CN101194027B - 用于基于瘤细胞及受刺激的白细胞内mRNA表达谱而预测对肿瘤疾病的免疫应答的方法 - Google Patents

用于基于瘤细胞及受刺激的白细胞内mRNA表达谱而预测对肿瘤疾病的免疫应答的方法 Download PDF

Info

Publication number
CN101194027B
CN101194027B CN2006800202986A CN200680020298A CN101194027B CN 101194027 B CN101194027 B CN 101194027B CN 2006800202986 A CN2006800202986 A CN 2006800202986A CN 200680020298 A CN200680020298 A CN 200680020298A CN 101194027 B CN101194027 B CN 101194027B
Authority
CN
China
Prior art keywords
tnf
hypotype
superfamily
sample
whole blood
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Expired - Fee Related
Application number
CN2006800202986A
Other languages
English (en)
Other versions
CN101194027A (zh
Inventor
三桥将人
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Showa Denko Materials Co ltd
Showa Denko Materials America Inc
Original Assignee
Hitachi Chemical Co Ltd
Hitachi Chemical Research Center Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Hitachi Chemical Co Ltd, Hitachi Chemical Research Center Inc filed Critical Hitachi Chemical Co Ltd
Publication of CN101194027A publication Critical patent/CN101194027A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN101194027B publication Critical patent/CN101194027B/zh
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G01N33/5044—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics involving specific cell types
    • G01N33/5047—Cells of the immune system
    • G01N33/505—Cells of the immune system involving T-cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Abstract

肿瘤坏死因子(TNF)能够通过与癌细胞表面上的特异性TNF受体相互作用而诱导凋亡。因为TNF配体和受体的多种成员存在于每个超家族内，故存在超过300种不同的配体-受体组合。活化的血液白细胞产生TNF作为抗癌免疫应答的部分，并产生趋化因子以吸引其它白细胞至癌症部位。本发明公开了使全血暴露于热聚集性人IgG或抗T-细胞受体抗体而作为免疫***相互作用的模型时，检测血液白细胞内多种TNF超家族亚型和趋化因子mRNA的显著诱导作用的方法。观察到在诱导的TNF亚型和趋化因子方面个体之间的重大差异。因为外周血液白细胞是抗癌免疫细胞的来源，定量血液内适宜TNF配体和趋化因子的离体诱导性将用于个体化癌症免疫治疗中。如果癌块小，如早期不可见的转移性损害，适宜的TNF攻击可以足以防止复发。

Description

用于基于瘤细胞及受刺激的白细胞内mRNA表达谱而预测对肿瘤疾病的免疫应答的方法
发明背景 
相关申请 
本申请要求美国临时申请号60/688,744(2005年7月8日提交)和60/735,508(2005年11月11日提交)的优先权。 
发明领域
本发明涉及用于预测哺乳动物内对肿瘤疾病的免疫应答的方法，其中该方法基于瘤组织内肿瘤坏死因子受体(TNF-R)超家族mRNA的表达谱(profile)和循环白细胞内肿瘤坏死因子(TNF)超家族mRNA的表达谱。在该方法中，获得瘤组织的样品并评估表达于这些组织内的TNF-R超家族亚型mRNA。另外，哺乳动物的全血接受活化血液内T-细胞的刺激物处理并且鉴定应答该刺激物在表达水平上表现显著改变的TNF超家族亚型mRNA。确定这样的个体对其疾病可能具有较低严重性的预后，其中所述个体显示与表达于它们的肿瘤组织内的TNF-R超家族亚型相关的TNF超家族亚型的表达水平改变。 
相关技术的描述 
不同方式的癌症疗法可以比喻为社会中各种类型力量的用途。化疗类似于在城市大范围地使用军事力量；相关武器极大的威力可附带造成平民损害。相反，在循环外周血内作为人体内癌细胞主要杀手的白细胞类似于处理街头犯罪的城市街道巡逻警察。类似地，当白细胞遭遇身体内癌细胞时，这些细胞是对癌靶的最初应答者。基于形态学分析和细胞表面标记的表征，使用流式细胞术或免疫组织化学染色技术，白细胞分类为众多的类和亚类。这些类和亚类类似于通过制服和身份徽章(budge)确定警官。每mm3外周血的白细胞数目对应于城市内警察的数目。 
当警察遭遇街头罪犯时，他首先必须用手头拥有的武器对付罪犯。但是警察不总是携带适宜的武器。类似地，不总是给细胞毒性T-细胞提供适用于对付 特定癌细胞的抗肿瘤因子。当癌细胞被IgG包被时，细胞毒性T-细胞经IgGFc受体(FcRγ)识别癌细胞。该过程称为抗体依赖细胞介导的细胞毒性(ADCC)。实际上，用抗人IgG染色而在癌边缘周围经常识别出IgG(参见例如，RichmanAV，Immunofluorescence studies of benign and malignant human mammary tissue，J.Natl.Cancer Inst.1976；57：263-7和Koneval T等，Demonstration ofimmunoglobulin in tumor and marginal tissues of squamous cell carcinomas of thehead and neck，J.Natl.Cancer Inst.1977；59：1089-97)。很多情况下也可以发现单核白细胞浸润至癌损害内。在细胞毒性T-细胞表面上的FcRγ类似于警察携带的备有多种武器的口袋。不同类型的FcRγ如CD16、CD32和CD64对应于不同类型的口袋。棍棒(cudgel)是最初的武器并且待用于任何时候的攻击。在细胞毒性T-细胞内，棍棒对应于预先合成及贮藏在细胞毒性T-细胞细胞液内并且一旦FcRγ活化则立即释放的穿孔素(参见Nakanishi等，Perform expressionin lymphocytes infiltrated to human colorectal cancer，Br.J.Cancer1991；64：239-42)。其它即刻可用的预先合成“棍棒”包括颗粒酶、与消化酶胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶相关的蛋白酶，可以起到在靶细胞内触发凋亡的作用。 
警官还携带威力更大的***，可以对应于细胞毒性T-细胞内的肿瘤坏死因子(TNF)。通常，“子弹”在细胞环境下(TNF亚型)不装填在***内并且仅在Fc受体活化时才得到合成并从细胞毒性T-细胞中释放。TNF能够通过与靶细胞表面上存在的特定TNF受体相互作用而诱导凋亡。为了维持抗广谱靶细胞的杀伤活性，存在不同类型的TNF配体(作为TNF超家族的部分，缩写成TNFSF)。根据GenBank和UniGene信息(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)，人TNF超家族包含总共17个人类成员的多达18个TNF超家族，其中某些编号(16和17)缺失并且相同编号内具有多种序列(13A和13B)。对于相应TNF受体(TNF-R超家族：缩写成TNFRSF)，人TNF-R超家族包含多达21个TNF-R超家族亚型。虽然TNF/TNF-R超家族亚型的相互作用不是严格特异性的，然而每种配体通常与特定的受体反应，如表1内所示，并且存在超过300个不同的TNF超家族亚型TNF-R超家族组合。 
表1.TNFRSF mRNA和TNFSFmRNA的GenBank UniGene条目列表 
TNFRSF(UniGene#)   相应的TNFSF(UniGene#)
1A(Hs.279594)1B(Hs.256278)3(Hs.1116) 4(Hs.129780)5(Hs.472860)6(Hs.244139)7(Hs.355307)8(Hs.1314)9(Hs.193418)10A(Hs.401745)10B(Hs.521456)10C (Hs.119684)10C(Hs.119684)10D(Hs.213467)11A(Hs.204044)11B(Hs.81791)12A(Hs.355899)14(Hs.512898)17(Hs.2556) 18(Hs.212680)25(Hs.462529)     2(Hs.241570)    2(Hs.241570)    1(Hs.36)    3(Hs.376208)    4(Hs.181097)    5(Hs.652)    6(Hs.2007)    7(Hs.501497)    8(Hs.494901)    9(Hs.1524)    10(Hs.478275)    10(Hs.478275)    10(Hs.478275)    10(Hs.478275)    10(Hs.478275)    11(Hs.333791)    11(Hs.333791)    12(NM003809)*     14(Hs.129708)    13(Hs.54673)    13B(Hs.525157)    18(Hs.248197)    15(Hs.241382)
*：GeneBank登录号(未找到UniGene条目). 
当从浸润的细胞毒性T-细胞中释放适宜的TNF超家族亚型时，癌的彻底消灭可以发生。癌症奇迹幸存者的稀有病例可能是其中TNF超家族亚型TNF-R超家族亚型完美组合的那些病例。 
抗体依赖细胞介导的细胞毒性(ADCC)是涉及结合抗体的白细胞细胞毒功能的另一种机制(见Perussia等，Assays for antibody-dependent cell-mediatedcytotoxicity(ADCC)and reverse ADCC(redirected cytotoxicity)in human naturalkiller cells.Methods Mol Biol.2000；121：179-92)。一旦IgG的Fab部分与靶细胞结合，则IgG的Fc部分活化在白细胞上的Fc受体，则随即活化这些白细胞以攻击靶细胞。虽然已经研究ADCC多年，但是在涉及ADCC的体外(in vitro) 实验中的条件取决于纯细胞***中混悬在人工溶液内的效应细胞毒性T-细胞与靶细胞间的比率。此外，因为细胞溶解通常通过同位素(铬-51)从靶细胞内的释放进行定量，不知道所观察的细胞溶解是否因穿孔素或TNF发生。也不知道哪种TNF超家族亚型参与ADCC。 
最后，白细胞对付癌的又一个重要机制是释放趋化因子以召集更多白细胞至发病部位。已经发现此类众多细胞因子。虽然没有建立特定趋化因子与所召集的特定白细群体间的关系，然而趋化因子释放与白细胞召集现象在对付癌症中是重要的。这里可以类比为遭遇一伙罪犯的警察用无线电发回总部请求更多增援。 
总之，虽然需要复杂的细胞机制以培育能够识别特定癌标记的适宜白细胞亚群，并且应当释放适宜的趋化因子以吸引这些成熟的白细胞至损害处，实际的癌杀伤以两种不同方式发生。立即癌杀伤因穿孔素从这些白细胞中的释放而发生，随后通过合成和释放TNF而缓慢及持续地诱导凋亡(见Vujanovic，Roleof TNF family ligands in antitumor activity of natural killer cells，Int.Rev.Immunol.2001 Jun；20(3-4)：415-37)。TNF通过与靶细胞表面上的特定受体结合而诱导凋亡。这意味白细胞必须释放与存在于癌细胞上的受体相对应的特定TNF配体。虽然已经考虑利用TNF/TNF受体的比作为疾病结果的预测(参见McDermott，TNF and TNFR biology in health and disease.Cell.Mol.Biol.(Noisy-le-grand).2001 Jun；47(4)：619-35)，然而很少了解癌细胞内的TNF受体谱及白细胞内配体的诱导谱，也很少知道如何召集适宜的白细胞群体。 
发明简述 
若病理学标本显示IgG沉积在癌边缘，这意味患者至少能够产生识别癌的IgG。若单核白细胞浸润出现在癌块边缘，这意味患者的白细胞某种程度上被吸引至癌损害处，可能原因是在结合癌的IgG活化补体期间释放了趋化因子(C3a、C5a、C567)(见Becker，The relationship of the chemotactic behavior ofthe complement-derived factors，C3a，C5a，and C567，and a bacterial chemotacticfactor to their ability to activate the proesterase 1 of rabbit polymorphonuclear leukocytes，J.Exp.Med.1972；135：376-87)。在癌细胞表面上表达的TNF-R超家族亚型的类型可以通过例如免疫染色(若抗体可获得)、原位(in situ)杂交或 原位PCR(可从GenBank获得序列)进行鉴定。对表达于浸润性单核细胞内TNF超家族亚型的鉴定难以解释，因为FcRγ可以未被活化。由于外周血内的白细胞类似于后备警察，在外周血内供应适宜且充分装备的细胞毒性T-细胞是抗癌战斗的首要关键步骤。因此，本方法有可能通过定量外周血白细胞内适宜TNF超家族亚型的诱导性来预测每名患者内的抗癌免疫力。 
因此，本发明的实施方式提供测定哺乳动物内肿瘤疾病预后的可能严重性的方法，该方法包括：测定来自哺乳动物的全血第一样品内的多种肿瘤坏死因子(TNF)超家族亚型的表达水平；使哺乳动物的全血第二样品暴露于活化全血内T-细胞的刺激物；测定第二样品内的多种肿瘤坏死因子(TNF)超家族亚型的表达水平；鉴定在所述第一样品和第二样品之间显示在所述全血内表达水平显著改变的亚型；并且当已鉴定的TNF超家族亚型与在哺乳动物瘤细胞内表达的特定肿瘤坏死因子受体(TNF-R)超家族亚型相对应时，确定预后可能较低的严重性。 
在另外方面，瘤组织内表达的TNF-R超家族亚型选自由TNF-R超家族亚型1A、3、12A和14所组成的组中。在另一方面，瘤组织内表达的TNF-R超家族亚型得到鉴定。在又一个方面，瘤组织内表达的TNF-R超家族亚型采用选自由下列所组成的组中的方法鉴定：免疫染色、原位杂交、原位聚合酶链式反应和体外聚合酶链式反应。 
在另外方面，暴露全血包括添加肝素。在另一方面，刺激物选自由热聚集性人IgG和抗人α/βT-细胞受体单克隆IgG所组成的组中。在另外方面，由发病细胞表达的肿瘤坏死因子受体超家族亚型选自由下列所组成的组中：TNF-R超家族亚型1A、1B、3、4、5、6、7、8、9、10A、10B、10C、10D、11A、11B、12A、14、17、18和25。在另一方面，在所述已被暴露的全血内表达的肿瘤坏死因子超家族mRNA亚型选自由下列所组成的组中：TNF超家族亚型1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、13B、14、15和18。 
在另一方面，本方法还包括测定来自哺乳动物的全血第三样品内多种趋化因子的表达水平；使哺乳动物的全血第四样品暴露于活化全血内T-细胞的刺激物；测定第四样品内多种趋化因子的表达水平；以及当鉴定在所述的第三样品和第四样品之间显示在全血内表达水平显著改变的趋化因子时，确定预后可能 较低的严重性。在又一个方面，趋化因子选自由下列所组成的组中：CCL1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL6、CCL7、CCL8、CCL9、CCL10、CCL11、CCL12、CCL13、CCL14、CCL15、CCL16、CCL17、CCL18、CCL19、CCL20、CCL21、CCL22、CCL23、CCL24、CCL25、CCL26、CCL27、CCL28、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL4、CXCL5、CXCL6、CXCL7、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL12、CXCL13、CXCL14、CXCL16、IL1B、IL5、IL6、IL8、IL12A、IL12B、IL15和IL16。 
本发明的又一个实施例提供测定饮食成分用于治疗哺乳动物内肿瘤疾病的可能效用的方法，该方法包括：获得哺乳动物的全血第一样品；使哺乳动物的全血第二样品暴露于饮食成分；使哺乳动物的全血第一样品和第二样品暴露于活化全血内T-细胞的刺激物；测定来自哺乳动物的全血第一样品和第二样品内的多种肿瘤坏死因子(TNF)超家族亚型的表达水平；鉴定在所述的第一样品和第二样品之间显示在所述全血内表达水平显著改变的亚型；以及当已鉴定的TNF超家族亚型对应于表达在哺乳动物瘤细胞内的特定TNF-R超家族亚型时，确定所述饮食成分可能具有用于***疾病的功用。 
在另外方面，使第一样品暴露于活化全血内T-细胞的刺激物之前暴露于对照刺激物。在另一方面，瘤组织内表达的TNF-R超家族亚型选自TNF-R超家族亚型1A、3、12A和14。在另外方面，瘤组织内表达的TNF-R超家族亚型得到鉴定。在另一个方面，瘤组织内表达的TNF-R超家族亚型采用选自由下列所组成的组中的方法鉴定：免疫染色、原位杂交、原位聚合酶链式反应和体外聚合酶链式反应。 
附图简述 
图1A显示在全血暴露于热聚集性IgG(HAG)后，外周血白细胞内所诱导的TNF超家族mRNA的分析结果； 
图1B显示图1A重复分析的结果； 
图2显示取自各种腺癌和鳞状细胞癌的组织样品内表达的TNF-R超家族mRNA的分析结果； 
图3显示在全血暴露于抗人T-细胞受体(TCR)单克隆抗体后，外周血白细胞内所诱导的TNF超家族mRNA的分析结果； 
图4A显示当使外周血白细胞暴露于抗TCR抗体并定量TNF超家族亚型2mRNA表达时，剂量反应和动力学的分析结果； 
图4B显示当使外周血白细胞暴露于抗TCR抗体并定量TNF超家族亚型2mRNA表达时，动力学的分析结果； 
图5A显示当使外周血白细胞暴露于HAG并定量TNF超家族亚型15mRNA表达时，剂量反应和动力学的分析结果； 
图5B显示当使外周血白细胞暴露于HAG并定量TNF超家族亚型15mRNA表达时，动力学的分析结果； 
图6显示关于图5数种TNF超家族亚型mRNA及对照mRNA方面的重复分析结果； 
图7显示在全血暴露于HAG后，外周血白细胞内所诱导的TNF超家族mRNA的分析结果； 
图8显示实施例4内所用的趋化因子引物序列； 
图9显示在全血暴露于HAG后，外周血白细胞内诱导的趋化因子mRNA的分析结果； 
图10显示在事先用饮食补充物或对照刺激物刺激的全血等分试样暴露于HAG后，外周血白细胞内诱导的TNF超家族亚型3mRNA的分析结果。 
优选实施方式的详述 
mRNA的定量 
本发明的发明人开发了名为Hem(A)+***的能够定量全血白细胞内基因表达细微变化的独特技术。该技术在美国专利申请号10/796,298和国际专利申请系列号PCT/US2004/036309内详细描述，两篇文献均在本文引用作为参考(还见Mitsuhashi，Absolute quantitation of rnRNA in human blood leukocytesas a model for phenotypic gene expression-based diagnostics，Clin Chem，52：4(2006))。 
在定量技术中，将全血施加至96孔滤板以捕获白细胞。将含有合成性外来对照RNA和特异性反向引物的裂解缓冲液添加到滤板，并转移细胞裂解物至用于杂交的寡(dT)固定化微量培养板。随后在寡(dT)固定化微量培养板内从所述引物位点合成cDNA。将含有特异性反向引物所引发的cDNA的溶 液用于实时PCR。可以贮藏含有寡(dT)所引发的固定化cDNA的平板作为cDNA库(bank)。 
更详细地，该测定方法由3个主要步骤组成：(a)在滤板上分离并裂解白细胞；(b)在寡(dT)固定化微量培养板内进行mRNA分离、反向引物杂交和cDNA合成；以及(c)实时定量的PCR。制造定制的96孔滤板，可以通过装配白细胞还原膜(leukocyte reduction membrane)(Leukosorb；Pall)通过例如由Whatman或Pall。这些滤板安放在收集平板上，并施加150μL的5mmol/L Tris(pH7.4)以润湿滤膜。在4℃于120g离心1分钟以从膜上移走Tris溶液后，施加50μL充分混合的全血样品至每个孔内并立即在4℃于120g离心2分钟。孔随后用300μL磷酸盐缓冲盐水洗涤一次。在4℃于2000g离心5分钟以除去盐溶液，添加以1mL/L 2-巯基乙醇(Bio-Rad)、0.5g/L蛋白酶K(Pierce)、0.1g/L鲑精DNA(5 Prime Eppendorf/Brinkman)、0.1g/L大肠杆菌(Escherichia coli)tRNA(Sigma)、5nmol/L每种特异性反向引物和109 个分子/L的合成RNA34(作为外来对照)补充的60μL贮藏裂解缓冲液[5g/LN-月桂酰基肌氨酸盐、4×标准柠檬酸盐水、10mmol/L Tris-HCl(pH7.4)、1mmol/L EDTA、1mL/L IGEPAL CA-630(NP-40的替代物)、1.79mol/L异硫氰酸胍(均来自Sigma)]至滤板的各孔内。随后该平板在37℃温育10分钟，安放在寡(dT)固定化微量培养板(GenePlate；RNAture)上并在4℃于2000g离心5分钟。在4℃下贮藏过夜后，微量培养板在4℃用100μL空白裂解缓冲液(plain lysis buffer)洗涤3次并随后用150μL洗涤缓冲液[0.5mol/LNaCl、10mmol/L Tris(pH7.4)1mmol/L EDTA]洗涤3次。 
可以通过添加30μL含有1×逆转录缓冲液[50mM KCl、10mM Tris-HCL(pH8.3)、5.5mM MgCl2、1mL/L Tween 20]缓冲液、每种三磷酸脱氧核苷1.25mM、4单位rRNA酶抑制剂(rRNAsin)和80U的MMLV逆转录酶(Promega；无引物)并在37℃温育2小时，于每孔内直接合成cDNA。将每30μL反应物(reaction)、4μL cDNA直接转移至384孔PCR平板内，并添加5μL的TaqMan通用主混合物(universal master mixture)(Applied Biosystems)和1μL寡核苷酸混合物(正向引物和反向引物每种5μM和1-2μM TaqMan探针)。PCR可以在PRISM 7900HT(Applied Biosystems)内进行，在95℃下10分钟1个循 环，随后是45个循环：95℃下30秒；55℃下30秒和60℃下1分钟。每种基因在独立的孔内扩增。用分析软件(SDS；Applied Biosystems)测定循环阈值(Ct)，即产生一定量PCR产物(基于荧光)的循环。 
为构建用于定量的校正曲线，合成用于每种靶的含有正向引物及反向引物以及TaqMan探针的序列的合成长DNA寡核苷酸。用于对照RNA34的TaqMan探针例如是CCAAGGCCCAGCCCTCACACA。可选地，可以利用SYBRGreenPCR。每种寡核苷酸可以通过HPLC纯化至＞95％的纯度。每个PCR含有10-106 个分子/孔的这些模板核苷酸。可以使用对于由DNA寡核苷酸所产生的对照RNA34的校正曲线来将样品的Ct值转换成分子/PCR孔(4μL的cDNA)，随后乘以7.5(30除以4)以获得分子/样品(30μL的cDNA)。RNA34的回收百分数通过将这些值除以60μL原始裂解缓冲液内RNA34的量而获得(6×105 ＝107/mL×60μL)。对于天然mRNA，分子/PCR孔如以上所述用相应校正曲线加以确定，并且随后通过乘以7.5(30除以4)，除以每一个样品内的RNA34回收百分数并除以添加到滤板每孔内血液的体积(通常50μL)而将这些值转换成分子/每微升血液。平均数(SD)从全血的三份等分试样中计算并可以使用Student t-检验来统计分析。 
在实施方式中，使用以上所述的mRNA定量***(Hem(A)+)在各种癌标本中表征TNF受体超家族(TNFRSF)mRNA的表达谱。随后，TNF超家族(TNFSF)mRNA的诱导性通过使用分别作为细胞毒性T-细胞介导反应和抗体依赖细胞介导的细胞毒性(ADCC)的离体模型的小鼠抗人T细胞受体单克隆抗体或热聚集性IgG对肝素化全血刺激加以定量。使用本领域内众所周知的统计方法计算表达水平的显著诱导或减少；使用0.05或更小的p值。所示重大的个体对个体变异表示可以使用本发明的实施方式铺垫个性化癌症免疫疗法的基础。 
实施例1 
使用以上所述的mRNA定量方法来定量在施加或不施加由热聚集性IgG(HAG)所引起的离体刺激下的全部类型的TNF超家族mRNA，其中使用所述的热聚集性IgG作为免疫复合物刺激模型(见Ostreiko等，Production andcharacterization of heat-aggregated IgG complexes with predetermined molecular masses：light-scattering study，Immunol Lett.1987；15：311-6)。当与靶细胞结合的IgG分子以高亲和力结合至白细胞上的Fc受体时，免疫复合物形成，导致Fc受体交联及白细胞活化信号产生。 
三份等分试样的每份50μL的肝素化全血与200μg/mLHAG在37℃温育2小时。随后如上所述，将血液样品施加至96孔滤板以捕获白细胞，并转移细胞裂解物至96孔寡(dT)固定化的微量培养板以分离poly(A)+mRNA。cDNA在微量培养板上合成并通过监视SYBR绿色荧光而用于384孔平板内的实时聚合酶链式反应(PCR)(见Morrison等，Quantification of low-copy transcriptsby continuous SYBR Green I monitoring during amplification，Biotechniques1998；24：954-8，960，96)。简而言之，如此实施SYBR Green PCR，即通过在水中稀释cDNA 3-4倍，并直接转移4μl cDNA溶液至384孔PCR平板内，向384孔PCR平板内施加5μl主混合物(BioRad，Hercules，CA)和1μl寡核苷酸混合物(每种正向引物和反向引物15μM)，并在PRISM 7900HT(ABI)内实施PCR，在95℃下10分钟1个循环，随后是45个循环：95℃下30秒和、60℃下1分钟。每种基因在独立的孔内扩增。Ct用分析软件(SDS，ABI)测定。仔细优化PCR条件，以至在解链曲线分析上检测到单个适宜的峰，无任何引物二聚体。为验证分析条件，合成RNA34添加至裂解缓冲液内，并且这种RNA34也通过实时PCR定量。引物的序列特异性通过blast分析证实(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST)。设定Ct等同于产生一定量PCR产物的PCR循环，并且ΔCt(ΔCt)还通过从受刺激样品的Ct值中扣除未刺激样品的Ct值加以计算。由于Ct是对数标度，1ΔCt意指2倍或1.5倍量，并且负ΔCt指示表达增加。 
结果示于图1A和图1B。在所述附图中，通过SYBR Green实时PCR定量TNFSFmRNA(1-18)和所添加的RNA34对照。ΔCt值3、2、1、0、-1、-2和-3分别表  1/8、1/4、1/2、0、2、4、8倍增加。在图1A中，每个符号是来自每一个体的平均值。○符号表示显著增加(p＜0.05)，而Δ符号表示显著减少(p＜0.05)并且X表示没有变化。图1B显示在连续2日内使用相同的个体，重复分析2次的结果。符号是来自每一个体的平均数±标准差。分别为●：TNFSF-2(TNFα)，▲：TNFSF-8，◆：TNFSF-15。实线是其中两个数据集合相 同的线。虚线表示±0.5ΔCt。 
该技术能够检测在血液白细胞内TNF超家族mRNA的全部成员的基础水平。如图1A中所示，鉴定当全血暴露于HAG时显著诱导TNF超家族mRNA。虽然存在巨大的个体对个体变异，优势的TNF超家族mRNA是TNF超家族亚型2(TNFα)、8和15。这些mRNA分别在80％(12/15)、73％(11/15)和60％(9/15)的受测试个体内表现HAG诱导性应答。TNF超家族亚型1、3、4、6(即FasL)、7、9、10(即TRAIL)、14和18mRNA在至少一个受测试个体内表现HAG诱导性应答。TNF超家族亚型5、11、12、13和13B mRNA在任何受测试个体内均不表现HAG诱导性应答。TNF超家族亚型2、8和15中的至少一种在每名受测试个体内因暴露于HAG而诱导。例如，不表现HAG诱导性TNF超家族亚型2应答的3名个体均表现亚型15应答，而不表现HAG诱导性TNF超家族亚型15应答的6名个体均表现亚型2应答。其中TNF超家族亚型8不表现HAG诱导性应答的4名个体的确表现亚型2应答或亚型15应答。如图1A中所示，所添加RNA34对照的ΔCt完全在±0.5内。为了进一步验证这些实验，血液样品在连续2日内从相同个体中采取两次。如图1B中所示，对于TNF超家族亚型2、8、15和RNA34的值以±0.5标准差内可重复。三份全血等分试样内的变异也小于0.5ΔCt(图1B，每种符号内的X-Y轴(bar))。 
本方法可以按如下方式在实施例内应用。分析从接受手术摘除或活组织检查的哺乳动物患者中所取出癌标本的IgG沉积、单核白细胞浸润和在癌细胞上表达的TNF-R超家族亚型的类型。随后从相同个体中获得血液样品并对其分析以确定哪种类型的TNF超家族mRNA由HAG刺激而诱导并到达何种程度。将个体分成其中诱导的TNF超家族和表达的TNF-R相匹配的组以及其中它们不相匹配的组。在这两组中临床结果的比较结果表明匹配的组表现预后的较低严重性。如果癌块小，如早期的不可见转移性损害，适宜的TNF超家族介导性免疫***攻击可能足以防止癌复发。所比较的临床结果因此应当包括缓解的时间长度和复发(转移)的频率。 
实施例2 
TNF-R超家族mRNA和TNF超家族mRNA的DNA序列从GenBank下载，如表1内所示，并且在下文表2内所示的引物序列通过Primer Express(Applied Biosystems)和HYBsimulator(RNAture)设计。在多种转录物之间的共有区域内设计这些序列，如果此类变体存在。在无cDNA下，无扩增发生(无引物二聚体)并且在解链曲线分析中检测到单峰。 
表2：所用的引物序列 
靶mRNA   正向   反向
TNFRSF-1ATNFRSF-1BTNFRSF-3TNFRSF-4TNFRSF-5TNFRSF-6TNFRSF-7TNFRSF-8TNFRSF-9TNFRSF-10ATNFRSF-10BTNFRSF-10CTNFRSF-10DTNFRSF-11ATNFRSF-11BTNFRSF-12ATNFRSF-14TNFRSF-17TNFRSF-18TNFRSF-25TNFSF-1TNFSF-2TNFSF-3TNFSF-4TNFSF-5TNFSF-6TNFSF-7TNFSF-8TNFSF-9TNFSF-10TNFSF-12TNFSF-13TNFSF-13BTNFSF-14TNFSF-15TNFSF-18RNA34 CCTGCCAGGAGAAACAGAACA CAAGCCAGCTCCACAATGG CCTCCCGGGCTCTCTACAC ACGACGTGGTCAGCTCCAA GGCCAAGAAGCCAACCAATA TGGCATCAACTTCATGGAAAGA CTGCAGAGCCTTGTCGTTACAG GGTTGAGGCAGCAAACAGATG CGTCGACTGCGTTGCTCTT TGAGGACAATGCTCACAACGA CTGAGACAGTGCTTCGATGACTTT GGAAGTGTAGCAGGTGCCCTAGT ATGGACTTACGAGGGTTCGACTTAG GGAAACAGTAACTCCACGTTCATCT TGCAAACCCAGTGACCAGATC CGCTGATCCAGTGACAATGTG CAGGGAGCCTCGTCATCGT GGAGGAAGGCGCAACCAT AGTTTTGGCTTCCAGTGTATCGA CCTGCTCGCCCCTATCG CAGCTATCCACCCACACAGATG CGAAGGCTCCAAAGAAGACAGT AGGGTGTACGTCAACATCAGTCA GCCCCTCTTCCAACTGAAGAA CCACAGTTCCGCCAAACCT TGGCAGCATCTTCACTTCTA AATG CACACTCTGCACCAACCTCACT ACCACCATATCAGTCAATGTGGAT AGCTACAAAGAGGACACGAAGGA GGGAATATTTGAGCTTAAGGAAAATG TACTGTCAGGTGCACTTTGATGAG ATATGGTGTCCGAATCCAGGAT ATGCCTGAAACACTACCCAATAATT CGTCCGTGTGCTGGATGA TGCGAAGTAGGTAGCAACTGGTT CGGCTGTATAAAAACAAAGACATGAT AGCCCCCTCACTCCCAAA GGAGACACACTCGTTTTCTCTTAGAA TGACCGAAAGGCACATTCCT TCATGGGTGATAAATTGGTTCCT GCGGCAGACTGTGTCCTGTGT GAAGATCGTCGGGAAAATTGAT GCAAGAGTACAAAGATTGGCTTTTT GCTCCGGTTTTCGGTAATCC GCCTGGTGGTTAAGGTCTGATG TTCTGCCCCGTTTAACAACAG TTGCTGCTCAGAGACGAAAGTG CCATGAGGCCCAACTTCCT ACCAAATTCTTCAACACACTGGATAT GGAAAAGAGATGTACAGCCTACAGTAGTAAGC GCGAGGTCTGGCTGACGTA AAGGTGTCTTGGTCGCCATT GCGTCTGGGAGGCAGAGA CACCCCTTGGCTTTCTTCTTT GCAGCTGGCAGGCTCTTG GCAGTCTGTCCAAGGTTTGCA TTCACCCCCTCTCGACATTC CGAAGGCTCCAAAGAAGACAGT CAGGGCAATGATCCCAAAGT CACGGCCCCAAAGAAGGT GGTATTGTCAGTGGTCACATTCAAG CACCTGGTTGCAATTCAAATACTC GAAATGAGTCCCCAAAACAT CTCT TGCACTCCAAAGAAGGTCTCATC GAAGATGGACAACACATTCTCAAGA CGCAGCTCTAGTTGAAAGAAGACA AAAAGGCCCCGAAAAAACTG CGCAGTGGCTGAGAATTCCT CCTGACCCATGGTGAAAGTCA GCAAGTTGGAGTTCATCTCCTTCT CATGAAAGCCCCGAAGTAAGAC CCATTAGCTTGTCCCCTTCTTG TCCCCAACATGCAATTCATAAG GGGTGCTGTGCTTCTGTGAAC
每种mRNA的量通过以上所述的方法在做如下调整时加以测定。简而言之，大约125mg冰冻的癌标本与以1％2-巯基乙醇(Bio Rad)、0.5mg/mL蛋白酶K(Pierce)、0.1mg/mL鲑精DNA(5 Prime Eppendorf/Brinlαnann)、0.1mg/mL大肠杆菌tRNA(Sigma)、10mM每种TNF-R超家族亚型特异性反向 引物和作为外来对照的107个分子/mL合成RNA34补充的1mL裂解缓冲液混合，并通过Polytron(Brinlαnann)进行匀浆。施加70μL这些裂解物至用于mRNA纯化的寡(dT)固定化微量培养板(GenePlate，RNAture)。在4℃温育过夜后，微量培养板在4℃用100μL空白裂解缓冲液洗涤3次并随后用150μL洗涤缓冲液(0.5mol/L NaCl、10mmol/L Tris、pH7.4、1mmol/L EDTA)洗涤3次。通过添加30μL含有1×RT-缓冲液(50mM KCl、10mM Tris-HCL、pH8.3、5.5mmol/L MgCl2，无二硫苏糖醇)缓冲液、每种三磷酸脱氧核苷1.25mM、4单位rRNA酶抑制剂和80U的MMLV逆转录酶(Promega；无引物)并在37℃温育2小时直接在每孔内合成cDNA。将100μL水添加至30μL这些cDNA内并将4μLcDNA转移至384孔PCR平板内，其中向所述PCR平板施加5μLTaq SYBR主混合物(BioRad)和1μL引物的混合物(每种正向引物和反向引物10μmol/L)，并且在PRISM 7900HT(Applied Biosystems)内实施PCR，在95℃下10分钟1个循环，随后是45个循环：95℃下30秒和60℃下1分钟。每种基因在独立孔内扩增。用分析软件(SDS；Applied Biosystems)测定循环阈值(Ct)，即产生一定量的PCR产物(荧光)的循环。在无cDNA下，证实无扩增(无引物二聚体)并且在解链曲线分析中检测到单峰。为了在20个不同mRNA间比较多个样品，对每个Ct扣减来自相同样品的TNFRSF1A的Ct(ΔCt，Y-轴)。正Ct意指比TNFRSF1A更低的表达，并且1ΔCt意指1.5倍表达。每种符号代表来自单个标本的平均值。图2中每一列的左侧(○◆)显示来自包括结肠、肝脏、胃、子宫的腺癌样品及3个乳腺癌病例(◆)样品以及黑素瘤样品的结果。右侧(△)显示来自鳞状细胞癌的结果，包括肺癌、咽癌、舌癌和颈癌(cervical cancer)样品。 
对于分析由抗人T细胞受体(TCR)单克隆抗体在肝素化全血内诱导的TNF超家族mRNA，分析结果示于图3内，60μL全血在37℃用5μg/mL抗TCRα/β或对照IgG仅刺激2小时，重复三份。如上所述，施加50μL血液样品至滤板内以捕获白细胞，随后通过添加裂解缓冲液在膜内进行裂解。如上所述实施poly(A)+mRNA的纯化、cDNA合成和实时PCR。通过从抗TCRα/β的Ct中扣减对照IgG的Ct值计算ΔCt。每种符号代表来自单一个体三次重复的血液等分试样的平均ΔCt。还定量作为外来对照而添加至裂解缓冲液内的合 成RNA34以验证每个分析。 
使用分析软件(SDS，Applied Biosystems)确定循环阈值(Ct)，即产生一定量的PCR产物(荧光)的PCR循环。虽然DNA芯片技术(见Schena等，Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNAmicroarray，Science 1995；270：467-70)能够同时分析众多基因，但是该技术缺少精确定量的能力，并通常需要多于3倍的增加作为有意义的结果。相反，以上所述的DNA定量技术通过考虑每一样品内的RNA回收效率和cDNA合成效率而提供更精确的定量，并且可以检测到统计显著的微小如150％(1.5倍)一样的变化。因此，如上所述，通过SYBR Green实时PCR(见Morrison等，Quantification of low-copy transcripts by continuous SYBR Green I monitoringduring amplification，Biotechniques 1998；24：954-8，960，96)分析由本方法所制备的每种cDNA中的每种mRNA。 
图2显示在各种癌(结肠癌、乳腺癌、肝癌、胃癌、子宫癌、黑素瘤、肺癌、咽癌、舌癌和子***)内TNF-R超家族mRNA表达的结果。为了在20个不同mRNA间比较多个样品，从每个观察到的Ct(ΔCt，Y-轴)中扣减来自相同样品TNF-R超家族亚型1A的Ct。正Ct意指比TNFR超家族亚型1A更低的表达水平，并且1ΔCt意指1.5倍表达水平。如图2中所示，几乎全部癌组织表达高水平的TNF-R超家族亚型1A、3、12A和14。 
这表示如果癌浸润性白细胞能够在浸润部位产生TNF超家族亚型1(即淋巴毒素)(对应于TNF-R超家族亚型3)、TNF超家族亚型2(即TNFα)(对应于TNF-R超家族亚型1A和1B)、TNF超家族亚型12(对应于TNF-R超家族亚型12A)、TNF超家族亚型14(对应于TNF-R超家族亚型14)或这些配体的组合，则可能根除任意这些类型的癌。虽然在评估的样品内TNF-R超家族亚型4、5、8、9、11A和11B及17的表达水平非常低(图2)，不能排除其它样品可以表达这些受体亚型的可能性。因此，白细胞内TNF超家族亚型4(对应于TNF-R超家族亚型4)、TNF超家族亚型5(即CD40配体)(对应于TNF-R超家族亚型5)、TNF超家族亚型8(即CD30配体)(用于TNF-R超家族亚型8)和TNF超家族亚型13和13B(对应于TNF-R超家族亚型17)的诱导性也可能对癌症免疫疗法是重要的。虽然存在巨大的个体对个体变异，白 细胞内TNF超家族亚型6(即Fas配体)(对应于TNF-R超家族亚型6)、TNF超家族亚型7(即CD27配体)(对应于TNF-R超家族亚型7)、TNF超家族亚型11(对应于TNF-R超家族亚型11A和11B)、TNF超家族亚型18(对应于TNF-R超家族亚型18)和TNF超家族亚型15(即DR3的配体)(对应于TNF-R超家族亚型25)的诱导性可能对其中相应受体表达水平高的癌是重要的。尽管在癌内的TNF-R超家族亚型10A mRNA表现高表达，然而诱饵受体TNF-R超家族亚型10B的mRNA表达(见Sheridan等，Control of TRAIL-inducedapoptosis by a family of signaling and decoy receptors.Science 1997 Aug8；277(5327)：818-21和Pan等，An antagonist decoy receptor and a deathdomain-containing receptor for TRAIL，Science 1997 Aug 8；277(5327)：815-8)比TNF-R超家族亚型10A更高。然而，TNF-R超家族亚型10(即TRAIL)仍可能是用于治疗某些癌的有用靶。在腺癌/黑素瘤(示于图2内各列左侧)和鳞状细胞癌(示于图2内各列右侧)之间不存在明显差异。 
T-细胞受体(TCR)是识别特定外来的非己分子的细胞毒性T细胞的细胞表面分子。TCR在抗原呈递的初始步骤以及癌杀伤中的作用是众所周知的(见例如Mami-Chouaib，Antitumor cytotoxic T-lymphocyte response in human lungcarcinoma：identification of a tumor-associated antigen，Immunol Rev.2002Oct；188：114-21)。虽然细胞免疫学中常见的实验采用纯细胞***，该***利用混悬于人工溶液内的分离的细胞，本发明实施例内所用的mRNA分析法允许鉴定在离体刺激全血后各种mRNA水平的变化。因所述的mRNA分析法比前面的纯细胞***更接近生理状态，故本实施例使用在全血内TCR与靶分子相互作用的刺激，其中存在细胞对细胞以及细胞对血浆的相互作用。 
由于全血含有细胞毒性T细胞和其它类型的白细胞，故TCR特异性地由抗人α/βTCR小鼠单克隆gG1k(“抗TCR”可从BioLegend获得)刺激。作为对照，还使用相同浓度纯化的小鼠IgG1k(也从BioLegend获得)。60μL全血在37℃下用5μg/mL抗TCR或或对照IgG仅刺激2小时，重复三份。剂量和温育时间通过抗TCR对外周血白细胞内TNFSF mRNA表达影响的初步分析加以确定，其中所述初步分析的结果示于图4A和4B内。就剂量反应和动力学而言，如图4A中所示，三份等分试样的每份60μL的肝素化全血与PBS(○)、 10μg/mL(■)或1(◆)μg/mL小鼠抗人α/βTCR IgG1k混合，或与10(□)μg/mL或1(◇)μg/mL纯化的小鼠IgG1k混合，并在37℃下温育0-7小时。随后如上所述定量TNFSF-2mRNA。就动力学而言，如图4B中所示，TNFSF-2(●)、TNFSF-5(◇)、TNFSF-6(△)、TNFSF-9(□)和TNFSF-14(▲)的ΔCt通过从各自的Ct值中扣减对照IgG的Ct值进行计算。每个数据是来自全血的三份等分试样的平均数±标准差。ΔCt通过从使用抗TCR所获得的Ct值中扣减使用对照IgG所获得的Ct值进行计算。 
如图3中所示，抗TCR刺激特异性地诱导TNF超家族亚型2、5、6、9、10和14。TNF超家族亚型2和14的结果是特别有意义的，因为这些受体的mRNA表达水平在全部类型的癌中都高(见图2)。同时类似于联合化疗，活化多重TNF/TNF-R超家族亚型相关的级联可以防止癌细胞的抵抗机制。用添加至裂解缓冲液内的合成RNA34对照获得的结果显示出极小变化，小于±0.3ΔCt(图3中的RNA34)，表明该测定***是可靠的。更重要地，TCR应答表现巨大的个体对个体变异，并且分别地，9名个体中的6名(66％)没有显示TNF超家族亚型2的抗TCR介导性诱导，以及9名个体中的5名(56％)没有显示TNF超家族亚型14的抗TCR介导性诱导。另外，显示阴性TNF超家族亚型2应答的个体也显示阴性TNF超家族亚型14应答。然而，这些个体的确显示其它的阳性TNF超家族配体。 
实施例3 
在本实施例中，如实施例1中那样，利用作为ADCC内所发现的免疫复合物的模型而广泛使用的热聚集性人IgG(HAG)来刺激全血内白细胞的Fc受体。简而言之，将人IgG(Sigma)以20mg/mL混悬于PBS内并在63℃下加热20分钟。将重复三份的60μL全血在37℃下用200μg/mLHAG或对照磷酸盐缓冲盐水(PBS)刺激仅2-4小时。HAG的剂量和温育时间通过初步分析确定，如图5和图6中所示。 
图5A显示剂量反应分析的结果。三份等分试样的每份60μL的肝素化全血与各种浓度的人IgG(○)或HAG(●)混合并在37℃下温育2小时。图5B显示动力学的分析结果。三份等分试样的每份60μL的肝素化全血与PBS(○)或200mg/mL HAG(●)混合并在37℃温育0-12小时。随后定量 TNFSF-15mRNA。每个数据是来自全血的三份等分试样的平均数±标准差。 
图6显示重复性分析的结果。血液在1-3日内从相同个体中抽取并定量HAG-诱导的TNFSF mRNA和对照RNA34。符号分别表示：○：RNA34，●：TNFSF-2，◆：TNFSF-8和▲：TNFSF-15。每个数据是来自全血的三份等分试样的平均数±标准差。实线是其中两个数据集合相同的线。虚线表示±0.5ΔCt。 
如图7中所示，HAG主要诱导TNF超家族亚型2、8、14、15和18的表达。TNF超家族亚型15的诱导比用抗TCR刺激所获得的TNF超家族亚型的诱导更高(图3)。此外，HAG应答表现重大的个体对个体变异。一些个体仅表达TNF超家族亚型15，并且其它个体表达TNF超家族亚型2和8而无TNF超家族亚型15应答。有意义的是全部个体均显示至少1种TNF超家族应答。添加至裂解缓冲液的对照RNA34的结果显示小于±0.6ΔCt的极小变化(图3中的RNA34)，表明该测定***是可靠的。为了验证分析法的重复性，血液在1-3日内从相同个体中抽取二次。不过，结果非常相似，ΔCt差异小于0.5(图6)。在使用HAG和抗TCR刺激独立地检验血液的9名个体中，由HAG刺激所诱导的TNF超家族亚型15表达应答与由抗TCR刺激所诱导的TNF超家族亚型2和14表达应答不相关。 
实施例4 
在本实施例中，来自数名个体的全血接受HAG刺激，并且趋化因子组的mRNA水平的变化用如实施例1内所述的相同方式进行评估。使用RNA34和CD4mRNA作为对照。用于待分析趋化因子mRNA的正向引物序列和反向引物序列示于图8。 
分析结果示于图9内。在该图中，圆圈表示其中特定趋化因子mRNA的水平由HAG刺激显著诱导的个体。三角形表示在刺激后mRNA水平显著减少，而X符号表示没有显著改变。如可以从图9中看出，应答在个体间不同，虽然存在共同点：例如，全部受测试个体均表现CCL-3和CCL-20；CXCL-1、CCL-2和CCL-3；以及IL-8和IL-1B的显著诱导。 
这些结果表示有可能确定癌症患者能够召集更多白细胞至发病部位的可能性，并且如果在特定趋化因子与特定白细胞群间建立联系，则可能使用图9内所示数据，基于所召集白细胞群体与肿瘤细胞之间的TNF/TNF-R匹配分析 来评估召集能够有效对付肿瘤的白细胞群体的可能性。 
实施例5 
在本实施例中，评估各种饮食成分如补充物对TNF超家族亚型3mRNA水平的HAG-诱导性变化的影响。“饮食成分”指可由哺乳动物摄取的任何化合物或物质而“饮食补充物”表示用来补充哺乳动物饮食的那些有益饮食成分，如维生素和天然提取物以及其它化学化合物如药物。因此，“饮食成分”含义更广泛并包括“饮食补充物”。所用的饮食成分是：维生素A(10nM，终浓度)、染料木黄酮(大豆(soy))(100nM)、姜黄色素(辛料姜黄(spice turmeric))(100nM)和栎精(植物色素类黄酮)(100nM)。据报道全部这些饮食成分对免疫***或癌或同时对二者有影响。已知维生素A可以刺激免疫***。在某些研究中发现染料木黄酮具有抗癌活性；其可能的作用机制包括上调凋亡、抑制血管发生、抑制DNA拓扑异构酶II并抑制蛋白酪氨酸激酶。姜黄色素在癌细胞内具有促凋亡效应(proapoptotic effects)并干扰在癌细胞内经常高度过量表达的转录因子NF-κB的活性。已经证实栎精促进大鼠内天然杀伤细胞的活性并抑制肥大细胞、嗜碱性粒细胞和中性粒细胞的脱颗粒。在本实施例中，使用磷酸盐缓冲盐水作为对照。 
肝素化全血与各种饮食补充物在37℃下预温育1小时(在如上所述的血液浓度上)，随后用1.2μL的热聚集性IgG刺激4小时。血液随后在37℃温育2小时，随后使用实施例1内所述的方法评估TNF超家族亚型3mRNA的水平。引物序列在上文表2内给出。TNF超家族亚型3又称作淋巴毒素-α(LTα)、肿瘤坏死因子-β(TNF-β)和淋巴毒素-β(LTβ)。分泌的LTα组装成可溶性同三聚体LTα3。分泌的LTα还与膜结合的LTβ复合以产生两个类型的异三聚体：LTα1/β和LTα2/β1。亚型3由活化的天然CD4细胞、非极化的分泌IL-2的效应细胞和Th1效应细胞表达，并且亚型3特异性受体由某些肿瘤细胞表达。 
结果示于图10内。在图10中，空心圆圈表用PBS对照所获得的TNF超家族亚型3值。而实心圆圈表示使用HAG刺激物时所获得的亚型3值。亚型3mRNA的基础水平不因饮食补充物的预处理而变化(空心圆圈)。然而，该结果显示HAG导致显著诱导暴露于栎精的血液内的TNF超家族亚型3表达 (p＝0.03)。如果该个体也具有表达适宜TNF-R亚型(亚型3)的肿瘤细胞，则该基因表达的增加可以增加肿瘤细胞凋亡，因此，栎精将是包含在具有抗癌特性的用于该个体的饮食内的优良候选者。图10内的Y-轴值表示循环阈值(Ct)。每个数据是来自50mL肝素化的全血的三份等分试样的平均数±标准差。 
本领域技术人员将认识到还有可能筛选药物和其它化学性化合物以类似地影响特定TNF超家族亚型或趋化因子的表达，因此本实施例的***可以广泛用于筛选用于在特定个体内发动抗癌免疫应答的物质。 
通过病理学检验经常在手术切除的组织标本内观察到癌浸润性白细胞。然而，这些发现对患者而言并不总是毫无疑问的良好征兆：有时候癌症进展甚至在白细胞浸润存在时发生。当该现象发生时，病理学家往往疑惑不解。本发明的实施方式还提供对此项技术的进一步改良：在癌细胞内的TNF-R超家族亚型与在浸润性白细胞内的TNF超家族亚型的匹配可能是良好的预后征兆，尤其当趋化因子诱导也得到证实时。 
浸润性白细胞的病理学分析难以解释，因为我们不知道每种白细胞是否遭遇癌细胞并且TNF超家族级联是否被活化。定量的基线TNF超家族mRNA水平也难以解释。相反，本发明的实施方式使用在抗TCR或HAG刺激后，对TNF超家族mRNA亚型表达的功能性变化的分析。由于浸润性白细胞来自血流，本发明实施方式的离体功能性分析将成为有用工具用于在癌症患者及在患有如自身免疫疾病、炎症、移植等的其它疾病的患者内，就诊断监视、治疗监视、预后标记和对有效免疫调节药物、基于单克隆抗体的药物、基因疗法及疫苗鉴定方面分析免疫功能。该分析法简单且接近生理条件(2-4小时温育不分离白细胞的全血)、有统计分析意义地精确(全血的三份等分试样作为原材料)和敏感(60μL全血足以用于全部17种TNF超家族亚型mRNA定量)。由于全血的三份等分试样之间的mRNA数据变异极小，因此该分析法允许鉴定在很多情况下如0.5-1.0ΔCt那样小的基因表达的显著改变，这远优于基于DNA芯片的方法学或常规的实时PCR。NK细胞或细胞毒性T-细胞的数目可以通过流式细胞分析或免疫组织化学染色定量，其中每一细胞群体通过特定的细胞表面标记鉴定。然而，不清楚这些标记阳性细胞是否在分析时具有预期的 功能。虽然本实施例的方法不鉴定具有每种TNF超家族亚型mRNA的刺激应答的特定细胞群体，该方法显示整体的功能，这对理解单个的人有用。所获得的巨大个体变异可以导致发现个体的特定遗传构成。虽然TNF超家族应答在1-3日内显示良好的重复性(图6)，该应答也可以经过长时间并因施饮食补充物和锻炼而变化，这表明涉及到非遗传因素。因此本实施例的方法代表未来个性化癌症免疫疗法的前进方向。 
这类个性化癌症免疫疗法将基于增加血液白细胞内适宜TNF超家族亚型的表达以及通过适宜的趋化因子信号作用召集亚型特异性白细胞。以上所述的实施例的***和方法将用于药物筛选、验证和临床试验。此外，相同***可以可应用于自身免疫疾病，其中抑制适宜的TNF超家族是用药目的。 
城市中大量提供适度装备的警察仅在这些警察派往犯罪现场时才有意义的。如果警官遭遇一伙罪犯，他或她的主要任务是呼唤帮助以引导更多同事至现场，而不是尽量只身逮捕罪犯。对于细胞毒性T-细胞而言，这种行为可能相当于释放趋化因子如CCL和CXCL趋化因子和白细胞介素(IL)(序列可从GenBank和UniGene获得)。因此，监视外周血白细胞内CCL、CXCL和IL也是重要。类似于警察调度员，肿瘤学家能够通过监视外周血内每个患者自身免疫细胞的供应而组织患者自身的免疫细胞。 

Claims (13)

1.测定饮食成分用于治疗患有肿瘤疾病的哺乳动物内肿瘤疾病的可能效用的方法，该方法包括：
获得哺乳动物的全血第一样品；
使哺乳动物的全血第二样品暴露于饮食成分；
使哺乳动物的全血第一样品和第二样品暴露于活化全血内T细胞的刺激物或热聚集性人IgG；
测定来自哺乳动物的全血第一样品和第二样品内多种肿瘤坏死因子(TNF)超家族亚型的mRNA水平；
鉴定在所述的第一样品和第二样品之间显示在所述全血内mRNA水平显著改变的亚型；以及
当已鉴定的TNF超家族亚型对应于表达在哺乳动物瘤细胞内的特定TNF-R超家族亚型时，确定所述饮食成分可能具有用于***疾病的功用。
2.根据权利要求1所述的方法，其中，使第一样品在暴露于活化全血内T细胞的刺激物或热聚集性人IgG之前暴露于对照刺激物。
3.根据权利要求1所述的方法，其中，所述瘤细胞内表达的TNF-R超家族亚型选自由TNF-R超家族亚型1A、3、12A和14所组成的组中。
4.根据权利要求1所述的方法，其中，瘤细胞内表达的TNF-R超家族亚型得到鉴定。
5.根据权利要求4所述的方法，其中，所述瘤细胞内表达的TNF-R超家族亚型采用选自由下列所组成的组中的方法鉴定：免疫染色、原位杂交、原位聚合酶链式反应和体外聚合酶链式反应。
6.活化全血内T细胞的刺激物或热聚集性人IgG在制备测定患有肿瘤疾病的哺乳动物内肿瘤疾病预后的可能严重性的药物中的应用，该应用包括：
测定来自哺乳动物的全血第一样品内多种肿瘤坏死因子(TNF)超家族亚型的mRNA水平；
使哺乳动物的全血第二样品暴露于活化全血内T细胞的刺激物或热聚集性人IgG；
测定第二样品内的多种肿瘤坏死因子(TNF)超家族亚型的mRNA水平；
鉴定在所述的第一样品和第二样品之间显示在所述全血内mRNA水平显著改变的亚型；并且
当已鉴定的TNF超家族亚型与哺乳动物瘤细胞内表达的特定肿瘤坏死因子受体(TNF-R)超家族亚型相对应时，确定预后可能较低的严重性。
7.根据权利要求6所述的应用，其中，瘤细胞内表达的TNF-R超家族亚型得到鉴定。
8.根据权利要求7所述的应用，其中，所述瘤细胞内表达的TNF-R超家族亚型采用选自由下列所组成的组中的方法鉴定：免疫染色、原位杂交、原位聚合酶链式反应和体外聚合酶链式反应。
9.根据权利要求6所述的应用，其中，所述暴露第二样品的全血包括添加肝素。
10.根据权利要求6所述的应用，其中，由发病细胞表达的肿瘤坏死因子受体超家族亚型选自由下列所组成的组中：TNF-R超家族亚型1A、1B、3、4、5、6、7、8、9、10A、10B、10C、10D、11A、11B、12A、14、17、18和25。
11.根据权利要求6所述的应用，其中，所述表达于所述已被暴露的全血内的肿瘤坏死因子超家族亚型选自由下列所组成的组中：TNF超家族亚型1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、13B、14、15和18。
12.根据权利要求6所述的应用，该应用还包括：
测定来自哺乳动物的全血第一样品内多种趋化因子的mRNA水平；
使哺乳动物的全血第二样品暴露于活化全血内T细胞的刺激物或热聚集性人IgG；
测定第二样品内多种趋化因子的mRNA水平；
当鉴定在所述的第一样品和第二样品之间显示在所述全血内mRNA水平显著改变的趋化因子时，确定预后可能较低的严重性。
13.根据权利要求12所述的应用，其中，所述的趋化因子选自由下列所组成的组中：CCL1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL6、CCL7、CCL8、CCL9、CCL10、CCL11、CCL12、CCL13、CCL14、CCL15、CCL16、CCL17、CCL18、CCL19、CCL20、CCL21、CCL22、CCL23、CCL24、CCL25、CCL26、CCL27、CCL28、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL4、CXCL5、CXCL6、CXCL7、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL12、CXCL13、CXCL14、CXCL16、IL1B、IL5、IL6、IL8、IL12A、IL12B、IL15和IL16。
CN2006800202986A 2005-06-08 2006-06-08 用于基于瘤细胞及受刺激的白细胞内mRNA表达谱而预测对肿瘤疾病的免疫应答的方法 Expired - Fee Related CN101194027B (zh)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US68874405P 2005-06-08 2005-06-08
US60/688,744 2005-06-08
US73550805P 2005-11-11 2005-11-11
US60/735,508 2005-11-11
PCT/US2006/022427 WO2006133399A1 (en) 2005-06-08 2006-06-08 METHOD FOR PREDICTING IMMUNE RESPONSE TO NEOPLASTIC DISEASE BASED ON mRNA EXPRESSION PROFILE IN NEOPLASTIC CELLS AND STIMULATED LEUKOCYTES

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN101194027A CN101194027A (zh) 2008-06-04
CN101194027B true CN101194027B (zh) 2012-10-24

Family

ID=37498782

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN2006800202986A Expired - Fee Related CN101194027B (zh) 2005-06-08 2006-06-08 用于基于瘤细胞及受刺激的白细胞内mRNA表达谱而预测对肿瘤疾病的免疫应答的方法

Country Status (7)

Country Link
US (1) US7741023B2 (zh)
EP (2) EP1904657B1 (zh)
JP (1) JP4800384B2 (zh)
CN (1) CN101194027B (zh)
AT (2) ATE510929T1 (zh)
DE (1) DE602006019312D1 (zh)
WO (1) WO2006133399A1 (zh)

Families Citing this family (29)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101426930A (zh) * 2004-05-25 2009-05-06 日立化成工业株式会社 检测癌症易感性的方法
JP4772055B2 (ja) * 2004-10-20 2011-09-14 日立化成工業株式会社 ｍＲＮＡの定量により薬剤の投与を選定する方法
CN101166537B (zh) * 2005-04-28 2013-01-23 日立化成研究中心公司 全血中基因的体外表达作为评定对饮食补充物个体差异的模型
WO2009070442A2 (en) * 2007-11-14 2009-06-04 Hitachi Chemical Co. Ltd. Fc receptor-mediated tumor necrosis factor superfamily mrna expression in peripheral blood leukocytes
DE102007045562A1 (de) * 2007-09-24 2009-04-02 Robert Bosch Gmbh Steuereinrichtung für eine Anzeigeeinrichtung einer Einparkeinrichtung und Verfahren zur Darstellung
CN102792161B (zh) * 2009-08-28 2014-11-12 阿斯图特医药公司 肾损伤和肾衰竭的诊断及预后的方法及组合物
JP5706913B2 (ja) * 2009-12-16 2015-04-22 日立化成株式会社 攻撃的及び防御的免疫マーカーのｅｘｖｉｖｏ誘導により宿主免疫機能を特徴付けるための方法
AU2011242990B2 (en) 2010-04-19 2015-02-12 Biomarker Strategies, Llc. Compositions and methods for prediction of drug sensitivity, resistance, and disease progression
WO2011131472A1 (en) * 2010-04-22 2011-10-27 Institut Gustave Roussy Compounds and uses thereof to induce an immunogenic cancer cell death in a subject
WO2012007783A1 (en) * 2010-07-13 2012-01-19 Institut Gustave Roussy Kits and methods for detecting the ability to induce an immunogenic cancer cell death in a subject
WO2011131246A1 (en) * 2010-04-22 2011-10-27 Institut Gustave Roussy Compounds and uses thereof to induce an immunogenic cancer cell death in a subject
US8865653B2 (en) 2010-04-22 2014-10-21 Institut Gustave Roussy Method of treatment for immunogenic treatment resistant cancer
JP2013528371A (ja) 2010-05-07 2013-07-11 日立化成株式会社 インターフェロン応答マーカーのエクスビボ誘導によるインターフェロンに対する宿主応答性を特徴づける方法
EP2388312A1 (en) 2010-05-17 2011-11-23 Curetis AG Universally applicable lysis buffer and processing methods for the lysis of bodily samples
WO2011156763A1 (en) 2010-06-11 2011-12-15 Hitachi Chemical Co., Ltd. Methods for characterizing kidney function
WO2011156734A2 (en) 2010-06-11 2011-12-15 Hitachi Chemical Co., Ltd. Method of characterizing vascular diseases
JP5823031B2 (ja) 2011-06-10 2015-11-25 日立化成株式会社 小胞捕捉デバイスおよびそれを用いるための方法
WO2013012947A1 (en) 2011-07-18 2013-01-24 Hitachi Chemical Co., Ltd. Methods of predicting host responsiveness to cancer immunotherapies by ex vivo induction of leukocyte-function-associated mrnas
AU2012301664A1 (en) * 2011-08-31 2014-02-27 Oncocyte Corporation Methods and compositions for the treatment and diagnosis of cancer
WO2014039231A1 (en) * 2012-09-06 2014-03-13 Hitachi Chemical Co., Ltd Methods for assessment of peptide-specific immunity
JP2014057582A (ja) * 2012-09-17 2014-04-03 Hitachi Chemical Co Ltd 細胞傷害活性を予測するための方法及びキット
CN103193886A (zh) * 2013-04-14 2013-07-10 浙江大学 鼠抗人T细胞抗原ZCH-2B8a荧光标记单抗的用途
DE212013000295U1 (de) 2013-05-06 2016-02-02 Hitachi Chemical Co. America, Ltd. Vorrichtungen zum Einfangen von Zielmolekülen
JP2017530356A (ja) 2014-09-26 2017-10-12 ソマロジック, インコーポレイテッドSomaLogic, Inc. 心血管系のリスクイベントの予測及びその使用
US10266895B2 (en) 2014-11-05 2019-04-23 Hitachi Chemical Company Ltd. Exosomes and microvesicles in intestinal luminal fluids and stool and use of same for the assessment of inflammatory bowel disease
JP6631852B2 (ja) 2014-11-12 2020-01-15 日立化成株式会社 臓器障害を診断するための方法および装置
WO2017040520A1 (en) 2015-08-31 2017-03-09 Hitachi Chemical Co., Ltd. Molecular methods for assessing urothelial disease
WO2017193080A1 (en) * 2016-05-05 2017-11-09 Nantomics, Llc Checkpoint failure and methods therefor
EP3526607A4 (en) * 2016-10-14 2020-06-03 Stickycell Pty Ltd LEUCOCYTE ADHESIVE FUNCTION TESTS, DEVICES AND / OR USE

Family Cites Families (28)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4925572A (en) 1987-10-20 1990-05-15 Pall Corporation Device and method for depletion of the leukocyte content of blood and blood components
US4880548A (en) 1988-02-17 1989-11-14 Pall Corporation Device and method for separating leucocytes from platelet concentrate
US5210015A (en) 1990-08-06 1993-05-11 Hoffman-La Roche Inc. Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase
US5491063A (en) 1994-09-01 1996-02-13 Hoffmann-La Roche Inc. Methods for in-solution quenching of fluorescently labeled oligonucleotide probes
EP0938320B2 (en) 1996-03-26 2014-06-18 Michael S. Kopreski Method enabling use of extracellular rna extracted from plasma or serum to detect, monitor or evaluate cancer
US5683698A (en) 1996-08-02 1997-11-04 New England Deaconess Hospital Formulation for alleviating symptoms associated with arthritis
US7514232B2 (en) 1996-12-06 2009-04-07 Becton, Dickinson And Company Method for detecting T cell response to specific antigens in whole blood
US6183951B1 (en) 1997-04-11 2001-02-06 Prometheus Laboratories, Inc. Methods of diagnosing clinical subtypes of crohn's disease with characteristic responsiveness to anti-Th1 cytokine therapy
US20020006613A1 (en) 1998-01-20 2002-01-17 Shyjan Andrew W. Methods and compositions for the identification and assessment of cancer therapies
AU768189B2 (en) 1999-06-15 2003-12-04 Nutri-Logics, Inc. Nutrient formulations for disease reduction, and related treatment and component screening methods
US6692916B2 (en) * 1999-06-28 2004-02-17 Source Precision Medicine, Inc. Systems and methods for characterizing a biological condition or agent using precision gene expression profiles
US6549616B1 (en) * 2000-03-20 2003-04-15 Serconet Ltd. Telephone outlet for implementing a local area network over telephone lines and a local area network using such outlets
US20020048566A1 (en) 2000-09-14 2002-04-25 El-Deiry Wafik S. Modulation of cellular apoptosis and methods for treating cancer
US20020182274A1 (en) 2001-03-21 2002-12-05 Kung-Ming Lu Methods for inhibiting cancer growth, reducing infection and promoting general health with a fermented soy extract
US6905827B2 (en) 2001-06-08 2005-06-14 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing or monitoring auto immune and chronic inflammatory diseases
KR20040064275A (ko) 2001-11-09 2004-07-16 소스 프리시전 메디슨, 인코포레이티드 유전자 발현 프로파일을 이용한 질병의 동정, 모니터링,치료 및 생물학적 상태의 확인
CA2467629A1 (en) 2001-11-20 2003-05-30 Oncomedx, Inc. Methods for evaluating drug-resistance gene expression in the cancer patient
US7871619B2 (en) * 2001-11-30 2011-01-18 Chemocentryx, Inc. Compositions and methods for detecting and treating diseases and conditions related to chemokine receptors
FI20020078A (fi) 2002-01-15 2003-07-16 Danisco Immuunijärjestelmän stimulointi polydextroosilla
US6878518B2 (en) 2002-01-22 2005-04-12 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Methods for determining steroid responsiveness
US7745180B2 (en) 2002-04-24 2010-06-29 Hitachi Chemical Co., Ltd. Device and method for high-throughput quantification of mRNA from whole blood
WO2003099312A1 (en) 2002-05-27 2003-12-04 Östergötlands Läns Landsting Method for determining immune system affecting compounds
AU2002953533A0 (en) 2002-12-24 2003-01-16 Arthron Limited Fc receptor modulating compounds and compositions
CN101426930A (zh) 2004-05-25 2009-05-06 日立化成工业株式会社 检测癌症易感性的方法
WO2006110091A1 (en) 2005-04-15 2006-10-19 Therim Diagnostica Ab Diagnostic method for detecting cancer by measuring amount of a cytokine like il-6
CN101166537B (zh) * 2005-04-28 2013-01-23 日立化成研究中心公司 全血中基因的体外表达作为评定对饮食补充物个体差异的模型
US7935482B2 (en) 2005-09-27 2011-05-03 Source Precision Medicine, Inc. Gene expression profiling for identification monitoring and treatment of rheumatoid arthritis
US20100190162A1 (en) 2007-02-26 2010-07-29 Cedars-Sinai Medical Center Methods of using single nucleotide polymorphisms in the tl1a gene to predict or diagnose inflammatory bowel disease

Non-Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Anas Younes等.Clinical Implications of the Tumor Necrosis Factor Family in Benign and Malignant Hematologic Disorders.《CANCER》.2003 American Cancer Society,2003,第98卷(第3期),第458－467页. *
Anas Younes等.Emerging Applications of the Tumor Necrosis Factor Family of Ligands and Receptors in Cancer Therapy.《BIOLOGY OF NEOPLASIA》.2003 American Society of Clinical Oncology,2003,第21卷(第18期),第3526-3534页. *
J&ouml
Jörn Sträter等.Expression of TRAIL and TRAIL Receptors in Colon Carcinoma:TRAIL-R1 Is an Independent Prognostic Parameter.《Clinical Cancer Research》.2002 American Association for Cancer Research,2002,第8卷第3734-3740页. *
rn Str&auml
ter等.Expression of TRAIL and TRAIL Receptors in Colon Carcinoma:TRAIL-R1 Is an Independent Prognostic Parameter.《Clinical Cancer Research》.2002 American Association for Cancer Research,2002,第8卷第3734－3740页.

Also Published As

Publication number Publication date
DE602006019312D1 (de) 2011-02-10
WO2006133399A9 (en) 2007-03-01
EP1904657A4 (en) 2008-12-31
JP4800384B2 (ja) 2011-10-26
EP1904657B1 (en) 2011-05-25
ATE510929T1 (de) 2011-06-15
US20090111128A1 (en) 2009-04-30
ATE493515T1 (de) 2011-01-15
EP1964931B1 (en) 2010-12-29
EP1964931A2 (en) 2008-09-03
WO2006133399A1 (en) 2006-12-14
JP2008543286A (ja) 2008-12-04
EP1964931A3 (en) 2009-01-21
EP1904657A1 (en) 2008-04-02
CN101194027A (zh) 2008-06-04
US7741023B2 (en) 2010-06-22

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN101194027B (zh) 用于基于瘤细胞及受刺激的白细胞内mRNA表达谱而预测对肿瘤疾病的免疫应答的方法
Das et al. Combination therapy with anti–CTLA-4 and anti–PD-1 leads to distinct immunologic changes in vivo
AU2017261685B2 (en) Methods for classifying patients with a solid cancer
Martinez-Delgado et al. Expression profiling of T-cell lymphomas differentiates peripheral and lymphoblastic lymphomas and defines survival related genes
US7838239B2 (en) Methods regarding enhanced T-cell receptor-mediated tumor necrosis factor superfamily mRNA expression in peripheral blood leukocytes in patients with crohn's disease
EP3639172A1 (en) Systems and methods for identifying cancer treatments from normalized biomarker scores
AU2013296233B2 (en) Biomarker associated with risk of melanoma reoccurrence
Suarez‐Álvarez et al. Phenotypic characteristics of aged CD 4+ CD 28null T lymphocytes are determined by changes in the whole‐genome DNA methylation pattern
EP2513336B1 (en) Method for characterizing host immune function by ex vivo induction of offensive and defensive immune markers
EP2734233B1 (en) Methods of predicting host responsiveness to cancer immunotherapies by ex vivo induction of leukocyte-function-associated mrnas
García-Salum et al. Molecular signatures associated with tumor-specific immune response in melanoma patients treated with dendritic cell-based immunotherapy
Singh et al. 189P Prognostic significance of lymphocyte activation gene-3 (LAG3 gene) in uveal melanoma patients
Di Roio et al. MDR1-expressing CD4+ T cells with Th1. 17 features resist to neoadjuvant chemotherapy and are associated with breast cancer clinical response
EP3974541A1 (en) Composition for cancer diagnosis
JP2020509354A (ja) がんの重症度を評価するためのｔｉｍ−３
WO2022016447A1 (zh) 用于评估结直肠癌患者对免疫治疗药物响应性的标志物
Kortekaas Towards a tailored therapeutic approach for vulvar cancer patients
Dogan et al. Gene expression profiling of pulmonary mucosa-associated lymphoid

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C14 Grant of patent or utility model
GR01 Patent grant
CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee

Granted publication date: 20121024

Termination date: 20180608

CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee