JPH05504889A - 16S及び23SrRNA遺伝子間のスペーサー領域から誘導される非ウイルス微生物検出用ハイブリダイゼーションプローブ - Google Patents
16S及び23SrRNA遺伝子間のスペーサー領域から誘導される非ウイルス微生物検出用ハイブリダイゼーションプローブInfo
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Abstract
Description
Claims (40)
- 1.非ウイルス生物、特に原核生物、より特定的には細菌のrRNA遺伝子間の スペーサー領域の少なくとも約15ヌクレオチド、好ましくは約15ヌクレオチ ド〜スペーサー領域のほぼ最大数のヌクレオチド、より好ましくは約15〜約1 00ヌクレオチドから構成されるプローブ。
- 2.検出すべき非ウイルス生物、特に原核生物、より特定的には細菌に固有であ るように選択されたrRNA遺伝子間のスペーサー領域、特に16SrRNA遺 伝子及び23SrRNA遺伝子間のスペーサー領域の配列にハイブリダイズする ために十分相補的なオリゴヌクレオチドを構築する段階を含む方法で得られるよ うなハイブリダイゼーションアッセイ用プローブであって、rRNA遺伝子間の スペーサー領域の前記配列が、 −*目的生物のrRNA遺伝子間のスペーサー領域のヌクレオチド配列を、最近 隣種のrRNA遺伝子間のスペーサー領域のヌクレオチド配列と比較し、 *最近隣種のうちの少なくとも1種のrRNA遺伝子間のスペーサー領域との間 に少なくとも1つのミスマッチを有する目的生物のrRNA遺伝子間のスペーサ ー領域の少なくとも約15ヌクレオチド、好ましくは約15〜ほぼ最大数のヌク レオチド、より好ましくは約15〜約100ヌクレオチドの配列を選択すること により、又は−*短縮スペーサー領域を得るように、目的生物のrRNA遺伝子 間のスペーサー領域からtRNA遺伝子及び場合によりシグナル配列を欠失させ 、 *少なくとも約15ヌクレオチド、好ましくは約15〜スペーサー領域のほぼ最 大数のヌクレオチド、より好ましくは約15〜約100ヌクレオチドから構成さ れ且つ目的生物の核酸(DNA及び/又はRNA}と特異的にハイブリダイズす ることが可能な特異的ヌクレオチド配列を試行錯誤により決定することにより、 選択されることを特徴とする請求項1に記載のプローブ。
- 3.−核酸グループ: グループNGI1: 【配列があります】 グループNGI2: 【配列があります】 【配列があります】 グループNMI1: 【配列があります】 グループNMI2: 【配列があります】 グループNMI3: 【配列があります】 グループNMI4: 【配列があります】 グループNMI5: 【配列があります】 グループNMI6: 【配列があります】 グループNMI1: 【配列があります】 グループBCI1: 【配列があります】 グループBCI2: 【配列があります】 グループBPI1: 【配列があります】 グループHII1: 【配列があります】 グループHII2: 【配列があります】 グループSAI1: 【配列があります】 グループSAI2: 【配列があります】 グループSAI3: 【配列があります】 【配列があります】 グループSAI4: 【配列があります】 グループSPI1: 【配列があります】 グループSPI2: 【配列があります】 グループSPI3: 【配列があります】 から選択される核酸に属しており且つ15〜選択された核酸の最大数のヌクレオ チドを含む配列、又は下記の場合のいずれにおいてもプローブが対応する非修飾 配列と同一のRNA又はDNA標的とハイブリダイズするという条件下で、 −・夫々の末端のいずれかに1又は数個のヌクレオチドが付加もしくは除去され ているか、 前記配列のいずれかで1個以上のヌクレオチドが置換されているか、 その両方により前記配列のいずれかと異なる変異配列を含むことを特徴とする請 求項1又は2に記載のプローブ。
- 4.1種以上のNeisseria gonorrhoeae株を検出するため のプローブてあって、−核酸グループ: グループNGI1: 【配列があります】 グループNGI2: 【配列があります】 から選択される核酸に属しており且つ15〜選択された核酸の最大数のヌクレオ チドを含む配列、又は下記の場合のいずれにおいてもプローブが対応する非修飾 配列と同一のRNA又はDNA標的とハイブリダイズするという条件下で、 −.夫々の末端のいずれかに1又は数個のヌクレオチドが付加もしくは除去され ているか、 前記配列のいずれかで1個以上のヌクレオチドが置換されているか、 その両方により前記配列のいずれかと異なる変異配列を含むことを特徴とするプ ローブ。
- 5.生物字的サンプル中でNeisseria gonorrhoeae株を検 出するための方法であって、場合によりプローブの標的配列を夾叉する(fla nking)2種のプライマー、より好ましくは進化的に高保存性の2種のプラ イマーを介するポリメラーゼ鎖反応を使用して増幅させた検出すべき株の核酸( DNA又はRNA)を必要に応じて適切な変性条件下でハイブリダイゼーション できるようにしておいた前記生物字的サンプルを、プローブとサンプル中に存在 し得るNeisseria gonorrhoeae株の相補的核酸との間のハ イブリダイゼーションを可能にする条件下で請求項4に記載のプローブと接触さ せる段階と、特にサンプル中に存在し得るNeisseria gonorrh oeac株のDNA及びRNAの両方とハイブリダイズするプローブとの間でハ イブリッドが形成された場合にこれを検出する段階とを含むことを特徴とする方 法。
- 6.ハイブリダイゼーション媒体が、約3×SSC(1×SSC=0.15M NaCl,0.015Mクエン酸ナトリウム、pH7.0)、約25mMのリン 酸緩衝液pH7.1、20%脱イオン化ホルムアミド、0.02%Ficoll 、0.02%ウシ血溝アルブミン、0.02%ポリビニルピロリドン及び約0. 1mg/mlの剪断変性サケ***DNAを含有しており、及び/又は洗浄媒体が 、約3×SSC、25mMリン酸緩衝液pH7.1及び20%脱イオン化ホルム アミドを含有しており、使用されるプローブが請求項4に記載のプローブのいず れかであり、ハイブリダイゼーション温度が約50℃の範囲及び/又は洗浄温度 が約50℃の範囲に適宜調節され、特に、前記標的配列と対応する該当ハイブリ ダイゼーション温度(HT)及び洗浄温度(WT)が夫々、 【配列があります】 HT及び/又はWT:50℃、 【配列があります】 HT及び/又はWT:50℃であることを特徴とする請求項5に記載の生物学的 サンプル中でNeisseriagonorrhoeaeを検出するための方法 。
- 7.生物学的サンプル中で多数、好ましくは全Neisseria gonor rhoeae株をin vitro検出するためのキットであって、 −請求項4に記載のプローブのいずれかから選択された少なくとも1種のプロー ブと、 −これらのプローブと多数、好ましくは全Neisseria gonorrh oeae株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を生 じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むか、又は−同一核酸分子を標的にし、少なくとも1種がNei sseria gonorrhoeaeに対して特異的であり且つ請求項4に記 載のプローブのいずれか1種から選択された少なくとも2種のプローブと、 −これらのプローブとNeisserila gonorrhocae株のDN A及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を生じさせることが可 能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、−前記ハイブリダイゼ ーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するための手段とを含むか、 又は−固体支持体に固定された請求項4に記載のプローブのいずれかから選択さ れた少なくとも1種のプローブと、−該プローブの標的配列を含むDNA及び/ 又はRNAの酵素的増幅を適時実施するために必要なプライマーと、−酵素的増 幅が可能であり及び/又はこれらのプローブとNeisseria gonor rhoeae株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応 を生じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むことを特徴とするキット。
- 8.1種以上のNeisseria meningitidls株を検出するた めのプローブであって、−核酸グループ: グループNMI1: 【配列があります】 グループNMI2: 【配列があります】 グループNMI3: 【配列があります】 グループNMI4: 【配列があります】 グループNMI5: 【配列があります】 グループNMI6: 【配列があります】 から選択される核酸に属しており且つ15〜選択された核酸の最大数のヌクレオ チドを含む配列、又は下記の場合のいずれにおいてもプローブが対応する非修飾 配列と同一のRNA又はDNA標的とハイブリダイズするという条件下で、 −・夫々の末端のいずれかに1又は数個のヌクレオチドが付加もしくは除去され ているか、 前記配列のいずれかで1個以上のヌクレオチドが置換されているか、 その両方により前記配列のいずれかと異なる変異配列を含むことを特徴とするプ ローブ。
- 9.生物字的サンプル中でNeisseria meningitidis株を 検出するための方法てあって、場合によりプローブの標的配列を夾叉する2種の プライマー、より好ましくは進化的に高保存性の2種のプライマーを介するポリ メラーゼ鎖反応を使用して増幅させた検出すべき株の核酸(DNA又はRNA) を必要に応じて適切な変性条件下でハイブリダイゼーションできるようにしてお いた前記生物学的サンプルを、プローブとサンプル中に存在し得るNeisse ria meningitids株の相補的核酸との間のハイブリダイゼーショ ンを可能にする条件下で請求項8に記載のプローブと接触させる段階と、特にサ ンプル中に存在し得るNeisseria meningitidis株のDN A及びRNAの両方とハイブリダイズするプローブとの間でハイブリッドが形成 された場合にこれを検出する段階とを含むことを特徴とする方法。
- 10.ハイブリダイゼーション媒体が、約3×SSC(1×SSC=0.15M NaC1,0.015Mクエン酸ナトリウム、pH7.0)、約25mMのリ ン酸緩衝液pH7.1、20%脱イオン化ホルムアミド、0.02%Ficol l、0.02%ウシ血清アルブミン、0.02%ポリビニルピロリドン及び約0 .1mg/mlの剪断変性サケ***DNAを含有しており、及び/又は洗浄媒体 が、約3×SSC、25mMリン酸緩衝液pH7.1及び20%脱イオン化ホル ムアミドを含有しており、使用されるプローブが請求項8に記載のプローブのい ずれかであり、ハイブリダイゼーション温度が約40〜58℃の範囲及び/又は 洗浄温度が約40〜58℃の範囲に適宜調節され、特に、前記標的配列と対応す る該当ハイブリダイゼーション温度(HT)及び洗浄温度(WT)が夫々、【配 列があります】 HT及び/又はWT:45℃、 【配列があります】 HT及び/又はWT:45℃、 【配列があります】 HT及び/又はWT:40℃、 【配列があります】 HT及び/又はWT:48℃、 【配列があります】 HT及び/又はWT:58℃、 【配列があります】 HT及び/又はWT:50℃であることを特徴とする請求項5に記載の生物学的 サンプル中でNeisseriameningitidisを検出するための方 法。
- 11.生物学的サンプル中で多数、好ましくは全Neisseria meni ngitidis株をin Vitro検出するためのキットであっと、 −請求項8に記載のプローブのいずれかから選択された少なくとも1種のプロー ブと、 −これらのプローブと多数、好ましくは全Neisseria meningi tidis株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を 生じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むか、又は−同一核酸分子を標的にし、少なくとも1種がNei sserila meningitidisに対して特異的であり且つ請求項8 に記載のプローブのいずれか1種から選択された少なくとも2種のプローブと、 −これらのプローブとNeisseria meningitidis株のDN A及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を生じさせることが可 能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、−前記ハイブリダイゼ ーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するための手段とを含むか、 又は−固体支持体に固定された請求項4に記載のプローブのいずれかから選択さ れた少なくとも1種のプローブと、−該プローブの標的配列を含むDNA及び/ 又はRNAの酵素的増幅を適時実施するために必要なプライマーと、−酵素的増 幅が可能であり及び/又はこれらのプローブとNeisseria menin gitidis株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反 応を生じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と 、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むことを特徴とするキット。
- 12.1種以上のHaemophilus ducrevi株を検出するための プローブであって、−核酸グループ: グループHDI1: 【配列があります】 から選択される核酸に属しており且つ15〜選択された核酸の最大数のヌクレオ チドを含む配列、又は下記の場合のいずれにおいてもプローブが対応する非修飾 配列と同一のRNA又はDNA標的とハイブリダイズするという条件下で、 −・夫々の末端のいずれかに1又は数個のヌクレオチドが付加もしくは除去され ているか、 前記配列のいずれかで1個以上のヌクレオチドが置換されているか、 その両方により前記配列のいずれかと異なる変異配列を含むことを特徴とするプ ローブ。
- 13.生物学的サンプル中でHaemophilusducreyi株を検出す るための方法てあって、場合によりプローブの標的配列を夾叉する2種のプライ マー、より好ましくは進化的に高保存性の2種のプライマーを介するポリメラー ゼ鎖反応を使用して増幅させた検出すべき株の核酸(DNA又はRNA)を必要 に応じて適切な変性条件下でハイブリダイゼーションできるようにしておいた前 記生物学的サンプルを、プローブとサンプル中に存在し得るHaemophil us ducreyi株の相補的核酸との間のハイブリダイゼーションを可能に する条件下で請求項12に記載のプローブと接触させる段階と、特にサンプル中 に存在し得るHaemophilus ducreyi株のDNA及びRNAの 両方とハイブリダイズするプローブとの間でハイブリッドが形成された場合にこ れを検出する段階とを含むことを特徴とする方法。
- 14.ハイブリダイゼーション媒体が、約3×SSC(1×SSC=0.15M NaCl,0.015Mクエン酸ナトリウム、pH7.0)、約25mMのリ ン酸緩衝液pH7.1、20%脱イオン化ホルムアミド、0.02%Ficol l、0.02%ウシ血清アルブミン、0.02%ポリビニルピロリドン及び約0 .1mg/mlの剪断変性サケ***DNAを含有しており、及び/又は洗浄媒体 が、約3×SSC、25mMリン酸緩衝液pH7.1及び20%脱イオン化ホル ムアミドを含有しており、使用されるプローブが請求項12に記載のプローブの いずれかであり、ハイブリダイゼーション温度が約40℃の範囲及び/又は洗浄 温度が約40℃の範囲に適宜調節され、特に、前記標的配列と対応する該当ハイ ブリダイゼーション温度(HT)及び洗浄温度(WT)が夫々、 【配列があります】 HT及び/又はWT:40℃であることを特徴とする請求項13に記載の生物学 的サンプル中でHaemophilus ducreyiを検出するための方法 。
- 15.生物学的サンプル中で多数、好ましくは全Haemophilus du creyi株をin Vitro検出するためのキットであって、 −請求項12に記載のプローブのいずれかから選択された少なくとも1種のプロ ーブと、 −これらのプローブと多数、好ましくは全Haemophilus ducre yi株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を生じさ せることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、−前記ハ イブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するための手段 とを含むか、又は−同一核酸分子を標的にし、少なくとも1種がHaemoph ilus ducreyiに対して特異的であり且つ請求項12に記載のプロー ブのいずれか1種から選択された少なくとも2種のプローブと、 −これらのプローブとHaemophilus ducreyi株のDNA及び /又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を生じさせることが可能な緩 衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むか、又は−固体支持体に固定された請求項12に記載のプロー ブのいずれかから選択された少なくとも1種のプローブと、−該プローブの標的 配列を含むDNA及び/又はRNAの酵素的増幅を適時実施するために必要なプ ライマーと、−酵素的増幅が可能であり及び/又はこれらのプローブとHaem ophilus ducrdyi株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリ ダイゼーション反応を生じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するた めに必要な成分と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むことを特徴とするキット。
- 16.1種以上のBranhamella catarrhalis株を検出す るためのプローブであって、−核酸グループ: グループBCI1: 【配列があります】 グループBCI2: 【配列があります】 から選択される核酸に属しており且つ15〜選択された核酸の最大数のヌクレオ チドを含む配列、又は下記の場合のいずれにおいてもプローブが対応する非修飾 配列と同一のRNA又はDNA標的とハイブリダイズするという条件下で、 −.夫々の末端のいずれかに1又は数個のヌクレオチドが付加もしくは除去され ているか、 前記配列のいずれかで1個以上のヌクレオチドが置換されているか、 その両方により前記配列のいずれかと異なる変異配列を含むことを特徴とするプ ローブ。
- 17.生物学的サンプル中でBranhamella catarrhalis 株を検出するための方法てあって、場合によりプローブの標的配列を夾叉する2 種のプライマー、より好ましくは進化的に高保存性の2種のプライマーを介する ポリメラーゼ鎖反応を使用して増幅させた検出すべき株の核酸(DNA又はRN A)を必要に応じて適切な変性条件下でハイブリダイゼーションできるようにし ておいた前記生物学的サンプルを、プローブとサンプル中に存在し得るBran hamella catarrhalis株の相補的核酸との間のハイブリダイ ゼーションを可能にする条件下で請求項16に記載のプローブと接触させる段階 と、特にサンプル中に存在し得るBranhamella catarrhal is株のDNA及びRNAの両方とハイブリダイズするプローブとの間でハイブ リッドが形成された場合にこれを検出する段階とを含むことを特徴とする方法。
- 18.ハイブリダイゼーション媒体が、約3×SSC(1×SSC=0.15M NaC1,0.015Mクエン酸ナトリウム、pH7,0)、約25mMのリ ン酸緩衝液pH7.1、20%脱イオン化ホルムアミド、0.02%Ficol l、0.02%ウシ血清アルブミン、0.02%ポリビニルピロリドン及び約0 .1mg/mlの剪断変性サケ***DNAを含有しており、及び/又は洗浄媒体 が、約3×SSC、25mMリン酸緩衝液pH7.1及び20%脱イオン化ホル ムアミドを含有しており、使用されるプローブが請求項16に記載のプローブの いずれかであり、ハイブリダイゼーション温度が約30〜42℃の範囲及び/又 は洗浄温度が約30〜42℃の範囲に適宜調節され、特に、前記標的配列と対応 する該当ハイブリダイゼーション温度(HT)及び洗浄温度(WT)が夫々、【 配列があります】 HT及び/又はWT:30℃ 【配列があります】 HT及び/又はWT:42℃であることを特徴とする請求項17に記載の生物学 的サンプル中でBranhamella catarrhalisを検出するた めの方法。
- 19.生物学的サンプル中で多数、好ましくは全Branhamella ca tarrhalis株をin vitro検出するためのキットであって、−請 求項16に記載のプローブのいずれかから選択された少なくとも1種のプローブ と、 −これらのプローブと多数、好ましくは全Branhamella catar rhalis株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応 を生じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むか、又は−同一核酸分子を標的にし、少なくとも1種がBra nhamella catarrhalisに対して特異的であり且つ請求項1 6に記載のプローブのいずれか1種から選択された少なくとも2種のプローブと 、−これらのプローブとBranhamella catarrhalis株の DNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を生じさせること が可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、−前記ハイブリダ イゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するための手段とを含む か、又は−固体支持体に固定された請求項16に記載のプローブのいずれかから 選択された少なくとも1種のプローブと、−該プローブの標的配列を含むDNA 及び/又はRNAの酵素的増幅を適時実施するために必要なプライマーと、−酵 素的増幅が可能であり及び/又はこれらのプローブとBranhamella catarrhalis株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼー ション反応を生じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要 な成分と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むことを特徴とするキット。
- 20.1種以上のBordetella pertussis株を検出するため のプローブてあって、−核酸グループ: グループBPI1: 【配列があります】 から選択される核酸に属しており且つ15〜選択された核酸の最大数のヌクレオ チドを含む配列、又は下記の場合のいずれにおいてもプローブが対応する非修飾 配列と同一のRNA又はDNA標的とハイプリダイズするという条件下で、 −.夫々の末端のいずれかに1又は数個のヌクレオチドが付加もしくは除去され ているか、 前記配列のいずれかで1個以上のヌクレオチドが置換されているか、 その両方により前記配列のいずれかと異なる変異配列を含むことを特徴とするプ ローブ。
- 21.生物学的サンプル中でBordetelia pertussis株を検 出するための方法であって、場合によりプローブの標的配列を夾叉する2種のプ ライマー、より好ましくは進化的に高保存性の2種のプライマーを介するポリメ ラーゼ鎖反応を使用して増幅させた検出すべき株の核酸(DNA又はRNA)を 必要に応じて適切な変性条件下でハイブリダイゼーションできるようにしておい た前記生物学的サンプルを、プローブとサンプル中に存在し得るBordete lla pertussis株の相補的核酸との間のハイブリダイゼーションを 可能にする条件下で請求項20に記載のプローブと接触させる段階と、特にサン プル中に存在し得るBordetella pertussis株のDNA及び RNAの両方とハイブリダイズするプローブとの間でハイブリッドが形成された 場合にこれを検出する段階とを含むことを特徴とする方法。
- 22.ハイブリダイゼーション媒体が、約3×SSC(1×SSC=0.15M NaCl,0.015Mクエン酸ナトリウム、pH7.0)、約25mMのリ ン酸緩衝液pH7.1、20%脱イオン化ホルムアミド、0.02%Ficol l、0.02%ウシ血清アルブミン、0.02%ポリビニルピロリドン及び約0 .1mg/mlの剪断変性サケ***DNAを含有しており、及び/又は洗浄媒体 が、約3×SSC、25mMリン酸緩衝液pH7.1及び20%脱イオン化ホル ムアミドを含有しており、使用されるプローブが請求項20に記載のプローブの いずれかであり、ハイブリダイゼーション温度が約55℃の範囲及び/又は洗浄 温度が約55℃の範囲に適宜調節され、待に、前記標的配列と対応する該当ハイ ブリダイゼーション温度(HT)及び洗浄温度(WT)が夫々、 【配列があります】 HT及び/又はWT:55℃であることを特徴とする請求項21に記載の生物学 的サンプル中でBordetella pertussisを検出するための方 法。
- 23.生物学的サンプル中で多数、好ましくは全Bordetella per tussis株をin vitro検出するためのキットであって、 −請求項20に記載のプローブのいずれかから選択された少なくとも1種のプロ ーブと、 −これらのプローブと多数、好ましくは全Bordetella pertus sis株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を生じ させることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、−前記 ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するための手 段とを含むか、又は−同一核酸分子を標的にし、少なくとも1種がBordet ella pertussisに対して特異的であり且つ請求項20に記載のプ ローブのいずれか1種から選択された少なくとも2種のプローブと、 −これらのプローブとBordetella pertussis株のDNA及 び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を生じさせることが可能な 緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、−前記ハイブリダイゼーシ ョンにより形成されたハイブリッドを適時検出するための手段とを含むか、又は −固体支持体に固定された請求項20に記載のプローブのいずれかから選択され た少なくとも1種のプローブと、−該プローブの標的配列を含むDNA及び/又 はRNAの酵素的増幅を適時実施するために必要なプライマーと、−酵素的増幅 が可能であり及び/又はこれらのプローブとBordetella pertu ssis株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を生 じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むことを特徴とするキット。
- 24.1種以上のHaemophilus influenzae株を検出する ためのプローブであって、一核酸グループ: グループHII1: 【配列があります】 グループHII2: 【配列があります】 から選択される核酸に属しており且つ15〜選択された核酸の最大数のヌクレオ チドを含む配列、又は下記の場合のいずれにおいてもプローブが対応する非修飾 配列と同一のRNA又はDNA標的とハイブリダイズするという条件下で、 −・夫々の末端のいずれかに1又は数個のヌクレオチドが付加もしくは除去され ているか、 前記配列のいずれかで1個以上のヌクレオチドが置換されているか、 その両方により前記配列のいずれかと異なる変異配列を含むことを特徴とするプ ローブ。
- 25.生物学的サンプル中でHaemophilus influenzae株 を検出するための方法であって、場合によりプローブの標的配列を夾叉する2種 のプライマー、より好ましくは進化的に高保存性の2種のプライマーを介するポ リメラーゼ鎖反応を使用して増幅させた検出すべき株の核酸(DNA又はRNA )を必要に応じて適切な変性条件下でハイブリダイゼーションできるようにして おいた前記生物学的サンプルを、プローブとサンプル中に存在し得るHaemo philus influenzae株の相補的核酸との間のハイブリダイゼー ションを可能にする条件下で請求項24に記載のプローブと接触させる段階と、 特にサンプル中に存在し得るHaemophilus influenzae株 のDNA及びRNAの両方とハイブリダイズするプローブとの間でハイブリッド が形成された場合にこれを検出する段階とを含むことを特徴とする方法。
- 26.ハイブリダイゼーション媒体が、約3×SSC(1×SSC=0.15M NaCl,0.015Mクエン酸ナトリウム、pH7.0)、約25mMのリ ン酸緩衝液pH7.1、20%脱イオン化ホルムアミド、0.02%Ficol l、0.02%ウシ血清アルブミン、0.02%ポリビニルピロリドン及び約0 .1mg/mlの剪断変性サケ***DNAを含有しており、及び/又は洗浄媒体 が、約3×SSC、25mMリン酸緩衝液pH7.1及び20%脱イオン化ホル ムアミドを含有しており、使用されるプローブが請求項24に記載のプローブの いずれかであり、ハイブリダイゼーション温度が約35〜55℃の範囲及び/又 は洗浄温度が約35〜55℃の範囲に適宜調節され、特に、前記標的配列と対応 する該当ハイブリダイゼーション温度(HT)及び洗浄温度(WT)が夫々、【 配列があります】 HT及び/又はWT:55℃、 【配列があります】 HT及び/又はWT:35℃であることを特徴とする請求項25に記載の生物学 的サンプル中でHaemophilus influenzaeを検出するため の方法。
- 27.生物学的サンプル中で多数、好ましくは全Haemophilus in fluenzae株をin vltro検出するためのキットであって、 −請求項24に記載のプローブのいずれかから選択された少なくとも1種のプロ ーブと、 −これらのプローブと多数、好ましくは全Haemophilus influ enzae株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を 生じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むか、又は−同一核酸分子を標的にし、少なくとも1種がHae mophilus influenzaeに対して特異的であり且つ請求項24 に記載のプローブのいずれか1種から選択された少なくとも2種のプローブと、 −これらのプローブとHaemophilus influenzae株のDN A及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を生じさせることが可 能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、−前記ハイブリダイゼ ーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するための手段とを含むか、 又は−固体支持体に固定された請求項24に記載のプローブのいずれかから選択 された少なくとも1種のプローブと、−該プローブの標的配列を含むDNA及び /又はRNAの酵素的増幅を適時実施するために必要なプライマーと、−酵素的 増幅が可能であり及び/又はこれらのプローブとHaemophilus in fluenzae株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション 反応を生しさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分 と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むことを特徴とするキット。
- 28.1種以上のStreptococcus pneumoniae株を検出 するためのプローブであって、−核酸グループ: グループSPI1: 【配列があります】 グループSPI2: 【配列があります】 グループSPI3: 【配列があります】 から選択される核酸に属しており且つ15〜選択された核酸の最大数のヌクレオ チドを含む配列、又は下記の場合のいずれにおいてもプローブが対応する非修飾 配列と同一のRNA又はDNA標的とハイブリダイズするという条件下で、 −・夫々の末端のいずれかに1又は数個のヌクレオチドが付加もしくは除去され ているか、 前記配列のいずれかで1個以上のヌクレオチドが置換されているか、 その両方により前記配列のいずれかと異なる変異配列を含むことを特徴とするプ ローブ。
- 29.生物学的サンプル中でStreptococcuspneumoniae 株を検出するための方法であって、場合によりプローブの標的配列を夾叉する2 種のプライマー、より好ましくは進化的に高保存性の2種のプライマーを介する ポリメラーゼ鎖反応を使用して増幅させた検出すべき株の核酸(DNA又はRN A)を必要に応じて適切な変性条件下でハイブリダイゼーションできるようにし ておいた前記生物学的サンプルを、プローブとサンプル中に存在し得るStre ptococcus pneumoniae株の相補的核酸との間のハイブリダ イゼーシヨンを可能にする条件下で請求項28に記載のプローブと接触させる段 階と、特にサンププル中に存在し得るStreptococcus pneum oniae株のDNA及びRNAの両方とハイブリダイズするプローブとの間で ハイブリッドが形成された場合にこれを検出する段階とを含むことを特徴とする 方法。
- 30.ハイブリダイゼーション媒体が、約3×SSC(1×SSC=0.15M NaCl,0.015Mクエン酸ナトリウム、pH7.0)、約25mMのリ ン酸緩衝液pH7.1、20%脱イオン化ホルムアミド、0.02%Ficol l、0.02%ウシ血清アルブミン、0.02%ポリビニルピロリドン及び約0 .1mg/mlの剪断変性サケ***DNAを含有しており、及び/又は洗浄媒体 が、約3×SSC、25mMリン酸緩衝液pH7.1及び20%脱イオン化ホル ムアミドを含有しており、使用されるプローブが請求項24に記載のプローブの いずれかであり、ハイブリダイゼーション温度が約45℃の範囲及び/又は洗浄 温度が約45℃の範囲に適宜調節され、特に、前記標的配列と対応する該当ハイ ブリダイゼーション温度(HT)及び洗浄温度(WT)が夫々、 【配列があります】 HT及び/又はWT:45℃、 【配列があります】 HT及び/又はWT:45℃、 【配列があります】 HT及び/又はWT:45℃であることを特徴とする請求項29に記載の生物学 的サンプル中でStreptococcus pneumoniaeを検出する ための方法。
- 31.生物学的サンプル中で多数、好ましくは全Streptococcus pneumoniae株をin vitro検出するためのキットであって、− 請求項28に記載のプローブのいずれかから選択された少なくとも1種のプロー ブと、 −これらのプローブと多数、好ましくは全Streptococcus pne umoniae株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反 応を生じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と 、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むか、又は−同一核酸分子を標的にし、少なくとも1修がStr eptococcus pneumoniaeに対して特異的であり且つ請求項 28に記載のプローブのいずれか1種から選択された少なくとも2種のプローブ と、−これらのプローブとStreptococcus pneumoniae 株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を生じさせる ことが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、−前記ハイブ リダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するための手段とを 含むか、又は−固体支持体に固定された請求項28に記載のプローブのいずれか から選択された少なくとも1種のプローブと、−該プローブの標的配列を含むD NA及び/又はRNAの酵素的増幅を適時実施するために必要なプライマーと、 −酵素的増幅が可能であり及び/又はこれらのプローブとStreptococ cuspnuemoniae株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイ ゼーション反応を生じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために 必要な成分と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むことを特徴とするキット。
- 32.1種以上のStreptococcus agalactiae株を検出 するためのプローブてあって、−核酸グループ: グループSAI1: 【配列があります】 グループSAI2: 【配列があります】 グループSAI3: 【配列があります】 クループSAI4: 【配列があります】 から選択される核酸に属しており且つ15〜選択された核酸の最大数のヌクレオ チドを含む配列、又は下記の場合のいずれにおいてもプローブが対応する非修飾 配列と同一のRNA又はDNA標的とハイブリダイズするという条件下で、 −.夫々の末端のいずれかに1又は数個のヌクレオチドが付加もしくは除去され ているか、 前記配列のいずれかで1個以上のヌクレオチドが置換されているか、 その両方により前記配列のいずれかと異なる変異配列を含むことを特徴とするプ ローブ。
- 33.生物学的サンプル中でStreptococcus agalactia e株を検出するための方法であって、場合によりプローブの標的配列を夾叉する 2種のプライマー、より好ましくは進化的に高保存性の2種のプライマーを介す るポリメラーゼ鎖反応を使用して増幅させた検出すべき株の核酸(DNA又はR NA)を必要に応じて適切な変性条件下でハイブリダイゼーションできるように しておいた前記生物学的サンプルを、プローブとサンプル中に存在し得るStr eptococcus agalactiae株の相補的核酸との間のハイブリ ダイゼーシヨンを可能にする条件下で請求項32に記載のプローブと接触させる 段階と、特にサンプル中に存在し得るStreptococcus agala ctiae株のDNA及びRNAの両方とハイブリダイズするプローブとの間で ハイブリッドが形成された場合にこれを検出する段階とを含むことを特徴とする 方法。
- 34.ハイブリダイゼーション媒体が、約3×SSC(1×SSC=0.15M NaCl,0.015Mクエン酸ナトリウム、pH7.0)、約25mMのリ ン酸緩衝液pH7.1、20%脱イオン化ホルムアミド、0.02%Ficol l、0.02%ウシ血清アルブミン、0.02%ポリビニルピロリドン及び約0 .1mg/mlの剪断変性サケ***DNAを含有しており、及び/又は洗浄媒体 が、約3×SSC、25mMリン酸緩衝液pH7.1及び20%脱イオン化ホル ムアミドを含有しており、使用されるプローブが請求項32に記載のプローブの いずれかであり、ハイブリダイゼーション温度が約35〜45℃の範囲及び/又 は洗浄温度が約35〜45℃の範囲に適宜調節され、特に、前記標的配列と対応 する該当ハイブリダイゼーション温度(HT)及び洗浄温度(WT)が夫々、【 配列があります】 HT及び/又はWT:35℃、 【配列があります】 HT及び/又はWT:45℃、 【配列があります】 HT及び/又はWT:45℃、 【配列があります】 HT及び/又はWT:37であることを特徴とする請求項33に記載の生物字的 サンププル中でStreptococcus agalactiaeを検出する ための方法。
- 35.生物字的サンプル中で多数、好ましくは全Streptococcus agalactiae株をin vitro検出するためのキットであって、− 請求項32に記載のプローブのいずれかから選択された少なくとも1種のプロー ブと、 −これらのプローブと多数、好ましくは全Streptococcus aga lactiae株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反 応を生じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と 、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むか、又は−同一核酸分子を標的にし、少なくとも1種がStr eptococcus agalactiaeに対して特異的であり且つ請求項 32に記載のプローブのいずれか1種から選択された少なくとも2種のプローブ と、−これらのプローブとStreptococcus agalactiae 株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を生じさせる ことが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、−前記ハイブ リダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するための手段とを 含むか、又は−固体支持体に固定された請求項32に記載のプローブのいずれか から選択された少なくとも1種のプローブと、−該プローブの標的配列を含むD NA及び/又はRNAの酵素的増幅を適時実施するために必要なプライマーと、 −酵素的増幅が可能であり及び/又はこれらのプローブとStreptococ cus agalactiae株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダ イゼーション反応を生じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するため に必要な成分と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むことを特徴とするキット。
- 36.1種以上のCampylobacter jejuni及びCampyl obacter coli株を検出するためのプローブであって、プローブが適 切な条件でCampylobacter jejuni及びCampyloba cter coli由来のDNA及び/又はRNAのみとハイブリダイズし、他 の生物由来のDNA及び/又はRNAとはハイブリダイズしないという条件下で 、図10に示す16S−23SrRNAスペーサー配列から誘導される15〜最 大数のヌクレオチドの配列又はその相補配列を含むことを特徴とするプローブ。
- 37.生物学的サンプル中でCampylobacterjejuni及びCa mpylobacter coli株を検出するための方法であって、場合によ りプローブの標的配列を夾叉する2種のプライマー、より好ましくは進化的に高 保存性の2種のプライマーを介するポリメラーゼ鎖反応を使用して増幅させた検 出すべき株の核酸(DNA又はRNA)を必要に応じて適切な変性条件下でハイ ブリダイゼーションできるようにしておいた前記生物学的サンプルを、プローブ とサンプル中に存在し得るCampyiobacter jejuni及びCa mylobacter coli株の相補的核酸との間のハイブリダイゼーショ ンを可能にする条件下で請求項36に記載のプローブと接触させる段階と、特に サンプル中に存在し得るCampylobacter jejuni及びCam pylobacter coli株のDNA及びRNAの両方とハイブリダイズ するプローブとの間でハイブリッドが形成された場合にこれを検出する段階とを 含むことを特徴とする方法。
- 38.生物学的サンプル中で多数、好ましくは全Campylobacter jejuni及びCamylobacter coli株をin vitro検 出するためのキットであって、 −請求項36に記載のプローブのいずれかから選択された少なくとも1種のプロ ーブと、 −これらのプローブと多数、好ましくは全Campylobacter jej uni及びCampylobacter coli株のDNA及び/又はRNA との間にハイブリダイゼーション反応を生じさせることが可能な緩衝液又は該緩 衝液を生成するために必要な成分と、−前記ハイブリダイゼーションにより形成 されたハイブリッドを適時検出するための手段とを含むか、又は−同一核酸分子 を標的にし、少なくとも1種がCamylobacter jejuni及びC mpylobacter coliに対して特異的てあり且つ請求項36に記載 のプローブのいずれか1種から選択された少なくとも2種のプローブと、 −これらのプローブとCampylobacter jejuni及びCamp ylobacter coli株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダ イゼーション反応を生じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するため に必要な成分と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むか、又は−固体支持体に固定された請求項36に記載のプロー ブのいずれかから選択された少なくとも1種のプローブと、−該プローブの標的 配列を含むDNA及び/又はRNAの酵素的増幅を適時実施するために必要なプ ライマーと、−酵素的増幅が可能であり及び/又はこれらのプローブとCamp ylobacter jejuni及びCampylobacter coli 株のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼーション反応を生じさせる ことが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必要な成分と、 −前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適時検出するた めの手段とを含むことを特徴とするキット。
- 39.検出すべき微生物に特異的な請求項1から4、8、12、16、20、2 4、28、32及び36のいずれか一項に記載のプローブを使用して生物学的サ ンプル中に含まれる1種の微生物又は数種の微生物を同時にin vitro検 出するための方法であって、好ましくはプローブ領域を夾叉する少なくとも1組 のプライマーによる酵素的増幅を使用して、生物学的サンプル中に存在する(標 的配列を含む)DNA及び/又はRNAを標識し、増幅した標的配列と膜上のプ ローブとの特異的ハイブリダイゼーションを可能にする媒体中で、1種以上のオ リゴヌクレオチドプローブを既知の位置にドットスポットした膜に前記生物学的 サンプルを接触させ、ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを 適切な手段により検出することを特徴とする方法。
- 40.生物学的サンプル中に含まれる1種の微生物又は数種の微生物を同時にi n vitro検出するためのキットであって、 −検出すべき微生物に特異的であり、膜にドットスポットした請求項1から4、 8、12、16、20、24、28、32及び36のいずれか一項に記載のプロ ーブの少なくとも1種と、 −該プローブの標的配列を含むDNA及び/又はRNAの酵素的増幅を適時実施 するために必要なプライマーと、−酵素的増幅が可能であり及び/又はこれらの プローブと検出すべき微生物のDNA及び/又はRNAとの間にハイブリダイゼ ーション反応を生じさせることが可能な緩衝液又は該緩衝液を生成するために必 要な成分と、−前記ハイブリダイゼーションにより形成されたハイブリッドを適 時検出するための手段とを含むことを特徴とするキット。
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