CN105316406A - 测定人NEFM基因rs12515位点多态性的方法及试剂盒 - Google Patents

测定人NEFM基因rs12515位点多态性的方法及试剂盒 Download PDF

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Abstract

测定人NEFM基因rs12515位点多态性的方法及试剂盒。该方法包括：提供待测人基因组DNA；提供扩增人NEFM基因rs12515位点附近序列的上游引物和下游引物，其中上游引物具有错配碱基G；以所述待测人基因组DNA为模板，利用上游引物和下游引物进行PCR扩增反应以获得含GTAAAY片段的扩增产物其中Y为人NEFM基因rs12515位点上的待定碱基C或T；提供限制性内切酶；利用限制性内切酶对所得扩增产物进行酶切以获得相应的酶切产物；以及根据所得酶切产物来确定人NEFM基因rs12515位点上的待定碱基Y是C还是T。限制性内切酶为仅能够切开GTAAAC片段与GTAAAT片段之一的限制性内切酶。本发明的测定手段不但快速可靠，而且测定成本大大降低。

Description

测定人NEFM基因rs12515位点多态性的方法及试剂盒
技术领域
本发明涉及测定单核苷酸多态性的方法。
背景技术
SNP(单核苷酸多态性)是指单个核苷酸的改变引起的DNA序列变异，包括单碱基的置换、***和缺失等形式。基因多态性是个体与生俱来的遗传特征，不随环境发生变化，也不是某种疾病特异或者非特异的临床表现，因此其应用并不存在诊断和治疗作用。
基因多态性检测在遗传学领域和医学领域中应用广泛，举例如下：1.研究物种起源和进化等遗传学现象。根据基因变异情况，获得生物大分子的信息，推断生物进化历史，阐明物种进化关系。应用于考古学中以确定古人类遗传变异特征以及不同种群的亲缘关系。2.研究多态与种群亲缘关系等遗传学研究。多态亦与各种人体特征密切相关，包括身高、体重、肤色、相貌特征等等。3.在预防医学领域可以用于疾病预防措施。通过研究人体对毒物的耐受性，发现易于对某种毒物发生毒性作用的个体，及时避免该个体与毒物接触，保护该易感人群。例如，对准备从事接触苯等有机溶剂的人群进行多态检测，筛查出容易出现血液毒性、神经毒性等反应的个体，令其远离苯等有机溶剂，保护此类易感人群免受毒物侵害。4.药理学中可以用于药物选择以及剂量确定。通过多态检测可以判断患病个体对某种药物毒副作用敏感，从而避免使用此种药物以免除其毒性作用。通过判断个体对药物效果的反应程度确定药物剂量，减少药物用量及其副作用。
神经纤维丝(Neurofilaments,NFS)是真核生物细胞中主要的细胞骨架元素，主要存在于神经元中。其按分子量不同可分为三种亚单元，即分子量为68kd的低分子量神经纤维丝(Neurofilment,lightpolypeptide,NEFL),150kd大小的中等大小分子量神经纤维丝(Neurofilament,mediumpolypeptide,NEFM),和200kd的高分子量神经丝(Neurofilament,heavypolypeptid,NEFH)。每种亚单元都是单个基因产物，在细胞骨架中起到重要的作用。
中分子量神经纤维丝基因又称为神经纤维丝中链基因，是近年来研究较多的一种细胞骨架基因，定位于染色体8p21，有4个外显子。有研究表明NEFM基因多态性可能与其编码的蛋白功能有关。NEFM基因rs12515位点位于UTR-3区域，有研究表明该多态可能影响NEFM的功能。
NEFM基因rs12515位点多态，在人群中存在两种等位基因C和T，形成三种NEFM基因的基因型：CC型(人体基因组rs12515多态位点的两个等位基因碱基均为C)，CT型(人体基因组rs12515多态位点的两个等位基因碱基分别为C和T)和TT型(人体基因组rs12515多态位点的两个等位基因碱基均为T)。
聚合酶链式反应-限制性片断长度多态(PCR—RFLP)技术是一种快速、简便、准确、低成本测定SNP(单核苷酸多态性)基因型的经典方法。该方法通过引物来对模板进行扩增反应，形成足够数量和稳定的扩增产物，通过对扩增产物的酶切和检测酶切产物的片段长度，最终测定出SNP。目前为止，尚未发现有限制性内切酶可以识别含NEFM基因rs12515多态位点的碱基序列，不能采取PCR—RFLP技术进行检测。因此需要开发新的检测技术。
发明内容
本发明的目的是提供一种非疾病诊断或治疗目的用的测定人NEFM基因rs12515位点多态性的可靠手段。
根据本发明的第一方面，提供了一种测定人NEFM基因rs12515位点多态性的方法，包括：
提供待测人基因组DNA；
提供扩增人NEFM基因rs12515位点附近序列的上游引物和下游引物，其中上游引物具有错配碱基G；
以所述待测人基因组DNA为模板，利用上游引物和下游引物进行PCR扩增反应以获得含GTAAAY片段，其中Y为人NEFM基因rs12515位点上的待定碱基C或T；
提供限制性内切酶；
利用限制性内切酶对所得扩增产物进行酶切(反应)以获得相应的酶切产物；以及
根据所得酶切产物来确定人NEFM基因rs12515位点上的待定碱基Y是C还是T，其中，限制性内切酶为仅能够切开GTAAAC片段与GTAAAT片段之一的限制性内切酶。
根据本发明的实施例，在所得扩增产物上，上游引物的错配碱基G与Y之间相隔四个碱基TAAA。令人惊讶的是，如此设置错配碱基将使酶切反应进行得极其顺利，不会出现酶切不充分等现象。并且，如此设置上游引物错配碱基使PCR反应进行顺利，提高了PCR的灵敏度和特异度，这可能与错配碱基后使得扩增序列的二级结构改变有关。
在本发明的一个可选实施例中，在所得扩增产物上，上游引物末端碱基与Y相邻。
在本发明的一个优选实施例中，在所得扩增产物上，上游引物末端碱基不与Y相邻。例如，上游引物末端可以是……GTAA、……GTA、……GT结构。难以想象，具有这种设计的上游引物竟然会进一步大大促进酶切反应，这可能与扩增结合力有某种关联。
在本发明的一个优选实施例中，限制性内切酶可以采用仅能切开GTAAAC片段的Hpy166II或其同裂酶。这类酶价格低廉，能大大降低测定成本。
根据本发明的实施例，所得酶切产物包括三种片段类型：具有总片段长度的未切断扩增产物、切断后具有较长片段的扩增产物以及切断后具有较短片段的扩增产物(较短片段通常不能有效观测到)。通过观测(判断)酶切产物所包含的片段类型来确定人NEFM基因rs12515位点上的待定碱基是C还是T。例如，在采用Hpy166II酶的情况下，根据总片段和切断后较长片段这两个片段的观察结果来进行判断：如果观察到酶切产物只有一种具有总片段长度的未切断扩增产物，则待定碱基为T；如果观察到酶切产物只有一种具有较长片段(小于总片段长度)的切断产物，则待定碱基为C；如果观察到上述二者，则待定碱基既包括C又包括T。
在本发明的一个实施例中，判断(或观测)酶切产物所包含的片段类型是通过凝胶电泳联合紫外灯拍照后与参照图对比来进行的。这种情况下，优选参照图是扩增产物在凝胶电泳标准设定时间后经紫外灯拍照后而得且仅具有第一参照图像位置和第二参照图像位置，其中第一参照图像位置针对的是未切断的总片段长度的扩增产物，而第二参照图像位置则针对的是切断后具有较长片段的扩增产物。例如，本发明采用的参照图是由合成的119bp和82bp两个碱基片段同时经凝胶电泳相同时间后紫外灯拍照而成。与常规DNAladder的复合参照图相比，由于采用了仅具有两个特定参照图像位置的参照图，本发明的这种方法能够直观快速地观测或判断酶切产物所包含的片段类型，同时最大限度地避免了误判。酶切反应后优选将酶切产物浓缩1～2倍浓度后进行电泳，增加图像亮度，提高判断准确性。
在本发明的优选实施例中，通过设计上游引物和下游引物的长度而使得扩增产物的总片段长度在100至300bp之间，并且上游引物的片段长度至少为35bp，优选长度40～60bp(在该优选区间扩增反应尤其顺利充分)，使得酶切切掉部分片段长度占总片段长度的百分比超过20％。本发明的这种设计可以使得具有总片段长度的未切断扩增产物与切断后具有较长片段的扩增产物的电泳紫外照片的位置区别显著。但是，如果总片段过长，则电泳位移将不明显；过短则图像会变得模糊一片，无法准确区分。上游引物的片段长度范围保证了PCR扩增反应能够顺利进行，避免了错配碱基时会出现的扩增不足现象。
在本发明的优选实施例中，通过控制PCR扩增程序中退火温度的范围在55～70℃之间，优选温度60～69℃(该温度可提高扩增反应的特异性)，使得设计的PCR产物纯度较高。本发明的这种设计可以使得PCR扩增产物条带清楚，无杂带出现，易于电泳识别。但是，如果温度过低，则特异条带少且杂带过多，电泳后难以区分判断；如果温度过高，则影响PCR扩增效率使得特定扩增产物过少，影响观察效果。
在本发明的优选实施例中，通过控制PCR扩增程序中延伸时间的范围在10～60s之间，优选时间15～30s(该时间可提高扩增反应的效率和扩增产物的特异性)，使得设计的PCR反应时间较短，扩增产物纯度较高。本发明的这种设计可以使PCR扩增产物条带清楚，无杂带出现，易于电泳识别，而且PCR时间较短。但是，如果时间过短，则特异条带不能完全扩增而使得扩增产物较少，电泳后难以区分判断；如果时间过长，则增加非特异条带的出现几率，出现杂带影响观察效果。
在本发明中，PCR反应成分可以包含DNA模板、上下游引物、TaqDNApolymerase(DNA聚合酶或亦可称作“Taq酶”)、缓冲液、Mg2+等。在本发明的优选实施例中，PCR扩增反应中可以使用TaqDNApolymerase及其TaqAntibody。TaqAntibody是TaqDNApolymerase的单克隆抗体，其与TaqDNApolymerase结合后抑制DNA聚合酶活性，两者的亲和力非常高，即使在65℃下仍然可以封闭TaqDNApolymerase的活性，因此可以非常有效地抑制引物的非特异性退火及引物二聚体引起的非特异性扩增，具有极高的扩增灵敏度和特异性。TaqAntibody只需要在95℃加热30s即可完全失活，释放TaqDNApolymerase活性，保证了后续PCR扩增反应能够顺利进行。
PCR反应中可以加入pH值为8.1～8.7的Tris-HCl缓冲液，在72℃延伸反应时调整PCR溶液pH值在6.8～7.8之间，从而使Taq酶在偏碱性环境中更好地发挥活性。另外，PCR溶液中还可以加入明胶(0.01％)以减少PCR管对Taq酶的吸附作用，稳定酶活性及保护作用，促进PCR反应。
另外，PCR溶液中Mg2+浓度在1.5～2.0mmol/L之间时，可以很好地控制PCR反应的产率和特异性。
PCR反应引物的终浓度一般为0.1～1μM左右，浓度太高会导致非特异性扩增，太低则扩增产物太少。
此外，PCR反应中还可以加入助溶剂二甲亚砜(DMSO)和硫酸铵以降低碱基错配水平，提高富含GC模板的扩增效率。这可能与消除引物和模板的二级结构，降低DNA解链温度使DNA变性完全有关。
根据本发明的另一方面，提供了一种用于测定人NEFM基因rs12515位点多态性的试剂盒，其包含：
用于PCR扩增人NEFM基因rs12515位点附近序列的上游引物和下游引物，其中上游引物具有错配碱基G以获得含GTAAAY片段的扩增产物，其中Y为人NEFM基因rs12515位点上的待定碱基C或T；以及
仅能够切开GTAAAC片段与GTAAAT片段之一的限制性内切酶。
上述试剂盒中还可以包括其它成分，例如PCR反应Mix(包括4种dNTP混合物、Mg2+、TaqDNApolymerase、TaqAntibody、缓冲液，DMSO和硫酸铵)和用于实施测定的说明书等。
本领域技术人员可以理解，除非有明显抵触，本发明的第一方面和第二方面的相关特征可以相互组合。
本发明的测定手段不但快速可靠，而且测定成本大大降低。
附图说明
图1描述了根据本发明的方法获得的酶切产物电泳紫外照片。其中Marker是：标准参考位置；泳道1：TT基因型；泳道2：TC基因型；泳道3：CC基因型。
具体实施方式
下面对本发明进行详细描述。本领域技术人员应当理解，以下详细描述仅用于说明而非限定本发明。
(1)待测DNA的获取
采集不同人群外周血，提取基因组DNA后进行下面的NEFM基因rs12515位点多态性的测定。
对于待测DNA的选择，本发明并没有特别的限制。既可以是从人体的体液或者组织获得离体样本，还可以是经过预先降解处理的基因组。为了方便实施，通常优选从血液提取离体样本。其中所述的组织包括人体中含有全部或至少NEFM基因的组织，而与是否表达该NEFM基因无关。从体液和/或组织中提取DNA的方法是本领域技术人员公知的，并且可以参考常用的分子生物学手册，例如《实用流式细胞术彩色图谱》、《分子克隆》第2版等。
(2)引物设计与合成
查找NCBI网站的Gene数据库和SNP数据库，分别获得NEFM基因全序列和rs12515多态位点信息。rs12515多态位点y前后部分碱基序列(碱基序列以5'→3'表示，大小写意义相同)如下(SEQIDNO:1)：
根据上述序列设计引入错配碱基的上游引物和下游引物。在最终所得扩增产物上，上游引物的错配碱基G与Y之间相隔四个碱基TAAA。
在本发明中，上游引物具有错配碱基G，且长度为35～60bp。下游引物也引入错配碱基C，目的是消除PCR产物序列该碱基位置附近的GTNNAC序列并消除该酶切位点。其中一个实施例中的引物如下：
上游引物:5'TGTATTATGCAAAGTACCAACTGAGCCAAAAACAGTAAA3'(SEQIDNO:2),
下游引物:5'AAAAGTCCATTTTAAATGCACCAGTGAGCT3'(SEQIDNO:3)，
其中上、下游引物下划线碱基均为错配碱基。
(3)制备PCR扩增产物
根据上游引物和下游引物特征及PCR相应试剂制定PCR扩增程序和条件，制备PCR扩增产物。其中一个实施例中，取基因组DNA(50～80ng)、上下游引物(终浓度为0.～1μM)、2×PCRMix7.5μL(包括4种dNTP混合物、Mg2+、TaqDNApolymerase、TaqAntibody、缓冲液，DMSO和硫酸铵)和双蒸水共同组成15μL反应体系，调整溶液pH为7.3左右。PCR反应条件为:95℃预变性30s，95℃变性30s→63℃退火30s→72℃延伸20s共30个循环，72℃延伸7min。PCR反应后获得稳定的扩增产物。
(4)酶切反应
本发明采用内切酶Hpy166II的价格低廉，如表1所示。
表1NEB公司Hpy166II内切酶识别序列及其价格
注：N为A或T或G或C。
其中一个实施例中，取PCR产物10μL，加入限制性内切酶Hpy166II5U、2μL10×酶切缓冲液和7.5μL双蒸水组成20μL反应体系，37℃水浴中酶切4～12h，即得酶切产物，酶切产物经1倍浓缩后电泳观察。
(5)电泳测试
其中一个实施例中，PCR产物经Hpy166II酶切后如果不能切开则仍为119bp，如果被切开则出现82bp和37bp，其中37bp片段电泳图中难以分辨。
将酶切产物在2～4％琼脂糖凝胶中3～8V/cm条件下，电泳30～80min，于紫外灯下拍照测定。酶切电泳图见图1，依据119bp和82bp片段的有无判断来判断基因型：CC型为82bp一个片段，CT型有119bp和82bp两种片段，TT型为119bp一个片段。
下面是实施本发明的若干实施例。
实施例1提取人外周血白细胞DNA测定rs12515多态性
1材料与方法
1.1主要试剂及仪器
试剂：2×PCRMix(包括4种dNTP混合物、Mg2+、TaqDNApolymerase、TaqAntibody、缓冲液，DMSO和硫酸铵)，限制性内切酶Hpy166II(NEB公司)，琼脂糖(Biowest公司)，引物由上海Sangon公司合成。
仪器：9600型PCR仪(PE公司)，微型电泳槽(PharmaciaBiotech,EPS1000)，GelDoc2000凝胶成像仪(Bio-RAD公司)。
1.2从外周血白细胞中提取DNA作为待测基因组DNA模板
EDTA-K2抗凝管采集人外周血1mL，参考《实用流式细胞术彩色图谱》中白细胞的分离方法进行白细胞分离，参考《分子克隆》中氯化钠盐析法提取白细胞基因组DNA，并作为待测人基因组DNA模板。
1.3序列查找及引物设计
在NCBI网站查找NEFM基因序列和rs12515多态位点信息来设计引物，具体如下：
上游引物:5'TGTATTATGCAAAGTACCAACTGAGCCAAAAACAGTAAA3'(SEQIDNO:2),
下游引物:5'AAAAGTCCATTTTAAATGCACCAGTGAGCT3'(SEQIDNO:3)。
1.4PCR扩增
取基因组DNA(50～80ng)、上下游引物(终浓度为0.1～1μM)、2×PCRMix7.5μL(包括4种dNTP混合物、Mg2+、TaqDNApolymerase、TaqAntibody、缓冲液，DMSO和硫酸铵)，灭菌双蒸水补足15μL反应体系，调整溶液pH为7.3左右。
PCR反应条件为:95℃预变性30s，95℃变性30s→63℃退火30s→72℃延伸20s共30个循环，72℃延伸7min。PCR反应后获得稳定的扩增产物。
1.5酶切鉴定
取PCR产物10μL，加入5U内切酶Hpy166II、2μL10×酶切缓冲液和7.5μL双蒸水组成20μL反应体系，37℃水浴中酶切12h，即得酶切产物，酶切产物经1倍浓缩后电泳观察。
上述酶切产物在3％琼脂糖凝胶5V/cm条件下，电泳40min，于紫外灯下拍照鉴定多态类型。
2结果
2.1PCR扩增结果
扩增后序列(其位于SEQIDNO:1碱基序列中462-580处，共119bp)，所获得的扩增产物序列如下(SEQIDNO:4)：
扩增后产物序列中下划线部分分别为上游、下游引物所对应的序列，y代表C/T多态即SNP位点rs12515。
2.2酶切结果
经内切酶Hpy166II酶切后的产物序列分别如下：
该多态位点含有C等位基因时PCR产物酶切后可形成切开片段82bp序列(SEQIDNO:5)：
该多态位点含有C等位基因时PCR产物酶切后可形成切开片段37bp序列(SEQIDNO:6)：
tgtattatgcaaagtaccaactgagccaaaaacagta37
酶切产物电泳后于紫外灯下拍照鉴定，结果示于图1中。其中，rs12515位点扩增后出现119bp片断，经Hpy166II酶切后电泳会出现119bp、82bp和37bp三种片断(其中37bp在电泳图中不易分辨)。
酶切后基因型判断：如图1所示，CC型为82bp一个片段，CT型有119bp和82bp两种片段，TT型为119bp一个片段。
2.3NEFM基因rs12515位点多态结果
共检测30例人员，检测结果发现rs12515位点出现CC型9例、CT型13例和TT型8例。
实施例2人外周血全血标本测定NEFM基因rs12515多态性
主要试剂及仪器同实施例1；参考《分子克隆技术》中酚-氯仿抽提法提取外周血全血基因组DNA，并作为待测人基因组DNA模板。
序列查找同实施例1，PCR反应所采用的上游引物是SEQIDNO:7，下游引物是SEQIDNO:8。
上游引物:5'GATGTCTTGAGATGTATTATGCAAAGTACCACTGAGCCAAAAACAGTAA3'(SEQIDNO:7)；
下游引物:5'CAAAAGTCCATTTTAAATGCACCAGTGAGCT3'(SEQIDNO:8)。
取基因组DNA(50～80ng)、上下游引物(终浓度为0.1～1μM)、2×PCRMix10μL(包括4种dNTP混合物、Mg2+、TaqDNApolymerase、TaqAntibody、缓冲液，DMSO和硫酸铵)，灭菌双蒸水补足20μL反应体系，调整溶液pH为7.3左右。
PCR反应条件为：95℃预变性3min，95℃变性30s→63℃退火30s→72℃延伸20s共30个循环，72℃延伸10min。
酶切反应同实施例1。酶切产物经1倍浓缩后在3％琼脂糖凝胶5V/cm条件下，电泳45min，于紫外灯下拍照鉴定。
结果：
扩增后序列(其位于SEQIDNO:1碱基序列中450-581处，共132bp)，所获得的扩增产物序列如下(SEQIDNO:9)：
扩增后产物序列中下划线部分为上游、下游引物所对应的序列，y代表C/T多态即SNP位点rs12515。
经内切酶Hpy166II酶切后的产物序列分别如下：
该多态位点含有C等位基因时PCR产物酶切后可形成切开片段83bp序列(SEQIDNO:10)：
该多态位点含有C等位基因时PCR产物酶切后可形成切开片段49bp序列(SEQIDNO:11)：
gatgtcttgagatgtattatgcaaagtaccaactgagccaaaaacagta49
酶切产物电泳后于紫外灯下拍照鉴定，rs12515位点扩增后出现132bp片断，经Hpy166II酶切后电泳会出现132bp、83bp和49bp(其中49bp在电泳图中不易分辨)三种片断。
酶切后基因型判断：CC型为83bp一个片段，CT型有132bp和83bp两种片段，TT型为132bp一个片段。
共检测28例人员，检测结果发现rs12515位点出现CC型8例、CT型14例和TT型6例。
实施例3人外周血血凝块标本测定NEFM基因rs12515多态性
主要试剂及仪器同实施例1；参考《分子克隆技术》中酚-氯仿抽提法提取血凝块基因组DNA。
PCR反应所采用的上游引物是SEQIDNO:12，下游引物是SEQIDNO:13。
上游引物:5'TGTCTTGAGATGTATTATGCAAAGTACCAACTGAGCCAAAAACAGTA3'(SEQIDNO:12)；
下游引物:5'CCATTTTAAATGCACCAGTGAGCTAAACATAAT3'(SEQIDNO:13)。
PCR扩增除退火温度是65℃外，其余反应条件同实施例1；酶切反应同实施例1。酶切产物经1倍浓缩后在3％琼脂糖凝胶5V/cm条件下，电泳45min，于紫外灯下拍照鉴定。
结果：
扩增后序列(其位于SEQIDNO:1碱基序列中452-574处，共123bp)，所获得的扩增产物序列如下(SEQIDNO:14)：
扩增后产物序列中下划线部分为上游、下游引物所对应的序列，y代表C/T多态即SNP位点rs12515。
经内切酶Hpy166II酶切后的产物序列分别如下：
该多态位点含有C等位基因时PCR产物酶切后可形成切开片段76bp序列(SEQIDNO:15)：
该多态位点含有C等位基因时PCR产物酶切后可形成切开片段47bp序列(SEQIDNO:16)：
tgtcttgagatgtattatgcaaagtaccaactgagccaaaaacagta47
酶切产物电泳后于紫外灯下拍照鉴定，rs12515位点扩增后出现123bp片断，经Hpy166II酶切后电泳会出现123bp、76bp和47bp(其中47bp在电泳图中不易分辨)三种片断。
酶切后基因型判断：CC型为76bp一个片段，CT型有123bp和76bp两种片段，TT型为123bp一个片段。
多态结果，共检测42例人员，检测结果发现rs12515位点出现CC型13例、CT型18例和TT型11例。
实施例4人口腔黏膜细胞测定NEFM基因rs12515多态性
主要试剂及仪器同实施例1；参考《分子克隆技术》中酚-氯仿抽提法提取口腔黏膜细胞基因组DNA。
PCR反应所采用的上游引物是SEQIDNO:17，下游引物是SEQIDNO:18。
上游引物:5'GAGATGTATTATGCAAAGTACCAACTGAGCCAAAAACAGT3'(SEQIDNO:17)；
下游引物:5'AGTCCATTTTAAATGCACCAGTGAGCTAAACAT3'(SEQIDNO:18)
PCR扩增除退火温度是68℃外，其余反应条件同实施例1；酶切反应同实施例1。酶切产物经1倍浓缩后在3％琼脂糖凝胶5V/cm条件下，电泳45min，于紫外灯下拍照鉴定。
结果：
扩增后序列(其位于SEQIDNO:1碱基序列中458-577处，共120bp)，所获得的扩增产物序列如下(SEQIDNO:19)：
扩增后产物序列中下划线部分为上游、下游引物所对应的序列，y代表C/T多态即SNP位点rs12515。
经内切酶Hpy166II酶切后的产物序列分别如下：
该多态位点含有C等位基因时PCR产物酶切后可形成切开片段80bp序列(SEQIDNO:20)：
该多态位点含有C等位基因时PCR产物酶切后可形成切开片段40bp序列(SEQIDNO:21)：
gagatgtattatgcaaagtaccaactgagccaaaaacagt40
酶切产物电泳后于紫外灯下拍照鉴定，rs12515位点扩增后出现120bp片断，经Hpy166II酶切后电泳会出现120bp、80bp和40bp(其中40bp在电泳图中不易分辨)三种片断。
酶切后基因型判断：CC型为80bp一个片段，CT型有120bp和80bp两种片段，TT为120bp一个片段。
多态结果，共检测58例人员，检测结果发现rs12515位点出现CC型16例、CT型27例和TT型15例。

Claims (10)

1.一种测定人NEFM基因rs12515位点多态性的方法，包括：
提供待测人基因组DNA；
提供扩增人NEFM基因rs12515位点附近序列的上游引物和下游引物，其中上游引物具有错配碱基G；
以所述待测人基因组DNA为模板，利用上游引物和下游引物进行PCR扩增反应以获得含GTAAAY片段的扩增产物，其中Y为人NEFM基因rs12515位点上的待定碱基C或T；
提供限制性内切酶；
利用限制性内切酶对所得扩增产物进行酶切以获得相应的酶切产物；以及
根据所得酶切产物来确定人NEFM基因rs12515位点上的待定碱基Y是C还是T，
其中，限制性内切酶为仅能够切开GTAAAC片段与GTAAAT片段之一的限制性内切酶。
2.根据权利要求1所述的方法，其中在所得扩增产物上，上游引物的错配碱基G与Y之间相隔四个碱基TAAA。
3.根据权利要求2所述的方法，其中在所得扩增产物上，上游引物末端碱基与Y相邻。
4.根据权利要求2所述的方法，其中在所得扩增产物上，上游引物末端碱基不与Y相邻。
5.根据权利要求1所述的方法，其中限制性内切酶为仅能切开GTAAAC片段的Hpy166II或其同裂酶。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所得酶切产物包括三种片段类型：具有总片段长度的未切断扩增产物、切断后具有较长片段的扩增产物以及切断后具有较短片段的扩增产物，通过判断酶切产物所包含的片段类型来确定人NEFM基因rs12515位点上的待定碱基Y是C还是T。
7.根据权利要求6所述的方法，其中判断酶切产物所包含的片段类型是通过凝胶电泳联合紫外灯拍照后与参照图对比来进行的。
8.根据权利要求7所述的方法，其中参照图是扩增产物在凝胶电泳标准设定时间后经紫外灯拍照后而得且仅具有第一参照图像位置和第二参照图像位置，其中第一参照图像位置针对的是未切断的总片段长度的扩增产物，而第二参照图像位置则针对的是切断后具有较长片段的扩增产物。
9.根据权利要求1所述的方法，其中通过设计上游引物和下游引物的长度而使得扩增产物的总片段长度在100至300bp之间，并且上游引物的片段长度至少为35bp，使得酶切切掉部分片段占总片段的长度的百分比超过20％。
10.一种用于测定人NEFM基因rs12515位点多态性的试剂盒，其包含：
用于PCR扩增人NEFM基因rs12515位点附近序列的上游引物和下游引物，其中上游引物具有错配碱基G以获得含GTAAAY片段的扩增产物，其中Y为人NEFM基因rs12515位点上的待定碱基C或T；以及
仅能够切开GTAAAC片段与GTAAAT片段片段之一的限制性内切酶。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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CN101532051A (zh) * 2007-12-29 2009-09-16 复旦大学 一种检测adh2基因多态性的方法

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