BR112020016771A2 - Matéria fecal para uso na prevenção ou tratamento de doença autoimune. - Google Patents

Abstract

a presente invenção se refere ao uso de matéria fecal no tratamento de um sujeito com doença autoimune, em que a matéria fecal é autóloga ao sujeito, e preferivelmente administrada no intestino delgado, preferivelmente no duodeno, do sujeito. a matéria fecal pode apresentar um ou mais constituintes de fezes autólogas, preferivelmente escolhidas do grupo que consiste em bactérias, vírus, bacteriófagos, fungos, metabólitos, microarns, proteínas, anticorpos e/ou antígenos.

Description

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MATÉRIA FECAL PARA USO NA PREVENÇÃO OU TRATAMENTO DE DOENÇA AUTOIMUNE CAMPO TÉCNICO

[001] A presente invenção se refere à prevenção e/ou tratamento de doenças autoimunes, mais especificamente ao uso de transplantes fecais na dita prevenção e/ou tratamento, preferivelmente em que os transplantes fecais são substancialmente purificados.

FUNDAMENTOS DA INVENÇÃO

[002] Doenças autoimunes são uma classe de doenças em que o sistema imune produz uma resposta inapropriada contra células, tecidos e/ou órgãos do próprio sujeito. Isto pode resultar em inflamação, danos e perda de função. As doenças autoimunes comuns são tireoidite, artrite reumatoide e Diabetes mellitus tipo 1.

[003] As causas de doenças autoimunes não são claras. Entretanto, fatores tais como infeções e disposição genética podem desempenhar um papel no desencadeamento de doenças autoimunes. Doenças autoimunes são em geral diagnosticadas usando uma combinação de histórico clínico e testes de sangue (detectando entre outros autoanticorpos, ou marcadores de inflamação ou função do órgão).

[004] Embora haja uma ampla faixa de opções de tratamento, que depende do estágio e tipo de doença autoimune, não existe cura definitiva para doenças autoimunes.

[005] Estratégias de tratamento são, em geral, direcionadas para aliviar sintomas, minimizar lesão de órgão ou tecido e conservar a função do órgão. Por exemplo, opções de tratamento podem incluir substituição de funções do órgão (tal como administrar insulina em Diabetes mellitus tipo 1 e tiroxina em doença de Hashimoto), medicações anti-inflamatórias não esteroidais (NSAIDS), medicações anti-inflamatórias corticosteroides (tal como prednisolona), inibidores de TNFα, medicações imunossupressoras, ou

2 / 46 terapia de substituição de imunoglobulina.

[006] Entretanto, novas estratégias terapêuticas se fazem necessárias para melhorar a qualidade de vida em pacientes com doenças autoimunes. Ainda é necessário desenvolver uma nova ou melhor estratégia de prevenção e/ou de tratamento para doenças autoimunes. É um objetivo da presente descrição atender esta necessidade.

SUMÁRIO DA INVENÇÃO

[007] Os presentes inventores averiguaram se a administração de transplantes fecais, tanto a partir de fontes alogênicas (doador saudável) quanto autólogas (próprios), pode apresentar efeitos benéficos em pacientes com doença autoimune.

[008] Surpreendentemente, os presentes inventores observaram que a administração de transplantes fecais autólogos pode causar um reajuste imunológico em pacientes com doença autoimune.

[009] Sem se ater a qualquer teoria, os presentes inventores consideram que a matéria fecal autóloga pode modular o sistema imune, por exemplo, reajustando função de clone de célula B e células B regulatórias, que por sua vez podem inibir a resposta autoimune.

[0010] Considera-se que, durante os primeiros anos de vida, o sistema imune é preparado por meio de crosstalk contínuo com um desenvolvimento da composição de microbioma intestinal. Desta maneira, o microbioma intestinal desempenha um papel essencial na modulação do desenvolvimento, composição e função de célula imune adaptativa (vide, por exemplo Agace e McCoy Immunity 46, 18 de abril de 2017). É este processo, entre outros, que leva a um sistema imune funcionar adequadamente, desprovido de fatores autoimunes.

[0011] Entretanto, o crosstalk entre o sistema imune e o microbioma intestinal, ou o resultado final do mesmo, pode ser alterado, o que pode levar à produção de anticorpos autoimunes. O tratamento, de acordo com a presente

3 / 46 descrição, pode superar esta alteração, reiniciando o crosstalk entre o sistema imune e o microbioma intestinal (incluindo suas bactérias, vírus, fungos e/ou produtos derivados específicos, tais como metabólitos ou compostos de envelope celular microbiano, bem como miARN).

[0012] Dessa maneira, o uso de matéria fecal autóloga (tais como transplantes de microbiota fecal autólogos) em doenças autoimunes pode parar a destruição autoimune do tecido alvejado, e reestabelecer a tolerância imune. A presente descrição pode alcançar isto estimulando o sistema imune, em que a matéria fecal autóloga é preferivelmente administrada no duodeno (diretamente ou indiretamente, tal como por meio de administração oral). A presente descrição preferivelmente não tem como objetivo alterar o microbioma intestinal, isto é, a composição da microbiota intestinal.

[0013] Consequentemente, a presente descrição é destinada ao tratamento de doenças autoimunes, particularmente doenças autoimunes endócrinas (por exemplo, Diabetes mellitus tipo 1, doença de hipotireoidismo de Hashimoto, doença de hipertireoidismo de Graves, e doença de Addison), Vitiligo, doença Celíaca, Psoríase (artrite), artrite reumatoide, e/ou doença de Bechterew. Igualmente, prevenção e/ou tratamento de asma é incluído, o que pode ser explicado pelos mecanismos autoimunes que também podem estar funcionando em asma (vide, por exemplo Tedeschi e Asero Expert Rev Clin Immunol. 2008 Nov;4(6):767-76).

[0014] A presente descrição também inclui a prevenção de doença autoimune. Dessa maneira, a matéria fecal autóloga da presente descrição pode ser administrada a um sujeito a fim de evitar o início da doença autoimune, por exemplo, em sujeitos em que marcadores de risco associados ao pré-estágio ou estágio inicial das respectivas doenças autoimunes foram detectados (antes do diagnóstico da respectiva doença autoimune). Tal estratégia primária ou secundária pode prevenir o desenvolvimento de autoanticorpos.

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[0015] Algumas das doenças autoimunes da maneira aqui referida são atualmente tratadas com terapia imune, tal como usando anticorpos para TNFα. Entretanto, estas terapias imunes custosas podem apenas ser satisfatórias em um subgrupo de pacientes. Isto foi atribuído às divergências na microbiota intestinal (Kolho et al 2015 Am J Gastroenterol.110(6):921- 30). Os presentes inventores consideram que o tratamento com um antagonista de TNFα ou anti-TNFα pode ser sinergístico com o tratamento de acordo com a presente invenção, por exemplo administração de transplante de microbiota fecal autóloga, por exemplo, no tratamento e/ou prevenção de doença intestinal inflamatória (IBD).

DESCRIÇÃO DETALHADA DA INVENÇÃO

[0016] A presente descrição se refere ao uso de matéria fecal na prevenção e/ou tratamento de doença autoimune, envolvendo a administração da matéria fecal a um sujeito, em que a matéria fecal é autóloga ao sujeito. O termo “autólogo”, da maneira aqui usada, denota que a matéria fecal é a matéria fecal do próprio sujeito, isto é, obtida e administrada, opcionalmente após processamento, no mesmo sujeito.

[0017] Dessa maneira, a presente descrição provê um método de prevenção e/ou tratamento de um sujeito que precisa do mesmo, particularmente um sujeito com uma doença autoimune, tal como uma doença autoimune endócrina, compreendendo a etapa de administrar matéria fecal ao sujeito, em que a matéria fecal é autóloga ao sujeito.

[0018] No caso da matéria fecal ser empregada para tratar doença autoimune, a matéria fecal autóloga é preferivelmente obtida do sujeito quando o sujeito já apresenta a doença autoimune, isto é, quando o sujeito já foi diagnosticado com a doença autoimune, por exemplo, com base em quaisquer dos marcadores de diagnóstico da maneira aqui referida. Por exemplo, a matéria fecal autóloga pode ser obtida no máximo em 1 a 10 semanas, ou no máximo em 1 a 6 meses antes do tratamento. Em relação a

5 / 46 isso, embora possível, a matéria fecal autóloga preferivelmente não é obtida do sujeito a ser tratado enquanto o sujeito está em estado saudável (isto é, não apresentando a doença autoimune), nem enquanto a doença autoimune está em um estado de remissão.

[0019] Particularmente, a presente descrição provê matéria fecal para uso na prevenção ou tratamento de doença autoimune, em que o uso envolve administração a um sujeito de matéria fecal que é autóloga ao sujeito, em que a doença autoimune não é síndrome do intestino inflamatório (IBD), e em que, se o uso for para tratamento de doença autoimune, a matéria fecal é obtida a partir do sujeito enquanto estava com doença autoimune.

[0020] A presente descrição, pelo menos a priori, preferivelmente não objetiva alterar o microbioma intestinal, isto é, a composição da microbiota intestinal ou particularmente a composição da microbiota do cólon. De fato, a composição da microbiota, da maneira compreendida na matéria fecal autóloga da presente descrição, pode ser a mesma da composição da microbiota intestinal do sujeito para o qual a matéria fecal autóloga deve ser administrada, isto é, o número de diferentes micro-organismos contidos na mesma e/ou as razões de número de célula entre eles são aproximadamente os mesmos, ou desviam no máximo 5, 3 ou 1 %.

[0021] No contexto da presente descrição, a doença autoimune pode ser qualquer doença autoimune, incluindo doenças autoimunes sistêmicas e localizadas (órgão específico), particularmente uma doença autoimune escolhida do grupo que consiste em doença autoimune endócrina (por exemplo, Diabetes mellitus tipo 1, doença de Hashimoto, Doença de Graves, ou doença de Addison); doença autoimune da pele (por exemplo, Psoríase ou Vitiligo); doenças autoimunes reumatoides (por exemplo, artrite reumatoide, ou doença de Bechterew), e doença autoimune gastrointestinal (por exemplo, doença Celíaca). Doenças autoimunes endócrinas

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[0022] Entre as várias doenças autoimunes, distúrbios endócrinos autoimunes são mais comuns. O sistema endócrino compreende glândulas que produzem hormônios e liberam os mesmos diretamente no sistema circulatório, bem como circuitos de retorno para atingir a homeostase. Os órgãos do sistema endócrino podem ser afetados por várias doenças autoimunes, caracterizadas por impacto e gravidade diferentes. Algumas vezes, múltiplos órgãos estão envolvidos, tal como na síndrome autoimune poliglandular.

[0023] Entre as diferentes doenças endócrinas autoimunes, Diabetes mellitus tipo 1, doença de Hashimoto, doença de Graves, e doença de Addison são especialmente frequentes na prática clínica. Diabetes mellitus tipo 1

[0024] Diabetes mellitus tipo 1 é uma doença autoimune endócrina crônica, em que o pâncreas produz muito pouca ou nenhuma insulina. Em geral, é considerada como associada à destruição progressiva de célula beta, e ligada a um crescente risco de morbidade e mortalidade comparado aos sujeitos saudáveis. Como a função de célula beta também pode deteriorar em Diabetes mellitus tipo 2, a presente descrição também pode se referir à prevenção e/ou tratamento de Diabetes mellitus tipo 2.

[0025] Descobriu-se que a matéria fecal, por exemplo, um transplante fecal, que é autólogo para o sujeito, pode ser usado para prevenir e/ou tratar Diabetes mellitus tipo 1. Tal tratamento também pode estender a fase de lua de mel em Diabetes mellitus tipo 1, isto é, o período após o diagnóstico, que que o pâncreas ainda é capaz de produzir uma quantidade suficiente significativa de insulina para limitar a insulina exógena necessária no corpo, e manter o controle de glicose no sangue. Estender este período pode melhorar acentuadamente a qualidade de vida em pacientes. O tratamento também pode ser aplicado para reduzir a gravidade de sintomas de Diabetes mellitus tipo 1, por exemplo, sintomas ou complicações relacionadas à função prejudicada de

7 / 46 olho(s), rim(s), nervos e/ou cérebro.

[0026] Mais especificamente, o tratamento pode inibir a queda da função de célula beta e/ou inibir a produção de autoanticorpos associados à Diabetes mellitus tipo 1, tais como autoanticorpos de célula (beta) ilhota, autoanticorpos para insulina, autoanticorpos para GAD (GAD65), autoanticorpos para as tirosina fosfatases IA-2 e IA-2β, e/ou autoanticorpos para o transportador de zinco 8 (ZnT8).

[0027] Os sintomas de Diabetes mellitus tipo 1 podem incluir poliúria, polidipsia, polifagia, perda de peso, fadiga, náusea, e visão turva. O início de doença sintomática pode ser súbito. Em relação a isso, não é incomum que pacientes com Diabetes mellitus tipo 1 sofram de cetoacidose diabética (DKA). Os seguintes critérios de diagnóstico podem ser aplicados para Diabetes mellitus tipo 1 e tipo 2 (Associação Americana de Diabetes, ADA): - um nível de glicose plasmática em jejum (FPG) ≥126 mg/dL (7,0 mmol/L), ou - um nível de glicose plasmática de 2 horas ≥200 mg/dL (11,1 mmol/L) durante um teste de tolerância à glicose oral 75-g (OGTT), ou - uma glicose plasmática aleatória ≥200 mg/dL (11,1 mmol/L) em um paciente com sintomas clássicos de hiperglicemia ou crise hiperglicêmica.

[0028] Adicional e/ou alternativamente, a resposta de peptídeo C após um teste de refeição mista pode ser avaliada, da maneira descrita no exemplo e/ou da maneira descrita por Lachin et al (2011 PLoS ONE Vol. 6(11) e26471).

[0029] Diabetes mellitus tipo 1 e/ou seus sintomas precedentes podem ser confirmados pela presença de um ou mais marcadores autoimunes que incluem autoanticorpos de célula (beta) ilhota, autoanticorpos para insulina, autoanticorpos para GAD (GAD65), autoanticorpos para as tirosina fosfatases

8 / 46 IA-2 e IA-2β, e autoanticorpos para transportador de zinco 8 (ZnT8), bem como HbA1c aumentada e tolerância à glicose alterada. Doença de Hashimoto

[0030] A doença de Hashimoto é um distúrbio autoimune específico a um órgão com a ocorrência elevadíssima. Também é referida como tireoidite de Hashimoto, ou tireoidite linfocítica crônica e é considerada como uma doença autoimune na qual a glândula tireoide é gradualmente destruída. As causas de doença de Hashimoto ainda não são claras, embora considere-se, em geral, que uma resposta imune mediada por célula inapropriada e produção de autoanticorpo contra a glândula tireoide estejam envolvidas.

[0031] Até que a hipofunção da tireoide se torne evidente, um aumento da tireoide é tipicamente o único sintoma. Entretanto, a doença pode progredir para hipotiroidismo, levando frequentemente por meio disso aos sintomas que incluem edema, ganho de peso e fatigabilidade (susceptível à fadiga), sensibilidade ao frio e diarreia, e sinais físicos tais como pele seca, rouquidão, bradicardia e/ou uma fase de relaxamento prolongada do reflexo do tendão de Aquiles.

[0032] A doença de Hashimoto pode ser confirmada pela presença de anticorpos anti-tireoide peroxidase (TPO) e anticorpos anti-tiroglobulina (Tg) no soro do paciente. Adicionalmente, um nível elevado de hormônio estimulador da tireoide (TSH), e níveis mais baixos de T4 livre (FT4), níveis mais baixos de T3 livre, e/ou níveis elevados de anticorpos anti- microssomais, em comparação com a média em indivíduos saudáveis, podem auxiliar na obtenção de diagnóstico positivo.

[0033] A doença de Hashimoto é atualmente tratada com agentes de substituição do hormônio da tireoide, tal como levotiroxina (suplementação de FT4), tri-iodotironina (suplementação de T3) ou extrato dessecado de tireoide. Os presentes inventores observaram que a matéria fecal, de acordo com a presente descrição, por exemplo um transplante de microbiota fecal,

9 / 46 que é autólogo ao sujeito, pode ser usado para prevenir e/ou tratar doença de Hashimoto, opcionalmente em combinação com agente de substituição do hormônio da tireoide da maneira descrita anteriormente. O tratamento, de acordo com a presente descrição, também pode ser aplicado para reduzir a gravidade de sintomas de doença de Hashimoto, por exemplo, um ou mais sintomas ou complicações da maneira descrita anteriormente. Doença de Graves

[0034] A doença de Graves é uma doença autoimune que afeta a tireoide, e é a causa mais comum de hipertireoidismo. A doença pode ser caracterizada pela presença de autoanticorpos no soro que se ligam ao receptor tirotropina, isto é, o receptor do hormônio estimulador de tireoide (TSH). Estes anticorpos de receptor anti-TSH (TBII) superestimulam a glândula tireoide, que pode levar ao bócio e sinais de tirotoxicose, bem como envolvimento dos músculos oculares em um subgrupo de pacientes (oftalmopatia de Graves).

[0035] Entre os sintomas estão hipertireoidismo, bócio e orbitopatia. Outros sintomas principais incluem perda de peso (com apetite aumentado), fatigabilidade, dificuldade em respirar, hiperidrose, tremores nos dedos, diarreia, paralisia periódica (no sexo masculino), e fraqueza muscular. Com relação à oftalmopatia de Graves, pacientes podem sofrer de proptose dos olhos, visão turva e olhos secos/vermelhos (em casos raros, pode levar à cegueira). Dois sinais são verdadeiramente específicos da doença de Graves, e não observados em outras condições de hipertireoidismo: exoftalmos e mixedema pretibial.

[0036] A doença de Graves pode ser confirmada por baixo nível de TSH sérico (algumas vezes não detectável) e/ou elevações em T3 livre e T4 livre, em comparação aos indivíduos saudáveis. Os pacientes podem ser tipicamente positivos para anticorpos do receptor de anti-TSH (TBII) em seus soros.

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[0037] O atual tratamento da doença de Graves pode envolver a administração de fármacos anti-tireoides (terapia de bloqueio e substituição), radioiodo (iodo radioativo I-131); e/ou tireoidectomia (excisão cirúrgica da glândula). Em geral, estrumazol e metimazol (PTU) são prescritos, seguidos pelo agente de substituição do hormônio da tireoide, tal como levotiroxina (suplementação de FT4), tri-iodotironina (suplementação de T3) ou extrato dissecado de tireoide.

[0038] Alternativamente ou em combinação com o tratamento anteriormente descrito, os presentes inventores observaram que a matéria fecal, de acordo com a presente descrição, por exemplo, um transplante de microbiota fecal, que é autólogo ao sujeito, pode ser usado para prevenir e/ou tratar doença de Graves incluindo oftalmopatia. O tratamento de acordo com a presente descrição também pode ser aplicado para reduzir a gravidade de sintomas da doença de Graves, por exemplo, um ou mais sintomas ou complicações, da maneira descrita anteriormente. Doença de Addison

[0039] A doença de Addison é um distúrbio autoimune endócrino crônico, em que as glândulas adrenais não produzem hormônios esteroides suficientes. A doença é causada por destruição das glândulas adrenais (tanto hormônios produzidos pelo córtex quanto medula). A doença pode ser uma manifestação de síndrome autoimune poliglandular envolvendo complicações por outros distúrbios autoimunes específico a um órgãos (por exemplo, Diabetes mellitus tipo 1, doença de Hashimoto, Vitiligo).

[0040] A hiperpigmentação em virtude da secreção aumentada de ACTH é um sinal clínico característico de doença de Graves. Outros sintomas incluem dor abdominal na região do estômago, ortostase e perda de peso.

[0041] O exame médico determinará tipicamente se ortostase, hipoglicemia, hiponatremia, hipercalemia, e eosinofilia do sangue periférico estão presentes. Para confirmar a doença de Addison, a demonstração de

11 / 46 baixos níveis de hormônio adrenal mesmo após estimulação (denominado o teste de estimulação de ACTH ou teste de Synacthen) com hormônio ACTH pituitário sintético tetracosatídeo é, em geral, realizada para o diagnóstico.

[0042] O tratamento envolve em geral a terapia de substituição com hidrocortisona oral e/ou corticoides minerais como fludrocortisona (se a medula adrenal também estiver envolvida). Os presentes inventores observaram que a matéria fecal, de acordo com a presente descrição, por exemplo, um transplante de microbiota fecal, que é autólogo ao sujeito, pode ser usado para prevenir e/ou tratar doença de Addison, opcionalmente além do tratamento com hidrocortisona. O tratamento de acordo com a presente descrição também pode ser aplicado para reduzir a gravidade de sintomas de doença de Addison, por exemplo, um ou mais sintomas ou complicações da maneira descrita anteriormente. Doença autoimune da pele Psoríase (artrite)

[0043] Psoríase é uma doença autoimune crônica que leva à rápida produção de células da pele. A etiologia subjacente é que células T atacam células saudáveis da pele, o que faz com que o processo de produção da pele seja exagerado. As novas células são empurradas para superfície da pele, onde se acumulam. Isto resulta nas placas e áreas inflamadas vermelhas da pele, que são mais comumente associadas com psoríase. Subtipos de psoríase incluem (1) psoríase em placa, que é o tipo de psoríase que ocorre mais frequentemente. É caracterizada por manchas vermelhas, inflamadas, que cobrem áreas da pele, tipicamente nos cotovelos, joelhos e couro cabeludo. Estas manchas são frequentemente cobertas com escamas esbranquiçadas- prateadas ou placas; (2) psoríase gutata, que é a forma de psoríase que é comum em crianças e causa pequenas manchas rosas, tipicamente no torso, braços e

12 / 46 pernas; (3) psoríase postular, que é forma mais comum de psoríase em adultos e causa bolhas brancas repletas de pus, e áreas de pele vermelha inflamada, tipicamente nas mãos ou pés; (4) psoríase inversa, que causa áreas brilhantes de pele vermelha, brilhante, inflamada. As manchas de psoríase inversa se desenvolvem tipicamente nas axilas ou seios, na virilha, ou em torno das pregas cutâneas; (5) psoríase eritrodérmica, que é um tipo grave e raro de psoríase. Esta forma frequentemente cobre grandes seções do corpo onde a pele pode parecer queimada de sol. Os versados na técnica com este tipo de psoríase podem ter febre ou ficar muito doentes, e esta forma de psoríase pode ser fatal; (6) artrite psoriática com envolvimento das articulações.

[0044] Os sintomas de psoríase são diferentes entre pacientes. Os sintomas comuns incluem manchas vermelhas da pele cobertas com escamas prateadas grossas, pequenas manchas de escamação (comumente observadas em crianças), pele seca e rachada que pode sangrar, coceira, queimação ou dor, unhas grossas, com caroço ou estriadas, e/ou articulações inchadas e rígidas. A maioria dos tipos de psoríase pode passar por ciclos, queimando por poucas semanas ou ainda meses, a seguir diminuindo por um período ou ainda entrando em remissão. Artrite por psoríase (ou artrite psoriática) é uma condição em que articulações doloridas e inchadas de artrite ocorrem junto com psoríase.

[0045] Em relação à doença leve que envolve apenas áreas pequenas do corpo, tratamentos tópicos (aplicados na pele), tais como cremes, loções e pulverizações, são em geral prescritos. Ocasionalmente, uma injeção local de esteroides diretamente em uma placa psoriática isolada resistente ou dura pode ser útil.

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[0046] Antagonistas do fator de necrose tumoral (TNF) (ou terapia anti TNFα) tornaram-se agentes de primeira linha no tratamento de psoríase ou artrite psoriática moderada-a-grave. Exemplos incluem infliximabe, etanercepte e adalimumabe. A terapia anti TNFα foi observada eficiente no tratamento tanto da psoríase quanto artrite psoriática, e também pode reduzir o risco de eventos cardiovasculares. Os presentes inventores observaram que, de forma adicional ou alternativa, a matéria fecal de acordo com a presente descrição, por exemplo, um transplante de microbiota fecal, que é autólogo ao sujeito, pode ser usado para prevenir e/ou tratar psoríase e/ou artrite psoriática. Além disso, o tratamento de acordo com a presente descrição também pode ser aplicado para reduzir gravidade de sintomas de psoríase e artrite psoriática, por exemplo, um ou mais sintomas ou complicações da maneira descrita anteriormente. Particularmente, o tratamento combinado com um antagonista de TNF ou anti-TNFα, e tratamento de acordo com a presente descrição, podem ser sinergísticos. Vitiligo

[0047] Vitiligo é uma doença em que manchas brancas da pele aparecem em diferentes partes do corpo. Em geral, sabe-se que isto é em virtude dos processos autoimunes que destroem as células que que produzem pigmento (cor) na pele, isto é, melanócitos. Vitiligo também pode ocorrer em membranas mucosas (tal como dentro da boca e nariz) e no olho.

[0048] Estudos recentes descrevem disbiose na diversidade de estrutura da comunidade microbiana no microbioma da pele de sujeitos com vitiligo. Embora a assinatura do microbioma específico individual seja dominante em relação à microbiota específica de vitiligo, uma diminuição clara na riqueza taxonômica e uniformidade pode ser observada em manchas lesionais (Ganju et al Sci Rep. 13 de janeiro de 2016;6:18761).

[0049] As manchas brancas de vitiligo são mais comuns em áreas onde a pele é exposta regularmente à luz do sol. A manchas pode estar nas

14 / 46 mãos, pés, braços, face e lábios, mas ocasionalmente também nas axilas e virilha, em torno da boca, olhos, narinas, umbigo, genitais, áreas retais. Adicionalmente, pessoas com vitiligo frequentemente apresentam cabelo que se torna cinza precocemente (por exemplo, antes dos 35 anos).

[0050] A luz ultravioleta (UV) pode ser usada particularmente na fase inicial do vitiligo para diagnóstico, e para determinar a eficiência do tratamento com UV. Pele com vitiligo, quando exposta à UV, tipicamente brilhará em azul. Ao contrário, a pele saudável não mostrará nenhuma reação.

[0051] Vitiligo pode ser classificado em vitiligo segmentar (SV) e vitiligo não vitiligo segmentar (NSV), onde NSV é o tipo mais comum de vitiligo.

[0052] No vitiligo não segmentar (NSV), tipicamente existe simetria no local das manchas de despigmentação. Em casos extremos, pouca pele pigmentada permanece, o que é referido como vitiligo universal. NSV pode iniciar em qualquer idade, ao passo que o vitiligo segmentar é muito mais prevalente em adolescentes.

[0053] Vitiligo segmentar (SV) tende a afetar áreas da pele que estão associadas com raízes dorsais da medula espinhal, e é mais frequentemente unilateral. É muito mais estável/estática em curso. SV tipicamente não melhora com a terapia com luz UV, mas tratamentos cirúrgicos, tal como enxerto celular, podem ser eficientes.

[0054] Não existe cura definitiva para vitiligo, mas várias opções de tratamento são disponíveis, incluindo luz ultravioleta e/ou cremes. Preparações tópicas (isto é, cremes) de medicações supressoras imunes, incluindo corticosteroides ou glucocorticoides (tais como clobetasol e/ou betametasona) e inibidores de calcineurina (tais como tacrolimo e/ou pimecrolimo) são considerados como tratamento de primeira linha para de vitiligo, enquanto a terapia com UV(B) é considerada um tratamento de segunda linha para vitiligo.

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[0055] Os presentes inventores observaram que, de forma adicional ou alternativa ao(s) tratamento(s) anteriormente descrito(s), uma matéria fecal de acordo com a presente descrição, por exemplo, um transplante de microbiota fecal, que é autólogo ao sujeito, pode ser usada para prevenir e/ou tratar vitiligo. Adicionalmente, o tratamento de acordo com a presente descrição também pode ser aplicado para reduzir gravidade de sintomas de vitiligo, por exemplo, um ou mais sintomas ou complicações da maneira descrita anteriormente. Distúrbio reumatoide Artrite reumatoide

[0056] Artrite reumatoide (RA) pode ser observada como uma doença autoimune na qual o sistema imune ataca as articulações. Isto leva à inflamação, que faz com que o tecido que reveste o interior das articulações (a sinóvia) aumente, resultando em articulações dolorosas.

[0057] Se não for tratada, RA pode prejudicar a cartilagem, o tecido elástico que cobre as extremidades dos ossos em uma articulação, e ainda os próprios ossos. Eventualmente, pode haver perda de cartilagem, as articulações podem se tornar frouxas, instáveis, doloridas e perder sua mobilidade, ou mesmo deformar. Infelizmente, o dano articular em geral não pode ser revertido e, portanto, o diagnóstico e tratamento precoce é recomendado para controlar RA.

[0058] RA ocorre mais comumente nas articulações das mãos, pés, pulsos, cotovelos, joelhos e tornozelos. RA também pode afetar os sistemas corporais, tais como os sistemas cardiovasculares ou respiratórios, e é então denominado RA sistêmico. Nos estágios iniciais, pessoas com RA podem experimentar sensibilidade e dor nas articulações.

[0059] Os sintomas de RA incluem rigidez e dor nas articulações, especificamente articulações pequenas (pulsos, certas articulações das mãos e pés), e tipicamente por seis semanas ou mais. Junto com a dor, muitas pessoas

16 / 46 experimentam fadiga, perda de apetite e uma febre baixa.

[0060] Nenhum teste individual pode confirmar definitivamente RA, mas testes de sangue podem ser realizados, os quais avaliam os níveis de inflamação e procuram biomarcadores tais como anticorpos que estão ligados com RA.

[0061] Uma taxa alta de sedimentação de eritrócito e um nível elevado de proteína C reativa (CRP), em comparação com indivíduos saudáveis, são biomarcadores de inflamação. Uma ESR alta ou CRP alta não é específica para RA, mas quando combinadas com a presença de anticorpos relacionados a RA, podem confirmar o diagnóstico de RA.

[0062] O fator reumatoide (RF) é um anticorpo encontrado na maioria das pessoas com RA. Em decorrência de RF poder ocorrer em outras doenças inflamatórias, este não é um sinal definitivo de apresentar RA. Entretanto, um anticorpo diferente – peptídeo citrulinado anti-cíclico (anti-CCP) – ocorre principalmente em pacientes com RA. Isto torna um teste anti-CCP positivo uma indicação mais forte de RA. Além disso, um raio-X, ultrassom ou varredura de imagem por ressonância magnética pode ser realizado para procurar dano na articulação, tais como erosões e estreitamento do espaço articular.

[0063] Com relação ao tratamento, fármacos anti-inflamatórios não esteroidais (NSAIDs) são em geral prescritos, o que pode atenuar dor e inflamação da artrite. Exemplos de NSAIDs incluem ibuprofeno, cetoprofeno e naproxeno sódico. Adicionalmente, corticosteroides, incluindo prednisona, prednisolona e metiprednisolona, podem ser administrados como medicações anti-inflamatórias.

[0064] DMARDs, isto é, fármacos anti-reumáticos modificadores da doença, podem ser usados para retardar a progressão da doença. DMARDs incluem metotrexato, hidroxicolorquina, sulfasalazina, leflunomida, ciclofosfamida e azatioprina. Uma subcategoria de DMARDs é conhecida

17 / 46 como “inibidores de JAK”, que bloqueia as vias de Janus quinase, ou JAK. Um exemplo é Tofacitinibe.

[0065] Agentes biológicos podem funcionar mais rapidamente que DMARDs tradicionais, e são injetados ou fornecidos por infusão. Em muitas pessoas com RA, um agente biológico pode retardar, modificar ou parar a doença. São particularmente preferidos os antagonistas do fator de necrose tumoral (TNF) (terapia anti TNFα).

[0066] Os presentes inventores observaram que, de forma adicional ou alternativa ao(s) tratamento(s) anteriormente descrito(s), a matéria fecal de acordo com a presente descrição, por exemplo um transplante de microbiota fecal, que é autólogo ao sujeito, pode ser usada para prevenir e/ou tratar artrite reumatoide, e/ou um ou mais de seus sintomas da maneira descrita anteriormente. O tratamento combinado, de acordo com a presente descrição (por exemplo com transplante de microbiota fecal), com um antagonista de TNF ou anti-TNFα pode ser sinergístico. Doença de Bechterew

[0067] A doença de Bechterew (ou espondilite anquilosante) é um distúrbio reumatoide autoimune crônico que envolve particularmente o esqueleto axial. Tipicamente, se apresenta em machos adultos de 20-30 anos de idade.

[0068] Os sintomas mais graves são dor no pescoço e nas costas. Um sintoma típico é dor noturna, bem como inflamação da articulação sacro- ilíaca. Em alguns pacientes, deformidades ósseas da coluna podem ocorrer, o que pode resultar em restrição de movimento. Além destas queixas na coluna, inflamação de articulações periféricas é comum.

[0069] A fim de diagnosticar a doença de Bechterew, o exame da coluna vertebral é realizado para avaliar restrições na mobilidade da coluna cervical e lombar. Um teste de Schober pode ser útil para estimar a quantidade de restrição de flexão dianteira lombar. O diagnóstico pode ser

18 / 46 confirmado por descoberta de antígenos de HLA-B27 no sangue do paciente.

[0070] Opções de tratamento incluem administração de NSAID, sulfasalazina, metotrexato, leflunomida, corticosteroide, inibidor(s) de TNFα. Os presentes inventores observaram que, de forma adicional ou alternativa ao(s) tratamento(s) anteriormente descrito(s), matéria fecal de acordo com a presente descrição, por exemplo um transplante de microbiota fecal, que é autólogo ao sujeito, pode ser usado para prevenir e/ou tratar doença de Bechterew e/ou um ou mais de seus sintomas, da maneira descrita anteriormente. Particularmente, a combinação de tratamento, de acordo com a presente descrição (por exemplo, com transplante de microbiota fecal), com um antagonista de TNF ou anti-TNFα pode ser sinergística. Doença autoimune gastrointestinal Doença Celíaca

[0071] Doença Celíaca (ou doença do celíaco) é um distúrbio autoimune onde a ingestão de glúten leva a dano das células epiteliais do intestino delgado. Podem ocorrer tipicamente em pessoas geneticamente pré- dispostas e em combinação com diabetes tipo 1. A doença celíaca e Diabetes mellitus tipo 1 podem apresentar patogênese similar, em que fatores genéticos hereditários, bem como exposições alimentares e microbianas, podem desempenhar um papel, particularmente no início da vida (vide, por exemplo Verdu e Danska Nature Immunology | VOL 19 | JULHO DE 2018 | 685–695).

[0072] Quando pessoas com doença celíaca comem glúten (uma proteína encontrada no trigo, centeio e cevada), seus corpos iniciam uma resposta imune que ataca o intestino delgado, levando ao dano das vilosidades (pequenas projeções em forma de dedo que revestem o intestino delgado). Quando as vilosidades são danificadas, os nutrientes não podem ser absorvidos adequadamente pelo intestino. Os sintomas são cólicas abdominais, desnutrição e osteoporose.

[0073] Há vários testes sorológicos (sangue) disponíveis que

19 / 46 selecionam anticorpos da doença celíaca, mas o mais comumente usado é um teste tTG-IgA. Para este teste funcionar, o paciente tem que ter consumido glúten. Além disso, o diagnóstico para doença Celíaca pode ser atingido por uma biopsia endoscópica. Uma biopsia é então retirada do intestino delgado, que pode ser subsequentemente analisado para observar se existe qualquer dano consistente com doença celíaca. O diagnóstico pode ser confirmado quando a melhoria é observada durante uma dieta livre de glúten.

[0074] Atualmente, o único tratamento para doença celíaca é uma dieta rigorosa sem glúten. Pessoas que vivem sem glúten devem evitar alimentos com trigo, centeio e cevada, por exemplo, pão e cerveja. Ingerir pequenas quantidades de glúten pode desencadear dano ao intestino delgado. Os presentes inventores observaram que, de forma adicional ou alternativa ao(s) tratamento(s) anteriormente descrito(s), matéria fecal de acordo com a presente descrição, por exemplo um transplante de microbiota fecal, que é autólogo ao sujeito, pode ser usado para prevenir e/ou tratar doença Celíaca e/ou um ou mais de seus sintomas, da maneira descrita anteriormente. Asma

[0075] No contexto da presente descrição, a prevenção e/ou tratamento de asma são também previstos, em vista de mecanismos autoimunes que podem ser utilizados igualmente na asma.

[0076] A asma é uma doença inflamatória crônica comum das vias aéreas dos pulmões. Pode ser caracterizada por obstrução reversível do fluxo de ar e broncoespasmo. Os sintomas incluem episódios de tosse, chiado, aperto no peito, e dificuldade em respirar.

[0077] Atualmente, não existe qualquer teste de diagnóstico definitivo para asma, e o diagnóstico baseia-se tipicamente no padrão de sintomas e resposta à terapia em relação ao tempo. Um diagnóstico de asma pode ser realizado se existir um histórico de chiado, tosse ou dificuldade de respirar recorrente, e estes sintomas ocorrerem ou piorarem em virtude de exercício,

20 / 46 infecções virais, alérgenos e/ou poluição do ar; igualmente, mediante o teste FEV1, broncodilatadores são utilizados para estudar o efeito da função pulmonar.

[0078] Um tratamento eficiente para asma é identificar o que desencadeia a doença, tal como fumaça de cigarro, animais de estimação, ou aspirina, e eliminar a exposição as estes desencadeadores. Além disso, os broncodilatadores são frequentemente recomendados. No caso de doença leve, mas persistente, corticosteroides inalados em dose baixa ou, alternativamente, antagonistas de leucotrieno ou estabilizadores de mastócitos podem ser aplicados. Para asma grave, isto é, pacientes que apresentam ataques diariamente, corticosteroides inalados, isto é, em uma dose maior, podem ser usados.

[0079] Os presentes inventores observaram que, de forma adicional ou alternativa ao(s) tratamento(s) anteriormente descrito(s), matéria fecal de acordo com a presente descrição, por exemplo um transplante de microbiota fecal, que é autólogo ao sujeito, pode ser usado para prevenir e/ou tratar asma e/ou um ou mais de seus sintomas, da maneira descrita anteriormente.

[0080] A eficiência do tratamento, de acordo com a presente descrição, confirma uma ligação entre composição de microbioma intestinal e risco de desenvolver asma, que foi postulado por Korpela et al (Nat Commun. 26 de janeiro de 2016;7:10410). Outras condições

[0081] A presente descrição também pode ser usada no contexto de prevenir e/ou tratar outras doenças autoimunes, particularmente incluindo hepatite autoimune, Diabetes mellitus tipo 1a e/ou 1b, síndrome autoimune poliglandular, síndrome de Guillain-Barre, esclerose múltipla, miastenia grave, anemia perniciosa, cirrose biliar primária, colangite esclerosante, síndromes de anticorpo antifosfolipídeo, dermatomiosite, doença do tecido conectivo misto, polimialgia reumática, polimiosite, escleroderma, síndrome

21 / 46 de Sjögren e lúpus eritematoso sistêmico. Entretanto, também é previsto que quaisquer das doenças mencionadas anteriormente são excluídas da presente descrição.

[0082] Adicionalmente, a matéria fecal de acordo com a presente descrição pode ser usada para prevenir e/ou tratar uma alergia, também conhecida como doenças alérgicas, que são condições causadas por hipersensibilidade do sistema imune tipicamente à substâncias inofensivas no ambiente. Alergias comuns incluem febre do feno (alergia ao pólen de planta) e alergia alimentar (relacionada, por exemplo, ao leite de vaca, soja, ovos, trigo, amendoins, nozes, peixe e/ou marisco).

[0083] A presente descrição também pode levar em consideração a prevenção e/ou tratamento das doenças a seguir, mas preferivelmente estas doenças são excluídas do escopo da presente descrição: distúrbios gastrointestinais, infecção por Clostridium difficile, enfermidade de Crohn (doença de Crohn), colite ulcerosa ou doença intestinal inflamatória (IBD), e/ou síndrome do intestino irritável (IBS). Alternativamente e/ou adicionalmente, quaisquer das doenças a seguir podem ser excluídas da presente descrição: doenças autoimunes sistêmicas e localizadas (órgão- específica), doença autoimune endócrina, diabetes mellitus tipo 1, diabetes mellitus tipo 2, doença de Hashimoto, doença de Graves, ou doença de Addison, doença autoimune da pele, psoríase ou vitiligo, doenças autoimunes reumatoides, artrite reumatoide, doença de Bechterew, e doença autoimune gastrointestinal, doença Celíaca. Tratamento de acordo com a presente descrição

[0084] Em uma modalidade preferida, a matéria fecal de acordo com a presente descrição é administrada no trato gastrointestinal do sujeito, preferivelmente no intestino delgado, mais preferivelmente no duodeno do sujeito. O duodeno é a primeira seção do intestino delgado em muitos vertebrados superiores, incluindo mamíferos. O duodeno precede o jejuno e

22 / 46 íleo, e é a menor parte do intestino delgado. Em humanos, o duodeno é um tubo oco de 25 a 38 cm que conecta o estômago ao duodeno distal. Inicia com o bulbo duodenal e termina no músculo suspensor do duodeno.

[0085] Embora também seja possível administrar a matéria fecal no cólon (ou ceco) do sujeito, a administração no cólon (ou ceco) do sujeito preferivelmente não é incluída pela presente descrição.

[0086] Como é evidente, a matéria fecal de acordo com a presente descrição pode apresentar fezes, isto é, excreções descartadas do intestino (ânus), tal como fezes (matinal), ou parte da mesma e/ou uma composição derivada da mesma.

[0087] Adicional e/ou alternativamente, a matéria fecal de acordo com a presente descrição pode se referir a um ou mais constituintes/frações de fezes autólogas ou alogênicas, em que os ditos constituintes/frações são preferivelmente escolhidos do grupo que consiste em bactérias, vírus, bacteriófagos, fungos, metabólitos, proteínas, e/ou MicroARNs (por exemplo, descritos em Lui, Cell Host Microbe. 13 de janeiro de 2016;19(1):32-43), anticorpos, antígenos, componentes de modulação/sinalização imune, componentes de sinalização entero(endócrinos), componentes de sinalização neural e/ou componentes estruturais. O termo “sinalização”, da maneira aqui usada, denota assim que o componente é capaz de desencadear ou induzir uma célula, em particular uma célula (entero-endócrina ou neural) do sujeito, da maneira aqui descrita, para atuar de maneira diferente, tal como excretando certos compostos ou apresentando um mudança no transcriptoma ou expressão de gene. Por exemplo, componentes entero-endócrino de sinalização podem desencadear células entero-endócrinas para liberar moléculas funcionais. Constituintes do microbioma tais como vírus, bactérias, fungos, etc, e/ou produtos derivados tais como metabólitos ou compostos de cápsula bacteriana, incluindo MiARN) podem modular o sistema imune - reajustando função de clone de célula B e células B regulatórias, que por sua

23 / 46 vez podem inibir a resposta autoimune.

[0088] Os constituintes/fração, por exemplo, podem ser ou um ou mais dos constituintes descritos por de Vos (Microb Biotechnol. Julho de 2013; 6(4): 316–325). O(a) um(a) ou mais constituintes/frações específicas, da maneira obtida a partir de fonte autóloga, que apresenta o efeito terapêutico ou preventivo desejado, também pode ser obtido de fonte alogênica. Um ou mais constituintes/frações como estes, da maneira obtida a partir de fonte alogênica e com o efeito terapêutico e/ou preventivo desejado são, portanto, explicitamente incluídos pela presente descrição.

[0089] A matéria fecal, de acordo com a presente descrição e obtida a partir de fonte autóloga ou alogênica, pode, portanto, ser ou compreender bactérias, isto é, microbiota ou células microbianas intestinais, em que o filo pode ser um (ou uma combinação) escolhido do grupo que consiste em: - Firmicutes, tais como pertencentes ao gênero Eubacterium, Intestinimonas, Faecalibacterium, Christensenella, Anaerostipes, Agathobacter, Roseburia, Coprococcus, Clostridium, Subdoligranulum, Anaerotruncus, Flavinobacter, Ruminococcus, Butyricicoccus, Butyrovibrio, Sporobacter, Papilibacter, Oscillobacter, Oscillospora, Veilonella, Lactobacillus, Streptococcus; - Proteobacterias tais como pertencentes ao gênero Escherichia ou Enterobacter; - Actinobacteria tais como pertencentes ao gênero Bifidobacterium ou Colinsella; - Bacteroidetes tais como pertencentes ao gênero Bacteroides, Prevotella ou Alistipes; e/ou - Verrucomicrobia tais como pertencentes ao gênero Akkermansia.

[0090] A matéria fecal também pode ser ou compreender microbiota ou células microbianas intestinais escolhidas de Eukarya, Archaea e Bacteria,

24 / 46 preferivelmente escolhidas do grupo de 1057 espécies descritas por Rajilić- Stojanović e de Vos (2014 FEMS Microbiol Rev. 38(5):996-1047).

[0091] Um total entre 104 e 1016, 104 e 1015, 104 e 1014, 106 e 1012, preferivelmente entre 108 e 1010, células bacterianas podem ser preferivelmente compreendidas na matéria fecal.

[0092] A presente descrição também inclui que a matéria fecal, de acordo com a presente descrição (autólogo ou alogênica), se refere ou compreende um ou mais vírus, tais como os escolhidos do grupo que consiste em adenovírus, rotavírus, sapovírus, enterovírus e/ou reovírus. Ao mesmo tempo ou como uma alternativa, a matéria fecal se refere ou compreende um ou mais bacteriófagos, tais como bacteriófagos isométricos e/ou bacteriófagos caudados (Caudovirales). Por exemplo, os referidos bacteriófagos podem ser um ou mais dos 23 bacteriófagos compartilhados ou um ou mais dos 44 grupos de bacteriófagos descritos por Manrique et al (2016 Proc Natl Acad Sci Estados Unidos. 2016 13;113(37):10400-5).

[0093] Adicional e/ou alternativamente, a matéria fecal de acordo com a presente descrição (autóloga ou alogênica) também pode ser ou compreender um ou mais fungos e/ou leveduras, preferivelmente escolhidos do grupo que consiste em leveduras Candida e leveduras da família Dipodascaceae (Galactomyces, Geotrichum, Saprochaete), Malassezia e os fungos filamentosos Cladosporium, Penicillium e espécies Debaryomyces, Saccharomyces cerevisiae, e/ou espécies de Aspergillus.

[0094] Também é previsto que a matéria fecal, de acordo com a presente descrição (autóloga ou alogênica), é ou compreende metabólitos, isto é, compostos e/ou substâncias formadas no metabolismo (humano e/ou da microbiota), por exemplo, um ou mais dos 2302 (potenciais) metabólitos, dos 1388 metabólitos identificados positivamente e/ou dos 308 metabólitos confirmados da maneira descrita por Bi-Feng Yuan et al (2018 Anal. Chem., artigo ASAP DOI: 10,1021/acs.analchem.7b05355), incluindo metabólitos

25 / 46 com frações funcionais carboxila, carbonila, amina, e/ou tiol.

[0095] Preferivelmente, o(s) metabólito(s) são um ou mais escolhidos de ácidos graxos de cadeia curta (SCFA), ácidos graxos livres (FFA), aminoácidos de cadeia ramificada (BCAA), ácidos graxos poli-insaturados (PUFA), ácidos biliares, ácidos feniláticos (PLA), ácidos lipoteicóicos (LTA) e/ou escolhidos do grupo que consiste em ácido p-hidroxifenilacético, ácido taurocólico, ácido butírico, ácido acético, ácido pipecólico, etanol, ácido gama-aminobutírico, ácido glicólico, ácido homovanílico, ácido fumárico, ácido glicocólico, d-galactose, ácido glutâmico, l-tirosina, l-fenilalanina, l- alanina, l-prolina, l-treonina, l-triptofano, d-manose, l-isoleucina, l-histidina, l-lisina, ácido l-lático, ácido oleico, ácido fenilacético, ácido palmítico, fenol, ácido propiônico, ácido pirúvico, ácido succínico, d-ribose, uridina, ácido 3- hidroxibutírico, ácido 3-(3-hidroxifenil)propanoico, ácido 3,4-di-hidroxi- hidrocinâmico, ácido 3-hidroxifenilacético, ácido adípico, butanona, ácido vanílico, e/ou ácido 4-hidroxibenzóico, e/ou ácidos biliares escolhidos do grupo que consiste em ácido cólico, ácido glicólico, ácido taurocólico, ácido desoxicólico, ácido quenodesoxicólico, ácido glicoquenodesoxicólico, ácido tauroquenodesoxicólico, ácido litocólico.

[0096] Entretanto, é particularmente preferido que a matéria fecal, de acordo com a presente descrição (autóloga ou alogênica) seja ou compreenda proteínas, isto é, uma fração de proteína de fezes autólogas. Em relação a isso, o termo “proteína” se refere às moléculas que consistem em ou que compreendem uma cadeia de aminoácidos, sem referência a um modo de ação específico, tamanho, estrutura 3 dimensional ou origem. Preferivelmente, isto se refere às proteínas com um peso molecular de entre 1.000 e 500.000 daltons, ou entre 1.000 e 100.000 daltons ou 100.000 e 500.000 daltons, ou entre 100.000 e 300.000 daltons. As proteínas podem ser produtos de degradação do intestino, proteínas bacterianas e/ou proteínas alimentares. As proteínas podem ser extraídas de amostras fecais, por exemplo, por bead

26 / 46 beating (vide, por exemplo, Kolmeder et al. 2012 PLoS One. 7: e29913). Estas proteínas podem variar em tamanho, sendo anticorpos, peptídeos e/ou enzimas e, assim, podem apresentar atividade enzimática tal como fosfatase alcalina.

[0097] As proteínas podem ser uma ou mais proteínas descritas em Kolmeder et al (2012 PLoS One. 7: e29913). Em uma modalidade específica, as proteínas são anticorpos, por exemplo, imunoglobulina A (IgA), imunoglobulina E (IgE); imunoglobulina M (IgM) e/ou imunoglobulina G (IgG).

[0098] Também é previsto que a matéria fecal, de acordo com a presente descrição (autóloga ou alogênica), é ou compreende antígeno(s), isto é, uma substância ou molécula capaz de induzir uma resposta imune e/ou indução à tolerância imune no sujeito, que por sua vez pode levar à inibição de uma reação autoimune.

[0099] Da maneira mencionada aqui anteriormente, a matéria fecal de acordo com a presente descrição (autóloga ou alogênica) pode ser ou compreender componentes (estruturais), por exemplo, componentes que se comunicam e/ou interagem com o sistema imune do receptor, isto é, moléculas de comunicação do sistema imune, as quais podem ser derivadas, por exemplo, da microbiota.

[00100] Em uma modalidade preferida, tais componentes são um ou mais ligantes do receptor do tipo Toll. Especula-se que a ativação do receptor do tipo Toll (TLR) pode participar de doença autoimune. Na presente descrição, um ou mais ligantes do receptor do tipo Toll como este podem ser escolhidos do grupo que consiste em ligantes para TLR1, TLR2, TLR3, TLR4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8, TLR9, TLR10, TLR11, TLR12, TLR13, TLR14, e/ou de lipoproteína bacteriana e/ou peptidoglicanos, peptidoglicanos bacterianos, RNA de fita dupla, lipopolissacarídeos, flagelos bacterianos, lipoproteína bacteriana, RNA de fita simples (bacteriana e/ou viral), RNA de

27 / 46 fita simples (bacteriano e/ou viral), RNA bacteriano fagocitado, DNA CpG, profilina de Toxoplasma gondii, também possivelmente bactérias uropatogênicas, profilina de Toxoplasma gondii, e/ou RNA ribossômico bacteriano ou lectina de ligação de manose (MBL).

[00101] A prevenção e/ou tratamento, de acordo com a presente descrição, pode envolver administrar a matéria fecal, que foi obtida ou derivada do sujeito, no intestino delgado, preferivelmente no duodeno, do dito sujeito. Em relação a isso, a matéria fecal pode ser administrada enteral, preferivelmente por administração oral, nasal ou retal, e/ou por administração duodenal tal como por meio de um tubo (naso)duodenal. Embora prevista, mas preferivelmente excluída, é a administração intravenosa.

[00102] A matéria fecal pode ser aplicada em uma quantidade eficiente, isto é, uma quantidade suficiente para atingir um efeito terapêutico e/ou profilático desejado, por exemplo, uma quantidade que resulta no tratamento e/ou prevenção da respectiva condição, por exemplo, pelo menos 0,1, 0,5, 1, 10, 50, 100, 500 mg ou pelo menos 1, 5, 10, 25, 50, 100, 250, 500 g. No contexto de aplicações terapêuticas ou profiláticas, a quantidade a ser administrada ao sujeito pode depender do tipo e gravidade da doença, ou da condição e das características do sujeito, tal como saúde geral, idade, sexo, peso corporal e tolerância aos fármacos. Pode depender também do grau, gravidade e tipo de doença ou condição. Os versados na técnica serão capazes de determinar dosagens apropriadas, dependendo destes e outros fatores.

[00103] Em uma modalidade preferida, a prevenção e/ou tratamento de acordo com a presente descrição envolve pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50 administrações separadas de matéria fecal obtida a partir do sujeito no intestino delgado, preferivelmente no duodeno do dito sujeito, preferivelmente com intervalos de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 20, 30, 40, 50 semanas entre as ditas administrações separadas. A prevenção e/ou tratamento também pode envolver administrações diariamente, semanalmente,

28 / 46 mensalmente, tal como uma vez ou duas vezes a cada 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 dias/semanas/meses, e/ou podem ser durante um período de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50 semanas (ou meses, ou mesmo anos).

[00104] A matéria fecal pode ser compreendida em meio líquido, e/ou preferivelmente não compreende sólidos com um diâmetro de mais de 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 50, 75, 100, 200, 400, 600, 800, ou 1000 µm, preferivelmente obtidos misturando fezes autólogas com meio aquoso (por exemplo, solução aquosa com 0,5-1,5 % em peso de NaCl, por exemplo, 0,9 % em peso de NaCl) e subsequente filtração (por meio de um filtro com poros de no máximo 500, 400, 300, 200, 100, 50, 40, 30, 20, 10 µm) e/ou centrifugação (por exemplo, com pelo menos 5.000, 10.000 g por pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 10 minutos). Tal composição pode ser referida como um extrato. O termo “sólidos” significa partículas discretas com no máximo 30, 20, 10, 5, 1 % em peso de água.

[00105] Também é previsto que a matéria fecal é (substancialmente) purificada ou enriquecida com relação às fezes coletadas, por exemplo, a concentração de um ou mais (grupos de) constituintes das fezes é aumentada com relação às ditas fezes, e/ou a concentração de um ou mais (grupos de) constituintes na matéria fecal é pelo menos 40, 50, 60, 70, 80, 90, 95, 99 % em peso com relação ao total de constituintes e/ou com relação à matéria fecal total. Tal matéria fecal processada pode ser obtida, por exemplo, por: - centrifugação e/ou filtração da maneira discutida anteriormente, por exemplo, para separar sólidos da fração líquida; - filtração de matéria fecal (por exemplo, em meio líquido) em componentes de tamanhos diferentes; - desintegração da matéria fecal, por exemplo, bead beating, que rompe células microbianas, mas mantém proteínas amplamente intactas; - liofilização da matéria fecal, da maneira aqui descrita em outra parte; e/ou

29 / 46 - sonicação, por exemplo, em componentes livres desejados a partir de estruturas/substâncias ao redor.

[00106] É previsto adicionalmente que a matéria fecal de acordo com a presente descrição é compreendida em uma composição, preferivelmente uma composição farmacêutica, mais preferivelmente uma forma de dosagem líquida ou sólida, mais preferivelmente uma cápsula, um comprimido, ou um pó.

[00107] Para administração oral, a matéria fecal, por exemplo, um ou mais constituintes de fezes autólogas, pode ser administrada em formas de dosagem sólida, tais como cápsulas, comprimidos e pós, ou em formas de dosagem líquida, tal como elixires, xaropes e suspensões. Igualmente, um carreador pode ser aplicado, tal como carbono ativado.

[00108] A matéria fecal pode ser usada como medicamento e/ou acompanhada por um carreador fisiologicamente aceitável, que pode ser qualquer carreador inerte. Por exemplo, exemplos não limitantes de carreadores fisiologicamente ou farmaceuticamente aceitáveis adequados incluem quaisquer carreadores, tampões, diluentes e excipientes fisiológicos ou farmacêuticos bem conhecidos. Será entendido que a escolha por um carreador fisiológico adequado dependerá do modo de administração pretendido da composição da maneira, aqui preceituada (por exemplo, oral), e da forma pretendida da composição (por exemplo, bebida, iogurte, pó, cápsulas e similares). Os versados na técnica sabem como selecionar um carreador fisiologicamente aceitável, que é adequado ou compatível com as composições para uso da maneira aqui preceituada.

[00109] É particularmente preferível que a matéria fecal seja compreendida em e/ou encapsulada por um revestimento (entérico), preferivelmente em que o dito revestimento não dissolve e/ou desintegra no ambiente gástrico do sujeito. Tal revestimento pode auxiliar a matéria fecal a atingir o sítio pretendido para liberar, por exemplo, o duodeno, sem passar por

30 / 46 desintegração, em virtude do ambiente acídico do estômago. Revestimentos preferidos (entéricos) funcionam apresentando uma superfície que é estável no pH altamente acídico encontrado no estômago, mas desintegra mais rapidamente em um pH mais baixo. Por exemplo, não dissolverá nos ácidos gástricos do estômago (pH ~3), mas dissolverá no ambiente alcalino (pH 7-9) presente no intestino delgado, ou duodeno.

[00110] Em uma modalidade, a matéria fecal de acordo com a presente descrição pode compreender adicionalmente um agente de ligação de mucosa. O termo ‘agente de ligação de mucosa’ ou ‘polipeptídeo de ligação de mucosa’, da maneira aqui usada, se refere a um agente ou um polipeptídeo que é capaz de se aderir às próprias mucosas intestinais da barreira da mucosa intestinal de um mamífero (por exemplo, humano). Uma variedade de polipeptídeos de ligação de mucosa têm sido descritos na técnica. Exemplos não limitantes de polipeptídeo de ligação de mucosa incluem membrana de toxina bacteriana que liga às subunidades, incluindo tal como a subunidade B da toxina do cólera, a subunidade B da enterotoxina termo-lábil de E. coli, subunidades da toxina de Bordetella pertussis S2, S3, S4 e/ou S5, o fragmento B da toxina da difteria, e as subunidades de ligação de membrana de toxina Shiga ou toxinas do tipo Shiga. Outros polipeptídeos de ligação de mucosa adequados incluem proteínas de fímbrias bacterianas, tal como incluindo fímbrias de E. coli K88, K99, 987P, F41, FAIL, CFAIII ICES1, CS2 e/ou CS3, CFAIIV ICS4, CS5 e/ou CS6), fímbrias P ou simialres. Outros exemplos não limitantes de fímbrias incluem hemaglutinina filamentosa de Bordetella pertussis, pilus corregulado por toxina de Vibrio cholerae (TCP), hemaglutinina sensível à manose (MSHA), hemaglutinina sensível à fucose (PSHA) e similares. Ainda outros agentes de ligação de mucosa incluem proteínas de anexação viral, incluindo hemaglutininas dos vírus influenza e sendai, e lectinas animais ou moléculas do tipo lectina, incluindo moléculas de imunoglobulina ou fragmentos das mesmas, lectinas dependentes de cálcio (C-tipo), selectinas, colectinas ou hemaglutinina

31 / 46 de Helix pomatis, lectinas de plantas com subunidades de ligação de mucosa incluem concanavalina A, aglutinina de gérmen de trigo, fito-hemaglutinina, abrina, ricina e similares.

[00111] Em uma modalidade, a composição para uso da maneira aqui preceituada pode estar na forma líquida, por exemplo, uma suspensão estabilizada de matéria fecal, por exemplo, compreendendo um ou mais constituintes de fezes autólogas, na forma sólida, por exemplo, um pó de constituintes liofilizados da maneira aqui preceituada. Por exemplo, um crioprotetor tal como lactose, trealose ou glicogênio podem ser empregados.

[00112] Opcionalmente, a matéria fecal pode ser encapsulada em cápsulas tais como cápsulas de gelatina, possivelmente junto com ingredientes inativos e carreadores em pó tais como, por exemplo, glicose, lactose, sacarose, manitol, amido, celulose ou derivados de celulose, estearato de magnésio, ácido esteárico, sacarina sódica, talco, carbonato de magnésio e similares.

[00113] Em uma modalidade, a matéria fecal de acordo com a presente descrição pode compreender um ou mais ingredientes, que são adequados para promover sobrevivência e/ou viabilidade, e/ou manter a integridade da matéria fecal ou constituintes da mesma, por exemplo, durante armazenamento e/ou durante exposição à bile, e/ou durante passagem através do trato gastrointestinal de um mamífero (por exemplo, um humano). Exemplos não limitantes de tais ingredientes incluem um revestimento entérico da maneira aqui descrita anteriormente, e/ou agentes de liberação controlada que permitem a passagem através do estômago. Os versados na técnica sabem como selecionar ingredientes adequados para garantir que a matéria fecal atinge seu destino pretendido, onde exerce sua ação.

[00114] Em uma modalidade, as composições para uso da maneira aqui preceituada podem compreender adicionalmente ingredientes selecionados do grupo que consiste em prebióticos, probióticos, carboidratos, polipeptídeos, lipídeos, vitaminas, minerais, agentes medicinais, agentes conservantes,

32 / 46 antibióticos, ou qualquer combinação dos mesmos.

[00115] Em uma modalidade particularmente preferida, a matéria fecal de acordo com a presente descrição é combinada com bactérias do gênero Eubacterium, Intestinimonas, Bifidobacteria, Lactobacillales e/ou Akkermansia, preferivelmente escolhidas do grupo que consiste em Bifidobacterium animalis sub lactis ou Bifidobacterium breve, Lactobacillus plantarum. Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus acidophilus, Eubacterium hallii, Intestinimonas butyriciproducens, e/ou Akkermansia muciniphila. Um total entre 104 e 1014, 106 e 1012, preferivelmente entre 108 e 1010, de tais células bacterianas pode ser preferivelmente usado. A combinação anteriormente mencionada pode prover efeitos sinergísticos. A matéria fecal e as bactérias podem estar compreendidas em diferentes composições, ou juntas em uma única composição (tal como em uma cápsula ou outra forma de dosagem, da maneira aqui descrita).

[00116] A matéria fecal, de acordo com a presente descrição, pode ser adicionalmente ou alternativamente combinada com suplementação hormonal (tireoide, hidrocortisona, insulina etc), fator de necrose tumoral alfa (TNFα) inibidor, e/ou DMARDs (artrite reumatoide) preferivelmente escolhidos do grupo que consiste em infliximabe, adalimumabe, certolizumabe pegol e golimumabe. Os presentes inventores consideram que o tratamento com um inibidor de TNFα pode aumentar a resposta ao tratamento com matéria fecal de acordo com a presente descrição e/ou, vice versa, que o tratamento com matéria fecal de acordo com a presente descrição pode aumentar a resposta ao tratamento com um inibidor de TNFα. Preferivelmente, o inibidor de TNFα é administrado em uma mesma ou diferente composição como a matéria fecal (tal como em uma cápsula ou outra forma de dosagem da maneira aqui descrita). O inibidor de TNFα pode ser administrado pelo menos (ou no máximo) de 1 a 4 vezes por semana ou diariamente, e/ou intravenosamente/oralmente em uma dose de, por exemplo, 1 a 10, 2 a 8, 3 a

33 / 46 7, 4 a 6, ou 5 mg/kg.

[00117] É previsto adicionalmente que a matéria fecal para uso de acordo com a presente descrição está presente na forma liofilizada e/ou microencapsulada, por exemplo, uma cápsula compreendendo a dita matéria. Preferivelmente, a dita matéria fecal está presente na forma sólida, liofilizada ou seca (isto é, contendo menos de 20, 10, 5, 2, 1 % em peso de água), por exemplo, na forma de pó ou granular. Por exemplo, pode estar presente na forma microencapsulada. Os versados na técnica são capazes de liofilizar ou microencapsular a matéria fecal com base em técnicas bem conhecidas, em que as condições livres de oxigênio podem ser aplicadas para conservar a viabilidade de quaisquer bactérias contidas na matéria fecal.

[00118] A técnica de microencapsulação é bem conhecida na técnica para conservar bactérias (por exemplo, da maneira revisada por Serna-Cock e Vallejo-Castillo, 2013. Afr J de Microbiol Res, 7(40): 4743-4753). Por exemplo, quaisquer das técnicas de conservação e sistemas de conservação preceituados por Serna-Cock e Vallejo-Castillo podem ser empregados na presente descrição.

[00119] Os métodos de liofilização incluem, sem limitação, congelamento gradual, lento a -40ºC antes da secagem, congelamento rápido armazenando a -80ºC antes da secagem, ou congelamento ultra rápido gotejando células com crioprotetor em nitrogênio líquido antes da secagem. Os crioprotetores são frequentemente empregados para proteger composições durante a liofilização e para melhorar a validade. Sem limitação, um crioprotetor selecionado do grupo que consiste em sacarose, maltose, maltodextrina, trealose, manitol, sorbitol, inulina, glicerol, DMSO, etileno glicol, propileno glicol, 2-metil-2,4-pentanediol, polietileno glicol, polivinilpirrolidona, polivinil álcool, poliglicerol, leite em pó desnatado, proteína do leite, proteína do soro, leite UHT, betaína, adonitol, sacarose, glicose, lactose ou qualquer combinação dos mesmos, pode ser empregado.

34 / 46

[00120] Os prebióticos, tais como amido e farelo de trigo, podem ser mais adicionados à matéria fecal da presente descrição, por exemplo, antes da liofilização para melhorar a eficiência da mesma. A adição de antioxidantes, tal como riboflavina, riboflavina fosfato ou um sal fisiologicamente aceitável do mesmo, glutationa, ascorbato, glutationo e cisteína para a mistura de liofilização pode melhorar adicionalmente a viabilidade de quaisquer bactérias contidas na matéria fecal, de acordo com a presente descrição.

[00121] A matéria fecal pode ser armazenada por longo período (por exemplo, pelo menos 10, 20, 40, 52 semanas, ou pelo menos 1 a 3 anos) após a adição de um crioprotetor, da maneira aqui descrita, por exemplo, glicerol e/ou congelamento a -80°C. Além disso, ou alternativamente, a secagem por congelamento estabiliza a matéria fecal durante este período. Finalmente, pode-se também inocular a matéria fecal da maneira descrita por de Vos (2013 Microb Biotechnol. 2013 Jul;6(4):316-25).

[00122] Em uma modalidade, a matéria fecal para uso da maneira aqui preceituada pode ser, ou pode estar compreendida em, um alimento ou composição de suplemento alimentar. Tal alimento ou composição de suplemento alimentar pode incluir um produto lácteo, mais preferivelmente um produto lácteo fermentado, preferivelmente um iogurte ou uma bebida de iogurte.

[00123] Em uma modalidade, as composições para uso da maneira aqui preceituada podem compreender adicionalmente um ou mais ingredientes, os quais podem melhorar o valor nutricional e/ou o valor terapêutico da matéria fecal da maneira aqui preceituada. Por exemplo, pode ser vantajoso adicionar um ou mais ingredientes (por exemplo, ingredientes nutricionais, agentes veterinários ou medicinais, etc.) selecionados de proteínas, aminoácidos, enzimas, sais minerais, vitaminas (por exemplo, tiamina HCl, riboflavina, piridoxina HCl, niacina, inositol, cloreto de colina, pantotenato de cálcio, biotina, ácido fólico, ácido ascórbico, vitamina B12, ácido p-aminobenzoico,

35 / 46 vitamina A acetato, vitamina K, vitamina D, vitamina E e similares), açúcares e carboidratos complexos (por exemplo, monossacarídeos, dissacarídeos e polissacarídeos solúveis em água e insolúveis em água), compostos medicinais (por exemplo, antibióticos), antioxidantes, ingredientes de elemento traço (por exemplo, compostos de cobalto, cobre, manganês, ferro, zinco, estanho, níquel, crômio, molibdênio, iodo, cloro, silício, vanádio, selênio, cálcio, magnésio, sódio e potássio, e similares). Os versados na técnica são familiares com os métodos e ingredientes que são adequados para melhorar o valor nutricional e/ou terapêutico/medicinal.

[00124] No contexto da presente descrição, o sujeito que recebe o tratamento é preferivelmente um animal, mais preferivelmente um mamífero, acima de tudo preferivelmente um humano. Como será evidente, o presente tratamento não é realizado preferivelmente como tratamento controle ou placebo e/ou em um teste clínico, isto é, um estudo no qual os participantes são atribuídos aos grupos que tanto recebem um ou mais intervenção/tratamento, um ou mais intervenção/tratamento com controle ou placebo, quanto nenhuma intervenção, de maneira que os pesquisadores podem avaliar os efeitos das intervenções em resultados biomédicos ou relacionados à saúde.

[00125] Adicionalmente, no contexto da presente descrição, não é descartado que a matéria fecal pode ser matéria fecal de um sujeito com a mesma doença que o sujeito a ser tratado, em vez da matéria fecal que é autóloga ao sujeito. Em relação a isso, a matéria fecal pode ser obtida de qualquer sujeito com a mesma doença que o sujeito a ser tratado e administrado, opcionalmente após processamento, ao sujeito a ser tratado (que pode ser o mesmo sujeito). Nesta modalidade, todas as outras características técnicas (preferidas/opcionais), da maneira aqui descrita, podem ser aplicadas.

[00126] Neste documento e nas reivindicações, o verbo “compreender”

36 / 46 e suas conjugações é usado em seu sentido não limitante para significar que itens após a palavra são incluídos, mas itens não especificamente mencionados não são excluídos. Além disso, a referência a um elemento pelo artigo indefinido “um” ou “uma” não exclui a possibilidade de que mais de um do elemento está presente, a menos que o contexto exija claramente que exista um ou apenas um dos elementos. O artigo indefinido “um” ou “uma”, em geral, significa assim, “pelo menos u”. Breve descrição da figura

[00127] Figura 1: Reserva de célula beta residual em pacientes com Diabetes tipo 1 (eixo y: resposta de C-peptídeo estimulado por teste de refeição mista AUC; eixo x: tempo em meses). A linha reta inferior representa a queda normal na reserva de célula beta residual em relação ao tempo, em pacientes com diabetes mellitus tipo 1 (DM1). A linha pontilhada com os pontos preenchidos representa reserva de célula beta residual em relação ao tempo, em pacientes com DM1 que receberam matéria fecal de doadores saudáveis. A linha contínua com pontos abertos representa reserva de célula beta residual em relação ao tempo, em pacientes com DM1 que receberam material fecal autólogo (próprio).

[00128] Figura 2: O gráfico superior da figura 2 mostra a necessidade exógena de insulina em pacientes com Diabetes tipo 1, que receberam matéria fecal autóloga em comparação ao paciente com Diabetes tipo 1, que recebeu matéria fecal de um doador; o gráfico inferior da figura 2 mostra o nível de hemoglobina glicada HbA1c em relação ao tempo, em pacientes com Diabetes tipo 1 que receberam matéria fecal autóloga, em comparação aos pacientes com Diabetes tipo 1 que receberam matéria fecal de um doador. A linha contínua com pontos abertos representa (respectivamente) o efeito na necessidade de insulina exógena, e em hemoglobina glicada HbA1c em relação ao tempo, em pacientes com DM1 que receberam matéria fecal autóloga (própria).

37 / 46 Exemplo 1 Administração de matéria fecal autóloga em diferentes condições autoimunes, e em comparação com administração de matéria fecal alogênica

[00129] Pacientes com condições da maneira indicada a seguir são tratados com infusão tanto de matéria fecal alogênica quanto autóloga por administração no tubo duodenal após lavagem do intestino (como no exemplo 3), de acordo com os 3 seguintes grupos de tratamento:

1. infusões fecais de doador saudável alogênicas múltiplas em 0, 8 e 16 semanas.

[00130] 2. infusões de fezes múltiplas autólogas (próprias) em 0, 8 e 16 semanas.

[00131] 3. infusões de fezes múltiplas autólogas (próprias) combinadas com anti-TNFα intravenoso (infliximabe, 5 mg/kg) em 0, 8 e 16 semanas. Número de Condição Tratamento de efeito Tratamento de efeito 2 Tratamento de efeito pacientes 1 (paciente 1) (paciente 2) 3 (paciente 3) 2 Diabetes tipo 1 Sem efeito reserva de célula beta - residual é estabilizada/melhorada com o tempo (ver também os exemplos 2 e 3), mudanças benéficas na função de célula T e B 2 doença de Sem efeito Progressão retardada da - Hashimoto doença, menos necessidade de suplementação com hormônio, mudanças benéficas na função de célula T e B, menos fatigabilidade percebida 2 doença de Graves Sem efeito Progressão retardada da - doença, aumento reduzido de glândula tireoide, menos risco de remissão e necessidade de tratamento com iodo radioativo, mudanças benéficas na função de célula T e B 2 doença de Sem efeito Progressão retardada da - Addison doença, menos necessidade de suplementação com hormônio, mudanças benéficas na função de célula T e B, hiperpigmentação reduzida

38 / 46 3 Psoríase Sem efeito Progressão retardada da Nenhuma doença, áreas vermelhas progressão aparente inflamadas um pouco da doença, áreas reduzidas, mudanças vermelhas benéficas na função de inflamadas célula T e B 2 Vitiligo Sem efeito Progressão retardada da - doença, algumas manchas brancas na pele desaparecem, mudanças benéficas na função de célula T e B 3 Artrite Sem efeito Progressão reduzida de Nenhuma reumatoide sintomas da doença, e progressão aparente menos dor ao redor das da doença, algumas articulações, menos articulações necessidade de medicação espessadas voltam exógena incluindo ao normal DMARDS, mudanças benéficas na função de célula T e B 3 doença de Sem efeito Progressão retardada da Nenhuma Bechterew doença, menos percepção progressão aparente de dor na regiao lombar, da doença, menos menos necessidade de dor no pescoço e na medicação exógena região lombar incluindo DMARDS, mudanças benéficas na função de célula T e B 2 doença Celíaca Ingestão de pequena Ingestão de pequena - quantidade de glúten quantidade de glúten leva a leva ao desconforto pouco desconforto do de estômago, dor de estômago, mas sem dor, estômago, menos diarreia, menos gás, inflamação, diarreia, menos osteoporose, gás mudanças benéficas na função de célula T e B 2 Asma Sem efeito Progressão retardada da - doença, menos episódios de tosse, dificuldade em respirar (melhor reversibilidade de FEV1 mediante broncodilatadores), menos necessidade de medicação exógena, incluindo sinergia com broncodilatadores, mudanças benéficas na função de célula T e B

[00132] Resultados similares podem ser obtidos se as infusões de fezes autólogas forem substituídas por infusões de fezes alogênicas obtidas a partir do(s) sujeito(s) com a mesma doença que o sujeito a ser tratado. Adicionalmente, espera-se que resultados similares aos efeitos putativos, da maneira mostrada na tabela anterior, possam ser obtidos com maiores coortes de paciente.

39 / 46 EXEMPLO 2 Efeito de infusão de matéria fecal na função residual de célula beta em pacientes com Diabetes mellitus tipo 1

1. Sumário

[00133] Objetivo: Para averiguar se transplante de matéria fecal tanto de doador alogênico (saudável) quanto autólogo (próprio), administrado por meio de um pequeno tubo intestinal, apresenta efeitos benéficos no estado imune, a função de célula beta (c-peptídeo libera mediante um teste de refeição mista (MMT) em Diabetes mellitus tipo 1 recentemente diagnosticada.

[00134] Desenho do estudo: Teste de centro único controlado randomizado duplo cego.

[00135] População do estudo: Pacientes recentemente diagnosticados (em 4-6 semanas de diagnóstico) com diabetes tipo 1 (idade 18-30 anos, BMI 18-25 kg/m2, homens/mulheres, sem uso de medicação concomitante, exceto insulina, C-peptídeo plasmático > 0,2 mmol/L e/ou >1,2 ng/mL após MMT), glicose de jejum 10-13 mmol/L, e concentrações de titulação anti-GAD e/ou anti-IA-2 positivas. Além disso, doadores saudáveis (n=17 homens/mulheres, BMI 18-25 kg/m2, sem uso de medicação, sem histórico familiar de doenças autoimunes, incluindo Diabetes mellitus tipo 1 e combinados em relação ao estado imune EBV/CMV) foram recrutados.

[00136] Tratamento: Após lavagem intestinal com macrogol, pacientes foram tratados por três infusões intestinais, por meio de um tubo duodenal, de uma solução derivada de fezes alogênicas (doador saudável) ou autólogas (próprias).

[00137] Avaliações do resultado: O desfecho primário é conservação a longo prazo na capacidade de secreção de insulina de célula beta estimulou resposta AUC0-120min de C-peptídeo mediante teste de tolerância à refeição mista (em 0, 2, 6, 9 e 12 meses).

40 / 46

[00138] Tamanho da amostra: 10 sujeitos por grupo para esta fase de teste 1-2. Pacientes foram atribuídos randomicamente em grupos de transplante fecal alogênico ou autólogo em uma razão 1:1, assim novamente 20 diabetes tipo 1 em total. Uma análise provisória planejada foi realizada quando aproximadamente 50 % de todos os sujeitos foram registrados.

2. Objetivo

[00139] Para averiguar o efeito de infusão de fezes de doador saudável repetitivas (alogênicas) em comparação com fezes próprias (fezes autólogas) na conservação da capacidade de secreção de insulina de célula beta residual: resposta máxima ao C-peptídeo (função residual de célula beta) da maneira avaliada por MMT AUC0-120min em 0, 2, 6, 9 e 12 meses.

3. Desenho do estudo

[00140] Este foi um ensaio clínico duplo cego randomizado controlado único. Pacientes foram randomizados nos 2 tratamentos a seguir, de uma maneira 1:1:

1. infusões fecais alogênicas múltiplas de doador saudável em 0,8 e 16 semanas;

2. infusões de fezes múltiplas autólogas (próprias) em 0, 8 e 16 semanas.

4. População do estudo

4.1 População (base) Critérios de inclusão de receptores de DM1

[00141] Pacientes recentemente diagnosticados (< 4-6 semanas de diagnóstico) com diabetes tipo 1 (idade 18-30 anos, BMI 18-25 kg/m2, ainda com função residual de célula beta (da maneira indicada por C-peptídeo plasmático > 0,2 mmol/L e/ou >1,2 ng/mL após MMT), homens/mulheres, foram recrutados. Critérios de exclusão de receptores de DM1

[00142] Sujeitos com diagnóstico ou sintomas de outra doença

41 / 46 autoimune (por exemplo, hipo ou hipertireoidismo, doença celíaca, artrite reumatoide ou doença intestinal inflamatória do tipo Crohn/colite ulcerosa) não participaram. Igualmente, uso de antibióticos nos últimos 3 meses e uso de antiácidos ou PPI foi um critério de exclusão. Doadores

[00143] Voluntários masculinos/femininos saudáveis, idade 18-30 anos, BMI 18-25 kg/m2, sem uso de medicação, sem histórico familiar de doenças autoimunes, incluindo Diabetes mellitus tipo 1, e combinados em relação ao estado imune EBV/CMV foram recrutados como doadores. De note, pacientes Dm1 receberam 3 transplantes fecais do mesmo doador.

4.1 Critérios de inclusão

[00144] Sem uso de medicação concomitante, exceto insulina, pico do nível de C-peptídeo estimulado >0,4 pmol/mL (e/ou >1,2 ng/mL após um MMT), titulações positivas antiGAD/anti-IA-2 e uma glicose de jejum entre 10-13 mmol/L.

4.2 Critérios de exclusão

[00145] Uso de medicação concomitante, incluindo inibidor da bomba de próton (PPI) e antibióticos após três meses, tabagismo, (esperado) imunidade comprometida prolongada (em virtude de quimioterapia citotóxica recente ou infecção por HIV com uma contagem de CD4 < 240).

5. Tratamento de sujeitos

5.1 Protocolo de transplante fecal

[00146] Os pacientes foram tratados com infusão de fezes alogênicas ou autólogas por tubo duodenal após lavagem intestinal. Pacientes com DM1 foram escolhidos aleatoriamente por envelopes selados para os 2 grupos de tratamento a seguir:

1. infusões fecais múltiplas alogênicas de doador saudável em 0, 8 e 16 semanas;

2. infusões de fezes múltiplas autólogas (próprias) em 0, 8 e 16

42 / 46 semanas.

5.1.1 Terapia fecal (semanas 0,8 e 16 semanas) consiste em:

[00147] 1. amostra de fezes matinal (100-200 gramas) é coletada por receptor & doador e transportada para AMC para processamento.

[00148] 2. Entretanto, gastro-duodenoscopia foi realizada para posicionamento do tubo duodenal na linha de base e 6 meses (sem tubo). Para a terapia fecal, o tubo duodenal foi posicionado com dispositivo magnético CoreTrack. Cada tubo duodenal posicionado com CoreTrack foi verificado quanto a posição anatômica correta (para prevenir a infusão no estômago) por raios-X abdominais na linha de base, 8 e 16 semanas, n=3 em total em 0,7 mSv por quantidades de raios-X para 2,1mSv em 6 meses (que é igual à exposição à radiação de fundo média anual).

[00149] 3. Portanto, a lavagem intestinal com 2-3 litros de preparação de limpeza, por meio do tubo duodenal (de acordo com protocolos padrões) foi realizada para garantir lavagem intestinal completa (duração 3-4 horas).

[00150] 4. Finalmente, fezes misturadas em ~ 500 cc de salina (filtradas, < 6 horas após processamento), fezes de doadores alogênicos ou fezes autólogas foram infundidas no duodeno por meio de tubo duodenal posicionado.

6. Métodos

6.1 Parâmetros de estudo

6.1.1 Efeito na função residual de célula beta mediante infusão fecal alogênica múltipla

[00151] Desfecho primário é mudança na função residual de célula beta (resposta de C-peptídeo estimulado mediante tolerância à refeição mista AUC0-120min) em 0, 2, 6, 9 e 12 meses. Um teste de refeição mista de 2 horas (- 10, 0, 15, 30, 45, 60, 90, 120 min) em 6 mL por kg de peso corporal (máximo 360 mL por MMT de BoostTM Nutritional Drink, Nestle, Vevey, Suíça: 33 % de carboidratos, 57 % de gordura e 15 % de proteína) foi realizado da maneira

43 / 46 previamente publicada (por exemplo, Herold et al N ENG J Med 2002; 346(22):1692-8; Moran et al, Lancet. 01 de junho de 2013; 381(9881):1905- 15). C-peptídeo foi ensaiado a partir do plasma em todos estes pontos de tempo com o radioimunoensaio de C-peptídeo humano (Merck) com CV de 6,4 %. Uma AUC0-120 min (que é a área sob a concentração (pmol/L) vs. curva do tempo (AUC) entre 0 e 120 minutos durante teste de tolerância à refeição mista (MMTT)) foi determinada. Os valores de AUC foram derivados de acordo com a regra trapezoidal. A média de AUC 0-120 min denota a AUC0- 120 min dividida pelo tamanho do período de tempo (isto é, 120), e consequentemente fornece o nível médio durante o período de tempo 0-120 minutos.

6.2 Randomização, estudo cego e alocação de tratamento

[00152] Os pacientes foram randomizados por um computador. O estudo cego foi garantido coletando fezes de doador, bem como de receptor no primeiro transplante fecal (que é usado como um placebo). No dia de transplante fecal, tanto o paciente quanto os doadores entregaram fezes produzidas naquela manhã. A randomização e preparação das fezes foi realizada por um dos assistentes de pesquisa sem nenhum papel na parte adicional do estudo. As fezes foram colocadas em uma garrafa de vidro de 500 mL e parecia um fluido acastanhado, não reconhecível como fezes do doador ou paciente, e subsequentemente foram fornecidas ao investigador que realizou a infusão do tubo nasoduodenal. Tanto paciente, doador quanto investigador eram desconhecidos.

6.3 Procedimentos do estudo

[00153] No total, sujeitos com DM1 gastaram 34 horas (4 dias de estudo completo) neste estudo, dividido por 9 visitas em 12 meses. Os doadores saudáveis gastaram 6 horas no total deste durante 1 ano. As fezes do doador foram coletadas de sujeitos saudáveis (n=17, BMI 18-25kg/m2, homens/mulheres, não fumantes). Os critérios de exclusão para doadores

44 / 46 saudáveis foram:

1. diarreia

2. histórico familiar de doenças autoimunes (diabetes tipo 1, hipotireoidismo de Hashimoto, hipertireoidismo Graves, artrite reumatoide, doença intestinal inflamatórias, por exemplo, doença de Crohn, colite ulcerosa ou doença celíaca)

3. HIV, HAV, HBV, HCV, CMV ativo, EBV ativo

4. prática de sexo não seguro (questionário)

5. presença de patógenos bacterianos fecais (Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia) ou parasitas

6. teste de fezes positivo para C. difficile

7. qualquer uso de medicação, incluindo PPI e antibióticos

8. indivíduos fumantes com um risco aumentado para uma das condições anteriores (contatos homossexuais, transfusões de sangue recentes) foram excluídos, e doadores não foram recrutados entre os prestadores de cuidado de saúde. Preparação de clisma fecal:

[00154] Doadores entregaram amostras de fezes frescas (100-200 gramas em média) no dia da infusão (produzidas 6 horas antes do uso). Após coleta em frasco de plástico, as fezes foram cobertas por salina e armazenadas em temperatura ambiente. Tempo de coleta foi descrito anotado. Todos os procedimentos foram realizados no Departamento de Bacteriologia Clínica, AMC Amsterdã. Todas as etapas foram realizadas em exaustor por colaborador do laboratório experiente.

[00155] As fezes frescas foram cobertas com 500 ml de salina estéril (0,9 % de NaCl), transferidas para um misturador e misturadas por 10 minutos. A solução homogeneizada foi a seguir filtrada duas vezes por meio de uma peneira de metal limpo, e detritos derivados de alimento de tamanho muito grande foram removidos. Daqui por diante, a solução homogeneizada

45 / 46 foi decantada por meio de um funil de metal limpo em uma garrafa de vidro estéril 1000cc. Daqui por diante, uma amostra da infusão fecal processada foi obtida para análise posterior, e a garrafa foi mantida em temperatura ambiente normal (17 oC), até que os pacientes finalizassem com lavagem intestinal.

7. Resultados

[00156] Os resultados são mostrados na figura 1, onde a reserva de célula beta residual (resposta de C-peptídeo estimulado por teste de refeição mista AUC) é representada no eixo Y, e tempo em meses no eixo X.

[00157] A linha reta inferior representa a queda normal na reserva de célula beta residual em relação ao tempo em pacientes com Diabetes mellitus tipo 1 (DM1) (sem tratamento). A linha tracejada com os pontos preenchidos representa reserva de célula beta residual em relação ao tempo, em pacientes DM1 que receberam material fecal de doadores saudáveis. A linha contínua com pontos abertos representa reserva de célula beta residual em relação ao tempo, em pacientes DM1 que receberam material fecal autólogo (próprio).

[00158] Surpreendentemente, a reserva de célula beta residual foi estabilizada/melhorada com o tempo em pacientes com DM1 que receberam material fecal autólogo (próprio) em seu duodeno. Figura 1 também mostra que a queda de reserva de célula beta residual é um pouco retardada em pacientes DM1 que receberam material fecal de doadores saudáveis em seu duodeno. EXEMPLO 3 Uso exógeno de insulina (E/kg peso corporal) e HbA1c são reduzidos em pacientes com Diabetes tipo 1 mediante administração de matéria fecal autóloga

[00159] Observou-se em diferentes fenótipos clínicos que HB glicada pode ser significativamente diminuída mediante administração de matéria fecal autóloga. Vide figura 2. A necessidade de insulina exógena reduzida sugere que existe produção de insulina endógena (própria) restante,

46 / 46 mostrando por meio disso potencial para estender o período de lua de mel em Diabetes mellitus tipo 1.

[00160] O gráfico superior da figura 2 reflete a necessidade exógena de insulina – com base em injeções de insulina administradas por/para os pacientes. Este gráfico demonstra a queda inicial da necessidade de insulina, como é comum no período assim denominado lua de mel. Subsequentemente, a necessidade de insulina exógena aumenta.

[00161] A necessidade de insulina exógena é menor no grupo que recebe matéria fecal autóloga comparado ao grupo que recebe matéria fecal de um doador. Isto tem relação com a melhor conservação de função de célula beta no grupo autólogo (mostrado aqui anteriormente).

[00162] O gráfico inferior da figura 2 mostra o nível de hemoglobina glicada HbA1c em relação ao tempo HbA1c reflete o nível de controle glicêmico no período passado (6-8 semanas); quanto mais baixo melhor. Notavelmente, o nível de HbA1c no grupo que recebe matéria fecal autóloga é menor, comparado ao grupo que recebe matéria fecal de um doador. Esta é uma outra confirmação da manutenção de função de célula beta no grupo autólogo.

[00163] É importante enfatizar que o controle glicêmico (refletido por HbA1c) é melhor no grupo que recebe matéria fecal autóloga (comparado ao grupo doador), embora a quantidade de insulina exógena usada pelo grupo autólogo seja menor que as quantidades usadas no grupo doador.

Claims (18)

REIVINDICAÇÕES

1. Matéria fecal para uso na prevenção ou tratamento de doença autoimune, caracterizada pelo fato de que o uso envolve administração a um sujeito de matéria fecal que é autóloga ao sujeito, em que a doença autoimune não é síndrome do intestino inflamatório (IBD), e em que, se o uso for para tratamento de doença autoimune, a matéria fecal é obtida a partir do sujeito enquanto apresenta a doença autoimune.

2. Matéria fecal para uso de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que a doença autoimune é escolhida do grupo que consiste em Diabetes mellitus tipo 1, doença autoimune da tireoide, doença de Addison, Psoríase, Vitiligo, doença autoimune reumatoide, doença Celíaca, asma e doença de Addison.

3. Matéria fecal para uso de acordo com a reivindicação 2, caracterizada pelo fato de que a doença autoimune da tireoide é escolhida do grupo que consiste em doença de Hashimoto, e doença de Graves.

4. Matéria fecal para uso de acordo com a reivindicação 2, caracterizada pelo fato de que o distúrbio reumatoide é escolhido do grupo que consiste em artrite reumatoide e doença de Bechterew.

5. Matéria fecal para uso de acordo com a reivindicação 2, caracterizada pelo fato de que a psoríase é acompanhada de artrite psoriática.

6. Matéria fecal para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a matéria fecal é administrada no intestino delgado, preferivelmente no duodeno, do sujeito.

7. Matéria fecal para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a matéria fecal é fezes ou parte das mesmas, preferivelmente uma parte purificada das mesmas.

8. Matéria fecal para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a matéria fecal é um ou mais constituintes de fezes, em que os ditos constituintes são preferivelmente escolhidos do grupo que consiste em bactérias, arqueas, vírus, bacteriófagos, fungos, metabólitos, proteínas, peptídeos, enzimas, anticorpos, antígenos, ligantes do receptor do tipo Toll, componentes de sinalização imune, componentes de sinalização neural e/ou componentes de sinalização entero-endócrinos.

9. Matéria fecal para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a matéria fecal é compreendida em meio líquido e/ou não compreende sólidos com um diâmetro de mais de 10, 25, 50, 75, 100, 200, 400, 600, 800 ou 1000 µm, preferivelmente obtidos misturando fezes autólogas com meio aquoso e subsequente filtração e/ou centrifugação.

10. Matéria fecal para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a matéria fecal é combinada com um inibidor do fator de necrose tumoral alfa (TNFα), preferivelmente escolhido do grupo que consiste em infliximabe, adalimumabe, certolizumabe pegol e golimumabe.

11. Matéria fecal para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a matéria fecal é combinada com bactérias do gênero Eubacterium, Intestinimonas, Bifidobacteria, Lactobacillales e/ou Akkermansia, preferivelmente escolhidas do grupo que consiste em Bifidobacterium animalis sub lactis ou Bifidobacterium breve, Lactobacillus plantarum. Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus acidophilus, Eubacterium hallii, Intestinimonas butyriciproducens, e/ou Akkermansia muciniphila.

12. Matéria fecal para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a matéria fecal é compreendida em uma composição, preferivelmente uma composição farmacêutica, mais preferivelmente uma forma de dosagem líquida ou sólida, mais preferivelmente uma cápsula, um comprimido, ou um pó.

13. Matéria fecal para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a matéria fecal é compreendida em e/ou encapsulada por um revestimento entérico, preferivelmente em que o dito revestimento entérico não dissolve e/ou desintegra no ambiente gástrico do sujeito.

14. Matéria fecal para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a matéria fecal está presente na forma liofilizada e/ou microencapsulada.

15. Matéria fecal para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que o uso envolve administrar matéria fecal obtida a partir do sujeito no intestino delgado, preferivelmente no duodeno, do dito sujeito.

16. Matéria fecal para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que o uso envolve pelo menos de 1 a 10 administrações separadas de matéria fecal obtida a partir do sujeito no intestino delgado, preferivelmente no duodeno, do dito sujeito, preferivelmente com intervalos de pelo menos 1 a 8 semanas entre as ditas administrações separadas.

17. Matéria fecal para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a matéria fecal é administrada por administração enteral, preferivelmente por administração oral, nasal ou retal, e/ou por administração de tubo nasoduodenal.

18. Matéria fecal para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que o sujeito é um mamífero, preferivelmente um humano.