实施例
应当了解,此处描述的实施例和实施方式只是用于说明性目的并且不意味着限制请求保护的发明的范围。同样应当理解的是,基于此处描述的实施例和实施方式的各种修饰或变化将被启发给本领域技术人员,并包括在本申请的精神和范围以及附加的权利要求的范围内。
实施例I:具有改良的酶活性的突变型DNA聚合酶的识别和特征鉴定
识别了提供如改良的在有游离核苷酸的情况下延伸引物DNA的能力的CS家族聚合酶中的突变。简单地说,该筛选程序中的步骤包括文库生成,突变型酶的表达和部分纯化,需要的性质的酶的筛选,DNA测序,克隆纯化,和进一步的选择的候选突变体的特性鉴定,以及来自选择的突变体的突变组合的产生、纯化和特性鉴定。这些步骤中的每一个都进一步描述于下文。
通过该方法识别的突变包括单独或以不同组合的S671F、D640G、Q601R和I669F。这些突变位于若干CS家族聚合酶,包括G46E CS5、G46E L329A CS5、G46E E678G CS5和G46E L329A E678G CS5。这些突变型聚合酶中的一些列于表2。其它示例性的已经获得的突变型聚合酶包括CS6 G46E Q601R D640G S671F E678G DNA聚合酶和某些栖热菌种Z05 DNA聚合酶突变体。产生的突变型聚合酶通过在一系列动态热循环(KTC)实验中分析它们的性能来鉴定。
表2.示例性的CS5突变型DNA聚合酶
G46E D640G |
G46E S671F E678G |
G46E S671F |
G46E D640G S671F E678G |
G46E Q601R D640G |
G46E Q601R D640G S671F E678G |
G46E D640G S671F |
G46E L329A Q601R E678G |
G46E Q601R D640G S671F |
G46E L329A D640G E678G |
G46E L329A D640G |
G46E L329A S671F E678G |
G46E L329A Q601R D640G S671F |
G46E L329A Q601R S671F E678G |
G46E L329A S671F |
G46E L329A D640G S671F E678G |
G46E L329A Q601R D640G |
G46E L329A Q601R D640G S671F E678G |
G46E L329A D640G S671F |
G46E L329A D640G I669F S671F E678G |
L329A D640G |
L329A Q601R E678G |
L329A D640G S671F |
L329A S671F E678G |
L329A Q601R D640G S671F |
S671F |
L329A S671F |
D640G S671F |
D640G |
Q601R D640G S671F |
经识别的突变S671F、D640G、Q601R和I669F导致如改良的延伸已经引发的模板的能力。在E678G突变的特定背景中,其容许核糖核苷酸及其他2′-修饰的核苷酸的掺入,但是其也导致延伸已经引发的模板的能力的削弱,S671F、D640G、Q601R和I669F突变改善该削弱的引物延伸能力的性质。识别的突变,尤其是单独的S671F和S671F加上D640G,当位于G46E CS5和G46E L329A CS5 DNA聚合酶中时也显示改良的逆转录效率。本发明的突变型DNA聚合酶的其它性质进一步描述于下。
克隆文库生成:使编码CS5 E678G DNA聚合酶的聚合酶结构域的核酸在包含该核酸序列的质粒的Bgl II和Hind III限制性位点之间经受易错(诱变)PCR。使用从1.8-3.5mM的范围的Mg+2浓度进行PCR,以便产生具有相应范围突变率的文库。缓冲液条件是:50mM N-二[羟乙基]甘氨酸pH 8.2,115mM KOAc,8%w/v甘油,0.2mM每种dNTPs和0.2X SYBR Green I。以0.15U/μl使用GeneAmp AccuRT热启动PCR酶。以每50μl反应体积5×105拷贝的线性化CS5 E678G质粒DNA起始,进行30循环的扩增,使用60℃的退火温度15秒,72℃的延伸温度45秒,以及95℃的变性温度15秒。
产生的扩增子经过Qiaquick旋转柱(Qiagen,Inc.Valencia,CA,USA)纯化,用Bgl II和Hind III切割,然后重新纯化。载体质粒,在BglII和HindIII位点之间的聚合酶结构域携带大段缺失的G46E L329ACS5修饰,通过用相同的两种限制酶切割并用小牛肠磷酸酶(CIP)处理来制备。切开的载体和突变的***片段以不同的比率混合并用T4连接酶在15℃处理整夜。纯化连接产物并用电穿孔法将其转化入大肠杆菌宿主菌株。
将表达培养物的等分样品覆盖在氨苄青霉素选择培养基上以便测定在各转化中单个转化体的数目。在有甘油作为冷冻保护剂的情况下,将各诱变率下具有最多单个转化体的转化存储于-70到-80℃。
然后把各文库涂布在大号氨苄青霉素选择性琼脂平板上。用自动菌落挑选机(QPix2,Genetix Ltd)把单菌落转入包括含氨苄青霉素和10%w/v甘油的2X Luria肉汤的384孔板中。这些平板于30℃孵育整夜,让培养物生长,然后存储于-70到-80℃。加到2X Luria肉汤中的甘油量足够低以容许培养物生长,然而足够高以提供冷冻保护。用这种方法制备了用于随后使用的若干诱变(Mg+2)水平下的数千个菌落。
提取物文库制备部分1——发酵:从上述克隆文库制备适于筛选目的的部分纯化提取物的相应文库。该程序的第一步是制备各克隆的小规模表达培养物。这些培养物以96孔形式生长;因此每块384孔文库平板有4块表达培养平板。从克隆文库平板的每个孔转移1μl到包含150μl培养基A(参见下面的表3)的96孔种子平板的一个孔。种子平板在iEMS平板孵育器/振荡器(ThermoElectron)中于30℃下在1150rpm振荡整夜。然后这些种子培养物被用于接种相同的培养基,这次在大号96孔板(Nunc#267334)上接种10μl入300μl培养基A中。这些平板于37℃孵育整夜。表达质粒包含转录调控元件,其容许在37℃表达而不能在30℃表达。整夜孵育后,培养物典型地以总细胞蛋白质的1-10%表达克隆蛋白质。通过离心从这些培养物中收获细胞。这些细胞被冻存(-20℃)或如下所述立即处理。
表3.培养基A(使用前过滤灭菌)
成分 |
浓度 |
MgSO4.7H2O |
0.2g/L |
柠檬酸.H2O |
2g/L |
K2HPO4 |
10g/L |
NaNH4PO4.4H2O |
3.5g/L |
MgSO4 |
2mM |
酪蛋白氨基酸 |
2.5g/L |
葡萄糖 |
2g/L |
硫胺素.HCl |
10mg/L |
氨苄青霉素 |
100mg/L |
提取物文库制备部分2——提取:来自发酵步骤的细胞团在30μl裂解缓冲液(下表4)中重悬浮并转入384孔热循环仪平板。注意本缓冲液包含溶菌酶以帮助细胞裂解,和两种核酸酶以从提取物中除去RNA和DNA。使平板经受3个循环的冷冻-解冻(-70℃冷冻,37℃解冻,每一步骤不少于15分钟)以裂解细胞。添加硫酸铵(5μl的0.75M溶液)并在75℃孵育平板15分钟以便沉淀和失活污染蛋白质,包括外源添加的核酸酶。平板于3000×g离心15分钟然后把上清液转入新的384孔热循环仪平板。这些提取物平板于-20℃冻存以用于随后的筛选。每孔包含大约0.5-3μM的突变型文库聚合酶。
表4.裂解缓冲液
成分 |
浓度或百分比 |
Tris pH 8.0 |
20mM |
EDTA |
1mM |
MgCl2 |
5mM |
TLCK |
1mM |
亮抑酶肽 |
1μg/ml |
PefabloC |
0.5mg/ml |
Tween 20 |
0.5%v/v |
溶菌酶(粉末) |
2mg/ml |
RNase |
0.025mg/ml |
DNase I |
0.075单位/μl |
为改良的延伸速率筛选提取物文库:M13mp18单链DNA(M13;GenBank登录号X02513),用具有如下序列的寡核苷酸引发:5’-GGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGC-3’(SEQ ID NO:72)
作为延伸试验筛选的模板分子。把0.5-1.0μl提取物添加到384孔PCR平板上的10-20μl包含0.5-1nM已经引发的M13模板的反应母液中。已经引发的模板的延伸用CCD照相机在改进的动态热循环仪中每10-30秒检测(见Watson,上文)。典型的反应母液列于如下。母液总是包括金属离子,通常是1-4mM的镁,全部4种dNTPs或dNTP类似物的混合物,控制pH和离子强度的缓冲剂成分,典型是25mM两性离子缓冲剂(Tricine)pH 8.3/35mM KOAc,以及0.6×的SYBR Green I(分子探针),其容许引物链延伸的荧光检测。为了从本底荧光中辨别延伸衍生的荧光,实验中包括引物链延伸被阻止的平行孔,例如,通过添加诸如EDTA的金属螯合剂或从反应母液中除去核苷酸。
为了找到在有核糖核苷酸的情况下具有改良的核酸延伸速率的突变型酶,使用上述方法在存在及缺少核糖核苷酸的情况下运行延伸反应并比较产生的延伸速率。添加高水平的核糖核苷酸(例如rATP和dATP的50∶50混合物)降低亲本酶G46E L329A E678G CS5的延伸速率。在该筛选中识别出展现降低的核糖核苷酸抑制水平的突变体提取物。在数千提取物的规模上进行初步的筛选。选择最高的若干百分比的提取物用于重新筛选。相应于最高的提取物的培养孔被取样到新鲜的生长培养基并重新生长以产生包含所有最高的生产者的新的培养平板,以及用于比较的若干亲本的培养物。然后把这些培养平板送入相同的筛选程序,以得到更多的关于候选突变体的数据。在该第二轮筛选之后,相对小数目的提取物看起来仍然一致地显示出相对于亲本克隆的改良的延伸速率。这些克隆被选择用于进一步的测试。首先把它们在选择性琼脂平板上划线以确保克隆的纯净,然后对聚合酶基因突变的区域的DNA序列进行测序以确定存在于任何单个克隆的突变。与该工作并行地,在摇瓶培养中生产充足的突变型酶,以类似于制备初步提取物的方式部分纯化后用基于凝胶的光密度测定法测定其浓度。这些定量的提取物在用于筛选的条件下与相等蛋白质浓度的亲本酶相比较。该最终筛选保证观察到的差异不是简单的蛋白质浓度效应。
在最后一轮筛选之后,4个克隆在有核糖核苷酸的情况下看起来仍然具有改良的延伸速率。确定编码相对于亲本菌株的下列氨基酸变化的这4个克隆的序列:
克隆1:S553T D640G D664G E830A
克隆2:S671F
克隆3:F557L I669F
克隆4:Q601R Y739C V749A
对于克隆2,很明显S671F突变必然决定着观察到的表型,因为它是该克隆中的唯一氨基酸突变。对于其它3个克隆,起初不可能断定哪个突变,或突变的组合决定着观察到的表型。因此,使用限制性片断交换把来自突变型质粒的DNA与亲本质粒组合,从而使单独的突变彼此分离。在要分离的突变之间存在载体独特的限制性位点的情况下这是容易实现的。对于克隆1,上述位点存在于全部4个突变之间,相应地可能制备分别包含每个突变的质粒以及携带4个原始突变中任何2个或3个的其他质粒。对于克隆4,在Y739C和V749A之间没有上述位点,但是在Q601R和Y739C之间有一个位点。因此可能制备编码仅仅携带Q601R突变的聚合酶的质粒DNA,和另一个携带Y739C/V749A组合的质粒。
把这些新的质粒转化入大肠杆菌宿主,并表达、纯化到同质和定量聚合酶蛋白质。把这些产生的新的突变型酶在原始筛选条件下与亲本型和原始的突变型酶相比。从该数据很清楚地看出突变D640G单独地决定突变体克隆1改良的表型,突变I669F决定着突变体克隆3中的改良,而突变Q601R决定着突变体克隆4中的改良。
然后把这些活性突变彼此结合,并移入不同的CS型主链(参见,例如,上文的表2),如上所述,再次用限制性片断交换来创造需要的表达质粒,然后把质粒转化入大肠杆菌宿主,最后表达、纯化到同质和定量突变型聚合酶。在有核糖核苷酸的情况下测试这些新组合的突变体延伸已经引发的M13 DNA的能力。有趣地,发现组合突变D640G、S671F和Q601R相对于只携带单一突变的克隆产生的延伸速率增加。测试的二重组合突变体,包括D640G S671F和Q601R S671F,也显示出相对于只携带单一突变的菌株的改良的延伸速率。此外,组合突变体也证明了与亲本型相比,当只存在dNTPs时在已经引发的M13 DNA上的改良的延伸速率,以及还观察到当延伸速率实验在低的酶浓度或相对高的盐浓度下进行时,相对于亲本型的改良程度最大。当把组合突变移到没有包括核糖掺入突变(riboincorporating mutation)E678G的遗传主链时这些观察结果被重复。令人惊讶地,甚至在E678背景下,单独的突变型酶和组合突变型酶甚至比它们的相应E678“亲本”“更快”。本发明的突变型聚合酶的这些和其它特征进一步于下列实施例中阐明。
实施例II:G46E L329A E678G CS5突变型DNA聚合酶在变化的盐浓度
下的性质
G46E L329A E678G CS5 DNA聚合酶的各种突变体的核酸延伸速率在有90%核糖腺苷三磷酸(ribo ATP或rATP)的情况下测定。反应混合物包含25mM两性离子缓冲剂pH 8.3,20mM(图4)或60mM(图5)KOAc,3mM MgCl2,2.5%v/v存储缓冲液(50%v/v甘油,100mMKCl,20mM Tris pH 8.0,0.1mM EDTA,1mM DTT,0.5%Tween 20),1%DMSO,1×SYBR Green I,0.5nM已经引发的M13,和5nM酶。核苷酸以0.1mM dGTP、0.1mM dTTP、0.1mM dCTP、0.01mM dATP和0.09mM ribo ATP的终浓度加入。不包含核苷酸的并行反应也被建立。全部反应以20μl体积一式四份地运行于384孔热循环仪平板上。已经引发的M13模板的延伸在动态热循环仪中于64℃下用荧光检测,每10秒获取读数。算出相同反应的重复实验的平均数并减去并行的阴性核苷酸反应。从产生的数据中用线性回归分析估算延伸速率。
如上面指出的,图4和5显示从这些分析中获得的结果。例如,图4和5阐明当核糖核苷酸存在于反应混合物并掺入到DNA模板上时,改良的核酸延伸速率源于此处描述的各种突变体。进一步显示,例如,当某些突变组合在单个突变型酶中时,甚至观察到进一步的延伸速率改良。
实施例III:G46E L329A CS5 DNA聚合酶突变体在变化的盐浓度下的性
质
G46E L329A CS5 DNA聚合酶的各种突变体,以及栖热菌种Z05DNA聚合酶及其截短型deltaZ05 DNA聚合酶(参见,例如,1995年10月3日授予Abramson等的名为″Mutated thermostable nucleic acidpolymerase enzyme from Thermus species Z05″的美国专利号5,455,170和1997年10月7日授予Abramson等的名为″DNA encoding thermostablenucleic acid polymerase enzyme from thermus species Z05″的美国专利号5,674,738)的核酸延伸速率被测定。反应混合物包含25mM两性离子缓冲剂pH 8.3,0mM(图6)或60mM(图7)KOAc,3mM MgCl2,2.5%v/v存储缓冲液(50%v/v甘油,100mM KCl,20mM Tris pH 8.0,0.1mM EDTA,1mM DTT,0.5%Tween 20),1%DMSO,1×SYBR GreenI,0.5nM已经引发的M13,和5nM酶。核苷酸以0.1mM dGTP、0.1mMdTTP、0.1mM dCTP和0.1mM dATP的终浓度加入。不包含核苷酸的并行反应也被建立。全部反应以20μl体积一式四份地运行于384孔热循环仪平板上。已经引发的M13模板的延伸在动态热循环仪中于64℃下用荧光检测,每10秒获取读数。算出相同反应的重复实验的平均数并减去并行的阴性核苷酸反应。从产生的数据中用线性回归分析估算延伸速率。
显示于图6和7的数据阐明,例如,甚至当核糖核苷酸不存在于反应混合物,以及甚至在没有包括核糖核苷酸掺入突变E678G的遗传主链中,此处描述的某些突变引起改良的核酸延伸速率。进一步显示,例如,当突变在单一突变型酶中组合时该速率改良甚至更大。
实施例IV:盐浓度对各种突变型CS5 DNA聚合酶的延伸速率的效果
G46E L329A CS5 DNA聚合酶的各种突变体,以及栖热菌种Z05DNA聚合酶及其截短型deltaZ05 DNA聚合酶的核酸延伸速率被测定。反应混合物包含25mM两性离子缓冲剂pH 8.3,0-100mM KOAc,3mM MgCl2,2.5%v/v存储缓冲液(50%v/v甘油,100mM KCl,20mMTris pH 8.0,0.1mM EDTA,1mM DTT,0.5%Tween 20),1%DMSO,1×SYBR Green I,0.5nM已经引发的M13,以及25nM(图8)或5nM(图9)的酶。核苷酸以0.1mM dGTP、0.1mM dTTP、0.1mM dCTP和0.1mM dATP的终浓度加入。不包含核苷酸的并行反应也被建立。全部反应以20μl体积一式四份地运行于384孔热循环仪平板上。已经引发的M13模板的延伸在动态热循环仪中于64℃下用荧光检测,每10秒获取读数。算出相同反应的重复实验的平均数并减去并行的阴性核苷酸反应。从产生的数据中用线性回归分析估算延伸速率。
显示于图6和7的数据连同其它性质一道阐明,例如,此处描述的某些突变体给予的增加的核酸延伸速率在很宽的盐和酶浓度范围内保持,以及这些突变给予在包含完全校正活性的遗传背景中增加的延伸速率。
实施例V:各种突变型CS5 DNA聚合酶在RT-PCR中的使用
基于Mg2+的RT:在有Mg+2的情况下评估单独的和组合的突变Q601R、D640G和S671F对PCR和RT-PCR效率的影响。反应都包括下列成分:50mM两性离子缓冲剂pH 8.0,2.5mM Mg(OAc)2,6%v/v存储缓冲液(50%v/v甘油,100mM KCl,20mM Tris pH 8.0,0.1mMEDTA,1mM DTT,0.2%Tween 20),0.2×SYBR Green I,0.02单位/μlUNG,dATP,dCTP和dGTP各0.2mM,dUTP 0.3mM,dTTP 0.03mM,以及每种引物200nM,其中引物在3′-末端包含2′-氨基-C。
酶按它们预先测定的浓度和KOAc最适条件使用。这些在表5中给出。
表5.
聚合酶 |
Pol(nM) |
KOAc(mM) |
|
聚合酶 |
Pol(nM) |
KOAc(mM) |
G |
236 |
25 |
|
GL |
236 |
25 |
GD |
59 |
50 |
|
GLD |
59 |
50 |
GS |
118 |
25 |
|
GLS |
118 |
25 |
GDS |
23.6 |
25 |
|
GLDS |
23.6 |
25 |
GQDS |
23.6 |
100 |
|
GLQDS |
23.6 |
100 |
每种酶都与106拷贝/50μl反应的DNA模板(pAW109质粒DNA)和106拷贝/50μl反应的RNA模板(pAW109转录物)一起测试。反应在动态热循环仪(ABI 5700thermalcycler)中进行。热循环参数为:50℃2分钟;65℃45分钟;93℃1分钟;然后40循环的:93℃15秒和65℃30秒。分析荧光数据以测定Ct值(在基线以上荧光的出现)(图10)。更具体地说,显示于图10的数据(也参见图11)连同其它性质一道阐明,例如,相对于相应的亲本或非突变型酶,单独的或组合的此处描述的突变改良了突变型酶的Mg2+活化的逆转录活性的效率。例如,当逆转录允许的时间缩短至5分钟时,GLDS酶表现良好,如图11(涉及下列其它的)所示。
RT时间缩短的基于Mg2+的RT:使用45分钟或者5分钟的RT时间,在有Mg+2的情况下评估单独的和组合的突变Q601R、D640G和S671F对RT-PCR效率的影响。反应都包括下列成分:50mM两性离子缓冲剂pH 8.0,2.5mM Mg(OAc)2,6%v/v存储缓冲液(50%v/v甘油,100mM KCl,20mM Tris pH 8.0,0.1mM EDTA,1mM DTT,0.2%Tween20),1%DMSO,0.2×SYBR Green I,0.02单位/μl UNG,dATP、dCTP和dGTP各0.2mM,dUTP 0.3mM,dTTP 0.03mM,以及每种引物200nM,其中引物在3′-末端包含2′-氨基-C。
酶按它们预先测定的浓度和KOAc最适条件使用。这些在表6和7中给出:
表6.45分钟RT时间:
聚合酶 |
Pol(nM) |
KOAc(mM) |
|
聚合酶 |
Pol(nM) |
KOAc(mM) |
G |
236 |
25 |
|
GL |
236 |
25 |
GD |
59 |
50 |
|
GLD |
59 |
50 |
GS |
118 |
25 |
|
GLS |
118 |
25 |
GDS |
23.6 |
25 |
|
GLDS |
23.6 |
25 |
GQDS |
23.6 |
100 |
|
GLQDS |
23.6 |
100 |
表7.5分钟RT时间:
聚合酶 |
Pol(nM) |
KOAc(mM) |
|
聚合酶 |
Pol(nM) |
KOAc(mM) |
G |
118 |
25 |
|
GL |
236 |
55 |
GD |
~ |
~ |
|
GLD |
94.4 |
50 |
GS |
118 |
25 |
|
GLS |
118 |
25 |
GDS |
23.6 |
25 |
|
GLDS |
106.2 |
50 |
GQDS |
~ |
~ |
|
GLQDS |
23.6 |
100 |
~表示该条件没有进行
每种酶都与106拷贝/50μl反应的RNA模板(pAW109转录物)一起测试。反应在动态热循环仪(ABI 5700)中进行。热循环参数为:50℃2分钟;65℃5分钟或45分钟;93℃1分钟;然后40循环的:93℃15秒和65℃30秒。分析荧光数据以测定Ct值(在基线以上荧光的出现)(图11)。
RT时间缩短的基于Mn2+的RT:使用45分钟或者5分钟的RT时间,在有Mn+2的情况下评估单独的和组合的突变Q601R、D640G和S671F对RT-PCR效率的影响。反应都包括下列成分:50mM两性离子缓冲剂pH 8.0,1mM Mn(OAc)2,6%v/v存储缓冲液(50%v/v甘油,100mM KCl,20mM Tris pH 8.0,0.1mM EDTA,1mM DTT,0.2%Tween20),1%DMSO,0.2×SYBR Green I,0.02单位/μl UNG,dATP、dCTP和dGTP各0.2mM,dUTP 0.3mM,dTTP 0.03mM,以及每种引物200nM,其中引物在3′-末端包含2′-氨基-C。
酶按它们预先测定的浓度和KOAc最适条件使用。这些在表8和9中给出:
表8.45分钟RT时间:
聚合酶 |
Pol(nM) |
KOAc(mM) |
|
聚合酶 |
Pol(nM) |
KOAc(mM) |
G |
236 |
55 |
|
GL |
236 |
55 |
GD |
~ |
~ |
|
GLD |
59 |
55 |
GS |
118 |
55 |
|
GLS |
118 |
55 |
GDS |
23.6 |
55 |
|
GLDS |
23.6 |
70 |
GQDS |
23.6 |
100 |
|
GLQDS |
23.6 |
100 |
表9.5分钟RT时间:
聚合酶 |
Pol(nM) |
KOAc(mM) |
|
聚合酶 |
Pol(nM) |
KOAc(mM) |
G |
~ |
~ |
|
GL |
354 |
68 |
GD |
~ |
~ |
|
GLD |
~ |
~ |
GS |
~ |
~ |
|
GLS |
59 |
55 |
GDS |
~ |
~ |
|
GLDS |
23.6 |
70 |
GQDS |
59 |
100 |
|
GLQDS |
11.8 |
100 |
~表示该条件没有进行
每种酶都与105拷贝/50μl反应的RNA模板(pAW109转录物)一起测试。反应在动态热循环仪(ABI 5700)中进行。热循环参数为:50℃2分钟;65℃5分钟或45分钟;93℃1分钟;然后40循环的:93℃15秒和65℃30秒。分析荧光数据以测定Ct值(在基线以上荧光的出现)(图12)。更具体地说,显示于图12的数据连同其它性质一道阐明,例如,改良的Mn2+活化的逆转录效率由单独的或组合的此处描述的特定突变引起,并且当提供用于逆转录的时间缩短时这种改良增强。
实施例VI:使用低水平核糖核苷三磷酸掺入产生的断裂
使PCR产物断裂有时是有用的,例如当在基于杂交的试验中分析产物时。如果核糖核苷酸已经掺入PCR产物,断裂可以用碱和热处理轻易地完成。对于上述应用相对低水平的核糖取代足以获得最适长度的片段。各种突变型DNA聚合酶产生长度为1kb的核糖取代的PCR产物的能力在下面的实施例中证明。
反应混合物由100mM两性离子缓冲剂pH 8.3,75mM KOAc,5%v/v甘油,2.5mM Mg(OAc)2,50nM酶,0.1%v/v DMSO,和2.5%v/v酶存储缓冲液(50%v/v甘油,100mM KCl,20mM Tris pH 8.0,0.1mMEDTA,1mM DTT,0.5%Tween 20)组成。测试了dNTPs和rNTPS的各种混合物。在所有情况下,rATP和dATP的总量为200μM,dCTP和rCTP以及dGTP和rGTP的总量也是。dTTP和rTTP的总量为40μM,而dUTP和rUTP的总量为360μM。在该分析中共同添加全部4种rNTPS最高达总数的10%(参见图13A和B的″rNTP系列″(%rNTP在凝胶相应的泳道上方标明)),或者单独添加rATP最高达总数的50%(参见图13A和B的″rATP系列″(%rATP在凝胶相应的泳道上方标明))。测试的酶是GQDSE、CS6-GQDSE、GLQDSE、GDSE、GLDSE、GLDE、GE以及GL和GLE的4∶1混合物(G=G46E,L=L329A,Q=Q601R,D=D640G,S=S671F,E=E678G)。
反应混合物包含用于从M13模板产生1kb产物的引物。引物以每种200nM使用,其中所述引物在3′-末端包含2′-氨基-C。每100μl反应液添加106拷贝的M13 DNA。
反应在ABI 9700热循环仪中运行。热循环参数为50℃15秒;92℃1分钟;然后30循环的:92℃15秒和随后62℃4分钟的延伸步骤。在测试的各种条件下制备全长扩增子的能力通过琼脂糖凝胶电泳测定,在2%的egel-48(invitrogen)上每泳道上样5μl的每种反应液(图13A和13B)。更具体地说,这些图显示,例如,此处描述的某些突变型酶在反应混合物中存在比相应的亲本或非突变型G46E CS5R酶更高水平的核糖核苷酸下能够生产全长(1kb)扩增子。例如,GL CS5和GLE酶的混合物在该实施例试验的最高水平的核糖核苷酸下制备扩增子,但是因为GL CS5聚合酶不能掺入核糖核苷酸,这些扩增子中含有掺入扩增子的核糖核苷酸水平相对较低。
然后按如下使这些扩增子断裂:2μl扩增子在0.3N NaOH和20mMEDTA中稀释27.5×,然后于98℃加热10分钟。通过添加2.5μl 6N HCl中和断裂的扩增子。为测定达到的断裂程度,在断裂前后使用不含UNG的定量PCR比较扩增子的内部片段的拷贝数。由于断裂观察到的循环延迟是断裂程度(以及核糖核苷酸掺入)的指标。增加的核糖核苷酸掺入导致Ct延迟增加。对于该扩增,反应混合物由100mM两性离子缓冲剂pH 8.3,50mM KOAc,5%v/v甘油,2.5mM Mg(OAc)2,20nM GQDS,0.5%DMSO,0.1×SYBR Green I,2.5%v/v酶存储缓冲液(50%v/v甘油,100mM KCl,20mM Tris pH 8.0,0.1mM EDTA,1mM DTT,0.5%Tween 20),dCTP、dGTP和dATP各200μM,dUTP 360μM,和dTTP40μM组成。反应混合物用于从断裂的和未断裂的扩增子产生340bp的产物,自用于断裂的稀释液再10,000倍稀释这些模板。引物序列以每种200nM使用,其中所述引物在3′-末端包含2′-氨基-C。
反应在动态热循环仪中以每反应20μl运行于384孔板上。热循环参数为:50℃15秒;92℃1分钟;然后46循环的:92℃15秒和随后62℃1分钟的延伸步骤。测定阈Ct并比较相应的断裂的和未断裂的Ct,从而对于各酶/测试的rNTP条件产生delta Ct。在该实施例中,掺入NTP的数量(反映改良的在有dNTPs的情况下掺入NTPs的能力)越大,deltaCt或碱诱导断裂后的Ct延迟越大。这些显示于图14A和14B。数据显示,例如,本发明的突变型酶在产生具有提高程度的核糖核苷酸取代的PCR产物中ATP或NTP的掺入方面是优越的。把任何示范性的酶与亲本混合物“GL/GLE”或与“C5R”比较。增加的断裂来源于增加的核糖核苷酸掺入和改良的在脱氧核苷酸存在下掺入限制浓度的核糖核苷酸的能力。
杂交试验经常涉及将生物素连接到检测的分子。因此把生物素掺入进PCR产物是有用的。如果生物素被连接到核糖核苷酸,每个片段(除3′最末端的片段,其通常与其它引物互补因此不能提供信息)将携带单一的生物素部分,这将导致每一片段产生相等信号。
测定了各种酶将与生物素连接的核糖核苷酸掺入进PCR产物中的能力,如下所述。反应混合物由100mM两性离子缓冲剂pH 8.3,75mMKOAc,5%v/v甘油,2.5mM Mg(OAc)2,50nM酶,0.1%DMSO,2.5%v/v酶存储缓冲液(50%v/v甘油,100mM KCl,20mM Tris pH 8.0,0.1mM EDTA,1mM DTT,0.5%Tween 20),dCTP+类似物、dGTP和dATP各200μM,dUTP 360μM,以及dTTP 40μM组成。测试了最高达总量40%的rCTP或最高达总量50%的生物素-LC-rCTP。测试的酶(CS5聚合酶)是GE、GQDSE、GDSE以及GL和GLE的4∶1混合物(G=G46E,L=L329A,Q=Q601R,D=D640G,S=S671F,E=E678G)。
反应混合物用于通过包括2′-氨基-C的每种200nM引物序列从M13模板产生1kb产物。每50μl反应液中添加5×105拷贝M13 DNA。反应在ABI 9700热循环仪中运行。热循环参数为50℃15秒;92℃1分钟;然后30循环的:92℃15秒和随后62℃4分钟的延伸步骤。在各种测试条件下产生全长扩增子的能力通过琼脂糖凝胶电泳测定,在2%egel-48(Invitrogen)上每泳道每种反应液上样5μl(图15A和B)。更具体地说,图15A和B显示,例如,突变型GQDSE和GDSE都能比相应的亲本或非突变型G46E CS5R酶在更高水平的rCTP和生物素化的rCTP中产生扩增子。更进一步地虽然GL/GLE混合物可以产生扩增子,这些扩增子将具有低水平的rCTP或生物素化的rCTP掺入,因为GL酶不能掺入这些化合物。
然后按如下使这些扩增子断裂:2μl扩增子在0.3N NaOH和20mMEDTA中稀释27.5×,然后于98℃加热10分钟。通过添加2.5μl 6N HCl中和断裂的扩增子。为测定达到的断裂程度,在断裂前后使用不含UNG的定量PCR比较扩增子的内部片段的拷贝数。由于断裂观察到的循环延迟是断裂程度(以及核糖核苷酸掺入)的指标。因而增加的核糖核苷酸掺入导致Ct延迟增加。对于该扩增,反应混合物由100mM两性离子缓冲剂pH 8.3,50mM KOAc,5%v/v甘油,2.5mM Mg(OAc)2,20nMGQDS,0.5%DMSO,0.1×SYBR Green I,2.5%v/v酶存储缓冲液(50%v/v甘油,100mM KCl,20mM Tris pH 8.0,0.1mM EDTA,1mM DTT,0.5%Tween 20),dCTP、dGTP和dATP各200μM,dUTP 360μM,和dTTP 40μM组成。反应混合物用于从断裂的和未断裂的扩增子产生340bp的产物,自用于断裂的稀释液再10,000倍稀释这些模板。引物序列以每种200nM使用,其中每个引物都包含2′-氨基-C。
反应在动态热循环仪中以每反应20μl运行于384孔板上。热循环参数为:50℃15秒;92℃1分钟;然后46循环的:92℃15秒和随后62℃1分钟的延伸步骤。测定阈Ct并比较相应的断裂的和未断裂的Ct,从而对于各酶/测试的rNTP条件产生delta Ct。这些显示于图16A和16B。更具体地说,图16A和16B阐明,例如,当使用rCTP或者生物素化的rCTP时用突变型酶可以增加断裂程度,因为它们比相应的亲本酶能产生具有更高水平的核糖核苷酸掺入的扩增子。
实施例VII:焦磷酸解作用活化的聚合
比较了G46E L329A E678G CS5 DNA聚合酶和G46E L329A D640S671F E678G CS5 DNA聚合酶执行焦磷酸解作用活化的聚合(“PAP”)的能力。反应缓冲液由100mM两性离子缓冲剂pH 8.0,2.5-50mMG46E L329A E678G CS5 DNA聚合酶或2.5-50mM G46E L329A D640GS671F E678G CS5 DNA聚合酶,50nM KOAc,10%v/v甘油,0.04U/μlUNG,4mM Mg(OAc)2,1%DMSO,0.2×SYBR Green I,2.5%v/v酶存储缓冲液(50%v/v甘油,100mM KCl,20mM Tris pH 8.0,0.1mMEDTA,1mM DTT,0.5%Tween 20),dATP、dCTP和dGTP各0.2mM,dUTP 0.4mM,和100μM焦磷酸盐组成。交叉滴定M13模板和酶。使用的M13浓度为每20μl反应液0、104、105和106拷贝。使用的酶浓度为2.5nM、5nM、10nM、15nM、20nM、25nM、35nM和50nM。反应在384孔热循环仪中一式三份设置,使用下列循环参数:50℃2分钟;90℃1分钟;然后46循环的:90℃15秒和随后62℃的延伸温度60秒。
一条引物在3′-末端包含2′-氨基-C,另一条引物在3′-末端包含2′-PO4-A(即2′-终止核苷酸)。以每种0.1μM添加到反应混合物的这些引物将从M13模板产生348bp的产物。然而,在第二条引物3′末端的2′-PO4-A残基有效地产生终止剂效果。为了用作引物,它必须被焦磷酸解切除末端残基活化。
分析荧光数据以测定elbow值(C(t))(在基线上荧光的出现)。G46E L329A E678G CS5 DNA聚合酶的C(t)值显示于图17。G46E L329AD640G S671F E678G CS5 DNA聚合酶的C(t)值显示于图18。更进一步地,图17和18显示,例如,使用突变型酶比相应的非突变型或亲本酶在更低的酶浓度下引起更有效的PAP-PCR。凝胶分析表明,该实施例中无模板反应物中的扩增子可能是来源于环境的M13的特定产物。
实施例VIII:选择的突变对栖热菌种Z05 DNA聚合酶延伸速率的影响
通过实施例I描述的筛选分离的若干突变被转入栖热菌种Z05 DNA聚合酶(参见,例如,1995年10月3日授予Abramson等的名为“MUTATED THERMOSTABLE NUCLEIC ACID POLYMERASEENZYME FROM THERMUS SPECIES Z05”的美国专利号5,455,170和1997年10月7日授予Abramson等的名为“DNA ENCODINGTHERMOSTABLE NUCLEIC ACID POLYMERASE ENZYME FROMTHERMUS SPECIES Z05”的美国专利号5,674,738)。首先,相应于这些突变的氨基酸位点通过使用显示于图1的比对测定。这些突变按如下命名:″Q″=T541R;″D″=D580G;而″S″=A610F。通过使用被称为重叠延伸PCR(overlap extension PCR)(参见,例如,Higuchi,R.in PCRProtocols:A Guide to Methods and Applications,ed.Innis,Gelfand,Sninsky and White,Academic Press,1990,和Silver等,“Site-specificMutagenesis Using the Polymerase Chain Reaction”,in“PCR Strategies”,ed.Innis,Gelfand,and Sninsky,Academic Press,1995)的方法把这些突变引入编码Z05 DNA聚合酶的质粒。在该方法中,首先产生两个扩增子,两者分别在诱变位点的上游和下游,所述突变引入每个反应的一条引物。然后使用外侧的非诱变引物组合和重新扩增这些扩增产物。产生的扩增子包含引入的突变以及被设计成横跨载体独特的限制性位点,因此能用于将扩增子克隆进载体质粒DNA。为了便于从可能包含突变型和野生型克隆的混合物的产生的克隆中选择需要的突变,可以按照需要把诊断性限制性位点引入进诱变引物。该程序可能引入由低保真度PCR引起的不需要的突变,因此有必要对产生的克隆进行测序以证实只产生了需要的突变。一旦突变被证实,按照先前描述的限制性片断交换将它们彼此组合或与先前分离的E683R突变(ES112)(参见Smith等于2001年3月30日提交的名为″High temperature reverse transcription usingmutant DNA polymerases″的美国专利申请号20020012970)组合。
用该方法产生的表达质粒被用于按照之前实施例I中的描述制备各种突变体的纯化蛋白质。然后测定各种突变体的核酸延伸速率。反应混合物包含25mM两性离子缓冲剂pH 8.3,100mM KOAc,3mM MgCl2,2.5%v/v存储缓冲液(50%v/v甘油,100mM KCl,20mM Tris pH 8.0,0.1mM EDTA,1mM DTT,0.5%Tween 20),1%DMSO,1×SYBR GreenI,0.5nM已经引发的M13,和5nM酶。核苷酸以0.1mM dGTP、0.1mMdTTP、0.1mM dCTP和0.1mM dATP的终浓度加入。不包含核苷酸的并行反应也被建立。全部反应以20μl体积一式四份地运行于384孔热循环仪平板上。已经引发的M13模板的延伸在动态热循环仪中于64℃下用荧光检测,每10秒获取读数。算出相同反应的重复实验的平均数并减去并行的阴性核苷酸反应。从产生的数据中用线性回归分析估算延伸速率(参见图19)。该数据表明,例如,在一些情况下此处描述的突变在非嵌合栖热菌属DNA聚合酶的背景中也具有有益的效果。
实施例IX:HIV DNA模板滴定
在基因组DNA存在和不存在的情况下进行PAP相关的HIv DNA模板滴定。图20是显示在该分析中变化的反应条件下PCR产物检测的凝胶照片。该数据表明,例如,使用此处描述的封闭引物可以获得相对于不使用那些引物的反应的改良的扩增特异性和灵敏度。
更具体地说,反应是使用ABI 5700序列检测***以下列温度分布进行的:
50℃2分钟
93℃1分钟
93℃,15秒→52℃,4分钟×4循环
90℃,15秒→55℃,4分钟×56循环
下列反应条件为所有反应共有:
母液成分 |
浓度 |
两性离子缓冲剂(pH 8.0) |
100mM |
dATP |
200μM |
dCTP |
200μM |
dGTP |
200μM |
dTTP |
30μM |
dUTP |
300μM |
引物3或引物1 |
200nM |
引物4或引物2 |
200nM |
KOAc |
110mM |
SYBR Green I |
0.2X |
NaPPi |
225μM |
Mg(OAc)2 |
2.5mM |
Tth存储缓冲液(0.2%Tween) |
6%v/v |
GLQDSE CS5 DNA聚合酶 |
10nM |
注意,“GLQDSE CS5 DNA聚合酶”指的是G46E L329A Q601R D640GS671F E678G CS5 DNA聚合酶。进一步注意,″Tth存储缓冲液″包含0.2%Tween 20、20mM Tris pH8.0、0.1mM EDTA、100mM KCl、1mM DTT和50%v/v甘油。此外,每个反应体积用焦碳酸二乙酯(DEPC)处理过的水加到50μl。
变化的反应成分包括非封闭引物(图20中“非封闭引物”表示的反应)和用2′-磷酸-U封闭的引物(即在2′位置包括磷酸基团的2′-终止核苷酸,参见图20中“封闭的引物”表示的反应)。反应也包含(参见图20中“25ng基因组DNA”表示的反应)或者缺乏(参见图20中“净靶”表示的反应)加入到混合物的25ng人类基因组DNA。如同图20中进一步显示的,反应还包含105、104、103、102或101拷贝的包含靶核酸的线性化质粒DNA,其在1μl HIV样品稀释剂(10mM Tris,0.1mM EDTA,20μg/mL Poly A,和0.09%NaN3)中稀释,或者在“阴性(Neg)”反应中还包含1μl HIV样品稀释剂。指定的引物对从质粒DNA扩增170bp的产物。
实施例X:在野生型K-ras质粒模板背景中突变型K-ras质粒模板的扩增
在野生型K-Ras质粒模板背景中扩增各种拷贝数的突变型K-Ras质粒模板,并比较封闭和非封闭引物。图21是显示对于这些反应中使用的各种突变型K-Ras质粒模板拷贝数(X轴)观察到的阈循环(CT)值(y轴)的图表。图21进一步阐明,例如,使用此处描述的封闭引物可以获得改良的分辨力。
反应是使用ABI 5700序列检测***以下列温度分布进行的:
50℃2分钟
93℃1分钟
92℃,15秒→65℃,2分钟×60循环
下列反应条件为所有反应共有:
母液成分 |
浓度 |
两性离子缓冲剂(pH 8.0) |
100mM |
dATP |
200μM |
dCTP |
200μM |
dGTP |
200μM |
dTTP |
30μM |
dUTP |
300μM |
引物7或引物5 |
200nM |
引物8或引物6 |
200nM |
SYBR Green I |
0.1X |
NaPPi |
225μM |
Mg(OAc)2 |
2.5mM |
Ung |
2U |
Tth存储缓冲液(0.2%Tween) |
6%v/v |
GDSE CS5 DNA聚合酶 |
5nM |
线性化的野生型质粒DNA |
106拷贝 |
注意,“GDSE CS5 DNA聚合酶”指的是G46E D640G S671F E678G CS5DNA聚合酶。此外,每个反应体积用DEPC处理过的水加到50μl。
变化的反应成分包括非封闭引物(图21中“非封闭的”表示的反应)和用2′-磷酸-C或2′-磷酸-A封闭的引物(即在2′位置包括磷酸基团的2′-终止核苷酸)。此外,106、105、104、103、102、101或0拷贝(NTC反应)(图21中分别为10e6c、10e5c、10e4c、10e3c、10e2c、10elc和NTC)的线性化突变型K-Ras质粒DNA也被加入反应中。突变型质粒DNA的相关子序列与封闭引物和非封闭引物两者都完全匹配。进一步地,突变型K-Ras质粒DNA在1μl HIV样品稀释剂(见上文)或“NTC”反应中的1μl HIV样品稀释剂(见上文)中稀释。另外,106拷贝的线性化野生型K-Ras质粒DNA存在于所有反应中。野生型K-Ras质粒DNA与突变型质粒DNA除用引物5和7中最末端的3′碱基(dC)产生C:C错配外序列吻合。封闭和非封闭引物对都在突变型线性化质粒模板上产生92bp的扩增子。
实施例XI:用变化浓度的各种酶的K-RAS质粒模板扩增
用变化浓度的各种酶的K-Ras质粒模板进行扩增。图22是显示对于这些反应中使用的各种酶和浓度(x轴)观察到的阈循环(CT)值(y轴)的图表。这些数据显示,例如,使用此处描述的特定酶可以获得改良的PAP扩增效率。
反应是使用ABI 5700序列检测***以下列温度分布进行的:
50℃2分钟
93℃1分钟
92℃,15秒→60℃,2分钟×60循环
下列反应条件为所有反应共有:
母液成分 |
浓度 |
两性离子缓冲剂(pH 8.0) |
100mM |
dATP |
200μM |
dCTP |
200μM |
dGTP |
200μM |
dTTP |
30μM |
dUTP |
300μM |
引物9 |
200nM |
引物10 |
200nM |
SYBR Green I |
0.1X |
NaPPi |
225μM |
Mg(OAc)2 |
2.5mM |
Ung |
2U |
Tth存储缓冲液(0.2%Tween) |
6%v/v |
线性化的K-Ras质粒DNA |
104拷贝 |
反应成分包括用2’-磷酸-U或2’-磷酸-A封闭的引物(即在2’位置包含磷酸基团的2’-终止核苷酸)。引物对在线性化K-Ras质粒模板上产生92bp的扩增子。此外,每个反应体积用焦碳酸二乙酯(DEPC)处理过的水加到50μl。
按如下对每种单独的聚合酶最优化聚合酶浓度和KOAc浓度
聚合酶 |
聚合酶浓度(nM) |
KOAc(mM) |
GLQDSE |
5,10,15,20,30或40nM |
110 |
GLDSE |
5,10,15,20,30或40nM |
25 |
GLE |
5,10,15,20,30或40nM |
25 |
注意,“GLQDSE”指的是G46E L329A Q601R D640G S671F E678G CS5DNA聚合酶,“GLDSE”指的是G46E L329A D640G S671F E678G CS5DNA聚合酶,而“GLE”指的是G46E E678G CS5 DNA聚合酶。
实施例XII:比较非封闭和封闭RT引物的丙型肝炎病毒(HCV)RNA
到cDNA的逆转录(RT)
比较在逆转录反应中的HCV RNA模板上非封闭HCV RT引物的延伸与封闭引物的延伸。这些RT比较是使用各种聚合酶进行的。为说明,图23是显示对于这些使用包含5′-核酸酶探针的实时PCR测量cDNA的反应中使用的各种酶(x轴)观察到的阈循环(Ct)值(y轴)的图表。
下列反应条件为所有RT反应共有:
RT母液成分 |
浓度 |
两性离子缓冲剂pH8.0 |
100mM |
KOAc |
100mM |
DMSO |
4%(v/v) |
引物1或2 |
200nM |
dATP |
200μM |
dCTP |
200μM |
dGTP |
200μM |
dTTP |
30μM |
dUTP |
300μM |
UNG |
0.2单位 |
Mn(OAc)2 |
1mM |
PPi |
175uM |
变化的反应成分包括3’-OH非封闭引物(图23中:3’OH引物(非封闭的)”表示的反应)和用2′-磷酸-A或2’-单磷酸-3’-羟基腺苷酸封闭的引物(即在2′位置包括磷酸基团的2′-终止核苷酸,参见图23中“2’PO4(封闭的)”表示的反应)。进一步地,在cDNA反应中比较下列聚合酶条件(参见图23):
Z05 DNA聚合酶(13nM)
GLQDSE CS5 DNA聚合酶(100nM)和GLQDS CS5 DNA聚合酶(25nM)
GLQDSE CS5 DNA聚合酶(50nM)和GLQDS CS5 DNA聚合酶(50nM
其中“GLQDSE CS5 DNA聚合酶”指的是G46E L329A Q601RD640G S671F E678G CS5 DNA聚合酶,而“GLQDS CS5 DNA聚合酶”指的是G46E L329A Q601R D640G S671F CS5 DNA聚合酶。此外,每个反应体积用焦碳酸二乙酯(DEPC)处理过的水加到20μl。
RT反应在ABI 9600热循环仪中于60℃孵育60分钟。RT孵育后,RT反应在DEPC处理过的水中稀释100倍。用设计来特定测量RT反应中的HCV cDNA产物的基于5′核酸酶探针的实时HCV PCR反应来证实cDNA的存在并定量。这些反应使用ABI Prism 7700序列检测器以下列温度分布进行:
50℃ 2分钟
95℃15秒→60℃1分钟×50循环。
实施例XIII:用于BRAF突变检测的双向PAP
图24显示当进行双向PAP时产生的BRAF癌基因扩增的PCR增长曲线。x轴显示标准化的累积荧光而y轴显示PAP PCR扩增的循环。更具体地说,这些数据在使用3′-末端核苷酸与突变精确位点重叠的2′-终止剂封闭的引物进行决定BRAF癌基因中的V599E密码子改变的T→A突变(参见,Brose等(2002)Cancer Res 62:6997-7000)的突变特异性扩增时产生。当野生型序列特异的引物与野生型靶或突变型靶起反应时,只有野生型靶被检测到。相反地,当突变型序列特异的引物与野生型靶或突变型靶起反应时,只有突变型靶被检测到。
下列反应条件为所有RT反应共有:
成分 |
浓度 |
两性离子缓冲剂pH 8.0 |
100mM |
KOAc |
100mM |
甘油 |
3.5%v/v |
引物F5W或F5M |
200nM |
引物R5W或R5M |
200nM |
dATP |
200μM |
dCTP |
200μM |
dGTP |
200μM |
dTTP |
30μM |
dUTP |
300μM |
UNG |
1单位 |
PPi |
175uM |
GLQDSE |
15nM |
SYBR I/羧基罗丹明 |
11/100,000(0.1×) |
Mg(OAc)2 |
3.0mM |
其中“GLQDSE”指的是G46E L329A Q601R D640G S671F E678G CS5DNA聚合酶。
变化的反应成分包括用2′-磷酸-A、2’-单磷酸-3’-羟基腺苷酸、2′-磷酸-U或2’-单磷酸-3’-羟基尿苷酸封闭的野生型BRAF引物(即在2′位置包括磷酸基团的2′-终止核苷酸,在图24中用“F5W/R5W”标记)。
此外,每个反应体积用DEPC处理过的水加到50μl。野生型反应(在图24中用“WT”标记)包含BRAF野生型序列的线性化DNA质粒而突变型反应(在图24中用“MT”标记)包含BRAF突变型序列的线性化DNA质粒。阴性反应(在图24中用“NEG”标记)包含没有DNA的HIV样品稀释剂(10mM Tris,0.1mM EDTA,20μg/mL Poly A,0.09%NaN3)。PCR中的引物组合产生50bp的扩增子。进一步地,反应使用ABI Prism7700序列检测器在以下列温度分布进行:
50℃ 1分钟
93℃ 1分钟
90℃ 15秒
60℃ 150秒→×60循环。
实施例XIV:荧光PAP释放产物的检测
该预示性的实施例说明了涉及当引物被活化和延伸时封闭引物引起可检测信号产生的PAP活化的实时监控方案。
3’终止的双重标记寡核苷酸引物的构建:
下面的引物QX是包含附加到其自3′末端起第13个核苷酸(A)的猝灭染料分子Black Hole(BHQ)(Biosearch Technologies,Inc.)的DNA寡核苷酸。
QX寡核苷酸引物在溶液中与互补寡核苷酸R1(参见如下)混合,这样它们形成杂交双链体。该双链体进一步与下面表10提供的特别包含荧光素标记的脱氧核糖腺嘌呤四磷酸(即荧光素标记的2′-终止核苷酸)和能够掺入上述标记的四磷酸的DNA聚合酶的试剂混合。参见2004年6月28日提交的名为“SYNTHESIS AND COMPOSITIONS OF2′-TERMINATOR NUCLEOTIDES”的美国专利申请号10/879,494和2004年6月28日提交的名为“2’-TERMINATOR NUCLEOTIDE-RELATEDMETHODS AND SYSTEMS”的美国专利申请号10/879,493。在60℃温度下孵育该混合物,例如,一小时可以使序列QX的3′末端以模板指导的方式延伸核苷酸,结果至少一部分QX寡核苷酸在其3′末端延伸了荧光素标记的脱氧核糖腺嘌呤-2′-磷酸核苷酸,下面以引物QXFAM表示。
表10
母液成分 |
浓度 |
两性离子缓冲剂pH 8.3 |
50mM |
KOAc |
100mM |
甘油 |
8%(w/v) |
引物QX |
10μM |
寡核苷酸R1 |
15μM |
荧光素dA4P |
15μM |
G46E L329A E678G CS5 DNA聚合酶 |
50nM |
Mg(OAc)2 |
2.5mM |
新延长的引物QXFAM使用许多为本领域技术人员所知的纯化方法从上述混合物中纯化。上述能够从该混合物中纯化引物QXFAM的方法的一个例子是高效液相色谱(HPLC)。选择HPLC纯化参数以使引物QXFAM制品基本上不含未延伸的引物QX和荧光素标记的腺嘌呤四磷酸。双重HPLC(反相和阴离子交换HPLC)是已知的纯化上述分子的一种方法。
纯化后,在同一寡核苷酸上包含BHQ猝灭分子和荧光素分子的诸如引物QXFAM的分子通常显示出由于能量被BHQ2“猝灭”分子吸收导致的抑制的荧光素信号。
任意地,引物QXFAM按照,例如,美国专利公开号2007/0219361中的描述化学合成。
本实施例中涉及的序列如下:
引物QX 5’-GCAAGCACCCTATCAQGGCAGTACCACA-3’(SEQ IDNO:73)
(其中Q代表BHQ分子的存在)
R1 3’-PCGTTCGTGGGATAGTCCGTCATGGTGTT-5’(SEQ ID NO:74)
(其中P代表3’磷酸)
引物QXFAM 5’-GCAAGCACCCTATCAQGGCAGTACCACAF-3’(SEQ IDNO:75)
(其中Q代表BHQ分子的存在,而F代表荧光素标记的2’磷酸腺嘌呤)
引物HC2 5’-GCAGAAAGCGTCTAGCCATGGCTTA-3’(SEQ ID NO:76).
PCR中引物的使用。
将上面描述的引物QXFAM与表11中的试剂结合。
表11
成分 |
浓度 |
两性离子缓冲剂pH 8.0 |
100mM |
KOAc |
100mM |
甘油 |
3.5%(v/v) |
DMSO |
5%(v/v) |
引物QXFAM |
150nM |
引物HC2 |
150nM |
dATP |
200μM |
dCTP |
200μM |
dGTP |
200μM |
dTTP |
30μM |
dUTP |
300μM |
UNG |
1单位 |
PPi |
175μM |
GLQDSE |
15nM |
靶序列 |
106拷贝 |
此外,每个反应体积用DEPC处理过的水加到50μl。一些反应包含作为PCR扩增底物的靶序列,而其它的不包含靶。例如,靶可以是与HCV基因组5′UTR区域相同的DNA序列。PCR中这些引物的组合预计产生大约244bp的扩增子。
反应可以使用ABI Prism 7700序列检测器以下列温度分布进行:
50℃ 1分钟
93℃ 1分钟
90℃ 15秒
60℃ 150″→×60循环
为进行上述PCR的改进,荧光素终止的引物QXFAM的PAP活化是必要的,并将导致荧光素标记的脱氧腺嘌呤四磷酸分子的切除。上述释放预计在大约520nm波长产生荧光信号的增加。当PCR进行时,监测大约520nm波长的信号,将期待在那些包含靶核酸的反应中观察到荧光的增加而在不包含靶的反应中没有观察到荧光增加。
实施例XV:D580K、D580L、D580R和D580T突变对Z05 DNA聚合酶
延伸速率的效果
测定了D580位点的各种取代对Z05 DNA聚合酶延伸速率的效果。首先,按照先前描述的,利用重叠PCR技术在Z05 DNA聚合酶上产生突变,并纯化和定量突变型酶。按照上述实施例II及其它地方的描述,使用Mg+2和Mn+2两者都作为金属辅因子,通过检测SYBR Green I荧光的增加来测定在已经引发的M13(单链DNA)模板上的延伸速率。在本实施例中,反应混合物包含50mM两性离子缓冲剂pH 8.3,40mMKOAc,1mM Mn(OAc)2或2.5mM Mg(OAc)2,1.25%v/v存储缓冲液(50%v/v甘油,100mM KCl,20mM Tris pH 8.0,0.1mM EDTA,1mM DTT,0.5%Tween 20),1%DMSO,0.6×SYBR Green I,1.0nM已经引发的M13,和或5nM酶。核苷酸以0.2mM dGTP、0.2mM dTTP、0.2mMdCTP和0.2mM dATP的终浓度加入。不包含核苷酸的并行反应也被建立。全部反应以20μl体积一式四份地运行于384孔热循环仪平板上。已经引发的M13模板的延伸在动态热循环仪中于64℃下用荧光检测,每15秒获取读数。算出相同反应的重复实验的平均数并减去并行的阴性核苷酸反应。从产生的数据中用线性回归分析估算延伸速率。结果显示于下面的表12:
表12
Z05 D580X突变体的延伸速率。
(基于荧光的改变,任意单位)
数据显示Z05DNA聚合酶的位点580的所有5种氨基酸取代都在测试的条件下引起更快的延伸速率。
实施例XVI:RT-PCR中各种突变型Z05 DNA聚合酶的使用
基于Mn2+的RT:在有Mn+2的情况下评估突变D580G、D580K和D580R对于RT-PCR效率的效果。反应都包括下列组分:55mM两性离子缓冲剂pH 8.3,4%v/v甘油,5%v/v DMSO,110mM KOAc,2.7mMMn(OAc)2,3.6%v/v存储缓冲液(50%v/v甘油,100mM KCl,20mM TrispH 8.0,0.1mM EDTA,1mM DTT,0.2%Tween 20),0.04单位/μl UNG,dATP、dCTP、dUTP、dGTP各0.45mM;每种引物750nM,其中每种引物在3’-末端包含叔丁基苯甲基dA;和150nM用环己基-FAM、blackhole猝灭剂(BHQ-2)、3’-磷酸标记的TaqMan探针。两种引物共同在HCV-1B转录物上产生241bp的扩增子。每100μl反应添加105拷贝RNA转录物HCV-1B。
没有转录物的并行反应也被建立。添加每种酶到终浓度为27nM。反应在Roche LC480动态热循环仪中运行。热循环条件为:50℃5分钟(″UNG″步骤);66℃2、5或30分钟(″RT″步骤);2循环的95℃15秒和随后58℃50秒;然后50循环的91℃15秒和随后58℃50秒。
表13显示从由于TaqMan探针切割的FAM信号增加获得的Ct值:
表13
结果显示D580位点的这三种突变容许更短的RT时间同时维持相当的RT效率。
基于Mg2+的RT:比较突变D580G和D580K与ES112(Z05 E683R)在有Mg+2的情况下进行RT-PCR的能力。已知相对于ES112,亲本酶和Z05 DNA聚合酶以显著延迟的Ct值进行基于Mg+2的RT-PCR,在本研究中不重新测试。使用的条件与上述刚描述的一致,除了KOAc改为50mM,Mn(OAc)2替换为2mM Mg(OAC)2,以及酶浓度减为10nM。热循环条件相同,除了只测试了30分钟RT时间。
表14显示从由于TaqMan探针切割的FAM信号增加获得的Ct值:
表14
结果显示D580G突变体以与ES112大致相同的效率进行基于Mg+2的RT PCR,而D580K突变体导致显著提前的Ct值,显示出在这些条件下大大提高的RT效率。
应当理解,此处描述的实施例和实施方式只是用于说明性目的,而且其各种修饰或变化将被启发给本领域技术人员,并包括在本申请的精神和范围以及附加的权利要求的范围内。
序列表
<110>F.Hoffmann-La Roche AG
Roche Diagnostics GmbH
<120>突变型DNA聚合酶及相关方法
<130>23146 WO-KOE
<140>仍未指定
<141>仍未指定
<150>US 60/852,882
<151>2006-10-18
<160>76
<170>PatentIn version 3.3
<210>1
<211>16
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序a
<220>
<221>MOD_RES
<222>(1)
<223>Xaa=Ile或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Leu或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Gln,His或Glu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(4)
<223>Xaa=Tyr,His或Phe
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Glu,Gln或Lys
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ile,Leu或Tyr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(8)
<223>Xaa=Gln,Thr,Met,Gly或Leu之外的任何氨基酸
<220>
<221>MOD_RES
<222>(11)
<223>Xaa=Lys或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(12)
<223>Xaa=Ser或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(15)
<223>Xaa=Ile或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(16)
<223>Xaa=Glu或Asp
<400>1
Xaa Xaa Xaa Xaa Arg Xaa Xaa Xaa Lys Leu Xaa Xaa Thr Tyr Xaa Xaa
1 5 10 15
<210>2
<211>13
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序b
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ser或Thr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(8)
<223>Xaa=Asp,Glu或Asn之外的任何氨基酸
<400>2
Thr Gly Arg Leu Ser Ser Xaa Xaa Pro Asn Leu Gln Asn
1 5 10
<210>3
<211>15
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序c
<220>
<221>MOD_RES
<222>(1)
<223>Xaa=Gly,Asn或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Trp或His
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Trp,Ala,Leu或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(4)
<223>Xaa=Ile或Leu之外的任何氨基酸
<220>
<221>MOD_RES
<222>(5)
<223>Xaa=Val,Phe或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Ser,Ala,Val或Gly之外的任何氨基酸
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ala或Leu
<400>3
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg
1 5 10 15
<210>4
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嗜热栖热菌(Tth)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的聚合酶结构域的
活性位点区域
<400>4
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Thr Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Ser Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Val Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Leu Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>5
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自Thermus caldophilus(Tca)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>5
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Thr Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Ser Leu Val His Pro Asn Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Val Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Leu Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>6
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的聚合酶结构
域的活性位点区域
<400>6
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Thr Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Leu Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>7
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自水生栖热菌(Taq)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的聚合酶结构域的活
性位点区域
<400>7
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln Tyr Arg Glu Leu Thr Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Pro Leu Pro Asp Leu Ile His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Val Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Ile Ala Glu Glu Gly Trp Leu Leu Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>8
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自黄栖热菌(Tf1)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的聚合酶结构域的活性
位点区域
<400>8
Ile Val Asp Arg Ile Leu Gln Tyr Arg Glu Leu Thr Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Pro Leu Pro Ala Leu Val His Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Val Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Glu Gly Trp Val Leu Val
65 70 75 80
Val Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>9
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自丝状栖热菌(Tfi)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的聚合酶结构域的活
性位点区域
<400>9
Ile Val Gly Arg Ile Leu Glu Tyr Arg Glu Leu Met Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Pro Leu Pro Arg Leu Val His Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Val Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Lys Ala Phe Ile Ala Glu Glu Gly His Leu Leu Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>10
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种sps17(sps17)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的聚合酶结构
域的活性位点区域
<400>10
Ile Val Gly Arg Ile Leu Glu Tyr Arg Glu Leu Met Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Pro Leu Pro Arg Leu Val His Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Val Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Lys Ala Phe Ile Ala Glu Glu Gly His Leu Leu Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>11
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自海栖热袍菌(Tma)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的聚合酶结构域的活
性位点区域
<400>11
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Gln Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Ile
65 70 75 80
Val Ser Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>12
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自那不勒斯栖热袍菌(Tne)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的聚合酶结构
域的活性位点区域
<400>12
Ile Val Pro Leu Ile Leu Glu Phe Arg Lys Ile Leu Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Thr Leu Pro Lys Leu Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Phe His Ala Ser Phe His Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asp Trp Trp Ile
65 70 75 80
Val Ser Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>13
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自非洲栖热腔菌(Taf)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的聚合酶结构域的
活性位点区域
<400>13
Ile Ala Lys Leu Leu Leu Glu Tyr Arg Lys Tyr Gln Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ser Ile Pro Leu Ser Ile Asn Arg Lys Thr Asn Arg
20 25 30
Val His Thr Thr Phe His Gln Thr Gly Thr Ser Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asn Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Arg Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala ValArg Pro Gln Arg Gln Asp Trp Trp Ile
65 70 75 80
Leu Gly Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>14
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自热坚芽孢杆菌(Bca)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的聚合酶结构域的
活性位点区域
<400>14
Val Glu Asn Ile Leu Gln His Tyr Arg Gln Leu Gly Lys Leu Gln Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Glu Gly Leu Leu Lys Val Val Arg Pro Asp Thr Lys Lys
20 25 30
Val His Thr Ile Phe Asn Gln Ala Leu Thr Gln Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Thr Glu Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Leu Glu Glu Gly
50 55 60
Arg Lys Ile Arg Gln Ala Phe Val Pro Ser Glu Ser Asp Trp Leu Ile
65 70 75 80
Phe Ala Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>15
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5的聚合酶结构域的活性位点区域
<400>15
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Gln Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Ile
65 70 75 80
Val Ser Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>16
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS6的聚合酶结构域的活性位点区域
<400>16
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Gln Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Ile
65 70 75 80
Val Ser Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>17
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>热稳定DNA依赖的DNA聚合酶的聚合酶结构域活性位点区域一致序列(Cons)
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Val,Ile,Ala或Glu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Glu,Pro,Gly,Asp,Lys或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(4)
<223>Xaa=Leu,Lys,Arg或Ile
<220>
<221>MOD_RES
<222>(5)
<223>Xaa=Ile或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Leu或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Gln,His或Glu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(8)
<223>Xaa=Tyr,His或Phe
<220>
<221>MOD_RES
<222>(10)
<223>Xaa=Glu,Gln或Lys
<220>
<221>MOD_RES
<222>(11)
<223>Xaa=Ile,Leu或Tyr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(12)
<223>Xaa=Gln,Thr,Met,Gly或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(15)
<223>Xaa=Lys或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(16)
<223>Xaa=Ser或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(19)
<223>Xaa=Ile或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(20)
<223>Xaa=Glu或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(21)
<223>Xaa=Pro,Ala,Thr,Ser或Gly
<220>
<221>MOD_RES
<222>(22)
<223>Xaa=Leu或Ile
<220>
<221>MOD_RES
<222>(24)
<223>Xaa=Lys,Arg,Ser,Leu,Ala或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(25)
<223>Xaa=Leu,Met,Val或Ser
<220>
<221>MOD_RES
<222>(26)
<223>Xaa=Val或Ile
<220>
<221>MOD_RES
<222>(27)
<223>Xaa=His,Asn或Arg
<220>
<221>MOD_RES
<222>(28)
<223>Xaa=Pro或Arg
<220>
<221>MOD_RES
<222>(29)
<223>Xaa=Lys,Arg,Asn或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(31)
<223>Xaa=Gly,Lys或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(32)
<223>Xaa=Arg或Lys
<220>
<221>MOD_RES
<222>(33)
<223>Xaa=Leu,Ile,Val或Phe
<220>
<221>MOD_RES
<222>(35)
<223>Xaa=Thr或Ala
<220>
<221>MOD_RES
<222>(36)
<223>Xaa=Arg,Ser,Thr或Ile
<220>
<221>MOD_RES
<222>(38)
<223>Xaa=Asn或His
<220>
<221>MOD_RES
<222>(40)
<223>Xaa=Thr或Ala
<220>
<221>MOD_RES
<222>(41)
<223>Xaa=Ala,Gly或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(43)
<223>Xaa=Ala,Ser或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(50)
<223>Xaa=Ser或Thr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(51)
<223>Xaa=Asp,Glu或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(57)
<223>Xaa=Ile或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(59)
<223>Xaa=Val,Thr或Ile
<220>
<221>MOD_RES
<222>(60)
<223>Xaa=Arg或Lys
<220>
<221>MOD_RES
<222>(61)
<223>Xaa=Thr,Ser或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(62)
<223>Xaa=Pro或Glu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(63)
<223>Xaa=Leu或Glu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(65)
<223>Xaa=Gln,Lys或Arg
<220>
<221>MOD_RES
<222>(66)
<223>Xaa=Arg,Glu或Lys
<220>
<221>MOD_RES
<222>(69)
<223>Xaa=Lys,Arg或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(71)
<223>Xaa=Phe,Ile或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(72)
<223>Xaa=Val,Ile或Arg
<220>
<221>MOD_RES
<222>(73)
<223>Xaa=Ala或Pro
<220>
<221>MOD_RES
<222>(74)
<223>Xaa=Gln或不存在的
<220>
<221>MOD_RES
<222>(75)
<223>Xaa=Glu,Asp或Arg
<220>
<221>MOD_RES
<222>(76)
<223>Xaa=Pro,Glu,Ala,Ser或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(77)
<223>Xaa=Gly,Asp或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(78)
<223>Xaa=Trp或His
<220>
<221>MOD_RES
<222>(79)
<223>Xaa=Trp,Leu,Ala或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(80)
<223>Xaa=Leu或Ile
<220>
<221>MOD_RES
<222>(81)
<223>Xaa=Val,Leu或Phe
<220>
<221>MOD_RES
<222>(82)
<223>Xaa=Ala,Ser,Gly或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(83)
<223>Xaa=Leu或Ala
<220>
<221>MOD_RES
<222>(92)
<223>Xaa=Val或Ile
<400>17
Ile Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Arg Xaa Xaa Xaa Lys Leu Xaa Xaa
1 5 10 15
Thr Tyr Xaa Xaa Xaa Xaa Pro Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Thr Xaa Xaa
20 25 30
Xaa His Xaa Xaa Phe Xaa Gln Xaa Xaa Thr Xaa Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Xaa Xaa Pro Asn Leu Gln Asn Xaa Pro Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Gly
50 55 60
Xaa Xaa Ile Arg Xaa Ala Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
65 70 75 80
Xaa Xaa Xaa Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Xaa
85 90
<210>18
<211>893
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5
<400>18
Met Lys Ala Met Leu Pro Leu Phe Glu Pro Lys Gly Arg Val Leu Leu
1 5 10 15
Val Asp Gly His His Leu Ala Tyr Arg Thr Phe Phe Ala Leu Lys Gly
20 25 30
Leu Thr Thr Ser Arg Gly Glu Pro Val Gln Ala Val Tyr Gly Phe Ala
35 40 45
Lys Ser Leu Leu Lys Ala Leu Lys Glu Asp Gly Tyr Lys Ala Val Phe
50 55 60
Val Val Phe Asp Ala Lys Ala Pro Ser Phe Arg His Glu Ala Tyr Glu
65 70 75 80
Ala Tyr Lys Ala Gly Arg Ala Pro Thr Pro Glu Asp Phe Pro Arg Gln
85 90 95
Leu Ala Leu Ile Lys Glu Leu Val Asp Leu Leu Gly Phe Thr Arg Leu
100 105 110
Glu Val Pro Gly Phe Glu Ala Asp Asp Val Leu Ala Thr Leu Ala Lys
115 120 125
Lys Ala Glu Arg Glu Gly Tyr Glu Val Arg Ile Leu Thr Ala Asp Arg
130 135 140
Asp Leu Tyr Gln Leu Val Ser Asp Arg Val Ala Val Leu His Pro Glu
145 150 155 160
Gly His Leu Ile Thr Pro Glu Trp Leu Trp Glu Lys Tyr Gly Leu Lys
165 170 175
Pro Glu Gln Trp Val Asp Phe Arg Ala Leu Val Gly Asp Pro Ser Asp
180 185 190
Asn Leu Pro Gly Val Lys Gly Ile Gly Glu Lys Thr Ala Leu Lys Leu
195 200 205
Leu Lys Glu Trp Gly Ser Leu Glu Asn Ile Leu Lys Asn Leu Asp Arg
210 215 220
Val Lys Pro Glu Ser Val Arg Glu Arg Ile Lys Ala His Leu Glu Asp
225 230 235 240
Leu Lys Leu Ser Leu Glu Leu Ser Arg Val Arg Ser Asp Leu Pro Leu
245 250 255
Glu Val Asp Phe Ala Arg Arg Arg Glu Pro Asp Arg Glu Gly Leu Arg
260 265 270
Ala Phe Leu Glu Arg Leu Glu Phe Gly Ser Leu Leu His Glu Phe Gly
275 280 285
Leu Leu Glu Glu Ser Glu Pro Val Gly Tyr Arg Ile Val Lys Asp Leu
290 295 300
Val Glu Phe Glu Lys Leu Ile Glu Lys Leu Arg Glu Ser Pro Ser Phe
305 310 315 320
Ala Ile Asp Leu Glu Thr Ser Ser Leu Asp Pro Phe Asp Cys Asp Ile
325 330 335
Val Gly Ile Ser Val Ser Phe Lys Pro Lys Glu Ala Tyr Tyr Ile Pro
340 345 350
Leu His His Arg Asn Ala Gln Asn Leu Asp Glu Lys Glu Val Leu Lys
355 360 365
Lys Leu Lys Glu Ile Leu Glu Asp Pro Gly Ala Lys Ile Val Gly Gln
370 375 380
Asn Leu Lys Phe Asp Tyr Lys Val Leu Met Val Lys Gly Val Glu Pro
385 390 395 400
Val Pro Pro Tyr Phe Asp Thr Met Ile Ala Ala Tyr Leu Leu Glu Pro
405 410 415
Asn Glu Lys Lys Phe Asn Leu Asp Asp Leu Ala Leu Lys Phe Leu Gly
420 425 430
Tyr Lys Met Thr Ser Tyr Gln Glu Leu Met Ser Phe Ser Phe Pro Leu
435 440 445
Phe Gly Phe Ser Phe Ala Asp Val Pro Val Glu Lys Ala Ala Asn Tyr
450 455 460
Ser Cys Glu Asp Ala Asp Ile Thr Tyr Arg Leu Tyr Lys Thr Leu Ser
465 470 475 480
Leu Lys Leu His Glu Ala Asp Leu Glu Asn Val Phe Tyr Lys Ile Glu
485 490 495
Met Pro Leu Val Asn Val Leu Ala Arg Met Glu Leu Asn Gly Val Tyr
500 505 510
Val Asp Thr Glu Phe Leu Lys Lys Leu Ser Glu Glu Tyr Gly Lys Lys
515 520 525
Leu Glu Glu Leu Ala Glu Glu Ile Tyr Arg Ile Ala Gly Glu Pro Phe
530 535 540
Asn Ile Asn Ser Pro Lys Gln Val Ser Arg Ile Leu Phe Glu Lys Leu
545 550 555 560
Gly Ile Lys Pro Arg Gly Lys Thr Thr Lys Thr Gly Asp Tyr Ser Thr
565 570 575
Arg Ile Glu Val Leu Glu Glu Leu Ala Gly Glu His Glu Ile Ile Pro
580 585 590
Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Gln Lys Leu Lys Ser Thr Tyr Ile
595 600 605
Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg Ile His Ala
610 615 620
Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser Ser Ser Asp
625 630 635 640
Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly Lys Glu Ile
645 650 655
Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Ile Val Ser Ala
660 665 670
Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile Leu Ala His Leu Ser Gly Asp
675 680 685
Glu Asn Leu Leu Arg Ala Phe Glu Glu Gly Ile Asp Val His Thr Leu
690 695 700
Thr Ala Ser Arg Ile Phe Asn Val Lys Pro Glu Glu Val Thr Glu Glu
705 710 715 720
Met Arg Arg Ala Gly Lys Met Val Asn Phe Ser Ile Ile Tyr Gly Val
725 730 735
Thr Pro Tyr Gly Leu Ser Val Arg Leu Gly Val Pro Val Lys Glu Ala
740 745 750
Glu Lys Met Ile Val Asn Tyr Phe Val Leu Tyr Pro Lys Val Arg Asp
755 760 765
Tyr Ile Gln Arg Val Val Ser Glu Ala Lys Glu Lys Gly Tyr Val Arg
770 775 780
Thr Leu Phe Gly Arg Lys Arg Asp Ile Pro Gln Leu Met Ala Arg Asp
785 790 795 800
Arg Asn Thr Gln Ala Glu Gly Glu Arg Ile Ala Ile Asn Thr Pro Ile
805 810 815
Gln Gly Thr Ala Ala Asp Ile Ile Lys Leu Ala Met Ile Glu Ile Asp
820 825 830
Arg Glu Leu Lys Glu Arg Lys Met Arg Ser Lys Met Ile Ile Gln Val
835 840 845
His Asp Glu Leu Val Phe Glu Val Pro Asn Glu Glu Lys Asp Ala Leu
850 855 860
Val Glu Leu Val Lys Asp Arg Met Thr Asn Val Val Lys Leu Ser Val
865 870 875 880
Pro Leu Glu Val Asp Val Thr Ile Gly Lys Thr Trp Ser
885 890
<210>19
<211>893
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS6
<400>19
Met Lys Ala Met Leu Pro Leu Phe Glu Pro Lys Gly Arg Val Leu Leu
1 5 10 15
Val Asp Gly His His Leu Ala Tyr Arg Thr Phe Phe Ala Leu Lys Gly
20 25 30
Leu Thr Thr Ser Arg Gly Glu Pro Val Gln Ala Val Tyr Gly Phe Ala
35 40 45
Lys Ser Leu Leu Lys Ala Leu Lys Glu Asp Gly Tyr Lys Ala Val Phe
50 55 60
Val Val Phe Asp Ala Lys Ala Pro Ser Phe Arg His Glu Ala Tyr Glu
65 70 75 80
Ala Tyr Lys Ala Gly Arg Ala Pro Thr Pro Glu Asp Phe Pro Arg Gln
85 90 95
Leu Ala Leu Ile Lys Glu Leu Val Asp Leu Leu Gly Phe Thr Arg Leu
100 105 110
Glu Val Pro Gly Phe Glu Ala Asp Asp Val Leu Ala Thr Leu Ala Lys
115 120 125
Lys Ala Glu Arg Glu Gly Tyr Glu Val Arg Ile Leu Thr Ala Asp Arg
130 135 140
Asp Leu Tyr Gln Leu Val Ser Asp Arg Val Ala Val Leu His Pro Glu
145 150 155 160
Gly His Leu Ile Thr Pro Glu Trp Leu Trp Glu Lys Tyr Gly Leu Lys
165 170 175
Pro Glu Gln Trp Val Asp Phe Arg Ala Leu Val Gly Asp Pro Ser Asp
180 185 190
Asn Leu Pro Gly Val Lys Gly Ile Gly Glu Lys Thr Ala Leu Lys Leu
195 200 205
Leu Lys Glu Trp Gly Ser Leu Glu Asn Ile Leu Lys Asn Leu Asp Arg
210 215 220
Val Lys Pro Glu Ser Val Arg Glu Arg Ile Lys Ala His Leu Glu Asp
225 230 235 240
Leu Lys Leu Ser Leu Glu Leu Ser Arg Val Arg Ser Asp Leu Pro Leu
245 250 255
Glu Val Asp Phe Ala Arg Arg Arg Glu Pro Asp Arg Glu Gly Leu Arg
260 265 270
Ala Phe Leu Glu Arg Leu Glu Phe Gly Ser Leu Leu His Glu Phe Gly
275 280 285
Leu Leu Glu Glu Ser Glu Pro Val Gly Tyr Arg Ile Val Lys Asp Leu
290 295 300
Val Glu Phe Glu Lys Leu Ile Glu Lys Leu Arg Glu Ser Pro Ser Phe
305 310 315 320
Ala Ile Ala Leu Ala Thr Ser Ser Leu Asp Pro Phe Asp Cys Asp Ile
325 330 335
Val Gly Ile Ser Val Ser Phe Lys Pro Lys Glu Ala Tyr Tyr Ile Pro
340 345 350
Leu His His Arg Asn Ala Gln Asn Leu Asp Glu Lys Glu Val Leu Lys
355 360 365
Lys Leu Lys Glu Ile Leu Glu Asp Pro Gly Ala Lys Ile Val Gly Gln
370 375 380
Asn Leu Lys Phe Asp Tyr Lys Val Leu Met Val Lys Gly Val Glu Pro
385 390 395 400
Val Pro Pro Tyr Phe Asp Thr Met Ile Ala Ala Tyr Leu Leu Glu Pro
405 410 415
Asn Glu Lys Lys Phe Asn Leu Asp Asp Leu Ala Leu Lys Phe Leu Gly
420 425 430
Tyr Lys Met Thr Ser Tyr Gln Glu Leu Met Ser Phe Ser Phe Pro Leu
435 440 445
Phe Gly Phe Ser Phe Ala Asp Val Pro Val Glu Lys Ala Ala Asn Tyr
450 455 460
Ser Cys Glu Asp Ala Asp Ile Thr Tyr Arg Leu Tyr Lys Thr Leu Ser
465 470 475 480
Leu Lys Leu His Glu Ala Asp Leu Glu Asn Val Phe Tyr Lys Ile Glu
485 490 495
Met Pro Leu Val Asn Val Leu Ala Arg Met Glu Leu Asn Gly Val Tyr
500 505 510
Val Asp Thr Glu Phe Leu Lys Lys Leu Ser Glu Glu Tyr Gly Lys Lys
515 520 525
Leu Glu Glu Leu Ala Glu Glu Ile Tyr Arg Ile Ala Gly Glu Pro Phe
530 535 540
Asn Ile Asn Ser Pro Lys Gln Val Ser Arg Ile Leu Phe Glu Lys Leu
545 550 555 560
Gly Ile Lys Pro Arg Gly Lys Thr Thr Lys Thr Gly Asp Tyr Ser Thr
565 570 575
Arg Ile Glu Val Leu Glu Glu Leu Ala Gly Glu His Glu Ile Ile Pro
580 585 590
Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Gln Lys Leu Lys Ser Thr Tyr Ile
595 600 605
Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg Ile His Ala
610 615 620
Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser Ser Ser Asp
625 630 635 640
Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly Lys Glu Ile
645 650 655
Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Ile Val Ser Ala
660 665 670
Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile Leu Ala His Leu Ser Gly Asp
675 680 685
Glu Asn Leu Leu Arg Ala Phe Glu Glu Gly Ile Asp Val His Thr Leu
690 695 700
Thr Ala Ser Arg Ile Phe Asn Val Lys Pro Glu Glu Val Thr Glu Glu
705 710 715 720
Met Arg Arg Ala Gly Lys Met Val Asn Phe Ser Ile Ile Tyr Gly Val
725 730 735
Thr Pro Tyr Gly Leu Ser Val Arg Leu Gly Val Pro Val Lys Glu Ala
740 745 750
Glu Lys Met Ile Val Asn Tyr Phe Val Leu Tyr Pro Lys Val Arg Asp
755 760 765
Tyr Ile Gln Arg Val Val Ser Glu Ala Lys Glu Lys Gly Tyr Val Arg
770 775 780
Thr Leu Phe Gly Arg Lys Arg Asp Ile Pro Gln Leu Met Ala Arg Asp
785 790 795 800
Arg Asn Thr Gln Ala Glu Gly Glu Arg Ile Ala Ile Asn Thr Pro Ile
805 810 815
Gln Gly Thr Ala Ala Asp Ile Ile Lys Leu Ala Met Ile Glu Ile Asp
820 825 830
Arg Glu Leu Lys Glu Arg Lys Met Arg Ser Lys Met Ile Ile Gln Val
835 840 845
His Asp Glu Leu Val Phe Glu Val Pro Asn Glu Glu Lys Asp Ala Leu
850 855 860
Val Glu Leu Val Lys Asp Arg Met Thr Asn Val Val Lys Leu Ser Val
865 870 875 880
Pro Leu Glu Val Asp Val Thr Ile Gly Lys Thr Trp Ser
885 890
<210>20
<211>2682
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5
<400>20
atgaaagcta tgttaccatt attcgaaccc aaaggccggg tcctcctggt ggacggccac 60
cacctggcct accgcacctt cttcgccctg aagggcctca ccacgagccg gggcgaaccg 120
gtgcaggcgg tttacggctt cgccaagagc ctcctcaagg ccctgaagga ggacgggtac 180
aaggccgtct tcgtggtctt tgacgccaag gccccttcct tccgccacga ggcctacgag 240
gcctacaagg caggccgcgc cccgaccccc gaggacttcc cccggcagct cgccctcatc 300
aaggagctgg tggacctcct ggggtttact cgcctcgagg ttccgggctt tgaggcggac 360
gacgtcctcg ccaccctggc caagaaggcg gaaagggagg ggtacgaggt gcgcatcctc 420
accgccgacc gggaccttta ccagctcgtc tccgaccgcg tcgccgtcct ccaccccgag 480
ggccacctca tcaccccgga gtggctttgg gagaagtacg gccttaagcc ggagcagtgg 540
gtggacttcc gcgccctcgt gggggacccc tccgacaacc tccccggggt caagggcatc 600
ggggagaaga ccgccctcaa gctcctcaag gagtggggaa gcctggaaaa tatcctcaag 660
aacctggacc gggtgaagcc ggaaagcgtc cgggaaagga tcaaggccca cctggaagac 720
cttaagctct ccttggagct ttcccgggtg cgctcggacc tccccctgga ggtggacttc 780
gcccggaggc gggagcctga ccgggaaggg cttcgggcct ttttggagcg cttggagttc 840
ggcagcctcc tccacgagtt cggccttcta gaggagtccg aacccgttgg gtaccgtata 900
gttaaagacc tggttgaatt tgaaaaactc atagagaaac tgagagaatc tccttcgttc 960
gctatcgatt tggaaactag ttccctcgat cctttcgact gcgacattgt cggtatctct 1020
gtgtctttca aaccaaagga agcgtactac ataccactcc atcatagaaa cgcccagaac 1080
ctggacgaaa aagaggttct gaaaaagctc aaagaaattc tggaggaccc cggagcaaag 1140
atcgttggtc agaatttgaa attcgattac aaggtgttga tggtgaaggg tgttgaacct 1200
gttcctcctt acttcgacac gatgatagcg gcttaccttc ttgagccgaa cgaaaagaag 1260
ttcaatctgg acgatctcgc attgaaattt cttggataca aaatgacatc ttaccaagag 1320
ctcatgtcct tctcttttcc gctgtttggt ttcagttttg ccgatgttcc tgtagaaaaa 1380
gcagcgaact actcctgtga agatgcagac atcacctaca gactttacaa gaccctgagc 1440
ttaaaactcc acgaggcaga tctggaaaac gtgttctaca agatagaaat gccccttgtg 1500
aacgtgcttg cacggatgga actgaacggt gtgtatgtgg acacagagtt cctgaagaaa 1560
ctctcagaag agtacggaaa aaaactcgaa gaactggcag aggaaatata caggatagct 1620
ggagagccgt tcaacataaa ctcaccgaag caggtttcaa ggatcctttt tgaaaaactc 1680
ggcataaaac cacgtggtaa aacgacgaaa acgggagact attcaacacg catagaagtc 1740
ctcgaggaac ttgccggtga acacgaaatc attcctctga ttcttgaata cagaaagata 1800
cagaaattga aatcaaccta catagacgct cttcccaaga tggtcaaccc aaagaccgga 1860
aggattcatg cttctttcaa tcaaacgggg actgccactg gaagacttag cagcagcgat 1920
cccaatcttc agaacctccc gacgaaaagt gaagagggaa aagaaatcag gaaagcgata 1980
gttcctcagg atccaaactg gtggatcgtc agtgccgact actcccaaat agaactgagg 2040
atcctcgccc atctcagtgg tgatgagaat cttttgaggg cattcgaaga gggcatcgac 2100
gtccacactc taacagcttc cagaatattc aacgtgaaac ccgaagaagt aaccgaagaa 2160
atgcgccgcg ctggtaaaat ggttaatttt tccatcatat acggtgtaac accttacggt 2220
ctgtctgtga ggcttggagt acctgtgaaa gaagcagaaa agatgatcgt caactacttc 2280
gtcctctacc caaaggtgcg cgattacatt cagagggtcg tatcggaagc gaaagaaaaa 2340
ggctatgtta gaacgctgtt tggaagaaaa agagacatac cacagctcat ggcccgggac 2400
aggaacacac aggctgaagg agaacgaatt gccataaaca ctcccataca gggtacagca 2460
gcggatataa taaagctggc tatgatagaa atagacaggg aactgaaaga aagaaaaatg 2520
agatcgaaga tgatcataca ggtccacgac gaactggttt ttgaagtgcc caatgaggaa 2580
aaggacgcgc tcgtcgagct ggtgaaagac agaatgacga atgtggtaaa gctttcagtg 2640
ccgctcgaag tggatgtaac catcggcaaa acatggtcgt ga 2682
<210>21
<211>2682
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS6
<400>21
atgaaagcta tgttaccatt attcgaaccc aaaggccggg tcctcctggt ggacggccac 60
cacctggcct accgcacctt cttcgccctg aagggcctca ccacgagccg gggcgaaccg 120
gtgcaggcgg tttacggctt cgccaagagc ctcctcaagg ccctgaagga ggacgggtac 180
aaggccgtct tcgtggtctt tgacgccaag gccccttcct tccgccacga ggcctacgag 240
gcctacaagg caggccgcgc cccgaccccc gaggacttcc cccggcagct cgccctcatc 300
aaggagctgg tggacctcct ggggtttact cgcctcgagg ttccgggctt tgaggcggac 360
gacgtcctcg ccaccctggc caagaaggcg gaaagggagg ggtacgaggt gcgcatcctc 420
accgccgacc gggaccttta ccagctcgtc tccgaccgcg tcgccgtcct ccaccccgag 480
ggccacctca tcaccccgga gtggctttgg gagaagtacg gccttaagcc ggagcagtgg 540
gtggacttcc gcgccctcgt gggggacccc tccgacaacc tccccggggt caagggcatc 600
ggggagaaga ccgccctcaa gctcctcaag gagtggggaa gcctggaaaa tatcctcaag 660
aacctggacc gggtgaagcc ggaaagcgtc cgggaaagga tcaaggccca cctggaagac 720
cttaagctct ccttggagct ttcccgggtg cgctcggacc tccccctgga ggtggacttc 780
gcccggaggc gggagcctga ccgggaaggg cttcgggcct ttttggagcg cttggagttc 840
ggcagcctcc tccacgagtt cggccttcta gaggagtccg aacccgttgg gtaccgtata 900
gttaaagacc tggttgaatt tgaaaaactc atagagaaac tgagagaatc tccttcgttc 960
gcgatcgctc ttgcgactag ttccctcgat cctttcgact gcgacattgt cggtatctct 1020
gtgtctttca aaccaaagga agcgtactac ataccactcc atcatagaaa cgcccagaac 1080
ctggacgaaa aagaggttct gaaaaagctc aaagaaattc tggaggaccc cggagcaaag 1140
atcgttggtc agaatttgaa attcgattac aaggtgttga tggtgaaggg tgttgaacct 1200
gttcctcctt acttcgacac gatgatagcg gcttaccttc ttgagccgaa cgaaaagaag 1260
ttcaatctgg acgatctcgc attgaaattt cttggataca aaatgacatc ttaccaagag 1320
ctcatgtcct tctcttttcc gctgtttggt ttcagttttg ccgatgttcc tgtagaaaaa 1380
gcagcgaact actcctgtga agatgcagac atcacctaca gactttacaa gaccctgagc 1440
ttaaaactcc acgaggcaga tctggaaaac gtgttctaca agatagaaat gccccttgtg 1500
aacgtgcttg cacggatgga actgaacggt gtgtatgtgg acacagagtt cctgaagaaa 1560
ctctcagaag agtacggaaa aaaactcgaa gaactggcag aggaaatata caggatagct 1620
ggagagccgt tcaacataaa ctcaccgaag caggtttcaa ggatcctttt tgaaaaactc 1680
ggcataaaac cacgtggtaa aacgacgaaa acgggagact attcaacacg catagaagtc 1740
ctcgaggaac ttgccggtga acacgaaatc attcctctga ttcttgaata cagaaagata 1800
cagaaattga aatcaaccta catagacgct cttcccaaga tggtcaaccc aaagaccgga 1860
aggattcatg cttctttcaa tcaaacgggg actgccactg gaagacttag cagcagcgat 1920
cccaatcttc agaacctccc gacgaaaagt gaagagggaa aagaaatcag gaaagcgata 1980
gttcctcagg atccaaactg gtggatcgtc agtgccgact actcccaaat agaactgagg 2040
atcctcgccc atctcagtgg tgatgagaat cttttgaggg cattcgaaga gggcatcgac 2100
gtccacactc taacagcttc cagaatattc aacgtgaaac ccgaagaagt aaccgaagaa 2160
atgcgccgcg ctggtaaaat ggttaatttt tccatcatat acggtgtaac accttacggt 2220
ctgtctgtga ggcttggagt acctgtgaaa gaagcagaaa agatgatcgt caactacttc 2280
gtcctctacc caaaggtgcg cgattacatt cagagggtcg tatcggaagc gaaagaaaaa 2340
ggctatgtta gaacgctgtt tggaagaaaa agagacatac cacagctcat ggcccgggac 2400
aggaacacac aggctgaagg agaacgaatt gccataaaca ctcccataca gggtacagca 2460
gcggatataa taaagctggc tatgatagaa atagacaggg aactgaaaga aagaaaaatg 2520
agatcgaaga tgatcataca ggtccacgac gaactggttt ttgaagtgcc caatgaggaa 2580
aaggacgcgc tcgtcgagct ggtgaaagac agaatgacga atgtggtaaa gctttcagtg 2640
ccgctcgaag tggatgtaac catcggcaaa acatggtcgt ga 2682
<210>22
<211>8
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>DNA聚合酶活性位点保守基序A
<400>22
Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg
1 5
<210>23
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶栖热菌种Z05(Z05)的示例性未修饰参考
聚合酶结构域的活性位点区域
<220>
<221>MOD_RES
<222>(5)
<223>Xaa=Ile或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Leu或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Gln,His或Glu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(8)
<223>Xaa=Tyr,His或Phe
<220>
<221>MOD_RES
<222>(10)
<223>Xaa=Glu,Gln或Lys
<220>
<221>MOD_RES
<222>(11)
<223>Xaa=Ile,Leu或Tyr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(12)
<223>Xaa=Gln,Thr,Met,Gly或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(15)
<223>Xaa=Lys或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(16)
<223>Xaa=Ser或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(19)
<223>Xaa=Ile或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(20)
<223>Xaa=Glu或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(50)
<223>Xaa=Ser或Thr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(51)
<223>Xaa=Asp,Glu或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(76)
<223>Xaa=Gly,Asn或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(77)
<223>Xaa=Trp或His
<220>
<221>MOD_RES
<222>(78)
<223>Xaa=Trp,Ala,Leu 或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(79)
<223>Xaa=Ile或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(80)
<223>Xaa=Val,Phe或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(81)
<223>Xaa=Ser,Ala,Val或Gly
<220>
<221>MOD_RES
<222>(82)
<223>Xaa=Ala或Leu
<400>23
Ile Val Glu Lys Xaa Xaa Xaa Xaa Arg Xaa Xaa Xaa Lys Leu Xaa Xaa
1 5 10 15
Thr Tyr Xaa Xaa Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Xaa Xaa Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
65 70 75 80
Xaa Xaa Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>24
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的示例性未修饰参考聚合酶结构域
的活性位点区域
<220>
<221>MOD_RES
<222>(5)
<223>Xaa=Ile或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Leu或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Gln,His或Glu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(8)
<223>Xaa=Tyr,His或Phe
<220>
<221>MOD_RES
<222>(10)
<223>Xaa=Glu,Gln或Lys
<220>
<22l>MOD_RES
<222>(11)
<223>Xaa=Ile,Leu或Tyr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(12)
<223>Xaa=Gln,Thr,Met,Gly或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(15)
<223>Xaa=Lys或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(16)
<223>Xaa=Ser或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(19)
<223>Xaa=Ile或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(20)
<223>Xaa=Glu或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(50)
<223>Xaa=Ser或Thr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(51)
<223>Xaa=Asp,Glu或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(77)
<223>Xaa=Gly,Asn或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(78)
<223>Xaa=Trp或His
<220>
<221>MOD_RES
<222>(79)
<223>Xaa=Trp,Ala,Leu或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(80)
<223>Xaa=Ile或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(81)
<223>Xaa=Val,Phe或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(82)
<223>Xaa=Ser,Ala,Val或Gly
<220>
<221>MOD_RES
<222>(83)
<223>Xaa=Ala或Leu
<400>24
Ile Ile Pro Leu Xaa Xaa Xaa Xaa Arg Xaa Xaa Xaa Lys Leu Xaa Xaa
1 5 10 15
Thr Tyr Xaa Xaa Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Xaa Xaa Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Xaa Xaa Xaa Xaa
65 70 75 80
Xaa Xaa Xaa Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>25
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶栖热菌种Z05(Z05)的示例性未修饰参考
聚合酶结构域的活性位点区域
<220>
<221>MOD_RES
<222>(50)
<223>Xaa=Ser或Thr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(51)
<223>Xaa=Asp,Glu或Asn
<400>25
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Thr Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Ser Leu Val His Pro Asn Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Xaa Xaa Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Val Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Leu Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>26
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的示例性未修饰参考聚合酶结构域
的活性位点区域
<220>
<221>MOD_RES
<222>(50)
<223>Xaa=Ser或Thr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(51)
<223>Xaa=Asp,Glu或Asn
<400>26
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Gln Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Xaa Xaa Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Ile
65 70 75 80
Val Ser Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>27
<211>16
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序a
<220>
<221>MOD_RES
<222>(1)
<223>Xaa=Ile或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Leu或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Gln,His或Glu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(4)
<223>Xaa=Tyr,His或Phe
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Glu,Gln或Lys
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ile,Leu或Tyr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(8)
<223>Xaa=D-或L-Ala,Cys,Asp,Glu,Phe,His,Ile,Lys,
Asn,Pro,Arg,Ser,Val,Trp或Tyr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(11)
<223>Xaa=Lys或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(12)
<223>Xaa=Ser或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(15)
<223>Xaa=Ile或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(16)
<223>Xaa=Glu或Asp
<400>27
Xaa Xaa Xaa Xaa Arg Xaa Xaa Xaa Lys Leu Xaa Xaa Thr Tyr Xaa Xaa
1 5 10 15
<210>28
<211>16
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序a
<220>
<221>MOD_RES
<222>(1)
<223>Xaa=Ile或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Leu或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Gln,His或Glu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(4)
<223>Xaa=Tyr,His或Phe
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Glu,Gln或Lys
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ile,Leu或Tyr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(8)
<223>Xaa=Arg,Lys或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(11)
<223>Xaa=Lys或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(12)
<223>Xaa=Ser或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(15)
<223>Xaa=Ile或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(16)
<223>Xaa=Glu或Asp
<400>28
Xaa Xaa Xaa Xaa Arg Xaa Xaa Xaa Lys Leu Xaa Xaa Thr Tyr Xaa Xaa
1 5 10 15
<210>29
<211>16
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序a
<220>
<221>MOD_RES
<222>(1)
<223>Xaa=Ile或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Leu或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Gln,His或Glu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(4)
<223>Xaa=Tyr,His或Phe
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Glu,Gln或Lys
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ile,Leu或Tyr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(11)
<223>Xaa=Lys或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(12)
<223>Xaa=Ser或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(15)
<223>Xaa=Ile或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(16)
<223>Xaa=Glu或Asp
<400>29
Xaa Xaa Xaa Xaa Arg Xaa Xaa Arg Lys Leu Xaa Xaa Thr Tyr Xaa Xaa
1 5 10 15
<210>30
<211>13
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序b
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ser或Thr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(8)
<223>Xaa=D-或L-Ala,Cys,Phe,Gly,His,Ile,Lys,Leu,
Met,Pro,Gln,Arg,Ser,Thr,Val,Trp或Tyr
<400>30
Thr Gly Arg Leu Ser Ser Xaa Xaa Pro Asn Leu Gln Asn
1 5 10
<210>31
<211>13
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序b
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ser或Thr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(8)
<223>Xaa=Gly,Ala,Ser,Thr,Arg,Lys,Gln,Leu,Val或Ile
<400>31
Thr Gly Arg Leu Ser Ser Xaa Xaa Pro Asn Leu Gln Asn
1 5 10
<210>32
<211>13
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序b
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ser或Thr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(8)
<223>Xaa=Gly,Thr,Arg,Lys或Leu
<400>32
Thr Gly Arg Leu Ser Ser Xaa Xaa Pro Asn Leu Gln Asn
1 5 10
<210>33
<211>15
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序c
<220>
<221>MOD_RES
<222>(1)
<223>Xaa=Gly,Asn或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Trp或His
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Trp,Ala,Leu或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(4)
<223>Xaa=D-或L-Ala,Cys,Asp,Glu,Phe,Gly,His,Lys,
Met,Asn,Pro,Gln,Arg,Ser,Thr,Val,Trp或Tyr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(5)
<223>Xaa=Val,Phe或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Ser,Ala,Val或Gly之外的任何氨基酸
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ala或Leu
<400>33
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg
1 5 10 15
<210>34
<211>15
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序c
<220>
<221>MOD_RES
<222>(1)
<223>Xaa=Gly,Asn或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Trp或His
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Trp,Ala,Leu或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(4)
<223>Xaa=Phe或Tyr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(5)
<223>Xaa=Val,Phe或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Ser,Ala,Val或Gly之外的任何氨基酸
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ala或Leu
<400>34
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg
1 5 10 15
<210>35
<211>15
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序c
<220>
<221>MOD_RES
<222>(1)
<223>Xaa=Gly,Asn或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Trp或His
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Trp,Ala,Leu或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(5)
<223>Xaa=Val,Phe或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Ser,Ala,Val或Gly之外的任何氨基酸
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ala或Leu
<400>35
Xaa Xaa Xaa Phe Xaa Xaa Xaa Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg
1 5 10 15
<210>36
<211>15
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序c
<220>
<221>MOD_RES
<222>(1)
<223>Xaa=Gly,Asn或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Trp或His
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Trp,Ala,Leu或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(4)
<223>Xaa=Ile或Leu之外的任何氨基酸
<220>
<221>MOD_RES
<222>(5)
<223>Xaa=Val,Phe或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Cys,Asp,Glu,Phe,His,Ile,Lys,Leu,Met,Asn,
Pro,Gln,Arg,Thr,Trp或Tyr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ala或Leu
<400>36
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg
1 5 10 15
<210>37
<211>15
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序c
<220>
<221>MOD_RES
<222>(1)
<223>Xaa=Gly,Asn或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Trp或His
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Trp,Ala,Leu或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(4)
<223>Xaa=Ile或Leu之外的任何氨基酸
<220>
<221>MOD_RES
<222>(5)
<223>Xaa=Val,Phe或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Phe或Tyr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ala或Leu
<400>37
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg
1 5 10 15
<210>38
<211>15
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>改良DNA聚合酶修饰基序c
<220>
<221>MOD_RES
<222>(1)
<223>Xaa=Gly,Asn或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Trp或His
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Trp,Ala,Leu或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(4)
<223>Xaa=Ile或Leu之外的任何氨基酸
<220>
<221>MOD_RES
<222>(5)
<223>Xaa=Val,Phe或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ala或Leu
<400>38
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Phe Xaa Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg
1 5 10 15
<210>39
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>39
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Arg Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Leu Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>40
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>40
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Thr Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Gly Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Leu Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>41
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>41
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Thr Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Phe Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>42
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>42
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Thr Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Leu Val
65 70 75 80
Phe Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>43
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>43
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Arg Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Gly Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Leu Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>44
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>44
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Arg Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Phe Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>45
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>45
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Arg Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Leu Val
65 70 75 80
Phe Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>46
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>46
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Thr Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Gly Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Phe Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>47
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>47
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Thr Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Gly Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Leu Val
65 70 75 80
Phe Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>48
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>48
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Thr Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Phe Val
65 70 75 80
Phe Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>49
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>49
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Arg Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Gly Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Phe Val
65 70 75 80
Ala Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>50
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>50
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Arg Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Gly Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Leu Val
65 70 75 80
Phe Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>51
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>51
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Arg Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Phe Val
65 70 75 80
Phe Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>52
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>52
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Thr Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Gly Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Phe Val
65 70 75 80
Phe Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>53
<211>91
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自栖热菌种Z05(Z05)的热稳定家族A型DNA依赖的DNA聚合酶的改良突变聚合酶
结构域的活性位点区域
<400>53
Ile Val Glu Lys Ile Leu Gln His Arg Glu Leu Arg Lys Leu Lys Asn
1 5 10 15
Thr Tyr Val Asp Pro Leu Pro Gly Leu Val His Pro Arg Thr Gly Arg
20 25 30
Leu His Thr Arg Phe Asn Gln Thr Ala Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Gly Pro Asn Leu Gln Asn Ile Pro Ile Arg Thr Pro Leu Gly
50 55 60
Gln Arg Ile Arg Arg Ala Phe Val Ala Glu Ala Gly Trp Ala Phe Val
65 70 75 80
Phe Leu Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Val
85 90
<210>54
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>54
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Arg Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Ile
65 70 75 80
Val Ser Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>55
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>55
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Gln Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Gly Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Ile
65 70 75 80
Val Ser Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>56
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>56
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Gln Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Phe
65 70 75 80
Val Ser Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>57
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>57
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Gln Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
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50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Ile
65 70 75 80
Val Phe Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>58
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>58
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Arg Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
Val Ser Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>59
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>59
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Arg Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
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85 90
<210>60
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>60
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Arg Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
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85 90
<210>61
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>61
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Gln Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
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85 90
<210>62
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>62
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Gln Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
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85 90
<210>63
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>63
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Gln Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
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85 90
<210>64
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>64
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Arg Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Gly Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Phe
65 70 75 80
Val Ser Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>65
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>65
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Arg Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Gly Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Ile
65 70 75 80
Val Phe Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>66
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>66
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Arg Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Asp Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Phe
65 70 75 80
Val Phe Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>67
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>67
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Gln Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Gly Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Phe
65 70 75 80
Val Phe Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>68
<211>92
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>来自嵌合热稳定DNA依赖的DNA聚合酶CS5或CS6的改良突变聚合酶结构域的活性位
点区域
<400>68
Ile Ile Pro Leu Ile Leu Glu Tyr Arg Lys Ile Arg Lys Leu Lys Ser
1 5 10 15
Thr Tyr Ile Asp Ala Leu Pro Lys Met Val Asn Pro Lys Thr Gly Arg
20 25 30
Ile His Ala Ser Phe Asn Gln Thr Gly Thr Ala Thr Gly Arg Leu Ser
35 40 45
Ser Ser Gly Pro Asn Leu Gln Asn Leu Pro Thr Lys Ser Glu Glu Gly
50 55 60
Lys Glu Ile Arg Lys Ala Ile Val Pro Gln Asp Pro Asn Trp Trp Phe
65 70 75 80
Val Phe Ala Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg Ile
85 90
<210>69
<211>16
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>DNA聚合酶未修饰基序a
<220>
<221>MOD_RES
<222>(1)
<223>Xaa=Ile或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Leu或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Gln,His或Glu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(4)
<223>Xaa=Tyr,His或Phe
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Glu,Gln或Lys
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ile,Leu或Tyr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(8)
<223>Xaa=Gln,Thr,Met,Gly或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(11)
<223>Xaa=Lys或Gln
<220>
<221>MOD_RES
<222>(12)
<223>Xaa=Ser或Asn
<220>
<221>MOD_RES
<222>(15)
<223>Xaa=Ile或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(16)
<223>Xaa=Glu或Asp
<400>69
Xaa Xaa Xaa Xaa Arg Xaa Xaa Xaa Lys Leu Xaa Xaa Thr Tyr Xaa Xaa
1 5 10 15
<210>70
<211>13
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>DNA聚合酶未修饰基序b
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ser或Thr
<220>
<221>MOD_RES
<222>(8)
<223>Xaa=Asp,Glu或Asn
<400>70
Thr Gly Arg Leu Ser Ser Xaa Xaa Pro Asn Leu Gln Asn
1 5 10
<210>71
<211>15
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>DNA聚合酶未修饰基序c
<220>
<221>MOD_RES
<222>(1)
<223>Xaa=Gly,Asn或Asp
<220>
<221>MOD_RES
<222>(2)
<223>Xaa=Trp或His
<220>
<221>MOD_RES
<222>(3)
<223>Xaa=Trp,Ala,Leu或Val
<220>
<221>MOD_RES
<222>(4)
<223>Xaa=Ile或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(5)
<223>Xaa=Val,Phe或Leu
<220>
<221>MOD_RES
<222>(6)
<223>Xaa=Ser,Ala,Val或Gly
<220>
<221>MOD_RES
<222>(7)
<223>Xaa=Ala或Leu
<400>71
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Asp Tyr Ser Gln Ile Glu Leu Arg
1 5 10 15
<210>72
<211>30
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>合成的M13mp18单链DNA模板引物
<400>72
gggaagggcg atcggtgcgg gcctcttcgc 30
<210>73
<211>27
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>合成的寡核苷酸引物QX
<220>
<221>修饰的_碱基
<222>(15)
<223>n=被猝灭染料(Q)Black Hole猝灭剂(BHQ)修饰的a
<400>73
gcaagcaccc tatcnggcag taccaca 27
<210>74
<211>28
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>合成的互补寡核苷酸R1
<220>
<221>modified_base
<222>(28)
<223>n=被3’磷酸修饰的c
<400>74
ttgtggtact gcctgatagg gtgcttgn 28
<210>75
<211>27
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>合成的荧光素标记的引物FAM-QX
<220>
<221>修饰的_碱基
<222>(15)
<223>n=被猝灭染料(Q)Black Hole猝灭剂(BHQ)修饰的a
<220>
<221>修饰的_碱基
<222>(27)
<223>n=被2’磷酸修饰的荧光素标记的a,
荧光素标记的脱氧腺苷四磷酸(dA4P),
荧光素标记的2’-终止核苷酸
<400>75
gcaagcaccc tatcnggcag taccacn 27
<210>76
<211>25
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>合成的引物HC2
<400>76
gcagaaagcg tctagccatg gctta 25