CN102695512A - 用于药物基因组学治疗心血管病症的方法和*** - Google Patents

Abstract

本文中提供方法和***，它们基于遗传性变异对个体中与罗他福辛相关的生物学活性的影响。具体而言，本文中描述了这样的组合物、方法和***，它们基于在选自KCNS3、THSD7A、FAM46A、LOC389970、HLA-G和TTC29中的基因的基因间或基因内区域里一个或多个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异对罗他福辛的个体应答的经鉴定影响。

Description

用于药物基因组学治疗心血管病症的方法和***

相关申请的交叉引用

本公开涉及并且要求2009年10月19日提交的名称为“用于药物基因组学治疗心血管病症的方法和***”的US临时申请S/N 61/253,020和2009年11月25日提交的名称为“用于药物基因组学治疗心血管病症的方法和***”的EP申请S/N 09177111.3的优先权，所述每篇文献的公开内容通过引用方式全文并入本文。

发明领域

本公开涉及由17β-(3-呋喃基)-5β-雄烷-3β，14β，17α-三醇形成的一类化合物及其衍生物，本文总称为罗他福辛。

背景技术

罗他福辛是已知在个体中具有生物学活性的化合物。具体而言，已经显示罗他福辛对个体的心血管***有活性并且正在开发用于治疗心血管障碍，如动脉高血压和相关的器官并发症，包括但不限于心力衰竭、冠状动脉心脏病(CHD)、中风和肾衰竭。

更具体地，已经显示罗他福辛是这样的化合物，其使血压和由(但不只由)哇巴因或编码细胞骨架内收蛋白(如ADD1、ADD2、ADD3)的基因中遗传性变异引起的Na-K泵和Src改变正常化。

另外，已经显示罗他福辛能够使引起过多蛋白尿的足细胞蛋白改变、肾小球硬化和肾衰竭正常化，并且拮抗引起动脉切开术和血管成形术后动脉狭窄的生物学过程(新内膜形成和不良重建)。

发明简述

本文中提供了方法和***，所述方法和***在几个实施方式中允许基于遗传性变异对个体应答罗他福辛的影响，治疗性和/或分析性地使用罗他福辛。

具体而言，本文中描述了这样的组合物、方法和***，它们基于，在选自KCNS3、THSD7A、FAM46A、LOC389970、HLA-G和TTC29中的基因的基因间或基因内区域里一个或多个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异对罗他福辛的个体应答的经鉴定影响。先前不知道所述区域以任何方式与人体的心血管病症、遗传性预后或药物应答相关。

更具体地，本文中所述的组合物、方法和***基于选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375(本文中也称作核心SNP)的一个或多个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异对罗他福辛的个体应答的经鉴定影响。

根据第一方面，描述了用于治疗或预防个体的心血管病症的罗他福辛，其中已经选出该个体是选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异的携带者。在一个实施方式中，描述了用于治疗或预防个体的心血管病症的方法。该方法包括给所述个体施用或开具罗他福辛，其中已经确定所述个体是选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异的携带者。

根据第二方面，描述了作为药物以0.005mg/日至5mg/日的剂量使用的罗他福辛。具体而言，描述了罗他福辛以0.005mg/日至5mg/日的剂量用于治疗个体的用途，其中已经选定所述个体具有包括rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中至少一个的基因型和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异。具体而言，在一个实施方式中，描述了用于用罗他福辛治疗个体的方法。该方法包括：以0.05mg/日至5mg/日并且尤其以0.05mg/日至0.5mg/日的剂量给该个体施用或开具罗他福辛，其中已经确定此个体具有包括rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个的基因型和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异。

根据第三方面，公开了用于评价对个体采用罗他福辛的疗法的方法和***。该方法包括在该个体序列信息中检测选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异；以及基于检测到的序列信息确定在所述个体采用罗他福辛的疗法。具体而言，可以从该个体的分离DNA样品或在该个体的其他适于提供序列信息的分离样品中检测序列信息。该***包括针对选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异的探针；和以0.005mg/日至5mg/日并且尤其以0.005mg/日至0.5mg/日的剂量包含罗他福辛并包含药学上可接受的载体的药物组合物。

根据第四方面，公开了用于预测个体的对罗他福辛的应答的方法和***。该方法包括：检测该个体中选自KCNS3、THSD7A、FAM46A、LOC389970、HLA-G和TTC29中的基因的基因间或基因内区域的基因型，以及将检测到的基因型与先前鉴定的与已知的对罗他福辛的应答相关的基因型进行比较，其中所述先前鉴定的基因型包括选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个多态性。该***包括针对选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个多态性的探针；和将探针杂交的结果与先前鉴定的基因型关联的查询表。具体而言，可以从该个体的分离DNA样品或在该个体的其他适于提供关于基因型的信息的分离样品中进行基因型检测。在所述方法和***中，如果该个体中鉴定到的基因型是与对罗他福辛应答相关的相同基因型，则预测该个体对罗他福辛的应答是已知的应答。

根据第五方面，公开了一种用于检测选自KCNS3、THSD7A、FAM46A、LOC389970、HLA-G和TTC29中的基因的基因间或基因内区域里单核苷酸多态性(SNP)的方法和***。具体而言，可以从该个体的分离DNA样品或在该个体的其他适于提供关于基因型的信息的分离样品中进行基因型检测。该***包括分离的多核苷酸、缓冲液和酶，其中所述分离的多核苷酸与在核苷酸序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：3、SEQ IDNO：5、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：11中的任一个中含有单核苷酸多态性(SNP)的核酸分子特异性杂交。所述方法包括使包含下述基因的基因间或基因内区域的基因组片段与针对来自SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：9和SEQ IDNO：11中的至少一个核苷酸序列或其部分的单碱基特异性探针接触，其中所述基因选自KCNS3、THSD7A、FAM46A、LOC389970、HLA-G和TTC29。具体而言，可以对该个体的分离基因组片段或在该个体的其他适于提供关于基因组片段的信息的分离样品中进行所述接触。

根据第六方面，公开了包含至少约100个连续核苷酸的分离的核酸分子或其互补物，其中所述核苷酸中的一个是选自SEQ ID NO：2、SEQID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：10和SEQ IDNO：12的任一个核苷酸序列中的单核苷酸多态性(SNP)。

根据第七方面，公开了用于鉴定用于治疗性或预防性治疗心血管病症的药剂的方法和***。

该方法包括提供候选药剂；给携带选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异的个体施用该候选药剂；以及检测对所述候选药剂的个体应答。

本文中所述的方法和***在几种实施方式中允许将用于心血管病症、尤其是用于高血压的疗法的成功率从目前的30-40％增加至约80％。

本文中所述的方法和***在几种实施方式中允许增加用于心血管病症、尤其是用于高血压的疗法在从未治疗过的个体中的成功率。

通过选择应答者个体并且减少有效剂量和因而减少不希望的可能副作用，与可用疗法相比，本文中所述的方法和***可以在几种实施方式使用以降低不良事件及副作用的比率。

本文中所述的方法和***可以与个体中罗他福辛的任何活性相关的任何应用(如医学、诊断、化妆品和药理学应用)连同使用。

在附图和下文描述中叙述本公开的一个或多个实施方式的详细内容。其他特征、目的和优点将从本描述和附图并且从权利要求书中显而易见。

附图简述

并入本说明书中并且构成其部分的附图说明了本公开的一个或多个实施方式，并且连同详细说明和实施例，起到解释本公开的原理和实施的作用。

图1显示与遗传性描述分析相关的所检测到的高斯分布，其中对用罗他福辛和安慰剂治疗的个体进行所述遗传性描述分析。具体而言，小图A显示了说明在用罗他福辛和安慰剂或这两者治疗5周后的个体(全部患者)的血压变化分布(DSBP5_0)的图。小图B显示了说明在用罗他福辛治疗5周后的个体(罗他福辛)的血压变化分布(DSBP5_0)的图。小图C显示了说明在用安慰剂治疗5周后的个体(安慰剂)的血压变化分布(DSBP5_0)的图。

图2显示与遗传性描述分析相关的所检测到的高斯分布，其中对用罗他福辛治疗的个体进行所述遗传性描述分析。具体而言，图2显示了说明用图1B中所示分成三份之一的罗他福辛治疗5周后血压变化分布(DSBP5_0)的图。

图3显示与遗传性描述分析相关的所进行的统计分析的结果，其中对用罗他福辛治疗的个体进行所述遗传性描述分析。具体而言，图3显示对193位患者的Eigensoft主成分分析的变异的顶部两个轴(PCA1和PCA2)，以说明诸个体之间的遗传相关性。每个点代表一个个体。在本图中，分布在零周围的个体的轻微异质聚类是可检测到的。

图4显示了根据本文公开的一些实施方式说明SNP的安慰剂和疗法的GXE关联结果的结果图。在小图A中，图的Y轴代表显著性的p值(-logP值)，而X轴代表在基因组中的位置。每个点代表一个SNP，并且尤其是红色点代表具有显著p值的SNP(p＜10^-4)。小图B显示由GXT关联检验产生的观察p值与预期p值的分布的比较结果(Q-Q图)。所述分布尾部中的抬升代表真实正关联。

图5显示这样的图，所述图说明根据本公开的一些实施方式选择罗他福辛的SNP相互作用基因型的步骤。具体而言，图5显示这样的图，每幅图报道相对于在如所示用罗他福辛和安慰剂治疗的个体的血压变化(DSBP5_0)，在不同基因型rs8899和rs4678之间的相互作用。

图6显示了根据本文公开的一些实施方式进行的示例性单变量分析，以选择影响对罗他福辛的应答的基因型。

图7显示了说明一个假定SNP的不同基因型和采用罗他福辛和安慰剂时的血压变化(DSBP5_0)之间示例性相互作用的图。

图8显示根据本文描述的一些实施方式与遗传谱(genetic profile)相关的示例性数据的汇总。

图9显示根据本文描述的一些实施方式与血压的血管、肾脏和神经调节作用相关的选定基因的汇总。

图10显示了关于传统手段和药物基因组学手段的效力和安全性的数据。

具体实施方式

本文中提供方法和***，它们基于遗传性变异对个体中与罗他福辛相关的生物学活性的影响。

具体而言，本文中提供的方法和***基于选自KCNS3、THSD7A、FAM46A、LOC389970、HLA-G和TTC29中的基因的基因间或基因内区域里多态性/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异。

更具体地，本文中所述的组合物、方法和***基于选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375的一个或多个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异对罗他福辛的个体应答的经鉴定影响。

如本文所用的词“遗传性变异”或“多态性”表示个体的群体中的遗传多样性，并且尤其是DNA或染色体的某区域的改变状态。示例性多态性包括VNTR(可变数目的串联重复序列，也称作小卫星和微卫星)、碱基对置换、碱基对***、碱基对缺失、核型变化(非整倍体、多倍体)和染色体重排(缺失、易位、倒位)。

如本文所用的术语“罗他福辛”表示由17β-(3-呋喃基)-5β-雄烷-3β，14β，17α-三醇形成的一类化合物的任一种及其衍生物。更具体地，罗他福辛化合物包括式I的化合物。

其中：符号

意指在位置17的取代基可以具有α或β构型；符号

代表单键或双键；当位置3的

是双键时，Y是氧或胍亚氨基；当位置3的

是单键并且可以具有或构型时，Y是羟基、OR⁴或SR⁴；

R是未取代或取代的3-呋喃基或4-哒嗪基；

R¹是由取代OH或NR⁵R⁶的氢；甲基；乙基或正丙基；

R²是氢或连同R³一起是环氧环的键；

R³是氢或连同R²一起是环氧环的键；

R⁴是氢；甲基；C2-C6烷基或C3-C6链烯基或C2-C6酰基，这些烷基、链烯基和酰基是未取代的或被季铵基或一个或多个OR⁷、NR⁸R⁹、甲酰基、脒基、胍亚氨基或被NR⁸R⁹和羟基取代的；

R⁵、R⁶独立地是氢；甲基；未取代或被一个NR¹⁰R¹¹或NR¹⁰R¹¹和羟基取代的C2-C6烷基，或R⁵和R⁶连同氮原子一起形成未取代或取代的饱和或不饱和五元或六元单杂环，其任选地含有另一个选自氧或硫或氮的杂原子；

R⁷是氢、甲基或C2-C4烷基，此烷基是未被取代的或被一个或多个NR¹⁰R¹¹或被NR¹⁰R¹¹和羟基取代的；

R⁸、R⁹独立地是氢；甲基；C2-C6烷基或C3-C6链烯基，这些烷基和链烯基是未取代的或被一个或多个NR¹⁰R¹¹、或NR¹⁰R¹¹和羟基取代的，或R⁸和R⁹连同氮原子一起形成未取代或取代的饱和或不饱和五元或六元单杂环，其任选地含有另一个选自氧或硫或氮的杂原子；或R⁸是氢并且R⁹是脒基；

R¹⁰、R¹¹独立地是氢、C1-C6烷基，或R¹⁰、R¹¹连同氮原子一起形成饱和或不饱和的五元或六元单杂环。

具体而言，如本文所用的术语“罗他福辛”包括全部可能的立体异构体，尤其是Z和E异构体、光学异构体和它们的混合物以及式(I)化合物的代谢物和代谢前体。如本文所用的术语“衍生物”表示化学修饰的式(I)化合物，其保留与式(I)化合物相关的生物学活性中的至少一种。化学修饰可以包括例如由烷基、酰基、羟基、或氨基替换氢和技术人员可鉴别的其他修饰。

还参考美国专利5,591,734，Bianchi等人，2003，和Quadri等人1997[参考文献4、5]及相关支持信息，(每一种文献通过引用方式全文并入本文)，所述文献描述了罗他福辛化合物的合成和生物学活性。

与罗他福辛相关的其他生物学活性在Ferrari P.等人，1998[参考文献6]中描述，所述文献也通过引用方式全文并入本文。

如本文提到罗他福辛时所用的词“生物学活性”表示罗他福辛或涉及罗他福辛对活体的任何作用的性质或状态。罗他福辛的生物学活性包括但不限于选择性抑制哇巴因高血压效应、使由哇巴因引起的Na-K泵及Src的改变正常化、和使由内源性哇巴因水平增加和Na-K泵及Src改变同时出现所维持的高血压形式正常化。具体而言，罗他福辛的生物学活性包括选择性拮抗与编码参与内源性哇巴因合成和运输的内收蛋白或其他酶的基因的遗传性变异相关的高血压效应、使由内收蛋白遗传性变异引起的Na-K泵及Src的改变正常化[参考文献1、2、3]、和使由内收蛋白遗传性变异影响和Na-K泵及Src改变同时出现所维持的高血压形式正常化。罗他福辛的生物学活性还包括但不限于正常化引起过多蛋白尿、肾小球硬化和肾衰竭的足细胞蛋白的改变和拮抗引起动脉切开术和血管成形术后的动脉狭窄的生物学过程以及技术人员阅读本公开时可识别的其他活性。

如本公开中所述，与罗他福辛相关的生物学活性受个体中的遗传性变异影响，从而在几个实施方式中，与在不表现遗传性变异的个体中所激发的生物学活性相比，用罗他福辛治疗导致增强的生物学活性。

此外，由于罗他福辛活性是剂量依赖性的，因此，本文所述的方法和***在几个实施方式中允许给携带遗传性变异的个体有效施用罗他福辛，同时可能的副作用相应减少。

个体中与罗他福辛相关的可检测生物学活性限定了该个体对罗他福辛的应答。可以用技术人员可辨识的方法和技术检测该生物学活性，所述方法和技术包括但不限于检测与所述生物学活性相关的生物标记物和检测生命体征以及与个体中所述生物学活性相关的其他临床信息，特别参考该个体的血压。

在本公开的几种实施方式中，给携带根据本公开的遗传性变异的个体施用罗他福辛导致该个体中对罗他福辛的改善的应答。

具体而言，“改善的应答”在本描述的意义下指如在个体中检测到的增强的罗他福辛活性，这在几个实施方式中包括预防高血压、降低血压、使血压正常化、以及预防与高血压相关的心血管、肾、血管、眼和神经损害或并发症中的至少一种。具体而言，在几个实施方式中，改善的应答可以由平均诊室收缩血压与开始本治疗之前的个体的所测量的血压相比，从约23mmHg下降至约12mmHg来定义。

在几个实施方式中，改善的应答可以由个体的诊室收缩血压和/或夜间血压与开始本治疗之前的个体的所测量的血压相比，分别平均下降至少约15和约9mmHg来定义。另外，在几个实施方式中，改善的应答可以由诊室收缩血压和/或夜间血压的平均下降来定义，至少诊室收缩血压下降，所述平均下降显著(例如40％或更高地)大于在施用其他抗高血压药如氢***(HCTZ)或氯沙坦后的个体中所检测到的相应平均下降。

如本文提及血压时所用术语“平均下降”或“平均降低”表示这样的下降，所述下降是鉴于待检测的血压(例如，夜间或诊室血压)，在根据医疗指南确定的预定时间量对个体进行的一组血压测量的中间或预期值的量度。测量的具体时序和可以用作血压量值的居中趋势的量度以计算平均下降的描述性统计学是技术人员在阅读本公开时可辨识的。

如本文所用的术语“诊室血压”指由医师在其诊所借助合适设备(如血压计、电子BP记录仪或技术人员可辨识的其他设备)所测量的血压水平。

如本文使用的术语“夜间血压”指借助合适设备如电子血压记录仪尤其根据Holter法或技术人员可辨识的其他设备，从下午12点至早晨6点在夜间记录的血压水平。

如本文所用的术语“氢***”指通过抑制肾的保水能力起作用并且具有式6-氯-1，1-二氧代-3，4-二氢-2H-1，2，4-苯并噻二嗪-7-磺酰胺的噻嗪类一线利尿药。

如本文所用术语“氯沙坦”指主要用来治疗高血压的具有式(2-丁基-4-氯-1-{[2′-(1H-四唑-5-基)联苯-4-基]甲基}-1H-咪唑-5-基)甲醇的血管紧张素II受体拮抗药。

根据本公开，个体对罗他福辛的应答受某些遗传性变异影响并且尤其受个体基因型中可检测的单核苷酸多态性影响。如本文所用的术语“单核苷酸多态性”或“SNP”指由单碱基对置换形成的遗传性变异，也称作点突变。根据本公开，SNP或点突变可以位于基因的基因内区域内(例如，在该基因的内含子或外显子区域内)或在基因侧翼的并且通常由具有调节功能或具有未知功能的基因组区组成的基因间区域内。

如本文所用的术语“个体”指单个生物有机体如高等动物，并且尤其是脊椎动物如哺乳动物，并且更具体地是人类。

如本文所用的术语“基因型”指对于所考虑的每个遗传性变异而言，位于同源染色体上的等位基因的组合。具体而言，在本公开中，特定基因或位置的基因型1(g1)指与这个特定基因或位置的纯合较不频繁基因型关联，特定基因或位置的基因型2(g2)指与这个特定基因或位置的杂合基因型关联，并且特定基因或位置的基因型3(g3)指与这个特定基因或位置的纯合更频繁基因型关联。

在几个实施方式中，影响个体中罗他福辛活性的遗传性变异包括选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375(本文中也称作“核心SNP”)中的至少一个SNP和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异。所述核心SNP以及其他SNP在本文经常使用由美国国家生物技术信息中心(NCBI)建立并且例如在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/在提交本申请的日期可获得的dbSNP rsID识别码指示。如本文所用的词“连锁不平衡”指等位基因在两个或更多基因座处并不必要在相同染色体上的非随机关联，并且涉及以下情况，其中等位基因或遗传标记物的一些组合在一个群体中比本来应从等位基因基于其频率随机形成单倍型所预期的那样更频繁或更不频繁地出现。在不同基因座处的多态性之间的非随机关联由连锁不平衡(LD)程度度量。连锁不平衡的遗传性变异指在本公开中具有范围从0.9-1的连锁不平衡程度r2并且可以由使用GenBank资源的技术人员在阅读本公开时鉴定。

在一些实施方式中，在进行或评价本文中所述罗他福辛疗法的方法中考虑遗传性变异对个体应答罗他福辛的影响。如本文所用的术语“疗法”、“治疗性”、“治疗地”和相关术语指治疗或预防个体的病症的事项或者涉及治疗或预防个体的病症，并且尤其当谈及罗他福辛时，指治疗或预防该个体的下述病症的事项或者涉及治疗或预防该个体的下述病症，其中所述病症与相关于罗他福辛的任何生物学活性相关。

如本文所用的术语“病症”通常指(作为一个整体或一个或多个其部分的)某个体的躯体的身体状况，其不符合与完整身体、精神及可能社会幸福感的状态相关的(作为一个整体或一个或多个其部分的)个体的身体状况。本文中所述的病症包括但是不限于障碍和疾病，其中术语“障碍”指活个体的病症，所述病症与躯体或其任何部分的功能性异常相关，并且术语“疾病”指活个体的病症，所述病症损害躯体或其任何部分的正常功能并且通常表现为突出的体征和症状。示例性病症包括但不限于损害、失能、障碍(包括情感障碍和身体障碍)、综合征、感染、个体异常行为和个体躯体或其部分的结构与功能的非典型变异。

如本文提及两个事项所用时的词“与……相关”指这两个事项之间的关系，从而第一事项的出现伴随第二事项的出现，这包括但不限于因果关系和体征/症状-疾病关系。

与个体中相关于罗他福辛的生物学活性相关的病症包括但不限于心血管病症(例如，高血压(包括原发性高血压)、心脏肥大、血管阻力增加和动脉再狭窄)、肾衰竭、肾小球硬化、蛋白尿、多囊性肾病、视网膜损害、脑血管障碍、美尼尔氏综合征、认知障碍、双相型障碍和与原发性高血压相关的心血管并发症如心力衰竭、中风、缺血、视网膜损害和技术人员可辨识的其他病状。

词“原发性高血压”指侵袭工业化社会中25-30％成年群体的临床病症，并且因其心、脑和肾并发症而造成巨大比例的健康负担和支出，并且基于血压水平和存在技术人员可辨识的相关性血管、视网膜并发症，包括I、II、III、IV级高血压。

如本文所用的术语“治疗”指作为医疗护理某病症的部分或以医学或外科手术方式处置该病症的任何活动。如本文所用的术语“预防”指降低因个体的某病症所致的死亡率或发病率负担的任何活动。这种活动在初级、次级和三级预防水平进行，其中：a)初级预防避免疾病的发展；b)次级预防活动针对早期疾病治疗，从而增加防止疾病进展和症状出现的介入治疗机会；和c)三级预防通过恢复功能和减少疾病相关的并发症降低已经建立的疾病的不利影响。

具体而言，在一些实施方式中，使用涉及个体基因型中SNP的信息作为用于治疗或防止个体的心血管病症的方法。在那些实施方式中，将罗他福辛施用或开具给个体，其中已经确定所述个体是选自以下核心SNP：rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个多态性或与其处于连锁不平衡的遗传性变异的携带者。

具体而言，在几个实施方式中，携带一个或多个所述核心SNP的个体显示出个体中对罗他福辛的改善的应答，其中所述的改善的应答可以基于定量性表型计算，所述定量性表型由相对于安慰剂治疗在治疗后测量的个体的血压平均下降(DSBP5_0)至少15mmHg形成，如实施例部分中充分说明。

在几个实施方式中，基于定量性表型DSBP5_0，携带一个或多个所述核心SNP的个体(与治疗前的值相比，显著地)显示了由采用罗他福辛获得的平均血压降低幅度定义的改善应答，其中所述平均血压降低幅度比用其他高血压药如HCTZ或氯沙坦在从未治疗过的患者中获得的平均血压降低多约40％或更大并且尤其约40％至50％或更大。

在几个实施方式中，携带一个或多个所述核心SNP的个体显示出个体中对罗他福辛的改善的应答，其中所述的改善的应答可以基于定量性表型计算，所述定量性表型由相对于用安慰剂治疗在治疗后测量的个体的夜间血压平均下降(DSBP5_0)至少9mmHg形成，如实施例部分中充分说明。

另外，由于DSBP5_0是实施例部分中所报道的统计与实验分析结果的定量性表型，因此认为由血压平均降低定义的对罗他福辛的改善的应答代表由相关于罗他福辛的任何生物学活性定义的任何改善的应答，其中所述生物学活性是使用生物标记或临床信息而非血压测量可检测到的。因此，由使用生物标记物或临床信息而非血压测量可检测到的罗他福辛生物学活性定义的改善应答包含于本公开的范围内并且是技术人员可辨识的。

在本文所述的方法和***的一些实施方式中，通过给携带一个或多个以下核心SNP的个体施用或开具罗他福辛实现对罗他福辛的改善的应答：染色体6第18079898位置(rs2345088)内的核苷酸C或T、染色体7第11753617位置(rs16877182)内的核苷酸C或T、染色体6第82560511位置(rs16893522)内的核苷酸G或A、染色体10第57078480位置(rs2461911)内的核苷酸G或A、染色体6第29928565位置(rs5013093)内的核苷酸C或T和染色体4第148244380位置(rs12513375)内的核苷酸T或G。

在本文所述的方法和***的一些实施方式中，给下述个体施用或开具罗他福辛，所述个体是以下单独或彼此组合的基因型中的至少一个的携带者：rs2345088的基因型TT或基因型1、rs16877182的基因型C/T或基因型2、rs16893522的基因型AA或基因型1、rs2461911的基因型AA或基因型1、rs5013093的基因型TT或基因型1和rs12513375的基因型TT或基因型1。

具体而言，单独或彼此组合的上文所列SNP中任一个SNP的至少一个相关基因型的存在与根据剂量或基因型的组合在个体中的范围从23至12mmHg的DSBNP5_0平均收缩血压下降相关(图谱见实施例部分)。

在几个实施方式中，一个或多个核心SNP和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异可以与一个或多个其他遗传性变异相关，其中所述的其他遗传性变异同样影响个体中对罗他福辛的改善的应答并且由鉴定为实施例部分中所详述的CAND 1、CAND 2和GWS的SNP例举。具体而言，影响个体中对罗他福辛的应答的其他遗传性变异包括直接或间接参与内收蛋白表达和内源性哇巴因(EO)合成和运输的基因的集合。这些基因包括但不限于CAND1基因如ADD1、ADD2、ADD3、LSS、CYP11A1、HSD3B1-2SLCO4C1、MDR1和相关的多态性。

在本文所述的方法和***的几个实施方式中，由于给下述个体施用或开具罗他福辛，检测到对罗他福辛的改善的应答，其中所述个体携带单独或与所述核心SNP组合的以下其他相关CAND 1 SNP：rs4961、rs4984、rs3731566、rs914247和rs1045642和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异中的至少一个。

具体而言，在本文所述的方法和***的几个实施方式中，由于给下述个体施用或开具罗他福辛，检测到对罗他福辛的改善的应答，其中所述个体是单独或与核心SNP基因型组合的以下CAND 1基因型中的至少一个的携带者：rs4961的GT、rs4984的CT、rs3731566的AG、rs914247的GA和rs1045642的TC。具体而言，由于给下述个体施用或开具罗他福辛，检测到对罗他福辛的改善的应答，其中所述个体是rs914247的CAND 1基因型AA的携带者。

在本文所述的方法和***的几个实施方式中，由于给下述个体施用或开具罗他福辛，检测到对罗他福辛的改善的应答，其中所述个体携带单独或与所述核心SNP组合的以下其他相关CAND 2 SNP中的至少一个：rs242093、rs1996396、rs10503806、rs13251780、rs17430706、rs10102024、rs526302、rs544104、rs3102087、rs5183、rs3772627、rs2276736、rs2131127、rs3741559、rs2217342、rs10927888、rs6604909、rs945403、rs7117314、rs10790212、rs11216598、rs910682、rs13218316、rs4309483、rs13280307、rs4739037、rs17596774、rs2728108、rs17786456、rs7696304、rs2725222、rs17199565、rs2758152、rs1057293、rs16960712、rs759359、rs404214、rs1005213、rs17025453、rs2110923、rs1428571、rs435404、rs12908787、rs11647727、rs880054和rs11064584和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异。

在本文所述的方法和***的几个实施方式中，由于给下述个体施用或开具罗他福辛，检测到对罗他福辛的改善的应答，其中所述个体携带单独或与所述核心SNP组合的以下其他相关GWS SNP中的至少一个：rs12996186、rs9893372、rs7216331、rs7521668、rs188334、rs4998662、rs16893522、rs6457110、rs3893464、rs2517718、rs1362126、rs5013093、rs2345088、rs6718282、rs721207、rs2555500、rs2461911、rs8179654、rs1901139、rs2427832、rs9361863、rs1998394、ga001619、rs2275531、rs748140、rs4710592、rs2743951、rs10159569、rs3087816、rs10493940、rs16877182、rs2326912、rs1110446、rs12513375、rs17414954或与其处于连锁不平衡的遗传性变异。

在本文所述的方法和***的一些实施方式中，由于给下述个体施用或开具罗他福辛，检测到对罗他福辛的改善的应答，其中所述个体携带单独或与所述核心SNP组合的以下其他相关SNP中的至少一个：Rs4961、Rs4984、Rs10923835、Rs947130、Rs914247、Rs1045642、Rs880054、Rs10502933、Rs2131127、Rs4309483和Rs4739037或与其处于连锁不平衡的遗传性变异。

更具体地，在本文所述的方法和***的一些实施方式中，通过给下述个体施用或开具罗他福辛，实现对罗他福辛的改善的应答，其中所述个体携带单独或与所述核心SNP组合的以下其他相关SNP中的至少一个：Rs4961的核苷酸G或T、Rs4984的核苷酸G或A、Rs10923835的核苷酸A或T、Rs947130的核苷酸C或T、Rs914247的核苷酸A或G、Rs1045642的核苷酸C或T、Rs880054的核苷酸C或T、Rs10502933的核苷酸C或T、Rs2131127的核苷酸C或T、Rs4309483的核苷酸C或A和Rs4739037的核苷酸G或A。

更具体地，在本文所述的方法和***的几个实施方式中，将罗他福辛施用或开具给下述个体，所述个体是单独或与核心SNP基因型组合的以下基因型中的至少一个的携带者：Rs4961的基因型GT或基因型TT、Rs4984的基因型CC、Rs10923835的基因型AT或基因型TT、Rs947130的基因型GG、Rs914247的基因型AA、Rs1045642的基因型TT、Rs880054的基因型AG或基因型GG、Rs10502933的基因型CT、Rs2131127的基因型CC、Rs4309483的基因型AA和Rs4739037的基因型GA。

具体而言，在几个实施方案中，描述了用于用罗他福辛治疗个体的方法。该方法包括：以0.005mg/日至5mg/日、优选地0.01mg/日至1.5mg/日、最优选地0.05mg/日至0.5mg/日的剂量给个体施用或开具罗他福辛。给药治疗可以根据医师的判断，按照单剂量方案或多剂量方案进行。

具体而言，在几个实施方式中，较低剂量(如0.05mg/日；0.15mg/日；0.5mg/日)可以比高剂量(1.5mg/日；5.0mg/日)更有效地在携带本文中所述的遗传性变异的个体亚组中降低收缩血压，其中与高剂量引起的-12mmHg相比，收缩血压平均下降大约18mmHg。

具体而言，在几个实施方式中，对于携带包含至少一个多态性(选自所述核心SNP)的先前已鉴定基因型的高血压个体，包含0.05至0.5mg/日的罗他福辛剂量产生范围从-12至-34mmHg的血压降低，并且包含1.5mg/日至5mg/日的剂量产生范围从-0.6至-23mmHg的血压降低。

因此，在几个实施方式中，对于携带全部核心SNP的个体，相对于高剂量(平均数-15mmHg)，低剂量提供较大的应答(平均数-23mmHg)。

在几个实施方式中，与罗他福辛治疗之前检测到的血压相比，用罗他福辛治疗后，携带本文所述遗传性变异的个体显示出至少10％的血压下降。

在几个实施方式中，用罗他福辛治疗后，携带本文所述遗传性变异的个体分别显示出个体的诊室血压和/或夜间血压平均下降至少约15和约9mmHg。

在几个实施方式中，携带本文所述遗传性变异的个体显示出收缩血压低于140mmHg和舒张血压低于90mmHg的血压正常化。

在几个实施方式中，用罗他福辛治疗后，携带本文所述遗传性变异的个体显示出高于用HCTZ或氯沙坦获得的平均血压下降约40％的平均血压下降(见实施例2)。

在本文所述的方法和***中，罗他福辛可以包含于单独施用至患者和/或可以与其他药剂、药物或激素组合施用的组合物中。具体而言，在一些实施方式中，所述药物可以还含有选自适于施用治疗剂的载体的药学上可接受的载体。在通过引用方式全文并入本文的Remington′sPharmaceutical Sciences(Mack Pub.Co.，N.J.1991)中可获得对药学上可接受的载体的彻底讨论。

治疗性组合物中的药学上可接受的载体可以额外地含有液体，如水、盐水、甘油和乙醇。额外地，辅助物质如润湿或乳化剂、pH缓冲物质等可以存在于此类组合物中。此类载体能够使药物组合物配制为用于个体摄取的片剂、丸剂、锭剂、胶囊剂、液体、凝胶剂、糖浆剂、膏剂、混悬剂等。

包含罗他福辛的药物可以按照本文中所述的方法，通过众多途径施用，所述途径包括但不限于口服、静脉内、肌内、动脉内、髓内、鞘内、心室内、经皮或经皮肤施加、皮下、腹膜内、鼻内、肠内、局部、舌下、直肠手段施用，或在外科手术后对患病组织局部施用。本发明的化合物也可以施加(涂覆)在支架上，甚至掺入控释基质中。

在几个实施方式中，就治疗和预防而言，在携带所述核心SNP中至少一种和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异的个体中施用罗他福辛后，预期的治疗效果可以包括但不限于：预防或减少心脏肥大和功能不全、心肌缺血、血管反应性增加、血管僵硬、血管厚度增加、肾肥大、肾衰竭、肾小球硬化、蛋白尿、脑血管损害、中风、认知障碍、视网膜损害。此类效果是预期的，因为上文提到的全部障碍直接或间接地是血压病理性增加(高血压III和IV级)的后果，在个体中借助罗他福辛会正常化所述血压病理性增加，其中所述个体携带单独或与CAND 1SNP、CAND 2SNP、所选GWS SNP彼此组合的所述核心SNP和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异。此外，由于罗他福辛拮抗一些高血压机制的能力，如增加肾钠重吸收和激活Src信号转导途径，可以通过本治疗预防除高血压直接引起的那些器官损害外的器官损害。例如，对于相同的血压水平，携带ADD1Trp460遗传变体的个体比Gly460ADD1变体携带者表现出更高的心血管并发症发病率。另外，具有高水平血浆哇巴因的高血压个体比具有低哇巴因血浆水平但血压水平相似的个体表现出更高的心血管并发症发病率。即便携带至少一个所选核心SNP的个体中施用罗他福辛后血压降低量增加的精确机制不是已知的，它们必然与由罗他福辛命中的分子靶触发的机制相关。因此，在携带至少一个所述核心SNP基因型的个体中预期与罗他福辛引起的血压降低相关的那些益处之外的益处。

在一些实施方案中，在携带至少一个所述核心SNP的个体中，预期范围从0.05至0.15mg/日的罗他福辛剂量(低剂量)比更高剂量如范围从1.5至5mg/日的那些剂量(高剂量)诱导更大的血压降低。具体而言，预期所述低剂量产生约23mmHg的平均血压降低，而预期所述高剂量产生约15mmHg的平均血压降低。此外，在携带至少一个所述核心SNP的个体中，预期这些剂量的罗他福辛防止与高血压相关但不仅与高血压相关的以下心血管并发症发展，如心脏肥大、心力衰竭、血管阻力增加、肾衰竭、肾小球硬化、蛋白尿、多囊性肾病、视网膜损害、脑血管障碍、美尼尔氏综合征、认知障碍、双相型障碍。

在一些实施方案中，对携带至少一个所述核心SNP的个体的罗他福辛治疗可以以范围从5μg至50000μg、优选地10μg至15000μg、最优选地50μg至500μg的每日μg剂量进行。

根据所述剂量，就血压降低而言，与范围从1.5至5mg/日(高剂量)的高剂量相比，范围从0.05至0.50mg/日(低剂量)的低剂量产生更高(+50％)的应答。此外，与高剂量相比，低剂量产生相对较高的夜间血压降低。

在一些实施方式中，给携带彼此和/或与其他相关SNP(如在CAND1、2和GWSA SNP中所包括的那些SNP)组合的所述核心SNP中的至少一个的个体(见图谱8和9，实施例2)施用罗他福辛时，预期罗他福辛引起范围从约8至约22.5mmHg的平均血压下降。

在一些实施方式中，给携带彼此组合并且与其他相关SNP(如在CAND 1、CAND 2和GWS SNP中所包括的那些SNP)联合的所述核心SNP中的至少一个的个体(见图谱8和9，实施例2)施用罗他福辛时，预期罗他福辛引起诊室血压(收缩血压，昼间)的23mmHg平均血压降低和夜间血压的约9mmHg平均血压降低。

在一些实施方式中，给携带单独或彼此组合或与其他相关SNP组合的所述核心SNP中的至少一个的个体施用罗他福辛，如果与该个体对其他高血压药物如氯沙坦或氢***的应答相比，产生对罗他福辛的改善的应答。具体而言，预期给携带单独或彼此(或与其他相关SNP)组合的所述核心SNP中的至少一个的个体施用罗他福辛，在从未治疗过的患者中产生比由氯沙坦或HCTZ分别产生的那些血压降低高至少40％的血压降低(见实施例2)。

在一些实施方式中，用于评价本文所述疗法的方法包括获得关于选自核心SNP：rs16877182、rs5013093、rs2461911、rs12513375、rs16893522、rs2345088中的至少一个多态性的序列信息，其中所述信息预示个体中的罗他福辛效力。

在一些实施方式中，也可以获得以下影响对罗他福辛的应答的其他相关遗传性变异的序列信息，如CAND 1基因、CAND 2基因和/或GWS基因的SNP，所述SNP包括但不限于rs4961(ADD1)、rs4984(ADD2)、rs3731566(ADD3)、rs914247(LSS2)、rs1045642(MDR2)、rs10502933、rs2131127、rs4309483、rs4739037和其他SNP。技术人员在阅读本公开时可辨识来自图谱8-9的其他SNP：rs10923835(HSD18)、rs947130(HSD19)、rs880054(WNK1)。

在一些实施方式中，序列信息包含序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：11中的至少一个序列，并且可以用检测到的相应序列信息如SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：10和SEQID NO：12分别预测对罗他福辛的改善的应答。

更具体地，在实施方案中，序列信息包含序列SEQ ID NO：1、SEQID NO：3、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：11中的至少一个序列，并且可以用检测到的相应等位基因序列信息预测对罗他福辛的改善的应答，所述的相应等位基因序列信息包含SEQ IDNO：1的SEQ ID NO：13和SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：3的SEQ IDNO：15和SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：5的SEQ ID NO：17和SEQ IDNO：18、SEQ ID NO：7的SEQ ID NO：19和SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：9的SEQ ID NO：21和SEQ ID NO：22以及SEQ ID NO：11的SEQ IDNO：23和SEQ ID NO：24。

在几个实施方式中，所述方法包括获得选自rs4961、rs4984、rs10923835、rs947130、rs914247、rs1045642、rs880054、rs10502933、rs2131127、rs4309483和rs4739037中的至少一个多态性的序列信息。具体而言，在几个实施方案中，其他的相关序列信息还包含SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35、SEQ ID NO：37、SEQ ID NO：39、SEQ ID NO：41、SEQID NO：43和SEQ ID NO：45，并且可以用检测到的相应序列信息如SEQID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ IDNO：34、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：44和SEQ ID NO：46分别预测对罗他福辛的改善的应答。

更具体地，在实施方案中，序列信息包含序列SEQ ID NO：25、SEQID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ IDNO：35、SEQ ID NO：37、SEQ ID NO：39、SEQ ID NO：41、SEQ ID NO：43和SEQ ID NO：45中的至少一个序列，并且可以用检测到的相应等位基因序列信息预测对罗他福辛的改善的应答，所述的相应等位基因序列信息包含SEQ ID NO：25的SEQ ID NO：47和SEQ ID NO：48、SEQ IDNO：27的SEQ ID NO：49和SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：29的SEQ IDNO：51和SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：31的SEQ ID NO：53和SEQ IDNO：54、SEQ ID NO：33的SEQ ID NO：55和SEQ ID NO：56、SEQ IDNO：35的SEQ ID NO：57和SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：37的SEQ IDNO：59和SEQ ID NO：60、SEQ ID NO：39的SEQ ID NO：61和SEQ IDNO：62、SEQ ID NO：41的SEQ ID NO：63和SEQ ID NO：64、SEQ IDNO：43的SEQ ID NO：65和SEQ ID NO：66以及SEQ ID NO：45的SEQID NO：67和SEQ ID NO：68。

具体而言，可以使用基因型分析法：来自ILLUMINA的GenChip或技术人员可辨识的其他方法和***获得序列信息。在一些实施方式中，可以通过下述***进行用于评价本文所公开的罗他福辛疗法的方法，所述***包括针对核心SNP序列信息或其部分的探针，如下文实施例8中所列的引物SEQ ID NO：35至SEQ ID NO：58。

在一些实施方式中，评价罗他福辛治疗法的方法包括选择高血压患者，所述高血压患者应当是男性或女性，年龄至少18岁，属于各个种族(包括高加索人种，还包括非洲人、亚洲人或非洲裔美州人)，优先地患有、但不限于未治疗过或正在用仅一种药物或一种含有不多于两种抗高血压药剂的复方片剂治疗的I或II级原发性高血压，未患有重度或恶性高血压或继发性高血压(这包括肾动脉病的病史)，没有相关的病症和不多于两种其他的心血管风险因素，没有做过可能影响罗他福辛的吸收或肝清除率的胃肠***手术或没有这种胃肠***疾病，从施用罗他福辛之前至少6个月没有用任何其他研究性药物治疗过。可以根据欧洲高血压学会和欧洲心脏学学会2003年指南[参考文献7]治疗患者。

可以根据欧洲高血压学会常规和诊室血压测量法[参考文献8]推荐，在诊室条件下监测血压。可以通过使用示波记录仪或任何其他批准的诊室记录仪或血压计，进行血压的测量。应当在患者已经以坐姿休息至少5分钟后在臂部监测血压。可以对肱静脉处采取的血样测量患者的基因型。DNA将根据标准方法[参考文献9]或采用定制试剂盒(例如Promega基因组DNA纯化目录号A2360或Qiagen PAXgene血液DNA试剂盒)从血液提取，贮存，并且使用选择的核酸酶检测测定法(例如，满足等位基因区分需要的ABI测定法)对目的SNP进行基因分型。在一些实施方式中，使用技术人员可辨识的方法，可以推导序列信息。

通过口服途径，在限定的药物组合物中以范围从0.05至5mg/日的剂量，优选地在早晨7.00和9.00之间每日一次施用罗他福辛，用该物质治疗下述个体，所述个体携带单独或彼此联合和/或与属于CAND 1、CAND 2和GWS SNP的其他相关SNP并且尤其与本文所述的选定基因型联合的所述核心SNP和尤其本文所述的选定基因型中的至少一个和/或具有相关的序列信息。该治疗可以持续至少5周至患者一生。

在一些实施方式中，遗传性变异对罗他福辛活性的影响形成用于预测个体中对罗他福辛的应答的方法的基础。该方法包括：检测该个体中选自KCNS3、THSD7A、FAM46A、LOC389970、HLA-G和TTC29中的基因的基因间或基因内区域的基因型，以及将检测到的基因型与先前鉴定的与已知的对罗他福辛的应答相关的基因型进行比较，其中所述先前鉴定的基因型包括选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个多态性。

如本文所用的术语“检测”和“可检测的”指确定化合物、序列或基因型在有限的空间部分内的存在、出现或事实，所述有限的空间部分包括但不限于组织样品、反应混合物、分子复合物和底物。当一种检测谈及、涉及或包括测量该化合物的量或数量(还称作定量)时，它是“定量的”，这包括但不限于为测定该化合物数量或比例所设计的任何分析法。当一种检测谈及、涉及或包括根据未定量的另一个靶或信号的相对丰度，鉴定该化合物的性质或种类时，它是“定性的”。

可以根据技术人员可辨识的几项技术进行基因型检测。通常，用于单SNP分析的方法是PCR-RFLP分析、DNA测序、Taqman测定法、动力PCR。本报道中将这些方法之一Taqman测定法(来自ABI的所需测定法和定制MGB探针以及引物设计方案)用于对CAND 1SNP(实施例3)和ADD1、ADD2、HSD18、HSD19、LSS2、MDR2、WNK基因(实施例4)作基因分型。

用于多重SNP分析的测定法利用几种商业平台和可获得或定制的基因芯片，每块芯片的基因数目不定(数百至数百万个)。在本公开中，使用HumanHap 1M Duo芯片基因分型珠芯片及Illumina Infinium IITechnology以在实施例4(rs10502933、rs2131127、rs4309483、rs4739037)中以及实施例5和6中对SNP作基因分型。

在所述方法中，如果该个体中监测到的基因型是与罗他福辛应答相关的相同基因型，则预测该个体对罗他福辛的应答是已知的应答。在谈及罗他福辛，如本文所用的术语“应答”指个体中与给该个体施用罗他福辛相关的病症的任何事实、任何作用或变化。个体中示例性的对罗他福辛的应答包括有临床意义的血压降低。具体而言，是这样血压降低，其显著高于由安慰剂引起的血压降低并且具体地至少等于10％的治疗前血压值或能够导致血压值等于或低于收缩血压140mmHg或舒张血压90mmHg。在一些实施方案中，该方法可以进一步包括，例如在个体的分离DNA中，检测该个体中选自ADD1、ADD2、ADD3、CYP11A1、HSD3B1、LSS、ABCB1/MDR1、SLCO4C的基因的基因间或基因内区域的基因型，以及将检测到的基因型与先前鉴定的与已知的罗他福辛应答相关的基因型进行比较，其中所述先前鉴定的基因型包括选自rs4961、rs4984、rs3731566、rs914247、rs1045642中的至少一个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异。在一些实施方案中，该方法可以进一步包括：检测该个体中选自ACTN1、ADRA1A、AGTR1、AQP2、ATP1A3、CLCNKA、CLCNKB、FXYD2、FXYD6、FYN、NEDD4L、NKAIN3、PKD1、PKD2、SCNN1B、SGK1、SLC12A1、SLC8A1、TJP1、UMOD和WNK1中的基因的基因间或基因内区域的基因型，以及将检测到的基因型与先前鉴定的与已知的罗他福辛应答相关的基因型进行比较，其中所述先前鉴定的基因型包括选自rs242093、rs1996396、rs10503806、rs13251780、rs17430706、rs10102024、rs526302、rs544104、rs3102087、rs5183、rs3772627、rs2276736、rs2131127、rs3741559、rs2217342、rs10927888、rs6604909、rs945403、rs7117314、rs10790212、rs11216598、rs910682、rs13218316、rs4309483、rs13280307、rs4739037、rs17596774、rs2728108、rs17786456、rs7696304、rs2725222、rs17199565、rs2758152、rs1057293、rs16960712、rs759359、rs404214、rs1005213、rs17025453、rs2110923、rs1428571、rs435404、rs12908787、rs11647727、rs880054和rs11064584中的至少一个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异。在一些实施方案中，该方法可以进一步包括：检测该个体中选自ARL5A、ATP2A3、COX10、DPH5、FAIM3、FAM46A、HCG9、HLA-A、HLA-F、HLA-G、KCNS3、LOC131691、LOC389174、LOC389970、LOC642727、LOC644192、LOC649458、LOC728360、LOC728316、PIGR、RCADH5、RP3-377H14.5、SH3PXD2A、SLC30A7、THSD7A、TMEM200A、TRIM31、TTC29和VCAM1中的基因的基因间或基因内区域的基因型，以及将检测到的基因型与先前鉴定的与已知的罗他福辛应答相关的基因型进行比较，其中所述先前鉴定的基因型包括选自rs12996186、rs9893372、rs7216331、rs7521668、rs188334、rs4998662、rs16893522、rs6457110、rs3893464、rs2517718、rs1362126、rs5013093、rs2345088、rs6718282、rs721207、rs2555500、rs2461911、rs8179654、rs1901139、rs2427832、rs9361863、rs1998394、ga001619、rs2275531、rs748140、rs4710592、rs2743951、rs10159569、rs3087816、rs10493940、rs16877182、rs2326912、rs1110446、rs12513375和rs17414954中的至少一个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异。

在一些实施方式中，可以通过下述***进行用于预测本文所公开的对罗他福辛的应答的方法，所述***包括用于基因分型的第一组分，其仅应用一次以将患者划分为应答者和无应答者；和以范围从每日50-500γ的剂量包含罗他福辛和药学上可接受的载体的组合物。

在一些实施方式中，用于预测个体对罗他福辛的应答的***可以包括针对选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个多态性的探针；和将探针杂交的结果与先前鉴定的基因型关联的查询表。

在这些实施方式的某些中，所述探针包含选自SEQ ID NO：2、SEQID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：10和SEQ ID NO：12中的至少一个分离的多核苷酸或其片段，所述片段能够特异性杂交与SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8、SEQ IDNO：10或SEQ ID NO：12互补的序列。

在那些实施方式中，该***可以进一步包括针对选自rs4961、rs4984、rs10923835、rs947130、rs914247、rs 1045642、rs880054、rs10502933、rs2131127、rs4309483和rs4739037中的至少一个多态性的探针。

具体而言，所述探针可以包含选自SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：36、SEQID NO：38、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：44和SEQ IDNO：46中的至少一个分离的多核苷酸或其片段，所述片段能够特异性杂交与SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：40、SEQID NO：42、SEQ ID NO：44或SEQ ID NO：46互补的序列。在一些实施方式中，该探针可以具有选自SEQ ID NO：35至SEQ ID NO：58的序列。

在几个实施方式中，该***可以包括血样采集管、用于基因组DNA提取、DNA扩增(例如引物、缓冲液和/或dNTP酶)的缓冲液和技术人员可辨识的其他组分。

在几个实施方式中，几种方法可以用于单SNP分析，所述方法包括：a)采用等位基因特异性MGB探针，使用预设计SNP测定或来自ABI的定制SNP基因分型测定和用于数据分析的实时PCR***的实时PCRSNP基因分型法；b)采用通用能量转移引物(扩增技术)和用于数据分析的实时PCR***的等位基因特异性PCR SNP；c)PCR-RFLP分析和琼脂糖凝胶检测；d)动力PCR；和e)直接测序法。适合进行单SNP分析的其他方法是技术人员可辨识的并且将不作进一步详细讨论。

在几个实施方式中，该***可以包括来自ILLUMINA、AFFIMETRIX或ABI或其他专业公司的基因芯片(微阵列)定制服务。出于我们的目的，单基因中包括的SNP的数目可能相对较小(20-30个)。装配特定基因芯片的主要组分基于以下5个主要过程：DNA纯化；用特异性引物混合物PCR扩增纯化的DNA；扩增产物的片段化和标记；扩增产物与微阵列的杂交和对结合产物的染色、扫描；和分析微阵列。

在一些实施方式中，遗传性变异对罗他福辛活性的影响形成用于鉴定对罗他福辛的应答改善的个体的方法的基础。该方法包括在个体的基因间或基因内区域里检测在SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：11任一个核苷酸序列中的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述核心SNP的存在与所述个体中对罗他福辛的应答改善相关。在几个实施方式中，也可以在用于鉴定对罗他福辛的应答改善的个体的方法中检测本文所述的其他相关SNP。

在一些实施方式中，遗传性变异对罗他福辛活性的影响形成用于改善患有心血管病症的个体中对罗他福辛的治疗性应答的方法的基础。该方法包括给所述个体施用罗他福辛，其中已经确定所述个体是至少一个所述核心SNP和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异的携带者。

在一些实施方式中，遗传性变异对罗他福辛活性的影响形成用于用罗他福辛治疗个体的方法的基础。该方法包括：获得表明存在核心SNP的信息和任选关于影响个体中罗他福辛应答的其他SNP的信息，以及给具有与改善的应答相关的基因型的个体，以范围从0.005mg至50mg、优选地0.01mg至15mg、最优选地0.05mg至5mg的剂量施用罗他福辛。

在一些实施方式中，遗传性变异对罗他福辛活性的影响形成用于治疗患有心血管病症的个体的方法的基础。该方法包括：给该患者施用或开具有效量的罗他福辛，其中所述患者是至少一种核心SNP和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异的携带者。

在一些实施方式中，心血管病症是高血压，并且用于治疗个体的方法可以通过以下方式进行：

a)从患有高血压的个体获得核酸样品；

b)确定所述核酸样品中存在选自本文所述的核心SNP中的一个或多个多态性：

c)给已经显示拥有选自本文所述核心SNP中的至少一个多态性的患者施用药学有效量的罗他福辛。

在用于治疗本文所公开的个体的方法中，罗他福辛通常地以药物组合物的形式施用。此类组合物可以按照药学领域熟知的方式制备并且包含至少一种活性化合物和载体。如本文所用的术语“载体”指通常充当该组合物中作为有效成分所包含的罗他福辛化合物的溶剂、载体、粘合剂、稀释剂或赋形剂的多种介质中的任一种。本领域技术人员知晓适合配制药物组合物的广泛类型的此类溶剂、载体、稀释剂或赋形剂化合物。

罗他福辛连同通常使用的辅助剂、载体、稀释剂或赋形剂可以被配置成药物组合物和其单位剂量的形式，并且在此类形式中，可以作为固体如片剂或填充胶囊剂或者液体如溶液剂、混悬剂、乳剂、酏剂或以前者填充的胶囊剂(均为口服使用)使用，或以肠胃外用(包括皮下使用)的无菌注射液的形式使用。此类药物组合物及其单元剂型可以按常规比例包含成分，具有或没有额外的活性化合物或principle，并且此类单元剂型可以含有与待使用的目的日剂量范围相称的任何适合的有效量的有效成分。

在一些实施方式中，罗他福辛以“药学有效量”施用。实际施用的该化合物的量通常将由医师在考虑相关状况下决定，所述相关状况包括待治疗的病症、选择的施用途径、药物联合、个体患者的年龄、体重和反应、患者症状的严重性等。总体上，有效剂量是0.005mg至50mg、优选地0.01mg至15mg、最优选地0.05mg至5mg作为每日的单次施用。

组合物可以分别施用至患者或可以与其他药剂、药物或激素组合施用。待施用至患者的组合物的有效剂量范围是从0.05mg至5mg/日。

根据目的递送途径，将罗他福辛优选地配制为肠胃外、局部用或口服组合物，更优选地配制为口服制剂。用于口服施用的组合物可以采取整装液体溶液剂或混悬剂或整装散剂的形式。然而更常见地，该组合物以单元剂型呈现以促进精确给药。术语“单元剂型”指合适作为人受试者和其他哺乳动物用单一剂量的物理分立的单元，每个单元含有被计算以产生希望治疗效果的预定量的活性物质，连同合适的药物赋形剂。常见的单元剂型包括液体组合物的重复填充、预计量的安瓿或注射器，或者在固体组合物情况下包括丸剂、片剂、胶囊剂等。在此类组合物中，本发明的化合物通常是小量组分(以重量计约0.1至约50％或优选地以重量计约1至约40％)，而剩余部分是有益于形成所希望给药形式的各种溶媒或载体和加工助剂。

给药疗法可以是单次给药方案或多次给药方案。

适于口服施用的液体形式可以包括具有缓冲剂、助悬和分散剂、色料、香料等的合适的含水或非水溶媒。

固体形式可以包括，例如，任意的以下成分或具有相似性质的化合物：粘合剂如微晶纤维素、***胶、黄蓍胶、明胶或聚乙烯吡咯烷酮；赋形剂如淀粉或乳糖、崩解剂如海藻酸、Primogel或马铃薯淀粉或玉米淀粉；润滑剂如硬脂酸镁、滑石、聚乙二醇或二氧化硅；助流剂如胶态二氧化硅；甜味剂如蔗糖或糖精；或矫味剂如胡椒-薄荷、水杨酸甲酯或橙味矫味剂。片剂可以根据药学实践领域技术人员熟知的方法包衣。

肠胃外组合物通常地基于可注射用无菌盐水或磷酸盐缓冲盐水或本领域已知的其他可注射用载体。如上文提到，此类组合物中的式I化合物通常是以重量计范围经常在0.05至10％之间的小量组分，而剩余部分是可注射用载体等。

罗他福辛也可以以持续释放形式或从持续释放药物递送***施用。也可以在Remington′s Pharmaceutical Sciences中所并入的资料内找到代表性持续释放材料的描述。

用于口服施用或肠胃外组合物的上述组分仅是代表性的。其他材料以及加工技术等在Remington′s Pharmaceutical Sciences，第20版，2000，Marck Publishing Company，Easton，Pennsylvania第5部分中叙述，所述文献通过引用方式全文并入本文。

在一些实施方案中，公开了包含至少100个连续核苷酸的分离的核酸分子或其互补物，其中所述核苷酸中的一个是在SEQ ID NO 1、SEQID NO 3、SEQ ID NO5、SEQ ID NO7、SEQ ID NO9和SEQ ID NO 11的任一核苷酸序列中选出的单核苷酸多态性(SNP)。

在一些实施方式中，遗传性变异对罗他福辛活性的影响形成用于鉴定在治疗性或预防性治疗心血管病症中有用的药剂的方法的基础。

该方法包括提供候选药剂；给携带选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093、rs12513375中的至少一个多态性或与其处于连锁不平衡的多态性的个体施用该候选药剂并且检测对所述候选药剂的个体应答。

在几个实施方式中，给还携带一个或多个本文所示CAND 1、CAND2和GWS SNP的个体施用所述候选药剂。

在几个实施方式中，可以通过选择高血压患者并且进行测量以及根据用来评价个体中用罗他福辛治疗的程序进行检测，进行所述方法。在那些实施方式的一些实施方式中，可以通过以下方式在个体中评价罗他福辛治疗：获得关于选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个多态性的序列信息，其中所述信息预示个体中的罗他福辛功效。

在那些实施方式的一些实施方式中，该序列信息包含序列SEQ IDNO：1、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：11中的至少一个序列，并且可以用选自SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：10和SEQ IDNO：12中的至少一条检测到的相应序列信息预测对罗他福辛的改善的应答。

在那些实施方式的一些实施方式中，可以用至少一条检测到的相应等位基因序列信息预测对罗他福辛的改善的应答，其中所述检测到的相应等位基因序列信息选自SEQ ID NO：1的SEQ ID NO：13和SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：3的SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：5的SEQ ID NO：17和SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：7的SEQ ID NO：19和SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：9的SEQ ID NO：21和SEQ ID NO：22以及SEQ ID NO：11的SEQ ID NO：23和SEQ ID NO：24。

在那些实施方式的一些实施方式中，所述评价方法可以还包括：获得选自rs4961、rs4984、rs10923835、rs947130、rs914247、rs1045642、rs880054、rs10502933、rs2131127、rs4309483和rs4739037中的至少一个多态性的序列信息。具体而言，所述序列信息可以包含序列SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35、SEQ ID NO：37、SEQ ID NO：39、SEQ ID NO：41、SEQID NO：43和SEQ ID NO：45中的至少一个。对于那些序列信息，可以用至少一条检测到的相应序列信息预测对罗他福辛的改善的应答，其中所述检测到的相应序列信息选自SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ IDNO：30、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：44和SEQ ID NO：46。

在那些实施方式的一些实施方式中，可以用至少一条检测到的相应等位基因序列信息预测对罗他福辛的改善的应答，其中所述检测到的相应等位基因序列信息选自选自SEQ ID NO：25的SEQ ID NO：47和SEQID NO：48、SEQ ID NO：27的SEQ ID NO：49和SEQ ID NO：50、SEQ IDNO：29的SEQ ID NO：51和SEQ ID NO：52、对于SEQ ID NO：31的SEQID NO：53和SEQ ID NO：54、SEQ ID NO：33的SEQ ID NO：55和SEQID NO：56、SEQ ID NO：35的SEQ ID NO：57和SEQ ID NO：58、SEQ IDNO：37的SEQ ID NO：59和SEQ ID NO：60、SEQ ID NO：39的SEQ IDNO：61和SEQ ID NO：62、SEQ ID NO：41的SEQ ID NO：63和SEQ IDNO：64、SEQ ID NO：43的SEQ ID NO：65和SEQ ID NO：66以及SEQ IDNO：45的SEQ ID NO：67和SEQ ID NO：68。

在一些实施方式中，可以由下述***进行用于鉴定在治疗性或预防性治疗本文所公开的心血管病症中有用的药剂的方法，其中所述***包括适于检测和鉴定如本文所述的相关遗传性变异的组分。

在一些实施方案中，公开了用于检测选自KCNS3、THSD7A、FAM46A、LOC389970、HLA-G和TTC29中的基因的基因间或基因内区域里单核苷酸多态性(SNP)的***。该***包括分离的多核苷酸以及用于所述核酸分子的缓冲液(如杂交和/或聚合缓冲液)和待与用于检测SNP的核酸序列组合使用的酶中的至少一个，其中所述分离的多核苷酸与在SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：9、SEQ ID NO：11的任一个核苷酸序列中含有单核苷酸多态性(SNP)的核酸分子特异性杂交。具体而言，所述酶可以是能够催化针对所研究的一个或多个基因间和/或基因内区域的聚合酶链反应的聚合酶。

如本文所用的术语“杂交”指使核酸的两条或更多条互补链之间的非共价序列特异性相互作用形成单个杂交分子(在两条链的情况下其称作双链体)的过程。特异性杂交是产生特异性序列相互作用的杂交。如本文提及某分子至另一个分子结合所用时的词“特异性的”、“特异性地”或“特异性”指在该分子和另一个分子之间识别、接触和稳定复合物形成，同时该分子和另一个分子中每一者与其他分子之间基本上较少直至没有识别、接触和稳定复合物形成。如本文提及多核苷酸序列所用时的术语“特异性的”指该序列与作为互补序列的单个多核苷酸的独特接合。

如本文所用的术语“聚合酶链反应”指跨越几个数量级地扩增一段核酸的单一或少数副本，从而产生特定DNA序列的数千至数百万个副本的任何适合技术。该方法依赖于热循环过程，其由反复加热并冷却用于核酸解链和酶促复制该核酸的反应的循环组成。

在一些实施方式中，该***还可以包括与在SEQ ID NO：25、SEQ IDNO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35、SEQ ID NO：37、SEQ ID NO：39、SEQ ID NO：41、SEQ ID NO：43和SEQ ID NO：45的任一个核苷酸序列中含有单核苷酸多态性(SNP)的核酸分子特异性杂交的分离的多核苷酸。

可以以组分试剂盒的形式提供本文所公开的***。在组分试剂盒中，探针、药物组合物和其他组分及底物独立地包括于该试剂盒中。具体而言，探针可以被包含于一种或多种组合物中，并且每种探针可以与合适的载具载体或助剂一起被包含于组合物中。

在一些实施方式中，可以进一步提供缓冲液、酶和合适容器作为试剂盒的额外组分。额外组分可以包括标记物(能够检测的分子，如放射性同位素、荧光团、化学发光染料、发色团、酶、酶底物、酶辅因子、酶抑制剂、染料、金属离子、纳米粒子、金属溶胶、配体(如生物素、抗生物素蛋白、链霉亲和素或半抗原)等、微流体芯片、参比标准物和技术人员在阅读本公开时可辨识的额外组分。具体而言，该试剂盒的组分可以配备合适的说明书和其他必需试剂，以进行本文所公开的方法。该试剂盒通常将在独立容器中容纳组合物。试剂盒中通常将包括在纸或电子支持物如磁带或CD-ROM上的说明书例如书面或音频说明书用于实施所述测定法。根据所用的具体方法，该试剂盒也可以含有其他包装的试剂和材料(即，洗涤缓冲液等)。

可以由本领域技术人员在阅读本公开时确定关于鉴定组合物的合适载体物质或助剂和通常制造并包装该试剂盒的其他细节。

在以下部分中，应当借助一些实施例说明本公开，其中不将所述实施例解释为视作限制本公开的范围。

实施例

进行一项药物基因组研究以确定遗传性变异对罗他福辛个体应答的影响。该药物基因组研究的样本由342位个体组成，其中根据[参考文献10、11、12]中描述的方法，使用Human1M Duo CHIP基因分型珠芯片，以来自Illumina的Human1M阵列对所述个体作基因分型。在所述个体当中，在第一时期(5周)，对169位施用安慰剂治疗并且对173位施用活性药物(罗他福辛)，同时人口统计学如[参考文献13]中所示。具体而言，将患者随机分至以下口服剂量的罗他福辛组中的一组：0.05、0.15、0.5、1.5或5mg/日，持续5周。每个剂量必须在交叉设计中与安慰剂进行比较。由于先前的研究显示，一个月的清除期可能是不充分[参考文献14-30]，因此将未接受先前疗法(NPT)的193位患者与先前治疗过的149位患者分开分析。

对于以上的个体样本，进行遗传关联分析以使得受检个体的表型与个体中检测到的SNP关联。选择的目的表型是血压反应。为检测所选择的SNP是个体的常染色体上的1111170SNP。

根据定量性遗传关联设计进行遗传分析，其中目的表型是数量变量(QT)，并且影响目的表型分布的变量(因素)是SNP、疗法(安慰剂、罗他福辛)和SNP*疗法相互作用。

具体地，为统计分析所选择的定量表型是在第一治疗期结束时的诊室收缩血压(SBP)(SBP_5)和1个月准备期后基线处的诊室收缩血压(SBP_0)之间的差异，并且本文中也标记为DSBP5_0。随后根据以下数量性状互作检验，分析所选的QT表型和影响目的表型分布的其他因素：

表型＝SNP+疗法+SNP*疗法，如下文进一步详细说明。

为了进行遗传关联，实施描述性统计分析和推理统计分析。

进行描述性统计分析以首先汇总和描述数据的主要参数并且执行质量控制。

表1汇总了申请人在进行所述分析时选择的统计程序、参数和阈值以及从其后果中所获得的结果。

表1：描述性统计分析

表1：描述性统计分析

表1：描述性统计分析

还在表2和图1、2和3中进一步详细说明所进行的遗传描述性分析的结果。

表2：描述性统计分析的结果

具体而言，在表2中列出了对总体样本(entire sample)和对用安慰剂和罗他福辛治疗的患者的DSBP5_0描述性统计学。由于纳入安慰剂组要求招募患有“轻度”高血压(SBP范围140-179mmHg)的患者，可以解释相当适中的SBP基础水平。在显示总计、疗法和安慰剂方面DSBP5_0分布的图1中说明了表2中汇总的结果的图示说明。

对于NPT组，在剩余个体中的总体基因分型率是99.67％；6071个SNP未通过错过性检验(呼叫率＜90％)，并且258148个SNP具有MAF＜0.05。在频率和基因分型修整后，848340个SNP在使用MAF阈值0.05过滤后留下(数据未显示)。

鉴于以上情况，相对于DSBP5_0分布的最低前三分之一(-11.7mmHg，即，99位患者中33位患者)，申请人为QT DSBP5_0选择临界值≤11.7mmHg以产生二项表型变量：应答-不应答于罗他福辛。进行DSBP5_0阈值选择以提供指示所述结果的统计学相关性和临床相关性的参数。

图2中说明了显示所选择QT阈值的描述性统计分析结果的图示。

图3说明使用变异顶轴在受检个体当中检测到的遗传相关性，其显示分布在零周围的个体的轻微异质聚类。评估(和校正)群体分层对于避免因存在***性祖先差异所致的假阳性和假阴性显著关联是有意义的。

随后使用计算的QT进行推理统计分析，以检测与对治疗(安慰剂或活性药物)的不同应答显著相关的SNP。

表3：推理统计分析

表3：推理统计分析

表3汇总了由申请人根据描述性统计方法的结果所选择的统计程序、阈值和分析。

具体而言，参考单变量分析，进行了其中逐一考虑SNP的单点分析。所进行的数量性状互作检验(G*E，基因*环境)将这种关联评价为

表型＝SNP+疗法+SNP*疗法

其中分析的重点针对SNP*疗法组分，即，针对相互作用而不是针对主效应，因为主效应“疗法”对应于检验临床试验本身，而不考虑遗传组分。主效应“SNP”探究影响血压变化的SNP，而不考虑由所述疗法引起的改良。仅互作效应(G*T)评价哪些SNP(G＝基因)影响接收活性药物或安慰剂(T＝疗法)的受试者中的SBP。

选择阈值p＜10^-4以筛选出可能形成一系列顶级SNP(top SNP)的最显著关联。具体而言，申请人有目的地选择“保守”P值(针对假阳性)以筛选出较不显著的结果[参考文献34、35]。另外，全部潜在的正关联已经有意义地用至少两种统计程序(plink和stata)进行了验证。图4中示出根据以上方法进行的单变量分析的结果(还见下文实施例6)。

参考推理性互作分析，检验了多种基因间的相互作用以看所观察的QT表型DSBP5_0变异是否取决于一并考虑的更多SNP的联合作用。

具体而言，随后如StataSE 9.2中所实施那样，使用单线性回归模型来检验在罗他福辛/安慰剂组内部第一组SNP(SNP1)和第二组SNP(SNP2)之间除SNP1和SNP2的边际效应之外的互作效应(SNP1*SNP2*ther)。

在考虑检测出SNP的基因和该基因可能参与被鉴定为负责所选择表型(血压变化)的机制的情况下，建立所述SNP组。

进一步选择这些SNP，以通过使用STATA软件，以DSBP5_0作为因变量并以候选显著性SNP作为自变量，在安慰剂和罗他福辛组中进行统计性ANOVA分析，而鉴定与安慰剂相比伴随对罗他福辛的最大应答的基因型。具体而言，为了选择相比安慰剂伴随对罗他福辛的最大应答的两个SNP之间相互作用的基因型，申请人在安慰剂和罗他福辛组中进行ANOVA统计，以DSBP5_0作为因变量并以SNP之间的相互作用作为自变量。申请人在图5：rs8899和rs4678之间的相互作用中报道这种程序的实例。申请人选择rs8899的基因型AA和rs4678的基因型BB之间的相互作用，原因在于这种相互作用在治疗组中而不在安慰剂组中呈现出最大显著递减。

在这项研究的结果中，申请人选择在罗他福辛组中而不在安慰剂组中具有QT表型DSBP5_0显著递减的SNP(如图5中的实例rs8899和rs4678)的相互作用的基因型。

使用程序包gPLINK[参考文献33]进行全部遗传分析。使用Eigensoft软件包(2.0版，用于Linux平台，哈佛医学院遗传学系，波士顿，USA)进行主成分分析(PCA)。使用eigensoft软件包的Genomic Control(GC)计算基因组膨胀因子λ。为完成所述统计遗传分析和对于超出纯粹统计遗传方法之外的全部那些分析，使用程序StataSE 9.2。技术人员将能够在阅读本公开时辨识统计分析的全部其他细节。

在描述性和推理统计分析后，还产生基因分型谱，目的在于使用显著性SNP的最少可能集合，区分针对积极治疗的应答者(R)与无应答者(NR)。在此情况下，“遗传谱”是基因型在单一SNP时或在它们相互作用下的线性组合。

为了产生该图谱，将每个SNP的不同基因型视为变量，并且尤其将纯合较低频率基因型标识为基因型1(g1)，将杂合基因型标识为基因型2(g2)，并且将纯合较高频率基因型标识为(g3)。

因此，建立这样的遗传谱，它们可能以例如SNP1的g1(组分1)、SNP2的g2(组分2)和SNP3的g1与SNP4的g2相互作用(组分3)作为因素。某个图谱可以具有任何数目的组分。

如果至少一种组分呈现出显著相关的基因型(例如在先前实施例中，SNP 1的g1)，则将任何给定的图谱编码等同于1，否则将该图谱编码为0。随后，根据受试者对所述谱图的拟合，将全部受试者划分为0或1，从而允许图谱表征限定的患者亚群。

随后使用对例如[参考文献36、37]中所述程序进行的对数回归法，检验不同图谱将受试者划分成R或NR(即找到区分罗他福辛的R与NR的基因分型谱)的预测能力。

由申请人选择来评价遗传谱的参数是胜算比(OR)，其中所述胜算比是根据FDA指南[参考文献38]认为可反映药物基因组检验法性能的参数之一。具体而言，根据FDA指南，OR是临床相关参数，用于评价根据不同遗传谱在针对药物而非安慰剂的患病应答者之间区分的程度。

OR值表示根据限定的遗传谱，检验阳性患者(应答者)中的差异对检验阴性患者(无应答者)中的差异之比。胜算比将阳性预示值(PPV)和阴性预示值(NPV)组合如下：PPV x NPV/[(100-PNV)x(100-NPV)]。预示值(正或负)代表具有正或负检验结果(即，在限定的遗传谱情况下，应答于药物)的患有目的临床病症的患者的比例。换而言之，OR是作为对该检验的应答者(PPV)或无应答者(NPV)的概率。胜算率1表示该检验没有提供信息，因而，胜算率越高，该检验的预测能力越高。

基于上述研究的结果，申请人鉴定了显著影响用于检测罗他福辛效果的所选择定量性表型的几个SNP和相关的基因分型谱。

具体而言，位于先前与影响血压的途径不相关的基因中的一些核心SNP令人惊讶地显示出增强罗他福辛效果的明显能力，如以下实施例中所示。

实施例1：核心SNP影响个体对罗他福辛的应答

在上文概述的研究的结果中，将一组SNP鉴定为显著影响个体对罗他福辛的应答，本文中还标识为核心SNP。表4中说明本文所述的核心SNP的主要特征。

表4：核心SNP

表4：核心SNP

核心SNP rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375是新近鉴定的单核苷酸多态性，在人基因组中具有精确染色***置，但是目前，功能未知，其中已经在基因组范围扫描和关联分析(GWAS)中鉴定所述单核苷酸多态性为上文概述的统计分析结果中与对罗他福辛的血压反应相关的显著SNP的最小集合。

具体而言，在根据基于Sentrix BeadChip平台的全基因组基因分型(WGG)[参考文献10]进行受检个体的全基因组基因分型后，鉴定到这些SNP。更具体地，使用Human1M Duo CHIP-Infinium II测定法进行WGG，以根据技术人员可辨识描述和例如在[参考文献10、11、12]中进一步详细描述的方法，通过无限制基因座选择，沿患者的全基因组查问超过100万个SNP。

使基因分型结果中检测到的SNP首先经历单变量分析和随后经历其他分析以选择出伴有如上所述对罗他福辛的最大应答的SNP基因型。

具体而言，为了选择与安慰剂相比伴随对罗他福辛的最大应答的基因型，申请人在安慰剂和罗他福辛组中进行ANOVA(单因素)统计，以DSBP5_0作为因变量并以显著性SNP作为自变量。

进行的分析在图6中示例，在图6中显示SNP rs2461911分析，该分析涉及SNP基因型g1、g2和g3在治疗组(p＝0.002)中大于安慰剂组(p＝0.045)中的显著性表型方差。

图7中还显示SNP rs2461911的3个基因型g1、g2和g3的DSBP5_0值的变化，其中图7显示比较罗他福辛组和安慰剂组时，SNP rs2461911的3个基因型的DSBP5_0值的曲线图。从图7的说明中，显而易见在基因型1中，采用罗他福辛时，存在明显的血压降低，而采用安慰剂时，血压是轻微增加。相反，在基因型3中，血压降低似乎在采用安慰剂时更大。重要的是根据这些基因型采用安慰剂和罗他福辛时明显随之而来的血压反应变化的方向和相反趋势。这种可以进行分析并且我们可以建立该模型的统计显著性和针对特定SNP的罗他福辛和安慰剂之间相互作用的统计显著性。适宜的统计分析提供了所述相互作用的显著性(仅如果该模型的显著性＜0.05，才接受这种相互作用的显著性)。表4中给出相互作用的p值为P-GXE。

应用相似的方法来分析和选择其他核心SNP，从而在这项研究的结果中，申请人选择在罗他福辛组中而不在安慰剂组中具有QT表型DSBP5_0显著递减的SNP(如图7中的实例rs2461911)的基因型。

表5中显示在具有核心SNP并且用罗他福辛(疗法)治疗的个体中对具有核心SNP并且用安慰剂(安慰剂)治疗的个体中与DSBP5_0相关的数据汇总。

表5：核心SNP的DSBP5_0递减

具体而言，使用逐步线性回归，使用DSBP5_0作为因变量并且使用SNP作为自变量以选择与QT表型DSBP5_0显著相关的SNP，获得表5中的数据。

实施例2：包含核心SNP的遗传谱影响对罗他福辛的个体应答

在鉴定SNP后，申请人研究了遗传谱的预测能力，所述遗传谱包含考虑的实施例1的核心SNP。支持遗传谱构建的推理过程依赖于充分建立的学说，即，还必须在编码蛋白质的基因上所携带的其他SNP的环境下评估给定SNP的表型效应，其中所述蛋白质与相关于第一SNP的蛋白质相互作用(基因网络)。在这个意义下，网络分析还暗示遗传上位概念[参考文献39]。实际上，当分别分析在两个基因座处的等位基因时，这些等位基因可能没有任何可检测效应，但是由于它们在相同的受试者中共同出现，因此在一起分析时，它们可能变得表型相关。

使用其中因变量是二分表型(R或NR)并且自变量是特定图谱的对数回归作为预测模型，申请人评估了仅包含治疗组中核心SNP的遗传谱是否可以区分治疗应答者与无应答者。申请人随后评估该模型计算预测参数(胜算率、PPV、NPV)的优良程度。

图8中显示与包含实施例1的全部核心SNP的遗传谱相关的示例性数据。具体而言，图8显示关于包含所述核心SNP的图谱之胜算比(OR)和预示值(p-值)的数据，其中所述胜算比和预示值是根据FDA指南[参考文献38]认为可反映药物基因组检验法性能的参数。

具体而言，OR值表示根据限定的遗传谱，检验阳性患者(应答者)中的差异对检验阴性患者(无应答者)中的差异之比。具体而言，胜算比将阳性预示值(PPV)和阴性预示值(NPV)组合如下：PPV x NPV/[(100-PNV)x(100-NPV)]。换而言之，OR是作为对该检验的应答者(PPV)或无应答者(NPV)的概率。胜算率1表示该检验没有提供信息，因而，胜算率越高，该检验的预测能力越高。p-值(正或负)代表具有正或负检验结果的患有目的临床病状(即，在限定的遗传谱情况下，应答于药物)的患者的比例。

基于z得分计算p-值参数，并且它表示OR的显著性。参数z得分表示：ln(OR)/标准误(lnOR)。如果OR小至1并且随后如果所述图谱不能够预测对药物的应答，则z得分具有负值。如果OR＞1并且随后所述图谱能够预测对药物的应答，则z得分具有正值：如果z得分高，则OR因更小的方差而是更显著的。

在上文提到的参数当中，认为胜算率(OR)对于评价根据不同遗传谱在针对罗他福辛而非安慰剂的患病应答者之间区分的程度是有临床意义的[参考文献38]。

考虑来自患者的数据，获得了与包含图8中所汇总的全部核心SNP的图谱(图谱4)相关的数据，其中所述患者包含所述图谱中所列的核心SNP中的一个或多个SNP。该标准因出现以下两个因素而证明合理：i)SNP的强预测力和ii)连锁争议性SNP的共同合理的生物学机制，其中所述因素通常支持纳入携带单一独特图谱中至少一个SNP的患者。具体而言，可以根据技术人员可辨识的方法，从OR和正确分类的患者评估SNP的预测力。相应参数是对于具有图谱4的患者为79.8％的“正确”值(见图8)。该值表示在100位患者中的80位患者内，该图谱使得患者正确划分成应答者和无应答者。

鉴于以上结果，可以得出结论：所述核心SNP有临床相关性地影响罗他福辛的药理学活性。具体而言，所述临床相关性归因于药物(罗他福辛)和安慰剂之间血压降低差异的幅度，其中在采用罗他福辛时，所述差异范围是从23至15mmHg，而根据文献，在采用ARB时，这种差异范围在4和6mmHg之间。

在两个独立研究所获得的在携带图谱4的患者中的初步数据显示，用罗他福辛获得的血压降低超过40％，大于在可用抗高血压药当中检测到的血压降低(见图8，底部)。具体而言，携带图谱4的个体显示血压改善：采用HCTZ时-12.3±1.5mmHg；采用氯沙坦时-11.3±1.7和采用罗他福辛时-18.74±1.8mmHg；具有图谱8的个体显示血压下降：采用HCTZ时-11.3±1.2；采用氯沙坦时-11.6±1.3和采用罗他福辛时-15.2±1.5mmHg；具有图谱9的个体显示血压下降：采用HCTZ时-11.9±1.2；采用氯沙坦时-11.4±1.4和采用罗他福辛时-15.2±1.5mmHg。

实施例3：包含核心SNP连同相关SNP的遗传谱影响对罗他福辛的应答

分析所述核心SNP与上文提到的药物基因组研究期间鉴定到的其他SNP的相互作用以验证使用对数回归作为预测模型，是否可能鉴定到适于区分治疗应答者与无应答者的其他遗传谱。

具体而言，将实施例2的核心SNP图谱(图谱4)与研究期间鉴定到的其他相关SNP组合。

在本说明书的语境下，相关SNP指适合区分罗他福辛应答者与无应答者的SNP。

具体而言，首先在以下3组基因中研究相关SNP：a)直接参与罗他福辛作用机制的基因(如内收蛋白和EO基因-见实施例4)，本文中也称作CAND 1；b)可能参与高血压发展和/或参与同高血压相关的器官损害的基因(如WNK-见实施例5)，本文中也称作CAND 2；和c)通过进行全基因组扫描鉴定到的基因(如HLA-A，见实施例6)，本文中也称作GWS。

具体而言，首先通过对所选择基因作基因分型鉴定那些基因中的SNP。随后如实施例4至6中进一步说明，通过使检测到的SNP经历描述性和推断性分析选择相关SNP。

随后将如此鉴定的相关SNP连同实施例2的图谱4的核心SNP在遗传谱中分组。

结果显示，包含核心SNP和相关SNP的遗传谱在区分罗他福辛应答者与无应答者方面甚至更有效，如图8中所示。

具体而言，在图8的概述中，还显示了对其他图谱检测到的OR和p-值和DSBP5_0，其中所述的其他图谱由核心SNP(图谱4)和其他的CAND 1、CAND 2和/或GWS SNP形成(尤其见图8的图谱8和图谱9)。从图8数据的分析中表明，通过在图谱中包含其他SNP，OR值和“正确”值相对于图谱4的OR值和“正确”值增加(见图8的图谱8和图谱9)。另外，包含这些SNP决定了靶群体的容量从图谱4的总群体的26％增加至图谱9的总群体的44％。

对核心SNP和图8中所示的其他SNP之间协同效应的一种可能解释(所述解释出于引导目的提供，而不意图起限制作用)是在引起复杂疾病(如高血压)的相同基因网络中包含所讨论的SNP。由申请人获得的实验证据支持以下结论：这些SNP可能干扰或调节遗传网络中的其他基因(如已经与影响血压的途径关联的CAND 1或CAND 2-见实施例4和5)或影响可能与先前所选择候选物名单不相关的其他基因(见与图谱8和9比较的图谱4)。

因此，对本文所报道数据的一种可能解释是，因为包含于相同基因网络中，所以核心SNP(图谱4)的区分能力借助CAND 1和2而增加，其中所述的相同基因网络组合/整合GWS、核心SNP、CAND 1、CAND2和在该网络中所包含的其他未知SNP的效应。

区分能力和包含于下述图谱中的所选患者的数目的增加支持所述网络构想，其中所述图谱已经通过从图谱4移动至图谱9实现。

在下表6和表7中进一步描述包含于图8的图谱8和9中的额外相关基因的特定基因型。

表6：图谱8和图谱9SNP

表6：图谱8和图谱9SNP

表6：图谱8和图谱9SNP

表7：图谱8和图谱9中候选物和顶级SNP之间的相互作用

表7：图谱8和图谱9中候选物和顶级SNP之间的相互作用

表7：图谱8和图谱9中候选物和顶级SNP之间的相互作用

鉴于以上结果，可以得出结论：图谱中所包含的核心SNP连同其他SNP有临床相关性地影响罗他福辛的药理学活性，所述药理学活性甚至可以高于单独核心SNP情况下的活性。

实施例4：影响罗他福辛应答的相关SNP：CAND 1基因

申请人研究了在还包含实施例1中鉴定罗他福辛应答者的核心SNP的遗传谱中包含其他相关SNP。

在第一系列实验中，研究了直接参与罗他福辛作用机制的基因(本文中也标识为CAND 1基因)的SNP。

具体而言，所研究的CAND 1基因包括编码内收蛋白亚基(ADD1、ADD2、ADD3)的基因和参与EO合成与代谢的基因(CYP11A1、HSD3B1、LSS、ABCB1/MDR1和SLCO4C1)。表8中报道了所研究基因的特征概况。

表8.选择的候选基因(CAND 1)

N	基因符号	染色体	基因名称
				2	ADD1	4	α内收蛋白
3	ADD2	2	β内收蛋白
				4	ADD3	10	γ内收蛋白

表8.选择的候选基因(CAND 1)

具体而言，表8显示选择的CAND 1基因和相关的染色体定位、基因符号和基因名称。

对于表8的每个CAND 1基因，使用SNP：单SNP分析，以Taqman测定法(来自ABI的所需测定法或定制MGB探针和引物设计方案)检测SNP。

使检测到的SNP经历单变量分析，并且基于为本研究所选择的QT表型DSBP5_0的经检测变异选择相关性CAND 1SNP。

在表9和表10中报道示例的相关CAND 1SNP连同相关的GXT关联结果。显著性p_GXT表示对治疗(罗他福辛/安慰剂)的显著性DSBP5_0不同应答。

表9：CAND 1SNP

具体而言，表9显示所选的示例性CAND 1SNP的单变量分析的结果，连同相关的基因符号、染色体定位、在染色体上的位置，在基因上的位置和P值。

在表6中详细描述HSD3B1基因的两个相关SNP(HSD18和HSD19)，并且在表7中详细描述它们的相关性。

在表10中报道相关SNP rs 914247的数据。

如对“基因和内收蛋白”的详细描述中所解释，表9中包括的基因是被认为编码内收蛋白和参与EO合成与运输的酶的那些基因。在“体外”皮摩尔浓度或在动物中纳摩尔剂量的罗他福辛能够选择性地纠正突变的内收蛋白或哇巴因对Na-K泵和cSrc的作用，而不阻断野生内收蛋白的作用。

实施例5：CAND 2基因中影响对罗他福辛的应答的相关SNP

在第二系列试验中，研究了可能参与高血压发展和/或参与同高血压相关的器官损害的基因的SNP(本文中也标识为CAND 2基因)。

具体而言，选择在病理生理上相关的基因作为CAND 2基因的较大集合。选择标准主要包括编码RAA酶和受体、调节肾钠重吸收的离子通道和转运蛋白的多种家族、肾上腺素能受体、足细胞蛋白和转录因子的基因。在图9的图注中概述所得到的基因集合。

具体而言，在图9中显示所选择的候选基因“CAND 2”连同相关的染色体定位、基因符号和基因名称。

关于这些基因的其他信息是技术人员在阅读本公开时可辨识的。

对于图9中该表的每个CAND 2基因，使用遍及基因组各处和在Illumina芯片中存在的Tag SNP检测SNP，其中所述Illumina芯片可以评价候选基因内部的变异以评价这些基因对罗他福辛的血压反应的影响。

使检测到的SNP经历单变量分析，并且采用为选择核心SNP所说明的相同方法，仅选择具有范围从1.78*10E-4(rs7117314)至5*10E-2(rs945403)的p-值GXT的SNP。处理候选基因时，根据支持选择候选基因的先前数据，我们仅使用p＜0.05作为阈值，而非p＜0.0001。

具体而言，基于QT表型DSBP5_0的经检测变异，选择相关性CAND2SNP。

在表11中报道示例性CAND 2SNP连同相关的GXT关联结果。显著性p_GXE表示对治疗(罗他福辛/安慰剂)的显著性DSBP5_0不同应答。

表11：相关性CAND 2SNP的单变量分析

表11：相关性CAND 2SNP的单变量分析

表11：相关性CAND 2SNP的单变量分析

具体而言，在表11中显示安慰剂和疗法的GXT关联结果。显著性p_GXT表示对治疗(罗他福辛/安慰剂)的显著性DSBP5_0不同应答。

实施例6：影响对罗他福辛的应答的相关SNP：GWS基因

在第三系列实验中，还研究了采用全基因组扫描所检测到的基因(本文中也标识为GWS基因)的SNP。

根据[参考文献10、11、12]中描述的方法，使用Human1M Duo CHIP基因分型珠芯片，以来自Illumina的Human1M阵列对基因组SNP作基因分型。具体而言，因为不考虑染色体X和Y的SNP以及X的假常染色体区域的SNP(XY)，故总计分析1111190个(总数的92.66％)SNP。

在根据实施例中所述方法学鉴定相关性SNP的方法中，使检测到的SNP经历单变量分析。

在图4中显示GWS基因的单变量分析(数量性状相互作用-GxE)的结果，其中所述图4显示来自193位NPT患者的样品中作过基因分型的848340个SNP的结果，而将具有低于既定阈值p＜10^-4的p值的107个SNP显示为点。

随后进行已鉴定的107个SNP的详细注释，旨在阐明在关联上感兴趣的特定基因组区域的作用。从这种GWAS鉴定的107个顶级SNP实际上由以下这些基因组位置代表：编码区内的7个、3′UTR内的4个、内含子中的30个和基因间区内的66个。在最后提到的组中，一些SNP接近于基因区域并且可能位于相关启动子内，而一些其他SNP如此远离注释的基因，从而认为处于荒废区内。

因此，已经对图谱4中所包含的顶级SNP(单一顶级SNP)并仅对图谱5(相互作用的顶级SNP)进行更详细的注释，并且我们观察到，它们中的大部分是具有最小内含子SNP集合的基因间变体。全部这些变体可能属于所谓的“无用DNA”区[参考文献40]，如已经在引言-第1.3段所提及，因而代表真核生物中用于序列进化创新的丰富基质。

为详尽注释所遵循的程序考虑：i.显示MAF＞5％的SNP；ii.在不同数据库(NCBI Entrez Gene，HapMap，Ensembl)帮助下的更新近的作图；iii.在它们之间从处于完全或强烈LD的一组SNP中选择，可能定位于基因区或功能区内；iv.PubMed分析；v.对发表的miRNA序列和相关基因组靶的注释。

对于基因内SNP，申请人指出，没有编码变体或剪接变体，但是我们鉴定到位于功能往往未知的基因内的共同内含子多态性。两个顶级SNP(rs3893464和rs 5013093)位于6号染色体上的主要组织相容性复合体I类区域(一个具有宽泛和高LD的含有几个基因的特殊区域)内部。在此情况下，精确的基因注释是更复杂的，并且对所包含基因的表达和功能模式研究可能有助于限定正确的区域。由于SNP可能还对miRNA靶组成、尤其对3′UTR具有不同作用，故实际上在不同数据库(www.patrocles.org、microrna.sanger.ac.uk、www.microrna.org)中检验全部顶级SNP，但是没有获得任何有意义结果。申请人还考虑了针对完好前体序列或只对成熟miRNA的检索。然而，出于预测目的对药物应答进行标记物鉴定，而不对信号的来源作出进一步遗传定位，将是GWA研究的充分终点。

在上述表征后，进一步选择初始的107个GWS SNP，以通过使用STATA软件，以DSBP5_0作为因变量并以这107个显著性SNP作为自变量，在安慰剂和罗他福辛组中进行统计性ANOVA分析而鉴定与安慰剂相比伴随对罗他福辛的最大应答的基因型。额外采用这种分析时，还分析了上文提到的SNP的基因型相关性。

采用这种方法时，最终仅选出35个SNP(和它们相关基因型)，所述SNP在治疗组并且不在安慰剂组具有DSBP5_0递减以被视为相关性GWS。在表12中汇总一系列相关性GWS基因。

表12：相GWS SNP的单变量分析

表12：相关GWS SNP的单变量分析

表12：相关GWS SNP的单变量分析

实施例7：与核心SNP处于连锁不平衡的遗传性变异

即便图谱4、8和9中所包含的DNA变异在预测应答患者方面具有强遗传力，然而它们没有穷尽具有最好区分能力的全部遗传变异性。根据连锁不平衡概念，DNA变异(标签SNP)可以总体上由可变数目的代理SNP代表，其中与标签SNP相比，所述代理SNP能够同等或相似地对变异分型。因此，本文所述的方法和***的范围内包括几种其他的遗传性变异。表13中列出了与影响罗他福辛的生物学活性的SNP处于连锁不平衡的示例性遗传性变异。

表13根据CEU HapMap data Rel 24，相对于核心SNP、图谱8和图谱9SNP的代理SNP

表13根据CEU HapMap data Rel 24，相对于核心SNP、图谱8和图谱9SNP的代理SNP

表13根据CEU HapMap data Rel 24，相对于核心SNP、图谱8和图谱9SNP的代理SNP

表13根据CEU HapMap data Rel 24，相对于核心SNP、图谱8和图谱9SNP的代理SNP

表13根据CEU HapMap data Rel 24，相对于核心SNP、图谱8和图谱9SNP的代理SNP

^*欧洲人群体中计算LD模式

表13中所列的遗传性变异是上文所提到的源自关于欧洲人群体遗传数据的示例性遗传图的每个核心或候选SNP的对应代理SNP。由HapMapProject导出的信息产生代理SNP在欧洲人群体中的最好覆盖。可以从技术人员可辨识的来源取回用于欧洲人群体和/或其他群体的处于连锁不平衡下遗传性变异的其他信息源，所述来源包括例如关于我们群体的Illumina BeadChip 1Million基因型数据。当谈及来源如HapMap时，需要相对于来源释放的连续更新以确保完整列出本公开意义下的全部相关遗传性变异。

实施例8：关于影响对罗他福辛的应答的核心SNP和其他SNP的序列信 息

在本公开的一些实施方式中，可以基于检测影响个体应答罗他福辛的几种遗传性变异的序列信息来评价疗法。表14和表15中报道了关于核心SNP和相关的所选择基因型的序列信息。

表14：核心SNP的序列信息

表14：核心SNP的序列信息

表15：核心SNP的所选基因型的序列信息

表15：核心SNP的所选基因型的序列信息

在表16和表17中报道影响对罗他福辛的应答的示例性其他SNP和相关的所选基因型的序列信息。

表16：影响应答的其他SNP的序列信息

表16：影响应答的其他SNP的序列信息

表16：影响应答的其他SNP的序列信息

表16：影响应答的其他SNP的序列信息

表17：影响应答的其他SNP的所选择基因型的序列信息

表17：影响应答的其他SNP的所选择基因型的序列信息

表17：影响应答的其他SNP的所选择基因型的序列信息

表17：影响应答的其他SNP的所选择基因型的序列信息

表18中列出在本文所述的方法和***中适合用来检测序列信息的示例性探针。

表18：核心SNP的示例性探针

表18：核心SNP的示例性探针

表18：核心SNP的示例性探针

表18：核心SNP的示例性探针

本文所例举的方法和***中的一些方法和***可以通过建议：根据患者的遗传特征(SNP)选择患者亚组，克服对罗他福辛的非药物基因组治疗性用途的某些限制。具体而言，所讨论的SNP似乎单独(核心SNP)和与参与导致高血压和器官并发症的机制和还通过罗他福辛找到的其他SNP(CAND 1、CAND 2)组合时引起对罗他福辛的血压反应。

具体而言，核心SNP和CAND 1或CAND 1SNP对两种目的表型有贡献：a)应答于选择性药物；b)高血压发展及其器官并发症。另外，从实践观点看，SNP的两种基团均对区分应答者与无应答者有贡献。

这个研究结果可以具有所谈到的两项重要意义，即为合适患者找到合适药物和开创一项新研究学派，其旨在将(迄今在动物模型中研究的)疾病的网络概念应用于人患者。

在动物模型中研究多基因-多因素疾病的结果表明，当前范式：“一个遗传性分子改变(或一个基因变体或SNP)、“一种病理生理机制”和“一种临床症状或疾病”应当摒弃，代之以更广泛的概念：机制的遗传性环境网络。疾病可能因扰动这种网络而发生。这种扰动则可以是一种新“因果”疗法的靶。因为不可获得其异常可能触发目的疾病的特定组织或器官，所以在动物模型中形成的这种新概念没有轻易应用于人类。

本文所述的方法首次将这项策略应用于人类。实际上，遗传性扰动(由两组SNP定义)与功能性扰动(度量为针对非常有力和选择性的抗高血压药剂-罗他福辛的血压反应)的组合实现了鉴定在临床相关性患者亚组(仅在欧洲就有二千万人)(约25％)中引起高血压连同其器官并发症的特定基因网络的新方法。

在几个实施方式中，本文所述的方法和***涉及图谱中个体患者的遗传异质性并且涉及目的基因的上位作用。遗传异质性和上位作用是为展示给定遗传机制在多基因多因素疾病中的因果关系而待克服的两个主要问题。术语“遗传异质性”表示相同表型(生物化学表型、生理学表型或症状)可以由不同遗传机制产生。术语“上位作用”表示同一种基因变体的作用可以受另一种变体调节(钝化或放大)，其中所述的另一种变体源自远离目的基因的基因。

这两种充分接受的遗传现象正在妨碍采用遗传学来研究引起人类疾病或治疗应答的机制的全部尝试。

例如，如果假定给定的激素(具体而言，哇巴因)或蛋白质(具体而言，内收蛋白)参与造成某疾病(具体而言，高血压)，那么不得不承认，参与合成、运输或分泌该激素的遗传途径还参与决定该激素的临界组织水平及其生物学效应。

类似地，应当考虑参与调节那种特定蛋白质的细胞功能的编码蛋白质的全部基因。当然，这些生物化学途径中的每条途径可以不同地受个体患者的遗传背景影响。

在几个实施方式中，在本文所述的方法和***中，联系所述图谱的多种SNP的共同研究结果是：a)SNP与对罗他福辛的血压反应相关的能力(核心SNP)；和b)SNP影响临床前研究中罗他福辛的活性和与引起高血压及其器官并发症的生物化学途径相关的能力(CAND 1和CAND 1SNP)。本文所述方法和***的几种实施方案胜过现有抗高血压疗法的实践优点包括：在25％的患者中更快实现血压控制(经过缩短试验和误差时间)；划分应答者和无应答者的85％可能性，而当前策略是30-40％可能性；和治疗的个体中良好的耐受性和生活质量，如通过罗他福辛的试验结果并且最重要地通过动物中活性剂量(active dose)和NOAEL(无不良事件水平)剂量之间宽得多的罗他福辛剂量间距(采用罗他福辛时，至少100,000倍，而采用可用药物时，仅20-50倍)所展示。另外，在本文所述方法和***的几个实施方式中，由于在受罗他福辛影响的机制和引起通过本文所述方法和***选择的患者亚群中器官损伤的机制之间的身份，可以与器官并发症的可预见性高效预防相关。

这种可预见的提高的效率具有胜过现有策略的3个清晰意义：a)提供更有力的理性(或论据)以说服患者服从高血压疗法，其中所述高血压仅是一项风险因子，但不是造成令人烦恼的临床症状的疾病；b)减少遭遇心血管并发症的患者的负担，其中与高血压本身相反，所述心血管并发症可以导致高度的失能；c)降低健康护理费用，原因是可以将抗高血压疗法集中于心血管和肾脏并发症发生风险更大的患者亚群，其中所述并发症是健康费用的最重要源头。

最后，在用图谱4选择的患者亚群中，用罗他福辛所获得的血压降低幅度比用HCTZ或氯沙坦获得的血压降低幅度高约40％。这种差异比迄今在多种抗高血压药物当中检测到的差异大得多。

通常，在几个实施方式中，本文所述的方法和***允许改善心血管病症(如高血压)疗法。目前，仅30-40％从未治疗过的高血压患者应答于该疗法，伴随临床上有意义(clinically manfully)的血压下降。这在医师中造成挫折感，需要多次改变疗法，并且降低患者依从性。因此，大部分患者未受到充分治疗，并且这种限制对与高血压相关的器官并发症的预防。本文所述的方法和***允许将直至85％的患者正确划分为罗他福辛疗法应答者，因而降低找到有效疗法的负担。几个实施方式的首要改善涉及安全性：罗他福辛在所选择患者中的有效剂量非常低，并且它的范围可以从50至500μg/日。在相关动物模型中的有效剂量是0.1至100μg/kg，而在动物中不产生任何作用的最大耐受剂量(NOAEL)是100mg/kg。这意味，动物中罗他福辛的活性剂量和最大耐受剂量之间的间距与可用的抗高血压疗法相比高100,000倍，其中这种间距对于所述可用的抗高血压疗法是20至50倍。图10中报道了与药物基因组学方法相比，一些关于新抗高血压疗法功效和安全性并且尤其传统治疗方法功效和安全性的数据。

总而言之，本文所述的方法和***(基因分型+罗他福辛)将抗高血压药活性的高度安全性与更精确预测联合，因而预测出对其机制由罗他福辛提示的心血管并发症的高度预防。

即便携带至少一个所选核心SNP的个体中施用罗他福辛后血压降低量增加的精确机制不是已知的，预期它们与由罗他福辛命中的分子靶触发的机制相关。因此，在携带所述图谱中所包含的核心SNP基因型的个体中预期与罗他福辛引起的血压降低相关的那些益处之外的益处。

提供上文所述的实施例以向本领域普通技术人员充分公开和描述如何产生和使用本公开的方法和***的实施方式，并且不意图限制本发明人视作其公开内容的范围。本领域技术人员显而易见的对实施本公开的上述模式的修改应当处于以下权利要求书的范围内。本说明书中提到的全部专利及出版物表明了本公开所属领域的技术人员的技术水平。本公开中引用的全部参考资料通过引用方式并入，其程度与如同每份参考资料已经分别通过引用方式全文并入那样相同。

在发明背景、发明简述、具体实施方式和实施例中引用的每份文献(包括专利、专利申请、期刊文章、摘要、实验室手册、书籍或其他公开内容)的完整公开内容因而通过引用方式并入本文。

应当理解所述公开内容不限于特定的组合物或生物***，它们当然可以变动。还应当理解本文中所用的术语其目的仅在于描述具体实施方案，并且不意图是限制性的。如本说明书和所附权利要求书中所用，单数形式“一个(a)”、“一种(an)”和“该(the)”包括复数指称，除非上下文另外清楚地说明。术语“多个”包括两个或更多个指称对象，除非上下文另外清楚地说明。除非另外定义，本文中所用的全部术语及科学术语具有与本公开所属领域的普通技术人员通常理解的相同意义。

与本文所述的那些方法和材料相似或等同的多种方法和材料可以在检验本文所述的适宜方法和材料的具体实施例的实践中使用并且是技术人员可辨识的。

已经描述了本公开的众多实施方式。然而，将理解的是可以作出多种修改而不脱离本公开的精神和范围。因此，其他的实施方案处在以下权利要求的范围内。

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Claims (42)

1.用于治疗或预防个体的心血管病症的罗他福辛，其中已经选定所述个体是选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异的携带者。

2.根据权利要求1所述的罗他福辛，其中所述至少一个多态性选自rs2345088的核苷酸C或T、rs16877182的核苷酸C或T、rs16893522的核苷酸G或A、rs2461911的核苷酸G或A、rs5013093的核苷酸C或T和rs12513375的核苷酸T或G。

3.根据权利要求1或2所述的罗他福辛，其中已经选定所述个体是选自rs2345088的基因型TT或基因型1、rs16877182的基因型C/T或基因型2、rs16893522的基因型AA或基因型1、rs2461911的基因型AA或基因型1、rs5013093的基因型TT或基因型1和rs12513375的基因型TT或基因型1中的至少一个基因型的携带者。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的罗他福辛，其中已经选定所述个体是在至少一个CAND 1基因、CAND 2基因和/或GWS基因中的多态性的携带者。

5.根据权利要求4所述的罗他福辛，其中已经选定所述个体还是在选自ADD1、ADD2、ADD3、CYP11A1、HSD3B1、LSS、ABCB/MDR1和SLCO4C1中的至少一个基因中的至少一个多态性的携带者。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的罗他福辛，其中已经选定所述个体是选自rs4961、rs4984、rs3731566、rs914247和rs1045642中的至少一个单核苷酸多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异的携带者。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的罗他福辛，其中已经选定所述个体是选自rs4961的GT、rs4984的CT、rs3731566的AG、rs914247的GA和rs1045642的TC中的至少一个基因型的携带者。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的罗他福辛，其中已经选定所述个体是rs914247的基因型AA的携带者。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的罗他福辛，其中已经选定所述个体是选自rs242093、rs1996396、rs10503806、rs13251780、rs17430706、rs10102024、rs526302、rs544104、rs3102087、rs5183、rs3772627、rs2276736、rs2131127、rs3741559、rs2217342、rs10927888、rs6604909、rs945403、rs7117314、rs10790212、rs11216598、rs910682、rs13218316、rs4309483、rs13280307、rs4739037、rs17596774、rs2728108、rs17786456、rs7696304、rs2725222、rs17199565、rs2758152、rs1057293、rs16960712、rs759359、rs404214、rs1005213、rs17025453、rs2110923、rs1428571、rs435404、rs 12908787、rs 11647727、rs880054和rs 11064584中的至少一个单核苷酸多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异的携带者。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的罗他福辛，其中已经选定所述个体是选自rs12996186、rs9893372、rs7216331、rs7521668、rs188334、rs4998662、rs16893522、rs6457110、rs3893464、rs2517718、rs1362126、rs5013093、rs2345088、rs6718282、rs721207、rs2555500、rs2461911、rs8179654、rs1901139、rs2427832、rs9361863、rs1998394、ga001619、rs2275531、rs748140、rs4710592、rs2743951、rs10159569、rs3087816、rs10493940、rs16877182、rs2326912、rs1110446、rs12513375和rs17414954中的至少一个单核苷酸多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异的携带者。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的罗他福辛，其中已经选定所述个体是选自rs4961、rs4984、rs10923835、rs947130、rs914247、rs1045642、rs880054、rs10502933、rs2131127、rs4309483和rs4739037中的至少一个单核苷酸多态性的携带者。

12.根据权利要求1至10中任一项所述的罗他福辛，其中已经选定所述个体是选自rs1045642、rs10923835、rs914247、rs4961、rs947130、rs4309483、rs2131127、rs10502933和rs880054中的至少一个单核苷酸多态性(谱8)的携带者。

13.根据权利要求1至10中任一项所述的罗他福辛，其中已经选定所述个体是选自rs1045642、rs10923835、rs914247、rs947130、rs4739037、rs43909483、rs4984、rs10502933、rs880054中的至少一个单核苷酸多态性(谱9)的携带者。

14.根据权利要求1至13中任一项所述的罗他福辛，其中所述心血管病症是高血压和/或与其相关的病症。

15.根据权利要求14所述的罗他福辛，其中所述心血管病症是心脏肥大、心功能不全、心力衰竭、心肌缺血、血管阻力增加、血管反应性增加、血管僵硬、血管厚度增加、肾肥大、肾衰竭、肾小球硬化、蛋白尿、多囊性肾病、视网膜损害、脑血管障碍、脑血管损害、中风、美尼尔氏综合征、认知障碍、双相型障碍中的至少一种。

16.用作药物以0.005mg/日至5mg/日的剂量施用以治疗个体的罗他福辛，其中已经选定所述个体具有包括rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个的基因型和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异。

17.根据权利要求16所述的罗他福辛，其中用罗他福辛治疗涉及激发选自以下的至少一种生物学活性：选择性抑制哇巴因高血压效应、使由哇巴因引起的Na-K泵及Src的改变正常化、使由内源性哇巴因水平增加和Na-K泵及Src改变同时出现所维持的高血压形式正常化。

18.根据权利要求16或17所述的罗他福辛，其中用罗他福辛治疗涉及激发选自以下的至少一种生物学活性：选择性拮抗与编码参与内源性哇巴因合成和运输的内收蛋白或其他酶的基因的遗传性变异相关的高血压效应、使由内收蛋白遗传性变异引起的Na-K泵及Src的改变正常化、和使由内收蛋白遗传性变异影响和Na-K泵及Src改变同时出现所维持的高血压形式正常化。

19.根据权利要求16至18中任一项所述的罗他福辛，其中所述剂量是0.05mg/日至0.15mg/日并且其中给所述个体施用或开具罗他福辛导致约23mm Hg的平均血压下降。

20.根据权利要求16至18中任一项所述的罗他福辛，其中所述剂量是1.5mg/日至5.0mg/日并且其中给所述个体施用或开具罗他福辛导致约15mm Hg的平均血压下降。

21.根据权利要求16至18中任一项所述的罗他福辛，其中所述剂量是0.05mg/日至1.5mg/日并且其中给所述个体施用罗他福辛导致夜间血压的平均下降。

22.根据权利要求16至18中任一项所述的罗他福辛，其中已经选定所述个体也是至少一个CAND 1基因、CAND 2基因和/或GWS基因中的多态性的携带者并且其中给所述个体施用或开具罗他福辛导致范围从约8至约22.5mm Hg的平均下降。

23.根据权利要求22所述的罗他福辛，其中所述至少一个CAND 1基因选自ADD1、ADD2、ADD3、LSS、MDR1、HSD3B1、CYP11A1和SLCO4C1。

24.根据权利要求22或23所述的罗他福辛，其中所述至少一个CAND 2基因选自ACTN1、ADRA1A、AGTR1、AQP2、ATP1A3、CLCNKA、CLCNKB、FXYD2、FXYD6、FYN、NEDD4L、NKAIN3、PKD1、PKD2、SCNN1B、SGK1、SLC12A1、SLC8A1、TJP1、UMOD和WNK1。

25.根据权利要求22至24中任一项所述的罗他福辛，其中所述至少一个GWS基因选自ARL5A、ATP2A3、COX10、DPH5、FAIM3、FAM46A、HCG9、HLA-A、HLA-F、HLA-G、KCNS3、LOC131691、LOC389174、LOC389970、LOC642727、LOC644192、LOC649458、LOC728360、LOC728316、PIGR、RCADH5、RP3-377H14.5、SH3PXD2A、SLC30A7、THSD7A、TMEM200A、TRIM31、TTC29和VCAM1。

26.根据权利要求23所述的罗他福辛，其中所述至少一个CAND 1基因、CAND 2基因和GWS基因选自MDSR 2、HSD18、LSS2、HSD19、ADD2、WNK。

27.根据权利要求22至26中任一项所述的罗他福辛，其中在所述至少一个CAND 1基因、CAND 2基因和/或GWS基因中的所述多态性是单核苷酸多态性。

28.根据权利要求16至27中任一项所述的罗他福辛，其中所述剂量经口服、静脉内、肌内、动脉内、髓内、鞘内、心室内、经皮或经皮肤施加、皮下、腹膜内、鼻内、肠内、局部、舌下、直肠手段施用或在外科手术后对患病组织局部施用。

29.一种用于鉴定对罗他福辛的应答改善的个体的方法，所述方法包括在所述个体的分离的DNA样品中检测在SEQ ID NO：1、SEQ IDNO：3、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：11任一个核苷酸序列中的单核苷酸多态性，其中所述SNP的存在与所述个体中对罗他福辛的应答改善相关。

30.根据权利要求29所述的方法，其中检测到的单核苷酸多态性选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375。

31.一种分离的核酸分子，其包含选自SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：10和SEQ ID NO：12中的至少一个序列或其互补物。

32.一种分离的核酸分子，其包含选自SEQ ID NO：26、SEQ IDNO：28、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：34、SEQ IDNO：36、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：42、SEQ IDNO：44和SEQ ID NO：46中的至少一个序列或其互补物。

33.一种用于检测核酸中的单核苷酸多态性的***，该***包括：

分离的多核苷酸，所述分离的多核苷酸与在核苷酸序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：11的任一个中含有单核苷酸多态性的核酸分子特异性杂交；

缓冲液，以及

适合与所述分离的多核苷酸组合使用以检测所述核酸中的单核苷酸多态性的酶。

34.根据权利要求33所述的***，其中所述分离的多核苷酸包含选自SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：10和SEQ ID NO：12的至少一个序列或其片段。

35.根据权利要求33或34所述的***，其进一步包括与在核苷酸序列SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35、SEQ ID NO：37、SEQ ID NO：39、SEQ ID NO：41、SEQ ID NO：43和SEQ ID NO：45的任一个中含有单核苷酸多态性的核酸分子特异性杂交的分离的多核苷酸。

36.根据权利要求35所述的***，其中所述分离的多核苷酸包含选自SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：44和SEQ ID NO：46的至少一个序列或其片段。

37.一种用于对个体评价罗他福辛疗法的***，所述***包括：

针对选自rs2345088、rs16877182、rs16893522、rs2461911、rs5013093和rs12513375中的至少一个多态性和/或与其处于连锁不平衡的遗传性变异的探针；和

药物组合物，所述药物组合物包含剂量为0.005mg至5mg/日并且尤其为0.05至0.5mg/日的罗他福辛和药学上可接受的载体。

38.根据权利要求37所述的***，其中所述探针包含选自SEQ IDNO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：10和SEQ ID NO：12中的至少一个分离的多核苷酸或其片段，所述片段能够特异性杂交与SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：10或SEQ ID NO：12互补的序列。

39.根据权利要求37或38所述的***，所述***进一步包括针对选自rs4961、rs4984、rs10923835、rs947130、rs914247、rs1045642、rs880054、rs10502933、rs2131127、rs4309483和rs4739037中的至少一个多态性的探针。

40.根据权利要求39所述的***，其中所述探针包含选自SEQ IDNO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ IDNO：34、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：40、SEQ IDNO：42、SEQ ID NO：44和SEQ ID NO：46中的至少一个分离的多核苷酸或其片段，所述片段能够特异性杂交与SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：44或SEQ ID NO：46互补的序列。

41.根据权利要求37至40中任一项所述的***，其中所述探针具有选自SEQ ID NO：35至SEQ ID NO：58的序列。

42.一种用于检测选自KCNS3、THSD7A、FAM46A、LOC389970、HLA-G和TTC29中的基因的基因间或基因内区域里单核苷酸多态性的***，所述***包括：

分离的多核苷酸，所述分离的多核苷酸与在核苷酸序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：11的任一个中含有单核苷酸多态性的核酸分子特异性杂交；

缓冲液；以及

适合与所述分离的多核苷酸组合使用以检测所述核酸中的单核苷酸多态性的酶。

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