CN104928373A - 一种帕金森病的基因诊断试剂盒 - Google Patents

一种帕金森病的基因诊断试剂盒 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种帕金森病的基因诊断试剂盒。该试剂盒包括11个帕金森病致病基因,包括SNCA、Parkin、Pink1、UCHL-1、DJ-1、ATP13A2、GIGYF2、HTRA2、FBX07、Vps35和MAPT,检测方法是:设计和合成各基因的特异性引物,采集待测个体的标本,运用RT-PCR技术,并将各基因得到的特异性DNA片段进行测序,然后与正常基因序列进行比对,分析是否有致病突变,以评估个体患病风险。本发明之帕金森病基因诊断试剂盒可以一次性检测致病基因蛋白编码区(CDS)不同的致病突变,方法简便快速,特异性好,灵敏度高,可用于帕金森病致病基因筛查和早期诊断。

Description

一种帕金森病的基因诊断试剂盒
技术领域
本发明涉及一种帕金森病的基因诊断试剂盒,属于分子生物学技术领域。
背景技术
帕金森病(Parkinson Disease,PD)是1817年由英国医生James Parkinson首次描述,为患病频率仅次于老年痴呆症(Alzheimer’s Disease)的一类神经功能障碍性疾病,全球约1%~2%的60岁以上老人患有帕金森病(Cardo LF.;Cote E.;Mena L.;et al.Mol Neurosci.2012,47,425)。主要病理特征为黑质致密区多巴胺(DA)神经元变性伴胞浆内嗜酸性包涵体即Lewy小体形成,导致黑质纹状体通路破坏及尾状核,壳核中DA含量减少。典型临床症状表现为静止性震颤,肌肉僵直,运动迟缓和姿势反射异常,重者伴有记忆障碍和痴呆。PD病情呈进行性加重,严重影响病人活动能力和生活质量,其生存期明显缩短,晚期因长期卧床而死于肺炎,骨折和***等并发症。
目前PD的发病机制尚未明确,已有研究表明与遗传、环境因素、衰老、氧化应激等多种因素有关,是多种机制协同作用的结果。帕金森病多见于中老年人,呈隐匿缓慢性发病。最初的症状往往不被人注意。对一个具有帕金森典型症状的患者来说,诊断是不困难的。目前国际上采用的多是英国脑库PD诊断标准。其为运动缓慢且具有以下症状之一:1.肌肉强直;2.4~6Hz静止性震颤;3姿势平衡障碍(并非由原发的视觉,前庭.小脑或本体感觉造成).同时需排除其它帕金森症状如反复脑损伤史,进行性核上性凝视麻痹等等。临床上多采用脑CT,MRI,SPECT,PET功能影像及辅以实验室检查如血清肾素,谷氨酸脱羧酶(GAD)等加以排除和确诊。
但在实际生活中,个体差异使PD患者的临床表型存在极大的异质性,其症状和体征也难以和一些疾病鉴别。如继发性震颤麻痹综合征,老年性震颤等。随着分子生物学的发展,遗传因素在PD发病过程中越来越被关注。越来越多的PD致病基因被人们所认知,包括SNCA、Parkin、Pink1、UCHL-1、DJ-1、ATP13A2、GIGYF2、HTRA2、FBX07、Vps35、MAPT等,并在离体和在体实验中验证了基因突变与发病密切相关。各致病基因被报道的致病突变也是多种,如Parkin已报道突变达50多个,基因ATP13A2突变达30多个。这些突变包括错义突变,无义突变,缺失突变,移码突变等,分布于各外显子上。
针对帕金森病发病隐匿且异质性明显,早期的快速检测将是必要的。由于基因突变是帕金森病发病因素之一,利用基因诊断将是有效手段。它直接检测被检者某一特定基因的结构或者功能是否异常,相对于常规诊断,更注重个体基因状态,不仅可以对患者所患疾病做出判断,也可以对表型正常但携带某种特定疾病基因或者特定疾病的易感性做出判断。聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,简称PCR技术)是近年发展起来体外扩增特异DNA片段的技术,具有快速,灵敏和特异性强等特点。传统的等位基因特异性PCR结果直观可靠,但是一次只能鉴别一个突变位点。鉴于帕金森病致病基因多,各致病基因内可表现为不同的突变位点,且多数都发生在蛋白编码区,应用RT-PCR技术结合现在快速发展的基因测序技术,可方便检测出帕金森病一个致病基因内所有外显子的多个突变。综合试剂盒所列所有致病基因的突变情况,可以获得测试样本与帕金森病相关致病基因的全面信息。本专利方法的建立为帕金森病的快速诊断和早期筛查提供技术支撑。
发明内容
本发明的目的是:提供一种帕金森病的基因诊断试剂盒,该试剂盒操作简单、准确可靠、特异性好,可应用于患者、表型正常的携带者及产前基因诊断,从而为临床诊断和早期的筛查提供参考。
本发明依据国内外对帕金森病(PD)分子遗传学研究的成果,针对多个与帕金森病相关的致病基因,包括SNCA、Parkin、Pink1、UCHL-1、DJ-1、ATP13A2、GIGYF2、HTRA2、FBX07、Vps35、MAPT,发病与上述基因的蛋白编码区(CDS)基因突变密切相关。利用RT-PCR方法结合基因测序技术,以达到明确全面检测帕金森病的目的。
技术方案:
根据本发明的一个方面,一种帕金森病的基因诊断试剂盒,包括有用于扩增如下基因的引物组:SNCA、Parkin、Pink1、UCHL-1、DJ-1、ATP13A2、GIGYF2、HTRA2、FBX07、Vps35、MAPT。
所述的引物组中的引物序列如下所示:
用于扩增SNCA基因的引物组:SEQ ID NO.1~2;
用于扩增Parking基因的引物组:SEQ ID NO.3~4;
用于扩增UCHL-1基因的引物组:SEQ ID NO.5~6;
用于扩增Pink1基因的引物组:SEQ ID NO.7~10;
用于扩增DJ-1基因的引物组:SEQ ID NO.11~12;
用于扩增ATP13A2基因的引物组:SEQ ID NO.13~20;
用于扩增GIGYF2基因的引物组:SEQ ID NO.21~26;
用于扩增HTRA2基因的引物组:SEQ ID NO.27~30;
用于扩增FBX07基因的引物组:SEQ ID NO.31~32;
用于扩增Vps35基因的引物组:SEQ ID NO.33~34;
用于扩增MAPT基因的引物组:SEQ ID NO.35~36。
根据本发明的另一个方面,包括有上述的引物组的帕金森病的基因诊断试剂盒。
所述的基因诊断试剂盒的反应体系中包括有:2×PCR反应缓冲液、dNTPs、引物组、Taq酶、ddH2O。
所述的试剂盒中还包括有RNA提取试剂和反转录试剂。
根据本发明的另一个方面,帕金森病的基因诊断试剂盒检测方法,包括如下步骤:
(1)样品组织RNA的提取;(2)将所得RNA反转录成cDNA;(3)PCR反应;(4)将所得扩增DNA片段测序;(5)测序结果与各基因的CDS进行比对,看有无致病突变。
有益效果
本发明的帕金森病基因诊断试剂盒及检测方法,是根据国内外对帕金森病的分子生物学和遗传学研究的结果,检测与帕金森病相关的一系列致病基因,包括SNCA、Parkin、Pink1、UCHL-1、DJ-1、ATP13A2、GIGYF2、HTRA2、FBX07、Vps35、MAPT,根据各基因保守区设计引物,利用引物特异性扩增各基因的全部CDS区,所建立优化的的RT-PCR反应体系结合测序技术保证了检测结果的快速性、准确性和灵敏性。使用本发明的基因诊断试剂盒,可以单管一次性PCR同时检测到一个基因的CDS区内全部的致病突变位点,能够覆盖大多数患者和携带者的诊断,并降低误诊率和有效减少个体差异引起的漏诊。该方法可运用于患者、携带者及产前诊断,可为临床确诊疾病提供重要的依据和参考价值,也有利于对该疾病的早期预防治疗。
附图说明
以下图是根据本发明提供的试剂盒进行RT-RCR检测正常细胞株ND29194致病突变位点电泳结果。
图1是UCHL-1基因扩增产物电泳图,泳道1是Marker,泳道2是UCHL-1;
图2是SNCA基因扩增产物电泳图,泳道1是SNCA,泳道2是Marker;
图3是Parkin基因扩增产物电泳图,泳道1是Marker,泳道2是Parking;
图4是Pink1基因扩增产物电泳图,泳道1是Marker,泳道2和3分别是分段片段P6-1和P6-2;
图5是DJ-1基因扩增产物电泳图,泳道1是Marker,泳道2是DJ-1;
图6是FBX07基因扩增产物电泳图,泳道1是Marker,泳道2是FBX07;
图7是HTRA2基因扩增产物电泳图,泳道1是Marker,泳道2是分片段HT1;
图8也是HTRA2基因扩增产物电泳图,泳道1是分片段HT2,泳道2是Marker;
图9是GIGYF2基因扩增产物电泳图,泳道1是Marker,泳道2,3,4分别是分片段GI-1、GI-2、GI-3;
图10是ATP13A2基因扩增产物电泳图,泳道1是分片段AT1,泳道2是Marker;
图11也是ATP13A2基因扩增产物电泳图,泳道1是Marker,泳道2、3、4分别是分片段AT2、AT3、AT4;
图12是Vps35基因扩增产物电泳图,泳道1是Marker,泳道2是Vps35;
图13是MAPT基因扩增产物电泳图,泳道1是Marker,泳道2是MAPT;
图14是marker的产物大小分布图。
具体实施方式
下面通过具体实施方式结合附图对本发明作进一步详细说明。以下实施例在本发明技术方案为前提下进行实施,给出了详细的实施方式和具体操作过程,但本发明的保护范围不限于下述实施例。实施例中未注明具体技术或条件者,按照本领域内的文献所描述的技术或条件(例如参考J.萨姆布鲁克等著,黄培堂等译的《分子克隆实验指南》,第三版,科学出版社)或者按照产品说明书进行。
实施例1基因的确定、引物设计以及试剂盒组成及扩增程序
本发明涉及的11个基因与PD疾病相关,已有文献报道了其相关性。11个基因的序列可以通过如下途径获得。
在网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed根据如下基因ID可检索到基因序列
表1基因ID
基因 基因ID
SNCA 6622
Parkin 5071
UCHL-1 7345
Pink1 65018
DJ-1 11315
ATP13A2 23400
GIGYF2 26058
HTRA2 27429
FBX07 25793
Vps35 55737
MAPT 4137
引物根据各基因保守区进行设计,利用引物特异性扩增各基因的全部CDS区。正向和反向引物分别设计在5'-UTR和3'-UTR区,确保扩增产物能够覆盖全部的CDS区,部分基因(Pink1、ATP13A2、GIGYF2、HTRA2)的CDS区由于序列长,一次性扩增全长困难,故采取分成2~4段PCR方法,引物设计时各分段处有重叠(overlap),故分片段合起来同样覆盖CDS全长,使该试剂盒能检测全部CDS区上的突变位点。
以SNCA为例,下载后得到的基因mRNA序列如下所示,其中下划为设计引物所对应的结合区,用括号[]括起的部分为CDS区。设计引物的扩增产物可以包含全部的CDS区长度。
AGGAGAAGGAGAAGGAGGAGGACTAGGAGGAGGAGGACGGCGACGACCAGAAGGGGCCCAAGAGAGGGGGCGAGCGACCGAGCGCCGCGACGCGGAAGTGAGGTGCGTGCGGGCTGCAGCGCAGACCCCGGCCCGGCCCCTCCGAGAGCGTCCTGGGCGCTCCCTCACGCCTTGCCTTCAAGCCTTCTGCCTTTCCACCCTCGTGAGCGGAGAACTGGGAGTGGCCATTCGACGACAGTGTGGTGTAAAGGAATTCATTAGCC[ATGGATGTATTCATGAAAGGACTTTCAAAGGCCAAGGAGGGAGTTGTGGCTGCTGCTGAGAAAACCAAACAGGGTGTGGCAGAAGCAGCAGGAAAGACAAAAGAGGGTGTTCTCTATGTAGGCTCCAAAACCAAGGAGGGAGTGGTGCATGGTGTGGCAACAGTGGCTGAGAAGACCAAAGAGCAAGTGACAAATGTTGGAGGAGCAGTGGTGACGGGTGTGACAGCAGTAGCCCAGAAGACAGTGGAGGGAGCAGGGAGCATTGCAGCAGCCACTGGCTTTGTCAAAAAGGACCAGTTGGGCAAGAATGAAGAAGGAGCCCCACAGGAAGGAATTCTGGAAGATATGCCTGTGGATCCTGACAATGAGGCTTATGAAATGCCTTCTGAGGAAGGGTATCAAGACTACGAACCTGAAGCCTAA]GAAATATCTTTGCTCCCAGTTTCTTGAGATCTGCTGACAGATGTTCCATCCTGTACAAGTGCTCAGTTCCAATGTGCCCAGTCATGACATTTCTCAAAGTTTTTACAGTGTATCTCGAAGTCTTCCATCAGCAGTGATTGAAGTATCTGTACCTGCCCCCACTCAGCATTTCGGTGCTTCCCT TTCACTGAAGTGAATACATGGTAGCAGGGTCTTTGTGTGCTGTGGATTTTGTGGCTTCAATCTACGATGTTAAAACAAATTAAAAACACCTAAGTGACTACCACTTATTTCTAAATCCTCACTATTTTTTTGTTGCTGTTGTTCAGAAGTTGTTAGTGATTTGCTATCATATATTATAAGATTTTTAGGTGTCTTTTAATGATACTGTCTAAGAATAATGACGTATTGTGAAATTTGTTAATATATATAATACTTAAAAATATGTGAGCATGAAACTATGCACCTATAAATACTAAATATGAAATTTTACCATTTTGCGATGTGTTTTATTCACTTGTGTTTGTATATAAATGGTGAGAATTAAAATAAAACGTTATCTCATTGCAAAAATATTTTATTTTTATCCCATCTCACTTTAATAATAAAAATCATGCTTATAAGCAACATGAATTAAGAACTGACACAAAGGACAAAAATATAAAGTTATTAATAGCCATTTGAAGAAGGAGGAATTTTAGAAGAGGTAGAGAAAATGGAACATTAACCCTACACTCGGAATTCCCTGAAGCAACACTGCCAGAAGTGTGTTTTGGTATGCACTGGTTCCTTAAGTGGCTGTGATTAATTATTGAAAGTGGGGTGTTGAAGACCCCAACTACTATTGTAGAGTGGTCTATTTCTCCCTTCAATCCTGTCAATGTTTGCTTTACGTATTTTGGGGAACTGTTGTTTGATGTGTATGTGTTTATAATTGTTATACATTTTTAATTGAGCCTTTTATTAACATATATTGTTATTTTTGTCTCGAAATAATTTTTTAGTTAAAATCTATTTTGTCTGATATTGGTGTGAATGCTGTACCTTTCTGACAATAAATAATATTCGACCATGAATAAAAAAAAAAAAAAAGTGGGTTCCCGGGAACTAAGCAGTGTAGAAGATGATTTTGACTACACCCTCCTTAGAGAGCCATAAGACACATTAGCACATATTAGCACATTCAAGGCTCTGAGAGAATGTGGTTAACTTTGTTTAACTCAGCATTCCTCACTTTTTTTTTTTAATCATCAGAAATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTCTCTCGCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTACAGGAAATGCCTTTAAACATCGTTGGAACTACCAGAGTCACCTTAAAGGAGATCAATTCTCTAGACTGATAAAAATTTCATGGCCTCCTTTAAATGTTGCCAAATATATGAATTCTAGGATTTTTCCTTAGGAAAGGTTTTTCTCTTTCAGGGAAGATCTATTAACTCCCCATGGGTGCTGAAAATAAACTTGATGGTGAAAAACTCTGTATAAATTAATTTAAAAATTATTTGGTTTCTCTTTTTAATTATTCTGGGGCATAGTCATTTCTAAAAGTCACTAGTAGAAAGTATAATTTCAAGACAGAATATTCTAGACATGCTAGCAGTTTATATGTATTCATGAGTAATGTGATATATATTGGGCGCTGGTGAGGAAGGAAGGAGGAATGAGTGACTATAAGGATGGTTACCATAGAAACTTCCTTTTTTACCTAATTGAAGAGAGACTACTACAGAGTGCTAAGCTGCATGTGTCATCTTACACTAGAGAGAAATGGTAAGTTTCTTGTTTTATTTAAGTTATGTTTAAGCAAGGAAAGGATTTGTTATTGAACAGTATATTTCAGGAAGGTTAGAAAGTGGCGGTTAGGATATATTTTAAATCTACCTAAAGCAGCATATTTTAAAAATTTAAAAGTATTGGTATTAAATTAAGAAATAGAGGACAGAACTAGACTGATAGCAGTGACCTAGAACAATTTGAGATTAGGAAAGTTGTGACCATGAATTTAAGGATTTATGTGGATACAAATTCTCCTTTAAAGTGTTTCTTCCCTTAATATTTATCTGACGGTAATTTTTGAGCAGTGAATTACTTTATATATCTTAATAGTTTATTTGGGACCAAACACTTAAACAAAAAGTTCTTTAAGTCATATAAGCCTTTTCAGGAAGCTTGTCTCATATTCACTCCCGAGACATTCACCTGCCAAGTGGCCTGAGGATCAATCCAGTCCTAGGTTTATTTTGCAGACTTACATTCTCCCAAGTTATTCAGCCTCATATGACTCCACGGTCGGCTTTACCAAAACAGTTCAGAGTGCACTTTGGCACACAATTGGGAACAGAACAATCTAATGTGTGGTTTGGTATTCCAAGTGGGGTCTTTTTCAGAATCTCTGCACTAGTGTGAGATGCAAACATGTTTCCTCATCTTTCTGGCTTATCCAGTATGTAGCTATTTGTGACATAATAAATATATACATATATGAAAATA(SEQ ID NO.37)
采用的标准样品是从Coriell Institute for Medical Research购买的人皮肤成纤维细胞,其详细信息如表2所示
表2细胞样本信息
细胞株编号 细胞类型 病变 是否存在突变 年龄 性别
ND29194 Fibroblast 正常 无突变,野生型 51 Female
该试剂盒在使用中,首先提取样本的RNA,再将RNA逆转录为cDNA,接着通过PCR对cDNA进行扩增,将扩增产物进行测序,获知突变情况。每个基因都分别在单独的扩增体系中采用相应的引物进行PCR扩增。对引物设计以及扩增程序的循环往复的大量试验调整,并结合对模板量、引物的Tm值的相应的优化后,优选引物及具体信息如下表3所示:
表3引物序列
在进行基因扩增时,各个基因所对应的引物对分别在一个单独扩增体系中进行扩增,其中,Pink1基因对应的SEQ ID NO.7~8在一个体系中对Pink1基因的一段进行扩增,而SEQID NO.9~10在另外一个体系中对Pink1基因的另一段进行扩增,将两段的结果进行合并后可以得到Pink1的全部序列。同样地,ATP13A2基因分为4段扩增,SEQ ID NO.13~14扩增第1段,SEQ ID NO.15~16扩增第2段,SEQ ID NO.17~18扩增第3段,SEQ ID NO.19~20扩增第4段,将两段的结果进行合并后可以得到ATP13A2的全部序列。GIGYF2基因分为SEQID NO.21~22、SEQ ID NO.23~24、SEQ ID NO.25~26进行3段扩增,最后再进行合并,HTRA2基因以SEQ ID NO.27~28和SEQ ID NO.29~30分别进行2段扩增。
较优地,经大量实验摸索到的扩增程序为:
表4扩增程序
实施例2帕金森病的基因诊断
使用实施例1的试剂盒,进行实施例2的应用,具体分别按下列步骤进行:
本发明提供的帕金森病基因诊断试剂盒,其检测样品可以是待测个体的血液、体液、毛发、骨骼、细胞或组织标本等。本实施例中,采用同实施例1中的标准细胞株。
一.待测个体人成纤维皮肤细胞RNA的提取:
1.取待测样品加入1ml Trizol在冰上混匀,捣碎匀浆;冰上静置10min;
2.在匀浆液中加入200μl氯仿,用力振摇15s,室温孵育10min
3.4℃,12000g/min,离心15min
4.取水相(上层),加入500μl异丙醇,轻轻晃动,室温孵育10~15min
5.4℃,12000g/min,离心10min
6.弃上清,用1ml 75%乙醇(v/v)洗涤一次,4℃,7500~10000g/min,离心5min
7.空气干燥超净工作台处晾干,用20~30μl DEPC水溶解(若不能完全溶解可于55~60℃孵育5~10min),得到RNA提取液。
二、样品RNA反转录为cDNA
取2μl RNA提取液95℃预热5~10min,加入含RT反应液的反应管,在PCR仪或者恒温水浴锅中按以下程序进行扩增反应:25℃,5min,42℃孵育60min,最后70℃,15min使反转录酶灭活。最终得到RT-PCR反应模板。
RT反应液的组成是:
表5RT反应液组成(20μl反应体系)
三、对cDNA进行PCR扩增
取2μl RT-PCR反应模板加入到48μl扩增体系中,每管中加入用于扩增一个基因的引物对(Pink1、ATP13A2、GIGYF2、HTRA2基因采用多段扩增,各段都是利用一个引物对进行单管扩增,再将各段的扩增效果重新合并,具体的分段引物手段如实施例1所描述),引物如表3所示,混匀后在PCR仪中按照表5中的程序进行反应。
PCR扩增中的扩增体系如表6所示。
表6PCR扩增体系组成(50μl反应体系)
2×PCR Buffer(Mg2+Plus) 25.0μl
10mM dNTP Mixture 1.0μl
正向引物F 2.0μl
反向引物R 2.0μl
Taq酶 0.2μl
dd H2O 补足至50μl
四、电泳,PCR产物判断及测序
反应结束后,对产物进行电泳分离,对目的产物进行切胶后做T-A克隆,直接进行测序,委托南京金斯瑞生物科技公司。图1所示的是UCHL-1基因的扩增产物的电泳结果,从图中可以看出,扩增产物呈清晰、单一的条带,可见其扩增效率高,无特异性产物出现,公开序列经过扩增后其产物大小预计在884bp,其实际大小为884bp,其大小与预期相符,经过测序,该细胞株样本的测序结果与其已知序列一致,证明了该引物组的可靠性。
其它的基因的扩增结果如图2~14所示,从图中可以看出,对于其它基因的扩增产物大小也与预期的大小一致,且呈现单一、清晰的条带;将各个扩增产物切胶后进行测序,测序结果与该样本的已知序列一致,同样地也证实了该试剂盒能够对上述的其它基因进行可靠地扩增。
结果:
应用DNAMAN软件进行序列比对分析。将测序得到的序列与NCBI检索到的标准序列进行比对,确定是否存在致病突变位点。
                         SEQUENCE LISTING
 
<110>  江苏雄鸣医药科技有限公司
 
<120>  一种帕金森病的基因诊断试剂盒
 
<130>  none
 
<160>  37   
 
<170>  PatentIn version 3.5
 
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<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  6
ttaagtgcct gggtgtggct                                                   20
 
 
<210>  7
<211>  19
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  7
gcaccgcccc aagtttgtt                                                    19
 
 
<210>  8
<211>  21
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  8
catcttgatg gccaagggga a                                                 21
 
 
<210>  9
<211>  20
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  9
gcctacattg ccccagaacc                                                   20
 
 
<210>  10
<211>  21
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  10
tcacagacca tcacgacaca g                                                 21
 
 
<210>  11
<211>  19
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  11
ggtgagtggt acccaacgg                                                    19
 
 
<210>  12
<211>  22
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  12
ttgtgacttc catacttccg ca                                                22
 
 
<210>  13
<211>  17
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  13
atgagcgcga ggagccg                                                      17
 
 
<210>  14
<211>  20
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  14
taggggttca gtgcctcgtc                                                   20
 
 
<210>  15
<211>  19
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  15
ctcagcctcc aggaccaaa                                                    19
 
 
<210>  16
<211>  20
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  16
gagcccggat tacaatctca                                                   20
 
 
<210>  17
<211>  17
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  17
accgggtgcc tctgaat                                                      17
 
 
<210>  18
<211>  19
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  18
ttccacagtg tccctcgtc                                                    19
 
 
<210>  19
<211>  18
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  19
tgctggctac cgtgtcgt                                                     18
 
 
<210>  20
<211>  19
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  20
ggcagggagt tccagtgtc                                                    19
 
 
<210>  21
<211>  24
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  21
gcagaatttt tgaacaggtt tctt                                              24
 
 
<210>  22
<211>  20
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  22
tggaaacact gcccatacca                                                   20
 
 
<210>  23
<211>  21
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  23
ggccagttga aacaccagtt g                                                 21
 
 
<210>  24
<211>  22
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  24
gctttcatca actccctctg ct                                                22
 
 
<210>  25
<211>  20
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  25
cgctgtcgtt ggctgaaatc                                                   20
 
 
<210>  26
<211>  20
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  26
cttggacaca aagggccaga                                                   20
 
 
<210>  27
<211>  20
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  27
gtcctactgt ccgcctgctc                                                   20
 
 
<210>  28
<211>  19
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  28
ctcatacgtg tcgccgctt                                                    19
 
 
<210>  29
<211>  20
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  29
gcgaggtccc tatctcgaac                                                   20
 
 
<210>  30
<211>  20
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  30
aggaaatcag agcaggagcc                                                   20
 
 
<210>  31
<211>  20
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  31
atgaggctgc gggtgcggct                                                   20
 
 
<210>  32
<211>  21
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  32
agcaccccaa ggagttgaca t                                                 21
 
 
<210>  33
<211>  18
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  33
caggctctgg ggagtcgc                                                     18
 
 
<210>  34
<211>  22
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  34
tctatggaag ggaaacctag cg                                                22
 
 
<210>  35
<211>  20
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  35
atggctgagc cccgccagga                                                   20
 
 
<210>  36
<211>  20
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  36
agccaaagcc gagtgacaaa                                                   20
 
 
<210>  37
<211>  3215
<212>  DNA
<213>  SNCA
 
<400>  37
aggagaagga gaaggaggag gactaggagg aggaggacgg cgacgaccag aaggggccca       60
 
agagaggggg cgagcgaccg agcgccgcga cgcggaagtg aggtgcgtgc gggctgcagc      120
 
gcagaccccg gcccggcccc tccgagagcg tcctgggcgc tccctcacgc cttgccttca      180
 
agccttctgc ctttccaccc tcgtgagcgg agaactggga gtggccattc gacgacagtg      240
 
tggtgtaaag gaattcatta gccatggatg tattcatgaa aggactttca aaggccaagg      300
 
agggagttgt ggctgctgct gagaaaacca aacagggtgt ggcagaagca gcaggaaaga      360
 
caaaagaggg tgttctctat gtaggctcca aaaccaagga gggagtggtg catggtgtgg      420
 
caacagtggc tgagaagacc aaagagcaag tgacaaatgt tggaggagca gtggtgacgg      480
 
gtgtgacagc agtagcccag aagacagtgg agggagcagg gagcattgca gcagccactg      540
 
gctttgtcaa aaaggaccag ttgggcaaga atgaagaagg agccccacag gaaggaattc      600
 
tggaagatat gcctgtggat cctgacaatg aggcttatga aatgccttct gaggaagggt      660
 
atcaagacta cgaacctgaa gcctaagaaa tatctttgct cccagtttct tgagatctgc      720
 
tgacagatgt tccatcctgt acaagtgctc agttccaatg tgcccagtca tgacatttct      780
 
caaagttttt acagtgtatc tcgaagtctt ccatcagcag tgattgaagt atctgtacct      840
 
gcccccactc agcatttcgg tgcttccctt tcactgaagt gaatacatgg tagcagggtc      900
 
tttgtgtgct gtggattttg tggcttcaat ctacgatgtt aaaacaaatt aaaaacacct      960
 
aagtgactac cacttatttc taaatcctca ctattttttt gttgctgttg ttcagaagtt     1020
 
gttagtgatt tgctatcata tattataaga tttttaggtg tcttttaatg atactgtcta     1080
 
agaataatga cgtattgtga aatttgttaa tatatataat acttaaaaat atgtgagcat     1140
 
gaaactatgc acctataaat actaaatatg aaattttacc attttgcgat gtgttttatt     1200
 
cacttgtgtt tgtatataaa tggtgagaat taaaataaaa cgttatctca ttgcaaaaat     1260
 
attttatttt tatcccatct cactttaata ataaaaatca tgcttataag caacatgaat     1320
 
taagaactga cacaaaggac aaaaatataa agttattaat agccatttga agaaggagga     1380
 
attttagaag aggtagagaa aatggaacat taaccctaca ctcggaattc cctgaagcaa     1440
 
cactgccaga agtgtgtttt ggtatgcact ggttccttaa gtggctgtga ttaattattg     1500
 
aaagtggggt gttgaagacc ccaactacta ttgtagagtg gtctatttct cccttcaatc     1560
 
ctgtcaatgt ttgctttacg tattttgggg aactgttgtt tgatgtgtat gtgtttataa     1620
 
ttgttataca tttttaattg agccttttat taacatatat tgttattttt gtctcgaaat     1680
 
aattttttag ttaaaatcta ttttgtctga tattggtgtg aatgctgtac ctttctgaca     1740
 
ataaataata ttcgaccatg aataaaaaaa aaaaaaaagt gggttcccgg gaactaagca     1800
 
gtgtagaaga tgattttgac tacaccctcc ttagagagcc ataagacaca ttagcacata     1860
 
ttagcacatt caaggctctg agagaatgtg gttaactttg tttaactcag cattcctcac     1920
 
tttttttttt taatcatcag aaattctctc tctctctctc tctttttctc tcgctctctt     1980
 
tttttttttt tttttacagg aaatgccttt aaacatcgtt ggaactacca gagtcacctt     2040
 
aaaggagatc aattctctag actgataaaa atttcatggc ctcctttaaa tgttgccaaa     2100
 
tatatgaatt ctaggatttt tccttaggaa aggtttttct ctttcaggga agatctatta     2160
 
actccccatg ggtgctgaaa ataaacttga tggtgaaaaa ctctgtataa attaatttaa     2220
 
aaattatttg gtttctcttt ttaattattc tggggcatag tcatttctaa aagtcactag     2280
 
tagaaagtat aatttcaaga cagaatattc tagacatgct agcagtttat atgtattcat     2340
 
gagtaatgtg atatatattg ggcgctggtg aggaaggaag gaggaatgag tgactataag     2400
 
gatggttacc atagaaactt ccttttttac ctaattgaag agagactact acagagtgct     2460
 
aagctgcatg tgtcatctta cactagagag aaatggtaag tttcttgttt tatttaagtt     2520
 
atgtttaagc aaggaaagga tttgttattg aacagtatat ttcaggaagg ttagaaagtg     2580
 
gcggttagga tatattttaa atctacctaa agcagcatat tttaaaaatt taaaagtatt     2640
 
ggtattaaat taagaaatag aggacagaac tagactgata gcagtgacct agaacaattt     2700
 
gagattagga aagttgtgac catgaattta aggatttatg tggatacaaa ttctccttta     2760
 
aagtgtttct tcccttaata tttatctgac ggtaattttt gagcagtgaa ttactttata     2820
 
tatcttaata gtttatttgg gaccaaacac ttaaacaaaa agttctttaa gtcatataag     2880
 
ccttttcagg aagcttgtct catattcact cccgagacat tcacctgcca agtggcctga     2940
 
ggatcaatcc agtcctaggt ttattttgca gacttacatt ctcccaagtt attcagcctc     3000
 
atatgactcc acggtcggct ttaccaaaac agttcagagt gcactttggc acacaattgg     3060
 
gaacagaaca atctaatgtg tggtttggta ttccaagtgg ggtctttttc agaatctctg     3120
 
cactagtgtg agatgcaaac atgtttcctc atctttctgg cttatccagt atgtagctat     3180
 
ttgtgacata ataaatatat acatatatga aaata                                3215
 
 

Claims (6)

1.一种帕金森病的基因诊断试剂盒,其特征在于,包括有用于扩增如下致病基因的试剂盒:SNCA、Parkin、Pink1、UCHL-1、DJ-1、ATP13A2、GIGYF2、HTRA2、FBX07、Vps35、MAPT。
2.根据权利要求1所述的帕金森病的基因诊断试剂盒,其特征在于:所述的试剂盒中的引物序列如下所示:用于扩增SNCA基因的引物组:SEQ ID NO.1~2;用于扩增Parkin基因的引物组:SEQ ID NO.3~4;用于扩增UCHL-1基因的引物组:SEQ ID NO.5~6;用于扩增Pink1基因的引物组:SEQ ID NO.7~10;用于扩增DJ-1基因的引物组:SEQ ID NO.11~12;用于扩增ATP13A2基因的引物组:SEQ ID NO.13~20;用于扩增GIGYF2基因的引物组:SEQ ID NO.21~26;用于扩增HTRA2基因的引物组:SEQ ID NO.27~30;用于扩增FBX07基因的引物组:SEQ ID NO.31~32;用于扩增Vps35基因的引物组:SEQ ID NO.33~34;用于扩增MAPT基因的引物组:SEQ ID NO.35~36。
3.包括有权利要求1或2所述的引物组的帕金森病的基因诊断试剂盒。
4.根据权利要求3所述的帕金森病的基因诊断试剂盒,其特征在于:所述的基因诊断试剂盒的反应体系中包括有:2×PCR反应缓冲液、dNTPs、引物组、Taq酶、ddH2O。
5.根据权利要求3所述的帕金森病的基因诊断试剂盒,其特征在于:所述的试剂盒中还包括有RNA提取试剂和反转录试剂。
6.帕金森病的基因诊断试剂盒检测方法,包括如下步骤:(1)样品组织RNA的提取;(2)将所得RNA反转录成cDNA;(3)通过权利要求2所述的引物组对cDNA样本进行PCR反应;(4)将所得扩增DNA片段测序;(5)测序结果与各基因的CDS进行比对,看有无致病突变。
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