KR102091747B1 - 유방암 진단용 바이오마커 및 이의 용도 - Google Patents

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Abstract

일 양상에 따른 유방암 진단용 조성물, 키트, 및 이를 이용한 유방암의 진단 또는 발병 가능성의 예측 방법을 제공한다. 이에 따르면, 유방암을 조기에 진단할 수 있다. 또한, 반려 동물에서 유선암을 진단하고, 이를 통하여 반려 동물의 보호자인 사람의 유방암 발병 가능성을 예측할 수 있다.

Description

유방암 진단용 바이오마커 및 이의 용도{Biomarker for diagnosing breast cancer and use thereof}
유방암 또는 유선암의 진단용 조성물, 키트, 및 이를 이용한 유방암의 진단 또는 발병 가능성의 예측 방법에 관한 것이다.
사람의 유방암 또는 유선암은 여성암 발병률 2위에 해당하는 악성 종양이다. 유방암의 발병 원인은 다양하지만, 알려진 원인은 약 20%에 불과한 실정이다. 나머지 약 80%는 원인이 알려지지 않았지만, 외부적인 환경에 의한 원인일 가능성이 높다는 의견이 중론이다. 외부 환경에 의한 질병은 발병 원인이 너무 다양하여 한가지 원인으로 설명하기 어렵다. 따라서 복합적인 외부 환경이 유방암의 주된 원인일 것으로 받아들여지고 있다. 외부 환경적 원인으로 발병된 질병은 미리 예측하여 예방할 수 없고 질병 진단이 이뤄진 다음에야 치료 과정이 이뤄지기 때문에, 비용, 기간 및 회복에 상당한 시간이 소요되는 문제가 있다.
반려동물(companion animals), 예를 들어 반려견(companion dogs)은 사람과 같은 공간과 환경에 노출되어 사람이 받는 외부 환경을 비슷하게 받는다. 반려견은 사람보다 대사가 빠르고 외부 환경에 대한 질환의 민감도(susceptibility)가 높아서, 사람(예, 반려견의 보호자)에서 발생할 수 있는 특정 질병을 외부로 먼저 표현할 수 있 수 있다. 예를 들어, 반려견에서의 유선암 발생이 곧 사람에게서 유방암이 발병할 수 있는 가능성을 의미할 수 있다.
따라서, 사람과 같은 환경에서 생활한 반려견의 유선암을 먼저 진단함으로써, 환경에 의한 인간 유방암의 발병 가능성을 예측하는 방법을 개발할 필요가 있다.
유방암 진단용 조성물을 제공한다,
유방암 진단용 키트를 제공한다.
유방암의 진단 또는 발병 가능성의 예측 방법을 제공한다.
일 양상은 ZG16B, CCL23, ALP, ITGB2, CLIC6, ATP6V1B1, 및 FAM162A로 이루어진 군으로부터 선택된 단백질 또는 그의 단편에 특이적으로 결합하는 물질을 포함하는 유방암 진단용 조성물을 제공한다.
상기 ZG16B는 자이모겐 그래뉼 단백질 16 상동 B(Zymogen granule protein 16 homolog B) 단백질로도 불릴 수 있다. 상기 ZG16B는 사람의 경우 Uniprot No. Q96DA0로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 상기 ZG16B는 개의 경우 Uniprot No. F1Q2Y5로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
상기 CCL23은 케모카인(C-C 모티프) 리간드 23(Chemokine (C-C motif) ligand 23) 단백질, 대식세포 염증성 단백질(macrophage inflammatory protein 3: MIP-3), 및 골수 전구체 저해 인자 1(myeloid progenitor inhibitory factor 1: MPIF-1)로도 불릴 수 있다. 상기 CCL23은 주로 폐나 간 조직에서 발현되고 골수 및 태반에서도 발현될 수 있다. 상기 CCL23는 사람의 경우 Uniprot No. P55773로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 상기 CCL23는 개의 경우 Uniprot No. J9PBF2로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
상기 ALP는 알칼린 포스파타제(Alkaline phosphatase) 단백질 또는 염기성 포스파타제(basic phosphatase)로도 불릴 수 있다. 상기 ALP는 세포외 엑소좀에 위치하는 단백질일 수 있다. 상기 ALP는 사람의 경우 Uniprot No. P05186로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 상기 ALP는 개의 경우 Uniprot No. F1PF95로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
상기 ITGB2는 인테그린 베타-2(Integrin beta-2) 또는 CD18 단백질로도 불릴 수 있다. 상기 ITGB2는 세포외 엑소좀에 위치하는 단백질일 수 있다. 상기 ITGB2는 사람의 경우 Uniprot No. P05107로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 상기 ITGB2는 개의 경우 Uniprot No. F1Q1H6 또는 Q9TU04로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
상기 CLIC6는 염소 세포내 채널 단백질 6(Chloride intracellular channel protein 6) 또는 CLIC1L 단백질로도 불릴 수 있다. 상기 CLIC6는 세포외 엑소좀에 위치하는 단백질일 수 있다. 상기 CLIC6는 사람의 경우 Uniprot No. Q96NY7로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 상기 CLIC6는 개의 경우 Uniprot No. F1P740로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
상기 ATP6V1B1은 V-형 양성자 ATP분해효소 단량체 B, 신장 이형(V-type proton ATPase subunit B, kidney isoform) 단백질로도 불릴 수 있다. 상기 ATP6V1B1은 세포외 엑소좀에 위치하는 단백질일 수 있다. 상기 ATP6V1B1은 사람의 경우 Uniprot No. P15313로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 상기 ATP6V1B1는 개의 경우 Uniprot No. E2R1W5 또는 J9NUJ1로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
상기 FAM162A는 인간 성장 및 변이-의존성 단백질(Human growth and transformation-dependent protein: HGTD-P) 또는 E2-유도성 유전자 5 단백질(E2-induced gene 5 protein: E2IG5)로도 불릴 수 있다. 상기 FAM162A는 세포외 엑소좀에 위치하는 단백질일 수 있다. 상기 FAM162A는 사람의 경우 Uniprot No. Q96A26로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 상기 FAM162A는 개의 경우 Uniprot No. E2QRU5로 표시되는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
상기 단편(fragment)은 상기 단백질의 일부로서, 면역원성 폴리펩티드일 수 있다.
상기 단백질 또는 그의 단편에 특이적으로 결합하는 물질은 항체, 또는 이의 항원 결합 단편일 수 있다. 상기 항체는 폴리클론 항체 또는 모노클론 항체일 수 있다. 용어 "항체(antibody)"는 용어 "면역글로불린(immunoglobulin)"과 상호교환적으로 사용될 수 있다. 상기 항체는 폴리클론 항체 또는 모노클론 항체일 수 있다. 상기 항체는 전장 항체일 수 있다. 상기 항원 결합 단편은 항원 결합 부위를 포함하는 폴리펩티드를 말한다. 상기 항원 결합 단편은 단일-도메인 항체(single-domain antibody), Fab, Fab', 또는 scFv일 수 있다. 상기 항체 또는 항원 결합 단편은 고체 지지체에 부착된 것일 수 있다. 상기 고체 지지체는 예를 들어, 금속 칩, 플레이트, 또는 웰(well)의 표면이다.
용어 "유방암(breast cancer)"는 유방에 생긴 암을 말하고, 상호교환적으로 "유선암(mammary tumor)"으로도 불릴 수 있다. 상기 유방암은 유선(mammary gland) 유방암, 소엽(lobule) 유방암, 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 유방암은 발생부위에 따라 유관과 유엽의 상피에서 생기는 암과 기질에서 생기는 암으로 크게 두 가지로 나눌 수 있다. 상기 유방암은 복합성 암종(Complex carcinoma: CC) 또는 관상 암종(Ductal carcinoma: DC)의 종류를 포함할 수 있다. 관상 암종은 개체의 유관에 원발적으로 존재하는 유방암의 종류이다.
용어 "진단(diagnosis)"은 병명을 판정하는 일을 말하고, 유방암의 병명, 병의 상태, 병기, 병인, 합병증의 유무, 예후, 및 재발 등을 포함할 수 있다.
다른 양상은 ZG16B, CCL23, ALP, ITGB2, CLIC6, ATP6V1B1, 및 FAM162A로 이루어진 군으로부터 선택된 단백질 또는 그의 단편에 특이적으로 결합하는 물질을 포함하는 유방암 진단용 키트를 제공한다.
상기 ZG16B, CCL23, ALP, ITGB2, CLIC6, ATP6V1B1, FAM162A, 단편, 단백질 또는 그의 단편에 특이적으로 결합하는 물질, 유방암, 및 진단은 전술한 바와 같다.
상기 키트는 상기 단백질 또는 그의 단편의 검출에 필요한 시료를 더 포함할 수 있다. 상기 키트는 고체 지지체, 항체 또는 항원 결합 단편의 면역학적 검출을 위하여 기질, 적합한 완충용액, 발색 효소, 형광물질로 표지된 2차 항체, 또는 발색 기질을 포함할 수 있다.
다른 양상은 유방암이 의심되는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 ZG16B, CCL23, ALP, ITGB2, CLIC6, ATP6V1B1, 및 FAM162A로 이루어진 군으로부터 선택된 단백질 또는 그의 단편의 양을 측정하는 단계; 및
상기 측정된 양이 정상 대조군의 단백질 또는 그의 단편의 양과 비교하는 단계를 포함하는, 유방암의 진단 또는 발병 가능성의 예측 방법을 제공한다.
상기 ZG16B, CCL23, ALP, ITGB2, CLIC6, ATP6V1B1, FAM162A, 단편, 유방암, 및 진단은 전술한 바와 같다.
상기 방법은 유방암이 의심되는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 ZG16B, CCL23, ALP, ITGB2, CLIC6, ATP6V1B1, 및 FAM162A로 이루어진 군으로부터 선택된 단백질 또는 그의 단편의 양을 측정하는 단계를 포함한다.
상기 개체는 포유동물, 예를 들어, 사람, 개, 고양이, 마우스, 토끼, 말, 양, 햄스터, 고슴도치, 페럿(ferret), 또는 기니 피그(guinea pig)일 수 있다. 상기 개체는 유방암을 앓거나 앓는 것으로 의심되는 개체일 수 있다.
상기 생물학적 시료는 상기 개체로부터 수득된 시료를 말한다. 상기 생물학적 시료는 혈액, 혈장, 혈청, 소변, 점액, 타액, 눈물, 객담, 척수액, 흉수, 유두 흡인물, 림프액, 기도액, 장액, 비뇨생식관액, 모유, 림프계 체액, 정액, 뇌척수액, 기관계내 체액, 복수, 낭성 종양 체액, 양수액 또는 이들의 조합일 수 있다.
상기 단백질 또는 그의 단편의 양을 측정하는 단계는 전기영동, 면역블로팅, 효소 결합 면역흡착 분석법(Enzyme-Linked Immunosorbent Assay: ELISA), 면역 조직 화학 염색, 단백질 칩, 면역침강, 질량 분석, 또는 이들의 조합으로 수행될 수 있다.
상기 방법은 측정된 양이 정상 대조군의 단백질 또는 그의 단편의 양과 비교하는 단계를 포함한다.
용어 "정상 대조군(normal control)"은 용어 "음성 대조군(negative control)"과 상호교환적으로 사용될 수 있다. 상기 정상 대조군은 유방암에 걸린 적이 없는 개체 또는 건강한 개체일 수 있다.
상기 단백질 또는 그의 단편의 측정된 양이 정상 대조군에서 측정된 양에 비해 증가한 경우, 상기 개체는 유방암에 걸리거나 유방암에 걸릴 확률이 높은 것으로 결정하는 단계를 더 포함할 수 있다.
상기 개체의 유방암 진단을 통해 제2 개체의 유방암의 발병 가능성을 예측하는 단계를 더 포함할 수 있다. 상기 개체는 반려 동물이고 제2 개체는 사람일 수 있다. 상기 반려 동물은 개, 고양이, 마우스, 토끼, 햄스터, 고슴도치, 페럿, 또는 기니 피그일 수 있다. 유방암의 주요 발병 원인 중 하나는 환경적 요인이기 때문에, 사람과 같은 환경에서 생활하는 반려 동물에서 유방암을 진단하여 반려 동물의 보호자인 사람의 유방암을 조기에 진단하거나 유방암 진단에 필요한 정보를 제공할 수 있다. 예를 들어, 반려견에서 유방암 진단을 통해 반려견의 보호자인 사람의 유방암 발병 가능성을 예측할 수 있다.
일 양상에 따른 유방암 진단용 조성물, 키트, 및 이를 이용한 유방암의 진단 또는 발병 가능성의 예측 방법에 따르면, 유방암을 조기에 진단할 수 있다. 또한, 반려 동물에서 유선암을 진단하고, 이를 통하여 반려 동물의 보호자인 사람의 유방암 발병 가능성을 예측할 수 있다.
도 1은 유선암 조직과 인근 정상 조직에서 차등 발현되는 단백질을 분석한 데이터를 나타낸다(p-값≤0.05, 변화 배수(fold change)≥2).
도 2a 유선암 조직 17T, 23T, 및 26T의 벤 다이어그램 분석 및 관상 암종 17에서만 상향 발현되는 단백질 중 세포외 엑소좀에 존재하는 단백질의 목록을 나타내고, 도 2b는 유선암 조직 9T, 18T, 및 19T의 벤 다이어그램 분석 및 혼합형 암종 9T에서만 상향 발현되는 단백질 중 세포외 엑소좀 또는 세포외 공간에 존재하는 단백질의 목록을 나타낸다.
도 3은 선별된 바이오마커의 정상 조직 및 종양 조직에서 발현 수준을 나타내는 그래프이다.
이하 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1. 유방암 환자의 혈액내 존재하는 바이오마커의 확인
1. 반려견의 유선암 조직에서 차등발현된 단백질의 확인
유선암을 갖는 반려견에서 유선암 조직에서 차등발현되는 단백질을 발굴하였다.
구체적으로, 유선암을 갖는 반려견으로부터 유선암 조직과 인근 정상 조직(총 10쌍)을 분리하였다(서울대학교 동물병원 제공). 트립신(Promega)을 사용하여 분리된 조직을 펩티드로 분해시켰다. 분해된 펩티드 시료를 C18 컬럼(Thermo Fisher Scientific Inc.)을 사용하여 정제하였다. 정제된 펩티드는 질량분석기(Thermo Fisher Scientific Inc.)를 사용하여 펩티드의 질량에 따른 미가공 데이터를 산출하였다. 미가공 데이터를 이용하여, 반려견의 유선암 조직과 인근 정상 조직에서 차등 발현되는 단백질을 분석하였다. 통계적 유의성에 따른 발현의 차이를 분석하기 위해 화산 도표(Volcano plot)를 이용하였다.
유선암 조직과 인근 정상 조직에서 차등 발현되는 단백질을 분석한 데이터를 도 1에 나타내었다(p-값≤0.05, 변화 배수(fold change)≥2). 도 1에서, 숫자는 반려견의 번호를 나타내고 "T"는 유선암 조직을 의미하고, "N"은 정상 조직을 의미한다. 예를 들어, "9T vs 9N"은 반려견 9번의 유선암 조직 대 반려견 9번의 정상 조직을 의미한다. 또한, 붉은색 점은 정상 조직과 비교하였을 때 유선암 조직에서 증가한 단백질을 나타내고, 푸른색 점은 정상 조직과 비교하였을 때 유선암 조직에서 감소한 단백질을 나타낸다.
도 1에 나타난 바와 같이, 정상 조직에 비해 유선암에서 차등발현된 단백질을 확인하였다.
2. 암 종류에 따라 차등 발현되는 단백질의 확인
인근 정상 조직에 비해 관상 암종(ductal carcinoma) 또는 혼합형 암종(mixed carcinoma)에서 통계적으로 유의하게 차등 발현되는 단백질을 분석하였다.
인근 정상 조직과 암 조직은 서울대동물병원, 해마루동물병원에 내원하는 반려견을 대상으로 확보하였다. 종양 조직과 이에 대응되는 정상 조직의 처리는 생체에서 조직을 분리한지 5분 이내에 실시하였다. 분리된 조직을 콩알 크기(Pea-sized)의 분절로 나누어서 액체 질소(liquid nitrogen)에 보관하였다.
시료의 암종을 확인하고, 관상 암종(ductal carcinoma), 관상 선종(ductal adenoma), 혼합형 암종(mixed carcinoma), 혼합형 선종(mixed adenoma, 및 선종 (adenoma)으로 확인하였다.
암종 시료명
관상 암종 17T
관상 선종 23T, 26T
혼합형 암종 9T
혼합형 선종 18T, 19T
선종 22T, 24T, 49T, 50T
1.에 기재된 바와 같이, 반려견의 비교 분석에서 암종(carcinoma)에서만 발현이 증가하는 단백질을 발굴하기 위해 벤 다이어그램을 이용하였다. 또한, 암종에서만 발현되는 단백질의 세포내 위치를 확인하기 위해, DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery, https://david.ncifcrf.gov/home.jsp)를 이용하여 유전자 존재(gene ontology) 분석을 수행하였다. 유전자 존재 분석 결과에서, 혈액 등 체액에서의 진단이 가능하도록, 분석된 단백질 중 세포 외부로 방출되는 세포외 엑소좀(extracellular exosome) 및 세포외 공간(extracellular space)에 존재하는 단백질을 선정하였다.
벤 다이어그램 분석 및 유전자 존재 분석을 기초하여, 유선암에서 상향 발현되고 세포외 엑소좀 또는 세포외 공간에 존재하는 단백질을 도 2a 및 도 2b에 나타내었다.
도 2a는 유선암 조직 17T, 23T, 및 26T의 벤 다이어그램 분석 및 관상 암종 17T에서만 상향 발현되는 단백질 326종 중에서 세포외 엑소좀에 존재하는 단백질의 목록을 나타낸다.
도 2b는 유선암 조직 9T, 18T, 및 19T의 벤 다이어그램 분석 및 혼합형 암종 9T에서만 상향 발현되는 단백질 276종 중에서 세포외 엑소좀 또는 세포외 공간에 존재하는 단백질의 목록을 나타낸다.
3. 관상 암종에서 차등 발현되는 바이오마커의 선별
2.에 기재된 분석 결과에 기초하여, 인근 정상 조직에 비해 관상 암종(ductal carcinoma)에서 통계적으로 유의하게 차등 발현되는 단백질을 분석하였다.
정상 조직의 발현 수준에 대한 관상 암종에서의 발현 수준을 계산하여 발현 배수를 산출하였다. 관상 암종에서 유의하게 차등 발현되는 단백질 및 발현 배수를 하기 표 2에 나타내었다.
Figure 112017113664733-pat00001
유선암 관상 암종에서만 발현이 유의하게 증가하는 326종의 단백질 중에서, 인근 정상 조직과 비교하여 10배 이상 발현 차이를 보이는 단백질을 선별하였다. 선별된 바이오마커 중 기존 논문에 유방암과 관련성이 보고된 바이오마커는 제외하였다.
최종적으로, 정상 조직과 비교하여 유선암 관상 암종에서 유의하게 발현이 증가하는 신규한 바이오마커 ALP, ITGB2, CLIC6, ATP6V1B1, 및 FAM162A를 선별하였다.
4. 혼합형 암종에서 차등 발현되는 바이오마커의 선별
2.에 기재된 분석 결과에 기초하여, 인근 정상 조직에 비해 혼합형 암종(mixed carcinoma)에서 통계적으로 유의하게 차등 발현되는 단백질을 분석하였다.
정상 조직의 발현 수준에 대한 혼합형 암종에서의 발현 수준을 계산하여 발현 배수를 산출하였다. 혼합형 암종에서 유의하게 차등 발현되는 단백질 및 발현 배수를 하기 표 3에 나타내었다.
Figure 112017113664733-pat00002
유선암 혼합형 암종에서만 발현이 유의하게 증가하는 276종의 단백질 중에서, 인근 정상 조직과 비교하여 10배 이상 발현 차이를 보이는 단백질을 선별하였다. 선별된 바이오마커 중 기존 논문에 유방암과 관련성이 보고된 바이오마커는 제외하였다.
정상 조직과 비교하여 혼합형 암종에서 유의하게 발현이 증가하는 신규한 바이오마커 ZG16B, CCL23, 및 CHID1을 확인하였고, 이중 차등발현 배수가 높은 ZG16B 및 CCL23를 선별하였다.
근상피성 암종 또는 혼합형 암종은 인간에게 드물어서, 바이오마커의 발굴과 연구가 어렵다. 따라서, 반려견에서 확인된 바이오마커 ZG16B 및 CCL23를 반려견 뿐만 아니라 인간에도 적용할 수 있는 유방암 예측 마커로 선별하였다.
5. 바이오마커의 검증
1.에 기재된 바와 같이 6쌍의 유선암 조직과 정상 조직(개체 번호 #1, #11, #72, #125, #127, 및 #132)을 준비하고, 준비된 조직으로부터 전체 RNA를 추출하였다.
전체 RNA에 대해, 실시간 중합효소 연쇄반응(qRT-PCR)을 수행하였다. qRT-PCR의 반응 조건은 95℃에서 5분 동안 인큐베이션한 후, 95℃에서 15초, 60℃에서 15초, 및 72℃에서 25초를 1 사이클로 하여 40사이클을 반복하였다. 그 후, 72℃에서 5분, 65℃에서 0.5초, 95℃에서 5초, 및 12℃에서 20분 동안 인큐베이션하였다. 사용된 프라이머는 하기 표 4에 나타내었다.
표적 유전자 프라이머 뉴클레오티드 서열
CCL23
 정방향 5'-CCCAATCTCACCCCACGAAA-3' (서열번호 1)
역방향 5'-AGGGGTTAGCACAGACAAGC-3' (서열번호 2)
CHID1
 정방향 5'-GGGCTTACGTATAGTGCCCC-3' (서열번호 3)
역방향 5'-CGAAGCCGTCAAAGTGTTGG-3' (서열번호 4)
ZG16B
 정방향 5'-ATGTACGGGATTGGGCAAGG-3' (서열번호 5)
역방향 5'-AGTGATGTACTCTCCCGGCT-3' (서열번호 6)
CLIC6
 정방향 5'-TTCTCCCAGCGCCTTTTCAT-3' (서열번호 7)
역방향 5'-TCCGTCTTGACTTCGCCATC-3' (서열번호 8)
ATP6V1B1
 정방향 5'-CTGACAGCCCAGATTGGGAA-3' (서열번호 9)
역방향 5'-AGACACCTCAAGCACCTGTC-3' (서열번호 10)
FAM162A
 정방향 5'-ACTTACAGCCACAGAGTGCC-3' (서열번호 11)
역방향 5'-AGATGCATCCTGCCACTGTC-3' (서열번호 12)
ALP
 정방향 5'-CCAAGGACGCTGGGAAATCT-3' (서열번호 13)
역방향 5'-ACGTTGTGCATGAGCTGGTA-3' (서열번호 14)
ITGB2
 정방향 5'-ATCGGGAAGAACTGCGAGTG-3' (서열번호 15)
역방향 5'-GTTCTTGTTGGGAACGTCGC-3' (서열번호 16)
qRT-PCR 결과를 분석하고, A5B의 증폭 결과로 정규화하고, 상대적인 mRNA 발현 수준을 산출하였다. 정상 조직 및 유선암 조직에서 상대적 mRNA 발현 수준을 도 3에 나타내었다.
도 3에 나타난 바와 같이, 선별된 바이오마커가 유선암 조직에서 정상에 비해 높게 발현되었다. 특히, CCL23, CLIC6, ALP, 및 ITGB2의 발현이 측정된 유선암 조직의 50%이상에서 정상보다 높게 발현되었다.
<110> SEOUL NATIONAL UNIVERSITY R&DB Foundation <120> Biomarker for diagnosing breast cancer and use thereof <130> GN-120121-KR <160> 16 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for amplifying CCL23 <400> 1 cccaatctca ccccacgaaa 20 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for amplifying CCL23 <400> 2 aggggttagc acagacaagc 20 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for amplifying CHID1 <400> 3 gggcttacgt atagtgcccc 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for amplifying CHID1 <400> 4 cgaagccgtc aaagtgttgg 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for amplifying ZG16B <400> 5 atgtacggga ttgggcaagg 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for amplifying ZG16B <400> 6 agtgatgtac tctcccggct 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for amplifying CLIC6 <400> 7 ttctcccagc gccttttcat 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for amplifying CLIC6 <400> 8 tccgtcttga cttcgccatc 20 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for amplifying ATP6V1B1 <400> 9 ctgacagccc agattgggaa 20 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for amplifying ATP6V1B1 <400> 10 agacacctca agcacctgtc 20 <210> 11 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for amplifying FAM162A <400> 11 acttacagcc acagagtgcc 20 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for amplifying FAM162A <400> 12 agatgcatcc tgccactgtc 20 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for amplifying ALP <400> 13 ccaaggacgc tgggaaatct 20 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for amplifying ALP <400> 14 acgttgtgca tgagctggta 20 <210> 15 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for amplifying ITGB2 <400> 15 atcgggaaga actgcgagtg 20 <210> 16 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for amplifying ITGB2 <400> 16 gttcttgttg ggaacgtcgc 20

Claims (15)

  1. CLIC6 단백질 또는 그의 단편에 특이적으로 결합하는 물질을 포함하는 유방암 진단용 조성물로서, 상기 조성물은 유방암이 복합성 암종(Complex carcinoma: CC) 또는 관상 암종(Ductal carcinoma: DC)인지 진단하는 것인 조성물.
  2. 청구항 1에 있어서, 상기 단백질 또는 그의 단편에 특이적으로 결합하는 물질은 항체, 또는 이의 항원 결합 단편인 것인 조성물.
  3. 청구항 2에 있어서, 상기 항체는 폴리클론 항체 또는 모노클론 항체인 것인 조성물.
  4. 삭제
  5. CLIC6 단백질 또는 그의 단편에 특이적으로 결합하는 물질을 포함하는 유방암 진단용 키트로서, 상기 키트는 유방암이 복합성 암종 또는 관상 암종인지 진단하는 것인 키트.
  6. 유방암이 의심되는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 CLIC6 단백질 또는 그의 단편의 양을 측정하는 단계; 및
    상기 측정된 양이 정상 대조군의 단백질 또는 그의 단편의 양과 비교하는 단계를 포함하는, 유방암의 진단 또는 발병 가능성의 예측 방법으로서, 상기 방법은 유방암이 복합성 암종 또는 관상 암종인지에 관한 정보를 제공하는 것인 방법.
  7. 청구항 6에 있어서, 상기 개체는 사람, 개, 고양이, 마우스, 토끼, 말, 양, 햄스터, 고슴도치, 페럿(ferret), 또는 기니 피그(guinea pig)인 것인 방법.
  8. 청구항 6에 있어서, 상기 생물학적 시료는 혈액, 혈장, 혈청, 소변, 점액, 타액, 눈물, 객담, 척수액, 흉수, 유두 흡인물, 림프액, 기도액, 장액, 비뇨생식관액, 모유, 림프계 체액, 정액, 뇌척수액, 기관계내 체액, 복수, 낭성 종양 체액, 양수액 또는 이들의 조합인 것인 방법.
  9. 청구항 6에 있어서, 상기 단백질 또는 그의 단편의 양을 측정하는 단계는 전기영동, 면역블로팅, 효소 결합 면역흡착 분석법(Enzyme-Linked Immunosorbent Assay: ELISA), 면역 조직 화학 염색, 단백질 칩, 면역침강, 질량 분석, 또는 이들의 조합으로 수행되는 것인 방법.
  10. 청구항 6에 있어서, 상기 단백질 또는 그의 단편의 측정된 양이 정상 대조군에서 측정된 양에 비해 증가한 경우, 상기 개체는 관상 암종 유방암에 걸리거나 관상 암종 유방암에 걸릴 확률이 높은 것으로 결정하는 단계를 더 포함하는 것인 방법.
  11. 청구항 6에 있어서, 상기 개체의 유방암 진단을 통해 제2 개체의 유방암의 발병 가능성을 예측하는 단계를 더 포함하는 것인 방법.
  12. 청구항 11에 있어서, 상기 개체는 반려 동물이고 제2 개체는 사람인 것인 방법.
  13. 청구항 1에 있어서, ZG16B, CCL23, ALP, ITGB2, ATP6V1B1, 및 FAM162A로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상의 단백질 또는 그의 단편에 특이적으로 결합하는 물질을 더 포함하는 것인 조성물.
  14. 청구항 5에 있어서, ZG16B, CCL23, ALP, ITGB2, ATP6V1B1, 및 FAM162A로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상의 단백질 또는 그의 단편에 특이적으로 결합하는 물질을 더 포함하는 것인 키트.
  15. 청구항 6에 있어서, ZG16B, CCL23, ALP, ITGB2, ATP6V1B1, 및 FAM162A로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상의 단백질 또는 그의 단편의 양을 측정하는 단계를 더 포함하는 것인 방법.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2011501741A (ja) 2007-10-04 2011-01-13 エイジェンシー・フォー・サイエンス，テクノロジー・アンド・リサーチ（エイ・スター） がんの診断および治療のためのｔａｚ／ｗｗｔｒ１
US20120010090A1 (en) 2003-09-24 2012-01-12 Oncotherapy Science, Inc. Method of diagnosing breast cancer
WO2012115885A1 (en) * 2011-02-22 2012-08-30 Caris Life Sciences Luxembourg Holdings, S.A.R.L. Circulating biomarkers

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9803245B2 (en) * 2012-03-14 2017-10-31 University Health Network Signature for predicting clinical outcome in human HER2+ breast cancer

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20120010090A1 (en) 2003-09-24 2012-01-12 Oncotherapy Science, Inc. Method of diagnosing breast cancer
JP2011501741A (ja) 2007-10-04 2011-01-13 エイジェンシー・フォー・サイエンス，テクノロジー・アンド・リサーチ（エイ・スター） がんの診断および治療のためのｔａｚ／ｗｗｔｒ１
WO2012115885A1 (en) * 2011-02-22 2012-08-30 Caris Life Sciences Luxembourg Holdings, S.A.R.L. Circulating biomarkers

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
A K Singh et al, Biotech (2013), vol 3, pp 517-520.
Felisbina Lusia Queiroga et al, In Vivo (2011), vol 25, pp 455-466.
Salima Akter et al, Oncotarget (2015), vol 6, no 17, pp 15662-15680.

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