CN115850420A - 来自植物的杀昆虫蛋白及其使用方法 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了用于防治有害生物的组合物和方法。所述方法涉及用编码杀昆虫蛋白的核酸序列来转化生物体。特别地,所述核酸序列可用于制备具有杀昆虫活性的植物和微生物。因此,提供了经转化的细菌、植物、植物细胞、植物组织以及种子。组合物是细菌物种的杀昆虫核酸和蛋白。所述序列可用于构建随后转化到包括植物在内的目的生物体中的表达载体,作为用于分离其他同源(或部分同源的)基因的探针。所述杀有害生物蛋白可用于防治鳞翅目、鞘翅目、双翅目、真菌、半翅目和线虫有害生物群体,抑制其生长或将其杀灭,并且可用于生产具有杀昆虫活性的组合物。
Description
本申请是申请日为2019年3月12日,申请号为201980018980.9,发明名称为“来自植物的杀昆虫蛋白及其使用方法”的发明专利申请的分案申请。
本申请要求2018年3月14日提交的美国临时申请号62/642642的权益,所述临时申请通过引用以其全文并入本文。
以电子方式递交的序列表的引用
该序列表的官方副本经由EFS-Web作为ASCII格式的序列表以电子方式提交,文件名为“RTS21844WOPCT_SequenceListing”,创建于2019年1月21日,且具有1,539千字节大小,并且与本说明书同时提交。包含在所述ASCII格式的文件中的序列表是本说明书的一部分并且通过引用以其整体并入本文。
技术领域
本公开涉及分子生物学领域。提供了编码杀有害生物蛋白的新颖基因。这些杀有害生物蛋白和编码它们的核酸序列可用于制备杀有害生物制剂和生产有害生物抗性转基因植物。
背景技术
使用微生物剂(如真菌、细菌或其他昆虫物种)对具有农业意义的昆虫有害生物进行生物防治,为合成型化学杀有害生物剂提供了环境友好且有商业吸引力的替代方案。一般来说,使用生物杀有害生物剂造成污染和环境危害的风险较低,并且生物杀有害生物剂提供比传统广谱化学杀昆虫剂所特有的靶特异性更强的靶特异性。另外,生物杀有害生物剂往往生产成本较低,并且因此能提高各种作物的经济产量。
已知芽孢杆菌属(Bacillus)微生物的某些物种对一系列昆虫有害生物具有杀有害生物活性,所述昆虫有害生物包括鳞翅目(Lepidoptera)、双翅目(Diptera)、鞘翅目(Coleoptera)、半翅目(Hemiptera)等。苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)和日本金龟子芽孢杆菌(Bacilluspopilliae)是迄今为止发现的最成功的生物防治剂。昆虫致病性还归因于幼虫芽孢杆菌(B.larvae)、缓病芽孢杆菌(B.lentimorbus)、球形芽孢杆菌(B.sphaericus)和蜡状芽孢杆菌(B.cereus)的菌株。微生物杀昆虫剂,特别是从芽孢杆菌属菌株获得的那些微生物杀昆虫剂,作为有害生物化学防治的替代品在农业上起着重要作用。
通过将作物植物进行遗传工程改造以从芽孢杆菌属产生杀有害生物蛋白,已经开发出抗昆虫增强的作物植物。例如,已经对玉米和棉花植物进行遗传工程改造以产生从苏云金芽孢杆菌菌株分离的杀有害生物蛋白。现在,这些经遗传工程改造的作物广泛应用于农业中,并且为农民提供了取代传统昆虫防治方法的环境友好型替代方案。虽然它们已被证明在商业上非常成功,但是这些经遗传工程改造的昆虫抗性作物植物仅针对窄范围的经济上重要的昆虫有害生物提供抗性。在一些情况下,昆虫可以对不同杀昆虫化合物产生抗性,这就导致需要鉴定用于有害生物防治的替代性生物防治剂。
因此,仍然需要对昆虫有害生物具有增加的杀昆虫活性、不同的活性谱、和/或作用方式的新颖杀有害生物蛋白,例如针对鳞翅目和鞘翅目中的各种昆虫具有活性的杀昆虫蛋白,这些昆虫包括但不限于已对现存杀昆虫剂产生抗性的昆虫有害生物。
发明内容
在一个方面,提供了用于对细菌、植物、植物细胞、组织以及种子赋予杀有害生物活性的组合物和方法。组合物包括杀有害生物和杀昆虫多肽的核酸分子编码序列、包含那些核酸分子的载体、以及包含所述载体的宿主细胞。组合物还包括所述杀有害生物多肽序列以及针对那些多肽的抗体。组合物还包含经转化的细菌、植物、植物细胞、组织以及种子。
在另一方面,提供了编码IPD113多肽的分离的或重组的核酸分子,所述多肽包括氨基酸取代、缺失、***、及其片段。提供了能够编码IPD113多肽的分离的或重组的核酸分子,所述IPD113多肽为SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ IDNO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ IDNO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ IDNO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ IDNO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ IDNO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ IDNO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ IDNO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ IDNO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ IDNO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ IDNO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ IDNO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ IDNO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ IDNO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ IDNO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494、和SEQ ID NO:495、以及其氨基酸取代、缺失、***、片段、及其组合。还涵盖了与实施例的核酸序列互补或与实施例的序列杂交的核酸序列。所述核酸序列可以在DNA构建体或表达盒中使用,以用于在多种生物体(包括微生物和植物)中进行转化和表达。所述核苷酸或氨基酸序列可以是合成序列,所述合成序列已经被设计用于在生物体中表达,所述生物体包括但不限于:微生物或植物。
在另一方面,涵盖IPD113多肽。还提供了分离的或重组的IPD113多肽,所述IPD113多肽为SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ IDNO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ IDNO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ IDNO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ IDNO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ IDNO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ IDNO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ IDNO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ IDNO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ IDNO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ IDNO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ IDNO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ IDNO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ IDNO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494、和SEQ ID NO:495、以及其氨基酸取代、缺失、***、片段、及其组合。
在另一方面,提供了用于生产多肽和使用那些多肽用来防治或杀灭鳞翅目、鞘翅目、线虫、真菌、和/或双翅目有害生物的方法。实施例的转基因植物表达本文公开的杀有害生物序列中的一种或多种。在不同实施例中,所述转基因植物进一步包含一种或多种另外的抗昆虫基因,例如,用于防治鞘翅目、鳞翅目、半翅目或线虫有害生物的一种或多种另外的基因。本领域技术人员将理解,所述转基因植物可以包含赋予目的农艺性状的任何基因。
在另一方面,还包括用于在样品中检测实施例的核酸和多肽的方法。提供了用于在样品中检测IPD113多肽的存在或检测编码IPD113多肽的多核苷酸的存在的试剂盒。所述试剂盒可以与实施预期试剂检测的方法所需的所有试剂和对照样品,以及使用说明书一起提供。
在另一方面,实施例的组合物和方法可用于产生用于生产IPD113多肽的生物体以及具有增强的有害生物抗性或耐受性的转基因植物。这些生物体以及包含所述生物体的组合物对于农业目的是所希望的。实施例的组合物还可用于产生具有杀有害生物活性的经改变或改进的蛋白质,或用于检测IPD113多肽的存在。
附图说明
图1A-1C显示使用Vector套件的/>模块中的邻接法产生的、以下表3中的IPD113同源物的***发育树:图1C显示IPD113Dh同源物家族***发育树,并且将IPD113Dh同源物家族成员的六个密切相关的亚组框出并用不同虚线指示。
图2A-2D显示使用Vector套件的/>模块产生的、以下IPD113同源物家族的选择的成员的氨基酸序列比对:IPD113Aa(SEQ ID NO:1);IPD113Ab(SEQ ID NO:2);IPD113Bb(SEQ IDNO:7);IPD113Bc(SEQ ID NO:8);IPD113Db(SEQ ID NO:10);IPD113Dh(SEQ ID NO:16);IPD113Ei(SEQ ID NO:39);IPD113Ej(SEQ ID NO:40);IPD113Fa(SEQ IDNO:41);IPD113Fl(SEQ IDNO:49);IPD113Gg(SEQ ID NO:59);和IPD113Gh(SEQ ID NO:60)。突出了序列多样性。
图3A-3C显示使用Vector套件的/>模块产生的以下IPD113同源物亚组的氨基酸序列比对:IPD113Aa(SEQ ID NO:1);IPD113Ab(SEQ ID NO:2);IPD113Ac(SEQID NO:3);IPD113Ad(SEQ ID NO:4);IPD113Ae(SEQ ID NO:5);IPD113Ba(SEQ IDNO:6);和IPD113Bb(SEQ ID NO:7)。突出了序列多样性。用IPD113Bb序列(SEQ ID NO:7)下方的“▲”指示两个保守半胱氨酸残基(C)。
图4A-4L显示使用Vector套件的/>模块产生的图1C的IPD113Dh同源物亚组的氨基酸序列比对:IPD113Da(SEQ IDNO:9);IPD113Db(SEQ ID NO:10);IPD113Dc(SEQ ID NO:11);IPD113Dd(SEQ ID NO:12);IPD113De(SEQ ID NO:13);IPD113Df(SEQ IDNO:14);IPD113Dg(SEQ ID NO:15);IPD113Dh(SEQ ID NO:16);IPD113Di(SEQ ID NO:17);IPD113Dj(SEQ ID NO:18);IPD113Dk(SEQ ID NO:19);IPD113Dl(SEQ ID NO:20);IPD113Dm(SEQ ID NO:21);IPD113Dn(SEQ ID NO:22);IPD113Do(SEQ ID NO:23);IPD113Dp(SEQ IDNO:24);IPD113Ds(SEQ ID NO:27);IPD113Du(SEQ ID NO:30);IPD113Ee(SEQ ID NO:35);IPD113Ef(SEQ ID NO:36);IPD113Eg(SEQ ID NO:37);IPD113Eh(SEQ ID NO:38);IPD113Es(SEQ ID NO:77);IPD113Dae(SEQ ID NO:88);IPD113Daf(SEQ ID NO:89);IPD113Dag(SEQID NO:90);IPD113Dah(SEQ ID NO:91);IPD113Eu(SEQ ID NO:93);IPD113Ev(SEQ ID NO:94);IPD113Ew(SEQ ID NO:95);IPD113Ex(SEQ ID NO:96);IPD113Dai(SEQ ID NO:97);IPD113Daj(SEQ ID NO:98);IPD113Dak(SEQ ID NO:100);IPD113Dal(SEQ ID NO:101);IPD113Dam(SEQ ID NO:102);IPD113Ey(SEQ IDNO:103);IPD113Ez(SEQ ID NO:104);IPD113Eaa(SEQ ID NO:105);IPD113Eab(SEQ ID NO:106);IPD113Eac(SEQ ID NO:107);IPD113Ead(SEQ ID NO:110);IPD113Dan(SEQ ID NO:111);IPD113Dao(SEQ ID NO:112);IPD113Dap(SEQ ID NO:113);和IPD113Daq(SEQ ID NO:114)。突出了序列多样性。用IPD113Dh序列(SEQ ID NO:16)下方的“▲”指示五个保守半胱氨酸残基(C)。
具体实施方式
应理解,本公开不局限于所描述的特定方法、方案、细胞系、属、以及试剂,因此可以变化。还应理解,本文所用的术语是仅为了描述特定实施例,并且不旨在限制本公开的范围。
如本文使用的,单数形式“一个/种(a/an)”以及“所述(the)”包括复数个指示物,除非上下文中另有明确指明。因此,例如,提及“一个/种细胞”包括多个此类细胞,并且提及“所述蛋白质”包括提及一种或多种蛋白质及其等同物。本文所用的所有技术和科学术语具有与本公开所属领域的普通技术人员通常所理解相同的含义,除非另有明确说明。
本公开涉及用于防治有害生物的组合物和方法。这些方法涉及用编码IPD113多肽的核酸序列转化生物体。实施例的核酸序列可用于制备具有杀有害生物活性的植物和微生物。因此,提供了经转化的细菌、植物、植物细胞、植物组织以及种子。所述组合物包括细菌物种的杀有害生物核酸和蛋白。这些核酸序列可用于随后转化到目的生物体中的表达载体的构建(作为用于分离其他同源(或部分同源)基因的探针),并且用于通过多种方法(例如定点诱变、结构域交换或DNA改组)产生经改变的IPD113多肽。IPD113多肽可用于控制或杀灭鳞翅目、鞘翅目、双翅目、真菌、半翅目和线虫有害生物群体,并可用于生产具有杀有害生物活性的组合物。目的昆虫有害生物包括但不限于:鳞翅目物种,所述鳞翅目物种包括但不限于:玉米穗蛾(Corn Earworm,CEW)(玉米穗虫(Helicoverpazea));欧洲玉米螟(EuropeanCorn Borer,ECB)(玉米螟(Ostrinia nubialis)),小菜蛾(diamond-back moth),例如玉米穗虫(Helicoverpazea Boddie);大豆夜蛾(soybean looper),例如大豆尺夜蛾(Pseudoplusia includens Walker);和黎豆夜蛾(velvet bean caterpillar),例如梨豆夜蛾(Anticarsia gemmatalis Hübner)。
本文所使用的“杀有害生物毒素”或“杀有害生物蛋白”是指毒素或与这种蛋白质具有同源性的蛋白质,所述毒素具有针对以下一种或多种有害生物的毒性活性,所述有害生物包括但不限于:鳞翅目、双翅目、半翅目以及鞘翅目或线虫门的成员。已经从生物体中分离出杀有害生物蛋白,所述生物体包括例如,芽孢杆菌属物种、假单胞菌属(Pseudomonas)物种、发光杆菌属(Photorhabdus)物种、致病杆菌属(Xenorhabdus)物种、双酶梭菌(Clostridium bifermentans)、和鲍比氏类芽孢杆菌(Paenibacilluspopilliae)。杀有害生物蛋白包括但不限于:来自假单胞菌属物种的杀昆虫蛋白,如PSEEN3174(Monalysin;(2011)PLoS Pathogens[PLoS病原体],7:1-13);来自假单胞菌蛋白菌(Pseudomonas protegens)菌株CHA0和Pf-5(之前为荧光假单胞菌(fluorescens))(Pechy-Tarr,(2008)Environmental Microbiology[环境微生物学]10:2368-2386;基因库登录号EU400157)的杀昆虫蛋白;来自台湾假单胞菌(Pseudomonas taiwanensis)(Liu等人,(2010)J.Agric.Food Chem.[农业与食品化学杂志],58:12343-12349)和来自假产碱假单胞菌(Pseudomonas pseudoalcaligenes)(Zhang等人,(2009)Annals ofMicrobiology[微生物学杂志]59:45-50和Li等人,(2007)Plant Cell Tiss.Organ Cult.[植物细胞、组织和器官培养杂志]89:159-168)的杀昆虫蛋白;来自发光杆菌属物种和致病杆菌属物种(Hinchliffe等人,(2010)The Open Toxicology Journal[开放毒理学杂志],3:101-118和Morgan等人,(2001)Applied and Envir.Micro.[应用与环境微生物学]67:2062-2069)的杀昆虫蛋白;来自美国专利号6,048,838和美国专利号6,379,946的杀昆虫蛋白;US 9,688,730的PIP-1多肽;US 9,475,847的AfIP-1A和/或AfIP-1B多肽;美国公开号US 20160186204的PIP-47多肽;PCT公开号WO 2016/114973的IPD045多肽、IPD064多肽、IPD074多肽、IPD075多肽、和IPD077多肽;PCT序列号PCT/US 17/56517的IPD080多肽;序列号PCT/US 17/54160的IPD078多肽、IPD084多肽、IPD085多肽、IPD086多肽、IPD087多肽、IPD088多肽、和IPD089多肽;美国专利公开号US 20160366891的PIP-72多肽;美国公开号US20170166921的PtIP-50多肽和PtIP-65多肽;美国序列号62/521084的IPD098多肽、IPD059多肽、IPD108多肽、IPD109多肽;美国公开号US 20160347799的PtIP-83多肽;美国公开号US 20170233440的PtIP-96多肽;PCT公开号WO 2017/23486的IPD079多肽;PCT公开号WO 2017/105987的IPD082多肽、序列号PCT/US 17/30602的IPD090多肽、美国序列号62/434020的IPD093多肽;序列号PCT/US17/39376的IPD103多肽;美国序列号62/438179的IPD101多肽;美国序列号US62/508,514的IPD121多肽;和δ-内毒素,包括但不限于Cry1、Cry2、Cry3、Cry4、Cry5、Cry6、Cry7、Cry8、Cry9、Cry10、Cry11、Cry12、Cry13、Cry14、Cry15、Cry16、Cry17、Cry18、Cry19、Cry20、Cry21、Cry22、Cry23、Cry24、Cry25、Cry26、Cry27、Cry28、Cry29、Cry30、Cry31、Cry32、Cry33、Cry34、Cry35、Cry36、Cry37、Cry38、Cry39、Cry40、Cry41、Cry42、Cry43、Cry44、Cry45、Cry46、Cry47、Cry49、Cry50、Cry51、Cry52、Cry53、Cry54、Cry55、Cry56、Cry57、Cry58、Cry59、Cry60、Cry61、Cry62、Cry63、Cry64、Cry65、Cry66、Cry67、Cry68、Cry69、Cry70、Cry71、和Cry 72类的δ-内毒素多肽以及苏云金芽孢杆菌细胞溶解性cyt1和cyt2基因。这些类别的苏云金芽孢杆菌杀昆虫蛋白的成员(参见Crickmore等人,“Bacillusthuringiensis toxin nomenclature[苏云金芽孢杆菌毒素命名法]”(2011),网址为lifesci.sussex.ac.uk/home/Neil_Crickmore/Bt/,其可以使用“www”前缀在万维网上访问)。
δ-内毒素的实例还包括但不限于:美国专利号5,880,275、7,858,849和8,878,007的Cry1A蛋白;US 9,512,187的Cry1Ac突变体;美国专利号8,304,604、8.304,605和8,476,226的DIG-3或DIG-11毒素(cry蛋白(如Cry1A、Cry3A)的α螺旋1和/或α螺旋2变体的N-末端缺失);美国专利申请序列号10/525,318、美国专利申请公开号US 20160194364和美国专利号9,404,121和8,772,577的Cry1B;PCT公开号WO 2016/61197和序列号PCT/US 17/27160的Cry1B变体;美国专利号6,033,874的Cry1C;US 20170233759的Cry1D蛋白;PCT序列号PCT/US 17/53178的Cry1E蛋白;美国专利号5,188,960和6,218,188的Cry1F蛋白;美国专利号7,070,982、6,962,705和6,713,063的Cry1A/F嵌合体;PCT公开号WO 2017/0233759的Cry1I蛋白;美国公开US 20170240603的Cry1J变体;美国专利号7,064,249的Cry2蛋白如Cry2Ab蛋白和US 7208474的Cry2A.127蛋白;Cry3A蛋白,包括但不限于通过融合至少两种不同Cry蛋白的可变区和保守区的独特组合产生的经工程改造的杂合杀昆虫蛋白(eHIP)(美国专利申请公开号2010/0017914);Cry4蛋白;Cry5蛋白;Cry6蛋白;美国专利号7,329,736、7,449,552、7,803,943、7,476,781、7,105,332、7,339,092、7,378,499、7,462,760和9,593,345的Cry8蛋白;Cry9蛋白,例如像Cry9A、Cry9B、Cry9C、Cry9D、Cry9E和Cry9F家族的成员,包括美国专利9,000,261和8,802,933以及美国序列号WO2017/132188的Cry9蛋白;Cry15蛋白,描述于以下文献中:Naimov等人,(2008)Applied and Environmental Microbiology[应用与环境微生物学],74:7145-7151;美国专利号US 8,933,299的Cry14蛋白;美国专利号6,127,180、6,624,145和6,340,593的Cry22、Cry34Ab1蛋白;美国专利号US 8,816,157的截短的Cry34蛋白;美国专利号6,248,535、6,326,351、6,399,330、6,949,626、7,385,107和7,504,229的CryET33和cryET34蛋白;美国专利公开号2006/0191034、2012/0278954,和PCT公开号WO 2012/139004的CryET33和CryET34同源物;美国专利号6,083,499、6,548,291和6,340,593的Cry35Ab1蛋白;美国专利号9,403,881的Cry46蛋白、Cry 51蛋白、Cry二元毒素;TIC901或相关毒素;美国专利申请公开号2008/0295207的TIC807;美国专利US 8,513,493的TIC853;PCT US 2006/033867的ET29、ET37、TIC809、TIC810、TIC812、TIC127、TIC128;美国专利申请公开号US20160150795的经工程改造的半翅目毒素蛋白,美国专利号8,236,757的AXMI-027、AXMI-036和AXMI-038;美国专利号7,923,602的AXMI-031、AXMI-039、AXMI-040、AXMI-049;WO 2006/083891的AXMI-018、AXMI-020和AXMI-021;WO 2005/038032的AXMI-010;WO 2005/021585的AXMI-003;美国专利申请公开号2004/0250311的AXMI-008;美国专利申请公开号2004/0216186的AXMI-006;美国专利申请公开号2004/0210965的AXMI-007;美国专利申请号2004/0210964的AXMI-009;美国专利申请公开号2004/0197917的AXMI-014;美国专利申请公开号2004/0197916的AXMI-004;WO 2006/119457的AXMI-028和AXMI-029;WO2004/074462的AXMI-007、AXMI-008、AXMI-0080rf2、AXMI-009、AXMI-014和AXMI-004;美国专利号8,084,416的AXMI-150;美国专利申请公开号2011/0023184的AXMI-205;美国专利申请公开号2011/0263488的AXMI-011、AXMI-012、AXMI-013、AXMI-015、AXMI-019、AXMI-044、AXMI-037、AXMI-043、AXMI-033、AXMI-034、AXMI-022、AXMI-023、AXMI-041、AXMI-063和AXMI-064;美国专利US 8461421和US 8,461,422的AXMI046、AXMI048、AXMI050、AXMI051、AXMI052、AXMI053、AXMI054、AXMI055、AXMI056、AXMI057、AXMI058、AXMI059、AXMI060、AXMI061、AXMI067、AXMI069、AXMI071、AXMI072、AXMI073、AXMI074、AXMI075、AXMI087、AXMI088、AXMI093、AXMI070、AXMI080、AXMI081、AXMI082、AXMI091、AXMI092、AXMI096、AXMI097、AXMI098、AXMI099、AXMI100、AXMI101、AXMI102、AXMI103、AXMI104、AXMI107、AXMI108、AXMI109、AXMI110、AXMI111、AXMI112、AXMI114、AXMI116、AXMI117、AXMI118、AXMI119、AXMI120、AXMI121、AXMI122、AXMI123、AXMI124、AXMI125、AXMI126、AXMI127、AXMI129、AXMI151、AXMI161、AXMI164、AXMI183、AXMI132、AXMI137、AXMI138;美国专利申请公开号2010/0197592的AXMI-R1和相关蛋白;WO 2011/103248的AXMI221Z、AXMI222z、AXMI223z、AXMI224z和AXMI225z;WO 2011/103247的AXMI218、AXMI219、AXMI220、AXMI226、AXMI227、AXMI228、AXMI229、AXMI230和AXMI231;美国专利号8,334,431的AXMI-115、AXMI-113、AXMI-005、AXMI-163和AXMI-184;美国专利申请公开号2010/0298211的AXMI-001、AXMI-002、AXMI-030、AXMI-035和AXMI-045;美国专利申请公开号2009/0144852的AXMI-066和AXMI-076;美国专利号8,318,900的AXMI128、AXMI130、AXMI131、AXMI133、AXMI140、AXMI141、AXMI142、AXMI143、AXMI144、AXMI146、AXMI148、AXMI149、AXMI152、AXMI153、AXMI154、AXMI155、AXMI156、AXMI157、AXMI158、AXMI162、AXMI165、AXMI166、AXMI167、AXMI168、AXMI169、AXMI170、AXMI171、AXMI172、AXMI173、AXMI174、AXMI175、AXMI176、AXMI177、AXMI178、AXMI179、AXMI180、AXMI181、AXMI182、AXMI185、AXMI186、AXMI187、AXMI188、AXMI189;美国专利US 8461421的AXMI079、AXMI080、AXMI081、AXMI082、AXMI091、AXMI092、AXMI096、AXMI097、AXMI098、AXMI099、AXMI100、AXMI101、AXMI102、AXMI103、AXMI104、AXMI107、AXMI108、AXMI109、AXMI110、dsAXMI111、AXMI112、AXMI114、AXMI116、AXMI117、AXMI118、AXMI119、AXMI120、AXMI121、AXMI122、AXMI123、AXMI124、AXMI1257、AXMI1268、AXMI127、AXMI129、AXMI164、AXMI151、AXMI161、AXMI183、AXMI132、AXMI138、AXMI137;美国专利US 8,461,415的AXMI192;美国专利申请公开号US20160177332的AXMI281;美国专利号US8,252,872的AXMI422;美国专利号8,319,019的具有修饰的蛋白水解位点的Cry蛋白如Cry1A和Cry3A;美国专利申请公开号2011/0064710的来自苏云金芽孢杆菌菌株VBTS 2528的Cry1Ac、Cry2Aa和Cry1Ca毒素蛋白。美国序列号62/607372的Cry蛋白MP032、MP049、MP051、MP066、MP068、MP070、MP091S、MP109S、MP114、MP121、MP134S、MP183S、MP185S、MP186S、MP195S、MP197S、MP208S、MP209S、MP212S、MP214S、MP217S、MP222S、MP234S、MP235S、MP237S、MP242S、MP243、MP248、MP249S、MP251M、MP252S、MP253、MP259S、MP287S、MP288S、MP295S、MP296S、MP297S、MP300S、MP304S、MP306S、MP310S、MP312S、MP314S、MP319S、MP325S、MP326S、MP327S、MP328S、MP334S、MP337S、MP342S、MP349S、MP356S、MP359S、MP360S、MP437S、MP451S、MP452S、MP466S、MP468S、MP476S、MP482S、MP522S、MP529S、MP548S、MP552S、MP562S、MP564S、MP566S、MP567S、MP569S、MP573S、MP574S、MP575S、MP581S、MP590、MP594S、MP596S、MP597、MP599S、MP600S、MP601S、MP602S、MP604S、MP626S、MP629S、MP630S、MP631S、MP632S、MP633S、MP634S、MP635S、MP639S、MP640S、MP644S、MP649S、MP651S、MP652S、MP653S、MP661S、MP666S、MP672S、MP696S、MP704S、MP724S、MP729S、MP739S、MP755S、MP773S、MP799S、MP800S、MP801S、MP802S、MP803S、MP805S、MP809S、MP815S、MP828S、MP831S、MP844S、MP852、MP865S、MP879S、MP887S、MP891S、MP896S、MP898S、MP935S、MP968、MP989、MP993、MP997、MP1049、MP1066、MP1067、MP1080、MP1081、MP1200、MP1206、MP1233、和MP1311。Cry蛋白的杀昆虫活性是本领域技术人员所熟知的(综述参见van Frannkenhuyzen,(2009)J.Invert.Path.[无脊椎动物病理学杂志]101:1-16)。Cry蛋白作为转基因植物性状的用途和Cry转基因植物(包括但不限于表达Cry1Ac、Cry1Ac+Cry2Ab、Cry1Ab、Cry1A.105、Cry1F、Cry1Fa2、Cry1F+Cry1Ac、Cry2Ab、Cry3A、mCry3A、Cry3Bb1、Cry34Ab1、Cry35Ab1、Vip3A、mCry3A、Cry9c和CBI-Bt的植物)已获得法规性审批(参见,Sanahuja,(2011)Plant BiotechJournal[植物生物技术杂志]9:283-300和CERA(2010)环境风险评估的转基因作物数据库中心(GM Crop Database Center for Environmental Risk Assessment,CERA),ILSI研究基金会(ILSI Research Foundation),华盛顿特区,网址为cera-gmc.org/index.php?action=gm_crop_database,其可以使用“www”前缀在万维网上访问)。多于一种杀有害生物蛋白也可以在植物中表达,如Vip3Ab和Cry1Fa(US 2012/0317682);Cry1BE和Cry1F(US2012/0311746);Cry1CA和Cry1AB(US2012/0311745);Cry1F和CryCa(US 2012/0317681);Cry1DA和Cry1BE(US 2012/0331590);Cry1DA和Cry1Fa(US 2012/0331589);Cry1AB和Cry1BE(US 2012/0324606);Cry1Fa和Cry2Aa以及Cry1I和Cry1E(US 2012/0324605);Cry34Ab/35Ab和Cry6Aa(US20130167269);Cry34Ab/VCry35Ab和Cry3Aa(US 20130167268);Cry1Da和Cry1Ca(US 9796982);Cry3Aa和Cry6Aa(US 9798963);以及Cry3A和Cry1Ab或Vip3Aa(US 9,045,766)。杀有害生物蛋白还包括杀昆虫脂肪酶,所述杀昆虫脂肪酶包括美国专利号7,491,869的脂质酰基水解酶,和胆固醇氧化酶,如来自链霉菌属(Streptomyces)(Purcell等人,(1993)Biochem Biophys Res Commun[生物化学与生物物理学研究通讯]15:1406-1413)。杀有害生物蛋白还包括美国专利号5,877,012、6,107,279、6,137,033、7,244,820、7,615,686和8,237,020中的VIP(营养期杀昆虫蛋白)毒素等。其他VIP蛋白(参见lifesci.sussex.ac.uk/home/Neil_Crickmore/Bt/vip.html),其可以使用“www”前缀在万维网上访问。杀有害生物蛋白还包括PCT序列号PCT/US 2017/000510的Cyt蛋白(包括Cyt1A变体);杀有害生物蛋白还包括毒素复合物(TC)蛋白,所述毒素复合物(TC)蛋白可从生物体如致病杆菌属、发光杆菌属和类芽孢杆菌属(Paenibacillus)获得(参见,美国专利号7,491,698和8,084,418)。一些TC蛋白具有“独立”杀昆虫活性并且其他TC蛋白增强由相同给定生物体产生的独立毒素的活性。可以通过源自不同属的来源生物体的一种或多种TC蛋白“增效剂”来增强“独立”TC蛋白(例如来自发光杆菌属、致病杆菌属或类芽孢杆菌属)的毒性。有三种主要类型的TC蛋白。如本文所提及的,A类蛋白(“蛋白A”)是独立毒素。B类蛋白(“蛋白B”)和C类蛋白(“蛋白C”)增强了A类蛋白的毒性。A类蛋白的实例是TcbA、TcdA、XptA1和XptA2。B类蛋白的实例是TcaC、TcdB、XptB1Xb和XptC1Wi。C类蛋白的实例是TccC、XptC1Xb和XptB1Wi。杀有害生物蛋白还包括蜘蛛、蛇和蝎毒蛋白。蜘蛛毒肽的实例包括但不限于莱科毒素(lycotoxin)-1肽及其突变体(美国专利号8,334,366)。产生的组合还可以包括目的多核苷酸中的任何一个的多个拷贝。
在一些实施例中,IPD113多肽包含从本文公开的全长核酸序列推导出的氨基酸序列,以及由于使用替代性下游起始位点或由于产生具有杀有害生物活性的较短蛋白的加工而比全长序列更短的氨基酸序列。加工可以在表达所述蛋白质的生物体内或在摄取所述蛋白质后的有害生物中发生。
因此,本文提供了赋予杀有害生物活性的新颖的分离或重组的核酸序列。还提供了IPD113多肽的氨基酸序列。由这些IPD113基因翻译产生的蛋白允许细胞控制或杀灭摄取该蛋白质的某些有害生物。IPD113蛋白及其变体和片段
本公开涵盖了IPD113多肽。如本文中可互换地使用的“IPD113多肽”和“IPD113蛋白”是指具有杀昆虫活性(包括但不限于对鳞翅目的一种或多种昆虫有害生物的杀昆虫活性)的多肽,并且与SEQ IDNO:16的IPD113Dh多肽充分同源。预期了多种IPD113多肽。IPD113多肽或相关蛋白的来源包括蕨类或其他原始植物物种,选自但不限于凤尾蕨属(Pteris)、水龙骨属(Polypodium)、肾蕨属(Nephrolepis)、线蕨属(Colysis)、叉蕨属(Tectaria)、骨碎补属(Davallia)、耳蕨属(Polystichum)、铁线蕨属(Adiantum)、铁角蕨属(Asplenium)、乌毛蕨属(Blechnum)、海金沙属(Lygodium)、瓶尔小草属(Ophioglossum)、石韦属(Pyrrosia)、黑心蕨属(Doryopteris)、鳞毛蕨属(Dryopteris)、旱蕨属(Pellaea)、羽节蕨属(Gymnocarpium)、碎米蕨属(Cheilanthes)、蕨属(Pteridium)、小毛蕨属(Christella)、节毛蕨属(Lastreopsis)、弯脉蕨属(Campyloneurum)、泽泻蕨属(Hemionitis)、修蕨属(Selliguea)、和复叶耳蕨属(Arachniodes)。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于凤尾蕨属中的物种。在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于凤尾蕨属物种,选自但不限于Pteris aberrans、Pteris abyssinica、猪鬣风尾蕨(Pteris actiniopteroides)、Pteris adscensionis、Pteris albersii、Pteris albertiae、Pteris altissima、红秆凤尾蕨(Pteris amoena)、Pteris angustata、细叶凤尾蕨(Pteris angustipinna)、线裂凤尾蕨(Pteris angustipinnula)、Pterisappendiculifera、Pteris arborea、大银脉凤尾蕨(Pteris argyraea)、紫轴凤尾蕨(Pteris aspericaulis)、Pteris asperula、Pteris atrovirens、Pteris auquieri、华南凤尾蕨(Pteris austrosinica)、Pteris bahamensis、Pteris bakeri、白沙凤尾蕨(Pterisbaksaensis)、Pteris balansae、Pteris bambusoides、Pteris barbigera、Pterisbarombiensis、Pteris bavazzanoi、Pteris beecheyana、长柄凤尾蕨(Pteris bella)、Pteris berteroana、狭眼凤尾蕨(Pteris biaurita)、Pteris biformis、Pterisblanchetiana、钝裂凤尾蕨(Pteris blumeana)、小笠原八丈羊齿(Pteris boninensis)、Pteris brassii、Pteris brevis、Pteris brooksiana、Pteris buchananii、Pterisbuchtienii、Pteris burtonii、条纹凤尾蕨(Pteris cadieri)、Pteris caesia、菜阳河凤尾蕨(Pteris caiyangheensis)、Pteris calcarea、Pteris calocarpa、Pteriscatoptera、Pteris chiapensis、Pteris chilensis、Pteris christensenii、Pterischrysodioides、Pteris ciliaris、Pteris clemensiae、Pteris comans、Pteriscommutata、Pteris concinna、密脉凤尾蕨(Pteris confertinervia)、Pteris confusa、Pteris congesta、Pteris consanguinea、Pteris coriacea、厚叶凤尾蕨(Pteriscrassiuscula)、欧洲凤尾蕨(Pteris cretica)、Pteris croesus、珠叶凤尾蕨(Pteriscryptogrammoides)、Pteris cumingii、指叶凤尾蕨(Pteris dactylina)、Pterisdaguensis、凤仪凤尾蕨(Pteris dalhousiae)、Pteris dataensis、Pteris dayakorum、多羽凤尾蕨(Pteris decrescens)、Pteris decurrens、Pteris deflexa、Pteris deltea、岩凤尾蕨(Pteris deltodon)、Pteris deltoidea、齿蕨(Pteris dentata)、Pterisdenticulata、刺齿凤尾蕨(Pteris dispar)、Pteris dissimilis、疏羽半边旗(Pterisdissitifolia)、Pteris distans、Pteris droogmaniana、耶氏凤尾蕨(Pteris edanyoi)、Pteris ekmanii、Pteris elmeri、Pteris elongatiloba、Pteris endoneura、剑叶凤尾蕨(Pteris ensiformis)、阔叶凤尾蕨(Pteris esquirolii)、溪边凤尾蕨(Pteris excelsa)、Pterisfamatinensis、傅氏凤尾蕨(Pterisfauriei)、疏裂凤尾蕨(Pterisfinotii)、Pterisflava、美丽凤尾蕨(Pterisformosana)、Pterisfraseri、Pteris friesii、鸡爪凤尾蕨(Pteris gallinopes)、Pteris geminata、Pteris gigantea、Pteris glaucovirens、Pteris goeldii、Pteris gongalensis、Pterisgrandifolia、林下凤尾蕨(Pterisgrevilleana)、Pteris griffithii、Pterisgriseoviridis、广东凤尾蕨(Pterisguangdongensis)、贵州凤尾蕨(Pterisguizhouensis)、Pteris haenkeana、Pfteris hamulosa、Pteris hartiana、Pteris heteroclita、异形凤尾蕨(Pterisheteromorpha)、Pteris heterophlebia、Pteris hillebrandii、微毛凤尾蕨(Pterishirsutissima)、毛叶凤尾蕨(Pteris hirtula)、Pteris hispaniolica、Pterisholttumii、Pteris hondurensis、Pteris hookeriana、Pteris hossei、Pterfishostmanniana、胡氏凤尾蕨(Pteris hui)、Pteris humbertii、湖南凤尾蕨(Pterishunanensis)、变异凤尾蕨(Pteris inaequalis)、Pteris incompleta、Pteris inermis、全缘凤尾蕨(Pteris insigni)、Pteris intricata、Pteris intromissa、Pterisirregularis、Pteris iuzonensis、Pteris izuensis、爪哇凤尾蕨(Pteris johannis-winkleri)、Pteris junghuhnii、无柄凤尾蕨(Pteris kawabatae)、Pteris keysseri、Pteris khasiana、城户凤尾蕨(Pteris kidoi)、线叶凤尾蕨(Pteris kinabaluensis)、Pteris kingiana、平羽凤尾蕨(Pteris kiuschiuensis)、Pteris laevis、Pterislanceifolia、Pteris lastii、Pteris laurea、龙泉凤尾蕨(Pteris laurisilvicola)、Pteris lechleri、Pteris lepidopoda、细羽凤尾蕨(Pteris leptophylla)、荔波凤尾蕨(Pteris liboensis)、Pteris ligulata、Pteris limae、线羽凤尾蕨(Pteris linearis)、Pteris litoralis、Pteris livida、Pteris loheri、长叶甘草蕨(Pteris longifolia)、三轴凤尾蕨(Pteris longipes)、Pteris longipetiolulata、长叶凤尾蕨(Pterislongipinna)、翠绿凤尾蕨(Pteris longipinnula)、Pteris luederwaldtii、Pterisluschnathiana、Pteris luzonensis、Pteris lydgatei、Pteris macgregorii、Pterismacilenta、两广凤尾蕨(Pteris maclurei)、岭南凤尾蕨(Pteris maclurioides)、Pterismacracantha、Pteris macrodon、Pteris macrophylla、Pteris macroptera、Pterismadagascarica、硕大凤尾蕨(Pteris majestica)、麻栗坡凤尾蕨(Pteris malipoensis)、Pteris manniana、Pteris melanocaulon、Pteris melanorhachis、勐腊凤尾蕨(Pterismenglaensis)、Pteris mertensioides、Pteris mettenii、Pteris micracantha、Pterismicrodictyon、Pteris microlepis、Pteris microptera、Pteris mildbraedii、Pterismoluccana、勐海凤尾蕨(Pteris monghaiensis)、Pteris montis-wilhelminae、琼南凤尾蕨(Pteris morii)、Pteris mucronulata、Pteris multiaurita、井栏边草(Pterismultifida)、Pteris muricata、Pteris muricatopedata、Pteris muricella、Pterismutilata、泰顺凤尾蕨(Pteris natiensis)、Pteris navarrensis、日本凤尾蕨(Pterisnipponica)、Pteris novae-caledoniae、纯裂凤尾蕨(Pteris obtusiloba)、华西凤尾蕨(Pteris occidentalisinica)、长羽凤尾蕨(Pteris olivacea)、Pteris opaca、Pterisoppositipinnata、Pteris orientalis、Pteris orizabae、斜羽凤尾蕨(Pterisoshimensis)、Pteris otaria、Pterispachysora、Pterispacifica、Pterispaleacea、Pteris papuana、Pteris parhamii、Pteris paucinervata、Pteris paucipinnata、Pterispaulistana、Pterispearcei、Pterispedicellata、Pterispediformis、爪哇凤尾蕨(Pterispellucida)、Pterisperrieriana、Pterisperrottetii、Pterisphilippinensis、Pterisphuluangensis、Pterispilosiuscula、栗柄凤尾蕨(Pteris plumbea)、Pterispluricaudata、长柄凤尾蕨(Pteris podophylla)、Pterispolita、Pterispolyphylla、Pterisporphyrophlebia、Pterispraetermissa、Pterispreussii、Pterisprolifera、Pterispropinqua、Pteris pseudolonchitis、单叶凤尾蕨(Pteris pseudopellucida)、Pteris pteridioides、柔毛凤尾蕨(Pteris puberula)、Pteris pulchra、Pterispungens、Pterispurdoniana、Pterispurpureorachis、林下凤尾蕨(Pterisquadriaurita)、五叶凤尾蕨(teris quinquefoliata)、Pteris quinquepartita、Pterisradicans、Pteris ramosii、Pteris rangiferina、Pteris reducta、Pteris remotifolia、Pteris reptans、Pteris rigidula、Pteris rosenstockii、紫轴凤尾蕨(Pteris roseo-lilacina)、琉球凤尾蕨(Pteris ryukyuensis)、Pteris satsumana、Pteris saxatilis、Pteris scabra、Pteris scabripes、Pteris schlechteri、Pteris schwackeana、Pterissemiadnata、半边旗(Pteris semipinnata)、Pteris sericea、Pteris setigera、有刺凤尾蕨(Pteris setuloso-costulata)、石门凤尾蕨(Pteris shimenensis)、石棉凤尾蕨(Pteris shimianensis)、Pteris silvatica、Pteris similis、Pteris simplex、新店凤尾蕨(Pteris sintenensis)、Pteris speciosa、Pteris splendens、华丽凤尾蕨(Pterissplendida)、Pteris squamaestipes、Pteris squamipes、狭羽凤尾蕨(Pterisstenophylla)、Pteris stridens、Pteris striphnophylla、高山凤尾蕨(Pterissubindivisa)、勐海凤尾蕨(Pteris subquinata)、单叶凤尾蕨(Pteris subsimplex)、Pterissumatrana、Pteris swartziana、台湾凤尾蕨(Pteris taiwanensis)、Pteristalamauana、Pteris tapeinidiifolia、Pteris tarandus、Pteris tenuissima、Pteristogoensis、Pteris torricelliana、Pteris trachyrachis、Pteris transparens、艺术家凤尾蕨(Pteris tremula)、Pteris treubii、三色风尾蕨(Pteris tricolor)、三叉凤尾蕨(Pteris tripartita)、Pteris tussaci、阴地凤尾蕨(Pteris umbrosa)、波叶凤尾蕨(Pteris undulatipinna)、Pteris usambarensis、Pteris vaupelii、爪哇凤尾蕨(Pterisvenusta)、Pteris verticillata、Pteris vieillardii、绿轴凤尾蕨(Pterisviridissima)、Pteris vitiensis、蜈蚣草(Pteris vittata)、西南凤尾蕨(Pteriswallichiana)、启无凤尾蕨(Pteris wangiana)、Pteris warburgii、Pteris werneri、Pteris whitfordii、Pteris woodwardioides、乌来凤尾蕨(Pteris wulaiensis)、Pterisyakuinsularis、Pterisyamatensis、Pteriszahlbruckneriana、和Pteriszippelii。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目、水龙骨科、水龙骨属中的蕨类物种。在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目、水龙骨科、水龙骨属的蕨类物种,选自但不限于Polypodium absidatum、尖叶水龙骨(Polypodium acutifolium)、Polypodium adiantiforme、等形水龙骨(Polypodium aequale)、匙形水龙骨(Polypodiumaffine)、Polypodium albidopaleatum、角状耳蕨(Polypodium alcicorne)、Polypodiumalfarii、Polypodium alfredii、Polypodium alfredii var.curtii、Polypodiumallosuroides、Polypodium alsophilicola、奄美水龙骨(Polypodium amamianum)、友水龙骨(Polypodium amoenum)、Polypodium amorphum、Polypodium anetioides、Polypodiumanfractuosum、Polypodium anguinum、Polypodium angustifoliumf.remotifolia、Polypodium angustifolium var.amphostenon、Polypodium angustifoliumvar.heterolepis、Polypodium angustifolium var.monstrosa、Polypodiumangustipaleatum、Polypodium angustissimum、Polypodium anisomeronvar.pectinatum、安蒂奥基亚水龙骨(Polypodium antioquianum)、Polypodiumaoristisorum、Polypodium apagolepis、疏叶蹄盖蕨(Polypodium apicidens)、细尖水龙骨(Polypodium apiculatum)、Polypodium apoense、阿巴拉契亚水龙骨(Polypodiumappalachianum)、Polypodium appressum、金鸡脚假瘤蕨(Polypodium arenarium)、阿根廷水龙骨(Polypodium argentinum)、尖齿拟水龙骨(Polypodium argutum)、Polypodiumarmatum、Polypodium aromaticum、蒙自拟水龙骨(Polypodium aspersum)、Polypodiumassurgens、Polypodium atrum、耳羽钩毛蕨(Polypodium auriculatum)、Polypodiumbalaonense、Polypodium balliviani、Polypodium bamleri、Polypodium bangii、Polypodium bartlettii、Polypodium basale、Polypodium bernoullii、Polypodiumbiauritum、Polypodium bifrons、Polypodium blepharodes、Polypodium bolivari、玻利维亚水龙骨(Polypodium bolivianum)、Polypodium bolobense、Polypodium bombycinum、Polypodium bombycinum var.insularum、Polypodium bradeorum、Polypodiumbryophilum、Polypodium bryopodum、Polypodium buchtienii、Polypodium buesii、Polypodium bulbotrichum、Polypodium caceresii、Polypodium californicumf.brauscombii、Polypodium californicum f.parsonsiae、加州水龙骨(Polypodiumcalifornicum)、Polypodium calophlebium、Polypodiumcalvum、Polypodiumcamptophyllarium var.abbreviatum、单行节肢蕨(Polypodium capitellatum)、Polypodium carpinterae、查查波亚斯水龙骨(Polypodium chachapoyense)、纸叶水龙骨(Polypodiumchartaceum)、Polypodium chimantense、Polypodium chiricanum、Polypodium choquetangense、Polypodium christensenii、Polypodiumchristii、白茎假瘤蕨(Polypodium chrysotrichum)、Polypodium ciliolepis、Polypodium cinerascens、Polypodium collinsii、Polypodium colysoides、汇生水龙骨(Polypodium confluens)、Polypodium conforme、Polypodiumconfusum、Polypodium congregatifolium、Polypodiumconnellii、Polypodium consimile var.bourgaeanum、Polypodium consimilevar.minor、Polypodium conterminans、缘生穴子蕨(Polypodium contiguum)、Polypodiumcookii、革叶水龙骨(Polypodium coriaceum)、崖姜蕨(Polypodium coronans)、哥斯达黎加水龙骨(Polypodiumcostaricense)、下延石韦(Polypodium costatum)、Polypodiumcrassifoliumf.angustissimum、Polypodium crassifolium var.longipes、Polypodiumcrassulum、Polypodium craterisorum、Polypodium cryptum、Polypodiumcrystalloneuron、Polypodium cucullatum var.planum、Polypodium cuencanum、Polypodium cumingianum、Polypodiumcupreolepis、Polypodium curranii、Polypodiumcurvans、Polypodiumcyathicola、Polypodium cyathisorum、Polypodium cyclocolpon、Polypodium daguense、Polypodium damunense、雨蕨(Polypodium dareiformioides)、Polypodium dasypleura、Polypodium decipiens、小蒿蕨(Polypodium decorum)、薄叶水龙骨(Polypodium delicatulum)、三角叶盾蕨(Polypodium deltoideum)、德梅拉拉水龙骨(Polypodium demeraranum)、齿叶水龙骨(Polypodium denticulatum)、透明水龙骨(Polypodium diaphanum)、羽裂星蕨(Polypodium dilatatum)、Polypodium dispersum、薄叶轴脉蕨(Polypodium dissectum)、Polypodium dissimulans、Polypodiumdolichosorum、Polypodium dolorense、Polypodium donnell-smithii、抱石莲(Polypodium drymoglossoides)、Polypodium ebeninum、Polypodium eggersii、Polypodium elmeri、拟鳞毛蕨(Polypodium elongatum)、Polypodium enterosoroides、方秆蕨(Polypodium erubescens)、Polypodium erythrolepis、Polypodiumerythrotrichum、Polypodium eurybasis、Polypodium eurybasis var.villosum、Polypodium exornans、Polypodium falcoideum、Polypodium fallacissimum、Polypodiumfarinosum、Polypodium faucium、修蕨(Polypodium feei)、铁锈色水龙骨(Polypodiumferrugineum)、Polypodiumfeuillei、Polypodiumfirmulum、硬叶水龙骨(Polypodiumfirmum)、Polypodiumflaccidum、尾叶水龙骨(Polypodiumflagellare)、曲轴水龙骨(Polypodiumflexuosum)、Polypodiumflexuosum var.ekmanii、Polypodiumforbesii、台湾水龙骨(Polypodium formosanum)、Polypodium fraxinifoliumsubsp.articulatum、Polypodium fraxinifolium subsp.luridum、Polypodiumfructuosum、Polypodiumfucoides、Polypodiumfulvescens、Polypodium galeottii、里白(Polypodium glaucum)、甘草蕨(Polypodium glycyrrhiza)、纤细水龙骨(Polypodiumgracillimum)、细叶水龙骨(Polypodium gramineum)、膜叶星蕨(Polypodiumgrandifolium)、Polypodium gratum、香叶水龙骨(Polypodium graveolens)、Polypodiumgriseo-nigrum、Polypodium griseum、Polypodium guttatum、Polypodium haalilioanum、Polypodium hammatisorum、羽裂星蕨(Polypodium hancockii)、Polypodiumhaplophlebicum、Polypodium harrisii、金鸡脚假瘤蕨(Polypodium hastatumvar.simplex)、Polypodium hawaiiense、大禾叶蕨(Polypodium heanophyllum)、Polypodium helleri、Polypodium hemionitidium、矩圆线蕨(Polypodium henryi)、Polypodium herzogii、Polypodium hesperium、Polypodium hessii、Polypodiumhombersleyi、Polypodium hostmannii、Polypodium humile、透明水龙骨(Polypodiumhyalinum)、Polypodium iboense、Polypodium induens var.subdentatum、Polypodiuminsidiosum、羽裂星蕨(Polypodium insigne)、Polypodium intermediumsubsp.masafueranum var.obtuseserratum、大瓦韦(Polypodium intramarginale)、高山瓦韦(Polypodium involutum)、Polypodium itatiayense、爪哇水龙骨(Polypodiumjavanicum)、单行节肢蕨(Polypodiumjuglandifolium)、Polypodium kaniense、Polypodium knowltoniorum、Polypodium kyimbilense、Polypodium l'herminierivar.costaricense、Polypodium lachniferum f.incurvata、Polypodium lachniferumvar.glabrescens、濑水龙骨(Polypodium lachnopus)、Polypodium lanceolatumvar.complanatum、Polypodium lanceolatum var.trichophorum、Polypodiumlatevagans、异裂水龙骨(Polypodium laxifrons)、异裂水龙骨铅色变种(Polypodiumlaxifrons var.lividum)、Polypodium lehmannianum、Polypodium leiorhizum、Polypodium leptopodon、Polypodium leuconeuron var.angustifolia、Polypodiumleuconeuron var.latifolium、Polypodium leucosticta、Polypodium limulum、Polypodium lindigii、大羽新月蕨(Polypodium lineatum)、Polypodium lomarioides、毛鳞蕨(Polypodium longifrons)、Polypodium loretense、Polypodium loriceumvar.umbraticum、带叶瓦韦(Polypodium loriforme)、Polypodium loxogrammef.gigas、Polypodium ludens、显脉星蕨(Polypodium luzonicum)、Polypodiumlycopodioidesf.obtusum、Polypodium lycopodioides L.、Polypodium macrolepis、大叶水龙骨(Polypodium macrophyllum)、长柄瓦韦(Polypodium macrosorum)、大瓦韦(Polypodium macrosphaerum)、毛鳞蕨(Polypodiummaculosum)、Polypodium madrense、篦齿蕨(Polypodium manmeiense)、Polypodium margaritiferum、滨海水龙骨(Polypodiummaritimum)、马氏水龙骨(Polypodium martensii)、Polypodium mayoris、Polypodiummegalolepis、Polypodium melanotrichum、Polypodium menisciifoliumvar.pubescens、新月水龙骨(Polypodium meniscioides)、Polypodiummerrillii、Polypodium mettenii、Polypodium mexiae、Polypodiummicrosorum、Polypodiummilitare、Polypodium minimum、Polypodiumminusculum、Polypodium mixtum、Polypodiummollendense、柔软石韦(Polypodium mollissimum)、Polypodium moniliformevar.minus、Polypodium monoides、山地水龙骨(Polypodium monticola)、Polypodiummontigenum、Polypodium moritzianum、小蒿蕨(Polypodium moultonii)、Polypodium multicaudatum、大羽新月蕨(Polypodium multilineatum)、Polypodiummultisorum、Polypodium munchii、藓状水龙骨(Polypodiummuscoides)、Polypodiummyriolepis、Polypodium myriophyllum、Polypodium myriotrichum、Polypodiumnematorhizon、Polypodium nemorale、Polypodium nesioticum、Polypodiumnigrescentium、黑足水龙骨(Polypodium nigripes)、表面星蕨(Polypodiumnigrocinctum)、Polypodium nimbatum、Polypodium nitidissimum、Polypodiumnitidissimum var.latior、Polypodium nubrigenum、剑叶盾蕨(Polypodiumoligolepis)、长毛水龙骨(Polypodium oligosorum)、长毛水龙骨(Polypodiumoligosorum)、橄榄形水龙骨(Polypodium olivaceum)、橄榄形水龙骨宽叶变种(Polypodium olivaceum var.elatum)、Polypodium oodes、Polypodium oosphaerum、高地水龙骨(Polypodium oreophilum)、Polypodium ornatissimum、树形针毛蕨(Polypodiumornatum)、卵叶盾蕨(Polypodium ovatum)、尖裂假瘤蕨(Polypodium oxylobum)、Polypodium oxypholis、Polypodiumpakkaense、Polypodium pallidum、扇蕨(Polypodiumpalmatopedatum)、Polypodiumpalmeri、巴拿马水龙骨(Polypodiumpanamense)、细小水龙骨(Polypodium parvum)、巴塔哥尼亚水龙骨(Polypodiumpatagonicum)、无毛禾叶蕨(Polypodium paucisorum)、Polypodiumpavonianum、Polypodium pectinatum var.caliense、Polypodium pectinatumvar.hispidum、Polypodium pellucidum、Polypodium pendulum var.boliviense、Polypodium percrassum、Polypodium perpusillum、Polypodium peruvianumvar.subgibbosum、Polypodium phyllitidis var.elongatum、Polypodium pichinchense、星毛水龙骨(Polypodium pilosissimum)、星毛水龙骨毛变种(Polypodium pilosissimumvar.glabriusculum)、Polypodiumpilossimum var.tunguraquensis、Polypodiumpityrolepis、宽叶水龙骨(Polypodium platyphyllum)、广叶星蕨(Polypodiumplayfairii)、Polypodium plebeium var.cooperi、Polypodium plectolepidioides、Polypodiumpleolepis、Polypodiumplesiosorum var.i、三出假瘤蕨(Polypodiumpodobasis)、Polypodium podocarpum、Polypodium poloense、Polypodium polydatylon、Polypodium polypodioides var.aciculare、Polypodium polypodioidesvar.michauxianum、Polypodiumpraetermissum、Polypodiumpreslianum var.immersum、Polypodium procerum、Polypodium procerum、长叶瓦韦(Polypodium productum)、长叶瓦韦(Polypodium productum)、Polypodium prolongilobum、Polypodium propinguum、Polypodium proteus、Polypodium pruinatum、Polypodium pseudocapillare、Polypodiumpseudofraternum、Polypodium pseudonutans、紫柄假瘤蕨(Polypodiumpseudoserratum)、Polypodiumpulcherrimum、Polypodium pulogense、Polypodium pungens、Polypodiumpurpusii、Polypodium radicale、Polypodium randallii、Polypodium ratiborii、Polypodium reclinatum、Polypodium recreense、Polypodium repens var.abruptum、Polypodium revolvens、Polypodium rhachipterygium、Polypodium rhomboideum、阅鳞水龙骨(Polypodium rigens)、粗壮水龙骨(Polypodium robustum)、罗赖马水龙骨(Polypodium roraimense)、罗赖马水龙骨(Polypodium roraimense)、Polypodium rosei、Polypodium rosenstockii、多羽瘤蕨(Polypodium rubidum)、Polypodium rudimentum、Polypodium rusbyi、Polypodium sablanianum、Polypodium sarmentosum、石生水龙骨(Polypodium saxicola)、Polypodium schenckii、Polypodium schlechteri、瘤蕨(Polypodium scolopendria)、瘤蕨(Polypodium scolopendria)、棕鳞瓦韦(Polypodiumscolopendrium)、习习叶(Polypodium scouleri)、Polypodium scutulatum、Polypodiumsegregatum、Polypodium semihirsutum、Polypodium semihirsutum var.fuscosetosum、Polypodium senile var.minor、Polypodium sericeolanatum、Polypodium serraeforme、Polypodium serricula、Polypodium sesquipedala、无毛滨禾蕨(Polypodiumsessilifolium)、Polypodium setosum var.calvum、Polypodium setulosum、Polypodiumshaferi、Polypodium sibomense、Polypodium siccum、Polypodium simacense、篦齿蕨(Polypodium simulans)、Polypodium singeri、裂禾蕨(Polypodium sinicum)、Polypodium sintenisii、Polypodium skutchii、Polypodium sloanei、Polypodiumsodiroi、Polypodium sordidulum、黑鳞瓦韦(Polypodium sordidum)、大鳞轴鳞蕨(Polypodium sphaeropteroides)、Polypodium sphenodes、Polypodium sprucei、Polypodium sprucei var.furcativenosa、Polypodium steirolepis、Polypodiumstenobasis、狭鳞鳞毛蕨(Polypodium stenolepis)、川东对囊蕨(Polypodiumstenopterum)、Polypodium subcapillare、Polypodium subflabelliforme、Polypodiumsubhemionitidium、Polypodium subinaequale、舌叶瓦韦(Polypodium subintegrum)、Polypodium subspathulatum、Polypodium subtile、Polypodium subvestitum、Polypodium subviride、滇鳞果星蕨(Polypodium superficiale var.attenuatum)、Polypodium superficiale var.chinensis、Polypodium sursumcurrens、Polypodiumtablazianum、Polypodium taenifolium、Polypodium tamandarei、Polypodium tatei、Polypodium tenuiculum var.acrosora、Polypodium tenuiculum var.brasiliense、Polypodium tenuilore、Polypodium tenuinerve、Polypodium tepuiense、Polypodiumteresae、Polypodium tetragonum var.incompletum、Polypodium thysanolepisvar.bipinnatifidum、Polypodium thyssanolepis var.thyssanolepis、Polypodiumthyssanolepsi、Polypodium tobagense、虎尾蒿蕨(Polypodium trichophyllum)、有翅星蕨(Polypodium tridactylum)、Polypodium tridentatum、Polypodium trifurcatumvar.brevipes、三叉扇蕨(Polypodium triglossum)、Polypodium truncatulum、Polypodium truncicola var.major、附生水龙骨小变种(Polypodium truncicolavar.minor)、Polypodium tuberosum、Polypodium tunguraguae、Polypodium turquinum、Polypodium turrialbae、Polypodium ursipes、Polypodium vagans、友水龙骨(Polypodium valdealatum)、Polypodium versteegii、Polypodium villagranii、Polypodium virginianum f.cambroideum、Polypodium virginianum f.peraferens、披针叶石韦(Polypodium vittarioides)、欧亚水龙骨(Polypodium vulgare)、欧亚水龙骨(Polypodium vulgareL.)、欧亚水龙骨嗜矿亚种(Polypodium vulgaresubsp.oreophilum)、欧亚水龙骨粗毛变种(Polypodium vulgare var.acuminatum)、Polypodium vulpinum、Polypodium williamsii、Polypodium wobbense、Polypodium xfallacissimum-guttatum、Polypodium xantholepis、Polypodium xiphopteris、Polypodium yarumalense、Polypodiumyungense、和有翅星蕨(Polypodiumzosteriforme)。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目(Polypodiales)中的蕨类物种。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目肾蕨科(Nephrolepidaceae)中的蕨类物种。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目、肾蕨科、肾蕨属中的蕨类物种,选自但不限于急尖肾蕨(Nephrolepis abrupta)、尖叶肾蕨(Nephrolepisacutifolia)、Nephrolepis averyi、长叶肾蕨(Nephrolepis biserrata)、毛叶肾蕨(Nephrolepis brownii)、科氏肾蕨(Nephrolepis copelandi)、心叶肾蕨(Nephrolepiscordifolia)、Nephrolepis davalliae、骨碎肾蕨(Nephrolepis davallioides)、蚌壳肾蕨(Nephrolepis dicksonioides)、高大肾蕨(Nephrolepis exaltata)、镰叶肾蕨(Nephrolepisfalcata)、镰形肾蕨(Nephrolepisfalciformis)、马蹄肾蕨(Nephrolepishippocrepicis)、桂叶肾蕨(Nephrolepis laurifolia)、劳氏肾蕨(Nephrolepislauterbachii)、Nephrolepis medlerae、皱叶肾蕨(Nephrolepis obliterata)、梳状肾蕨(Nephrolepispectinata)、垂枝肾蕨(Nephrolepis pendula)、拟长叶肾蕨(Nephrolepispseudobiserrata)、生根肾蕨(Nephrolepis radicans)、溪生肾蕨(Nephrolepisrivularis)、和波缘肾蕨(Nephrolepis undulata)。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目、水龙骨科、线蕨属中的蕨类物种,选自但不限于宽大线蕨(Colysis ampla)、掌叶线蕨(Colysis digitata)、异叶线蕨(Colysis diversifolia)、秀丽线蕨(Colysis elegans)、椭圆线蕨(Colysis elliptica)、曲边线蕨(Colysis flexiloba)、断线蕨(Colysis hemionitidea)、胄叶线蕨(Colysishemitoma)、矩圆线蕨(Colysis henryi)、卓越线蕨(Colysis insignis)、矛叶线蕨(Colysis intermedia)、绿叶线蕨(Colysis leveillei)、长柄线蕨(Colysis longipes)、长梗线蕨(Colysis pedunculata)、滇线蕨(Colysispentaphylla)、宽羽线蕨(Colysispothifolia)、有翅线蕨(Colysis pteropus)、新店线蕨(Colysisshintenensis)、Colysis simplicifrons、三裂线蕨(Colysis triphylla)、褐叶线蕨(Colysis wrightii)、和线蕨×新店(Colysis×shintenensis)。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目叉蕨科(Tectariaceae)中的蕨类物种。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目、叉蕨科、叉蕨属中的蕨类物种,选自但不限于槭叶三叉蕨(Tectaria acerifolia)、顶囊轴脉蕨(Tectariaacrocarpa)、沙参三叉蕨(Tectaria adenophora)、赤道三叉蕨(Tectariaaequatoriensis)、Tectaria amblyotis、Tectaria amphiblestra、毛叶三叉蕨(Tectariaandersonii)、Tectaria angelicifolia、棱枝三叉蕨(Tectaria angulata)、Tectariaantioquiana、Tectaria athyrioides、Tectaria athyriosora、金色三叉蕨(Tectariaaurita)、Tectaria balansae、Tectaria barberi、Tectaria barteri、贝卡利三叉蕨(Tectaria beccariana)、Tectaria blumeana、变叶三叉蕨(Tectaria brachiata)、Tectaria brauniana、Tectaria brevilobata、Tectaria brooksii、Tectariabuchtienii、钙质三叉蕨(Tectaria calcarea)、喀麦隆三叉蕨(Tectaria camerooniana)、Tectaria chattagramica、Tectaria cherasica、钦博拉索山三叉蕨(Tectariachimborazensis)、中华轴脉蕨(Tectaria chinensis)、Tectaria christii、克里斯托弗尔三叉蕨(Tectaria christovalensis)、Tectaria cicutaria、大齿三叉蕨(Tectariacoadunata)、汇生三叉蕨(Tectaria confluens)、棕柄三叉蕨(Tectaria consimilis)、Tectaria cordulata、荽叶三叉蕨(Tectaria coriandrifolia)、Tectariacraspedocarpa、钝齿三叉蕨(Tectaria crenata)、发状三叉蕨(Tectaria crinigera)、红毛三叉蕨(Tectaria croftii)、柯氏三叉蕨(Tectaria curtisii)、Tectaria danfuensis、Tectaria decaryana、Tectaria decastroi、翅柄三叉蕨(Tectaria decurrens)、Tectariadegeneri、Tectaria dolichosora、Tectaria draconoptera、大叶三叉蕨(Tectariadubia)、Tectaria durvillei、黑柄三叉蕨(Tectaria ebenina)、Tectaria estremerana、Tectaria exauriculata、傅氏三叉蕨(Tectariafauriei)、阔羽三叉蕨(Tectariafengii)、Tectaria fernandensis、绣毛三叉蕨(Tectariaferruginea)、Tectariafilisquamata、流苏三叉蕨(Tectaria fimbriata)、Tectariafissa、高氏三叉蕨(Tectariagaudichaudii)、芽孢三叉蕨(Tectaria gemmifera)、Tectaria godeffroyi、纤细三叉蕨(Tectaria grandidentata)、鳞柄三叉蕨变种singaporeana(Tectariagriffithii var.singaporeana)、粗齿三叉蕨(Tectariagrossedentata)、紫叶三叉蕨(Tectaria hederifolia)、河口三叉蕨(Tectaria hekouensis)、三出三叉蕨(Tectariaheracleifolia)、Tectaria herpetocaulos、异果三叉蕨(Tectaria heterocarpa)、Tectaria hilocarpa、Tectaria holttumii、锐齿三叉蕨(Tectaria hookeri)、Tectariahumbertiana、Tectaria hymenodes、Tectaria hymenophylla、疣状三叉蕨(Tectariaimpressa)、裂叶三叉蕨(Tectaria incisa)、Tectaria inopinata、Tectaria isomorpha、Tectariajacobsii、Tectariajardini、Tectariajohannis-winkleri、Tectaria keckii、Tectaria kehdingiana、Tectaria kingii、Tectaria kouniensis、贵州三叉蕨(Tectariakweichowensis)、Tectaria labrusca、Tectaria lacei、老挝三叉蕨(Tectaria laotica)、阔叶三叉蕨(Tectaria latifolia)、Tectaria lawrenceana、Tectaria laxa、剑叶三叉蕨(Tectaria leptophylla)、Tectaria lifuensis、Tectaria lizarzaburui、Tectarialobbii、龙目岛三叉蕨(Tectaria lombokensis)、Tectaria macrosora、大耳叶三叉蕨(Tectaria macrota)、马达加斯加岛三叉蕨(Tectaria madagascarica)、大三叉蕨(Tectaria magnifica)、Tectaria manilensis、Tectaria marchionica、中形三叉蕨(Tectaria media)、黑茎三叉蕨(Tectaria melanocaulis)、Tectaria melanocauloides、Tectaria melanorachis、Tectaria menyanthidis、Tectaria mesodon、墨西哥三叉蕨(Tectaria mexicana)、Tectaria microchlamys、Tectaria microlepis、小三叉蕨(Tectaria minuta)、穆氏三叉蕨(Tectaria moorei)、Tectaria morlae、Tectariamoussetii、默氏三叉蕨(Tectaria murrayi)、Tectaria nabirensis、Tectarianausoriensis、云斑三叉蕨(Tectaria nebulosa)、Tectaria nesiotica、尼加拉瓜三叉蕨(Tectaria nicaraguensis)、Tectaria nicotianifolia、Tectaria nitens、Tectarianovoguineensis、Tectaria organensis、裂叶三叉蕨(Tectariapalmate)、琴叶三叉蕨(Tectariapandurifolia)、鸟足三叉蕨(Tectariapedata)、Tectaria pentagonalis、Tectaria perdimorpha、条裂三叉蕨(Tectaria phaeocaulis)、异食三叉蕨(Tectariapica)、披毛三叉蕨(Tectaria pilosa)、车前三叉蕨(Tectariaplantaginea)、Tectariapleiosora、Tectaria pleiotoma、Tectaria poilanei、多形三叉蕨(Tectariapolymorpha)、Tectariaprolifera、Tectariapseudosinuata、Tectariaxpteropus-minor、Tectaria pubens、Tectaria puberula、Tectaria pubescens、五裂三叉蕨(Tectariaquinquefida)、Tectaria quitensis、Tectaria ramosii、Tectaria rara、疏羽三叉蕨(Tectaria remotipinna)、Tectaria repanda、Tectaria rheophytica、硬枝三叉蕨(Tectaria rigida)、Tectaria rivalis、洛克三叉蕨(Tectaria rockii)、Tectariarufescens、Tectaria rufovillosa、Tectaria sagenioides、Tectaria schmutzii、Tectaria schultzei、Tectaria seemannii、Tectaria semibipinnata、Tectariasemipinnata、斯兰岛三叉蕨(Tectaria seramensis)、Tectaria siifolia、思茅三叉蕨(Tectaria simaoensis)、燕尾三叉蕨(Tectaria simonsii)、中间三叉蕨(Tectariasimulans)、新加坡三叉蕨(Tectaria singaporeana)、Tectaria sinuata、Tectariasquamipes、Tectaria stalactica、Tectaria stearnsii、Tectaria stenosemioides、Tectaria subcaudata、Tectaria subconfluens、Tectaria subcordata、Tectariasubdigitata、Tectaria subebenea、Tectaria subrepanda、无盖轴脉蕨(Tectariasubsageniacea)、Tectaria subtriloba、三羽三叉蕨(Tectaria subtriphylla)、Tectariasulitii、苏禄三叉蕨(Tectaria suluensis)、苏门答腊三叉蕨(Tectaria sumatrana)、塔博三叉蕨(Tectaria tabonensis)、Tectaria taccifolia、大溪地三叉蕨(Tectariatahitensis)、Tectaria tenerifrons、细叶三叉蕨(Tectaria tenuifolia)、Tectariateratocarpa、三叶三叉蕨(Tectaria ternata)、Tectaria transiens、透明三叉蕨(Tectaria translucens)、三尖三叉蕨(Tectaria tricuspis)、三分三叉蕨(Tectariatrifida)、三叶木三叉蕨(Tectaria trifoliata)、Tectaria triglossa、Tectariatriloba、Tectaria trimenii、Tectaria trinitensis、三裂三叉蕨(Tectariatripartita)、多变三叉蕨(Tectaria variabilis)、翅柄三叉蕨(Tectaria vasta)、Tectaria vieillardii、Tectaria villosa、斐济三叉蕨(Tectaria vitiensis)、胎生三叉蕨(Tectaria vivipara)、Tectaria waterlotii、Tectaria weberi、Tectaria wightii、Tectariax amesiana、Tectariax cynthiae、云南三叉蕨(Tectaria yunnanensis)、地耳三叉蕨(Tectaria zeylanica)和Tectariazollingeri。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目骨碎补科(Davalliaceae)中的蕨类物种。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目、骨碎补科、骨碎补属中的蕨类物种,选自但不限于Davallia adiantoides、云桂骨碎补(Davallia amabilis)、Davalliaassamica、华南骨碎补(Davallia austrosinica)、Davallia biflora、Davallia boryana、Davallia brachypoda、麻栗坡骨碎补(Davallia brevisora)、Davallia bullata、Davallia bullata、Davallia calvescens、Davallia calvescens、加拿利骨碎补(Davallia canariensis)、Davallia chaerophylla、Davallia chaerophylloide、菊叶骨碎补(Davallia chrysanthemifolia)、Davallia clarkei、Davallia cumingii、云南骨碎补(Davallia cylindrica)、大叶骨碎补(Davallia divaricata)、大叶骨碎补(Davalliadivaricata)、大叶骨碎补变种orientale(Davallia divaricata var.orientale)、Davallia domingensis、Davallia dubia、Davallia elmeri、镰叶骨碎补(Davalliafalcata)、Davallia falcinella、Davalliaferulacea、Davalliaflaccida、大叶骨碎补(Davallia formosana)、Davallia fumarioides、Davallia goudotiana、Davalliagracilis、Davallia griffithiana、Davalliagriffithiana、Davallia henryana、异叶骨碎补(Davallia heterophylla)、Davallia hookeriana、Davallia hymenophylloides、骨碎补(Davallia immersa)、斜叶骨碎补变种minor(Davallia inaequalis var.minor)、牙买加骨碎补(Davallia jamaicensis)、Davallia khasiyana、Davallia kurzii、Davallialepida、Davallia lepida、Davallia macraeana、Davallia magellanica、Davalliamariesii、Davallia membranulosa、Davallia membranulosa、Davallia millefolium、穆氏骨碎补(Davallia moorei)、Davallia multidentata、结节骨碎补(Davallia nodosa)、Davallia novae-guineae、东方骨碎补(Davallia orientalis)、平行骨碎补(Davalliaparallela)、Davallia parkeri、Davalliaparvipinnula、小羽骨碎补(Davalliapatens)、Davallia pectinata、Davalliaperdurans、Davalliapilosula、Davalliaplatylepis、Davallia polypodioides、Davallia polypodioides var.hispida、Davalliapolypodioides var.pilosula、假冷蕨骨碎补(Davalliapseudocystopteris)、Davalliapuberula、Davalliapyramidata、Davalliapyxidata、匍匐骨碎补(Davalliarepens)、Davallia rhomboidea、Davallia rhomboidea、Davallia rhomboidea、中国骨碎补(Davallia sinensis)、Davallia sloanei、阔叶骨碎补(Davallia solida)、阔叶骨碎补(Davallia solida)、Davallia stipellata、Davallia strigosa、Davallia strigosa、Davallia strigosa var.rhomboidea、Davallia subalpina、亚阔叶骨碎补(Davalliasubsolida)、Davallia teyermannii、三角叶骨碎补(Davallia triangularis)、Davalliatripinnata、Davallia truncata、Davallia tyermanni、Davallia tyermannii、Davalliauncinella、尾叶骨碎补(Davallia urophylla)、Davallia vestita、Davallia wilfordiivar.contracta、和云南骨碎补(Davalliayunnanensis)。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目鳞毛蕨科(Dryopteridaceae)中的蕨类物种。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目、鳞毛蕨科、耳蕨属中的蕨类物种,选自但不限于刺叶耳蕨(Polystichum acanthophyllum)、欧洲耳蕨(Polystichumaculeatum)、尖齿耳蕨(Polystichum acutidens)、尖头耳蕨(Polystichumacutipinnulum)、阿当耳蕨(Polystichum Polystichum adungense)、角状耳蕨(Polystichum alcicorne)、高大耳蕨(Polystichum altum)、灰绿耳蕨(Polystichumanomalum)、节毛耳蕨(Polystichum ariticulatipilosum)、上斜刀羽耳蕨(Polystichumassurgentipinnum)、小羽芽胞耳蕨(Polystichum atkinsonii)、长叶芽胞耳蕨(Polystichum attenuatum)、滇东南耳蕨(Polystichum auriculum)、薄叶耳蕨(Polystichum bakerianum)、宝兴耳蕨(Polystichum baoxingense)、二尖耳蕨(Polystichum biaristatum)、钳形耳蕨(Polystichum bifidum)、双胞耳蕨(Polystichumbifidum)、川渝耳蕨(Polystichum bissectum)、波密耳蕨(Polystichum bomiense)、喜马拉雅耳蕨(Polystichum brachypterum)、布朗耳蕨(Polystichum braunii)、基芽耳蕨(Polystichum capillipes)、栗鳞耳蕨(Polystichum castaneum)、滇耳蕨(Polystichumchingiae)、拟角状耳蕨(Polystichum christii)、陈氏耳蕨(Polystichum chunii)、涪陵耳蕨(Polystichum consimile)、轴果耳蕨(Polystichumcostularisorum)、鞭叶耳蕨(Polystichum craspedosorum)、粗脉耳蕨(Polystichum crassinervium)、毛发耳蕨(Polystichum cringerum)、楔基耳蕨(Polystichum cuneatiforme)、圆片耳蕨(Polystichumcyclolobum)、大关耳蕨(Polystichum daguanense)、成忠耳蕨(Polystichumdangii)、洱源耳蕨(Polystichum delavayi)、对生耳蕨(Polystichum deltodon)、圆顶耳蕨(Polystichum dielsii)、铺散耳蕨(Polystichum diffundens)、分离耳蕨(Polystichumdiffundens)、疏羽耳蕨(Polystichum disjunctum)、杜氏耳蕨(Polystichum duthiei)、凸脉耳蕨(Polystichum elevatovenusum)、蚀盖耳蕨(Polystichum erosum)、缺耳耳蕨(Polystichum exauriforme)、尖顶耳蕨(Polystichum excellens)、杰出耳蕨(Polystichum excelsius)、流苏耳蕨(Polystichum fimbriatum)、台湾耳蕨(Polystichumfimbriatum)、寒生耳蕨(Polystichumfrigidicola)、福贡耳蕨(Polystichumfugongense)、工布耳蕨(Polystichum gongboense)、大叶耳蕨(Polystichum grandifrons)、广西耳蕨(Polystichum guangxiense)、闽浙耳蕨(Polystichum gymnocarpium)、哈巴耳蕨(Polystichum habaense)、小戟叶耳蕨(Polystichum hancockii)、芒齿耳蕨(Polystichumhecatopteron)、草叶耳蕨(Polystichum herbaceum)、猴场耳蕨(Polystichumhouchangense)、川西耳蕨(Polystichum huae)、宜昌耳蕨(Polystichum ichangense)、小耳蕨(Polystichum inaense)、深裂耳蕨(Polystichum incisopinnulum)、贡山耳蕨(Polystichum integrilimbum)、革叶耳蕨(Polystichum integrilobum)、金佛山耳蕨(Polystichumjinfoshaense)、九老洞耳蕨(Polystichumjiulaodongense)、鸡足山耳蕨(Polystichum jizhushanense)、康定耳蕨(Polystichum kangdingense)、宪需耳蕨(Polystichum kungianum)、广东耳蕨(Polystichum kwangtungense)、高山耳蕨(Polystichum lachenense)、亮叶耳蕨(Polystichum lanceolatum)、浪穹耳蕨(Polystichum langchungense)、宽鳞耳蕨(Polystichum latilepis)、柔软耳蕨(Polystichum lentum)、莱氏耳蕨(Polystichum leveillei)、正宇耳蕨(Polystichumliui)、矛状耳蕨(Polystichum lonchitis)、长芒耳蕨(Polystichum longiaristatum)、长齿耳蕨(Polystichum longidens)、长鳞耳蕨(Polystichum longipaleatum)、长柄耳蕨(Polystichum longipes)、长羽耳蕨(Polystichum longipinnulum)、长刺耳蕨(Polystichum longispinosum)、长叶耳蕨(Polystichum longissimum)、大盖耳蕨(Polystichummacrochlaenum)、黑鳞耳蕨(Polystichum makinoi)、镰叶耳蕨(Polystichummanmeiense)、黔中耳蕨(Polystichum martinii)、前原耳蕨(Polystichum mayebarae)、墨脱耳蕨(Polystichum medogense)、印西耳蕨(Polystichum mehrae)、美姑耳蕨(Polystichum meiguense)、乌柄耳蕨(Polystichum melanostipes)、毛叶耳蕨(Polystichummollissimum)、玉山耳蕨(Polystichum morii)、穆坪耳蕨(Polystichummoupinense)、伴藓耳蕨(Polystichum muscicola)、岩生耳蕨(Polystichumnayongense)、新正宇耳蕨(Polystichum neoliuii)、革叶耳蕨(Polystichumneolobatum)、软骨耳蕨(Polystichum nepalense)、黛鳞耳蕨(Polystichum nigrum)、宁陕耳蕨(Polystichum ningshenense)、裸果耳蕨(Polystichum nudisorum)、知本耳蕨(Polystichum obliquum)、镇康耳蕨(Polystichum oblongum)、疏果耳蕨(Polystichumoligocarpum)、峨眉耳蕨(Polystichum omeiense)、假半育耳蕨(Polystichum oreodoxa)、藏东耳蕨(Polystichum orientalitibeticum)、高山耳蕨(Polystichum otophorum)、卵鳞耳蕨(Polystichum ovato-paleaceum)、短柄耳蕨(Polystichum paramoupinense)、小羽耳蕨(Polystichum parvifoliolatum)、尖叶耳蕨(Polystichum parvipinnulum)、片马耳蕨(Polystichum pianmaense)、乌鳞耳蕨(Polystichum piceo-paleaceum)、棕鳞耳蕨(Polystichum polyblepharum)、芒刺耳蕨(Polystichumprescottianum)、锯叶耳蕨(Polystichum prionolepis)、拟栗鳞耳蕨(Polystichum pseudocastaneum)、假亮叶耳蕨(Polystichumpseudolanceolatum)、假黑鳞耳蕨(Polystichum pseudomakinoi)、菱羽耳蕨(Polystichum pseudorhomboideum)、假线鳞耳蕨(Polystichum pseudosetosum)、洪雅耳蕨(Polystichumpseudoxiphophyllum)、中缅耳蕨(Polystichum punctiferum)、吞天井耳蕨(Polystichum puteicola)、密果耳蕨(Polystichumpycnopterum)、昌都耳蕨(Polystichum qamdoense)、倒鳞耳蕨(Polystichum retrosopaleaceum)、外卷耳蕨(Polystichum revolutum)、斜方耳蕨(Polystichum rhombiforme)、阔鳞耳蕨(Polystichum rigens)、粗壮耳蕨(Polystichum robustum)、红鳞耳蕨(Polystichumrufopaleaceum)、石生耳蕨(Polystichum saxicola)、半育耳蕨(Polystichumsemifertile)、刚毛耳蕨(Polystichum setillosum)、山东耳蕨(Polystichumshandongense)、陕西耳蕨(Polystichum shensiense)、边果耳蕨(Polystichumshimurae)、单羽耳蕨(Polystichum simplicipinnum)、中华耳蕨(Polystichum sinense)、中华对马耳蕨(Polystichum sinotsus-simense)、草山耳蕨(Polystichum sozanense)、岩穴耳蕨(Polystichum speluncicola)、密鳞耳蕨(Polystichum squarrosum)、芽胞耳蕨(Polystichum stenophyllum)、猫儿刺耳蕨(Polystichum stimulans)、多羽耳蕨(Polystichum subacutidens)、粗齿耳蕨(Polystichum subdeltodon)、拟流苏耳蕨(Polystichum subfimbriatum)、近边耳蕨(Polystichum submarginale)、秦岭耳蕨(Polystichum submite)、钻鳞耳蕨(Polystichum subulatum)、南亚耳蕨(Polystichumtacticopterum)、台中耳蕨(Polystichum taizhongense)、通麦耳蕨(Polystichumtangmaiense)、尾叶耳蕨(Polystichum thomsonii)、西藏耳蕨(Polystichum tibeticum)、中越耳蕨(Polystichum tonkinense)、戟叶耳蕨(Polystichum tripteron)、井冈山耳蕨(Polystichum tsingkanshanense)、对马耳蕨(Polystichum tsus-simense)、细裂耳蕨(Polystichum wattii)、关山耳蕨(Polystichum xiphophyllum)、亚东耳蕨(Polystichumyadongense)、倒叶耳蕨(Polystichumyuanum)、云南耳蕨(Polystichumyunnanense)、和察隅耳蕨(Polystichum houchangense)。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目、凤尾蕨科、铁线蕨科属中的蕨类物种,选自但不限于:埃赛俄比亚铁线蕨(Adiantum aethiopicum)、阿留申铁线蕨(Adiantum aleuticum)、毛足铁线蕨(Adiantum bonatianum)、卡延铁线蕨(Adiantumcajennense)、团羽铁线蕨(Adiantum capillus-junonis)、条裂铁线蕨(Adiantumcapillus-veneris)、鞭叶铁线蕨(Adiantum caudatum)、北江铁线蕨(Adiantumchienii)、智利铁线蕨(Adiantum chilense)、楔叶铁线蕨(Adiantum cuneatum)、坎宁安铁线蕨(Adiantum cunninghamii)、白背铁线蕨(Adiantum davidii)、长尾铁线蕨(Adiantumdiaphanum)、月芽铁线蕨(Adiantum edentulum)、普通铁线蕨(Adiantum edgeworthii)、切边铁角蕨(Adiantum excisum)、阔盖铁线蕨(Adiantum fengianum)、长盖铁线蕨(Adiantumfimbriatum)、扇叶铁线蕨(Adiantum flabellulatum)、台湾铁线蕨(Adiantumformosanum)、美丽铁线蕨(Adiantumformosum)、铜骨铁线蕨(Adiantumfulvum)、白垩铁线蕨(Adiantum gravesii)、毛叶铁线蕨(Adiantum hispidulum)、园柄铁线蕨(Adiantuminduratum)、加州铁线蕨(Adiantum jordanii)、仙霞铁线蕨(Adiantum juxtapositum)、阔叶铁线蕨(Adiantum latifolium)、裂叶铁线蕨(Adiantum leveillei)、粤铁线蕨(Adiantum lianxianense)、假鞭叶铁线蕨(Adiantum malesianum)、小铁线蕨(Adiantummariesii)、单盖铁线蕨(Adiantum monochlamys)、灰背铁线蕨(Adiantum myriosorum)、歪叶铁线蕨(Adiantum obliquum)、小笠原铁线蕨(Adiantum ogasawarense)、掌叶铁线蕨(Adiantum pedatum)、五趾节铁线蕨(Adiantum pentadactylon)、银圆铁线蕨(Adiantumperuvianum)、半月形铁线蕨(Adiantum philippense)、皇室铁线蕨(Adiantumprinceps)、毛叶铁线蕨(Adiantumpubescens)、楔叶铁线蕨(Adiantum raddianum)、圆肾铁线蕨(Adiantum reniforme)、陇南铁线蕨(Adiantum roborowskii)、齿叶铁线蕨(Adiantumserratodentatum)、苍山铁线蕨(Adiantum sinicum)、翅柄铁线蕨(Adiantumsoboliferum)、亚心形铁线蕨(Adiantum subcordatum)、脆铁线蕨(Adiantum tenerum)、终止铁线蕨(Adiantum terminatum)、四叶铁线蕨(Adiantum tetraphyllum)、细叶铁线蕨(Adiantum venustum)、绿色铁线蕨(Adiantum viridescens)、和青山铁线蕨(Adiantumviridimontanum)。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目、铁角蕨科、铁角蕨属中的蕨类物种。在一些实施例中,编码IPD113多肽的核酸分子来源于水龙骨目、铁角蕨科、铁角蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:北京铁角蕨(Asplenium abbreviatum)、Aspleniumabrotanoides、Asplenium abscissum var.subaequilaterale、Asplenium abscissum、长叶铁角蕨(Asplenium achilleifolium)、Asplenium acuminatum、阿里山铁角蕨(Asplenium adiantifrons)、革叶铁角蕨(Asplenium adiantoides)、革叶铁角蕨鳞状变种(Asplenium adiantoides var.squamulosum)、深山铁角蕨(Asplenium adiantum-nigrumL.)、Asplenium adiantum-nigrum var.adiantum-nigrum、黑色铁角蕨(Aspleniumadiantum-nigrum var.yuanum)、合生铁角蕨(Asplenium adnatum)、西南铁角蕨(Asplenium aethiopicum)、匙形铁角蕨(Asplenium affine)、匙形铁角蕨仿射变种(Asplenium affine var.affine)、匙形铁角蕨gilpinae变种(Asplenium affinevar.gilpinae)、匙形铁角蕨mettenii变种(Asplenium affine var.mettenii)、匙形铁角蕨pecten变种(Asplenium affine var.pecten)、非洲铁角蕨(Asplenium africanum)、Asplenium afzelii、高山铁角蕨(Asplenium aitchisonii)、狭翅铁角蕨(Aspleniumalatulum)、Asplenium alatum、Asplenium alfredii、阿尔泰铁角蕨(Aspleniumaltajense)、Asplenium amabile、Asplenium ambohitantelense、三翅铁角蕨(Aspleniumanceps var.proliferum)、Asplenium andapense、大叶假冷蕨(Asplenium andersonii)、狭叶铁角蕨(Asplenium angustatum)、细叶铁角蕨(Asplenium angustum)、异叶铁角蕨、Asplenium annetii、大鳞巢蕨(Asplenium antiquum)、狭翅巢蕨(Aspleniumantrophyoides)、Asplenium apertum、无配膜叶铁角蕨(Asplenium apogamum)、Aspleniumaquaticum、树形铁角蕨(Asplenium arboreum)、Asplenium arcanum、弓形铁角蕨(Asplenium arcuatum)、阿根廷铁角蕨(Asplenium argentinum)、尖齿铁角蕨(Aspleniumargutum)、Asplenium aspidiiforme、Asplenium aspidioides、黑鳞铁角蕨(Aspleniumasterolepis)、Asplenium auricularium var.acutidens、Asplenium auriculariumvar.subintegerrimum、大耳铁角蕨(Asplenium auriculatum)、大耳铁角蕨aequilaterale变种(Asplenium auriculatum var.aequilaterale)、Asplenium auritum、Aspleniumauritum var.auriculatum、Asplenium auritum var.auritum、Asplenium auritumvar.bipinnatifidum、Asplenium auritum var.bipinnatisectum、Asplenium auritumvar.davallioides、Asplenium auritum var.macilentum、Asplenium auritumvar.rigidum、Asplenium auritum var.subsimplex、华南铁角蕨(Aspleniumaustrochinense)、Asplenium ayopayense、Asplenium badinii、Asplenium balense、Asplenium ballivianii、Asplenium bangii、Asplenium bangii、Asplenium barbaense、Asplenium barclayanum、马尔康铁角蕨(Asplenium barkamense)、Asplenium barteri、Asplenium basiscopicum、Asplenium bicrenatum、Asplenium bifrons、Aspleniumbipartitum、Asplenium blastophorum、Asplenium blepharodes、Aspleniumblepharophorum、Asplenium boiteaui、Asplenium bolivianum、Asplenium boltonii、细茎铁角蕨(Asplenium borealichinense)、Asplenium bradei、Asplenium bradeorum、帕拉铁角蕨(Asplenium bradleyi)、Asplenium brausei、Asplenium breedlovei、Aspleniumbuettneri、Asplenium buettneri var.hildebrandtii、芽孢铁角蕨(Aspleniumbulbiferum)、Asplenium bullatum var.bullatum、稀羽铁角蕨(Asplenium bullatumvar.shikokianum)、大盖铁角蕨(Asplenium bullatum)、Aspleniumcancellatum、线柄铁角蕨(Asplenium capillipes)、细辛膜叶铁角蕨(Asplenium cardiophyllum(Hance))、Asplenium caripense、Aspleniumcarvalhoanum、东海铁角蕨(Aspleniumcastaneoviride)、Aspleniumcastaneum、膜连铁角蕨(Asplenium caudatum)、Aspleniumceltidifolium(Kunze)、Asplenium ceratolepis、贡山铁角蕨(Aspleniumchangputungense)、Asplenium chaseanum、齿果铁角蕨(Aspleniumcheilosorum)、城口铁角蕨(Asplenium chengkouense)、Aspleniumchihuahuense、Asplenium chimantae、Asplenium chimborazense、阿尔泰铁角蕨(Asplenium chingianum)、毛轴线盖蕨(Aspleniumchlorophyllum)、Aspleniumchondrophyllum、Asplenium cicutarium、Asplenium cicutarium var.paleaceum、Asplenium cirrhatum、Aspleniumcladolepton、Asplenium claussenii、线裂铁角蕨(Asplenium coenobiale)、Asplenium commutatum、密生铁角蕨(splenium congestum)、Aspleniumconquisitum、相似铁角蕨(Asplenium consimile)、镰叶铁角蕨(Aspleniumcontiguum)、Asplenium contiguum var.hirtulum、Asplenium corderoi、Asplenium cordovense、Asplenium coriaceum、Asplenium coriifolium、Aspleniumcorreardii、Asplenium costale、Asplenium costale var.robustum、Aspleniumcowanii、Asplenium crenulatoserrulatum、Aspleniumcrenulatum、毛轴铁角蕨(Asplenium crinicaule)、Asplenium crinulosum、蕨鸡冠角蕨(Asplenium cristatum)、Asplenium cryptolepis Fernald、Asplenium cultrifolium L.、乌来铁角蕨(Aspleniumcuneatiforme)、Asplenium cuneatum、Asplenium curvatum、Asplenium cuspidatum、Asplenium cuspidatum var cuspidatum、Asplenium cuspidatum var.foeniculaceum、Asplenium cuspidatum var.triculum、Aspleniumcuspidatum var.tripinnatum、苍山蕨(Asplenium dalhousiae)、Asplenium dareoides、骨碎补铁角蕨(Aspleniumdavallioides)、Asplenium davisii、Asplenium debile、Asplenium debile、Aspleniumdecussatum、水鳖蕨(Asplenium delavayi)、Asplenium delicatulum、Aspleniumdelicatulum var.cocosensis、Asplenium delitescens、AspleniumdelitescensXlaetum、铁角蕨(Asplenium densum)、Asplenium dentatum L.、Aspleniumdentatum L.、Asplenium depauperatum、圆叶铁角蕨(Asplenium deqenense)、Aspleniumdianae、Asplenium difforme、毛柄双盖蕨(Asplenium dilatatum)、石生铁角蕨(Asplenium dimidiatum)、石生铁角蕨boliviense变种(Asplenium dimidiatumvar.boliviense)、Asplenium diplazisorum、Asplenium dissectum、Asplenium distans、Asplenium divaricatum、Asplenium divergens、Asplenium divisissimum、光脚短肠蕨(Asplenium doederleinii)、Asplenium donnell-smithii、Asplenium dregeanum、独龙江苍山蕨(Asplenium dulongjiangense)、重齿铁角蕨(Asplenium duplicatoserratum)、Asplenium eatonii、乌木铁角蕨(Asplenium ebeneum)、黑柄铁角蕨(Aspleniumebenoides)、Asplenium ecuadorense、Asplenium eggersii、Asplenium emarginatum、Asplenium enatum、剑叶铁角蕨两尖变型(Asplenium ensiforme fo.bicuspe)、剑叶铁角蕨剑叶变型(Asplenium ensiformefo.ensiforme)、剑叶铁角蕨狭叶变型(Aspleniumensiformefo.stenophyllum)、剑叶铁角蕨(Asplenium ensiforme)、Asplenium erectumvar.erectum、Asplenium erectum var.gracile、Asplenium erectum var.usambarense、Asplenium erectum var.zeyheri、和Asplenium erosum L.、Asplenium escaleroense、Asplenium esculentum、Asplenium eutecnum、切边铁角蕨(Asplenium excelsum)、切边铁角蕨(Asplenium excisum)、低头铁角蕨、Asplenium extensum、镰叶铁角蕨(Aspleniumcontiguum)、Aspleniumfalcinellum、Asplenium faurei、Asplenium feei、闽浙铁角蕨(Asplenium fengyangshanense)、Asplenium ferulaceum、Asplenium fibrillosum、Asplenium filix-femina、Asplenium finckii、网脉铁角蕨(Aspleniumfinlaysonianum)、Aspleniumflabellulatum、Aspleniumflabellulatum varflabellulatum、Asplenium flabellulatum var.partitum、垂叶铁角蕨(Aspleniumflaccidum)、Aspleniumflavescens、Aspleniumflavidum、Aspleniumflexuosum、Aspleniumfluminense、Aspleniumfoeniculaceum、东南铁角蕨(Asplenium formosanum)、Asplenium formosum var.carolinum、Aspleniumformosumvar.incultum、Aspleniumformosum、Aspleniumfournieri、Aspleniumfragile、Aspleniumfragile var.lomense、Aspleniumfragrans、Aspleniumfragransvar.foeniculaceum、Asplenium franconis var.gracile、Aspleniumfraxinifolium、Aspleniumfriesiorum、Aspleniumfriesiorum var.nesophilum、易变铁角蕨(Aspleniumfugax)、福建铁角蕨(Aspleniumfujianense)、西南铁角蕨(Aspleniumfurcatum)、绒毛铁角蕨(Asplenium furfuraceum)、乌木铁角蕨(Aspleniumfuscipes)、Aspleniumfuscopubescens、Asplenium galeottii、Asplenium gautieri、Asplenium gemmiferum、Asplenium gentryi、Asplenium geppii、Aspleniumghiesbreghtii、Asplenium gilliesii、Asplenium gilpinae、Aspleniumglanduliserratum、云南铁角蕨(Asplenium glenniei)、Asplenium goldmannii、Asplenium gomezianum、Asplenium grande、Asplenium grandifolium、大盖铁角蕨(Asplenium grandifrons)、Asplenium gregoriae、厚叶铁角蕨(Aspleniumgriffithianum)、庐山铁角蕨(Asplenium gulingense)、海南铁角蕨(Aspleniumhainanense)、Asplenium hallbergii、Asplenium hallei、Asplenium hallii、江苏铁角蕨(Asplenium hangzhouense)、Asplenium haplophyllum、Asplenium harpeodes、Aspleniumharpeodes var.glaucovirens、Asplenium harpeodes var.incisum、Asplenium harrisiiJenman、Asplenium harrisonii、Asplenium hastatum、河北铁角蕨(Aspleniumhebeiense)、Asplenium hemionitideum、Asplenium hemitomum、鄂西对囊蕨(Aspleniumhenryi)、Asplenium herpetopteris、Asplenium herpetopteris var herpetopteris、Asplenium herpetopteris var.acutipinnata、Asplenium herpetopterisvar.masoulae、Asplenium herpetopteris var.villosum、Asplenium hesperium、Asplenium heterochroum、Asplenium hians、Asplenium hians var.pallescens、Asplenium hoffmannii、Asplenium holophlebium、东亚膜叶铁角蕨(Aspleniumhondoense)、Asplenium horridum、Asplenium hostmannii、肾羽铁角蕨(Aspleniumhumistratum)、Asplenium hypomelas、Asplenium inaequilaterale、虎尾铁角蕨(Asplenium incisum)、Asplenium incurvatum、胎生铁角蕨(Asplenium indicum)、胎生铁角蕨原变种(Asplenium indicum var.indicum)、棕鳞铁角蕨(Asplenium indicumvar.yoshingagae)、Asplenium induratum、Asplenium indusiatum、Aspleniuminexpectatum、Asplenium insigne、Asplenium insiticium、Asplenium insolitum、Asplenium integerrimum、贵阳铁角蕨(Asplenium interjectum)、Aspleniumjamesonii、Aspleniumjaundeense、黔铁角蕨(Aspleniumjuglandifolium)、云南铁角蕨(Aspleniumkangdingense)、甘肃铁角蕨(Asplenium kansuense)、Asplenium kassneri、Aspleniumkaulfussii、Asplenium kellermanii、Asplenium kentuckiense、Asplenium khullarii、江苏铁角蕨(Asplenium kiangsuense)、Asplenium kunzeanum、Asplenium lacerum、撕裂铁角蕨(Asplenium laciniatum)、尖羽铁角蕨(Asplenium laciniatum var.acutipinna)、撕裂铁角蕨laciniatum变种(Asplenium laciniatum var.laciniatum)、Aspleniumlaetumfo.minor、Asplenium laetum、Asplenium laetum var.incisoserratum、Aspleniumlamprocaulon、闽浙铁角蕨(Asplenium laserpitiifolium var.morrisonense)、Asplenium lastii、阔齿铁角蕨(Asplenium latedens)、毛柄短肠蕨(Aspleniumlatifolium)、狭翅铁角蕨(Asplenium laui)、Asplenium laurentii、Aspleniumleandrianum、Asplenium lechleri、广布铁角蕨(Asplenium leiboense)、毛轴线盖蕨(Asplenium lepidorachis)、Asplenium leptochlamys、卵叶短肠蕨(Aspleniumleptophyllum)、Asplenium levyi、Asplenium lindbergii、Asplenium lindeni、Asplenium lineatum、Asplenium lividum、Asplenium lobatum、裂叶铁角蕨(Aspleniumlobulatum)、Asplenium lokohoense、Asplenium longicauda、Asplenium longicaudatum、浅裂短肠蕨(Asplenium longifolium)、Asplenium longisorum、镰叶铁角蕨(Aspleniumlongjinense)、Asplenium lorentzii、南海铁角蕨(Asplenium loriceum)、江南铁角蕨、Asplenium lugubre、Asplenium lunulatum、Asplenium lunulatum var.pteropus、泸山铁角蕨(Asplenium lushanense)、Asplenium lydgatei、Asplenium macilentum、Aspleniummacraei、Asplenium macrodictyon、Aspleniummacrophlebium、大叶铁角蕨(Aspleniummacrophyllum)、Aspleniummacropterum、Asplenium macrosorum、Asplenium macrotis、Aspleniummacrurum、米林铁角蕨(Asplenium mainlingense)、Aspleniummangindranense、Asplenium mannii、Asplenium marginatum L.、Asplenium marojejyense、Aspleniummartianum、兰屿铁角蕨(Aspleniummatsumurae)、Asplenium mauritiensis Lorence、大叶短肠蕨(Aspleniummaximum)、铁角蕨属(Asplenium)ii、Asplenium megalura、大羽短肠蕨(Asplenium megaphyllum)、Asplenium meiotomum、Aspleniummelanopus、Aspleniummembranifolium、Asplenium meniscioides、轴果蕨(Asplenium mesosorum)、Aspleniummexicanum、Aspleniummicropaleatum、滇南铁角蕨(Asplenium microtum)、Aspleniummildbraedii、Asplenium mildei、Asplenium minimum、高山铁角蕨(Aspleniumminutum)、Asplenium miradorense、密云铁角蕨(Aspleniummiyunense)、Aspleniummoccenianum、Asplenium mocquerysii、Aspleniummodestum、Asplenium monanthemumvar.menziesii、单囊铁角蕨(Asplenium monanthes L.)、单囊铁角蕨monanthes变种(Aspleniummonanthes var monanthes)、单囊铁角蕨castaneum变种(Aspleniummonanthesvar.castaneum)、单囊铁角蕨wagneri变种(Aspleniummonanthes var.wagneri)、单囊铁角蕨yungense变种(Aspleniummonanthes var.yungense)、Asplenium monodon、山地铁角蕨(Aspleniummontanum)、Asplenium mosetenense、宝兴铁角蕨(Aspleniummoupinense)、Asplenium mucronatum、Asplenium munchii、Aspleniummuticum、Asplenium myapteron、Asplenium myriophyllu、厚叶铁角蕨(Asplenium nakanoanum)、华南铁角蕨(Aspleniumnanchuanense)、Asplenium nemorale、假大羽铁角蕨(Asplenium neolaserpitiifolium)、狭翅铁角蕨(Asplenium neomutijugum)、郎木铁角蕨(Asplenium neovarians)、西北铁角蕨(Asplenium nesii)、Asplenium nesioticum、鸟巢蕨(Asplenium nidusL.)、Aspleniumnigricans、日本安蕨(Asplenium niponicum)、倒挂铁角蕨(Asplenium normale)、倒挂铁角蕨angustum变种(Asplenium normale var.angustum)、Asplenium obesum、Aspleniumoblongatum、Asplenium oblongifolium、倒卵形铁角蕨(Asplenium obovatum)、绿杆铁角蕨(Asplenium obscurum)、绿杆膜叶铁角蕨(Asplenium obscurum var.angustum)、Asplenium obtusatum var.obtusatum、Asplenium obtusatum var.sphenoides、Asplenium obtusifolium L.、Asplenium obtusissimum、Asplenium obversum、Aspleniumochraceum、Asplenium oellgaardii、Asplenium ofeliae、东南铁角蕨(Aspleniumoldhami)、Asplenium oligosorum、Asplenium olivaceum、Asplenium onopteris L.、Asplenium onustum、Asplenium ortegae、Asplenium otites、Aspleniumpalaciosii、Aspleniumpalmeri、Asplenium partitum、Aspleniumparvisorum、江苏铁角蕨(Aspleniumparviusculum)、Asplenium parvulum、Asplenium patens、Aspleniumpaucifolium、变异铁角蕨(Asplenium paucijugum)、疏脉苍山蕨、Asplenium pearcei、北京铁角蕨(Asplenium pekinense)、膜叶铁角蕨(Asplenium pellucidum)、Aspleniumpendulum、Aspleniumpetiolulatum、长叶巢蕨(Asplenium phyllitidis)、Asplenium pimpinellifolium、羽裂铁角蕨(Asplenium pinnatifidum)、Aspleniumpinnatum、黑柄铁角蕨(Aspleniumplatyneuron)、黑柄铁角蕨bacculum-rubrum变种、黑柄铁角蕨刻叶变种(Asplenium platyneuron var.incisum)、网脉双盖蕨(Aspleniumplatyphyllum)、Aspleniumplumbeum、Aspleniumpoloense、Aspleniumpolymeris、Aspleniumpolymorphum、镰叶铁角蕨(Asplenium polyodon)、镰叶铁角蕨knudsenii变种(Asplenium polyodon var.knudsenii)、镰叶铁角蕨nitidulum变种(Asplenium polyodon var.nitidulum)、镰叶铁角蕨分脉变种(Aspleniumpolyodonvar.sectum)、镰叶铁角蕨subcaudatum变种(Aspleniumpolyodon var.subcaudatum)、Aspleniumpolyphyllum、Aspleniumpoolii、Aspleniumpooliifo.simplex、Aspleniumpoolii var.linearipinnatum、Aspleniumpotosinum、Asplenium potosinumvar.incisum、Aspleniumpraegracile、西南铁角蕨(Asplenium praemorsum)、Aspleniumpreussii、Aspleniumpringleanum、Asplenium pringlei、Aspleniumprionitis、高大双盖蕨(Asplenium procerum)、Aspleniumprogrediens、Aspleniumprojectum、长生铁角蕨(Asplenium prolongatum)、甘肃铁角蕨(Aspleniumpropinquum)、Asplenium protensum、Aspleniumpseudoangustum、Aspleniumpseudoerectum、西藏铁角蕨(Asplenium pseudofontanum)、大羽铁角蕨(Asplenium pseudolaserpitiifolium)、倒挂铁角蕨(Asplenium pseudonormale)、Asplenium pseudopellucidum、斜裂铁角蕨(Asplenium pseudopraemorsum)、东陵铁角蕨(Aspleniumpseudovarians)、华南铁角蕨(Asplenium pseudowilfordii)、狭翅铁角蕨(Asplenium pseudowrightii)、Aspleniumpsilacrum、Aspleniumpteropus、半边铁角蕨(Asplenium pubirhizoma)、Asplenium pulchellum、Asplenium pulchellumvar.subhorizontale、细叶铁角蕨(Aspleniumpulcherrimum)、Asplenium pulicosum、Asplenium pulicosum var.maius、Asplenium pululahuae、三角铁角蕨(Aspleniumpumilum)、Aspleniumpumilum var.hymenophylloides、三角铁角蕨裂叶变种(Asplenium pumilum var.laciniatum)、Aspleniumpurdieanum、Aspleniumpurpurascens、Asplenium pyramidatum、俅江铁角蕨(splenium qiujiangense)、镇康铁角蕨(Aspleniumquercicola)、Asplenium quitense、三角洲铁角蕨(Asplenium raddianum)、Aspleniumradiatum、Asplenium radicans L.、Asplenium radicans、Asplenium radicansvar.costaricense、Asplenium radicans var.partitum、Asplenium radicansvar.radicans、Asplenium radicans var.uniseriale、Asplenium recumbens、Aspleniumreflexum、Asplenium regulare var.latior、Asplenium repandulum、Asplenium repens、Asplenium repente、黑杆铁角蕨(Asplenium resiliens)、微凹铁角蕨(Aspleniumretusulum)、Asplenium rhipidoneuron、Asplenium rhizophorum L.、过山蕨(Aspleniumrhizophyllum)、过山蕨(Asplenium rhizophyllum L.)、过山蕨增殖变种(Aspleniumrhizophyllum var.proliferum)、Asplenium rhomboideum、Asplenium rigidum、Asplenium riparium、Asplenium rivale、瑞丽铁角蕨(Asplenium rockii)、Aspleniumroemerianum、Asplenium roemerianum var.mindensis、Asplenium rosenstockianum、Asplenium rubinum、Asplenium ruizianum、Asplenium rusbyanum、卵叶铁角蕨(Asplenium ruta-muraria)、卵叶铁角蕨白叶变体、Asplenium rutaceum、Aspleniumrutaceum var.disculiferum、Asplenium rutaefolium、Asplenium rutifolium、Asplenium salicifolium L.、Asplenium salicifolium var.aequilaterale、Aspleniumsalicifolium var.salicifolium、岭南铁角蕨(Asplenium sampsoni)、Aspleniumsanchezii、Asplenium sanderi、Asplenium sandersonii、Asplenium sanguinolentum、华中铁角蕨(Asplenium sarelii)、华中铁角蕨magnum变种(Asplenium sareliivar.magnum)、华中铁角蕨sarelii变种(Asplenium sarelii var.sarelii)、石生铁角蕨(Asplenium saxicola)、Asplenium scalifolium、Asplenium scandicinum、Aspleniumschizophyllum、Asplenium schkuhrii、Asplenium sciadophilum、厚叶铁角蕨(Aspleniumscolopendrium L.)、狭叶铁角蕨(Asplenium scortechinii)、Asplenium seileri、Asplenium semipinnatum、线叶铁角蕨(Asplenium septentrionale)、Asplenium serra、Asplenium serra var.imrayanum、狭翅铁角蕨(Asplenium serratissimum)、鸟巢铁角蕨(Asplenium serratum L.)、鸟巢铁角蕨尾叶变种(Asplenium serratum var.caudatum)、兰屿铁角蕨(Asplenium serricula)、Asplenium sessilifolium、Aspleniumsessilifolium var.guatemalense、Asplenium sessilifolium var.minus、Aspleniumsessilifolium var.occidentale、Asplenium sessilipinnum、Asplenium setosum、Asplenium shepherdii、Asplenium shepherdii var.bipinnatum、Asplenium shepherdiivar.flagelliferum、大盖铁角蕨(Asplenium shikokianum)、Asplenium simii、长叶巢蕨(Asplenium simonsianum)、Asplenium sintenisii、Asplenium skinneri、Aspleniumskinneri、Asplenium sodiroi、Asplenium soleirolioides、Asplenium solidumvar.stenophyllum、Asplenium solmsii、铁角蕨属物种-N.-Halle-2234、匙形铁角蕨(Asplenium spathulinum)、密果双盖蕨(Asplenium spectabile)、黑边铁角蕨(Aspleniumspeluncae)、Asplenium sphaerosporum、Asplenium sphenotomum、Aspleniumspinescens、光亮铁角蕨(Asplenium splendens)、Asplenium sprucei、Aspleniumsquamosum L.、Asplenium standleyi、Asplenium stellatum、Asplenium stenocarpum、Asplenium stoloniferum、Asplenium stolonipes、Asplenium striatum L.、Aspleniumstuebelianum、Asplenium stuhlmannii、Asplenium suave、Asplenium subalatum、狭翅铁角蕨(Asplenium subcrenatum)、高山铁角蕨(Asplenium subdigitatum)、Aspleniumsubdimidiatum、Asplenium subintegrum、拟大羽铁角蕨(Aspleniumsublaserpitiifolium)、南海铁角蕨(Asplenium sublongum)、Asplenium subnudum、圆叶铁角蕨(Asplenium suborbiculare)、卵叶铁角蕨(Asplenium subtenuifolium)、Asplenium subtile、线裂铁角蕨(Asplenium subtoramanum)、大瑶山铁角蕨(Aspleniumsubtrapezoideum)、钝齿铁角蕨(Asplenium subvarians)、Asplenium sulcatum、Asplenium sylvaticum、天全铁角蕨(Asplenium szechuanense)、狭翅铁角蕨(Aspleniumtaiwanense)、Asplenium tenerrimum、膜连铁角蕨(Asplenium tenerum)、细茎铁角蕨(Asplenium tenuicaule)、细裂铁角蕨(Asplenium tenuifolium)、细裂铁角蕨小变种(Asplenium tenuifolium var.minor)、细裂铁角蕨薄叶变种(Asplenium tenuifoliumvar.tenuifolium)、细裂铁角蕨(Asplenium tenuissimum)、Asplenium ternatum、Asplenium theciferum、Asplenium theciferum var.concinnum、羽裂铁角蕨(Aspleniumthunbergii)、钝齿铁角蕨(Asplenium tianmushanense)、西北铁角蕨(Aspleniumtianshanense)、棕鳞铁角蕨(Asplenium tibeticum)、Asplenium tocoraniense、都匀铁角蕨(Asplenium toramanum)、蒙自铁角蕨(Asplenium trapezoideum)、Aspleniumtricholepis、铁角蕨(Asplenium trichomanes L.)、铁角蕨inexpectans亚种(Aspleniumtrichomanes subsp.inexpectans)、四倍体铁角蕨(Asplenium trichomanessubsp.quadrivalens)、铁角蕨trichomanes亚种(Asplenium trichomanessubsp.trichomanes)、铁角蕨harovii变种(Asplenium trichomanes var.harovii)、铁角蕨herbaceum变种(Asplenium trichomanes var.herbaceum)、铁角蕨repens变种(Asplenium trichomanes var.repens)、铁角蕨viridissimum变种(Aspleniumtrichomanes var.viridissimum)、铁角蕨-齿状(Asplenium trichomanes-dentatum L.)、台南铁角蕨(Asplenium trigonopterum)、Asplenium trilobatum、Asplenium trilobum、Asplenium triphyllum、Asplenium triphyllum var.compactum、Asplenium triphyllumvar.gracillimum、Asplenium triphyllum var.herbaceum、三翅铁角蕨(Aspleniumtripteropus)、Asplenium triquetrum、Asplenium truncorum、Aspleniumtsaratananense、Asplenium tucumanense、Asplenium tuerckheimii、Aspleniumtunquiniense、Asplenium ulbrichtii、Asplenium ultimum、半边铁角蕨(Aspleniumunilaterale)、荫湿膜叶铁角蕨(Asplenium unilaterale var.decurrens)、阴湿铁角蕨(Asplenium unilaterale var.udum)、半边铁角蕨原变种(Asplenium unilateralevar.unilaterale)、Asplenium uniseriale、日本安蕨(Asplenium uropteron)、Aspleniumvagans、Asplenium vareschianum、Asplenium variabile var.paucijugum、Aspleniumvariabile var.variabile、变异铁角蕨fimbriatum亚种(Asplenium varianssubsp.fimbriatum)、变异铁角蕨(Asplenium varians)、Asplenium vastum、Aspleniumventurae、Asplenium venulosum、Asplenium verapax、Asplenium vesiculosum、Asplenium vespertinum、Asplenium villosum、Asplenium virens、绿柄铁角蕨(Asplenium viride)、绿叶对囊蕨(Asplenium viridifrons)、Asplenium virillae、Asplenium viviparioides、胎生铁角蕨(Asplenium viviparum)、胎生铁角蕨viviparum变种(Asplenium viviparum var viviparum)、胎生铁角蕨lineatu变种(plenium viviparumvar.lineatu)、Asplenium volubile、兰屿铁角蕨(Asplenium vulcanicum)、Aspleniumwacketii、Asplenium wagneri、Asplenium wallichianum、Asplenium warneckei、闽浙铁角蕨(Asplenium wilfordii)、Asplenium williamsii、狭翅铁角蕨(Aspleniumwrightii)、疏齿铁角蕨(Asplenium wrightioides)、无量山铁角蕨(Aspleniumwuliangshanense)、Aspleniumxianqianense、高山铁角蕨(Asplenium xinjiangense)、信宜铁角蕨(Asplenium xinyiense)、Aspleniumyelagagense、棕鳞铁角蕨(Aspleniumyoshinagae)、云南铁角蕨(Asplenium yunnanense)、Asplenium zamiifolium、Asplenium zanzibaricum、Asplenium biscayneanum、Asplenium curtissii、黑柄铁角蕨(Asplenium ebenoides)、Asplenium herb-wagneri、Asplenium heteroresiliens、鬼桧羊齿(Asplenium kenzoi)、Asplenium plenum、Asplenium wangii、和Asplenium×clermontiae、Asplenium×gravesii。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于水龙骨目、乌毛蕨科、乌毛蕨属中的蕨类物种。在一些实施例中,编码IPD113多肽的核酸分子来源于水龙骨目、乌毛蕨科、乌毛蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:Blechnum amabile、Blechnum appendiculatum、Blechnumarticulatum、Blechnum australe、Blechnum austrobrasilianum、Blechnum binervatum、Blechnum blechnoides、巴西乌毛蕨(Blechnum brasiliense)、Blechnum capense、Blechnum cartilagineum、Blechnum castaneum、Blechnum chambersii、智利乌毛蕨(Blechnum chilense)、Blechnumcolensoi、Blechnum contiguum、Blechnum cordatum、Blechnumcoriaceum、变色乌毛蕨(Blechnum discolor)、Blechnum doodioides、Blechnumdurum、象牙乌毛蕨(Blechnum eburneum)、Blechnum ensiforme、Blechnum filiforme、新西兰水蕨(Blechnum fluviatile)、Blechnumfragile、扫把蕨(lechnumfraseri)、Blechnumfullagari、疣茎乌毛蕨(Blechnum gibbum)、Blechnum glandulosum、Blechnumgracile、韩氏乌毛蕨(Blechnum hancockii)、Blechnum hastatum、Blechnum howeanum、Blechnum indicum、Blechnum kunthianum、Blechnum laevigatum、Blechnum loxense、Blechnum magellanicum、Blechnum membranaceum、Blechnum microbasis、Blechnummicrophyllum、Blechnum milnei、Blechnum minus、Blechnummochaenum、山乌毛蕨(Blechnum montanum)、Blechnum moorei、Blechnum moritzianum、Blechnum nigrum、Blechnum niponicum、Blechnum norfolkianum、Blechnum novae-zelandiae、Blechnumnudum、Blechnum obtusatum、西方乌毛蕨(Blechnum occidentale)、Blechnum oceanicum、东方乌毛蕨(Blechnum orientale)、Blechnumpatersonii、Blechnumpenna-marina、Blechnumpolypodioides、Blechnumprocerum、Blechnum punctulatum、Blechnumsampaioanum、Blechnum schiedeanum、Blechnum schomburgkii、细齿乌毛蕨(Blechnumserrulatum)、Blechnumsimillimum、穗乌毛蕨(Blechnum spicant)、Blechnumstipitellatum、雅致乌毛蕨(Blechnum tabulare)、Blechnum triangularifolium、Blechnum vieillardii、火山泽丘蕨(Blechnum vulcanicum)、Blechnum wattsii、Blechnum whelanii、和Blechnum wurunuran。
在一些实施例中,编码IPD113多肽的核酸来源于沙草蕨目(Schizaeales)、莎草蕨科、海金沙属(Lygodium)的蕨类物种,选自但不限于:扁枝海金沙(Lygodiumarticulatum)、卷叶海金沙(Lygodium circinatum)、海南海金沙(Lygodium conforme)、古巴海金沙(Lygodium cubense)、掌叶海金沙(Lygodium digitatum)、长叶海金沙(Lygodiumflexuosum)、异端海金沙(Lygodium heterodoxum)、日本海金沙(Lygodium japonicum)、克斯顿海金沙(Lygodium kerstenii)、披针海金沙(Lygodium lanceolatum)、长叶海金沙(Lygodium longifolium)、网脉海金沙(Lygodium merrilii)、亮叶海金沙(Lygodiummicans)、小叶海金沙(Lygodium microphyllum)、狭叶海金沙(Lygodium microstachyum)、少穗海金沙(Lygodium oligostachyum)、掌羽海金沙(Lygodium palmatum)、多穗海金沙(Lygodium polystachyum)、辐射海金沙(Lygodium radiatum)、网状海金沙(Lygodiumreticulatum)、柳叶海金沙(Lygodium salicifolium)、缠绕海金沙(Lygodium scandens)、长盖海金沙(Lygodium smithianum)、网脉海金沙(Lygodium subareolatum)、三柱海金沙(Lygodium trifurcatum)、细叶海金沙(Lygodium venustum)、韦氏海金沙(Lygodiumversteeghii)、攀缘海金沙(Lygodium volubile)、和云南海金沙(Lygodium yunnanense)。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于瓶尔小草属(OphioglossumL.)、小阴地蕨属(Botrychium)、蕨萁属(Botrypus)、七指蕨属(Helminthostachys)、蛇蕨属(Ophioderma)、掌叶箭蕨属(Cheiroglossa)、阴地蕨属(Sceptridium)或仙指蕨属(Mankyua)中的蕨类物种。在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于瓶尔小草属中的蕨类物种,选自但不限于:Ophioglossum californicum、革叶瓶尔小草(Ophioglossumcoriaceum)、Ophioglossum costatum、球茎瓶尔小草(Ophioglossum crotalophoroides)、Ophioglossum engelmannii、镜叶瓶尔小草(Ophioglossumfalcatum)、Ophioglossumgomezianum、Ophioglossum gramineum、Ophioglossum kawamurae、矮瓶尔小草(phioglossum lusitanicum)、Ophioglossum namegatae、裸茎瓶尔小草(Ophioglossumnudicaule)、掌叶瓶尔小草(Ophioglossumpalmatum)、Ophioglossumparvum、尖头瓶尔小草(Ophioglossumpedunculosum)、带状瓶尔小草(Ophioglossumpendulum)、钝头瓶尔小草(Ophioglossum petiolatum)、Ophioglossum pusillum、心叶瓶尔小草(Ophioglossumreticulatum)、Ophioglossum richardsiae、狭叶瓶尔小草(Ophioglossum thermale)、和瓶尔小草(Ophioglossum vulgatum)。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于石韦属中的蕨类物种,选自但不限于:Pyrrosia abbreviata、Pyrrosia angustata、石蕨(Pyrrosia angustissima)、相近石韦(Pyrrosia assimilis)、Pyrrosia asterosora、遂鳞石韦(Pyrrosia blepharolepis)、布施石韦(Pyrrosia boothii)、婆罗石韦(Pyrrosia borneensis)、Pyrrosia brassii、克氏石韦(Pyrrosia christii)、汇囊石韦(Pyrrosia confluens)、下延石韦(Pyrrosiacostata)、相近石韦(Pyrrosia dimorpha)、Pyrrosia dispar、双行石韦(yrrosiadistichocarpa)、毡毛石韦(Pyrrosia drakeana)、Pyrrosia eleagnifolia、冯氏石韦(Pyrrosiafengiana)、卷毛石韦(Pyrrosiaflocculosa)、Pyrrosia foveolata、佛海石韦(Pyrrosiafuohaiensis)、Pyrrosiagardneri、戟叶石韦(Pyrrosia hastata)、Pyrrosiaheterophylla、中间石韦(Pyrrosia intermedia)、平滑石韦(Pyrrosia laevis)、披针石韦(Pyrrosia lanceolata)、Pyrrosia liebuschii、线叶石韦(Pyrrosia linearifolia)、石韦(Pyrrosia lingua)、南洋石韦(Pyrrosia longifolia)、大囊石韦(Pyrrosiamacrocarpa)、马尔加什石韦(Pyrrosia madagascariensis)、曼氏石韦(Pyrrosiamannii)、松田石韦(Pyrrosia matsudai)、Pyrrosia mechowii、Pyrrosia micraster、柔软石韦(Pyrrosia mollis)、Pyrrosia novo-guineae、钱币石韦(Pyrrosianummulariifolia)、倒披针石韦(Pyrrosia oblanceolata)、倒卵石韦(Pyrrosiaobovata)、毡状石韦(Pyrrosia pannosa)、有柄石韦(Pyrrosia petiolosa)、抱树石韦(Pyrrosiapiloselloides)、槭叶石苇(Pyrrosiapolydactyla)、柔软石韦(Pyrrosiaporosa)、显脉石韦(Pyrrosiaprinceps)、毡毛石韦(Pyrrosiapseudodrakeana)、拉沙马石韦(Pyrrosia rasamalae)、Pyrrosia rhodesiana、崖生石韦(Pyrrosia rupestris)、Pyrrosia samarensis、柔软石韦(Pyrrosia scolopendrina)、庐山石韦(Pyrrosia sheareri)、神农石韦(Pyrrosia shennongensis)、相似石韦(Pyrrosiasimilis)、球毛石韦(Pyrrosia sphaerosticha)、柱头石韦(Pyrrosia stigmosa)、Pyrrosia stolzii、绒毛石韦(Pyrrosia subfurfuracea)、华北石韦(Pyrrosiatransmorrisonensis)、和毛鳞石韦(Pyrrosia tricholepis)。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于黑心蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:Doryopteris collina、黑心蕨(oryopteris concolor)、Doryopteris conformis、心叶黑心蕨(Doryopteris cordata)、心叶黑心蕨(Doryopteris cordifolia)、Doryopteriscrenulans、Doryopteris cyclophylla、Doryopteris davidsei、Doryopteris decipiens、Doryopteris decora、Doryopteris effusa、Doryopteris humbertii、Doryopteriskirkii、Doryopteris kitchingii、Doryopteris latiloba、Doryopteris lomariacea、Doryopteris lorentzii、戟叶黑心蕨(Doryopteris ludens)、Doryopterismadagascariensis、银粉背蕨(Doryopteris michelii)、Doryopteris nobilis、Doryopteris ornithopus、Doryopteris patens、Doryopteris patula、Doryopterispatula、Doryopterispedata、Doryopterispedata、Doryopteris pedatoides、Doryopteris pilosa、Doryopteris rediviva、Doryopteris sagittifolia、三叶黑心蕨(Doryopteris triphylla)、和Doryopteris tryonii。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于鳞毛蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:Dryopteris abbreviata、Dryopteris acuminata、Dryopteris aemula、Dryopterisaffinis、Dryopteris aitoniana、多雄拉鳞毛蕨(ryopteris alpestris)、黑水鳞毛蕨(Dryopteris amurensis)、Dryopteris anadroma、Dryopteris antarctica、Dryopterisanthracinisquama、Dryopteris aquilinoides、Dryopteris ardechensis、加州木蕨(Dryopteris arguta)、广布鳞毛蕨(Dryopteris assimilis)、Dryopteris athamantica、暗鳞鳞毛蕨(Dryopteris atrata)、阔叶鳞毛蕨(Dryopteris austriaca)、Dryopterisazorica、多鳞鳞毛蕨(ryopteris barbigera)、基生鳞毛蕨(Dryopteris basisora)、Dryopteris bernieri、两色鳞毛蕨(Dryopteris bissetiana)、大平鳞毛蕨(Dryopterisbodinieri)、Dryopteris borreri、Dryopteris campyloptera、刺叶鳞毛蕨(Dryopteriscarthusiana)、Dryopteris caucasica、三角鳞毛蕨(Dryopteris caudifrons)、Dryopteris caudipinna、Dryopteris celsa、阔鳞鳞毛蕨(Dryopteris championii)、中华鳞毛蕨(Dryopteris chinensis)、金冠鳞毛蕨(ryopteris chrysocoma)、Dryopteriscinnamomea、Dryopteris clintoniana、二型鳞毛蕨(Dryopteris cochleata)、混淆鳞毛蕨(Dryopteris commixta)、连合鳞毛蕨(ryopteris conjugata)、东北亚鳞毛蕨(Dryopteriscoreanomontana)、Dryopteris corleyi、能高鳞毛蕨(Dryopteris costalisora)、粗茎鳞毛蕨(Dryopteris crassirhizoma)、Dryopteris crinalis、Dryopteris crispifolia、鸡冠鳞毛蕨(Dryopteris cristata)、桫椤鳞毛蕨(Dryopteris cycadina)、弯羽鳞毛蕨(Dryopteris cyclopeltidiformis)、Dryopteris cystolepidota、迷人鳞毛蕨(Dryopteris decipiens)、德化鳞毛蕨(Dryopteris dehuaensis)、远轴鳞毛蕨(Dryopteris dickinsii)、弯柄假复叶耳蕨(Dryopteris diffracta)、阔基鳞毛蕨(Dryopteris dilatata)、红盖鳞毛蕨(Dryopteris erythrosora)、广布鳞毛蕨(Dryopteris expansa)、Dryopterisfatuhivensis、欧洲鳞毛蕨(Dryopteris filix-mas)、Dryopteris flaccisquama、台湾鳞毛蕨(ryopterisformosana)、香鳞毛蕨(Dryopterisfragrans)、黑足鳞毛蕨(Dryopterisfuscipes)、Dryopterisfuscoatra、Dryopterisfutura、大暗鳞鳞毛蕨(Dryopteris gamblei)、Dryopteris glabra、华北鳞毛蕨(Dryopterisgoeringiana)、Dryopterisgoldieana、Dryopterisguanchica、鼓山鳞毛蕨(Dryopteris gushanica)、裸叶鳞毛蕨(Dryopteris gymnophylla)、Dryopterisgymnosora、Dryopteris hadanoi、边生鳞毛蕨(Dryopteris handeliana)、杭州鳞毛蕨(Dryopteris hangchowensis)、草质假复叶耳蕨(Dryopteris hasseltii)、Dryopteris hawaiiensis、裂盖鳞毛蕨(Dryopteris hayatae)、有盖鳞毛蕨(Dryopterishendersonii)、木里鳞毛蕨(Dryopteris himachalensis)、桃花岛鳞毛蕨(Dryopterishondoensis)、Dryopteris huberi、毛鳞毛蕨(Dryopteris hwangii)、Dryopterisinaequalis、平行鳞毛蕨(Dryopteris indusiata)、Dryopteris insularis、羽裂鳞毛蕨(Dryopteris integriloba)、中间鳞毛蕨(Dryopteris intermedia)、粗齿鳞毛蕨(Dryopteris juxtaposita)、Dryopteris karwinskyana、京鹤鳞毛蕨(Dryopteriskinkiensis)、Dryopteris kinokuniensis、Dryopteris knoblochii、Dryopteriskoidzumiana、近多鳞鳞毛蕨(Dryopteris komarovii)、齿头鳞毛蕨(Dryopterislabordei)、狭顶鳞毛蕨(Dryopteris lacera)、脉纹鳞毛蕨(Dryopteris lachoongensis)、华北鳞毛蕨(Dryopteris laeta)、黑鳞鳞毛蕨(Dryopteris lepidopoda)、轴鳞鳞毛蕨(Dryopteris lepidorachis)、Dryopteris liankwangensis、Dryopteris ludoviciana、路南鳞毛蕨(Dryopteris lunanensis)、边缘鳞毛蕨(Dryopteris marginalis)、边果鳞毛蕨(Dryopteris marginata)、Dryopteris mauiensis、Dryopteris maximowiczii、Dryopteris maxonii、Dryopteris medioxima、黑苞鳞毛蕨(Dryopteris melanocarpa)、山地鳞毛蕨(Dryopteris monticola)、Dryopteris munchii、黑鳞远轴鳞毛蕨(Dryopterisnamegatae)、半岛鳞毛蕨(Dryopteris neolacera)、Dryopteris nipponensis、Dryopterisnubigena、Dryopteris odontoloma、Dryopteris oligodonta、Dryopteris oreades、太平鳞毛蕨(Dryopterispacifica)、Dryopterispallida、大果鳞毛蕨(Dryopterispanda)、红盖鳞毛蕨(Dryopterisparaerythrosora)、黑足鳞毛蕨(Dryopterisparafuscipes)、Dryopterispatula、Dryopteris pentheri、柄叶鳞毛蕨(Dryopterispodophylla)、蓝色鳞毛蕨(Dryopteris polita)、单脉鳞毛蕨(Dryopterispolylepis)、Dryopterispseudofilix-mas、假稀羽鳞毛蕨(Dryopteris pseudosparsa)、硬果鳞毛蕨(Dryopteris pseudovaria)、豫陕鳞毛蕨(Dryopteris pulcherrima)、密鳞鳞毛蕨(Dryopterispycnopteroides)、藏布鳞毛蕨(Dryopteris redactopinnata)、倒鳞鳞毛蕨(Dryopteris reflexosquamata)、细裂羽节蕨(Dryopteris remota)、Dryopteris rosea、Dryopteris rossii、川西鳞毛蕨(Dryopteris rosthornii)、Dryopteris rubiginosa、红褐鳞毛蕨(Dryopteris rubrobrunnea)、宽羽鳞毛蕨(Dryopteris ryo-itoana)、Dryopteris sabae、棕边鳞毛蕨(Dryopteris sacrosancta)、Dryopteris saffordii、Dryopteris salvinii、Dryopteris sandwicensis、虎耳鳞毛蕨(Dryopteris saxifraga)、Dryopteris saxifragivaria、无盖鳞毛蕨(Dryopterisscottii)、两色鳞毛蕨(Dryopterissetosa)、Dryopteris shibipedis、东亚鳞毛蕨(Dryopteris shikokiana)、Dryopterisshiroumensis、远东鳞毛蕨(Dryopteris sichotensis)、奇羽鳞毛蕨(Dryopterissieboldii)、贡山鳞毛蕨(Dryopteris silaensis)、高鳞毛蕨(Dryopteris simasakii)、Dryopterissimplicior、纤维鳞毛蕨(Dryopteris sinofibrillosa)、Dryopterissinosparsa、落鳞鳞毛蕨(Dryopteris sordidipes)、Dryopteris sororia、稀羽鳞毛蕨(Dryopteris sparsa)、Dryopteris spinosa、褐鳞鳞毛蕨(Dryopteris squamifera)、肉刺鳞毛蕨(Dryopteris squamiseta)、狭鳞鳞毛蕨(Dryopteris stenolepis)、斯氏鳞毛蕨(Dryopteris stewartii)、Dryopteris subbipinnata、早田氏鳞毛蕨(Dryopterissubexaltata)、半育鳞毛蕨(Dryopteris sublacera)、钝齿鳞毛蕨(Dryopterissubmarginata)、Dryopteris submontana、近密鳞鳞毛蕨(Dryopterissubpycnopteroides)、微弯假复叶耳蕨(Dryopteris subreflexipinna)、三角鳞毛蕨(Dryopteris subtriangularis)、Dryopteris tetrapinnata、东京鳞毛蕨(Dryopteris tokyoensis)、Dryopteris triangularis、观光鳞毛蕨(Dryopteristsoongii)、Dryopteris tsugiwoi、Dryopteris tsutsuiana、Dryopteris unidentata、同形鳞毛蕨(Dryopteris uniformis)、变异鳞毛蕨(Dryopteris varia)、大羽鳞毛蕨(Dryopteris wallichiana)、Dryopteris wattsii、Dryopterisx benedictii、Dryopterisx ebinoensis、Dryopterisx triploidea、和Dryopteris yakusilvicola。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于旱蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:咖啡蕨(Pellaea andromedifolia)、Pellaea angulosa、暗紫旱蕨(Pellaea atropurpurea)、Pellaea boivinii、短叶旱蕨(Pellaea brachyptera)、Pellaea breweri、Pellaeabridgesii、Pellaea calidirupium、三角羽旱蕨(Pellaea calomelanos)、Pellaeacordifolia、Pellaea crenata、Pellaea cymbiformis、Pellaea doniana、Pellaea dura、镰叶旱蕨(Pellaea falcata)、Pellaeaflavescens、Pellaeaglabella、Pellaeagleichenioides、Pellaea intermedia、Pellaea longipilosa、Pellaea lyngholmii、Pellaea maxima、短尖旱蕨(Pellaea mucronata)、Pellaea notabilis、卵叶旱蕨(Pellaeaovata)、Pellaeaparadoxa、平羽碎米蕨(Pellaeapatula)、凤尾旱蕨(Pellaeapaupercula)、Pellaeapectiniformis、Pellaeapinnata、Pellaeapringlei、Pellaeapteroides、Pellaeariedelii、圆叶旱蕨(Pellaea rotundifolia)、Pellaea rufa、Pellaea sagittata、旱蕨属物种UC 1795070、旱蕨属物种UC1788706、旱蕨属物种Wen 9479、旱蕨属物种Wen9490、Pellaea ternifolia、毛旱蕨(Pellaea trichophylla)、截形旱蕨(Pellaea truncata)、大叶绿旱蕨(Pellaea viridis)、莱氏旱蕨(Pellaea wrightiana)、和Pellaea glaciogena。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于羽节蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:Gymnocarpium appalachianum、Gymnocarpium brittonianum、羽节蕨(Gymnocarpiumdisjunctum)、欧洲羽节蕨(Gymnocarpium Dryopteris)、羽节蕨(Gymnocarpiumjessoense)、东亚羽节蕨(Gymnocarpium oyamense)、细裂羽节蕨(Gymnocarpium remotepinnatum)、密腺羽节蕨(Gymnocarpium robertianum)、和羽节蕨属物种TH2007-996。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于碎米蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:Cheilanthes acrostica、Cheilanthes adiantoides、Cheilanthes aemula、Cheilanthesalabamensis、Cheilanthes austrotenuifolia、Cheilanthes bonariensis、Cheilanthesbrownii、Cheilanthes catanensis、Cheilanthes caudata、Cheilanthes cavernicola、Cheilanthes clevelandii、薄叶碎米蕨(Cheilanthes contigua)、Cheilanthescooperae、Cheilanthes covillei、Cheilanthes distans、Cheilanthes eatonii、Cheilanthesfeei、Cheilanthesfendleri、Cheilanthesfragillima、Cheilanthes glauca、Cheilanthes gracillima、Cheilanthes guanchica、Cheilanthes hispanica、Cheilanthes horridula、Cheilanthes humilis、Cheilanthes intertexta、Cheilanthesintramarginalis、Cheilanthes lanosa、Cheilanthes lasiophylla、Cheilantheslendigera、Cheilanthes leucopoda、Cheilanthes lindheimeri、Cheilanthesmaderensis、Cheilanthes microphylla、Cheilanthes micropteris、Cheilanthesmyriophylla、Cheilanthes newberryi、Cheilanthes nitida、隐囊蕨(Cheilanthesnudiuscula)、Cheilanthes parryi、Cheilanthes paucijuga、Cheilanthespeninsularis、Cheilanthespersica、Cheilanthespinnatifida、Cheilanthespraetermissa、Cheilanthesprenticei、Cheilanthespringlei、Cheilanthespseudovellea、Cheilanthes pteroides、Cheilanthes pulchella、Cheilanthes pumilio、Cheilanthes sciadioides、西柏碎米蕨(Cheilanthes sieberi)Kunze、薄叶碎米蕨(Cheilanthes tenuifolia)、Cheilanthes tinaei、Cheilanthestomentosa、Cheilanthes vellea、Cheilanthes villosa、Cheilanthes viscida、Cheilanthes wootonii、Cheilanthes wrightii、和Cheilanthesyavapensis。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:欧洲蕨(Pteridium aquilinum)、Pteridium arachnoideum、Pteridium brownseyi、Pteridiumcampestris、Pteridium capense、Pteridiumcaudatum、Pteridium ceheginense、Pteridium centrali-africanum、食蕨(Pteridium esculentum)、镰羽蕨(Pteridiumfalcatum)、Pteridiumfeei、Pteridium heredia、Pteridium lanuginosum、蕨(Pteridium latiusculum)、Pteridium linea、Pteridium pinetorum、Pteridiumpsittacinum、毛轴蕨(Pteridium revolutum)、Pteridium semihastatum、Pteridiumtauricum、Pteridiumyarrabense、和云南蕨(Pteridiumyunnanense)。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于小毛蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:干旱毛蕨(Christella arida)、Christella augescens、三合毛蕨(Christellacalvescens)、鳞柄毛蕨(Christella crinipes)、齿牙毛蕨(Christella dentata)、Christella hispidula、宽羽毛蕨(Christella latipinna)、Christella molliuscula、蝶状毛蕨(Christella papilio)、华南毛蕨(Christella parasitica)、Christellaprocurrens、糙叶毛蕨(Christella scaberula)、小毛蕨属物种097、小毛蕨属物种2257、和Christella subulata。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于节毛蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:Lastreopsis acuminata、Lastreopsis acuta、Lastreopsis amplissima、Lastreopsisbarteriana、Lastreopsis boivinii、Lastreopsis currori、Lastreopsis decomposita、Lastreopsis effusa、Lastreopsis exculta、Lastreopsis glabella、硬毛节毛蕨(Lastreopsis hispida)、Lastreopsis killipii、Lastreopsis marginans、Lastreopsismicrosora、Lastreopsis munita、Lastreopsis nigritiana、Lastreopsis perrieriana、Lastreopsis pseudoperrieriana、红节毛蕨(Lastreopsis rufescens)、Lastreopsissilvestris、Lastreopsis smithiana、节毛蕨属物种Kessler 1434、海南节毛蕨(Lastreopsis subrecedens)、Lastreopsis subsericea、Lastreopsis subsimilis、台湾节毛蕨(Lastreopsis tenera)、蒂纳鲁节毛蕨(Lastreopsis tinarooensis)、Lastreopsisvogelii、Lastreopsis walleri、温莎节毛蕨(Lastreopsis windsorensis)、和Lastreopsis wurunuran。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于弯脉蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:Campyloneurum abruptum、Campyloneurum aglaolepis、Campyloneurum amphostemon、Campyloneurum anetioides、狭叶弯脉蕨(Campyloneurum angustifolium)、Campyloneurum angustipaleatum、Campyloneurum aphanophlebium、Campyloneurumasplundii、Campyloneurum austrobrasilianum、短叶弯脉蕨(Campyloneurumbrevifolium)、Campyloneurum centrobrasilianum、Campyloneurum chlorolepis、Campyloneurum coarctatum、Campyloneurum cochense、中肋弯脉蕨(Campyloneurumcostatum)、延叶弯脉蕨(Campyloneurumdecurrens)、密叶弯脉蕨(Campyloneurumdensifolium)、Campyloneurumfalcoideum、Campyloneurumfasciale、Campyloneurumfuscosquamatum、草本弯脉蕨(Campyloneurum herbaceum)、膨胀弯脉蕨(Campyloneuruminflatum)、酸膜叶弯脉蕨(Campyloneurum lapathifolium)、Campyloneurum lorentzii、Campyloneurum magnificum Moore、Campyloneurum major、Campyloneurumnitidissimum、Campyloneurum oellgaardi、Campyloneurum ophiocaulon、Campyloneurumoxypholis、Campyloneurum pascoense、Campyloneurum phyllitidis、匍匐弯脉蕨(Campyloneurum repens)、硬直弯脉蕨(Campyloneurum rigidum)、Campyloneurumsolutum、Campyloneurum sphenodes、Campyloneurum sublucidum、细梗弯脉蕨(Campyloneurum tenuipes)、图库曼弯脉蕨(Campyloneurum tucumanense)、Campyloneurum vexatum、Campyloneurum vulpinum、Campyloneurum wacketii、Campyloneurum wurdackii、和Campyloneurumxalapense。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于泽泻蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:Hemionitis acrosticha、Hemionitis acrostichoides、Hemionitis alismifolia、银叶泽泻蕨(Hemionitis argentea)、泽泻蕨(Hemionitis arifolia)、Hemionitisasplenioides、黄泽泻蕨(Hemionitis aurea)、Hemionitis aureo-nitens、川西金毛裸蕨(Hemionitis bipinnata)、Hemionitis blumeana、Hemionitis boryanum、巴西泽泻蕨(Hemionitis brasiliana)、Hemionitis cajenensis、Hemionitis callifolia、Hemionitis chaerophylla、Hemionitis citrifolia、Hemionitis concava、心叶泽泻蕨(Hemionitis cordata)、心叶泽泻蕨(Hemionitis cordifolia)、革叶车前蕨(Hemionitiscoriacea)、Hemionitis cumingiana、Hemionitis dealbata、变色泽泻蕨(Hemionitisdiscolor)、秀丽泽泻蕨(Hemionitis elegans)、长泽泻蕨(Hemionitis elongata)、食用双盖蕨(Hemionitis esculenta)、镰叶泽泻蕨(Hemionitisfalcata)、大泽泻蕨(Hemionitisgigantea)、大叶泽泻蕨(Hemionitisgrandifolia)、圣蕨(Hemionitis griffithii)、Hemionitis gymnopteroidea、戟叶泽泻蕨(Hemionitis hastata)、Hemionitishederifolia、Hemionitis hookeriana、Hemionitis hosei、矮泽泻蕨(Hemionitishumilis)、Hemionitis immersa、裂叶泽泻蕨(Hemionitis incisa)、中间泽泻蕨(Hemionitis intermedia)、凤丫蕨(Hemionitisjaponica)、披针泽泻蕨(Hemionitislanceolata)、阔叶泽泻蕨(Hemionitis latifolia)、Hemionitis leptophylla、Hemionitis lessonii、Hemionitis levyi、线纹泽泻蕨(Hemionitis lineata)、Hemionitis maingayi、Hemionitis muelleri、Hemionitis obtusa、黑叶角蕨(Hemionitisopaca)、Hemionitis otonis、掌叶泽泻蕨(Hemionitispalmata)、寄生性泽泻蕨(Hemionitisparasitica)、小车前蕨(Hemionitisparvula)、鸟足泽泻蕨(Hemionitispedata)、Hemionitispedatifida、羽叶泽泻蕨(Hemionitis pinnata)、羽裂泽泻蕨(Hemionitis pinnatifida)、车前泽泻蕨(Hemionitisplantaginea)、长柄泽泻蕨(Hemionitispodophylla)、Hemionitis polypodioides、宽羽线蕨(Hemionitispothifolia)、毛叶茯蕨(Hemionitis pozoi)、星毛蕨(Hemionitisprolifera)、Hemionitis reinwardtiana、网叶泽泻蕨(Hemionitis reticulata)、硬叶泽泻蕨(Hemionitis rigida)、Hemionitis rufa、泽泻蕨(Hemionitissagittata)、Hemionitis semicostata、兰屿车前蕨(Hemionitis sessilifolia)、Hemionitis×smithii、Hemionitis spatulata、Hemionitis stipitata、Hemionitis subcordata、绒毛泽泻蕨(Hemionitis tomentosa)、Hemionitis toxotis、三裂泽泻蕨(Hemionitistriloba)、Hemionitis trinervis、金毛裸蕨(Hemionitis vestita)、Hemionitisvittaeformis、羽裂圣蕨(Hemionitis wilfordii)、和Hemionitiszollingeri。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于修蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:Selliguea albicaula、Selliguea albidopaleata、Selliguea albidosquamata、Selliguea albopes、Selliguea archboldii、Selliguea bakeri、Selliguea balbi、Selliguea banaensis、Selliguea bellisquamata、Selliguea bisulcata、Selligueabrooksii、Selliguea caudiformis、Selliguea ceratophylla、Selliguea chenkouensis、中国修蕨(Selliguea chinensis)、白茎假瘤蕨(Selliguea chrysotricha)、交连假瘤蕨(Selliguea conjuncta)、耿马假瘤蕨(Selliguea connexa)、Selliguea costulata、Selliguea craspedosora、紫柄假瘤蕨(Selliguea crenatopinnata)、Selligueacretifera、十字假瘤蕨(Selliguea cruciformis)、Selliguea cunea、指叶假瘤蕨(Selliguea dactylina)、Selliguea dekockii、掌叶假瘤蕨(Selliguea digitata)、黑鳞假瘤蕨(Selliguea ebenipes)、大叶玉山假瘤蕨(Selliguea echinospora)、Selligueaelmeri、Selliguea enervis、恩氏假瘤蕨(Selliguea engleri)、Selligueaerythrocarpa、修蕨(Selliguea feei)、Selliguea feeoides、Selligueaferrea、Selligueafukienensis、Selliguea glauca、刺齿假瘤蕨(Selliguea glaucopsis)、Selliguea gracilipes、大果假瘤蕨(Selliguea griffithiana)、海南假瘤蕨(Selligueahainanensis)、金鸡脚假瘤蕨(Selliguea hastata)、Selliguea hellwigii、Selligueaheterocarpa、Selliguea hirsuta、昆明假瘤蕨(Selliguea hirtella)、Selligueahunyaensis、Selliguea integerrima、Selliguea katuii、金平假瘤蕨(Selligueakingpingensis)、Selliguea kwangtungensis、Selliguea laciniata、Selliguealagunensis、Selliguea laipoensis、Selliguea lancea、Selliguea lanceola、Selliguealateritia、Selliguea lauterbachii、丽江假瘤蕨(Selliguea likiangensis)、宽底假瘤蕨(Selliguea majoensis)、芒刺假瘤蕨(Selliguea malacodon)、Selliguea metacoela、Selliguea montana、Selliguea murudensis、Selliguea neglecta、乌鳞假瘤蕨(Selliguea nigropaleacea)、毛叶假瘤蕨(Selliguea nigrovenia)、长圆假瘤蕨(Selliguea oblongifolia)、圆顶假瘤蕨(Selliguea obtusa)、峨嵋假瘤蕨(Selligueaomeiensis)、Selliguea oodes、尖裂假瘤蕨(Selliguea oxyloba)、Selligueapalmatifida、Selliguea pampylocarpa、透明叶假瘤蕨(Selliguea pellucidifolia)、片马假瘤蕨(Selliguea pianmaensis)、Selliguea pingpienensis、Selligueaplantaginea、Selliguea platyphylla、Selliguea pseudoacrosticha、Selligueapyrolifolia、展羽假瘤蕨(Selliguea quasidivaricata)、喙叶假瘤蕨(Selliguearhynchophylla)、Selliguea rigida、紫边假瘤蕨(Selliguea roseomarginata)、Selliguea rotunda、Selliguea setacea、山东修蕨(Selliguea shandongensis)、陕西修蕨(Selliguea shensiensis)、Selliguea similis、Selliguea simplicifolia、Selligueasimplicissima、Selliguea soridens、Selliguea sri-ratu、Selliguea stenophylla、Selliguea stenosquamis、尾尖假瘤蕨(Selliguea stewartii)、Selliguea suboxyloba、Selliguea subsparsa、Selliguea subtaeniata、镰羽假瘤蕨(Selliguea taeniata)、Selliguea tafana、台湾假瘤蕨(Selliguea taiwanensis)、Selliguea tamdaoensis、Selliguea tarningensis、细柄假瘤蕨(Selliguea tenuipes)、西藏假瘤蕨(Selliguea***a)、Selliguea triloba、Selliguea triquetra、Selliguea violascens、Selliguea waltonii、Selliguea whitfordii、无量山修蕨(Selligueawuliangshanensis)、Selliguea wuyishanica、Selliguea yakuinsularis、和屋久假瘤蕨(Selliguea yakushimensis)。
在一些实施例中,所述IPD113多肽来源于复叶耳蕨属中的蕨类物种,选自但不限于:急尖复叶耳蕨(Arachniodes abrupta)、大片复叶耳蕨(Arachniodes acuminata)、哀牢山复叶耳蕨(Arachniodes ailaoshanensis)、斜方复叶耳蕨(Arachniodes amabilis)、多羽复叶耳蕨(Arachniodes amoena)、安顺复叶耳蕨(Arachniodes anshunensis)、Arachniodes argillicola、阿里复叶耳蕨(Arachniodes arisanica)、芒刺复叶耳蕨(Arachniodes aristata)、多芒复叶耳蕨(Arachniodes aristatissima)、Arachniodesaspidioides、西南复叶耳蕨(Arachniodes assamica)、狭长复叶耳蕨(Arachniodesattenuata)、南方复叶耳蕨(Arachniodes australis)、滇南复叶耳蕨(Arachniodesaustro-yunnanensis)、Arachniodes×azuminoensis、百色复叶耳蕨(Arachniodesbaiseensi)、阔羽复叶耳蕨(Arachniodes basipinnata)、Arachniodes bella、Arachniodes bipinnata、粗齿黔蕨(Arachniodes blinii)、毛枝蕨(Arachniodesborealis)、多距复叶耳蕨(Arachniodes calcarata)、华西复叶耳蕨(Arachniodescantilenae)、茴状复叶耳蕨(Arachniodes carvifolia)、尾叶复叶耳蕨(Arachniodescaudata)、假斜方复叶耳蕨(Arachniodes caudifolia)、背囊复叶耳蕨(Arachniodescavalerii)、华西复叶耳蕨(Arachniodes centrochinensis)、Arachniodeschaerophylloides、中华复叶耳蕨(Arachniodes chinensis)、复叶耳蕨属(Arachniodes)ii、Arachniodes clivorum、Arachniodes coadnata、毒参叶复叶耳蕨(Arachniodesconiifolia)、凸角复叶耳蕨(Arachniodes cornopteris)、Arachniodes cornucervi、近肋复叶耳蕨(Arachniodes costulisora)、贯众叶复叶耳蕨(Arachniodes cyrtomifolia)、大苗山复叶耳蕨(Arachniodes damiaoshanensis)、Arachniodes davalliaeformis、大姚复叶耳蕨(Arachniodes dayaoensis)、华西复叶耳蕨(Arachniodes cantilenae)、Arachniodes denticulata、Arachniodes denticulata、Arachniodesdenticulatabarbensis、Arachniodes denticulatajucunda、弯柄假复叶耳蕨(Arachniodes diffracta)、Arachniodes dimorphophyllum、粗齿黔蕨(Arachniodesduplicatoserrata)、华西复叶耳蕨(Arachniodes elevatas)、美观复叶耳蕨(Arachniodesemeiensis)、华南复叶耳蕨(Arachniodes erythrosora)、刺头复叶耳蕨(Arachniodesexilis)、中华复叶耳蕨(Arachniodesfalcata)、国楣复叶耳蕨(Arachniodesfengii)、刺头复叶耳蕨(Arachniodes fengyangshanensis)、华南复叶耳蕨(Arachniodesfestina)、细裂复叶耳蕨(Arachniodesfoeniculacea)、多叶复叶耳蕨(Arachniodesfoliosa)、Arachniodesformosa、Arachniodes formosissima、长尾复叶耳蕨(Arachniodesfujianensis)、美观复叶耳蕨(Arachniodes futeshanensis)、甘肃复叶耳蕨(Arachniodes gansuensis)、高大复叶耳蕨(Arachniodesgigantea)、中华复叶耳蕨(Arachniodes gijiangensis)、华西复叶耳蕨(Arachniodes gizushanensis)、台湾复叶耳蕨(Arachniodes globisora)、日本复叶耳蕨(Arachniodes gongshanensis)、缩羽复叶耳蕨(Arachniodes gradata)、粗裂复叶耳蕨(Arachniodes grossa)、台湾复叶耳蕨(Arachniodes guangnanensis)、美观复叶耳蕨(Arachniodes guangtongensis)、大片复叶耳蕨(Arachniodes guangxiensis)、华西复叶耳蕨(Arachniodesguanxianensis)、海南复叶耳蕨(Arachniodes hainanensis)、汉氏复叶耳蕨(Arachniodes haniffii)、草质复叶耳蕨(Arachniodes hasseltii)、假斜方复叶耳蕨(Arachniodes hekiana)、金平复叶耳蕨(Arachniodes hekouensis)、云南复叶耳蕨(Arachniodes henryi)、河源复叶耳蕨(Arachniodes heyuanensis)、Arachniodes hiugana、Arachniodes holttumii、花坪复叶耳蕨(Arachniodes huapingensis)、湖南复叶耳蕨(Arachniodes hunanensis)、壶坪山复叶耳蕨(Arachniodes hupingshanensis)、Arachniodes×ikeminensis、Arachniodesinsularis、中间复叶耳蕨(Arachniodes intermedia)、美观复叶耳蕨(Arachniodesishingensis)、缩羽复叶耳蕨(Arachniodes japonica)、华西复叶耳蕨(Arachniodesjiangxiensis)、华西复叶耳蕨(Arachniodes jinfoshanensis)、景东复叶耳蕨(Arachniodes jingdongensis)、金平复叶耳蕨(Arachniodes jinpingensis)、九龙山复叶耳蕨(Arachniodesjiulongshanensis)、美观复叶耳蕨(Arachniodes kansuensis)、Arachniodes kenzo-satakei、Arachniodes kurosawae、粗齿黔蕨(Arachniodeskweichowensis)、中华复叶耳蕨(Arachniodes lanceolata)、灰脉复叶耳蕨(Arachniodesleuconeura)、Arachniodes leucostegioides、溧阳复叶耳蕨(Arachniodesliyangensis)、长羽复叶耳蕨(Arachniodes longipinna)、Arachniodes lurida、刺头复叶耳蕨(Arachniodes lushanensis)、泸水复叶耳蕨(Arachniodes lushuiensis)、Arachniodes macrocarpa、Arachniodes macrostegia、Arachniodes macrostegia、台湾复叶耳蕨(Arachniodes maguanensis)、刺头复叶耳蕨(Arachniodes maoshanensis)、Arachniodes masakii、Arachniodes maxima、Arachniodes maximowiczii、马氏复叶耳蕨(Arachniodes maximowiczii)、台湾复叶耳蕨(Arachniodes spino-serrulata)(Arachniodes menglianensis)、中华复叶耳蕨(Arachniodes mengziensis)、刺头复叶耳蕨(Arachniodes michelii)、Arachniodes minamitanii、毛枝蕨(Arachniodesmiqueliana)、Arachniodes mirabilis、Arachniodes×mitsuyoshiana、美观复叶耳蕨(Arachniodes multifida)、钝头复叶耳蕨(Arachniodes mutica)、中华复叶耳蕨(Arachniodes nanchuanensis)、缩羽复叶耳蕨(Arachniodes nanqingensis)、新刺齿复叶耳蕨(Arachniodes neoaristata)、Arachniodes neobipinnata、粗齿黔蕨(Arachniodesneofalcata)、Arachniodes neohunanensis、长叶黔蕨(Arachniodes neopodophylla)、中华复叶耳蕨(Arachniodes nibashanensis)、黑鳞复叶耳蕨(Arachniodes nigrospinosa)、贵州复叶耳蕨(Arachniodes nipponica)、清秀复叶耳蕨(Arachniodes nitidula)、钝羽复叶耳蕨(Arachniodes obtusiloba)、中越复叶耳蕨(Arachniodes obtusipinnula)、Arachniodes obtusissima、Arachniodes ochropteroides、Arachniodes okinawensis、Arachniodes oohorae、Arachniodespalmipes、长尾复叶耳蕨(Arachniodesparasimplicior)、华西复叶耳蕨(Arachniodespianmaensis)、Arachniodespinnatifida、假西南复叶耳蕨(Arachniodes pseudo-assamica)、长羽复叶耳蕨(Arachniodes pseudo-longipinna)、Arachniodes pseudo-repens、假长尾复叶耳蕨(Arachniodes pseudo-simplicior)、美观复叶耳蕨(Arachniodes pseudoaristata)、Arachniodespseudocavalerii、似斜方复叶耳蕨(Arachniodes×pseudohekiana)、Arachniodespubescens、Arachniodes puncticulata、四回毛枝蕨(Arachniodesquadripinnata)、缩羽复叶耳蕨(Arachniodes reducta)、Arachniodes repens、Arachniodes respiciens、Arachniodes×respiciens、Arachniodes rhomboidea、斜方复叶耳蕨(Arachniodes rhomboidea)rhomboidea、Arachniodes rigidissima、Arachniodessarasiniorum、Arachniodes sasamotoi、半育复叶耳蕨(Arachniodes semifertilis)、长刺复叶耳蕨(Arachniodessetifera)、紫云山复叶耳蕨(Arachniodes shuangbaiensis)、美观复叶耳蕨(Arachniodes sichuanensis)、同羽复叶耳蕨(Arachniodes similis)、异羽复叶耳蕨(Arachniodes simplicior)、华西复叶耳蕨(Arachniodes simulans)、滇西复叶耳蕨(Arachniodes sino-aristata)、中华斜方复叶耳蕨(Arachniodes sino-rhomboidea)、无鳞毛枝蕨(Arachniodes sinomiqueliana)、Arachniodes sledgei、疏羽复叶耳蕨(Arachniodes sparsa)、美观复叶耳蕨(Arachniodes speciosa)、清秀复叶耳蕨(Arachniodes spectabilis)、球子复叶耳蕨(Arachniodessphaerosora)、Arachniodesspino-serrulata、美观复叶耳蕨(Arachniodes sporadosora)、Arachniodes squamulosa、Arachniodes standishii、Arachniodes subamabilis、中越复叶耳蕨(Arachniodessubamoena)、近刺复叶耳蕨(Arachniodes subaristata)、微弯假复叶耳蕨(Arachniodessubreflexipinna)、阔羽复叶耳蕨(Arachniodes suijiangensis)、石盖蕨(Arachniodessuperba)、Arachniodes×takayamensis、西藏复叶耳蕨(Arachniodes ***a)、天童复叶耳蕨(Arachniodes tiendongensis)、Arachniodes tomitae、中越复叶耳蕨(Arachniodes tonkinensis)、阔基复叶耳蕨(Arachniodes triangularis)、华东复叶耳蕨(Arachniodes tripinnata)、黔蕨(Arachniodes tsiangiana)、金平复叶耳蕨(Arachniodes valida)、Arachniodes walkerae、Arachniodes webbiana、武陵山复叶耳蕨(Arachniodes wulingshanensis)、阔羽复叶耳蕨(Arachniodes xinpingensis)、斜方复叶耳蕨(Arachniodes yakusimensis)、美观复叶耳蕨(Arachniodesyandangshanensis)、阔羽复叶耳蕨(Arachniodes yaomashanensis)、中华复叶耳蕨(Arachniodesyaoshanensis)、长尾复叶耳蕨(Arachniodes yasu-inouei)、华西复叶耳蕨(Arachniodes yinjiangensis)、美观复叶耳蕨(Arachniodes yixinensis)、东洋复叶耳蕨(Arachniodes yoshinagae)、华西复叶耳蕨(Arachniodes yunnanensis)、紫云山复叶耳蕨(Arachniodesyunqiensis)、Arachniodes zeylanica、和紫云山复叶耳蕨(Arachniodesziyunshanensis)。
本文所使用的“充分同源”是指,使用标准参数、使用本文所述的比对程序之一,与参比序列相比,具有至少约40%、45%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大序列同源性的氨基酸序列。在一些实施例中,所述序列同源性针对IPD113多肽的全长序列。
在一些实施例中,所述IPD113多肽与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494、和SEQ ID NO:495、以及其氨基酸取代、缺失、***、片段、及其组合相比,具有至少约40%、45%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大序列同一性。
在一些实施例中,所述IPD113多肽与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494、和SEQ ID NO:495相比,具有至少约40%、45%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大序列同一性,并且与天然序列相比,具有至少一个氨基酸取代、缺失、***、或其组合。
在另一方面,涵盖了IPD113多肽。还提供了具有以下的分离的或重组的IPD113多肽:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ IDNO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ IDNO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ IDNO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ IDNO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ IDNO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ IDNO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ IDNO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ IDNO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ IDNO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ IDNO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ IDNO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ IDNO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494、或SEQ ID NO:495。在本文中与序列同一性百分比一起使用时,术语“约”意指+/-0.5%。本领域技术人员将认识到,考虑到氨基酸相似性等,可以适当地调整这些值以确定蛋白质的相应同源性。
在一些实施例中,使用ClustalW算法在Vector程序套件(英杰公司(Invitrogen Corporation),卡尔斯巴德市(Carlsbad),加利福尼亚州(Calif.))的模块中在所有默认参数下计算所述序列同一性。在一些实施例中,使用ClustalW算法在Vector />程序套件(英杰公司,卡尔斯巴德市,加利福尼亚州)的模块中在所有默认参数下计算跨全长多肽的序列同一性。
如本文使用的,术语“蛋白质”、“肽分子”或“多肽”包括包含五个或更多个氨基酸的任何分子。蛋白质、肽或多肽分子可以进行修饰,所述修饰包括翻译后修饰,如但不限于二硫键形成、糖基化、磷酸化或寡聚化。因此,如本文使用的,术语“蛋白质”、“肽分子”或“多肽”包括通过任何生物或非生物过程修饰的任何蛋白质。术语“氨基酸”和“多种氨基酸”是指所有天然存在的L-氨基酸。
本文所用的“重组蛋白”是指不再处于其天然环境中(例如处于体外或重组细菌或植物宿主细胞中)的蛋白质。基本上不含细胞材料的IPD113多肽包括具有小于约30%、20%、10%或5%(以干重计)的非杀有害生物蛋白(在此也称为“污染蛋白”)的蛋白的制品。
“片段”或“生物活性部分”包括包含与IPD113多肽具有充分同一性的氨基酸序列并且显示杀昆虫活性的多肽片段。IPD113多肽的“片段”或“生物活性部分”包括多个片段,这些片段包含与以下的IPD113多肽中列出的氨基酸序列具有充分同一性的氨基酸序列:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ IDNO:13、SEQ IDNO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ IDNO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ IDNO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ IDNO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ IDNO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ IDNO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ IDNO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ IDNO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ IDNO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ IDNO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ IDNO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ IDNO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ IDNO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ IDNO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ IDNO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494、或SEQ ID NO:495,其中所述多肽具有杀昆虫活性。此类生物活性部分可以通过重组技术制备并评价杀昆虫活性。在一些实施例中,所述IPD113多肽片段是相对于以下IPD113多肽,来自N-末端和/或C-末端的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31个或更多个氨基酸的N-末端和/或C-末端截短:SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ IDNO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ IDNO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ IDNO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ IDNO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ IDNO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID 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在一些实施例中,所述IPD113多肽片段是来自以下IPD113多肽的N-末端的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24个氨基酸的N-末端截短:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ IDNO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ IDNO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ IDNO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ IDNO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ IDNO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ IDNO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ IDNO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ IDNO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ IDNO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ IDNO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ IDNO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ IDNO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ IDNO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ IDNO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQIDNO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494、或SEQ ID NO:495。
在一些实施例中,所述IPD113多肽片段是相对于以下IPD113多肽,来自N-末端和/或C-末端的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34个或更多个氨基酸的N-末端和/或C-末端截短:SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ IDNO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ IDNO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ IDNO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ IDNO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ IDNO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ IDNO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ IDNO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ IDNO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ IDNO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ IDNO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ IDNO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ IDNO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ IDNO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ IDNO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495。
如本文使用的“变体”是指具有与亲本氨基酸序列具有至少约50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性的氨基酸序列的蛋白质或多肽。
在一些实施例中,IPD113多肽包含氨基酸序列,所述氨基酸序列与以下IPD113多肽的氨基酸序列具有至少约40%、45%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ IDNO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ IDNO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ IDNO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ IDNO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ IDNO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ IDNO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ IDNO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ IDNO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ IDNO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ IDNO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ IDNO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ IDNO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ IDNO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ IDNO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ IDNO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495,其中所述IPD113多肽具有杀昆虫活性。
在一些实施例中,IPD113多肽包含氨基酸序列,所述氨基酸序列与以下IPD113多肽的氨基酸序列的全长具有至少约80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQID NO:319或SEQ ID NO:320。
在一些实施例中,所述IPD113多肽包含氨基酸序列,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ IDNO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ IDNO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:27、SEQ IDNO:30、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:77、SEQ IDNO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ IDNO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113或SEQ ID NO:114。
在一些实施例中,所述IPD113多肽包含氨基酸序列,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ IDNO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:39或SEQ ID NO:40。
在一些实施例中,所述IPD113多肽包含氨基酸序列,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90或SEQ ID NO:91。
在一些实施例中,所述IPD113多肽包含氨基酸序列,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:24或SEQ ID NO:27。
在一些实施例中,所述IPD113多肽包含氨基酸序列,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:21或SEQ ID NO:22。
在一些实施例中,所述IPD113多肽包含氨基酸序列,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:77、SEQ IDNO:110、SEQ ID NO:111或SEQ ID NO:112。
在一些实施例中,所述IPD113多肽包含氨基酸序列,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:16、SEQ IDNO:23、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ IDNO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:113或SEQ ID NO:114。
在一些实施例中,所述IPD113多肽包含氨基酸序列,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:10。
在一些实施例中,所述IPD113多肽包含氨基酸序列,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:16。
在一些实施例中,IPD113多肽包含以下氨基酸序列:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID 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NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495,所述氨基酸序列与以下IPD113多肽的相应位置处的天然氨基酸相比,具有1、2、3、4、5、6、7、8、9、1011、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35个或更多个氨基酸取代、缺失和/或***:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ IDNO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID 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用于IPD113多肽的此类操作的方法可以通过DNA中的突变来进行制备。这还可以通过若干种诱变形式之一和/或在定向进化中来完成。
在一些方面,在所述氨基酸序列中所编码的改变将基本上不影响所述蛋白质的功能。此类变体将具有所需杀有害生物活性。然而,应当理解,可以在本公开的组合物上使用这些技术来改进IPD113多肽赋予杀有害生物活性的能力。
例如,可以在一个或多个、预测的、非必需氨基酸残基处做出保守氨基酸取代。“非必需”氨基酸残基是可以从IPD113多肽的野生型序列改变而来的并且不改变生物活性的残基。IPD113多肽同源物的氨基酸序列的比对(例如-图2、3和4)允许鉴定该家族中的天然同源物之间高度保守的残基以及耐受氨基酸多样性的残基或区域。“保守氨基酸取代”是其中用具有相似侧链的氨基酸残基替换所述氨基酸残基的取代。在本领域中已经限定了具有相似侧链的氨基酸残基的家族。这些家族包括:具有碱性侧链的氨基酸(例如,赖氨酸、精氨酸、组氨酸);具有酸性侧链的氨基酸(例如,天冬氨酸、谷氨酸);具有极性的、带负电荷的残基及其酰胺的氨基酸(例如,天冬氨酸、天冬酰胺、谷氨酸、谷氨酰胺);具有不带电极性侧链的氨基酸(例如,甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸);具有小脂肪族、非极性或微小极性的残基的氨基酸(例如,丙氨酸、丝氨酸、苏氨酸、脯氨酸、甘氨酸);具有非极性侧链的氨基酸(例如,丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸);具有大脂肪族、非极性残基的氨基酸(例如,甲硫氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、胱氨酸);具有β-支链侧链的氨基酸(例如,苏氨酸、缬氨酸、异亮氨酸);具有芳香族侧链的氨基酸(例如,酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、组氨酸);具有大芳香族侧链的氨基酸(例如,酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸)。
氨基酸取代可以在保留功能的非保守区域中进行。通常,此类取代并非针对保守氨基酸残基、或针对在保守基序内的氨基酸残基而进行,其中此类残基是蛋白质活性所必要的。保守的并且对于蛋白质活性可能是必需的残基的实例包括例如,在与实施例的序列相似或相关的毒素的比对中所包含的全部蛋白之间是相同的残基(例如,在同源蛋白比对中是相同的残基)。保守的但可以允许保守氨基酸取代、并且仍保留活性的残基的实例包括例如,在与实施例的序列相似或相关的毒素的比对中所包含的全部蛋白质之间仅具有保守取代的残基(例如,在同源蛋白比对中所包含的全部蛋白质之间仅具有保守取代的残基)。然而,本领域的技术人员应当理解,功能性变体在保守的残基中可以具有少量保守或非保守的改变。关于不影响目的蛋白质的生物活性的适当的氨基酸取代的指导可以发现于Dayhoff等人,(1978)Atlas ofProtein Sequence and Structure[蛋白序列和结构图谱](Natl.Biomed.Res.Found.[国家生物医学研究基金会],Washington,D.C.[华盛顿特区])的模型中,其通过引用并入本文。
在进行这种变化时,可考虑氨基酸的亲水指数。亲水氨基酸指数在赋予蛋白质以交互性生物功能中的重要性在本领域中通常是被理解的(Kyte和Doolittle,(1982)JMolBiol.[分子生物学杂志],157(1):105-32)。接受的是所述氨基酸的相对亲水特征有助于所得蛋白质的次级结构,所述次级结构进而定义蛋白质与其他分子(例如酶、基质、受体、DNA、抗体、抗原等)的相互作用。
某些氨基酸可以被具有相似亲水指数或评分的其他氨基酸取代,并且仍然产生具有相似生物活性的蛋白质,即仍然获得生物功能等效的蛋白质。每个氨基酸基于其疏水性和电荷特征被指定亲水指数(Kyte和Doolittle,同上)。它们是:异亮氨酸(+4.5);缬氨酸(+4.2);亮氨酸(+3.8);苯丙氨酸(+2.8);半胱氨酸/胱氨酸(+2.5);甲硫氨酸(+1.9);丙氨酸(+1.8);甘氨酸(-0.4);苏氨酸(-0.7);丝氨酸(-0.8);色氨酸(-0.9);酪氨酸(-1.3);脯氨酸(-1.6);组氨酸(-3.2);谷氨酸(-3.5);谷氨酰胺(-3.5);天冬氨酸(-3.5);天冬酰胺(-3.5);赖氨酸(-3.9)和精氨酸(-4.5)。在进行这种变化时,优选亲水性指数在+2以内的氨基酸取代,特别优选在+1以内的氨基酸取代,并且甚至更特别优选+0.5以内的氨基酸取代。
也可以理解,可以基于亲水性有效地进行类似氨基酸的取代。美国专利号4,554,101说明蛋白质的最大局部平均亲水性(如由其相邻氨基酸的亲水性支配的)与所述蛋白的生物特性相关。
如美国专利号4,554,101中所详述的,已为氨基酸残基分配以下亲水性值:精氨酸(+3.0);赖氨酸(+3.0);天冬氨酸(+3.0.+0.1);谷氨酸(+3.0.+0.1);丝氨酸(+0.3);天冬酰胺(+0.2);谷氨酰胺(+0.2);甘氨酸(0);苏氨酸(-0.4);脯氨酸(-0.5.+0.1);丙氨酸(-0.5);组氨酸(-0.5);半胱氨酸(-1.0);甲硫氨酸(-1.3);缬氨酸(-1.5);亮氨酸(-1.8);异亮氨酸(-1.8);酪氨酸(-2.3);苯丙氨酸(-2.5);色氨酸(-3.4)。
可替代地,可以对氨基或羧基末端处的多种蛋白质的蛋白序列进行改变,而基本上不影响活性。这可以包括由现代分子方法所引入的***、缺失或改变,这些方法如PCR,包括PCR扩增,这些PCR扩增通过将氨基酸编码序列包括到在PCR扩增中所使用的寡核苷酸之中而改变或延长了这种蛋白质编码序列。可替代地,所添加的蛋白序列可以包括完整的蛋白质编码序列,如在本领域内通常用于产生蛋白质融合物的那些序列。此类融合蛋白常常用于(1)增加目的蛋白质的表达;(2)引入结合结构域、酶活性或表位以促进蛋白质纯化、蛋白质检测或其他实验用途;(3)将蛋白质的分泌或翻译靶向亚细胞器,如革兰氏阴性菌的周质空间、植物的线粒体或叶绿体或真核细胞的内质网,其中后者常常导致蛋白质的糖基化。
本公开的变体核苷酸和氨基酸序列还涵盖了源自诱变和引起重组的程序(如DNA改组)的序列。在这样的程序下,可以使用编码区域的一种或多种不同的IPD113多肽来产生具有所需特性的新的IPD113多肽。以此方式,由相关序列多核苷酸的群体产生重组多核苷酸文库,所述相关序列多核苷酸包含具有基本序列同一性并且能够在体外或体内同源重组的序列区域。例如,使用这种方法,可以将编码目的结构域的序列基序在杀有害生物基因与其他已知的杀有害生物基因之间进行改组,以获得编码具有改善的目的特性(如增加的杀昆虫活性)的蛋白的新基因。用于这种DNA改组的策略包括Stemmer,(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]91:10747-10751;Stemmer,(1994)Nature[自然]370:389-391;Crameri等人,(1997)Nature Biotech.[自然生物技术]15:436-438;Moore等人,(1997)JMol Biol[分子生物学杂志]272:336-347;Zhang等人,(1997)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]94:4504-4509;Crameri等人,(1998)Nature[自然]391:288-291;以及美国专利号5,605,793和5,837,458。
结构域交换或改组是用于产生改变的IPD113多肽的另一种机制。可以在IPD113多肽之间交换结构域,产生具有改进的杀昆虫活性或靶谱的杂交或嵌合毒素。用于产生重组蛋白并测试其杀有害生物活性的方法(参见,例如Naimov等人,(2001)Appl.Environ.Microbiol.[应用与环境微生物学]67:5328-5330;de Maagd等人,(1996)Appl.Environ.Microbiol.[应用与环境微生物学]62:1537-1543;Ge等人,(1991)J.Biol.Chem.[生物化学杂志]266:17954-17958;Schnepf等人,(1990)J.Biol.Chem.[生物化学杂志]265:20923-20930;Rang等人,91999)Appl.Environ.Microbiol.[应用与环境微生物学]65:2918-2925)。
杀昆虫蛋白家族的***发育、序列基序、和结构分析。可以使用序列和结构分析方法,所述方法由四个部分组成:***发育树构建、蛋白序列基序发现、二级结构预测以及蛋白序列和二级结构比对。关于每个部分的详细信息描述如下。
1)***发育树构建
可以使用软件MEGA5进行***发育分析。可以对蛋白序列进行ClustalW版本2分析(Larkin M.A等人(2007)Bioinformatics[生物信息学]23(21):2947-2948),用于多重序列比对。然后通过在基于JTT矩阵的模型基础上的最大似然法推断进化历史。获得具有最高对数似然值的树,以Newick格式导出,并进一步处理,以与在树中出现的相同顺序提取序列ID。可以为每个杀昆虫蛋白家族手动鉴定代表亚科的几个进化枝。
2)蛋白序列基序发现
根据先前构建的***发育树对蛋白序列进行重新排序,并输入基序分析工具MEME(用于基序引出的多重EM)(Bailey T.L.和Elkan C.,Proceedings of the SecondInternational Conference on Intelligent SystemsforMolecularBiology[第二届国际分子生物学智能***会议论文集],第28-36页,AAAI Press[AAAI出版社],Menlo Park[门洛帕克],加利福尼亚州,1994),用于鉴定关键序列基序。MEME设置如下:最小位点数2,最小基序宽度5,和最大基序数30。通过视觉观察鉴定了每个亚家族独有的序列基序。基序在整个基因家族中的分布可以在HTML网页中看到。相对于每个基序的E-值的排名对基序进行编号。
3)二级结构预测
PSIPRED,排名最高的二级结构预测方法(Jones DT.(1999)J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]292:195-202),可用于蛋白质二级结构预测。所述工具使用基于PSI-BLAST输出的两个前馈神经网络提供准确的结构预测。通过去除Uniref100中的低复杂度、跨膜和卷曲螺旋区域来创建PSI-BLAST数据库。PSIPRED结果包含预测的二级结构(α螺旋:H,β链:E和螺旋:C)和给定蛋白序列中每个氨基酸的对应置信度得分。
4)蛋白序列与二级结构的比对
可以开发脚本,以对所有蛋白质根据来自步骤1的多重蛋白序列比对来产生空位二级结构比对。将所有比对的蛋白序列和结构连接成单个FASTA文件,并然后导入到MEGA中用于可视化和鉴定保守结构。
在一些实施例中,IPD113多肽具有经修饰的物理特性。如本文使用的,术语“物理特性”是指适于描述蛋白质的物理化学特征的任何参数。如本文使用的,“目的物理特性”和“目的特性”可互换使用,以指正在研究和/或修饰的蛋白质的物理特性。物理特性的实例包括但不限于:蛋白质表面上的净表面电荷和电荷分布、蛋白质表面上的净疏水性和疏水残基分布、表面电荷密度、表面疏水密度、表面电离基团的总计数、表面张力、蛋白质大小及其在溶液中的分布、熔融温度、热容量、和第二位力系数。物理特性的实例还包括,IPD113多肽具有增加的表达、增加的溶解度、降低的植物毒性、和蛋白水解片段在昆虫肠道中的可消化性。模拟胃液消化的模型包括以下中的那些:Fuchs,R.L.和J.D.Astwood.Food Technology[食品技术]50:83-88,1996;Astwood,J.D.等人,Nature Biotechnology[自然生物技术]14:1269-1273,1996;Fu TJ等人,J.Agric Food Chem.[农业与食品化学杂志]50:7154-7160,2002。
在一些实施例中,变体包括由于诱变而在氨基酸序列方面不同的多肽。本公开所涵盖的变体蛋白质具有生物活性,即它们仍然具有天然蛋白质所需的生物活性(即杀有害生物活性)。在一些实施例中,该变体将具有至少约10%、至少约30%、至少约50%、至少约70%、至少约80%或更高的天然蛋白质的杀昆虫活性。在一些实施例中,所述变体可以具有比天然蛋白质改善的活性。
细菌基因通常在可读框的起始附近具有多个甲硫氨酸起始密码子。通常,在这些起始密码子中的一个或多个处的翻译起始将导致功能性蛋白质的产生。这些起始密码子可以包括ATG密码子。然而,细菌(如,芽孢杆菌属物种)还将密码子GTG识别为起始密码子,并且在GTG密码子处起始翻译的蛋白质在第一个氨基酸处包含甲硫氨酸。在少数情况下,细菌***中的翻译可以在TTG密码子处起始,尽管在此事件中TTG编码甲硫氨酸。此外,通常不先验地确定细菌中天然使用了这些密码子中的哪一些。因此,应当理解,使用可替代的甲硫氨酸密码子之一也可能导致杀有害生物蛋白的产生。这些杀有害生物蛋白涵盖于本公开之中,并且可以在本公开的方法中使用。应当理解,当在植物中表达时,有必要将可替代的起始密码子改变为ATG以用于正确翻译。
本领域技术人员理解,可以修饰多核苷酸编码序列以在甲硫氨酸起始密码子后面的倒数第二位添加密码子以产生用于重组克隆目的和/或用于表达目的的限制性酶切位点。在一些实施例中,所述IPD113多肽在翻译起始因子甲硫氨酸之后的位置处进一步包含丙氨酸残基。
在一些实施例中,IPD113多肽的翻译起始因子甲硫氨酸在翻译后被切除。本领域技术人员理解,在许多细胞表达***中,N-末端翻译起始因子甲硫氨酸可以被甲硫氨酸氨基肽酶去除。
在一些实施例中,所述IPD113多肽包含以下氨基酸序列:SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQID NO:9、SEQ IDNO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495。
在一些实施例中,提供了嵌合多肽,其包含本公开的至少两种不同IPD113多肽的区域。
在一些实施例中,提供了嵌合多肽,其包含选自以下的至少两种不同IPD113多肽的区域:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ IDNO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ IDNO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ IDNO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ IDNO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ IDNO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ IDNO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ IDNO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ IDNO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ IDNO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ IDNO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ IDNO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ IDNO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ IDNO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQID NO:494或SEQ ID NO:495。
在一些实施例中,所述嵌合杀昆虫蛋白包含a)实施例的第一重组IPD113多肽的一段连续氨基酸序列的第一部分;和b)实施例的第二重组IPD113多肽的一段连续氨基酸序列的相应第二部分。如本文使用的,“相应部分”意指从第一重组IPD113多肽的氨基酸序列的一部分的末端或断点继续的、第二重组IPD113多肽的氨基酸序列的一部分或全部。如本文使用的,“断点”意指两个IPD113多肽序列之间的转变点。例如,如果第一和第二IPD113多肽是约三百个氨基酸长度,则第一部分包括来自第一IPD113多肽的氨基酸1至约175,并且相应第二部分包含来自第二IPD113多肽的约氨基酸176至约300。应当理解,这两个序列长度可以变化,所以两个序列之间的残基编号可以不同。两个或更多个IPD113多肽之间的氨基酸序列比对可以用于确定多肽序列的残基的编号之间的对应性。可以基于但不限于以下来选择断点:1)两个IPD113多肽之间的共享序列区域;2)在共享的结构域或基序之间;或3)在共享的二级或三级结构元件之间。已知涉及周期性二级结构(α和3-10个螺旋,平行和反平行β折叠)的区域内的序列发生是应该避免的区域。相似地,观察或预测具有低溶剂暴露程度的氨基酸序列的区域更可能是蛋白的所谓疏水核心的一部分,并且也应被避免进行断点选择。相比之下,已知或预测处于表面转角或环内的那些区域,并且尤其是已知生物活性所不需要的那些区域,是用于定位断点的优选位点。基于上述标准优选的连续氨基酸序列段被称为“断点区”。
在一些实施例中,提供嵌合IPD113多肽,其包含与本公开的第二IPD113肽的C-末端区域可操作地融合的本公开的第一IPD113多肽的N-末端区域。
在其他实施例中,IPD113多肽可以表达为具有催化多步翻译后蛋白质剪接的间插序列的前体蛋白。蛋白质剪接涉及从多肽切除间插序列,并伴随连接侧翼序列以产生新的多肽(Chong等人,(1996)J.Biol.Chem.[生物化学杂志],271:22159-22168)。这种被称为内含肽的间插序列或蛋白质剪接元件,通过在N-末端和C-末端剪接点处的以下三个协调反应催化其自身的切除:N-末端半胱氨酸或丝氨酸的酰基重排;两个末端之间形成支链酯或硫酯中间体的酯交换反应,和与内含肽C-末端天冬酰胺的环化相偶联释放内含肽的肽键切割(Evans等人,(2000)J.Biol.Chem.[生物化学杂志],275:9091-9094)。阐明蛋白质剪接的机制导致了许多基于内含肽的应用(Comb等人,美国专利号5,496,714;Comb等人,美国专利号5,834,247;Camarero和Muir,(1999)J.Amer.Chem.Soc.[美国化学会志]121:5597-5598;Chong等人,(1997)Gene[基因]192:271-281,Chong等人,(1998)NucleicAcidsRes.[核酸研究]26:5109-5115;Chong等人,(1998)J.Biol.Chem.[生物化学杂志]273:10567-10577;Cotton等人,(1999)J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]121:1100-1101;Evans等人,(1999)J.Biol.Chem.[生物化学杂志]274:18359-18363;Evans等人,(1999)J.Biol.Chem.[生物化学杂志]274:3923-3926;Evans等人,(1998)Protein Sci.[蛋白质科学]7:2256-2264;Evans等人,(2000)J.Biol.Chem.[生物化学杂志]275:9091-9094;Iwai和Pluckthun,(1999)FEBSLett.[欧洲生化学会联盟通讯]459:166-172;Mathys等人,(1999)Gene[基因]231:1-13;Mills等人,(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]95:3543-3548;Muir等人,(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]95:6705-6710;Otomo等人,(1999)Biochemistry[生物化学]38:16040-16044;Otomo等人,(1999)J.Biolmol.NMR[生物分子NMR杂志]14:105-114;Scott等人,(1999)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]96:13638-13643;Severinov和Muir,(1998)J.Biol.Chem.[生物化学杂志]273:16205-16209;Shingledecker等人,(1998)Gene[基因],207:187-195;Southworth等人,(1998)EMBOJ.[欧洲分子生物学学会杂志]17:918-926;Southworth等人,(1999)Biotechniques[生物技术]27:110-120;Wood等人,(1999)NatBiotechnol.[自然生物技术]17:889-892;Wu等人,(1998a)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]95:9226-9231;Wu等人,(1998b)BiochimBiophysActa[生物化学与生物物理学学报]1387:422-432;Xu等人,(1999)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]96:388-393;Yamazaki等人,(1998)J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]120:5591-5592)。针对在植物转基因中应用内含肽,参见,Yang等人(TransgeneRes[转基因研究]15:583-593(2006))和Evans等人(Annu.Rev.PlantBiol.[植物生物学年评]56:375-392(2005))。
在另一实施例中,IPD113多肽可以由两个单独的基因编码,其中前体蛋白的内含肽来自两个称为***内含肽的基因,并且前体的两部分通过肽键形成而连接起来。此肽键的形成通过内含肽介导的反式剪接实现。为此目的,包含两个单独基因的第一和第二表达盒进一步编码能够介导蛋白质反式剪接的内含肽。通过反式剪接,由第一和第二片段编码的蛋白质和多肽可以通过肽键形成连接。反式剪接内含肽可以选自包括真核生物、古细菌和真细菌在内的不同生物体的核仁和细胞器基因组。可以使用的内含肽列在neb.com/neb/inteins.html上,其可以使用“www”前缀在万维网上访问。编码内含肽的核苷酸序列可以***成5'和3'部分,所述5'和3'部分分别编码内含肽的5'和3'部分。可能使内含肽剪接不需要的序列部分(例如归巢内切核酸酶结构域)缺失。将内含肽编码序列***,使得5'和3'部分能够进行反式剪接。为了选择内含肽编码序列的合适的***位点,可以遵循由Southworth等人,(1998)EMBO J.[欧洲分子生物学学会杂志]17:918-926公开的注意事项。在构建第一和第二表达盒中,5'内含肽编码序列连接到编码IPD113多肽的N-末端部分的第一片段的3'末端,并且3'内含肽编码序列连接到编码IPD113多肽的C-末端部分的第二片段的5'末端。
通常,可以使用任何断裂内含肽来设计反式剪接配偶体,包括任何天然存在或人工***的断裂内含肽。已知若干种天然存在的断裂内含肽,例如:集胞藻属(Synechocystis)物种PCC6803的DnaE基因的断裂内含肽(参见,Wu等人,(1998)ProcNatlAcadSci USA.[美国科学院院报]95(16):9226-31和Evans等人,(2000)JBiol Chem.[生物化学杂志]275(13):9091-4)和来自点状念珠藻(Nostocpunctiforme)的DnaE基因的断裂内含肽(参见,Iwai等人,(2006)FEBSLett.[欧洲生化学会联盟通讯]580(7):1853-8)。非断裂内含肽在实验室中人工***以产生新的断裂内含肽,例如:人工***Ssp DnaB内含肽(参见,Wu等人,(1998)Biochim BiophysActa.[生物化学与生物物理学学报]1387:422-32)和***Sce VMA内含肽(参见,Brenzel等人,(2006)Biochemistry.[生物化学]45(6):1571-8)和人工***真菌微型内含肽(参见,Elleuche等人,(2007)Biochem Biophys ResCommun.[生物化学与生物物理学研究通讯]355(3):830-4)。还有把已知的内含肽编入目录的内含肽数据库(参见,例如,可以在bioinformatics.weizmann.ac.il/~pietro/inteins/Inteinstable.html处获得的在线数据库,其可以使用“www”前缀在万维网上访问)。
天然存在的非断裂内含肽可能具有内切核酸酶活性或其他酶活性,这些活性典型地可以在设计人工***的断裂内含肽时被去除。这样的迷你内含肽或最小化的断裂内含肽是典型地小于200个氨基酸残基长(参见,Wu等人,(1998)Biochim Biophys Acta.[生物化学与生物物理学学报]1387:422-32)。如果这些元件不会抑制断裂内含肽的剪接,或以允许它们在拼接之前被去除的方式添加,合适的断裂内含肽可以向其结构添加使其他纯化可行的多肽元件。已经使用以下蛋白质报道了蛋白质剪接,这些蛋白质包含:细菌内含肽样(BIL)结构域(参见,Amitai等人,(2003)MolMicrobiol.[分子微生物学]47:61-73)和刺猬(Hog)自体加工结构域(当称为Hog/内含肽超家族或HINT家族时,后者与内含肽组合;参见,Dassa等人,(2004)JBiol Chem.[生物化学杂志]279:32001-7))以及如还可用于制备人工***的内含肽的结构域。特别地,可以通过分子生物学方法来修饰这些家族的非剪接成员,以引入或恢复在这些相关物种中的剪接活性。最近的研究表明,当N-末端断裂内含肽组分可以与自然界中未发现的作为其“配偶体”的C-末端断裂内含肽组分反应时,可以观察到剪接;例如,已经观察到使用与“自然”剪接配偶体具有少至30%至50%同源性的配偶体进行的剪接(参见,Dassa等人,(2007)Biochemistry.[生物化学],46(1):322-30)。不同断裂内含肽的其他这种混合物已被证明是与另一个不反应的混合物(参见,Brenzel等人,(2006)Biochemistry.[生物化学]45(6):1571-8)。然而,使用常规方法并且无需运用创造性技能是情况下确定一对多肽是否能够彼此结合以提供功能性内含肽,在相关领域的技术人员的能力范围内。
在一些实施例中,IPD113多肽是环形排列的变体。在某些实施例中,所述IPD113多肽是以下多肽的环形排列的变体:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ IDNO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ IDNO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ IDNO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ IDNO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ IDNO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ 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ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495,或其具有氨基酸取代、缺失、添加或其组合的变体。重组DNA方法的发展使得有可能研究序列转座对蛋白质折叠、结构和功能的影响。创建新序列中使用的方法类似于通过其氨基酸序列的线性改组对天然存在的蛋白质对进行关联的方法(Cunningham等人,(1979)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.[美国科学院院报]76:3218-3222;Teather和Erfle,(1990)J.Bacteriol.[细菌学杂志]172:3837-3841;Schimming等人,(1992)Eur.J.Biochem.[欧洲生物化学杂志]204:13-19;Yamiuchi和Minamikawa,(1991)FEBSLett.[欧洲生化学会联盟通讯]260:127-130;MacGregor等人,(1996)FEBSLett.[欧洲生化学会联盟通讯]378:263-266)。Goldenberg和Creighton描述了这种类型的蛋白质重排的第一次体外应用(J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]165:407-413,1983)。在创建环形排列的变体中,在原始序列的内部位点(断点)处选择新的N-末端,新序列从断点与原始序列具有氨基酸相同的次序,直到其达到原始C-末端或其附近的氨基酸。在这一点上,新序列直接或通过序列(接头)的另外部分连接到原始N-末端或其附近的氨基酸,并且新序列以与原始序列相同的序列继续,直到其达到原始序列的断点位点的N-末端的氨基酸处或附近的点,此残基形成链的新C-末端。接头的氨基酸序列的长度可以凭经验或以结构信息的指导或通过使用两种方法的组合来选择。当没有结构信息可用时,可以使用设计和采取必要的确认,而不会破坏杀有害生物多肽的构型的能力(构象灵活;Karplus和Schulz,(1985)Naturwissenschaften[自然科学]72:212-213)来制备小系列接头用于测试,该设计的长度为了跨越从0至的范围而变化并且选择该设计的序列以与表面暴露一致(亲水性,Hopp和Woods,(1983)Mol.Immunol.[分子免疫学]20:483-489;Kyte和Doolittle,(1982)J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]157:105-132;溶剂暴露表面积,Lee和Richards,(1971)J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]55:379-400)。假设每个残基平均翻译为2.0至/>这意味着要测试的长度在0至30个残基之间,其中0至15个残基为优选范围。这种经验性系列的实例将是使用重复n次的盒序列如Gly-Gly-Gly-Ser构建接头,其中n为1、2、3或4。本领域技术人员将认识到,存在许多长度或组成不同的这样的序列,其可以用作接头,其中主要注意事项是它们是既不过长也不过短的(参见Sandhu,(1992)CriticalRev.Biotech.[生物技术评论]12:437-462);如果它们太长,熵效应可能会使三维折叠不稳定,并且也可能使得折叠在动力学上是不切实际的,并且如果它们太短,则它们可能由于扭转或空间应变使分子不稳定。蛋白质结构信息分析的技术人员将认识到,使用定义为c-α碳之间距离的链末端之间的距离可用于定义待使用的序列的长度,或至少限制在接头的经验选择中必须测试的可能性的数量。因此,他们还将认识到,在有时多肽链末端的位置在源自X射线衍射或核磁共振光谱数据的结构模型中是不明确的情况下,并且当确实如此的情况下,需要考虑这种情况,以便正确估计所需接头的长度。从其位置定义明确的那些残基选择两个与链末端顺序接近的残基,并且使用它们的c-α碳之间的距离来计算它们之间的接头的近似长度。使用计算出的长度作为指导,然后选择具有一定范围数量的残基(每个残基使用2至/>计算)的接头。这些接头可以由原始序列组成,必要时缩短或延长,并且当延长时,可以如上所述选择灵活的和亲水性的另外的残基;或任选地,原始序列可以用一系列接头取代,一个实例是以上提及的Gly-Gly-Gly-Ser盒方法;或任选地,可以使用具有适当总长度的原始序列和新序列的组合。能够折叠为生物活性状态的杀有害生物多肽的序列可以通过从原始多肽链中开始(氨基末端)和末端(羧基末端)位置的适当选择,同时使用如上所述的接头序列来制备。氨基和羧基末端使用下面所述的指南从称为断点区的序列的常见延伸中选出。因此,通过从同一断点区内选择氨基和羧基末端来产生新颖的氨基酸序列。在许多情况下,新末端的选择将使得羧基末端的原始位置紧邻氨基末端的位置。然而,本领域技术人员将认识到,区域内任何地方的末端的选择可能起作用,并且这些将有效地导致新序列的氨基或羧基部分的缺失或添加。蛋白质的主要氨基酸序列指令折叠为表达其生物功能所必需的三维结构是分子生物学的核心原则。本领域技术人员已知使用单一蛋白晶体的x射线衍射或蛋白质溶液的核磁共振光谱来获得和解释三维结构信息的方法。与断点区的鉴定相关的结构信息的实例包括蛋白质二级结构的位置和类型(α和3-10个螺旋,平行和反向平行β折叠,链逆转(chain reversal)和转角,以及环;Kabsch和Sander,(1983)Biopolymers[生物聚合物]22:2577-2637);氨基酸残基的溶剂暴露程度、残基彼此之间相互作用的程度和类型(Chothia,(1984)Ann.Rev.Biochem.[生物化学年鉴]53:537-572)以及沿多肽链的构象的静态和动态分布(Alber和Mathews,(1987)Methods Enzymol.[酶学方法]154:511-533)。在一些情况下,关于残基的溶剂暴露的其他信息是已知的;一个实例是必然位于所述蛋白质表面的碳水化合物的翻译后附着位点。当实验结构信息不可获得或不可能获得时,也可以使用方法来分析初级氨基酸序列,以便预测蛋白质三级和二级结构,溶剂可及性以及转角和环的发生。当直接结构方法不可行时,生物化学方法有时也适用于经验性地确定表面暴露;例如,在有限的蛋白水解之后使用断链位点的鉴定来推断表面暴露(Gentile和Salvatore,(1993)Eur.J.Biochem.[欧洲生物化学杂志]218:603-621)。因此,使用实验衍生的结构信息或预测方法(例如,Srinivisan和Rose,(1995)Proteins:Struct.,Funct.&Genetics[蛋白质:结构,功能和遗传学]22:81-99),检查亲本氨基酸序列根据它们是否对维持二级和三级结构是必不可少的对区域进行分类。已知涉及周期性二级结构(α和3-10个螺旋,平行和反平行β折叠)的区域内的序列发生是应该避免的区域。相似地,观察或预测具有低溶剂暴露程度的氨基酸序列的区域更可能是蛋白的所谓疏水核心的一部分,并且也应避免选择氨基和羧基末端。相比之下,已知或预测为表面内转角或环的那些区域,并且尤其是已知生物活性所不需要的那些区域,是用于定位多肽链末端的优选位点。基于上述标准优选的连续氨基酸序列段被称为断点区。可以基本上遵循Mullins等人,(1994)J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]116:5529-5533中所描述的方法制备编码环形排列的IPD113多肽的、具有新N-末端/C-末端的多核苷酸,所述多核苷酸包含将原C-末端与N-末端分隔开的接头区。聚合酶链式反应(PCR)扩增的多个步骤用于重排编码蛋白质的一级氨基酸序列的DNA序列。可以基于Horlick等人,(1992)Protein Eng.[蛋白工程]5:427-431中所描述的串联重复方法制备编码环形排列的IPD113多肽的、具有新N-末端/C-末端的多核苷酸,该多核苷酸包含将原C-末端与N-末端分隔开的接头区。使用串联重复的模板DNA进行新的N-末端/C-末端基因的聚合酶链式反应(PCR)扩增。
在另一实施例中,提供了在其氨基酸序列中包含如下氨基酸序列的融合蛋白,所述氨基酸序列包含本公开的IPD113多肽或嵌合IPD113多肽。编码IPD113多肽的多核苷酸可以融合到信号序列,这些信号序列将指导IPD113多肽定位于原核或真核细胞的特定区室和/或指导来自原核或真核细胞的实施例的IPD113多肽的分泌。例如,在大肠杆菌(E.coli)中,人们可能希望指导蛋白质表达至周质空间。IPD113多肽可以融合以便指导多肽表达至细菌周质空间的信号序列或蛋白质(或其片段)的实例包括但不限于:pelB信号序列、麦芽糖结合蛋白(MBP)信号序列、MBP、ompA信号序列,周质性大肠杆菌不耐热肠毒素B亚基的信号序列和碱性磷酸酶的信号序列。用于构建将指导蛋白质定位的融合蛋白的若干种载体是可商购的,如可从新英格兰生物实验室(New England Biolabs)获得的pMAL系列的载体(特别是pMAL-p系列)。在具体实施例中,IPD113多肽可以与pelB果胶酸裂合酶信号序列融合,以增加革兰氏阴性菌中此类多肽的表达和纯化的效率(参见,美国专利号5,576,195和5,846,818)。实施例的IPD113可以融合至植物质体转运肽或质外体转运肽,例如水稻或大麦α-淀粉酶分泌信号。质体转运肽通常与待靶向的多肽(例如,融合配偶体)进行N-末端融合。在一个实施例中,融合蛋白基本上由待靶向的质体转运肽和IPD113多肽组成。在另一个实施例中,融合蛋白包含质体转运肽和待靶向的多肽。在这类实施例中,质体转运肽优选位于融合蛋白的N-末端。然而,如果该融合蛋白至少部分地靶向质体,另外的氨基酸残基可以是在质体转运肽的N-末端。在具体实施例中,质体转运肽在融合蛋白的N-末端一半处、N-末端三分之一处或N-末端四分之一处。当***质体时,大部分或全部质体转运肽通常从融合蛋白上切割。由于特定的细胞间条件或所使用的转运肽/融合配偶体的组合,在不同植物发育阶段,切割位置可能在植物物种之间略有变化。在一个实施例中,质体转运肽切割是均匀的,使得切割位点在融合蛋白群体中是相同的。在另一个实施例中,质体转运肽不是均匀的,使得切割位点在融合蛋白群体中相差1-10个氨基酸。质体转运肽能以若干种方式之一重组融合到第二蛋白质。例如,可以将限制性内切核酸酶识别位点引入到对应于其C-末端的位置处的转运肽的核苷酸序列中,并且可以将相同或相容的位点工程改造为在其N-末端待靶向的蛋白质的核苷酸序列。必须注意设计这些位点,以确保转运肽和第二蛋白质的编码序列保持“框内”,以允许合成所需的融合蛋白。在一些情况下,当引入新的限制性位点时,优选去除第二蛋白质的起始因子甲硫氨酸。在两个亲本分子上引入限制性内切核酸酶识别位点,以及它们随后通过重组DNA技术连接可导致在转运肽和第二蛋白质之间添加一个或多个额外的氨基酸。如果转运肽切割位点保持可及,并且在其N-末端添加这些额外的氨基酸不改变第二蛋白质的功能,这通常不影响靶向活性。可替代地,本领域技术人员可以使用基因合成(Stemmer等人,(1995)Gene[基因]164:49-53)或相似的方法在转运肽和第二蛋白质(有或没有其起始子甲硫氨酸)之间产生精确的切割位点。另外,转运肽融合可以有意地包括切割位点下游的氨基酸。成熟蛋白质N-末端的氨基酸可影响转运肽将蛋白质靶向质体的能力和/或蛋白质输入后的切割效率。这可能取决于待靶向的蛋白质。参见,例如,Comai等人,(1988)J.Biol.Chem.[生物化学杂志]263(29):15104-9。在一些实施例中,IPD113多肽与异源信号肽或异源转运肽融合。
在一些实施例中,提供了包含本公开的IPD113多肽或嵌合IPD113多肽的融合蛋白,所述融合蛋白由选自下组的式表示,该组由以下组成:
R1-L-R2、R2-L-R1、R1-R2或R2-R1
其中R1是本公开的IPD113多肽或嵌合IPD113多肽,并且R2是目的蛋白。在一些实施例中,R1和R2是本公开的IPD113多肽或嵌合IPD113多肽。所述R1多肽直接或通过接头(L)区段融合至R2多肽。术语“直接”定义在没有肽接头的情况下连接多肽的融合。因此,“L”表示与R1和R2框内融合的化学结合或多肽区段,最常见的是,L是R1和R2通过酰胺键将R1的羧基末端连接到L的氨基末端并且将L的羧基末端连接到R2的氨基末端的线性肽。“框内融合”意指R1和R2的阅读框之间没有翻译终止或中断。连接基团(L)通常是长度在1至500个氨基酸之间的多肽。连接两个分子的接头优选设计成(1)允许两个分子彼此独立地折叠并且起作用,(2)不具有发展可能干扰两种蛋白质的功能性结构域的有序二级结构的倾向,(3)具有可与功能性蛋白质结构域相互作用的最小的疏水或带电特征,并且(4)提供R1和R2的空间分离,使得R1和R2可以与单个细胞上的相应受体同时相互作用。典型地,在柔性蛋白质区域中的表面氨基酸包括Gly、Asn和Ser。期望包含Gly、Asn和Ser的氨基酸序列的几乎任何排列满足上述接头序列的标准。其他中性氨基酸如Thr和Ala也可以用于接头序列。由于在接头序列中添加了独特的限制性位点以便于构建融合体,因此另外的氨基酸也可以包括在接头中。
在一些实施例中,所述接头包含选自以下式的组的序列:(Gly3Ser)n、(Gly4Ser)n、(Gly5Ser)n、(GlynSer)n或(AlaGlySer)n,其中n是整数。高度柔性接头的一个实例是存在于丝状噬菌体(例如,噬菌体M13或fd)的pIII蛋白质内的富含(GlySer)的间隔子区域(Schaller等人,1975)。此区域在pIII表面蛋白质的两个结构域之间提供长、柔性的间隔子区域。还包括接头,在接头中包括内肽酶识别序列。这种切割位点对于分离融合物的各个组分以确定它们在体外是否适当折叠和是否具有活性可能是有价值的。各种内肽酶的实例包括但不限于:纤溶酶、肠激酶、激肽释放酶、尿激酶、组织纤溶酶原激活剂、梭菌蛋白酶、凝乳酶、胶原酶、鲁塞尔氏蝰蛇毒蛋白酶、后脯氨酸切割酶、V8蛋白酶、凝血酶和因子Xa。在一些实施例中,所述接头包含来自多基因表达载体(MGEV)的氨基酸EEKKN(SEQ ID NO:334),其如美国专利申请公开号US 2007/0277263中所公开的被液泡蛋白酶切割。在其他实施例中,来自重链免疫球蛋白IgG、IgA、IgM、IgD或IgE的铰链区域的肽接头区段提供所附着的多肽之间的角度关系。尤其有用的是那些半胱氨酸被丝氨酸替换的铰链区域。本公开的接头包括源自鼠IgGγ2b铰链区域的序列,其中半胱氨酸已变为丝氨酸。融合蛋白不受所使用的接头序列的形式、大小或数目的限制,并且接头的唯一要求是功能上不会不利地干扰融合的各个分子的折叠和功能。
核酸分子及其变体和片段
提供了包含编码IPD113多肽或其生物活性部分的核酸序列的分离或重组的核酸分子,以及足以用作杂交探针以鉴定编码具有序列同源性区域的蛋白质的核酸分子的核酸分子。如本文使用的,术语“核酸分子”是指DNA分子(例如,重组DNA、cDNA、基因组DNA、质粒DNA、线粒体DNA)和RNA分子(例如,mRNA)以及使用核苷酸类似物而产生的DNA或RNA的类似物。核酸分子可以是单链的或双链的,但优选地是双链的DNA。
本文所用的“分离的”核酸分子(或DNA)是指不再处于其天然环境中(例如处于体外)的核酸序列(或DNA)。本文所用的“重组的”核酸分子(或DNA)是指在重组细菌或植物宿主细胞中的核酸序列(或DNA)。在一些实施例中,“分离的”或“重组的”核酸不含有在衍生所述核酸的生物体基因组DNA中天然地位于所述核酸侧翼的序列(即,位于所述核酸的5'和3'端的序列)(优选编码蛋白质的序列)。出于本公开的目的,“分离的”或“重组的”当用于指核酸分子时排除分离的染色体。例如,在不同实施例中,编码IPD113多肽的重组核酸分子可以包含小于约5kb、4kb、3kb、2kb、1kb、0.5kb或0.1kb的核酸序列,所述核酸序列在源自所述核酸的细胞的基因组DNA中天然地位于所述核酸分子的侧翼。
在一些实施例中,与天然或基因组核酸序列相比,编码IPD113多肽的分离的核酸分子在核酸序列中具有一个或多个变化。在一些实施例中,天然或基因组核酸序列的改变包括但不限于:由于遗传密码的简并性造成的核酸序列改变;与天然或基因组序列相比,由于氨基酸取代、***、缺失和/或添加造成的核酸序列的改变;一个或多个内含子的去除;一个或多个上游或下游调节区的缺失;和与基因组核酸序列相关的5’和/或3’非翻译区域的缺失。在一些实施例中,编码IPD113多肽的核酸分子是非基因组序列。
考虑了编码IPD113多肽或相关蛋白质的多种多核苷酸。当可操作地连接到合适的启动子、转录终止和/或聚腺苷酸化序列上时,这类多核苷酸可用于在宿主细胞中生产IPD113多肽。这类多核苷酸还可用作用于分离编码IPD113多肽或相关蛋白的同源或基本上同源的多核苷酸的探针。
用于工程化IPD113多肽的方法
用于工程化IPD113多肽的方法也涵盖在本公开中。在一些实施例中,用于工程化IPD113多肽的方法使用基于IPD113多肽的二级、三级或四级结构模型的合理的蛋白质设计。可以在本公开的方法中使用计算机模拟建模工具。在一些实施例中,合理的蛋白质设计使用计算机模拟建模工具,该计算机模拟建模工具选自但不限于PyMOL(PyMOL分子图形***,版本1.7.4,薛定谔有限责任公司(LLC.))、/>BioLuminate(Zhu,K.等人,Proteins[蛋白质],2014,82(8),1646-1655;Salam,N.K等人,ProteinEng.Des.Sel.[蛋白质工程化、设计和选择],2014,27(10),365-74;Beard,H.等人PLoS ONE[公共科学图书馆期刊],2013,8(12),e82849)、/>(分子操作环境(MOE),2013.08;化学计算集团公司(Chemical Computing Group Inc.),加拿大魁北克省蒙特利尔市,舍尔布克西街1010号,910号房(1010Sherbooke St.West,Suite#910,Montreal,QC,Canada),H3A2R7,2015)、Jmol、以及Discovery/>(材料科学软件公司(Accelrys Software Inc.)探索工作室建模环境,发行3.5.0(Discovery Studio Modeling Environment,Release3.5.0),圣迭戈:材料科学软件公司2013)。在某些实施例中,建模使用Discovery/>软件。在一些实施例中,该方法中的结构坐标可以通过同源性建模确定。在一些实施例中,该方法中的结构坐标可以通过X射线晶体学或溶液NMR确定。
在一些实施例中,通过本公开的方法将IPD113多肽进行工程化以与天然IPD113多肽相比具有经修饰的物理性质。在一些实施例中,经修饰的物理性质的实例包括但不限于:蛋白质表面上的净表面电荷和电荷分布、蛋白质表面上的净疏水性和疏水残基分布、表面电荷密度、表面疏水密度、表面电离基团的总计数、和蛋白质大小。在一些实施例中,经修饰的物理性质包括但不限于溶解度、折叠、稳定性、蛋白酶稳定性、消化性、植物表达、杀昆虫效价、杀昆虫活性谱、原聚体孔的离子通道活性和受体结合。在一些实施例中,经修饰的物理性质是提高的蛋白酶稳定性、增加的植物内表达、改进的溶解度、提高的效价、增强的原聚体孔的离子通道活性和/或改进的受体结合。
使用本公开的方法,可以识别蛋白水解敏感性位点,并且可以改性或利用蛋白水解敏感性位点产生更稳定或更具生物活性的IPD113多肽。
使用本公开的方法,可以识别参与受体结合和/或孔形成的位点并且可以修饰该位点以产生具有杀昆虫活性增强;形成通道的能力增强;和尺寸减小的IPD113多肽。
使用本公开的方法,可以识别水分子对位点的占据并可以修饰该位点以产生在区域中具有经修饰的灵活性或增加沿该表面的疏水性残基的数目的IPD113分子,所述IPD113分子可能参与受体结合和/或孔形成。
使用本公开的方法,可以识别区域中的氢键结合,并且可以取代氨基酸以修饰包括盐桥在内的氢键的数目,以产生具有促进前孔(pre-pore)和孔形成的经修饰的疏水作用表面和/或经修饰的杀昆虫活性的IPD113多肽。
使用本公开的方法,可以识别环区,并且可以改性该环区以产生具有经修饰的通道或孔形成、折叠和/或受体结合的IPD113多肽。
使用本公开的方法,可以识别和改性复合物静电表面以及疏水或亲水相互作用以产生具有经修饰的受体相互作用的IPD113多肽。
使用本公开的方法,可以识别和改性金属结合位点以产生具有经修饰的离子通道或孔活性的IPD113多肽。
使用本公开的方法,可以识别和改性可以被掩埋或以其他方式从保持在三维结构中的蛋白质表面去除的氨基酸以产生具有经修饰的稳定性或灵活性的IPD113多肽。
使用本公开的方法,可以识别和修饰其他生物分子的非特异性结合位点以产生具有受体与特异性受体结合能力增强和毒性增强的IPD113多肽。
应用各种计算工具,加上对饱和诱变的理解以及本文公开的IPD113多肽的结构/功能关系,本领域技术人员可以识别和修饰IPD113多肽的各种物理性质,以获得具有更好的总体性能的、作为针对所期望的靶标的杀昆虫蛋白。在不同区域处的组合诱变可以增强对当前活性靶标的特异性,并且还可能潜在地改变针对不同靶标的活性谱。这种靶向组合诱变可以通过掺入诱变寡核苷酸来实现或者通过基因合成或以上两种方法的组合来产生。在定义的环区域上的诱变还可以增强IPD113多肽的物理性质,例如通过降低蛋白酶降解能力和增加热稳定性等来增加蛋白质的稳定性。可以将另外的组合诱变应用于涉及疏水界面表面的氨基酸残基。疏水界面表面的增强可能潜在地增强杀昆虫活性、热稳定性等物理性质。另外的改进也可以通过分子的其他部分(如各种β-折叠和α螺旋)的诱变来实现以提高稳定性和活性。
编码IPD113多肽的多核苷酸
编码IPD113多肽或相关蛋白的多核苷酸的一个来源是蕨类或其他原始植物物种,选自但不限于凤尾蕨属、水龙骨属、肾蕨属、线蕨属、叉蕨属、骨碎补属、耳蕨属、铁线蕨属、铁角蕨属、乌毛蕨属、海金沙属、瓶尔小草属、石韦属、黑心蕨属、鳞毛蕨属、旱蕨属、羽节蕨属、碎米蕨属、蕨属、小毛蕨属、节毛蕨属、弯脉蕨属、泽泻蕨属、修蕨属、和复叶耳蕨属物种,所述多核苷酸含有以下IPD113多核苷酸:SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ IDNO:130、SEQ ID NO:131、SEQ ID NO:132、SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134、SEQ IDNO:135、SEQ ID NO:136、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:142、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQ ID NO:145、SEQ IDNO:146、SEQ ID NO:147、SEQ ID NO:148、SEQ ID NO:149、SEQ ID NO:150、SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:152、SEQ ID NO:153、SEQ ID NO:154、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:156、SEQ IDNO:157、SEQ ID NO:158、SEQ ID NO:159、SEQ ID NO:160、SEQ ID NO:161、SEQ ID NO:162、SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:164、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:166、SEQ ID NO:167、SEQ IDNO:168、SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:170、SEQ ID NO:171、SEQ ID NO:172、SEQ ID NO:173、SEQ ID NO:174、SEQ ID NO:175、SEQ ID NO:176、SEQ ID NO:177、SEQ ID NO:178、SEQ IDNO:179、SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:181、SEQ ID NO:182、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:184、SEQ ID 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以下多核苷酸:SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131、SEQ ID NO:132、SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134、SEQ ID NO:135、SEQ IDNO:136、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:142、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:146、SEQ IDNO:147、SEQ ID NO:148、SEQ ID NO:149、SEQ ID NO:150、SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:152、SEQ ID NO:153、SEQ ID NO:154、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:156、SEQ ID NO:157、SEQ IDNO:158、SEQ ID NO:159、SEQ ID NO:160、SEQ ID NO:161、SEQ ID NO:162、SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:164、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:166、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:168、SEQ IDNO:169、SEQ ID NO:170、SEQ ID NO:171、SEQ ID NO:172、SEQ ID NO:173、SEQ ID NO:174、SEQ ID NO:175、SEQ ID NO:176、SEQ ID NO:177、SEQ ID NO:178、SEQ ID NO:179、SEQ IDNO:180、SEQ ID NO:181、SEQ ID NO:182、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:184、SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:186、SEQ ID NO:187、SEQ ID NO:188、SEQ ID NO:189、SEQ ID NO:190、SEQ IDNO:191、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:194、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:196、SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:198、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:200、SEQ ID NO:201、SEQ IDNO:202、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:204、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:206、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:208、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:210、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:212、SEQ IDNO:213、SEQ ID NO:214、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:216、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:218、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:220、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:222、SEQ ID NO:223、SEQ IDNO:224、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:226、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:228、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:230、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:234、SEQ IDNO:235、SEQ ID NO:236、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:238、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:240、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:242、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:244、SEQ ID NO:245、SEQ IDNO:246、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:250、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:282、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:284、SEQ ID NO:285、SEQ IDNO:286、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:288、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:290、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:292、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:294、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:296、SEQ IDNO:297、SEQ ID NO:298、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:300、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:302、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:304、SEQ ID NO:305、SEQ ID NO:306、SEQ ID NO:307、SEQ IDNO:308、SEQ ID NO:309、SEQ ID NO:310、SEQ ID NO:321、SEQ ID NO:322、SEQ ID NO:323、SEQ ID NO:324、SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326、SEQ ID NO:327、SEQ ID NO:328、SEQ IDNO:329、SEQ ID NO:330、SEQ ID NO:335、SEQ ID NO:338、SEQ ID NO:339、SEQ ID NO:341、SEQ ID NO:342、SEQ ID NO:343、SEQ ID NO:344、SEQ ID NO:345、SEQ ID NO:346、SEQ IDNO:347、SEQ ID NO:348、SEQ ID NO:349、SEQ ID NO:350、SEQ ID NO:351、SEQ ID NO:352、SEQ ID NO:353、SEQ ID NO:354、SEQ ID NO:355、SEQ ID NO:357、SEQ ID NO:358、SEQ IDNO:359、SEQ ID NO:360、SEQ ID NO:362、SEQ ID NO:364、SEQ ID NO:366、SEQ ID NO:367、SEQ ID NO:369、SEQ ID NO:370、SEQ ID NO:371、SEQ ID NO:372、SEQ ID NO:377、SEQ IDNO:379、SEQ ID NO:380、SEQ ID NO:382、SEQ ID NO:385、SEQ ID NO:388、SEQ ID NO:389、SEQ ID NO:391、SEQ ID NO:392、SEQ ID NO:393、SEQ ID NO:394、SEQ ID NO:396、SEQ IDNO:397、SEQ ID NO:398、SEQ ID NO:399、SEQ ID NO:400、SEQ ID NO:401、SEQ ID NO:402、SEQ ID NO:403、SEQ ID NO:404、SEQ ID NO:405、SEQ ID NO:406、SEQ ID NO:407、SEQ IDNO:408、SEQ ID NO:409、SEQ ID NO:410、SEQ ID NO:411、SEQ ID NO:413、和SEQ ID NO:414可以用于在重组细菌宿主中表达IPD113多肽,所述重组细菌宿主包括但不限于农杆菌属(Agrobacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、埃希氏杆菌属(Escherichia)、沙门氏菌属(Salmonella)、假单胞菌属(Pseudomonas)和根瘤菌属(Rhizobium)细菌宿主细胞。所述多核苷酸还可用作用于分离编码IPD113多肽或相关蛋白的同源或基本上同源的多核苷酸的探针。此类探针可以用于鉴定源自蕨类或其他原始植物物种的同源或基本上同源的多核苷酸,所述植物物种选自但不限于凤尾蕨属、多足蕨属、肾蕨属、线蕨属、叉蕨属、骨碎补属、耳蕨属、铁线蕨属、铁角蕨属、乌毛蕨属、海金沙属、瓶尔小草属、石韦属、黑心蕨属、鳞毛蕨属、旱蕨属、羽节蕨属、碎米蕨属、蕨属、小毛蕨属、节毛蕨属、弯脉蕨属、泽泻蕨属、修蕨属、和复叶耳蕨属物种。
编码IPD113多肽的多核苷酸也可以从IPD113多肽序列从头合成。所述多核苷酸基因的序列可以通过使用遗传密码从IPD113多肽序列中推导出来。计算机程序如“BackTranslate”(GCGTM包,阿克莱瑞公司,圣迭戈市,加利福尼亚州)可用于将肽序列转换成编码所述肽的相应核苷酸序列。可以用于获得相应核苷酸编码序列的IPD113多肽的实例包括但不限于以下IPD113多肽:SEQ ID NO:1、SEQ IDNO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ IDNO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ IDNO:15、SEQ ID NO:16、SEQ IDNO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ IDNO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ IDNO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ IDNO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ IDNO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ IDNO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ IDNO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ IDNO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ IDNO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ IDNO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ IDNO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ IDNO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ IDNO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ IDNO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495。此外,本公开的合成的IPD113多核苷酸序列可以被设计成使得它们在植物中表达。
在一些实施例中,编码IPD113多肽的核酸分子是具有以下中列出的序列的多核苷酸:SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131、SEQID NO:132、SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134、SEQ ID NO:135、SEQ ID NO:136、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:142、SEQID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:146、SEQ ID NO:147、SEQ ID NO:148、SEQ ID NO:149、SEQ ID NO:150、SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:152、SEQ ID NO:153、SEQID NO:154、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:156、SEQ ID NO:157、SEQ ID NO:158、SEQ ID NO:159、SEQ ID NO:160、SEQ ID NO:161、SEQ ID NO:162、SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:164、SEQID NO:165、SEQ ID NO:166、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:168、SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:170、SEQ ID NO:171、SEQ ID NO:172、SEQ ID NO:173、SEQ ID NO:174、SEQ ID NO:175、SEQID NO:176、SEQ ID NO:177、SEQ ID NO:178、SEQ ID NO:179、SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:181、SEQ ID NO:182、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:184、SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:186、SEQID NO:187、SEQ ID NO:188、SEQ ID NO:189、SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:191、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:194、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:196、SEQ ID NO:197、SEQID NO:198、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:200、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:202、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:204、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:206、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:208、SEQID NO:209、SEQ ID NO:210、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:212、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:214、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:216、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:218、SEQ ID NO:219、SEQID NO:220、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:222、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:224、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:226、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:228、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:230、SEQID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:234、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:236、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:238、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:240、SEQ ID NO:241、SEQID NO:242、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:244、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:246、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:250、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:252、SEQID NO:282、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:284、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:286、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:288、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:290、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:292、SEQID NO:293、SEQ ID NO:294、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:296、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:298、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:300、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:302、SEQ ID NO:303、SEQID NO:304、SEQ ID NO:305、SEQ ID NO:306、SEQ ID NO:307、SEQ ID NO:308、SEQ ID NO:309、SEQ ID NO:310、SEQ ID NO:321、SEQ ID NO:322、SEQ ID NO:323、SEQ ID NO:324、SEQID NO:325、SEQ ID NO:326、SEQ ID NO:327、SEQ ID NO:328、SEQ ID NO:329、SEQ ID NO:330、SEQ ID NO:335、SEQ ID NO:338、SEQ ID NO:339、SEQ ID NO:341、SEQ ID NO:342、SEQID NO:343、SEQ ID NO:344、SEQ ID NO:345、SEQ ID NO:346、SEQ ID NO:347、SEQ ID NO:348、SEQ ID NO:349、SEQ ID NO:350、SEQ ID NO:351、SEQ ID NO:352、SEQ ID NO:353、SEQID NO:354、SEQ ID NO:355、SEQ ID NO:357、SEQ ID NO:358、SEQ ID NO:359、SEQ ID NO:360、SEQ ID NO:362、SEQ ID NO:364、SEQ ID NO:366、SEQ ID NO:367、SEQ ID NO:369、SEQID NO:370、SEQ ID NO:371、SEQ ID NO:372、SEQ ID NO:377、SEQ ID NO:379、SEQ ID NO:380、SEQ ID NO:382、SEQ ID NO:385、SEQ ID NO:388、SEQ ID NO:389、SEQ ID NO:391、SEQID NO:392、SEQ ID NO:393、SEQ ID NO:394、SEQ ID NO:396、SEQ ID NO:397、SEQ ID NO:398、SEQ ID NO:399、SEQ ID NO:400、SEQ ID NO:401、SEQ ID NO:402、SEQ ID NO:403、SEQID NO:404、SEQ ID NO:405、SEQ ID NO:406、SEQ ID NO:407、SEQ ID NO:408、SEQ ID NO:409、SEQ ID NO:410、SEQ ID NO:411、SEQ ID NO:413或SEQ ID NO:414,及其变体、片段和互补序列。还涵盖了与实施例的核酸序列互补或与实施例的序列杂交的核酸序列。所述核酸序列可以在DNA构建体或表达盒中使用,以用于在多种生物体(包括微生物和植物)中进行转化和表达。所述核苷酸或氨基酸序列可以是合成序列,所述合成序列已经被设计用于在生物体中表达,所述生物体包括但不限于:微生物或植物。
本文所用的“互补序列”是指与给定核酸序列充分互补的核酸序列,使得其可以与所述给定核酸序列杂交从而形成稳定的双链体。本文所用的“多核苷酸序列变体”是指除遗传密码的简并性之外编码相同多肽的核酸序列。
在一些实施例中,编码IPD113多肽的核酸分子是非基因组核酸序列。如本文使用的,“非基因组核酸序列”或“非基因组核酸分子”或“非基因组多核苷酸”是指与天然或基因组核酸序列相比,具有核酸序列的一个或多个变化的核酸分子。在一些实施例中,天然或基因组核酸分子的改变包括但不限于:由于遗传密码的简并性造成的核酸序列改变;用于在植物中表达的核酸序列的优化;与天然或基因组序列相比,引入至少一个氨基酸取代、***、缺失和/或添加的核酸序列的改变;去除与所述基因组核酸序列相关的一个或多个内含子;***一个或多个异源内含子;缺失与所述基因组核酸序列相关的一个或多个上游或下游调节区;***一个或多个异源上游或下游调节区;缺失与所述基因组核酸序列相关的5’和/或3’非翻译区;***异源5’和/或3’非翻译区;和聚腺苷酸化位点的修饰。在一些实施例中,所述非基因组核酸分子是合成的核酸序列。
在一些实施例中,编码IPD113多肽的核酸分子是具有核苷酸序列的非基因组多核苷酸,所述核苷酸序列与以下核酸序列具有至少50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131、SEQ IDNO:132、SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134、SEQ ID NO:135、SEQ ID NO:136、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:142、SEQ IDNO:143、SEQ ID NO:144、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:146、SEQ ID NO:147、SEQ ID NO:148、SEQ ID NO:149、SEQ ID NO:150、SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:152、SEQ ID NO:153、SEQ IDNO:154、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:156、SEQ ID NO:157、SEQ ID NO:158、SEQ ID NO:159、SEQ ID NO:160、SEQ ID NO:161、SEQ ID NO:162、SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:164、SEQ IDNO:165、SEQ ID NO:166、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:168、SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:170、SEQ ID NO:171、SEQ ID NO:172、SEQ ID NO:173、SEQ ID NO:174、SEQ ID NO:175、SEQ IDNO:176、SEQ ID NO:177、SEQ ID NO:178、SEQ ID NO:179、SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:181、SEQ ID NO:182、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:184、SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:186、SEQ IDNO:187、SEQ ID NO:188、SEQ ID NO:189、SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:191、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:194、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:196、SEQ ID NO:197、SEQ IDNO:198、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:200、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:202、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:204、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:206、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:208、SEQ IDNO:209、SEQ ID NO:210、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:212、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:214、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:216、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:218、SEQ ID NO:219、SEQ IDNO:220、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:222、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:224、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:226、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:228、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:230、SEQ IDNO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:234、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:236、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:238、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:240、SEQ ID NO:241、SEQ IDNO:242、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:244、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:246、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:250、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:252、SEQ IDNO:282、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:284、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:286、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:288、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:290、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:292、SEQ IDNO:293、SEQ ID NO:294、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:296、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:298、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:300、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:302、SEQ ID NO:303、SEQ IDNO:304、SEQ ID NO:305、SEQ ID NO:306、SEQ ID NO:307、SEQ ID NO:308、SEQ ID NO:309、SEQ ID NO:310、SEQ ID NO:321、SEQ ID NO:322、SEQ ID NO:323、SEQ ID NO:324、SEQ IDNO:325、SEQ ID NO:326、SEQ ID NO:327、SEQ ID NO:328、SEQ ID NO:329、SEQ ID NO:330、SEQ ID NO:335、SEQ ID NO:338、SEQ ID NO:339、SEQ ID NO:341、SEQ ID NO:342、SEQ IDNO:343、SEQ ID NO:344、SEQ ID NO:345、SEQ ID NO:346、SEQ ID NO:347、SEQ ID NO:348、SEQ ID NO:349、SEQ ID NO:350、SEQ ID NO:351、SEQ ID NO:352、SEQ ID NO:353、SEQ IDNO:354、SEQ ID NO:355、SEQ ID NO:357、SEQ ID NO:358、SEQ ID NO:359、SEQ ID NO:360、SEQ ID NO:362、SEQ ID NO:364、SEQ ID NO:366、SEQ ID NO:367、SEQ ID NO:369、SEQ IDNO:370、SEQ ID NO:371、SEQ ID NO:372、SEQ ID NO:377、SEQ ID NO:379、SEQ ID NO:380、SEQ ID NO:382、SEQ ID NO:385、SEQ ID NO:388、SEQ ID NO:389、SEQ ID NO:391、SEQ IDNO:392、SEQ ID NO:393、SEQ ID NO:394、SEQ ID NO:396、SEQ ID NO:397、SEQ ID NO:398、SEQ ID NO:399、SEQ ID NO:400、SEQ ID NO:401、SEQ ID NO:402、SEQ ID NO:403、SEQ IDNO:404、SEQ ID NO:405、SEQ ID NO:406、SEQ ID NO:407、SEQ ID NO:408、SEQ ID NO:409、SEQ ID NO:410、SEQ ID NO:411、SEQ ID NO:413或SEQ ID NO:414,其中编码的IPD113多肽具有杀昆虫活性。
在一些实施例中,所述IPD113多核苷酸编码IPD113多肽,所述IPD113多肽与以下相比,具有至少约40%、45%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大序列同一性:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ IDNO:7、SEQID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494、或SEQ ID NO:495,并且与天然序列相比,具有至少一个氨基酸取代、缺失、***或其组合。
在一些实施例中,所述核酸分子编码包含氨基酸序列的IPD113多肽,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQID NO:77、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:93、SEQID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ IDNO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113或SEQ ID NO:114。
在一些实施例中,所述核酸分子编码包含氨基酸序列的IPD113多肽,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQID NO:96、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:39或SEQ ID NO:40。
在一些实施例中,所述核酸分子编码包含氨基酸序列的IPD113多肽,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90或SEQ ID NO:91。
在一些实施例中,所述核酸分子编码包含氨基酸序列的IPD113多肽,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:24或SEQ IDNO:27。
在一些实施例中,所述核酸分子编码包含氨基酸序列的IPD113多肽,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:21或SEQ ID NO:22。
在一些实施例中,所述核酸分子编码包含氨基酸序列的IPD113多肽,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:38、SEQID NO:77、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111或SEQ ID NO:112。
在一些实施例中,所述核酸分子编码包含氨基酸序列的IPD113多肽,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQID NO:16、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:97、SEQID NO:98、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:113或SEQ ID NO:114。
在一些实施例中,所述核酸分子编码包含氨基酸序列的IPD113多肽,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQID NO:10。
在一些实施例中,所述核酸分子编码包含氨基酸序列的IPD113多肽,所述氨基酸序列与以下氨基酸序列的全长具有至少约80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性:SEQID NO:16。
在一些实施例中,所述核酸分子编码IPD113多肽,所述IPD113多肽包含以下氨基酸序列:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ IDNO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ IDNO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ IDNO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ IDNO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ IDNO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ IDNO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ IDNO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ IDNO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ IDNO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ IDNO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ IDNO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ IDNO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ IDNO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ 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NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQID NO:494或SEQ ID NO:495,与以下的相应位置处的天然氨基酸相比,具有1、2、3、4、5、6、7、8、9、1011、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35个或更多个氨基酸取代、缺失和/或***:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ IDNO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQIDNO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495。
还提供了编码转录和/或翻译产物的核酸分子,所述转录和/或翻译产物随后被剪接以最终产生功能性IPD113多肽。剪接可以在体外或体内完成,并且可以涉及顺式或反式剪接。用于剪接的底物可以是多核苷酸(例如,RNA转录物)或多肽。多核苷酸的顺式剪接的实例是去除***到编码序列中的内含子并剪接两个侧翼外显子区域以产生IPD113多肽编码序列。反式剪接的实例是通过将所述编码序列分离成两个或更多个片段来对多核苷酸进行加密,所述片段可以单独转录并且然后被剪接以形成全长的杀有害生物编码序列。使用可以引入到构建体中的剪接增强子序列可以促进多肽的顺式或反式剪接(美国专利号6,365,377和6,531,316)。因此,在一些实施例中,所述多核苷酸并不直接编码全长IPD113多肽,而是编码IPD113多肽的一个或多个片段。这些多核苷酸可用于通过涉及剪接的机制来表达功能性IPD113多肽,其中剪接可以在多核苷酸(例如内含子/外显子)和/或多肽(例如内含肽/外显肽)的水平上发生。这可以用于,例如,控制杀有害生物活性的表达,因为如果在允许剪接过程以产生功能性产物的环境中表达所有必需的片段,则仅表达功能性杀有害生物多肽。在另一个实例中,将一个或多个***序列引入多核苷酸中可促进与低同源性多核苷酸的重组;使用针对所述***序列的内含子或内含肽便于去除所述间插序列,从而恢复经编码的变体的功能。
作为编码IPD113多肽的这些核酸序列的片段的核酸分子也涵盖在实施例中。如本文使用的“片段”是指编码IPD113多肽的核酸序列的一部分。核酸序列的片段可以编码IPD113多肽的生物活性部分,或者它可以是可以使用下文公开的方法用作杂交探针或PCR引物的片段。作为编码IPD113多肽的核酸序列的片段的核酸分子包含至少约150、180、210、240、270、300、330或360个连续核苷酸或高至存在于编码本文公开的IPD113多肽的全长核酸序列中的核苷酸数目,这取决于预期用途。本文所用的“连续核苷酸”是指彼此紧邻的核苷酸残基。实施例的核酸序列的片段将编码保留IPD113多肽的生物学活性并因此保留杀昆虫活性的蛋白质片段。在本文中使用“保留杀昆虫活性”来指具有全长IPD113多肽的至少约10%、至少约30%、至少约50%、至少约70%、80%、90%、95%或更高的杀昆虫活性的多肽。在一些实施例中,所述杀昆虫活性针对鳞翅目物种。在一些实施例中,杀昆虫活性是针对选自以下的一种或多种昆虫有害生物:大豆夜蛾(SBL)(大豆尺夜蛾)、秋夜蛾(FAW)(草地贪夜蛾)、玉米穗蛾(CEW)(玉米穗虫)、黎豆夜蛾(VBC)(梨豆夜蛾)和欧洲玉米螟(ECB)(玉米螟)。
在一些实施例中,所述IPD113多肽是由核酸序列编码的,所述核酸序列与以下核酸序列充分同源:SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ IDNO:131、SEQ ID NO:132、SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134、SEQ ID NO:135、SEQ ID NO:136、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ ID NO:141、SEQ IDNO:142、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:146、SEQ ID NO:147、SEQ ID NO:148、SEQ ID NO:149、SEQ ID NO:150、SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:152、SEQ IDNO:153、SEQ ID NO:154、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:156、SEQ ID NO:157、SEQ ID NO:158、SEQ ID NO:159、SEQ ID NO:160、SEQ ID NO:161、SEQ ID NO:162、SEQ ID NO:163、SEQ IDNO:164、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:166、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:168、SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:170、SEQ ID NO:171、SEQ ID NO:172、SEQ ID NO:173、SEQ ID NO:174、SEQ IDNO:175、SEQ ID NO:176、SEQ ID NO:177、SEQ ID NO:178、SEQ ID NO:179、SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:181、SEQ ID NO:182、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:184、SEQ ID NO:185、SEQ IDNO:186、SEQ ID NO:187、SEQ ID NO:188、SEQ ID NO:189、SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:191、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:194、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:196、SEQ IDNO:197、SEQ ID NO:198、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:200、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:202、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:204、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:206、SEQ ID NO:207、SEQ IDNO:208、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:210、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:212、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:214、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:216、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:218、SEQ IDNO:219、SEQ ID NO:220、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:222、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:224、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:226、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:228、SEQ ID NO:229、SEQ IDNO:230、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:234、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:236、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:238、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:240、SEQ IDNO:241、SEQ ID NO:242、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:244、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:246、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:250、SEQ ID NO:251、SEQ IDNO:252、SEQ ID NO:282、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:284、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:286、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:288、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:290、SEQ ID NO:291、SEQ IDNO:292、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:294、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:296、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:298、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:300、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:302、SEQ IDNO:303、SEQ ID NO:304、SEQ ID NO:305、SEQ ID NO:306、SEQ ID NO:307、SEQ ID NO:308、SEQ ID NO:309、SEQ ID NO:310、SEQ ID NO:321、SEQ ID NO:322、SEQ ID NO:323、SEQ IDNO:324、SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326、SEQ ID NO:327、SEQ ID NO:328、SEQ ID NO:329、SEQ ID NO:330、SEQ ID NO:335、SEQ ID NO:338、SEQ ID NO:339、SEQ ID NO:341、SEQ IDNO:342、SEQ ID NO:343、SEQ ID NO:344、SEQ ID NO:345、SEQ ID NO:346、SEQ ID NO:347、SEQ ID NO:348、SEQ ID NO:349、SEQ ID NO:350、SEQ ID NO:351、SEQ ID NO:352、SEQ IDNO:353、SEQ ID NO:354、SEQ ID NO:355、SEQ ID NO:357、SEQ ID NO:358、SEQ ID NO:359、SEQ ID NO:360、SEQ ID NO:362、SEQ ID NO:364、SEQ ID NO:366、SEQ ID NO:367、SEQ IDNO:369、SEQ ID NO:370、SEQ ID NO:371、SEQ ID NO:372、SEQ ID NO:377、SEQ ID NO:379、SEQ ID NO:380、SEQ ID NO:382、SEQ ID NO:385、SEQ ID NO:388、SEQ ID NO:389、SEQ IDNO:391、SEQ ID NO:392、SEQ ID NO:393、SEQ ID NO:394、SEQ ID NO:396、SEQ ID NO:397、SEQ ID NO:398、SEQ ID NO:399、SEQ ID NO:400、SEQ ID NO:401、SEQ ID NO:402、SEQ IDNO:403、SEQ ID NO:404、SEQ ID NO:405、SEQ ID NO:406、SEQ ID NO:407、SEQ ID NO:408、SEQ ID NO:409、SEQ ID NO:410、SEQ ID NO:411、SEQ ID NO:413或SEQ ID NO:414。本文所用的“充分同源”是指,使用标准参数、使用本文所述的比对程序之一,与参比序列相比,具有至少约50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大序列同源性的氨基酸或核酸序列。本领域技术人员将认识到,可以通过考虑简并性、氨基酸相似性、阅读框定位等来适当地调整这些值以确定由两个核酸序列编码的蛋白质的相应同源性。在一些实施例中,所述序列同源性针对编码IPD113多肽的多核苷酸的全长序列或针对IPD113多肽的全长序列。
在一些实施例中,所述核酸编码IPD113多肽,所述IPD113多肽与以下相比具有至少约50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大序列同一性:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ IDNO:5、SEQ ID NO:6、SEQ IDNO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ IDNO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ IDNO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ IDNO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ IDNO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ IDNO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ IDNO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ IDNO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ IDNO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ IDNO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ IDNO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ IDNO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ IDNO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ IDNO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ IDNO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ IDNO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495。在一些实施例中,使用ClustalW算法在Vector程序套件(英杰公司,卡尔斯巴德市,加利福尼亚州)的/>模块中在所有默认参数下计算所述序列同一性。在一些实施例中,使用ClustalW算法在VectorNTI程序套件(英杰公司,卡尔斯巴德市,加利福尼亚州)的ALIGNX模块中在所有默认参数下计算跨全长多肽的序列同一性。
为了确定两种或更多种氨基酸序列或者两种或更多种核酸序列的同一性百分比,出于最佳比较目的,将序列进行比对。两个核酸的百分比同一性是这些序列共有相同位置的数目的函数(即,百分比同一性=相同位置的数目/位置总数(例如,重叠位置)×100)。在一个实施例中,两个序列具有相同的长度。在另一个实施例中,比较是在整个参比序列中进行(例如,在整个SEQ ID NO:16中)。可使用类似于下面所述的那些技术的技术,在容许或不容许缺口的情况下确定两个序列之间的百分比同一性。在计算百分比同一性中,典型地计数确切的匹配。
用于比较序列的数学算法的另一个非限制性实例是如下文献中所述算法:Needleman和Wunsch,(1970)J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]48(3):443-453,使用GAP版本10软件来确定序列同一性或相似性,使用以下默认参数:对于核酸序列的同一性%和相似性%,使用GAP权重为50和长度权重为3,以及nwsgapdna.cmpii评分矩阵;对于氨基酸序列的同一性%或相似性%,使用GAP权重为8和长度权重为2,以及BLOSUM62评分程序。也可采用等效程序。本文所使用的“等效程序”是指任何序列比较程序,所述程序对于任何两个所讨论的序列产生一个比对,当与GAP版本10所产生的对应的比对相比较时,所述比对具有相同的核苷酸残基配对以及相同的序列同一性百分比。
在一些实施例中,所述IPD113多核苷酸编码包含氨基酸序列的IPD113多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:16的氨基酸序列的全长具有至少约80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大同一性。
在一些实施例中,提供了编码嵌合多肽的多核苷酸,所述嵌合多肽包含本公开的至少两种不同IPD113多肽的区域。
在一些实施例中,提供了编码嵌合多肽的多核苷酸,所述嵌合多肽包含选自以下的至少两种不同IPD113多肽的区域:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ IDNO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ IDNO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ IDNO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ IDNO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ IDNO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ IDNO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ IDNO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ IDNO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ IDNO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ IDNO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ IDNO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ IDNO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495。
在一些实施例中,提供了编码嵌合多肽的多核苷酸,所述嵌合多肽包含与本公开的第二IPD113多肽的C-末端区域可操作地融合的本公开的第一IPD113多肽的N-末端区域。
在一些实施例中,提供了编码嵌合多肽的多核苷酸,所述嵌合多肽包含与第二IPD113多肽的C-末端区域可操作地融合的第一IPD113多肽的N-末端区域,其中所述IPD113多肽选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ IDNO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ IDNO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ IDNO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ IDNO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ IDNO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ IDNO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ IDNO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ IDNO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ IDNO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ IDNO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ IDNO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ IDNO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ IDNO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ IDNO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ IDNO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQID NO:494或SEQ ID NO:495。
在一些实施例中,IPD113多核苷酸编码IPD113多肽,所述IPD113多肽包含以下氨基酸序列:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ IDNO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ IDNO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ IDNO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ IDNO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ IDNO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ IDNO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ IDNO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ IDNO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ IDNO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ IDNO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ IDNO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ IDNO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ IDNO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ IDNO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ IDNO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQID NO:494或SEQ ID NO:495。
实施例还涵盖编码IPD113多肽变体的核酸分子。编码IPD113多肽的核酸序列的“变体”包括编码本文公开的IPD113多肽但是由于遗传密码的简并性而存在保守差异的那些序列以及如上所述的充分同一的那些序列。可以通过使用分子生物学技术鉴定天然存在的等位基因变体,如聚合酶链式反应(PCR)和如下文概述的杂交技术。变体核酸序列还包括经合成衍生的核酸序列,所述核酸序列已经例如通过使用定点诱变而产生,但是仍然编码所公开的如下所讨论的IPD113多肽。
本公开提供编码本文公开的IPD113多肽中的任何一个的经分离或重组的多核苷酸。本领域普通技术人员将容易理解,由于遗传密码的简并性,存在许多编码本公开的IPD113多肽的核苷酸序列。
技术人员将进一步了解,可以通过核酸序列的突变引入变化,从而导致编码的IPD113多肽的氨基酸序列的变化,而不改变蛋白质的生物活性。因此,变体核酸分子可以通过以下方式产生:将一个或多个核苷酸取代、添加和/或缺失引入本文公开的相应的核酸序列中,这样使得将一个或多个氨基酸取代、添加或缺失引入所编码的蛋白质中。通过标准技术可以引入突变,如定向诱变和PCR介导的诱变。此类变体核酸序列也被本公开所涵盖。
可替代地,可以通过沿编码序列的全部或部分随机引入突变(如通过饱和诱变)来制备变体核酸序列,并且可以筛选所得突变体赋予杀有害生物活性以鉴定保留活性的突变体的能力。在诱变之后,所编码的蛋白质可以进行重组表达,并且所述蛋白质的活性可以使用标准的测定技术来确定。
本公开的多核苷酸及其片段任选用作各种重组和递归(recursive)重组反应的底物,除了例如Ausubel、Berger和Sambrook所述的标准克隆方法之外,即,以产生具有所需特性的另外的杀有害生物多肽同源物及其片段。用于生产本文列出的任何核酸的变体的方法(这些方法包括将此类多核苷酸与第二(或更多)多核苷酸递归重组,从而形成变体多核苷酸文库)也是本公开的实施例,所产生的文库、包含所述文库的细胞和通过此类方法产生的任何重组多核苷酸也是如此。另外,此类方法任选地包括基于杀有害生物活性从此类文库中选择变体多核苷酸,正如其中此类递归重组在体外或体内进行。
多种多样性产生方案(包括核酸递归重组方案)可以单独和/或组合使用以产生核酸或核酸集合的一种或多种变体,以及所编码蛋白质的变体。单独地或整体地,这些程序提供了产生多样化核酸和核酸集合(包括例如核酸文库)的稳健且广泛适用的方式,所述方式可用于,例如,具有新的和/或改善的特征的核酸、蛋白质、途径、细胞和/或生物体的工程化或快速进化。
虽然在随后的讨论过程中作出明确的区分和分类,但是应当理解,这些技术通常不是相互排斥的。实际上,各种方法可以单独使用或组合、平行或串联使用,以便取得不同的序列变体。
本文所述的任何多样性产生程序的结果可以是一种或多种核酸的产生,其可以选择或筛选具有或赋予所需特性的核酸或编码具有或者赋予所需特性的蛋白质的核酸。通过本文的或技术人员以其他方式可用的一种或多种方法进行多样化之后,可以针对所需的活性或特性(例如,杀有害生物活性)或在所需的pH下的这种活性等选择所产生的任何核酸。这可以包括通过本领域任何测定来鉴定可以例如以自动化或可自动化形式检测的任何活性,参见例如以下的杀昆虫活性筛选的讨论。各种相关(或甚至不相关)的特性可以由执业者酌情串联或平行评估。
用于产生经修饰的核酸序列(例如编码具有杀有害生物活性的多肽或其片段的那些)的各种多样性产生程序的描述可以在以下出版物和其中引用的参考文献中找到:Soong等人,(2000)Nat Genet[自然遗传学]25(4):436-439;Stemmer等人,(1999)TumorTargeting[肿瘤靶向]4:1-4;Ness等人,(1999)Nat Biotechnol[自然生物技术]17:893-896;Chang等人,(1999)Nat Biotechnol[自然生物技术]17:793-797;Minshull和Stemmer,(1999)Curr Opin Chem Biol[生物化学当代观点]3:284-290;Christians等人,(1999)NatBiotechnol[自然生物技术]17:259-264;Crameri等人,(1998)Nature[自然]391:288-291;Crameri等人,(1997)NatBiotechnol[自然生物技术]15:436-438;Zhang等人,(1997)PNAS USA[美国科学院院报]94:4504-4509;Patten等人,(1997)Curr Opin Biotechnol[生物技术当代观点]8:724-733;Crameri等人,(1996)NatMed[自然医学]2:100-103;Crameri等人,(1996)Nat Biotechnol[自然生物技术]14:315-319;Gates等人,(1996)JMol Biol[分子生物学杂志]255:373-386;Stemmer,(1996)“Sexual PCR and Assembly PCR[有性PCR和组装PCR]”在:The Encyclopedia of Molecular Biology.[分子生物学百科全书]VCH出版商,纽约,第447-457页;Crameri和Stemmer,(1995)BioTechniques[生物技术]18:194-195;Stemmer等人,(1995)Gene[基因],164:49-53;Stemmer,(1995)Science[科学]270:1510;Stemmer,(1995)Bio/Technology[生物/技术]13:549-553;Stemmer,(1994)Nature[自然]370:389-391和Stemmer,(1994)PNAS USA[美国科学院院报]91:10747-10751。
产生多样性的突变方法包括例如定向诱变(Ling等人,(1997)Anal Biochem[分析生物化学]254(2):157-178;Dale等人,(1996)Methods Mol Biol[分子生物学方法]57:369-374;Smith,(1985)Ann Rev Genet[遗传学年评]19:423-462;Botstein和Shortle,(1985)Science[科学]229:1193-1201;Carter,(1986)Biochem J[生物化学杂志]237:1-7和Kunkel,(1987)“The efficiency of oligonucleotide directed mutagenesis[寡核苷酸定向诱变的效率]”,在:NucleicAcids&MolecularBiology[核酸与分子生物学](Eckstein和Lilley编辑,Springer Verlag[施普林格出版公司],柏林));使用含尿嘧啶的模板的诱变(Kunkel,(1985)PNAS USA[美国科学院院报]82:488-492;Kunkel等人,(1987)Methods Enzymol[酶学方法]154:367-382以及Bass等人,(1988)Science[科学]242:240-245);寡核苷酸定向诱变(Zoller和Smith,(1983)MethodsEnzymol[酶学方法]100:468-500;Zoller和Smith,(1987)Methods Enzymol[酶学方法]154:329-350(1987);Zoller和Smith,(1982)NucleicAcids Res[核酸研究]10:6487-6500);经硫代磷酸修饰的DNA诱变(Taylor等人,(1985)Nucl Acids Res[核酸研究]13:8749-8764;Taylor等人,(1985)NuclAcids Res[核酸研究]13:8765-8787(1985);Nakamaye和Eckstein,(1986)NuclAcidsRes[核酸研究]14:9679-9698;Sayers等人,(1988)NuclAcids Res[核酸研究]16:791-802以及Sayers等人,(1988)Nucl Acids Res[核酸研究]16:803-814);使用有缺口的双链体DNA的诱变(Kramer等人,(1984)NuclAcidsRes[核酸研究]12:9441-9456;Kramer和Fritz,(1987)Methods Enzymol[酶学方法]154:350-367;Kramer等人,(1988)NuclAcidsRes[核酸研究]16:7207以及Fritz等人,(1988)NuclAcidsRes[核酸研究]16:6987-6999)。
其他合适的方法包括点错配修复(Kramer等人,(1984)Cell[细胞]38:879-887)、使用有修复缺陷的宿主菌株的诱变(Carter等人,(1985)NuclAcidsRes[核酸研究]13:4431-4443以及Carter,(1987)Methods in Enzymol[酶学方法]154:382-403)、缺失诱变(Eghtedarzadeh和Henikoff,(1986)NuclAcidsRes[核酸研究]14:5115)、限制性-选择和限制性-纯化(Wells等人,(1986)Phil TransR SocLondA[伦敦皇家学会哲学会刊系列A]317:415-423)、通过全基因合成的诱变(Nambiar等人,(1984)Science[科学]223:1299-1301;Sakamar和Khorana,(1988)NuclAcids Res[核酸研究]14:6361-6372;Wells等人,(1985)Gene[基因]34:315-323以及等人,(1985)NuclAcidsRes[核酸研究]13:3305-3316)、双链断裂修复(Mandecki,(1986)PNAS USA[美国科学院院报],83:7177-7181以及Arnold,(1993)Curr Opin Biotech[生物技术当代观点]4:450-455)。许多上述方法的另外的细节可以在Methods Enzymol[酶学方法]第154卷中找到,其还描述了用各种诱变方法进行故障问题解决的有用对照。
关于各种多样性产生方法的另外的细节可以在以下美国专利、PCT公开物和申请和EPO公开物中找到:美国专利号5,723,323、美国专利号5,763,192、美国专利号5,814,476、美国专利号5,817,483、美国专利号5,824,514、美国专利号5,976,862、美国专利号5,605,793、美国专利号5,811,238、美国专利号5,830,721、美国专利号5,834,252、美国专利号5,837,458、WO 1995/22625、WO 1996/33207、WO1997/20078、WO 1997/35966、WO 1999/41402、WO 1999/41383、WO1999/41369、WO 1999/41368、EP 752008、EP 0932670、WO1999/23107、WO 1999/21979、WO 1998/31837、WO 1998/27230、WO1998/27230、WO 2000/00632、WO2000/09679、WO 1998/42832、WO1999/29902、WO 1998/41653、WO 1998/41622、WO 1998/42727、WO2000/18906、WO 2000/04190、WO 2000/42561、WO 2000/42559、WO2000/42560、WO2001/23401、和PCT/US 01/06775。
实施例的核苷酸序列还可以用于从蕨类植物(包括但不限于石松属(Lycopodium)物种、石杉属(Huperzia)物种和马尾杉属(Phlegmariurus)物种)中分离相应的序列。以这种方式,可以使用如PCR、杂交等方法来鉴定此类序列(基于其与本文所示序列的序列同源性)。实施例涵盖基于与本文所示全部序列或其片段的序列同一性选择的序列。此类序列包括作为公开序列的直向同源物的序列。术语“直向同源物”是指源自共同祖先基因并且由于物种形成而在不同物种中发现的基因。当其核苷酸序列和/或其编码的蛋白序列共有如本文其他地方所定义的基本同一性时,在不同物种中发现的基因被认为是直向同源物。直向同源物的功能通常在物种间是高度保守的。
在PCR方法中,可以设计寡核苷酸引物用于PCR反应,以从由任何目的生物体提取的cDNA或基因组DNA扩增相应的DNA序列。用于设计PCR引物以及PCR克隆的方法是本领域通常已知的并且公开于Sambrook等人,(1989)Molecular Cloning:A Laboratory Manual[分子克隆:实验室手册](第2版,Cold Spring Harbor Laboratory Press[冷泉港实验室出版社],Plainview[普莱恩维尤],纽约),以下为“Sambrook”中。还参见,Innis等人编辑,(1990)PCR Protocols:AGuide to Methods and Applications[PCR方案:方法和应用指南](Academic Press[学术出版社],纽约);Innis和Gelfand编辑,(1995)PCR Strategies[PCR策略](Academic Press[学术出版社],纽约);和Innis和Gelfand编辑,(1999)PCRMethods Manual[PCR方法手册](Academic Press[学术出版社],纽约)。已知的PCR方法包括但不限于:使用成对引物、巢式引物、单特异性引物、简并引物、基因特异性引物、载体特异性引物、部分错配引物等的方法。
为了从蕨类或其他原始植物中鉴定潜在的IPD113多肽,可以使用蛋白质印迹法和/或ELISA方法,用针对IPD113多肽产生的抗体和/或IPD113多肽筛选该蕨类或其他原始植物细胞裂解物。这种类型的测定能以高通量方式进行。可以通过各种技术(如基于抗体的蛋白质纯化和鉴定)进一步分析阳性样品。
可替代地,使用多种方案,例如使用基于LC-MS/MS的蛋白质鉴定方法将给定细胞裂解物或所需分子量富集样品(从IPD113多肽的相关分子量带的SDS-PAGE凝胶切除)的MS数据与以下的序列信息结合,基于质谱的蛋白质鉴定方法可以用来鉴定IPD113多肽的同源物,所述序列信息为:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ IDNO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ IDNO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ IDNO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ IDNO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ IDNO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ IDNO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ IDNO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ IDNO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ IDNO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ IDNO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ IDNO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ IDNO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ IDNO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ IDNO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495、及其同源物。肽序列中的任何匹配表明在样品中具有同源蛋白的可能性。可以使用另外技术(蛋白质纯化和分子生物学)来分离蛋白质并鉴定同源物的序列。
在杂交方法中,全部或部分杀有害生物核酸序列可用于筛选cDNA或基因组文库。所谓的杂交探针可以是基因组DNA片段、cDNA片段、RNA片段或其他寡核苷酸,并且可以用一个可检测基团(如32P或任何其他可检测的标记,如其他放射性同位素、荧光化合物、酶或酶辅因子)进行标记。用于杂交的探针可以通过标记基于本文公开的编码已知的IPD113多肽的核酸序列的合成的寡核苷酸来制备。可以另外使用简并引物,所述简并引物是基于在所述核酸序列或所编码的氨基酸序列中的保守性核苷酸或氨基酸残基而设计的。所述探针典型地包含以下核酸序列的区域,所述核酸序列区域在严格条件下与编码本公开的IPD113多肽的核酸序列或其片段或变体的至少约12个、至少约25个、至少约50、75、100、125、150、175或200个连续核酸进行杂交。
例如,编码本文公开的IPD113多肽的完整核酸序列或者其一个或多个部分可以用作能够与编码IPD113多肽样序列和信使RNA的相应核酸序列特异性杂交的探针。为了实现在不同的条件下的特异性杂交,此类探针包括以下序列,所述序列是独特的并且长度优选为至少约10个核苷酸、或长度为至少约20个核苷酸。此类探针可以用于通过PCR对来自所选生物体的相应杀有害生物序列进行扩增。可以使用这种技术从所需的生物体中分离另外的编码序列,或作为用于确定生物体中存在编码序列的诊断测定。杂交技术包括铺板的DNA文库的杂交筛选(斑块或集落;参见,例如,Sambrook等人,(1989)Molecular Cloning:ALaboratory Manual[分子克隆:实验室手册](第2版,Cold Spring Harbor LaboratoryPress[冷泉港实验室出版社]),Cold Spring Harbor[冷泉港],N.Y.[纽约])。
此类序列的杂交可以在严格条件下进行。本文所用的“严格条件”或“严格杂交条件”是指探针与其靶序列杂交的程度将比它与其他序列杂交的程度可检测地更高(例如,比背景高至少2倍)的条件。严格条件是序列依赖性的,并且在不同情况下将有所不同。通过控制杂交和/或洗涤条件的严格性,可以鉴定与所述探针100%互补的靶序列(同源探测)。可替代地,可以调节严格条件以允许序列中的一些错配,以便检测到更低程度的相似性(异源探测)。通常,探针的长度为小于约1000个核苷酸,优选地长度小于500个核苷酸。
组合物
还包括包含至少一种本公开的IPD113多肽或IPD113嵌合多肽的组合物。
抗体
还涵盖了针对实施例的IPD113多肽或其变体或片段的抗体。本公开的抗体包括保留其结合昆虫肠道中发现的IPD113多肽的能力的多克隆和单克隆抗体及其片段。据信抗体、单克隆抗体或其片段能够与分子结合,前提是所述抗体、单克隆抗体或其片段能够与所述分子特异性反应,从而将所述分子与抗体、单克隆抗体或其片段结合。术语“抗体”(Ab)或“单克隆抗体”(Mab)意在包括能够结合半抗原的完整分子及其片段或结合区域或结构域(例如,像Fab和F(ab).sub.2片段)。此类片段典型地通过蛋白水解切割(如木瓜蛋白酶或胃蛋白酶)产生。可替代地,可以通过应用重组DNA技术或通过合成化学来产生半抗原结合片段。
提供了用于检测样品中IPD113多肽的存在或检测编码IPD113多肽的核苷酸序列的存在的试剂盒。在一个实施例中,试剂盒提供了用于检测组织样品中IPD113多肽的存在的基于抗体的试剂。在另一个实施例中,试剂盒提供了用于检测编码IPD113多肽的一种或多种多核苷酸的存在的经标记的核酸探针。将所述试剂盒与用于进行检测方法的适当的试剂和对照物,以及试剂盒的使用说明书一起提供。
受体鉴定和分离
还涵盖了针对实施例的IPD113多肽或针对其变体或片段的受体。可以使用鉴定受体的方法,使用来自易感昆虫的刷状缘膜囊泡来鉴定和分离识别IPD113多肽的受体。除了引用文献中列出的放射性标记方法之外,可以将IPD113多肽用荧光染料和其他常见标记如链霉亲和素进行标记。可以根据参考文献中列出的方案制备易感昆虫(如大豆夜蛾和椿象)的刷状缘膜囊泡(BBMV),并在SDS-PAGE凝胶上分离,并在合适的膜上印迹。标记的IPD113多肽可以与BBMV的印迹膜一起孵育,并标记的IPD113多肽可以用标记的报道基因鉴定。与IPD113多肽相互作用的一个或多个蛋白带的鉴定可以通过基于N-末端氨基酸气相测序或基于质谱的蛋白鉴定方法进行检测(Patterson,(1998)10.22,1-24,由约翰威利父子出版公司(John Wiley&Son Inc)出版的Current Protocol in Molecular Biology[当前分子生物学方案])。一旦鉴定出蛋白质,可以从易感昆虫的基因组DNA或cDNA文库中克隆相应的基因,并且可以直接用IPD113多肽测量结合亲和力。通过IPD113多肽的杀昆虫活性的受体功能可以通过RNAi型的基因敲除法完成验证(Rajagopal等人,(2002)J.Biol.Chem.[生物化学杂志]277:46849-46851)。
核苷酸构建体、表达盒和载体
本文使用术语“核苷酸构建体”并不旨在将实施例限制为包含DNA的核苷酸构建体。本领域普通技术人员将认识到,核苷酸构建体,特别是由核糖核苷酸构成的多核苷酸和寡核苷酸以及核糖核苷酸和脱氧核糖核苷酸的组合也可用于本文公开的方法中。实施例的核苷酸构建体、核酸和核苷酸序列另外涵盖这种构建体、分子和序列的所有互补形式。此外,实施例的核苷酸构建体、核苷酸分子和核苷酸序列涵盖能用于实施例的转化植物方法的所有核苷酸构建体、分子和序列,包括但不限于由脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸及其组合所构成的那些。这种脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸既包括天然存在的分子也包括合成的类似物。实施例的核苷酸构建体、核酸和核苷酸序列还涵盖核苷酸构建体的所有形式,所述形式包括但不限于单链形式、双链形式、发夹、茎环结构等。
另外的实施例涉及经转化的生物体,如选自以下的生物体:植物和昆虫细胞、细菌、酵母、杆状病毒、原生动物、线虫和藻的生物体。经转化的生物体包含:实施例的DNA分子、含有DNA分子的表达盒或含有表达盒的载体,它可以稳定地并入经转化的生物体的基因组。
在DNA构建体中提供实施例的序列,用于在目的生物体中表达。所述构建体将包括可操作地连接到实施例的序列的5'和3'的调节序列。如本文使用的,术语“可操作地连接”是指启动子和第二序列之间的功能性连接,其中启动子序列启动并介导相应于第二序列的DNA序列的转录。通常,可操作地连接意味着所连接的核酸序列是连续的,并且在必要时在相同阅读框中连接两个蛋白质编码区域。所述构建体可以另外含有待共转化进生物体的至少一个另外的基因。可替代地,可以在多个DNA构建体上提供一个或多个另外的基因。
提供的这种DNA构建体具有用于***本公开的IPD113多肽基因序列的多个限制性位点,该多肽基因序列将位于调节性区域的转录调节之下。DNA构建体可以另外包含选择性标记基因。
按5'到3'的转录方向,DNA构建体将通常包括:转录和翻译起始区域(即,启动子)、实施例的DNA序列以及在用作宿主的生物体内具有功能的转录和翻译终止区域(即,终止区)。针对实施例的宿主生物体和/或序列,转录起始区(即,启动子)可以是天然的、类似的、外源的或异源的。此外,所述启动子可以是天然序列,或可替代地,是合成序列。如本文使用的,术语“外源”表示在引入启动子的天然生物体中没有发现启动子。在启动子对于实施例的序列而言是“外源的”或“异源的”情况下,它是指所述启动子对于实施例的可操作地连接的序列而言不是天然的或天然存在的启动子。如本文使用的,嵌合基因包含与转录起始区可操作地连接的编码序列,所述转录起始区对于所述编码序列是异源的。当所述启动子是天然(native或natural)序列时,可操作地连接的序列的表达从野生型表达变化,这导致表型的改变。
在一些实施例中,所述DNA构建体包含编码实施例的IPD113多肽的多核苷酸。
在一些实施例中,所述DNA构建体包含编码实施例的嵌合IPD113多肽的多核苷酸。
在一些实施例中,所述DNA构建体包含多核苷酸,所述多核苷酸编码含有实施例的IPD113多肽的融合蛋白。
在一些实施例中,所述DNA构建体包含多核苷酸,所述多核苷酸含有编码本公开的第一IPD113多肽的N-末端区域的第一编码序列和编码本公开的第二IPD113多肽的C-末端区域的第二编码序列。
在一些实施例中,DNA构建体还可以包括转录增强子序列。如本文使用的,术语“增强子”是指可以刺激启动子活性的DNA序列,并且可以是***以增强启动子的水平或组织特异性的启动子的先天元件或异源元件。也可以使用各种增强子,其例如包括在植物中具有基因表达增强特性的内含子(美国专利申请公开号2009/0144863)、泛素内含子(即,玉米泛素内含子1(参见,例如,NCBI序列S94464))、ω增强子或ω主要增强子(Gallie等人,(1989)MolecularBiology ofRNA[RNA的分子生物学],编辑:Cech(Liss公司,纽约)237-256和Gallie等人,(1987)Gene[基因]60:217-25)、CaMV 35S增强子(参见,例如,Benfey等人,(1990)EMBO J.[欧洲分子生物学学会杂志]9:1685-96)和美国专利号7,803,992的增强子,其中每一个通过引用并入。以上转录增强子的列表并不意指是限制性的。任何适当转录增强子都可用于实施例中。
终止区对于转录起始区可以是天然的,对于可操作地连接的目的DNA序列可以是天然的,对于植物宿主可以是天然的,或者可以源自另一种来源(即,对于启动子、目的序列、植物宿主、或其任何组合而言是外源的或异源的)。
方便的终止区可获自根癌农杆菌(A.tumefaciens)的Ti质粒,如章鱼碱合酶和胭脂碱合酶终止区。还参见Guerineau等人(1991)Mol.Gen.Genet.[分子遗传学和普通遗传学]262:141-144;Proudfoot,(1991)Cell[细胞]64:671-674;Sanfacon等人,(1991)GenesDev.[基因与发育]5:141-149;Mogen等人,(1990)Plant Cell[植物细胞]2:1261-1272;Munroe等人,(1990)Gene[基因]91:151-158;Ballas等人,(1989)Nucleic AcidsRes.[核酸研究]17:7891-7903以及Joshi等人,(1987)NucleicAcidRes.[核酸研究]15:9627-9639。
适当时可以优化核酸以增加在宿主生物体中的表达。因此,在宿主生物体是植物的情况下,合成核酸可以使用植物偏好性密码子来合成以改善表达。有关宿主偏好性使用的讨论,参见,例如Campbell和Gowri,(1990)PlantPhysiol.[植物生理学]92:1-11。例如,虽然实施例的核酸序列在单子叶和双子叶植物物种中均可以表达,但是可以修饰序列,以考虑单子叶或双子叶植物的特定偏好和GC含量偏好,因为这些偏好已经表现出了差异(Murray等人(1989)NucleicAcidsRes.[核酸研究]17:477-498)。因而,特定氨基酸的玉米偏好性密码子可以源自玉米的已知基因序列。来自玉米植物的28种基因的玉米使用在Murray等人(同上)的表4中列出。本领域中可获得用于合成植物偏好性基因的方法。参见,例如,Murray等人,(1989)NucleicAcids Res.[核酸研究]17:477-498,和Liu H等人MolBioRep[分子生物学报告]37:677-684,2010,其通过引用并入本文。玉米(Zea maize)使用表也可以在kazusa.or.jp//cgi-bin/show.cgi?species=4577上找到,所述网址可以使用www前缀进行访问。
大豆使用表可以在kazusa.or.jp//cgi-bin/show.cgi?species=3847&aa=1&style=N上找到,所述网址可以使用www前缀进行访问。
在一些实施例中,编码IPD113多肽的重组核酸分子具有玉米优化的密码子。
额外的序列修饰可以增强细胞宿主中的基因表达。这些包括消除以下序列:编码假聚腺苷酸化信号的序列、编码外显子-内含子剪接位点信号的序列、编码转座子样重复序列的序列和得到充分表征的、可能不利于基因表达的其他序列。可以将序列的GC含量调整至给定细胞宿主的平均水平,如通过参考在所述宿主细胞中表达的已知基因而计算的。如本文使用的,术语“宿主细胞”是指包含载体并支持表达载体的复制和/或表达的细胞。宿主细胞可以是原核细胞如大肠杆菌,或真核细胞如酵母、昆虫、两栖类或哺乳动物细胞、或单子叶或双子叶植物细胞。单子叶宿主细胞的实例是玉米宿主细胞。当可能时,修饰序列以避免出现可预见的发夹二级mRNA结构。
表达盒可以另外包含5'前导序列。此类前导序列可以起到增强翻译的作用。翻译前导序列包括;小核糖核酸病毒前导序列,例如EMCV前导序列(脑心肌炎5'非编码区)(Elroy-Stein等人,(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报],86:6126-6130);马铃薯Y病毒属前导序列,例如,TEV前导序列(烟草蚀纹病毒)(Gallie等人,(1995)Gene[基因]165(2):233-238)、MDMV前导序列(玉米矮花叶病毒)、人免疫球蛋白重链结合蛋白(BiP)(Macejak等人,(1991)Nature[自然]353:90-94);来自苜蓿花叶病毒的外壳蛋白mRNA的非翻译前导序列(AMV RNA 4)(Jobling等人,(1987)Nature[自然]325:622-625);烟草花叶病毒前导序列(TMV)(Gallie等人,(1989)MolecularBiology ofRNA[RNA的分子生物学],Cech编著(利斯公司,纽约),第237-256页)和玉米褪绿斑驳病毒(maize chlorotic mottle)前导序列(MCMV)(Lommel,等人,(1991)Virology[病毒学]81:382-385)。还参见,Della-Cioppa等人,(1987)Plant Physiol.[植物生理学]84:965-968。此类构建体还可以包含“信号序列”或“前导序列”,以促进所述肽的共翻译成或翻译后运输至某些细胞内结构,如叶绿体(或其他质体)、内质网或高尔基体。
如本文使用的,“信号序列”是指已知或怀疑导致跨细胞膜的共翻译或翻译后肽运输的序列。在真核生物中,这典型地涉及分泌到高尔基体内,伴随某些产生的糖基化。通常将细菌的杀昆虫毒素合成为原毒素,所述原毒素在所述靶标有害生物的肠中被蛋白水解激活(Chang,(1987)MethodsEnzymol.[酶学方法]153:507-516)。在一些实施例中,该信号序列位于该天然的序列中,或可以源自实施例的序列。如本文使用的,术语“前导序列”是指当翻译时产生足以引发肽链与亚细胞器的共翻译转运的氨基酸序列的任何序列。因此,这包括通过进入内质网内、进入液泡、质体(包括叶绿体、线粒体)等中来对运输和/或糖基化进行靶向的前导序列。靶向叶绿体类囊体腔室的核编码蛋白具有由基质靶向信号肽和腔靶向信号肽组成的特征二分型转运肽。基质靶向信息位于转运肽的氨基-近端部分。腔靶向信号肽位于转运肽的羧基近端部分,并且包含用于靶向腔的所有信息。高等植物叶绿体蛋白质组学的最新研究已在鉴定许多核编码的腔蛋白质中取得了进展(Kieselbach等人FEBSLETT[欧洲生化学会联盟通讯]480:271-276,2000;Peltier等人.Plant Cell[植物细胞]12:319-341,2000;Bricker等人.Biochim.BiophysActa[生物化学与生物物理学学报]1503:350-356,2001),根据本公开可能使用所述核编码的腔蛋白质的腔靶向信号肽。Kieselbach等人,PhotosynthesisResearch[光合作用研究]78:249-264,2003报道了来自拟南芥属(Arabidopsis)约80种蛋白质以及来自菠菜和豌豆的同源蛋白。该出版物的表2(其通过引用并入本说明书中)公开了通过其登录号鉴定的来自叶绿体腔的85种蛋白质(还参见美国专利申请公开2009/09044298)。另外,最近公开的水稻基因组草拟版本(Goff等人,Science[科学]296:92-100,2002)是可以根据本公开使用的用于腔靶向信号肽的合适来源。
合适的叶绿体转运肽(CTP)包含嵌合CT,这些嵌合CT包括但不限于:来自以下的CTP的N-末端结构域、中心结构域或C-末端结构域:水稻(Oryza sativa)1-脱氧-D木酮糖-5-磷酸合酶、水稻-超氧化物歧化酶、水稻-可溶性淀粉合酶、水稻-NADP-依赖性苹果酸酶、水稻-磷酸2-脱氢-3-脱氧庚酸醛缩酶2、水稻-L-抗坏血酸过氧化物酶5、水稻-磷酸葡聚糖水二激酶、玉米ssRUBISCO、玉米-β-葡糖苷酶、玉米-苹果酸脱氢酶、玉米硫氧还蛋白M-型(美国专利申请公开2012/0304336)。
可以针对在叶绿体中的表达来优化待靶向叶绿体的IPD113多肽基因,以解决植物核与该细胞器之间使用的差异。以此方式,可以使用叶绿体偏好性序列合成目的核酸。
在制备表达盒时,可以操作各种DNA片段,以提供处于适当取向以及合适时,处于适当阅读框中的DNA序列。为此,可采用衔接子(adapter)或接头以连接DNA片段,或可以涉及其他操作以提供方便的限制性位点、去除多余的DNA、去除限制性位点等。为此目的,可以涉及体外诱变、引物修复、限制性酶切(restriction)、退火、再取代(例如转换和颠换)。
若干启动子可用于实施这些实施例。可基于所需结果,选择启动子。核酸可与组成型、组织偏好性、诱导型或其他启动子组合用于在宿主生物体中的表达。用于植物宿主细胞中的合适的组成型启动子包括,例如Rsyn7启动子的核心启动子和其他在WO 1999/43838和美国专利号6,072,050中公开的组成型启动子;核心CaMV 35S启动子(Odell等人,(1985)Nature[自然]313:810-812);水稻肌动蛋白(McElroy等人,(1990)Plant Cell[植物细胞]2:163-171);泛素(Christensen等人,(1989)Plant Mol.Biol.[植物分子生物学]12:619-632和Christensen等人,(1992)Plant Mol.Biol.[植物分子生物学]18:675-689);pEMU(Last等人,(1991)Theor.Appl.Genet.[理论与应用遗传学]81:581-588);MAS(Velten等人,(1984)EMBOJ.[欧洲分子生物学学会杂志]3:2723-2730);ALS启动子(美国专利号5,659,026)等。其他组成型启动子包括例如以下美国专利号中所讨论的那些:5,608,149;5,608,144;5,604,121;5,569,597;5,466,785;5,399,680;5,268,463;5,608,142和6,177,611。
根据所需结果,从诱导型启动子表达基因可能是有益的。用于调节实施例的核苷酸序列在植物中表达的特别引人关注的是伤口诱导型启动子。这种伤口诱导型启动子可以对由昆虫取食引起的损害作出反应,并且包括马铃薯蛋白酶抑制剂(pin II)基因(Ryan,(1990)Ann.Rev.Phytopath.[植物病理学年鉴]28:425-449;Duan等人,(1996)NatureBiotechnology[自然生物技术]14:494-498);wun1和wun2,美国专利号5,428,148;win1和win2(Stanford等人,(1989)Mol.Gen.Genet.[分子遗传学和普通遗传学]215:200-208);***素(McGurl等人,(1992)Science[科学]225:1570-1573);WIP1(Rohmeier等人,(1993)PlantMol.Biol.[植物分子生物学]22:783-792;Eckelkamp等人,(1993)FEBSLetters[欧洲生化学会联盟通讯]323:73-76);MPI基因(Corderok等人,(1994)Plant J.[植物杂志]6(2):141-150)等,以上文献通过引用并入本文。
此外,可以在实施例的方法和核苷酸构建体中使用病原体诱导型启动子。这种病原体诱导型启动子包括来自发病相关蛋白(PR蛋白)的那些,其在病原体感染后被诱导;例如,PR蛋白、SAR蛋白、β-1,3-葡聚糖酶、几丁质酶等。参见,例如Redolfi等人,(1983)Neth.J.Plant Pathol.[荷兰植物病理学杂志]89:245-254;Uknes等人,(1992)Plant Cell[植物细胞]4:645-656;以及Van Loon,(1985)PlantMol.Virol.[植物分子病毒学]4:111-116。还参见,WO 1999/43819,其通过引用并入本文。
引人关注的是在病原体感染部位处或附近局部表达的启动子。参见,例如Marineau等人,(1987)Plant Mol.Biol.[植物分子生物学]9:335-342;Matton等人,(1989)MolecularPlant-MicrobeInteractions[分子植物-微生物相互作用]2:325-331;Somsisch等人,(1986)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]83:2427-2430;Somsisch等人,(1988)Mol.Gen.Genet.[分子遗传学和普通遗传学]2:93-98以及Yang,(1996)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]93:14972-14977。还参见Chen等人,(1996)PlantJ.[植物杂志]10:955-966;Zhang等人,(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]91:2507-2511;Warner等人,(1993)Plant J.[植物杂志]3:191-201;Siebertz等人,(1989)Plant Cell[植物细胞]1:961-968;美国专利号5,750,386(线虫诱导型)及其中引用的参考文献。特别引人关注的是玉米PRms基因的诱导型启动子,其表达是由病原体串珠镰刀菌(Fusarium moniliforme)诱导的(参见,例如Cordero等人,(1992)Physiol.Mol.PlantPath.[生理学与分子植物病理学]41:189-200)。
可以使用化学调节型启动子以通过应用外源化学调节剂来调节植物中的基因表达。取决于目标,所述启动子可以是化学诱导型启动子,其中施用化学品来诱导基因表达,或化学抑制型启动子,其中施用化学品来抑制基因表达。化学诱导型启动子包括但不限于由苯磺酰胺除草剂安全剂激活的玉米In2-2启动子、由用作萌前除草剂的疏水亲电子化合物激活的玉米GST启动子、以及由水杨酸激活的烟草PR-1a启动子。其他目的化学调节型启动子包括类固醇应答启动子(参见,例如,Schena等人,(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]88:10421-10425和McNellis等人,(1998)PlantJ.[植物杂志]14(2):247-257中的糖皮质激素诱导型启动子)以及四环素诱导型和四环素抑制型启动子(参见,例如,Gatz等人,(1991)Mol.Gen.Genet.[分子遗传学和基因组学]227:229-237,以及美国专利号5,814,618和5,789,156),其通过引用并入本文。
组织偏好性启动子可以用于靶向特定植物组织内的增强的IPD113多肽表达。组织偏好性启动子包括以下中讨论的那些:Yamamoto等人(1997)Plant J.[植物杂志]12(2):255-265;Kawamata等人(1997)Plant Cell Physiol.[植物细胞生理学]38(7):792-803;Hansen等人(1997)Mol.Gen Genet.[分子遗传学和普通遗传学]254(3):337-343;Russell等人(1997)Transgenic Res.[转基因研究]6(2):157-168;Rinehart等人(1996)PlantPhysiol.[植物生理学]112(3):1331-1341;Van Camp等人(1996)PlantPhysiol.[植物生理学]112(2):525-535;Canevascini等人(1996)PlantPhysiol.[植物生理学]112(2):513-524;Yamamoto等人(1994)Plant CellPhysiol.[植物细胞生理学]35(5):773-778;Lam(1994)ResultsProbl.CellDiffer.[细胞分化的结果和问题]20:181-196;Orozco等人(1993)PlantMolBiol.[植物分子生物学]23(6):1129-1138;Matsuoka等人(1993)ProcNatl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]90(20):9586-9590;和Guevara-Garcia等人(1993)PlantJ.[植物杂志]4(3):495-505。必要的话,此类启动子可经修饰用于弱表达。
叶偏好性启动子是本领域已知的。参见,例如,Yamamoto等人,(1997)Plant J.[植物杂志]12(2):255-265;Kwon等人,(1994)Plant Physiol.[植物生理学]105:357-67;Yamamoto等人,(1994)Plant Cell Physiol[植物细胞生理学]35(5):773-778;Gotor等人,(1993)Plant J.[植物杂志]3:509-18;Orozco等人,(1993)PlantMol.Biol.[植物分子生物学]23(6):1129-1138以及Matsuoka等人,(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]90(20):9586-9590。
根偏好性或根特异性的启动子可以从来自文献中的许多可获得的启动子来选择,或者从不同相容物种重新分离。参见例如,Hire,等人,(1992)PlantMol.Biol.[植物分子生物学]20(2):207-218(大豆根特异性谷氨酰胺合成酶基因);Keller和Baumgartner,(1991)Plant Cell[植物细胞]3(10):1051-1061(法国菜豆GRP 1.8基因中的根特异性控制元件);Sanger等人,(1990)PlantMol.Biol.[植物分子生物学]14(3):433-443(根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)的甘露聚糖合成酶(MAS)基因的根特异性启动子)以及Miao等人,(1991)Plant Cell[植物细胞]3(1):11-22(编码细胞溶质谷氨酰胺合成酶(GS)的全长cDNA克隆,其在大豆的根和根瘤中表达)。还参见,Bogusz等人,(1990)Plant Cell[植物细胞]2(7):633-641,其中描述了从来自固氮的非豆科植物榆科山黄麻(Parasponiaandersonii)以及相关的非固氮的非豆科植物山黄麻(Trema tomentosa)的血红蛋白基因分离的两个根特异性启动子。这些基因的启动子与β-葡糖醛酸糖苷酶报告基因连接,并且被引入非豆科作物烟草(Nicotiana tabacum)和豆科作物百脉根(Lotus corniculatus)两者中,并且在两种情况下都保留了根特异性启动子活性。Leach和Aoyagi,(1991)描述了他们对发根农杆菌(Agrobacterium rhizogenes)的高表达的rolC和rolD根诱导基因的启动子的分析(参见,PlantScience[植物科学](Limerick[利默里克])79(1):69-76)。他们得出结论,增强子和组织偏好性DNA决定簇在所述启动子中是解离的。Teeri等人,(1989)使用与lacZ的基因融合以显示编码章鱼碱合酶的农杆菌属T-DNA基因尤其是在根尖的表皮中有活性,并且TR2'基因在完整植物中具有根特异性并且被叶组织中的创伤刺激,这是与杀昆虫的或杀幼虫的基因一起使用的尤其希望的特征组合(参见,EMBO J.[欧洲分子生物学学会杂志]8(2):343-350)。与nptII(新霉素磷酸转移酶II)融合的TR1'基因显示相似的特征。另外的根偏好性启动子包括VfENOD-GRP3基因启动子(Kuster等人,(1995)PlantMol.Biol.[植物分子生物学]29(4):759-772);和rolB启动子(Capana等人,(1994)PlantMol.Biol.[植物分子生物学]25(4):681-691)。还参见,美国专利号5,837,876;5,750,386;5,633,363;5,459,252;5,401,836;5,110,732和5,023,179。在US 20130117883中公开了拟南芥(Arabidopsis thaliana)根偏好性调节序列。
“种子偏好性”启动子包括“种子特异性”启动子(在种子发育期间有活性的那些启动子如种子贮藏蛋白的启动子)以及“种子发芽性”启动子(在种子发芽期间有活性的那些启动子)。参见,Thompson等人,(1989)BioEssays[生物测定]10:108,其通过引用并入本文。此类种子偏好性启动子包括但不限于Cim1(细胞***素诱导的信号);cZ19B1(玉米19kDa玉米醇溶蛋白);和milps(肌醇-1-磷酸盐合酶)(参见美国专利号6,225,529,通过引用结合在此)。γ-玉米醇溶蛋白和Glb-1是胚乳特异性启动子。对于双子叶植物,种子特异性启动子包括但不限于:库尼兹(Kunitz)胰蛋白酶抑制剂3(KTi3)(Jofuku和Goldberg,(1989)PlantCell[植物细胞]1:1079-1093)、豆-β菜豆素、油菜籽蛋白、β-伴大豆球蛋白、大豆球蛋白1、大豆凝集素、十字花科蛋白等。对于单子叶植物,种子特异性启动子包括但不限于玉米15kDa玉米醇溶蛋白、22kDa玉米醇溶蛋白、27kDa玉米醇溶蛋白、g-玉米醇溶蛋白、蜡质、收缩素1、收缩素2、球蛋白1等。还参见WO2000/12733,其中公开了来自end1和end2基因的种子偏好性启动子;通过引用并入本文。在双子叶植物中,种子特异性启动子包括但不限于:来自拟南芥属的种皮启动子,pBAN;和来自拟南芥属的早期种子启动子,p26、p63、和p63tr(美国专利号7,294,760和7,847,153)。在特定组织中具有“偏好性”表达的启动子在所述组织中比在至少一种其他植物组织中以更高程度表达。一些组织偏好性启动子几乎专门在特定组织中表达。
当需要低水平表达时,可使用弱启动子。通常,如本文使用的术语“弱启动子”是指以低水平驱动编码序列的表达的启动子。低水平表达旨在约1/1000转录物至约1/100,000转录物至约1/500,000转录物之间的水平。可替代地,应当认识到,术语“弱启动子”还涵盖仅在少数细胞中驱动表达但不在其他细胞中表达,从而具有低水平总表达的启动子。当启动子以不可接受的高水平驱动表达时,可以删除或修饰部分启动子序列以降低表达水平。
此类弱组成型启动子包括例如Rsyn7启动子的核心启动子(WO1999/43838和美国专利号6,072,050)、核心35S CaMV启动子等。其他组成型启动子包括例如以下专利文献中所公开的那些:美国专利号5,608,149;5,608,144;5,604,121;5,569,597;5,466,785;5,399,680;5,268,463;5,608,142和6,177,611,通过引用并入本文。
以上启动子的列表并不意指是限制性的。任何适当的启动子都可用于实施例中。
通常,表达盒将包含选择性标记基因,用于选择经转化的细胞。利用选择性标记基因来选择经转化的细胞或组织。标记基因包括编码抗生素抗性的基因,例如编码新霉素磷酸转移酶II(NEO)和潮霉素磷酸转移酶(HPT)的基因,以及赋予除草剂化合物(如草胺磷、溴草腈、咪唑啉酮和2,4-二氯苯氧乙酸(2,4-D))抗性的基因。合适的选择性标记基因的其他实例包括但不限于编码对如下的耐受性的基因:氯霉素(Herrera Estrella等人,(1983)EMBOJ.[欧洲分子生物学学会杂志]2:987-992);氨甲蝶呤(Herrera Estrella等人,(1983)Nature[自然]303:209-213和Meijer等人,(1991)PlantMol.Biol.[植物分子生物学]16:807-820);链霉素(Jones,等人,(1987)Mol.Gen.Genet.[分子遗传学和普通遗传学]210:86--91);壮观霉素(Bretagne-Sagnard等人,(1996)TransgenicRes.[转基因研究]5:131-137);博来霉素(Hille等人,(1990)PlantMol.Biol.[植物分子生物学]7:171-176);磺酰胺类(Guerineau等人,(1990)Plant Mol.Biol.[植物分子生物学]15:127-136);溴草腈(Stalker等人,(1988)Science[科学]242:419-423);草甘膦(Shaw等人,(1986)Science[科学]233:478-481以及美国专利申请序列号10/004,357和10/427,692);草丁膦(DeBlock等人,(1987)EMBO J.[欧洲分子生物学学会杂志]6:2513-2518)。主要参见Yarranton,(1992)Curr.Opin.Biotech.[生物技术当代观点]3:506-511;Christopherson等人,(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]89:6314-6318;Yao等人,(1992)Cell[细胞]71:63-72;Reznikoff,(1992)Mol.Microbiol.[分子微生物学]6:2419-2422;Barkley等人,(1980)在The Operon[操纵子]中,第177-220页;Hu等人,(1987)Cell[细胞]48:555-566;Brown等人,(1987)Cell[细胞]49:603-612;Figge等人,(1988)Cell[细胞]52:713-722;Deuschle等人,(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]86:5400-5404;Fuerst等人,(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]86:2549-2553;Deuschle等人,(1990)Science[科学]248:480-483;Gossen,(1993)Ph.D.Thesis[博士学位论文],University ofHeidelberg[德国海德堡大学];Reines等人,(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]90:1917-1921;Labow等人,(1990)Mol.Cell.Biol.[分子细胞生物学]10:3343-3356;Zambretti等人,(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]89:3952-3956;Baim等人,(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]88:5072-5076;Wyborski等人,(1991)NucleicAcidsRes.[核酸研究]19:4647-4653;Hillenand-Wissman(1989)TopicsMol.Struc.Biol.[热点分子结构生物学]10:143-162;Degenkolb等人,(1991)Antimicrob.Agents Chemother.[抗微生物剂化学疗法]35:1591-1595;Kleinschnidt,等人,(1988)Biochemistry[生物化学]27:1094-1104;Bonin,(1993)Ph.D.Thesis[博士学位论文]University ofHeidelberg[德国海德堡大学];Gossen等人,(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]89:5547-5551;Oliva等人,(1992)Antimicrob.Agents Chemother.[抗微生物剂化学疗法]36:913-919;Hlavka等人,(1985)Handbook of ExperimentalPharmacology[实验药理学手册],78卷(Springer-Verlag,Berlin[柏林施普林格出版社])和Gill等人,(1988)Nature[自然]334:721-724。此类公开内容通过引用并入本文。
以上可选择标记基因的列表并不意在是限制性的。任何选择性标记基因都可用于实施例中。
植物转化
所述实施例的方法涉及将多肽或多核苷酸引入植物。如本文使用的,“引入”意指将所述多核苷酸或多肽呈送给所述植物,以此类方式使得所述序列进入所述植物细胞的内部。所述实施例的方法不取决于用于将多核苷酸或多肽引入植物中的特定方法,只要所述多核苷酸或多肽进入所述植物的至少一个细胞的内部即可。将多核苷酸或多肽引入植物的方法包括但不限于稳定转化法、瞬时转化法和病毒介导法。
如本文使用的,“稳定转化”意指经引入植物中的核苷酸构建体整合到所述植物的基因组中,并且能够被其子代遗传。如本文使用的,“瞬时转化”意指将多核苷酸引入所述植物中并且不整合到所述植物的基因组中,或者将多肽引入植物中。如本文使用的,“植物”是指整株植物、植物器官(例如叶、茎、根等)、种子、植物细胞、繁殖体、及其胚胎和子代。植物细胞可以是分化的或未分化的(例如愈伤组织、悬浮培养细胞、原生质体、叶子细胞、根细胞、韧皮部细胞和花粉)。
转化方案以及将核苷酸序列引入植物中的方案可以根据要靶向转化的植物或植物细胞的类型(即,单子叶植物或双子叶植物)而异。将核苷酸序列引入到植物细胞中并随后***到植物基因组中的合适方法包括显微注射(Crossway等人,(1986)Biotechniques[生物技术]4:320-334)、电穿孔(Riggs等人,(1986)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]83:5602-5606)、农杆菌介导的转化(美国专利号5,563,055和5,981,840)、直接基因转移(Paszkowski等人,(1984)EMBO J[欧洲分子生物学学会杂志]3:2717-2722)以及弹道粒子加速(参见,例如美国专利号4,945,050;5,879,918;5,886,244和5,932,782;Tomes等人,(1995)Plant Cell,Tissue,and Organ Culture:Fundamental Methods[植物细胞、组织和器官培养:基本方法],Gamborg和Phillips编辑(Springer-Verlag,Berlin[德国柏林施普林格出版公司]);和McCabe等人,(1988)Biotechnology[生物技术]6:923-926);以及Lecl转化法(WO 00/28058)。对于马铃薯转化法,参见Tu等人,(1998)PlantMolecularBiology[植物分子生物学]37:829-838和Chong等人,(2000)TransgenicResearch[转基因研究]9:71-78。可以在以下文献中找到另外的转化方法:Weissinger等人,(1988)Ann.Rev.Genet.[遗传学年鉴]22:421-477;Sanford等人,(1987)Particulate Science and Technology[微粒科学与技术]5:27-37(洋葱);Christou等人,(1988)PlantPhysiol.[植物生理学]87:671-674(大豆);McCabe等人,(1988)Bio/Technology[生物/技术]6:923-926(大豆);Finer和McMullen,(1991)In Vitro CellDev.Biol.[体外细胞生物学和发育生物学]27P:175-182(大豆);Singh等人,(1998)Theor.Appl.Genet.[理论与应用遗传学]96:319-324(大豆);Datta等人,(1990)Biotechnology[生物技术]8:736-740(水稻);Klein等人,(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]85:4305-4309(玉米);Klein等人,(1988)Biotechnology[生物技术]6:559-563(玉米);美国专利号5,240,855;5,322,783和5,324,646;Klein等人,(1988)PlantPhysiol.[植物生理学]91:440-444(玉米);Fromm等人,(1990)Biotechnology[生物技术]8:833-839(玉米);Hooykaas-Van Slogteren等人,(1984)Nature[自然](伦敦)311:763-764;美国专利号5,736,369(谷类);Bytebier等人,(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]84:5345-5349(百合科(Liliaceae));De Wet等人,(1985)TheExperimentalManipulation ofOvule Tissues[胚珠组织的实验操作],Chapman等人编辑(Longman[朗文出版社],纽约),第197-209页(花粉);Kaeppler等人,(1990)PlantCellReports[植物细胞报告]9:415-418和Kaeppler等人,(1992)Theor.Appl.Genet.[理论与应用遗传学]84:560-566(晶须介导的转化);D'Halluin等人,(1992)Plant Cell[植物细胞]4:1495-1505(电穿孔);Li等人,(1993)Plant Cell Reports[植物细胞报告],12:250-255以及Christou和Ford,(1995)Annals ofBotany[植物学年报]75:407-413(水稻);Osjoda等人,(1996)NatureBiotechnology[自然生物技术]14:745-750(经由根癌农杆菌的玉米);将其全部通过引用并入本文。
在具体实施例中,可以使用各种瞬时转化方法将实施例的序列提供给植物。这种瞬时转化法包括但不限于将IPD113多肽或者其变体和片段直接引入植物中或将IPD113多核苷酸转录物引入植物中。此类方法包括例如显微注射或粒子轰击。参见,例如,Crossway等人,(1986)Mol Gen.Genet.[分子遗传学和普通遗传学]202:179-185;Nomura等人,(1986)PlantSci.[植物科学]44:53-58;Hepler等人,(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.[美国科学院院报]91:2176-2180和Hush等人,(1994)The Journal ofCell Science[细胞科学杂志]107:775-784,将其全部通过引用并入本文。可替代地,可以将IPD113多核苷酸瞬时地转化到植物中。此类技术包括病毒载体***,和以阻止DNA后续释放的方式使多核苷酸沉淀。因此,可以从粒子结合的DNA进行转录,但其被释放以整合至基因组的频率大大降低了。此类方法包括使用包被有聚乙烯亚胺(PEI;西格玛公司(Sigma)#P3143)的粒子。
可以通过使用位点特异性重组***实现将多核苷酸***所需基因组位置,实现用于将多核苷酸靶向***植物基因组中特定位置的方法。参见,例如,WO 1999/25821、WO1999/25854、WO 1999/25840、WO 1999/25855和WO 1999/25853,将其全部通过引用并入本文。简而言之,实施例的多核苷酸可以包含在侧翼为两个不相同重组位点的转移盒内。将转移盒引入植物中,所述植物已经稳定地将靶位点并入其基因组中,所述靶位点侧翼为与转移盒的位点相对应的两个不相同的重组位点。提供适当的重组酶,并将所述转移盒整合到靶位点。由此,目的多核苷酸被整合在植物基因组中的具体染色***置处。
植物转化载体可以由实现植物转化所需的一种或多种DNA载体组成。例如,本领域常见做法是利用由多于一个连续DNA片段组成的植物转化载体。这些载体在本领域中通常被称为“双元载体”。双元载体以及具有辅助质粒的载体最常用于农杆菌介导的转化,其中实现有效转化所需的DNA片段的大小和复杂性相当大,并且将功能分离到单独的DNA分子上是有利的。双元载体典型地含有包含T-DNA转移(如左边界和右边界)所需的顺式作用序列的质粒载体、经工程改造成能够在植物细胞中表达的选择性标记、和“目的基因”(经工程改造成能够在需要产生转基因植物的植物细胞中表达的基因)。此质粒载体上也存在细菌复制所需的序列。将顺式作用序列以允许有效转移到植物细胞中并在其中表达的方式进行排列。例如,所述选择性标记基因和杀有害生物基因位于左边界和右边界之间。通常第二质粒载体包含反式作用因子,所述反式作用因子介导从农杆菌属到植物细胞的T-DNA转化。如本领域所理解的,所述质粒通常含有允许通过农杆菌感染植物细胞、以及通过在边界序列切割进行DNA的转移和vir介导的DNA转移的毒力功能(Vir基因)(Hellens和Mullineaux,(2000)Trends in PlantScience[植物科学趋势]5:446-451)。若干种类型的农杆菌菌株(例如LBA4404、GV3101、EHA101、EHA105等)可用于植物转化。通过其他方法如显微投影、显微镜注射、电穿孔、聚乙二醇等来转化植物不需要第二质粒载体。
通常,植物转化方法涉及将异源DNA转移到靶植物细胞中(例如未成熟或成熟的胚、悬浮培养物、未分化的愈伤组织、原生质体等),随后施加最大阈值水平的适当选择(取决于选择性标记基因)以从一组未转化的细胞群中回收经转化的植物细胞。在将异源外源DNA整合到植物细胞中之后,然后在培养基中施加最大阈值水平的适当选择以杀死未转化的细胞,并通过定期转移到新鲜培养基中来分离并增殖从所述选择处理中存活的推定经转化的细胞。通过连续传代和使用适当的选择进行挑战,可以鉴定并增殖这些用所述质粒载体转化的细胞。然后,可以使用分子和生物化学的方法来证实整合到所述转基因植物的基因组中的目的异源基因的存在。
典型地将外植体转移到新鲜供应的相同培养基中并将其常规培养。随后,在被置于补充有最大阈值水平的选择剂的再生培养基上之后,所述经转化的细胞分化成芽。然后将所述芽转移到用于回收已生根的芽或小植物的选择性生根培养基上。然后转基因的小植株成长为成熟植物并产生稔性种子(例如Hiei等人,(1994)The PlantJournal 6:271-282;Ishida等人,(1996)Nature Biotechnology[自然生物技术]14:745-750)。典型地将外植体转移到新鲜供应的相同培养基中并将其常规培养。用于生产转基因植物的技术和方法的一般描述发现于以下文献中:Ayres和Park,(1994)CriticalReviews in PlantScience[植物科学评论]13:219-239以及Bommineni和Jauhar,(1997)Maydica[美迪卡杂志]42:107-120。由于经转化的材料含有许多细胞;所以在受试的靶愈伤组织或组织或细胞群的任何部分中同时存在经转化的细胞和未经转化的细胞。杀死未经转化的细胞并允许经转化细胞增殖的能力产生经转化的植物培养物。通常,去除未经转化的细胞的能力限制经转化的植物细胞的快速恢复和转基因植物的成功生成。
可依据常规方式将已转化的细胞培育成植株。参见,例如,McCormick等人,(1986)Plant Cell Reports[植物细胞报告]5:81-84。然后可以培育这些植株,并用相同的经转化株系或者不同的株系授粉,并鉴定出具有所需表型特征的组成型或诱导型表达的所得杂交体。可以培育两代或更多代,以确保所需表型特征的表达稳定地保持并遗传,并且然后收获种子以确保已经实现了所需表型特征的表达。
可以通过使植物与病毒或者病毒核酸接触而向植物提供实施例的核苷酸构建体。通常,此类方法涉及将目的核苷酸构建体掺入病毒DNA或RNA分子内。应当认识到,可以最初将这些实施例的重组蛋白作为病毒多蛋白的一部分合成,然后可以将合成的蛋白在体内或在体外通过蛋白水解加工从而产生所希望的IPD113多肽。还认识到,包含实施例的IPD113的至少一部分氨基酸序列的这种病毒多蛋白可具有所需的杀有害生物活性。此类病毒多蛋白和编码它们的核苷酸序列涵盖在所述实施例中。为植物提供核苷酸构建体并在植物中产生编码的蛋白的方法,其涉及病毒DNA或RNA分子。参见,例如美国专利号5,889,191;5,889,190;5,866,785;5,589,367和5,316,931;通过引用并入本文。
转化叶绿体的方法包括例如:Svab,等人,(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]87:8526-8530;Svab和Maliga,(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]90:913-917;Svab和Maliga,(1993)EMBO J.[欧洲分子生物学学会杂志]12:601-606。所述方法依赖于粒子枪递送含有选择性标记的DNA和通过同源重组将DNA靶向质体基因组。另外,通过利用核编码的和质体导向的RNA合酶的组织偏好性表达,通过反式激活沉默的质体携带的转基因,实现质体转化。这种***已被报道于以下文献中:McBride等人,(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]91:7301-7305。
所述实施例进一步涉及实施例的经转化植物的植物繁殖材料,包括但不限于种子、块茎、球茎、鳞茎、叶以及根和芽的插条。
所述实施例可用于转化任何植物物种,包括但不限于单子叶植物和双子叶植物。目的植物的实例包括但不限于玉米(corn,Zea mays),芸苔属(Brassica)物种(例如,甘蓝型油菜(B.napus)、芜菁(B.rapa)、芥菜(B.juncea))(特别是可用作种子油来源的那些芸苔属物种),苜蓿(紫花苜蓿(Medicago sativa)),水稻(rice,Oryza sativa),黑麦(rye,Secale cereale),高粱(sorghum,Sorghum bicolor,Sorghum vulgare),粟(例如,珍珠粟(pearl millet,Pennisetum glaucum)、黍(proso millet,Panicum miliaceum)、谷子(foxtail millet,Setaria italica)、龙爪稷(finger millet,Eleusine coracana)),向日葵(sunflower,Helianthus annuus),红花(safflower,Carthamus tinctorius),小麦(wheat,Triticum aestivum),大豆(soybean,Glycine max),烟草(tobacco,Nicotianatabacum),马铃薯(potato,Solanum tuberosum),花生(peanut,Arachis hypogaea),棉花(海岛棉(Gossypium barbadense)、陆地棉(Gossypium hirsutum)),甘薯(番薯(Ipomoeabatatas)),木薯(cassava,Manihot esculenta),咖啡(咖啡属(Coffea)物种),椰子(coconut,Cocos nucifera),菠萝(pineapple,Ananas comosus),柑橘树(柑橘属(Citrus)物种),可可(cocoa,Theobroma cacao),茶树(tea,Camellia sinensis),香蕉(芭蕉属(Musa)物种),鳄梨(avocado,Persea americana),无花果(fig,Ficus casica),番石榴(guava,Psidium guajava),芒果(mango,Mangifera indica),橄榄(olive,Oleaeuropaea),木瓜(番木瓜(Caricapapaya)),腰果(cashew,Anacardium occidentale),澳洲坚果(macadamia,Macadamia integrifolia),巴旦杏(almond,Prunus amygdalus),甜菜(sugarbeets,Beta vulgaris),甘蔗(甘蔗属(Saccharum)物种),燕麦,大麦,蔬菜,观赏植物和针叶树。
蔬菜包括番茄(tomatoes,Lycopersicon esculentum)、莴苣(例如,莴苣(Lactucasativa))、青豆(菜豆(Phaseolus vulgaris))、利马豆(lima bean,Phaseolus limensis)、豌豆(香豌豆属(Lathyrus)物种)和黄瓜属的成员例如黄瓜(cucumber,C.sativus)、香瓜(cantaloupe,C.cantalupensis)和甜瓜(muskmelon,C.melo)。观赏植物包括杜鹃(杜鹃花属(Rhododendron)物种)、绣球花(hydrangea,Macrophylla hydrangea)、木槿(hibiscus,Hibiscus rosasanensis)、玫瑰(蔷薇属(Rosa)物种)、郁金香(郁金香属(Tulipa)物种)、水仙(水仙属(Narcissus)物种)、矮牵牛(petunias,Petunia hybrida)、康乃馨(carnation,Dianthus caryophyllus)、一品红(poinsettia,Euphorbia pulcherrima)和菊花。可以用于实践实施例的针叶树包括(例如)松树如火炬松(loblollypine,Pinus taeda)、湿地松(slashpine,Pinus elliotii)、西黄松(ponderosa pine,Pinus ponderosa)、黑松(lodgepole pine,Pinus contorta)和辐射松(Monterey pine,Pinus radiata);花旗松(Douglas-fir,Pseudotsuga menziesii);西方铁杉(Western hemlock,Tsugacanadensis);北美云杉(Sitka spruce,Picea glauca);红杉(redwood,Sequoiasempervirens);枞树(true firs),如银杉(胶冷杉(Abies amabilis))和胶枞(香脂冷杉(Abies balsamea));以及雪松,如西方红雪松(北美乔柏(Thujaplicata))和阿拉斯加黄雪松(黄扁柏(Chamaecyparis nootkatensis))。所述实施例的植物包括作物植物(例如玉米、苜蓿、向日葵、芸苔属、大豆、棉花、红花、花生、高粱、小麦、粟、烟草等),如玉米和大豆植物。
草坪草包括但不限于:一年生早熟禾(annual bluegrass,Poa annua);一年生黑麦草(黑麦草(Lolium multiflorum));加拿大早熟禾(Canadabluegrass,Poa compressa);紫羊茅(Chewing’s fescue,Festuca rubra);细弱翦股颖(colonial bentgrass,Agrostistenuis);匍匐翦股颖(creeping bentgrass,Agrostispalustris);沙生冰草(crestedwheatgrass,Agropyron desertorum);扁穗冰草(fairwaywheatgrass,Agropyroncristatum);硬羊茅(长叶羊茅(Festuca longifolia));草地早熟禾(Kentuckybluegrass,Poapratensis);鸭茅(orchardgrass,Dactylis glomerata);多年生黑麦草(perennialryegrass,Lolium perenne);红狐茅(紫羊茅(Festuca rubra));小糠草(redtop,Agrostisalba);粗茎早熟禾(rough bluegrass,Poa trivialis);羊茅(sheep fescue,Festucaovina);无芒雀麦(smoothbromegrass,Bromus inermis);高羊茅(tall fescue,Festucaarundinacea);梯牧草(timothy,Phleumpratense);绒毛剪股颖(velvetbentgrass,Agrostis canina);碱茅(weeping alkaligrass,Puccinellia distans);蓝茎冰草(western wheatgrass,Agropyron smithii);狗牙根(狗牙根属(Cynodon)物种);圣奥古斯丁草(St.Augustine grass,Stenotaphrum secundatum);结缕草(结缕属(Zoysia)物种);百喜草(Bahia grass,Paspalum notatum);地毯草(carpet grass,Axonopus affinis);假俭草(centipede grass,Eremochloa ophiuroides);隐花狼尾草(kikuyu grass,Pennisetumclandesinum);海滨雀稗(seashorepaspalum,Paspalum vaginatum);格兰马草(blue gramma,Boutelouagracilis);野牛草(buffalo grass,Buchloe dactyloids);垂穗草(sideoats gramma,Bouteloua curtipendula)。
目的植物包括提供目的种子的谷物类植物、油料种子植物和豆科植物。目的种子包括谷物种子,例如玉米、小麦、大麦、稻、高粱、黑麦、粟等。油料种子植物包括棉花、大豆、红花、向日葵、芸苔属、玉米、苜蓿、棕榈、椰子、亚麻、蓖麻、橄榄等。豆科植物包括豆类和豌豆。豆类包括瓜耳豆、槐豆、胡芦巴、大豆、四季豆、豇豆、绿豆、利马豆、蚕豆、小扁豆、鹰嘴豆等。
植物转化评估
在将异源外源DNA引入植物细胞后,通过各种方法(如分析与已整合的基因相关的核酸、蛋白质和代谢物)证实异源基因在所述植物基因组中的转化或整合。
PCR分析是移植到土壤中之前在早期阶段筛选转化的细胞、组织或芽中存在并入的基因的快速方法(Sambrook和Russell,(2001)Molecular Cloning:A LaboratoryManual.[分子克隆:实验手册]Cold Spring Harbor Laboratory Press[冷泉港实验室出版社],Cold Spring Harbor[冷泉港],NY[纽约州])。使用对目的基因或农杆菌属载体背景等具有特异性的寡核苷酸引物进行PCR。
植物转化可以通过基因DNA印迹分析来证实(Sambrook和Russell,(2001),同上)。通常,从转化体中提取总DNA,用适当的限制性酶消化,在琼脂凝胶中进行分级并转移到硝化纤维或尼龙膜上。然后用例如放射性标记的32P靶DNA片段探测膜或“印迹”,以证实根据标准技术将引入的基因整合到所述植物基因组中(Sambrook和Russell,(2001),同上)。
在RNA印迹分析中,从转化体的特定组织中分离RNA,在甲醛琼脂凝胶中进行分级,并根据本领域常规使用的标准程序将其印迹到尼龙过滤器上(Sambrook和Russell,(2001),同上)。然后通过将所述过滤器与来***有害生物基因的放射性探针杂交来测试由所述杀有害生物基因编码的RNA的表达(Sambrook和Russell,(2001)同上)。
可以对转基因植物进行蛋白质印迹、生物化学测定等,以通过标准程序(Sambrook和Russell,2001,同上)使用与IPD113多肽上存在的一个或多个表位结合的抗体来证实由杀有害生物基因所编码的蛋白质的存在。
将基因组编辑技术引入植物的方法
在一些实施例中,可以使用基因组编辑技术将所公开的IPD113多核苷酸组合物引入植物的基因组中,或者可以使用基因组编辑技术编辑植物基因组中先前引入的IPD113多核苷酸。例如,可以通过使用双链断裂技术(如TALEN、大范围核酸酶、锌指核酸酶、CRISPR-Cas等)将所公开的多核苷酸引入植物基因组中需要的位置上。例如,为了位点特异性***的目的,可以使用CRISPR-Cas***将所公开的多核苷酸引入基因组中需要的位置上。植物基因组中需要的位置可以是任何对于***来说需要的靶位点,如适于育种的基因组区域,或者可以是位于具有现有的目的性状的基因组窗口中的靶位点。现有的目的性状可能是内源性状或先前引入的性状。
在一些实施例中,在所公开的IPD113多核苷酸先前已经被引入到基因组中的情况下,可以使用基因组编辑技术来改变或修饰引入的多核苷酸序列。可以将位点特异性修饰引入所公开的IPD113多核苷酸组合物中,所述位点特异性修饰包括使用用于引入位点特异性修饰的任何方法产生的修饰,所述方法包括但不限于通过使用基因修复寡核苷酸(例如美国公开2013/0019349),或通过使用双链断裂技术,如TALEN、大范围核酸酶、锌指核酸酶、CRISPR-Cas等。此类技术可用于通过在引入的多核苷酸内的核苷酸的***、缺失或取代来修饰先前引入的多核苷酸。可替代地,可以使用双链断裂技术向引入的多核苷酸中添加另外的核苷酸序列。可以添加的另外的序列包括另外的表达元件(如增强子序列和启动子序列)。在另一个实施例中,可以使用基因组编辑技术在植物基因组内定位紧邻本文公开的IPD113多核苷酸组合物的另外的杀昆虫活性蛋白,以产生杀昆虫活性蛋白质的分子堆叠物。
“改变的靶位点”、“改变的靶序列”、“修饰的靶位点”和“修饰的靶序列”在本文中可互换地使用,并且意指如本文公开的靶序列,当与未改变的靶序列相比时,所述靶序列包含至少一个改变。此类“改变”包括,例如:(i)至少一个核苷酸的替代、(ii)至少一个核苷酸的缺失、(iii)至少一个核苷酸的***、或(iv)(i)-(iii)的任何组合。
转基因植物中性状的堆叠
转基因植物可以包含本文公开的一种或多种杀昆虫多核苷酸与一种或多种另外的多核苷酸的堆叠,导致多个多肽序列的产生或抑制。包含多核苷酸序列堆叠的转基因植物可以通过传统育种方法或通过遗传工程方法中的一种或两种获得。这些方法包括但不限于:育种各自包含目的多核苷酸的单个系,用随后的基因转化包含本文公开的基因的转基因植物,并将基因共转化为单个植物细胞。如本文使用的,术语“堆叠”包括使多个性状在同一植物中存在(即,将两个性状并入核基因组中,将一个性状并入核基因组中,并且将一个性状并入质体的基因组中,或者这两种性状都被并入质体的基因组中)。在一个非限制性实例中,“堆叠性状”包括其中序列在物理上彼此相邻的分子堆叠物。如本文使用的性状是指源自特定序列或序列组群的表型。可以使用包含多个基因或在多个载体上分别携带的基因的单一转化载体进行基因的共转化。如果通过遗传转化植物来堆叠序列,则目的多核苷酸序列可以在任意时间并以任意顺序组合。可以用共转化方案将所述性状与转化盒的任何组合所提供的目的多核苷酸一起引入。例如,若引入两个序列,则这两个序列可包含在分开的转化盒(反式)或包含在同一个转化盒(顺式)中。所述序列的表达可以通过相同的启动子或通过不同的启动子驱动。在某些情况下,可能需要引入将抑制目的多核苷酸的表达的转化盒。这可以与其他抑制盒或过度表达盒的任何组合进行组合以在所述植物中产生所需性状组合。进一步应当认识到,可以使用位点特异性重组***在所需的基因组位置堆叠多核苷酸序列。参见,例如,WO 1999/25821、WO 1999/25854、WO1999/25840、WO 1999/25855和WO1999/25853,将其全部通过引用并入本文。
在一些实施例中,单独的或与一种或多种另外的抗昆虫性状堆叠的、编码本文公开的IPD113多肽的多核苷酸可以与一种或多种另外的输入性状(例如,除草剂抗性、真菌抗性、病毒抗性、胁迫耐受性、抗病性、雄性不育性、茎强度等)或输出性状(例如,增加的产量、经修饰的淀粉、改善的油特性、平衡的氨基酸、高赖氨酸或甲硫氨酸、增加的消化性、改善的纤维品质、抗旱性等)堆叠。因此,多核苷酸实施例可用于提供具有灵活地且成本有效地控制任何数量的农艺有害生物的能力的经改善的作物品质的完整农艺学方案。
可用于堆叠的转基因包括但不限于:
1.转基因,其赋予对昆虫或疾病的抗性并编码:
(A)植物抗病性基因。通常通过植物中抗病性基因(R)的产物与病原体中相应的无毒性(Avr)基因的产物之间的特异性相互作用来激活植物防御。可以用经克隆的抗性基因来转化植物变种,以工程改造对具体病原体菌株具有抗性的植物。参见,例如Jones等人,(1994)Science[科学]266:789(cloning ofthe tomato Cf-9gene for resistance toCladosporium fulvum[克隆番茄Cf-9基因以抵抗番茄叶霉病菌]);Martin等人,(1993)Science[科学]262:1432(tomato Pto gene for resistance to Pseudomonas syringaepv.tomato encodes a protein kinase[用于抵抗丁香假单胞菌番茄致病变体的番茄Pto基因编码蛋白激酶]);Mindrinos等人,(1994)Cell[细胞]78:1089(Arabidopsis RSP2genefor resistance to Pseudomonas syringae[拟南芥RSP2基因用于对抗丁香假单胞菌]),McDowell和Woffenden,(2003)TrendsBiotechnol.[生物科技趋势]21(4):178-83以及Toyoda等人,(2002)Transgenic Res.[转基因研究]11(6):567-82。与野生型植物相比,对疾病具有抗性的植物对病原体更具抗性。
(B)编码苏云金芽孢杆菌蛋白质、其衍生物或其上建模的合成多肽的基因。参见,例如,Geiser等人,(1986)Gene[基因]48:109,其公开了Btδ-内毒素基因的克隆和核苷酸序列。此外,编码δ-内毒素基因的DNA分子可购自美国典型培养物保藏中心(American TypeCulture Collection)(美国马里兰州罗克韦尔市(Rockville,Md.)),例如登录号40098、67136、31995和31998下。经遗传工程改造的苏云金芽孢杆菌转基因的其他非限制性实例在以下专利和专利申请中给出,并为此目的通过引用并入本文:美国专利号5,188,960;5,689,052;5,880,275;5,986,177;6,023,013、6,060,594、6,063,597、6,077,824、6,620,988、6,642,030、6,713,259、6,893,826、7,105,332;7,179,965、7,208,474;7,227,056、7,288,643、7,323,556、7,329,736、7,449,552、7,468,278、7,510,878、7,521,235、7,544,862、7,605,304、7,696,412、7,629,504、7,705,216、7,772,465、7,790,846、7,858,849和WO 1991/14778;WO 1999/31248;WO 2001/12731;WO 1999/24581和WO 1997/40162。
也可以堆叠编码杀有害生物蛋白的基因,所述杀有害生物蛋白包括但不限于:来自假单胞菌属物种如PSEEN3174(Monalysin,(2011)PLoS Pathogens[PLoS病原体],7:1-13)、来自假单胞菌蛋白菌菌株CHA0和Pf-5(之前为荧光假单胞菌)(Pechy-Tarr,(2008)Environmental Microbiology[环境微生物学]10:2368-2386:基因库登录号EU400157)的杀昆虫蛋白;来自台湾假单胞菌(Liu等人,(2010)J.Agric.Food Chem.[农业与食品化学杂志],58:12343-12349)和来自假产碱假单胞菌(Zhang等人,(2009)Annals ofMicrobiology[微生物学杂志]59:45-50和Li等人,(2007)Plant Cell Tiss.Organ Cult.[植物细胞、组织和器官培养杂志]89:159-168)的杀昆虫蛋白;来自发光杆菌属物种和致病杆菌属物种(Hinchliffe等人,(2010)The Open Toxicology Journal[开放毒理学杂志],3:101-118和Morgan等人,(2001)Applied and Envir.Micro.[应用与环境微生物学]67:2062-2069)的杀昆虫蛋白;来自美国专利号6,048,838和美国专利号6,379,946的杀昆虫蛋白;US 9,688,730的PIP-1多肽;US 9,475,847的AfIP-1A和/或AfIP-1B多肽;美国公开号US 20160186204的PIP-47多肽;PCT公开号WO 2016/114973的IPD045多肽、IPD064多肽、IPD074多肽、IPD075多肽、和IPD077多肽;PCT序列号PCT/US 17/56517的IPD080多肽;序列号PCT/US 17/54160的IPD078多肽、IPD084多肽、IPD085多肽、IPD086多肽、IPD087多肽、IPD088多肽、和IPD089多肽;美国专利公开号US 20160366891的PIP-72多肽;美国公开号US20170166921的PtIP-50多肽和PtIP-65多肽;美国序列号62/521084的IPD098多肽、IPD059多肽、IPD108多肽、IPD109多肽;美国公开号US 20160347799的PtIP-83多肽;美国公开号US 20170233440的PtIP-96多肽;PCT公开号WO 2017/23486的IPD079多肽;PCT公开号WO 2017/105987的IPD082多肽、序列号PCT/US 17/30602的IPD090多肽、美国序列号62/434020的IPD093多肽;序列号PCT/US17/39376的IPD103多肽;美国序列号62/438179的IPD101多肽;美国序列号US62/508,514的IPD121多肽;和δ-内毒素,包括但不限于Cry1、Cry2、Cry3、Cry4、Cry5、Cry6、Cry7、Cry8、Cry9、Cry10、Cry11、Cry12、Cry13、Cry14、Cry15、Cry16、Cry17、Cry18、Cry19、Cry20、Cry21、Cry22、Cry23、Cry24、Cry25、Cry26、Cry27、Cry28、Cry29、Cry30、Cry31、Cry32、Cry33、Cry34、Cry35、Cry36、Cry37、Cry38、Cry39、Cry40、Cry41、Cry42、Cry43、Cry44、Cry45、Cry46、Cry47、Cry49、Cry50、Cry51、Cry52、Cry53、Cry54、Cry55、Cry56、Cry57、Cry58、Cry59、Cry60、Cry61、Cry62、Cry63、Cry64、Cry65、Cry66、Cry67、Cry68、Cry69、Cry70、Cry71、和Cry 72类的δ-内毒素多肽以及苏云金芽孢杆菌细胞溶解性cyt1和cyt2基因。这些类别的苏云金芽孢杆菌杀昆虫蛋白的成员(参见Crickmore等人,“Bacillusthuringiensis toxin nomenclature[苏云金芽孢杆菌毒素命名法]”(2011),并且可以在网址lifesci.sussex.ac.uk/home/Neil_Crickmore/Bt/找到,其可以使用“www”前缀在万维网上访问)。
δ-内毒素的实例还包括但不限于:美国专利号5,880,275、7,858,849和8,878,007的Cry1A蛋白;US 9,512,187的Cry1Ac突变体;美国专利号8,304,604、8.304,605和8,476,226的DIG-3或DIG-11毒素(cry蛋白(如Cry1A、Cry3A)的α螺旋1和/或α螺旋2变体的N-末端缺失);美国专利申请序列号10/525,318、美国专利申请公开号US 20160194364和美国专利号9,404,121和8,772,577的Cry1B;PCT公开号WO 2016/61197和序列号PCT/US 17/27160的Cry1B变体;美国专利号6,033,874的Cry1C;US 20170233759的Cry1D蛋白;PCT序列号PCT/US 17/53178的Cry1E蛋白;美国专利号5,188,960和6,218,188的Cry1F蛋白;美国专利号7,070,982、6,962,705和6,713,063的Cry1A/F嵌合体;PCT公开号WO 2017/0233759的Cry1I蛋白;美国公开US 20170240603的Cry1J变体;美国专利号7,064,249的Cry2蛋白如Cry2Ab蛋白和US 7208474的Cry2A.127蛋白;Cry3A蛋白,包括但不限于通过融合至少两种不同Cry蛋白的可变区和保守区的独特组合产生的经工程改造的杂合杀昆虫蛋白(eHIP)(美国专利申请公开号2010/0017914);Cry4蛋白;Cry5蛋白;Cry6蛋白;美国专利号7,329,736、7,449,552、7,803,943、7,476,781、7,105,332、7,339,092、7,378,499、7,462,760和9,593,345的Cry8蛋白;Cry9蛋白,例如像Cry9A、Cry9B、Cry9C、Cry9D、Cry9E和Cry9F家族的成员,包括美国专利9,000,261和8,802,933以及美国序列号WO2017/132188的Cry9蛋白;Cry15蛋白,描述于以下文献中:Naimov等人,(2008)Applied and Environmental Microbiology[应用与环境微生物学],74:7145-7151;美国专利号US 8,933,299的Cry14蛋白;美国专利号6,127,180、6,624,145和6,340,593的Cry22、Cry34Ab1蛋白;美国专利号US 8,816,157的截短的Cry34蛋白;美国专利号6,248,535、6,326,351、6,399,330、6,949,626、7,385,107和7,504,229的CryET33和cryET34蛋白;美国专利公开号2006/0191034、2012/0278954,和PCT公开号WO 2012/139004的CryET33和CryET34同源物;美国专利号6,083,499、6,548,291和6,340,593的Cry35Ab1蛋白;美国专利号9,403,881的Cry46蛋白、Cry 51蛋白、Cry二元毒素;TIC901或相关毒素;美国专利申请公开号2008/0295207的TIC807;美国专利US 8,513,493的TIC853;PCT US 2006/033867的ET29、ET37、TIC809、TIC810、TIC812、TIC127、TIC128;美国专利申请公开号US20160150795的经工程改造的半翅目毒素蛋白,美国专利号8,236,757的AXMI-027、AXMI-036和AXMI-038;美国专利号7,923,602的AXMI-031、AXMI-039、AXMI-040、AXMI-049;WO 2006/083891的AXMI-018、AXMI-020和AXMI-021;WO 2005/038032的AXMI-010;WO 2005/021585的AXMI-003;美国专利申请公开号2004/0250311的AXMI-008;美国专利申请公开号2004/0216186的AXMI-006;美国专利申请公开号2004/0210965的AXMI-007;美国专利申请号2004/0210964的AXMI-009;美国专利申请公开号2004/0197917的AXMI-014;美国专利申请公开号2004/0197916的AXMI-004;WO 2006/119457的AXMI-028和AXMI-029;WO2004/074462的AXMI-007、AXMI-008、AXMI-0080rf2、AXMI-009、AXMI-014和AXMI-004;美国专利号8,084,416的AXMI-150;美国专利申请公开号2011/0023184的AXMI-205;美国专利申请公开号2011/0263488的AXMI-011、AXMI-012、AXMI-013、AXMI-015、AXMI-019、AXMI-044、AXMI-037、AXMI-043、AXMI-033、AXMI-034、AXMI-022、AXMI-023、AXMI-041、AXMI-063和AXMI-064;美国专利US 8461421和US 8,461,422的AXMI046、AXMI048、AXMI050、AXMI051、AXMI052、AXMI053、AXMI054、AXMI055、AXMI056、AXMI057、AXMI058、AXMI059、AXMI060、AXMI061、AXMI067、AXMI069、AXMI071、AXMI072、AXMI073、AXMI074、AXMI075、AXMI087、AXMI088、AXMI093、AXMI070、AXMI080、AXMI081、AXMI082、AXMI091、AXMI092、AXMI096、AXMI097、AXMI098、AXMI099、AXMI100、AXMI101、AXMI102、AXMI103、AXMI104、AXMI107、AXMI108、AXMI109、AXMI110、AXMI111、AXMI112、AXMI114、AXMI116、AXMI117、AXMI118、AXMI119、AXMI120、AXMI121、AXMI122、AXMI123、AXMI124、AXMI125、AXMI126、AXMI127、AXMI129、AXMI151、AXMI161、AXMI164、AXMI183、AXMI132、AXMI137、AXMI138;美国专利申请公开号2010/0197592的AXMI-R1和相关蛋白;WO 2011/103248的AXMI221Z、AXMI222z、AXMI223z、AXMI224z和AXMI225z;WO 2011/103247的AXMI218、AXMI219、AXMI220、AXMI226、AXMI227、AXMI228、AXMI229、AXMI230和AXMI231;美国专利号8,334,431的AXMI-115、AXMI-113、AXMI-005、AXMI-163和AXMI-184;美国专利申请公开号2010/0298211的AXMI-001、AXMI-002、AXMI-030、AXMI-035和AXMI-045;美国专利申请公开号2009/0144852的AXMI-066和AXMI-076;美国专利号8,318,900的AXMI128、AXMI130、AXMI131、AXMI133、AXMI140、AXMI141、AXMI142、AXMI143、AXMI144、AXMI146、AXMI148、AXMI149、AXMI152、AXMI153、AXMI154、AXMI155、AXMI156、AXMI157、AXMI158、AXMI162、AXMI165、AXMI166、AXMI167、AXMI168、AXMI169、AXMI170、AXMI171、AXMI172、AXMI173、AXMI174、AXMI175、AXMI176、AXMI177、AXMI178、AXMI179、AXMI180、AXMI181、AXMI182、AXMI185、AXMI186、AXMI187、AXMI188、AXMI189;美国专利US 8461421的AXMI079、AXMI080、AXMI081、AXMI082、AXMI091、AXMI092、AXMI096、AXMI097、AXMI098、AXMI099、AXMI100、AXMI101、AXMI102、AXMI103、AXMI104、AXMI107、AXMI108、AXMI109、AXMI110、dsAXMI111、AXMI112、AXMI114、AXMI116、AXMI117、AXMI118、AXMI119、AXMI120、AXMI121、AXMI122、AXMI123、AXMI124、AXMI1257、AXMI1268、AXMI127、AXMI129、AXMI164、AXMI151、AXMI161、AXMI183、AXMI132、AXMI138、AXMI137;美国专利US 8,461,415的AXMI192;美国专利申请公开号US20160177332的AXMI281;美国专利号US8,252,872的AXMI422;美国专利号8,319,019的具有修饰的蛋白水解位点的Cry蛋白如Cry1A和Cry3A;美国专利申请公开号2011/0064710的来自苏云金芽孢杆菌菌株VBTS 2528的Cry1Ac、Cry2Aa和Cry1Ca毒素蛋白。美国序列号62/607372的Cry蛋白MP032、MP049、MP051、MP066、MP068、MP070、MP091S、MP109S、MP114、MP121、MP134S、MP183S、MP185S、MP186S、MP195S、MP197S、MP208S、MP209S、MP212S、MP214S、MP217S、MP222S、MP234S、MP235S、MP237S、MP242S、MP243、MP248、MP249S、MP251M、MP252S、MP253、MP259S、MP287S、MP288S、MP295S、MP296S、MP297S、MP300S、MP304S、MP306S、MP310S、MP312S、MP314S、MP319S、MP325S、MP326S、MP327S、MP328S、MP334S、MP337S、MP342S、MP349S、MP356S、MP359S、MP360S、MP437S、MP451S、MP452S、MP466S、MP468S、MP476S、MP482S、MP522S、MP529S、MP548S、MP552S、MP562S、MP564S、MP566S、MP567S、MP569S、MP573S、MP574S、MP575S、MP581S、MP590、MP594S、MP596S、MP597、MP599S、MP600S、MP601S、MP602S、MP604S、MP626S、MP629S、MP630S、MP631S、MP632S、MP633S、MP634S、MP635S、MP639S、MP640S、MP644S、MP649S、MP651S、MP652S、MP653S、MP661S、MP666S、MP672S、MP696S、MP704S、MP724S、MP729S、MP739S、MP755S、MP773S、MP799S、MP800S、MP801S、MP802S、MP803S、MP805S、MP809S、MP815S、MP828S、MP831S、MP844S、MP852、MP865S、MP879S、MP887S、MP891S、MP896S、MP898S、MP935S、MP968、MP989、MP993、MP997、MP1049、MP1066、MP1067、MP1080、MP1081、MP1200、MP1206、MP1233、和MP1311。Cry蛋白的杀昆虫活性是本领域技术人员所熟知的(综述参见van Frannkenhuyzen,(2009)J.Invert.Path.[无脊椎动物病理学杂志]101:1-16)。使用Cry蛋白作为转基因植物性状是本领域技术人员熟知的,并且Cry-转基因植物(包括但不限于表达以下的植物:Cry1Ac、Cry1Ac+Cry2Ab、Cry1Ab、Cry1A.105、Cry1F、Cry1Fa2、Cry1F+Cry1Ac、Cry2Ab、Cry3A、mCry3A、Cry3Bb1、Cry34Ab1、Cry35Ab1、Vip3A、mCry3A、Cry9c和CBI-Bt)已获得法规性审批(参见,Sanahuja,(2011)Plant Biotech Journal[植物生物技术杂志]9:283-300和CERA(2010)环境风险评估的转基因作物数据库中心(CERA)(GM Crop Database Center forEnvironmental Risk Assessment(CERA)),ILSI研究基金会(ILSI ResearchFoundation),华盛顿特区,网址为cera-gmc.org/index.php?action=gm_crop_database,其可以使用“www”前缀在万维网上访问)。多于一种杀有害生物蛋白也可以在植物中表达,如Vip3Ab和Cry1Fa(US 2012/0317682);Cry1BE和Cry1F(US 2012/0311746);Cry1CA和Cry1AB(US2012/0311745);Cry1F和CryCa(US 2012/0317681);Cry1DA和Cry1BE(US 2012/0331590);Cry1DA和Cry1Fa(US 2012/0331589);Cry1AB和Cry1BE(US 2012/0324606);Cry1Fa和Cry2Aa以及Cry1I和Cry1E(US 2012/0324605);Cry34Ab/35Ab和Cry6Aa(US20130167269);Cry34Ab/VCry35Ab和Cry3Aa(US 20130167268);Cry1Da和Cry1Ca(US9796982);Cry3Aa和Cry6Aa(US 9798963);以及Cry3A和Cry1Ab或Vip3Aa(US 9,045,766)。杀有害生物蛋白还包括杀昆虫脂肪酶,所述杀昆虫脂肪酶包括美国专利号7,491,869的脂质酰基水解酶,和胆固醇氧化酶,如来自链霉菌属(Purcell等人,(1993)Biochem BiophysRes Commun[生物化学与生物物理学研究通讯]15:1406-1413)。杀有害生物蛋白还包括美国专利号5,877,012、6,107,279、6,137,033、7,244,820、7,615,686和8,237,020中的VIP(营养期杀昆虫蛋白)毒素等。其他VIP蛋白是熟知的(参见lifesci.sussex.ac.uk/home/Neil_Crickmore/Bt/vip.html,其可以使用“www”前缀在万维网上访问)。杀有害生物蛋白还包括PCT序列号PCT/US 2017/000510的Cyt蛋白(包括Cyt1A变体);杀有害生物蛋白还包括毒素复合物(TC)蛋白,所述毒素复合物(TC)蛋白可从生物体如致病杆菌属、发光杆菌属和类芽孢杆菌属获得(参见,美国专利号7,491,698和8,084,418)。一些TC蛋白具有“独立”杀昆虫活性并且其他TC蛋白增强由相同给定生物体产生的独立毒素的活性。可以通过源自不同属的来源生物体的一种或多种TC蛋白“增效剂”来增强“独立”TC蛋白(例如来自发光杆菌属、致病杆菌属或类芽孢杆菌属)的毒性。有三种主要类型的TC蛋白。如本文所提及的,A类蛋白(“蛋白A”)是独立毒素。B类蛋白(“蛋白B”)和C类蛋白(“蛋白C”)增强了A类蛋白的毒性。A类蛋白的实例是TcbA、TcdA、XptA1和XptA2。B类蛋白的实例是TcaC、TcdB、XptB1Xb和XptC1Wi。C类蛋白的实例是TccC、XptC1Xb和XptB1Wi。杀有害生物蛋白还包括蜘蛛、蛇和蝎毒蛋白。蜘蛛毒肽的实例包括但不限于莱科毒素-1肽及其突变体(美国专利号8,334,366)。
(C)编码昆虫特异性激素或信息素(如蜕化类固醇和保幼激素)、其变体、基于其的模拟物、或者其拮抗剂或激动剂的多核苷酸。参见,例如Hammock等人,(1990)Nature[自然]344:458,该文献公开了经克隆的保幼激素酯酶(保幼激素的灭活剂)的杆状病毒表达。
(D)编码昆虫特异性肽的多核苷酸,其在表达时破坏受影响有害生物的生理机能。例如,参见以下公开内容:Regan,(1994)J.Biol.Chem.[生物化学杂志]269:9(表达克隆产生编码昆虫利尿激素受体的DNA);Pratt等人,(1989)Biochem.Biophys.Res.Comm.[生物化学与生物物理研究通讯]163:1243(在太平洋折翅蠊(Diplopterapuntata)中鉴定咽侧体抑制素(allostatin));Chattopadhyay等人,(2004)Critical Reviews in Microbiology[微生物学评论]30(1):33-54;Zjawiony,(2004)J Nat Prod[天然产物杂志]67(2):300-310;Carlini和Grossi-de-Sa,(2002)Toxicon[毒素]40(11):1515-1539;Ussuf等人,(2001)Curr Sci.[当代科学]80(7):847-853以及Vasconcelos和Oliveira,(2004)Toxicon[毒素]44(4):385-403。还参见,Tomalski等人的美国专利号5,266,317,他们公开了编码昆虫特异性毒素的基因。
(E)编码如下酶的多核苷酸,所述酶负责单萜、倍半萜烯、类固醇、异羟肟酸、苯丙素衍生物或具有杀昆虫活性的其他非蛋白质分子的超累积。
(F)编码参与生物活性分子的修饰(包括翻译后修饰)的酶的多核苷酸;例如糖酵解酶、蛋白水解酶、脂肪分解酶、核酸酶、环化酶、转氨酶、酯酶、水解酶、磷酸酶、激酶、磷酸化酶、聚合酶、弹性蛋白酶、几丁质酶和葡聚糖酶,无论是天然还是合成的。参见,PCT申请WO1993/02197,所属人为Scott等人,该文献公开了愈创葡聚糖酶(callase)基因的核苷酸序列。含有几丁质酶编码序列的DNA分子可以例如从登录号39637和67152下的获得。还参见,Kramer等人,(1993)InsectBiochem.Molec.Biol.[昆虫生物化学与分子生物学]23:691,他们教导编码烟草钩虫几丁质酶的cDNA的核苷酸序列;和Kawalleck等人,(1993)Plant Molec.Biol.[植物分子生物学]21:673,他们提供欧芹ubi4-2多泛素基因的核苷酸序列;以及美国专利号6,563,020、7,145,060和7,087,810。
(G)编码刺激信号转导的分子的多核苷酸。例如,参见Botella等人,(1994)PlantMolec.Biol.[植物分子生物学]24:757,该文献公开了绿豆钙调素cDNA克隆的核苷酸序列,以及Griess等人,(1994)Plant Physiol.[植物生理学]104:1467,他们提供了玉米钙调素cDNA克隆的核苷酸序列。
(H)编码疏水力矩肽(hydrophobic momentpeptide)的多核苷酸。参见,PCT申请WO1995/16776和美国专利号5,580,852,其公开了速普肽(其抑制真菌植物病原体)的肽衍生物,以及PCT申请WO 1995/18855和美国专利号5,607,914(教导了赋予疾病抗性的合成抗微生物肽)。
(I)编码膜通透酶、通道形成剂(channel former)或通道阻断剂的多核苷酸。例如,参见Jaynes等人,(1993)PlantSci.[植物科学]89:43,该文献公开了天蚕素-β裂解肽类似物的异源表达,以提供对青枯假单胞菌(Pseudomonas solanacearum)具有抗性的转基因烟草植物。
(J)编码病毒侵入性蛋白质或由其衍生的复合毒素的基因。例如,病毒外壳蛋白在转化的植物细胞中的积累赋予对由外源蛋白基因来源的病毒以及由相关病毒导致的病毒感染和/或疾病发展的抗性。参见,Beachy等人,(1990)Ann.Rev.Phytopathol.[植物病理学年鉴]28:451。外壳蛋白介导的抗性已赋予经转化的植物抵抗苜蓿花叶病毒、黄瓜花叶病毒、烟草线条病毒、马铃薯X病毒、马铃薯Y病毒、烟草蚀纹病毒、烟草脆裂病毒和烟草花叶病毒。同上。
(K)编码昆虫特异性抗体或由其衍生的免疫毒素的基因。因此,靶向昆虫肠道中关键代谢功能的抗体将使受影响的酶失活,杀灭昆虫。Cf.Taylor等人,摘要#497,SEVENTHINT'L SYMPOSIUM ON MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS[关于分子植物-微生物相互作用的第七届国际研讨会](爱丁堡,苏格兰,1994)(通过生产单链抗体片段在转基因烟草中酶促失活)。
(L)编码病毒特异性抗体的基因。参见,例如Tavladoraki等人,(1993)Nature[自然]366:469,他们提出表达重组抗体基因的转基因植物不受病毒侵袭。
(M)编码由病原体或寄生虫在自然中产生的发育阻滞蛋白的多核苷酸。因此,真菌内α-1,4-D-多聚半乳糖醛酸酶通过溶解植物细胞壁均-α-1,4-D-半乳糖醛酸酶来促进真菌定植和植物营养释放。参见Lamb等人,(1992)Bio/Technology[生物技术]10:1436。Toubart等人,(1992)PlantJ.[植物杂志]2:367描述了编码豆内聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白的基因的克隆和表征。
(N)编码由植物在自然中产生的发育抑制蛋白的多核苷酸。例如,Logemann等人,(1992)Bio/Technology[生物技术]10:305表明,表达大麦核糖体失活基因的转基因植物具有增加的对真菌疾病的抗性。
(O)参与***获得抗性(SAR)应答的基因和/或发病相关基因。Briggs,(1995)CurrentBiology[当代生物学]5(2),Pieterse和Van Loon,(2004)Curr.Opin.PlantBio.[植物生物学当代观点]7(4):456-64,以及Somssich,(2003)Cell[细胞]113(7):815-6。
(P)抗真菌基因(Cornelissen和Melchers,(1993)Pl.Physiol.[植物生理学]101:709-712,和Parijs等人,(1991)Planta[植物]183:258-264,以及Bushnell等人,(1998)Can.J.ofPlantPath.[加拿大植物病理学杂志]20(2):137-149)。还参见,美国专利申请序列号09/950,933;11/619,645;11/657,710;11/748,994;11/774,121以及美国专利号6,891,085和7,306,946。用于感知几丁质片段的LysM受体样激酶作为对真菌病原体的植物防御应答中的第一步(US2012/0110696)。
(Q)解毒基因,如伏马菌素、白僵菌素、念珠菌素和玉米赤霉烯酮及其结构相关的衍生物的基因。例如,参见美国专利号5,716,820;5,792,931;5,798,255;5,846,812;6,083,736;6,538,177;6,388,171和6,812,380。
(R)编码胱抑素(Cystatin)和半胱氨酸蛋白酶抑制剂的多核苷酸。参见,美国专利号7,205,453。
(S)防御素基因。参见,WO 2003/000863和美国专利号6,911,577;6,855,865;6,777,592和7,238,781。
(T)赋予对线虫抗性的基因。参见,例如PCT申请WO1996/30517;PCT申请WO 1993/19181、WO 2003/033651,以及Urwin等人,(1998)Planta[植物]204:472-479,和Williamson,(1999)Curr Opin Plant Bio.[植物生物学当代观点]2(4):327-31;美国专利号6,284,948和7,301,069以及miR164基因(WO 2012/058266)。
(U)赋予对疫霉根腐病抗性的基因,如Rps 1、Rps 1-a、Rps 1-b、Rps 1-c、Rps 1-d、Rps 1-e、Rps 1-k、Rps 2、Rps 3-a、Rps 3-b、Rps 3-c、Rps 4、Rps 5、Rps 6、Rps 7和其他Rps基因。参见,例如Shoemaker等人,Phytophthora Root Rot Resistance Gene Mappingin Soybean[大豆中疫霉根腐病抗性基因图谱],Plant Genome IV Conference[植物基因组第四次会议],圣迭戈市,加利福尼亚州(1995)。
(V)赋予对褐茎腐病抗性的基因,如美国专利号5,689,035所述,并为此目的通过引入并入本文。
(W)赋予对炭疽菌抗性的基因,如美国专利申请公开US2009/0035765中所述,并为此目的通过引用并入本文。这包括可以用作单一基因座转化的Rcg基因座。
2.赋予对除草剂的抗性的转基因,例如:
(A)编码对如下除草剂的抗性的多核苷酸,所述除草剂抑制生长点或分生组织,如咪唑啉酮或磺酰脲。此类别的示例性基因编码突变体ALS和AHAS酶,分别如以下文献中所述:Lee等人,(1988)EMBO J.[欧洲分子生物学学会杂志]7:1241和Miki等人,(1990)Theor.Appl.Genet.[理论与应用遗传学]80:449。还参见,美国专利号5,605,011;5,013,659;5,141,870;5,767,361;5,731,180;5,304,732;4,761,373;5,331,107;5,928,937和5,378,824;美国专利申请序列号11/683,737和国际公开WO 1996/33270。
(B)编码对草甘膦(分别由突变体5-烯醇丙酮酰-3-磷酸合酶(EPSP)和aroA基因赋予的抗性)和其他膦酰基化合物如草铵膦(草丁膦乙酰转移酶(PAT)和吸水链霉菌草丁膦乙酰转移酶(bar)基因)和吡啶氧基或苯氧基丙酸和环己酮(ACC酶抑制剂编码基因)有抗性的蛋白质的多核苷酸。参见,例如Shah等人的美国专利号4,940,835,其公开了EPSPS形式的能赋予草甘磷抗性的核苷酸序列。Barry等人的美国专利号5,627,061也描述了编码EPSPS酶的基因。还参见,美国专利号6,566,587;6,338,961;6,248,876;6,040,497;5,804,425;5,633,435;5,145,783;4,971,908;5,312,910;5,188,642;5,094,945;4,940,835;5,866,775;6,225,114;6,130,366;5,310,667;4,535,060;4,769,061;5,633,448;5,510,471;Re.36,449;RE 37,287E和5,491,288以及国际公开EP 1173580;WO 2001/66704;EP1173581和EP1173582,为此目的将以上专利通过引用并入本文。还给予植物草甘磷抗性,使所述植物表达编码草甘磷氧化还原酶的基因,这在美国专利号5,776,760和5,463,175中进行了更全面地描述,为此目的将这两份专利通过引用并入本文。另外,可通过过量表达编码草甘磷N-乙酰转移酶的基因,来赋予植物草甘磷抗性。参见,例如美国专利号7,462,481;7,405,074以及美国专利申请公开号2008/0234130。编码突变aroA基因的DNA分子可以在登录号39256下获得,并且所述突变基因的核苷酸序列公开于Comai的美国专利号4,769,061中。Kumada等人的欧洲申请号0333033和Goodman等人的美国专利号4,975,374公开了赋予除草剂(如L-草铵膦)抗性的谷氨酰胺合成酶基因的核苷酸序列。Leemans等人的EP申请号0242246和0242236提供了草丁膦乙酰基转移酶基因的核苷酸序列;De Greef等人,(1989)Bio/Technology[生物技术],7:61描述了表达编码草丁膦乙酰转移酶活性的嵌合bar基因的转基因植物的生产。还参见,美国专利号5,969,213;5,489,520;5,550,318;5,874,265;5,919,675;5,561,236;5,648,477;5,646,024;6,177,616和5,879,903,为此目的将以上专利通过引用并入本文。赋予苯氧基丙酸和环己酮(如稀禾啶和吡氟氯禾灵)抗性的示例性基因是Acc1-S1、Acc1-S2和Acc1-S3基因,其描述于以下文献中:Marshall等人,(1992)Theor.Appl.Genet.[理论与应用遗传学]83:435。
(C)编码对抑制光合作用的除草剂(如三嗪(psbA和gs+基因)和苯甲氰(腈水解酶基因))具有抗性的蛋白质的多核苷酸。Przibilla等人,(1991)Plant Cell[植物细胞]3:169描述了用编码突变体psbA基因的质粒对衣藻进行转化。Stalker的美国专利号4,810,648中公开了腈水解酶基因的核苷酸序列,并且包含这些基因的DNA分子可在登录号53435、67441和67442下获得。编码谷胱甘肽S-转移酶的DNA的克隆和表达描述于以下文献中:Hayes等人,(1992)Biochem.J.[生物化学杂志]285:173。
(D)编码已经被引入到各种植物中对乙酰羟酸合酶具有抗性的蛋白质的多核苷酸,已经发现其使表达此酶的植物对多种类型的除草剂具有抗性(参见,例如,Hattori等人,(1995)Mol Gen Genet.[分子和普通遗传学]246:419)。赋予除草剂抗性的其他基因包括:编码大鼠细胞色素P4507A1和酵母NADPH-细胞色素P450氧化还原酶的嵌合蛋白的基因(Shiota等人,(1994)Plant Physiol[植物生理学]106:17),针对谷胱甘肽还原酶和超氧化物歧化酶的基因(Aono等人,(1995)Plant CellPhysiol[植物细胞生理学]36:1687)和各种磷酸转移酶的基因(Datta等人,(1992)PlantMolBiol[植物分子生理学]20:619)。
(E)编码对靶向原卟啉原氧化酶(protox)的除草剂的抗性的多核苷酸,所述原卟啉原氧化酶是生产叶绿素所必需的。原卟啉原氧化酶用作多种除草剂化合物的靶标。这些除草剂还抑制存在的所有不同种类的植物的生长,导致其完全破坏。对这些除草剂具有抗性的、含有经改变的原卟啉原氧化酶活性的植物的开发描述于以下文献中:美国专利号6,288,306;6,282,83和5,767,373,以及国际公开WO2001/12825。
(F)aad-1基因(最初来自鞘脂单胞菌(Sphingobium herbicidovorans))编码芳氧基链烷酸酯双加氧酶(AAD-1)蛋白。所述性状赋予对2,4-二氯苯氧基乙酸和芳氧基苯氧基丙酸酯(通常称为“fop”除草剂,如喹禾灵)除草剂的耐受性。用于植物中除草剂耐受性的aad-1基因本身首先在WO 2005/107437中公开(还参见US2009/0093366)。来自食酸丛毛单胞菌(Delftia acidovorans)的aad-12基因,其编码芳氧基链烷酸酯双加氧酶(AAD-12)蛋白,所述蛋白通过用芳氧基链烷酸酯部分(包括苯氧基生长素(例如2,4-D,MCPA)以及吡啶氧基生长素(例如氯氟吡氧乙酸,三氯吡氧乙酸))使若干种除草剂失活来赋予对2,4-二氯苯氧基乙酸和吡啶氧基乙酸酯除草剂的耐受性。
(G)编码美国专利申请公开2003/0135879中公开的、用于赋予麦草畏耐受性的除草剂抗性麦草畏单加氧酶的多核苷酸;
(H)编码美国专利号4,810,648中所公开的、用于赋予溴苯腈耐受性的溴草腈腈水解酶(Bxn)的多核苷酸分子;
(I)编码以下文献中描述的、用于达草灭耐受性的八氢番茄红素(crtl)的多核苷酸分子:Misawa等人,(1993)Plant J.[植物杂志]4:833-840和Misawa等人,(1994)PlantJ.[植物杂志]6:481-489。
3.赋予或贡献于改变的谷物特征的转基因
如:
(A)改变的脂肪酸,例如,通过以下各项:
(1)下调硬脂酰-ACP以增加植物的硬脂酸含量。参见,Knultzon等人,(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国科学院院报]89:2624和WO 1999/64579(Genes to AlterLipid Profiles in Corn[改变玉米脂质谱的基因])。
(2)通过FAD-2基因修饰提高油酸和/或通过FAD-3基因修饰降低亚麻酸(参见,美国专利号6,063,947、6,323,392、6,372,965和WO1993/11245)。
(3)改变共轭亚麻酸或亚油酸含量,如在WO 2001/12800中。
(4)改变LEC1,AGP,Dek1,Superal1,mi1 ps和各种Ipa基因如Ipa1、Ipa3、hpt或hggt。例如,参见WO 2002/42424、WO 1998/22604、WO 2003/011015、WO 2002/057439、WO2003/011015、美国专利号6,423,886、6,197,561、6,825,397、和美国专利申请公开号US2003/0079247、US 2003/0204870以及Rivera-Madrid等人,(1995)Proc.Natl.Acad.Sci.[美国科学院院报]92:5620-5624。
(5)基因编码用于制备长链多不饱和脂肪酸的δ-8去饱和酶(美国专利号8,058,571和8,338,152)、用于降低饱和脂肪的δ-9去饱和酶(美国专利号8,063,269)、用于改善ω-3脂肪酸谱的报春花属(Primula)Δ6-去饱和酶。
(6)与脂质和糖代谢调节相关的分离的核酸和蛋白质,特别是用于生产转基因植物和调节种子储存化合物(包括脂质、脂肪酸、淀粉或种子储存蛋白)的水平的方法中以及用于调节植物种子大小、种子数、种子重量、根长和叶子大小的方法中的脂质代谢蛋白(LMP)(EP2404499)。
(7)改变植物中糖诱导型2(HSI2)蛋白的高水平表达,以增加或减少植物中HSI2的表达。增加HSI2的表达增加油含量,而降低HSI2的表达降低脱落酸敏感性和/或增加抗旱性(美国专利申请公开号2012/0066794)。
(8)细胞色素b5(Cb5)单独或与FAD2一起表达,以调节植物种子中的油含量,特别是增加ω-3脂肪酸的水平,并改善ω-6与ω-3脂肪酸的比例(美国专利申请公开号2011/0191904)。
(9)核酸分子编码wrinkled1样多肽,用于调节糖代谢(美国专利号8,217,223)。
(B)改变的磷含量,例如,通过
(1)引入植酸酶编码基因将增强植酸的分解,向经转化的植物添加更多的游离磷酸。例如,参见Van Hartingsveldt等人,(1993)Gene[基因]127:87,该文献公开了黑曲霉(Aspergillus niger)植酸酶基因的核苷酸序列。
(2)调节降低植酸盐含量的基因。例如,这可以在玉蜀黍中通过以下方法来完成:克隆然后重新引入与一个或多个等位基因相关联的DNA,如在以低水平的植酸为特征的玉米突变体中经鉴定的LPA等位基因,例如WO 2005/113778中所述;和/或改变肌醇激酶活性,如WO 2002/059324、美国专利申请公开号2003/0009011、WO2003/027243、美国专利申请公开号2003/0079247、WO 1999/05298、美国专利号6,197,561、美国专利号6,291,224、美国专利号6,391,348、WO 2002/059324、美国专利申请公开号2003/0079247、WO1998/45448、WO1999/55882、WO 2001/04147中所述。
(C)改变的碳水化合物(例如,通过改变影响淀粉分支模式的酶的基因而影响其),或改变硫氧还蛋白如NTR和/或TRX(参见,美国专利号6,531,648,为此目的将其通过引用结合)和/或γ玉米醇溶蛋白敲除或突变体如cs27或TUSC27或en27的基因(参见,美国专利号6,858,778和美国专利申请公开号2005/0160488、美国专利申请公开号2005/0204418,为此目的将其通过引用并入)。参见,Shiroza等人,(1988)J.Bacteriol.[细菌学杂志]170:810(链球菌突变果糖基转移酶基因的核苷酸序列),Steinmetz等人,(1985)Mol.Gen.Genet.[分子遗传学和基因组学]200:220(枯草芽孢杆菌果聚糖蔗糖酶基因的核苷酸序列),Pen等人,(1992)Bio/Technology[生物/技术]10:292(生产表达地衣芽孢杆菌α-淀粉酶的转基因植物),Elliot等人,(1993)Plant Molec.Biol.[植物分子生物学]21:515(番茄转化酶基因的核苷酸序列),等人,(1993)J.Biol.Chem.[生物化学杂志]268:22480(大麦α-淀粉酶基因的定向诱变)和Fisher等人,(1993)PlantPhysiol.[植物生理学]102:1045(玉米胚乳淀粉分支酶II),WO 1999/10498(通过修饰UDP-D-木糖4-差向异构酶、脆性1和2、Ref1、HCHL、C4H改善的可消化性和/或淀粉提取),美国专利号6,232,529(通过改变淀粉水平(AGP)生产高油种子的方法)。本文提及的脂肪酸修饰基因也可用于通过淀粉和油途径的相互关系影响淀粉含量和/或组成。
(D)改变的抗氧化剂含量或组成,如改变生育酚或生育三烯酚。例如,参见,涉及操作抗氧化剂水平的美国专利号6,787,683、美国专利申请公开号2004/0034886和WO 2000/68393,和通过改变尿黑酸香叶基香叶基转移酶(hggt)的WO 2003/082899。
(E)改变的种子必需氨基酸。例如,参见美国专利号6,127,600(增加种子中必需氨基酸积累的方法)、美国专利号6,080,913(增加种子中必需氨基酸积累的二元方法)、美国专利号5,990,389(高赖氨酸)、WO 1999/40209(种子中氨基酸组成的改变)、WO 1999/29882(用于改变蛋白质的氨基酸含量的方法)、美国专利号5,850,016(种子中氨基酸组成的改变)、WO 1998/20133(具有升高水平的必需氨基酸的蛋白质)、美国专利号5,885,802(高甲硫氨酸)、美国专利号5,885,801(高苏氨酸)、美国专利号6,664,445(植物氨基酸生物合成酶)、美国专利号6,459,019(赖氨酸和苏氨酸增加)、美国专利号6,441,274(植物色氨酸合酶β亚基)、美国专利号6,346,403(甲硫氨酸代谢酶)、美国专利号5,939,599(高硫)、美国专利号5,912,414(甲硫氨酸增加)、WO 1998/56935(植物氨基酸生物合成酶)、WO 1998/45458(具有较高百分比的必需氨基酸的工程改造的种子蛋白)、WO1998/42831(赖氨酸增加)、美国专利号5,633,436(增加含硫氨基酸含量)、美国专利号5,559,223(具有含可编程水平的必需氨基酸的明确结构的合成储存蛋白,用于改善植物的营养价值)、WO 1996/01905(苏氨酸增加)、WO 1995/15392(赖氨酸增加)、美国专利申请公开号2003/0163838、美国专利申请公开号2003/0150014、美国专利申请公开号2004/0068767、美国专利号6,803,498、WO2001/79516。
4.控制雄性不育的基因:
有若干种赋予遗传性雄性不育的方法,如在基因组内单独位置处赋予雄性不育的多个突变基因,如Brar等人在美国专利号4,654,465和4,727,219中所公开的,以及染色体易位,如Patterson在美国专利号3,861,709和3,710,511中所述。除这些方法之外,Albertsen等人的美国专利号5,432,068描述了核雄性不育的***,其包括:鉴定对雄性能育性至关重要的基因;沉默这种对雄性能育性至关重要的天然基因;从基本的雄性能育性基因中除去天然启动子并用诱导型启动子替换;将此经遗传工程改造的基因插回入植物;并因此产生雄性不育的植物,因为诱导型启动子不是“开”的,导致雄性能育性基因不被转录。通过诱导或将启动子打“开”来恢复能育性,所述启动子反过来又允许赋予雄性能育性的基因被转录。
(A)在绒毡层特异性启动子的控制下以及应用化学品N-Ac-PPT引入脱乙酰酶基因(WO 2001/29237)。
(B)引入各种雄蕊特异性启动子(WO 1992/13956、WO1992/13957)。
(C)引入barnase和barstar基因(Paul等人,(1992)PlantMol.Biol.[植物分子生物学]19:611-622)。
关于细胞核雄性和雌性不育***和基因的另外的实例,也可参见美国专利号5,859,341;6,297,426;5,478,369;5,824,524;5,850,014和6,265,640,所有这些专利都通过引用并入本文。
5.创建用于位点特异性DNA整合的位点的基因。
这包括引入可以在FLP/FRT***中使用的FRT位点和/或可以在Cre/Loxp***中使用的Lox位点。例如,参见Lyznik等人,(2003)Plant CellRep[植物细胞报告]21:925-932和WO 1999/25821,以上文献通过引用并入本文。可以使用的其他***包括噬菌体Mu的Gin重组酶(Maeser等人,(1991)Vicki Chandler,The Maize Handbook[玉米手册],第118章(Springer-Verlag[施普林格出版社],1994))、大肠杆菌的Pin重组酶(Enomoto等人,1983)和pSRi质粒的R/RS***(Araki等人,1992)。
6.影响非生物胁迫抗性的基因
包括但不限于开花、穗和种子发育、提高氮利用效率、改变氮反应性、抗旱性或耐旱性、抗寒性或耐寒性、抗盐性或耐盐性以及在胁迫下产量的增加。
(A)例如,参见:WO 2000/73475,其中通过改变苹果酸来改变水分利用效率;美国专利号5,892,009、5,965,705、5,929,305、5,891,859、6,417,428、6,664,446、6,706,866、6,717,034、6,801,104、WO2000/060089、WO 2001/026459、WO 2001/035725、WO 2001/034726、WO 2001/035727、WO 2001/036444、WO 2001/036597、WO2001/036598、WO 2002/015675、WO 2002/017430、WO 2002/077185、WO 2002/079403、WO 2003/013227、WO 2003/013228、WO2003/014327、WO 2004/031349、WO 2004/076638、WO 199809521。
(B)WO 199938977描述了基因,所述基因包括有效减轻冷冻、高盐度和干旱对植物的负面影响以及赋予植物表型其他积极作用的CBF基因和转录因子。
(C)美国专利申请公开号2004/0148654和WO 2001/36596,其中脱落酸在植物中被改变,导致改善的植物表型,如增加的产量和/或增加的对非生物胁迫的耐受性。
(D)WO 2000/006341、WO 2004/090143、美国专利号7,531,723和6,992,237,其中细胞***素表达被修饰,导致具有增加的胁迫耐受性的植物,如耐旱性和/或增加的产量。还可参见,WO 2002/02776、WO 2003/052063、JP 2002/281975、美国专利号6,084,153、WO2001/64898、美国专利号6,177,275和美国专利号6,107,547(提高氮利用率和改变氮反应性)。
(E)对于乙烯改变,参见美国专利申请公开号2004/0128719、美国专利申请公开号2003/0166197和WO 2000/32761。
(F)对于植物转录因子或非生物胁迫的转录调节子,参见,例如,美国专利申请公开号2004/0098764或美国专利申请公开号2004/0078852。
(G)增加液泡焦磷酸酶如AVP1表达以提高产量的基因(美国专利号8,058,515);编码HSFA4或HSFA5(A4或A5类热休克因子)多肽(寡肽转运蛋白(OPT4样)多肽)的核酸;间隔期2样(PLA2样)多肽或Wuschel相关同源框1样(WOX1样)多肽(美国专利申请公开号US 2011/0283420)。
(H)下调编码聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)蛋白的多核苷酸以调节程序性细胞死亡(美国专利号8,058,510)以增加活力。
(I)编码用于赋予抗旱性的DTP21多肽的多核苷酸(美国专利申请公开号US 2011/0277181)。
(J)编码用于调节发育、调节对胁迫的应答和调节胁迫耐受性的ACC合酶3(ACS3)蛋白的核苷酸序列(美国专利申请公开号US2010/0287669)。
(K)编码赋予耐旱性表型(DTP)以赋予抗旱性的蛋白质的多核苷酸(WO 2012/058528)。
(L)用于赋予耐旱性和耐盐性的生育酚环化酶(TC)基因(美国专利申请公开号2012/0272352)。
(M)针对胁迫耐受性的CAAX氨基末端家族蛋白质(美国专利号8,338,661)。
(N)SAL1编码基因的突变具有增加的胁迫耐受性,包括耐旱性增加(美国专利申请公开号2010/0257633)。
(O)编码选自下组的多肽的核酸序列的表达,该组由以下组成:GRF多肽、RAA1样多肽、SYR多肽、ARKL多肽、和YTP多肽,这些多肽增加产量相关性状(美国专利申请公开号2011/0061133)。
(P)调节植物中编码III类海藻糖磷酸磷酸酶(TPP)多肽的核酸的表达,用于增强植物中的产量相关性状,特别是增加种子产量(美国专利申请公开号2010/0024067)。
影响植物生长和农艺性状(如产量、开花、植物生长和/或植物结构)的其他基因和转录因子可被引入或渐渗到植物中,参见例如WO1997/49811(LHY)、WO 1998/56918(ESD4)、WO 1997/10339和美国专利号6,573,430(TFL)、美国专利号6,713,663(FT)、WO1996/14414(CON)、WO 1996/38560、WO 2001/21822(VRN1)、WO 2000/44918(VRN2)、WO 1999/49064(GI)、WO 2000/46358(FR1)、WO 1997/29123、美国专利号6,794,560、美国专利号6,307,126(GAI)、WO 1999/09174(D8和Rht)以及WO 2004/076638和WO2004/031349(转录因子)。
7.赋予增加的产量的基因
(A)由编码核酸的1-氨基环丙烷-1-羧酸酯脱氨酶样多肽(ACCDP)转化的转基因作物植物,其中,与所述植物的野生型品种相比,在所述作物植物中的核酸序列的表达使所述植物具有增加的根生长、和/或增加的产量、和/或增加的对环境胁迫的耐受性(美国专利号8,097,769)。
(B)已显示,使用种子偏好性启动子的玉米锌指蛋白基因(Zm-ZFP1)的过表达能促进植物生长、增加每株植物的籽粒数和总籽粒重量(美国专利申请公开号2012/0079623)。
(C)已显示,玉米侧生器官界限(LOB)结构域蛋白(Zm-LOBDP1)的组成型过表达能增加每株植物的籽粒数和总籽粒重量(美国专利申请公开号2012/0079622)。
(D)通过调节植物中编码VIM1(甲基化1中的变体)样多肽或VTC2样(GDP-L-半乳糖磷酸化酶)多肽或DUF1685多肽或ARF6样(生长素应答因子)多肽(WO 2012/038893)的核酸的表达来增强植物中产量相关的性状。
(E)调节植物中编码Ste20样多肽或其同源物的核酸的表达,得到相对于对照植物具有增加的产量的植物(EP 2431472)。
(F)编码用于修饰植物根系结构的核苷二磷酸酶激酶(NDK)多肽及其同源物的基因(美国专利申请公开号2009/0064373)。
8.赋予植物可消化性的基因。
(A)通过调节木聚糖合成酶的表达来改变存在于植物细胞壁中的木聚糖水平(美国专利号8,173,866)。
在一些实施例中,堆叠的性状可以是已经获得监管批准的性状或事件,包括但不限于如下具有监管的事件,并且这些事件可以在环境风险评估中心(cera-gmc.org/?action=gm_crop_database,其可以使用www前缀进行访问)以及在国际农业生物技术应用服务部门(isaaa.org/gmapprovaldatabase/default.asp,其可以使用www前缀进行访问)找到。
基因沉默
在一些实施例中,堆叠的性状可以处于一种或多种目的多核苷酸沉默的形式,导致对一种或多种靶有害生物多肽的抑制。在一些实施例中,使用抑制DNA构建体来实现该沉默。
在一些实施例中,编码IPD113多肽的多肽或其片段或变体的一种或多种多核苷酸可以与编码具有如上所述的杀昆虫活性或农艺性状的一种或多种多肽的一种或多种多核苷酸堆叠,并且任选地可以进一步包括提供如下文所述一种或多种靶多核苷酸的基因沉默的一种或多种多核苷酸。
“抑制DNA构建体”是重组DNA构建体,当被转化或稳定整合到植物的基因组中时,导致所述植物中靶基因的“沉默”。所述靶基因对于所述植物可以是内源的或转基因的。如本文中关于靶基因使用的“沉默”通常是指抑制由所述靶基因表达的mRNA或蛋白质/酶的水平,和/或酶活性或蛋白质功能性的水平。术语“抑制”包括调低、降低、下降、减少、阻抑、消除和预防。“沉默”或“基因沉默”并没有指定机制,并且包括但不限于反义、共抑制、病毒抑制、发夹抑制、茎环抑制、基于RNAi的方法和基于小RNA的方法。
抑制DNA构建体可以包含源自目的靶基因的区域,并且可以包含目的靶基因的正义链(或反义链)的全部或部分核酸序列。取决于待使用的方法,所述区域可以与目的基因的全部或部分正义链(或反义链)具有100%同一性或小于100%同一性(例如,至少50%或者51%和100%之间任何整数的同一性)。
抑制DNA构建体,一旦选择了目的靶基因就容易地构建,并且包括但不限于共抑制构建体、反义构建体、病毒抑制构建体、发夹抑制构建体、茎环抑制构建体、产生双链RNA的构建体、以及(更普遍地)RNAi(RNA干扰)构建体和小RNA构建体(如siRNA(短干扰RNA)构建体和miRNA(微小RNA)构建体)。
“反义抑制”是指能够抑制靶蛋白表达的反义RNA转录物的产生。
“反义RNA”是指与靶标初级转录物或mRNA的全部或部分互补、并且阻断靶标分离的核酸片段表达的RNA转录物。反义RNA可与特定基因转录物的任何部分,即5'非编码序列、3'非编码序列、内含子或编码序列互补。
“共抑制”是指能够抑制靶蛋白表达的正义RNA转录物的产生。“正义”RNA是指包含mRNA并且可以在细胞内或体外翻译成蛋白质的RNA转录物。此前,已通过着眼于以正义方向过表达与天然mRNA具有同源性的核酸序列(其导致与过表达的序列具有同源性的所有RNA减少)设计出了植物中的共抑制构建体(参见,Vaucheret等人,(1998)PlantJ.[植物杂志],16:651-659和Gura,(2000)Nature[自然]404:804-808)。
另一个变化描述了植物病毒序列用于指导近端mRNA编码序列的抑制的用途(PCT公开号WO 1998/36083)。
最近的工作已经描述了并入互补方向上的全部或部分mRNA编码序列的“发夹”结构的用途,所述“发夹”结构产生了已表达的RNA的潜在“茎-环”结构(PCT公开WO 1999/53050)。在这种情况下,所述茎由对应于相对于启动子在正义或反义方向上***的目的基因的多核苷酸形成,并且所述环由目的基因的一些多核苷酸形成,这些多核苷酸在所述构建体中不具有互补序列。这增加了已回收的转基因植物中共抑制或沉默的频率。对于发夹抑制的综述,参见Wesley等人,(2003)Methods in Molecular Biology,Plant FunctionalGenomics:Methods and Protocols[分子生物学中的方法,植物功能基因组:方法和方案]236:273-286。
具有由来自待抑制的基因的至少30个核苷酸形成的茎和由随机核苷酸序列形成环的构建体也已被有效地用于抑制(PCT公开WO1999/61632)。
也已经描述了使用多聚-T和多聚-A序列来产生茎-环结构中的茎(PCT公开WO2002/00894)。
另一个变化包括使用合成重复序列促进茎-环结构中的茎的形成。已经显示用这种重组DNA片段制备的转基因生物体中由PCT公开WO 2002/00904中所述的形成环的核苷酸片段编码的蛋白质的水平降低。
RNA干扰是指由短干扰RNA(siRNA)介导的动物中序列特异性转录后基因沉默的过程(Fire等人,(1998)Nature[自然]391:806)。植物中相应的过程通常称为转录后基因沉默(PTGS)或RNA沉默,并且在真菌中也称为压抑(quelling)。转录后基因沉默的过程被认为是进化上保守的细胞防御机制,用于预防外源基因的表达,并且通常为不同的区系(flora)和门(phyla)所共享(Fire等人,(1999)Trends Genet.[遗传学趋势]15:358)。这种来自外源基因表达的保护可以应答于源自病毒感染的双链RNA(dsRNA)的产生或者从通过特异性破坏病毒基因组RNA的同源单链RNA的细胞反应将转座子元件随机整合到宿主基因组中而逐步形成。dsRNA在细胞中的存在通过尚未完全表征的机制来触发RNAi应答。
细胞中长dsRNA的存在刺激被称为切丁酶(dicer)的核糖核酸酶III酶的活性。切丁酶参与将dsRNA加工成称为短干扰RNA(siRNA)的dsRNA短片(Berstein等人,(2001)Nature[自然]409:363)。源自切丁酶活性的短干扰RNA的长度典型地为约21至约23个核苷酸并且包含约19个碱基对双链体(Elbashir等人,(2001)Genes Dev.[基因与发育]15:188)。切丁酶也已经涉及从涉及翻译控制的保守结构的前体RNA中切除21-和22-核苷酸时序小RNA(stRNA)(Hutvagner等人,(2001)Science[科学]293:834)。RNAi应答也是内切核酸酶复合物的特点,所述内切核酸酶复合物通常被称为RNA诱导的沉默复合物(RISC),其介导与siRNA双链体的反义链具有序列互补性的单链RNA的切割。靶RNA的切割发生在与siRNA双链体的反义链互补的区域的中间(Elbashir等人,(2001)Genes Dev.[基因与发育]15:188)。此外,RNA干扰还可以涉及小RNA(例如miRNA)介导的基因沉默,推测是通过调节染色质结构的细胞机制,并且从而防止靶基因序列的转录(参见例如,Allshire,(2002)Science[科学]297:1818-1819;Volpe等人,(2002)Science[科学]297:1833-1837;Jenuwein,(2002)Science[科学]297:2215-2218以及Hall等人,(2002)Science[科学]297:2232-2237)。因此,本公开的miRNA分子可用于经由与RNA转录物的相互作用或者通过与特定基因序列的相互作用来介导基因沉默,其中这种相互作用导致转录或转录后水平的基因沉默。
进一步提供了允许产生自沉默元件的RNAi增加的方法和组合物。在这类实施例中,所述方法和组合物采用第一多核苷酸,其包含可操作地连接到植物细胞中有活性的启动子的靶标有害生物序列的沉默元件;以及第二多核苷酸,其包含抑制增强子元件,所述抑制增强子元件包含靶标有害生物序列或者与在植物细胞中有活性的启动子可操作地连接的活性变体或其片段。具有抑制增强子元件的沉默元件的组合表达导致从所述沉默元件产生的抑制性RNA的扩增增加超过了仅单独通过所述沉默元件的表达可实现的增加程度。除了特异性RNAi物种本身的扩增增加之外,所述方法和组合物进一步允许产生可以增强破坏靶基因表达的有效性的多种RNAi物种群体。正如,当抑制增强子元件在植物细胞中与沉默元件组合表达时,所述方法和组合物可以允许在整个植物内***地产生RNAi;生产比仅单独用沉默元件构建体所能观察到的更大量的RNAi;以及更多的RNAi加载入植物韧皮部中,从而通过RNAi方法更好地防治取食韧皮部的昆虫。因此,各种方法和组合物提供了将抑制性RNA递送至靶生物体的改善方法。参见,例如美国专利申请公开2009/0188008。
如本文使用的,“抑制增强子元件”包含如下多核苷酸,所述多核苷酸包含待抑制的靶序列或者其活性片段或变体。应当认识到,抑制增强子元件不需要与靶序列相同,但是所述抑制增强子元件可以包含所述靶序列的变体,只要所述抑制增强子元件与靶序列具有足够的序列同一性,以允许由所述沉默元件产生的RNAi的水平增加超过仅通过所述沉默元件的表达可达到的增加程度。相似地,所述抑制增强子元件可以包含所述靶序列的片段,其中所述片段具有足够的长度以允许由所述沉默元件产生的RNAi的水平增加超过仅通过所述沉默元件表达可实现的增加程度。
应当认识到,可以使用来自相同靶序列或来自不同靶序列或者来自相同靶序列的不同区域的多种抑制增强子元件。例如,所使用的抑制增强子元件可以包含源自靶序列的不同区域(即来自3'UTR、编码序列、内含子和/或5'UTR)的靶序列片段。此外,如本文别处所述,所述抑制增强子元件可以包含在表达盒中,并且在具体实施例中,所述抑制增强子元件在与所述沉默元件相同或不同的DNA载体或构建体上。所述抑制增强子元件可以可操作地连接到如本文公开的启动子上。应当意识到,可以组成型或替代地表达抑制增强子元件,或可替代地,所述元件能以阶段特异性方式使用本文别处讨论的各种可诱导或组织偏好性或发育调节的启动子产生。
在具体实施例中,使用沉默元件和抑制增强子元件两者时,RNAi的***性产生发生在整个植物中。在另外的实施例中,本公开的植物或植物部分具有比用单独的沉默元件构建体的表达所能观察到的更多的RNAi加载入植物韧皮部中,并且从而通过RNAi方法更好地防治取食韧皮部的昆虫。在具体实施例中,本公开的植物、植物部分和植物细胞可以进一步被表征为允许产生多种RNAi种类,这些RNAi种类可以增强破坏靶基因表达的有效性。
在具体实施例中,沉默元件和抑制增强子元件的组合表达使植物细胞、植物、植物部分、植物组织或韧皮部中抑制性RNA的浓度增加超过单独表达所述沉默元件时所能达到的增加水平。
如本文使用的,当与适当的对照植物相比时,“抑制性RNA的水平增加”包括在具有所述组合表达的植物中产生的RNAi水平的任何统计学上显著的增加。例如,当与适当的对照相比时,植物、植物部分或植物细胞中RNAi水平的增加可以包含植物、植物部分、植物细胞或韧皮部中RNAi水平的至少约1%、约1%-5%、约5%-10%、约10%-20%、约20%-30%、约30%-40%、约40%-50%、约50%-60%、约60%-70%、约70%-80%、约80%-90%、约90%-100%或更高的增加。在其他实施例中,当与适当的对照相比时,植物、植物部分、植物细胞或韧皮部中RNAi水平的增加可以包含植物、植物部分、植物细胞或韧皮部中RNAi水平的至少约1倍、约1倍-5倍、约5倍-10倍、约10倍-20倍、约20倍-30倍、约30倍-40倍、约40倍-50倍、约50倍-60倍、约60倍-70倍、约70倍-80倍、约80倍-90倍、约90倍-100倍或更多倍的增加。美国专利申请公开2011/0301223和美国专利申请公开2009/0192117中可以找到用于防治蝽象和草盲蝽属(Lygus)的沉默元件和抑制增强子元件组合表达的实例。
一些实施例涉及通过干扰核糖核酸(RNA)分子下调昆虫有害生物物种中靶基因的表达。PCT公开WO 2007/074405描述了抑制无脊椎动物有害生物(包括科罗拉多马铃薯甲虫(Colorado potato beetle))中靶基因表达的方法。PCT公开WO 2005/110068描述了抑制无脊椎动物有害生物(包括西方玉米根虫)中靶基因表达以防治昆虫侵染的方法。此外,PCT公开WO 2009/091864描述了用于抑制来自昆虫有害生物物种(包括来自草盲蝽属的有害生物)的靶基因的组合物和方法。核酸分子包括用于靶向液泡ATP酶H亚基的RNAi,可用于控制如美国专利申请公开号2012/0198586中所述的鞘翅目有害生物群体和侵袭。PCT公开WO2012/055982描述了抑制或下调如下靶基因的表达的核糖核酸(RNA或双链RNA),所述靶基因编码:昆虫核糖体蛋白,如核糖体蛋白L19、核糖体蛋白L40或核糖体蛋白S27A;昆虫蛋白酶体亚基,如Rpn6蛋白、Pros 25、Rpn2蛋白、蛋白酶体β1亚基蛋白或Prosβ2蛋白;COPI囊泡的昆虫β-外被体、COPI囊泡的γ-外被体、COPI囊泡的β'-外被体蛋白或ζ-外被体;昆虫跨膜四蛋白(Tetraspanine)2A蛋白(推定的跨膜结构域蛋白);属于肌动蛋白家族的昆虫蛋白,如肌动蛋白5C;昆虫泛素-5E蛋白;昆虫Sec23蛋白,其是参与细胞内蛋白质转运的GTP酶激活剂;涉及运动活性的作为非常规肌球蛋白的昆虫皱纹蛋白质;涉及核替代mRNA剪接调节的昆虫曲颈蛋白;昆虫囊泡H+-ATP酶G亚基蛋白和昆虫Tbp-1如Tat结合蛋白。PCT公开WO2007/035650描述了抑制或下调编码Snf7的靶基因表达的核糖核酸(RNA或双链RNA)。美国专利申请公开2011/0054007描述了靶向RPS10的多核苷酸沉默元件。美国专利申请公开2014/0275208和US 2015/0257389描述了靶向RyanR和PAT3的多核苷酸沉默元件。PCT专利申请公开WO 2016/138106描述了靶向外被体α或γ的多核苷酸沉默元件。美国专利申请公开2012/029750、US 20120297501和2012/0322660描述了干扰核糖核酸(RNA或双链RNA),所述干扰核糖核酸在被昆虫有害生物物种摄取时起作用以下调昆虫有害生物中靶基因的表达,其中所述RNA包含至少一个沉默元件,其中所述沉默元件是包含经退火的互补链的双链RNA区域,所述双链RNA区域的一条链包含或由如下核苷酸序列组成,所述核苷酸序列至少部分地与靶基因中的靶标核苷酸序列互补。美国专利申请公开2012/0164205描述了干扰双链核糖核酸以抑制无脊椎动物有害生物的潜在靶标,包括:Chd3同源序列、β-微管蛋白同源序列、40kDa V-ATP酶同源序列、EF1α同源序列、26S蛋白质体亚基p28同源序列、保幼激素环氧化物酶水解酶同源序列、溶胀依赖氯通道蛋白同源序列、葡萄糖-6-磷酸1-脱氢酶蛋白同源序列、Act42A蛋白同源序列、ADP-核糖因子1同源序列、转录因子IIB蛋白同源序列、几丁质酶同源序列、泛素缀合酶同源序列、甘油醛-3-磷酸脱氢酶同源序列、泛素B同源序列、保幼激素酯酶同源物、和α微管蛋白同源序列。
在有害生物防治方面的用途
在有害生物防治或使其他生物体工程化中使用包含实施例的核酸序列或其变体的菌株作为杀有害生物剂的一般方法是本领域已知的。
可以选择已知占据一种或多种目的作物的“植物圈”(叶面、叶际、根围和/或根面)的微生物宿主。选择这些微生物以便能够在具体环境中成功地与野生型微生物竞争,为表达IPD113多肽的基因供给稳定的维持和表达,并且理想的是,增加对该杀有害生物剂的保护使其不受环境降解和失活的影响。
可替代地,通过将异源基因引入细胞宿主中来产生IPD113多肽。异源基因的表达直接或间接地导致杀有害生物剂在细胞内产生和维持。然后,当将细胞应用于一种或多种靶有害生物的环境中时,在延长所述细胞中所产生的毒素的活性的条件下处理这些细胞。所得产物保留所述毒素的毒性。然后可以根据常规技术配制这些天然包封的IPD113多肽,以施用于靶标有害生物所寄宿的环境(例如,土壤、水和植物的叶子)中。参见,例如EPA0192319及其中引用的参考文献。
杀有害生物组合物
在一些实施例中,活性成分能以组合物的形式施用并且可以与其他化合物同时或相继施用于需要处理的作物区域或植物。这些化合物可以是在单次施用所述制剂后允许长期对靶区域进行给予的肥料、除草剂、冷冻保护剂、表面活性剂、洗涤剂、杀有害生物肥皂、休眠油、聚合物和/或延时释放的或可生物降解的运载体制剂。它们还可以是选择性除草剂、化学杀昆虫剂、杀病毒剂、杀微生物剂、杀变形虫剂、杀有害生物剂、杀真菌剂、杀细菌剂、杀线虫剂、杀软体动物剂或这些制品中的若干种的混合物,如果需要,与在制剂领域内通常使用的另外的农业上可接受的运载体、表面活性剂或促进施用的助剂一起。合适的运载体和助剂可以是固体或液体,并且对应于在制剂技术中常常采用的物质,例如天然的或再生的矿物质、溶剂、分散剂、润湿剂、增粘剂、粘合剂或肥料。类似地,制剂可以制备成可食用的“诱饵”或者塑成有害生物“陷阱”以允许靶标有害生物取食或摄取所述有害生物制剂。
施用含有由细菌菌株产生的IPD113多肽中的至少一种的活性成分或农用化学组合物的方法包括叶子施用、种子包衣和土壤施用。施用次数和施用速度取决于相应有害生物侵染的强度。
可以将组合物配制成粉末、尘剂、丸剂、颗粒、喷雾、乳液、胶体、溶液等,并且可以通过干燥、冻干、匀浆、萃取、过滤、离心、沉降或浓缩包含所述多肽的细胞培养物等常规方法进行制备。在所有这类含有至少一种这样的杀有害生物多肽的组合物中,所述多肽能以按重量计从约1%至约99%的浓度存在。
可以通过本公开的方法在每个区域中杀灭鳞翅目、双翅目、异翅目、线虫、半翅目或鞘翅目有害生物或减少其数量,或者可以预防性地将其施用于环境区域以防止易感有害生物的侵染。优选地,所述有害生物摄入杀有害生物有效量的多肽或与其接触。如本文使用的“杀有害生物有效量”是指能够对至少一种有害生物造成死亡或显著减少有害生物生长、取食或正常生理发育的有害生物的量。所述量将根据例如待控制的具体靶有害生物,待处理的特定环境、地点、植物、作物或农业场所,环境条件以及杀有害生物有效的多肽组合物施用的方法、速率、浓度、稳定性和数量等因素而变化。制剂也可以根据气候条件、环境因素和/或施用频率和/或有害生物侵染的严重程度而变化。
可以通过用所需的农业上可接受的运载体配制细菌细胞、晶体和/或孢子悬浮液或分离的蛋白组分来制备所需的杀有害生物剂组合物。可以在施用之前以适当方式(如冻干、冷冻干燥、干燥)或者在水性运载体、培养基或合适的稀释剂(例如盐水或另一种缓冲液)中配制这些组合物。配制的组合物可以是尘剂或颗粒状物质的形式或者在油(植物或矿物)或水或油/水乳液中的悬浮液或者作为可湿性粉剂或者与适用于农业应用的任何其他运载体材料组合的形式。合适的农业运载体可以是固体或液体。术语“农业上可接受的运载体”涵盖通常用于杀有害生物剂制剂技术的所有助剂、惰性组分、分散剂、表面活性剂、增粘剂、粘合剂等。制剂可以与一种或多种固体或液体助剂混合,并通过各种方法(例如通过使用常规配制技术将杀有害生物组合物与合适的助剂均匀混合、共混和/或研磨)制备。美国专利号6,468,523中描述了合适的制剂和施用方法,其通过引用并入本文。还可以用一种或多种化学组合物处理植物,所述化学组合物包括一种或多种除草剂、杀昆虫剂或杀真菌剂。示例性化学组合物包括:果实/蔬菜除草剂:莠去津、除草定、敌草隆、草甘膦、利谷隆、嗪草酮、西玛津、氟乐灵、吡氟禾草灵、草铵膦、氯吡嘧磺隆Gowan、百草枯、戊炔草胺、烯禾啶、氟丙嘧草酯、氯吡嘧磺隆、茚嗪氟草胺(Indaziflam);果实/蔬菜杀昆虫剂:涕灭威、苏云金芽孢杆菌、甲萘威、克百威、毒死蜱、氯氰菊酯、溴氰菊酯、二嗪磷、马拉硫磷、阿维菌素、氟氯氰菊酯/β-氟氯氰菊酯、高氰戊菊酯、λ-氯氟氰菊酯、灭螨醌、联苯肼酯、甲氧虫酰肼、双苯氟脲、环虫酰肼、噻虫啉、呋虫胺、嘧螨酯、唑虫酰胺、噻虫胺、螺螨酯、γ-氯氟氰菊酯、螺甲螨酯、多杀菌素、氯虫酰胺、氰虫酰胺、Spinoteram、杀虫脲、螺虫乙酯、吡虫啉、氯虫双酰胺、硫双威、氰氟虫腙、氟啶虫胺腈、丁氟螨酯、Cyanopyrafen、吡虫啉、噻虫胺、噻虫嗪、Spinotoram、硫双威、氟啶虫酰胺、甲硫威、因灭汀-苯甲酸盐、茚虫威、噻唑磷、苯线磷、硫线磷、蚊蝇醚、苯丁锡、噻螨酮、灭多威、4-[[(6-氯吡啶-3-基)甲基](2,2-二氟乙基)氨基]呋喃-2(5H)-酮;果实/蔬菜杀真菌剂:多菌灵、百菌清、EBDC、硫、甲基硫菌灵、嘧菌酯、霜脲氰、氟啶胺、乙膦酸、异菌脲、醚菌酯、甲霜灵/精甲霜灵、肟菌酯、噻唑菌胺、丙森锌、肟菌酯、环酰菌胺、富马酸噁咪唑、氰霜唑、咪唑菌酮、苯酰菌胺、啶氧菌酯、吡唑醚菌酯、环氟菌胺、啶酰菌胺;谷物除草剂:异丙隆、溴苯腈、碘苯腈、苯氧基类、氯磺隆、炔草酸、禾草灵、吡氟草胺、噁唑禾草灵、双氟磺草胺、氟草烟、甲磺隆、醚苯磺隆、氟酮磺隆、碘磺隆、丙苯磺隆、氟吡酰草胺、甲磺胺磺隆、氟丁酰草胺、唑啉草酯、酰嘧磺隆、噻吩磺隆甲基、苯磺隆、氟啶嘧磺隆、磺酰磺隆、磺酰草吡唑、甲氧磺草胺、氟噻草胺、肟草酮、吡咯磺隆;谷物杀真菌剂:多菌灵、百菌清、嘧菌酯、环唑醇、嘧菌环胺、丁苯吗啉、氟环唑、醚菌酯、喹氧灵、戊唑醇、肟菌酯、硅氟唑、啶氧菌酯、吡唑醚菌酯、醚菌胺、丙硫菌唑、氟嘧菌酯;谷物杀昆虫剂:乐果、λ-氯氟氰菊酯、溴氰菊酯、α-氯氰菊酯、β-氟氯氰菊酯、联苯菊酯、吡虫啉、噻虫胺、噻虫嗪、噻虫啉、啶虫脒、呋虫胺、Clorphyriphos、甲胺磷、乙酰甲胺磷、抗蚜威、甲硫威;玉米除草剂:莠去津、甲草胺、溴苯腈、乙草胺、麦草畏、二氯吡啶酸、(S-)二甲酚草胺、草铵膦、草甘膦、异噁唑草酮、(S-)异丙甲草胺、甲基磺草酮、烟嘧磺隆、氟嘧磺隆、砜嘧磺隆、磺草酮、甲酰胺磺隆、苯吡唑草酮、环磺酮(Tembotrione)、嘧啶肟草醚、酮脲磺草吩酯、氟噻草胺、吡咯磺隆;玉米 杀昆虫剂:克百威、毒死蜱、联苯菊酯、氟虫腈、吡虫啉、λ-氯氟氰菊酯、七氟菊酯、特丁硫磷、噻虫嗪、噻虫胺、螺甲螨酯、氯虫双酰胺、杀虫脲、氯虫酰胺、溴氰菊酯、硫双威、β-氟氯氰菊酯、氯氰菊酯、联苯菊酯、虱螨脲、杀虫隆、七氟菊酯、嘧丙磷、乙虫腈、氰虫酰胺、噻虫啉、啶虫脒、呋虫胺、阿维菌素、甲硫威、螺螨酯、螺虫乙酯;玉米杀真菌剂:种衣酯、福美双、丙硫菌唑、戊唑醇、肟菌酯;水稻除草剂:丁草胺、敌稗、四唑嘧磺隆、苄嘧磺隆、氰氟草酯、杀草隆、四唑酰草胺、唑吡嘧磺隆、苯噻草胺、去稗安、吡嘧磺隆、稗草畏、二氯喹啉酸、禾草丹、茚草酮、氟噻草胺、四唑酰草胺、氯吡嘧磺隆、去稗安、苯并双环酮、环酯草醚、五氟磺草胺、双草醚、丙炔噁草酮、乙氧嘧磺隆、丙草胺、甲基磺草酮、特呋三酮、噁草酮、噁唑禾草灵、吡丙醚;水稻杀昆虫剂:二嗪磷、杀螟硫磷、仲丁威、久效磷、丙硫克百威、噻嗪酮、呋虫胺、氟虫腈、吡虫啉、异丙威、噻虫啉、环虫酰肼、噻虫啉、呋虫胺、噻虫胺、乙虫腈、氯虫双酰胺、氯虫酰胺、溴氰菊酯、啶虫脒、噻虫嗪、氰虫酰胺、多杀菌素、Spinotoram、因灭汀-苯甲酸盐、氯氰菊酯、毒死蜱、杀螟丹、甲胺磷、醚菊酯、***磷、4-[[(6-氯吡啶-3-基)甲基](2,2-二氟乙基)氨基]呋喃-2(5H)-酮、克百威、丙硫克百威;水稻杀真菌剂:甲基硫菌灵、嘧菌酯、环丙酰菌胺、敌瘟磷、嘧菌腙、异稻瘟净、稻瘟灵、戊菌隆、噻菌灵、咯喹酮、三环唑、肟菌酯、双氯氰菌胺、氰菌胺、硅氟唑、噻酰菌胺;棉花除草剂:敌草隆、伏草隆、MSMA、乙氧氟草醚、扑草净、氟乐灵、唑草酮、烯草酮、吡氟禾草灵-丁基、草甘膦、达草灭、二甲戊乐灵、嘧硫草醚钠、三氟啶磺隆、得杀草、草铵膦、丙炔氟草胺、塞苯隆;棉花杀昆虫剂:乙酰甲胺磷、涕灭威、毒死蜱、氯氰菊酯、溴氰菊酯、马拉硫磷、久效磷、阿维菌素、啶虫脒、因灭汀-苯甲酸盐、吡虫啉、茚虫威、λ-氯氟氰菊酯、多杀菌素、硫双威、γ-氯氟氰菊酯、螺甲螨酯、啶虫丙醚、氟啶虫酰胺、氯虫双酰胺、杀虫脲、氯虫酰胺、β-氟氯氰菊酯、螺虫乙酯、噻虫胺、噻虫嗪、噻虫啉、呋虫胺、氯虫双酰胺、氰虫酰胺、多杀菌素、Spinotoram、γ-氯氟氰菊酯、4-[[(6-氯吡啶-3-基)甲基](2,2-二氟乙基)氨基]呋喃-2(5H)-酮、硫双威、阿维菌素、氟啶虫酰胺、啶虫丙醚、螺甲螨酯、氟啶虫胺腈、丙溴磷、***磷、硫丹;棉花杀真菌剂:土菌灵、甲霜灵、喹硫磷;大豆除草剂:甲草胺、灭草松、氟乐灵、氯嘧磺隆-乙基、氯酯磺草胺、噁唑禾草灵、氟磺胺草醚、吡氟禾草灵、草甘膦、甲氧咪草烟、灭草喹、咪草烟、(S-)异丙甲草胺、嗪草酮、二甲戊乐灵、得杀草、草铵膦;大豆杀昆虫剂:λ-氯氟氰菊酯、灭多威、对硫磷、硫威(Thiocarb)、吡虫啉、噻虫胺、噻虫嗪、噻虫啉、啶虫脒、呋虫胺、氯虫双酰胺、氯虫酰胺、氰虫酰胺、多杀菌素、Spinotoram、因灭汀-苯甲酸盐、氟虫腈、乙虫腈、溴氰菊酯、β-氟氯氰菊酯、γ和λ氯氟氰菊酯、4-[[(6-氯吡啶-3-基)甲基](2,2-二氟乙基)氨基]呋喃-2(5H)-酮、螺虫乙酯、螺螨酯、杀虫脲、氟啶虫酰胺、硫双威、β-氟氯氰菊酯;大豆杀真菌剂:嘧菌酯、环唑醇、氟环唑、粉唑醇、吡唑醚菌酯、戊唑醇、肟菌酯、丙硫菌唑、四氟醚唑;甜菜除草剂:杀草敏、甜菜安、乙氧氟草黄、甜菜宁、野麦畏、二氯吡啶酸、吡氟禾草灵、环草定、苯嗪草酮、喹草酸、噻草酮、氟胺磺隆、得杀草、喹禾灵;甜菜 杀昆虫剂:吡虫啉、噻虫胺、噻虫嗪、噻虫啉、啶虫脒、呋虫胺、溴氰菊酯、β-氟氯氰菊酯、γ/λ氯氟氰菊酯、4-[[(6-氯吡啶-3-基)甲基](2,2-二氟乙基)氨基]呋喃-2(5H)-酮、七氟菊酯、氯虫酰胺、氰虫酰胺、氟虫腈、克百威;卡诺拉油菜除草剂:二氯吡啶酸、禾草灵、吡氟禾草灵、草铵膦、草甘膦、吡草胺、氟乐灵、胺苯磺隆、喹草酸、喹禾灵、烯草酮、得杀草;卡诺拉油 菜杀真菌剂:嘧菌酯、多菌灵、咯菌腈、异菌脲、丙氯灵、烯菌酮;卡诺拉油菜杀昆虫剂:克百威、有机磷酸盐类、拟除虫菊酯、噻虫啉、溴氰菊酯、吡虫啉、噻虫胺、噻虫嗪、啶虫脒、呋虫胺、β-氟氯氰菊酯、γ以及λ氯氟氰菊酯、τ-氟氰胺菊酯、乙虫腈、多杀菌素、Spinotoram、氯虫双酰胺、氯虫酰胺、氰虫酰胺、4-[[(6-氯吡啶-3-基)甲基](2,2-二氟乙基)氨基]呋喃-2(5H)-酮。
在一些实施例中,除草剂是莠去津、除草定、敌草隆、氯磺隆、甲磺隆、噻吩磺隆甲基、苯磺隆、乙草胺、麦草畏、异噁唑草酮、烟嘧磺隆、砜嘧磺隆、嘧硫草醚钠、丙炔氟草胺、氯嘧磺隆-乙基、嗪草酮、喹禾灵、精异丙甲草胺(S-metolachlor)、环己通(Hexazinne)或其组合。
在一些实施例中,杀昆虫剂是高氰戊菊酯、氯虫苯甲酰胺、灭多威、茚虫威、草氨酰或其组合。
杀有害生物和杀昆虫活性
“有害生物”包括但不限于:昆虫、真菌、细菌、线虫、螨、蜱等。昆虫有害生物包括选自以下各目的昆虫:鞘翅目、双翅目、膜翅目(Hymenoptera)、鳞翅目、食毛目(Mallophaga)、同翅目(Homoptera)、半翅目、直翅目(Orthroptera)、缨翅目(Thysanoptera)、革翅目(Dermaptera)、等翅目(Isoptera)、虱目(Anoplura)、蚤目(Siphonaptera)、毛翅目(Trichoptera)等,特别是鳞翅目和鞘翅目。
本领域的技术人员会知道,不是所有的化合物均对所有有害生物同样有效。实施例的化合物显示针对昆虫有害生物的活性,其可以包括经济上重要的农艺学、森林、温室、苗圃观赏植物、食物和纤维,公共和动物健康,国内和商业结构,家庭和储存产品有害生物。
鳞翅目幼虫包括但不限于:夜蛾科(Noctuidae)中的夜蛾、地老虎、尺蠖和实夜蛾亚科,草地贪夜蛾(Spodopterafrugiperda JE Smith)(秋夜蛾(fall armyworm));甜菜夜蛾(S.exigua Hübner)(甜菜粘虫(beet armyworm));斜纹夜蛾(S.litura Fabricius)(斜纹夜蛾(tobacco cutworm),茶蚕(cluster caterpillar));蓓带夜蛾(Mamestraconfigurata Walker)(披肩粘虫(bertha armyworm));甘蓝夜蛾(M.brassicae Linnaeus)(菜夜蛾(cabbage moth));小地老虎(Agrotis ipsilon Hufnagel)(黑切根虫(blackcutworm));西方灰地老虎(A.orthogonia Morrison)(西部切根虫(western cutworm));粒肤地老虎(A.subterranea Fabricius)(粒肤切根虫(granulate cutworm));棉叶波纹夜蛾(Alabama argillacea Hübner)(棉叶虫(cotton leaf worm));粉纹夜蛾(Trichoplusiani Hübner)(甘蓝银纹夜蛾(cabbage looper));大豆尺夜蛾(Pseudoplusia includensWalker)(大豆夜蛾(soybean looper));梨豆夜蛾(Anticarsiagemmatalis Hübner)(黎豆夜蛾(velvetbean caterpillar));粗长须夜蛾(Hypena scabra Fabricius)(苜猜绿夜蛾(green cloverworm));烟芽夜蛾(Heliothis virescens Fabricius)(烟青虫(tobaccobudworm));一星黏虫(Pseudaletia unipuncta Haworth)(夜蛾);粗皮委夜蛾(Athetismindara Barnes and Mcdunnough)(粗皮切根虫(rough skinned cutworm));暗缘地老虎(Euxoa messoria Harris)(暗黑切根虫(darksided cutworm));棉斑实蛾(Eariasinsulana Boisduval)(多刺螟蛉(spinybollworm));翠纹钻夜蛾(E.vittella Fabricius)(斑点螟蛉(spottedbollworm));棉铃虫(Helicoverpa armigera Hübner)(美洲螟蛉(American bollworm));玉米穗虫(玉米穗蛾(corn earworm)或棉铃虫(cottonbollworm));斑马纹夜蛾(Melanchrapicta Harris)(斑马纹夜蛾(zebra caterpillar));柑橘夜蛾(Egira(Xylomyges)curialis Grote)(柑橘地老虎(citrus cutworm));来自螟蛾科玉米螟(Ostrinia nubilalis Hübner,欧洲玉米螟(European corn borer))的螟虫、鞘蛾、结网虫、锥形虫(coneworms)、和雕叶虫(skeletonizers);脐橙螟蛾(Amyeloistransitella Walker)(脐橙螟(naval orangeworm));地中海粉螟(Anagasta kuehniellaZeller)(地中海粉斑螟(Mediterranean flour moth));干果斑螟(Cadra cautellaWalker)(粉斑螟(almondmoth));二化螟(Chilo suppressalis Walker)(水稻螟虫(ricestemborer));斑禾草螟(C.partellus),(高粱螟(sorghumborer));米螟(Corcyracephalonica Stainton)(米蛾(rice moth));玉米根草螟(Crambus caliginosellusClemens)(玉米根结网虫(corn rootwebworm));早熟禾草螟(C.teterrellus Zincken)(早熟禾草螟(bluegrass webworm));稻纵卷叶螟(Cnaphalocrocis medinalis Guenée)(稻纵卷叶螟(rice leaf roller))葡萄里予螟(Desmia funeralis Hübner)(葡萄野螟(grapeleaffolder));甜瓜绢野螟(Diaphania hyalinata Linnaeus)(甜瓜野螟(melon worm));黄瓜绢野螟(D.nitidalis Stoll)(泡菜虫(pickleworm));巨座玉米螟(Diatraeagrandiosella Dyar)(西南玉米秆草螟(southwestern cornborer))、蔗螟(D.saccharalis Fabricius)(甘蔗螟虫(surgarcaneborer));墨西哥稻螟(Eoreumaloftini Dyar)(墨西哥稻螟(Mexican riceborer));烟草粉斑螟(Ephestia elutella Hübner)(烟草飞蛾(tobacco(cacao)moth));大蜡螟(Galleria mellonella Linnaeus)(大蜡蛾(greaterwax moth));水稻切叶野螟(Herpetogramma licarsisalis Walker)(草地螟(sodwebworm));向日葵同斑螟(Homoeosoma electellum Hulst)(向日葵螟(sunflowermoth));南美玉米苗斑螟(Elasmopalpus lignosellus Zeller)(小玉米茎蛀虫(lessercornstalkborer));小蜡螟(Achroiagrisella Fabricius)(小蜡蛾(lesserwax moth));草地螟(Loxostegesticticalis Linnaeus)(草地螟(beet webworm));茶树螟(Orthagathyrisalis Walker)(茶树蛾(tea tree web moth));豆荚野螟(Maruca testulalisGeyer)(豆荚蛀螟(beanpodborer));印度谷螟(Plodia interpunctella Hübner)(印度谷螟(Indian meal moth));三化螟(Scirpophaga incertulas Walker)(三化螟(yellowstem borer));温室螟(Udea rubigalis Guenée)(芹菜卷叶螟(celery leaftier));和卷蛾科(Tortricidae)中的卷叶虫、蚜虫、种实虫以及果实虫,西部黑头长翅卷蛾(Aclerisgloverana Walsingham)(西部黑头蚜虫(Western blackheaded budworm));东部黑头长翅卷蛾(A.variana Fernald)(东部黑头蚜虫(Eastern blackheadedbudworm));果树黄卷蛾(Archips argyrospila Walker)(果树卷叶蛾(fruit tree leafroller));罗萨娜黄卷蛾(A.rosana Linnaeus)(欧洲卷叶蛾(European leaf roller));和其他黄卷蛾属物种,苹小卷叶蛾(Adoxophyes orana Fischer von )(苹果小卷蛾(summer fruittortrix moth));条纹向日葵螟(Cochylis hospes Walsingham)(带状向日葵斑蛾(bandedsunflower moth));榛小卷蛾(Cydia latiferreana Walsingham)(filbertworm);苹果蠹蛾(C.pomonella Linnaeus)(苹果蚕蛾(codling moth));杂色卷叶蛾(Platynotaflavedana Clemens)(色稻纵卷叶螟(variegated leafroller));荷兰石竹小卷蛾(P.stultana Walsingham)(杂食卷叶蛾(omnivorous leafroller));鲜食葡萄小卷蛾(Lobesia botrana Denis&Schiffermüller)(欧洲葡萄蛾(European grape vine moth));苹白小卷蛾(Spilonota ocellana Denis&Schiffermüller)(苹果芽小卷叶蛾(eyespottedbud moth));萄果实虫主虫(Endopiza viteana Clemens)(葡萄小卷叶蛾(grape berry moth));女贞细卷蛾(Eupoecilia ambiguella Hübner)(葡萄果蠹蛾(vinemoth));巴西苹果卷叶虫(Bonagota salubricola Meyrick)(巴西苹果小卷叶蛾(Brazilian apple leafroller));东方果实蛾(Grapholita molesta Busck)(梨小食心虫(oriental fruit moth));向日葵芽蛾(Suleima helianthana Riley)(向日葵芽蛾(sunflowerbud moth));带卷蛾属物种(Argyrotaenia spp.);和色卷蛾属物种(Choristoneura spp.)。
鳞翅目中选择的其他农艺学有害生物包括但不限于秋星尺蠖(Alsophilapometaria Harris)(秋星尺蠖(fall cankerworm));桃条麦蛾(Anarsia lineatellaZeller)(桃条麦蛾(peach twig borer));栎橙纹犀额蛾(Anisota senatoria J.E.Smith)(橙色斑纹橡木虫(orange stripedoakworm));柞蚕(Antheraeapernyi Guérin-Méneville)(中橡木柞蚕虫(Chinese Oak Tussah Moth));家蚕(Bombyxmori Linnaeus)(桑蚕(Silkworm));棉潜蛾(Bucculatrix thurberiella Busck)(棉叶潜蛾(cotton leafperforator));纹黄豆粉蝶(Colias eurytheme Boisduval)(苜蓿粉蝶(alfalfacaterpillar));核桃舟蛾(Datana integerrima Grote&Robinson)(核桃天社蛾(walnutcaterpillar));落叶松毛虫(Dendrolimus sibiricus Tschetwerikov)(西伯利亚蚕蛾(Siberian silkmoth)),白尺蠖蛾(Ennomossubsignaria Hübner)(榆角尺蠖(elmspanworm));菩提尺蠖(Erannis tiliaria Harris)(椴尺蠖(linden looper));黄毒蛾(Euproctis chrysorrhoea Linnaeus)(棕尾毒蛾(browntail moth));黑拟蛉蛾(Harrisina americana Guérin-Méneville)(野棉花夜蛾(grapeleafskeletonizer));牧草天蚕蛾(Hemileuca oliviae Cockrell)(牧草天蚕蛾(range caterpillar));美国白蛾(Hyphantria cunea Drury)(美国白蛾(fall webworm));番茄茎麦蛾(Keiferialycopersicella Walsingham)(番茄蛲虫(tomato pinworm));东部铁杉尺蠖指明亚种(Lambdinafiscellariafiscellaria Hulst)(东部铁杉尺蠖(Eastern hemlock looper));西部铁杉尺蠖(L.fiscellaria lugubrosa Hulst)(西部铁杉尺蠖(Western hemlocklooper));柳毒蛾(Leucoma salicis Linnaeus)(雪毒蛾(satin moth));舞毒蛾(Lymantria dispar Linnaeus)(舞毒蛾(gypsy moth));番茄天蛾(Manducaquinquemaculata Haworth)(五点天蛾(five spotted hawkmoth),番茄天蛾(tomatohornworm));烟草天蛾(M.sexta Haworth)(番茄天蛾(tomato hornworm)、烟草天蛾(tobacco hornworm));冬尺蠖蛾(Operophtera brumata Linnaeus)(冬尺蠖蛾(wintermoth));春尺蠖(Paleacrita vernata Peck)(春尺蠖(spring cankerworm));美洲大芷凤蝶(Papilio cresphontes Cramer)(大黄带凤蝶(giant swallowtail),柑桔凤蝶(orange dog));加州木角斗蛾(Phryganidia californica Packard)(加州槲蛾(California oakworm));柑桔潜蛾(Phyllocnistis citrella Stainton)(柑桔潜叶蛾(citrus leafminer));斑幕潜叶蛾(Phyllonorycter blancardella Fabricius)(斑点幕型潜叶虫(spotted tentiform leafminer));欧洲粉蝶(Pieris brassicae Linnaeus)(大白粉蝶(large white butterfly));菜青虫(P.rapae Linnaeus)(小白粉蝶(small whitebutterfly));暗脉菜粉蝶(P.napi Linnaeus)(绿脉菜粉蝶(green veined whitebutterfly));洋蓟葱羽蛾(Platyptilia carduidactyla Riley)(洋蓟羽蛾(artichokeplume moth));小菜蛾(Plutellaxylostella Linnaeus)(小菜蛾(diamondback moth));棉红铃虫(Pectinophoragossypiella Saunders)(粉螟蛉(pinkbollworm));多形云粉蝶(Pontiaprotodice)(Boisduval和Leconte)(南方菜青虫(Southern cabbageworm));杂食尺蠖(Sabulodes aegrotata Guenée)(杂食尺蠖(omnivorous looper));红抚天社蛾(Schizura concinna J.E.Smith)(红疣天社蛾(redhumped caterpillar));麦蛾(Sitotroga cerealella Olivier)(麦蛾(Angoumois grain moth));松异带蛾(Thaumetopoeapityocampa Schiffermuller)(松树列队毛虫(pine processionarycaterpillar));幕谷蛾(Tineola bisselliella Hummel)(负袋夜蛾(webbingclothesmoth));番茄斑潜蝇(Tuta absoluta Meyrick)(番茄斑潜蝇(tomatoleafminer));苹果巢蛾(Yponomeutapadella Linnaeus)(巢蛾(ermine moth));Heliothissubflexa Guenée;天幕毛虫属物种(Malacosoma spp.)和古毒蛾属物种(Orgyia spp.)。
引人关注的是鞘翅目的幼虫和成虫,包括来自长角象虫科(Anthribidae)、豆象科(Bruchidae)和象甲科(Curculionidae)的象鼻虫,包括但不限于:墨西哥棉铃象(Anthonomusgrandis Boheman)(棉铃象甲(boll weevil));稻水象甲(Lissorhoptrusoryzophilus Kuschel)(稻水象虫(rice water weevil));谷象(Sitophilus granariusLinnaeus)(谷象(granary weevil));米象(S.oryzae Linnaeus)(米象(rice weevil));三叶草叶象(Hyperapunctata Fabricius)(车轴草叶象虫(clover leaf weevil));密点细枝象(Cylindrocopturus adspersus LeConte)(向日葵茎象鼻虫(sunflower stemweevil));黄褐小爪象(Smicronyxfulvus LeConte)(红葵花籽象甲(red sunflower seedweevil));灰色小爪象(S.sordidus LeConte)(灰葵花籽象甲(gray sunflower seedweevil));玉米隐啄象(Sphenophorus maidis Chittenden)(玉米象虫(maizebillbug)));叶甲科(Chrysomelidae)的跳甲、黄瓜叶甲、根虫、叶甲、马铃薯叶甲以及潜叶虫,包括但不限于:马铃薯叶甲(Leptinotarsa decemlineata Say)(科罗拉多马铃薯甲虫);玉米根萤叶甲指明亚种(Diabrotica virgifera virgifera LeConte)(西方玉米根虫);北方玉米根虫(D.barberi(Smith和Lawrence))(北方玉米根虫(northern corn rootworm));黄瓜十一星叶甲食根亚种(D.undecimpunctata howardi Barber)(南方玉米根虫(southern cornrootworm));玉米铜色跳甲(Chaetocnemapulicaria Melsheimer)(玉米跳甲(corn fleabeetle));十字花科跳甲(Phyllotreta cruciferae Goeze)(十字花科蔬菜跳甲(Cruciferflea beetle));黄曲条跳甲(Phyllotreta striolata)(黄曲条跳甲(stripped fleabeetle));肖叶甲褐斑(Colaspis brunnea Fabricius)(葡萄肖叶甲(grape colaspis));橙足负泥虫(Oulema melanopus Linnaeus)(谷叶甲虫(cereal leaf beetle));向日葵叶甲(Zygogramma exclamationis Fabricius)(向日葵叶甲(sunflowerbeetle)));来自瓢虫科(Coccinellidae)的甲虫,包括但不限于:墨西哥豆瓢虫(Epilachna varivestisMulsant)(墨西哥豆瓢虫(Mexican bean beetle));金龟子和来自金龟子科(Scarabaeidae)的其他甲虫,包括但不限于:日本丽金龟(Popillia japonica Newman)(日本甲虫);北方圆头犀金龟(Cyclocephala borealis Arrow)(北方独角仙(northernmasked chafer),白蛴螬(white grub));南方圆头犀金龟(C.immaculata Olivier)(南方独角仙(southern masked chafer),白蛴螬(white grub));欧洲切根鳃金龟(Rhizotrogusmajalis Razoumowsky)(欧洲金龟子(European chafer));长毛食叶然金龟(Phyllophagacrinita Burmeister)(白蛴螬(white grub));胡萝卜金龟(Ligyrus gibbosus De Geer)(胡萝卜金龟(carrotbeetle)));来自皮蠹科(Dermestidae)的红缘皮蠹
(carpetbeetle);来自叩甲科(Elateridae)、伪金针虫属物种(Eleodes spp.)、梳爪叩头虫属物种(Melanotus spp.)的金针虫;宽胸金针虫属物种(Conoderus spp.);叩甲属物种(Limonius spp.);缺隆叩甲属物种(Agriotes spp.);特尼塞拉属物种(Cteniceraspp.);埃俄罗斯属物种(Aeolus spp.);来自小蠹科(Scolytidae)的树皮甲虫和来自拟步甲科(Tenebrionidae)的甲虫。
引人关注的是双翅目的成虫和未成熟的虫,包括潜叶虫玉米斑潜蝇(Agromyzaparvicornis Loew)(玉米斑潜蝇(corn blotch leafminer));摇蚊科(包括但不限于:高粱瘿蚊(Contarinia sorghicola Coquillett)(高梁瘿蚊(sorghum midge));黑森瘿蚊(Mayetiola destructor Say)(黑森蝇(Hessian fly));麦红吸浆虫(Sitodiplosismosellana Géhin)(小麦吸浆虫(wheat midge));葵花籽蚊
(Neolasioptera murtfeldtiana Felt)(向日葵籽瘿蚊(sunflower seedmidge));果蝇(实蝇科(Tephritidae))、瑞典麦秆蝇(Oscinella frit Linnaeus)(果蝇(frit flies));蛆虫(包括但不限于:灰地种蝇
(Deliaplatura Meigen)(种蝇(seedcorn maggot));麦地种蝇(D.coarctataFallen)(麦种蝇(wheatbulb fly))和其他地种蝇属,美洲麦秆蝇(Meromyza americanaFitch)(美洲麦秆蝇(wheat stemmaggot));家蝇(Musca domestica Linnaeus)(家蝇(house flies));夏厕蝇(Fannia canicularis Linnaeus)、小舍蝇(F.femoralis Stein)
(小家蝇(lesser houseflies));厩螫蝇(Stomoxys calcitrans Linnaeus)
(螫蝇(stable flies));秋家蝇,角蝇,绿头苍蝇,金蝇属物种(Chrysomya spp.);伏蝇属物种(Phormia spp.);和其他麝香蝇(muscoid fly)有害生物、马蝇虻属物种(horseflies Tabanus spp.);肤蝇胃蝇属物种(bot flies Gastrophilus spp.);狂蝇属物种(Oestrus spp.);纹皮蝇皮蝇属物种(cattle grubs Hypoderma spp.);鹿蝇斑虻属物种(deer flies Chrysops spp.);绵羊虱蝇(Melophagus ovinus Linnaeus)(绵羊蜱)和其他短角亚目(Brachycera),蚊子伊蚊属物种(mosquitoes Aedes spp.);疟蚊属物种(Anopheles spp.);家蚊属物种(Culex spp.);黑蝇原蚋属物种(black fliesProsimulium spp.);蚋属物种(Simulium spp.);吸血蠓、沙蝇、眼菌蚊(sciarid)和其他长角亚目(Nematocera)。
作为目的昆虫包括了半翅目和同翅目的成体和若虫,例如但不限于:来自球蚜科(Adelgidae)的球蚜、来自盲蝽科(Miridae)的盲蝽、来自蝉科(Cicadidae)的蝉、叶蝉、小绿叶蝉属物种(Empoasca spp.);来自叶蝉科(Cicadellidae)的,来自菱蜡蝉科(Cixiidae)、青翅飞虱科(Flatidae)、蜡蝉总科(Fulgoroidea)、瓢蜡蝉科(Issidae)和(Delphacidae)的飞虱,来自角蝉科(Membracidae)的角蝉,来自木虱科(Psyllidae)的木虱,来自粉虱科(Aleyrodidae)的粉虱,来自蚜科(Aphididae)的蚜虫,来自根瘤蚜科(Phylloxeridae)的葡萄根瘤蚜,来自粉蚧科(Pseudococcidae)的粉蚧,来自链介壳虫科(Asterolecanidae)、蚧科(Coccidae)、粉蚧科(Dactylopiidae)、盾蚧科(Diaspididae)、绒蚧科(Eriococcidae)、旌介壳虫科(Ortheziidae)、刺葵介壳虫科(Phoenicococcidae)和绵蚧科(Margarodidae)的介壳虫,来自网蝽科的网蝽,来自蝽科(Pentatomidae)的椿象,长蝽(cinchbug),土长蝽属物种(Blissus spp.);和来自长蝽科(Lygaeidae)的其他籽长蝽、来自沫蝉科(Cercopidae)的沫蝉、来自缘蝽科(Coreidae)的南瓜缘蝽和来自红蝽科(Pyrrhocoridae)的秋恙螨和棉蝽。
来自同翅目的农业上的重要成员进一步包括但不限于:豌豆蚜(Acyrthisiphonpisum Harris)(豌豆蚜虫(pea aphid));黑豆蚜(Aphis craccivoraKoch)(蚕豆蚜(cowpea aphid));黑豆蚜(A.fabae Scopoli)(蚕豆蚜(blackbean aphid));棉蚜(A.gossypii Glover)(棉蚜(cotton aphid),瓜叶菊蚜虫(melon aphid));玉米根蚜(A.maidiradicis Forbes,corn root aphid);苹果黄蚜(A.pomi De Geer)(苹蚜(appleaphid));绣线菊蚜(A.spiraecola Patch,spirea aphid);茄粗额蚜(Aulacorthum solaniKaltenbach)(指顶花无网长管蚜(foxglove aphid));草莓钉蚜(Chaetosiphonfragaefolii Cockerell)(草莓毛管蚜(strawberry aphid));麦双尾蚜(Diuraphis noxiaKurdjumov/Mordvilko)(俄罗斯小麦蚜虫(Russianwheat aphid));车前圆尾蚜(Dysaphisplantaginea Paaserini)(苹粉红劣蚜(rosy apple aphid));苹果绵蚜(Eriosoma lanigerum Hausmann,woolly apple aphid);甘蓝蚜(Brevicoryne brassicaeLinnaeus)(菜蚜(cabbage aphid));桃粉大尾蚜(Hyalopterus pruni Geoffroy)(桃大尾蚜(mealyplum aphid));萝卜蚜(Lipaphis erysimi Kaltenbach,turnip aphid);麦无网长管蚜(Metopolophium dirrhodum Walker)(麦蚜虫(cereal aphid));马铃薯长管蚜(Macrosiphum euphorbiae Thomas)(马铃薯蚜(potato aphid));桃蚜(MyzuspersicaeSulzer,peach-potato aphid,greenpeach aphid));莴苣衲长管蚜(Nasonoviaribisnigri Mosley)(莴苣蚜(lettuce aphid));癭绵对属物种(Graptostethus spp.)(根蚜虫(root aphids)和倍蚜(gall aphids));玉米蚜(Rhopalosiphum maidis Fitch,cornleafaphid);禾谷缢管蚜(R.padi Linnaeus,bird cherry-oat aphid);麦二叉蚜(Schizaphis graminum Rondani,greenbug);牛鞭草蚜(Siphaflava Forbes)(甘蔗黄蚜(yellow sugarcane aphid));麦长管蚜(Sitobion avenae Fabricius,English grainaphid);苜蓿斑蚜(Therioaphis maculata Buckton,spotted alfalfa aphid);茶二叉蚜(Toxoptera aurantii Boyer de Fonscolombe)(黑色柑橘蚜(black citrus aphid)和褐色橘蚜(T.citricida Kirkaldy)(桔二叉蚜(brown citrus aphid));球属物种(Adelgesspp.)(球蚜(adelgids));长山核桃根瘤蚜(Phylloxera devastatrix Pergande)(山胡桃根瘤蚜(pecan phylloxera));烟粉虱(Bemisia tabaci Gennadius)(烟粉虱(tobaccowhitefly),甘薯粉虱(sweetpotato whitefly));银叶粉虱(B.argentifolii Bellows&Perring,silverleaf whitefly);柑橘粉虱(Dialeurodes citri Ashmead)(柑桔粉虱(citrus whitefly));结翅白粉虱(Trialeurodes abutiloneus)(带状翅白粉虱(bandedwinged whitefly)和温室粉虱(T.vaporariorum Westwood)(温室粉虱(greenhouse whitefly));马铃薯小绿叶蝉(Empoascafabae Harris)(马铃薯叶蝉(potatoleafhopper));灰飞虱(Laodelphax striatellus Fallen,smallerbrown planthopper);二点叶蝉(Macrolestes quadrilineatus Forbes)(紫菀叶蝉(aster leafhopper));黑尾叶蝉(Nephotettix cinticeps Uhler)(绿叶蝉(green leafhopper));二条斑黑尾叶蝉(N.nigropictus )(稻叶蝉(rice leafhopper));褐飞虱(Nilaparvata lugens />brown planthopper);玉米蜡蝉(Peregrinus maidis Ashmead)(玉米飞虱(cornplanthopper));白背飞虱(Sogatella furcifera Horvath,white-backedplanthopper);稻条背飞虱(Sogatodes orizicola Muir)(稻飞虱(rice delphacid));苹果白叶蝉(Typhlocybapomaria McAtee)(苹白小叶蝉(white apple leafhopper));葡萄斑叶蝉属物种(Erythroneoura spp.)(葡萄叶蝉(grape leafhoppers));十七年蝉(Magicicada septendecim Linnaeus)(周期蝉(periodical cicada));吹绵蚧(Iceryapurchasi Maskell,cottony cushion scale);梨圆蚧(QuadraspidiotusperniciosusComstock,San Jose scale);臀纹粉蚧(Planococcus citri Risso)(桔粉蚧(citrusmealybug));粉蚧属物种(Pseudococcus spp.)(其他粉蚧系群);梨木虱(Cacopsyllapyricola Foerster,pear psylla);柿木虱(Trioza diospyri Ashmead,persimmonpsylla)。
来自半翅目的农业上重要的目的物种包括但不限于:拟绿蝽(Acrosternumhilare Say)(稻绿蝽(green stink bug));南瓜缘蝽(Anasa tristis De Geer)(南瓜虫(squashbug));美洲谷长蝽指明亚种(Blissus leucopterus leucopterus Say)(麦长蝽(chinchbug));方翅网蝽(Corythuca gossypii Fabricius)(棉网蝽(cotton lace bug));番茄蝽(Cyrtopeltis modesta Distant,tomato bug);棉蝽(Dysdercus suturellusHerrich-)(棉红蝽(cotton stainer));褐臭蝽(Euschistus servus Say,brownstinkbug);一斑臭蝽(E.variolarius Palisotde Beauvois,one-spotted stinkbug);长蝽属物种(Graptostethus spp.)(果实蝽系群(complex ofseedbugs));松叶根蝽(Leptoglossus corculus Say,leaf-footedpine seedbug);美洲牧草盲蝽(Lyguslineolaris Palisot de Beauvois)(牧草盲蝽(tarnished plant bug));牧草盲蝽(L.Hesperus Knight)(西部牧草盲蝽(Westerntarnishedplantbug));牧草盲蝽(L.pratensis Linnaeus,common meadow bug);长毛草盲蝽(L.rugulipennis Poppius,European tarnishedplantbug);长绿盲蝽(Lygocorispabulinus Linnaeus)(苹绿盲蝽(common green capsid));稻绿蝽(Nezara viridula Linnaeus)(南方绿椿象(southerngreen stink bug));美洲稻蝽(Oebaluspugnax Fabricius)(稻褐蝽(rice stinkbug));马利筋长蝽(Oncopeltus fasciatus Dallas)(大马利筋长蝽(large milkweedbug));棉跳盲蝽(Pseudatomoscelisseriatus Reuter)(棉跳盲蝽(cotton fleahopper))。
此外,实施例可以对半翅目有效,如草莓蝽(Calocoris norvegicus Gmelin)(草莓长蝽(strawberrybug));荒野奥盲蝽(Orthops campestris Linnaeus);苹果盲蝽(Plesiocoris rugicollis Fallen)(苹盲蝽(apple capsid));番茄蝽(Cyrtopeltismodestus Distant,tomato bug);黑斑烟盲蝽(Cyrtopeltis notatus Distant)(吸蝇(suckfly));白斑盲蝽(Spanagonicus albofasciatus Reuter,whitemarkedfleahopper);皂荚蝽(Diaphnocoris chlorionis Say)(皂角蝽(honeylocustplantbug));洋葱蝽(Labopidicola allii Knight)(葱盲蝽(onion plant bug));棉盲蝽(Pseudatomoscelis seriatus Reuter,cotton fleahopper);苜蓿褐盲蝽(Adelphocorisrapidus Say,rapid plant bug);四线盲蝽(Poecilocapsus lineatus Fabricius)(四线叶虫(four-linedplantbug));小长蝽(Nysius ericae Schilling)(多彩长蝽(falsechinch bug));假麦长蝽(Nysius raphanus Howard,false chinchbug);稻绿蝽(Nezaraviridula Linnaeus)(南方绿椿象(Southern green stinkbug));扁盾蝽属物种(Eurygasterspp.);缘蝽科物种(Coreidae spp.);红蝽科物种(Pyrrhocoridae spp.);谷蛾科物种(Tinidae spp.);负子蝽科物种(Blostomatidae spp.);猎蝽科(Reduviidae)物种和臭虫科(Cimicidae)物种。
另外,包括蜱螨目(Acari)(螨类)的成体和幼虫,如小麦瘤瘿螨(Aceriatosichella Keifer)(小麦卷叶螨(wheat curl mite));麦岩螨(Petrobia latens Müller)(褐色小麦螨(brown wheatmite));在叶螨科(Tetranychidae)中蜘蛛螨和红螨,苹果全爪螨(Panonychus ulmi Koch)(欧洲红螨(European redmite));二斑叶螨(Tetranychusurticae Koch)(二点叶螨(two spotted spider mite));迈叶螨(T.mcdanieli McGregor)(迈叶螨(McDaniel mite));朱砂叶螨(T.cinnabarinus Boisduval,carmine spidermite);土耳其斯坦叶螨(T.turkestani Ugarov&Nikolski,strawberry spider mite);细须螨科中的葡萄短须螨,桔短须螨(Brevipalpus lewisi McGregor,citrus flat mite);瘿螨科(Eriophyidae)中的锈螨和芽瘿螨以及其他叶取食螨和对人类和动物健康重要的螨,即表皮螨科(Epidermoptidae)的尘螨、蠕形螨科(Demodicidae)的毛囊螨、食甜螨科(Glycyphagidae)的谷螨,硬蜱科(Ixodidae)的蜱。黑脚硬蜱(Ixodes scapularis Say)(鹿蜱(deertick));全环硬蜱(I.holocyclus Neumann)(澳大利亚致瘫痪埤(Australianparalysis tick));变异矩头蜱(Dermacentor variabilis Say)(美洲犬蜱(American dogtick));美洲钝眼蜱(Amblyomma americanum Linnaeus)(孤星蜱(lone star tick))以及在痒螨科、蒲螨科和疥螨科中的痒螨和疥螨。
引人关注的是缨尾目(Thysanura)的昆虫有害生物,如衣鱼(Lepisma saccharinaLinnaeus)(蠹虫(silverfish));斑衣鱼(Thermobia domestica Packard)(小灶衣鱼(firebrat))。
所覆盖的另外节肢动物有害生物包括:蜘蛛目中的蜘蛛如褐隐毒蛛(Loxoscelesreclusa Gertsch and Mulaik)(褐皮花蛛(brown recluse spider))和黑寡妇蜘蛛(Latrodectus mactans Fabricius)(黑寡妇毒蛛(black widow spider)),以及蚰蜒目(Scutigeromorpha)中的蜈蚣如蚰蜒(Scutigera coleoptrata Linnaeus)(蚰蜒(housecentipede))。
引人关注的昆虫有害生物包括椿象和其他相关昆虫的超家族,包括但不限于属于以下各科的物种:蝽科(稻绿蝽、茶翅蝽(Halyomorpha halys)、Piezodorusguildini、褐臭蝽、拟绿蝽、英雄美洲蝽(Euschistus heros)、美洲蝽(Euschistus tristigmus)、拟绿蝽、褐蝽(Dichelops melacanthus)、和蓓蝽(Bagrada hilaris)(蓓蝽(Bagrada Bug))),龟蝽科(Plataspidae)(筛豆龟蝽(Megacopta cribraria)-豆平腹蝽蟓(Bean plataspid))和土蝽科(Scaptocoris castanea-Root stinkbug),以及鳞翅目物种包括但不限于:小菜蛾,例如,谷实夜蛾;大豆夜蛾,例如大豆尺夜蛾,以及黎豆夜蛾(例如梨豆夜蛾)。
用于测量杀有害生物活性的方法是本领域中所熟知的。参见,例如,Czapla和Lang,(1990)J.Econ.Entomol.[经济昆虫学杂志]83:2480-2485;Andrews等人,(1988)Biochem.J.[生物化学杂志]252:199-206;Marrone等人,(1985)J.ofEconomicEntomology[经济昆虫学杂志]78:290-293以及美国专利号5,743,477,将其全部通过引用以其整体并入本文。通常,在取食测定中混合并使用了所述蛋白质。参见,例如,Marrone等人,(1985),J.ofEconomicEntomology[经济昆虫学杂志]78:290-293。此类测定可以包括将植物与一种或多种有害生物接触,并且确定所述植物存活和/或造成所述有害生物死亡的能力。
线虫包括寄生线虫如根结线虫、胞囊线虫、和腐线虫,包括异皮线虫属物种(Heterodera spp.)、根结线虫属物种(Meloidogyne spp.)、和球异皮线虫属物种(Globodera spp.);特别是胞囊线虫的成员,包括但不限于:大豆异皮线虫(Heteroderaglycines)(大豆胞囊线虫(soybean cyst nematode));甜菜异皮线虫(Heteroderaschachtii)(甜菜胞囊线虫(beet cyst nematode));燕麦异皮线虫(Heterodera avenae)(谷物胞囊线虫(cereal cyst nematode))和马铃薯金线虫(Globodera rostochiensis)和马铃薯白线虫(Globoderapailida)(马铃薯胞囊线虫(potato cyst nematodes))。腐线虫包括短体线虫属物种(Pratylenchus spp)。
种子处理
为了保护并提高产量生产和性状技术,种子处理方案可以为昆虫、杂草和疾病提供另外的作物计划灵活性和成本有效的控制。种子材料可以用包含化学或生物除草剂、除草剂安全剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、发芽抑制剂和增强剂、营养素、植物生长调节剂和激活剂、杀细菌剂、杀线虫剂、杀鸟剂和/或杀软体动物剂的组合的组合物进行处理,典型地进行表面处理。这些化合物典型地与制剂领域中通常使用的其他运载体、表面活性剂或促进施加的助剂一起配制。所述涂层可通过用液体制剂浸渍增殖材料或通过用组合的湿或干制剂进行涂覆来施加。在以下提供了可用作种子处理的各种类型的化合物的实例:ThePesticide Manual:A World Compendium[农药手册:世界纲要],C.D.S.Tomlin编辑,由theBritish Crop Production Council[英国作物生产委员会]出版,其通过引用并入本文。
可用于作物种子的一些种子处理包括但不限于下列一种或多种:脱落酸,阿拉酸式苯-S-甲基,阿维菌素,杀草强,阿扎康唑,固氮螺菌属(azospirillum),印楝素,嘧菌酯,芽孢杆菌属物种(包括蜡状芽孢杆菌、坚强芽孢杆菌(Bacillus firmus)、巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)、短小芽孢杆菌(Bacillus pumilis)、球形芽孢杆菌(Bacillussphaericus)、枯草芽孢杆菌和/或苏云金芽孢杆菌物种中的一种或多种),短根瘤菌属物种(bradyrhizobium spp.)(包括甜菜慢生根瘤菌(bradyrhizobium betae)、香炉盘慢生根瘤菌(bradyrhizobiumcanariense)、埃氏慢生根瘤菌(bradyrhizobium elkanii)、西表岛慢生根瘤菌(bradyrhizobium iriomotense)、慢生型大豆根瘤菌(bradyrhizobiumjaponicum)、bradyrhizobium liaonigense、bradyrhizobium pachyrhizi和/或圆明慢生根瘤菌(bradyrhizobium yuanmingense)),克菌丹,萎锈灵,壳聚糖,噻虫胺,铜,溴氰虫酰胺,苯醚甲环唑,氯唑灵,氟虫腈,咯菌腈,氟嘧菌酯,氟喹唑,解草胺,氟草肟,超敏蛋白,抑霉唑,吡虫啉,种菌唑,isoflavenoids,脂质几丁寡糖,代森锰锌,锰,代森锰,精甲霜灵,甲霜灵,叶菌唑,腈菌唑,PCNB,氟唑菌苯胺,青霉菌属,吡噻菌胺,氯菊酯,啶氧菌酯,丙硫菌唑,唑菌胺酯,氯虫酰胺,精-异丙甲草胺,皂苷,氟唑环菌胺,TCMTB,戊唑醇,噻苯咪唑,噻虫嗪,硫威,福美双,甲基立枯磷,***醇,木霉属,肟菌酯,灭菌唑和/或锌。PCNB种皮是指包含喹硫磷和氯唑灵的EPA注册号00293500419。TCMTB是指2-(硫氰基甲基硫代)苯并噻唑。
可以测试具有特定转基因性状的种子品种和种子以确定哪些种子处理方案和施用率可以补充这些品种和转基因性状以增加产量。例如,具有良好产量潜力但丝黑穗病易感性的品种可以受益于使用提供针对丝黑穗病的保护的种子处理,具有良好产量潜力但胞囊线虫易感性的品种可以受益于使用提供针对胞囊线虫的保护的种子处理等。同样,涵盖赋予抗昆虫的转基因性状的品种可以从种子处理赋予的第二种作用方式中获益,涵盖赋予除草剂抗性的转基因性状的品种可以从用安全剂的种子处理中获益,这种安全剂增强植物对所述除草剂的抗性等。此外,当与种子处理组合时,正确使用种子处理所产生的良好根系建立和早期出苗可能导致更有效的氮利用,更好的抗干旱能力以及包含某种性状的一种或多种品种的产量潜力的总体增加。
用于杀灭昆虫有害生物和防治昆虫群体的方法
在一些实施例中,提供了用于杀灭昆虫有害生物的方法,所述方法包括使昆虫有害生物同时地或依次地与杀昆虫有效量的本公开的重组IPD113多肽或IPD113嵌合多肽接触。在一些实施例中,提供了用于杀灭昆虫有害生物的方法,所述方法包括使昆虫有害生物与杀昆虫有效量的以下重组杀有害生物蛋白或其变体接触:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ IDNO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ IDNO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ IDNO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ IDNO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ IDNO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ IDNO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ IDNO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ IDNO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ IDNO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ IDNO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ IDNO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ IDNO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ IDNO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ IDNO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ IDNO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ IDNO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ IDNO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ IDNO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ IDNO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ IDNO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ IDNO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ IDNO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ IDNO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ IDNO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ IDNO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ IDNO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ IDNO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ IDNO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495。
在一些实施例中,提供了用于防治昆虫有害生物群体的方法,所述方法包括使昆虫有害生物群体同时地或依次地与杀昆虫有效量的本公开的重组IPD113多肽或IPD113嵌合多肽接触。在一些实施例中,提供了用于防治昆虫有害生物群体的方法,所述方法包括使昆虫有害生物群体与杀昆虫有效量的以下重组IPD113多肽或其变体接触:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQIDNO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495。如本文使用的,“防治有害生物群体”或“防治有害生物”是指对有害生物的任何影响,其导致对有害生物造成的损害的限制。防治有害生物包括但不限于以一定方式杀灭有害生物、抑制有害生物发育、改变有害生物能育性或生长,使得有害生物对植物造成较少的损害,减少所产生后代的数量,产生适应力较弱的有害生物,产生易受捕食者攻击的有害生物或阻止有害生物啃食植物。
在一些实施例中,提供了用于防治对杀有害生物蛋白具有抗性的昆虫有害生物群体的方法,所述方法包括将昆虫有害生物群体同时地或依次地与杀昆虫有效量的本公开的重组IPD113多肽或IPD113嵌合多肽接触。在一些实施例中,提供了用于防治对杀有害生物蛋白具有抗性的昆虫有害生物群体的方法,所述方法包括使昆虫有害生物群体与杀昆虫有效量的以下重组IPD113多肽或其变体接触:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ IDNO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ IDNO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ IDNO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ IDNO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ IDNO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ IDNO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ IDNO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ IDNO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ IDNO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ IDNO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ IDNO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ IDNO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ IDNO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ IDNO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ IDNO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ IDNO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ IDNO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ IDNO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ IDNO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ IDNO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ IDNO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ IDNO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ IDNO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ IDNO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ IDNO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ IDNO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ IDNO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495。
在一些实施例中,提供了用于保护植物免受昆虫有害生物侵害的方法,所述方法包括使至少一种编码IPD113多肽或嵌合IPD113多肽的重组多核苷酸在植物或其细胞中表达。在一些实施例中,提供了用于保护植物免受昆虫有害生物侵害的方法,所述方法包括使编码以下IPD113多肽或其变体的重组多核苷酸在植物或其细胞中表达:SEQ IDNO:1、SEQID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ IDNO:8、SEQ ID NO:9、SEQ IDNO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ IDNO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ IDNO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ IDNO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ IDNO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ IDNO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ IDNO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ IDNO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ IDNO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ IDNO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ IDNO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ IDNO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ IDNO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ IDNO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ IDNO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ IDNO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ IDNO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ IDNO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ IDNO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ IDNO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ IDNO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ IDNO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ IDNO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ IDNO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ IDNO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ IDNO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ IDNO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495。
抗昆虫管理(IRM)策略
苏云金芽孢杆菌δ-内毒素在转基因玉米植物中的表达已被证明是控制农业上重要的昆虫有害生物的有效手段(Perlak等人,1990;1993)。然而,昆虫已经进化,这些昆虫对在转基因植物中表达的苏云金芽孢杆菌δ-内毒素是具有抗性的。如果这种抗性普遍存在,它将明显限制包含编码这种苏云金芽孢杆菌δ-内毒素的基因的种质的商业价值。
增加转基因杀昆虫剂对靶标有害生物的有效性并且同时减少杀昆虫剂抗性有害生物发展的一种方法是提供非转基因(即,非杀昆虫蛋白)庇护所(一部分非杀昆虫作物/玉米),用于与生产对靶标有害生物具有活性的单一杀昆虫蛋白的转基因作物一起使用。美国环境保护局(United States Environmental Protection Agency)(epa.gov/oppbppdl/biopesticides/pips/bt_corn_refuge_2006.htm,其可以使用www前缀进行访问)发布了与生产一种对靶标有害生物具有活性的单一Bt蛋白的转基因作物一起使用的要求。另外,国家玉米种植者协会(National Corn Growers Association)在其网站上(ncga.com/insect-resistance-management-fact-sheet-bt-corn,所述网址可使用www前缀访问)也提供了有关庇护所要求的类似指导。由于庇护区内的昆虫所造成的损失,较大的庇护所可能会降低总产量。
增加转基因杀昆虫剂对靶标有害生物的有效性并且同时减少杀昆虫剂抗性有害生物发展的另一种方法是具有杀昆虫基因的储存库,所述储存库可以有效地对抗昆虫有害生物的组,并通过不同的作用方式显现其作用。
在植物中表达对相同昆虫物种有毒的两种或更多种杀昆虫组合物,每种杀昆虫剂以有效水平表达是实现对抗性发展的控制的另一种方法。这是基于以下原则:对两种不同作用模式的抗性演变比仅一种远远更不可能。例如,Rouss概述了用于管理杀昆虫转基因作物的双毒素策略,也称为“金字塔结构”或“堆叠”。(The Royal Society.Phil.Trans.R.Soc.Lond.B.[皇家学会伦敦皇家学会哲学会刊B系列],(1998)353:1777-1786)。每种都能有效抵抗靶有害生物并几乎没有或没有交叉抗性的两种不同蛋白质的堆叠或金字塔结构可以允许使用较小的庇护所。美国环境保护局要求所种植非Bt玉米的结构性庇护所(通常为5%)比单一性状产品(通常为20%)显著更少。存在提供庇护所的IRM效应的各种方法,包括在田地中的各种几何种植模式和包装好(in-bag)的种子混合物,如进一步通过Roush所讨论的。
在一些实施例中,本公开的IPD113多肽可用作与其他杀有害生物蛋白(包括但不限于Bt毒素、致病杆菌属或发光杆菌属杀昆虫蛋白、其他杀昆虫活性蛋白等)组合(即,金字塔化)的抗昆虫管理策略。
提供了在促进抗昆虫管理的转基因植物中防治一种或多种鳞翅目和/或鞘翅目昆虫侵染的方法,所述方法包括在植物中表达具有不同作用模式的至少两种不同的杀昆虫蛋白。
在一些实施例中,控制转基因植物中鳞翅目和/或鞘翅目昆虫侵染并促进抗昆虫管理的方法中包括对鳞翅目和/或鞘翅目昆虫呈现至少一种IPD113多肽杀昆虫蛋白。
在一些实施例中,控制转基因植物中鳞翅目和/或鞘翅目昆虫侵染并促进抗昆虫管理的方法包括提供至少一种对鳞翅目和/或鞘翅目昆虫具有杀昆虫作用的以下IPD113多肽或其变体:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ IDNO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ IDNO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ IDNO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ IDNO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ IDNO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ IDNO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ IDNO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ IDNO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ IDNO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ IDNO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ IDNO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ IDNO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ IDNO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ IDNO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ IDNO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319或SEQ ID NO:320。
在一些实施例中,控制转基因植物中鳞翅目和/或鞘翅目昆虫侵染并促进抗昆虫管理的方法包括在转基因植物中表达IPD113多肽以及表达针对鳞翅目和/或鞘翅目昆虫的具有不同作用模式的Cry蛋白或其他杀昆虫蛋白。
在一些实施例中,控制转基因植物中鳞翅目和/或鞘翅目昆虫侵染并促进抗昆虫管理的方法包括在转基因植物中表达以下IPD113多肽或其变体:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ IDNO:13、SEQ ID NO:14、SEQID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495,以及表达针对鳞翅目和/或鞘翅目昆虫的Cry蛋白或其他杀昆虫蛋白,其中所述IPD113多肽和Cry蛋白具有不同作用模式。
还提供了降低鳞翅目和/或鞘翅目昆虫对转基因植物产生抗性的可能性的方法,所述转基因植物表达杀昆虫蛋白以控制所述昆虫物种,所述方法包括表达对所述昆虫物种具有杀昆虫作用的IPD113多肽与具有不同作用方式的针对所述昆虫物种的第二杀昆虫蛋白的组合。
还提供了用于转基因植物的有效抗鳞翅目和/或鞘翅目昆虫管理的手段,所述手段包括在植物中以高水平共表达对鳞翅目和/或鞘翅目具有毒性的两种或更多种杀昆虫蛋白,但是每种都展现出不同的实行其杀灭活性的模式,其中所述两种或更多种杀昆虫蛋白包含IPD113多肽和Cry蛋白。还提供了用于转基因植物的有效抗鳞翅目和/或鞘翅目昆虫管理的手段,所述手段包括在植物中以高水平共表达对鳞翅目和/或鞘翅目昆虫具有毒性的两种或更多种杀昆虫蛋白,但是每种都展现出不同的实行其杀灭活性的模式,其中所述两种或更多种杀昆虫蛋白包含以下IPD113多肽或其变体:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ IDNO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ IDNO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ IDNO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ IDNO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ IDNO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:38、SEQ IDNO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44、SEQ IDNO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ IDNO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ IDNO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ IDNO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ IDNO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ IDNO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ IDNO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ IDNO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ IDNO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ IDNO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ IDNO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:120、SEQ IDNO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:257、SEQ IDNO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ IDNO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:279、SEQ IDNO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQ ID NO:319、SEQ IDNO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQ ID NO:428、SEQ IDNO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQ ID NO:440、SEQ IDNO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQ ID NO:460、SEQ IDNO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQ ID NO:478、SEQ IDNO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQ ID NO:489、SEQ IDNO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495,以及Cry蛋白或其他杀昆虫活性蛋白。
此外,提供了用于获得让监管部门批准种植或商业化表达对鳞翅目和/或鞘翅目昆虫具有杀昆虫作用的蛋白的植物的方法,所述方法包括参考、提交或依据昆虫测定结合数据的步骤,所述数据显示IPD113多肽不与此类昆虫中的Cry蛋白竞争结合位点。此外,提供了用于获得让监管部门批准种植或商业化表达对鳞翅目和/或鞘翅目昆虫具有杀昆虫作用的蛋白的植物的方法,所述方法包括参考、提交或依据昆虫测定结合数据的步骤,所述数据显示以下IPD113多肽或其变体不与此类昆虫中的Cry蛋白竞争结合位点:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQID NO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、SEQID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQID NO:120、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:122、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:256、SEQID NO:257、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:267、SEQID NO:268、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:270、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:274、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:278、SEQID NO:279、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:311、SEQ ID NO:312、SEQ ID NO:313、SEQ ID NO:314、SEQ ID NO:315、SEQ ID NO:316、SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:318、SEQID NO:319、SEQ ID NO:320、SEQ ID NO:416、SEQ ID NO:419、SEQ ID NO:420、SEQ ID NO:422、SEQ ID NO:423、SEQ ID NO:424、SEQ ID NO:425、SEQ ID NO:426、SEQ ID NO:427、SEQID NO:428、SEQ ID NO:429、SEQ ID NO:430、SEQ ID NO:431、SEQ ID NO:432、SEQ ID NO:433、SEQ ID NO:434、SEQ ID NO:435、SEQ ID NO:436、SEQ ID NO:438、SEQ ID NO:439、SEQID NO:440、SEQ ID NO:441、SEQ ID NO:443、SEQ ID NO:445、SEQ ID NO:447、SEQ ID NO:448、SEQ ID NO:450、SEQ ID NO:451、SEQ ID NO:452、SEQ ID NO:453、SEQ ID NO:458、SEQID NO:460、SEQ ID NO:461、SEQ ID NO:463、SEQ ID NO:466、SEQ ID NO:469、SEQ ID NO:470、SEQ ID NO:472、SEQ ID NO:473、SEQ ID NO:474、SEQ ID NO:475、SEQ ID NO:477、SEQID NO:478、SEQ ID NO:479、SEQ ID NO:480、SEQ ID NO:481、SEQ ID NO:482、SEQ ID NO:483、SEQ ID NO:484、SEQ ID NO:485、SEQ ID NO:486、SEQ ID NO:487、SEQ ID NO:488、SEQID NO:489、SEQ ID NO:490、SEQ ID NO:491、SEQ ID NO:492、SEQ ID NO:494或SEQ ID NO:495。
提高植物产量的方法
提供了用于提高植物产量的方法。所述方法包括提供表达编码本文公开的杀有害生物多肽序列的多核苷酸的植物或植物细胞,并在有害生物(所述多肽对其具有杀有害生物活性)侵袭的田地中种植所述植物或其种子。在一些实施例中,所述多肽对鳞翅目、鞘翅目、双翅目、半翅目或线虫有害生物具有杀有害生物活性,并且所述田地被鳞翅目、半翅目、鞘翅目、双翅目或线虫有害生物侵染。
如本文所定义的,植物的“产量”是指植物生产的生物质的质量和/或数量。如本文使用的,“生物质”是指任何经测量的植物产物。生物质产量的增加是所测量的植物产物的产量上的任何改善。增加植物产量具有几个商业应用。例如,增加植物叶生物质可以增加用于人或动物消耗的叶菜类的产量。此外,增加叶生物质可用于增加植物来源的药物或工业产品的产量。产量上的增加可以包括任何统计学上显著的增加,包括但不限于,与不表达杀有害生物序列的植物相比,产量上至少增加1%、至少增加3%、至少增加5%、至少增加10%、至少20%增加、至少30%、至少50%、至少70%、至少100%或更大的增加。
在具体方法中,由于表达本文公开的IPD113多肽的植物的经改进的有害生物抗性使得植物产量得到提高。IPD113多肽的表达导致有害生物侵染植物或在所述植物上取食的能力下降,从而提高植物产量。
加工方法
进一步提供了加工植物、植物部分或种子以从包含IPD113多核苷酸的植物、植物部分或种子获得食物或饲料产品的方法。可以对本文提供的植物、植物部分或种子进行加工以产生通过加工具有商业价值的植物、植物部分或种子获得的衍生物的油、蛋白质产物和/或副产品。非限制性实例包括包含编码IPD113多肽的核酸分子的转基因种子,其可以被加工以产生大豆油、大豆产品和/或大豆副产品。
“加工”是指用于获得任何大豆产品的任何物理和化学方法,并且包括但不限于热调节(heat conditioning)、剥落和研磨、挤出、溶剂萃取或水性浸泡以及全部或部分种子萃取。
以下实例是通过说明的方式但不是通过限制的方式来提供的。
实例
实例1-从蕨类植物欧洲凤尾蕨分离并鉴定对鳞翅目物种具有活性的杀昆虫蛋白
从来自银心凤尾蕨(Pteris cretica cv albolineata)(PS930)和阴地凤尾蕨(Pteris umbrosa)(PS995)植物组织的澄清且脱盐的提取物中观察到针对大豆夜蛾((SBL)(大豆尺夜蛾))和玉米穗蛾((CEW)(玉米穗虫))的杀昆虫活性。这种杀昆虫活性表现出指示蛋白质性质的热敏感性和蛋白酶敏感性。
银心凤尾蕨(PS930)和阴地凤尾蕨(PS995)与粗样品具有类似的活性谱、阴离子交换分离的级分、以及在粗水平的类似的SDS-PAGE蛋白谱。由于有限量的材料,将样品合并成一个样品以进行纯化步骤。
从-80℃的储存中取出的PS930和PS995的合并的植物材料并且在液氮温度下,用2010球磨机(SPEX Sample/>麦塔成(Metuchen),新泽西州)将其研磨成细粉。通过以4mL/每1克的鲜重组织的比例添加提取缓冲液(50mM Tris,pH 8.0,150mM氯化钾,2.5mM EDTA,1.5%聚乙烯聚吡咯烷酮和完全不含EDTA的蛋白酶抑制剂片剂(罗氏诊断公司(Roche Diagnostics),德国)),从所述植物组织中提取蛋白质。通过在平面摇床上于4℃下轻微搅动15分钟,使样品保持悬浮状态。通过在6000xg下离心15分钟来澄清匀浆,随后通过Whatman 0.45μm过滤器(GE医疗集团(GE Healthcare),皮斯卡塔韦(Piscataway),新泽西州)过滤。使用10mL ZebaTMSpin脱盐柱(赛默科技公司(ThermoScientific),伊利诺伊州)将PS930和PS995脱盐到50mM Tris(pH 8.0)中,然后将其加载到在相同缓冲液中平衡的5mL HiTrapTMQ-FF柱(GE医疗集团,皮斯卡塔韦,新泽西州)上。使用在50mM Tris(pH 8.0)中的从0.0M至0.7M NaCl的线性30柱体积梯度来洗脱结合的蛋白质。如实例6中所述,针对SBL测定洗脱的级分和流出物。在以大约13.0-31.0mS/cm2洗脱的级分中检测到针对SBL的活性。合并级分,并将其在3kDa MWCO过滤器(颇尔生命科学公司(PallLife Sciences),华盛顿港,纽约州)上浓缩10x,并将其加载到HiPrepTM16/60Superdex300尺寸排阻柱(GE医疗集团,皮斯卡塔韦,新泽西州)上。施加50mM Tris(pH 8.0)的等度梯度,并针对SBL和CEW测定洗脱的1mL级分。合并活性级分,并且注入到在50mM Tris(pH 8.0)中平衡的5mLMono/>5/50柱(GE医疗集团,皮斯卡塔韦,新泽西州)上。进行从0%至60%洗脱缓冲液(50mM Tris pH 8.0,1.0M NaCl)的65柱体积线性梯度,以产生0.5mL洗脱的蛋白质的级分。如前所述对洗脱的蛋白质进行生物测定,并在以约7.5-12.7mS/cm2电导率洗脱的级分中检测到SBL和CEW活性。将活性级分分别浓缩10x并在LDS-PAGE上运行,并且切下单个条带用于凝胶消化。
在用CoomassieTM亮蓝G-250染料染色的LDS-PAGE凝胶上跑样之后获得用于MS鉴定的蛋白质。将这些目的条带从凝胶上切下,脱色,用二硫苏糖醇还原,然后用碘乙酰胺烷基化。用胰蛋白酶消化过夜后,使用在QToF PremiereTM质谱仪(米尔福德(Milford),马萨诸塞州)上的电喷雾离子源与NanoAcquityTM纳米-LC***(/>米尔福德,马萨诸塞州)偶联来进行胰蛋白酶消化的肽的液相色谱串联质谱(LC-MSMS)分析,用从2%乙腈、0.1%甲酸至60%乙腈、0.1%甲酸的梯度。
通过使用(矩阵科学公司(Matrix Science),英国伦敦NW31QY,铂金斯巷10号)的数据库搜索进行蛋白质鉴定。使用Mascot搜索引擎(矩阵科学公司),对包含来自银心凤尾蕨(PS930)、阴地凤尾蕨(PS995)和其他来源植物的转录物的内部转录组数据库和公共蛋白数据库Swiss-Prot进行搜索。还通过获取所得的LCMS数据进行蛋白质鉴定,所述数据使用ProteinLynx Global ServerTM(/>米尔福德市,马萨诸塞州)进行分析以产生DeNovo序列数据。将氨基酸序列针对包括植物蛋白质序列的公共和杜邦先锋公司内部数据库进行BLASTTM搜索(基本局部比对搜索工具(Basic Local Alignment SearchTool);Altschul等人,(1993)J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]215:403-410;还参见ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/,其可以使用www前缀访问)。在杜邦先锋公司专有的植物蛋白质数据库中,将氨基酸序列与蛋白质进行比对。将来自目的条带的氨基酸序列与来自PS930的预测蛋白进行比对。
实例2-银心凤尾蕨的转录组测序和IPD113Aa的克隆
如下制备白斑凤尾蕨(Pteris albolineata)的异名,银心凤尾蕨(ID#PS930),的转录组。通过使用用于总RNA分离的试剂盒从冷冻组织中分离总RNA。使用来自/>公司(圣迭戈(San Diego),加利福尼亚州)的TruSeqTMmRNA-Seq试剂盒和方案制备来自所得总RNA的测序文库。简而言之,将mRNA经由附接至寡(dT)珠而分离,片段化至180nt的平均大小,通过随机六聚体引发反转录为cDNA,末端修复,加3’A尾,并与索引的TruSeqTM衔接子连接。使用/>TruSeqTM引物PCR扩增所连接的cDNA片段,并在Agilent/>DNA 7500芯片上检查纯化的PCR产物的质量和数量。在质量和数量评估之后,通过用双特异性核酸酶(DSN)(/>莫斯科,俄罗斯)处理将100ng转录物文库标准化。通过添加200mM HEPES缓冲液完成标准化,随后进行热变性,并在68℃退火五个小时。将退火的文库用2μl DSN酶处理25分钟,根据制造商方案通过柱进行纯化,并使用/>衔接子特异性引物扩增12个循环。用/>XP珠(贝克曼基因组学公司(Beckman Genomics),丹佛市(Danvers),马萨诸塞州)纯化最终产物,并在Agilent/>DNA 7500芯片上检查质量和数量。
根据基因组分析仪(Genome Analyzer)IIx上的制造商方案对标准化的转录物文库进行测序。将每个文库与两个流动细胞泳道杂交,并使用Illumina克隆簇生成方法在/>上扩增、封闭、线性化和引物杂交。在基因组分析仪IIx上完成测序,每个标准化文库产生六千万个75bp的配对端读数。
针对通过来自PS930的转录组装配体的可读框(ORF)预测的蛋白质序列,搜索通过LCMS测序(描述在实例1中)鉴定的IPD113Aa(SEQ ID NO:1)的肽序列。所述肽匹配对应于IPD113Aa(SEQ ID NO:1)的转录物。使用编码序列来设计以下引物:cgaaatctctcatctaagaggctggatcctaggATGGATTCCGATCTGATTGCTCAG(SEQ ID NO:332)和gttggccaatccagaagatggacaagtctagaTCATGATGAGGGATCTTCAGGTG(SEQ ID NO:333),以将IPD113Aa多核苷酸序列(SEQ ID NO:127)克隆到瞬时表达载体中,用于表达和活性分析。
实例3-IPD113Aa在瞬时叶组织上的表达和昆虫生物测定
为了证实IPD113Aa多肽(SEQ ID NO:1)的活性,将相应的基因(SEQ ID NO:127)克隆到病毒启动子dMMV(Dey等人,(1999)Plant Mol.Biol.[植物分子生物学]40:771-782)控制下的瞬时表达***中。将含有IPD113Aa表达构建体的农杆菌菌株浸润到叶中。将农杆菌属细胞悬浮液引入完整组织的植物细胞以使得可重复感染和随后的植物来源的转基因表达可被测量或研究的农杆菌浸润法是本领域熟知的(Kapila等人,(1997)PlantScience[植物科学]122:101-108)。简而言之,用测试和对照菌株的标准化细菌细胞培养物对矮菜豆(bush bean)(菜豆(common bean、Phaseolus vulgaris))的单叶进行农杆菌浸润。从每个小植株上切下叶圆盘,并用大豆夜蛾(SBL)(大豆尺夜蛾)的2只新生虫、秋夜蛾(FAW)(草地贪夜蛾)的2只新生虫、玉米穗蛾(CEW)(玉米穗虫)的1只新生虫、黎豆夜蛾(VBC)(梨豆夜蛾)的3只新生虫或欧洲玉米螟(ECB)(玉米螟)的3只新生虫侵染。用不含有表达载体的农杆菌产生来自对照的叶圆盘。将来自非浸润植物的叶圆盘用作第二对照。侵染后三天对叶组织消耗进行评分(表1)并且给出评分0至9,如表2所示。
表1
表2
实例4-IPD113Aa同源物的鉴定
可以通过在针对序列相似性的默认参数下进行BLASTTM(基本局部比对搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool;Altschul);Altschul等人,(1993)J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]215:403-410;还参见ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/,可以使用www前缀登录该网址)搜索来确定基因同一性。分析IPD113Aa(SEQ ID NO:1)的多核苷酸序列。在杜邦先锋公司内部植物转录组数据库中通过BLASTTM进行的基因同一性鉴定了IPD113Aa蛋白质(SEQ ID NO:1)的多个同源物。IPD113Aa同源物和从中鉴定它们的生物体显示在表3中。
表3
通过从总RNA逆转录,从具有由内部数据库鉴定的同源物的来源生物体产生cDNA。使用针对每种同源物的编码序列设计的引物,从它们各自的cDNA中PCR扩增同源物,并亚克隆到含有DMMV启动子的植物瞬时载体中。通过测序确认克隆的PCR产物。
如在Needle程序(EMBOSS工具套件)中执行的,使用尼德曼-翁施(Needleman-Wunsch)算法计算IPD113同源物的氨基酸序列同一性。选择的亚组内的IPD113同源物的序列同一性百分比显示在表4中。选择的IPD113同源物亚组的序列同一性百分比显示在表5中。以同样方式,本领域技术人员可以比较IPD113同源物的其他分组的同一性百分比。选择的亚组的IPD113同源物的***发育树显示在图2、3、和4中。
表4
表5
实例5-农杆菌介导的IPD113同源物在豆中的瞬时表达
使用如实例3中所述的矮菜豆瞬时表达***测量IPD113同源物的活性。测试的IPD113同源物的活性谱总结在表6中,其中“++++”表示平均活性评分为<=10%的消耗的叶圆盘,“+++”表示平均活性评分为11%-50%的消耗的叶圆盘,“+”表示平均活性评分为51%-70%的消耗的叶圆盘,“+”表示平均活性评分为>70%的消耗的叶圆盘,并且“ND”表示未确定。
表6
实例6-用在大肠杆菌中表达的纯化的IPD113蛋白进行的鳞翅目测定
将选择的IPD113同源物从它们各自的瞬时表达载体亚克隆到含有N-末端10X His标签的大肠杆菌表达载体pET16B的NdeI/BamHI位点中。将含有相应的IPD113基因***物的pET16B质粒DNA转化到感受态C41大肠杆菌细胞中用于重组蛋白表达。使大肠杆菌细胞在30℃在氨苄青霉素选择下生长过夜,然后接种到新鲜的2XYT培养基(1:50)中,并进一步在37℃生长至约0.7的光密度。此时,冷冻细胞,然后用1mM IPTG诱导。使培养物进一步在16℃生长20小时以诱导蛋白表达。根据制造商的方案,通过使用Ni-NTA琼脂糖(QiagenTM,德国)的固定化金属离子色谱来纯化经大肠杆菌表达的蛋白。将纯化的级分加载到用1x TBS缓冲液(25mM Tris pH 8+150mM NaCl)预平衡的ZebaTMSpin脱盐柱(赛默科技公司(ThermoScientific))上。在饮食测定中运行经洗脱的蛋白,以评估杀昆虫蛋白对玉米穗蛾(CEW)(玉米穗虫)、欧洲玉米螟(ECB)(玉米螟)、秋夜蛾(FAW)(草地贪夜蛾)、大豆夜蛾(SBL)(大豆尺夜蛾)、和黎豆夜蛾(VBC)(梨豆夜蛾)的幼虫的作用。以96孔板形式,使用并入基于琼脂的鳞翅目饮食(南国产品公司(Southland Products Inc.),湖村(Lake Village),阿肯色州(AR))中的稀释系列的纯化的N-10xHis-IPD113多肽,进行针对所述五种有害生物物种的生物测定。每个样品使用四个重复。将二至五只新生昆虫放置到处理过的板的每个孔中。在28℃孵育四天之后,对幼虫死亡率或发育迟缓的严重程度进行评分。评分以数值记录为死亡(3)、严重地发育迟缓(2)(很少生长或没有生长但活着,并且相当于一龄幼虫)、发育迟缓(1)(生长到二龄,但不等同于对照)、或者标准(0)。将一系列的IPD113同源物的活性总结在表7中,其中“+”表示在测试的最高剂量下,至少看见发育迟缓(平均评分为1),并且“-”表示在测试的剂量下,没有发育迟缓。
表7
实例7-构建IPD113嵌合体和具有多个氨基酸取代的变体
为了产生具有多样化序列的活性变体,通过多重PCR片段重叠组装产生IPD113Aa(SEQ ID NO:1)和IPD113Db(SEQ ID NO:10)之间的嵌合体。构建IPD113Aa和IPD113Db之间的总计十种嵌合体,并且将它们克隆到含有DMMV启动子的植物瞬时载体中。此外,通过将编码IPD113Aa(SEQ ID NO:1)和IPD113Db(SEQ ID NO:10)的多核苷酸序列进行家族改组(Chia-Chun J.Chang等人,1999,Nature Biotechnology[自然生技术]17,793-797),产生具有多个氨基酸改变的IPD113Aa的变体。在此变体文库中,将IPD113Aa的密码子优化的多核苷酸序列(SEQ ID NO:331)和IPD113Db的天然多核苷酸序列(SEQ ID NO:136)用作文库亲本。将文库变体克隆到含有DMMV启动子的植物瞬时载体中。使用如实例3中所述的矮菜豆瞬时表达***筛选嵌合体和家族改组变体两者。
如在Needle程序(EMBOSS工具套件)中执行的,使用尼德曼-翁施(Needleman-Wunsch)算法计算IPD113Aa变体的序列同一性。所得IPD113Aa变体与IPD113Aa(SEQ ID NO:1)相比的同一性百分比、变体命名、核苷酸序列、和氨基酸序列总结于表8中。
表8
测试的IPD113Aa变体的活性谱总结在表9中,其中“++++”表示平均活性评分为<=10%的消耗的叶圆盘,“+++”表示平均活性评分为11%-50%的消耗的叶圆盘,“+”表示平均活性评分为51%-70%的消耗的叶圆盘,“+”表示平均活性评分为>70%的消耗的叶圆盘,并且“ND”表示未确定。
表9
实例8-IPD113同源物之间的嵌合体
为了产生具有多样化序列的活性变体,通过多重PCR片段重叠组装产生IPD113同源物之间的嵌合体。构建选择的IPD113同源物之间的嵌合体,并且将它们克隆到含有DMMV启动子的植物瞬时载体中。使用如实例3中所述的矮菜豆瞬时表达***筛选嵌合体变体。
如在Needle程序(EMBOSS工具套件)中执行的,使用尼德曼-翁施(Needleman-Wunsch)算法计算IPD113Aa的嵌合体的序列同一性。所得IPD113嵌合体与IPD113Aa(SEQ IDNO:1)相比的同一性百分比、变体命名、嵌合体亲本、核苷酸序列、和氨基酸序列总结于表10中。
表10
测试的IPD113嵌合体的活性谱总结在表11中,其中“++++”表示平均活性评分为<=10%的消耗的叶圆盘,“+++”表示平均活性评分为11%-50%的消耗的叶圆盘,“++”表示平均活性评分为51%-70%的消耗的叶圆盘,“+”表示平均活性评分为>70%的消耗的叶圆盘,并且“ND”表示未确定。
表11
SBL | FAW | CEW | ECB | VBC | |
pAL-1942 | + | + | ++ | + | +++ |
pAL-1943 | + | + | + | + | + |
pAL-1944 | +++ | ++++ | +++ | +++ | ++++ |
pAL-1945 | +++ | +++ | ++++ | +++ | ++++ |
pAL-1946 | + | +++ | + | + | ++ |
pAL-1998 | + | +++ | + | ++ | +++ |
pAL-1999 | + | + | + | + | + |
pAL-2000 | +++ | +++ | ++++ | +++ | ++++ |
pAL-2001 | + | + | + | + | +++ |
pAL-2002 | + | + | + | + | + |
实例9-用于在植物中表达IPD113多肽的载体构建体
为了在玉米中进行测试,构建表达载体即载体1,以包括转基因盒,所述转基因盒含有编码IPD113Dh(SEQ ID NO:16)的基因设计、具有MMV ENH:MMV ENH:BYDV启动子(PCT公开号WO2017095698)和连接到OS-UBI终止子的玉米ADH1内含子1(PCT公开号WO2018102131),并且构建表达载体即载体2,以包括转基因盒,所述转基因盒含有编码IPD113Dh(SEQ ID NO:16)的基因设计、具有连接到PINII终止子的玉米泛素启动子(美国公开号20140130205)。
实例10-农杆菌介导的玉米的稳定转化
对于杀昆虫多肽的农杆菌介导的玉米转化,使用在甘露糖选择下的PMI,采用Cho的方法(M.J.Cho等人,Plant CellRep.[植物细胞报告]33,1767-1777(2014))。简而言之,从玉米上分离未成熟胚(IE),并将其用含有用于表达IPD113的载体构建体的农杆菌悬浮液进行感染。将IE和农杆菌在固体培养基上在黑暗中在21℃下共培养3天,并且随后转移到没有选择剂但是补充有羧苄青霉素的静息培养基(ICN公司,科斯塔梅萨(Costa Mesa),加利福尼亚州,美国)中以消除农杆菌。将IE转移到适当的静息培养基中,持续10-11天,之后转移到具有一种或多种抗生素的含有甘露糖的PMI培养基(西格玛·奥尔德里奇公司(Sigma-Aldrich Corp),圣路易斯(St Louis),密苏里州,美国)。进行多轮选择,直至获得足够量的组织。将再生绿色组织转移到在甘露糖选择下的PHI-XM培养基(E.Wu等人,In VitroCell.Dev.Biol.Plant[体外细胞与发育生物学—植物]50,9-18(2014))。将芽转移到含有用于生根的MSB生根培养基的试管中,并且将小植株移植到温室盆中的土壤中。
实例11-稳定转化的玉米植物针对一系列鳞翅目昆虫的昆虫防治效力
从经转化的玉米植物切除叶圆盘,并且测试IPD113Dh多肽(SEQ ID NO:16)对欧洲玉米螟(ECB)(玉米螟)、玉米穗蛾(CEW)(玉米穗虫)、和秋夜蛾(草地贪夜蛾)的杀昆虫活性。将用于IPD113Dh(SEQ ID NO:16)的表达的构建体载体1和载体2用于产生转基因玉米事件,从而测试由这些多肽的表达提供的对由鳞翅目有害生物引起的取食损害的效力。图5显示了通过IPD113Dh基因(SEQ ID NO:142)的表达,赋予了免于被欧洲玉米螟(ECB)(玉米螟)、玉米穗蛾(CEW)(玉米穗虫)、和秋夜蛾(草地贪夜蛾)的叶取食的保护。
实例12-大豆(Soybean,Glycinemax)的转化和再生
通过粒子枪轰击法(Klein等人,Nature[自然](伦敦)327:70-73(1987);美国专利号4,945,050),使用BIORAD Biolistic PDS1000/He仪以及质粒或片段DNA之一来产生转基因大豆系。以下储备溶液和培养基用于大豆植物的转化和再生:
储备溶液:
硫酸盐100X储备液:
37.0g MgSO4.7H2O、1.69g MnSO4.H2O、0.86g ZnSO4.7H2O、0.0025g CuSO4.5H2O
卤化物100X储备液:
30.0g CaCl2.2H2O、0.083g KI,0.0025g CoCl2.6H2O
P,B,Mo 100X储备液:
18.5g KH2PO4、0.62g H3BO3、0.025g Na2MoO4.2H2O
Fe EDTA 100X储备液:
3.724g Na2EDTA、2.784g FeSO4.7H2O
2,4-D储备液:
10mg/mL维生素
B5维生素,1000X储备液:
100.0g肌醇、1.0g烟酸、1.0g吡哆醇HCl、10g硫铵HCL。
培养基(每升):
SB199固体培养基:
1包MS盐(Gibco/BRL-目录号11117-066)、1mL维生素B51000X储备液、30g蔗糖、4ml2,4-D(40mg/L最终浓度),pH 7.0,2g脱乙酰吉兰糖胶
SB1固体培养基:
1包MS盐(Gibco/BRL-目录号11117-066)、1mL维生素B51000X储备液、31.5g葡萄糖、2mL 2,4-D(20mg/L最终浓度),pH 5.7,8g TC琼脂
SB196:
10mL的以上储备溶液1-4中的每种、1mL维生素B5储备液、0.463g(NH4)2SO4、2.83gKNO3、1mL 2,4D储备液、1g天冬氨酸、10g蔗糖(pH 5.7)
SB71-4:
Gamborg’s B5盐、20g蔗糖、5g TC琼脂(pH 5.7)。
SB103:
1pk.Murashige和Skoog盐混合物、1mL维生素B5储备液、750mg MgCl2六水合物、60g麦芽糖、2g脱乙酰吉兰糖胶,pH 5.7。
SB166:
补充有5g每升活性炭的SB103。
大豆胚悬浮培养起始:
种植后45-55天从可利用的大豆植物中挑出未成熟种子的豆荚,从其壳中取出并放入灭菌的品红盒中。将大豆种子通过在具有1滴ivory皂(即95mL高压蒸汽处理的蒸馏水加5mL和1滴皂,充分混合)的5%/>溶液中振荡15分钟进行灭菌。使用2个1L瓶子的无菌蒸馏水冲洗种子,将少于3mm的那些放置在各个显微镜载玻片上。将种子的小端切割,并将子叶从种皮中压出。将子叶转移到含有SB199培养基的板上(每板25个至30个子叶)持续2周,然后转移至SB1持续2周至4周。将板用纤维带包裹。在这个时间之后,将次级胚切割并置于SB196液体培养基中持续7天。
培养条件:
将大豆胚悬浮培养液(cv.93Y21)维持在50mL液体培养基SB196中(在旋转式摇床中,100-150rpm,26℃,在80-100μE/m2/s的光强度下,以16:8h白天/夜晚光周期)。通过将多达1/2硬币尺寸量的组织(团块一起堆积)接种至50mL新鲜液体SB196中,每7天至14天传代培养培养物。
制备用于轰击的DNA:
在粒子枪轰击程序中,可以使用纯化的1)整个质粒DNA;或2)仅含有一个或多个目的重组DNA表达盒的DNA片段。对于每十七次轰击转化,制备每个DNA质粒的每对碱基对含有1皮克至90皮克(pg)的质粒DNA的85μL悬浮液。如以下,将DNA质粒或片段共沉淀在金颗粒上。将悬浮中的DNA添加至50μL的10-60mg/mL 0.6μm金颗粒悬浮液中,并然后与50μL CaCl2(2.5M)和20μL亚精胺(0.1M)合并。将混合物涡旋5秒,在微量离心机中旋转5秒并除去上清液。然后将DNA涂覆的颗粒用150μL的100%乙醇洗涤一次,再次在微量离心机中涡旋并旋转,然后在85μL的无水乙醇中重悬浮。然后将5μL的经DNA包被的金颗粒加到每个巨载体盘上。
组织制备和DNA轰击:
将大约100mg的两周龄的悬浮培养物置于一个空的60mm X 15mm培养皿中,并且用移液管从组织中除去残余的液体。将组织放置在距离挡板大约3.5英寸处,并将组织的每个板轰击一次。膜破裂压力设定在650psi,并将箱抽至-28英寸Hg。轰击后,将来自每个板的组织分开在两个烧瓶之间,放回液体培养基中,并如上所述进行培养。
经转化的胚的选择和植物再生:
轰击后,将来自每个轰击板的组织分开,并放置在每板轰击的组织的SB196液体培养维持培养基的两个烧瓶中。轰击后七天,每个烧瓶中的液体培养基被补充有100ng/mL选择剂(选择培养基)的新鲜SB196培养维持培养基替代。为了选择经转化的大豆细胞,所用的选择剂可以是具有化学名称2-氯-N-((4-甲氧基-6-甲基-1,3,5-三嗪-2-基)氨甲酰基)苯磺酰胺(常用名:DPX-W4189和氯磺隆)的磺酰脲类(SU)化合物。氯磺隆是杜邦公司磺酰脲除草剂中的活性成分。每两周更换含有SU的选择培养基,持续8周。在8周选择期后,观察到从未转化的坏死胚发生簇中生长的绿色转化组织岛。将这些推定的转基因事件分离并保存在具有100ng/mL的SU的SB196液体培养基中另外5周,每1-2周更换培养基以产生新的、克隆繁殖的转化的胚发生悬浮培养物。胚与SU接触总共约13周的时间。将悬浮培养物传代培养,并保持为未成熟胚芽簇,并还通过各个体细胞胚的成熟和萌芽再生为整个植物。
在成熟培养基上四周(在SB166上1周,随后在SB103上3周)后,体细胞胚适应于发芽。然后将它们从成熟培养基中取出并在空的培养皿中干燥长达七天。然后将干燥的胚种植在SB71-4培养基中,在与上述相同的光和温度条件下,使其在这些培养基中发芽。将发芽的胚转移到灌封培养基中并生长至成熟以用于种子生产。
实例13-影响蛋白质稳定性和IPD113功能的氨基酸位置的鉴定
为鉴定影响IPD113的蛋白结构稳定性和杀昆虫功能的氨基酸位置,在所选择的IPD113Dap(SEQ ID:113)内的位置处进行饱和诱变。通过定点诱变产生突变体。将所得文库变体转化到大肠杆菌细胞中,然后挑取并且在96孔板中培养以进行蛋白质表达。通过来自赛默科技公司(Thermo Scientific)(3747N Meridian Rd,罗克福德(Rockford),伊利诺伊州,美国,61101)的蛋白提取试剂中产生细胞裂解物,并筛选用于FAW杀昆虫活性。
表12总结了在IPD113Dap(SEQ ID:113)的每个诱变位置处鉴定的氨基酸取代以及允许保留杀昆虫活性的氨基酸取代。
表12
对本公开的各种所说明的实施例的上述描述并不旨在是详尽的或者限制范围于所公开的精确形式。虽然为了说明目的而在本文描述了具体实施例和实例,但是如相关领域的技术人员将认识到的,在本公开范围内的各种等效修饰是可能的。本文提供的教导可以应用于除了上述实例之外的其他目的。根据上述教导,许多修改和变化是可能的,并且因此在所附权利要求书的范围内。
可以根据上述详细描述进行这些改变和其他改变。通常,在以下权利要求书中,所用的术语不应被解释为将范围限制于说明书和权利要求书中公开的具体实施例。
背景技术、具体实施方式和实例中引用的每个文献(包括专利、专利申请、杂志文章、摘要、手册、书籍或其他公开内容)的全部公开内容通过引用以其整体并入本文。
就使用的数字(例如量、温度、浓度等)而言,已努力确保其准确性,但仍应允许有一些实验误差和偏差。除非另有说明,份为重量份,分子量为平均分子量;温度为摄氏度;并且压力为大气压或接近大气压。
Claims (10)
1.一种重组杀昆虫多肽,所述重组杀昆虫多肽包含与选自SEQ ID NO: 1-126、253-281、311-320和416-496的多肽具有至少80%序列同一性的氨基酸序列。
2.如权利要求1所述的重组杀昆虫多肽,其中所述多肽针对鳞翅目农业有害生物是杀昆虫的。
3.如权利要求1所述的重组杀昆虫多肽,其中所述杀昆虫多肽与异源信号序列或转运序列连接。
4.一种嵌合杀昆虫蛋白,所述嵌合杀昆虫蛋白包含:
a) 第一重组多肽的一部分,所述重组多肽是如权利要求1所述的,和
b) 第二重组多肽的相应部分,所述重组多肽是如权利要求1所述的。
5.如权利要求4所述的嵌合杀昆虫蛋白,其中与仅单个重组杀昆虫多肽组分相比,所述嵌合杀昆虫蛋白具有改变的昆虫特异性和/或扩大的杀昆虫谱。
6.一种融合蛋白,所述融合蛋白包含如权利要求1所述的重组杀昆虫多肽。
7.一种农业组合物,所述农业组合物包含至少一种如权利要求1所述的重组杀昆虫多肽。
8.一种重组多核苷酸,所述重组多核苷酸编码如权利要求1所述的杀昆虫多肽。
9.如权利要求8所述的重组多核苷酸,其中所述多核苷酸可操作地连接到异源调节元件。
10.如权利要求8所述的重组多核苷酸,其中所述多核苷酸具有经优化用于在农业上重要的作物中表达的密码子。
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