CN105925695A - 一种用于大果紫檀分子鉴定的标准基因及分子鉴定方法 - Google Patents

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杨时宇
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李体初
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Abstract

大果紫檀（Pterocarpus macarocarpus Kurz），其材质硬，密度高，被用作高级家具。因为心材生长速度慢，形成心材需要的时间较长，市场供不应求，市场价格不断攀升。在巨大的利益驱使下，大果紫檀的假冒品泛滥，如何准确鉴定大果紫檀成为大果紫檀交易市场上的最大难题。本发明提供一种用于大果紫檀分子鉴定的标准基因及分子鉴定方法，应用该方法来鉴定大果紫檀，具有快速、准确、对样品损伤小等特点。

Description

一种用于大果紫檀分子鉴定的标准基因及分子鉴定方法
技术领域
本发明属于分子生物学领域，具体涉及植物分子鉴定的标准基因及分子鉴定方法。
背景技术
大果紫檀（Pterocarpus macarocarpus Kurz），是蝶形花科紫檀属植物，主要产于缅甸、泰国和老挝。大果紫檀材质硬重，密度高，其心材一般呈桔红、砖红、***、黄色或浅黄色，常有深色条纹；最显著的特点就是有浓郁的果香味。通常用在建筑和细木工、高级家具、木地板、车轮子、船板、工具把手以及工艺品上。
因为心材生长速度慢，形成心材需要的时间较长，市场供不应求，其市场价格不断攀升。在巨大的利益驱使下，大果紫檀的假冒品泛滥，如何准确鉴定大果紫檀成为大果紫檀交易市场上的最大难题。现在大多采用形态观测来鉴定大果紫檀，其操作过程复杂，对样品损伤严重，而且随着造假技术的进步，这些方法的鉴定准确率也得不到保证。
发明内容
为解决上述问题，本发明提供一种用于大果紫檀分子鉴定的标准基因及分子鉴定方法，应用该方法来鉴定大果紫檀，具有快速、准确、对样品损伤小等特点，具体技术方案如下。
（1）获取用于大果紫檀分子鉴定的标准基因
根据DNA条形码技术原理，采用PCR扩增方法。测序结果通过手工校对、序列拼接，确保所得序列为标准序列。从采集的大果紫檀样品提取基因组DNA，参考植物条形码DNA片段选取原则，利用引物进行聚合酶链式反应(PCR)，扩增出样品对应的psbK-psbI基因，将扩增产物测序后分析比对，优选引物序列扩增大果紫檀样品的psbK-psbI基因序列片段作为标准基因，基因序列为序列表所示（593个碱基）。
（2）用psbK-psbI基因序列鉴定大果紫檀的方法，分为四个步骤：
第一步，取样并提取DNA；
第二步，利用PCR反应扩增psbK-psbI基因序列；
第三步，对扩增产物进行测序；
第四步，将得到的序列与权利要求1中的psbK-psbI基因序列进行同源性比对，当同源性碱基比例小于95%时，排除该物种为大果紫檀的可能，当同源性碱基比例大于或等于95%时，该样本是大果紫檀的概率是×100%。
具体实施方式
实验中，用4个不同来源的大果紫檀样本，用TIANGENE公司DNA提取试剂盒提取样本DNA。采用的正向引物：TTAGCCTTTGTTTGGCAAG，反向引物：AGAGTTTGAGAGTAAGCAT，PCR扩增条件为94℃预变性4min，接下来94℃变性45s，50℃退火45 s，72℃延伸1.5min，一共进行35个循环，最后72℃延伸10min。获得产物经测序后比对，样本间的同源性都保持在99%以上，获得序列与其他物种通过在线比对，其同源性都在83%以下。
序列表：
AATTCCCCGAGCCTTACACTTAGATTTATTGGATTTGTTGCTAAAATATCGGTATTAAACCCGAAACTTCCGGCGGATGGCCAGTAACCCAAAGAAAGGAAAGAATCGGTTATATTTTTCATATGATCTCCTCTTATGGATAGACTAATTATCTTTCTACGATTCCGAATTTATTAGTATATATTACATATATATATATTATTGGTCGATTAATTGGATTGGAAGATTCCCCATAAGAATCATACTTATTAGAATTAGATACTAGTTCTTATGTCAATTGCAAAATCTCTAGTTGTTTTAAACGCTTTCCAAAAATTTTCTGAATGAAAAAAAGGGGGGGGGATTGGACTAAAAAGGGAAGGAATAAGGCAAGCAGTATGTTAATTTCTCACCTTAAATCAGTCCTTCCCCTGCCTTCCTGTACGAACGAATAAAAAATTGTAGGAGTGAAATCAAAATAATATAATTCGAAAAAGCAAGAGCAGCAAATCAAGTACACGGAAAAAGATATATGTATTTGTATTTTTCTATTTTTTTAGGGTTAAACAAAGGGATTCGCAAATAAAAGTGCTAATGCTACAACCAGCCCATAA。
序列表：
AATTCCCCGAGCCTTACACTTAGATTTATTGGATTTGTTGCTAAAATATCGGTATTAAACCCGAAACTTCCGGCGGATGGCCAGTAACCCAAAGAAAGGAAAGAATCGGTTATATTTTTCATATGATCTCCTCTTATGGATAGACTAATTATCTTTCTACGATTCCGAATTTATTAGTATATATTACATATATATATATTATTGGTCGATTAATTGGATTGGAAGATTCCCCATAAGAATCATACTTATTAGAATTAGATACTAGTTCTTATGTCAATTGCAAAATCTCTAGTTGTTTTAAACGCTTTCCAAAAATTTTCTGAATGAAAAAAAGGGGGGGGGATTGGACTAAAAAGGGAAGGAATAAGGCAAGCAGTATGTTAATTTCTCACCTTAAATCAGTCCTTCCCCTGCCTTCCTGTACGAACGAATAAAAAATTGTAGGAGTGAAATCAAAATAATATAATTCGAAAAAGCAAGAGCAGCAAATCAAGTACACGGAAAAAGATATATGTATTTGTATTTTTCTATTTTTTTAGGGTTAAACAAAGGGATTCGCAAATAAAAGTGCTAATGCTACAACCAGCCCATAA

Claims (2)

1.一种用于大果紫檀分子鉴定的标准基因，其特征在于其氨基酸序列为序列表中的序列。
2.一种用权利要求1中的标准基因鉴定大果紫檀的方法，分为四个步骤：
第一步，取样并提取DNA；
第二步，利用PCR反应扩增psbK-psbI基因序列，前后引物序列分别为：TTAGCCTTTGTTTGGCAAG、AGAGTTTGAGAGTAAGCAT；
第三步，对扩增产物进行测序；
第四步，将得到的序列与权利要求1中的psbK-psbI基因序列进行同源性比对，当同源性碱基比例小于95%时，排除该物种为大果紫檀的可能，当同源性碱基比例大于或等于95%时，该样本是大果紫檀的概率为×100%。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110241243A (zh) * 2019-06-14 2019-09-17 浙江省检验检疫科学技术研究院 奥氏黄檀的分子鉴定方法及其引物和探针

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103820569A (zh) * 2014-03-20 2014-05-28 中国科学院上海有机化学研究所 检测安达曼紫檀的专用探针、引物、基因芯片和方法
CN103820568A (zh) * 2014-03-20 2014-05-28 中国科学院上海有机化学研究所 检测印度紫檀的专用探针、引物、基因芯片和方法
CN103834742A (zh) * 2014-03-20 2014-06-04 中国科学院上海有机化学研究所 检测刺猬紫檀的专用探针、引物、基因芯片和方法

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103820569A (zh) * 2014-03-20 2014-05-28 中国科学院上海有机化学研究所 检测安达曼紫檀的专用探针、引物、基因芯片和方法
CN103820568A (zh) * 2014-03-20 2014-05-28 中国科学院上海有机化学研究所 检测印度紫檀的专用探针、引物、基因芯片和方法
CN103834742A (zh) * 2014-03-20 2014-06-04 中国科学院上海有机化学研究所 检测刺猬紫檀的专用探针、引物、基因芯片和方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BENTE B. KLITGÅRD ET AL.: "A detailed investigation of the Pterocarpus clade (Leguminosae: Dalbergieae): Etaballia with radially symmetrical flowers is nested within the papilionoid-flowered Pterocarpus", 《SOUTH AFRICAN JOURNAL OF BOTANY》 *
宁淑萍等: "植物DNA条形码研究进展", 《生物多样性》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110241243A (zh) * 2019-06-14 2019-09-17 浙江省检验检疫科学技术研究院 奥氏黄檀的分子鉴定方法及其引物和探针
CN110241243B (zh) * 2019-06-14 2024-02-27 浙江省检验检疫科学技术研究院 奥氏黄檀的分子鉴定方法及其引物和探针

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