平表达,在肺腺癌细胞中过表达LOC102724 660,研究LOC102724660在肺腺癌中的作用,结果表明过表达LOC102724660能够明显抑制肺腺癌细胞的增殖。本发明揭示了LOC102724660在肺腺癌发病机制中的重要作用,也为肺腺癌的临床诊断、治疗和预后监测提供了新的分子标记和药物靶点。

Description

用于诊断肺腺癌的长链非编码RNA标志物
技术领域
本发明属于生物医学领域,涉及用于诊断肺腺癌的长链非编码RNA标志物。
背景技术
人体中编码蛋白质的基因大约有2-3万个,仅占人类基因组的2%,其余98%不编码蛋白质的基因组DNA最初被认为是没有功能的,是生物体中的垃圾,通常被称为“垃圾DNA”。
但目前的研究表明,这些垃圾DNA大多可转录产生非编码RNA(non-codingRNA,ncRNA)。根据成熟转录本大小的不同,ncRNA可分为小分子ncRNA(如siRNA,miRNA,piRNA等),中等长度ncRNA(70-200nt)和长ncRNA(long ncRNA,LncRNA,>200nt)。
目前,ncRNA领域研究较多的是小分子ncRNA,而对LncRNA的研究还处于起步阶段。由于序列内部存在过多的终止密码子,LncRNA不能被翻译成蛋白质,他们通常是以RNA转录本的形式行使其生物学功能,如发育过程中的细胞分化、细胞增殖、细胞凋亡和类固醇代谢等。
最近的研究发现LncRNA与肺癌、非霍杰金淋巴瘤、皮肤T细胞淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病等肿瘤疾病有关。这表明LncRNA与细胞的癌变有着极为密切的联系,LncRNA在细胞增殖、分化和癌变中发挥着重要的作用。
目前,已经克隆的人类lncRNAs基因已超过4万多个,但绝大部分lncRNA的功能未知。
发明内容
本发明的目的在于提供一种用于诊断肺腺癌的长链非编码RNA标志物。本发明利用高通量测序和QPCR实验证明LOC102724660在肺腺癌组织中的表达水平明显低于在癌旁组织中的水平,因此可以将LOC102724660作为诊断肺腺癌的分子标志物。
为了实验上述目的,本发明采用了如下技术方案:
本发明提供了检测长链非编码RNA表达的试剂在制备肺腺癌辅助诊断或预后预测产品中的应用;所述长链非编码RNA的编码基因Gene ID:102724660。
本发明的长链非编码RNA在NCBI中的命名为LOC102724660。属于基因ID:102724660编码产物的LOC102724660具有不同长度的转录本,因此本发明的长链非编码RNA-LOC102724660可以是Genbank登录号XR_927947(具有681bp的长度,相应的DNA序列如SEQ ID NO.1所示)、Genbank登录号XR_927946(具有2459p的长度,相应的DNA序列如SEQ IDNO.4所示)、Genbank登录号XR_428245(具有2305p的长度,相应的DNA序列如SEQ ID NO.5所示)、Genbank登录号XR_927948(具有688p的长度,相应的DNA序列如SEQ ID NO.6所示)、Genbank登录号XR_428246(具有686p的长度,相应的DNA序列如SEQ ID NO.7所示)中的任意一个或者多个。
进一步,所述试剂包括利用SYBR Green、TaqMan探针、分子信标、双杂交探针、或复合探针检测LOC102724660表达量时使用的PCR扩增引物。
在本发明的具体实施方案中,所述引物序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
本发明提供了一种用于肺腺癌辅助诊断或预后预测的产品,所述产品包括检测LOC102724660表达水平的试剂。
进一步,所述试剂包括SYBR Green、TaqMan探针、分子信标、双杂交探针、或复合探针检测LOC102724660表达量时使用的PCR扩增引物。
在本发明的具体实施方案中,所述引物序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
进一步,前面所述的产品包括但不限于芯片、试剂盒、试纸、或高通量测序平台;高通量测序平台是一种特殊的诊断肺腺癌的工具,随着高通量测序技术的发展,对一个人的RNA表达谱的构建将成为十分便捷的工作。通过对比疾病患者和正常人群的RNA表达谱,容易分析出哪个RNA的异常与疾病相关。因此,在高通量测序中获知非LOC102724660的异常与肺腺癌相关也属于LOC102724660的用途,同样在本发明的保护范围之内。
所述试剂盒包括检测LOC102724660表达量的试剂,所述试剂包括与LOC102724660或其DNA序列结合的核酸,所述核酸包括SYBR Green、TaqMan探针、分子信标、双杂交探针、或复合探针检测LOC102724660表达量时使用的PCR扩增引物。
所述芯片包括检测LOC102724660表达量的试剂,所述试剂包括与LOC102724660或其DNA序列结合的核酸,所述核酸包括能够检测LOC102724660表达量的探针。
所述试纸包括检测LOC102724660表达量的试剂,所述试剂包括与LOC102724660或其DNA序列结合的核酸,所述核酸包括能够检测LOC102724660表达量的探针。
本发明提供了一种用于治疗肺腺癌的药物组合物,所述药物组合物包括LOC102724660的激活剂。
进一步,所述激活剂不受限制,只要是可以增加LOC102724660表达水平或提高LOC102724660功能活性即可。
所述激活剂包括LOC102724660本身、促进型miRNA、促进型转录调控因子、或促进型靶向小分子化合物。
本发明的药物组合物可以作为医药单独施用或与其它药物一起施用。可以与本发明的药物组合物一起施用的其它药物不受限制,只要它不损害本发明的治疗性或预防性药物组合物的效果即可,优选的是,用于治疗或预防肿瘤的药物可以包括例如烷化剂,诸如异环磷酰胺、环磷酰胺、达卡巴嗪、替莫唑胺、尼莫司汀、白消安、丙卡巴肼、美法仑、和雷莫司汀;抗代谢物,诸如依诺他滨、卡培他滨、卡莫氟、克拉屈滨、吉西他滨、阿糖胞苷、阿糖胞苷十八烷基磷酸盐(cytarabine ocfosfate)、替加氟、替加氟-尿嘧啶、替加氟吉美嘧啶奥替拉西钾、去氧氟尿苷、羟基脲、氟尿嘧啶、氟达拉滨、培美曲塞、喷司他丁、巯嘌呤、和甲氨蝶呤;植物生物碱,诸如伊立替康、依托泊苷、索布佐生、多西他赛、nogitecan、帕利他赛、长春瑞滨、长春地辛、和长春碱;抗癌抗生素,诸如放线菌素D、阿柔比星、氨柔比星、伊达比星、表柔比星、净司他丁stimalamer、柔红霉素、多柔比星、吡柔比星、博来霉素、培洛霉素、丝裂霉素C、和米托蒽醌;基于铂的药物,诸如奥沙利铂、卡铂、顺铂、和奈达铂;激素药物,诸如阿那曲唑、依西美坦、雌莫司汀、炔雌醇、氯地孕酮、戈舍瑞林、他莫昔芬、***、托瑞米芬、比卡鲁胺、氟他胺、***龙、磷雌酚、米托坦、***、甲羟孕酮、美雄烷、亮丙瑞林、和来曲唑;生物反应修饰剂,诸如干扰素α、干扰素β、干扰素γ、白介素、乌苯美司、干BCG、和香菇多糖;和分子靶向药物,诸如伊马替尼(imatinib)、吉非替尼(gefitinib)、吉姆单抗、奥佐米星、他米巴罗汀、曲妥单抗、维A酸、硼替佐米(bortezomib)、和利妥昔单抗等。
本发明的药物组合物可根据需要制备成各种剂型。包括但不限于,经皮、粘膜、鼻、口颊、舌下或经口使用的片剂、溶液剂、颗粒剂、贴剂、膏剂、胶囊剂、气雾剂或栓剂。
本发明的药物组合物的施用途径不受限制,只要它能发挥期望的治疗效果或预防效果即可,包括但不限于静脉内,腹膜内,眼内,动脉内,肺内,口服,小泡内,肌肉内,气管内,皮下的,通过皮肤,通过胸膜,局部的,吸入,通过粘膜,皮肤,肠胃,关节内,心室内,直肠,***,颅骨内,尿道内,肝内,瘤内。在某些情况下,可以***地给药。在某些情况下是局部地给药。
本发明的药物组合物的剂量不受限制,只要获得期望的治疗效果或者预防效果即可,可以依据症状、性别、年龄等来恰当的确定。本发明的治疗药物组合物或预防药物组合物的剂量可以使用例如对疾病的治疗效果或者预防效果作为指标来确定。
本发明还提供了前面所述的激活剂在制备治疗肺腺癌的药物中的应用。
本发明还提供了一种诊断肺腺癌的方法,所述方法包括如下步骤:
(1)获取受试者的样品;
(2)检测受试者样品中LOC102724660的表达水平;
(3)将测得的LOC102724660的表达水平与受试者的患病与否关联起来。
(4)与对照相比,LOC102724660的表达水平降低,则该受试者被判断患有肺腺癌、或者肺腺癌患者被判断为复发、或者肺腺癌患者被判断为预后不良。
本发明还提供了一种肺腺癌的治疗方法,所述方法包括增加LOC102724660表达量或者增强LOC102724660的调节活性。
本发明还提供了一种肿瘤药物的筛选方法,可以通过在对癌细胞添加测试药物后或在对肿瘤模型动物施用测试药物后的某个时期测量LOC102724660的表达水平来测定肿瘤药物改善肿瘤预后的效果。更具体地说,当LOC102724660的表达水平在添加或施用测试药物后升高时或者恢复正常水平时,可选择该药物作为改善肿瘤预后的治疗药物。
在本发明的上下文中,“诊断肺腺癌”包括判断受试者是否已经患有肺腺癌、判断受试者是否存在患有肺腺癌的风险、判断肺腺癌患者是否已经复发与转移、判断肺腺癌患者对药物治疗的反应性、或者判断肺腺癌患者的预后情况。
本文所用的“治疗”涵盖患有相关疾病或病症的哺乳动物例如人类中治疗相关的疾病或疾病状态,并且包括:
(1)预防疾病或疾病状态在哺乳动物中发生,尤其是当该哺乳动物易感于所述疾病状态,但尚未被诊断出患有这种疾病状态时;
(2)抑制疾病或疾病状态,即阻止其发生;或者
(3)缓解疾病或疾病状态,即使疾病或疾病状态消退。
术语“治疗”通常涉及治疗人类或动物(例如,被兽医所应用),其中可达到某些预期的治疗效果,例如,抑制病症的发展(包括降低发展速度、使发展停止)、改善病症和治愈病症。还包括作为预防措施(例如预防)的治疗。对还没有发展为病症但有发展为该病症危险的患者的用途,也包括在术语“治疗”中。
本发明的优点和有益效果:
本发明的发现了一种诊断肺腺癌的分子标志物,使用该分子标志物可以在肺腺癌发生的早期即可作为判断,提供了患者的生存率。
本发明的包括LOC102724660的激活剂的治疗药物可用作新的肺腺癌的治疗药物。
附图说明
图1显示利用QPCR检测LOC102724660的差异表达情况的统计图;
图2显示利用QPCR检测LOC102724660过表达情况的统计图;
图3显示LOC102724660过表达对肺腺癌细胞增殖影响的统计图。
具体的实施方式
下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细的说明。以下实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件,例如Sambrook等人,分子克隆:实验室手册(New York:ColdSpring HarborLaboratoryPress,1989)中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。
实施例1筛选差异表达非长链编码RNA
1、取材:
8例原发肺腺癌患者的手术切除癌组织和癌旁组织作为实验样本。所有癌组织均术后病理证实为肺腺癌。全部原发肺腺癌患者术前均未行放、化疗,全部病例临床资料完整。
2、组织RNA的获取
从组织样品中提取total RNA,利用Nanodrop2000对所提RNA的浓度和纯度进行检测,琼脂糖凝胶电泳检测RNA完整性,Agilent2100测定RIN值。单次建库要求RNA总量5ug,浓度≥200ng/μL,OD260/280介于1.8~2.2之间。
3、去除rRNA
细胞内一部分(>24%)的长链非编码RNA都是缺少传统poly A尾的,因此采用去除rRNA的方式建库可以获得更加全面的lncRNA信息。
4、片段化RNA
Illumina平台是针对短序列片段进行测序,去除rRNA得到的mRNA和lncRNA是完整的RNA序列,平均长度可能达几kb,因此需要对其进行随机打断。利用金属离子,可以将RNA随机断裂成200bp左右的小片段。
5、反转合成cDNA
在逆转录酶的作用下,利用随机引物,以mRNA为模板反转合成一链cDNA,进行二链合成时,dNTPs试剂中用dUTP代替dTTP,使cDNA第二链中碱基包含A/U/C/G。
6、连接adaptor
双链的cDNA结构为粘性末端,加入End Repair Mix将其补成平末端,随后在3’末端加上一个A碱基,用于连接Y字形的接头。
7、UNG酶消化cDNA二链
在PCR扩增前,用UNG酶将cDNA第二链消化,从而使文库中仅包含cDNA第一链。
8、Illumina Hiseq4000上机测序
文库富集,PCR扩增15个cycles;
2%琼脂糖胶回收目的条带(Certified Low Range Ultra Agarose);
TBS380(Picogreen)定量,按数据比例混合上机;
cBot上进行桥式PCR扩增,生成clusters;
Hiseq4000测序平台,进行2*150bp测序。
9、原始测序数据过滤
将序列末端(5’端和3’端)低质量(质量值小于20)的碱基修剪掉;
去除含N比率超过10%的reads;
10、mRNA差异表达分析
分析软件:Cuffdiff:(http://Cufflinks.cbcb.umd.edu/)
Cuffdiff是Cufflinks套件里用来计算差异表达的一个工具,Cuffdiff利用Tophat比对的结果,调用Cufflinks计算每个基因/转录本的表达量。通常采用默认参数运行软件,同时根据实际情况,如测序数据量,基因组情况对参数做适当的调整。
显著差异长链非编码RNA的筛选条件:p-value<0.05,两组的count平均值之差大于10。
11、结果
测序结果显示:与癌旁组织相比,肺腺癌组织中差异表达基因为175个,其中上调的为63个,下调的为112个。
实施例2大样本验证筛选出的差异表达基因
基于前期高通量测序的结果,根据P value的大小,我们选择LOC102724660进行验证。
1、样本收集
按照实施例1的方法收集肺腺癌组织及其对应的癌旁组织各45例。
2、在mRNA水平上进行验证
试剂:反转录试剂盒(DDR037A)购自宝生物工程(大连)有限公司。荧光实时(Real-time)定量PCR(polymerase chain reaction)所用的SYBR Premix ExTaqTM(Tli RNaseHPlus)试剂盒为日本Takara公司生产。
2.1提取组织RNA
步骤同实施例1。
2.2引物设计
根据LOC102724660五种转录本序列,通过NCBI的引物设计工具(PrimerBLAST)设计引物,设计出的引物适用于检测五种LOC102724660转录本,上游引物:5’-GGTTATATGATGCCTATGTGA-3’(SEQ ID NO.2);下游引物:5’-TTCTTCCTGAGTCTGTGT-3’(SEQID NO.3)。
2.3反转录反应
以提取的总RNA(1μg)为模板,加入以下反应体系,具体为:Buffer4μL,RT Enzyme Mix 1μL,Oligo dT Primer(50μM)1μL,Random 6mers(100μM)1μL,以无RNA酶的ddH2O将反应体积补足为20μL。将上述混合液置于37℃15min,85℃5s,即获得cDNA。该cDNA可用于lncRNA Real-time PCR检测。
2.4Real-time PCR
按日本Takara公司的Premix Ex TaqTM(Tli RNaseH Plus)试剂盒推荐的引物最适浓度(10μM),将LOC102724660引物以去离子水溶解,并建立以下反应体系:SYBRPremix Ex TaqTM(2×)25μL,ROX Reference Dye(50×)1μL,PCR上游引物(10μM)1μL,PCR下游引物(10μM)1μL,cDNA 4μL,灭菌ddH2O 18μL。以95℃20s预变性,按95℃10s变性、60℃20s退火、70℃10s延伸过程循环40次,获得Ct值。结果釆用相对定量法,运用公式2-△△ct计算。实验重复3次。
3、结果
结果如图1所示,与癌旁组织相比,肺腺癌组织中LOC102724660水平明显下降,差异具有统计学意义(P<0.05)。
实施例3 LOC102724660过表达
1、质粒构建
通过实施例2的方法获得LOC102724660的cDNA,扩增序列如SEQ ID NO.1所示的LOC102724660的cDNA序列。将上述cDNA序列***到真核细胞表达载体pcDNA3.1中,连接获得的重组载体pcDNA3.1-LOC102724660用于后续实验。
2、肺腺癌细胞的培养与转染
2.1细胞培养
将肺腺癌细胞株A549于RPMI1640培养基和10%胎牛血清中培养。
2.2细胞转染
(1)转染前一天将0.5-2*105个肿瘤细胞悬浮于500μl不含抗生素的培养基,接种至24孔培养板。
(2)转染当天细胞密度应达80%-90%,准备以下复合物A:将1μg质粒DNA稀释于无血清培养基中,轻轻混匀;复合物B:取4μl Lipofectamine2000稀释于无血清培养基中,混匀。
(3)将复合物A和B混合,轻轻混匀,室温孵育。
(4)将100μl脂质体复合体加入肿瘤细胞中,上下左右轻轻混匀,将细胞放入37℃含5%CO2培养箱孵育5-7小时。
(5)加1ml含有2倍正常血清和抗生素浓度的生长培养基,继续培养细胞18-24小时。
3、利用QPCR实验检测pcDNA3.1-LOC102724660的过表达情况
3.1提取细胞总RNA利用常规方法进行操作。
3.2逆转录
步骤同实施例2。
3.3 QPCR
步骤同实施例2。
3.4结果
结果如图2所示,pcDNA3.1-LOC102724660能够成功过表达,差异具有统计学意义(P<0.05)。
实施例4 LOC102724660的表达对肺腺癌细胞增殖能力的测定
1、步骤:
将转染24小时后的肺腺癌细胞A549接种于96孔细胞培养板中,每孔2*103个细胞/孔/200μl,细胞分组如下:
实验组1(对照组):肺腺癌细胞转染pcDNA3.1;
实验组2:肺腺癌细胞转染pcDNA3.1-LOC102724660。
将细胞在37℃、5%CO2培养箱再次孵育24小时后,根据Brd U细胞增殖试剂盒(Chemicon International)的说明书,测量细胞增殖速率。
2、统计学方法
实验都是按照重复3次来完成的,结果数据都是以平均值±标准差的方式来表示,采用SPSS13.0统计软件来进行统计分析的,两者之间的差异采用t检验,认为当P<0.05时具有统计学意义。
3、结果
结果如图3所示,相比于实验组1,实验组2的细胞增殖减缓,差异具有统计学意义(P<0.05)。上述实验结果表明,LOC102724660表达可以抑制肺腺癌细胞增殖。
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以对本发明进行若干改进和修饰,这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围内。
SEQUENCE LISTING
<110> 河北医科大学第四医院(河北省肿瘤医院)
<120> 用于诊断肺腺癌的长链非编码RNA标志物
<160> 7
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 681
<212> DNA
<213> 人源
<400> 1
gttcaagcga ttttcctgtc tcagcctccc aggcagcaaa tatgaagtct atggaccctg 60
cctcaggtta ttcaaataac atcctcacca ttgatcaaat gctcaagaaa aagcagactt 120
gtatagtggc cgatgcaact actattaaac aacatgtgaa gagagctact gatacctata 180
atttgggaat tgcccttgaa caccgaaaag aaatgctaaa cctctggcag aagatccgag 240
gggatttgat tgggatagac tctagaaatg aggcctttta tgacaccttt tctacttata 300
catggtcctg gaatgtttgc caagaattac tttctcctaa ggacttaagg ttatatgatg 360
cctatgtgaa tagaaattcc tcccataact gcagatcctc ttcctcatca gataccagtg 420
aatgtgacac agactcagga agaaaaagaa aacagaaagg tttaaaggga tttcaacaat 480
gaaatttcta cattttctaa acagctcatc acaaactact ttttcatagt tatcaaaatt 540
attgtttctt gcttttgtct aagtacattc ttagaagctg gaaatgttga catcttttgg 600
attctgacca gtaaaaaacc ttaaaccatt taggaaatgg tttccctttc ctaaatcttt 660
tttttttttt tttttttttt t 681
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
ggttatatga tgcctatgtg a 21
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
ttcttcctga gtctgtgt 18
<210> 4
<211> 2459
<212> DNA
<213> 人源
<400> 4
ataaagtgtt attaatgaga tatgttaaat actttttttg tgatactaag tttgtatact 60
ggtgggcatt ttatacttaa aatatgtctc tacttggatt tgccacacat tttctttagt 120
ttttgttggt ggtgcttttt tttttttttt ttttttgaga gttttgctct gtcgcccatg 180
ctggagtgca gtggcacaat ctcggctcac tgcaacctct gcctctgggt tcaagcaatt 240
cttgtgcatc agcctcctga gtagctggga ttacaggcac ccaccaccat gctgggctaa 300
tttttttttt tttttggtag agatggggtt tcaccatgtt ggccaggctg gtctcaaact 360
cctgacctcc agtgatctgc ccaccttggt gtctgtgctg ggatcctttt ctgttaactt 420
gcttataaaa atgtcacact ctgtattaag acataaggag ttagaaaatc actgtaaaaa 480
taaagttgct tgttgtacag gtactaacaa gcattttctg aaatggaaat ttgttttttt 540
attaacctaa tacaaataag gttcaagcac tgtatttaaa tatttaaaag ataggagttt 600
cttaaaatac cacatatggt gctcttgtga gcttgctttt ctccacaatt tggcaatttg 660
cttcactcta gtagtccaat ctgcaacaaa agaacagaat ataacacttt ctcagagcca 720
tgctaatgat gtgttgtatt aaagaatgtt gatgaactgc tgacagttaa tcttattcag 780
gccgtattct catgaggtca tagatctata ttaagttttt ttacaaagaa caaagatcct 840
ggcacactgt aggccaaaca aacgttttct aaatgaagtg ttgccttatt aacaacctag 900
cttgtaggtt gggaagtttt tagattcaag ggacaaagta gcaaaaatgt gccctctccc 960
tcaccctcac cttctccctc tccctctctc tctcccgtct ccgtcgtctc tgtctcctgc1020
tttccacggt ctccccctct ccctcgtctc cgtctcccgc tttccacggt ctccctctgt1080
tgccgaggct ggactgtact gctgcgatct cggctcactg caacctccct gcctgattct1140
cctgcctcag cctgctgagt gcctgggatt gcaggcgcgc gccaccacgc ctgactggtt1200
tttgtatttt ttggtggaga cggggtttcg ccgtgttggc cgggctggtc tccagctcct1260
gaccacgagt gatctgcccg ccctggcctc ccgaggtgcc gggattgcag agggagtctt1320
gctcactcag tgctcaatgt tgcccaggct ggagtgcagt ggcgtgatct ctgctcgcta1380
caatctccac ctcccagcca cctgccttgg cctcccaaag tgctgagatt gcagcctctg1440
cccggccgcc accccgtcta ggaagtgagg agcgtctctg cctggccgcc catcgtctgg1500
gatgtgagga gcccctctgc ctggccgccc agtctgggaa gtgaggagcg cctcttcccg1560
gctgccatcc tgtctaggaa gtgaggagcg tctctgcctg gccgcccatc gtctgggatg1620
tggggagcgc ctctgcccgg ccgccctgtc taggaggtga ggagcgtctc tacccggcca1680
ccaccccgtc agggaactga ggagcgcctc tgcccggctg ccccgtctga gaagtgagga1740
gcccctctgc ccggccaccc cgtctgagaa gtgaggagcc cctctgcccg gcagccgccc1800
cgtctggcag gcagcaaata tgaagtctat ggaccctgcc tcaggttatt caaataacat1860
cctcaccatt gatcaaatgc tcaagaaaaa gcagacttgt atagtggccg atgcaactac1920
tattaaacaa catgtgaaga gagctactga tacctataat ttgggaattg cccttgaaca1980
ccgaaaagaa atgctaaacc tctggcagaa gatccgaggg gatttgattg ggatagactc2040
tagaaatgag gccttttatg acaccttttc tacttataca tggtcctgga atgtttgcca2100
agaattactt tctcctaagg acttaaggtt atatgatgcc tatgtgaata gaaattcctc2160
ccataactgc agatcctctt cctcatcaga taccagtgaa tgtgacacag actcaggaag2220
aaaaagaaaa cagaaaggtt taaagggatt tcaacaatga aatttctaca ttttctaaac2280
agctcatcac aaactacttt ttcatagtta tcaaaattat tgtttcttgc ttttgtctaa2340
gtacattctt agaagctgga aatgttgaca tcttttggat tctgaccagt aaaaaacctt2400
aaaccattta ggaaatggtt tccctttcct aaatcttttt tttttttttt ttttttttt 2459
<210> 5
<211> 2305
<212> DNA
<213> 人源
<400> 5
ataaagtgtt attaatgaga tatgttaaat actttttttg tgatactaag tttgtatact 60
ggtgggcatt ttatacttaa aatatgtctc tacttggatt tgccacacat tttctttagt 120
ttttgttggt ggtgcttttt tttttttttt ttttttgaga gttttgctct gtcgcccatg 180
ctggagtgca gtggcacaat ctcggctcac tgcaacctct gcctctgggt tcaagcaatt 240
cttgtgcatc agcctcctga gtagctggga ttacaggcac ccaccaccat gctgggctaa 300
tttttttttt tttttggtag agatggggtt tcaccatgtt ggccaggctg gtctcaaact 360
cctgacctcc agtgatctgc ccaccttggt gtctgtgctg ggatcctttt ctgttaactt 420
gcttataaaa atgtcacact ctgtattaag acataaggag ttagaaaatc actgtaaaaa 480
taaagttgct tgttgtacag gtactaacaa gcattttctg aaatggaaat ttgttttttt 540
attaacctaa tacaaataag gttcaagcac tgtatttaaa tatttaaaag ataggagttt 600
cttaaaatac cacatatggt gctcttgtga gcttgctttt ctccacaatt tggcaatttg 660
cttcactcta gtagtccaat ctgcaacaaa agaacagaat ataacacttt ctcagagcca 720
tgctaatgat gtgttgtatt aaagaatgtt gatgaactgc tgacagttaa tcttattcag 780
gccgtattct catgaggtca tagatctata ttaagttttt ttacaaagaa caaagatcct 840
ggcacactgt aggccaaaca aacgttttct aaatgaagtg ttgccttatt aacaacctag 900
cttgtaggtt gggaagtttt tagattcaag ggacaaagta gcaaaaatgt gccctctccc 960
tcaccctcac cttctccctc tccctctctc tctcccgtct ccgtcgtctc tgtctcctgc1020
tttccacggt ctccccctct ccctcgtctc cgtctcccgc tttccacggt ctccctctgt1080
tgccgaggct ggactgtact gctgcgatct cggctcactg caacctccct gcctgattct1140
cctgcctcag cctgctgagt gcctgggatt gcaggcgcgc gccaccacgc ctgactggtt1200
tttgtatttt ttggtggaga cggggtttcg ccgtgttggc cgggctggtc tccagctcct1260
gaccacgagt gatctgcccg ccctggcctc ccgaggtgcc gggattgcag agggagtctt1320
gctcactcag tgctcaatgt tgcccaggct ggagtgcagt ggcgtgatct ctgctcgcta1380
caatctccac ctcccagcca cctgccttgg cctcccaaag tgctgagatt gcagcctctg1440
cccggccgcc accccgtcta ggaagtgagg agcgtctctg cctggccgcc catcgtctgg1500
gatgtgagga gcccctctgc ctggccgccc agtctgggaa gtgaggagcg cctcttcccg1560
gctgccatcc tgtctaggaa gtgaggagcg tctctgcctg gccgcccatc gtctgggatg1620
tggggagcgc ctctgcccgg ccgccctgtc taggaggcag caaatatgaa gtctatggac1680
cctgcctcag gttattcaaa taacatcctc accattgatc aaatgctcaa gaaaaagcag1740
acttgtatag tggccgatgc aactactatt aaacaacatg tgaagagagc tactgatacc1800
tataatttgg gaattgccct tgaacaccga aaagaaatgc taaacctctg gcagaagatc1860
cgaggggatt tgattgggat agactctaga aatgaggcct tttatgacac cttttctact1920
tatacatggt cctggaatgt ttgccaagaa ttactttctc ctaaggactt aaggttatat1980
gatgcctatg tgaatagaaa ttcctcccat aactgcagat cctcttcctc atcagatacc2040
agtgaatgtg acacagactc aggaagaaaa agaaaacaga aaggtttaaa gggatttcaa2100
caatgaaatt tctacatttt ctaaacagct catcacaaac tactttttca tagttatcaa2160
aattattgtt tcttgctttt gtctaagtac attcttagaa gctggaaatg ttgacatctt2220
ttggattctg accagtaaaa aaccttaaac catttaggaa atggtttccc tttcctaaat2280
cttttttttt tttttttttt ttttt 2305
<210> 6
<211> 688
<212> DNA
<213> 人源
<400> 6
aactgaggag cgcctctgcc cggctgcccc gtctgagaag cagcaaatat gaagtctatg 60
gaccctgcct caggttattc aaataacatc ctcaccattg atcaaatgct caagaaaaag 120
cagacttgta tagtggccga tgcaactact attaaacaac atgtgaagag agctactgat 180
acctataatt tgggaattgc ccttgaacac cgaaaagaaa tgctaaacct ctggcagaag 240
atccgagggg atttgattgg gatagactct agaaatgagg ccttttatga caccttttct 300
acttatacat ggtcctggaa tgtttgccaa gaattacttt ctcctaagga cttaaggtta 360
tatgatgcct atgtgaatag aaattcctcc cataactgca gatcctcttc ctcatcagat 420
accagtgaat gtgacacaga ctcaggaaga aaaagaaaac agaaaggttt aaagggattt 480
caacaatgaa atttctacat tttctaaaca gctcatcaca aactactttt tcatagttat 540
caaaattatt gtttcttgct tttgtctaag tacattctta gaagctggaa atgttgacat 600
cttttggatt ctgaccagta aaaaacctta aaccatttag gaaatggttt ccctttccta 660
aatctttttt tttttttttt tttttttt 688
<210> 7
<211> 686
<212> DNA
<213> 人源
<400> 7
gtgaggagcc cctctgcccg gccaccccgt ctgagaagca gcaaatatga agtctatgga 60
ccctgcctca ggttattcaa ataacatcct caccattgat caaatgctca agaaaaagca 120
gacttgtata gtggccgatg caactactat taaacaacat gtgaagagag ctactgatac 180
ctataatttg ggaattgccc ttgaacaccg aaaagaaatg ctaaacctct ggcagaagat 240
ccgaggggat ttgattggga tagactctag aaatgaggcc ttttatgaca ccttttctac 300
ttatacatgg tcctggaatg tttgccaaga attactttct cctaaggact taaggttata 360
tgatgcctat gtgaatagaa attcctccca taactgcaga tcctcttcct catcagatac 420
cagtgaatgt gacacagact caggaagaaa aagaaaacag aaaggtttaa agggatttca 480
acaatgaaat ttctacattt tctaaacagc tcatcacaaa ctactttttc atagttatca 540
aaattattgt ttcttgcttt tgtctaagta cattcttaga agctggaaat gttgacatct 600
tttggattct gaccagtaaa aaaccttaaa ccatttagga aatggtttcc ctttcctaaa 660
tctttttttt tttttttttt tttttt 686

Claims (6)

1.检测长链非编码RNA表达的试剂在制备肺腺癌辅助诊断或预后预测产品中的应用;所述长链非编码RNA的编码基因Gene ID:102724660。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述试剂包括利用SYBR Green、TaqMan 探针、分子信标、双杂交探针或复合探针检测所述长链非编码RNA表达量时使用的PCR扩增引物。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述引物序列如SEQ ID NO.2和SEQ IDNO.3所示。
4.一种用于肺腺癌辅助诊断或预后预测的产品,其特征在于,所述产品包括检测权利要求1所述的长链非编码RNA表达的试剂;所述试剂包括SYBR Green、TaqMan探针、分子信标、双杂交探针或复合探针检测所述长链非编码RNA表达量时使用的PCR扩增引物;所述引物序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
5.一种用于治疗肺腺癌的药物组合物,其特征在于,所述药物组合物包括权利要求1所述的长链非编码RNA的激活剂,所述激活剂是使用SEQ ID NO.1所示的LOC102724660的cDNA构建的重组表达载体。
6.权利要求1所述的长链非编码RNA的激活剂在制备治疗肺腺癌的药物中的应用,其特征在于,所述激活剂是使用SEQ ID NO.1所示的LOC102724660的cDNA构建的重组表达载体。
CN201611154832.4A 2016-12-14 2016-12-14 用于诊断肺腺癌的长链非编码rna标志物 Active CN107058480B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201611154832.4A CN107058480B (zh) 2016-12-14 2016-12-14 用于诊断肺腺癌的长链非编码rna标志物

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201611154832.4A CN107058480B (zh) 2016-12-14 2016-12-14 用于诊断肺腺癌的长链非编码rna标志物

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN107058480A CN107058480A (zh) 2017-08-18
CN107058480B true CN107058480B (zh) 2018-07-13

Family

ID=59619321

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201611154832.4A Active CN107058480B (zh) 2016-12-14 2016-12-14 用于诊断肺腺癌的长链非编码rna标志物

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN107058480B (zh)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107488722B (zh) * 2017-09-18 2020-08-21 复旦大学附属中山医院 LncRNA在制备诊断肺腺癌的试剂中的用途
CN109576371A (zh) * 2018-12-28 2019-04-05 北京泱深生物信息技术有限公司 长链非编码rna在肺腺癌中的应用
CN111850130B (zh) * 2020-08-17 2021-03-12 天津市第一中心医院 长链非编码rna在肺癌诊治中的应用
CN116064772A (zh) * 2022-09-30 2023-05-05 杭州添帆生物科技有限公司 一种肺腺癌基因标记物及其应用

Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20070161019A1 (en) * 2005-11-04 2007-07-12 Johji Inazawa Method for detecting cancer and a method for suppressing cancer
US20080166729A1 (en) * 2007-01-09 2008-07-10 Samsung Electronics Co., Ltd. Method of predicting risk of lung cancer recurrence, and a composition, kit and microarray for the same
CN101400361A (zh) * 2006-01-05 2009-04-01 俄亥俄州立大学研究基金会 用于肺癌的诊断、预后和治疗的基于微小rna的方法和组合物
WO2009084740A1 (ja) * 2007-12-28 2009-07-09 National University Corporation Nagoya University 肺腺癌患者の術後再発を予測するための方法及び組成物
CN101918594A (zh) * 2007-11-30 2010-12-15 俄亥俄州立大学研究基金会 肺癌中外周血中的微rna表达特征谱和靶向
CN104603288A (zh) * 2012-06-06 2015-05-06 生物医学研究机构基金会 用于肺癌转移的诊断、预后和治疗的方法
CN104826133A (zh) * 2015-05-01 2015-08-12 北京泱深生物信息技术有限公司 一种与肺腺癌有关的miRNA及其药物组合物
WO2016094420A1 (en) * 2014-12-08 2016-06-16 The Regents Of The University Of Michigan Non-coding rnas and uses thereof

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2007006792A (ja) * 2005-06-30 2007-01-18 Hitachi Software Eng Co Ltd 肺腺癌の胸膜浸潤を判別するための遺伝子セット
JP2007006791A (ja) * 2005-06-30 2007-01-18 Hitachi Software Eng Co Ltd 肺腺癌を判別するための遺伝子セット

Patent Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20070161019A1 (en) * 2005-11-04 2007-07-12 Johji Inazawa Method for detecting cancer and a method for suppressing cancer
CN101400361A (zh) * 2006-01-05 2009-04-01 俄亥俄州立大学研究基金会 用于肺癌的诊断、预后和治疗的基于微小rna的方法和组合物
US20080166729A1 (en) * 2007-01-09 2008-07-10 Samsung Electronics Co., Ltd. Method of predicting risk of lung cancer recurrence, and a composition, kit and microarray for the same
CN101918594A (zh) * 2007-11-30 2010-12-15 俄亥俄州立大学研究基金会 肺癌中外周血中的微rna表达特征谱和靶向
WO2009084740A1 (ja) * 2007-12-28 2009-07-09 National University Corporation Nagoya University 肺腺癌患者の術後再発を予測するための方法及び組成物
CN104603288A (zh) * 2012-06-06 2015-05-06 生物医学研究机构基金会 用于肺癌转移的诊断、预后和治疗的方法
WO2016094420A1 (en) * 2014-12-08 2016-06-16 The Regents Of The University Of Michigan Non-coding rnas and uses thereof
CN104826133A (zh) * 2015-05-01 2015-08-12 北京泱深生物信息技术有限公司 一种与肺腺癌有关的miRNA及其药物组合物

Non-Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Analysis of the Human Tissue-specific Expression by Genome-wide Integration of Transcriptomics and Antibody-based Proteomics;Linn Fagerberg et al.;《Molecular & Cellular Proteomics》;20141231;第13卷(第2期);第397-406页 *
Conditional robustness analysis for fragility discovery and target identification in biochemical networks and in cancer systems biology;Fortunato Bianconi et al.;《BMC Systems Biology》;20151019;第1-18页 *
Long Non-codi ng RNAs and Their Roles in Non-sm all-cell Lung Cancer;Ming-Ming Wei et al.;《Genomics Proteomics Bioinformatics》;20160707;第14卷;第280-288页 *
Long Noncoding RNA Expression Profiles of Lung Adenocarcinoma Ascertained by Microarray Analysis;Gang Xu et al.;《PLOS ONE》;20140804;第9卷(第8期);第1-7页 *
整合微阵列数据筛选肺腺癌相关长链非编码RNA及LINC00968在其中的表达研究;杨竟成;《中国优秀硕士学位论文全文数据库 医药卫生科技辑》;20151215(第12期);第E072-109页 *
长链非编码RNA在肺癌中的研究进展;罗朋等;《国际免疫学杂志》;20131130;第36卷(第6期);第442-445页 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN107058480A (zh) 2017-08-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN101939446B (zh) 人类卵巢癌中的微小rna特征
CN102985558B (zh) 用于肝细胞癌症的微rna表达谱分析的组合物和方法
CN107058480B (zh) 用于诊断肺腺癌的长链非编码rna标志物
CN106834528B (zh) 一种用于肝癌诊疗的生物标志物
CN102272330B (zh) 用于肺癌诊断、预后和提高生存率的试剂盒
CN105902559A (zh) 用于乳腺癌的诊断、预后和治疗的基于MicroRNA的方法和组合物
CN106701900A (zh) 长链非编码rna herc2p3基因及其在胃癌中的用途
CN109666744A (zh) circRNA及其在制备***诊断试剂中的应用
CN108559779A (zh) 长链非编码rna作为胃癌的诊治标志物
CN107586842A (zh) 一种用于肾透明细胞癌诊治的生物标志物
CN107475386B (zh) 用于诊治骨肉瘤的长链非编码rna标志物
CN107312865B (zh) Loc100130111在制备骨肉瘤诊断产品、治疗药物中的用途
CN109576371A (zh) 长链非编码rna在肺腺癌中的应用
EP2657354A1 (en) Microrna expression signature in peripheral blood of patients affected by hepatocarcinoma or hepatic cirrhosis and uses thereof
EP3321377B1 (en) Method for determining sensitivity to simultaneous inhibitor against parp and tankyrase
CN105603117B (zh) miR-3613用于区分肺鳞癌转移与非转移的miRNA标志物
CN107365859B (zh) LncRNA作为诊治骨肉瘤的分子标志物
CN108118093A (zh) Linc00426在制备骨肉瘤转移诊断产品中的用途
CN105907883B (zh) 子宫内膜癌的miRNA诊治标志物
CN110923326A (zh) Linc01909在制备治疗癌症药物及诊断性试剂盒中的应用
CN109628598A (zh) 长链非编码rna在肿瘤中的应用
CN107034270A (zh) Clic3作为肺腺癌的诊治靶标
CN107034272A (zh) Cxcl2在制备诊断或治疗肺腺癌工具中的应用
CN108165632A (zh) Linc01426在肝细胞癌诊断和治疗中的应用
CN110592226B (zh) Linc01876作为诊断肝癌的分子标志物的应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant