CN105002279B - 一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量的方法及其应用 - Google Patents
一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量的方法及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN105002279B CN105002279B CN201510438014.6A CN201510438014A CN105002279B CN 105002279 B CN105002279 B CN 105002279B CN 201510438014 A CN201510438014 A CN 201510438014A CN 105002279 B CN105002279 B CN 105002279B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- soybean
- linolenic acid
- map
- linolenic
- acid content
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量的方法及其应用。本发明提供的一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量性状的方法,包括如下步骤:检测待测大豆基因组中基于Map‑6017 SNP位点的基因型,如果为TT纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高亚麻酸含量性状的大豆籽粒,如果为CC纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有低亚麻酸含量性状的大豆籽粒;所述高亚麻酸含量指的是亚麻酸含量为8.5%以上;所述低亚麻酸含量指的是亚麻酸含量小于8.5%。实验证明,本发明所提供的一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量性状的方法可以用于鉴定或辅助鉴定待测大豆品种中亚麻酸含量的高低。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域,尤其涉及一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量的方法及其应用。
背景技术
大豆(Glycine max)是世界上重要的油料粮食作物,其种子油是人类与动物营养以及食品加工业植物食用油的重要来源。大豆油用量占全世界食用油的31%(Kim andKrishnan,2004)。大豆种子油主要是由甘油和脂肪酸组成的,其中脂肪酸占种子油的90%以上,主要包括棕榈酸(16:0)与硬脂酸(18:0)两种饱和脂肪酸和油酸(18:1)、亚油酸(18:2)与亚麻酸(18:3)等三种不饱和脂肪酸。脂肪酸的组成及其种类配比决定了种子油的品质。亚麻酸是人体必需脂肪酸,具有降低血清胆固醇和甘油三酯及软化血管等重要生理功能,被营养学家称之为“安全脂肪酸”。世界卫生组织和***粮农组织指出:“鉴于多不饱和脂肪酸在人体发育和健康中具有不可或缺的作用,建议所有婴幼儿配方食品中都应含有多不饱和脂肪酸”。亚麻酸具有多种生理功能,是深海鱼油中富含的二十二碳六烯酸(DHA)和二十碳五烯酸(EPA)的重要代谢前体,尤其对生活在内陆地区、很少食用深海产品人们的健康极为重要。美、英、法、德、日等国立法规定婴幼儿食品中必须添加亚麻酸及其代谢物。为了解决我国人民摄取亚麻酸不足的问题,需要提高大豆亚麻酸含量,改善脂肪酸配比以增加大豆的营养价值。
由于亚麻酸含量是受多基因控制的数量性状且易受环境影响,利用传统表型鉴定和育种方法培育高亚麻酸含量的品种不但需要花费很长的时间,而且难于成功,已经不能够满足当前优质大豆育种的发展。随着分子标记的开发和使用,分子标记辅助选择(Molecular marker-assisted selection,MAS)成为可以节约人力、物力和加速育种进程的有效方法(Cregan et al.1999)。分子标记辅助选择的最大优点为在不需要评估表型特征的情况下,通过确认是否带有目标基因而鉴定出高亚麻酸含量的植株。
大豆种质资源中蕴藏着丰富的基因,从育种的物质基础—种质资源中发掘所需要的优异资源及基因可有效促进大豆品种改良。作为栽培大豆起源地,我国的大豆种质资源在世界上最为丰富,现保存在国家种质资源库的就有3万余份,在亚麻酸含量上变异广泛(刘兴媛等,作物品种资源,1998)。为了有效的研究和利用我国大豆资源,邱丽娟等(作物学报,2009)构建了可代表我国大豆种质资源多样性的核心种质,为深入发掘种质资源中蕴藏的优异基因、有效拓宽大豆遗传基础奠定了材料基础。
关联分析,又称关联作图(Association Mapping),是一种以LD(LinkageDisequlibrium)分析为基础,直接对基因型变异和表型变异进行分析,从而把那些与性状有关联的基因鉴定出来(Khush et al.2001)的基因定位方法,已成为发掘与表型相关分子标记的强有力工具。新型分子标记—SNP因为具有在基因组中数量多、分布广泛、可高通量检测等优点而在近年广泛用于鉴定多基因控制的复杂性状。随着SNP标记数量的不断增多,高通量的SNP分型平台相继推出,包括Goladen Gate和BeadArray(Illumina),GenomeLabSNP stream(Beckman)和MegAllele(Affymetrix)等,其中Illumina公司的BeadArray芯片鉴定技术具有高效、高通量、成本低、准确性好等优点,适合位点数从几十到几千的中等通量基因分型研究,实验成功率>99%,是理想的中高通量基因分型检测的解决方案,目前已被广泛用于人类、拟南芥、水稻等物种的SNP分型。
发明内容
本发明的目的是鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量性状,和/或,筛选或辅助筛选具有不同亚麻酸含量的大豆籽粒。
为解决上述技术问题,本发明首先提供了一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量性状的方法,可包括如下步骤:检测待测大豆基因组中基于Map-6017SNP位点的基因型,如果为TT纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高亚麻酸含量性状的大豆籽粒,如果为CC纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有低亚麻酸含量性状的大豆籽粒。
为解决上述技术问题,本发明还提供了一种筛选或辅助筛选具有不同亚麻酸含量的大豆籽粒的方法,可包括如下步骤:检测待测大豆基因组中基于Map-6017SNP位点的基因型,如果为TT纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高亚麻酸含量性状的大豆籽粒,如果为CC纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有低亚麻酸含量性状的大豆籽粒。
上述方法中,所述Map-6017位点的所在基因为大豆基因组第2条染色体的Glyma.02g138100基因;所述Glyma.02g138100基因的核苷酸序列为序列表的序列1;所述Map-6017位点为序列表中序列1的第3230位。
上述方法中,所述高亚麻酸含量指的是亚麻酸含量可为8.5%以上;所述低亚麻酸含量指的是亚麻酸含量小于8.5%。
上述方法中,所述检测待测大豆基因组中基于Map-6017SNP位点的基因型的方法可包括:(1)提取大豆基因组DNA。(2)加入Map-6017探针组,进行等位基因特异性延伸和连接酶连接,可以得到一段包含Map-6017SNP位点和地址序列的片段。(3)将得到的片段进行PCR扩增(扩增体系中具有Cy3标记的dATP、Cy5标记的dGTP、dCTP和dTTP)后与芯片(美国Illumina公司产品,芯片上具有微珠,微珠表面连接有所述地址序列的互补序列)进行杂交。(4)芯片扫描,利用软件根据两种荧光颜色判读并输出分型结果。从而确定待测大豆品种基于Map-6017SNP位点基因型为TT纯合型或CC纯合型。
本发明还提供了一种产品。
本发明所提供的产品,可为检测大豆基因组中基于Map-6017SNP位点的多态性或基因型的物质;所述产品的功能为如下(a)、(b)或(c):
(a)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒的亚麻酸含量性状;
(b)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量性状相关的单核苷酸多态性;
(c)筛选或辅助筛选具有不同亚麻酸含量的大豆籽粒。
上述产品中,所述大豆基因组中基于Map-6017SNP位点的基因型可为TT纯合型或CC纯合型。
上述产品中,所述Map-6017位点的所在基因为大豆基因组第2条染色体的Glyma.02g138100基因;所述Glyma.02g138100基因的核苷酸序列为序列表的序列1;所述Map-6017位点为序列表中序列1的第3230位。
上述产品中,所述检测大豆基因组中基于Map-6017SNP位点的多态性或基因型的物质可包括Map-6017SNP探针组。
上述产品中,所述亚麻酸含量为高亚麻酸含量或低亚麻酸含量;所述高亚麻酸含量指的是亚麻酸含量可为8.5%以上;所述低亚麻酸含量指的是亚麻酸含量小于8.5%。
检测大豆基因组中基于Map-6017SNP位点的多态性或基因型的物质在下述(1)-(6)中的任一应用也属于本发明的保护范围:
(1)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒的亚麻酸含量性状;
(2)制备鉴定或辅助鉴定大豆籽粒的亚麻酸含量性状的产品;
(3)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量性状相关的单核苷酸多态性;
(4)制备鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量性状相关的单核苷酸多态性的产品;
(5)筛选或辅助筛选具有不同亚麻酸含量的大豆籽粒;
(6)制备筛选或辅助筛选具有不同亚麻酸含量的大豆籽粒的产品。
上述应用中,所述(1)和/或所述(2)中,所述大豆籽粒的亚麻酸含量性状可为高亚麻酸含量性状或低亚麻酸含量性状。所述高亚麻酸含量指的是亚麻酸含量可为8.5%以上;所述低亚麻酸含量指的是亚麻酸含量小于8.5%。
上述应用中,所述(3)和/或所述(4)中,所述大豆籽粒的亚麻酸含量性状可为高亚麻酸含量性状或低亚麻酸含量性状。所述高亚麻酸含量指的是亚麻酸含量可为8.5%以上;所述低亚麻酸含量指的是亚麻酸含量小于8.5%。
上述应用中,所述(5)和/或所述(6)中,所述具有不同亚麻酸含量的大豆籽粒可为具有高亚麻酸含量性状的大豆籽粒或具有低亚麻酸含量性状的大豆籽粒。所述高亚麻酸含量指的是亚麻酸含量可为8.5%以上;所述低亚麻酸含量指的是亚麻酸含量小于8.5%。
上述应用中,所述大豆基因组中基于Map-6017SNP位点的基因型可为TT纯合型或CC纯合型。
上述应用中,所述Map-6017位点的所在基因为大豆基因组第2条染色体的Glyma.02g138100基因;所述Glyma.02g138100基因的核苷酸序列为序列表的序列1;所述Map-6017位点为序列表中序列1的第3230位。
上述应用中,所述用于检测大豆基因组中基于Map-6017SNP位点的多态性或基因型的物质可包括Map-6017SNP探针组。
上述任一所述Map-6017SNP探针组可由探针1、探针2和探针3组成:
所述探针1为单链DNA分子,探针1的序列如序列表中序列2中的核苷酸所示。
所述探针2为单链DNA分子,探针2的序列如序列表中序列3中的核苷酸所示。
所述探针3为单链DNA分子,探针3的序列如序列表中序列4中的核苷酸所示。
本发明中,所述高亚麻酸含量指的是亚麻酸含量可为8.5%以上;所述低亚麻酸含量指的是亚麻酸含量小于8.5%。
实验证明,本发明所提供的一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量性状的方法可以用于鉴定或辅助鉴定待测大豆品种中大豆籽粒亚麻酸含量的高低。所述高亚麻酸含量指的是亚麻酸含量为8.5%以上;所述低亚麻酸含量指的是亚麻酸含量小于8.5%。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述,给出的实施例仅为了阐明本发明,而不是为了限制本发明的范围。
下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
下述实施例中所述的大豆地方品种和大豆选育品种记载在如下文献中:王国勋.中国大豆品种资源目录.北京:中国农业出版社,1982;常汝镇,孙建英.中国大豆品种资源目录:续编一.北京:农业出版社,1991;常汝镇,孙建英,邱丽娟,陈一舞.中国大豆品种资源目录:续编二.北京:中国农业出版社,1996。
下述实施例中,所述高亚麻酸含量指的是亚麻酸含量可为8.5%以上;所述低亚麻酸含量指的是亚麻酸含量小于8.5%。
实施例1、Map-6017SNP位点是与大豆籽粒亚麻酸含量相关的单核苷酸多态性
一、Map-6017单核苷酸多态性位点基本信息
Map-6017单核苷酸多态性位点位于Glyma.02G138100基因核苷酸序列(序列1)第3230位,其基本信息见表1。
表1、Map-6017SNP单核苷酸多态性位点基本信息
二、Map-6017SNP基因型与大豆籽粒亚麻酸含量的关联分析
1、Map-6017SNP探针组的制备
根据自主开发的全基因组SNP数据集,筛选Map-6017SNP位点并人工合成Map-6017SNP探针组:
探针1:ACTTCGTCAGTAACGGACGGATTCTTGGCGGCAGCCCA(序列表中的序列2);
探针2:GAGTCGAGGTCATATCGTGGATTCTTGGCGGCAGCCCG(序列表中的序列3);
探针3:AAATGTATTCTTGAGCCTTTCTTTGGACCAGAGCACGGGTAGTTTGTCTGCCTATAGTGAGTC(序列表中的序列4)。
芯片的微珠上连接有地址序列的互补序列。
2、基于Map-6017SNP位点基因分型方法的建立
利用Illumina的SNP检测平台对表2中所示的59个大豆地方品种和表3中所示的27个大豆选育品种基于Map-6017SNP位点的基因型进行检测。
检测对象为基因组DNA。以基因组DNA为模板,加入步骤1制备的探针1、探针2和探针3,进行等位基因特异性延伸和连接酶连接,可以得到一段包含Map-6017SNP位点和地址序列的片段。将得到的片段进行PCR扩增(扩增体系中具有Cy3标记的dATP、Cy5标记的dGTP、dCTP和dTTP)后与芯片(美国Illumina公司产品,芯片上具有微珠,微珠表面连接有所述地址序列的互补序列)进行杂交。然后进行芯片扫描,利用软件根据两种荧光颜色判读并输出分型结果。确定待测大豆品种基于Map-6017SNP位点基因型。
结果表明,待测大豆品种基于Map-6017SNP位点基因型为CC纯合型或TT纯合型。
3、Map-6017SNP基因型与大豆籽粒亚麻酸含量的关联分析
(1)检测大豆品种中大豆籽粒的亚麻酸含量
于2010、2011和2012年分别将表2中的大豆地方品种和表3中的大豆选育品种在中国农业科学院作物科学研究所海南三亚基地种植。在田间采用完全随机区组试验设计方案,重复三次。田间种植行宽0.4米,行长1.5米,株间距0.1米。种子收获后,将同一年份、同一品种的三次重复种子混合,检测大豆籽粒亚麻酸的含量,然后取同一品种三年检测结果的平均值,得到该品种的亚麻酸含量,结果如表2和表3所示。检测亚麻酸含量利用HP6890气相色谱仪(GC)(Agilent Technologies,Palo Alto,CA,USA)进行,具体检测方法参考Yanget al.Theor Appl Genet(2010)120:665–678。
(2)按照步骤2建立的基于Map-6017SNP位点进行基因分型方法,检测表2和表3中的大豆品种基于Map-6017SNP位点的基因型,结果表2和表3所示。表2为59个大豆地方品种基于Map-6017SNP位点的基因型,表3为27个大豆选育品种基于Map-6017SNP位点的基因型。
表2. 59个大豆地方品种的大豆籽粒基于Map-6017SNP位点的基因型
统一编号 | 品种名称 | 基于Map-6017SNP位点的基因型 | 亚麻酸含量(%) |
ZDD13233 | 冬黄豆—1 | TT | 9.2 |
ZDD03540 | 博爱红皮皂角籽 | TT | 9.3 |
ZDD07993 | 通县黄豆 | TT | 9.4 |
ZDD09566 | 黑豆 | TT | 9.4 |
ZDD14505 | 宜章六月黄 | TT | 9.5 |
ZDD05494 | 洪湖六月爆 | TT | 9.5 |
ZDD07580 | 白城秣食豆 | TT | 9.5 |
ZDD02096 | 天鹅蛋 | TT | 9.5 |
ZDD06375 | 大青仁 | TT | 9.6 |
ZDD14782 | 长沙泥豆 | TT | 9.6 |
ZDD08510 | 大黑豆 | TT | 9.7 |
ZDD06438 | 沙县乌豆 | TT | 9.7 |
ZDD14783 | 矮生泥豆① | TT | 9.8 |
ZDD12453 | 渠县八月黄 | TT | 9.9 |
ZDD16859 | 崖县黄豆 | TT | 9.9 |
ZDD14252 | 丰城早乌豆 | TT | 10.0 |
ZDD08728 | 白露豆 | TT | 10.0 |
ZDD06363 | 大粒黄 | TT | 10.0 |
ZDD11323 | 丹徒小乌甲 | TT | 10.1 |
ZDD07610 | 金山茶秣食豆 | TT | 10.1 |
ZDD08986 | 小白豆<2> | TT | 10.1 |
ZDD03237 | 浙川鸡窝黄 | TT | 10.2 |
ZDD06377 | 厦门腾子豆 | TT | 10.5 |
ZDD09832 | 青豆 | TT | 10.5 |
ZDD20676 | 六月黄 | TT | 10.6 |
ZDD04620 | 泰兴牛毛黄乙 | TT | 10.6 |
ZDD08251 | 大屯小黑豆 | TT | 10.6 |
ZDD03651 | 黑豆 | TT | 10.9 |
ZDD03191 | 中牟铁角二糙 | TT | 11.2 |
ZDD00698 | 茶色豆 | CC | 7.4 |
ZDD11014 | 绿滚豆 | CC | 7.5 |
ZDD10812 | 酱黄豆 | CC | 7.6 |
ZDD15624 | 皂角豆 | CC | 7.6 |
ZDD00326 | 方正秣食豆 | CC | 7.6 |
ZDD18529 | 猫眼豆 | CC | 7.6 |
ZDD01074 | 小白脐 | CC | 7.7 |
ZDD20340 | 绿肉黑皮豆 | CC | 7.8 |
ZDD00603 | 长春满仓金 | CC | 7.8 |
ZDD01612 | 兔儿眼 | CC | 7.9 |
ZDD01489 | 玉石豆 | CC | 7.9 |
ZDD04092 | 滨海大黄壳子甲 | CC | 7.9 |
ZDD08564 | 小圆黄豆 | CC | 8.0 |
ZDD00383 | 金元1号 | CC | 8.1 |
ZDD06358 | 东山白马豆 | CC | 8.1 |
ZDD02159 | 大黑豆 | CC | 8.1 |
ZDD09773 | 牛眼睛 | CC | 8.1 |
ZDD00294 | 青豆 | CC | 8.1 |
ZDD17989 | 黄大粒 | CC | 8.1 |
ZDD00638 | 薄地高 | CC | 8.1 |
ZDD07370 | 怀德白花大粒 | CC | 8.1 |
ZDD00078 | 满仓金 | CC | 8.1 |
ZDD05465 | 崇明白毛八月白 | CC | 8.2 |
ZDD17233 | 乌山仁峰黄豆 | CC | 8.2 |
ZDD14092 | 金蓬豆 | CC | 8.2 |
ZDD11159 | 花绿黄豆 | CC | 8.2 |
ZDD18771 | 青豆 | CC | 8.2 |
ZDD11703 | 曙光黄豆 | CC | 8.2 |
ZDD04572 | 吴江五月牛毛黄 | CC | 8.2 |
ZDD06856 | 黑河小黄豆 | CC | 8.2 |
表3. 27个大豆选育品种基于Map-6017SNP位点的基因型
统一编号 | 品种名称 | 基于Map-6017SNP位点的基因型 | 亚麻酸含量(%) |
WDD00903 | Punjab-1 | TT | 8.4 |
ZDD14190 | 白秋1号 | TT | 10.7 |
ZDD23883 | 中黄20 | TT | 9.4 |
WDD01192 | Xepcohckab2 | CC | 7.8 |
ZDD01797 | 7651-1 | CC | 7.9 |
WDD01069 | Biaoge du lot et gerome | CC | 7.9 |
ZDD22798 | 吉黄138号 | CC | 7.9 |
ZDD00059 | 牡丰1号 | CC | 8.0 |
ZDD19699 | 泗豆2号 | CC | 8.0 |
ZDD18870 | 东山69 | CC | 8.0 |
ZDD10100 | 郑8516 | CC | 8.0 |
ZDD18632 | 冀豆7号 | CC | 8.1 |
ZDD08697 | 榆选13号 | CC | 8.1 |
ZDD18845 | 晋豆13号 | CC | 8.2 |
ZDD00393 | 哈1号 | CC | 8.2 |
ZDD06823 | 合丰25 | CC | 8.3 |
WDD01420 | Pojabonar 856-3 | CC | 8.3 |
ZDD11588 | 74-424 | CC | 8.3 |
ZDD00003 | 黑农2号 | CC | 8.3 |
ZDD23221 | 潍J127 | CC | 8.3 |
ZDD19339 | 8588 | CC | 8.4 |
ZDD06819 | 嫩丰11号 | CC | 8.4 |
ZDD22642 | 黑生101 | CC | 8.4 |
ZDD19410 | 豫豆22 | CC | 8.4 |
ZDD01807 | 7694-1 | CC | 8.4 |
ZDD04451 | 金大332 | CC | 8.4 |
WDD01442 | 普广 | CC | 8.4 |
表2结果显示,59个大豆地方品种中29个品种基于Map-6017SNP位点的基因型为TT纯合型,这29个品种的大豆地方品种中大豆籽粒的亚麻酸的平均含量为9.96%;59个大豆地方品种中30个品种基于Map-6017SNP位点的基因型为CC纯合型,这30个品种的大豆地方品种中大豆籽粒的亚麻酸的平均含量为7.96%。显著性检验P<0.01。表3结果显示,27个大豆选育品种中3个品种基于Map-6017SNP位点的基因型为TT纯合型,这3个品种的大豆选育品种中大豆籽粒的亚麻酸的平均含量为9.50%;27个大豆选育品种中24个品种基于Map-6017SNP位点的基因型为CC纯合型,这24个品种的大豆选育品种中大豆籽粒的亚麻酸的平均含量为8.18%。显著性检验P<0.01。
统计结果表明,基于Map-6017SNP位点的基因型为TT纯合型的29个大豆地方品种和3个大豆选育品种中,97%大豆籽粒的亚麻酸含量为8.5%以上;基于Map-6017SNP位点的基因型为CC纯合型的30个大豆地方品种和24个大豆选育品种中,100%大豆籽粒的亚麻酸含量小于8.5%。
实验证明,步骤2建立的基于Map-6017SNP位点进行基因分型方法可以用于鉴定待测大豆品种中大豆籽粒亚麻酸含量的高低:检测待测大豆基于Map-6017SNP位点的基因型,如果待测大豆基因组中基于Map-6017SNP位点的基因型为TT纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高亚麻酸含量性状的大豆籽粒,如果待测大豆基因组中基于Map-6017SNP位点的基因型为CC纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有低亚麻酸含量性状的大豆籽粒。所述高亚麻酸含量指的是亚麻酸含量为8.5%以上;所述低亚麻酸含量指的是亚麻酸含量小于8.5%。
Claims (7)
1.一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量性状的方法,包括如下步骤:检测待测大豆基因组中基于Map-6017 SNP位点的基因型,如果为TT纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高亚麻酸含量性状的大豆籽粒,如果为CC纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有低亚麻酸含量性状的大豆籽粒;
所述Map-6017位点的所在基因为大豆基因组第2条染色体的Glyma.02g138100基因;所述Glyma.02g138100基因的核苷酸序列为序列表的序列1;所述Map-6017位点为序列表中序列1的第3230位。
2.一种筛选或辅助筛选具有不同亚麻酸含量的大豆籽粒的方法,包括如下步骤:检测待测大豆基因组中基于Map-6017 SNP位点的基因型,如果为TT纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高亚麻酸含量性状的大豆籽粒,如果为CC纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有低亚麻酸含量性状的大豆籽粒;
所述Map-6017位点的所在基因为大豆基因组第2条染色体的Glyma.02g138100基因;所述Glyma.02g138100基因的核苷酸序列为序列表的序列1;所述Map-6017位点为序列表中序列1的第3230位。
3.如权利要求1或2所述的方法,其特征在于:所述高亚麻酸含量指的是亚麻酸含量为8.5%以上;所述低亚麻酸含量指的是亚麻酸含量小于8.5%。
4.检测大豆基因组中基于Map-6017 SNP位点的多态性或基因型的物质的应用,为如下(1)、(2)、(3)、(4)、(5)或(6):
(1)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒的亚麻酸含量性状;
(2)制备鉴定或辅助鉴定大豆籽粒的亚麻酸含量性状的产品;
(3)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量性状相关的单核苷酸多态性;
(4)制备鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量性状相关的单核苷酸多态性的产品;
(5)筛选或辅助筛选具有不同亚麻酸含量的大豆籽粒;
(6)制备筛选或辅助筛选具有不同亚麻酸含量的大豆籽粒的产品;
所述Map-6017位点的所在基因为大豆基因组第2条染色体的Glyma.02g138100基因;所述Glyma.02g138100基因的核苷酸序列为序列表的序列1;所述Map-6017位点为序列表中序列1的第3230位。
5.如权利要求4所述的应用,其特征在于:所述大豆基因组中基于Map-6017 SNP位点的基因型为TT纯合型或CC纯合型。
6.如权利要求4应用,其特征在于:所述亚麻酸含量为高亚麻酸含量或低亚麻酸含量;所述高亚麻酸含量指的是亚麻酸含量为8.5%以上;所述低亚麻酸含量指的是亚麻酸含量小于8.5%。
7.如权利要求4所述的应用,其特征在于:所述用于检测大豆基因组中基于Map-6017SNP位点的多态性或基因型的物质包括Map-6017SNP探针组;
所述Map-6017SNP探针组由探针1、探针2和探针3组成;
所述探针1为序列表中序列2所示的单链DNA分子;
所述探针2为序列表中序列3所示的单链DNA分子;
所述探针3为序列表中序列4所示的单链DNA分子。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201510438014.6A CN105002279B (zh) | 2015-07-23 | 2015-07-23 | 一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量的方法及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201510438014.6A CN105002279B (zh) | 2015-07-23 | 2015-07-23 | 一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量的方法及其应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN105002279A CN105002279A (zh) | 2015-10-28 |
CN105002279B true CN105002279B (zh) | 2018-04-13 |
Family
ID=54375140
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201510438014.6A Active CN105002279B (zh) | 2015-07-23 | 2015-07-23 | 一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量的方法及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN105002279B (zh) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106048045B (zh) * | 2016-07-13 | 2019-11-26 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 与异黄酮类物质合成及光合作用相关的基因及分子标记 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101613754A (zh) * | 2009-08-07 | 2009-12-30 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 辅助鉴定大豆籽粒含油量位点的一对专用引物及其方法 |
Family Cites Families (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101680035B (zh) * | 2007-03-28 | 2017-05-31 | 孟山都技术有限公司 | 与主要大豆植物成熟期和生长习性基因组区域相关的snp标记的效用 |
-
2015
- 2015-07-23 CN CN201510438014.6A patent/CN105002279B/zh active Active
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101613754A (zh) * | 2009-08-07 | 2009-12-30 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 辅助鉴定大豆籽粒含油量位点的一对专用引物及其方法 |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
Effect of a novel mutation in a 9-stearoyl-ACP-desaturase on soybean seed oil composition;Paul Ruddle ,et al;《Theor Appl Genet》;20131231;241-249页 * |
Mapping the Fas Locus Controlling Stearic Acid Content in Soybean;M. M. Spencer,et al;《Theoretical and Applied Genetics》;20021022;第106卷;615-619页 * |
Targeted association mapping demonstrating the complex molecular genetics of fatty acid formation in soybean;Ying-hui Li,et al;《BMC Genomics》;20151023;第16卷;1-13 * |
大豆脂肪酸组成性状全基因组关联分析;韩世凤;《中国优秀硕士学位论文全文数据库 农业科技辑》;20140815(第8期);D047-199页 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN105002279A (zh) | 2015-10-28 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Chattopadhyay et al. | Detection of stable QTLs for grain protein content in rice (Oryza sativa L.) employing high throughput phenotyping and genotyping platforms | |
Dong et al. | Genetic diversity and population structure of vegetable soybean (Glycine max (L.) Merr.) in China as revealed by SSR markers | |
Xu et al. | Breeding wheat for enhanced micronutrients | |
Kallamadi et al. | Molecular diversity in castor (Ricinus communis L.) | |
Ahmad et al. | Genetic diversity and population structure of Pisum sativum accessions for marker-trait association of lipid content | |
Wang et al. | Enrichment of a common wheat genetic map and QTL mapping for fatty acid content in grain | |
US10791692B2 (en) | Fine mapping and validation of QTL underlying fiber content and identification of SNP markers for marker assisted selection | |
CN101892307A (zh) | 与小麦赤霉病抗性主效qtl紧密连锁的sscp标记及其应用 | |
Dong et al. | Studying genetic diversity in the core germplasm of confectionary sunflower (Helianthus annuus L.) in China based on AFLP and morphological analysis | |
Teng et al. | Identification of quantitative trait loci underlying seed protein content of soybean including main, epistatic, and QTL× environment effects in different regions of Northeast China | |
CN107937591A (zh) | 马铃薯染色体ⅺ末端抗低温糖化相关的qtl位点的snp标记及其应用 | |
CN105002279B (zh) | 一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒亚麻酸含量的方法及其应用 | |
Hossain et al. | Development of a selection tool for seed shape and QTL analysis of seed shape with other morphological traits for selective breeding in chickpea (Cicer arietinum L.) | |
Somta et al. | Molecular diversity assessment of AVRDC–The World Vegetable Center elite-parental mungbeans | |
CN105567818A (zh) | 一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒脂肪含量的方法及其应用 | |
CN105002278B (zh) | 一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒硬脂酸含量的方法及其应用 | |
Golkar et al. | Evaluation of genetic diversity in the world collection of Eruca sativa L. using oil content, fatty acids and molecular markers | |
CN102534026B (zh) | 辅助鉴定大豆百粒重相关位点的一种方法及其专用引物 | |
CN105132531B (zh) | 一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒棕榈酸含量的方法及其应用 | |
CN103667484B (zh) | 油菜品系6f313中含油量性状主效基因位点及应用 | |
CN101613754B (zh) | 辅助鉴定大豆籽粒含油量位点的一对专用引物及其方法 | |
Alkimim et al. | Genetic diversity and molecular characterization of physic nut genotypes from the active germplasm bank of the Agricultural Research Company of Minas Gerais, Brazil | |
CN106811508A (zh) | 与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记SVmc3 | |
CN106811509A (zh) | 与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记SVmc2 | |
Chepkoech et al. | Assessment of genetic variability of passion fruit using simple sequence repeat (SSR) markers |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |