RU2016136977A - Композиции для инактивации репликации вируса и способы их получения и применения - Google Patents

Композиции для инактивации репликации вируса и способы их получения и применения Download PDF

Info

Publication number
RU2016136977A
RU2016136977A RU2016136977A RU2016136977A RU2016136977A RU 2016136977 A RU2016136977 A RU 2016136977A RU 2016136977 A RU2016136977 A RU 2016136977A RU 2016136977 A RU2016136977 A RU 2016136977A RU 2016136977 A RU2016136977 A RU 2016136977A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
construct
virus
cas9
promoter
recombinant
Prior art date
Application number
RU2016136977A
Other languages
English (en)
Inventor
Брайан Р. КАЛЛЕН
И. Мэттью КЕННЕДИ
Хал П. БОГЕРД
Рэймонд Ф. Шинази
Ананд КОРНЕПАТИ
Адам МЕФФЕРД
Original Assignee
Дьюк Юниверсити
Эмори Юниверсити
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Дьюк Юниверсити, Эмори Юниверсити filed Critical Дьюк Юниверсити
Publication of RU2016136977A publication Critical patent/RU2016136977A/ru

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A61K48/005—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86—Viral vectors
    • C12N15/861—Adenoviral vectors
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
    • A61P31/18—Antivirals for RNA viruses for HIV
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A61P31/20—Antivirals for DNA viruses
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A61P31/20—Antivirals for DNA viruses
    • A61P31/22—Antivirals for DNA viruses for herpes viruses
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/04—Immunostimulants
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/111—General methods applicable to biologically active non-coding nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1131—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1131—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses
    • C12N15/1132—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses against retroviridae, e.g. HIV
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1131—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses
    • C12N15/1133—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses against herpetoviridae, e.g. HSV
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86—Viral vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
    • C07K2319/09—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a nuclear localisation signal
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2740/00—Reverse transcribing RNA viruses
    • C12N2740/00011—Details
    • C12N2740/10011—Retroviridae
    • C12N2740/15011—Lentivirus, not HIV, e.g. FIV, SIV
    • C12N2740/15041—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
    • C12N2740/15043—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
    • C12N2750/14143—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Virology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • AIDS & HIV (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)

Claims (40)

1. Конструкция, содержащая первый промотор, функционально связанный с первым полинуклеотидом, кодирующим первую одиночную направляющую РНК, и второй промотор, функционально связанный с вторым полинуклеотидом, кодирующим полипептид Cas9, где первая одиночная направляющая РНК содержит первую часть, комплементарную цепи последовательности-мишени вируса и вторую часть, способную взаимодействовать с полипептидом Cas9.
2. Конструкция по п.1, где вирус классифицирован по семейству, выбранному из группы, состоящей из Hepadnaviridae, herpesviridae, papillomaviridae и retroviridae.
3. Конструкция по п.1, где вирус выбран из группы, состоящей из вируса простого герпеса типа 1 (HSV-1), вируса простого герпеса типа 2 (HSV-2), вируса Эпштейна-Барр (EBV), цитомегаловируса человека (hCMV), вируса ветряной оспы (VZV), ассоциированного с саркомой Капоши вируса герпеса (KSHV), вируса гепатита B (HBV), вируса папилломы человека (HPV) и вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1).
4. Конструкция по п.3, где последовательность-мишень выбрана из группы, состоящей из ICP0 HSV, ICP4 HSV, ассоциированного с вирусной латентностью транскрипта HSV, FR (семейство повторов) EBV, DR (прямая симметрия) EBV, ядерного антигена EBV (EBNA1), промотора Qp EBV, гена латентного мембранного белка-1 (LMP-1) EBV, обратной транскриптазы HBV, поверхностного антигена HBV, сердцевины HBV, гена E6 HPV и гена E7 HPV, Tat ВИЧ-1 и TAR ВИЧ-1 или прилегающих промоторных последовательностей.
5. Конструкция по п.4, где первая часть одиночной направляющей РНК выбрана из SEQ ID NO: 1-27, 30-35 и 63.
6. Конструкция по любому из пп.1-5, где первый промотор представляет собой промотор для РНК-полимеразы III, выбранный из группы, состоящей из промотора U6, тРНК Gln, тРНК Pro, тРНК Gly, тРНК Asn, тРНК Cys, тРНК Glu, тРНК гамма-вируса герпеса-68 мыши (MHV68) или любой тРНК млекопитающих.
7. Конструкция по п.6, где промотор содержит по меньшей мере одну из SEQ ID NO: 41-50.
8. Конструкция по любому из пп.1-7, где полипептид Cas9 выбран из полипептидов Cas9 из S. pyogenes, S. aureus, или никаз Cas9 и их производных.
9. Конструкция по п.8, где полипептид Cas9 содержит SEQ ID NO: 57 или кодирован полинуклеотидом, содержащим SEQ ID NO: 55.
10. Конструкция по п.9, дополнительно содержащая по меньшей мере один из сигнала ядерной локализации, интрона или участка добавления поли(A).
11. Конструкция по любому из пп.1-10, где второй промотор представляет собой зависимый от РНК-полимеразы II промотор/энхансер, выбранный из группы, состоящей из промотора/энхансера EFS, немедленного раннего hCMV или mCMV, CBA, h-синапсина, TK HSV, раннего SV40 и LSP.
12. Конструкция по любому из пп.1-11, дополнительно содержащая первый инвертированный концевой повтор и второй инвертированный концевой повтор, где инвертированные концевые повторы фланкируют конструкцию для упаковки в вектор на основе аденоассоциированного вируса (AAV).
13. Конструкция по любому из пп.1-12, дополнительно содержащая третий промотор, функционально связанный с третьим полинуклеотидом, кодирующим вторую одиночную направляющую РНК, содержащую первую часть, комплементарную цепи второй последовательности-мишени вируса, где третий промотор представляет собой зависимый от РНК-полимеразы III промотор.
14. Конструкция по п.13, где первая последовательность-мишень и вторая последовательность-мишень локализованы в пределах 30 пар оснований друг от друга на противоположных цепях вируса.
15. Рекомбинантный вектор, содержащий конструкцию по любому из пп.1-14.
16. Рекомбинантный вектор по п.15, где вектор представляет собой вирусный вектор, и вирусный вектор выбран из группы, состоящей из ретровируса, лентивируса, аденовируса или аденоассоциированного вируса.
17. Фармацевтическая композиция, содержащая рекомбинантный вектор по любому из пп.15-16 и фармацевтический носитель.
18. Способ ингибирования репликации вируса или экспрессии последовательности-мишени в клетке, инфицированной вирусом, включающий приведение клетки в контакт с рекомбинантным вектором по любому из пп.15-16 или с конструкцией по любому из пп.1-14 в количестве, эффективном, чтобы обеспечивать доставку рекомбинантного вектора или конструкции в клетку и продукцию одиночной направляющей РНК и полипептида Cas9.
19. Способ по п.18, где одиночная направляющая РНК и полипептид Cas9 расщепляют последовательность-мишень.
20. Способ по п.18 или 19, где две или более одиночных направляющих РНК присутствуют в рекомбинантном векторе или конструкции, и расщепляется более одной последовательности-мишени.
21. Способ по любому из пп.18-20, где экспрессия продукта гена, кодированного последовательностью-мишенью, уменьшается после контакта с рекомбинантным вектором или конструкцией и продукцией одиночной направляющей РНК и полипептида Cas9.
22. Способ по любому из пп.18-21, где последовательность-мишень изменяется после контакта с рекомбинантным вектором или конструкцией.
23. Способ по любому из пп.18-22, где вирус является неспособным реплицироваться в клетке или выводится из клетки после контакта с рекомбинантным вектором или конструкцией.
24. Способ по любому из пп.18-23, где контакт происходит in vitro.
25. Способ лечения вирусной инфекции у пациента, включающий введение эффективного количества рекомбинантного вектора по любому из пп.15-16 или фармацевтической композиции по п.17 пациенту для лечения вирусной инфекции.
26. Способ по п.25, где введение уменьшает геномную нагрузку или количество вирусных эписом вируса у пациента, уменьшает репликацию вируса у пациента или уменьшает экспрессию продукта гена, кодированного последовательностью-мишенью, у пациента.
27. Рекомбинантный полипептид Cas9 Sau из SEQ ID NO: 57.
28. Рекомбинантная конструкция Cas9 Sau, содержащая промотор, функционально связанный с полинуклеотидом, кодирующим рекомбинантный полипептид Cas9 Sau, где полинуклеотид содержит SEQ ID NO: 55.
29. Рекомбинантная конструкция Cas9 Sau по п.28, дополнительно содержащая участок добавления поли(A) и сигнал ядерной локализации.
30. Рекомбинантная конструкция Cas9 Sau по п.28 или 29, дополнительно содержащая интрон.
31. Рекомбинантная конструкция Cas9 Sau по любому из пп.28-30, где промотор представляет собой зависимый от РНК-полимеразы II промотор/энхансер, выбранный из группы, состоящей из промотора/энхансера EFS, hCMV, mCMV, CBA, h-синапсина, TK HSV, раннего SV40 и LSP.
32. Рекомбинантная конструкция Cas9 Sau по любому из пп.28-31, имеющая SEQ ID NO: 58.
33. Рекомбинантная конструкция для экспрессии одиночной направляющей РНК, содержащая первый полинуклеотид, кодирующий тРНК млекопитающих или вирусов, функционально связанный с вторым полинуклеотидом, кодирующим по меньшей мере вторую часть одиночной направляющей РНК, способную взаимодействовать с полипептидом Cas9.
34. Конструкция по п.33, где первый полинуклеотид выбран из SEQ ID NO: 41-50.
35. Конструкция по п.33 или 34, где второй полинуклеотид дополнительно кодирует первую часть одиночной направляющей РНК, комплементарную последовательности-мишени, на 5’- от второй части, способной взаимодействовать с полипептидом Cas9.
36. Конструкция по любому из пп.33-35, где второй полинуклеотид дополнительно кодирует первую часть одиночной направляющей РНК, обладающую одним или несколькими участками узнавания для рестрикционных эндонуклеаз.
37. Конструкция по любому из пп.33-36, дополнительно содержащая промотор, функционально связанный с третьим полинуклеотидом, кодирующим полипептид Cas9.
38. Набор, содержащий рекомбинантную конструкцию Cas9 Sau по любому из пп.28-32.
39. Набор, содержащий рекомбинантную конструкцию по любому из пп.33-37.
40. Набор по п.39, дополнительно содержащий рекомбинантную конструкцию Cas9 Sau по любому из пп.28-32.
RU2016136977A 2014-02-18 2015-02-18 Композиции для инактивации репликации вируса и способы их получения и применения RU2016136977A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201461940883P 2014-02-18 2014-02-18
US61/940,883 2014-02-18
PCT/US2015/016354 WO2015126927A2 (en) 2014-02-18 2015-02-18 Compositions for the inactivation of virus replication and methods of making and using the same

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2016136977A true RU2016136977A (ru) 2018-03-20

Family

ID=53879230

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2016136977A RU2016136977A (ru) 2014-02-18 2015-02-18 Композиции для инактивации репликации вируса и способы их получения и применения

Country Status (14)

Country Link
US (2) US10286084B2 (ru)
EP (1) EP3107999A4 (ru)
JP (1) JP2017506893A (ru)
KR (1) KR20160130392A (ru)
CN (1) CN106232823A (ru)
AU (1) AU2015219167A1 (ru)
BR (1) BR112016019068A2 (ru)
CA (1) CA2940084A1 (ru)
IL (1) IL247309A0 (ru)
MX (1) MX2016010781A (ru)
PH (1) PH12016501623A1 (ru)
RU (1) RU2016136977A (ru)
SG (1) SG11201606819QA (ru)
WO (1) WO2015126927A2 (ru)

Families Citing this family (74)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012048113A2 (en) 2010-10-07 2012-04-12 The General Hospital Corporation Biomarkers of cancer
WO2013066438A2 (en) 2011-07-22 2013-05-10 President And Fellows Of Harvard College Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity
CA2898184A1 (en) 2013-01-16 2014-07-24 Emory University Cas9-nucleic acid complexes and uses related thereto
US20150044192A1 (en) 2013-08-09 2015-02-12 President And Fellows Of Harvard College Methods for identifying a target site of a cas9 nuclease
US9359599B2 (en) 2013-08-22 2016-06-07 President And Fellows Of Harvard College Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof
US9228207B2 (en) 2013-09-06 2016-01-05 President And Fellows Of Harvard College Switchable gRNAs comprising aptamers
US9322037B2 (en) 2013-09-06 2016-04-26 President And Fellows Of Harvard College Cas9-FokI fusion proteins and uses thereof
US9526784B2 (en) 2013-09-06 2016-12-27 President And Fellows Of Harvard College Delivery system for functional nucleases
PT3066201T (pt) 2013-11-07 2018-06-04 Massachusetts Inst Technology Métodos e composições relacionadas com crispr com arng reguladores
US11053481B2 (en) 2013-12-12 2021-07-06 President And Fellows Of Harvard College Fusions of Cas9 domains and nucleic acid-editing domains
JP7026440B2 (ja) * 2014-05-28 2022-02-28 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア ハイブリッドｔＲＮＡ／プレｍｉＲＮＡ分子および使用方法
CN107002094A (zh) 2014-05-30 2017-08-01 斯坦福大学托管董事会 用于治疗潜伏病毒感染的组合物和方法
AU2015298571B2 (en) 2014-07-30 2020-09-03 President And Fellows Of Harvard College Cas9 proteins including ligand-dependent inteins
MA41349A (fr) * 2015-01-14 2017-11-21 Univ Temple Éradication de l'herpès simplex de type i et d'autres virus de l'herpès associés guidée par arn
JP6929791B2 (ja) 2015-02-09 2021-09-01 デューク ユニバーシティ エピゲノム編集のための組成物および方法
US10117911B2 (en) 2015-05-29 2018-11-06 Agenovir Corporation Compositions and methods to treat herpes simplex virus infections
EP3324999A1 (en) * 2015-05-29 2018-05-30 Agenovir Corporation Compositions and methods for cell targeted hpv treatment
US10626393B2 (en) 2015-06-04 2020-04-21 Arbutus Biopharma Corporation Delivering CRISPR therapeutics with lipid nanoparticles
WO2016197132A1 (en) * 2015-06-04 2016-12-08 Protiva Biotherapeutics Inc. Treating hepatitis b virus infection using crispr
WO2017015637A1 (en) 2015-07-22 2017-01-26 Duke University High-throughput screening of regulatory element function with epigenome editing technologies
EP3341727B1 (en) 2015-08-25 2022-08-10 Duke University Compositions and methods of improving specificity in genomic engineering using rna-guided endonucleases
WO2017058791A1 (en) * 2015-09-29 2017-04-06 Agenovir Corporation Compositions and methods for treatment of latent viral infections
CA2999923A1 (en) * 2015-09-29 2017-04-06 Agenovir Corporation Compositions and methods for latent viral transcription regulation
CN108601883A (zh) * 2015-09-29 2018-09-28 埃吉诺维亚公司 递送方法和组合物
EP3362571A4 (en) 2015-10-13 2019-07-10 Duke University GENOMIC ENGINEERING WITH TYPE I CRISPRISMS IN EUKARYOTIC CELLS
JP7109784B2 (ja) 2015-10-23 2022-08-01 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ 遺伝子編集のための進化したＣａｓ９蛋白質
CN109312338B (zh) * 2015-10-30 2022-09-27 爱迪塔斯医药公司 治疗单纯疱疹病毒的crispr/cas相关方法及组合物
WO2017105991A1 (en) * 2015-12-18 2017-06-22 Danisco Us Inc. Methods and compositions for t-rna based guide rna expression
US20190038770A1 (en) * 2016-01-25 2019-02-07 Excision Biotherapeutics,Inc. Rna guided eradication of human jc virus and other polyomaviruses
EP3443081A4 (en) * 2016-04-13 2019-10-30 Duke University CRISPR / CAS9-BASED REPRESSORS FOR IN VIVO SHUT-OFF OF GEN-TARGETS AND METHOD OF USE
WO2017189959A1 (en) 2016-04-29 2017-11-02 Voyager Therapeutics, Inc. Compositions for the treatment of disease
WO2017189964A2 (en) 2016-04-29 2017-11-02 Voyager Therapeutics, Inc. Compositions for the treatment of disease
WO2017210380A1 (en) * 2016-06-01 2017-12-07 Excision Biotherapeutics, Inc. Compositions and methods of treatment for lytic and lysogenic viruses
CA3026332A1 (en) * 2016-06-03 2017-12-14 Temple University - Of The Commonwealth System Of Higher Education Negative feedback regulation of hiv-1 by gene editing strategy
WO2017223248A1 (en) * 2016-06-21 2017-12-28 University Of Florida Research Foundation, Inc. Method for delivering rna to neurons to treat herpes infections
CN110214183A (zh) 2016-08-03 2019-09-06 哈佛大学的校长及成员们 腺苷核碱基编辑器及其用途
US11661590B2 (en) 2016-08-09 2023-05-30 President And Fellows Of Harvard College Programmable CAS9-recombinase fusion proteins and uses thereof
WO2018039438A1 (en) 2016-08-24 2018-03-01 President And Fellows Of Harvard College Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing
SG11201903089RA (en) 2016-10-14 2019-05-30 Harvard College Aav delivery of nucleobase editors
EP3532616A1 (en) 2016-10-28 2019-09-04 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating herpes simplex virus
KR102489902B1 (ko) 2016-11-11 2023-01-19 바이오 래드 래버러토리스 인코오포레이티드 핵산 샘플을 프로세싱하는 방법
US10745677B2 (en) 2016-12-23 2020-08-18 President And Fellows Of Harvard College Editing of CCR5 receptor gene to protect against HIV infection
TW201839136A (zh) 2017-02-06 2018-11-01 瑞士商諾華公司 治療血色素異常症之組合物及方法
EP3592853A1 (en) 2017-03-09 2020-01-15 President and Fellows of Harvard College Suppression of pain by gene editing
JP2020510439A (ja) 2017-03-10 2020-04-09 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ シトシンからグアニンへの塩基編集因子
WO2018169983A1 (en) * 2017-03-13 2018-09-20 President And Fellows Of Harvard College Methods of modulating expression of target nucleic acid sequences in a cell
EP3600382A4 (en) * 2017-03-21 2020-12-30 Anthony P. Shuber TREATMENT OF CANCER WITH CAS ENDONUCLEASE COMPLEXES
IL306092A (en) 2017-03-23 2023-11-01 Harvard College Nucleic base editors that include nucleic acid programmable DNA binding proteins
EP3601568A1 (en) * 2017-03-31 2020-02-05 Agenovir Corporation Antiviral therapeutic
WO2018209320A1 (en) 2017-05-12 2018-11-15 President And Fellows Of Harvard College Aptazyme-embedded guide rnas for use with crispr-cas9 in genome editing and transcriptional activation
WO2018237369A2 (en) * 2017-06-23 2018-12-27 Vical Incorporated LIPID NANOPARTICLE MEDIA ADMINISTRATION OF PLASMIDIC DNA EXPRESSING CRISPR FOR THE TREATMENT OF CHRONIC INFECTION WITH HEPATITIS B VIRUS
EP3658573A1 (en) 2017-07-28 2020-06-03 President and Fellows of Harvard College Methods and compositions for evolving base editors using phage-assisted continuous evolution (pace)
JP7207665B2 (ja) 2017-08-04 2023-01-18 北京大学 メチル化により修飾されたｄｎａ塩基を特異的に認識するｔａｌｅ ｒｖｄおよびその使用
US11624077B2 (en) 2017-08-08 2023-04-11 Peking University Gene knockout method
EP3676376A2 (en) 2017-08-30 2020-07-08 President and Fellows of Harvard College High efficiency base editors comprising gam
CN109468319A (zh) * 2017-09-08 2019-03-15 中山大学 用于抑制HSV-1复制和/或靶标序列表达的CRISPR/Cas9***、方法、试剂盒及其应用
CN109468318A (zh) * 2017-09-08 2019-03-15 中山大学 用于抑制HSV-1复制和/或靶标序列表达的CRISPR/Cas9***、方法、试剂盒及其应用
CN107557394A (zh) * 2017-09-29 2018-01-09 南京鼓楼医院 降低CRISPR/Cas9介导的胚胎基因编辑脱靶率的方法
CN111757937A (zh) 2017-10-16 2020-10-09 布罗德研究所股份有限公司 腺苷碱基编辑器的用途
SG11202003285PA (en) 2017-10-20 2020-05-28 Res Inst Nationwide Childrens Hospital Methods and materials for nt-3 gene therapy
WO2019152868A1 (en) * 2018-02-01 2019-08-08 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating herpes simplex virus (hsv) related keratitis
CN111971389A (zh) * 2018-03-27 2020-11-20 苏州克睿基因生物科技有限公司 CRISPR/Cas***在基因编辑中的应用
US20210071174A1 (en) * 2018-05-09 2021-03-11 Dsm Ip Assets B.V. Crispr transient expression construct (ctec)
WO2020125762A1 (en) * 2018-12-20 2020-06-25 Peking University Compositions and methods for highly efficient genetic screening using barcoded guide rna constructs
TW202039845A (zh) * 2018-12-20 2020-11-01 北京大學 使用加標籤的嚮導rna構建體進行高效基因篩選的組合物和方法
US20220110963A1 (en) * 2019-01-02 2022-04-14 The General Hospital Corporation Reverse transcriptase blocking agents and methods of using the same
EP3918071A1 (en) * 2019-02-01 2021-12-08 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions targeting virus genomes
WO2020191241A1 (en) 2019-03-19 2020-09-24 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for editing nucleotide sequences
EP3957734A4 (en) * 2019-04-18 2023-03-08 Toolgen Incorporated COMPOSITION AND METHODS TO INHIBIT HEPATITIS B VIRUS PROLIFERATION
CN111139240B (zh) * 2020-01-20 2022-03-15 武汉大学 一种靶向乙型肝炎病毒的改造的CRISPR/SaCas9***及其应用
EP4114952A4 (en) * 2020-03-05 2024-05-08 Board of Regents of the University of Nebraska CRISPR/CAS9 SYSTEM FOR THE TREATMENT OF MULTI-STRAIN HIV-1
CA3177481A1 (en) 2020-05-08 2021-11-11 David R. Liu Methods and compositions for simultaneous editing of both strands of a target double-stranded nucleotide sequence
WO2024119102A1 (en) * 2022-12-01 2024-06-06 Locanabio, Inc. Adeno-associated viral vectors for proper packaging of repetitive elements
WO2024124416A1 (en) * 2022-12-14 2024-06-20 Wuhan Institute Of Virology, Chinese Academy Of Sciences Engineered murine cytomegalovirus-derived tool virus, method of producing the same and applications thereof

Family Cites Families (28)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7090976B2 (en) * 1999-11-10 2006-08-15 Rigel Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions comprising Renilla GFP
US20080318210A1 (en) 2003-08-27 2008-12-25 Rosetta Genomics Bioinformatically detectable group of novel regulatory viral and viral associated oligonucleotides and uses thereof
WO2005116224A2 (en) 2004-05-18 2005-12-08 Children's Memorial Hospital Tetracycline-regulated adeno-associated viral (aav) vectors for gene delivery to the nervous system
US7795419B2 (en) * 2004-05-26 2010-09-14 Rosetta Genomics Ltd. Viral and viral associated miRNAs and uses thereof
US20090029461A1 (en) 2005-02-23 2009-01-29 Agency For Science Technology And Research Immortalised Feeder Cells
WO2008016994A2 (en) * 2006-08-01 2008-02-07 Rush University Medical Center Harnessing wnt signaling to restrict hiv replication
WO2009006584A2 (en) * 2007-07-03 2009-01-08 The Regents Of The University Of Colorado Methods and compositions for identifying cellular rna transcripts
US8815779B2 (en) 2009-09-16 2014-08-26 SwitchGear Genomics, Inc. Transcription biomarkers of biological responses and methods
US9676810B2 (en) * 2010-07-08 2017-06-13 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Neuroprotective molecules and methods of treating neurological disorders and inducing stress granules
WO2012139122A1 (en) * 2011-04-08 2012-10-11 Azzazy Hassan Mohamed Ei-Said Detection of nucleic acids using unmodified gold nanoparticles
US9637739B2 (en) 2012-03-20 2017-05-02 Vilnius University RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex
GEP20217251B (en) 2012-05-25 2021-04-26 Charpentier Emmanuelle De Emanuel Methods and compositions for rna-directed target dna modification and for rna-directed modulation of transcription
KR102182847B1 (ko) 2012-10-23 2020-11-27 주식회사 툴젠 표적 DNA에 특이적인 가이드 RNA 및 Cas 단백질을 암호화하는 핵산 또는 Cas 단백질을 포함하는, 표적 DNA를 절단하기 위한 조성물 및 이의 용도
KR102676910B1 (ko) 2012-12-06 2024-06-19 시그마-알드리치 컴퍼니., 엘엘씨 Crispr-기초된 유전체 변형과 조절
EP2931899A1 (en) 2012-12-12 2015-10-21 The Broad Institute, Inc. Functional genomics using crispr-cas systems, compositions, methods, knock out libraries and applications thereof
US20140186843A1 (en) 2012-12-12 2014-07-03 Massachusetts Institute Of Technology Methods, systems, and apparatus for identifying target sequences for cas enzymes or crispr-cas systems for target sequences and conveying results thereof
AU2013359262C1 (en) 2012-12-12 2021-05-13 Massachusetts Institute Of Technology CRISPR-Cas component systems, methods and compositions for sequence manipulation
DK2931898T3 (en) 2012-12-12 2016-06-20 Massachusetts Inst Technology CONSTRUCTION AND OPTIMIZATION OF SYSTEMS, PROCEDURES AND COMPOSITIONS FOR SEQUENCE MANIPULATION WITH FUNCTIONAL DOMAINS
MX2015007550A (es) 2012-12-12 2017-02-02 Broad Inst Inc Suministro, modificación y optimización de sistemas, métodos y composiciones para la manipulación de secuencias y aplicaciones terapéuticas.
AU2013359212B2 (en) 2012-12-12 2017-01-19 Massachusetts Institute Of Technology Engineering and optimization of improved systems, methods and enzyme compositions for sequence manipulation
US8697359B1 (en) 2012-12-12 2014-04-15 The Broad Institute, Inc. CRISPR-Cas systems and methods for altering expression of gene products
CN105121648B (zh) 2012-12-12 2021-05-07 布罗德研究所有限公司 用于序列操纵的***、方法和优化的指导组合物的工程化
WO2014093694A1 (en) 2012-12-12 2014-06-19 The Broad Institute, Inc. Crispr-cas nickase systems, methods and compositions for sequence manipulation in eukaryotes
CN103233028B (zh) * 2013-01-25 2015-05-13 南京徇齐生物技术有限公司 一种无物种限制无生物安全性问题的真核生物基因打靶方法及螺旋结构dna序列
SG11201507104WA (en) * 2013-03-15 2015-10-29 Medimmune Ltd Novel nucleic acid molecules
SG11201601313TA (en) * 2013-08-29 2016-03-30 Univ Temple Methods and compositions for rna-guided treatment of hiv infection
WO2015089465A1 (en) * 2013-12-12 2015-06-18 The Broad Institute Inc. Delivery, use and therapeutic applications of the crispr-cas systems and compositions for hbv and viral diseases and disorders
CA2964796C (en) * 2014-10-17 2022-01-11 The Penn State Research Foundation Methods and compositions for multiplex rna guided genome editing and other rna technologies

Also Published As

Publication number Publication date
AU2015219167A2 (en) 2017-04-13
SG11201606819QA (en) 2016-09-29
MX2016010781A (es) 2017-02-15
EP3107999A2 (en) 2016-12-28
JP2017506893A (ja) 2017-03-16
EP3107999A4 (en) 2017-10-04
IL247309A0 (en) 2016-09-29
US10286084B2 (en) 2019-05-14
CA2940084A1 (en) 2015-08-27
BR112016019068A2 (pt) 2017-10-10
KR20160130392A (ko) 2016-11-11
US20190351070A1 (en) 2019-11-21
US20170049909A1 (en) 2017-02-23
PH12016501623A1 (en) 2016-11-07
WO2015126927A2 (en) 2015-08-27
AU2015219167A1 (en) 2016-09-08
CN106232823A (zh) 2016-12-14
WO2015126927A3 (en) 2015-11-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2016136977A (ru) Композиции для инактивации репликации вируса и способы их получения и применения
JP2017506893A5 (ru)
Schilling et al. Human MxB protein is a pan-herpesvirus restriction factor
Ballestas et al. The Latency-Associated Nuclear Antigen, a Multifunctional Protein Central to Kaposi‘s Sarcoma-Associated Herpesvirus Latency
Bunnell et al. Gene therapy for infectious diseases
Leang et al. The anti-interferon activity of conserved viral dUTPase ORF54 is essential for an effective MHV-68 infection
Martinez et al. Evolutionary effects of the AID/APOBEC family of mutagenic enzymes on human gamma-herpesviruses
Bruce et al. Next-generation sequence analysis of the genome of RFHVMn, the macaque homolog of Kaposi's sarcoma (KS)-associated herpesvirus, from a KS-like tumor of a pig-tailed macaque
Le‐Trilling et al. Attack, parry and riposte: molecular fencing between the innate immune system and human herpesviruses
Berenstein et al. Recombination rates along the entire Epstein Barr virus genome display a highly heterogeneous landscape
Shao et al. Human cytomegalovirus miR-US4-5p promotes apoptosis via downregulation of p21-activated kinase 2 in cultured cells
Deng et al. Characterization and functional studies of fowl adenovirus 9 dUTPase
Bruce et al. Complete genome sequence of pig-tailed macaque rhadinovirus 2 and its evolutionary relationship with rhesus macaque rhadinovirus and human herpesvirus 8/Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus
Sharma et al. RNA granules in antiviral innate immunity: a Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus journey
Zhang et al. Targeted deletion of glycoprotein B gene by CRISPR/Cas9 nuclease inhibits gallid herpesvirus type 3 in dually infected Marek’s disease virus-transformed lymphoblastoid cell line MSB-1
CN110964851B (zh) 组蛋白修饰酶基因setd8在抗dna病毒中的应用
Calistri et al. Herpes simplex virus type 1 can either suppress or enhance human immunodeficiency virus type 1 replication in CD4‐positive T lymphocytes
Krause et al. Safety of viral DNA in biological products
Won et al. Characterization of the repeat sequences of varicella-zoster virus
Niller et al. A 30 KB region of the Epstein-Barr virus genome is colinear with the rearranged human immunoglobulin gene loci: Implications for a “Ping-Pong Evolution” model for persisting viruses and their hosts: A Review
Sousa Investigation of Lana: A Human Virus Tumor Gene
Zubkovic et al. The Virus-Induced Upregulation of the miR-183/96/182 Cluster and the FoxO Family Protein Members Are Not Required for Efficient Replication of HSV-1. Viruses 2022, 14, 1661
Hiura Epigenetic Regulation of Viral Gene Expression
Everly et al. Herpesviruses and cancer
Bayoumy Characterisation and functional analysis of the murine gammaherpesvirus-68-encoded microRNAs

Legal Events

Date Code Title Description
FA93 Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination)

Effective date: 20180219