BRPI0714714A2 - composiÇÕes de polipeptÍdeo de retrovÍrus endàgeno humano e (herv) e seus mÉtodos e usos - Google Patents

Abstract

COMPOSIÇÕES DE POLIPETÍDEO DE RETROVÍRUS ENDàGENO HUMANO (HERV) E SEUS MÉTODODS E USO.A presente invenção refere-se poipeptídeos HERV isolados, e composições, incluindo composições imunogênicas, compreendendo um polipeptídeo HERV.A presente invenção fornece composições imunogênicas compreendendo um ácido nucléico o qual compreende uma sequência de nucleotídeo codificando um polipeptídeo HERV.As composições imunogênicas são úteis para estimular uma resposta imune da célula T a um peptídeo lentiviral.A presente invenção adicionalmente fornece métodos de estrovírus ou lentivívirus.A presente invenção adicionalmente fornece métodos para tratar câncer nos quais polipeptídeos HERV são expressos.Também fornecidos são métodos para tratar distúrbios, envolvendo diminuição de uma respsota imune para um polipeptídeo HERV.

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para "COMPOSI- ÇÕES DE POLIPEPTÍDEO DE RETROVÍRUS ENDÓGENO HUMANO (HERV) E SEUS MÉTODOS E USOS".

Referência Cruzada

Esse pedido reivindica o benefício do Pedido de Patente Provi-

sória U.S. N0 60/832.465, depositado em 21 de julho de 2006, pedido que é incorporado aqui a título de referência em sua totalidade. Antecedentes da Invenção

As seqüências de retrovírus endógeno humano caracterizam 8,29% do genoma humano de rascunho. Sua preponderância resultou do acúmulo de agentes infecciosos retrovirais passados que entraram na linha genética e estabeleceram uma trégua com a célula hospedeira. Os genes co-optados pelo hospedeiro dos retrovírus endógenos revelam-se participan- tes ativos em alguns processos celulares incluindo defesa viral por Fv1 e Fv4 no rato, e fusão celular no desenvolvimento placentário humano media- do através de sincitina. Embora transcrições de HERV tenham sido detecta- das em ambos tecidos normais e cancerosos, incluindo células T1 sua fun- ção na função celular normal e carcinogênese não é clara. Enquanto as condições celulares que promovem transcrição de HERV não são bem en- tendidas, os APOBECs mostraram desempenhar uma função no controle de retrovírus humanos. Literatura

Griffiths (2001) Genome Biology 2:1017.1-1017.5; Muller e De Boer (2006) PLoS Pathogens 2:0149; Nelson e outros (2003) J. Clin. Pathol: Mol. Pathol. 56:11-18; Contreras-Galindo e outros (2007) AIDS Res. Human Retrovir. 23:116-122; Publicação de Patente U.S. N0 2005/0118573; Rakoff- Nahoum e outros (2006) AIDS Res. Human Retrovir. 22:52-56; Schiavetti e outros (2002) Câncer Res. 62:5510-5516; Buscher e outros (2005) Câncer Res. 65:4172; Clerici e outros (1999) J. Neuroimmunol. 99:173. Sumário da Invenção

A presente invenção fornece polipeptídeos HERV isolados; e composições, incluindo composições imunogênicas, compreendendo um P polipeptídeo de HERV. A presente invenção fornece composições imunogê- nicas compreendendo um ácido nucléico compreendendo uma seqüência de nucleotídeo-codificando um polipeptídeo de HERV. As composições imuno- gênicas são úteis para estimular uma resposta imune da célula T a um pep- tídeo lentiviral. A presente invenção adicionalmente fornece métodos para estimular uma resposta imune em um indivíduo em uma célula infectada com lentivírus Iou retrovírus. A presente invenção adicionalmente fornece métodos para tratar cânceres nos quais polipeptídeos HERV são expressos. São também fornecidos métodos para tratar distúrbios, envolvendo diminuir uma resposta imune a um polipeptídeo de HERV. Breve Descrição dos Desenhos

As Figuras 1A e 1B descrevem a expressão de transcrições de HERV-K em plasma dos indivíduos HIV positivos e negativos.

A Figura 2 descreve alinhamentos de aminoácidos HERV/HIV de HIV HXB-2 e várias inserções de HERV mostrando segmentos das proteínas Gag e Transcriptase Reversa.

A Figura 3 descreve respostas ELISPOT de células T a antíge- nos de HERV e HIV em indivíduos HIV positivos e negativos.

A Figura 4 descreve uma correlação inversa entre respostas de célula T anti-HERV e carga viral de plasma HIV-1.

A Figura 5 descreve os resultados de um ensaio de liberação de 51Cr para medir a citotoxicidade de células T CD8+ específicas de HERV-L IQ10.

A Figura 6 descreve uma seqüência de aminoácido de transcrip- tase reversa de HERV-K.

A Figura 7A descreve uma seqüência de aminoácido de uma transcriptase reversa de HERV-L.

A Figura 7B descreve uma seqüência de nucleotídeo codificando uma transcriptase reversa de HERV-L. A Figura 8A descreve uma seqüência de aminoácido de um en-

velope de HERV-H.

A Figura 8B descreve uma seqüência de nucleotídeo codificando um envelope de HERV-L. Definições

------- _ -ütna~amostra biológica" abrange uma variedade de tipos de a-

mostra obtida a partir de um indivíduo e pode ser usada em um ensaio de monitoramento e de diagnóstico. A definição abrange sangue e outras amos- tras líquidas de origem biológica, amostras de tecido sólido tal como um es- pécime de biópsia ou culturas de tecido ou células derivadas dessas e a pro- gênie dessas. A definição também inclui amostras que foram manipuladas de qualquer forma após sua aquisição, tal como por tratamento com reagentes, lavadas, ou enriquecimento para certas populações de células, tais como Iin- fócitos T CD4+, linfócitos T CD8+, células gliais, macrófagos, células tumorais, células mononucleares do sangue periférico (PBMC), e seus similares. O ter- mo "amostra biológica" abrange uma amostra clínica, e também inclui células em cultura, sobrenadantes de célula, amostras de tecido, órgãos, medula ós- sea, sangue, plasma, soro, fluido cérebro-espinhal, e seus similares.

O termo "retrovírus" é bem conhecido na técnica, e inclui vírus de RNA envelopado de senso positivo e filamento único que incluem, por exemplo, o gênero Gammaretrovírus (por exemplo, vírus de tumor mamário de ratos); o gênero Epsilonretrovírus; o gênero Alfaretrovírus (por exemplo, vírus da Ieucose aviária); o gênero Betaretrovírus; o gênero Deltaretrovírus (por exemplo, vírus da leucemia bovina, vírus linfotrópico T humano (HTLV)); o gênero Lentivírus; e o gênero Spumavírus. O termo "lentivírus", como usa- do aqui, refere-se a um gênero de vírus da família Retroviridae, e inclui o vírus-1 da imunodeficiência humana (HIV-1); vírus-2 da imunodeficiência humana (HIV-2); vírus da imunodeficiência simiana (SIV); e vírus da imuno- deficiência felina (FIV).

"Veículo de liberação de gene" refere-se a um construto que é capaz de liberar, e, em algumas modalidades, expressa uma ou mais se- qüências de nucleotídeo(s) ou gene(s) de interesse em uma célula hospedei- ra. Exemplos representativos de tais veículos incluem vetores virais, vetores de expressão de ácido nucléico, DNA nu, e certas células eucarióticas (por exemplo, células produtoras). Operacionalmente ligados" refere-se a um arranjo de elementos onde os componentes assim descritos são configurados tal como para exe- cutar sua função usual. Assim, os elementos de controle operacionalmente ligados a uma seqüência de codificação são capazes de efetuar a expressão da seqüência de codificação. Os elementos de controle não necessitam ser contíguos com a seqüência de codificação, contanto que eles funcionem pa- ra direcionar a expressão dessa. Assim, por exemplo, as seqüências já transcritas não traduzidas intervening podem estar presentes entre uma se- qüência promotora e a seqüência de codificação, e a seqüência promotora pode ainda ser considerada "operacionalmente ligada" à seqüência de codi- ficação.

Como usado aqui, o termo "isolado" visa descrever um polinu- cleotídeo, um polipeptídeo, ou uma célula que está em um ambiente diferen- te daquele no qual o polinucleotídeo, o polipeptídeo, ou a célula naturalmen- te ocorre. Uma célula hospedeira geneticamente modificada isolada pode estar presente em uma população de mistura de células hospedeiras geneti- camente modificadas. Um polipeptídeo isolado será sintético em algumas modalidades. Os "polipeptídeos sintéticos" são montados a partir de aminoá- cidos, e são quimicamente sintetizados in vitro, por exemplo, síntese química livre de célula, usando procedimentos conhecidos por aqueles versados na técnica.

Por "purificado" entende-se um composto de interesse (por e- xemplo, um polipeptídeo) que foi separado de componentes que o acompa- nham por natureza. "Purificado" pode também ser usado para se referir a um composto de interesse separado de componentes que podem acompanhá-lo durante a fabricação (por exemplo, na síntese química). Em algumas moda- lidades, um composto é substancialmente puro quando ele é ao menos 50% a 60%, do peso, livre de moléculas orgânicas com as quais ele está natural- mente associado ou com as quais ele é associado durante a fabricação. Em algumas modalidades, a preparação é ao menos 75%, ao menos 90%, ao menos 95%, ou ao menos 99%, do peso, do composto de interesse. Um composto substancialmente puro pode ser obtido, por exemplo, pela extra- ção de uma fonte natural (por exemplo, bactéria), sintetizando-se quimica- mente um composto, ou por uma combinação de purificação e modificação química. Um composto substancialmente puro pode também ser obtido, por exemplo, enriquecendo-se uma amostra tendo um composto que se liga a um anticorpo de interesse. A pureza pode ser medida por qualquer método apropriado, por exemplo, cromatografia, espectroscopia de massa, análise por cromatografia líquida de alto desempenho, etc.

O termo "heterólogo", como usado aqui no contexto de um poli- peptídeo de HERV, onde uma proteína de fusão de polipeptídeo de HERV compreende um polipeptídeo de HERV e um polipeptídeo heterólogo, refere- se a um polipeptídeo que é outro além de um polipeptídeo de HERV, por exemplo, um polipeptídeo que não é normalmente associado com um poli- peptídeo de HERV. Por exemplo, um polipeptídeo heterólogo não produz identidade de seqüência de aminoácido significativa para o polipeptídeo an- tigênico HERV, por exemplo, o polipeptídeo heterólogo tem menos de apro- ximadamente 50%, menos de aproximadamente 40%, menos de aproxima- damente 30%, ou menos de aproximadamente 20% de identidade de se- qüência de aminoácido para o polipeptídeo antigênico HERV.

Um "antígeno" é definido aqui para incluir qualquer substância que pode ser especificamente ligada a uma molécula de anticorpo. Um "i- munogene" é um antígeno que é capaz de iniciar ativação de linfócito resul- tando em uma resposta imune específica de antígeno.

Por "epítopo" entende-se um sítio em um antígeno ao qual célu- las B e/ou células T específicas respondem. O termo é também usado de forma intercambiável com "determinante antigênico" ou "sítio determinante antigênico". Os sítios epítopos de célula B em proteínas, polissacarídeos, ou outros biopolímeros podem ser compostos de porções a partir de partes dife- rentes da macromolécula que foram colocadas juntas por dobramento. Os epítopos desse tipo são referidos como epítopos conformacionais ou des- contínuos, desde que o sítio é composto de segmentos do polímero que são descontínuos na seqüência linear, mas são contínuos na conformação(ões) dobradas. Os epítopos que são compostos de segmentos únicos de biopolí- meros ou outras moléculas são chamados epítopos contínuos ou lineares. Os epítopos de célula T são geralmente peptídeos lineares. Os anticorpos que reconhecem o mesmo epítopo podem ser marcados em um imunoen- saio simples mostrando a capacidade de um anticorpo bloquear a ligação de outro anticorpo a um antígeno alvo.

Os termos "câncer", "neoplasmo" e "tumor" são usados aqui de forma intercambiável para se referirem a células que exibem crescimento relativamente autônomo, tal que eles exibem um fenótipo de crescimento anormal caracterizado por uma perda significativa de controle de proliferação celular. As células de interesse para tratamento na aplicação presente inclu- em células pré-cancerosas, malignas, pré-metásticas, metásticas, e não me- tásticas, bem como carcinoma ín situ.

O "fenótipo canceroso" geralmente refere-se a qualquer uma de uma variedade de fenômenos biológicos que são característicos de uma cé- lula cancerosa, fenômenos que podem variar com o tipo de câncer. O fenóti- po canceroso é geralmente identificado por anormalidades, por exemplo, no crescimento ou proliferação celular (por exemplo, crescimento ou prolifera- ção descontrolada), regulação do ciclo da célula, mobilidade celular, intera- ção célula-célula, ou metástase, etc. Os termos "sujeito", "indivíduo", "hospedeiro", e "paciente" são

usados de forma intercambiável aqui para se referirem a um mamífero, inclu- indo, mas não limitado a, roedores (ratos, camundongos), felinos, primatas não humanos (por exemplo, simianos), seres humanos, cães, ungulados, etc.

Os termos "tratamento", "tratando", "tratar" e seus similares são usados aqui para geralmente se referir a obter um efeito fisiológico e/ou far- macológico desejado. O efeito pode ser profilático em termos de impedir completa ou parcialmente uma doença ou sintoma dessa e/ou pode ser te- rapêutico em termos de uma estabilização parcial ou completa ou cura para uma doença e/ou efeito adverso atribuído à doença. "Tratamento", como u- sado aqui, cobre qualquer tratamento de uma doença em um mamífero, par- ticularmente um ser humano, e inclui: (a) impedir que a doença ou sintoma ocorra em um sujeito que pode ser pré-disposto à doença ou sintoma, mas que ainda não foi diagnosticado como tendo-a; (b) inibir o sintoma da doen- ça, isto é, interromper seu desenvolvimento; ou (c) aliviar o sintoma da do- ença, isto é, curar a regressão da doença ou sintoma.

Antes de a presente invenção ser adicionalmente descrita, en- tende-se que essa invenção não é limitada às modalidades particulares des- critas, como tal podem, é claro variar. Entende-se também que a terminolo- gia usada aqui é para o propósito de descrever modalidades particulares somente, e não pretendem ser limitantes, desde que o escopo da presente invenção será limitado somente pelas reivindicações em anexo. Quando uma faixa de valores é fornecida, entende-se que cada

valor interveniente, à décima unidade do limite inferior a menos que o con- texto claramente dite de outra forma, entre o limite superior e inferior dessa faixa e qualquer outro valor interveniente ou determinado nessa faixa deter- minada, é abrangido na invenção. Os limites superior e inferior dessas faixas menores podem ser independentemente incluídos nas faixas menores, e são também abrangidos na invenção, sujeitos a qualquer limite especificamente excluído na faixa determinada. Quando a faixa determinada inclui um ou ambos os limites, as faixas excluindo qualquer um ou ambos os limites inclu- ídos são também incluídas na invenção. A menos que de outra forma definidos, todos os termos técnicos

e científicos usados aqui têm o mesmo significado como usualmente enten- dido por um versado na técnica à qual esta invenção pertence. Embora quaisquer métodos e materiais similares ou equivalentes àqueles descritos aqui podem também ser usados na prática ou teste da presente invenção, os métodos e materiais preferenciais são agora descritos. Todas as publicações mencionadas aqui são incorporadas aqui por referência para descrever os métodos e/ou materiais em conjunto com os quais as publicações são cita- das.

Deve-se notar que como usado aqui e nas reivindicações em anexo, as formas singulares "um", "e", e "o" incluem referências plurais, a menos que o contexto claramente dite de outra forma. Assim, por exemplo, referência a "um polipeptídeo de retrovírus endógeno humano" inclui uma pluralidade de tais polipeptídeos e referência à "composição imunogênica" inclui referência a uma ou mais composições imunogênicas e equivalentes dessas conhecidos pelos versados na técnica, e assim por diante. Nota-se adicionalmente que as reivindicações podem ser rascunhadas para excluir quaisquer elementos opcionais. Como tal, essa determinação pretende ser- vir como base antecedente para uso de tal terminologia exclusiva como "uni- camente", "somente" e seus similares em conjunto com a citação dos ele- mentos de reivindicação, ou uso de uma limitação "negativa".

As publicações discutidas aqui são fornecidas unicamente para sua descrição antes da data de depósito do presente pedido. Nada aqui é interpretado como uma admissão de que a presente invenção não é intitula- da para antedatar tal publicação em virtude da invenção anterior. Ademais, as datas de publicação fornecidas podem ser diferentes das datas de publi- cação reais que podem necessitar ser independentemente confirmadas. Descrição Detalhada da Invenção

A presente invenção fornece polipeptídeos HERV isolados, e composições incluindo composições imunogênicas, compreendendo um po- lipeptídeo de HERV. A presente invenção fornece composições imunogêni- cas que compreendem um ácido nucléico compreendendo uma seqüência de nucleotídeo codificando um polipeptídeo de HERV. As composições imu- nogênicas são úteis para estimular uma resposta imune de célula T a um peptídeo lentiviral. A presente invenção adicionalmente fornece métodos para estimular uma resposta imune em um indivíduo a uma célula infectada por retrovírus ou lentivírus. A presente invenção ademais fornece métodos para tratar cânceres nos quais polipeptídeos HERV são expressos por célu- las cancerosas. São também fornecidos métodos para tratar distúrbios, en- volvendo diminuir uma resposta imune a um polipeptídeo de HERV.

Em algumas modalidades, uma composição imunogênica em questão induz uma resposta imune de célula T específica para uma célula infectada por lentivírus, por exemplo, uma célula infectada pelo vírus da i- munodeficiência humana (HIV). Os epítopos exibidos por um polipeptídeo de HERV estimulam ou intensificam uma resposta imune de célula T aos epíto- pos. Quando os epítopos HERV estão também presentes na superfície de uma célula infectada por lentivírus, uma resposta de célula T à célula infec- tada por lentivírus também ocorre. Uma "resposta imune de célula T" inclui um ou mais de: (1) um aumento no número e/ou atividade de células T CD4+ específicas para o epítopo HERV; (2) um aumento no número e/ou atividade (por exemplo, citotoxicidade) de células T CD8+ específicas para o epítopo HERV; e (3) secreção de citocinas que induzem ou são indicativas de uma resposta imune tipo Th2. As citocinas que induzem ou são indicati- vas de uma resposta imune Th2 incluem, mas não estão limitadas a, interfe- rona gama (IFN-γ), IL-2, e necrose de tumor fator alfa (TNF-α). As respostas imunes de célula T que são estimuladas com uma composição imunogênica em questão incluem uma resposta imune de célula T e uma resposta imune de célula T sistêmica.

Uma composição imunogênica em questão pode ser formulada em qualquer variedade de formas, incluindo ma formulação adequada para administração intravenosa, administração subcutânea, ou outra via parente- ral de administração; uma formulação adequada para administração a um tecido mucoso; e seus similares. A presente invenção fornece formulações farmacêuticas compreendendo uma composição imunogênica em questão. A presente invenção adicionalmente fornece composições de

polipeptídeo de HERV que são adequadas para uso no monitoramento da resposta do paciente ao tratamento para uma infecção de lentivírus (por e- xemplo, uma infecção de HIV). Assim, a presente invenção adicionalmente fornece métodos para monitorar uma resposta do paciente ao tratamento para uma infecção de lentivírus (por exemplo, uma infecção de HIV). Polipeptídeos HERV Isolados

A presente invenção fornece polipeptídeos HERV isolados, e composições compreendendo os polipeptídeos HERV. Os polipeptídeos HERV isolados encontram uso, por exemplo, em gerar composições imuno- gênicas (por exemplo, para intensificar uma resposta imune em um indivíduo a um polipeptídeo de HERV); gerar composições imunomodulatórias (por exemplo, para reduzir uma resposta imune em um indivíduo a um polipeptí- m deo de HERV; monitorar a resposta do paciente à terapia, por exemplo, te- rapia para uma infecção de lentivírus; determinar o estágio de uma doença; detectar uma doença; e para gerar células T CD8+ para métodos de transfe- rência adotados.

Polipeptídeos HERV

Os polipeptídeos HERV incluem polipeptídeos codificados por qualquer classe ou grupo de HERV, por exemplo, HERV-W, HERV-H, HERV-K, HERV-L, e HERV-S, e qualquer subgrupo desses. As classes, gru- pos e subgrupos de HERV são conhecidos na técnica. Ver, por exemplo, Griffiths (2001) Genome Biology 2:1017.1-1017.5.

Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV isolado em questão compreende um polipeptídeo compreendendo de aproximadamente, 9, 10, 11, 12, 13-15, 15-17, 17-20, de 20 a 25, de 25 a 50, de 50 a 75, de 75 a 100, de 100 a 150, de 150 a 200, de 200 a 250, de 250 a 300, de 300 a 350, ou de 350 a 400, ou mais, aminoácidos contíguos de uma seqüência de aminoácido tendo ao menos aproximadamente, 50%, ao menos aproxima- damente 60%, ao menos aproximadamente 70%, ao menos aproximada- mente 75%, ao menos aproximadamente 80%, ao menos aproximadamente 85%, ao menos aproximadamente 90%, ao menos aproximadamente 95%, ao menos aproximadamente 98%, ao menos aproximadamente 99%, ou 100% da identidade da seqüência de aminoácido para a seqüência de ami- noácido de um polipeptídeo codificado por HERV. Os polipeptídeos codifica- dos por HERV incluem um polipeptídeo codificado pela região Gag-Pro-Pol, e um polipeptídeo codificado pela região env de um HERV. Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV isolado em

questão compreende uma extensão de aproximadamente 9, 10, 11, 12, 13- 15, 15-17, 17-20, ou de 20 a 25, ou mais aminoácidos contíguos tendo ao menos aproximadamente 35%, ao menos aproximadamente 40%, ao menos aproximadamente 45%, ao menos aproximadamente 50%, ao menos apro- ximadamente 55%, ao menos aproximadamente 60%, ao menos aproxima- damente 65%, ao menos aproximadamente 70%, ao menos aproximada- mente 75%, ao menos aproximadamente 80%, ao menos aproximadamente 85%, ao menos aproximadamente 90%, ao menos aproximadamente 95%, ao menos aproximadamente 98%, ao menos aproximadamente 99%, ou 100% da identidade da seqüência de aminoácido a uma extensão do mesmo comprimento em uma proteína codificada por HIV. Um polipeptídeo de HERV isolado em questão pode ter compri-

mento de 9 aminoácidos até o comprimento de um polipeptídeo de HERV naturalmente ocorrendo, por exemplo, um polipeptídeo de HERV pode ter comprimento de 9 aminoácidos (aa), 10 aa, 11 aa, 12-15 aa, 15-20 aa, 20-25 aa, 25-30 aa, 30-40 aa, 40-50 aa, 50-100 aa, ou maiores de 100 aminoáci- dos, por exemplo, 100 aa a 150 aa, 150 aa a 200 aa.

Exemplos não Iimitantes exemplificados de polipeptídeos codifi- cados por HERV são encontrados no GenBank NQs de Acesso AAD51797 (proteína Gag-Pro-Pol HERV-K); AAD51798 (Proteína env HERV-K); CA- A13576; AJ233632; AF108843; etc. Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV isolado em

questão compreende um polipeptídeo compreendendo de aproximadamente 9, 10, 11, 12, 13-15, 15-17, 17-20, de 20 a 25, de 25 a 50, de 50 a 75, de 75 a 80, ou de 80 a 87 aminoácidos contíguos de uma seqüência de aminoáci- do tendo ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 60%, ao menos aproximadamente 70%, ao menos aproximadamente 75%, ao menos aproximadamente 80%, ao menos aproximadamente 85%, ao menos aproximadamente 90%, ao menos aproximadamente 95%, ao menos aproximadamente 98%, ao menos aproximadamente 99%, ou 100% da iden- tidade da seqüência de aminoácido para a seqüência de aminoácido apre- sentada no ID SEQ N2 26:

IIIDLKDCFFTIPLAEQDCEKFAFTIPAINNKEPATRFQWKVLPQGMLNSPTIC QTFVGRALQPVREKFSDCYIIHCIDDILCAAET (ID SEQ N5 26).

Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV isolado em questão compreende um polipeptídeo compreendendo de aproximadamente 9, 10, 11, 12, 13-15, 15-17, 17-20, de 20 a 25, de 25 a 30, de 30 a 35, de 35 a 40, ou de 40 a 43 aminoácidos contíguos de uma seqüência de aminoáci- dos tendo ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 1? 60%, ao menos aproximadamente 70%, ao menos aproximadamente 75%, ao menos aproximadamente 80%, ao menos aproximadamente 85%, ao menos aproximadamente 90%, ao menos aproximadamente 95%, ao menos aproximadamente 98%, ao menos aproximadamente 99%, ou 100% de iden- tidade de seqüência de aminoácido para a seqüência de aminoácido apre- sentada no ID SEQ Ne 27: AAIDLANAFFSIPVHKAHKKQFAFTICVYC- PASGVYQQSSFVS (ID SEQ N2 27).

Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV isolado em questão compreende um polipeptídeo compreendendo de aproximadamente 9, 10, 11, 12, 13-15, 15-17, 17-20, de 20 a 25, de 25 a 30, de 30 a 35, de 35 a 40, de 40 a 45, de 45 a 50, de 50 a 55, ou de 55 a 58 aminoácidos contí- guos de uma seqüência de aminoácido tendo ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 60%, ao menos aproximadamente 70%, ao menos aproximadamente 75%, ao menos aproximadamente 80%, ao menos aproximadamente 85%, ao menos aproximadamente 90%, ao menos aproximadamente 95%, ao menos aproximadamente 98%, ao menos apro- ximadamente 99%, ou 100% de identidade de seqüência de aminoácido pa- ra a seqüência de aminoácido apresentada no ID SEQ Nq 28: FAFRWQGQQYSFTVLSQGYINSPALCHNLIQRELDHFLLLQDIILVHYIDDIM LIGSS (ID SEQ N- 28).

Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV isolado em questão compreende um polipeptídeo compreendendo de aproximadamente 9, 10, 11, 12, 13-15, 15-17, 17-20, de 20 a 25, de 25 a 30, de 30 a 35, de 35 a 40, de 40 a 45, de 45 a 50, de 50 a 55, de 55 a 60, de 60 a 65, ou de 65 a 71 aminoácidos contíguos de uma seqüência de aminoácido tendo ao me- nos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 60%, ao menos aproximadamente 70%, ao menos aproximadamente 75%, ao menos apro- ximadamente 80%, ao menos aproximadamente 85%, ao menos aproxima- damente 90%, ao menos aproximadamente 95%, ao menos aproximada- mente 98%, ao menos aproximadamente 99%, ou 100% de identidade de seqüência de aminoácido para a seqüência de aminoácido apresentada no ID SEQ N3 29: KLRLPPGYFGLLLHLSQQAMKGVTVLAGVIDLDYQDEISLLLHNRGKEEYA WNTGDPLGCLLVLPCPVIKV (ID SEQ Nq 29).

Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV isolado em questão compreende um polipeptídeo compreendendo de aproximadamente 9, 10, 11, 12, 13-15, 15-17, 17-20, de 20 a 25, de 25 a 30, ou de 30 a 35 a- minoácidos contíguos de uma seqüência de aminoácido tendo ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 60%, ao menos apro- ximadamente 70%, ao menos aproximadamente 75%, ao menos aproxima- damente 80%, ao menos aproximadamente 85%, ao menos aproximada- mente 90%, ao menos aproximadamente 95%, ao menos aproximadamente 98%, ao menos aproximadamente 99%, ou 100% de identidade de seqüên- cia de aminoácido para a seqüência de aminoácido apresentada no ID SEQ Nq 30: YTHDRAQAVPEGTSKLHEEVAQMPMVSTPATLSLP (SEQ ID N5 30).

Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV isolado em questão compreende um polipeptídeo compreendendo de aproximadamente 9, 10, 11, 12, 13-15, 15-17, 17-20, de 20 a 25, de 25 a 30, de 30 a 35, de 35 a 50, ou de 50 a 100, ou mais, aminoácidos contíguos de uma seqüência de aminoácido tendo ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproxima- damente 60%, ao menos aproximadamente 70%, ao menos aproximada- mente 75%, ao menos aproximadamente 80%, ao menos aproximadamente 85%, ao menos aproximadamente 90%, ao menos aproximadamente 95%, ao menos aproximadamente 98%, ao menos aproximadamente 99%, ou 100% da identidade de seqüência de aminoácido para a seqüência de ami- noácido apresentada em qualquer um de ID SEQ NQs 31, 32, e 34, por e- xemplo, como representado nas Figuras 6, 7A, e 8A, respectivamente.

Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV isolado em questão compreende um ou mais das seguintes seqüências de aminoácido: SQGYINSPAL (ID SEQ Ne 1); ILVHYIDDI (ID SEQ N9 2); LQDIILVHY (ID SEQ N2 3); PMVSTPATL (ID SEQ Ns 4); AAIDLANAF (ID SEQ N5 5); IPVHKAHKKQ (ID SEQ Ne 6); SSGLMLMEF (ID SEQ N9 7); KIRLPPGYF (ID SEQ N2 8); DSIEGQLILK (ID SEQ Ne 9); FAFTIPAI (ID SEQ N9 10); GIPYNSQGQ (ID SEQ N9 11); FEGLVDTGAD (ID SEQ N9 12); FLQFKTWWI (ID SEQ N9 13); VPLTKEQVR (ID SEQ N9 14); LDLLTAEKGGLCI (ID SEQ N9 15); TLEPIPPGE (ID SEQ N9 16); DPLAPLQLL (ID SEQ N9 17); KLLGDINWI (ID SEQ N9 18); LPHSTVKTF (ID SEQ N919); GPGYCSKAF (ID SEQ N9 20); IPTRHLKFY (ID SEQ N9 21); VPSFGRLSY (ID SEQ N9 22); PPTVEARYK (ID SEQ N9 23); PPESQYGYP (ID SEQ N9 24); e YPQPPTRRL (ID SEQ N9 25).

Em certas modalidades, os seguintes peptídeos são especifica- mente excluídos: FLQFKTWWI (ID SEQ N9 13); PPESQYGYP (ID SEQ N9 24); e PTVEARYK (ID SEQ N9 23). Proteínas de Fusão

Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV isolado em

questão é uma proteína de fusão, por exemplo, uma proteína de fusão de HERV compreende um polipeptídeo de HERV ligado de forma covalente a uma proteína heteróloga, onde esta também é referida como um "parceiro de fusão". Em algumas modalidades, o parceiro de fusão é ligado ao término N da proteína de HERV1 por exemplo, NH2-parceiro de fusão-HERV-COOH. Em outras modalidades, o parceiro de fusão é ligado ao término C da proteí- na de HERV, por exemplo, NH2-HERV-parceiro de fusão-COOH. Em outras modalidades, o parceiro de fusão é interno à proteína de herv, por exem- plo, Nh2-(Herv)1-Pf-(Herv2-COOH)2, onde pf é um parceiro de fusão, e herv1 e herv2 são regiões de terminal N e de terminal C, respectivamen- te, de herv.

Os parceiros de fusão adequados incluem, mas não são limita-

dos a, marcadores imunológicos tais como marcadores de epítopos, incluin- do, mas não limitados a, hemaglutinina, FLAG, mie, e seus similares; proteí- nas que fornecem um sinal detectável, incluindo, mas não limitado a, proteí- nas fluorescentes, enzimas (por exemplo, β-galactosidase, luciferase, pero- xidase do rábano de cavalo, fosfatase alcalina, etc.), e seus similares; poli- peptídeos que facilitam a purificação ou isolamento da proteína de fusão, por exemplo, íon de metal ligando polipeptídeos tais como marcadores 6His, glutationa-S-transferase, e seus similares; polipeptídeos que fornecem loca- lização subcelular; e polipeptídeos que fornecem secreção a partir de uma célula. Os parceiros de fusão para um sinal detectável são também referidos como "repórteres". Em algumas modalidades, um parceiro de fusão é um polipeptídeo imunomodulatório além de um polipeptídeo de HERV, por e- xemplo, um antígeno, uma citocina, etc. Polipeptídeos HERV multimerizados Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV isolado em

questão é multimerizado, por exemplo, dois ou mais polipeptídeos HERV são ligados em conjunto. Os multímeros incluem dímeros, trímeros, tetrâme- ros, pentâmeros, etc. Os polipeptídeos HERV monoméricos são ligados uns aos outros diretamente ou via um ligante. Assim, em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV em questão tem a fórmula (Xr(Y)o-4o-X2-(Y)o-4o)n, onde Xi e X2 são polipeptídeos HERV, Y é um ligante, e η é um número in- teiro de 1 a aproximadamente 10 (por exemplo, η = 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, ou 10). Quando um ligante é usado, Y é um ou mais aminoácidos, ou outros grupos de ligação. X1 e X2 podem ser os mesmos ou diferentes, por exem- pio, podem ter a mesma seqüência de aminoácido, ou podem diferir um do outro em seqüência de aminoácido. Assim, por exemplo, um polipeptídeo de HERV em questão pode ter a fórmula Xi-(Y)o-4o-X2, por exemplo, onde o poli- 1fi peptídeo de HERV é um dímero. Como outro exemplo, um polipeptídeo de HERV em questão pode ter a fórmula Xr(Y)o-40" X2-(Y)o-4o-X3, por exemplo, onde o polipeptídeo de HERV é um trímero.

Quando Y é um peptídeo espaçador, ele é geralmente de uma natureza flexível, embora outras ligações químicas não sejam excluídas. A- tualmente, observa-se que as seqüências de Iigantes mais úteis geralmente serão peptídeos entre aproximadamente 2 e aproximadamente 40 aminoáci- dos de comprimento, por exemplo, de aproximadamente 2 aminoácidos a aproximadamente 10 aminoácidos, de aproximadamente 10 aminoácidos a aproximadamente 20 aminoácidos, ou de aproximadamente 6 aminoácidos a aproximadamente 25 aminoácidos de comprimento. Esses Iigantes são ge- ralmente produzidos usando oligonucleotídeos de codificação de ligante, sintéticos, para acoplar as proteínas. Os Iigantes de peptídeo com um grau de flexibilidade serão geralmente usados. Os peptídeos ligados podem ter virtualmente qualquer seqüência de aminoácido, tendo em mente que os Iigantes preferenciais terão uma seqüência que resulta em um peptídeo ge- ralmente flexível. Os pequenos aminoácidos, tais como glicina e alanina, são usados na criação de um peptídeo flexível. Os Iigantes de peptídeo exempli- ficados incluem (Gly)2-4o, (Ser)2-4o, e (Ala)2-4o· A criação de tais seqüências é rotina para os versados na técnica. Uma variedade de diferentes Iigantes é comercialmente disponível e é considerada adequada para uso de acordo com a presente invenção. Entretanto, qualquer ligante flexível geralmente entre aproximadamente 2 aminoácidos e aproximadamente 40 aminoácidos, por exemplo, de aproximadamente 6 aminoácidos a aproximadamente 10 aminoácidos de comprimento pode ser usado. Os Iigantes podem ter virtu- almente qualquer seqüência que resulta em um peptídeo geralmente flexível.

As ligações para homopolímeros ou heteropolímeros ou para o acoplamento a veículos podem ser fornecidas em uma variedade de formas. Por exemplo, os resíduos de cisteína podem ser adicionados a ambos os terminais amino- e carboxil-, onde os peptídeos são ligados de forma cova- Iente via oxidação controlada dos resíduos de cisteína. É também útil um grande número de agentes hetero-bifuncionais que geram uma ligação dis- sulfeto em uma extremidade do grupo funcional e uma ligação de peptídeo na outra extremidade, incluindo N-succidimidil-3-(2-piridilditio)proprionato (SPDP). Esse reagente cria uma ligação dissulfeto entre ele mesmo e um resíduo de cisteína em uma proteína e uma ligação amido através do amino em uma Iisina ou outro grupo amino livre em outra. Uma variedade de tais agentes de formação de dissulfeto/amida é conhecida. Ver, por exemplo, lmmun. Rev. 62:185 (1982). Outros agentes de acoplamento bifuncionais formam um tioéter ao invés de uma ligação dissulfeto. Muitos desses agen- tes de formação de tioéter estão comercialmente disponíveis e incluem éste- res reativos de ácido 6-maleimidocaproico, ácido 2-bromoacético, ácido 2- iodoacético, ácido 4-(N-maleimido-metil)ciclohexano-1-carboxílico e seus similares. Os grupos carboxila podem ser ativados combinando-os com suc- cinimida ou ácido 1-hidroxi-2-nitro-4-sulfônico, sal de sódio. Um agente de acoplamento particularmente preferencial é succinimidil 4-(N- maleimidometil)ciclohexano-1 -carboxilato (SMCC). É claro, entende-se que a ligação não deveria interferir substancialmente com qualquer um dos grupos ligados para funcionar para seu uso pretendido, por exemplo, como um imu- nogene.

Veículos _

Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV isolado em

questão é ligado a um veículo. O termo "ligado", como usado aqui de forma intercambiável com o termo "acoplado", refere-se a proximamente associa- do, por exemplo, o polipeptídeo de HERV e o veículo estão em íntima proxi- midade espacial. Em algumas modalidades, a ligação é uma ligação cova- lente. Em outras modalidades, a ligação é uma ligação não covalente. Em algumas modalidades, o polipeptídeo de HERV é ligado diretamente ao veí- culo. Em outras modalidades, o polipeptídeo de HERV é ligado indiretamen- te, por exemplo, via uma molécula ligante.

Exemplos de veículos adequados incluem macromoléculas grandes lentamente metabolizadas tais como: proteínas; polissacarídeos, tais como sefarose, agarose, celulose, microesferas de celulose e seus simi- lares; aminoácidos poliméricos tais como ácido poliglutâmico, polilisina, e seus similares; copolímeros de aminoácido; partículas de vírus inativas; toxi- nas bacterianas inativas tais como toxóides de difteria, tétano, cólera, molé- culas de leucotoxina; lipossomas; bactérias inativas; células dendríticas; e seus similares. Os veículos são descritos em mais detalhes abaixo.

Os veículos adequados são bem conhecidos na técnica, e inclu- em, por exemplo, tiroglobulina, albuminas tais como albumina de soro hu- mano, toxóide de tétano; toxóide de difteria; poliamino ácidos tais como po- li(D-lisina:ácido D-glutâmico); polipeptídeos VP6 de rotavírus; hemaglutinina de vírus da gripe, nucleoproteína de vírus gripe; proteína de núcleo de vírus da hepatite B, antígeno de superfície de vírus da hepatite B; derivado de pro- teína purificada (PPD) de tuberculina de Mycobacterium tuberculosis; exoto- xina A Pseudomonas aeruginosa inativa (toxina A); Hemocianina do molusco Keyhole Limpet (KLH); hemaglutinina filamentosa (FHA) de Bordetella per- tussis; epítopos de célula T ajudantes (Th) de toxóide de tétano (TT) e pare- de celular de bacilo Calmette-Guerin (BCG); proteínas recombinantes 10kDa, 19 kDa e 30-32 kDa de M. Ieprae ou de M. tuberculosis, ou qualquer combinação dessas proteínas; e seus similares. Ver, por exemplo, Patente U.S. Ne 6.447.778 para uma discussão de métodos de veículos para conju- gar peptídeos para veículos.

A exotoxina A de Pseudomonas aeruginosa (toxina A) foi usada eficazmente como um veículo em vacinas conjugadas. A exotoxina A de Pseudomonas aeruginosa pode ser purificada a partir do sobrenadante de culturas de crescimento - fermentador de Pseudomonas aeruginosa PA 103. A toxina A foi classificada como um sobrenadante baseado em resultados em animais. A toxina A pode ser completamente e irreversivelmente desen- toxicada por acoplamento covalente ao ácido adípico dihidrazida (ADH), uma molécula de espaçador de 4 carbonos. Essa etapa destroi a atividade da transferase ADPR da molécula de toxina, portanto tornando-a não tóxica. O grupo de hidrazida não reagida pode ser usado para acoplar de forma cova- lente um polipeptídeo à toxina A. A toxina A pode também acoplada a um polipeptídeo usando um reagente de carbodiimida.

Os conjugados de peptídeo PPD são convenientemente prepa- rados com glutaraldeído como agente de acoplamento. Ver1 por exemplo, Rubinstein e outros (1995) AIDS 9:243-51.

Os métodos pelos quais um polipeptídeo em questão é conjuga- do com um veículo incluem ligações dissulfeto através de uma ligação de cisteína de peptídeo de terminal C1 acoplamento com solução de glutaralde- ído por duas horas, acoplamento com tirosina, ou acoplamento com carbodi- imida solúvel em água.

Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV isolado em questão é lipidado. A lipidação aumenta uma resposta de célula T citotóxica (CTL) ao peptídeo que é ligado ao lipídeo. O resíduo de lipídeo, tal como ácido palmítico ou seus similares, é ligado ao término amino do peptídeo. O lipídeo pode ser ligado diretamente ao peptídeo, ou, indiretamente via uma ligação, tal como uma ligação Ser-Ser, Gli, Gli-Gli, Ser ou seus similares. Como outro exemplo, a lipoproteína E. coli, tal como tripalmitoil-S- glicerilcisteinil-seril-serina (P3 CSS), pode ser usada para CTL específico quando ligado de forma covalente ao peptídeo. Ver, Deres e outros, Nature 342:561-564 (1989). Um polipeptídeo de HERV pode ser conjugado com resíduos de ácido graxo não carregados de diferentes comprimentos de ca- deia e graus de insaturação, na faixa de ácido acético a ácido esteárico bem como resíduos de succinil negativamente carregados via os anidridos de ácido carboxílico apropriados. Ver, por exemplo, Patente U.S. Ns 6.419.931.

Um polipeptídeo de HERV isolado em questão pode ser conju- gado direta ou indiretamente, por exemplo, via uma molécula ligante, a um veículo. Uma ampla variedade de moléculas Iigantes é conhecida na técnica e pode ser usada nos conjugados. A ligação do peptídeo com o veículo pode ser através de uma cadeia lateral reativa de peptídeo, ou o término N ou C do peptídeo. Um ligante pode ser uma molécula orgânica, inorgânica, ou semiorgânica, e pode ser um polímero de uma molécula orgânica, uma mo- lécula inorgânica, ou um copolímero compreendendo ambas as moléculas orgânicas e inorgânicas.

Se presentes, as moléculas Iigantes são geralmente de compri- mento suficiente para permitir o polipeptídeo de HERV e um veículo ligado on para permitir que algum movimento flexível entre o polipeptídeo de HERV e o veículo. As moléculas Iigantes são geralmente e aproximadamente de 6 - 50 átomos de comprimento. As moléculas Iigantes podem também ser, por exemplo, aril acetileno, oligômeros de etileno glicol contendo 2-10 unida- des de monômero, diaminas, diácidos, aminoácidos, ou combinações des- ses. Outras moléculas Iigantes que podem ligar a polipeptídeos podem ser usadas considerando essa descrição. Composições

A presente invenção fornece composições compreendendo um polipeptídeo de HERV isolado em questão. As composições compreendendo um polipeptídeo de HERV podem incluir um ou mais de: um sal, por exem- plo, NaCI, MgCI, KCI, MgSO4, etc.; um agente de tamponagem, por exemplo, um tampão Tris, N-(2-Hidroxietil)piperazina-N'-(ácido 2-etanossulfônico) (HEPES), 2-ácido (N-Morfolino)etanossulfônico (MES)1 sal sódico de ácido 2-(N-Morfolino)etanossulfônico (MES)1 ácido 3-(N-

Morfolino)propanossulfônico (MOPS), ácido N-tris[Hidroximetil]metil-3- aminopropanossulfônico (TAPS), etc.; um agente solubilizante; um detergen- te, por exemplo, um detergente não-iônico tal como Tween-20, etc.; um ini- bidor de protease; e seus similares. Em algumas modalidades, como descri- to em mais detalhes abaixo, uma composição de HERV em questão é uma composição imunogênica. Em outras modalidades, como descrito mais deta- lhadamente abaixo, uma composição de HERV em questão é uma composi- ção farmacêutica, por exemplo, uma composição compreendendo um poli- peptídeo de HERV e um excipiente farmaceuticamente aceitável. Em algumas modalidades, uma composição em questão com-

preende um único tipo (ou "espécie") de polipeptídeo de HERV, por exemplo, em algumas modalidades, todos os polipeptídeos HERV em uma composi- ção em questão compreendem substancialmente a seqüência de aminoáci- do. Em outras modalidades, uma composição imunogênica em questão compreende dois ou mais polipeptídeos HERV diferentes, por exemplo, a composição compreende uma população de polipeptídeos HERV, o membro de qual população pode diferir em seqüência de aminoácido. Uma composi- ?1 ção em questão pode compreender de dois a aproximadamente 20 polipep- tídeos HERV diferentes, por exemplo, uma composição em questão pode compreender dois, três, quatro, cinco, seis, sete, oito, nove, dez, 11 - 15, ou 15-20 diferentes polipeptídeos HERV, cada um tendo um aminoácido que difere das seqüências de aminoácido dos outros polipeptídeos HERV. Por exemplo, em algumas modalidades, uma composição em questão compre- ende um primeiro polipeptídeo de HERV tendo uma primeira seqüência de aminoácido; e ao menos um segundo polipeptídeo de HERV tendo uma se- gunda seqüência de aminoácido, onde a segunda seqüência de aminoácido difere da primeira seqüência de aminoácido. Como outro exemplo, em algu- mas modalidades, uma composição em questão compreende um primeiro polipeptídeo de HERV tendo uma primeira seqüência de aminoácido; segun- da seqüência de aminoácido tendo uma segunda seqüência de aminoácido, onde a segunda seqüência de aminoácido difere da primeira; e ao menos um terceiro polipeptídeo de HERV tendo uma terceira seqüência de aminoá- cido, onde a terceira seqüência de aminoácido difere de ambas a primeira e a segunda seqüência de aminoácido. Em outras modalidades, uma compo- sição em questão compreende um polipeptídeo de HERV multimerizado, como descrito acima. Produção de Polipeptídeos HERV

Um polipeptídeo de HERV em questão pode ser produzido em um número de formas, incluindo, por exemplo, por síntese química, onde o polipeptídeo de HERV é um polipeptídeo "sintético"; por isolamento e purifi- cação de uma fonte ocorrendo naturalmente; e por meios recombinantes, onde o polipeptídeo de HERV é um polipeptídeo "recombinante". Os meios recombinantes para produzir um polipeptídeo de HERV são bem conhecidos na técnica, e envolvem modificar geneticamente uma célula hospedeira com um polinucleotídeo compreendendo uma seqüência de nucleotídeo codifi- cando um polipeptídeo de HERV, cultivar a célula hospedeira in vitro sob condições e por um tempo adequado tal que o polipeptídeo de HERV é pro- duzido pela célula geneticamente modificada, e isolando o polipeptídeo de HERV produzido pela célula geneticamente modificada. Composições Imunogênicas compreendendo um Polipeptídeo

de HERV

— A presente invenção fornece composições imunogênicas, com- preendendo um polipeptídeo de HERV, por exemplo, um polipeptídeo com- preendendo seqüências de aminoácido derivadas ou relacionadas a um po- lipeptídeo de retrovírus endógeno humano (HERV). Os polipeptídeos HERV adequados para inclusão em uma composição imunogênica em questão são como descritas acima.

Em algumas modalidades, uma composição imunogênica em questão compreende um polipeptídeo de HERV que compreende um ou mais epítopos de célula T que, quando apresentados na superfície de uma célula infectada por lentivírus, induz uma resposta imune de célula T especí- fica para uma célula infectada por lentivírus, por exemplo, uma célula infec- tada por vírus da imunodeficiência humana (HIV). Uma "resposta imune de célula T" inclui um ou mais de: (1) um aumento no número e/ou atividade das células T CD+ específicas para o epítopo de HERV; (2) um aumento no número e/ou atividade de células T CD8+ específicas para o epítopo HERV; e (3) secreção de citocinas que induzem ou são indicativas de uma resposta imune do tipo Th2. As citocinas que induzem ou são indicativas de uma res- posta imune Th2 incluem, mas não estão limitadas a, interferona gama (IFN- γ), IL-2, e necrose de tumor fator alfa (TNF-a).

Uma composição imunogênica em questão compreendendo um polipeptídeo de HERV em questão pode ser formulada em um número de formas, como descrito mais detalhadamente abaixo. Em algumas modalida- des, uma composição imunogênica em questão compreende única espécie de polipeptídeo de HERV, por exemplo, a composição imunogênica compre- ende uma população de polipeptídeos de HERV, substancialmente todos que têm a mesma seqüência de aminoácido. Em outras modalidades, uma composição imunogênica em questão compreende dois ou mais polipeptí- deos de HERV diferentes, por exemplo, a composição imunogênica compre- ende uma população de polipeptídeos de HERV, o membro da população que pode diferir na seqüência de aminoácido. Uma composição imunogênica em questão pode compreender de dois a aproximadamente 20 diferentes polipeptídeos de HERV1 por exemplo, uma composição imunogênica em questão pode compreender dois, três, quatro, cinco, seis, sete, oito, nove, dez, 11 - 15, ou 15 - 20 diferentes polipeptídeos de HERV, cada um tendo um aminoácido que difere das seqüências de aminoácido dos outros poli- peptídeos de HERV. Por exemplo, em algumas modalidades, uma composi- ção imunogênica em questão compreende um primeiro polipeptídeo de HERV tendo uma primeira seqüência de aminoácido; e ao menos um se- gundo polipeptídeo de HERV tendo uma segunda seqüência de aminoácido, onde a segunda seqüência de aminoácido difere da primeira seqüência de aminoácido. Como outro exemplo, em algumas modalidades, uma composi- ção imunogênica em questão compreende um primeiro polipeptídeo de HERV tendo uma primeira seqüência de aminoácido; segundo polipeptídeo de HERV tendo uma segunda seqüência de aminoácido, onde esta difere da primeira; e ao menos um terceiro polipeptídeo de HERV tendo uma terceira seqüência de aminoácido, onde a terceira seqüência de aminoácido difere de ambas a primeira e segunda seqüência de aminoácido. Em outras moda- lidades, uma composição imunogênica em questão compreende um polipep- tídeo de HERV multimerizado, como descrito acima. Adiuvantes

As composições imunogênicas a serem administradas são for- necidas em um diluente farmaceuticamente aceitável tal como uma solução aquosa, por exemplo, uma solução salina, uma forma semi-sólida (por e- xemplo, gel), ou na forma de pó. Tais diluentes podem ser inertes, embora uma composição de HERV em questão possa também incluir um adjuvante. Exemplos de adjuvantes adequados conhecidos que podem ser usados em seres humanos incluem, mas não estão necessariamente limitados a, alume, fosfato de alumínio, hidróxido de alumínio, MF59 (4,3% do peso/volume de esqualeno, 0,5% do peso/volume de Tween 80, 0,5% de peso/volume de Span 85), ácido nucléico contendo CpG (onde a citosina não é metilada), QS21, MPL, 3DMPL, extratos a partir de Aquilla, ISCOMS, mutantes de LT/CT, micropartículas de poli(D,L-lactídeo-co-glicolídeo) (PLG), Quil A, in- ?4 terleucinas, e seus similares. Para animais não humanos (por exemplo, para aplicações veterinárias, para animais não humanos experimentais), um pode usar adjuvante de Freund, N-acetil-muramil-L-treonil-D-isoglutamina (thr- MDP), N-acetil-nor-muramil-L-alanil-D-isoglutamina (CGP 11637, referida como nor-MDP), N-acetilmuramil-L-alanil-D-isoglutaminil-L-alanina-2-(1'-2'- dipalmitoil-sn-glicero-3-hidroxifosforiloxi)-etilamina (CGP 19835A, referida como MTP-PE), e RIBI, que contém três componentes extraídos de bactéria, monofosforil lipídeo A, dimicolato de trealose e esqueleto de parede celular (MPL + TDM + CWS) em uma emulsão de esqualeno/Tween 80 a 2%. A efi- cácia de um adjuvante pode ser determinada medindo-se a quantidade de anticorpos direcionados contra o antígeno imunogênico.

Os adjuvantes exemplificados adicionais para intensificar a efi- cácia da composição incluem, mas não são limitadas a: (1) formulações de emulsão óleo em água (com ou sem outros agentes imunoestimulantes es- pecíficos tais como peptídeos muramil (ver abaixo) ou componentes de pa- rede celular bacteriano), tal como, por exemplo, (a) (a) MF59Ü (W090/14837; Capítulo 10 em Vaccine design: the subunit and adjuvant approach, eds. Powell & Newman, Plenum Press 1995), contendo esqualeno a 5%, Tween 80 a 0,5% (monooleato de polioxietileno sorbitano), e Span 85 a 0,5% (trio- Ieato de sorbitano) (opcionalmente contendo tripeptídeo muramil ligado de forma covalente a dipalmitoil fosfatidiletanolamina (MTP-PE)) formulado em partículas de submícron usando um microfluidizador, (b) SAF, contendo es- qualeno a 10%, Tween 80 a 0,4%, polímero bloqueado plurônico L121 a 5%, e thr-MDP ou microfluidizado em uma emulsão de submícron ou vortexed para gerar uma emulsão de tamanho de partícula maior, e (c) sistema adju- vante RIBId (RAS), (Ribi Immunochem, Hamilton, MT) contendo esqualeno a 2%, Tween 80 a 0,2%, e um ou mais componentes de parede celular bacte- riana tal como monofosforilipídeo A (MPL), dimicolato de trealose (TDM), e esqueleto de parede celular (CWS), preferencialmente MPL + CWS (DE- TOX0); (2) adjuvantes de saponina, tal como QS21 ou STIMULON" (Cam- bridge Bioscience, Worcester, MA) podem ser usados ou partículas geradas a partir deles tal como ISCOMs (complexos imunoestimulantes), ISCOMs 9Ζ, podem ser desprovidos de detergente adicional, por exemplo, WO 00/07621; (3) Adjuvante de Freund Completo (CFA) e Adjuvante de Freund Incompleto (IFA); (4) citocinas, tal como interleucinas (por exemplo, IL-1, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-12 (WO 99/44636), etc.), interferonas (por exemplo, interferona gama), fator estimulante de colônia de macrófagos (M-CSF), fator de necro- se de tumor (TNF), etc.; (5) monofosforil lipídeo A (MPL) ou MPL 3-0- deacilado (3dMPL), por exemplo, GB-2220221, EP-A-0689454, opcional- mente na ausência substancial de alume quando usado com sacarídeos pneumocócicos, por exemplo, WO 00/56358; (6) combinações de 3dMPL com, por exemplo, QS21 e/ou emulsões de óleo em água, por exemplo, EP- A-0835318, EP-A-0735898, EP-A-0761231; (7) oligonucleotídeos compreen- dendo motivos CpG [Krieg Vaccine 2000, 19, 618-622; Krieg Curr opin Mol Ther2001 3:15-24; Roman e outros, Nat. Med., 1997, 3, 849-854; Weiner e outros, PNAS USA, 1997, 94, 10833-10837; Davis e outros, J. Immunol, 1998, 160, 870-876; Chu e outros, J. Exp.Med, 1997, 186, 1623-1631; Lip- ford e outros, Ear. J. Immunol., 1997, 27, 2340-2344; Moldoveami e outros., Vaccine, 1988, 16, 1216-1224, Krieg e outros, Nature, 1995, 374, 546-549; Klinman e outros, PNAS USA, 1996, 93, 2879-2883; Bailas e outros, J. Im- munol, 1996, 157, 1840-1845; Cowdery e outros, J. Immunol, 1996, 156, 4570-4575; Halpern e outros, Cell Immunol, 1996, 167, 72-78; Yamamoto e outros, Jpn. J. Câncer Res., 1988, 79, 866-873; Stacey e outros, J. Immu- nol., 1996, 157,2116-2122; Messina e outros, J. Immunol, 1991, 147, 1759- 1764; Yi e outros, J. Immunol, 1996, 157,4918-4925; Yi e outros, J. Immunol, 1996, 157, 5394-5402; Yi e outros, J. Immunol, 1998, 160, 4755-4761; e Yi e outros, J. Immunol, 1998, 160, 5898-5906; Publicações de Patentes Interna- cionais WO 96/02555, WO 98/16247, WO 98/18810, WO 98/40100, WO 98/55495, WO 98/37919 e WO 98/52581], ou seja, contendo ao menos um dinucleotídeo CG, onde a citosina não é metilada; (8) éter de polioxietileno ou um éster de polioxietileno, por exemplo, WO 99/52549; (9) um tensoativo éster de polioxietileno sorbitano em combinação com um octoxinol (WO 01/21207) ou um tensoativo éter ou éster de polioxietileno alquila em combi- nação com ao menos um tensoativo não-iônico adicional tal como um octo- xinol (WO 01/21152); (10) uma saponina e um oligonucleotídeo imunoesti- mulante (por exemplo, um oligonucleotídeo CpG) (WO 00/62800); (11) um imunoestimulante- e uma partícula de sal metálico, por exemplo, WO 00/23105; (12) uma saponina e uma emulsão de óleo em água, por exemplo, WO 99/11241; (13) uma saponina (por exemplo, QS21) + 3dMPL + IM2 (op- cionalmente + um esterol), por exemplo, WO 98/57659; (14) outras substân- cias que agem como agentes imunoestimulantes para intensificar a eficácia da composição. Os peptídeos muramil incluem N-acetil-muramil-L-treonil-D- isoglutamina (thr-MDP), N-25 acetil-normuramil-L-alanil-D-isoglutamina (nor- MDP), N-acetilmuramil-L-alanil-D-isoglutarninil-L-alanina-2-(1 '-2'-dipalmitoil- sn-glicero-3-hidroxifosforiloxi)-etilamina MTP-PE), etc.

As composições imunogênicas podem ser combinadas com um excipiente farmaceuticamente aceitável convencional, tal como graus farma- cêuticos de manitol, lactose, amido, estearato de magnésio, sacarina de só- dio, talco, celulose, glicose, sacarose, magnésio, carbonato e seus similares. As composições podem conter substâncias auxiliares farmaceuticamente aceitáveis como exigido para aproximar das condições fisiológicas tais como agentes de ajustamento de pH e de tamponagem, agentes de ajustamento de toxicidade e seus similares, por exemplo, acetato de sódio, cloreto de sódio, cloreto de potássio, cloreto de cálcio, Iactato de sódio e seus simila- res. A concentração de antígeno nessas formulações pode variar amplamen- te, e será selecionada primariamente com base nos volumes de fluido, vis- cosidades, peso corporal e seus similares, de acordo com o modo particular de administração selecionado e as necessidades do paciente. As composi- ções resultantes podem ser na forma de uma solução, suspensão, compri- mido, pílula, cápsula, pó, gel, creme, loção, pomada, aerossol, ou seus simi- lares.

A concentração de proteína de um imunogênico em questão nas formulações farmacêuticas pode variar amplamente, ou seja, de menos de aproximadamente 0,1%, usualmente em 2% ou ao menos aproximadamente 2% a no máximo 20% a 50% ou mais do peso, e será selecionada primaria- mente por volumes de fluido, viscosidades, etc., de acordo com o modo par- ?7 ticular de administração selecionado.

Em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV é formula- do com um ou mais lipídeos. Por exemplo, Iipossomas de vários tamanhos podem ser feitos. Pequenos Iipossomas ou vesículas formadas são unilame- lares e têm um tamanho na faixa de aproximadamente 20 a 400 nanometros e podem ser produzidos submetendo-se vesículas multilamelares a ultras- som, por extrusão sob pressão através de membranas tendo poros de tama- nho definido, ou por homogeneização de alta pressão. Os Iipossomas unila- melares maiores tendo um tamanho na faixa de aproximadamente 0,1 a 1 Mm de diâmetro podem ser obtidos quando o Iipfdeo é solubilizado em um solvente orgânico ou um detergente e o agente solubilizado é removido por evaporação ou diálise, respectivamente. A fusão de Iipossomas unilamelares menores por métodos que exigem lipídeos particulares ou condições de de- sidratação-hidratação estringentes pode resultar em vasos unilamelares tão grandes quanto as células ou maiores.

Os Iipossomas podem compreender um ou mais lipídeos catiôni- cos, por exemplo, DDAB, brometo de dimetildioctadecil amônio; metilsulfato

de N-[1 -(2,3-Dioloilóxi)propil]-N,N,N-trimetilamônio;

1.2-diacil-3-trimetilamônio-propanos, (incluindo, mas não limitados a, dioleoil (DOTAP), dimiristoil, dipalmitoil, disearoil); 1,2-diacil-3-dimetilamônio-

propanos, (incluindo, mas não limitados a, dioleoil, dimiristoil, dipalmitoil, di- searoil) DOTMA1 cloreto de

N-[1-[2,3-bis(oleoilóxi)]propil]-N,N,N-trimetilamônio; DOGS, ioctadecilamido- glicilespermina; DC-colesterol, 3β-[Ν-(Ν',Ν'- dimetilaminoeta- no)carbamool]colesterol; DOSPA, trifluoroacetato de

2.3-dioleoilóxi-N-(2(esperminacarboxamido)- e-

til)-N,N-dimetil-1 -propanamínio; 1,2-diacil-sn-glicero-3-etilfosfocolinas (inclu- indo, mas não limitados a, dioleoil (DOEPC), dilauroil, dimiristoil, dipalmitoil, distearoil, palmitoil-oleoil); β-alanil colesterol; CTAB, brometo de cetil trimetil amônio; diC14-amidina, N-t-butil-N'-tetradecil-3- tetradecilaminopropionami- dina; 14Dea2, cloreto de 0,0'-ditetradecanolil-N-(trimetilamonioacetil) dieta- nolamina; DOSPER, 1,3-dioleoilóxi-2-(6-carbóxi-espermil)-propilamida; iode- PR to de

N,N,N',N'-tetrametil-N,N'-bis(2-hidroxiletil)-2,3-dioleoilóxi-1,4-butanodiamônio ; derivados de cloreto de 1-[2-acilóxi)etil]2-alquil (alque- nil)-3-(2-hidroxietil)imidazolínio tais como cloreto de

1-[2-(9(Z)-octadecenoilóxi)etil]-2-(8(Z)-heptadecenil-3-(2-hidroxietil)imidazolín

io (DOTIM), cloreto de

1-[2-(hexadecanoilóxi)etil]-2-pentadecil-3-(2-hidroxietil)imidazolinio (DPTIM); cloreto de 1-[2-tetradecanoilóxi)etil]-2-tridecil-3-(2-hidroxietil)imidazolio (DM-

TIM) - como descrito em Solodin e outros, (1995) Biochem. 43:13537-13544; derivados de composto de amônio quaternário 2,3-dialquiloxipropil, contendo uma porção de hidroxialquila na amina qua- ternária, tal como brometo de 1,2-dioleoil-3-dimetil- hidroxietil amônio (DO- Rl); brometo de 1,2-dioleiloxipropil-3-dimetil-hidroxietil amônio (DORIE); brometo de 1,2-dioleiloxipropil-3-dimetil- hidroxipropil amônio (DORIE-HP); brometo de 1,2-dioleiloxipropil-3-dimetil-hidroxibutil amônio (DORIE-HB); brometo de 1,2-dioleiloxipropil-3-dimetil- hidroxipentil amônio (DORIE-HPe); brometo de 1,2-dimiristiloxipropil-3-dimetil-hidroxiletil amônio (DMRIE); bro- meto de 1,2-dipalmitiloxipropil-3-dimetil-hidroxietil amônio (DPRIE); brometo de 1,2-disteriloxipropil-3-dimetil-hidroxietil amônio (DSRIE) - como descrito, por exemplo, em Felgner e outros, (1994) J. Bioi Chem. 269:2550-2561. Muitos dos lipídeos mencionados acima estão disponíveis comercialmente a partir de, por exemplo, Avanti Polar Lipids, Inc.; Sigma Chemical Co.; Mole- cular Probes, Inc.; Northerm Lipids, Inc.; Roche Molecular Biochemicals; e Promega Corp.

Os Iipossomas podem compreender lipídeos catiônicos sozi- nhos, ou em mistura com outros lipídeos, lipídeos particularmente neutros tais como: colesterol, 1,2-diacil-sn-glicero-3-fosfoetanolaminas, (incluindo, mas não limitadas a dioleoil (DOPE), 1,2-diacil-sn-glicero-3-fosfocolinas; fos- fatidil colina natural da gema do ovo (PC), e seus similares; mono- e diacil fosfocolinas sintéticas (por exemplo, monoacil fosfatidil colina (MOPC)) e fosfoetanolaminas. Os ácidos graxos assimétricos, ambos sintéticos e natu- rais, e formulações mistas, para os derivados de diacila acima podem tam- PQ bém ser incluídas.

Outras composições de Iipossoma adequadas incluem dimiris- toilfosfatidilcolina (DMPC) e colesterol. Tais Iipossomas são descritos, por exemplo, na Patente U.S. Nq 5.916.588. As composições de Iipossomo ade- quadas adicionais, e métodos de preparar as mesmas, são conhecidos na técnica, e são descritos em várias publicações, incluindo, por exemplo, Pa- tente U.S. NQs 4.241.046 e 6.355.267.

Composições Imunoqênicas Compreendendo Polinucleotídeos de HERV

A presente invenção fornece uma composição imunogênica compreendendo um polinucleotídeo de HERV, por exemplo, um polinucleotí- deo compreendendo uma seqüência de nucleotídeo codificando um polipep- tídeo de HERV. Quando administrado a um indivíduo em necessidade des- se, o polinucleotídeo ("o polinucleotídeo de HERV") compreendendo uma seqüência de nucleotídeo codificando um polipeptídeo de HERV é recolhido por uma célula, por exemplo, uma célula apresentando antígeno, o polipep- tídeo de HERV codificado é produzido na célula, e o polipeptídeo de HERV é processado em fragmentos de polipeptídeo exibindo epítopo ("fragmentos de epítopo") que são então exibidos na superfície da célula em associação com uma molécula MHC. O polipeptídeo de HERV codificado estimula ou intensi- fica uma reposta de célula T ao(s) epítopo(s) exibido(s) na superfície celular. Quando os epítopos de HERV estão também presentes em uma célula infec- tada por lentivírus, uma resposta de célula T à célula infectada por lentivírus também ocorre.

Vetores de Expressão e Veículos de Liberação Em algumas modalidades, um polinucleotídeo de HERV é um

vetor de expressão. O vetor de expressão fornecerá uma região de iniciação transcricional e da tradução, que pode ser indutiva ou constitutiva, onde a região de codificação é ligada operacionalmente sob o controle transcricional da região de iniciação transcricional, e uma região de término transcricional

e da tradução.

Os vetores de expressão geralmente têm sítios de restrição con- venientes localizados próximos à seqüência promotora para fornecer inser- ção de seqüências de ácido nucléico codificando proteínas heterólogas. Um marcador selecionável operativo no hospedeiro de expressão pode estar presente. Os vetores de expressão adequados incluem, mas não estão limi- tados a, vetores virais (por exemplo, vetores virais baseados em vírus da varíola; poliovírus; adenovírus (ver, por exemplo, Li e outros, Invest Opthal- mol Vis Sci 35:2543 2549, 1994; Borras e outros, Gene Ther 6:515 524, 1999; Li e Davidson1 PNAS 92:7700 7704, 1995; Sakamoto e outros, H Gene Ther 5:1088 1097, 1999; WO 94/12649, WO 93/03769; WO 93/19191; WO 94/28938; WO 95/11984 e WO 95/00655); vírus adeno-associado (ver, por exemplo, Ali e outros, Hum Gene Ther 9:81 86, 1998, Flannery e outros, PNAS 94:6916 6921, 1997; Bennett e outros, Invest Opthalmol Vis Sci 38:2857 2863, 1997; Jomary e outros, Gene Ther 4:683 690, 1997, Rolling e outros, Hum Gene Ther 10:641 648, 1999; Ali e outros, Hum Mol Genet 5:591 594, 1996; Srivastava no WO 93/09239, Samulski e outros, J. Vir. (1989) 63:3822-3828; Mendelson e outros, Virol. (1988) 166:154-165; e Flot- te e outros, PNAS (1993) 90:10613-10617); SV40; vírus da herpes simplex; vírus da imunodeficiência humana (ver, por exemplo, Miyoshi e outros, PNAS 94:10319 23, 1997; Takahashi e outros, J Virol 73:7812 7816, 1999); um vetor retroviral (por exemplo, Vírus da Leucemia de Roedores, vírus da necrose do Baço, e vetores derivados de retrovírus tais como Vírus do Sar- coma de Rous, Vírus do Sarcoma de Harvey, vírus de Ieucose aviária, vírus da imunodeficiência humana, vírus do sarcoma mieloproliferativa, e vírus do tumor mamário); e seus similares.

Os numerosos vetores de expressão adequados são conhecidos àqueles versados na técnica, e muitos são comercialmente disponíveis. Os seguintes vetores são fornecidos a título de exemplo, para células hospedei- ras eucarióticas: pXT1, pSG5 (Estratageno), pSVK3, pBPV, pMSG, e pS- VLSV40 (Farmácia). Entretanto, qualquer outro vetor pode ser usado contan- to que ele é compatível com a célula hospedeira.

Dependendo do sistema hospedeiro/vetor utilizado, qualquer um de um número de elementos de controle de transcrição e tradução adequa- dos, incluindo promotores constitutivos e indutores, elementos intensificado- res de transcrição, terminadores de transcrição, etc. podem ser usados no vetor de expressão (ver, por exemplo, Bitter e outros (1987) Methods in Enzymology, 153:516-544).

Exemplos não Iimitantes de promotores eucarióticos adequados (promotores funcionais em uma célula eucariótica) incluem CMV imediato anteriormente, timidina quinase de HSV, anteriormente e posteriormente SV40, LTRs de retrovírus, e metalotioneína-l de ratos. A seleção do vetor e promotor apropriados está bem dentro do nível de versados na técnica. O vetor de expressão pode também conter um sítio de ligação de ribossomo para iniciação de tradução e um terminador de transcrição. O vetor de ex- pressão pode também incluir seqüências apropriadas para amplificar a ex- pressão.

Um vetor recombinante em questão incluirá, em algumas moda- lidades, um ou mais marcadores selecionáveis. Em adição, os vetores de expressão conterão, em muitas modalidades, um ou mais genes marcadores selecionáveis para fornecer um traço fenotípico para seleção de células hos- pedeiras transformadas tais como resistência à diidrofolato redutase ou ne- omicina para cultura de célula eucariótica.

Outros veículos de liberação de gene e métodos podem ser em· pregados, incluindo DNA condensado policatiônico ligado ou não ligado a adenovírus morto sozinho, por exemplo, Curiel (1992) Hum. Gene Ther. 3:147-154; DNA ligado a ligante, por exemplo, ver Wu (1989) J. BioL Chem. 264:16985-16987; células de veículos de liberação de célula eucariótica; deposição de materiais de hidrogel fotopolimerizados; pistola de partículas de transferência de gene manual; como descrito na Patente U.S. Ne 5.149.655; radiação de ionização como descrito na Patente U.S. N- 5.206.152 e em WO 92/11033; neutralização de carga nucléica ou fusão com membranas de célula. Abordagens adicionais são descritas em Philip (1994) Mol. CeIIBioi 14:2411-2418, e em Woffendin (1994) Proc. NatL Acad. Sei. 91:1581-1585.

O DNA nu pode também ser empregado. Os métodos de intro- dução de DNA nu exemplificados são descritos no WO 90/11092 e na Paten- te U.S. N2 5.580.859. A eficiência da absorção pode ser aperfeiçoada usan- do microesferas de látex biodegradáveis. As microesferas de látex revesti- das com DNA são eficazmente transportadas em células após iniciação de endocitose pelas microesferas. O método pode ser aperfeiçoado adicional- mente por tratamento das microesferas para aumentar a hidrofobicidade e desse modo facilitar o rompimento do endossoma e liberação do DNA no citoplasma. Os Iipossomas que podem agir como veículos de liberação de gene são descritos na Patente U.S. N9 5.422.120, PCT N9S WO 95/13796, WO 94/23697, e WO 91/14445, e EP N9 524 968.

Os veículos de liberação de ácido nucléico de lipídeo ou Iipos- soma podem também ser usados. Os complexos de Iipossoma para libera- ção de gene são descritos, por exemplo, na Patente U.S. N9 7.001.614. Por exemplo, os Iipossomas compreendendo DOTAP e ao menos um colesterol e/ou derivado de colesterol, presentes em uma faixa de razão molar de 2,0 mM a 10 mM, fornecem um sistema de liberação eficaz, por exemplo, onde a razão molar de DOTAP para colesterol é 1:1 a 3:1. O lipídeo catiônico N- [(2,3-dioleoilóxi)propil]-L-lisinamida (LADOP) pode ser usado em uma com- posição para liberar um polinucleotídeo de HERV, onde os Iipossomas con- tendo LADOP são descritos, por exemplo, na Patente U.S. N9 7.067.697. As formulações de Iipossoma compreendendo lipídeos antipáticos tendo um grupo polar e componentes alifáticos capazes de promover a transfecção são adequados para uso e são descritos, por exemplo, na Patente U.S. N9 6.433.017.

A liberação não viral adicional adequada para uso inclui siste- mas mecânicos de liberação tais como a abordagem descrita em Woffendin e outros, (1994) Proc. Nati Acad. Sei. USA 91:11581-11585. Além disso, a seqüência de codificação e o produto de expressão de tal pode ser liberado através da deposição de materiais de hidrogel fotopolimerizados. Outros mé- todos convencionais para liberação de gene que podem ser usados para liberação da seqüência de codificação incluem, por exemplo, o uso de pisto- la de partículas de transferência de gene manual, como descrito na Patente U.S. N9 5.149.655; o uso de radiação de ionização para ativar o gene trans- ferido, como descrito na Patente U.S. Ng 5.206.152 e PCT N5 WO 92/11033. Métodos de Tratamento

A presente invenção fornece vários métodos de tratamento, mé- todos que utilizam um polipeptídeo de HERV em questão ou uma composi- ção de HERV em questão. Os métodos de tratamento em questão incluem métodos para induzir uma resposta imune em um indivíduo a um polipeptí- deo de HERV, e métodos para intensificar uma resposta imune do sujeito a um polipeptídeo de HERV, por exemplo, para o tratamento de uma infecção por retrovírus (por exemplo, uma infecção de lentivírus), para o tratamento de câncer, etc.; e métodos para reduzir a resposta imune do sujeito a um polipeptídeo de HERV, por exemplo, para o tratamento de uma distúrbio au- toimune, para o tratamento de esquizofrenia, etc.

Métodos para induzir ou intensificar uma resposta imune a uma célula infectada por retrovírus A presente invenção fornece métodos para induzir, produzir, ou

aperfeiçoar uma resposta imune de célula T a uma célula infectada por re- trovírus, por exemplo, uma célula infectada por HTLV, em um indivíduo em necessidade desse. Os métodos geralmente envolvem administrar uma quantidade eficaz de uma composição imunogênica em questão ao indiví- duo.

Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando admi- nistrada a um indivíduo em uma ou mais doses, reduz a carga retroviral no indivíduo por ao menos aproximadamente 5%, ao menos aproximadamente 10%, ao menos aproximadamente 20%, ao menos aproximadamente 25%, ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 75%, ao menos aproximadamente 85%, ou ao menos aproximadamente 90%, com- parado à carga viral no indivíduo antes do tratamento com a composição imunogênica.

Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma

composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando admi- nistrada a um indivíduo em uma ou mais doses, resulta em um aumento no número de células T específicas para um epítopo de retrovírus presente em uma célula infectada por retrovírus. Em algumas modalidades, uma "quanti- dade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantida- de que, quando administrada a um indivíduo em uma ou mais doses, resulta em um aumento de ao menos aproximadamente 25%, ao menos aproxima- damente 50%, ao menos aproximadamente 100% ou 2 vezes, ao menos aproximadamente 5 vezes, ao menos aproximadamente 10 vezes, ou ao menos aproximadamente 100 vezes, ou mais, no número de células T espe- cíficas para um epítopo de retrovírus presente em uma célula infectada por retrovírus, comparado ao número de células T específicas para um epítopo de retrovírus no indivíduo antes do tratamento com a composição imunogê- nica.

Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando admi- nistrada a um indivíduo em uma ou mais doses, resulta em um aumento no número de células T CD8+ específicas para um epítopo de retrovírus presen- te em uma célula infectada por retrovírus. Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando administrada a um indivíduo em uma ou mais do- ses, resulta em um aumento de ao menos aproximadamente 25%, ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 100% ou 2 vezes, ao menos aproximadamente 5 vezes, ao menos aproximadamente 10 vezes, ou ao menos aproximadamente 100 vezes, ou mais, no número de células T CD8+ específicas para um epítopo de retrovírus presente em uma célula in- fectada por retrovírus, comparado ao número de células T CD8+ específicas para um epítopo de retrovírus no indivíduo antes do tratamento com a com- posição imunogênica.

Em algumas modalidades, por exemplo, onde a composição i- munogênica é administrada a um indivíduo virgem de infecção (isto é, um indivíduo não infectado com um retrovírus tal como HTLV), uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando administrada a um indivíduo em uma ou mais doses, reduz a proba- bilidade de que o indivíduo, se posteriormente infectado com um retrovírus tal como HTLV, desenvolvesse sintomas de doença a partir da infecção por retrovírus. Em algumas modalidades, por exemplo, onde a composição imu- nogênica é administrada a um indivíduo virgem de infecção (isto é, um indi- víduo não infectado com um retrovírus), uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica é uma quantidade que, quando administrada a um indivíduo em uma ou mais doses, aumenta a probabilidade de que o indiví- duo, se posteriormente infectado com um retrovírus tal como HIV, limitasse e/ou desaparecesse a infecção de retrovírus. Métodos para induzir ou intensificar uma resposta imune a uma célula infec- tada por lentivírus

A presente invenção fornece métodos para induzir, produzir, ou intensificar uma resposta imune de célula T a uma célula infectada com len- tivírus, por exemplo, uma célula infectada com HIV, em um indivíduo em ne- cessidade desse. Os métodos geralmente envolvem administrar uma quanti- dade eficaz de uma composição imunogênica em questão ao indivíduo.

Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando admi- nistrada a um indivíduo em uma ou mais doses, reduz a carga viral no indi- víduo por ao menos aproximadamente 5%, ao menos aproximadamente 10%, ao menos aproximadamente 20%, ao menos aproximadamente 25%, ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 75%, ao menos aproximadamente 85%, ou ao menos aproximadamente 90%, com- parado à carga viral no indivíduo antes do tratamento com a composição imunogênica.

Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando admi- nistrada a um indivíduo em uma ou mais doses, resulta em um aumento nos níveis e funções de linfócito T CD4+ no indivíduo. Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando administrada a um indivíduo em uma ou mais doses, resulta em um aumento de ao menos aproximadamente 25%, ao me- nos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 100% ou 2 vezes, ao menos aproximadamente 5 vezes, ao menos aproximadamente 10 vezes, ou ao menos aproximadamente 100 vezes, ou mais, comparado ao nível de linfócitos T CD4+ no indivíduo antes do tratamento com a composição imu- nogênica. Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma com- posição imunogênica em questão é uma quantidade que, quanto administra- da a um indivíduo em uma ou mais doses, resulta em um número de linfóci- tos T CD4+ que está dentro da faixa normal, onde a faixa normal para huma- nos é de aproximadamente 600 a aproximadamente 1500 linfócitos T CD4+ por mm3 de sangue.

Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando admi- nistrada a um indivíduo em uma ou mais doses, resulta em um aumento no número de células T específicas para um epítopo de lentivírus presente em uma célula infectada com lentivírus. Em algumas modalidades, uma "quanti- dade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantida- de que, quando administrada a um indivíduo em uma ou mais doses, resulta em um aumento de ao menos aproximadamente 25%, ao menos aproxima- damente 50%, ao menos aproximadamente 100% ou 2 vezes, ao menos aproximadamente 5 vezes, ao menos aproximadamente 10 vezes, ou ao menos aproximadamente 100 vezes, ou mais, no número de células T espe- cíficas para um epítopo de lentivírus presente em uma célula infectada com lentivírus, comparado ao número de células T específicas para um epítopo de lentivírus no indivíduo antes do tratamento com a composição imunogêni- ca.

Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando admi- nistrada a um indivíduo em uma ou mais doses, resulta em um aumento no número de células T CD8+ específicas para um epítopo de lentivírus presen- te em uma célula infectada por retrovírus. Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando administrada a um indivíduo em uma ou mais do- 10

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ses, resulta em um aumento de ao menos aproximadamente 25%, ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 100% ou 2 vezes, ao menos aproximadamente 5 vezes, ao menos aproximadamente 10 vezes, ou ao menos aproximadamente 100 vezes, ou mais, no número de células T CD8+ específicas para um epítopo de lentivírus presente em uma célula in- fectada por lentivírus, comparado ao número de células T CD8+ específicas para um epítopo de lentivírus no indivíduo antes do tratamento com a com- posição imunogênica.

Em algumas modalidades, por exemplo, onde a composição i- munogênica é administrada a um indivíduo virgem de infecção (isto é, um indivíduo não infectado com um lentivírus tal como HIV), uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando administrada a um indivíduo em uma ou mais doses, reduz a proba- bilidade de que o indivíduo, se posteriormente infectado com um retrovírus tal como HIV, desenvolvesse sintomas de doença a partir da infecção por lentivírus. Em algumas modalidades, por exemplo, onde a composição imu- nogênica é administrada a um indivíduo virgem de infecção (isto é, um indi- víduo não infectado com um lentivírus tal como HIV), uma "quantidade efi- caz" de uma composição imunogênica é uma quantidade que, quando admi- nistrada a um indivíduo em uma ou mais doses, aumenta a probabilidade de que o indivíduo, se posteriormente infectado com um lentivírus tal como HIV, limitasse e/ou desaparecesse a infecção de lentivírus. Combinação de Terapias

Uma composição imunogênica em questão pode ser administra- da em conjunto com um ou mais agentes terapêuticos para o tratamento de uma infecção por lentivírus, ou para o tratamento de um distúrbio que pode acompanhar uma infecção Ientiviral (por exemplo, uma infecção bacteriana, uma infecção fúngica, e seus similares). Os agentes terapêuticos antibióticos de beta-lactama, tetraciclinas, cloranfenicol, neomicina, gramicidina, bacitra- cina, sulfonamidas, nitrofurazona, ácido nalidíxico, cortisona, hidrocortisona, betametasona, dexametasona, fluocortolona, prednisolona, triancinolona, indometacina, sulindac, aciclovir, amantadina, rimantadina, CD4 solúvel re- 3fi combinante (rsCD4), anticorpos antirreceptores (por exemplo, para rinoví- rus), nevirapina, cidofovir (Vistide0)1 fosfonoformato trissódico (Foscarnet0), fanciclovir, penciclovir, valaciclovir, inibidores de replicação/ácido nucléico, interferona, zidovudina (AZT, Retrovir0), didanosina (dideoxinosina, ddl, Vi- dex°), estavudina (d4T, Zerit0), zalcitabina (dideoxicitosina, ddC, Hivid0), nevirapina (Viramune0)1 Iamivudina (Epivir0, 3TC), inibidores de protease, saquinavir (Invirase0, Fortovase0), ritonavir (Norvir0)1 nelfinavir (Viracepta), efavirenz (Sustiva0), abacavir (Ziagen0), amprenavir (Agenerasen) indinavir (Crixivan0), ganciclovir, AzDU, delavirdina (Rescriptor0), kaletra, trizivir, ri- fanpina, clatiromicina, eritropoietina, fatores de estimulo de colônia (G-CSF e GM-CSF), inibidores de transcriptase reversa não nucleosídeo, inibidores de nucleosídeo, adriamicina, fluorouracila, metotrexato, asparaginase e combi- nações desses. Métodos para Tratar Câncer A presente invenção adicionalmente fornece métodos para tratar

câncer em um indivíduo, onde o câncer está associado com a expressão de HERV. Tais cânceres incluem, mas não estão limitados a, câncer de ovário, de mama, melanoma, câncer de próstata, seminoma, teratoma, e câncer testicular. Os métodos geralmente envolvem administrar a um indivíduo em necessidade desse uma quantidade eficaz de uma composição imunogênica em questão compreendendo um ou mais polipeptídeos de HERV.

Um método em questão para tratar câncer é útil para tratar cân- cer que derivou de um tecido compreendendo células que normalmente ex- pressam um ou mais polipeptídeos de HERV. Tais cânceres incluem câncer de ovário, melanoma, câncer de próstata, seminoma, teratoma, e câncer testicular.

Em algumas modalidades, no contexto de tratamento de câncer, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando administrada a um indivíduo em uma ou mais doses, reduz um ou mais dentre o tamanho do tumor, o número de células cancerosas, e a metástase de célula cancerosa por ao menos aproximada- mente 10%, ao menos aproximadamente 20%, ao menos aproximadamente 30%, ao menos aproximadamente 40%, ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 60%, ao menos aproximadamente 70 ao menos aproximadamente 80%, ou aomenos aproximadamente 90%, até total erra- dicação do tumor.

Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando admi- nistrada a um indivíduo em uma ou mais doses, resulta em um aumento no número de células T específicas para um epítopo presente em uma célula cancerosa. Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando admi- nistrada a um indivíduo em uma ou mais doses, resulta em um aumento de ao menos aproximadamente 25%, ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 100% ou 2 vezes, ao menos aproximadamente 5 vezes, ao menos aproximadamente 10 vezes, ou ao menos aproximadamen- te 100 vezes, ou mais, no número de células T específicas para um epítopo presente em uma célula cancerosa, comparado ao número de células T es- pecíficas para um epítopo de célula cancerosa no indivíduo antes do trata- mento com a composição imunogênica.

Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando admi- nistrada a um indivíduo em uma ou mais doses, resulta em um aumento no número de células T CD8+ específicas para um epítopo presente em uma célula cancerosa. Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" de uma composição imunogênica em questão é uma quantidade que, quando administrada a um indivíduo em uma ou mais doses, resulta em um aumento de ao menos aproximadamente 25%, ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 100% ou 2 vezes, ao menos aproximadamente 5 vezes, ao menos aproximadamente 10 vezes, ou ao menos aproximadamen- te 100 vezes, ou mais, no número de células T CD8+ específicas para um epítopo de célula cancerosa presente em uma célula cancerosa, comparado ao número de células T CD8+ específicas para um epítopo de célula cance- rosa no indivíduo antes do tratamento com a composição imunogênica. Em algumas modalidades, uma composição imunogênica em questão é administrada como uma terapia adjuvante a uma terapia de cân- cer padrão. As terapias de câncer padrão incluem cirurgia (por exemplo, re- moção cirúrgica de tecido canceroso), terapia com radiação, transplantes de medula óssea, tratamento quimioterápico, tratamento com modificador de resposta biológica, e certas combinações dos anteriores.

A terapia com radiação inclui, mas não está limitada a, raios χ ou raios gama que são liberados ou a partir de uma fonte externamente aplica- da tal como um feixe, ou por implantação de pequenas fontes radioativas.

Os agentes quimioterápicos são compostos não peptídicos (isto

é, não proteináceos) que reduzem a proliferação de células cancerosas, e abrangem agentes citotóxicos e agentes citostáticos. Exemplos não Iimitan- tes de agentes quimioterápicos incluem agentes alquilantes, nitrosouréias, antimetabólitos, antibióticos antitumor, alcalóides vegetais (vinca), e hormô-

nios esteróides.

Os agentes que agem para reduzir a proliferação celular são co- nhecidos na técnica e amplamente usados. Tais agentes incluem agentes alquilantes, tais como mostardas de nitrogênio, nitrosouréias, derivados de etilenimina, alquil sulfonatos, e triazenos, incluindo, mas não limitados a,

mecloretamina, ciclofosfamida (Cytoxann), melfalano (L-sarcolisina), carmus- tina (BCNU), Iomustina (CCNU), semustina (metil-CCNU), estreptozocina, clorozotocina, mostarda de uracila, clormetina, ifosfamida, clorambucil, pipo- bromano, trietilenomelamina, trietilenotiofosforamina, busulfano, dacarbazi- na, e temozolomida.

Os agentes antimetabólitos incluem análogos de ácido fólico,

análogos de pirimidina, análogos de purina, e inibidores de adenosina dea- minase, incluindo, mas não limitados a, citarabina (CYTOSAR-U), citosina arabinosídeo, fluorouracila (5-FU), floxuridina (FudR)1 6-tioguanina, 6- mercaptopurina (6-MP), pentostatina, 5-fluorouracila (5-FU), metotrexato, 10-

propargil-5,8-dideazafolato (PDDF, CB3717), ácido 5,8-dideazatetraidrofólico (DDATHF), leucovorina, fosfato de fludarabina, pentostatina, e gencitabina.

Os produtos naturais adequados e seus derivados (por exemplo, alcalóides de vinca, antibióticos antitumor, enzimas, linfoquinas, e epipodofi- lotoxinas), incluem, mas não estão limitados a, Ara-C, paclitaxel (Taxol®), docetaxel (Taxotere®), desoxicoformicina, mitomicina-C, L-asparaginase, azatioprina; brequinar; alcalóides, por exemplo, vincristina, vinblastina, vino- relbina, vindesina, etc.\ podofilotoxinas, por exemplo, etoposide, teniposide, etc.·, antibióticos, por exemplo, antraciclina, cloridrato de daunorrubicina (daunomicina, rubidomicina, cerubidina), idarubicina, doxorubicina, epirubici- na e derivados de morfolino, etc.) bisciclopeptídeos de fenoxizona, por e- xemplo, dactinomicina; glicopeptídeos básicos, por exemplo, bleomicina; glicosídeos de antraquinona, por exemplo, plicamicina (mitramicina); antra- cenodionas, por exemplo, mitoxantrona; azirinopirrol indoledionas, por e- xemplo, mitomicina; imunossupressores macrocíclicos, por exemplo, ciclos- porina, FK-506 (tacrolimus, prograf), rapamicina, etc.·, e seus similares.

Outros agentes citotóxicos antiproliferativos são navelbeno, CPT-11, anastrazol, letrazol, capecitabina, reloxafina, ciclofosfamida, ifosa-

mida, e droloxafina.

Os agentes que afetam os microtúbulos que têm atividade anti- proliferativa são também adequados para uso e incluem, mas não estão limi- tados a, alocolquicina (NSC 406042), Halicondrina B (NSC 609395), colqui- cina (NSC 757), derivados de colquicina (por exemplo, NSC 33410), dolâsta- tina 10 (NSC 376128), maitansina (NSC 153858), rizoxina (NSC 332598), paclitaxel (Taxol®), derivados de Taxol®, docetaxel (Taxotere®), tiocolquici- na (NSC 361792), tritil cisterina, sulfato de vinblastina, sulfato de vincristina, epotilonas naturais e sintéticas incluindo, mas não limitadas a, epotilona A, epotilona B, discodermolida; estramustina, nocodazol, e seus similares.

Os moduladores de hormônio e esteróides (incluindo análogos de esteróides) que são adequados para uso incluem, mas não estão limita- dos a, adrenocorticoesteróides, por exemplo, prednisona, dexametasona, etc.\ estrogênios e progestinas, por exemplo, caproato de hidroxiprogestero- na, acetato de medroxiprogesterona, acetato de megestrol, estradiol, clomi- feno, tamoxifeno; etc.·, e supressores adrenocorticais, por exemplo, amino- glutetimida; 17a-etinilestradiol; dietilestilbestrol, testosterona, fluoximestero- na, propionato de dromostanolona, testolactona, metilprednisolona, metil- testosterona, prednisolona, triamcinolona, clorotrianiseno, hidroxiprogestero- na, aminoglutetimida, estramustina, acetato de medroxiprogesterona, Ieupro- Iida1 Flutamida (Drogenil), Toremifeno (Fareston), e Zoladex®. Os estrogê- nios estimulam a proliferação e diferenciação; portanto, os compostos que ligam ao receptor de estrogênio são usados para bloquear essa atividade. Os corticosteróides podem inibir a proliferação de célula T.

Outros agentes quimioterápicos incluem complexos de metal, por exemplo, cisplatina (cis-DDP), carboplatina, etc.; uréias, por exemplo, hidroxiuréia; e hidrazinas, por exemplo, N-metilhidrazina; epidofilotoxina; um inibidor de topoisomerase; procarbazina; mitoxantrona; leucovorina; tegafur; etc. Outros agentes antiproliferativos de interesse incluem imunossupresso- res, por exemplo, ácido micofenólico, talidomida, desoxispergualina, azaspo- ria, leflunomida, mizoribina, azaspirano (SKF 105685); Iressa® (ZD 1839, 4- (3-cloro-4-fluorofenilamino)-7-metoxi-6-(3-(4-morfolinil)propóxi)quinazolina); etc.

Os "taxanos" incluem paclitaxel, bem como qualquer derivado de taxano ativo ou pró-fármaco. O "paclitaxel" (que deveria ser entendido aqui como incluindo análogos, formulações, e derivados tais como, por exemplo, docetaxel, TAXOLd1 TAXOTEREd (uma formulação de docetaxel), análogos de paclitaxel 10-desacetila e análogos de paclitaxel 3'N-desbenzoil-3'N-t- butoxicarbonila) pode ser prontamente preparado utilizando técnicas conhe- cidas aos versados na técnica (ver também WO 94/07882, WO 94/07881, WO 94/07880, WO 94/07876, WO 93/23555, WO 93/10076; Pat. U.S. NeS 5.294.637, 5.283.253, 5.279.949, 5.274.137, 5.202.448, 5.200.534, 5.229.529, and EP 590.267), ou obtido a partir de uma variedade de fontes comerciais, incluindo, por exemplo, Sigma Chemical Co., St. Louis1 Mo. (T7402 da Taxus brevifolia-, ou T-1912 da Taxus yannanensis).

O paclitaxel deveria ser entendido como se referindo a não so- mente à forma de paclitaxel quimicamente disponível comum, mas análogos e derivados (por exemplo, docetaxel Taxoteren1 como notado acima) e con- jugados de paclitaxel (por exemplo, paclitaxel-PEG, paclitaxel-dextrano, ou paclitaxel-xilose).

Está também incluída no termo "taxano" uma variedade de deri- vados conhecidos, incluindo ambos derivados hidrofílicos, e derivados hidro- fóbicos. Os derivados de taxano incluem, mas não limitados a, derivados de galactose e manose descritos no Pedido de Patente Internacional Ne WO 99/18113; piperazino e outros derivados descritos no WO 99/14209; deriva- dos de taxano descritos no WO 99/09021, WO 98/22451 e Patente U.S. Nq 5.869.680; derivados de 6-tio descritos no WO 98/28288; derivados de sul- fenamida descritos na Patente U.S. Ng 5.821.263; e derivados de taxol des- critos na Patente U.S. N9 5.415.869. Eles adicionalmente incluem pró- fármacos de paclitaxel incluindo, mas não limitados àqueles descritos nos WO 98/58927, WO 98/13059, e Patente U.S. Nq 5.824.701.

Os modificadores de resposta biológica adequados para uso em conjunto com os métodos da invenção incluem, mas não estão limitados a, (1) inibidores da atividade de tirosina quinase (RTK); (2) inibidores de ativi- dade de serina/treonina quinase; (3) antagonistas de antígeno associado a tumor, tais como anticorpos que se ligam especificamente a um antígeno de tumor; (4) agonistas de receptor de apoptose; (5) interleucina-2; (6) IFN-a; (7) IFN-γ; (8) fatores de estímulo de colônia; e (9) inibidores de angiogênese. Métodos para tratar distúrbios autoimunes

A presente invenção fornece métodos para tratar um distúrbio autoimune em um indivíduo, os métodos geralmente envolvendo administrar a um indivíduo em necessidade desse uma quantidade de um polipeptídeo de HERV em questão eficaz para reduzir uma resposta imune do sujeito a um polipeptídeo de HERV, desse modo tratando a doença autoimune. Os distúrbios autoimunes que podem ser tratados com um método em questão incluem, mas não estão limitados a, esclerose múltipla, artrite reumatóide, lúpus eritematoso sistêmico, e diabetes tipo 1.

Em algumas modalidades, uma quantidade eficaz de um poli- peptídeo de HERV em questão é uma quantidade que é eficaz para reduzir uma resposta imune do sujeito a um polipeptídeo de HERV em ao menos aproximadamente 10%, ao menos aproximadamente 15%, ao menos apro- ximadamente 20%, ao menos aproximadamente 25%, ao menos aproxima- damente 30%, ao menos aproximadamente 35%, ao menos aproximada- mente 40%, ao menos aproximadamente 45%, ao menos aproximadamente 50%, ou mais de 50%, comparado ao nível da resposta imune do sujeito ao polipeptídeo de HERV na ausência de tratamento com um polipeptídeo de HERV em questão.

Em algumas modalidades, um método em questão é eficaz em reduzir a autorreatividade, onde "reduzir autorreatividade" inclui um ou mais dentre reduzir o número de células autorreativas, reduzir a atividade de uma célula autorreativa, e reduzir o nível de anticorpo autorreativo. A autorreativi- dade depende das interações de um número de glóbulos brancos, incluindo, mas não limitados a, linfócitos T, células B, células matadoras naturais (NK) e células dendríticas. Os linfócitos T incluem linfócitos T CD4+ e linfócitos CD8+. As células B podem funcionar como ambas células de apresentação de antígeno e produtores de autoanticorpos que podem se direcionar a teci- dos. Em algumas modalidades, o método em questão pode alterar as ativi- dades ou números dessas células envolvidas em várias reatividades autoi- munes. Em algumas modalidades, um método em questão é eficaz para re- duzir o número e/ou atividade de uma célula autorreativa em um indivíduo em ao menos aproximadamente 5%, ao menos aproximadamente 10%, ao menos aproximadamente 25%, ao menos aproximadamente 30%, ao menos aproximadamente 40%, ao menos aproximadamente 50%, ao menos apro- ximadamente 60%, ao menos aproximadamente 70%, ao menos aproxima- damente 80%, ou ao menos aproximadamente 90%, ou mais, quando com- parado ao número e/ou nível de células autorreativas no indivíduo não trata- do com o polipeptídeo de HERV.

Em algumas modalidades, um método em questão é eficaz para reduzir o número e/ou atividade de um linfócito T autorreativo. Assim, em algumas modalidades, uma quantidade eficaz de um polipeptídeo de HERV é uma quantidade que é eficaz para reduzir o número e/ou atividade de lin- fócitos T autorreativos em um indivíduo em ao menos aproximadamente 5%, ao menos aproximadamente 10%, ao menos aproximadamente 25%, ao menos aproximadamente 30%, ao menos aproximadamente 40%, ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 60%, ao menos apro- ximadamente 70%, ao menos aproximadamente 80%, ou ao menos aproxi- madamente 90%, ou mais, quando comparado ao número e/ou nível de Iin- fócitos T autorreativos no indivíduo não tratado com o polipeptídeo de HERV.

Em algumas modalidades, um método em questão é eficaz para reduzir o número e/ou atividade de uma célula B autorreativa. Assim, em algumas modalidades, uma quantidade eficaz de um polipeptídeo de HERV é uma quantidade que é eficaz para reduzir o número e/ou atividade de célu- las B autorreativas em um indivíduo em ao menos aproximadamente 5%, ao menos aproximadamente 10%, ao menos aproximadamente 25%, ao menos aproximadamente 30%, ao menos aproximadamente 40%, ao menos apro- ximadamente 50%, ao menos aproximadamente 60%, ao menos aproxima- damente 70%, ao menos aproximadamente 80%, ou ao menos aproxima- damente 90%, ou mais, quando comparado ao número e/ou nível de células B autorreativas no indivíduo não tratado com o polipeptídeo de HERV.

As atividades de um linfócito T autorreativo incluem, mas não estão limitadas a, atividade ciclítica em direção a uma "própria" célula, se- creção de citocina(s), secreção de quemoquina(s), resposta à quemóqui- na(s), e tráfico. Em algumas modalidades, uma quantidade eficaz de um po- lipeptídeo de HERV é uma quantidade que é eficaz para reduzir uma ou mais atividades de um linfócito T autorreativo em um indivíduo.

Se um polipeptídeo de HERV for eficaz para reduzir o número e/ou atividade de um linfócito T autorreativo em um indivíduo, ele é pronta- mente determinado usando ensaios conhecidos. Por exemplo, onde os linfó- citos T autorreativos são específicos para um autoantígeno, o número e o nível de atividade de linfócitos T específicos de autoantígeno é determinado usando, por exemplo, uma reação de linfócito mista na qual as células irradi- adas compreendendo uma etiqueta detectável no citoplasma e exibindo o autoantígeno são misturadas com linfócitos do indivíduo. A liberação da eti- queta detectável do citoplasma das células que exigem autoantígeno indica 4fi a presença no indivíduo de linfócitos autorreativos. Os métodos para detec- tar linfócitos T autorreativos associados com diabetes tipo 1 são conhecidos na técnica, e quaisquer tais métodos podem ser usados. Ver, por exemplo, Patente U.S. N5 6.022.697 para uma discussão de um método para detectar linfócitos T autorreativos associados com diabetes tipo 1.

Em algumas modalidades, uma quantidade eficaz de um poli- peptídeo de HERV é uma quantidade que é eficaz para reduzir a gravidade de um ou mais sintomas de uma doença autoimune. Por exemplo, em algu- mas modalidades, uma quantidade eficaz de um polipeptídeo de HERV é uma quantidade que é eficaz para reduzir a gravidade de um ou mais sinto- mas de uma doença autoimune em ao menos aproximadamente 5%, ao me- nos aproximadamente 10%, ao menos aproximadamente 25%, ao menos aproximadamente 30%, ao menos aproximadamente 40%, ao menos apro- ximadamente 50%, ao menos aproximadamente 60%, ao menos aproxima- damente 70%, ao menos aproximadamente 80%, ou ao menos aproxima- damente 90%, ou mais, quando comparado à gravidade do sintoma em um indivíduo não tratado com o polipeptídeo de HERV.

Os sintomas associados com as distúrbios autoimunes são co- nhecidos na técnica. Ver, por exemplo, "Textbook of the Autoimmune Disea- ses" R.G. Lahita, Ed. (2000) Lippincott Williams & Wilkins, 1a ed. Os seguin- tes são exemplos não limitantes.

A esclerose múltipla é caracterizada por vários sintomas e sinais de disfunção do sistema nervoso central (CNS), com remissões e exacerba- ções recorrentes. Os sintomas mais comuns apresentados são parestesias em uma ou mais extremidades, no tronco, ou em uma lateral da face; fraque- za ou peso de uma perna ou mão; ou distúrbios visuais, por exemplo, ceguei- ra parcial e dor em um olho (neurite óptica retrobulbar), obscurecimento da visão, ou escotomas. Outros sintomas anteriores são paralisia ocular resul- tando em visão dupla (diplopia), fraqueza transiente de uma ou mais extremi- dades, leve rigidez ou fadiga não usual de um membro, andar trôpego, dificul- dade no controle da bexiga, vertigem, e distúrbios emocionais moderados.

A diabetes Mellitus é a síndrome caracterizada por hiperglicemia Al resultante de falha absoluta ou relativa na secreção de insulina e/ou ação da insulina. Embora ela possa ocorrer em qualquer idade, a DM tipo 1 se de- senvolve mais comumente na infância ou adolescência e é o tipo predomi- nante de DM diagnosticada antes dos 30 anos. Esse tipo de diabetes aco- mete de 10 a 15% de todos os casos de DM e é caracterizado clinicamente por hiperglicemia. Terapias de Combinação

Em algumas modalidades, um método de tratamento em ques- tão envolverá administrar a um indivíduo em necessidade desse uma quan- tidade eficaz de um polipeptídeo de HERV; e ao menos um agente adicional que é eficaz para o tratamento de uma distúrbio autoimune. Em algumas modalidades, ao menos um agente adicional está além de um polipeptídeo de HERV.

Os versados na técnica estão cientes de agentes (além de um polipeptídeo de HERV) que são adequados para tratar distúrbios autoimu- nes. Por exemplo, os agentes que são adequados para tratar diabetes tipo 1 incluem insulina, incluindo insulina ocorrendo naturalmente, análogos de in- sulina, e seus similares.

A insulina que é adequada para uso aqui inclui, mas não está limitada a, insulina regular, semilente, NPH, lente, insulina zinco protamina (PZI), ultralente, insulina glargina, insulina aspártica, insulina acilada, insuli- na monomérica, insulina superativa, insulina hepatosseletiva, e qualquer ou- tro análogo de insulina ou derivado, e misturas de quaisquer dos anteriores. A insulina que é capaz para uso aqui inclui, mas não está limitada a, formas de insulina descritas na Patente U.S. N9S 4.992.417, 4.992.418, 5.474.978, 5.514.646, 5.504.188, 5.547.929, 5.650.486, 5.693.609, 5.700.662, 5.747.642, 5.922.675, 5.952.297, e 6.034.054, e pedidos PCT publicados WO 00/121197, WO 09/010645, e WO 90/12814. Os análogos de insulina incluem, mas não são limitados a, análogos de insulina superativa, insulinas monoméricas, e análogos de insulina hepatoespecífica. Métodos para tratar esquizofrenia

A presente invenção adicionalmente fornece métodos para tratar 4fi esquizofrenia, os métodos geralmente envolvendo administrar a um indiví- duo em necessidade desse uma quantidade eficaz de um polipeptídeo de HERV.

Nessas modalidades, uma "quantidade eficaz" de um polipeptí- deo de HERV é uma quantidade que, quando administrando a um indivíduo em necessidade desse em uma ou mais doses, reduz ao menos um sintoma de esquizofrenia em ao menos aproximadamente 10%, ao menos aproxima- damente 15%, ao menos aproximadamente 20%, ao menos aproximada- mente 25%, ao menos aproximadamente 30%, ao menos aproximadamente 35%, ao menos aproximadamente 40%, ao menos aproximadamente 45%, ao menos aproximadamente 50%, ou mais, comparado ao nível ou gravida- de do sintoma no indivíduo na ausência de tratamento com o polipeptídeo de HERV. Os sintomas de esquizofrenia são conhecidos na técnica, e incluem, por exemplo, sintomas "positivos" (por exemplo, delírios, alucinações, dis- curso desorganizado, comportamento catatônico ou brutamente desorgani- zado); e sintomas "negativos" (por exemplo, alogia, afeto embotado, avoli- ção).

Formulações

Um polipeptídeo de HERV, como descrito acima, pode ser for- mulado em qualquer variedade de formas para administração a um indivíduo em necessidade desse. A presente invenção fornece formulações farmacêu- ticas compreendendo um polipeptídeo de HERV. As composições imunogê- nicas compreendendo um polipeptídeo de HERV são descritas acima. As formulações adicionais são descritas abaixo. Uma formulação em questão compreendendo um polipeptídeo

de HERV geralmente inclui um ou mais de um excipiente (por exemplo, sa- carose, amido, manitol, sorbitol, lactose, glicose, celulose, talco, fosfato de cálcio ou carbonato de cálcio), a Iigante (por exemplo, celulose, metilcelulo- se, hidroximetilcelulose, polipropilpirrolidona, polivinilpirrolidona, gelatina, goma arábica, polietilenoglicol, sacarose ou amido), a disintegrante (por e- xemplo, amido, carboximetilcelulose, hidroxipropilamido, hidroxipropilcelulo- se substituída, bicarbonato de sódio, fosfato de cálcio ou citrato de cálcio), 4Q um lubrificante (por exemplo, estearato de magnésio, ácido silícico anidro leve, talco ou Iauril sulfato de sódio), um agente flavorizante (por exemplo, ácido cítrico, mentol, glicina ou pó de laranja), um conservante (por exemplo, benzoato de sódio, bissulfeto de sódio, metilparabeno ou propilparabeno), um estabilizante (por exemplo, ácido cítrico, citrato de sódio ou ácido acéti- co), um agente de suspensão (por exemplo, metilcelulose, polivinilpirrolidona ou estearato de alumínio), um agente dispersante (por exemplo, hidroxipro- pilmetilcelulose), um diluente (por exemplo, água), e cera base (por exemplo, manteiga de cacau, petrolato branco ou polietileno glicol). Os comprimidos compreendendo um agente ativo podem ser

revestidos com um agente de formação de película adequado, por exemplo, hidroxipropilmetil celulose, hidroxipropil celulose ou etil celulose, ao qual um excipiente adequado pode opcionalmente ser adicionado, por exemplo, um amaciante tal como glicerol, propileno glicol, dietilftalato, ou triacetato de gli- cerol; um veículo tal como sacarose, sorbitol, xilitol, glicose, ou lactose; um corante tal como hidróxido de titânio, e seus similares.

Os veículos excipientes adequados são, por exemplo, água, so- lução salina, dextrose, glicerol, etanol, ou seus similares, e combinações desses. Em adição, se desejado, o veículo pode conter quantidades meno- res de substâncias auxiliares tais como agentes umectantes ou emulsifican- tes ou agentes de tamponagem de pH. Os métodos atuais para preparar tais formas de dosagem são conhecidos, ou estarão aparentes, aos versados na técnica. Ver, por exemplo, Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Pu- blishing Company, Easton, Pa., 17a edição, 1985. A composição ou formula- ção a ser administrada conterá, em qualquer evento, uma quantidade do agente adequada para alcançar o estado desejado no sujeito sendo tratado. Os excipientes farmaceuticamente aceitáveis, tais como veículos, adjuvan- tes, veículos ou diluentes, são prontamente disponíveis ao público. Além disso, as substâncias auxiliares farmaceuticamente aceitáveis, tais como agentes de ajustamento e tamponagem de pH, agentes de ajustamento de tonicidade, estabilizantes, agentes umectantes, e seus similares, são pron- tamente disponíveis ao público. fifí Em algumas modalidades, por exemplo, para uso em induzir ou intensificar uma resposta imune a um lentivírus, um polipeptídeo de HERV é formulado para liberação vaginal. Uma formulação em questão para adminis- tração intravaginal é formulada como um comprimido bioadesivo intravagi- nal, micropartícula bioadesiva intravaginal, creme intravaginal, loção intrava- ginal, espuma intravaginal, pomada intravaginal, pasta intravaginal, solução intravaginal, ou gel intravaginal. Dosaqens

A dosagem apropriada de um polipeptídeo de HERV que, quan- do administrado em uma ou múltiplas doses, tem o efeito desejado (por e- xemplo, aumenta uma resposta imune de célula T a um lentivírus; aumenta uma resposta imune a uma célula cancerosa; reduz uma resposta autoimu- ne, etc.), variará, dependendo de vários fatores, mas estará geralmente na faixa de aproximadamente 1 pg a aproximadamente 100 mg, por exemplo, de aproximadamente 1 pg a aproximadamente 5 pg, de aproximadamente 5 pg a aproximadamente 10 pg, de aproximadamente 10 pg a aproximada- mente 25 pg, de aproximadamente 25 pg a aproximadamente 50 pg, de a- proximadamente 50 pg a aproximadamente 100 pg, de aproximadamente 100 pg a aproximadamente 500 pg, de aproximadamente 500 pg a aproxi- madamente 1 mg, de aproximadamente 1 mg a aproximadamente 10 mg, de aproximadamente 10 mg a aproximadamente 50 mg, de aproximadamente 50 mg a aproximadamente 100 mg, administrada em uma dose ou dividida em múltiplas doses.

Em algumas modalidades, a quantidade de polipeptídeo de HERV por dose é determinada em uma base por peso corporal. Por exem- plo, em algumas modalidades, um polipeptídeo de HERV é administrado em uma quantidade de aproximadamente 0,5 mg/kg a aproximadamente 100 mg/kg, por exemplo, de aproximadamente 0,5 mg/kg a aproximadamente 1 mg/kg, de aproximadamente 1 mg/kg a aproximadamente 2 mg/kg, de apro- ximadamente 2 mg/kg a aproximadamente 3 mg/kg, de aproximadamente 3 mg/kg a aproximadamente 5 mg/kg, de aproximadamente 5 mg/kg a aproxi- madamente 7 mg/kg, de aproximadamente 7 mg/kg a aproximadamente 10 mg/kg, de aproximadamente 10 mg/kg a aproximadamente 15 mg/kg, de aproximadamente 15 mg/kg a aproximadamente 20 mg/kg, de aproximada- mente 20 mg/kg a aproximadamente 25 mg/kg, de aproximadamente 25 mg/kg a aproximadamente 30 mg/kg, de aproximadamente 30 mg/kg a apro- ximadamente 40 mg/kg, de aproximadamente 40 mg/kg a aproximadamente 50 mg/kg por dose, de aproximadamente 50 mg/kg a aproximadamente 60 mg/kg, de aproximadamente 60 mg/kg a aproximadamente 70 mg/kg, de aproximadamente 70 mg/kg a aproximadamente 80 mg/kg, de aproximada- mente 80 mg/kg a aproximadamente 90 mg/kg, ou de aproximadamente 90 mg/kg a aproximadamente 100 mg/kg, ou mais do que aproximadamente 100 mg/kg.

Os versados na técnica prontamente apreciarão que os níveis de dose podem variar como uma função do composto específico, a gravidade dos sintomas e a suscetibilidade do sujeito a efeitos colaterais. As dosagens preferenciais para um dado composto são prontamente determinadas pelos versados na técnica através de uma variedade de dispositivos.

Em algumas modalidades, múltiplas doses de um polipeptídeo de HERV são administradas. A freqüência de administração de um polipep- tídeo de HERV pode variar dependendo de qualquer de uma variedade de fatores, por exemplo, gravidade dos sintomas, etc. Por exemplo, em algu- mas modalidades, um polipeptídeo de HERV é administrado uma vez por mês, duas vezes por mês, três vezes por mês, uma semana sim outra não (qow), uma vez por semana (qw), duas vezes por semana (biw), três vezes por semana (tiw), quatro vezes por semana, cinco vezes por semana, seis vezes por semana, dia sim dia não (qod), diariamente (qd), duas vezes ao dia (qid), ou três vezes ao dia (tid).

A duração da administração de um polipeptídeo de HERV, por exemplo, o período de tempo pelo qual um polipeptídeo de HERV é adminis- trado, pode variar, dependendo de qualquer de uma variedade de fatores, por exemplo, resposta do paciente, etc. Por exemplo, um polipeptídeo de HERV pode ser administrado por um período de tempo na faixa de aproxi- madamente um dia a aproximadamente uma semana, de aproximadamente F,P duas semanas a aproximadamente quatro semanas, de aproximadamente um mês a aproximadamente dois meses, de aproximadamente dois meses a aproximadamente quatro meses, de aproximadamente quatro meses a apro- ximadamente seis meses, de aproximadamente seis meses a aproximada- mente oito meses, de aproximadamente oito meses a aproximadamente 1 ano, de aproximadamente 1 ano a aproximadamente 2 anos, ou de aproxi- madamente 2 anos a aproximadamente 4 anos, ou mais. Vias de Administração

As vias de administração convencionais e farmaceuticamente aceitáveis incluem intranasal, intramuscular, intratraqueal, intratumoral, transdérmica, subcutânea, intradérmica, aplicação tópica, intravenosa, vagi- nal, nasal, e outras vias de administração parenterais. As vias adequadas de administração também incluem vias orais e retais. As vias de administração podem ser combinadas, se desejado, ou ajustadas dependendo do agente e/ou do efeito desejado. A composição pode ser administrada em uma única dose ou em múltiplas doses.

Uma composição de HERV em questão pode ser administrada a um hospedeiro usando quaisquer dos métodos convencionais disponíveis e vias adequadas para liberação de fármacos convencionais, incluindo vias sistêmicas ou localizadas. Em geral, as vias de administração observadas pela invenção incluem, mas não estão necessariamente limitadas a, vias enterais, parenterais, ou de inalação.

As vias parenterais de administração além da administração por inalação incluem, mas não estão necessariamente limitadas a, tópica, vagi- nal, transdérmica, subcutânea, intramuscular, intraorbital, intracapsular, in- traespinhal, intraesternal, intratumoral, peritumoral, e intravenosa, isto é, qualquer via de administração além da através do canal alimentar. A admi- nistração parenteral pode ser executada para efetuar liberação sistêmica ou local do agente. Quando a liberação sistêmica é desejada, a administração tipicamente envolve administração tópica ou mucosal invasiva ou sistemica- mente absorvida de preparações farmacêuticas.

Uma composição de HERV em questão pode também ser Iibe- rada ao sujeito por administração enteral. As vias enterais de administração incluem, mas não estão necessariamente limitadas a, liberação oral e retal (por exemplo, usando um supositório).

Uma composição de HERV em questão pode ser liberada ao tecido mucoso, por exemplo, ao tecido vaginal, ao tecido retal, etc. Métodos para Gerar CTLs específicos de HERV

A presente invenção fornece métodos para gerar uma população de células T CD8+ específicas de HERV. Os métodos geralmente envolvem contatar uma célula T CD8+, ou um precursor dessa, com um polipeptídeo de HERV em associação com uma plataforma de apresentação de antígeno, onde o contato é executado in vitro. Os métodos são úteis para gerar uma população de células T CD8+ específicas de polipeptídeo de HERV, que são, por sua vez, úteis em métodos para tratar distúrbios tais como infecção por lentivírus (por exemplo, infecção por HIV) e câncer. Em algumas modalidades, as células T CD8+ são obtidas a partir

de um indivíduo, e são contatadas in vitro com um polipeptídeo de HERV em associação com uma plataforma de apresentação de antígeno. Em algumas modalidades, uma população mista de células que compreende células T CD8+ é obtida a partir de um indivíduo; e as células T CD8+ são isoladas da população mista, gerando uma população de célula T CD8+ não estimulada. A população de célula T CD8+ não estimulada é então contatada in vitro com um polipeptídeo de HERV em associação com uma plataforma de apre- sentação de antígeno. A etapa de contato ativa ao menos uma parte da po- pulação de célula T CD8+ não estimulada para se tornar específica para um polipeptídeo de HERV.

A fonte da população de célula mista que compreende uma célu- la T CD8+ pode ser, por exemplo, sangue integral. A população de célula mista pode ser manipulada de uma ou mais formas ou etapas, por exemplo, para remover glóbulos vermelhos do sangue, para selecionar as células T CD8+, e/ou para selecionar contra células T CD4+ ou outras populações de célula não CD8+. O número de células CD8+ não estimuladas pode estar na faixa de aproximadamente 102 células a aproximadamente 109 células, por exemplo, de aproximadamente "IO2 células a aproximadamente 103 células, de aproximadamente 103 células a aproximadamente 104 células, de apro- ximadamente 104 células a aproximadamente 105 células, de aproximada- mente 105 células a aproximadamente 5 χ 105 células, de aproximadamente 5 χ 105 células a aproximadamente 106 células, de aproximadamente 106 células a aproximadamente 5 χ 106 células, de aproximadamente 5 χ 106 células a aproximadamente 107 células, de aproximadamente 107 células a aproximadamente 5 χ 107 células, de aproximadamente 5 χ "IO7 células a aproximadamente 108 células, de aproximadamente 108 células a aproxima- damente 5 χ 108 células, ou de aproximadamente 5 χ 108 células a aproxi- madamente 109 células.

A plataforma de apresentação de antígeno pode ser uma célula de apresentação de antígeno (APC), por exemplo, uma APC pulsada com um peptídeo de HERV, onde a APC pode estar viva ou pode estar inativa. Em algumas modalidades, a plataforma de apresentação de antígeno é uma microesfera (por exemplo, uma microesfera de plástico, uma microesfera magnética, etc.), ou outra partícula, a qual um peptídeo de HERV é ligado. As plataformas de apresentação de antígeno além das APCs que ocorrem naturalmente são conhecidas na técnica e incluem, mas não estão limitadas a, microesferas, vírus inativos elaborados em superfície (ver, por exemplo, Mosca e outros (2007) Retrovirol. 4:32); APCs artificiais, por exemplo, Iipos- somas (ver, por exemplo, Publicação de Patente U.S. Ns 2006/0034865); e seus similares.

A plataforma de apresentação de antígeno incluirá, em adição a um peptídeo de HERV, uma ou mais moléculas de superfície suficientes pa- ra estimular a expansão de uma população de célula T CD8+ específica de HERV, por exemplo, moléculas de classe I MHC (por exemplo, moléculas Classe I HLA), etc. A plataforma de apresentação de antígeno pode também incluir uma ou mais moléculas coestimulantes, onde as moléculas coestimu- Iantes adequadas incluem, mas não estão limitadas a, um anticorpo anti- CD28, um anticorpo anti-CD49d, e seus similares).

As células T CD8+ não estimuladas são contatadas in vitro com F,F> um peptídeo de HERV em associação com uma plataforma de apresentação de antígeno; e o número de células T CD8+ específicas de HERV é aumen- tado. O método resulta em um aumento de 10 vezes a 106 vezes no número de células T CD8+ específicas de HERV. O número de células T CD8+ espe- cíficas de HERV obtido por um método em questão pode estar na faixa de aproximadamente 103 a aproximadamente 109 células, por exemplo, de a- proximadamente 103 células a aproximadamente 104 células, de aproxima- damente 104 células a aproximadamente 105 células, de aproximadamente "IO5 células a aproximadamente 5 χ "IO5 células, de aproximadamente 5 χ 105 células a aproximadamente 106 células, de aproximadamente 106 células a aproximadamente 5 χ 106 células, de aproximadamente 5 χ 106 células a aproximadamente 107 células, de aproximadamente 107 células a aproxima- damente 5 χ 107 células, de aproximadamente 5 χ 107 células a aproxima- damente 108 células, de aproximadamente 108 células a aproximadamente 5 χ 108 células, ou de aproximadamente 5 χ 108 células a aproximadamente 109 células.

A presente invenção fornece métodos de tratamento usando as células T CD8+ específicas de HERV. Em algumas modalidades, os métodos são métodos de tratar uma infecção por HIV. Em outras modalidades, os métodos são métodos de tratamento de câncer. Os métodos geralmente en- volvem administrar a um indivíduo em necessidade desse uma quantidade eficaz de células T CD8+ específicas de HERV. Em algumas modalidades, as células T CD8+ específicas de HERV são autólogas, por exemplo, as cé- lulas T CD8+ específicas de HERV são administradas ao mesmo indivíduo a partir do qual a população de célula mista foi obtida (isto é, o indivíduo doa- dor e o indivíduo receptor são os mesmos). Em outras modalidades, as célu- las T CD8+ específicas de HERV são alogênicas, por exemplo, as células T CD8+ específicas de HERV são administradas a um indivíduo (um indivíduo receptor) não geneticamente idêntico ao indivíduo a partir do qual a popula- ção de célula mista foi obtida (o indivíduo doador).

Em algumas modalidades, as células T CD8+ específicas de HERV são administradas a um indivíduo receptor em uma quantidade de 5fi aproximadamente 103 a aproximadamente 109 células, por exemplo, de a- proximadamente 103 células a aproximadamente 104 células, de aproxima- damente 104 células a aproximadamente 105 células, de aproximadamente 105 células a aproximadamente 5 χ 105 células, de aproximadamente 5 χ 105 células a aproximadamente 106 células, de aproximadamente 106 células a aproximadamente 5 χ 106 células, de aproximadamente 5 χ 106 células a aproximadamente 107 células, de aproximadamente 107 células a aproxima- damente 5 χ 107 células, de aproximadamente 5 χ 107 células a aproxima- damente 108 células, de aproximadamente 108 células a aproximadamente 5 χ 108 células, ou de aproximadamente 5 χ 108 células a aproximadamente 109 células, em uma ou mais doses. Métodos de Diagnóstico

A presente invenção fornece vários métodos de diagnóstico, mé- todos que utilizam um polipeptídeo de HERV em questão ou uma composi- ção de HERV em questão. Os métodos de diagnóstico em questão incluem métodos para monitorar a resposta de um paciente ao tratamento, métodos para determinar o estágio de uma doença, e métodos para detectar uma do- ença.

Em algumas modalidades, um método de diagnóstico em ques- tão envolve detectar a presença em um indivíduo de uma célula cancerosa que produz um polipeptídeo de HERV. Os métodos para detectar uma célula cancerosa que produz um polipeptídeo de HERV incluem métodos imunoló- gicos, por exemplo, uso de um anticorpo específico para um polipeptídeo de HERV, onde os ensaios imunológicos incluem, por exemplo, ensaios imuno- histológicos, e ensaios de análise celular ativada por fluorescência (por e- xemplo, ensaios de classificação de célula ativada por fluorescência, usando um anticorpo marcado de forma fluorescente a um polipeptídeo de HERV).

Em outras modalidades, um método de diagnóstico em questão geralmente envolve detectar o número de células T CD8+ específicas de HERV pode ser determinado usando, por exemplo, um ensaio de liberação de 51Cr, onde as células alvo pulsadas com um peptídeo de HERV e marca- das com 51Cr são contatadas com uma amostra de teste que pode conter células T CD8+ específicas de HERV. O numero de células T CD8+ específi- cas de HERV é determinado medindo-se a liberação de 51Cr a partir das cé- lulas alvo.

Em outras modalidades, um método de diagnóstico em questão envolve detectar um polipeptídeo de HERV no soro ou plasma (ou outro flui- do biológico) de um indivíduo. A detecção de um polipeptídeo de HERV em um fluido biológico obtido a partir de um indivíduo pode ser executada usan- do, por exemplo, ensaios imunológicos empregando anticorpo específico para um polipeptídeo de HERV. Os ensaios imunológicos adequados inclu- em, mas não estão limitados a, ensaios imunoabsorventes ligados à enzima (ELISA), rádio-imunoensaios (RIA), ensaios de blot de proteína ("Western blot"), ensaios de imunoprecipitação, e seus similares. Anticorpos específicos de HERV

Como notado acima, em algumas modalidades, um ensaio de diagnóstico em questão empregará um anticorpo específico para um poli- peptídeo de HERV (um "anticorpo anti-HERV"). Os anticorpos anti-HERV adequados incluem o anticorpo integral de qualquer isotipo, fragmentos de ligação de epítopo de um anticorpo anti-HERV, anticorpos policlonais, anti- corpos monoclonais, anticorpos artificiais, anticorpos de cadeia única, e seus similares.

Os anticorpos monoclonais são produzidos por técnicas conven- cionais. Geralmente, os nódulos linfáticos e/ou baço de um animal hospedei- ro imunizado fornecem uma fonte de células de plasma. As células de plas- ma são imortalizadas por fusão com células de mieloma para produzir célu- Ias de hibridoma. O sobrenadante da cultura a partir de hibridomas do indiví- duo é examinado usando técnicas padrão para identificar aqueles produzin- do anticorpos com a especificidade desejada. Os animais adequados para a produção de anticorpos monoclonais incluem camundongo, rato, hamster, porquinho-da-índia, coelho, etc. O anticorpo pode ser purificado a partir dos sobrenadantes de célula de hibridoma ou fluido ascítico por técnicas con- vencionais, por exemplo, cromatografia por afinidade usando proteína ligada a um suporte insolúvel, proteína A sefarose, etc. RR O anticorpo pode ser produzido como uma cadeia única, ao in- vés da estrutura multimérica normal. Os anticorpos de cadeia única são des- critos em Jost e outros, (1994) J.B.C. 269:26267-73, e outros. As seqüên- cias de DNA codificando a região variável da cadeia pesada e a região vari- ável da cadeia leve são ligadas a um espaçador codificando ao menos apro- ximadamente 4 aminoácidos de pequenos aminoácidos neutros, incluindo glicina e/ou serina. A proteína codificada por essa fusão permite a reunião de uma região variável funcional que retém a especificidade e afinidade do anticorpo original.

Os anticorpos anti-HERV adequados também incluem anticorpos

"artificiais", por exemplo, anticorpos e fragmentos de anticorpos produzidos e selecionados in vitro. Em algumas modalidades, tais anticorpos são exibidos na superfície de um bacteriófago ou outra partícula viral. Em muitas modali- dades, tais anticorpos artificiais estão presentes como proteínas de fusão com uma proteína estrutural viral ou bacteriófago, incluindo, mas não limita- do a, gene da proteína Ill de M13. Os métodos para produzir tais anticorpos artificiais são bem conhecidos na técnica. Ver, por exemplo, Patente U.S. NqS 5.516.637, 5.223.409, 5.658.727, 5.667.988, 5.498.538, 5.403.484, 5.571.698, e 5.625.033. Os fragmentos de anticorpo, tais como Fv, F(ab')2 e Fab podem

ser preparados por clivagem da proteína intacta, por exemplo, por protease ou clivagem química. Alternativamente, um gene truncado é projetado. Por exemplo, um gene quimérico codificando uma parte do fragmento F(ab')2 incluiria seqüências de DNA codificando o domínio CH1 e região de junta da cadeia H, seguida por um códon de parada de tradução para produzir a mo- lécula truncada.

Um anticorpo anti-HERV será, em algumas modalidades, detec- tavelmente marcado, por exemplo, com um radioisótopo, uma enzima que gera um produto detectável, uma proteína fluorescente, uma proteína cro- mogênica, e seus similares. Um anticorpo anti-HERV pode ser adicionalmen- te conjugado para outras porções, tal como membros de pares de ligação específicos, por exemplo, biotina (membro do par de ligação específica bioti- na-avidina), e seus similares. Um anticorpo anti-HERV pode também ser encontrado em um suporte sólido, incluindo, mas não limitado a, placas ou microesferas de poliestireno, microesferas magnéticas, tiras de teste, mem- branas, e seus similares.

Um anticorpo específico para um polipeptídeo de HERV pode ser marcado, direta ou indiretamente. Os marcadores diretos incluem radioi- sótopos (por exemplo, 125I, 35S, e seus similares), enzimas cujos produtos são detectáveis (por exemplo, luciferase, β-galactosidase, peroxidase do rábano de cavalo, fosfatase alcalina, e seus similares); marcadores fluores- centes (por exemplo, isotiocianato fluorescente, rodamina, ficoeritrina, e seus similares); metais de emissão de fluorescência, por exemplo, 152Eu, ou outros da série de lantanídica, ligada ao anticorpo através de grupos quelan- tes metálicos tal como EDTA; compostos quimioluminescentes, por exemplo, luminol, isoluminol, sais de acridínio, e seus similares; compostos biolumi- nescentes, por exemplo, luciferina; proteínas fluorescentes (por exemplo, uma proteína fluorescente verde, uma proteína fluorescente amarela, etc.); e seus similares. Os marcadores indiretos incluem segundos anticorpos espe- cíficos para anticorpos específicos de HERV, onde o segundo anticorpo é marcado como descrito acima; e os membros de pares de ligação específi- ca, por exemplo, biotina-avidina, e seus similares.

Em algumas modalidades, um anticorpo anti-HERV compreende, ligada de forma covalente ao anticorpo, uma proteína que fornece um sinal detectável. As proteínas adequadas incluem, mas não estão limitadas a, pro- teínas fluorescentes e enzimas (por exemplo, luciferase, β-galactosidase, pe- roxidase do rábano silvestre, fosfatase alcalina, etc.). As proteínas fluorescen- tes adequadas incluem, mas não estão limitadas a, uma proteína fluorescente verde (GFP), incluindo, mas não limitada a, uma GFP derivada de Aequoria Victoria ou um derivado dessa, um número das quais é comercialmente dis- ponível; uma GFP a partir de uma espécie tal como Renilla reniformis, Renilla mulleri, ou Ptilosarcus guernyi, como descrito, por exemplo, no WO 99/49019 e Peelle e outros, (2001) J. Protein Chem. 20:507-519; qualquer de uma vari- edade de proteínas fluorescentes e coloridas da espécie Anthozoan, como Rn descrito, por exemplo, em Matz e outros, (1999) Nature Biotechnol. 17:969- 973, Publicação de Patente U.S. Nq 2002/0197676, ou Publicação de Patente U.S. Nq 2005/0032085; e seus similares.

Monitorando Resposta do Paciente a Tratamento para uma infeccão por Ien- tivírus

Em algumas modalidades, uma composição de polipeptídeo de HERV em questão é útil para monitorar a resposta de um paciente ao trata- mento para uma infecção por lentivírus, por exemplo, uma infecção por HIV. Assim, a presente invenção adicionalmente fornece métodos para monitorar a resposta de um paciente ao tratamento para uma infecção por lentivírus, por exemplo, uma infecção por HIV. Os métodos geralmente envolvem con- tatar um glóbulo branco (WBC) de um paciente in vitro com um polipeptídeo de HERV em questão; e detectar uma citocina secretada pelo WBC em res- posta ao contato com o polipeptídeo de HERV. Uma redução na produção de citocina pelo WBC em resposta ao contato com um polipeptídeo de HERV é uma indicação de que o tratamento é eficaz em tratar uma infecção por lentivírus (por exemplo, em alcançar uma redução na carga viral, em al- cançar um aumento nos níveis de linfócito T CD4+ (no caso de uma infecção por HIV), e seus similares). O WBC adequado inclui, mas não está limitado a, células mononucleares de sangue periférico (PBMC), linfócitos T isolados, linfócitos T CD4+ isolados, linfócitos T CD8+ isolados, células matadoras na- turais (NK), linfócitos T matadores naturais (NKT, por exemplo, linfócitos T NK1.1+), e seus similares.

Os polipeptídeos de HERV adequados para uso em um método de monitoramento em questão podem ter 9 aminoácidos, 10 aminoácidos, 11 aminoácidos, 12 aminoácidos, 12-15 aminoácidos, 15-18 aminoáci- dos, 18-20 aminoácidos, ou 20 - 25 aminoácidos de comprimento, ou mais. Os polipeptídeos de HERV adequados incluem quaisquer dos polipep- tídeos de HERV discutidos acima. Em algumas modalidades, o polipeptídeo de HERV compreende uma seqüência de aminoácido como apresentada em qualquer um dos ID SEQ NQs 1 - 25.

As citocinas que são secretadas a partir do PBMC e que são detectadas em um método de monitoramento de paciente em questão inclu- em, mas não estão limitadas a, IFN-γ, TNF-α, e IL-2.

Os métodos para detectar citocinas secretadas que são adequa- das para uso em um método de monitoramento de paciente em questão in- cluem, mas não estão limitados a, ensaios imunológicos, por exemplo, en- saio de absorção imunoenzimático (ELISA), rádio-imunoensaio (RIA), um ensaio ELISPOT ("enzyme-linked immunospot"); ensaios celulares, e seus similares.

Em algumas modalidades, uma redução de ao menos aproxima- damente 10%, ao menos aproximadamente 20%, ao menos aproximada- mente 30%, ao menos aproximadamente 40%, ao menos aproximadamente 50%, ao menos aproximadamente 60%, ao menos aproximadamente 70%, ao menos aproximadamente 80%, ou ao menos aproximadamente 90%, ou mais, na produção de citocina por WBC em resposta ao contato com um po- lipeptídeo de HERV indica que o tratamento para a infecção por lentivírus é eficaz.

As amostras de pacientes compreendendo WBC podem ser ob- tidas antes e depois do tratamento, ou em vários momentos durante o curso do tratamento, e o nível de produção de citocina comparado entre uma a- mostra obtida em um primeiro ponto no tempo e uma amostra obtida em um segundo ponto no tempo (posterior).

Em algumas modalidades, PBMC obtido a partir de um paciente são contatados com um ou mais polipeptídeos de HERV in vitro; e um ensaio ELISPOT é usado para detectar a produção de citocina. O ensaio ELISPOT foi descrito na técnica. Ver, por exemplo, Lalvani e outros, (1997) J. Exp. Med. 186:859; e Patente U.S. Nq 5.853.697. Nessas modalidades, o nível de citoci- nas produzido pelo PBMC é expresso como o número de unidades de forma- ção de mancha (SFU) por 106 PBMC. Uma redução no número de SFU indica que um tratamento para uma infecção por lentivírus é eficaz. Monitoramento da resposta do paciente ao tratamento de câncer

A presente invenção fornece métodos para monitorar a resposta do paciente a um regime de tratamento para câncer. O nível de um polipep- tídeo de HERV associado com o câncer é monitorado, antes, durante um regime de tratamento, e após um regime de tratamento.

Em algumas modalidades, o nível de um polipeptídeo de HERV é monitorado, por exemplo, em soro, na superfície de uma população de célula particular, etc.

Determinando o estágio de uma doença

A presente invenção fornece métodos para determinar o estágio de uma doença em um indivíduo, onde o nível de um polipeptídeo de HERV está associado com o estágio ou gravidade da doença. Os métodos geral- mente envolvem detectar o nível de um polipeptídeo de HERV em uma a- mostra biológica obtida a partir do indivíduo. O nível do polipeptídeo de HERV na amostra biológica está correlacionado com a gravidade da doença ou distúrbio, e usado para determinar o estágio da doença.

Em algumas modalidades, um método em questão para deter- minar o estágio de uma doença envolve detectar o número de células T CD8+, em uma amostra biológica obtida a partir de um indivíduo, que são específicas para um polipeptídeo de HERV em questão. Em algumas moda- lidades, o número de células T CD8+ específicas de HERV é uma indicação do estágio da doença. Detectando a doença

A presente invenção fornece métodos para detectar uma doença tal como um câncer em um indivíduo, onde a presença ou nível de um poli- peptídeo de HERV em uma amostra biológica obtida a partir do indivíduo indica a presença de uma célula cancerosa na amostra biológica (e, portan- to, o indivíduo). Os métodos geralmente envolvem detectar o nível de um polipeptídeo de HERV em uma amostra biológica obtida a partir do indivíduo. Quando o nível do polipeptídeo de HERV é mais alto do que o nível associa- do com uma célula normal, tal é uma indicação da presença na amostra de uma célula cancerosa. Sujeitos Adequados para Tratamento Tratamento de infeccão por lentivírus

Os métodos da presente invenção são adequados para tratar indivíduos que têm uma infecção lentiviral, indivíduos não infectados que estão em risco de contrair uma infecção lentiviral, indivíduos que foram tra- tados para uma infecção lentiviral, mas falharam em responder ao tratamen- to, e indivíduos que foram tratados para uma infecção lentiviral, mas que regrediram.

Por exemplo, os métodos da presente invenção são adequados para tratar indivíduos que têm infecção pelo vírus da imunodeficiência hu- mana (HIV), indivíduos que são virgens com relação à infecção por HIV, mas que estão em risco de contrair uma infecção por HIV, e indivíduos que foram tratados para uma infecção por HIV, mas que ou falharam em responder ao tratamento, ou que inicialmente responderam ao tratamento, mas subse- qüentemente regrediram. Tais indivíduos incluem, mas não são limitados a, indivíduos não infectados com sistemas imunes intactos saudáveis, mas es- tão em risco de se tornarem infectados por HIV (indivíduos "em risco"). Indi- víduos em risco incluem, mas não estão limitados a, indivíduos que têm uma maior probabilidade de que a população geral de se tornar infectado por HIV. Os indivíduos em risco de se tornarem infectados por HIV incluem, mas não estão limitados a, indivíduos em risco de infecção por HIV devido à atividade sexual com indivíduos infectados por HIV, usuários de fármacos intraveno- sos, indivíduos que foram expostos a sangue infectado por HIV, produtos sangüíneos, ou outros fluidos corporais contaminados por HIV, e bebês que estão sendo cuidados por mães infectadas por HIV. Os indivíduos adequa- dos para tratamento incluem indivíduos infectados com HIV-1 e/ou HIV-2 e/ou HIV-3, ou em risco de se tornarem infectados, ou qualquer variação desses.

Tratamento de infecção HTLV

Os métodos descritos acima podem ser usados para tratar uma infecção por vírus da leucemia de células T humano (HTLV) em um indiví- duo, por exemplo, uma infecção por HTLV-I ou HTLV-II. Assim, um método em questão é também adequado para tratar indivíduos que foram infectados com um HTLV1 indivíduos que não foram ainda infectados com HTLV, mas que estão em risco de se tornarem infectados por HTLV, e indivíduos que fi4 não foram ainda infectados com HTLV, mas que podem no futuro se tornar infectados por HTLV. Tratamento de Câncer

Os métodos da presente invenção são adequados para tratar indivíduos diagnosticados com um câncer associado com expressão de HERV, onde tais cânceres incluem, mas não estão limitados a, câncer de mama, câncer de ovário, melanoma, teratoma, seminoma, câncer de prósta- ta, e câncer testicular. Os métodos da presente invenção são adequados para tratar indivíduos que foram diagnosticados com câncer de mama, indi- víduos que foram diagnosticados com câncer ovariano, e indivíduos que fo- ram diagnosticados com câncer testicular. Um método em questão para tra- tar câncer é também adequado para tratar indivíduos que foram tratados para câncer de mama, câncer de ovário, melanoma, teratoma, seminoma, câncer de próstata, e câncer testicular, e que ou falharam em responder ao tratamento, ou responderam inicialmente, então regrediram. Tratamento de um distúrbio autoimune

Os métodos da presente invenção são adequados para tratar indivíduos diagnosticados com um distúrbio autoimune, onde tais distúrbios autoimunes incluem, mas não estão limitadas a, esclerose múltipla, artrite reumatóide, lúpus eritematoso sistêmico, e diabetes tipo 1. Os métodos da presente invenção são adequados para tratar indivíduos que foram tratados para um distúrbio autoimune, e que ou falharam em responder ao tratamen- to, ou responderam inicialmente, então regrediram. Exemplos

Os seguintes exemplos são apresentados para fornecer aos ver- sados na técnica uma descrição completa de como fazer e usar a presente invenção, e não pretendem limitar o escopo do que os inventores conside- ram como sua invenção nem pretendem representar que os experimentos abaixo são todos executados ou os únicos experimentos executados. Esfor- ços têm sido feitos para assegurar a precisão com relação aos números u- sados (por exemplo, quantidades, temperatura, etc.), mas alguns erros expe- rimentais e desvios deveriam ser considerados. A menos que de outra forma fifi indicado, as partes são partes do peso, o peso molecular é o peso molecular médio, temperatura é em graus Celsius, e pressão é a atmosférica ou próxi- ma a ela. As abreviações padrão podem ser usadas, por exemplo, pb, par(es) base; Kb, quilobase(s); pl, picolitro(s); s ou seg, segundo(s); min, minuto(s); h ou hr, hora(s); aa, aminoácido(s); NT, nucleotídeo(s); i.m., in- tramuscular(mente); i.p, intraperitoneal(mente); s.c., subcutênea(mente); e seus similares.

Exemplo 1: Peptídeos de HERV estimulam produção de citocina em PBMCs humanos. Materiais e Métodos

Pacientes - Os voluntários HIV-1 positivos foram selecionados para esse estudo. O estudo foi aprovado pelo Conselho de Crítica institucio- nal local e os sujeitos forneceram consentimento escrito. Os estudos foram executados em PBMC criopreservado a partir de vários pontos no tempo de pacientes.

Seleção de Peptídeo - A seleção de epítopos de HERV candida- tos foi baseada em dados de seqüência de proteína de HERV traduzidos compilados a partir de bases de dados publicamente disponíveis. Os peptí- deos de HIV-1 foram designados para as seqüências de epítopos de HIV-1 conhecidos na base de dados de imunologia de HIV do Laboratório Nacional de Los Alamos. Às regiões antigênicas de inserções de HERV foram atribuí- das uma restrição HLA com software de predição de epítopo [SYFPEITHI 29; ID SEQ Ng 36] ou com base na restrição HLA do epítopo de HIV-1 corres- pondente.

Ensaio ELISPOT - A análise ELISPOT foi executada como des-

crito anteriormente. As placas foram incubadas 15 a 18 horas a 379C. As concentrações de antígeno equivalentes foram usadas para comparações de resposta a peptídeo de HIV e de HERV. Ensaios foram executados com ca- vidades duplas para cada condição, esperam onde a recuperação celular a partir de amostras arquivadas ditaram o uso de cavidades únicas. As placas foram contadas com um leitor AID ELISPOT (Cell Technology). Os totais de manchas para cavidades duplas foram ponderados, e todos os números de Rfi manchas foram normalizados para números de unidades de formação de manha IFN-γ (SFU) por 1x106 PBMC. Os valores de mancha a partir de ca- vidades de controle de meios foram subtraídos para determinar respostas a cada peptídeo. Quaisquer valores de peptídeo resultantes < 0 seguindo a subtração de meios foram configurados para 0 para análise adicional.

Detecção de Expressão de HERV-K - Os níveis de expressão de uma transcrição de envelope derivado de HERV-K foram medidos em amostras de plasma de 1 ml HIV-1 positivas e controles de baixo risco HIV-1 negativos. As amostras de plasma foram centrifugadas em baixa velocidade e filtradas antes da coleta de RNA para remover contaminantes celulares restantes. A centrifugação em alta velocidade foi usada para partículas de pélete para isolamento de RNA com reagente Triazol (Invitrogen). As amos- tras foram pré-tratadas com DNAse para eliminar contaminação de DNA ge- nômico como uma fonte de seqüências de HERV amplificadas. RT-PCR foi executado em amostras junto com amplificações de controle sem enzima RT. Como um padrão de calibração, a expressão de transcrição celular de HERV e o gene de controle de referência β-actina foi medida em cDNA pre- parado a partir de 2,5 χ 106 PBMCs de doadores HIV negativos. Os padrões de quantificação foram também preparados por diluição serial do cDNA celu- lar. PCR quantitativos com iniciadores específicos para as transcrições de interesse foi executado em todas as amostras com o Sistema de Detecção de Seqüência ABI Prism 7900HT (Biosistemas aplicados) usando detecção de SYBR-Verde. Os níveis de expressão são apresentados como porcenta- gens em relação aos padrões derivados de PBMC1 e representam o meio de reações triplicadas. A eletroforese em gel e a análise de ponto de fusão de produtos de PCR foram usadas para confirmar a pureza do produto e o ta- manho preciso do amplicon. Ensaios de Liberação de 51Cr

As células mononucleares de sangue periférico criopreservadas (PBMC) de um participante do estudo que respondeu ao peptídeo IQ10 de HERV-L foram estimuladas por 7 dias com peptídeos ou lagos de cada antí- geno. As células alimentadoras pulsadas com peptídeo, irradiadas, autólo- R7 gas foram usadas para reestimular após 7 dias. As células foram testadas por sua capacidade de Iisar linhagens de células B transformadas por EBV1 autólogas, pulsadas por peptídeo medindo-se a porcentagem de liberação de 51Cr específica.

Resultados

Para identificar as diferenças entre os níveis de expressão de HERVs em sujeitos HIV-1 positivos e negativos, uma análise RT-PCR foi executada em plasma para quantificar uma transcrição derivada da família mais jovem de retrovírus endógenos no genoma humano, HERV-K (Figura 1A). A expressão da transcrição de HERV-K foi detectada em plasma HIV-1 positivo, mas não em controles HIV-1 negativos. A quantidade de transcri- ções de HERV-K no plasma de indivíduos HIV-1 positivos estava muito fora de proporção a essa de outras transcrições celulares associadas a não ví- rion (β-actina), assim rejeitando detritos celulares como uma etiologia para essas transcrições. Os dados de indivíduos adicionais são apresentados na Figura 1B, que mostra níveis de RNA no plasma de HERV-K em plasma dos indivíduos HIV-1 positivos e HIV-1 negativos.

Figuras 1A e 1B - Expressão de transcrições de HERV-K em plasma dos indivíduos HIV positivos e negativos. (A) Níveis de uma transcri- ção de HERV-K derivada da região de envelope medida em relação aos ní- veis detectados em células de sangue periférico (configurar para um valor de 100 para comparação) mostradas como barras não preenchidas. Os níveis de um gene de controle celular (β-actina) são mostrados como barras pre- enchidas. Os níveis do gene de controle medidos em células de sangue peri- férico foram também configurados para 100 para comparação relativa a ou- tras amostras. (B) Os níveis da transcrição de HERV-K medidos no plasma de indivíduos HIV-1 positivos (círculos preenchidos) e indivíduos HIV-1 ne- gativos (círculos abertos).

Quando os HERVs são expressos, o potencial existe para gerar uma resposta imune contra esses antígenos. Dado que esses são também antígenos endógenos, não está claro se a resposta será imunogênica ou tolerogênica por natureza. Foi sugerido que em regiões de HIV-1 que são altamente similares a HERVs, tolerância a HERVs poderia prejudicar a res- posta imune específica de HIV-1. Tolerância cruzada foi recentemente suge- rida como um mecanismo enganando a capacidade do corpo para produzir anticorpos que neutralizam HIV-1 devido à sua reatividade cruzada com uma cardiolipina autoantígeno. Embora HIV-1 e os retrovírus endógenos estão filogeneticamente distantes, a similaridade entre eles foi analisada a partir da perspectiva de um receptor de célula T, focando em regiões curtas de alta similaridade correspondendo ao comprimento de epítopos de célula T (8 - 12 aminoácidos). Essas regiões de similaridade são tipicamente rejeitadas em análise filogenética padrão, à medida que elas são pequenas o bastante para ocorrer freqüentemente por acaso, sem indicar quaisquer relações ge- néticas. Como a célula T reconhece proteínas em curtos peptídeos apresen- tados em moléculas HLA, essas regiões de similaridade têm significância para a resposta imune (Figura 2). Desde que a transcriptase reversa é uma proteína altamente conservada, espera-se e observa-se ambas a identidade de aminoácido agrupada e distribuída. As proteínas menos conservadas, tal como Gag, mostraram identidades de aminoácido primariamente agrupadas.

A Figura 2 - Os alinhamentos de aminoácido HERV/HIV de HIV HXB-2 e várias inserções de HERV (identificadas por seu número de acesso HERVd28 ou NCBI) mostrando segmentos das proteínas Gag e Transcripta- se Reversa. Os aminoácidos idênticos são mostrados em caixas. Os alinha- mentos foram ancorados com base em regiões curtas de similaridade identi- ficada com configurações de procura curta de resultado quase exato BLAST36, que incluiu ambas similaridade (não mostrada nessa figura) e i- dentidade de aminoácido.

Trinta e um voluntários HIV-1 positivos e cinco controles HIV-1 negativos de baixo risco foram examinados por ELISPOT por respostas a um painel de peptídeos derivados de inserções de HERV e proteínas de HIV-1 (Tabela 1) com níveis variantes de identidade de seqüência de amino- ácido um ao outro. RQ « E

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DC UJ X Fortes respostas de células T específicas de interferona gama foram detectadas para peptídeos de HERV em voluntários infectados por HIV-1, mas não em controles HIV-1 negativos (Figura 3, Mann-Whitney, P < 0,05). A magnitude da resposta de célula T de HIV-1 foi diretamente associ- ada com a magnitude da resposta de célula T de HERV.

Figura 3 - As respostas de célula T a antígenos de HERV e HIV- 1 em 29 indivíduos HIV-1 positivos e 13 indivíduos HIV-1 negativos de baixo risco medidas por ELISPOT interferona gama. Os peptídeos de HERV foram agrupados de acordo com sua similaridade à seqüência de peptídeo de HIV- 1, com 'Peptídeos de HERV Exclusivos' tendo 3 ou menos aminoácidos em comum com um peptídeo de HIV-1, e 'Peptídeos de HERV similares a HIV-1' tendo 4 ou mais peptídeos em comum com HIV-1. Subconjuntos de peptí- deos foram testados em cada paciente, com o número testado (n = 6 - 23) variando dependendo do tipo de HLA. Os valores mostrados para respostas são normalizados por peptídeo em cada agrupamento (isto é, a soma dos valores de resposta a todos os peptídeos testados dividida pelo número de peptídeos testados para cada paciente). As respostas em indivíduos HIV-1 positivos são mostradas como círculos fechados e em indivíduos HIV-1 ne- gativos são mostradas como círculos abertos. As respostas a todos os pep- tídeos de HERV foram medidas para indivíduos HCV+ e são mostradas co- mo triângulos preenchidos. Os valores P são derivados do teste Mann- Whitney.

Como essa associação poderia indicar reação cruzada de célu- las T específicas de HIV-1 em antígenos de HERV, a freqüência de respos- tas para cada peptídeo de HERV e seu peptídeo de HIV-1 contraparte foi comparada. Para cada par de peptídeo HIV-1 /HERV, há números variáveis de aminoácidos em comum entre os dois peptídeos. As respostas de peptí- deo de HERV de alta freqüência foram detectadas em baixos níveis de iden- tidade de aminoácido para peptídeos de HIV-1, indicando que as respostas específicas de HERV são geradas independentemente. Concluiu-se que as células T específicas de HIV-1 de reação cruzada não podem ser unicamen- te responsáveis pelas respostas contra HERVs observados. A Figura 4 representa uma correlação inversa entre respostas de célula T anti-HERV e carga viral de plasma de HIV-1. PBMC de vinte indiví- duos HIV-1 positivos não em tratamento foram analisados por ELISPOT para respostas de HERV. Os valores de resposta média (> 50 SFU/milhão de PBMC) para todos os peptídeos de HERV testados tiveram uma correlação inversa significativa à carga viral de plasma de HIV-1 (Spearman, bilateral, r = 0,49, P = 0,03) e por regressão linear (r2 = 0,39, P = 0,003) como mostrado na figura.

Como a capacidade de controlar carga viral eliminando células infectadas depende da morte, a capacidade de células T CD8+ específicas de HERV de matar células B autólogas apresentando seu peptídeo alvo foi medida. PBMC de um sujeito (OP841) foram peptídeos estimulados para enriquecer células T CD8+ responsivas. Após um estímulo de peptídeo de duas semanas, o ensaio de liberação de 51Cr foi usado para medir a capaci- dade das células T CD8+ enriquecidas de matar alvos de célula B transfor- mados por EBV apresentando peptídeo cognato. As células T CD8+ enrique- cidas por estímulo com peptídeo de HERV foram capazes de matar alvos de célula B apresentando seu peptídeo cognato, mas não Iisou alvos carrega- dos com um não cognato ou não peptídeo (Figura 5). A Figura 5 representa liberação de 51Cr a partir de células alvo.

As células T específicas de IQ10 de HERV foram testadas contra células B autólogas pulsadas com peptídeo IQ10 de HERV-L (círculos preenchidos), peptídeo de controle (círculos abertos) ou sem peptídeos (triângulos preen- chidos).

Os dados demonstram uma elevação em expressão de transcri-

ção de HERV e respostas de célula T direcionadas em peptídeos de HERV associados com a infecção por HIV-1. A resposta de célula T naturalmente aparecendo contra HERVs em indivíduos infectados por HIV-1 indica a pos- sibilidade de induzir respostas anteriores à infecção, ou em indivíduos não infectados em risco, como um novo paradigma de vacina contra HIV-1. Uma das maiores dificuldades no desenvolvimento de vacina contra HIV-1 está superando a mutabilidade do vírus, que o habilita a evadir respostas imunes específicas produzidas com uma vacina. Os HERVs são elementos codifica- dos por genomas, produtos de tradução produzidos a partir de transcrição desregulada de inserções de HERV são esperados como sendo menos vari- áveis do que as proteínas de HIV-1. Se a produção e a apresentação de an- tígeno de HERV é uma conseqüência de infecção por HIV-1 de uma célula, os produtos de HERV servem como um marcador representante estavel- mente reconhecido sinalizando infecção por HIV-1 ao sistema imune. Educar o sistema imune para reconhecer o marcador representante de HERV atra- vés de vacinação induz a morte de células infectadas por HIV-1, evitando a necessidade de reconhecer antígenos de HIV-1 altamente variáveis. Referências

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Enquanto a presente invenção foi descrita com relação às moda-

Iidades específicas dessa, os versados na técnica deveriam entender que várias mudanças podem ser feitas e equivalentes podem ser substituídos sem abandonar o verdadeiro espírito e escopo da invenção. Em adição, mui- tas modificações podem ser feitas para adaptar uma situação particular, ma- terial, composição da matéria, processo, etapa ou etapas de processo, ao

objetivo, espírito e escopo da presente invenção. Todas tais modificações pretendem estar no escopo das reivindicações em anexo. Seqüência de Listagem

<110> NIXON, DOUGLAS GARRISON, KEITH MEIKLEJOHN, DUNCAN OSTROWSKI, MARIO

JONES, R. BRADLEY AGRAWAL, ASHISH LENZ, JACK RAKOFF-NAHOUM, SETH HECHT, FREDERICK M.

<120> COMPOSIÇÕES DE POLIPEPTÍDEO DE RETROVÍRUS ENDÓGENO HUMANO E MÉTODOS DE USO DESSAS <130> UCAL-342WO <150> 60/832,465 <151> 2006-07-21 <160> 54

<170> FastSEQ for Windows Versão 4.0 <210> 1 <211> 10 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 1

Ser Gln Gly Tyr Ile Asn Ser Pro Ala Leu 10

<210> 2 <211> 9 <212> PRT <213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 2

Ile Leu Val His Tyr Ile Asp Asp Ile

1 5

<210> 3

<211> 9

<212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 3

Leu Gln Asp Ile Ile Leu Val His Tyr

1 5

<210> 4 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <22 0>

<223> peptídeo sintético <400> 4

Pro Met Val Ser Thr Pro Ala Thr Leu 1 5

<210> 5 <211> 9 <212> PRT <213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 5

Ala Ala Ile Asp Leu Ala Asn Ala Phe

1 5

<210> 6 <211> 10 <212> PRT <213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptideo sintético <400> 6

Ile Pro Val His Lys Ala His Lys Lys Gln

10

<210> 7 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptideo sintético <400> 7

Ser Ser Gly Leu Met Leu Met Glu Phe

1 5

<210> 8 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial

<22 0>

<223> peptideo sintético <400> 8

Lys Ile Arg Leu Pro Pro Gly Tyr Phe

1 5

<210> 9 <211> 10 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptideo sintético <400> 9 Asp Ser Ile Glu Gly Gln Leu Ile Leu Lys

10

<210> 10 <211> 8 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 10

Phe Ala Phe Thr Ile Pro Ala Ile 1 5

<210> 11 <211> 9 <212> PRT <213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 11

Gly Ile Pro Tyr Asn Ser Gln Gly Gln

1 5

<210> 12

<211> 10

<212> PRT

<213> Seqüência Artificial

<22 0>

<223> peptídeo sintético <400> 12

Phe Glu Gly Leu Val Asp Thr Gly Ala Asp 10

<210> 13

<211> 9 <212> PRT <213> Seqüência Artificial <22 0>

<223> peptídeo sintético <400> 13

Phe Leu Gln Phe Lys Thr Trp Trp Ile 1 5

<210> 14 <211> 9 <212> PRT <213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 14

Val Pro Leu Thr Lys Glu Gln Val Arg

1 5

<210> 15

<211> 13

<212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético

<400> 15

Leu Asp Leu Leu Thr Ala Glu Lys Gly Gly Leu Cys Ile 1 5 10

<210> 16

<211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <22 0>

<223> peptídeo sintético <400> 16

Thr Leu Glu Pro Ile Pro Pro Gly Glu <210> 17 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptideo sintético <400> 17

Asp Pro Leu Ala Pro Leu Gln Leu Leu

1 5

<210> 18 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptideo sintético <400> 18

Lys Leu Leu Gly Asp Ile Asn Trp Ile

1 5

<210> 19 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptideo sintético <400> 19

Leu Pro His Ser Thr Val Lys Thr Phe

1 5

<210> 20 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <22 0> <223> peptídeo sintético <400> 20

Gly Pro Gly Tyr Cys Ser Lys Ala Phe

1 5

<210> 21 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 21

Ile Pro Thr Arg His Leu Lys Phe Tyr

1 5

<210> 22 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 22

Val Pro Ser Phe Gly Arg Leu Ser Tyr

1 5

<210> 23 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <22 0>

<223> peptídeo sintético <400> 23

Pro Pro Thr Val Glu Ala Arg Tyr Lys Rd <210> 24 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <22 0>

<223> peptídeo sintético <400> 24

Pro Pro Glu Ser Gln Tyr Gly Tyr Pro

1 5

<210> 25 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 25

Tyr Pro Gln Pro Pro Thr Arg Arg Leu

1 5

<210> 26 <211> 87 <212> PRT <213> Η. sapiens <220>

<223> peptídeo sintético <400> 26

Ile Ile Ile Asp Leu Lys Asp Cys Phe Phe Thr Ile Pro Leu Ala Glu

10 15

Gln Asp Cys Glu Lys Phe Ala Phe Thr Ile Pro Ala Ile Asn Asn Lys

25 30

Glu Pro Ala Thr Arg Phe Gln Trp Lys Val Leu Pro Gln Gly Met Leu

40 45

Asn Ser Pro Thr Ile Cys Gln Thr Phe Val Gly Arg Ala Leu Gln Pro 50 55 60

Val Arg Glu Lys Phe Ser Asp Cys Tyr Ile Ile His Cys Ile Asp Asp 65 70 75 80

Ile Leu Cys Ala Ala Glu Thr 85

<210> 27

<211> 43

<212> PRT

<213> H. sapiens

<220>

<223> peptídeo sintético <400> 27

Ala Ala Ile Asp Leu Ala Asn Ala Phe Phe Ser Ile Pro Val His Lys

10 15

Ala His Lys Lys Gln Phe Ala Phe Thr Ile Cys Val Tyr Cys Pro Ala

25 30

Ser Gly Val Tyr Gln Gln Ser Ser Phe Val Ser 40

<210> 28 <211> 58 <212> PRT <213> H. sapiens <400> 28

Phe Ala Phe Arg Trp Gln Gly Gln Gln Tyr Ser Phe Thr Val Leu Ser

10 15

Gln Gly Tyr Ile Asn Ser Pro Ala Leu Cys His Asn Leu Ile Gln Arg

25 30

Glu Leu Asp His Phe Leu Leu Leu Gln Asp Ile Ile Leu Val His Tyr

40 45

Ile Asp Asp Ile Met Leu Ile Gly Ser Ser

50 55

<210> 29 <211> 71 <212> PRT <213> Η. sapiens <400> 29 Lys Leu Arg 1

Gln Gln Ala

Asp Tyr Gln 35

Glu Tyr Ala 50

Pro Cys Pro 65

<210> 30 <211> 35 <212> PRT <213> Η. sapiens <400> 30

Tyr Thr His Asp Arg Ala Gln Ala Val Pro Glu Gly Thr Ser Lys Leu

10 15

His Glu Glu Val Ala Gln Met Pro Met Val Ser Thr Pro Ala Thr Leu 25 30

Ser Leu Pro 35

<210> 31 <211> 179 <212> PRT <213> Η. sapiens <400> 31

Ser Pro Trp Asn Ser Pro Val Phe Val Ile Gln Lys Lys Ser Gly Lys 10 15

Leu Pro Pro Gly Tyr Phe 5

Met Lys Gly Val Thr Val 25

Asp Glu Ile Ser Leu Leu 40

Trp Asn Thr Gly Asp Pro 55

Val Ile Lys Val 70

Gly Leu Leu Leu His Leu Ser 15

Leu Ala Gly Val Ile Asp Leu 30

Leu His Asn Arg Gly Lys Glu 45

Leu Gly Cys Leu Leu Val Leu 60 Trp Arg Met Leu Thr Asp Leu Arg Ala Val Asn Ala Val Ile Gln Pro

25 30

Met Gly Pro Leu Gln Pro Gly Leu Pro Ser Pro Ala Met Ile Pro Lys

40 45

Asp Trp Pro Leu Ile Ile Ile Asp Leu Lys Asp Cys Phe Phe Thr Ile

50 55 60

Pro Leu Ala Glu Gln Asp Cys Glu Lys Phe Ala Phe Thr Ile Pro Ala 65 70 75 80

Ile Asn Asn Lys Glu Pro Ala Thr Arg Phe Gln Trp Lys Val Leu Pro

85 90 95

Gln Gly Met Leu Asn Ser Pro Thr Ile Cys Gln Thr Phe Val Gly Arg

100 105 110

Ala Leu Gln Pro Val Arg Glu Lys Phe Ser Asp Cys Tyr Ile Ile His

115 120 125

Cys Ile Asp Asp Ile Leu Cys Ala Ala Glu Thr Lys Asp Lys Leu Ile

130 135 140

Asp Cys Tyr Thr Phe Leu Gln Ala Glu Val Ala Asn Ala Gly Leu Ala 145 150 155 160

Ile Ala Ser Asp Lys Ile Gln Thr Ser Thr Pro Phe His Tyr Leu Gly 165 170 175

Met Gln Ile

<210> 32 <211> 109 <212> PRT <213> H. sapiens <400> 32

Arg Met Ile Val Asp Tyr Arg Lys Leu Asn Lys Gly Ser Thr Pro Thr

10 15

Ala Ala Ala Val Ser Asp Val Val Ser Leu Leu Glu Gln Ile Asn Thr

25 30

Ser Pro Asp Thr Trp Tyr Val Ala Thr Asp Leu Ala Asn Ala Phe Cys 40 45

Ser Ile Pro Val His Lys Ala His Gln Lys Gln Phe Ala Phe Gly Trp

50 55 60

Gln Gly Gln Glu Tyr Thr Phe Thr Val Leu Ser Gln Gly Tyr Ile Asn 65 70 75 80

Ser Pro Ala Leu Cys His Asn Leu Val Gln Arg Asp Leu Asp His Phe

85 90 95

Ser Leu Pro Gln Asp Ile Thr Leu Phe His Tyr Ile Asp 100 105

<210> 33 <211> 327 <212> DNA <213> H. sapiens <400> 33

agaatgatag tggattatcg taagcttaac aaagggtcta ctccaactgc agctgctgta 60

tcagatgtag tttcattgct tgagcaaatt aacacatctc ctgatacctg gtatgtggcc 12

actgacttgg caaatgcctt ttgctccatt cctgtccata aggcccacca gaagcaattt 18

gcatttggct ggcaaggcca ggaatatacc ttcactgtcc tatctcaggg gtatatcaac 24

tctccagctt tgtgtcataa tcttgttcag agagatcttg atcacttttc acttccacaa 3C

gatatcacac tattccatta cattgat

<210> 34

<211> 584

<212> PRT

<213> H. sapiens

<400> 34

Met Ile Phe Ala Gly Lys Ala Pro Ser Asn Thr Ser Thr Leu Met Lys

10 15

Phe Tyr Ser Leu Leu Leu Tyr Ser Leu Leu Phe Ser Phe Pro Phe Leu

25 30

Cys His Pro Leu Pro Leu Pro Ser Tyr Leu His His Thr Ile Asn Leu

40 45

Thr His Ser Leu Leu Ala Ala Ser Asn Pro Ser Leu Val Asn Asn Cys RP 50 55 60

Trp Leu Cys Ile Ser Leu Ser Ser Ser Ala Tyr Thr Ala Val Pro Ala 65 70 75 80

Val Gln Thr Asp Trp Ala Thr Ser Pro Ile Ser Leu His Leu Arg Thr

85 90 95

Ser Phe Asn Ser Pro His Leu Tyr Pro Pro Glu Glu Leu Ile Tyr Phe

100 105 110

Leu Asp Arg Ser Ser Lys Thr Ser Pro Asp Ile Ser His Gln Gln Ala

115 120 125

Ala Ala Leu Leu Arg Thr Tyr Leu Lys Asn Leu Ser Pro Tyr Ile Asn

130 135 140

Ser Thr Pro Pro Ile Phe Gly Pro Leu Thr Thr Gln Thr Thr Ile Pro 145 150 155 160

Val Ala Ala Pro Leu Cys Ile Ser Trp Gln Arg Pro Thr Gly Ile Pro

165 170 175

Leu Gly Asn Leu Ser Pro Ser Arg Cys Ser Phe Thr Leu His Leu Arg

180 185 190

Ser Pro Thr Thr Asn Ile Asn Glu Thr Ile Gly Ala Phe Gln Leu His

195 200 205

Ile Thr Asp Lys Pro Ser Ile Asn Thr Asp Lys Leu Lys Asn Ile Ser

210 215 220

Ser Asn Tyr Cys Leu Gly Arg His Leu Pro Cys Ile Ser Leu His Pro 225 230 235 240

Trp Leu Ser Ser Pro Cys Ser Ser Asp Ser Pro Pro Arg Pro Ser Ser

245 250 255

Cys Leu Leu Ile Pro Ser Pro Glu Asn Asn Ser Glu Arg Leu Leu Val

260 265 270

Asp Thr Arg Arg Phe Leu Ile His His Glu Asn Arg Thr Phe Pro Ser

275 280 285

Thr Gln Leu Pro His Gln Ser Pro Leu Gln Pro Leu Thr Ala Ala Ala

290 295 300

Leu Ala Gly Ser Leu Gly Val Trp Val Gln Asp Thr Pro Phe Ser Thr Pro Ser His

Leu Phe Phe

Trp Thr Gly 355

Ala Asn Gly

370 Gln Lys Arg 385

Ser Ala Ser

Ser Val Met

Thr Asp Ile 435

Leu Ala Ala

450 Ala Glu Lys

465

Tyr Leu Asn

Asp Arg Ala

Pro Trp Ala 515

Pro Leu Ile 530

Arg Leu Val 545

His Ser Ile

αη

310 315 320

Leu Phe Thr Leu His Leu Gln Phe Cys Leu Ala Gln Gly

325 330 335

Leu Cys Gly Ser Ser Thr Tyr Met Cys Leu Pro Ala Asn 340 345 350

Thr Cys Thr Leu Val Phe Leu Thr Pro Lys Ile Gln Phe

360 365

Thr Glu Glu Leu Pro Val Pro Leu Met Thr Pro Thr Gln

375 380

Val Ile Pro Leu Ile Pro Leu Met Val Gly Leu Gly Leu 390 395 400

Thr Val Ala Leu Gly Thr Gly Ile Ala Gly Ile Ser Thr

405 410 415

Thr Phe Arg Ser Leu Ser Asn Asp Phe Ser Ala Ser Ile 420 425 430

Ser Gln Thr Leu Ser Val Leu Gln Ala Gln Val Asp Ser

440 445

Val Val Leu Gln Asn Arg Arg Gly Leu Asp Leu Leu Thr

455 460

Gly Gly Leu Cys Ile Phe Leu Asn Glu Glu Cys Cys Phe 470 475 480

Gln Ser Gly Leu Val Tyr Asp Asn Ile Lys Lys Leu Lys

485 490 495

Gln Lys Leu Ala Asn Gln Ala Ser Asn Tyr Ala Glu Pro 500 505 510

Leu Ser Asn Trp Met Ser Trp Val Leu Pro Ile Val Ser

520 525

Pro Ile Phe Leu Leu Leu Leu Phe Gly Pro Cys Ile Phe

535 540

Ser Gln Phe Ile Gln Asn Arg Ile Gln Ala Ile Thr Asn 550 555 560

Arg Gln Met Phe Leu Leu Thr Ser Pro Gln Tyr His Pro 565 570 575

Leu Pro Gln Asp Leu Pro Ser Ala 580

<210> 35 <211> 1755 <212> DNA <213> H. sapiens <400> 35

atgatctttg ctggcaaggc accctccaat acttccaccc tgatgaagtt ctattcttta 60 cttttatact cactcttatt ctcattccca ttcttatgtc atcctctacc tctccccagc 120 tatctccacc acactatcaa ccttacccat tctctcctag ccgcttctaa tccctcctta 180 gtgaacaact gctggctttg catttccctt tcttccagtg cctacacagc tgtccccgcc 240 ttacagacag actgggcaac atctcccatc tccctacacc tccgaacttc ctttaacagc 300 cctcaccttt accctcctga agaactcatt tactttctag acaggtccag caagacttcc 360 ccagacattt cacatcagca agctgccgcc ctccttcgca cttatttaaa aaacctttct 420 ccttatatca actctactcc ccccatatta ggacctctca caacacaaac tactattcct 480 gtggccgctc ctttgtgtat ctcttggcaa agacccactg gaattcccct aggtaatctt 540 tcaccttctc gatgttcctt tactcttcat ctccgaagtc caactacaaa catcaatgaa 600 acaattggag ccttccagct ccatattaca gacaagccct ctatcaatac tgacaaactt 660 aaaaacatta gcagtaatta ttgcttagga agacacttgc cctgtatttc actccatcct 720 tggctatctt ccccttgctc atcagactct cctcccaggc cctcttcttg tttacttata 780 cccagccccg aaaataacag tgaaagattg ctcgtagata ctcgacgttt tctcatacac 840 catgaaaatc gaaccttccc ctctacgcag ttaccccatc agtccccatt acaacctctg 900 acagctgccg ccctagctgg atccctagga gtctgggtac aagacacccc tttcagcact 960 ccttctcacc tttttacttt acatctccag ttttgcctcg cacaaggtct cttcttcctc 1020 tgtggatcct ctacctacat gtgcctacct gccaattgga caggcacatg tacactagtc 1080 ttccttaccc ccaaaattca atttgcaaat gggaccgaag agctccctgt tcccctcatg 1140 acaccgacac aacaaaaaag agttattcca ctaattccct tgatggtcgg tttaggactt 1200 tctgcctcca ctgttgctct cggtactgga atagcaggca tttcaacgtc tgtcatgacc 1260 ttccgtagcc tgtctaatga cttctctgct agcatcacag acatatcaca aactttatca 1320 gtcctccagg cccaagttga ctctttagct gcagttgtcc tccaaaaccg ccgaggcctt 1380 gacttactca ctgctgaaaa aggaggactc tgcatattct taaatgagga gtgttgtttt 1440 QP tacctaaatc aatctggcct ggtgtatgac aacattaaaa aactcaagga tagagcccaa 1500 aaacttgcca accaagcaag taattacgct gaaccccctt gggcactctc taattggatg 1560 tcctgggtcc tcccaattgt tagtccttta atacccattt ttctccttct tttatttgga 1620 ccttgtatct tccgtttagt ttctcaattc atccaaaacc gtatccaggc catcaccaat 1680 cattctatac gacaaatgtt tcttctaaca tccccacaat atcacccctt accacaagac 1740 ctcccttcag cttaa 1755

<210> 36 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 36

Ser Tyr Phe Pro Glu Ile Thr His Ile

1 5

<210> 37 <211> 87 <212> PRT

<213> Virus da imunodeficiência humana <400> 37

Thr Val Leu Asp Val Gly Asp Ala Tyr Phe Ser Val Pro Leu Asp Glu

10 15

Asp Phe Arg Lys Tyr Thr Ala Phe Thr Ile Pro Ser Ile Asn Asn Glu

25 30

Thr Pro Gly Ile Arg Tyr Gln Tyr Asn Val Leu Pro Gln Gly Trp Lys

40 45

Gly Ser Pro Ala Ile Phe Gln Ser Ser Met Thr Lys Ile Leu Glu Pro

50 55 60

Phe Arg Lys Gln Asn Pro Asp Ile Val Ile Tyr Gln Tyr Met Asp Asp 65 70 75 80

Leu Tyr Val Gly Ser Asp Leu 85 Q3 <210> 38 <211> 88 <212> PRT

<213> Virus da imunodeficiência humana <400> 38

Met Gly Ala Arg Ala Ser Val Leu Ser Gly Gly Glu Leu Asp Arg Trp

10 15

Glu Lys Ile Arg Leu Arg Pro Gly Gly Lys Lys Lys Tyr Lys Leu Lys

25 30

His Ile Val Trp Ala Ser Arg Glu Leu Glu Arg Phe Ala Val Asn Pro

40 45

Gly Leu Leu Glu Thr Ser Glu Gly Cys Arg Gln Ile Leu Gly Gln Leu

50 55 60

Gln Pro Ser Leu Gln Thr Gly Ser Glu Glu Leu Arg Ser Leu Tyr Asn 65 70 75 80

Thr Val Ala Thr Leu Tyr Cys Val 85

<210> 39 <211> 10 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 39

Lys Glu Ala Leu Leu Asp Thr Gly Ala Asp

10

<210> 40 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 40

Lys Ile Arg Leu Arg Pro Gly Gly Lys

1 5

<210> 41 <211> 9 <212> PRT

<213> Seqüência Artificial <220>

<223> peptídeo sintético <400> 41

Ser Ser Gly Arg Met Ile Met Glu Lys

1 5

<210> 42 <211> 8 <212> PRT

<213> Virus da imunodeficiência humana <400> 42

Thr Ala Phe Thr Ile Pro Ser Ile

1 5

<210> 43 <211> 9 <212> PRT

<213> Virus da imunodeficiência humana <400> 43

Ile Pro Leu Thr Glu Glu Ala Glu Leu

1 5

<210> 44 <211> 9 <212> PRT

<213> Virus da imunodeficiência humana <400> 44

Ser Leu Tyr Asn Thr Val Ala Thr Leu 1 5

<210> 45 <211> 9 <212> PRT

<213> Virus da imunodeficiência humana <400> 45

Ser Phe Glu Pro Ile Pro Ile His Tyr

1 5

<210> 46 <211> 9

<212> PRT

<213> Virus da imunodeficiência humana <400> 46

Leu Leu Gln Leu Thr Val Trp Gly Ile

-15 1 5

<210> 47 <211> 9 <212> PRT

<213> Virus da imunodeficiência humana <400> 47

Glu Ile Gln Lys Gln Gly Gln Gly Gln

1 5

<210> 48 <211> 13 <212> PRT

<213> Virus da imunodeficiência humana <400> 48

Leu Ser His Phe Leu Lys Glu Lys Gly Gly Leu Glu Gly 1 5 I0

<210> 49

<211> 9 <212> PRT <213> Virus da imunodeficiência humana <400> 49

Val Ile Tyr Gln Tyr Met Asp Asp Leu

1 5

<210> 50 <211> 9 <212> PRT

<213> Vírus da imunodeficiência humana <400> 50

Asn Pro Asp Ile Val Ile Tyr Gln Tyr

1 5

<210> 51 <211> 10 <212> PRT

<213> Virus da imunodeficiência humana <400> 51

Gln Asn Ile Gln Gly Gln Met Val His Gln

10

<210> 52 <211> 9

<212> PRT

<213> Virus da imunodeficiência humana <400> 52

Thr Val Leu Asp Val Gly Asp Ala Tyr

1 5

<210> 53 <211> 10 <212> PRT

<213> Virus da imunodeficiência humana <400> 53

Val Pro Leu Asp Glu Asp Phe Arg Lys Tyr 10 <210> 54 <211> 10 <212> PRT

<213> Virus da imunodeficiência humana <400> 54

Arg Tyr Gln Tyr Asn Val Leu Pro Gln Gly 10

Claims (30)

1. Composição imunogênica, caracterizada pelo fato de que compreende polipeptídeo de retrovírus endógeno humano (HERV) e veículo farmaceuticamente aceitável.

2. Composição imunogênica de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que compreende ainda o adjuvante tal como hi- dróxido de alumínio, MF59, ou monofosforil lipídeo A.

3. Composição imunogênica, caracterizada pelo fato de que compreende ácido nucléico compreendendo a seqüência de nucleotídeo co- dificando o polipeptídeo de retrovírus endógeno humano (HERV). onde o ácido nucléico é um vetor recombinante.

4. Composição imunogênica de acordo com a reivindicação 3, caracterizada pelo fato de que o ácido nucléico é o vetor recombinante tal como o vetor viral recombinante.

5. Composição imunogênica de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 4, caracterizada pelo fato de que o polipeptídeo de HERV é codificado pelo HERV-W1 HERV-H1 HERV-K1 HERV-L ou HERV-S.

6. Composição imunogênica de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 5, caracterizada pelo fato de que o polipeptídeo de HERV é o polipeptídeo env de HERV-K ou o polipeptídeo gag de HERV-K.

7. Composição imunogênica de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 6, caracterizada pelo fato de que o polipeptídeo de HERV apresenta a fórmula (Xi-(Y)o-4o-X2-(Y)o-4o)n, em que Xi e X2 são polipeptídeos de HERV1 Y é um Iigante1 e η é um número inteiro de 1 a cerca de 10.

8. Composição imunogênica de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 7, caracterizada pelo fato de que o polipeptídeo de HERV compreende a seqüência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 85% de identidade de seqüência de aminoácidos para um intervalo contíguo de cerca de 9 aminoácidos da seqüência de aminoácidos das SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO: 32, ou SEQ ID NO: 34.

9. Composição imunogênica de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8, caracterizada pelo fato de que o polipeptídeo de HERV compreende a seqüência de aminoácidos tendo pelo menos cerca de 95% de identidade de seqüência de aminoácidos para um intervalo contíguo de cerca de 9 aminoácidos da seqüência de aminoácidos das SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, ou SEQ ID NO: 34.

10. Composição imunogênica de acordo com a reivindicação 9, caracterizada pelo fato de que o polipeptídeo de HERV compreende pelo menos 9 aminoácidos contíguos da SEQ ID NO: 27.

11. Composição imunogênica de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 10, caracterizada pelo fato de que o polipeptídeo de HERV compreende a seqüência de aminoácidos das SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO's: 1-4, e SEQ ID NO's: 7-25.

12. Composição imunogênica de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 11, caracterizada pelo fato de que o polipeptídeo de HERV tem um comprimento de cerca de 20 aminoácidos a cerca de 25 ami- noácidos.

13. Composição imunogênica de acordo com a reivindicação 3, caracterizada pelo fato de que a seqüência de nucleotídeos que codifica o polipeptídeo de HERV é operacionalmente ligada a um promotor heterólogo, o qual é funcional em células eucarióticas.

14. Composição imunogênica de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 13, caracterizada pelo fato de que a composição é formu- lada para a administração parenteral ou para a administração em tecido de mucosa.

15. Composição imunogênica de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 14, caracterizada pelo fato de que a composição é um comprimido bioadesivo intravaginal, micropartícula bioadesiva intravaginal, creme intravaginal, loção intravaginal, espuma intravaginal, pomada intrava- ginal, pasta intravaginal, solução intravaginal, ou gel intravaginal.

16. Composição imunogênica de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que a composição compreende de 2 a 20 polipep- tídeos de HERV diferentes.

17. Composição imunogênica de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 16, caracterizada pelo fato de que é para o uso em um método para induzir reposta de linfócito T em um indivíduo a uma célula hospedeira infectada com um vírus patogênico.

18. Composição de acordo com a reivindicação 17, caracteriza- da pelo fato de que a resposta a linfócito T compreende uma resposta de célula T CD8+, uma resposta de célula T CD4+, ou uma resposta de linfócito T de mucosa.

19. Composição de acordo com a reivindicação 17 ou 18, carac- terizada pelo fato de que o vírus patogênico é um vírus de imunodeficiência humana.

20. Composição de acordo com a reivindicação 17 ou 18, carac- terizada pelo fato de que o indivíduo não foi infectado com o vírus patogêni- co.

21. Composição de acordo com a reivindicação 17 ou 18, carac- terizada pelo fato de que o indivíduo foi infectado com o vírus patogênico.

22. Composição imunogênica de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 16, caracterizada pelo fato de que é para o uso em um método para induzir uma resposta de linfócito T em um indivíduo a uma célu- la cancerosa tendo expressão de HERV e exibindo epítopos HERV na su- perfície da célula cancerosa.

23. Composição, caracterizada pelo fato de que compreende: polipeptídeo de retrovírus endógeno humano isolado (HERV); e excipiente farmaceuticamente aceitável.

24. Composição de acordo com a reivindicação 23, caracteriza- da pelo fato de que compreende de 2 a 20 polipeptídeos de HERV diferen- tes.

25. Composição de acordo com a reivindicação 23, caracteriza- da pelo fato de que o polipeptídeo de HERV é ligado ao veículo, em que o veículo é: i) polissacarídeo tal como sefarose, agarose ou celulose; ii) aminoácido polimérico tal como ácido poliglutâmico ou polilisi- na; iii) copolímero de aminoácido; iv) partícula de vírus inativado; v) toxina bacteriana inativada; ou vi) lipossoma.

26. Método para gerar uma população de células T CD8+ espe- cíficas para peptídeo de retrovírus endógeno humano (HERV)1 caracterizado pelo fato de que compreende contatar uma população de células T CD8+ não estimuladas, in vitro, com um peptídeo de HERV1 em associação com uma plataforma apresentadora de antígeno, em que o dito contato fornece a produção de uma população de células T CD8+ específicas de peptídeo HERV.

27. Uso de polipeptídeo de retrovírus endógeno humano (HERV) ou de ácido nucléico compreendendo a seqüência de nucleotídeos que codi- fica o mesmo, caracterizado pelo fato de que é na preparação da composi- ção imunogênica para induzir reposta de linfócito T em um indivíduo a uma célula hospedeira infectada com um vírus patogênico.

28. Uso de acordo com a reivindicação 27, caracterizado pelo fato de que a resposta a linfócito T compreende uma resposta de célula T CD8+, uma resposta de célula T CD4+, ou uma resposta de linfócito T de mucosa.

29. Uso de acordo com a reivindicação 27, caracterizado pelo fato de que o vírus patogênico é um vírus de imunodeficiência humana.

30. Uso de polipeptídeo de retrovírus endógeno humano (HERV) ou de ácido nucléico compreendendo a seqüência de nucleotídeos que codi- fica o mesmo, caracterizado pelo fato de que é na preparação da composi- ção imunogênica para induzir reposta de linfócito T em um indivíduo a uma célula hospedeira tendo expressão de HERV e exibindo epítopos HERV na superfície da célula cancerosa.