CN104195268B - 检测***A型、O型和Asia 1型病毒的试剂盒及制备方法 - Google Patents

检测***A型、O型和Asia 1型病毒的试剂盒及制备方法 Download PDF

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Abstract

本发明公开一种可用于检测***A型、O型和Asia？1型病毒的引物，由包括有这一引物的试剂盒及制备方法。本发明的用于检测***A型、O型和Asia？1型病毒的引物基因序列共6条，再加两条通用引物。相关的实验表明，本发明的引物序列可特异性快速扩增***A型、O型和Asia？1型病毒的核酸，通过核酸电泳检测到特异性条带，但同等条件下不能扩增水疱性口炎病毒和猪水泡病病毒的核酸。本发明可用于快速鉴别***A型、O型、Asia？1型病毒，并在***病毒流行病学研究中应用。

Description

检测***A型、O型和Asia 1型病毒的试剂盒及制备方法
技术领域
本发明涉及一种可用于检测***A型、O型和Asia1型病毒的引物，由包括有这一引物的试剂盒及制备方法。
背景技术
***（Foot-and-mouthdisease，FMD）是由***病毒（Foot-and-mouthdiseasevirus,FMDV）引起的动物急性、烈性传染病，主要危害猪、牛、羊痘偶蹄动物，发病率极高，造成了巨大的政治、经济损失，因此被世界卫生组织（OIE）列为A类传染病的首位。FMDV可以分为7个血清型，即A型、O型、C型、Asia1型、SAT1型、SAT2型和SAT3型，每个血清又有许多不同的亚型，且各血清型之间没有交叉性免疫，同一血清型的各亚型之间仅有部分交叉免疫。
由于快速鉴别诊断结果有利于特定型疫苗的选择和控制疫病蔓延，***病毒的分型鉴别诊断一直是研究的热点。由于***各血清型之间没有交叉保护，同一血清型的各亚型之间仅有部分交叉免疫，这使得***的诊断和控制更加困难。补体结合试验曾被用于***诊断和病毒分型，直到1970s该方法仍在一些流行病地区使用，但是该方法的灵敏度比较低。Roeder和LeBlancSmith通过使用兔和豚鼠抗纯化146S***病毒颗粒高滴度抗血清的ELISA方法成功地检测了***病毒抗原。该方法的灵敏度比补体结合试验高125倍，并且被用作常规***的诊断和病毒分型。但是ELISA方法检测含病毒的上皮悬浮液只有约70-80％阳性结果，因此病毒必须在组织培养中进行增殖后，再通过ELISA中进行检测和血清型分型。基于单抗的ELISA也被开发用于***的诊断和病毒分型(Chen,H,etal.,2012;MoriokaK,etal.,2009)。最近，有人研发了基础整联蛋白ανβ6和血清特异性单克隆抗体的夹心ELISA方法，并将该方法与普通的多克隆抗体夹心ELISA方法进行了比较。整合蛋白/单克隆抗体的ELISA可以识别FMDV的多种抗原和不同的血清型，虽然该方法在同一灵敏度的条件下比常规的多克隆ELISA具有更高的特异性，但是仍然有一些FMDVs不能被检测出来，(FerrisNP,etal.,2011)。
由于RT-PCR快速，灵敏和可靠性的优点，该方法已被广泛地用于***诊断。近年来各种RT-PCR检测方法已用于早期上皮细胞，细胞培养分离和其组织中***病毒RNA的检测(MeyerRF,etal.,1991)。Rodriguez等首次可通过RT-PCR对***病毒O型、A型和C型进行分型检测(RodríguezA,etal.,1992)。自此以后不同血清型特异性引物RT-PCR方法已被用于***病毒7个血清型份分型检测(Callens,etal.,1997;Vangrysperre,etal.,1996)。这些检测引物位于***病毒基因组的不同位置，包括5'非编码区、开放阅读框和3'端非编码区。为了提高RT-PCR诊断灵敏度，多组引物结合的多重检测也被用于***的检测(GiridharanP,etal.,2005;BaoH,etal.,2008)，但是这些RT-PCR方法的灵敏度依然有限，若前期再结合ELISA方法一起使用必然会使该过程更加耗时费力。
最近，实时荧光定量RT-PCR方法已被用于***病毒的检测，该方法不需要PCR后期处理（例如凝胶分析）且通过应信号来直接监视目标cDNA的扩增。TaqMan实验的检测效果同抗原结合ELISA的病毒分离实验一样(ReidSM,etal.,2003)。目前，两种不同的实时荧光定量RT-PCRTaqMan实验已普遍使用，一种针对5'非编码区的内部核糖体进入位点（IRES）(ReidSM,etal.,2002)和第二种针对3D（RNA聚合酶）的编码序列。实时荧光定量RT-PCR方法的速度和准确性可以从样品核酸提取到实验建立的计算机操作的偶联进一步提高。这使得该检测适合于主要指示病例诊断和在持续疫情中的检测。实时/定量RT-PCR试验目前在许多发达国家作为一种***病毒诊断和定量的常规测试。但是，这些实验不是专门设计用于的区分***病毒血清型。已经证明5'端非编码区检测在A血清型病毒的检测中更敏感，而在3D检测试验对检测SAT病毒具有更高的灵敏度(KingDP,etal.,2006)。另外，由于探针靶向区域的核苷酸错配，这些检测方法不能检测少量的FMDVs。因此，任何一种单独的检测方法不能100％的检测FMDV。最近，Tam等报道了用于***病毒检测和病毒分型荧光多重rRT-PCR检测方法，该方法具有更高的检测灵敏度，但却不能区分某些血清型之间的交叉反应性(TamS,etal.,2009)。
rRT-PCR便携式设备使得FMDV野外样品的检测成为可能，然而这种设备比较昂贵、比较脆弱且精密度要求比较高。因此，其他的方法，如环介导扩增的方法被用来进行野外样品的检测。LAMP在一个恒定的温度扩增特异性核苷酸序列，因此不需要热循环仪。该方法基于DNA序列通过一自动循环链置换反应扩增的原理，使用一组两个特别设计的内引物和两个外引物和具有链置换高活性的DNA聚合酶进行该测定法etal.,2000)。引物在初始阶段识别6个独立的靶序列和在LAMP反应的后期阶段识别4个独立的序列，使用标准的水浴或加热块进行该反应少于一个小时，然后对结果用肉眼进行可视化观察。其优点为其简单操作，反应快速且结果直观，这使得该方法已被许多疾病流行国家进行野外样品检测。已有***病毒高通量的RT-LAMP的建立，然而该方法由于容易污染造成假阳性，就尚未得广范的认可(DukesJP,etal.,2006)。
ELISA和RT-PCR结合的***检测方法具有很高的可靠性和准确性，但样品从采样点到实验室的运输问题成为***病毒早期诊断的最大障碍。因此，在疑似疫情点急需一种可以用于疾病快速诊断和特异性检测的方法。由Reid等人建立一种基于单克隆抗体的***层析试纸条技术(ReidSM,etal.,2001)。该试纸条检测上皮悬浮液测试中的***病毒抗原灵敏性与常规抗原ELISA灵敏性一样，且对***病毒血清型O，A，C和Asia1在细胞培养上清有着100％等效的敏感性，但是却不能够对这些血清型进行区分。因此，急需一种灵敏度高的能够特异性区分不同FMDV型别的高通量的检测方法。
研究表明，***病毒的A、O、Asia1三种血清型的RNA序列同源性约为70%左右，然而其编码结构蛋白的P1区域的差异比较好，该区域的核苷酸序列也常常被用来进行***病毒的分型及进化分析。在病毒的这些基因中，VP1蛋白参与病毒的吸附、入侵、免疫反应，并且与病毒的血清型特异性有关。因此VP1的基因序列通常被用来进行FMDV不同毒株之间的亲缘关系分析，从而研究***的分子流行病学规律。准确鉴定分离株种属和弄清其来源将有助于***的流行病学分析,具有重要意义。根据***病毒VP1基因组序列构建进化树分析发现，A型有10个亚型（Ⅰ-Ⅹ）；O型也有10个亚型，即欧洲-南美洲型（Euro-SA）、中东-南非型（ME-SA）、东南亚型（SEA）、中国型（CHY）、西非型（WA）、东非1型（EA-1）、东非2型（EA-2）、东非3型（EA-3）、印尼1型（ISA-1）和印尼2型（ISA-2）；Asia1有6个亚型（Ⅰ-Ⅵ）。此外，VP1基因也常被用来进行A、O、Asia1的分型检测。因此，本发明分别选择***病毒的Asia1型、O型和A型VP1序列作为靶基因的区域，根据GeXP多重PCR检测体系引物的要求设计出能够鉴别检测***Asia1型、O型和A型病毒的特异性引物，并建立三个型病毒鉴别诊断的GeXP体系。
发明内容
本发明提供一种可克服现有技术不足的用于分型鉴别检测***A型、O型和Asia具体1型病毒的技术，具体讲是是可用于检测***A型、O型和Asia1型病毒的引物，包括有这种引物的检测试剂盒，及其制备方法。
本发明的用于检测***A型、O型和Asia1型病毒的引物基因序列分别为：
SEQIDNo.1，可特异性扩增***A型病毒核酸的上游引物：AGGTGACACTATAGAATAGGGTGATCTAGGGTCTCTCGC，在本发明中被命名为FMDV-A-F；
SEQIDNo.2，可特异性扩增***A型病毒核酸的下游引物GTACGACTCACTATAGGGACAGGAGCTGCTTTGCAGGTGCAAT，在本发明中被命名为FMDV-A-R；
SEQIDNo.3，可特异性扩增***O型病毒核酸的上游引物：AGGTGACACTATAGAATAGTGACTGAACTGCTTTACCGCAT，在本发明中被命名为FMDV-O-F；
SEQIDNo.4，可特异性扩增***O型病毒核酸的下游引物：GTACGACTCACTATAGGGAGACATGTCCTCCTGCATCTG，在本发明中被命名为FMDV-O-R；
SEQIDNo.5，可特异性扩增***Asia1型病毒核酸的上游引物：AGGTGACACTATAGAATAACTGCCTACCAGAAGCAACC；在本发明中被命名为FMDV-Asia1-F；
SEQIDNo.6，可特异性扩增***Asia1型病毒核酸的下游引物：GTACGACTCACTATAGGGAAGTATGTCTCCGCACGCTTC，在本发明中被命名为FMDV-Asia1-R。
SEQIDNo.7，通用上游引物：AGGTGACACTATAGAATA，在本发明中被命名为UWD-F；
SEQIDNo.8，通用下游引物：GTACGACTCACTATAGGGA，本发明中被命名为UEV-R
本发明的***A型、O型和Asia1型病毒的检测试剂盒中包括有前述的八条可用于GeXP多重基因分析***的扩增引物SEQIDNo.1、SEQIDNo.2、SEQIDNo.3、SEQIDNo.4、SEQIDNo.5、SEQIDNo.6、SEQIDNo.7和SEQIDNo.8，其中SEQIDNo.7的5’端添加有Cy5荧光标签。
本发明的试剂盒疾病诊断目的的使用方法是以被检样品的RNA为模板，用引物SEQIDNo.1、SEQIDNo.2、SEQIDNo.3、、SEQIDNo.4、SEQIDNo.5、SEQIDNo.6、SEQIDNo.7和SEQIDNo.8进行扩增，扩增产物进行毛细管电泳分析，根据毛细管电泳信号分析图中241bp处是否出现峰值，且信号大于2000时判定被检样品的***病毒A型阴阳性；根据毛细管电泳信号分析图中280bp处是否出现峰值，且信号大于2000时判定被检样品的***病毒Asia1型阴阳性；根据毛细管电泳信号分析图中287bp处是否出现峰值，且信号大于2000时判定被检样品的***病毒O型阴阳性。
根据相关的研究，***病毒，P1蛋白参与病毒的吸附、入侵、免疫反应，并且与病毒的血清型特异性有关。因此VP1的基因序列通常被用来进行FMDV不同毒株之间的亲缘关系分析，从而研究***的分子流行病学规律。准确鉴定分离株种属和弄清其来源将有助于***的流行病学分析,具有重要意义。根据***病毒VP1基因组序列构建进化树分析发现，A型有10个亚型（Ⅰ-Ⅹ）；O型也有10个亚型，即欧洲-南美洲型（Euro-SA）、中东-南非型（ME-SA）、东南亚型（SEA）、中国型（CHY）、西非型（WA）、东非1型（EA-1）、东非2型（EA-2）、东非3型（EA-3）、印尼1型（ISA-1）和印尼2型（ISA-2）；Asia1有6个亚型（Ⅰ-Ⅵ）。此外，VP1基因也常被用来进行A、O、AsiaⅠ的分型检测。因此，本发明选择***病毒的A型VP1序列作为靶基因的区域，根据GeXP多重PCR检测体系引物的要求设计***病毒A型的特异性引物。
GeXP多重基因分析***（GeXPGeneticAnalysisSystem)是美国BeckmanCoulter公司研发的用于多基因表达定量分析的平台。该***将毛细管电泳分离技术和高灵敏的激光诱导荧光技术相结合，使基因表达定量分析实现了更高的灵敏度和更快的速度。该***以mRNA为模版，在同一PCR反应体系中由荧光标记的通用引物和特异性嵌合引物引发的多种PCR反应，随后经毛细管电泳分离技术进行分析。该方法具有高通量、高准确性、高灵敏度等优点，目前已被逐步应用于各种疾病病原的检测中。在我国已经先后建立了水泡带状疱疹病毒、流感病毒、呼吸道病毒、手足口病以及***瘤病毒的GeXP多重PCR检测体系，但是目前国内外尚无基于GeXP鉴别诊断***病毒试剂盒和检测方法的报道，同样单独或者联合使用可以鉴别检测***病毒的GeXP方法也尚无报道。
相关的实验表明，本发明的序列FMDV-A-F、FMDV-A-R、FMDV-O-F、FMDV-O-R、FMDV-Asia1-F、FMDV-Asia1-R、可特异性快速扩增***A型、O型和Asia1型病毒的核酸，通过核酸电泳检测到特异性条带，但同等条件下不能扩增水疱性口炎病毒和猪水泡病病毒的核酸。
相关的实验提示本发明的序列可在制备快速鉴别***A型、O型、Asia1型病毒的GeXP诊断试剂盒中的应用，并在***病毒流行病学研究中应用。
附图说明
图1为***A型病毒引物特异性验证的核酸电泳检测结果。其中***A型病毒引物可以特异性地扩增出FMDV-A型的基因组片段，而***Asia1型病毒、***A型病毒、水疱性口炎病毒和猪水泡病病毒均无特异性条带产生，说明***A型病毒的GeXP引物的特异性非常高。
图2是本发明FMDV-Asia1引物特异性验证的电泳图，图中M:DL500Marker；1：FMDV-Asia1;2:FMDV-A;3:FMDV-O;4:VSV;5：SVDV，可以看出FMDV-Asia1引物具有很好的特异性，并没有出现非特异性扩增。
图3是本发明FMDV-O引物特异性验证的电泳图，图中M:DL500Marker；1：FMDV-O;2:FMDV-A;3:FMDV-Asia1;4:VSV;5：SVDV，可以看出FMDV-O引物具有很好的特异性，并没有出现非特异性扩增。
图4为***A型病毒引物PCR灵敏性验证的核酸电泳检测结果。其中M为DL2000Marker；1为109个拷贝；2为108个拷贝；3为107个拷贝；4为106个拷贝；5为105个拷贝；6为104个拷贝；7为103个拷贝；8为102个拷贝；9为10个拷贝。由图可见109~104个拷贝的模板均由特异性产物产生，随着模板量的减少，产物条带变暗。从图可以看出本发明所设计的***A型病毒GeXP引物在58℃条件下PCR反应最少可以检出104个拷贝的模板。
图5为***O型病毒引物PCR灵敏性验证的核酸电泳检测结果。其中M为DL2000Marker；1为109个拷贝；2为108个拷贝；3为107个拷贝；4为106个拷贝；5为105个拷贝；6为104个拷贝；7为103个拷贝；8为102个拷贝；9为10个拷贝。由图可见109~104个拷贝的模板均由特异性产物产生，随着模板量的减少，产物条带变暗。从图可以看出本发明所设计的***O型病毒GeXP引物在58℃条件下PCR反应最少可以检出104个拷贝的模板。
图6为***Asia1型病毒引物PCR灵敏性验证的核酸电泳检测结果。其中M为DL2000Marker；1为109个拷贝；2为108个拷贝；3为107个拷贝；4为106个拷贝；5为105个拷贝；6为104个拷贝；7为103个拷贝；8为102个拷贝；9为10个拷贝。由图可见109~104个拷贝的模板均由特异性产物产生，随着模板量的减少，产物条带变暗。从图可以看出本发明所设计的***Asia1型病毒GeXP引物在58℃条件下PCR反应最少可以检出105个拷贝的模板。
图7为***A型病毒GeXP引物的GeXP-PCR特异性检测结果。从图可以看出***病毒A型241bp处出现峰值，且信号大于2000时认为是阳性结果。同时用***A型病毒的引物对***O型病毒、***Asia1型病毒、水疱性口炎病毒和猪水泡病病毒基因组进行GeXP反应时没有任何信号峰出现，这说明***A型病毒的GeXP引物具有非常好的特异性。
图8为***O型病毒GeXP引物的GeXP-PCR特异性检测结果。从图可以看出***病毒O型287bp处出现峰值，且信号大于2000时认为是阳性结果。同时用***O型病毒的引物对***Asia1型病毒、***A型病毒、水疱性口炎病毒和猪水泡病病毒基因组进行GeXP反应时没有任何信号峰出现，这说明***O型病毒的GeXP引物具有非常好的特异性。
图9为***Asia1型病毒GeXP引物的GeXP-PCR特异性检测结果。从图可以看出***病毒Asia1型280bp处出现峰值，且信号大于2000时认为是阳性结果。同时用***Asia1型病毒的引物对***O型病毒、***A型病毒、水疱性口炎病毒和猪水泡病病毒基因组进行GeXP反应时没有任何信号峰出现，这说明***Asia1型病毒的GeXP引物具有非常好的特异性。
图10至图13为***A型病毒GeXP引物的GeXP-PCR灵敏性检测结果，其中图10为104copies/μL，图11为103copies/μL，图12为102copies/μL，图13为10copies/μL。结果显示104copies/μL~102copies/μL的模板均可以检测到特异性的峰值，随着模板量的检测，峰值的信号强度也不断的减弱，在10copies/μL时特异性的信号峰值不足2000。从图中可以看出本发明中所设计的***A型病毒GeXP引物在本发明检测体系中可以检测出10copies/μL的模板。
图14至图17为***O型病毒GeXP引物的GeXP-PCR灵敏性检测结果，其中图14为104copies/μL，图15为103copies/μL，图16为102copies/μL，图17为10copies/μL。结果显示104copies/μL~102copies/μL的模板均可以检测到特异性的峰值，随着模板量的检测，峰值的信号强度也不断的减弱，在102copies/μL时特异性的信号峰值不足2000。从图中可以看出本发明中所设计的***O型病毒GeXP引物在本发明检测体系中可以检测出102copies/μL的模板。
图18至图21为***Asia1型病毒GeXP引物的GeXP-PCR灵敏性检测结果，其中图18为104copies/μL，图19为103copies/μL，图20为102copies/μL，图21为10copies/μL。结果显示104copies/μL~102copies/μL的模板均可以检测到特异性的峰值，随着模板量的检测，峰值的信号强度也不断的减弱，在102copies/μL时特异性的信号峰值不足2000。从图中可以看出本发明中所设计的***Asia1型病毒GeXP引物在本发明检测体系中可以检测出102copies/μL的模板。
图22至图25是本发明GeXP多重PCR灵敏性验证图，从图中可以看出在105copies/μL、104copies/μL、103copies/μL和102copies/μL水平都能同时检测到3种病毒RNA，其中在102copies/μL水平时，FMDV-O型扩增片段的信号强度低于2000，无法对下一个稀释梯度的混合样品进行检测。因此，GeXP多重基因检测***同时检测3种病毒的灵敏性为102copies/μL。
具体实施方式
以下结合实施例对本发明进行详细解说。
1.序列的制备
根据GeXP引物设计要求和NCBI公布的FMDV-A型、FMDV-O型、FMDV-Asia1的基因组，选择保守区域设计特异性引物，并通过添加通用引物形成特异性嵌合引物，而通用引物序列属于非生物源性的核苷酸序列，此外合成通用引物序列，并在上游通用引物的5’端添加Cy5荧光标签。
2．病毒基因组提取
单层细胞长至80%以上融合后，接种病毒，37℃孵育30min后弃去毒液。加入细胞维持液，37℃5%CO2培养，定期观察细胞病变（CPE），待90%以上细胞出现CPE后收毒。将病毒反复冻融3次，置-20℃冰箱保存备用。使用TaKaRa公司DNA提取试剂盒提取细胞毒株中的RNA。
3.FMDV引物特异性验证
以提取纯化的病毒RNA为模板进行扩增，实验体系如下：
反应条件如下：
各取5μL的PCR产物样品核酸电泳，电泳结果通过紫外凝胶成像***进行检测并拍照。检测结果表明，***A型病毒、***O型病毒、***Asia1型病毒的GeXP引物在58℃的条件下能特异性地扩增出特异性的基因组片段，而它们之间没有交叉扩增，且水疱性口炎病毒和猪水泡病病毒均无特异性条带产生，说明***病毒3个型的GeXP引物的特异性非常高。
4.***病毒的GeXP引物单重PCR灵敏性验证
利用NanoDropND-1000紫外分光光度计测定FMDV-A型、FMDV-O型、FMDV-Asia1型基因组的浓度，根据FMDV-A型、FMDV-O型、FMDV-Asia1型基因组的分子量和浓度计算其相应的拷贝数。对FMDV-A型、FMDV-O型、FMDV-Asia1型基因组进行梯度稀释，各取1μL作为模板，检测单重PCR的敏感性，PCR反应体系为：
反应条件如下：
各取5μL的PCR产物样品核酸电泳，电泳结果通过紫外凝胶成像***进行检测并拍照。检测结果表明，109~104个拷贝的模板均有特异性产物产生，随着模板量的减少，产物条带变暗。从图可看出本发明所设计的***A型、O型、Asia1型病毒的GeXP引物在58℃下，可检出反应体系中104、104、105个拷贝的模板。
5.***病毒GeXP-PCR的特异性检测
根据BeckmanCoulter公司的GenomeLab片段分析策略，建立25μL的PCR反应体系，反应体系为：
RT-PCR反应：
PCR产物的毛细管电泳分析：
用甲酰胺（SampleLoadingSolution,SLS）对PCR产物进行10倍的稀释；配置上样反应体系（40μl），包含38.5μl的甲酰胺（SampleLoadingSolution,SLS），0.5μl的DSS400（分子量内标-400），1μl的PCR产物稀释液；在漩涡器上震荡30s混匀，或用枪头混匀，并做简易离心以除去气泡，每孔加一滴石蜡油防止样品挥发；在缓冲液板与上样板对应孔内加入3/4体积的分离缓冲液；进入GeXP的SetUp程序，输入样品名称，对每个样品指定Frag-3分离方法，指定默认的GeXP分析方法，开始运行样本。
毛细管电泳结束，导出实验数据并对实验结果进行分析，从图可以看出分别在287bp、241bp和280bp处出现峰值，且信号大于2000时认为是阳性结果。同时用***病毒的各引物之间没有交叉扩增，且对水疱性口炎病毒和猪水泡病病毒基因组进行GeXP反应时没有任何信号峰出现，这说明***病毒的GeXP引物具有非常好的特异性。
6.***病毒单重GeXP-PCR灵敏性检测
利用NanoDropND-1000紫外分光光度计测定***A型病毒、***O型病毒、***Asia1型病毒RNA的浓度，根据病毒RNA的分子量和浓度计算其相应的拷贝数。对病毒RNA进行梯度稀释，稀释至106copies/μL~10copies/μL，各取1μL作为模板，检测***A型病毒、***O型病毒、***Asia1型病毒GeXP-PCR的灵敏性。
结果显示，***A型病毒、***O型病毒、***Asia1型病毒GeXP引物在58℃下对不同浓度基因组进行GeXP-PCR后的检测结果。结果显示除FMDV-A型为10copies/μL，其他均为102copies/μL。从图中可以看出本发明中所设计的***A型病毒GeXP引物在本发明检测体系中可以检测出10copies/μL的模板，***O型和Asia1型病毒GeXP引物在本发明检测体系中可以检测出102copies/μL的模板。
7.***病毒多重GeXP-PCR灵敏性检测
利用NanoDropND-1000紫外分光光度计测定***A型病毒、***O型病毒、***Asia1型病毒RNA的浓度，根据病毒RNA的分子量和浓度计算其相应的拷贝数。对病毒RNA进行梯度稀释，稀释至106copies/μL~10copies/μL，取等量的RNA进行混合，检测***A型病毒、***O型病毒、***Asia1型病毒多重GeXP-PCR的灵敏性。
结果显示，使用3种RNA作为混合模板，在105copies/μL、104copies/μL、103copies/μL和102copies/μL水平都能同时检测到3种靶基因，其中在102copies/μL水平时，FMDV-O型扩增片段的信号强度低于2000，无法对下一个稀释梯度的混合样品进行检测。因此，GeXP多重基因检测***同时检测3种病毒的灵敏性为102copies/μL。
综上可见，这里设计合成的8个基因序列以及其形成的***多重GeXP方法可以快速鉴别检测国内流行的A型、O型和Asia1型***病毒。
<110>中国农业科学院兰州兽医研究所
<120>检测***A型、O型和Asia1型病毒的试剂盒及制备方法
<160>8
<210>1
<211>39
<212>DNA
<213>人工序列（FMDV-A-F）
<400>
aggtgacactatagaatagggtgatctagggtctctcgc39
<210>2
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列（FMDV-A-R）
<400>
gtacgactcactatagggacaggagctgctttgcaggtgcaat43
<210>3
<211>41
<212>DNA
<213>人工序列（FMDV-O-F）
<400>
aggtgacactatagaatagtgactgaactgctttaccgcat41
<210>4
<211>39
<212>DNA
<213>人工序列（FMDV-O-R）
<400>
gtacgactcactatagggagacatgtcctcctgcatctg39
<210>5
<211>
<212>DNA
<213>人工序列（FMDV-Asia1-F）
<400>
aggtgacactatagaataactgcctaccagaagcaacc38
<210>6
<211>39
<212>DNA
<213>人工序列（FMDV-Asia1-R）
<400>
gtacgactcactatagggaagtatgtctccgcacgcttc39
<210>7
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列（UWD-F）
<400>
aggtgacactatagaata18
<210>8
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列（UEV-R）
<400>
gtacgactcactataggga19

Claims (3)

1.用于检测***A型、O型和Asia1型病毒的引物，其特征在于引物基因序列为SEQIDNo.1、SEQIDNo.2、SEQIDNo.3、和SEQIDNo.4、SEQIDNo.5、和SEQIDNo.6。
2.一种***A型、O型和Asia1型病毒的检测试剂盒，其特征在于试剂盒中包括有八条用于GeXP多重基因分析***的扩增引物SEQIDNo.1、SEQIDNo.2、SEQIDNo.3、SEQIDNo.4、SEQIDNo.5、SEQIDNo.6、SEQIDNo.7和SEQIDNo.8，其中SEQIDNo.7的5’端添加有Cy5荧光标签。
3.权利要求2所述试剂盒非疾病诊断目的的使用方法，其特征在于以被检样品的RNA为模板，用SEQIDNo.1、SEQIDNo.2、SEQIDNo.3、、SEQIDNo.4、SEQIDNo.5、SEQIDNo.6、SEQIDNo.7和SEQIDNo.8引物进行扩增，扩增产物进行毛细管电泳分析，根据毛细管电泳信号分析图中241bp处是否出现峰值，且信号大于2000时判定被检样品的***病毒A型阴阳性；根据毛细管电泳信号分析图中280bp处是否出现峰值，且信号大于2000时判定被检样品的***病毒Asia1型阴阳性；根据毛细管电泳信号分析图中287bp处是否出现峰值，且信号大于2000时判定被检样品的***病毒O型阴阳性。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104611471B (zh) * 2015-02-13 2017-03-15 重庆出入境检验检疫局检验检疫技术中心 用于检测***病毒的基因芯片及其检测方法
CN105018641A (zh) * 2015-05-28 2015-11-04 四川农业大学 检测***病毒、水泡性口炎病毒和猪水泡病病毒的基因芯片以及试剂盒
CN105586437B (zh) * 2015-11-17 2021-07-27 天津海关动植物与食品检测中心 四种进境奶牛携带病毒GeXP检测方法的建立
CN105861752A (zh) * 2016-05-23 2016-08-17 河南省农业科学院畜牧兽医研究所 一种用于检测***病毒A型和Asia1型混合感染的引物、试剂盒、使用方法及其应用
CN106498094A (zh) * 2016-05-23 2017-03-15 河南省农业科学院畜牧兽医研究所 一种用于检测***病毒O型和Asia1型混合感染的引物、试剂盒、使用方法及其应用
CN105779658A (zh) * 2016-05-23 2016-07-20 河南省农业科学院畜牧兽医研究所 一种用于检测***病毒O型、A型和Asia1型混合感染的引物、试剂盒、使用方法及其应用
CN106435022A (zh) * 2016-09-23 2017-02-22 中国农业科学院兰州兽医研究所 A型和o型***病毒特异性引物和试剂盒
CN112034028B (zh) * 2020-08-25 2021-10-15 中国科学院过程工程研究所 一种基于毛细管电泳法检测***疫苗中146s抗原的方法及其应用
CN114164299A (zh) * 2021-05-26 2022-03-11 郑州中道生物技术有限公司 一种***（oaa1）三重荧光rt-pcr检测试剂盒
CN114480384B (zh) * 2021-06-30 2024-03-08 山东舜丰生物科技有限公司 一种基于crispr技术检测***病毒的方法

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101423874B (zh) * 2007-10-31 2011-08-31 中国农业科学院兰州兽医研究所 ***病毒多重rt-pcr检测试剂盒、其制备方法及应用
CN102899402B (zh) * 2012-09-06 2014-08-27 中国科学院南海海洋研究所 一种施罗氏弧菌多重毒力因子GeXP快速检测试剂盒和检测方法

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101423874B (zh) * 2007-10-31 2011-08-31 中国农业科学院兰州兽医研究所 ***病毒多重rt-pcr检测试剂盒、其制备方法及应用
CN102899402B (zh) * 2012-09-06 2014-08-27 中国科学院南海海洋研究所 一种施罗氏弧菌多重毒力因子GeXP快速检测试剂盒和检测方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Detection of foot-and-mouth disease virus rna by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification;Hao-tai Chen et al;《Virology Journal》;20111231;第8卷(第510期);第1-4页 *
利用多重RT-PCR对***病毒分型;刘耀方等;《江苏农业科学》;20071231(第5期);第136-139页 *

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